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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1563 ) : TTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACG---------TCTAGCTA----T-CGTGCAGAAAAAA--TC-TCTGACTGCGCACCG-TTTTGTACAAGTGCTAAACAATATNATAGT-ACTATGT--CAAAT-GA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTN-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATATTTAA-TATTGATGTAA-TATA-TTTTTAA-TA---A----TATGTGTCTCGTATAT--CGTACTA-ATAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTGTCCCCCGTTCGA-GGCCTCGTCAA-TAAGCAG--------------AA----C---------------ACGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATA-AAAACCGAATT--AATTAAAAAGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTGTCGATCGAAG-TTTTCAACTACAG-T-GTAATTATTTTGCGCGCAGTGA--TATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG-TTTTTGTTGACTATG---TTTTTTTTTTGAAAGA--TGGCAT-GGGCGACTAGGTA-AAGGTGGCGTGGG-CGA-TAGT--TA-TCGAC--AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------TT---GA-----A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATA-TA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGNGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TAATAAAACGTTATAGA-TTGTTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT--TCCG------TCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTCGTGTC-CCTTGCGT-T----T-G-TTC----T--TAC--ATAA-NT-TTTT---CTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACATTTTGACACATC-ATATTCTACGC-ACG--GAGATTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
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gi|1 : AACATG-T-T-TTAA-T-CGTGTT-CTTTGCGT-T----TGG-TTCAGGAT--TG---ATAA-AT-TTGG---CTT--G-TAAA-AACTCCGA------TGAC----C-A--C----CAA-ATATAG-TTTAAT-ACTCA--AT---------TTACaatgggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaacttcattaattaaacgtattaattcacctaaggggaaacatgttttaatcgtgttctttgcgtttggttcaggattgataaatttggcttgtaaaaactccgatgaccaccaaatatagtttaatactcaatttacctatctccttctttaaggataaaatatcagtcttaaaagatcgactgtatattttttatgaggacggtcaatgaagagagaaattgtcttttttttttactaactacgtttcgataagaaaatgtattgacgtcacaagatttcaaaatttactaaatactacagtaaataagtaagtcattacccaattattcacattgaatttgaatgtacataatttttacggtggcgcatcggatttatcaagtttatattcttatgattttcagctggaaaattaat
gi|10 : gcgtagagctagctcaacaggcatctagtagtcatgcagaaaaaaaaatctgactgtgcaccgttttatacaagtgctaaaaaattatagttactatgtcaaatgaatacaaattttggtaattctttgtgtgatgagtagtatgtctttctgtaaatactgagtaaataaattttaatatgtgtcttgtatcgtactataagcagaaatgaaataaaactgctttcgctatgactgaaagtaacagtccgtgtccccttcgacggctcgtcaagtaagcagcaacttcttgttaaaacacgcgtaggaataattgtaactgttttgtatcgttgtttaacattgaaaggcaggttttagcaccattcaattgcgctgcattatccaaagataaaaaccgaattaattaaatgtacttatataccttgatattgtcgaagttttaactgagcgcacagtgaactattacttaacaccatgcaccacgagattgtccgggatgggtgactaggtaagggcgtgggcgatagattcgaaagtgaagtttgaccttaagaaattaagaccaacagggcgacgtaaattgttttatatataaaaatgtttgtcagactattcgtgtttaatactatcgttaataaaacgttatagattgttatattttgtaacatctatttgcgtcgtccgtctagaataattaacacattcttcattgtattccttgcgtgttgttcttttcttgtaaaatgccgactttacacattttagtttaatatcaagatgttatttttgacacatcatattctacgcgacgaagattggatttgtcagatacacgtgctgtgtgtttgtaaacgtagtcagccagtccgtaattaatgggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaacttcattaattaaacgtattaattcacctaaggggaAACACA-T-T-TTCA-TTCATGTC-CTTTTTGT-T----T-G-TTC----A--GACG-ATAA-TA-TTGC---CTT--G-TAAA-A----TGC------CGA-TGACC-A--C----AAA-TATTAG-TTTAAT-AATCA--ATATTT-----TTATATTAT-AGAAAAG-ATAT----CG--GTG--TAAATTGGA-CTAGT-CAGTTTATACACGGGC--------TTGTAAATG--TAGT----C-AGACTGTAATTctatctccttctttaaggataaaatatcagtcttaaaagatcgactgtatattttttatgaggacggtcaatgaagagagaaattgtcttttttttttactaactacgtttcgataagaaaatgtattgacgtcacaagatttcaaaatttactaaatactacagtaaataagtaagtcattacccaattattcacattgaatttgaatgtacataatttttacggtggcgcatcggatttatcaagtttatattcttatgattttcagctggaaaattaat
