lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 222 1 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 11 11 111111 11 111 33333 1 22 33333 22222 22 2222222222 1 22 33 22 1 5555555555 2 1 77777777777777777777777777777777777 222222 11 1 22222 111 4444444444444 22 1 11 3333333333 55 1 333 2
lowQualScore : 5 5 000 2 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 0 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5 3 00 2 22 2 2 2 111111 2 22 2 33 555 333 2 4 4 1 00000 33 33 1 44444 33 2 1 33 77777 5 3 5 44444 666 66 6 1111111111 7 7 3 22 11 22 6 7 3 3333333333 3 7 3 99999999999999999999999999999999999 111111 88 3 77777 888 3333333333333 22 3 88 4444444444 00 6 3 7 7 3 000 0
lowQualScore : . . ... . . . ............................................................................ . . . . ........................................................................ . . . .. . .. . . . ...... . .. . .. ... ... . . . . ..... .. .. . ..... .. . . .. ..... . . . ..... ... .. . .......... . . . .. .. .. . . . .......... . . . ................................... ...... .. . ..... ... ............. .. . .. .......... .. . . . . . ... .
lowQualScore : 5 0 555 5 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 0 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8 1 44 9 55 7 7 7 999999 4 66 2 11 444 777 1 2 2 6 22222 22 22 0 88888 22 7 7 11 55555 0 2 7 33333 888 00 0 5555555555 3 3 3 77 77 33 7 3 3 7777777777 3 3 3 77777777777777777777777777777777777 777777 33 3 77777 000 0000000000000 00 3 33 0000000000 00 7 3 3 3 0 000 0
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTNCACTTAATATTATGGAAGCAATGCCAAAGT-CACAA-AAGTAAAGGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGCAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAAAGNTGTAGCCGTGG---TT-TTA---AAT-AAAAATT--NTC--TTT-AAG-C---A--GAAGTAATTAGTAAAT--TNAAAGTTATTTAAC-T-TCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-A--CATTT-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAATAT-T---GTNGGG-AACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGGTTTGA-ATA-CTATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAGG---GGTAACA-TCATG-GAGAAA-AGAA---TCT-CG--TCAGA-TCATG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAACGT-NGTATTT-AT---ATAT-A-TTTC-AGTC-AT--TGAAA-GC--ATTCAAAATCAC-AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAACGCACGTGCTCCAACTATGGA
Reference ( gi|1 ) : GTCAAGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA--CGTGG---TT-TTA---AAT-AAAAATT--TTC--TTT-AAG-C---A--GAAGTAATTAACAAAT--TGAAAGTTATTTAAC-T-CCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-A--CATTT-G--CT--TGTAAA---A-GAA-AACA-GTGAGA---ATGATTA--TT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGG-AACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAATTAGCTCCACT----CG-A-AGGTTTGA-ATAACTATAAC--GTATGGGCATGTA-CCTAAAGGT-GATAACAGTCATG-GAGAAA-AACA---TCT-TG-GTCAGATTCATG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGT-GATATTT-AT---ACAT-A-TTTCAAGTC-AT--TGAAAAGC--ATTC-AAATCA--AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-C-TACTTC-ATTATGGACA
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCA----------------AAG--TT-----CA-------CAAGCAAGAAA--GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA-GAA-GATGTA--T-TAGAATTTGTTAGGGAGT-AAA------TTC-----------------GAAGAACTTGA-AAAT---GAAAGTTATT-AAC-C-CCCC-C----AT-A-CATGC-GGTG-A----A-AAACATTTAG--CT--TGTAAA---ACGAAGAACA-GTGAGA---A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAAA-ATAT---GTTGG-----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTA-TAAAT-AGC-CCACTGCCGCA-ACAGGTT-GACATA-CAGTAATCTGTATGG-CATGTAGCCTAAGG-----TAACA-TC-TGAGAGAAA-AGAAGTGTCT-CA----AGATCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGT-TGTATTT-ATTTGATATTACTTTCAGGTCGATCATGAAA--T--CTTA-TAATCACAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC-TGCTCC-ACTATGGA
gi|3 : cTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-G-AGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAGCCGTGG---TT-T-----AATGAAAAATT--TTC--TTTAAAG-C---A--GAAGTAATTAA-AAAT--TGAAAGTTA--TAAC-TCCCCC-CT--AATTA-CATGC-T-TG-A----A-AG-CATTT-G--CT--TGTAAA---A-GAA-AACA-GTGAAA-----GATTAATTT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGA-AACACAATGA--TTAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGGTTTGA-AT-ACTATAAC--GTA--GGCATG-A-CT---AGGTAGATAACA-TCATG-GAGAAAGAAC----TCTCTGAGTCAGA-TCATG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGT-AGAATTTGAT---ACA--A-TTC--AGTC-AT--TGAAAAGC--ATTCAAAATCATTAGAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTaat
gi|6 : ---TT-TTG---TAC-AAAA--T--TAC--TTTGAAG-C---A--GA-----TTGACTAATGCTTAAAGTCATT----------------GACTA-CATGC-T-AG-A----A-A--CAT---G--ATAATGTAAA---A-GAA-AACA---GAGA-----GACTA--TT--T-----ATAAATAC------------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA--TAGTTCCACA----CG-ga
gi|11 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattT-TTA---G-T-AAAAATT--ACT--TTA-AAG-C---AT-GA--TAATTAGTA--T--TAAAAGTTATT-AAC-T-TTCC-CTT-AATTA-CATGC-T-TGAA----A-A--CATTT-G--TA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-AACACAATAAcgcgat
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatcataT-AAAAATT--ATT--TTT-AAA-C---C--ATAATAATTAGTAA----TAAAAGTTATT-AAC-T-TTCC-CTT-AATTA-CACGG-T-TA-A----A-AA-CATTT-G--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGAGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-ACCACA
gi|10 : gtatggtccgatgttgatcaattattttttgT-AAAAATTAATTCAGTTT-AAAAC---A--TAA-TAATTAGTG--T--TCAAAGTTATTAATT-T-TCTC-TT--AATTA-CATGC-T-TGAA----A-A--CATTC-T--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGTGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G-GGGG-AACACAATAAAtcaa
gi|13 : tatgatccgataatcatcaattattttttg-AAAAATT--A-C--TTT-AAA-CTTTA---AAGCA-TTAGCG--T--TAAAAGTTA-TTAACTT-TCCC-TT--AATTA-TATAC-T-TGAA----A-A--CATCT-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-AGAAGA---AT-ATTA--TT--TAAAAGGGAAATAT-T---A-AGGG-ACCACAATAAAta
gi|8 : agctgtatggtccgatgttattttctgc--TCT-AAG-C---AATGAATTAGTT------T--TTAATGTTTATTAAC-T-TTCC-CTTTAATTA-CATGCTT-TG-AAACCA-A--CATTT-G--A---TGTAAA---A-GAAGAACA-GTGGGA---A-GATTA--TC--TAAGAAG---GTAT-TAAAGTAGGA-TGCAC-ATCAA--TAC-ATTTta
gi|7 : tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaatactAAT--TTAAAGTTATT-AAC-TGTCCC-TT--CGTTG-GATGC-T-TG-G----ACA--CATTT-A--CA--TTTGAA---A-GAA-AACA-GGGAGA---A-GATTA--TT--TAAAACGTAAATAT-T---G-TGGA-AACCCA
gi|9 : aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattttatattaaagcacatgaatcaggttttgAAAGT-ATTAATT-T-TCCC-TT--GATTA-CATGC-T-TA-ATA--A-A--CATTT-GGGCA--TGTAAA---A-GAA-AACA-GCTAGA---A-GATTA--TC--TAAAACGTAAATAT-T---G-TGGG-ACCACAtaaat
