lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 33 3333 555555555555555555555555 1 1 22222 11 111 3333333 1111 22222222222 22222 11111 111111 111 444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 222222 11 111 22 111 1 3333 11 1111111111111111111 1 111 222 3333333 222222 1 2 1 2 22 33333 777777777777 4444444 111 2222222 1 11 1 1 555555555555 11 11 1 2 2222222 111 111 111111 22222222222 1 111 22222 11111111111 111 1 333333333 111 111111 4444444 1 2222 1
lowQualScore : 5 5555 00 8888 666 222222222222222222222222 0 3 9999 2 6 3 0 0 33333 33 777 2222222 55 6 5 77 5 5 2222 77777777777 88888 888 6 6 3 66666 5 6 666666 5 5 5 111 555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0 4 2 0 444444 00 000 55 555 0 55 6666 3 2 0 33 0 1111111111111111111 3 555 555 2222222 777777 3 6 6 3 0 77 66666 333333333333 6 1111111 11 333 0000000 3 3 88 0 3 8 9 8 3 8 333 0 111111111111 22 33 55 0 0 6666666 6 1 6 1 6 222 666 6 222 6 99 000000 77777777777 44 1 5 000 3 88 11111 00 11111111111 5 000 0 6 8 8 0 0 666666666 444 333333 7777777 8 8 0 99 6 99 6 6 8 5555 1 2 6
lowQualScore : . .... .. .... ... ........................ . . .... . . . . . ..... .. ... ....... .. . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ...... . . . ... ................................................ . . . . . ...... .. ... .. ... . .. .... . . . .. . ................... . ... ... ....... ...... . . . . . .. ..... ............ . ....... .. ... ....... . . .. . . . . . . . ... . ............ .. .. .. . . ....... . . . . . ... ... . ... . .. ...... ........... .. . . ... . .. ..... .. ........... . ... . . . . . . ......... ... ...... ....... . . . .. . .. . . . .... . . .
lowQualScore : 0 0000 55 5555 555 888888888888888888888888 2 2 2222 5 0 2 0 0 55555 88 555 0000000 88 5 7 99 7 7 1111 11111111111 33333 333 7 7 2 77777 7 5 111111 0 0 7 777 888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8 5 2 0 888888 55 888 22 555 0 00 5555 2 5 2 88 7 0000000000000000000 3 333 777 3333333 333333 3 7 7 3 0 55 00000 555555555555 0 0000000 77 555 2222222 7 3 33 7 2 0 6 0 2 0 000 0 222222222222 55 88 55 0 0 0000000 7 0 7 0 7 555 888 3 888 7 88 333333 00000000000 77 4 7 000 9 77 66666 44 00000000000 7 000 8 7 0 0 8 8 000000000 000 444444 6666666 2 0 0 22 7 88 7 7 0 5555 2 0 0
consensus : TGCACCATACACAGCNGTTCATGTGTTTCTTGAGAATCGNGGATGTTTCG-GGAATGTTTCACTTCTCGTATACNTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGNTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--T-CAAA-GTGTAAAAAG------TAAANGTTGATTGGGGG-TACTGC--A-GGATAACNATC-TTGGTATCCCTCTCNN-CCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTC--TTCCGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-ATACGCT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGCTGAGAGTCGAGGCGGGC-CCTATTCGAGGGTCCCAGC-----GACGGTG-ACAGGCT---GN-GATGCCGNCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTAC-------CCCT-CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCA-TAA--CGCCAACT-CACCTAAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATT--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATTCN-TTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--TA--GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ACGACACGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCGATTAATTGAAGT
Reference ( gi|1 ) : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTT-A--ATTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--T-C-AA-GTTTAAAAAG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT-C--A-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTCAC-CCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGAGAGCTC--TCCTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACGTT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAAT-GC--AGA-TCG-GGCGGGCACT--TTC---GGCCCCAGT-----GATGGTG-ACAGGCT---GG-GATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTAC-------CCTT-CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCA-TAG--CGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATTCC-TTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|11 : TGCACCATACA-AGCA---TATGT--TTCTTGA--ATCGTGGATGTTT-------TACTT--CT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGG
gi|6 : cCACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTT-AGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCCA-T-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTT-------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--TTA-AAGTAAAAATA--T-TAAA-GTTTAAAAAG------TAAAGGTT
gi|8 : tTTTCG-GGGATGTTT--------AT-TA---TTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|3 : aTCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAATCC-TT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--T-CAAA-GT------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACTGC--AGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CTTTGCAAA-----AGGAGGGAACTC--TCCTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACGCT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGG--CC--TTCGAGGATCCCAGC-----GACAGTG-ACAGGCTGGAGG-AATGCCacatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|2 : aaGTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--TGC-AA-----AAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACT-CAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTCCC-TCTGCTTTGCAAA---AG-GGAGGGAGCTT--CTCTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACGCTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGC-CTTATTT---GGTCCCAGC------ACAGTGAACAGGCT---GGTGATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGC-CCTATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTAC-------CC---CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCA-TAA--CGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATTCC-TTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGGAC-A-GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGccg
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCC-CA---CCTGTCATACAAAGA-C-GGGGG-Gaaactcg
gi|4 : gggtgtagctagttttaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGT-ATTGTATGTGT-ATAGTGGCT-C-AA-ATGGACAAAGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CACA-C--A-GGACTGTTGTC-ATGGTGTC-CTCTCCG-CCT-CTAT---AACTTGGAGGGGA-ACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACG-C-CTCGCA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TAcataatgttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|15 : ggtgatgttcgttagtttctGCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--ccagtaaaccgatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|8 : TTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT---TTA--GTA-AAGT-AAA-TA--T-C-AAAGTGTAAAA-G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACTAC--A-GGATAA-AATC-TTGGTATC-TCCTCAG-CAT-CTTTGGAAA----GAGGGGAGAGCTC--
gi|4 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaCCAGTAAACCGATGG------GGTT---GT-TATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACT
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaataggataTA-ACAGGCT---GT-GATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTAC-------CCCT-CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCG-TAA--CGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTTTT-CTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCATTC--A--G---AGTT---CAGG-T-A-GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|9 : AAGCCACCGGGTTTGA-CTTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTAC-------A--T-CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CA-TAA--CGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATTTA-TTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA--TGGTATGGGTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGCgat
gi|7 : AGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTACCGAGAGACCTTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGATT--T---GGTTCACCAGG-C-AG--AGGAGG-ACGATACACC-AGa
gi|13 : gaTC-------GTAACAA-TGT-GGCCA-TAA--CGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--TCA-TT--A---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCA-TAA--CGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATTCA-TTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|12 : CT-TG-T---GAATTCC-TCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G--T--TA--GGTT---CAG--C-AGGCAG-------------CC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATAT
gi|17 : GTGG--CA-CCACTAT-ATC-GT-GGTGCCAC-c
Alignments
lowQualScore : 1 333 22222222222 111 11 1111 222222 1111 22222222222 22222 11111 111 222222222222 11 111111 11111 111 2222 111 8888888888888888888 1 1 111 2222 1 1 1 1 2 1 33333 22222 222 111 11 222 1 11 33333333333 11 1 2222222 111 11111111111 1 2222222222 111 3333333 1111
lowQualScore : 6 4 0 777 1 88888888888 9 666 1 0 0 8 8 444 11 4444 333333 11 3 5 66 5 5 0000 33333333333 44444 555 5 5 1 44444 5 4 88888 4 4 5 000 666666666666 00 5 99 1 88 99 999999 1 3 8 88888 8 44 8 0 3 0 000 8 7777 0 444 2 1111111111111111111 0 2 0 777 1111 0 0 0 7 0 2 0 0 33333 66666 666 888 6 33 8 222 1 1 0 33 1 6 1 6 1 6 8 88888888888 8 11 0 8 6 1111111 5 5 000 3 5 2 999 5 77 77 777 44444444444 11 0 5 888 2 5 1 2 888 888 888 888 5 888 5 6 6 3333333333 6 111 6 6 77 1111111 5 4 6 8 99 6 99 6 6 8 5555 2
lowQualScore : . . . ... . ........... . ... . . . . . ... .. .... ...... .. . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ..... . . . ... ............ .. . .. . .. .. ...... . . . ..... . .. . . . . ... . .... . ... . ................... . . . ... .... . . . . . . . . ..... ..... ... ... . .. . ... . . . .. . . . . . . . ........... . .. . . . ....... . . ... . . . ... . .. .. ... ........... .. . . ... . . . . ... ... ... ... . ... . . . .......... . ... . . .. ....... . . . . .. . .. . . . .... .
lowQualScore : 7 0 7 333 0 33333333333 6 222 0 8 8 0 0 000 00 8888 000000 88 2 0 99 0 0 6666 88888888888 33333 999 7 7 4 33333 0 8 22222 4 4 0 000 777777777777 22 7 22 0 22 22 222222 0 2 0 22222 0 22 0 8 2 8 000 0 2222 8 000 0 0000000000000000000 0 5 0 000 2222 0 0 0 0 0 5 0 0 77777 33333 333 444 5 88 0 000 0 0 0 88 0 7 0 7 0 7 0 00000000000 0 00 6 0 0 7777777 7 7 000 0 7 1 666 7 11 99 333 44444444444 44 0 0 888 2 0 0 0 888 888 888 888 0 888 7 7 7 7777777777 7 777 7 7 77 5555555 2 8 7 0 22 7 88 7 7 0 0000 0
consensus : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTT-A-AATCGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACTAC--A-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTC---TCCTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTG--GTGATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG-T----T-G-GTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Reference ( family-1516 ) : TGCACCATACACAGCNGTTCATGTGTTTCTTGAGAATCGNGGATGTTTCG-GGAATGTTTCACTTCTCGTATACNTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGNTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAANGTTGATTGGGGG-TACTGC--A-GGATAACNATC-TTGGTATCCCTCTC-NNCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTC---TTCCGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-ATACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGCTGAGAGTCGAGGCGGGCCCTATTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCT---GNGATGCCGNCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTAAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATT--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG-T----TAG-GTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ACGACACGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCGATTAATTGAAGT
gi|1 : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTT---AATTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAA-GTTTAAAA--AG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT-C--A-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTC-ACCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGAGAGCTC---TCCTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-TT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATG-C--AGA-TCG-GGCGGGCACT-TTCG---GCCCCAGTGA--TGGTG-ACAGGCT---GGGATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CTT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AGCGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CCTTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG-T----T-G-GTT---CAGG-C-AGGCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCCC-A---CCTGTCATACAAAGA-C-GGGGG-G
gi|11 : gggtgtagctagttttaTGCACCATACA-AGC-----ATATGTTTCTTGA--ATCGTGGATG------------TTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGcataatgttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|12 : cCT-TG-T---GAATT-CCTCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G-T----TAG-GTT---CAG--C-AGGCAG-------------CC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|13 : TC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--T-CAT--TA---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCAT---AACGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATT-CATTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|15 : GCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATATC
gi|2 : GTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT---T--------AAGT-----TA----AAAATGCAAAAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACT-CAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTC-CCTCTGCTTTGCAAA---AG-GGAGGGAGCTT---CTCTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACG-CTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGCCTTATTT---GGTCCCAGC-A--CAGTGAACAGGCTG--GTGATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGCCC-TATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTACC------C----CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCAT---AACGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATT-CCTTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG-T----T-G-GTT---CAGGAC-A-GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGT
gi|3 : TCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAAT-CCTT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--TCAAAGT--------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACTGC--AGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CTTTGCAAA-----AGGAGGGAACTC---TCCTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACG-CT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGGCC---TTCGAGGATCCCAGCGA--CAGTG-ACAGGCTGGAGGAATGCCaaactcg
gi|4 : aaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGT-ATTGTATGTGT-ATAGTGGCTCAAA-TGGACAA--AGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CAC-AC--A-GGACTGTTGTC-ATGGTGT-CCTCTC-CGCCT-CTAT---AACTTGGA--GGGGAACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACGCCT-CG--CA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TAccg
gi|4 : ggtgatgttcgttagtttctAGGATACCAGTAAACCGATG-G--GGTT---GTTATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACTccagtaaaccgatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaatTA-ACAGGCT---GTGATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCGT---AACGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTT-TTCTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCAT---T----CAGAGTT---CAGG-T-A-GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|6 : CACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTT-AGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCC-AT-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG----TTTT------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--TTA-AAGTAAAAATA--TTAAAGTTTAAAA--AG------TAAAGGTTgat
gi|7 : tAGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTACCGAGAGACCTTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGAT----TTG-GTTCACCAGG-C-AG--AGGAGG-ACGATACACC-AG
gi|8 : gaTTTCG-GGGATGTTT------------ATTATTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|8 : aTTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT---TTA--GTA-AAGT-AAA-TA--TCAAAGTGTAAAA---G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACTAC--A-GGATAA-AATC-TTGGTATCTC-CTC-AGCAT-CTTTGGAAA----GAGGGGAGAGCTC---acatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|9 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaAAGCCACCGGGTTTGAC-TTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTACA--------T--CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CAT---AACGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATT-TATTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA-TGGTATGG-GTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGC
Alignments
lowQualScore : 33 1 333333333333 111 11 111 2222222 1111 22222222222 22222 11111 111 222222222222 11 111111 111 2222 111 8888888888888888888 1 1 111 2222 1 1 1 1 2 1 11111 1 11 222 111 11 1111 1 11 33333333333 11 1 2222222 111 11111111111 1 222222222 111 2222222 1111
lowQualScore : 6 33 3 7 999999999999 3 666 0 3 0 0 8 8 444 11 444 3333333 0 3 5 66 5 5 0000 33333333333 44444 555 5 5 1 44444 5 4 88888 4 4 5 000 666666666666 00 5 99 1 88 99 999999 2 3 8 222 8 44 8 0 3 0 8 8 7777 0 777 1111111111111111111 0 2 0 777 1111 0 0 0 7 0 2 0 0 66666 0 22 444 888 6 33 88 2222 0 0 33 1 6 1 6 1 6 8 88888888888 8 11 0 8 6 1111111 5 5 000 3 5 1 999 5 77 77 777 33333333333 11 0 5 888 2 5 1 2 888 888 888 888 5 888 5 6 6 777777777 111 6 6 77 6666666 5 6 8 99 6 99 6 6 8 5555
lowQualScore : . .. . . ............ . ... . . . . . . ... .. ... ....... . . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ..... . . . ... ............ .. . .. . .. .. ...... . . . ... . .. . . . . . . .... . ... ................... . . . ... .... . . . . . . . . ..... . .. ... ... . .. .. .... . . .. . . . . . . . ........... . .. . . . ....... . . ... . . . ... . .. .. ... ........... .. . . ... . . . . ... ... ... ... . ... . . . ......... ... . . .. ....... . . . .. . .. . . . ....
lowQualScore : 7 33 3 3 111111111111 8 222 8 2 8 8 0 0 000 00 000 8888888 8 2 0 99 0 0 6666 88888888888 33333 999 7 7 4 33333 0 8 22222 4 4 0 000 777777777777 22 7 22 0 22 22 222222 5 2 0 666 0 66 0 8 2 8 0 0 2222 8 555 0000000000000000000 0 5 0 000 2222 0 0 0 0 0 5 0 0 88888 0 55 333 444 5 88 88 0000 2 0 88 0 7 0 7 0 7 0 00000000000 0 00 6 0 0 7777777 7 7 000 0 7 0 666 7 11 99 333 77777777777 44 0 0 888 2 0 0 0 888 888 888 888 0 888 7 7 7 000000000 777 7 7 77 7777777 2 7 0 22 7 88 7 7 0 0000
consensus : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGA--TTTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Reference ( family-1516 ) : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCTC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
gi|1 : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTTA-A-TTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAA-GTTTAAAA--AG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT--CA-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTC-ACCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGAGAGCTCTC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-TT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATG-C--AGA-TCG-GGCGGGCACT-TTCG---GCCCCAGTGA--TGGTG-ACAGGCTGG-G--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CTT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AGCGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CCTTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCCC-A---CCTGTCATACAAAGA-C-GGGGG-G
gi|11 : gggtgtagctagttttaTGCACCATACA-AGC-----ATATGTTTCTTG-AATCG--------T----GGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGcataatgttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|12 : cCT-TG-T---GAATT-CCTCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G--T--TA--GGTT---CAG--C-AGGCAG-------------CC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|13 : TC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--T-CAT--TA---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCAT---AACGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATT-CATTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|15 : GCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATATC
gi|2 : GTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT---T--------AAGT-----TA----AAAATGCAAAAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACTCAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTC-CCTCTGCTTTGCAAA---AG-GGAGGGAGCTTCT---CTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACG-CTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGCCTTATTT---GGTCCCAGC-A--CAGTGAACAGGCTGGTG--ATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGCCC-TATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTACC------C----CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCAT---AACGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATT-CCTTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGGAC-A-GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGT
gi|3 : TCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAAT-CCTT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--TCAAAGT--------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACT-GCAGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CTTTGCAAA-----AGGAGGGAACTCTC---CTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACG-CT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGGCC---TTCGAGGATCCCAGCGA--CAGTG-ACAGGCTGGAGGAATGCCaaactcg
gi|4 : aaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGT-ATTGTATGTGT-ATAGTGGCTCAAA-TGGACAA--AGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CAC--ACA-GGACTGTTGTC-ATGGTGT-CCTCTC-CGCCT-CTAT---AACTTGGA--GGGGAACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACGCCT-CG--CA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TACCAGT--AAA-CCG-ccg
gi|4 : ggtgatgttcgttagtttctAGGATACCAGTAAACCGATG----GGGTTGTT--ATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACTatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaatTA-ACAGGCTG-TG--ATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCGT---AACGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTT-TTCTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCATTC--A--G---AGTT---CAGG-T-A-GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|6 : CACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTTAGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCCA-T-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTT-------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--TTA-AAGTAAAAATA--TTAAAGTTTAAAA--AG------TAAAGGTTgat
gi|7 : tAGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTACCGAGAGACCTTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGATT--T---GGTTCACCAGG-C-AG--AGGAGG-ACGATACACC-AG
gi|8 : gaTTTCG-GGGATGTTT--------AT-TA---TTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|8 : aTTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT---TTA--GTA-AAGT-AAA-TA--TCAAAGTGTAAAA---G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACT-ACA-GGATAA-AATC-TTGGTATCTC-CTC-AGCAT-CTTTGGAAA----GAGGGGAGAGCTCacatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|9 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaAAGCCACCGGGTTTGAC-TTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTACA--------T--CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CAT---AACGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATT-TATTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA--TGGTATGGGTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGC
Alignments
lowQualScore : 33 1 333333333333 111 11 111 2222222 1111 22222222222 22222 11111 111 222222222222 11 111111 111 2222 111 8888888888888888888 1 1 111 2222 1 1 1 1 2 1 11111 1 11 222 111 11 1111 1 11 33333333333 11 1 2222222 111 11111111111 1 222222222 111 2222222 1111
lowQualScore : 6 33 3 7 555555555555 3 666 0 3 0 0 8 8 444 11 444 3333333 0 3 5 66 5 5 0000 33333333333 44444 555 5 5 1 44444 5 4 88888 4 4 5 000 666666666666 00 5 99 1 88 99 999999 2 3 8 222 8 44 8 0 3 0 8 8 7777 0 777 1111111111111111111 0 2 0 777 1111 0 0 0 7 0 2 0 0 66666 0 22 444 888 6 33 88 2222 0 0 33 1 6 1 6 1 6 8 88888888888 8 11 0 8 6 1111111 5 5 000 3 5 1 999 5 77 77 777 33333333333 11 0 5 888 2 5 1 2 888 888 888 888 5 888 5 6 6 777777777 111 6 6 77 6666666 5 6 8 99 6 99 6 6 8 5555
lowQualScore : . .. . . ............ . ... . . . . . . ... .. ... ....... . . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ..... . . . ... ............ .. . .. . .. .. ...... . . . ... . .. . . . . . . .... . ... ................... . . . ... .... . . . . . . . . ..... . .. ... ... . .. .. .... . . .. . . . . . . . ........... . .. . . . ....... . . ... . . . ... . .. .. ... ........... .. . . ... . . . . ... ... ... ... . ... . . . ......... ... . . .. ....... . . . .. . .. . . . ....
lowQualScore : 7 33 3 3 111111111111 8 222 8 2 8 8 0 0 000 00 000 8888888 8 2 0 99 0 0 6666 88888888888 33333 999 7 7 4 33333 0 8 22222 4 4 0 000 777777777777 22 7 22 0 22 22 222222 5 2 0 666 0 66 0 8 2 8 0 0 2222 8 555 0000000000000000000 0 5 0 000 2222 0 0 0 0 0 5 0 0 88888 0 55 333 444 5 88 88 0000 2 0 88 0 7 0 7 0 7 0 00000000000 0 00 6 0 0 7777777 7 7 000 0 7 0 666 7 11 99 333 77777777777 44 0 0 888 2 0 0 0 888 888 888 888 0 888 7 7 7 000000000 777 7 7 77 7777777 2 7 0 22 7 88 7 7 0 0000
consensus : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Reference ( family-1516 ) : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
gi|1 : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTTA-A-TTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAA-GTTTAAAA--AG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT--CA-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTC-ACCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGAGAGCTCTC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-TT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATG-C--AGA-TCG-GGCGGGCACT-TTCG---GCCCCAGTGA--TGGTG-ACAGGCTGG-G--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CTT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AGCGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CCTTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCCC-A---CCTGTCATACAAAGA-C-GGGGG-G
gi|11 : gggtgtagctagttttaTGCACCATACA-AGC-----ATATGTTTCTTG-AATCG--------T----GGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGcataatgttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|12 : cCT-TG-T---GAATT-CCTCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G--T--TA--GGTT---CAG--C-AGGCAG-------------CC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|13 : TC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--T-CAT--TA---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCAT---AACGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATT-CATTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|15 : GCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATATC
gi|2 : GTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT---T--------AAGT-----TA----AAAATGCAAAAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACTCAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTC-CCTCTGCTTTGCAAA---AG-GGAGGGAGCTTCT---CTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACG-CTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGCCTTATTT---GGTCCCAGC-A--CAGTGAACAGGCTGGTG--ATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGCCC-TATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTACC------C----CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCAT---AACGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATT-CCTTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGGAC-A-GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGT
gi|3 : TCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAAT-CCTT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--TCAAAGT--------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACT-GCAGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CTTTGCAAA-----AGGAGGGAACTCTC---CTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACG-CT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGGCC---TTCGAGGATCCCAGCGA--CAGTG-ACAGGCTGGAGGAATGCCaaactcg
gi|4 : aaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGT-ATTGTATGTGT-ATAGTGGCTCAAA-TGGACAA--AGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CAC--ACA-GGACTGTTGTC-ATGGTGT-CCTCTC-CGCCT-CTAT---AACTTGGA--GGGGAACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACGCCT-CG--CA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TACCAGT--AAA-CCG-ccg
gi|4 : ggtgatgttcgttagtttctAGGATACCAGTAAACCGATG----GGGTTGTT--ATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACTatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaatTA-ACAGGCTG-TG--ATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCGT---AACGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTT-TTCTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCATTC--A--G---AGTT---CAGG-T-A-GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|6 : CACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTTAGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCCA-T-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTT-------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--TTA-AAGTAAAAATA--TTAAAGTTTAAAA--AG------TAAAGGTTgat
gi|7 : tAGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTACCGAGAGACCTTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGATT--T---GGTTCACCAGG-C-AG--AGGAGG-ACGATACACC-AG
gi|8 : gaAT--TTCG-GGGATGTTT--------AT-TA---TTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|8 : TTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT---TTA--GTA-AAGT-AAA-TA--TCAAAGTGTAAAA---G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACT-ACA-GGATAA-AATC-TTGGTATCTC-CTC-AGCAT-CTTTGGAAA----GAGGGGAGAGCTCacatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|9 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaAAGCCACCGGGTTTGAC-TTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTACA--------T--CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CAT---AACGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATT-TATTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA--TGGTATGGGTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGC
Alignments
lowQualScore : 33 1 333333333333 111 11 111 2222222 1111 22222222222 22222 11111 111 222222222222 11 111111 111 2222 111 8888888888888888888 1 1 111 2222 1 1 1 1 2 1 11111 1 11 222 111 11 1111 1 11 33333333333 11 1 2222222 111 11111111111 1 222222222 111 2222222 1111
lowQualScore : 6 33 3 7 555555555555 3 666 0 3 0 0 8 8 444 11 444 3333333 0 3 5 66 5 5 0000 33333333333 44444 555 5 5 1 44444 5 4 88888 4 4 5 000 666666666666 00 5 99 1 88 99 999999 2 3 8 222 8 44 8 0 3 0 8 8 7777 0 777 1111111111111111111 0 2 0 777 1111 0 0 0 7 0 2 0 0 66666 0 22 444 888 6 33 88 2222 0 0 33 1 6 1 6 1 6 8 88888888888 8 11 0 8 6 1111111 5 5 000 3 5 1 999 5 77 77 777 33333333333 11 0 5 888 2 5 1 2 888 888 888 888 5 888 5 6 6 777777777 111 6 6 77 6666666 5 6 8 99 6 99 6 6 8 5555
lowQualScore : . .. . . ............ . ... . . . . . . ... .. ... ....... . . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ..... . . . ... ............ .. . .. . .. .. ...... . . . ... . .. . . . . . . .... . ... ................... . . . ... .... . . . . . . . . ..... . .. ... ... . .. .. .... . . .. . . . . . . . ........... . .. . . . ....... . . ... . . . ... . .. .. ... ........... .. . . ... . . . . ... ... ... ... . ... . . . ......... ... . . .. ....... . . . .. . .. . . . ....
lowQualScore : 7 33 3 3 111111111111 8 222 8 2 8 8 0 0 000 00 000 8888888 8 2 0 99 0 0 6666 88888888888 33333 999 7 7 4 33333 0 8 22222 4 4 0 000 777777777777 22 7 22 0 22 22 222222 5 2 0 666 0 66 0 8 2 8 0 0 2222 8 555 0000000000000000000 0 5 0 000 2222 0 0 0 0 0 5 0 0 88888 0 55 333 444 5 88 88 0000 2 0 88 0 7 0 7 0 7 0 00000000000 0 00 6 0 0 7777777 7 7 000 0 7 0 666 7 11 99 333 77777777777 44 0 0 888 2 0 0 0 888 888 888 888 0 888 7 7 7 000000000 777 7 7 77 7777777 2 7 0 22 7 88 7 7 0 0000
consensus : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Reference ( family-1516 ) : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
gi|1 : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTTA-A-TTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAA-GTTTAAAA--AG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT--CA-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTC-ACCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGAGAGCTCTC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-TT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATG-C--AGA-TCG-GGCGGGCACT-TTCG---GCCCCAGTGA--TGGTG-ACAGGCTGG-G--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CTT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AGCGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CCTTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCCC-A---CCTGTCATACAAAGA-C-GGGGG-G
gi|11 : gggtgtagctagttttaTGCACCATACA-AGC-----ATATGTTTCTTG-AATCG--------T----GGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGcataatgttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|12 : cCT-TG-T---GAATT-CCTCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G--T--TA--GGTT---CAG--C-AGGCAG-------------CC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|13 : TC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--T-CAT--TA---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCAT---AACGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATT-CATTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|15 : GCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATATC
gi|2 : GTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT---T--------AAGT-----TA----AAAATGCAAAAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACTCAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTC-CCTCTGCTTTGCAAA---AG-GGAGGGAGCTTCT---CTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACG-CTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGCCTTATTT---GGTCCCAGC-A--CAGTGAACAGGCTGGTG--ATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGCCC-TATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTACC------C----CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCAT---AACGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATT-CCTTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGGAC-A-GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGT
gi|3 : TCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAAT-CCTT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT---T--------AAGT-TAAAAA--TCAAAGT--------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACT-GCAGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CTTTGCAAA-----AGGAGGGAACTCTC---CTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACG-CT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGGCC---TTCGAGGATCCCAGCGA--CAGTG-ACAGGCTGGAGGAATGCCaaactcg
gi|4 : aaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGT-ATTGTATGTGT-ATAGTGGCTCAAA-TGGACAA--AGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CAC--ACA-GGACTGTTGTC-ATGGTGT-CCTCTC-CGCCT-CTAT---AACTTGGA--GGGGAACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACGCCT-CG--CA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TACCAGT--AAA-CCG-ccg
gi|4 : ggtgatgttcgttagtttctAGGATACCAGTAAACCGATG----GGGTTGTT--ATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACTatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaatTA-ACAGGCTG-TG--ATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCGT---AACGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTT-TTCTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCATTC--A--G---AGTT---CAGG-T-A-GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|6 : CACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTTAGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCCA-T-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTT-------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--TTA-AAGTAAAAATA--TTAAAGTTTAAAA--AG------TAAAGGTTgat
gi|7 : tAGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTACCGAGAGACCTTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGATT--T---GGTTCACCAGG-C-AG--AGGAGG-ACGATACACC-AG
gi|8 : gaAT--TTCG-GGGATGTTT--------AT-TA---TTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|8 : TTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT---TTA--GTA-AAGT-AAA-TA--TCAAAGTGTAAAA---G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACT-ACA-GGATAA-AATC-TTGGTATCTC-CTC-AGCAT-CTTTGGAAA----GAGGGGAGAGCTCacatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|9 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaAAGCCACCGGGTTTGAC-TTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTACA--------T--CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CAT---AACGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATT-TATTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA--TGGTATGGGTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGC
blockSeqs : C TG G A GGGA T TCT C G G CGC GG TTT TTTTGTG C T TT G T CGAT GGGGGGTGGGG GGGGT TA C G T CGTTG G T ATGCA G G T CAT GTGTATTGTAT AA A GC A GC GT GCATTT C G C TCA G CA T T A G CTTG GTT GAGAGAGACACCACACAA G G T TAA CCCC T C G T G C C T GCTG G GA TTA GAG G AC AA AGGA A AC G G C A C T A GAGAGACCTTA G AA A T GAGAGCA G G TAG C G A GAT A AG GA CC TAATCAGTGC TG A A AGA A C C T AAG GAG AAG AGG C AAA T A A TGGTATG CAC A A GG GAAGCAT C A T GT C AA G G T AATA
blockSeqs : . . . A T T TCT T . . . . . T T . . . . . . GGG AT . . G . . T TT . . . . TTAGTA T G . G GG . . C G . TG . CT . C . . A . TAT . G . T . . . . T . C G . GGC . G . . A . A TG . . G . T . T . . CCT . . . G . . . . A . C G . A . CG TGTTTGTA TT C . . A . A T . . . . . . . . . ATTT . . . GA GAGGAC C . . . . A . . . AAT
blockSeqs : C TCT A . . . . . T C . . . . . . . A . . T . . T CA . . . . TATTA A A . G TT . . A G . TA . TT . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . A TT . . G . C . C . . C . . . . . . . . T . C A . A . A TTCTTG TT . . . A . A T . . . . . . . . . TTA . . . G GGGAAT T . . . . A . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . T TT . . . . T A . . G GT . . G . . A . A . . . . . . TG A . C . A . . T . . . . . . . . C . A A . A . C CTTTGT CG . . . T . C T . . . . . . . . . TT . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T . . A TT . . . . T . . . . . . . G . . . . A . . . . . C . A G . C . T CTCTT TT . . . G . T T . . . . . . . . . AG . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . T TT . . . . . . . . . G . . . . C ATCT . . . . A . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TG . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . A . .
blockSeqCons : TCT TATG******** TA* **** TG** CT********* CTCTTGT**** G* GGGGAT* A***
originalCons : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT---T-A--GTA-AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA---GGAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACC------CCT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AGGCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
finalCons : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AATTATG--------AAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACTA-CA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CTTTGCAAA----GAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTACCCT---------CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATCTCTTGT----TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-C-AG-CAGGGGGAT-GACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTA---TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Alignments
lowQualScore : 33 1 333333333333 111 11 111 2222222 1111 22222222222 22222 11111 333333333333333 11 111111 111 22222 11 111 8888888888888888888 1 1 111 2222 1 1 1 1 2 1 1 11 1 11 333333333 11 1111 1 11 4444444444444 11 1 2222222 111 11111111111 1 222222222 111 11 222222 3333
lowQualScore : 6 33 3 7 555555555555 3 666 0 3 0 0 8 8 444 11 444 3333333 0 3 5 66 5 5 0000 33333333333 44444 555 5 5 1 44444 5 4 88888 4 4 5 888 666666666666666 00 5 99 1 88 99 999999 2 3 8 222 8 44 8 0 3 0 8 8 00000 5 66 777 1111111111111111111 0 2 0 777 1111 0 0 0 7 0 2 0 0 9 33 0 22 000000000 6 33 88 2222 0 0 33 1 6 1 6 1 6 8 8 0000000000000 8 11 0 8 6 1111111 5 5 000 3 5 1 999 5 77 77 777 33333333333 11 0 5 888 2 5 1 2 888 888 888 888 5 888 5 6 6 777777777 111 6 55 999999 1 1 6 8 99 6 99 6 6 8 6666
lowQualScore : . .. . . ............ . ... . . . . . . ... .. ... ....... . . . .. . . .... ........... ..... ... . . . ..... . . ..... . . . ... ............... .. . .. . .. .. ...... . . . ... . .. . . . . . . ..... . .. ... ................... . . . ... .... . . . . . . . . . .. . .. ......... . .. .. .... . . .. . . . . . . . . ............. . .. . . . ....... . . ... . . . ... . .. .. ... ........... .. . . ... . . . . ... ... ... ... . ... . . . ......... ... . .. ...... . . . . .. . .. . . . ....
lowQualScore : 7 33 3 3 111111111111 8 222 8 2 8 8 0 0 000 00 000 8888888 8 2 0 99 0 0 6666 88888888888 33333 999 7 7 4 33333 0 8 22222 4 4 0 888 222222222222222 22 7 22 0 22 22 222222 5 2 0 666 0 66 0 8 2 8 0 0 00000 0 22 555 0000000000000000000 0 5 0 000 2222 0 0 0 0 0 5 0 0 0 88 0 55 555555555 5 88 88 0000 2 0 88 0 7 0 7 0 7 0 0 8888888888888 0 00 6 0 0 7777777 7 7 000 0 7 0 666 7 11 99 333 77777777777 44 0 0 888 2 0 0 0 888 888 888 888 0 888 7 7 7 000000000 777 7 88 000000 0 7 7 0 22 7 88 7 7 0 8888
consensus : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT--------T--A-TAAAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CT-----TTGCAAA-GAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTC-AGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTA-C-------CC-T--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-CA--GCAGGAGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
Reference ( family-1516 ) : TGCACCATACACAGC-GTTCATATGTTTCTTA-AATCGGGGAT--TTCG-GGGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT--------T--A-TGAAGT-AAAATA--TCAAAGTGTAAAA--AG------TAAACGTTGATTGGGGG-TACT-ACA-GGATAACAATC-TTGGTATCCCTCTC-CGCCT-CT-----TTGCAAA-GAGGGGGGAGCTCCC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-CT-CGTCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAATGGC--AGA-TCG-GGCGGGCCCT-TTCGAGGGTCCCAGCGA--CGGTG-ACAGGCTGGTG--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTA-C-------CC-T--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAACT-CACCTNAAG--CCGC-TCA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CNTTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-CA--GCAGGGGG-ATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTA---TATATCGATTGTTCAATTAATTGAAGT
gi|1 : TGCACCATACACAGCAGTTCATGTCTTTCTTA-A-TTGGGGATGTTTCG-GGGATGTTTTACT---CGTATACCTTTAATCTAACCACGGCAATTTACCAAT-CGGGTGGG-AGTC---ATTGT--GGG---TTTTT------CGGCTCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----GTCCGATCT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT--------T--AGTAAAGT-AAAATA--TC-AAGTTTAAAA--AG------TAAACGTTGATTAGAGG-TACT--CA-GGATAACAATC-TTGGTATCTTTCTC-ACCCT-CT-----TTGCAAAGGAGGGGAGAGCTCTC---CTGG-----------------A-GTA-CCAGG-TGT--GGTATT----G-GTACG-TT-CACCCA-GGGAGGCAATCCT-TTGAAACAGGG-TAAT-GC--AGA-TCG-GGCGGGCACT-TTC---GGCCCCAGTGA--TGGTG-ACAGGCTGG-G--ATGCCGGCTCTC-GTGCTCA--CACGAGGCCACCGG-TTTGCTCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTCCGG-TTA-C-------CCTT--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AGCGCCAACT-CACCTGAAG--TCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATC--TC-TTGT-TGTTCT-TG-T---GAATT-CCTTGCA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGGA-TTGGAC-TG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGG-CAG-GCAGGAGACATGACATGCC-AGGTTT-CGGTCGTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-TCTAAT-TATATAGATTGTTCAATTAATTGAAAT
gi|10 : GGTTGGT-GG--AAGTA-CATCATA-TCGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----GATGTA-TTGCAGGA-AAG-GGTCCGTTGGTCCGATCT-GGCCTGTCGTTCCAGTCCC-A---CCTGTCATACAAAGA-C-GG-GG-GG---CAT--------A--A-TG
gi|11 : gggtgtagctagttttaTGCACCATACA-AGC-----ATATGTTTCTTG-AATCG--------T----GGATGTTTTACTTCTCGTATACCTTTAATCTAACCACGACAATTTGCCAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGT--GGGTTTTTTTT------CGGATCCGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TTGAT----GTCTGTGGCAGGTC-----------TGGttgtggcatatagttgccaataaatggaaa
gi|12 : cCT-TG-T---GAATT-CCTCG-----ATAAATT---GAAGT---AAA-C---TCGTA-TTGGAC-TG-TTCAT-G--T--TA--GGTT---CAG-------CAGG--------CA-GCC-AGGTTTTCAGTCA--G--CA-CCACGAT--TA-GT-GGTGCCAC-TCTAATATATATCGATTGTTCAATTAAT
gi|13 : TC-------GTAACAA-TGT-GGCCAT---AACGCCAA---TACTTAGAG--CTAC-TT--TG--T-A-TATATACT--GT-TTGTATGTGCTATG-T---GA--T-CAT--TA---ATAAATT---G---T---AAA-C---T
gi|14 : TAACAA-TGT-GGTCAT---AACGCCAACT-CACCTCTAA--CCGC-TTA-TG--T-C-TATGTATA--TC----T-TGTTCT-TG-T---GAATT-CATTGTA---ATAAATT---G---T---AAA-C---TCGTA-TTGGttcattatctggtttttcttgggagtgccaag
gi|15 : GCAGGTC-----------TGGGGGGGGGGTTATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTC-----ATCCGATCT-GGTCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCGGTCAGACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT--------T--A-
gi|16 : GATCT-GGCCCGTTGTTTCAA-CCCCA---TCTGTCATACAAAGA-C-a
gi|17 : GTGG--CA-CCACGAT-ATA-GT-GGTGCCAC-CCTAAT-TATATC
gi|2 : GTGGGTAGT-GGTTAGGAA-C--TAT--TCGAT----GTCTGTGGCAGGTCGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGG--TATA-A-T-G-AGTA-AAGGGGGT-----GTCCGATTT-GGCCCGTTGTTTCAATCCTTT---TCTGTCAGA-AAAGA-CGGGAGG-GG---AAT--------T------AAGT-----TA----AAAATGCAAAAGTAG------TAAACGTTGACTGGGGC-TACTCAGA-GGATAACAATCTTTGGTAGTCCTCTC-CCTCTGCT-----TTGCAAA-AGGGAGGGAGCTTCT---CTGGT----------------ATGTA-CCAGG-TGT--AGTATT----G-GTACG-CTGCATCCA-GGGAGGCAATCCT-CTGAAACCAGG-TTAT-GCTGAGA-TC--GGCAGGCCTTATTT---GGTCCCAGC-A--CAGTGAACAGGCTGGTG--ATGCCGACTCTCAGTGCTCAACTATGA-GCCACCGG-TTTGCCC-TATACTT-CGGTCCAT-ACTTC-G-TTA-C-------CC----CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATCCTTTC-------GTAACAA-T-T-GGCCAT---AACGCCCAAT-CACCTCAAA--TCGC-TCAGTG--TCC-TATGTATC--TC-TT-----TTCT-TG-T---GAATT-CCTTGTA---ATAAACT---G---T---AAACC---TCATA-TTGGACATG-TTCATTG--T--T---GGTT---CAGGACA--GCAGGAAGCATGACATGCCAAGGTTT-CAGTCGTAGGTCACCCACGAT-ATA-GT-GGTGCCACTTCT------TGTGAATTCCTCGATAAATTGAAGT
gi|3 : TCGTGGAATGTTTTACTTCTCGTATACTT---ATCTAACCACGACAATTTGCCAATGCGGGTGGGGAGTCCGCAGTGT--GGG---TTTTTTTTGTGCGGATC-GTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATATTTGAT----GTC-GTGGCAGGTC-----------TGGGGGG-----TATA-ATTTG-AGTAGAAGTGGTC-----GTCCGATCTGGGCCCGTTG-TTCAAT-CCTT---TCTGTCAGACAAAGAGC-GGA-G-GG---AAT--------T------AAGT-TAAAAA--TCAAAGT--------AG------TAAACG-TGATTGGGGGCTACT-GCAGGGATAACTATC-T--GTATCCCTCTCACGCCT-CT-----TTGCAAA--AGGAGGGAACTCTC---CTGGGAGAGAGACACCACACAA-GTAGCCAGATTGTAAGGTATTCCCCGTATACG-CT-TGTCCAGGGGAGGCAATCCTCTTGAAACAGGGTTAATGGC--AGAGTCGAGGCGGGCC---TTCGAGGATCCCAGCGA--CAGTG-ACAGGCTGGAGGAATGCCaaactcg
gi|4 : aaGTAGTTGG--AGGGA-CATCATA-TCGATCGATGTCTGTAATAGGTC-----------TGGGGA------TATA-C-TTC-AGTA-AAGTGTCC-----GTCCGAAGT-GGTCCGTTATTTCAAACCCATGCATCTGTCATACAAAGA-C--AAGG-GGCATAATGTGTATTGT--A-TG-TGT-ATAGTGGCTCAAA-TGGACAA--AGGCATTTTAAAAGTTAATT-GGTG-CAC--ACA-GGACTGTTGTC-ATGGTGT-CCTCTC-CGCCT-CTATAACTTG-------GAGGGGAACCCCCGTTCCGG-----------------A-ATG-CCA-G-TG---GGTTCT----G-ACACGCCT-CG--CA-GGAATG-AATCTTGTTAGAATAGGA-TACCAGT--AAA-CCG-ccg
gi|4 : ggtgatgttcgttagtttctAGGATACCAGTAAACCGATG----GGGTTGTT--ATGCCGTCACGC-ATGCTCA--CACGGGGCCATCGG-TTTGCCTTAAAACTTAAGGTTGGT-ACTatggggttgttatgccgtcacgcatgctcacacggggccatcggtttgccttaaaacttaaggttggtact
gi|5 : ggtgatgttcgttagtttctgtagttggagggacatcatatcgatcgatgtctgtaataggtctggggatatacttcagtaaagtgtccgtccgaagtggtccgttatttcaaacccatgcatctgtcatacaaagacaaggggcataatgtgtattgtatgtgtatagtggctcaaatggacaaaggcattttaaaagttaattggtgcacacaggactgttgtcatggtgtcctctccgcctctataacttggaggggaacccccgttccggaatgccagtgggttctgacacgcctcgcaggaatgaatcttgttagaatTA-ACAGGCTG-TG--ATGCCGGTTCTC-GTGCTCA--CATGAGGCCACCGG-TTTGCCCTTATACTT-CGGTCGGT-ACTGTGG-TTACC-------CC-T--CTGGAC-CTGC--AACCATTG-TATTT-TTC-------GTAACAA-TGT-GGCCGT---AACGCCAATT-CGCCTAAAG--TCACATCA-TG--T-T-TATTTATT--TC-TTG--TG--CT-TG-T---GATTT-TTCTGTA---ATAAATA---G---T---AAA-C---TCTTA-TCTGCC-TT-TTCATTC--A--G---AGTT---CAGG-TA--GCAG-------GACATGCC-AGGTTT-TGGTCGTGG--CG-CCACA-----G-GT-GGCGTTAC-TCTA---TACTTCGATTGTTCAATTAAT
gi|6 : CACCATACACAACTGTTCATATGTTTCTTAGAATCAGGGA----------AATGTTTCACTTCTCTTATACATTTAATGTAACCACGGCAATTTGCCA-T-TGTATGGG-AGTC---AGTGT--GGG---TTTT-------CAGCTCTGTGGGTAGT-GG--AGGAA-CATCATA-TCGAA----GTCTGTGGCAGGTC-----------T-GGGGG-----TATA-A-TTG-AGTA-AAGTGGTT-----GTCCTACTT-TGCCTGTTGTTTCAA-CCCTT---TCTGTCATACAAAGA-C-GGAGG-GG---AAT--------T--ATTAAAGTAAAAATA--TTAAAGTTTAAAA--AG------TAAAGGTTgat
gi|7 : tAGGCCACCGG-GATGCCCTTATACTT-CGGTAGAT-ACTCCGGATTA-CCGAGAGACC-TTACTGGACGCTGCAAAACCCTCGATATCCGTTCGAGAGCAGTAACAAGTATGGGCCACTAGAACGCCAACTGCACCCAAAGATCCGC-TCA-TGGAT-CGTATGTAATAATCAGTGC-TACGAT-TGATAGAGAGTTCCATTGTAAAGATAAGATGAGG---TAGGAAA-CAAATCGTA-TTGGAC-TGATTC-TTGATT--T---GGTTCACCAGG-CA--G-AGGAGG-ACGATACACC-AG
gi|8 : gaAT--TTCG-GGGATGTTT--------AT-TA---TTAAACTAACCACGG-AATTTGCGAAT-CGGGTGGG-AGTC---AGTGTGGGGG---TTTTT------CGGC-CCGTGGGTAGT-GG--AGGAAGAATCATA-TCGAT----GT
gi|8 : TTCA-TCCTTG---TTTCTTGTATAAAGA-C-AGAGATGG---AAT--------TTAG-TAAAGT-AAA-TA--TCAAAGTGTAAAA---G------TAAAGATTGATTGGAGG-TACT-ACA-GGATAA-AATC-TTGGTATCTC-CTC-AGCAT-CT-----TTGGAAA-GAGGGGAGAGCTCacatatagtataattcatccttgtttcttgtataaagacagagatggaatttagtaaagtaaatatcaaagtgtaaaagtaaagattgattggaggtactacaggataaaatcttggtatctcctcagcatctttggaaagaggggagagctc
gi|9 : atttcggggatgtttattattaaactaaccacggaatttgcgaatcgggtgggagtcagtgtgggggtttttcggcccgtgggtagtggaggaagaatcatatcgatgtacatatagtataaAAGCCACCGGGTTTGAC-TTATACTT-CGGTAGGTTACTCAGG-TTA-C-------A--T--CTGGAA--TGC--AAT--TTG-TATCC-TTC-------GTAACAA-TGT-GG-CAT---AACGC--ACT-CA-CTGAA---TCGC-TTC-TG--T-C-TATGTATC--T--TTGT-TGTTCTCTG-T---GAATT-TATTGGT---ATAA------G---T---AAA-C---TCGGATTTGGAT-GG-TTCATTA--TGGTATGGGTT---TAGG-CAAGACATGGGA-ATGA-ATGCC-GTTTTT-CGGTCGTGG---A-CCACGATAATAGGTGGGTGC