lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 000000000000000000000000000000000000000 1 1 1111 11 1 33333333333333 111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111 333 11 1111 1 1 1 11 11111 1111 33333333 111 111 111 2222222 1 11 11 11 11 333 22222222222222 11 44444444444444 1 22222222 1 2 11 2 111 11 11 2 66666666666 11 777777777 11 11 22
lowQualScore : 6 77 222222222222222222222222222222222222222 5 1 1 5 5 5 4 1 3333 11 5 0 3 55 5 66 5 4 888 4 66 4 4 5555 1 66666666666666 4 4 88 55 4 55 777 55 55 3 3 55 3 222 4 777 44 777 99999999999999999999999999999999999999999999 2 222222 66 66 5 1 222 11 4444 0 0 0 55 5 6 2 88 1 66666 3 6666 88888888 99 6 6 6 6 222 111 8 444 0 2222222 6 8 0 88 0 8 11 8 0 8 0 8 8 11 8 11 8 55 99 7 0 999 5 5 4 4 0 5 5 5 5 88888888888888 5 5 33 5 5 6 66666666666666 0 22222222 0 2 3 3 0 3 33 7 1 444 11 3 88 0 99999999999 77 000000000 88 33 33 6
lowQualScore : . .. ....................................... . . . . . . . . .... .. . . . .. . .. . . ... . .. . . .... . .............. . . .. .. . .. ... .. .. . . .. . ... . ... .. ... ............................................ . ...... .. .. . . ... .. .... . . . .. . . . .. . ..... . .... ........ .. . . . . ... ... . ... . ....... . . . .. . . .. . . . . . . .. . .. . .. .. . . ... . . . . . . . . . .............. . . .. . . . .............. . ........ . . . . . . .. . . ... .. . .. . ........... .. ......... .. .. .. .
lowQualScore : 0 55 444444444444444444444444444444444444444 7 4 4 7 7 7 0 4 2222 99 0 0 2 11 0 99 0 4 444 4 11 4 4 7777 8 33333333333333 4 4 77 55 0 22 000 55 55 6 6 00 6 777 0 000 55 000 44444444444444444444444444444444444444444444 9 000000 99 99 0 3 222 00 8888 0 0 5 88 0 7 5 00 0 77777 5 0000 77777777 22 7 7 7 7 777 777 0 000 8 0000000 0 0 8 88 8 0 00 0 8 0 8 0 0 00 0 00 0 88 22 3 7 444 0 7 4 4 1 0 0 0 7 66666666666666 7 7 66 7 7 7 00000000000000 0 00000000 0 5 5 2 0 2 88 3 5 000 00 5 22 0 00000000000 00 222222222 55 88 88 0
consensus : NNTGTATAGCGAAATATAT-TG---GTATTTAT--G--CATTGTATTT----------A-TAT-G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAG-ATCTTATTTT---TCCCCTC--ATGC--A-TG-TTT-CTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACATAA-----TTTC--AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGT---ATATA-A-----TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATTNG-GAGAATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTAACACAC-A-A-AG-CC-N----T-AT----GT-TTG-ATCG--AA-T-GATTGTC-CTCTCTCC--ATTTATA-AAA-TAG-TAGT--GAAAAG-TTGATACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCC-CCTT---GCTTGTC--AAGAATNTTAAGGCAACTTGTN-----AA-TGAACTTCCCAGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACAAGAG
Reference ( gi|3 ) : TTTGCATA--AAAATATAT-TG---GTAGTTAT--G--CATTG-ATTT----------A-TAT-G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAG-ATCTTATTTT-A-TCCCCTC--ATGC--A-TG-TTT-CAAATTTTGTGGGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA-AA-----TTTC--AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGT---GTATA-A-----TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATT---GAGAATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTAACACAC-A-A-AG-CC-A----T-AT----GT-TTG-ATCG--AA-T-GATTGTC-CTCTCTCC--TTTTATAAAAAATAG-TAGT--AAAAAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGTC--AAGAATTTTCAGGCAA-TTGTC-----A----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|5 : TGTATAGCAAAATTTATGTACATGTATTTATAAG--CAC---ATTT----------AATAT-G-TA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGT-ACAA---A---AAAG--CAGCC--GAG-ATCTTATTTT-A-TCCCCTC--ATGC--A-TG-TTT-CAAATTTTGT-GGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--T-ACATAA-----TTTC--AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGT---GTATA-A-----TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTATTA--GAGAATTTATTTTT-CC-C-GTTACTCC-AC-CAC-G-A-AT-CC-GCCCCT-ATCCCCGT-TTG---CGC-AA-T-CCATGTCGCTCTCTC
gi|2 : ATA--GCAAAATAT-TG---AAATTTAT--GTACATTGTATTTTATCAAGAC-A-TATTG-TA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAAT--GTCT--C-A-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAA-GC--CTTGAAA-A---T-A-----------TTGGA---TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC------AAAG--CGGCCCGAAG-ATCTTATTTT---TTCCCTC--ATGCCAA-TGCTTT-CTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--T-ACATAA-----TTTC--AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGT---AT-TA-A-----TTCAT-GC-AC-TTT-AC-T-CAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTATTG--GAGAA-TTA-TTTT-CC-C--TTATTCTACCACACAA-A-AG-CCAA----T-A-----GT-TTG-ATCAGTAA-T-GAT--TC-CTCT-TCA----TTAT--AAAATAGATAGT--GAAAAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCATTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTT--AAGCAACTTGTTTTTAAA----AACTTCCC-TGCT-G---TAGCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|11 : tAAATATAT------GTA----------CATTGTATTTTTAATAAAGAA-TATTG-TA-AA--AGGGAAAAA-----TACA--CAA-TGCCAAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------------TTT-TTAG-TAAT--GTTT--C-A-AT---ATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|6 : gtatagcaaaatttgG-ATTT----------A-T-T-GATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-ATT---GGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAA-ATCTGATTTT---TCCt
gi|12 : gtatagcgaaatttcaaattgatgtacatgtattttattaga-ACTC----------A-TAA-G-CA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TGC-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATA---A------A-CTT-T------------CT--T-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCT-AAA-GC--CAGAAAA-A---
gi|1 : cagattgaaatattttataagat----------A-TAT-G-TAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATGCGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATA---A------TATTT-TTAGGTAATGTGCAT--C-A-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCAC-AAA-GCGGCTGAAAA-T---C-ATT---GGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAA-ATCTTATTTTTACTCCCCTTCAATGC--AGTA-TTA-CTAATTTTGTGGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCT-ACATAAC----TTTC--AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGT---ATATACA-----TTCATTGC-ACTTT--ACTT-CAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATTAGAGAGAATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTA-CACAC-ACA-AG-CC-AA---TGAT----GTATTG-ATCG--AA-TTGATTTTC-CTCTCTCC--ATC-ATACAAA-TAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCATTTTCC-CCTTTGCGCTTGTC--AAAGAAATTAAGGCAATTTGTA-----A----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|9 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgactatacgcaaaattcgaaaatttatgtagaatgtagttttttgttataaac----------A-TCT-A-TA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----A-TTT-GTAA-TAATA-GTTT--C-A-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCAC-AAATG----TG-----------ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|4 : tatagcgaaatttcaaattgatgtacatgtattttattagacA--AATACA----A-TGC-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATA---AACTTTTT-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CCA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AA--GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----CA---------------TATATGTA-CA-C--A---AAAG--CAGCC--GAG-ATCTGATTTT-T-CCCCCTC--ATGC--A-TG-TTTTCTAATTTTGTGG-ACA----AAT-CTTGCA-----GA---GAAAA--TTACATAA-----TTTC--AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGT---ATATA-A-----TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--CT-GG-CTGTCCCCCTACTTTATTTA-GAGAATTTA-TTTT-CC-CCGTTATTCTAACATAC-A-A-AG-CC-C----T-AT----GT-TTG-ATCG--AA-T-GATTGTC-CTCTCTCC--ATTTATA------AG-TGG--------G-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACCta
gi|8 : gtattagcaaaattttcaaatttatgtacatgtattttaaaagatatttgt-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACA------T-TTTCTTAT-TAGTA-GTCTAAC-ACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCAC-AAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---TGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGAATTTTTTTTT-ccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|20 : aA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATAA------------------C--CTGAAAA-A---T-ATT--------CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAtttttgaaattaaaatacataagtttccaactcctttgg
gi|13 : A--ATGA--TCAAACTCAC-AAA-GC--CTAAATA-ATGTT-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAA-ATCTGATCTT---TCCCCTC--
gi|16 : AC-AGA-GC--CTAAAAATA---TTATT---GGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAG-ATC
gi|18 : AATCTTG-----CA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--C-ACATAA-----TTTT--ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|7 : A-GAAAAA---TA-A-----AATTGGAAAAA-T-AAA-AAATAATTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATA-GCAAATTTCATCGCCACTTTTTACTT-CAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGT-----CCCTTA----ATG---GAGAATTCA-TTTg
gi|22 : a--GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTTG-GAAAATGTA-TTTT-TC-C-
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTATTTG-GAAAATTTA-TTTTTCC-C-ATTATTCTAACATAC-A-A-c
gi|10 : ---GAGAATTTA-TTTT-TCAC-GTTATTCTAACATAC-A-A-AT-CC-C----A-AT----GT-TAG-ATCA--AA-T-GACTGTC-CTCTCTCC--ATCTATAAA---TGG-TAGT--GAAATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCCCCTT---GCTTGTC--AA
gi|19 : C-C-GTTATTCTAACACAC-A-ATAGCCC-A----T-AT----GT-TTGAATCG--AATT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTTTA
gi|23 : -C-GTTATTCTAACATAC-A-A-AG-CA-C----T-AT----GT-TCA-ATCG--AC-T-G
gi|14 : TTTTCC---TT---GCTTGTC--AAGAATGTTAAGGCAA-TTGTT-----AAGTGAACTTCCCAGGCT-AT--TAA-CTT--CCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : tT---GCTTGTC--AAAAATTTTAAGACAA-TTGTA-----AACTGAACTTCCCAAGCT-TTTCT---CTC--CCC--TACTA-AAAACAgcccacgggccttgacg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 11 666666666666666666 11 1111 11111 11 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111 1111 11111 11 1 111 111111 1 11 111 11111 1111 1111 11 1 1 11 1 1 111 2 111 4444 333333333 11
lowQualScore : 5 2 999999999999999 2 77 55 5 00 999999999999999999 4 55 4 4 4 2222 66666 1 00 4 8 1 4 4 66 4 4 666 4 55 4 4 4 4 0 888888888888 4 4 77 55 3 3 666 55 55 6 44 3 111 3 666 22 666 55555555555555555555555555555555555555555555 1 55 777 66 66 3 111111 5 6 0000 6 6 0000 66 0 55 1 22222 3 11 5 888 0 888 5 5 5 5 888 000 6 999999 6 99 3 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 99 6 33 77 5 888 8 4 4 4 4 00000 5 6666 5555 5 5 11 0 0 5 99 6 66 8 8 88 1 8 1 0 6 0 11 3 0 6 111 6 22 3 444 1 0000 9 555555555 11 11 99
lowQualScore : . . ............... . .. .. . .. .................. . .. . . . .... ..... . .. . . . . . .. . . ... . .. . . . . . ............ . . .. .. . . ... .. .. . .. . ... . ... .. ... ............................................ . .. ... .. .. . ...... . . .... . . .... .. . .. . ..... . .. . ... . ... . . . . ... ... . ...... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. .. . ... . . . . . ..... . .... .... . . .. . . . .. . .. . . .. . . . . . . .. . . . ... . .. . ... . .... . ......... .. .. ..
lowQualScore : 7 7 666666666666666 1 99 77 7 88 888888888888888888 4 00 4 4 4 1111 88888 1 66 4 9 9 4 4 11 4 0 777 0 55 0 0 0 0 7 000000000000 0 0 11 00 6 6 444 00 00 7 66 3 777 6 444 55 444 55555555555555555555555555555555555555555555 6 55 000 11 11 0 666666 7 7 8888 7 7 7777 44 2 11 4 55555 4 99 0 888 0 888 0 0 7 7 111 000 7 222222 7 22 3 7 7 7 22 7 7 7 7 22 7 22 7 66 99 0 333 9 0 0 4 4 33333 0 4444 6666 0 0 99 0 7 7 22 7 44 0 0 88 0 0 0 8 0 8 00 2 0 0 777 7 44 2 000 0 2222 0 666666666 44 00 44
consensus : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TG---ANATNTAT--G--CAT-TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCC-TCA-TGC--A-TG-TTT-CTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATT-G-GAGAATTTA-TTTTCC-C-GTTATTCTA-ACACAC-AA-A---G-CCC-T-AT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCA-TTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
Reference ( family-1521 ) : NNTGTAT-AGCGAAATAT---AT-TG---GTATTTAT--G--CAT-TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCC-TCA-TGC--A-TG-TTT-CTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATTNG-GAGAATTTA-TTTTCC-C-GTTATTCTA-ACACAC-AA-A---G-CCN-T-AT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAAACCTAAATCA-TTTTCC-CCTT---GCTTGT-CAAGAATNTTAAGGCAACTTG---TNAA-TGAACTTCCCAGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACAAGAG
gi|1 : ----------A-TAT--G-TAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATGCGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATA---A------TATTT-TTAGGTAATGTGCAT--C-A-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCACAAA-GCGGCTGAAAA-T---C-ATT---GGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAAATCTTATTTT-TACTCCCCT-TCAATGC--AGTA-TTA-CTAATTTTGTGGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCT-ACA---TAACTTTC---AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGTATA------TACA--TTCATTGC-ACTTT--ACTT-CAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATTAGAGAGAATTTA-TTTTCC-C-GTTATTCTACACACAC-AA-----G-CCAATGAT----GTATTGA-TCG--AATTGATTTTC-CTCTCTCCATC-AT--ACAAATAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCA-TTTTCC-CCTTTGCGCTTGT-CAAAGAAATTAAGGCAATTTG---TAA----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|10 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgactatacgcaaaattcgaaaatttatgtagaatgtagttttttgttataaac-GAGAATTTA-TTTTTCAC-GTTATTCTA-ACATAC-AA-A---T-CCC-A-AT----GT-TAGA-TCA--AAT-GACTGTC-CTCTCTCCATCTAT--A-AA-TGG-TAGT-GAA-ATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCC-CCTT---GCTTGT-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|11 : GTAT-AGCAAAAT------T-TG---AAATATAT--GTACAT-TGTATT-------TTTAATAAAGAA-TATT-G-TA-AA--AGGGAAAAA-----TACA--CAA-TGCCAAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------------TTT-TTAG-TAAT--GTTT--C-A-AT---AT
gi|12 : TACT-------C----------A-TAA--G-CA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TGC-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATA---A------A-CTT-T------------CT--T-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCTAAA-GC--CAGAAAA-A---t
gi|13 : cagattgaaatattttataagaA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAATA-ATGTT-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAAATCTGATCTT-T----CCCC-TC
gi|14 : TTTTT-CCTT---GCTTGT-CAAGAATGTTAAGGCAA-TTG---TTAAGTGAACTTCCCAGGCT-AT--TAA-CTT--CCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : T---GCTTGT-CAAAAATTTTAAGACAA-TTG---TAAACTGAACTTCCCAAGCT-TT--T---CTCTCCCC--TACTA-AAAACAAgcccacgggccttgacg
gi|16 : ACAGA-GC--CTAAAAATA---TTATT---GGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAGATCcacacatacgcgcacagagagagaga
gi|18 : AATCTTG-----CA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--C-ACA---TAA-TTTT---ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|19 : C-C-GTTATTCTA-ACACAC-AATA---G-CCCAT-AT----GT-TTGAATCG--AATTGATTGTC-CTCTCTCCATTTTT--A-g
gi|2 : TAT-AGCAAAATAT------TG---AAATTTAT--GTACAT-TGTATT-------TTATCAAGAC-A-TATT-G-TA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAAT--GTCT--C-A-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAAGC--CTTGAAA-A---T-ATT---GGA-----------TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC--A---AA-G--CGGCCCGAAGATCTTATTTT-T----TCCC-TCA-TGCCAA-TGCTTT-CTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGTAT-------TA-A--TTCAT-GC-AC-TTT-AC-T-CAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTATT-G-GAGAA-TTA-TTTTCC-C--TTATTCTA-CCACACAAA-A---G-CCA---ATA---GT-TTGA-TCAGTAAT-GATT-----CCTCTTCA-TTAT--A-AAATAGATAGT-GAA-AAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCA-TTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTTAA-GCAACTTGTTTTTAA--AAACTTCCC-TGCT-G---TAGCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|20 : A-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATAA-----------------C--CTGAAAA-A---T-ATT--------CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTATTTG-GAAAATTTATTTTTCC-C-ATTATTCTA-ACATAC-AA-
gi|22 : --GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTTG-GAAAATGTA-TTTTTC-C-
gi|23 : -C-GTTATTCTA-ACATAC-AA-A---G-CAC-T-AT----GT-TCAA-TCG--ACT-Gc
gi|3 : TGCAT-AA--AAATAT---AT-TG---GTAGTTAT--G--CAT-TG-ATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCC-TCA-TGC--A-TG-TTT-CAAATTTTGTGGGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA----AA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTATT---GAGAATTTA-TTTTCC-C-GTTATTCTA-ACACAC-AA-A---G-CCA-T-AT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCTTTTATAAA-AAATAG-TAGT-AAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCA-TTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTCAGGCAA-TTG---TCA----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|4 : ttGTATTAGCAAAAT-T----T-TC---AAATTTAT--G--TACATGTATT-------TTAAAAG----A-TATTTG-TA-AA-TA-------------------CAA-TGC-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATA---AACTTTTT-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CCA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAA--GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----CA---------------TATATGTA-CA-C--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTGATTTT-T----CCCCCTCA-TGC--A-TG-TTTTCTAATTTTGTGG-ACA----AAT-CTTGCA-----GA---GAAAA--TTACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--CT-GG-CTGTCCCCCTACTTTATTTA-GAGAATTTA-TTTTCC-CCGTTATTCTA-ACATAC-AA-A---G-CCC-T-AT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-A--------GT-GG----G-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACC
gi|5 : TGTAT-AGCAAAATTT---ATGTACATGTATTTATAAG--CAC----ATT-------T----------AATAT--G-TA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGT-ACAA---A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCC-TCA-TGC--A-TG-TTT-CAAATTTTGT-GGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTATTA--GAGAATTTATTTTTCC-C-GTTACTCC--AC-CAC-GA-ATCCGCCCC-T-ATCCCCGT-TTG---CGC-AAT-CCATGTCGCTCTCTCccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|6 : GTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TG---ATGTACAT--G--TAT-TTTATTAGAGATTT----------A-T-T--GATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-ATT---GGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAAATCTGATTTT-T----CC
gi|7 : AGAAA-AATA-A-----AATTGGAAAAA-T-AAAAAATAA-TTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATAGCA-AATTTCATCGCCACTTTTTACTT-CAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGT-----CCCTTA----AT--G-GAGAATTCA-TTT
gi|8 : a-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACA------T-TTTCTTAT-TAGTA-GTCTAAC-ACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---TGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGA----ATTTT-T-----------------------TTT-TT--TTTTG------------AA-ATT--------------AAAA--T-ACA---TAAGTTTC---CAAC-TCCTTTGG-
gi|9 : aTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TG---ATGTACAT--G--TAT-TTTATTAGA----C----------A-TCT--A-TA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----A-TTT-GTAA-TAATA-GTTT--C-A-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCACAAATG----TG-----------ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 111 777777777777777777 11 1111 11111 11 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111 11 11111 11 1 111 111111 1 11 1 1 1111111 1111 11 1 11111 1 11 1 111 1 111 4444 1 333333333 11
lowQualScore : 5 2 0 888888 1 1 222 888 1 999999999999999999 4 55 4 4 4 2222 66666 1 00 4 8 1 4 4 66 4 4 666 4 55 4 4 4 4 0 888888888888 4 4 77 88 3 666 55 55 6 44 3 111 3 666 22 666 55555555555555555555555555555555555555555555 1 0 55 777 66 66 3 666666 6 6666666 66 66 0 55 1 22222 3 66 888 0 888 5 5 5 5 888 000 6 999999 6 99 3 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 99 6 33 77 5 0 77 66 4 0 4 4 0000000 77777 5555 5 5 11 0 0 5 55555 8 8 0 8 8 1 0 6 0 11 3 5 111 6 22 6 444 1 0000 1 555555555 11 11 99 0
lowQualScore : . . . ...... . . ... ... . .................. . .. . . . .... ..... . .. . . . . . .. . . ... . .. . . . . . ............ . . .. .. . ... .. .. . .. . ... . ... .. ... ............................................ . . .. ... .. .. . ...... . ....... .. .. . .. . ..... . .. ... . ... . . . . ... ... . ...... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. .. . . .. .. . . . . ....... ..... .... . . .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... . .. . ... . .... . ......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 7 4 222222 0 0 999 333 9 333333333333333333 4 00 4 4 4 1111 88888 1 66 4 9 9 4 4 11 4 0 777 0 55 0 0 0 0 7 000000000000 0 0 11 66 6 444 00 00 7 66 3 777 6 444 55 444 55555555555555555555555555555555555555555555 6 8 55 000 11 11 0 666666 7 0000000 44 44 2 11 4 55555 4 99 888 0 888 0 0 7 7 111 000 7 222222 7 22 3 7 7 7 22 7 7 7 7 22 7 22 7 66 99 0 0 22 11 4 0 0 4 4444444 55555 6666 0 0 99 0 7 7 88888 0 0 8 0 0 0 8 0 8 00 2 4 777 7 44 0 000 0 2222 4 666666666 44 00 44 7
consensus : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATG--TAT---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
Reference ( family-1521 ) : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATG--CAT---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
gi|1 : AAATTT---ATGTAGAATGTA-G--TTT---TTTGTTATAAA--C----------A-TAT--G-TAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATGCGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATA---A------TATTT-TTAGGTAATGTGCAT--CA-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCACAAA-GCGGCTGAAAA-T---C-AT---TGGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAAATCTTATTTT-TACTCCCCTTCAATGC--AGTA-TTACTAATTTTGTGGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCTACA---TAACTTTC---AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGTATA------TACA--TTCATTGC-ACTTT--AC-TTCAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-AGAGAGAATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTACACACACAA-----G-CCAAT-GAT----GTATTGA-TCG--AATTGATTTTC-CTCTCTCCATC-AT--ACAAATAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCATTTTCC-CCTTTGCGCTTGT-CAAAGAAATTAAGGCAATTTG---TAA----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|10 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgactatacgcaaaattcgaGAGA--ATTTA-TTTT-TCACGTTATTCTA-ACATACAA-A---T-CC--C-AAT----GT-TAGA-TCA--AAT-GACTGTC-CTCTCTCCATCTAT----AAATGG-TAGT-GAA-ATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCCCCTT---GCTTGT-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|11 : GTAT-AGCAAAATTT-------GAAATATATGTACAT---TGTATT-------TTTAATAAAGAA-TATT-G-TA-AA--AGGGAAAAA-----TACA--CAA-TGCCAAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------------TTT-TTAG-TAAT--GTTT--CA-AT---AT
gi|12 : ---AT-TGAAATAT-TT--TATAA-GATACT-------C----------A-TAA--G-CA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TGC-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATA---A------A-CTT-T------------CT--TA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCTAAA-GC--CAGAAAA-A---t
gi|13 : cagA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAATA-ATGTT-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAAATCTGATCTT-T----CCCCTC
gi|14 : TTTTCC---TT---GCTTGT-CAAGAATGTTAAGGCAA-TTG---TTAAGTGAACTTCCCAGGCT-AT--TAA-CTT--CCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : tT---GCTTGT-CAAAAATTTTAAGACAA-TTG---TAAACTGAACTTCCCAAGCT-TT--T---CTCTCCCC--TACTA-AAAACAAgcccacgggccttgacg
gi|16 : ACAGA-GC--CTAAAAATA---TTAT---TGGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAGATCcacacatacgcgcacagagagagaga
gi|18 : AATCTTG-----CA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--CACA---TAA-TTTT---ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|19 : C-CGTTATTCTA-ACACACAATA---G-CC--CATAT----GT-TTGAATCG--AATTGATTGTC-CTCTCTCCATTTTT--A-g
gi|2 : TAT-AGCAAAAT-----AT-TGAAATTTATGTACAT---TGTATT-------TTATCAAGAC-A-TATT-G-TA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAAT--GTCT--CA-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAAGC--CTTGAAA-A---T-AT---TGGA-----------TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC--A---AA-G--CGGCCCGAAGATCTTATTTT-T----TCCCTCA-TGCCAA-TGCTTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGTAT-------TA-A--TTCAT-GC-AC-TTT-AC--TCAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--A-TTA-TTTT-CC-C-TTATTCTA-CCACACAA-A---A-GC--C-AATA---GT-TTGA-TCAGTAAT-GATT-----CCTCTTCA-TTAT--A-AAATAGATAGT-GAA-AAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCATTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTTAA-GCAACTTGTTTTTAA--AAACTTCCC-TGCT-G---TAGCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|20 : A-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATAA-----------------C--CTGAAAA-A---T-AT---T-----CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTA-TTTGGAAA--ATTTA-TTTTTCC-CATTATTCTA-ACATACAA-
gi|22 : --GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTT-GGAAA--ATGTA-TTTT-TC-C
gi|23 : -CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CA--C-TAT----GT-TCAA-TCG--ACT-Gc
gi|3 : TGCAT-AA--AAATAT---AT-TGGTAGTTATG--CAT---TG-ATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGTGGGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA----AA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT--GAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--A-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCTTTTATAAA-AAATAG-TAGT-AAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTCAGGCAA-TTG---TCA----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|4 : ttGTATTAGCAAAATTT------TCAAATTTATG--TACA--TGTATT-------TTAAAAG----A-TATTTG-TA-AA-TA-------------------CAA-TGC-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATA---AACTTTTT-TTT-TTAG-TAATA-GTCTC-CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AA-GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----C------------A---TATATGT-AC-AC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTGATTTT-TC---CCCCTCA-TGC--A-TGTTTTCTAATTTTGT-GGACA----AAT-CTTGCA-----GA---GAAAAT-TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--C-TGG-CTGTCCCCCTACTTTATTT-AGAGA--ATTTA-TTTTCCC-CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A---------AGT-G----GG-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACC
gi|5 : TGTAT-AGCAAAATTT---AT-GTACATGTATT--TATAAGCACATT-------T----------AATAT--G-TA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGT-ACAA---A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGT-GGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTA-TT-AGAGA--ATTTATTTTT-CC-CGTTACTCC--AC-CACGA-ATCCGCCC--C-TATCCCCGT-TTG---CGC-AAT-CCATGTCGCTCTCTCccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|6 : GTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATG--TAT---TTTATTAGAGATTT----------A-T-T--GATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-AT---TGGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAAATCTGATTTT-T----CC
gi|7 : AGAAA-AATA-A-----AATTGGAAAAA-TAAAAAATAA-TTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATAGCA-AATTTCATCGCCACTTTTTAC-TTCAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGTC----------CCTTA-AT-GGAGA--ATTCA-TTT
gi|8 : a-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACA------T-TTTCTTAT-TAGTA-GTCTAACACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TTGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGA----ATTTT-T----------------------TTTTT--TTTTG------------AA-ATT--------------AAAA--TACA---TAAGTTTC---CAAC-TCCTTTGG-
gi|9 : aTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATG--TAT---TTTATTAGA----C----------A-TCT--A-TA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----A-TTT-GTAA-TAATA-GTTT--CA-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCACAAATG----TG-----------AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111111 222222 777777777777777777 11 1111 11111 11 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111 11 11111 11 1 111 111111 1 11 1 1 1111111 1111 11 1 11111 1 11 1 111 1 111 4444 1 333333333 11
lowQualScore : 5 2 0 888888 1 1 333333 1 999999999999999999 4 55 4 4 4 2222 66666 1 00 4 8 1 4 4 66 4 4 666 4 55 4 4 4 4 0 888888888888 4 4 77 88 3 666 55 55 6 44 3 111 3 666 22 666 55555555555555555555555555555555555555555555 1 0 55 777 66 66 3 666666 6 6666666 66 66 0 55 1 22222 3 66 888 0 888 5 5 5 5 888 000 6 999999 6 99 3 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 99 6 33 77 5 0 77 66 4 0 4 4 0000000 77777 5555 5 5 11 0 0 5 55555 8 8 0 8 8 1 0 6 0 11 3 5 111 6 22 6 444 1 0000 1 555555555 11 11 99 0
lowQualScore : . . . ...... . . ...... . .................. . .. . . . .... ..... . .. . . . . . .. . . ... . .. . . . . . ............ . . .. .. . ... .. .. . .. . ... . ... .. ... ............................................ . . .. ... .. .. . ...... . ....... .. .. . .. . ..... . .. ... . ... . . . . ... ... . ...... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. .. . . .. .. . . . . ....... ..... .... . . .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... . .. . ... . .... . ......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 7 4 222222 0 0 222222 9 333333333333333333 4 00 4 4 4 1111 88888 1 66 4 9 9 4 4 11 4 0 777 0 55 0 0 0 0 7 000000000000 0 0 11 66 6 444 00 00 7 66 3 777 6 444 55 444 55555555555555555555555555555555555555555555 6 8 55 000 11 11 0 666666 7 0000000 44 44 2 11 4 55555 4 99 888 0 888 0 0 7 7 111 000 7 222222 7 22 3 7 7 7 22 7 7 7 7 22 7 22 7 66 99 0 0 22 11 4 0 0 4 4444444 55555 6666 0 0 99 0 7 7 88888 0 0 8 0 0 0 8 0 8 00 2 4 777 7 44 0 000 0 2222 4 666666666 44 00 44 7
consensus : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATGTA--T---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
Reference ( family-1521 ) : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATGTA--T---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
gi|1 : AAATTT---ATGTAGAATGTA-GTT--T---TTTGTTATAAA--C----------A-TAT--G-TAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATGCGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATA---A------TATTT-TTAGGTAATGTGCAT--CA-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCACAAA-GCGGCTGAAAA-T---C-AT---TGGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAAATCTTATTTT-TACTCCCCTTCAATGC--AGTA-TTACTAATTTTGTGGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCTACA---TAACTTTC---AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGTATA------TACA--TTCATTGC-ACTTT--AC-TTCAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-AGAGAGAATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTACACACACAA-----G-CCAAT-GAT----GTATTGA-TCG--AATTGATTTTC-CTCTCTCCATC-AT--ACAAATAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCATTTTCC-CCTTTGCGCTTGT-CAAAGAAATTAAGGCAATTTG---TAA----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|10 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgactatacgcaaaattcgaGAGA--ATTTA-TTTT-TCACGTTATTCTA-ACATACAA-A---T-CC--C-AAT----GT-TAGA-TCA--AAT-GACTGTC-CTCTCTCCATCTAT----AAATGG-TAGT-GAA-ATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCCCCTT---GCTTGT-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|11 : GTAT-AGCAAAATTT-------GAAATATATGTACAT---TGTATT-------TTTAATAAAGAA-TATT-G-TA-AA--AGGGAAAAA-----TACA--CAA-TGCCAAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------------TTT-TTAG-TAAT--GTTT--CA-AT---AT
gi|12 : ---AT-TGAAATAT-TTTA--TAA-GATACT-------C----------A-TAA--G-CA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TGC-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATA---A------A-CTT-T------------CT--TA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCTAAA-GC--CAGAAAA-A---t
gi|13 : cagA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAATA-ATGTT-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAAATCTGATCTT-T----CCCCTC
gi|14 : TTTTCC---TT---GCTTGT-CAAGAATGTTAAGGCAA-TTG---TTAAGTGAACTTCCCAGGCT-AT--TAA-CTT--CCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : tT---GCTTGT-CAAAAATTTTAAGACAA-TTG---TAAACTGAACTTCCCAAGCT-TT--T---CTCTCCCC--TACTA-AAAACAAgcccacgggccttgacg
gi|16 : ACAGA-GC--CTAAAAATA---TTAT---TGGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAGATCcacacatacgcgcacagagagagaga
gi|18 : AATCTTG-----CA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--CACA---TAA-TTTT---ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|19 : C-CGTTATTCTA-ACACACAATA---G-CC--CATAT----GT-TTGAATCG--AATTGATTGTC-CTCTCTCCATTTTT--A-g
gi|2 : TAT-AGCAAAAT-----AT-TGAAATTTATGTACAT---TGTATT-------TTATCAAGAC-A-TATT-G-TA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAAT--GTCT--CA-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAAGC--CTTGAAA-A---T-AT---TGGA-----------TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC--A---AA-G--CGGCCCGAAGATCTTATTTT-T----TCCCTCA-TGCCAA-TGCTTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGTAT-------TA-A--TTCAT-GC-AC-TTT-AC--TCAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--A-TTA-TTTT-CC-C-TTATTCTA-CCACACAA-A---A-GC--C-AATA---GT-TTGA-TCAGTAAT-GATT-----CCTCTTCA-TTAT--A-AAATAGATAGT-GAA-AAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCATTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTTAA-GCAACTTGTTTTTAA--AAACTTCCC-TGCT-G---TAGCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|20 : A-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATAA-----------------C--CTGAAAA-A---T-AT---T-----CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTA-TTTGGAAA--ATTTA-TTTTTCC-CATTATTCTA-ACATACAA-
gi|22 : --GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTT-GGAAA--ATGTA-TTTT-TC-C
gi|23 : -CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CA--C-TAT----GT-TCAA-TCG--ACT-Gc
gi|3 : TGCAT-AA--AAATAT---AT-TGGTAGTTATGCA--T---TG-ATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGTGGGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA----AA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT--GAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--A-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCTTTTATAAA-AAATAG-TAGT-AAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTCAGGCAA-TTG---TCA----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|4 : ttGTATTAGCAAAATTT------TCAAATTTATGTA--CA--TGTATT-------TTAAAAG----A-TATTTG-TA-AA-TA-------------------CAA-TGC-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATA---AACTTTTT-TTT-TTAG-TAATA-GTCTC-CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AA-GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----C------------A---TATATGT-AC-AC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTGATTTT-TC---CCCCTCA-TGC--A-TGTTTTCTAATTTTGT-GGACA----AAT-CTTGCA-----GA---GAAAAT-TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--C-TGG-CTGTCCCCCTACTTTATTT-AGAGA--ATTTA-TTTTCCC-CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A---------AGT-G----GG-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACC
gi|5 : TGTAT-AGCAAAATTT---AT-GTACATGTATTTA--TAAGCACATT-------T----------AATAT--G-TA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGT-ACAA---A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGT-GGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTA-TT-AGAGA--ATTTATTTTT-CC-CGTTACTCC--AC-CACGA-ATCCGCCC--C-TATCCCCGT-TTG---CGC-AAT-CCATGTCGCTCTCTCccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|6 : GTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATGTA--T---TTTATTAGAGATTT----------A-T-T--GATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-AT---TGGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAAATCTGATTTT-T----CC
gi|7 : AGAAA-AATA-A-----AATTGGAAAAA-TAAAAAATAA-TTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATAGCA-AATTTCATCGCCACTTTTTAC-TTCAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGTC----------CCTTA-AT-GGAGA--ATTCA-TTT
gi|8 : a-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACA------T-TTTCTTAT-TAGTA-GTCTAACACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TTGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGA----ATTTT-T----------------------TTTTT--TTTTG------------AA-ATT--------------AAAA--TACA---TAAGTTTC---CAAC-TCCTTTGG-
gi|9 : aTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATGTA--T---TTTATTAGA----C----------A-TCT--A-TA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----A-TTT-GTAA-TAATA-GTTT--CA-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCACAAATG----TG-----------AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT
Alignments
lowQualScore : 111111 222222 777777777777777777 11 1111 11111 11 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111 11 11111 11 1 111 111111 1 11 1 1 1111111 1111 11 1 11111 1 11 1 111 1 111 4444 1 333333333 11
lowQualScore : 5 2 0 888888 1 1 333333 1 999999999999999999 4 55 4 4 4 2222 66666 1 00 4 8 1 4 4 66 4 4 666 4 55 4 4 4 4 0 888888888888 4 4 77 88 3 666 55 55 6 44 3 111 3 666 22 666 55555555555555555555555555555555555555555555 1 0 55 777 66 66 3 666666 6 6666666 66 66 0 55 1 22222 3 66 888 0 888 5 5 5 5 888 000 6 999999 6 99 3 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 99 6 33 77 5 0 77 66 4 0 4 4 0000000 77777 5555 5 5 11 0 0 5 55555 8 8 0 8 8 1 0 6 0 11 3 5 111 6 22 6 444 1 0000 1 555555555 11 11 99 0
lowQualScore : . . . ...... . . ...... . .................. . .. . . . .... ..... . .. . . . . . .. . . ... . .. . . . . . ............ . . .. .. . ... .. .. . .. . ... . ... .. ... ............................................ . . .. ... .. .. . ...... . ....... .. .. . .. . ..... . .. ... . ... . . . . ... ... . ...... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. .. . . .. .. . . . . ....... ..... .... . . .. . . . ..... . . . . . . . . . .. . . ... . .. . ... . .... . ......... .. .. .. .
lowQualScore : 7 7 4 222222 0 0 222222 9 333333333333333333 4 00 4 4 4 1111 88888 1 66 4 9 9 4 4 11 4 0 777 0 55 0 0 0 0 7 000000000000 0 0 11 66 6 444 00 00 7 66 3 777 6 444 55 444 55555555555555555555555555555555555555555555 6 8 55 000 11 11 0 666666 7 0000000 44 44 2 11 4 55555 4 99 888 0 888 0 0 7 7 111 000 7 222222 7 22 3 7 7 7 22 7 7 7 7 22 7 22 7 66 99 0 0 22 11 4 0 0 4 4444444 55555 6666 0 0 99 0 7 7 88888 0 0 8 0 0 0 8 0 8 00 2 4 777 7 44 0 000 0 2222 4 666666666 44 00 44 7
consensus : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATGTA--T---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
Reference ( family-1521 ) : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATGTA--T---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
gi|1 : AAATTT---ATGTAGAATGTA-GTT--T---TTTGTTATAAA--C----------A-TAT--G-TAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATGCGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATA---A------TATTT-TTAGGTAATGTGCAT--CA-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCACAAA-GCGGCTGAAAA-T---C-AT---TGGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAAATCTTATTTT-TACTCCCCTTCAATGC--AGTA-TTACTAATTTTGTGGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCTACA---TAACTTTC---AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGTATA------TACA--TTCATTGC-ACTTT--AC-TTCAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-AGAGAGAATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTACACACACAA-----G-CCAAT-GAT----GTATTGA-TCG--AATTGATTTTC-CTCTCTCCATC-AT--ACAAATAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCATTTTCC-CCTTTGCGCTTGT-CAAAGAAATTAAGGCAATTTG---TAA----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|10 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgactatacgcaaaattcgaGAGA--ATTTA-TTTT-TCACGTTATTCTA-ACATACAA-A---T-CC--C-AAT----GT-TAGA-TCA--AAT-GACTGTC-CTCTCTCCATCTAT----AAATGG-TAGT-GAA-ATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCCCCTT---GCTTGT-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|11 : GTAT-AGCAAAATTT-------GAAATATATGTACAT---TGTATT-------TTTAATAAAGAA-TATT-G-TA-AA--AGGGAAAAA-----TACA--CAA-TGCCAAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------------TTT-TTAG-TAAT--GTTT--CA-AT---AT
gi|12 : ---AT-TGAAATAT-TTTA--TAA-GATACT-------C----------A-TAA--G-CA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TGC-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATA---A------A-CTT-T------------CT--TA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCTAAA-GC--CAGAAAA-A---t
gi|13 : cagA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAATA-ATGTT-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAAATCTGATCTT-T----CCCCTC
gi|14 : TTTTCC---TT---GCTTGT-CAAGAATGTTAAGGCAA-TTG---TTAAGTGAACTTCCCAGGCT-AT--TAA-CTT--CCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : tT---GCTTGT-CAAAAATTTTAAGACAA-TTG---TAAACTGAACTTCCCAAGCT-TT--T---CTCTCCCC--TACTA-AAAACAAgcccacgggccttgacg
gi|16 : ACAGA-GC--CTAAAAATA---TTAT---TGGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAGATCcacacatacgcgcacagagagagaga
gi|18 : AATCTTG-----CA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--CACA---TAA-TTTT---ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|19 : C-CGTTATTCTA-ACACACAATA---G-CC--CATAT----GT-TTGAATCG--AATTGATTGTC-CTCTCTCCATTTTT--A-g
gi|2 : TAT-AGCAAAAT-----AT-TGAAATTTATGTACAT---TGTATT-------TTATCAAGAC-A-TATT-G-TA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAAT--GTCT--CA-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAAGC--CTTGAAA-A---T-AT---TGGA-----------TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC--A---AA-G--CGGCCCGAAGATCTTATTTT-T----TCCCTCA-TGCCAA-TGCTTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGTAT-------TA-A--TTCAT-GC-AC-TTT-AC--TCAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--A-TTA-TTTT-CC-C-TTATTCTA-CCACACAA-A---A-GC--C-AATA---GT-TTGA-TCAGTAAT-GATT-----CCTCTTCA-TTAT--A-AAATAGATAGT-GAA-AAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCATTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTTAA-GCAACTTGTTTTTAA--AAACTTCCC-TGCT-G---TAGCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|20 : A-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATAA-----------------C--CTGAAAA-A---T-AT---T-----CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTA-TTTGGAAA--ATTTA-TTTTTCC-CATTATTCTA-ACATACAA-
gi|22 : --GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTT-GGAAA--ATGTA-TTTT-TC-C
gi|23 : -CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CA--C-TAT----GT-TCAA-TCG--ACT-Gc
gi|3 : TGCAT-AA--AAATAT---AT-TGGTAGTTATGCA--T---TG-ATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGTGGGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA----AA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT--GAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--A-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCTTTTATAAA-AAATAG-TAGT-AAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTCAGGCAA-TTG---TCA----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|4 : ttGTATTAGCAAAATTT------TCAAATTTATGTA--CA--TGTATT-------TTAAAAG----A-TATTTG-TA-AA-TA-------------------CAA-TGC-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATA---AACTTTTT-TTT-TTAG-TAATA-GTCTC-CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCAC-AA-GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----C------------A---TATATGT-AC-AC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTGATTTT-TC---CCCCTCA-TGC--A-TGTTTTCTAATTTTGT-GGACA----AAT-CTTGCA-----GA---GAAAAT-TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--C-TGG-CTGTCCCCCTACTTTATTT-AGAGA--ATTTA-TTTTCCC-CGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A---------AGT-G----GG-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACC
gi|5 : TGTAT-AGCAAAATTT---AT-GTACATGTATTTA--TAAGCACATT-------T----------AATAT--G-TA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGT-ACAA---A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCAAATTTTGT-GGACA-GAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTA-TT-AGAGA--ATTTATTTTT-CC-CGTTACTCC--AC-CACGA-ATCCGCCC--C-TATCCCCGT-TTG---CGC-AAT-CCATGTCGCTCTCTCccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|6 : GTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATGTA--T---TTTATTAGAGATTT----------A-T-T--GATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-AT---TGGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAAATCTGATTTT-T----CC
gi|7 : AGAAA-AATA-A-----AATTGGAAAAA-TAAAAAATAA-TTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATAGCA-AATTTCATCGCCACTTTTTAC-TTCAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGTC----------CCTTA-AT-GGAGA--ATTCA-TTT
gi|8 : a-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACA------T-TTTCTTAT-TAGTA-GTCTAACACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TTGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGA----ATTTT-T----------------------TTTTT--TTTTG------------AA-ATT--------------AAAA--TACA---TAAGTTTC---CAAC-TCCTTTGG-
gi|9 : aTAT-AGCGAAATTTCAAAT-TGATGTACATGTA--T---TTTATTAGA----C----------A-TCT--A-TA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TGC-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATA---AAC----A-TTT-GTAA-TAATA-GTTT--CA-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCACAAATG----TG-----------AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------
blockSeqs : T A CAAAT A A TAAG G TTTAATAAAGA A TT A . A GGGA AGTAA C AC . C A . . GA . G T . . . G . C AACTTTTT C . A AA C . . . A . T TGT T TAC TT TTC TATACAATTATTTAGATATTTA G AG AAC . CG G AT . CAATGC TG G A C . T T AAA G CCA . G . A TGA . . GTATAG . AT C C T T . . . . A . G TT A GA . T T TG . T T A . ATCCGC CAT CCCC . A GT T G AAAA A . . . A A AC A C . C TG C TTT T AGTG A GTCCTAG TC CT AT
blockSeqs : . A CAAAT A A CAT A TTATCAAGAC . T . . . GGGA AAA A . . . A . . . . . T . . . . . . TACAT . . A C . . . . T . . TGT . . TT . TATACACTTATTTAGATGTATA G . . . . T TC . ATGT TG G A T . A A . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T T G . . C . . TAG CA A . . C . . AA . . . . T . . A A . . TT . . A ACTG A ATTAA TA . GT
blockSeqs : . A AT A T TAA G AGAGATTT . T . . . GGGA AAA C . . . A . . . . . T . . . . . . AACT . . A . . . . . . . . . . . TT . AGACACCGATTTAGATATCA A . . . . T AT . ATG T G C C . T . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . AT CA . . . . . . A . . . . T . . . A . . AT . . T AA G GTAGC TA . A
blockSeqs : . G AT T T CAT G TTAAAAG . . . . . AGTA AAA C . . . A . . . . . A . . . . . . AACA . . A . . . . . . . . . . . AT . TATACACTTACAACAT G . . . . G T . ATG T G A C . T . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . AA CT . . . . . . A . . . . . . . . . . TT . . C . . TTT . . .
blockSeqs : . G AT A T CA G AGAC . . . . . GGA AAA C . . . A . . . . . T . . . . . . AA . . A . . . . . . . . . . . TT . AATATTCA G . . . . T T . . . . A C . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AG AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT C G T A C . . . . . AG . A . . . A . . . . . A . . . . . . AT . . A . . . . . . . . . . . TG . GATATCAA G . . . . G T . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . AG CT . . . . . .
blockSeqs : . T A T T T . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . AT . . A . . . . . . . . . . . TT . GATATCAA G . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AG CT . . . . .
blockSeqs : . T A T T T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . C . GATATCAA C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GATTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AT**** CAT*** TAGA************** AAA** ** T** ** AACT******** A* *** ** ** ** GATATCAA************************************ ** T***** ATGC*** T* G* A* ***** ** *** ** ** ** ** AG***** CT*** AA*** *** AG** GTTG*****
originalCons : NNTGTAT-AGCGAAATTT---AT-TGANATNTATGTA--T---TGTATT-------T----------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATA---A------T-TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCCTCA-TGC--A-TG-TTTCTAATTTTGTGGGACA-GAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GT--TAG-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
finalCons : NNTGTAT-AGCGAAATTTAT----TGANATNTATGTACAT---TGTATTTAGA--------------A-TAT--G-TA-AA-TAGGGAAAAAAAA--TACA--CAA-TGC-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATAAACT--------TTT-TTAG-TAATA-GTCT--CA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-AT---TGGAATTTTGGA---TTGATATCAA------------------------------------TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTT-----CCCCTCA-TGCATGC---TTTCTAATTTTGT-GGACAG-AGAAAA-TTACA-----AATTGGAAAA--TACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-AC-TTCAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CGTTATTCTA-ACACACAAAG-----CCCT---AT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTATAA---AATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAAG--AACTTCCCGGGCTGTTG-----CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT
Alignments
lowQualScore : 22222 11111111 66666666666666666666666 1111 11 1111 111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111 111111 111111 11111 11 1 111 111111 1 11 11 1111111 1111 11 1 1111 1 11 1 111 1 111 3333 1 333333333 11
lowQualScore : 5 5 3 0 00000 1 1 88888 66666666 11111111111111111111111 4 4 7777 777 1 00 4 4 4 1 4 4 66 4 4 666 4 55 4 4 4 4 0 8888 8888 77 55 3 3 666 55 55 6 44 3 111 3 666 22 666 55555555555555555555555555555555555555555555 1 0 55 777 66 66 3 111111 5 6 999999 888888 0 0 55 1 22222 3 11 5 888 0 888 5 5 5 5 888 000 6 999999 6 99 3 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 99 6 33 77 5 5 22 66 4 5 4 4 4 0000000 77777 5555 5 5 11 0 0 5 5555 0 8 8 88 1 8 1 0 6 0 11 3 5 111 6 22 6 444 1 5555 1 666666666 0 1 11 99 0
lowQualScore : . . . . ..... . . ..... ........ ....................... . . .... ... . .. . . . . . . .. . . ... . .. . . . . . .... .... .. .. . . ... .. .. . .. . ... . ... .. ... ............................................ . . .. ... .. .. . ...... . . ...... ...... . . .. . ..... . .. . ... . ... . . . . ... ... . ...... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. .. . . .. .. . . . . . ....... ..... .... . . .. . . . .... . . . .. . . . . . . .. . . ... . .. . ... . .... . ......... . . .. .. .
lowQualScore : 0 0 1 4 99999 0 0 44444 11111111 22222222222222222222222 4 4 6666 999 1 66 4 4 4 9 4 4 11 4 0 777 0 55 0 0 0 0 7 7777 5555 11 00 6 6 444 00 00 7 66 3 777 6 444 55 444 55555555555555555555555555555555555555555555 6 8 55 000 11 11 0 666666 7 7 222222 666666 7 2 11 4 55555 4 99 0 888 0 888 0 0 7 7 111 000 7 222222 7 22 3 7 7 7 22 7 7 7 7 22 7 22 7 66 99 0 0 22 11 4 0 0 0 4 4444444 55555 6666 0 0 99 0 7 7 0000 8 0 0 88 0 0 0 8 0 8 00 2 4 777 7 44 0 000 0 8888 4 444444444 8 0 00 44 7
consensus : NNTGTAT-A-GCGAAATTT---ATTGANATNTATGTACA-TTGTA--------TT-T-------AGACA---TA-T--GTA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TG-C-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATAAAC--TTTTTT----AGTAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCC-TCA-TGC--ATG-TTTCTAATTTTGT-GG--ACAGAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA-TGAACTTCCCGGGCT-GTC---G-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
Reference ( family-1521 ) : NNTGTAT-A-GCGAAATTT---ATTGANATNTATGTACA-TTGTA--------TT-T-------AGA-A---TA-T--GTA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TG-C-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTATAAAC--TTTTTT----AGTAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTT-T----CCCC-TCA-TGC--ATGCTTTCTAATTTTGT-GG--ACAGAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--ATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-AAATAG-TAGT-GAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTAAGGCAA-TTG---TNAA--GAACTTCCCGGGCT-GTT---G-CTCTACCC--TACTATAAAACGAGAG
gi|1 : TAT-ACGCAAAATTC---G--AAAATTTATGTAGA-ATGTAGTTTTTTGTTAT-------AAACA---TA-T--GTAGAA-TAAGGGAAGAA----TACAG-CAAATG-CGAATGTGTTC--AAAAGAAGTGCAC-ATTGGTTCACCGATATTACACAA-AGTT-AAGTGTATAATA--TTTTTA----GGTAATGTGCAT--C-A-GTGGTACGTGAGGATGAACTCAA-CTCACAAA-GCGGCTGAAAA-T---C-ATT---GGAATC-------------------------AAA---T------A-----------A---TA-AT-TAACAAC--A---AAAAGCCGGCC--GAAATCTTATTTT-TACTCCCCT-TCAATGC--AGTATTACTAATTTTGT-GGGAAAAGAGAAAGATTACAGGAAAAATTGGAAAAGCT-ACA---TAACTTTC---AAGGGTCCTTTGG-ATACT-ATG-GTAAAAAAAATGCAGGAGTATA------TACA--TTCATTGC-ACTTT--ACTT-CAACATGACACATTGCAACTAAGTGTAAATGTTATTC-AGGGCC-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGGACTTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT-AGAGAGAATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTACACACACAA-----G-CCAAT-GAT----GTATTGA-TCG--AATTGATTTTC-CTCTCTCCATC-AT--ACAAATAG-TAGTCGAACAAGATTGATACATGACGCTGCTAGGCAGA--AGTAAACTAAAATCATTTTCC-CCTTTGCGCTTGT-CAAAGAAATTAAGGCAATTTG---TAA----AACTCTCCTGGCTCGT------CTCTACCC--TACTATAAA
gi|10 : tgtagcaactaaatctttgatatgagtagtgaatattctattgtattgaaagcagactgagctgacGAGA--ATTTA-TTTT-TCAC-GTTATTCTA-ACATACAA-A---T-CC--C-AAT----GT-TAGA-TCA--AAT-GACTGTC-CTCTCTCCATCTAT----AAATGG-TAGT-GAA-ATG-CTGAAACATGACG-TGCTGGGCAGA--AGTAACCCTAAATCATTTTTCCCCTT---GCTTGT-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagtcttcagagtatgctgtgtaaatacacgaagaaagcattacaaattcaaataac
gi|11 : GTAT-A-GCAAAATTT------GAAATATATGTACA-TTGTA--------TT-TTTAATAAAGA-A---TATT--GTA-AA--AGGG---AAA--AATACA--CAA-TGCC-AAT-TGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AT---T-CA--AAT-TTACACAA-A--T-AATGGTATA------TTTTT----AGTAAT--GTTT--C-A-AT---AT
gi|12 : ---ATTGAAATAT-TTTATA-AGATA--------CT-C-------ATA-A---------GCA-AA-TA------AAA--AATAAA--TGA-TG-C-GAT--GT-CGAAAAAAAA-TGCA---------------------A-AA-A-TG-AA-GGTATAAAC--TT-----------------TCT--T-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCCTAAA-GC--CAGAAAA-A---t
gi|13 : cagA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAATA-ATGTT-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------TATA---CACTTACA-----------ACATTATATGTAACAACAGA---AAAG--CAGCT--GAAATCTGATCTT-T----CCCC-TC
gi|14 : TTTTCC---TT---GCTTGT-CAAGAATGTTAAGGCAA-TTG---TTAAGTGAACTTCCCAGGCT-ATT---A-A-CTTCCC--TTCT---AAACAAGAG
gi|15 : tT---GCTTGT-CAAAAATTTTAAGACAA-TTG---TAAACTGAACTTCCCAAGCT--TT---T-CTCTCCCC--TACTA-AAAACAAgcccacgggccttgacg
gi|16 : ACAGA-GC--CTAAAAATA---TTATT---GGAATTTGGGA---TTTATACAATTATTTAGATA---T-----TT-----------A---TACATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCT--GAGATCcacacatacgcgcacagagagagaga
gi|18 : AATCTTG-------CAGAGAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--C-ACA---TAA-TTTT---ATTG-GCCTTTGG-AT-CT-ATT-G-AAAGA---
gi|19 : C-C-GTTATTCTA-ACACACAATA---G-CC--CATAT----GT-TTGAATCG--AATTGATTGTC-CTCTCTCCATTTTT--A-g
gi|2 : TAT-A-GCAAAAT-----ATTGAAATTTATGTACA-TTGTA--------TT-TTATCA--AGACA---TA-TT-GTA-AA-TAGGGAAAAA-----TACAACCAA-TG-C-AAT-TGT-C--AAAAGAA---CACGAT--GT-CA--GAT-TTACACAAGA-TT-AATGGTATAA----TTTTTT----AGTAAT--GTCT--C-A-GT---ATCTGC--ATGA--TCAAA-TCACAAAAGC--CTTGAAA-A---T-ATT---GGA-----------TC--------------AATA---T-----TC-----------A---TATA---AACAAC--A---AA-G--CGGCCCGAAGATCTTATTTT-T----TCCC-TCA-TGCCAATGCTTTCTAATTTTGT-GGG-ACAGAGAAA---TATA-----AAATGGAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TTCCTTTG-AT-CT-ATA-TTAAAAA---AG-AGGAGTAT-------TA-A--TTCAT-GC-AC-TTT-AC-T-CAACATGACA--TT--GACTT-GTGT-AATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--AATCGGT-AGATGAGGA--CTTGG-CTGTCCCCCTACTTTA-TT-GGAGA--A-TTA-TTTT-CC-C--TTATTCTA-CCACACAA-A---A-GC--C-AATA---GT-TTGA-TCAGTAAT-GATT-----CCTCTTCA-TTAT--A-AAATAGATAGT-GAA-AAG-TTGATAC-TGACG-TGCTAGGGAGGACAGTAAACCT-AATCATTTTCCACCTT---G-TTGTCCAAGGAATTTAA-GCAACTTGTTTTTAA--AAACTTCCC-TGCT-GTA---GCCTCTACCCCTTACTATAAA
gi|20 : A-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATAA-----------------C--CTGAAAA-A---T-ATT--------CTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATATAACAAC--A---AAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagaatctttcaatgagctgtgtaaatacacagaaggaaaagcttacagcattcactaaatgatat
gi|21 : CTGTCCCCTTACTTTA-TTTGGAAA--ATTTA-TTTTTCC-C-ATTATTCTA-ACATACAA-
gi|22 : --GGG--CTTGGTCTGTCCCCTTACTTTATTT-GGAAA--ATGTA-TTTT-TC-C-
gi|23 : -C-GTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CA--C-TAT----GT-TCAA-TCG--ACT-Gc
gi|3 : TGCAT-A-A--AAATAT---ATTGGTAGTTATG--CA-TTG-A--------TT-T-------A-------TA-T--GTA-AA-TAGGGAAAAAA--AATACA--CAA-TG-C-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGAA----TTTTTT----AGTAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTAACAAC--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCC-TCA-TGC--ATG-TTTCAAATTTTGTGGG--ACAGAAAAA-ATTACA-----AATTGGAAAA--T-ACA----AA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGTCCCCCTACTTTA-TT--GAGA--ATTTA-TTTT-CC-C-GTTATTCTA-ACACACAA-A---G-CC--A-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCTTTTATAAA-AAATAG-TAGT-AAA-AAG-TTGATACATGACG-TGCTAGGCAGA--AGTAAACCTAAATCATTTTCCACCTT---GCTTGT-CAAGAATTTTCAGGCAA-TTG---TCA----AACTTCCCGGGCT-GTCCTAG-CTCTACCC--TACTGTAAAACGAGAG
gi|4 : ttGTATTA-GCAAAATTT-----TCAAATTTATGTACA-T-GTA--------TT-TTAAA---AGATA---TT-T--GTA-AA-TA-------------------CAA-TG-C-AAT-GGT-C--AAAAAGA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-T-GCACA----TTCAATGGTATAAAC--TTTTTTTTTTAGTAATA-GTCT--CCA-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAA--GC--CTGAAAA-A---T-ATTACTGGAAATTTGGA---TTAGACACCGATTTA-GATA---T-----CA---------------TATATGTA-CA-C--A---AAAG--CAGCC--GAGATCTGATTTT-T----CCCCCTCA-TGC--ATGTTTTCTAATTTTGT-GG--ACA---AAT-CTTGCA-----GA---GAAAA--TTACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CT-ATT--TAAAAA---TG-AGGAGTATA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTTTCAACTTCAGA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGTA--TACGGGT-AGAT--GGG--CT-GG-CTGTCCCCCTACTTTA-TTTAGAGA--ATTTA-TTTT-CC-CCGTTATTCTA-ACATACAA-A---G-CC--C-TAT----GT-TTGA-TCG--AAT-GATTGTC-CTCTCTCCATTTAT--A-A--------GT-GG----G-TT-----ATGACGATGCTGGGC-GA--AGTAAACC
gi|5 : TGTAT-A-GCAAAATTT---ATGTACATGTATTTATAAGCACA--------TT-T-------A---A---TA-T--GTA-AAATAGG-AAAAAA--AATACA--CAA-TG-C-AAT-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AT--GT-CA--GAT-TTACACAA-A-TT-AATGGTAGAA----TTTTTT----AGTAATA-GTCT--C-A-GT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------GATA---T-----CA-----------A---TATATGTA-CAA---A---AAAG--CAGCC--GAGATCTTATTTTAT----CCCC-TCA-TGC--ATG-TTTCAAATTTTGT-GG--ACAGAAAAA-ATTACA-----AATTGAAAAA--T-ACA---TAA-TTTC---AAGG-TCCTTTGG-AT-CTAATT-GTAAAAA---TG-AGGAGTGTA------TA-A--TTCAT-GC-ACTTTT-ACTT-CAACATGACA--TTG-GACTT-GTGTAAATGTTAT-C-AGG--C-AGCA--TACGGGT-AGAT--GGG--CTTGGTCTGT---CCTACTTTA-TT-AGAGA--ATTTATTTTT-CC-C-GTTACTCC--AC-CACGA-ATCCGCCC--C-TATCCCCGT-TTG---CGC-AAT-CCATGTCGCTCTCTCccttgtgtgccgaataaacaactcatttt
gi|6 : GTAT-A-GCGAAATTTCAAATTGATGTACATGTA---TTTTA--------TT---------AGA-GATTTA-TTGATA-AG-TAAG--AAAAA--AACAAA--CAA-TG-C-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATAAAC--TTTTTT----AGTAATA-GTCT--C-A-AT---ATCTGA--ATGA--TCAAACTCACAAA-GC--CTAAAAA-ATGTT-ATT---GGAATGTTGGA---TT--------------TATACACT-----TATTTAGATGTATA---TACATGTAACAAC--G---AAAA--CAGCT--GAAATCTGATTTT-T----CC
gi|7 : AGAAA-AATA-A-----AATTGGAAAAA-T-AAAAAATAA-TTTTCCAAAGG-TCCTTTGGGAT-CT-ATTTGAAAAAA---TT-AGGAGTATAGTATAGCA-AATTTCATCGCCACTTTTTACTT-CAACATGAGA--TTG-AAC-T-ATGTAAGTATCAT-CAAGA--CGAGTATTTACGAGTAAAATG-GGG--CTTGGTC----------CCTTA-AT-GGAGA--ATTCA-TTT
gi|8 : a-AT--GT-TA--GAT-TTGCACAA-G-CC-AAGGGTATATACATTTTCTT----ATTAGTA-GTCTAAC-ACAT---ATTTAA--ATTA--TGAAACTCACAAA-GC--CTGAAAA-A---T-ATT---TGAA--TTGAATTCTT--------------GAT----T-----C-----------------ATATCTAAAAAA--AAACAAAG--CAGCT--GAGA----ATTTT-T----------------------TTTTT--TTTTG-------------AA-ATT--------------AAAA--T-ACA---TAAGTTTC---CAAC-TCCTTTGG-
gi|9 : aTAT-A-GCGAAATTTCAAATTGATGTACATGTA---TTTTA--------TT---------AGACA---TC-T--ATA-AA-TAAGTAAAAAAGTAATAAA--CAA-TG-C-A-T-TGT-C--AAAAGAA-TGCAC-AA--GT-CA--GAT-TTATACAA-A-TC-AATGGTATAAAC--ATTTGT----AATAATA-GTTT--C-A-AT---ATCTGA--ATAG--TCAAACTCACAAATG----TG-----------ATT---GGAATTTTGGA---TT--------------
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TATAGCATACTATATTCATATTGGAGTTGTGAATATGAAAAAGATTGTTCACTGTTATTGAAAGCAGACATGGAGCT