lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666666666666 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333
lowQualScore : 33 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6666666666666 5 5 8 66666666666666666666666666666666666666666 222222222222222222
lowQualScore : .. . ............................................................................ . ............. . . . ......................................... ..................
lowQualScore : 44 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6666666666666 7 7 1 44444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACATA-GTTCATGCCAATATAT-TA--ATTATTT-TGA-ATGTCA--------------AA----AAAA--GTGC--A-G------AAATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( gi|4 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACATA-GTTCATGC-AA---A------ATTATTT-TGA-ATGTAA--------------AA----AAAAAGGTGC--G-G------AAATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACT-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAT--GTTAAAGC-AC---C------ATCATGT-TGATATGCAAGTTTATACATTTTGAATGTCAAAAAAGTGC--A-G------AAATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|8 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCt
gi|6 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca
gi|16 : gctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|19 : tCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|20 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTg
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|18 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|17 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACT
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACATA-GTTCAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttaaaacaacattatgatgatat
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACATA-ATTCAT
gi|22 : GAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|7 : GAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATT
gi|3 : ttAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACATA-GTTCATGCCAATATA------ATTATTC-TGA-ATGTCA--------------AA----AAAA--GTGC--A-GACGAGCAAATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|2 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACATA-GTTCATGCCAATATA------ATTATTC-TGA-ATGTCA--------------AA----AAAA--GTGC--A-GACGAGCAAATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|5 : AACATATGTTACTGC-AA---ATATA--ATTATTT-TGA-ATGTCA--------------AA----AA----GTGC----G------AAATCTAACAT
gi|12 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttATGC-AA---ATTTATAATTATTTCTGA-CTGTCA--------------AA----A----TGTGCCAG-A------AGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGAttaagacaaatgaa
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatTATGT-T-A-ATGTAA--------------AA----A-----GTGC--A-C------AAATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgatatgcaaatatgaatgctatatatgATTT-TGA-ATGTCA--------------GA----AAA---GTGC--AAG------AAATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tacAAAAAGTGC--A-G------AAATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111 1 4444 11111 1 222222 1111111 22222
lowQualScore : 33 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444 5 2222 0 3333 77 22222 0 3 777 66 8 555555 4 6666666 66 55555
lowQualScore : .. . ........................................................................... ..... . .... . .... .. ..... . . ... .. . ...... . ....... .. .....
lowQualScore : 22 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 7 1111 1 4444 99 55555 0 2 888 11 9 666666 4 2222222 99 00000
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCNAATATG--AAT--T-----ATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( family-1550 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCCAATATATTAAT--T-----ATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACTCNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CATGTTAAA-GCACCATCATGTTGATATGCAAGT--TTATACATTT-TGAATGTCAA---AA-AA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCAt
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAT-----A-AT----TCAT
gi|12 : ATGCAAATTTAT-AAT--T-----ATTTCTGACTGTCAA---AAT----GTGCCAG------AAGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGA
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatATGCAAATATG--AATGCT-----ATATATGTATGTTAATGTAAAAA--GTGC-AC------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgat-----ATTT-TGAATGTC-A---GAAAA--GTGCAAG------AA-ATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tac---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
gi|16 : ctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGtg
gi|17 : tCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|18 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|19 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|2 : ctAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCCAATA---TAAT--T-----ATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAg
gi|20 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACT
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|22 : gctGAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|3 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCCAATA---TAAT--T-----ATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|4 : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAT-----A-GT----TCATGC-AA------AAT--T-----ATTT-TGAATGTAAA---AAAAAAGGTGC-GG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|5 : AACAT-----ATGT----TACTGCAAATATA---AT--T-----ATTT-TGAATGTC-----AAAAA--GTGC--G------AA-ATCTAACAT
gi|6 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCttaagacaaatgaa
gi|7 : gctGAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|8 : ttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 1111 333 11111 1 222222 1111111 22222
lowQualScore : 33 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444 5 2222 1 77 000 77 22222 0 3 777 66 8 555555 4 6666666 66 55555
lowQualScore : .. . ......................................................................... ..... . .... . .. ... .. ..... . . ... .. . ...... . ....... .. .....