gi|5 : gctggtatggtccccaatattcatcaaattatttttttgtaaaattacttaaaatgtataataatctaggtcttTGTTTAAT-T-TCCCATT--AGTTA-CATGC-A-TG-AC---A-A--CATTT-G--CT--TGTAAA---T-AAA-AACATGGGAGA---A-AATCA--TT--TAAAAAGTAAATAT-T---AGTGAA-AATGTGTT--AGATGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-A-TGAA-TAGCACCACG----CG-
gi|14 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttcttttgattagatgaatttagTTAAT-T-TTCT-CTC-AGTTA-CATAC-T-TG-A----A-G--CATTT-G--CT--CGTAA-------GA-AACA-GTGTG------GATTG--GT--TTAAAAGTAAAT-T-T---GT--GG-GTCGCA-------TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--A-TAAA
gi|17 : aaagcagactaactgctgttacagtg-T-TCCC-TT--GGTTA-CATGT-T-TG-A----A-AA-CATTC-G--CA--TGTAAA---A-GAA-AACA-TTGAAA---ATG
gi|22 : tattacctCC-TT--AATTG-CAAGC-T-TGAA----A-A--CATTT-G--C------AAAAACA-GAA-AGCA-GCGACA---Atgaatcagggagtccacattaa
gi|15 : aacttttATTAACTTGC-T-TG-A----A-AA-CATTT-G--CA--TGTAAA---G-GAA-AACA-GTGAGA---A-GA------T--TTAAAA--AAATATAT---AGTGGG-AAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-Cg
gi|18 : gcagatgtttttaaagtc-A----A-A--CATTC-G--CA--TCTAAA---A-GAA-AACA-GCGCGA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAACAT-T---G--GGGAAAGACAATAAA
gi|16 : a-A----A-A--CATTT-G--CA---GTAAA---A-GAA-AACAGGCGAGATTGAAGATGA--TT--TAAAAAGTGAATAT-A---GTGGGtat
gi|19 : caactaagtggtatgaATTT-G--CA--TGTATA---A-GAA-AAAA-CTGAAA---A-GATTA--TT--TAAAAAGTAAATAT-tgtgcataaa
gi|4 : GTAAA---A-GAA-AACA-GTGAGA---A-GATTA--TT--TCAAAAGTAAATAT-T---GTTGGG-AACAC-ATGAA-TTAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-A-TAAA-TAGCTCCACT----CGCA-AGG-TTGA-ATACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAA-----GGTAACAGTCATG-GAGAAA-AGAA---GTT-T--CTCAGA-TCATGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTT-TG---ATAT-A-TTTC-AGTC-AT--TGAAATGCATATTCAAAATCAC-AGAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-CGTACTTCAATTATGGAaaatagctggtacgtata
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTACATATCTGCATGTAAAAAAACAGCGAGAATAAATATAGTGGGAACTCCATCAATACCTTTGCC
Unaligned ( gi|21 ): ACATATCTGCATGTAAAAAAACAGCGAGATAAATATATAGTGGGACTCCATCAATACCTTTGC
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAAACAGTAA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAA
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 22 88888888888888888888888888 11 1 2222222 2222222222 22222222 2 11 11 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 3333333 2 1 222 33333 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 2 1 111 1111 1 333333 2
lowQualScore : 7 6 7 6 1 7 6 00000000000000 77 7 6 11 11111111111111111111111111 7 7 7 1 88 0 3 777 4 0000000 66 5555 0000000000 88888888 2 1 0 4 3 2 55 2 2 2 55 1 77 3333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 5555 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 7777777 0 3 0 777 77777 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 2 1 0 88888 111 0 55555 3 0 0 777 3 7777 2 0 3 3 444444 0 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . .............. .. . . .. .......................... . . . . .. . . ... . ....... .. .... .......... ........ . . . . . . .. . . . .. . .. .... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ....... . . . ... ..... . . ........ .. .. .. . ..... . . . ..... ... . ..... . . . ... . .... . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 3 7 3 7 0 3 7 33333333333333 33 3 7 77 33333333333333333333333333 3 3 3 0 77 0 2 777 4 0000000 11 3333 3333333333 66666666 9 0 6 7 0 4 00 4 4 1 00 9 99 9999 8 55 44 7 5 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 3333 44 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 2222222 0 2 0 555 22222 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 0 0 0 00000 000 0 00000 2 0 0 000 2 5555 5 0 2 2 777777 7 7 7 7
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTA-CCGTGGTT-TTAGAT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAG----TGAAT-TNAAAGTTATT-AACT-TCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAG--TCTC---GTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAA-GC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GNAC-TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTNCACTTAATATTATGGAAGCAATGCCAAAGT-CACAA-AAGTAAAGGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGCAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAAAGNTGTAGCCGTGGTT-TTAAAT-AA-AAATTN--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAG----TAAAT-TNAAAGTTATTTAACT-TCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-A--C----ATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTNGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GGTAACA-TCATG-GAGAAAAGAA---TCTC---GTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAACGTNG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTG-AAA-GC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAACGCACGTGCTCCAACTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAG-AGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA--CGTGGTT-TTAAAT-AA-AAATTT--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAATTAA----CAAAT-TGAAAGTTATTTAACT-CCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-A--C----ATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAAACA---TCTTG--GTCAGATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAA-GC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCTACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaaT-AA-AAATTAATTCAGTTT-AA--AAC---A-TAA-TAATTAG----TG--T-TCAAAGTTATTAATTT-TCTC-TT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaattattttttgT-TTAG-T-AA-AAATTA--CT--TTA-AA--G-C---ATGA--TAATTAG----TA--T-TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTACATGCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatcataT-AA-AAATTA--TT--TTT-AA--A-C---C-ATAATAATTAG----TAA---TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTACACGGT-T-A-A--A-AA-C----ATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattattttttg-AA-AAATTA---C--TTT-AA--A-CTTTA--AAGCA-TTAG----CG--T-TAAAAGTTATT-AACT-TTCC-CTT-AATTATATACT-T-G-A--A-AA-C----ATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : agctgtatggtccgatgttattttctgcTTAATT-TTCT-CTC-AGTTACATACT-T-G-A--A-G--C----ATTT-G--CTCGTAA------GA-AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aaagcagactaactgctgttacagtgT-TTAAAGTCATT-AACT-T----------------GCT-T-G-A--A-AA-C----ATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgtt-A--A-A--C----ATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtatgaT-TCCC-TT--GGTTACATGTT-T-G-A--A-AA-C----ATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : tattacct-A--A-A--C----ATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : a----ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCA-----------------AAGTT------CA-------CAAGCAAGAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTATTAGAATTTGTTAGGG-AGTAAATTC----------------------GAAG-AACTTG----AAAAT--GAAAGTTATT-AACC-CCCC-C----AT-ACATGCGGT-G-A--A-AAAC----ATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTCTC---A--AGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT-G-AAA-TC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC-TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c-A--T----ATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac-A--T----ATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACT-TTTC-CTT-AATTGCAAGCT-T-GAA--A-A--C----ATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTTATC-AACT-T----------------GCT-T-G-A--A-AA-T----ACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAG--AGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAGCCGTGGTT-T--AATGAA-AAATTT--TC--TTTAAA--G-C---A-GAAGTAATTAA-----AAAT-TGAAAGTTA--TAACTCCCCC-CT--AATTACATGCT-T-G-A--A-AG-C----ATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAGAAAGAAC---TCTCTGAGTCAGA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAA-GC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTtaa
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAA-----GGTAACAGTCATG-GAGAAAAGAAG--TTTC----TCAGA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTG-AAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAAAAC-CGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGATTAGA---TGAAT-TTAG---TGTTTAATT-TCCCATT--AGTTACATGCA-T-G-AC-A-A--C----ATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---AGTGAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttA-AAATTA--CT--TTG-AA--G-C---A-GA-TTGACTAA----TG--C-TTAAAGTCATT---------------GACTACATGCT-A-G-A--A-A--C----ATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattttttgtacTTA--TA--TTA-AA--G-C---A-CATG-AATCAGGTTTTGAAT-TTAAAGTTATT-AACTGTCCC-TT--CGTTGGATGCT-T-G-G--ACA--C----ATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcatt--TCT-AA--G-C---A--ATG-AATTAG----TT--T-TTAATGTTTATTAACT-TTCC-CTTTAATTACATGCT-TTG-A--A-A--CCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaatactA-AAATTA---C--TTA-AAATG-T---A-TAA-TAATC------TAGGTCTTAAAGT-ATTAATTT-TCCC-TT--GATTACATGCT-T-A-ATAA-A--C----ATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTAAAGTTATCAACTTGCTTGAAAATACCCGCATTTGAAAGAAA
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 111 333333333333 7777777777777777777777777 111 444444444444 22222222 1111111 2222222222 33333333 22222222222 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 333333 1 1 4444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 777 999999999999 7 7 6 4444444444444444444444444 7 888 000000000000 77777777 4 6666666 55 44 3 2222222222 3 22222222 2 1 2 2 22222222222 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 555555 5 3 0 3 2 0 0 2222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 3333333 3
lowQualScore : . . . . . . . ... ............ . . . ......................... . ... ............ ........ . ....... .. .. . .......... . ........ . . . . ........... .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ...... . . . . . . . .... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 777 000000000000 3 3 7 0000000000000000000000000 3 000 555555555555 99999999 4 7777777 88 66 3 3333333333 1 55555555 5 0 4 4 33333333333 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 66 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 888888 0 2 0 2 5 2 2 5555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 7777777 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAG-T-CACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TNGGT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAG-T-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TAGAT-AA-AAATTA--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TNAAAGTT-A-TTAACT-TCCC-CT--AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GNAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTT-CACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATG-AAGCTGTA-----CG-TG--GTTT--TAAAT-AA-AAATTT--TC--TTT-AA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAACT-CCCC-CT--AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaaTTT--TTG-T-AA-AAATTAATTCAGTTT-AA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATT-TTCT-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaattatTT--TAG-T-AA-AAATTA--CT--TTA-AA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTT--TTG-T-AA-AAATTA--TT--TTT-AA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattatAGCTGTATGGTCCGATGTTATTT--TCTGC-AA-AAATTA---C--TTT-AA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACT-TTCC-CTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : -AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATT-TTCT-CTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aT-TTAAAGTC-A-TTAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtaT-A-TTACCT-TTCC-CTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAG-TTCACA--------------------AG------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTGTTAGGG-AGTAAATT-----------------C-----GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACC-CCCC-C----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACT-TTTC-CTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTT-A-TCAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : ttT-TTAAAGTT-A-TCAACT-T----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAG-T-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTT----AATGAA-AAATTT--TC--TTTAAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A--TAACTCCCCC-CT--AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATT-TCCCATT--AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttA-AAATTA--CT--TTG-AA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT--------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaattattttttgtacTTA--TA--TTA-AA--G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCC-TT--CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattTA--CT--TCT-AA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACT-TTCC-CTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcattttattgtacagaaA-AAATTA---C--TTA-AAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATT-TTCC-CTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 2 33333333333 7777777777777777777777777 111 444444444444 11 1111111 2222222222 33333333 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 333333 1 1 4444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 6 33333333333 7 6 4444444444444444444444444 7 777 000000000000 66 11 4 4 6666666 2 77 3 2222222222 3 22222222 2 1 2 2 3 0 22 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 555555 5 3 0 3 2 0 0 2222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 2222222 3
lowQualScore : . . . . . . . . ........... . . ......................... . ... ............ .. .. . . ....... . .. . .......... . ........ . . . . . . .. .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ...... . . . . . . . .... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 7 00000000000 3 7 0000000000000000000000000 3 777 555555555555 11 22 0 0 7777777 5 99 3 3333333333 1 55555555 5 3 4 4 8 7 99 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 66 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 888888 0 2 0 2 5 2 2 5555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 3333333 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TTTGTA-A-AAATTA--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGT-CACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTT--TNGGTA-A-AAATTA--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATG-AAGCTGTA----C-G-TG--GTTT--TAAATA-A-AAATTT--TC--TTTAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaaTTT--TTTGTA-A-AAATTAATTCAGTTTAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaattaT--TTAGTA-A-AAATTA--CT--TTAAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTT--TTTGTA-A-AAATTA--TT--TTTAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattaAGCTGTATGGTCCGATGTTATTT--TCTGCA-A-AAATTA---C--TTTAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTGTTAGGGA-GTAAATT----------------C-----GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTT--AATG-A-A-AAATTT--TC--TTTAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttTTT--TTTGTACA-AAATTA--CT--TTGAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaattaTTA--TA--TTAAA--G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcatctgtaactttttgtacataatcattGTA-C-AGAATA--CT--TCTAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcattttattTTT--TTTGTA-A-AA-TTA---C--TTAAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 7777777777777777777777777 22 222222222222 111111 222222222222222 33333333 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 333333 1 1 4444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 7 33333333333 7 6 4444444444444444444444444 7 22 999999999999 3 99999 3 3 555555 7777 444444444444444 3 22222222 2 1 2 2 3 0 22 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 555555 5 3 0 3 2 0 0 2222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 2222222 3
lowQualScore : . . . . . . . . ........... . . ......................... . .. ............ . ..... . . ...... .... ............... . ........ . . . . . . .. .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ...... . . . . . . . .... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 3 00000000000 3 7 0000000000000000000000000 3 33 000000000000 6 11111 6 6 777777 7777 333333333333333 1 55555555 5 3 4 4 8 7 99 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 66 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 888888 0 2 0 2 5 2 2 5555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 3333333 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTAT-GAAGCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGGAAGCTGTA----CCG-TG--GTTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTAT-GAAGCTGTA-----CG-TG--GTTTT-AA-----ATA-AA-AATTT--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaaTTTT-TT-----GTA-AA-AATTAATTCAGTT----TAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaattaTT-TA-----GTA-AA-AATTA--CT--TT----AAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatcataTTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TT--TT----TAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattaAGCTGTATGGTCCGATGTTATTTT-CT-----GCA-AA-AATTA---C--TT----TAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA--GAAGATGTA----TTA-GA--ATTTG-TTAGGGAGTA-AA------------TT----C------------GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTTA-AT-----G-A-AA-AATTT--TC--TT----TAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttctttTTTT-TT-----GTACAA-AATTA--CT--TT----GAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaatta----CTG-TA--ACTTT-TT-----GTA-CATAATCA--TT--TTATATTAAA-G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcatTTTTATT-----GTA-CA-GAATA--CT--TC----TAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcaTTTT-TT-----GTA-AA-A-TTA---C--TT----AAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 7777777777777777777777777 1 22222 111111 222222222222222 33333333 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 333333 1 1 4444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 7 33333333333 7 6 4444444444444444444444444 7 7 0 88888 8 55 3 99999 3 3 555555 7777 444444444444444 3 22222222 2 1 2 2 3 0 22 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 555555 5 3 0 3 2 0 0 2222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 2222222 3
lowQualScore : . . . . . . . . ........... . . ......................... . . . ..... . .. . ..... . . ...... .... ............... . ........ . . . . . . .. .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ...... . . . . . . . .... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 3 00000000000 3 7 0000000000000000000000000 3 3 0 22222 0 55 6 11111 6 6 777777 7777 333333333333333 1 55555555 5 3 4 4 8 7 99 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 66 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 888888 0 2 0 2 5 2 2 5555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 3333333 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA-----CG-TG--GTTTT-AA-----ATA-AA-AATTT--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaa--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTAATTCAGTT----TAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaatt--ATATT-TA-----GTA-AA-AATTA--CT--TT----AAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatc--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TT--TT----TAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattA-GCTGTATGGTCCGATGTTATTTT-CT-----GCA-AA-AATTA---C--TT----TAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA-GAA-GATGTA----TTA-GA--ATTTG-TTAGGGAGTA-AA------------TT----C------------GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTTA-AT-----G-A-AA-AATTT--TC--TT----TAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttcttt--ATTTT-TT-----GTACAA-AATTA--CT--TT----GAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaatt----CTG-TA--ACTTT-TT-----GTA-CATAATCA--TT--TTATATTAAA-G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcat--ATTTTATT-----GTA-CA-GAATA--CT--TC----TAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcTTTT-TT-----GTA-AA-A-TTA---C--TT----AAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 7777777777777777777777777 1 22222 111111 222222222222222 33333333 11 11111 11 1 1 1 222 11 11 333333 1 1 4444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 7 33333333333 7 6 4444444444444444444444444 7 7 0 88888 8 55 3 99999 3 3 555555 7777 444444444444444 3 22222222 2 1 2 2 3 0 22 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 66 2 2 6 3 66 3 4 99999 5 5 3 99 33 3 3 0 0 0 333 33 3 22 555555 5 3 0 3 2 0 0 2222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 2222222 3
lowQualScore : . . . . . . . . ........... . . ......................... . . . ..... . .. . ..... . . ...... .... ............... . ........ . . . . . . .. .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... .. . . . . .. . . ..... . . . .. .. . . . . . ... .. . .. ...... . . . . . . . .... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 3 00000000000 3 7 0000000000000000000000000 3 3 0 22222 0 55 6 11111 6 6 777777 7777 333333333333333 1 55555555 5 3 4 4 8 7 99 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 66 8 3 7 2 33 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 22 2 55 888888 0 2 0 2 5 2 2 5555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 3333333 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA-----CG-TG--GTTTT-AA-----ATA-AA-AATTT--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAAC-TCCCCCT-AATTACATGC--TT-G--AA---ACATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACACAATGAAGTTAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAA-C-GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAA-ACATCTTG--GTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTC-AAATCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaa--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTAATTCAGTT----TAA--AAC---A-TAA-TAAT-TAG----TG--T-TCAAAGTT-A-TTAATTTTCTCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAAA--TAca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaatt--ATATT-TA-----GTA-AA-AATTA--CT--TT----AAA--G-C---ATGA--TAAT-TAG----T--AT-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGAACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatc--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TT--TT----TAA--A-C---C-ATAATAAT-TAG----TAA---TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGGACCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattA-GCTGTATGGTCCGATGTTATTTT-CT-----GCA-AA-AATTA---C--TT----TAA--A-CTTTA--AAGCA-T-TAG----CG--T-TAAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-AGGGACCACAATAAA--TAtcaa
gi|14 : AA--G-C---A-GAC-TAAC-TGC----TG----TTACAGT--G-TTAATTTTCTCTC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---GTGGGT--CGC-----A--TAT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA-
gi|15 : aT-TTAAAGTC-A-TTAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---GT-GGGAAC-CCATAAA--TAT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatgttT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---GTGGG
gi|17 : caactaagtggtaT-A-TTACCTTTCCCTT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-GGGAAAGACAATAAA--TAtgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATAT-CACATCCTTAATTA-GAA-GATGTA----TTA-GA--ATTTG-TTAGGGAGTA-AA------------TT----C------------GAAG-AAC-T------TGAAAATGAAAGTT-A-TTAACCCCCCC----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----GTTGG----ACA--GAA--TACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAA-TAGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACAT-AC-AGTAATCTGTAT-GGCATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC----TCAAGA-TCAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTC-AGGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---GT-GGGAACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---GTGGG--ACTCCATCAA--TAC-CTTTG-Cc
gi|22 : acAACTTTTCCTT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : T-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : ttT-TTAAAGTT-A-TCAACTT---------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTTA-AT-----G-A-AA-AATTT--TC--TT----TAAA-G-C---A-GAAGTAAT-TAA-----AAAT-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCCCT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGAAACACAATGAT--TAC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAA-C-GTA--GGCATG-A--CTAGGTA--GATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAGTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTTGGGAACAC-ATGAAT-TAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-AT-ACATATAACT-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC----TCA-GA-TCA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TGAT-TAGA---TGAAT-TTAGTGTT----TAATTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--GT-GAAAATGTGTTAGA--TGC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAA-TAGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatttactataaatttatgtacagtctttcttt--ATTTT-TT-----GTACAA-AATTA--CT--TT----GAA--G-C---A-GA-TTGAC-TAA----TG--C-TTAAAGTC-A-TTGACT------------ACATGC--TA-GA-AA----CATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC----------------ATG----TAC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAA-TAGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaatt----CTG-TA--ACTTT-TT-----GTA-CATAATCA--TT--TTATATTAAA-G-C---A-CATG-AAT-CAGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTGTCCCTT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGAAAC-CCATAAA--Tgcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcat--ATTTTATT-----GTA-CA-GAATA--CT--TC----TAA--G-C---A--ATG-AAT-TAG----TT--T-TTAATGTTTA-TTAACTTTCCCTTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAGTAGGATGCAC-ATCAA--TAC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcTTTT-TT-----GTA-AA-A-TTA---C--TT----AAAATG-T---A-TAA-TAATCTAGG---T---C-TTAAAGT--A-TTAATTTTCCCTT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---GT-GGGACCACA
blockSeqs : T C T G T G C T AAGTAAAAGT A G GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA T T A TGGTC A TT A AGGGA C T ATTCAG ATAT ACTTTAAAGC C GTTTTGAA A C T . T TA GG T T CCA A GG AC C G T GC TTGA . AT GC T A TAAA TG G A A A T T A GCGT T . T GC CA T T C . A TCT T T GC TAGA G A A A G TGAG A . A ACAAA GG TG GA G GAAA T A ATTTG TAC . GTCGA T ATA A CAA G C A A CGTAC A
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . GC . . . . . . CT . AGCAGAAGT . ATGAA . A . . T A . . . . . . . . G . C . . . . . . TA TG G A A A . . . GGT . . T . . T T . . . CT T T C G . A . A G . . . . ACAA G T . . AT A . TG A . . T A A TTA G . A A AACCG .