gi|11 : aatttacgaggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaaaataacgtttttaatttctacagagggaTTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACGACAAGGACTTCTAGCTA----TTCGTGCAGAAAAAA--TC-TCTGACTGCG-ACGT-TTTTGTACAAGTGCTAAACA-TATC-TAGT-ACTATGT--CAAATTGA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTCTGTGT-ATGAGGTAG-A-G-CTATATTTAT-T-TTGATGTAA-TATA-TTTC--A-TA---A----TATGTGTCTCGTATA---CGTACTATACAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-TAAATAACTTGTAG----G-AACAGGTCCGTtatgtggatcaacgaaaggaaactttttgag
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Reference ( family-1563 ) : TTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACG---------TCTAGCTA----T-CGTGCAGAAAAAA--TC-TCTGACTGCGCACCG-TTTTGTACAAGTGCTAAACAATATNATAGT-ACTATGT--CAAAT-GA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTN-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATATTTAA-TATTGATGTAA-TATA-TTTTTAA-TA---A----TATGTGTCTCGTATAT--CGTACTA-ATAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTGTCCCCCGTTCGA-GGCCTCGTCAA-TAAGCAG--------------AA----C---------------ACGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATA-AAAACCGAATT--AATTAAAAAGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTGTCGATCGAAG-TTTTCAACTACAG-T-GTAATTATTTTGCGCGCAGTGA--TATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG-TTTTTGTTGACTATG---TTTTTTTTTT-GAAAGA--TGGCAT-GGGTGACTAGGTA-AAGGTGGCGTGGG-CGA-TAG---T---A-T-CGAC--AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------TT---GA-----A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATA-TA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGNGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAGA-TTGTTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT--TCCG------TCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTCGTGTC-CCTTGCGT-T----T-G-TTC----T--TAC--AT-A---A-T-TTT--T--CTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACATTTTGACACATC-ATATTCTACGC-ACG--GAGATTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
gi|1 : GCGTAGAGCTAGCTCAACAGGCA---------TCTAGTAG----T-CATGCAGAAAAAA--AAATCTGACTGTGCACCG-TTTTATACAAGTGCTAAA-AA-ATTATAGTTACTATGT--CAAAT-GA--ATA--CAAATTTTGGTAATT-CTTT-GTGTGATGAG-TAGTATGTCTTTCTGTAAATACTGA-GTAAATAAA-TTTT-----A---A----TATGTGTCTTGTAT----CGTACTA--TAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTT-CGCT--ATGAC-TGAAA----GTAACA-GTCCGTGTCCCC--TTCGA-CGGCTCGTCAAGTAAGCAGCAACTTCTTGTTAAAA----C---------------ACGCGTAGGAATAATTGTAACTGTTTTG-----TATCGTTGTTTAA------CATTG------------AAAGGCAGGTTTT-AGCACCA-T-------T-CAATTGCGCTGCA-TTATCCAAAGATA-AAAACCGAATT--AATT-AAATGTACTT--A-TATACCTTGATATTG----TCGAAG-TTTT-AACTG-A---------------GCGCACAGTGAACTATTACTTAACACCATGCACC-ACGAGATTGTCCGGG---ATGGGTGACTAGG---T------------AAG----GGCGT-GGGCGA-TAGAT--------------------------------T-CG----AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------CTTAAGA-----A--ATT--AA-GA-CCAACAGGGCG---ACGTAAATTGTTT-TATATA-TA------AAA-ATGTTTGT---CAGACTATTCGTGTTT-AATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAGA-TTG---TTATATTTTGTAAC------ATCT---ATT----------TGCG---T------CG------TCCGT-CTAGAA-TAATTAACACA-T-TCTTCA-TT-GTATT-CCTTGCGTGT----T-G-TTC-----------------------TTT--T--CTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----ACA-TTTTAG-TTTAAT--ATCAAGATG--------TTAT-TTTTGACACATC-ATATTCTACGCGACG--AAGATTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCTGTG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAGCC-AGTCCGTAATT
gi|1 : AACATG-T-T-TTAA-T-CGTGTT-CTTTGCGT-T----TGG-TTCAGGAT--TG---ATAA---A-T-TTG--G--CTT--G-TAAA-AACTCCGA------TGAC----C-A--C----CAA-ATATAG-TTTAAT-ACTCA--AT---------TTACaatgggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaacttcattaattaaacgtattaattcacctaaggggaaacatgttttaatcgtgttctttgcgtttggttcaggattgataaatttggcttgtaaaaactccgatgaccaccaaatatagtttaatactcaatttacctatctccttctttaaggataaaatatcagtcttaaaagatcgactgtatattttttatgaggacggtcaatgaagagagaaattgtcttttttttttactaactacgtttcgataagaaaatgtattgacgtcacaagatttcaaaatttactaaatactacagtaaataagtaagtcattacccaattattcacattgaatttgaatgtacataatttttacggtggcgcatcggatttatcaagtttatattcttatgattttcagctggaaaattaat
gi|10 : gcgtagagctagctcaacaggcatctagtagtcatgcagaaaaaaaaatctgactgtgcaccgttttatacaagtgctaaaaaattatagttactatgtcaaatgaatacaaattttggtaattctttgtgtgatgagtagtatgtctttctgtaaatactgagtaaataaattttaatatgtgtcttgtatcgtactataagcagaaatgaaataaaactgctttcgctatgactgaaagtaacagtccgtgtccccttcgacggctcgtcaagtaagcagcaacttcttgttaaaacacgcgtaggaataattgtaactgttttgtatcgttgtttaacattgaaaggcaggttttagcaccattcaattgcgctgcattatccaaagataaaaaccgaattaattaaatgtacttatataccttgatattgtcgaagttttaactgagcgcacagtgaactattacttaacaccatgcaccacgagattgtccgggatgggtgactaggtaagggcgtgggcgatagattcgaaagtgaagtttgaccttaagaaattaagaccaacagggcgacgtaaattgttttatatataaaaatgtttgtcagactattcgtgtttaatactatcgttaataaaacgttatagattgttatattttgtaacatctatttgcgtcgtccgtctagaataattaacacattcttcattgtattccttgcgtgttgttcttttcttgtaaaatgccgactttacacattttagtttaatatcaagatgttatttttgacacatcatattctacgcgacgaagattggatttgtcagatacacgtgctgtgtgtttgtaaacgtagtcagccagtccgtaattaatgggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaacttcattaattaaacgtattaattcacctaaggggaAACACA-T-T-TTCA-TTCATGTC-CTTTTTGT-T----T-G-TTC----A--GACG-AT-A---A-TATTG--C--CTT--G-TAAA-A----TGC------CGA-TGACC-A--C----AAA-TATTAG-TTTAAT-AATCA--ATATTT-----TTATATTAT-AGAAAAG-ATAT----CG--GTG--TAAATTGGA-CTAGT-CAGTTTATACACGGGC--------TTGTAAATG--TAGT----C-AGACTGTAATTctatctccttctttaaggataaaatatcagtcttaaaagatcgactgtatattttttatgaggacggtcaatgaagagagaaattgtcttttttttttactaactacgtttcgataagaaaatgtattgacgtcacaagatttcaaaatttactaaatactacagtaaataagtaagtcattacccaattattcacattgaatttgaatgtacataatttttacggtggcgcatcggatttatcaagtttatattcttatgattttcagctggaaaattaat
gi|11 : aatttacgaggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaaaataacgtttttaatttctacagagggaTTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACGACAAGGACTTCTAGCTA----TTCGTGCAGAAAAAA--TC-TCTGACTGCG-ACGT-TTTTGTACAAGTGCTAAACA-TATC-TAGT-ACTATGT--CAAATTGA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTCTGTGT-ATGAGGTAG-A-G-CTATATTTAT-T-TTGATGTAA-TATA-TTTC--A-TA---A----TATGTGTCTCGTATA---CGTACTATACAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-TAAATAACTTGTAG----G-AACAGGTCCGTtatgtggatcaacgaaaggaaactttttgag
gi|12 : AACACA-T-T-TTCA-TTCATGTC-CTTTTTGT-T----T-G-TTC----A--GACG-AT-A---A-T-ATT--TGCCTT--G-TAAA-A----TGC------CGA----TG-A--CCACAAAA-TATTAG-TTTAAT-AATCA--ATATTT-----TTATATTAAGAAAAA-G-ATAT----CG--GTG--TAAATTGGA-CTAGT-CAGTTTATA-ACGGGC--------TTGTAAATG--TAGT----C-AGACTGTAATTtaccc
gi|13 : aatttacgaggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaaataacgttttaatttctacagagggaAAC------AT-----A-T----------C-CGATATCTCGTCC-------TCCGT-CTAGAATT-ATTTACACA-T-T-TTCA-GTTGTATT-TCTTGCGT-T----T-G-TTC-----------------------TTT--T--CTT--G-TAtatgtggatcaacgaaaggaaactttttt
gi|14 : ATGTGTCTTGTATA---CGTACTA-ATGAGC--------------------TTTGCG-T--ATGAC-TGTAGTCCTG-AACAGGTCCGTGTC
gi|15 : TTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTG
gi|16 : TTTATGGCGTTGAGCTTGCTCGACAG
gi|2 : ttCG---------TCGAGCTAGTAGT-CGTGCAAAAAAAAAATC-TCTGACTGCGCAACG-TTTTGTACAAGTGCTAAAAAA-AT-ATAGT-ACTATGTAACAAAT-GA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTT-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATACTTAA-TATTGA-ATTA-TATA-TT-------A---A----TATGTGTCTTGTATAT--CTTACTA-ATGAGCAAGAAAT-AAATAAAAATGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-A-CAGGTCCGTGTCCCC--TTCAAAGGCCTCGTCAA-TAACTAG--------------AAACTTCTTTTAA---------ACGCATGGGAAT-AT-GT-ACTGATTTGAACGTT-----------GTTTAATCATTG------------AAAGGCAGATTTAAAGCACCA-TCTGGGA-TATCATT--GCTGCATTTAT-TAAAGAT--AAAACCGAATTAAAATCAAAAATTACGT--ATTA-ACC-TGAT-TTGTCGA---AAG-TTTTCATCTA-----------------GCG-GCGGTGAC-TATTACATAA-------CACCAACGAAA
gi|2 : tttttatg-GAAAAA--CGGGAT-GGGTGA-TAGGTA-A-GGTGCTTTGGT-CGAATAG-------A-T-CGA---------AAGT-------------------------------------GA-----A--ATT-AAA-GAACCAACAGGGCGGGTA-GTAAATTGTTTGTTTATA-TA------AA--------------------------------TAC-A-TCGT-----------------------------------ATAAAACGTTATAGAATTGTTTATATGTTAAGTAAC------AAC----A-TATCCGATATCCGCG---TC-----CG------TCCGTTCTAGAAATTATTAACACA-TGT-TTCA-TTTGTATTACCTTGCAT-T----T-G-TTC----T--T-----------------T--T--CTT--G-TAAA------TGC------CGACT--TT-A--C-----CA-TTTTAGTTTTAAT-AATCA--ATG--------T----TTTTGACGCATCAATATTCTACGC-ACGAAGAGATTGGATTTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACGTATAGTCAG-C-AAGACGTAATTaacgggatgggtgataggtaaggtgctttggtcgaatagatcgaaagtgaaattaaagaaccaacagggcgggtagtaaattgtttgtttatataaatacatcgtataaaacgttatagaattgtttatatgttaagtaacaacatatccgatatccgcgtccgtccgttctagaaattattaacacatgtttcatttgtattaccttgcatttgttcttttcttgtaaatgccgactttaccattttagttttaataatcaatgtttttgacgcatcaatattctacgcacgaagagattggattttgtcagatacacgtgcttgtgtttgtaaacgtatagtcagcaagacgtaatttatgggaacaacgaaagaaatttttgtgttgaaaattcattaaacgtatttaattaaaaggggaaacacaattttcaattcgtgtcctttgcgttgttcagaatgataaataattggcttgtaaaatgccgatgacaaccaaatattagtttaataatcaatattttttttaataaaatatccggtctaaaagtcgactgtatttatgtggatcaacgaaacggaaaatttctttttaaaccaagattcacaaatgcagtaaacaagtaatcacacaatacaacattgaagtctgatgtaacagtatttacgtgcggattacatagtgtataatattttattttcactggaaaaaattaat
gi|2 : tttttatgcgtcgagctagtagtcgtgcaaaaaaaaaatctctgactgcgcaacgttttgtacaagtgctaaaaaaatatagtactatgtaacaaatgaatacaaattttgtaatttctttgtgtatgagtagatgtctatacttaatattgaattatatattaatatgtgtcttgtatatcttactaatgagcaagaaataaataaaaatgctttgcgtatgactgtaggacaggtccgtgtccccttcaaaggcctcgtcaataactagaaacttcttttaaacgcatgggaatatgtactgatttgaacgttgtttaatcattgaaaggcagatttaaagcaccatctgggatatcattgctgcatttattaaagataaaaccgaattaaaatcaaaaattacgtattaacctgatttgtcgaaagttttcatctagcggcggtgactattacataacaccaacAACACAAT-T-TTCAATTCGTGTC-CTTTGCGT-T------G-TTCAGAATGATAA--AT-A---A-T-TGG-----CTT--G-TAAA-A----TGC------CGATG--AC-AACC----AAA-TATTAG-TTTAAT-AATCA--ATA--------TT---TTTTtatgggaacaacgaaagaaatttttgtgttgaaaattcattaaacgtatttaattaaaaggggaaacacaattttcaattcgtgtcctttgcgttgttcagaatgataaataattggcttgtaaaatgccgatgacaaccaaatattagtttaataatcaatattttttttaataaaatatccggtctaaaagtcgactgtatttatgtggatcaacgaaacggaaaatttctttttaaaccaagattcacaaatgcagtaaacaagtaatcacacaatacaacattgaagtctgatgtaacagtatttacgtgcggattacatagtgtataatattttattttcactggaaaaaattaat