lowQualScore : 22 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333 7 1111 0 99 000 99 55555 0 2 888 11 9 666666 4 2222222 99 00000
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCAAAT--AT---AAT--T-----ATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( family-1550 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCNAAT--ATG--AAT--T-----ATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACTCNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CATGTTAAA-GCACCATCATGTTGAT--ATGCAAGT--TTATACATTT-TGAATGTCAA---AA-AA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCAt
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAT-----A-AT----TCAT
gi|12 : ATGCAAATTTAT---AAT--T-----ATTTCTGACTGTCAA---AAT----GTGCCAG------AAGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGA
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatATGCAAAT--ATG--AATGCT-----ATATATGTATGTTAATGTAAAAA--GTGC-AC------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgat-----ATTT-TGAATGTC-A---GAAAA--GTGCAAG------AA-ATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tac---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
gi|16 : ctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGtg
gi|17 : tCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|18 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|19 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|2 : ctAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCCAAT--AT---AAT--T-----ATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAg
gi|20 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACT
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|22 : gctGAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|3 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAACAT-----A-GT----TCATGCCAAT--AT---AAT--T-----ATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|4 : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAT-----A-GT----TCATGCAAA---------AT--T-----ATTT-TGAATGTAAA---AAAAAAGGTGC-GG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|5 : AACAT-----ATGT----TACTGCAAAT--AT---AAT--T-----ATTT-TGAATGTC-----AAAAA--GTGC--G------AA-ATCTAACAT
gi|6 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCttaagacaaatgaa
gi|7 : gctGAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|8 : ttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1 11111 222222 1111111 22222
lowQualScore : 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 5 66 77 5 77 0 11111 66 8 555555 4 6666666 66 55555
lowQualScore : .. . ................................................................................. ....... . .. .. . .. . ..... .. . ...... . ....... .. .....
lowQualScore : 22 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666 7 99 99 7 99 0 22222 11 9 666666 4 2222222 99 00000
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( family-1550 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATGTTAAAGCACCATCAT--GTTGATATGCAAGT--TT-ATA--CATTT-TGAATGTC-A---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAt
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-ATTCAT--
gi|12 : AT--GCAAATTTAT-AAT--TATTTCTGACTGTCAA---AAT----GTGCCAG------AAGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGA
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatAT--GCAAAT--ATGAATGCTATATATGTATGTTAATGTAAAAA--GTGC-AC------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgatATTT-TGAATGTC-A---GAAAA--GTGCAAG------AA-ATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tac---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
gi|16 : ctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGtg
gi|17 : tCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|18 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|19 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|2 : ctAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAg
gi|20 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACT
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|22 : gctGAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|3 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|4 : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-GTTCAT--GCAAA-------AT--TATTT-TGAATGTAAA---AAAAAAGGTGC-GG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|5 : AA-------CATATGTTACT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTC-----AAAAA--GTGC--G------AA-ATCTAACAT
gi|6 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCttaagacaaatgaa
gi|7 : gctGAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|8 : ttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1 11111 222222 1111111 22222
lowQualScore : 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 5 66 77 5 77 0 11111 66 8 555555 4 6666666 66 55555
lowQualScore : .. . ................................................................................. ....... . .. .. . .. . ..... .. . ...... . ....... .. .....
lowQualScore : 22 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666 7 99 99 7 99 0 22222 11 9 666666 4 2222222 99 00000
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( family-1550 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATGTTAAAGCACCATCAT--GTTGATATGCAAGT--TT-ATA--CATTT-TGAATGTC-A---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAt
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-ATTCAT--
gi|12 : AT--GCAAATTTAT-AAT--TATTTCTGACTGTCAA---AAT----GTGCCAG------AAGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGA
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatAT--GCAAAT--ATGAATGCTATATATGTATGTTAATGTAAAAA--GTGC-AC------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgatATTT-TGAATGTC-A---GAAAA--GTGCAAG------AA-ATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tac---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
gi|16 : ctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGtg
gi|17 : tCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|18 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|19 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|2 : ctAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAg
gi|20 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACT
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|22 : gctGAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|3 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|4 : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-GTTCAT--GCAAA-------AT--TATTT-TGAATGTAAA---AAAAAAGGTGC-GG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|5 : AA-------CATATGTTACT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTC-----AAAAA--GTGC--G------AA-ATCTAACAT
gi|6 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCttaagacaaatgaa
gi|7 : gctGAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|8 : ttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca
blockSeqs : TG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . T . TT G GC C AATGT AG C ACGAGC G . GC GTAGT
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . A AA . A ACGAGC . . . GTAGT
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ******* ** AA*** *******
originalCons : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
finalCons : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1 11111 222222 1111111 22222
lowQualScore : 33 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888 5 66 77 5 77 0 11111 66 8 555555 4 6666666 66 55555
lowQualScore : .. . ................................................................................. ....... . .. .. . .. . ..... .. . ...... . ....... .. .....
lowQualScore : 22 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666 7 99 99 7 99 0 22222 11 9 666666 4 2222222 99 00000
consensus : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
Reference ( family-1550 ) : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|1 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGTATACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATGTTAAAGCACCATCAT--GTTGATATGCAAGT--TT-ATA--CATTT-TGAATGTC-A---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCACCTACACTGTA--AG-----TAAACAGAA
gi|10 : ctGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAt
gi|11 : taGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-ATTCAT--
gi|12 : AT--GCAAATTTAT-AAT--TATTTCTGACTGTCAA---AAT----GTGCCAG------AAGATCAAACATACATC-------TAGCAG-----TAAACAGA
gi|13 : aaagcgaccatcatgagtgatAT--GCAAAT--ATGAATGCTATATATGTATGTTAATGTAAAAA--GTGC-AC------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TGAAGAGA
gi|14 : agcaccctcatgatgatATTT-TGAATGTC-A---GAAAA--GTGCAAG------AA-ATCAAACATGCATC-------AA--TG-----TAAACAGAA
gi|15 : tac---AAAAA--GTGC-AG------AA-ATCAAACATGCATT-------TG--AG-----TAAACAGAA
gi|16 : ctCGAGACGGGTTTGGTCTCCGATAGT-TACTCCACGtg
gi|17 : tCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|18 : ctCGAGACAGGCT--GTCTCCATTAGT-TACCCCA
gi|19 : ctCGAGACGGGCT--GTCTCCGGTAGT-TACT
gi|2 : ctAGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGAg
gi|20 : CGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TACT
gi|21 : gctCGAGACAGGCT--GTCTCCGATAGT-TA
gi|22 : gctGAGACGGGTT--GTCTCCGATAGT-TACTCC
gi|3 : AGACGGGCT--GTCCCC-ATAGG--ACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--------TTAAA-------CATA-GTTCAT--GCCAAT--AT-AAT--TATTC-TGAATGTCAA---AAAAA--GTGC-AGACGAGCAA-ATAAAACATGCATC-------TA--AAGTAGTTAAACAGA
gi|4 : CGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCCACGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNAA-------CATA-GTTCAT--GCAAA-------AT--TATTT-TGAATGTAAA---AAAAAAGGTGC-GG------AA-ATCAAACATGCATC-------TA--AG-----TAAACAGAA
gi|5 : AA-------CATATGTTACT--GCAAAT--AT-AAT--TATTT-TGAATGTC-----AAAAA--GTGC--G------AA-ATCTAACAT
gi|6 : ctcggcggtgtctccgatagttttttgtctttccaacacgcccttcaacgtgaaatctaatccgcccattgtttaatgcaattgaggcgaagctgaattgactgttgttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCttaagacaaatgaa
gi|7 : gctGAGACAGGCT--GTCTCTGATAGT-TATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttcaagcaccgtcatggtgatatgc
gi|8 : ttCGAGACGGGCT--GTCTCCGATAGT-TACTCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgttttaaaaagcaccatcatgatgtta
gi|9 : ctCGAGACAGGCC--GTCTCCGATATT-TACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaggttaaagcaccgccatgacgatatgca