lowQualScore                  :                                                        3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :              1     1      222            1   1         4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   1              1   2      555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555         1     11      11                111111   11          111                          33333            1                  22            33333               22222               22        2222222222        1  22       33   22        1  5555555555     2     1      77777777777777777777777777777777777     222222  11  1            22222      111     4444444444444   22    1  11     3333333333      55                       1                               333      2        
lowQualScore                  :              5     5      000 2          5   5         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999   5              5   0 2    999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       2 5   3 00   2  22     2     2 2  111111 2 22     2 33 555      333 2   4    4 1    00000     33  33 1            44444 33   2 1   33 77777   5 3   5     44444        666    66   6    1111111111   7 7  3  22       11   22 6    7 3  3333333333     3  7  3      99999999999999999999999999999999999     111111  88  3            77777      888     3333333333333   22    3  88     4444444444      00                     6 3           7        7       3  000      0        
lowQualScore                  :              .     .      ... .          .   .         ............................................................................   .              .   . .    ........................................................................       . .   . ..   .  ..     .     . .  ...... . ..     . .. ...      ... .   .    . .    .....     ..  .. .            ..... ..   . .   .. .....   . .   .     .....        ...    ..   .    ..........   . .  .  ..       ..   .. .    . .  ..........     .  .  .      ...................................     ......  ..  .            .....      ...     .............   ..    .  ..     ..........      ..                     . .           .        .       .  ...      .        
lowQualScore                  :              5     0      555 5          5   0         0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   5              5   0 5    333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333       3 8   1 44   9  55     7     7 7  999999 4 66     2 11 444      777 1   2    2 6    22222     22  22 0            88888 22   7 7   11 55555   0 2   7     33333        888    00   0    5555555555   3 3  3  77       77   33 7    3 3  7777777777     3  3  3      77777777777777777777777777777777777     777777  33  3            77777      000     0000000000000   00    3  33     0000000000      00                     7 3           3        3       0  000      0        
consensus                     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTNCACTTAATATTATGGAAGCAATGCCAAAGT-CACAA-AAGTAAAGGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGCAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAAAGNTGTAGCCGTGG---TT-TTA---AAT-AAAAATT--NTC--TTT-AAG-C---A--GAAGTAATTAGTAAAT--TNAAAGTTATTTAAC-T-TCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-A--CATTT-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAATAT-T---GTNGGG-AACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGGTTTGA-ATA-CTATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAGG---GGTAACA-TCATG-GAGAAA-AGAA---TCT-CG--TCAGA-TCATG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAACGT-NGTATTT-AT---ATAT-A-TTTC-AGTC-AT--TGAAA-GC--ATTCAAAATCAC-AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAACGCACGTGCTCCAACTATGGA
Reference ( gi|1 )            : GTCAAGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA--CGTGG---TT-TTA---AAT-AAAAATT--TTC--TTT-AAG-C---A--GAAGTAATTAACAAAT--TGAAAGTTATTTAAC-T-CCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-A--CATTT-G--CT--TGTAAA---A-GAA-AACA-GTGAGA---ATGATTA--TT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGG-AACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAATTAGCTCCACT----CG-A-AGGTTTGA-ATAACTATAAC--GTATGGGCATGTA-CCTAAAGGT-GATAACAGTCATG-GAGAAA-AACA---TCT-TG-GTCAGATTCATG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGT-GATATTT-AT---ACAT-A-TTTCAAGTC-AT--TGAAAAGC--ATTC-AAATCA--AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-C-TACTTC-ATTATGGACA