gi|3 : tttttatgcgtcgagctagtagtcgtgcaaaaaaaaaatctctgactgcgcaacgttttgtacaagtgctaaaaaaatatagtactatgtaacaaatgaatacaaattttgtaatttctttgtgtatgagtagatgtctatacttaatattgaattatatattaatatgtgtcttgtatatcttactaatgagcaagaaataaataaaaatgctttgcgtatgactgtaggacaggtccgtgtccccttcaaaggcctcgtcaataactagaaacttcttttaaacgcatgggaatatgtactgatttgaacgttgtttaatcattgaaaggcagatttaaagcaccatctgggatatcattgctgcatttattaaagataaaaccgaattaaaatcaaaaattacgtattaacctgatttgtcgaaagttttcatctagcggcggtgactattacataacaccaacgaaaaacgggatgggtgataggtaaggtgctttggtcgaatagatcgaaagtgaaattaaagaaccaacagggcgggtagtaaattgtttgtttatataaatacatcgtataaaacgttatagaattgtttatatgttaagtaacaacatatccgatatccgcgtccgtccgttctagaaattattaacacatgtttcatttgtattaccttgcatttgttcttttcttgtaaatgccgactttaccattttagttttaataatcaatgtttttgacgcatcaatattctacgcacgaagagattggattttgtcagatacacgtgcttgtgtttgtaaacgtatagtcagcaagacgtaatttatgggaacaacgaaagaaatttttgtgttgaaaattcattaaacgtatttaattaaaaggggaTTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACA---------TCTAGCTA----T-CGTGCAG-AAAAA--TC-TCTGACTGCGCACCGTTTTTGTACAATAGCTAAACAATATGAT--T-ACTATGT--CAAAT-GAATATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTA-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATATTTGA-TATTGATGTAA-TATATTTTTTAA-TA---ACATGTATGTGTCTCATATATTACGTACTA-ATAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGT-CGTGCCCCCCGTTTGA-GGCCTCGTCAA-TAAGCAG--------------TA----CA--------------AAGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----ATT-CCATT--GCTGCATTTAT-TGAAGATA-AAAACCGAATT--AATTGAAAAGTACGT--A-TA-ACAATGAT-TTGTCGATCGAAATTTTTCAACTACAGTT-GTAATTATTTTGCGCGCAGTG---TATTACATAA-------CATC-ACAAGATTGTCTGGGTTTTTTGTTGAC-ATGTTTTTTTTTTTTT-GAAAGA--TAGCAT-GGG-GACTAGGTACAAGGTGGCG-GGG-CGA-TAGTTCT---A-T-TGAC--AAAATGAAGTT---------------TAAC------------TT---GA-----A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATATTA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGAGTTTAAATACTATTCGTTTGTTGATATATGTCTCTG----------------ATAAAACATTATAAA-TTATTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT--TCCACGGAATTCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTTGTGTC-CCTTGCGT-T----T-GTTTC----TC-TACT-AC-A---ACT-TTT--T--CTT--GTTTAA-A----TGT------CGACT--TTAA--C----AAATTTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACACTTTGACACATCTATATTCAACGC-ACG--GAGATTGGATTTTGTCCAG---ATACACATGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGA-CGTAATTttaataaaatatccggtctaaaagtcgactgtatttatgtggatcaacgaaacggaaaatttctttttaaaccaagattcacaaatgcagtaaacaagtaatcacacaatacaacattgaagtctgatgtaacagtatttacgtgcggattacatagtgtataatattttattttcactggaaaaaattaat
gi|4 : TTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACA---------TCTAGCTA----T-CGTGCAGAAAAA---TC-TCTGACTGCGCACCG-TTTTGTACAAGTGCTAAACAATATGATTGT-ACTATGT--CAAAT-GA--ATATACAAATTTTG-TAATTTCTTA-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATATTTGA-TATTGATGTAA-TATA-TTTTTAAATACATG----TATGTGTCTCATATATTACGTACTA-ATAAGCA-GAAATAAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTGCCCCCCGTT-GA-GGCCTCGTCAA-TAAGCAG--------------TA----C---------------AAGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCATT--GCTGCATTTAT-TGAAGATA-AAAACCGAATT--AATTGAAAAGTACGT--A-TA-ACAATGAT-TTGTCGATCGAAA-TTTTCAACTACAG-TTGTAATTATTTTGCGCGCAGTG---TATTACATAA-------CATC-ACAAGATTGTCTGGG-TTTTTGTTGAC-ATG---TTTTTTTTTTTGAAAGA--TAGCAT-GGGTGACTAGGTACAAGGTGGCGTGGG-CGA-TAG---TTCTA-T-TGACCAAAAGTGAAGTT---------------TAAC------------TT---GA-----A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATA-TA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGAGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TGTTGATATATGTCTCTGATAAAACATTATAAA-TTATTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT--TCCACGGAATTCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTTGTGTC-CCTTGCGT-T----T-G-TTC----TC-TACT-AC-A---ACT-TTT--T--CTT--G-TTAA-A----TGT------CGACT--TT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACACTTTGACACATC-ATATTCAACGC-ACG--GAGATTGGA-TTTGTCCAG---ATACACATGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
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gi|8 : tacacatgtgccgtcggtgttattgataagtatcgtagtcaagcagaatgccatcgctgtaattatgtgagtaggaattgtttttgttgtcatgaaatttaagttaagagggaaaacgagcgAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGAAG----T-AACAGGTCCGTGTCCCCC-TTCGA-GGCCTCGTCGA-TAAGCAG--------------AA----CTTCTTTTAAACGTACACGCGTAGGAAT-ATTGT-ATTGTTTTG-----T-----------A------CGTTGTTTAATCCATTGAAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CAATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATG-GAAACCGAATT--AATTAAAATGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTG----TCGAAG-TTTTCAACTA-----------------GCGCGCAGTGAC-TATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG---ATGGGTGACTAGG---T------------AAGG--TGGC-------------------------GTGGG-CGA-TAG-------A-T-CG----AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------TTGA-GA-----A--ATTAAAA-GA-CCAACGGGGCG---A-GTAAATTGTTTGTATGTA-TA------AAACGT---TGT---CGGAATATTCGTGTTTAAATACTA-TCGT-----------------tcatactaattattattattatagaataaaaatatcgggaggttcttacaaggtaatctgagatacattaatgatgtagtcgaacttgttacaaatttatgaaggatcttatgagcgaaaaggatcgatatttttttttaacattgatatttggtactagttatacaaactatccattttttataaacgtaaaatctgcgaagatactgggaatattaaaattgctaagtttatg
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gi|5 : CGTGTATA-CGTACTA-CTAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGTTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAAATCCGTGTCCACCGT-CGA-GGTCTCGTCAA-TAAGCAG--------------AA----C---------------ACGCGTATGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------GAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCAAT--GCTGCATTTAT-TAATGATA-AAAACCGAATT--TATTAAAAAGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTTTTGCGCG--------------CAG-T-GT-ATTA----------------------CATAA-------CATC-ACGAGATTGTCTGGG-TTTTT-TT--CTTTT---TTCTTTTTTT-TAAAGA--TAGCAT-GAGTAACTAGGT--AAGGTGGCGTGGG-CGA-TAG-------A-TACAAA--AAGGCGAAGTTACATATGTAACATTGTGACCAAAAGTGAAGTTT---GACTTGAA--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAAC----TGTAT-------------AACA----TGTTGCCAGAATATTAGATTTTAAATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAAA-TTGTTTTTGTGTTTGATAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT------------TCCGT-CTAGAATTTATTATCACA--------A-TTTGTGTC-CCTTGCGT-T----T-G-TTC----TC-TACT-AC-A---ACT-TTT--T--CTT--G-TTAA-A----TGT------CGACT--CT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATGTTAGTAACTTACCCTTCGACACATC-ATATTCTACGC-ACG--AAGATTGGA-ATTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
gi|6 : AGGTA-A----GGTGTGGG-CGA-TAG-------A-T-AGA----AAGTGAAGTT---------------TGAC------------TT---GAGA---A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAATTGTTTGTATATA-TAGATCTAAAACA----TGT---CAGAATATTCGTGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAGA-TTGGTTATATGTTTGGTAACAAACATATCCGATA-T----------CGCG---T------CG------TCCGT-CTAGAA-TTATTAACACA-T-T-TTCA-TTTGTATT-CCTTGCGT-T----T-G-TTC-----------------------TTT--T--CTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----ACA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------CT--ATTTTGA-ACATC-ATATTCTACGC-ACG--AAG-TTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TGTTGTTTGTAAACG--TAGTCAG-CAAGACCGTAATTtatgaggaacaacgaaaggaaatttttgtatttaaattaataacgtacgatgtatttatatagggaaacgc
gi|6 : tcAACACA-T-T-TTCA-TTCGTGTC-CTTTGCGT-T----T-G-TTC----A--TATG-ATAA---A-T-CAT--TGGCTT--G-T-TA-A----TGC------CGA-TGACC-A--C----AAA-TATTAG-TTTAAT-AATCA--ATA--------TTtatgaggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaaattcattaataacgtatttaattaaaggggaaacacattttcattcgtgtcctttgcgtttgttcatatgataaatcattggcttgttaatgccgatgaccacaaatattagtttaataatcaatatttttatagaatatttttttagataaatatcggtctaaaagtcgactgtaatttatgtggatcaacgaaaggaaatttcttttttaaacacagtttgatagaatgtattgagaaacaagattcaaatttacaaatgcagtaaacagtaatcatacaatatcaacattgaagttgatgtacatattttacggtg
gi|7 : tcaggtaaggtgtgggcgatagatagaaagtgaagtttgacttgagaaattaaagaccaacagggcgagtaaattgtttgtatatatagatctaaaacatgtcagaatattcgtgtttaaatactatcgttaataaaacgttatagattggttatatgtttggtaacaaacatatccgatatcgcgtcgtccgtctagaattattaacacattttcatttgtattccttgcgtttgttcttttcttgtaaaatgccgactttacacattttagtttaataatcaatgctattttgaacatcatattctacgcacgaagttggatttgtcagatacacgtgcttgttgtttgtaaacgtagtcagcaagaccgtaatttatgaggaacaacgaaaggaaatttttgtgttgaaattcattaataacgtatttaattaaaggggaA-T-T-GTCA-TTCGTGTCACTTTGCGT-TTTGCT-G-GTC----A--GACGGAT-AAATA-T-TTTGGC--CTTTGG-TAAAGA----TGCCAGTGACGAC----T-A--C----AAA-ATTTA---TCAATGAATCtttatagaatatttttttagataaatatcggtctaaaagtcgactgtaatttatgtggatcaacgaaaggaaatttcttttttaaacacagtttgatagaatgtattgagaaacaagattcaaatttacaaatgcagtaaacagtaatcatacaatatcaacattgaagttgatgtacatattttacggtg
gi|8 : tacacatgtgccgtcggtgttattgataagtatcgtagtcaagcagaatgccatcgctgtaattatgtgagtaggaattgtttttgttgtcatgaaatttaagttaagagggaaaacgagcgAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGAAG----T-AACAGGTCCGTGTCCCCC-TTCGA-GGCCTCGTCGA-TAAGCAG--------------AA----CTTCTTTTAAACGTACACGCGTAGGAAT-ATTGT-ATTGTTTTG-----T-----------A------CGTTGTTTAATCCATTGAAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CAATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATG-GAAACCGAATT--AATTAAAATGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTG----TCGAAG-TTTTCAACTA-----------------GCGCGCAGTGAC-TATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG---ATGGGTGACTAGG---T------------AAGG--TGGC-------------------------GTGGG-CGA-TAG-------A-T-CG----AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------TTGA-GA-----A--ATTAAAA-GA-CCAACGGGGCG---A-GTAAATTGTTTGTATGTA-TA------AAACGT---TGT---CGGAATATTCGTGTTTAAATACTA-TCGT-----------------tcatactaattattattattatagaataaaaatatcgggaggttcttacaaggtaatctgagatacattaatgatgtagtcgaacttgttacaaatttatgaaggatcttatgagcgaaaaggatcgatatttttttttaacattgatatttggtactagttatacaaactatccattttttataaacgtaaaatctgcgaagatactgggaatattaaaattgctaagtttatg
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blockSeqs : . . . A . . C T C T . . . . . . A . . . . T . . ATAA TA A . A . . . . . CG . . TACA . . TG . . A . . . A . G . . . T . TTGCG T CCGTCGTAATTATTTT G . . T A TTTTTTCTTTTTTTT A . T CT AA GC . . TTCTATTGAC TGACTTGAGA . . . . . . . . . . A A . TA . T . ATCGCGTCTTCCACGGAAT . T T . . . . C . . . . . AGGATTGATAAATTTGG . . . . . TGACC . . . . . . ATTT ACA C . T A C T . . . T . . C . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . TCTACTACAACTTTTT . . . . . CTTT . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . AGACGATAATATTGC . . . . . CC . . . . . . A
blockSeqs : . . . . T . . . . . TTTT . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . TTTT . . . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . TTTT . .
blockSeqCons : AT AAA*********** A* CG AATC******************************** TG********************** A****** ** TCGAT CAGTGTAATTATTTT** AC* ******* T* ATGTTTCTTTTTTTG**** A** CT AA** GC ATGACA*********** TGACTTGGA********************************** **** ATCGCGTCTTCCCGGT*********************** ANACGATAACATTTGT*************** ** ACA C* T*
originalCons : TTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACG---------TCTAGCTA----T-CGTGCAGAAAAAA--TC-TCTGACTGCGCACCG-TTTTGTACAAGTGCTAAACAATATNATAGT-ACTATGT--CAAAT-GA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTTN-GTGT-ATGAG-TAG-ATGTCTATATTTAA-TATTGATGTAA-TATA-TTTTTAA-TA---A----TATGTGTCTCGTATAT--CGTACTA-ATAAGCA-GAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTGTCCCCCGTTCGA-GGCCTCGTCAA-TAAGCAG--------------AA----C---------------ACGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATA-AAAACCGAATT--AATTAAAAAGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTGTCGATCGAAG-TTTTCAACTACAG-T-GTAATTATTTTGCGCGCAGTGA--TATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG-TTTTTGTTGACTATG---TTTTTTTTTT-GAAAGA--TGGCAT-GGGTGACTAGGTA-AAGGTGGCGTGGG-CGA-TAG---T---A-T-CGAC--AAAGTGAAGTT---------------TGAC------------TT---GA-----A--ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATA-TA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGNGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAGA-TTGTTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCG---TCT--TCCG------TCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTCGTGTC-CCTTGCGT-T----T-G-TTC----T--TAC--AT-A---A-T-TTT--T--CTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACATTTTGACACATC-ATATTCTACGC-ACG--GAGATTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
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Reference ( family-1563 ) : TTTATGGCGTCGAGCTTGCTCGACAGACG---------TCTAGCTA----TCGTGCAGAAAA--AATC-TCTGACTGCGCACCG-TTTTGTACAAGTGCTAAACAATATNATAGT-ACTATGT--CAAA-TGA--ATA--CAAATTTTG-TAATTTCTT-NGTGT-ATGA-GTAG-ATGTCTATATTTAA-TATTGATGTAA-TATA--TTTT-A-A------ATA------TGTGTCTCGTATAT--CGTACTA-ATAAGC-AGAAATGAAATAAAACTGCTTTGCG-T--ATGAC-TGTAG----G-AACAGGTCCGTGTCCCCCGTTC-GAGG-CCTCGTCAA-TAAGCAG-------------AA---T--------------C------ACGCGTAGGAAT-ATTGT-ACTGTTTTG-----T-----------G------CGTTG------------AAAGGCAGATTTTAAGCACCA-T-----A-T-CCATT--GCTGCATTTAT-TAAAGATAA-AAACCGAATT--AATTAAAAAGTACGT--A-TA-ACCTTGAT-TTGTCGATCGAAG-TTTTCAACTACAG-T-GTAATTATTTTGCGCGCAGTG-ACTATTACATAA-------CACC-ACGAGATTGTCCGGG-TTTTTGTTGAC-ATG--TTTCTTTTTTTGAAAGA--TGGCAT-GGGTGACTAGGT--A--AGGTGGCGTGGG-CGA-TAG----A------T-GA-C-AAAA--GTGAAGTT---------------TGAC------------TT--G----GAA-ATT-AAA-GA-CCAACAGGGCG---A-GTAAACTGTTTGTATATA-TA------AAACA----TGT---CAGAATATTCGNGTTTAAATACTA-TCGT-----------------TA----------------ATAAAACGTTATAGA-TTGTTTTTGTGTTTGGTAAC------ATC----A-T----------CGCGTCTTCC-CGG--TTCCGT-CTAGAATTTATTAACACA-T-T-TTCA-TTCGTGTC-CCTTGCGT-T----T-GT---TC-ANA--C-GAT-AA--CAT--TT--GTCTT--G-TAAA-A----TGC------CGACT--TT-A--C----AAA-TTTTAG-TTTAAT-AATCA--ATG--------TTACATTTTGACACATC-ATATTCTACGC-ACG--GAGATTGGA-TTTGT-CAG---ATACACGTGCT-TG-TGTTTGTAAACG--TAGTCAG-C-AGACCGTAATT
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