blockSeqs : . T . . . . . . TT . ATGTATAAT . TGAA . A . . T A . . . . . . . . . . C . . . . . . T TT G A A A . . . CG . . A . . . . . . . C . . . G . . . . G . . . . A . . . . A A . G A . . . . A CA . . . .
blockSeqs : C . . . . . . TC . AACATAAT . TAA . A . . T A . . . . . . . . . . C . . . . . . T TG G A A A . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . CT . ACCATAAT . AAA . T . . T A . . . . . . . . . . G . . . . . . T TT T G C A . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . AGCACATG . TG . T . . T A . . . . . . . . . . T . . . . . . T TT G A A G . . . A . .
blockSeqs : . . . . . CT . GCATGAT . TA . G . . C G . . . . . . . . . . T . . . . . . T TA A A A C . . .
blockSeqs : . . . . . C . GCAGACT . CG . T . . T A . . . . . . . . . . T . . . . . . A G G T C C . . .
blockSeqs : . . . . . C . GCAGATT . TG . T . . C A . . . . . . . . . . C . . . . . . A G A T C G . . .
blockSeqs : . . . . . . GCAATG . TG . G . . C A . . . . . . . . . . T . . . . . . T G G A A G . .
blockSeqs : GAAG . TT . T . . T C . . . . . . . . . . T . . . . . . A A A A G A .
blockSeqs : . GT . T . . T G . . . . . . . . . . C . . . . . . A T A G C G .
blockSeqs : . T . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . T G A A A A .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T T G A . C .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : C**** TG****** N* **
originalCons : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAG----TGAAT-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GTGGGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
finalCons : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAA-GTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAATATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTAC----CG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----TAA--G-C---A-GAAGTAAT-TAGTG------T-TTAAAGTT-A-TTAACTTTCCCTT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---GN-GGGAACACAATGAA--TAC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAA-TAGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-AT-AC-TATAACC-GTAT-GGCATGTA-CCTAAG-G--GATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---GTCA-GA-TCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTC-AG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 7777777777777777777777777 1 22222222 111111 22222222222222222 11111 11 1 1 1 222 1 11 333333 1 1 44444 1 1 1 22222222 11 11 11 1 11111 1 22222 111 1 22222 111 1111 1 3333333 1
lowQualScore : 7 6 7 6 7 6 6 7 33333333333 7 6 4444444444444444444444444 7 7 0 11111111 55 3 88888 3 3 222222 888888 77777777777777777 3 3 99999999 2 4 2 2 3 66666 33 2 2 333 1 22 22 1 3 1 22 3333 1 22 22 0 2 2 7777 888 33 3 44 3 33 2 3 4 99999 5 6 3 99 33 3 3 0 0 0 333 3 0 3 22 555555 5 3 0 3 8 0 22222 0 0 0 99999999 22 33 33 0 88888 1 0 88888 111 0 55555 3 777 3 7777 2 0 3 3 2222222 3
lowQualScore : . . . . . . . . ........... . . ......................... . . . ........ .. . ..... . . ...... ...... ................. . . ........ . . . . . ..... .. . . ... . .. .. . . . .. .... . .. .. . . . .... ... .. . .. . .. . . . ..... . . . .. .. . . . . . ... . . . .. ...... . . . . . . ..... . . . ........ .. .. .. . ..... . . ..... ... . ..... . ... . .... . . . . ....... .
lowQualScore : 3 7 3 7 3 7 7 3 00000000000 3 7 0000000000000000000000000 3 3 0 88888888 00 3 33333 3 3 888888 777777 22222222222222222 1 1 66666666 5 4 4 2 0 22222 11 1 0 222 7 44 33 7 3 7 88 9999 8 88 88 2 0 0 4444 111 66 7 22 2 77 7 6 0 44444 7 7 5 22 88 2 2 0 0 0 000 2 0 2 55 888888 0 2 0 2 8 2 55555 0 0 0 88888888 55 22 88 0 55555 2 0 00000 000 0 00000 2 000 2 5555 5 0 2 2 3333333 3
consensus : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----T-AA--G-C---A-GAAGT--AAT-T-AG----TG--T-TTAAAGTT-ATT-AACTTTCCC-TT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---G-T-GGGA-ACACAATGAA--T-AC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAAT-AGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-ATA-C-TATAACC-GTATGG-CATGTA-CCTAAG-GG--ATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---G-TCA-GAT-CA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTCA-G-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
Reference ( family-1518 ) : NNNNNGTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAA-AAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----CCG-TG--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TC--TT----T-AA--G-C---A-GAAGT--AAT-T-AG----TG--T-TTAAAGTT-ATT-AACTTTCCC-TT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATT---G-N-GGGA-ACACAATGAA--T-AC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAAT-AGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-ATA-C-TATAACC-GTATGG-CATGTA-CCTAAG-GG--ATAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTCTC---G-TCA-GAT-CA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTAG-TATTTAT---ATAT-A-TTTCA-G-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-GAAC--TACTTC-ATTATGGA
gi|1 : GTGTTGGATCAAACCTGATGTTGGTCCACTTAATATTATGGAAGCAATGTCAAAGTTCACAAGAAGTAAAG--TTTTTTCCAGATGTTTCAAGAGGAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCACATCCTTAATTATGAA-GCTGTA----C-G-TG--GTTTT-AA-----ATA-AA-AATTT--TC--TT----T-AA--G-C---A-GAAGT--AAT-T-AA----CAAAT-TGAAAGTT-ATTTAACTCCCCC-T--AATTACATGC--TT-GA-AA----CATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----ATGATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---G-TTGGGA-ACACAATGAAGTT-AC-ATTTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAATTAGCTCCACT--CG-AA--GGTTTGA-ATAAC-TATAAC--GTATGGGCATGTA-CCTAAA-GGTGATAACAGTCATG-GAGAAAAACA-TCTT---GGTCA-GATTCA-TG---A----AAAAT-GCAT-TG--GA-AAGAAGTGAAGA---A-CAATGTGA-TATTTAT---ACAT-A-TTTCAAG-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAA-TCA--A-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA-AACC--TACTTC-ATTATGGA
gi|10 : gtcaa--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTAATTCAGTT----T-AA--AAC---A-TAA-T--AAT-T-AG----TG--T-TCAAAGTT-ATT-AATTTTCTC-TT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTC-T--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGTGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-G-GGGA-ACACAATAAA--T-Aca
gi|11 : tatgatccgataatcatcaatt--ATATT-TA-----GTA-AA-AATTA--CT--TT----A-AA--G-C---ATGA--T--AAT-T-AG----TA--T-TAAAAGTT-ATT-AACTTTCCC-TT-AATTACATGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--TATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-G-GGGA-ACACAATAA
gi|12 : ttgtatggtccgatgttgagcaatc--ATTTT-TT-----GTA-AA-AATTA--TT--TT----T-AA--A-C---C-ATAAT--AAT-T-AG----TA--A-TAAAAGTT-ATT-AACTTTCCC-TT-AATTACACGG--TT-AA-AA---ACATTT-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGAGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-G-GGGA-CCACA
gi|13 : gtatggtccgatgttgatcaattA-GCTGTATGGTCCGATGTTATTTT-CT-----GCA-AA-AATTA---C--TT----T-AA--A-CTTTA--AAGC--A-T-T-AG----CG--T-TAAAAGTT-ATT-AACTTTCCC-TT-AATTATATAC--TT-GA-AA---ACATCT-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-A-GAAGA----A-TATTA--TT--TAAAAGGGAA-A-TATT---A-A-GGGA-CCACAATAAA--T-Atcaa
gi|14 : -AA--G-C---A-GAC-T--AAC-T-GC----TG--T-T-ACAGT--GTT-AATTTTCTC-TC-AGTTACATAC--TT-GA-AG----CATTT-G--CTCGTAAG--A-----AACA-G-TGTG-------GATTG--GT--TTAAAAGTAA-A-T-TT---G-T-GGG--TCGC-----A--T-AT-A-TTG-CTACT-T---TGCTCTC--ATAAA
gi|15 : aG----TT--T-TTAAAGTC-ATT-AACTT----------------GC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CATGTAAA--G-GAA-AACA-G-TGAGA----A-G---A--TT--TAAAAA--AATA-TATA---G-T-GGGA-AC-CCATAAA--T-AT-ATTTG-C
gi|16 : gcagatT-GA-AA---ACATTT-G--CA-GTAAA--A-GAA-AACA-GGCGAGATTGAA-GATGA--TT--TAAAAAGTGA-A-TATA---G-T-GGG
gi|17 : caactaagtggtaT-ATT-ACCTTTCCC-TT-GGTTACATGT--TT-GA-AA---ACATTC-G--CATGTAAA--A-GAA-AACA-T-TGAAA----A-tgtgcataaa
gi|18 : A-AA---ACATTC-G--CATCTAAA--A-GAA-AACA-G-CGCGA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-CATT---G-G-GGAA-AGACAATAAA--T-Atgtgaatcagggagtccacattaa
gi|19 : ATTT-G--CATGTATA--A-GAA-AAAA-C-TGAAA----A-GATTA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATt
gi|2 : GTGTTGGA-CAAACCTGATGT-GGTGCACTTAATAT-ATG-AAGCAATGTCAAAGTTCACAA-G-------------------------CAAGA----AAGTTTTTCGGATCGTTCACGAGGAA-TAT-CACATCCTTAATTA-GAA-GATGTA----TTA-GA--ATTTG-TTAGGGAGTA-AA------------TT----C-GA--------A-GAACTTGAA----AA----TG------AAAGTT-ATT-AACCCCCCC-----AT-ACATGCGGTG-AA-AA---ACATTTAG--CTTGTAAA--ACGAAGAACA-G-TGAGA----A-GATTA--TTGCTCAAA-GTAA-AATAT----G-T-TGGA----CA--GAA--T-ACTATTTG--TGCT-GCGTTGGTGTCTTATAAAT-AGC-CCACTGCCGCAACAGGTT-GACATA-C-AGTAATCTGTATGG-CATGTAGCCTAAG-G----TAACA-TC-TGAGAGAAAAGAAGTGTC-----TCAAGAT-CAATG---ACAAAAGAAG-GCATGTG--GAGAAGAAGTGAAAAGAAA-CATCGTTG-TATTTATTTGATATTACTTTCA-GGTCGATCAT--GAAATC----TTATAATCA-CAAGAAAGAGTTTTAATTTCATA-G-CAATATGGTGC-GATGTAAA--TTTGAACGTAC--TGCTCC-ACTATGGAaaatagctggtacgtata
gi|20 : c---ATATCT-G--CATGTAAA--A---A-AACA-G-CGAGA----A-------------------TAA-A-TATA---G-T-GGGA-ACTCCATCAA--T-AC-CTTTG-Caat
gi|21 : ttac---ATATCT-G--CATGTAAA-----AA-AACA-G-CGAGA-----------------TAAA---T---A-TATA---G-T-GGG--ACTCCATCAA--T-AC-CTTTG-Cc
gi|22 : ac-AACTTTTCC-TT-AATTGCAAGC--TT-GA-AA---ACATTT-G--CA---AAAACA-GAA-AGCA-G-CGACA----A-G
gi|23 : --T-TTAAAGTT-ATC-AACTT----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-
gi|24 : tt--T-TTAAAGTT-ATC-AACTT----------------GC--TT-GA-AA---ATACCC-G--CATTTGAA--A-GAA-Ataa
gi|3 : ttTTGGATCAAAT-TGATGTTG-TCCACTTAATATTATGGAAGCAATGC--AAGT-CACAA-AAGTAAAAGTTTTTTTCCAGATGTTTCA-GAGGAAAA-------------------------TATTCACATCCTTAATTATGAAAGCTGTAG---CCG-TG--GTTTA-AT-----G-A-AA-AATTT--TC--TT----T-AAA-G-C---A-GAAGT--AAT-TAAA----AA--T-TGAAAGTT-A-T-AACTCCCCC-CT-AATTACATGC--TT-GA-AA---GCATTT-G--CTTGTAAA--A-GAA-AACA-G-TGA-A----A-GATTAATTT--TCAAAAGTAA-A-TATT---GTT-GGAA-ACACAATGAT--T-AC-A-TTG-CTGCT-G---TGGTGTCT-ATAAAT-AGCTCCACT--CGCAA--GGTTTGA-ATA-C-TATAA-C-GTA-GG-CATG-A--CTAGGTAG--ATAACA-TCATG-GAG-AAAGAACTCTCTGAG-TCA-GAT-CA-TG---A----AAAAT--CA--TG--GA-AAGAAGTGAAGA---ATCAATGTAG-AATTTG----ATAC-A-ATTCA-G-----TCATTGAAAAGC--ATTCAAAATCATTA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGG-AAATATGGTGCAGATGTAAAATTT
gi|4 : GTAAA--A-GAA-AACA-G-TGAGA----A-GATTA--TT--TCAAAAGTAA-A-TATT---G-TTGGGA-ACACA-TGAA--TTAC-ATTTG-CTGCT-GGT-TGGTGTCT-ATAAAT-AGCTCCACT--CGCAA--GG-TTGA-ATA-CATATAACT-GTATGG-CATGTA-CCTAAG-G----TAACAGTCATG-GAGAAAAGAAGTTTC-----TCA-GAT-CA-TGACAA----AAGATGGCAT-TGGAGA-AAGAAGTGAAGA---A-ACATGTAGATATTTTG---ATAT-A-TTTCA-G-----TCATTGAAATGCATATTCAAAATCA-CA-GAAAGAGTTTGCATTTCATAGGCAAATATGGTGCAGATGTAAAATTTTGAA--AACCGTACTTCAATTATGGAga
gi|5 : TA----CTA-TA--AATTT-AT-----GTA-CA-GTCTT--TC--TT----TTGA--T-T---A-GATGA--ATT-T-AG----TG--T-TTAA------------TTTCCCATT-AGTTACATGC--AT-GA-CA---ACATTT-G--CTTGTAAA--T-AAA-AACATG-GGAGA----A-AATCA--TT--TAAAAAGTAA-A-TATTA--G-T-GAAA-ATGTGTTAGA--T-GC-TTTTGACTGTT-A----GGTGTCT-ATGAAT-AGCACCACG--CGacat
gi|6 : gctgtatggtccgatgttcatt--ATTTT-TT-----GTACAA-AATTA--CT--TT----G-AA--G-C---A-G-ATT--GAC-T-AA----TG--C-TTAAAGTC-ATT-GAC-------------TACATGC--TA-G--AA---ACATGA-T--AATGTAAA--A-GAA-AACA----GAG-----A-GACTA--TT--TA-----TAA-A-TAC------------------ATG----T-AC-ATTTG-CCGCTCG---TTACGTCT-GCTAAT-AGTTCCACA--CGC
gi|7 : actaaaactgtatcattcatgttcatcaatt----CTG-TA--ACTTT-TT-----GTA-CATAATCA--TT--TTATATT-AAA-G-C---A-CATG---AAT-C-AGGTTTTGAAT-TTAAAGTT-ATT-AACTGTCCC-TT-CGTTGGATGC--TT-GG-AC---ACATTT-A--CATTTGAA--A-GAA-AACA-G-GGAGA----A-GATTA--TT--TAAAACGTAA-A-TATT---G-T-GGAA-AC-CCATAAA--T-gcgat
gi|8 : aaactgtatggtccgatgttcat--ATTTTATT-----GTA-CA-GAATA--CT--TC----T-AA--G-C---A--ATG---AAT-T-AG----TT--T-TTAATGTTTATT-AACTTTCCC-TTTAATTACATGC--TTTGA-AACCAACATTT-G---ATGTAAA--A-GAAGAACA-G-TGGGA----A-GATTA--TC--TAAGAAG----G-TATTAAAG-T-AGGATGCAC-ATCAA--T-AC-ATTT
gi|9 : tattgtccaattttatctaatcTTTT-TT-----GTA-AA-A-TTA---C--TT----A-AAATG-T---A-TAA-T--AATCT-AG-----G--TCTTAAAGT--ATT-AATTTTCCC-TT-GATTACATGC--TT-AATAA---ACATTT-GGGCATGTAAA--A-GAA-AACA-G-CTAGA----A-GATTA--TC--TAAAACGTAA-A-TATT---G-T-GGGA-CCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AGACATTGTCTATAAATAACCCCGCGCGTCTGAATTACATTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTCATACCATCAAGTGAAATTTTAAGGTGCTAAAATAAA
Unaligned ( gi|27 ): AGATATTTATCATCCTGAACAGGAAGAAGTATGGGA
Unaligned ( gi|28 ): ATATGTGACAGTTATAATAACCCCAGCTCGA