gi|2                          :      GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCA----------------AAG--TT-----CA-------CAAGCAAGAAA--GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA-GAA-GATGTA--T-TAGAATTTGTTAGGGAGT-AAA------TTC-----------------GAAGAACTTGA-AAAT---GAAAGTTATT-AAC-C-CCCC-C----AT-A-CATGC-GGTG-A----A-AAACATTTAG--CT--TGTAAA---ACGAAGAACA-GTGAGA---A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAAA-ATAT---GTTGG-----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTA-TAAAT-AGC-CCACTGCCGCA-ACAGGTT-GACATA-CAGTAATCTGTATGG-CATGTAGCCTAAGG-----TAACA-TC-TGAGAGAAA-AGAAGTGTCT-CA----AGATCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGT-TGTATTT-ATTTGATATTACTTTCAGGTCGATCATGAAA--T--CTTA-TAATCACAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC-TGCTCC-ACTATGGA
gi|3                          :        cTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-G-AGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAGCCGTGG---TT-T-----AATGAAAAATT--TTC--TTTAAAG-C---A--GAAGTAATTAA-AAAT--TGAAAGTTA--TAAC-TCCCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-AG-CATTT-G--CT--TGTAAA---A-GAA-AACA-GTGAAA-----GATTAATTT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGA-AACACAATGA--TTAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGGTTTGA-AT-ACTATAAC--GTA--GGCATG-A-CT---AGGTAGATAACA-TCATG-GAGAAAGAAC----TCTCTGAGTCAGA-TCATG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGT-AGAATTTGAT---ACA--A-TTC--AGTC-AT--TGAAAAGC--ATTCAAAATCATTAGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                        ---TT-TTG---TAC-AAAA--T--TAC--TTTGAAG-C---A--GA-----TTGACTAATGCTTAAAGTCATT----------------GACTA-CATGC-T-AG-A----A-A--CAT---G--ATAATGTAAA---A-GAA-AACA---GAGA-----GACTA--TT--T-----ATAAATAC------------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA--TAGTTCCACA----CG-ga
gi|11                         :                                                                                                                                          actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattT-TTA---G-T-AAAAATT--ACT--TTA-AAG-C---AT-GA--TAATTAGTA--T--TAAAAGTTATT-AAC-T-TTCC-CTT-AATTA-CATGC-T-TGAA----A-A--CATTT-G--TA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-AACACAATAAcgcgat
gi|12                         :                                                                                                                                                          ttgtatggtccgatgttgagcaatcataT-AAAAATT--ATT--TTT-AAA-C---C--ATAATAATTAGTAA----TAAAAGTTATT-AAC-T-TTCC-CTT-AATTA-CACGG-T-TA-A----A-AA-CATTT-G--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-ACCACA
gi|10                         :                                                                                                                                                       gtatggtccgatgttgatcaattattttttgT-AAAAATTAATTCAGTTT-AAAAC---A--TAA-TAATTAGTG--T--TCAAAGTTATTAATT-T-TCTC-TT--AATTA-CATGC-T-TGAA----A-A--CATTC-T--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGTGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-AACACAATAAAtcaa
gi|13                         :                                                                                                                                                         tatgatccgataatcatcaattattttttg-AAAAATT--A-C--TTT-AAA-CTTTA---AAGCA-TTAGCG--T--TAAAAGTTA-TTAACTT-TCCC-TT--AATTA-TATAC-T-TGAA----A-A--CATCT-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-AGAAGA---AT-ATTA--TT--TAAAAGGGAAATAT-T---A-AGGG-ACCACAATAAAta
gi|8                          :                                                                                                                                                                        agctgtatggtccgatgttattttctgc--TCT-AAG-C---AATGAATTAGTT------T--TTAATGTTTATTAAC-T-TTCC-CTTTAATTA-CATGCTT-TG-AAACCA-A--CATTT-G--A---TGTAAA---A-GAAGAACA-GTGGGA---A-GATTA--TC--TAAGAAG---GTAT-TAAAGTAGGA-TGCAC-ATCAA--TAC-ATTTta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                        tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaatactAAT--TTAAAGTTATT-AAC-TGTCCC-TT--CGTTG-GATGC-T-TG-G----ACA--CATTT-A--CA--TTTGAA---A-GAA-AACA-GGGAGA---A-GATTA--TT--TAAAACGTAAATAT-T---G-TGGA-AACCCA
gi|9                          :                                                                                                                                                            aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattttatattaaagcacatgaatcaggttttgAAAGT-ATTAATT-T-TCCC-TT--GATTA-CATGC-T-TA-ATA--A-A--CATTT-GGGCA--TGTAAA---A-GAA-AACA-GCTAGA---A-GATTA--TC--TAAAACGTAAATAT-T---G-TGGG-ACCACAtaaat
gi|5                          :                                                                                                                                                                    gctggtatggtccccaatattcatcaaattatttttttgtaaaattacttaaaatgtataataatctaggtcttTGTTTAAT-T-TCCCATT--AGTTA-CATGC-A-TG-AC---A-A--CATTT-G--CT--TGTAAA---T-AAA-AACATGGGAGA---A-AATCA--TT--TAAAAAGTAAATAT-T---AGTGAA-AATGTGTT--AGATGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-A-TGAA-TAGCACCACG----CG-
gi|14                         :                                                                                                                                                                             gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttcttttgattagatgaatttagTTAAT-T-TTCT-CTC-AGTTA-CATAC-T-TG-A----A-G--CATTT-G--CT--CGTAA-------GA-AACA-GTGTG------GATTG--GT--TTAAAAGTAAAT-T-T---GT--GG-GTCGCA-------TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--A-TAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                            aaagcagactaactgctgttacagtg-T-TCCC-TT--GGTTA-CATGT-T-TG-A----A-AA-CATTC-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-TTGAAA---ATG
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                   tattacctCC-TT--AATTG-CAAGC-T-TGAA----A-A--CATTT-G--C------AAAAACA-GAA-AGCA-GCGACA---Atgaatcagggagtccacattaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                            aacttttATTAACTTGC-T-TG-A----A-AA-CATTT-G--CA--TGTAAA---G-GAA-AACA-GTGAGA---A-GA------T--TTAAAA--AAATATAT---AGTGGG-AAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-Cg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                gcagatgtttttaaagtc-A----A-A--CATTC-G--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGCGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G--GGGAAAGACAATAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-A----A-A--CATTT-G--CA---GTAAA---A-GAA-AACAGGCGAGATTGAAGATGA--TT--TAAAAAGTGAATAT-A---GTGGGtat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              caactaagtggtatgaATTT-G--CA--TGTATA---A-GAA-AAAA-CTGAAA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAATAT-tgtgcataaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTAAA---A-GAA-AACA-GTGAGA---A-GATTA--TT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGG-AACAC-ATGAA-TTAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGG-TTGA-ATACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAA-----GGTAACAGTCATG-GAGAAA-AGAA---GTT-T--CTCAGA-TCATGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTT-TG---ATAT-A-TTTC-AGTC-AT--TGAAATGCATATTCAAAATCAC-AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-CGTACTTCAATTATGGAaaatagctggtacgtata

Unaligned ( gi|20 ): TTACATATCTGCATGTAAAAAAACAGCGAGAATAAATATAGTGGGAACTCCATCAATACCTTTGCC
Unaligned ( gi|21 ): ACATATCTGCATGTAAAAAAACAGCGAGATAAATATATAGTGGGACTCCATCAATACCTTTGC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAAACAGTAA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAA
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA

lowQualScore                  :                                                       33333333333333                             22      88888888888888888888888888                             11       1               2222222           2222222222      22222222             2            11                      11                                                                               11                               11111                                11       1  1  1     222   11        11    3333333     2     1          222    33333    1   1  22222222     11  11  11  1            11111        1     22222    111    1  22222      2   1  111          1111                      1                            333333      2        
lowQualScore                  :              7     6      7 6 1          7   6        00000000000000       77  7       6         11      11111111111111111111111111   7              7   7 1    88       0 3  777  4     0000000  66  5555 0000000000      88888888 2 1         0    4 3  2  55           2 2 2 55 1 77 3333    1 22        22 1   3    1 22    3333 1     22  22     0    2 2   5555 66  2   2 6  3  66   3     4     99999        5     5    3     99     33  3 3  0  0  0     333   33      3 22    7777777     0  3  0          777    77777    0   0  99999999     22  33  33  0            88888   2  1 0     88888    111    0  55555    3 0   0  777   3      7777                    2 0           3        3       444444 0  0 3 0      
lowQualScore                  :              .     .      . . .          .   .        ..............       ..  .       .         ..      ..........................   .              .   . .    ..       . .  ...  .     .......  ..  .... ..........      ........ . .         .    . .  .  ..           . . . .. . .. ....    . ..        .. .   .    . ..    .... .     ..  ..     .    . .   .... ..  .   . .  .  ..   .     .     .....        .     .    .     ..     ..  . .  .  .  .     ...   ..      . ..    .......     .  .  .          ...    .....    .   .  ........     ..  ..  ..  .            .....   .  . .     .....    ...    .  .....    . .   .  ...   .      ....                    . .           .        .       ...... .  . . .      
lowQualScore                  :              3     7      3 7 0          3   7        33333333333333       33  3       7         77      33333333333333333333333333   3              3   3 0    77       0 2  777  4     0000000  11  3333 3333333333      66666666 9 0         6    7 0  4  00           4 4 1 00 9 99 9999    8 55        44 7   5    7 88    9999 8     88  88     2    0 0   3333 44  8   3 7  2  33   6     0     44444        7     7    5     22     88  2 2  0  0  0     000   22      2 55    2222222     0  2  0          555    22222    0   0  88888888     55  22  88  0            55555   0  0 0     00000    000    0  00000    2 0   0  000   2      5555                    5 0           2        2       777777 7  7 7 7      
consensus                     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTA-CCGTGGTT-TTAGAT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAG----TGAAT-TNAAAGTTATT-AACT-TCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAG--TCTC---GTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAA-GC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GNAC-TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 )     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTNCACTTAATATTATGGAAGCAATGCCAAAGT-CACAA-AAGTAAAGGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGCAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAAAGNTGTAGCCGTGGTT-TTAAAT-AA-AAATTN--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAG----TAAAT-TNAAAGTTATTTAACT-TCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-A--C----ATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTNGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GGTAACA-TCATG-GAGAAAAGAA---TCTC---GTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAACGTNG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTG-AAA-GC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAACGCACGTGCTCCAACTATGGA
gi|1                          :      GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA--CGTGGTT-TTAAAT-AA-AAATTT--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAA----CAAAT-TGAAAGTTATTTAACT-CCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-A--C----ATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAAACA---TCTTG--GTCAGATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAA-GC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCTACTTC-ATTATGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                           gtcaaT-AA-AAATTAATTCAGTTT-AA--AAC---A-TAA-TAATTAG----TG--T-TCAAAGTTATTAATTT-TCTC-TT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11                         :                                                                                                                                           tatgatccgataatcatcaattattttttgT-TTAG-T-AA-AAATTA--CT--TTA-AA--G-C---ATGA--TAATTAG----TA--T-TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                    ttgtatggtccgatgttgagcaatcataT-AA-AAATTA--TT--TTT-AA--A-C---C-ATAATAATTAG----TAA---TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTACACGGT-T-A-A--A-AA-C----ATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13                         :                                                                                                                                                  gtatggtccgatgttgatcaattattttttg-AA-AAATTA---C--TTT-AA--A-CTTTA--AAGCA-TTAG----CG--T-TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTATATACT-T-G-A--A-AA-C----ATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                    agctgtatggtccgatgttattttctgcTTAATT-TTCT-CTC-AGTTACATACT-T-G-A--A-G--C----ATTT-G--CTCGTAA------GA-AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                          aaagcagactaactgctgttacagtgT-TTAAAGTCATT-AACT-T----------------GCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      gcagatgtt-A--A-A--C----ATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                     caactaagtggtatgaT-TCCC-TT--GGTTACATGTT-T-G-A--A-AA-C----ATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       tattacct-A--A-A--C----ATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        a----ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2                          :      GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCA-----------------AAGTT------CA-------CAAGCAAGAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTATTAGAATTTGTTAGGG-AGTAAATTC----------------------GAAG-AACTTG----AAAAT--GAAAGTTATT-AACC-CCCC-C----AT-ACATGCGGT-G-A--A-AAAC----ATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTCTC---A--AGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT-G-AAA-TC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC-TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   c-A--T----ATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                ttac-A--T----ATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                acAACT-TTTC-CTT-AATTGCAAGCT-T-GAA--A-A--C----ATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                    T-TTAAAGTTATC-AACT-T----------------GCT-T-G-A--A-AA-T----ACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|3                          :       ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAG--AGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAGCCGTGGTT-T--AATGAA-AAATTT--TC--TTTAAA--G-C---A-GAAGTAATTAA-----AAAT-TGAAAGTTA--TAACTCCCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AG-C----ATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAGAAAGAAC---TCTCTGAGTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAA-GC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAA-----GGTAACAGTCATG-GAGAAAAGAAG--TTTC----TCAGA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTG-AAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-CGTACTTCAATTATGGAga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                     TGATTAGA---TGAAT-TTAG---TGTTTAATT-TCCCATT--AGTTACATGCA-T-G-AC-A-A--C----ATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---AGTGAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6                          :                                                                                                                                gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttA-AAATTA--CT--TTG-AA--G-C---A-GA-TTGACTAA----TG--C-TTAAAGTCATT---------------GACTACATGCT-A-G-A--A-A--C----ATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7                          :                                                                                                                                              actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattttttgtacTTA--TA--TTA-AA--G-C---A-CATG-AATCAGGTTTTGAAT-TTAAAGTTATT-AACTGTCCC-TT--CGTTGGATGCT-T-G-G--ACA--C----ATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8                          :                                                                                                                                               aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcatt--TCT-AA--G-C---A--ATG-AATTAG----TT--T-TTAATGTTTATTAACT-TTCC-CTTTAATTACATGCT-TTG-A--A-A--CCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9                          :                                                                                                                                         tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaatactA-AAATTA---C--TTA-AAATG-T---A-TAA-TAATC------TAGGTCTTAAAGT-ATTAATTT-TCCC-TT--GATTACATGCT-T-A-ATAA-A--C----ATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA

Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAA
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA

lowQualScore                  :                                                             111    333333333333                           7777777777777777777777777                  111        444444444444    22222222        1111111           2222222222       33333333                   22222222222                                                                                                  11                               11111                                11       1  1  1     222   11        11     333333     1     1               4444   1  1   1  22222222     11  11  11  1            11111        1     22222    111    1  22222            111          1111                      1                            3333333      1        
lowQualScore                  :              7     6      7 6            7   6         6    777    999999999999          7       7  6     4444444444444444444444444   7              888        000000000000    77777777  4     6666666  55  44 3 2222222222   3   22222222 2 1      2 2      22222222222         33  2  2  333      1 22        22 1   3    1 22    3333 1     22  22     0    2 2   7777 66  2   2 6  3  66   3     4     99999        5     5    3     99     33  3 3  0  0  0     333   33      3 22     555555     5  3  0   3   2  0 0  2222   0  0   0  99999999     22  33  33  0            88888      1 0     88888    111    0  55555    3       777   3      7777                    2 0           3        3       3333333      3        
lowQualScore                  :              .     .      . .            .   .         .    ...    ............          .       .  .     .........................   .              ...        ............    ........  .     .......  ..  .. . ..........   .   ........ . .      . .      ...........         ..  .  .  ...      . ..        .. .   .    . ..    .... .     ..  ..     .    . .   .... ..  .   . .  .  ..   .     .     .....        .     .    .     ..     ..  . .  .  .  .     ...   ..      . ..     ......     .  .  .   .   .  . .  ....   .  .   .  ........     ..  ..  ..  .            .....      . .     .....    ...    .  .....    .       ...   .      ....                    . .           .        .       .......      .        
lowQualScore                  :              3     7      3 7            3   7         7    777    000000000000          3       3  7     0000000000000000000000000   3              000        555555555555    99999999  4     7777777  88  66 3 3333333333   1   55555555 5 0      4 4      33333333333         11  1  0  222      7 44        33 7   3    7 88    9999 8     88  88     2    0 0   4444 66  8   3 7  2  33   6     0     44444        7     7    5     22     88  2 2  0  0  0     000   22      2 55     888888     0  2  0   2   5  2 2  5555   0  0   0  88888888     55  22  88  0            55555      2 0     00000    000    0  00000    2       000   2      5555                    5 0           2        2       7777777      3        
consensus                     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAG-T-CACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TNGGT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 )     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAG-T-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TAGAT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TNAAAGTT-A-TTAACT-TCCC-CT--AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GNAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1                          :      GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTT-CACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATG-AAGCTGTA-----CG-TG--GTTT--TAAAT-AA-AAATTT--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAACT-CCCC-CT--AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                         gtcaaTTT--TTG-T-AA-AAATTAATTCAGTTT-AA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATT-TTCT-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11                         :                                                                                                                                                       tatgatccgataatcatcaattatTT--TAG-T-AA-AAATTA--CT--TTA-AA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                  ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTT--TTG-T-AA-AAATTA--TT--TTT-AA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13                         :                                                                                                                                 gtatggtccgatgttgatcaattatAGCTGTATGGTCCGATGTTATTT--TCTGC-AA-AAATTA---C--TTT-AA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                           -AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATT-TTCT-CTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                           aT-TTAAAGTC-A-TTAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                        caactaagtggtaT-A-TTACCT-TTCC-CTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2                          :      GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAG-TTCACA--------------------AG------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTGTTAGGG-AGTAAATT-----------------C-----GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACC-CCCC-C----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                         acAACT-TTTC-CTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                            T-TTAAAGTT-A-TCAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                          ttT-TTAAAGTT-A-TCAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3                          :       ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAG-T-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTT----AATGAA-AAATTT--TC--TTTAAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A--TAACTCCCCC-CT--AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                            TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATT-TCCCATT--AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6                          :                                                                                                                                       gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttA-AAATTA--CT--TTG-AA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT--------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7                          :                                                                                                                                                     actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattttttgtacTTA--TA--TTA-AA--G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCC-TT--CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8                          :                                                                                                                                                aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattTA--CT--TCT-AA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACT-TTCC-CTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                    tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaaA-AAATTA---C--TTA-AAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATT-TTCC-CTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA

Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA

lowQualScore                  :                                                              2     33333333333                           7777777777777777777777777                  111        444444444444       11           1111111          2222222222       33333333                                                                                                                              11                               11111                                11       1  1  1     222   11        11     333333     1     1               4444   1  1   1  22222222     11  11  11  1            11111        1     22222    111    1  22222            111          1111                      1                            3333333      1        
lowQualScore                  :              7     6      7 6            7   6         6     6     33333333333                  7  6     4444444444444444444444444   7              777        000000000000    66 11   4 4     6666666  2  77 3 2222222222   3   22222222 2 1      2 2       3   0 22         33  2  2  333      1 22        22 1   3    1 22    3333 1     22  22     0    2 2   7777 66  2   2 6  3  66   3     4     99999        5     5    3     99     33  3 3  0  0  0     333   33      3 22     555555     5  3  0   3   2  0 0  2222   0  0   0  99999999     22  33  33  0            88888      1 0     88888    111    0  55555    3       777   3      7777                    2 0           3        3       2222222      3        
lowQualScore                  :              .     .      . .            .   .         .     .     ...........                  .  .     .........................   .              ...        ............    .. ..   . .     .......  .  .. . ..........   .   ........ . .      . .       .   . ..         ..  .  .  ...      . ..        .. .   .    . ..    .... .     ..  ..     .    . .   .... ..  .   . .  .  ..   .     .     .....        .     .    .     ..     ..  . .  .  .  .     ...   ..      . ..     ......     .  .  .   .   .  . .  ....   .  .   .  ........     ..  ..  ..  .            .....      . .     .....    ...    .  .....    .       ...   .      ....                    . .           .        .       .......      .        
lowQualScore                  :              3     7      3 7            3   7         7     7     00000000000                  3  7     0000000000000000000000000   3              777        555555555555    11 22   0 0     7777777  5  99 3 3333333333   1   55555555 5 3      4 4       8   7 99         11  1  0  222      7 44        33 7   3    7 88    9999 8     88  88     2    0 0   4444 66  8   3 7  2  33   6     0     44444        7     7    5     22     88  2 2  0  0  0     000   22      2 55     888888     0  2  0   2   5  2 2  5555   0  0   0  88888888     55  22  88  0            55555      2 0     00000    000    0  00000    2       000   2      5555                    5 0           2        2       3333333      3        
consensus                     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TTTGTA-A-AAATTA--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 )     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGT-CACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TNGGTA-A-AAATTA--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1                          :      GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATG-AAGCTGTA----C-G-TG--GTTT--TAAATA-A-AAATTT--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                        gtcaaTTT--TTTGTA-A-AAATTAATTCAGTTTAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11                         :                                                                                                                                                        tatgatccgataatcatcaattaT--TTAGTA-A-AAATTA--CT--TTAAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                 ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTT--TTTGTA-A-AAATTA--TT--TTTAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13                         :                                                                                                                                 gtatggtccgatgttgatcaattaAGCTGTATGGTCCGATGTTATTT--TCTGCA-A-AAATTA---C--TTTAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                          AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                         aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                      caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2                          :      GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTGTTAGGGA-GTAAATT----------------C-----GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                       acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                          T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3                          :       ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTT--AATG-A-A-AAATTT--TC--TTTAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                          TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6                          :                                                                                                                          gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttTTT--TTTGTACA-AAATTA--CT--TTGAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7                          :                                                                                                                                                              actaaaactgtatcattcatgttcatcaattaTTA--TA--TTAAA--G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8                          :                                                                                                                                     aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattGTA-C-AGAATA--CT--TCTAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9                          :                                                                                                                                               tattgtccaattttatctaatcattttattTTT--TTTGTA-A-AA-TTA---C--TTAAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA

Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA

lowQualScore                  :                                                                    33333333333                           7777777777777777777777777                  22         222222222222                         111111         222222222222222       33333333                                                                                                                              11                               11111                                11       1  1  1     222   11        11     333333     1     1               4444   1  1   1  22222222     11  11  11  1            11111        1     22222    111    1  22222            111          1111                      1                            3333333      1        
lowQualScore                  :              7     6      7 6            7   6         6     7     33333333333                  7  6     4444444444444444444444444   7              22         999999999999     3  99999   3  3     555555  7777   444444444444444   3   22222222 2 1      2 2       3   0 22         33  2  2  333      1 22        22 1   3    1 22    3333 1     22  22     0    2 2   7777 66  2   2 6  3  66   3     4     99999        5     5    3     99     33  3 3  0  0  0     333   33      3 22     555555     5  3  0   3   2  0 0  2222   0  0   0  99999999     22  33  33  0            88888      1 0     88888    111    0  55555    3       777   3      7777                    2 0           3        3       2222222      3        
lowQualScore                  :              .     .      . .            .   .         .     .     ...........                  .  .     .........................   .              ..         ............     .  .....   .  .     ......  ....   ...............   .   ........ . .      . .       .   . ..         ..  .  .  ...      . ..        .. .   .    . ..    .... .     ..  ..     .    . .   .... ..  .   . .  .  ..   .     .     .....        .     .    .     ..     ..  . .  .  .  .     ...   ..      . ..     ......     .  .  .   .   .  . .  ....   .  .   .  ........     ..  ..  ..  .            .....      . .     .....    ...    .  .....    .       ...   .      ....                    . .           .        .       .......      .        
lowQualScore                  :              3     7      3 7            3   7         7     3     00000000000                  3  7     0000000000000000000000000   3              33         000000000000     6  11111   6  6     777777  7777   333333333333333   1   55555555 5 3      4 4       8   7 99         11  1  0  222      7 44        33 7   3    7 88    9999 8     88  88     2    0 0   4444 66  8   3 7  2  33   6     0     44444        7     7    5     22     88  2 2  0  0  0     000   22      2 55     888888     0  2  0   2   5  2 2  5555   0  0   0  88888888     55  22  88  0            55555      2 0     00000    000    0  00000    2       000   2      5555                    5 0           2        2       3333333      3        
consensus                     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTAT-GAAGCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 )     : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1                          :      GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTAT-GAAGCTGTA-----CG-TG--GTTTT-AA-----ATA-AA-AATTT--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                        gtcaaTTTT-TT-----GTA-AA-AATTAATTCAGTT----TAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11                         :                                                                                                                                                        tatgatccgataatcatcaattaTT-TA-----GTA-AA-AATTA--CT--TT----AAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                 ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TT--TT----TAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13                         :                                                                                                                                 gtatggtccgatgttgatcaattaAGCTGTATGGTCCGATGTTATTTT-CT-----GCA-AA-AATTA---C--TT----TAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                  AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                 aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                              caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2                          :      GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTG-TTAGGGAGTA-AA------------TT----C------------GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                               acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                  T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3                          :       ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTTA-AT-----G-A-AA-AATTT--TC--TT----TAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                  TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6                          :                                                                                                                          gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttTTTT-TT-----GTACAA-AATTA--CT--TT----GAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7                          :                                                                                                                                actaaaactgtatcattcatgttcatcaatta----CTG-TA--ACTTT-TT-----GTA-CATAATCA--TT--TTATATTAAA-G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8                          :                                                                                                                                                      aaactgtatggtccgatgttcatTTTTATT-----GTA-CA-GAATA--CT--TC----TAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                      tattgtccaattttatctaatcaTTTT-TT-----GTA-AA-A-TTA---C--TT----AAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA