lowQualScore                  :                      2222        1        11111111                         22222222     111111111   22222222      3333333                                                             1   1111     111           222                                      11111                                                        11                                      11111     222                              1          2                                     11111                   111   2222       111           33333333333333333333333333333             333333333333333               33333333333      111                                             555555555555             111111         111            11        666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                             2222222     11111            4444444               1111111  111  222    11111            1     1        3333333         333333333    111               1               888888888888888888888888888888888888888888       1111         111                      1   2222222  111  22222              1    22222222      333333      22  1   11   1     1  1  222222        
lowQualScore                  :                  55  6666    3   8  3     11111111 99999 0     5  5    0   11111111     777777777   00000000      6666666    4   55  55   4    4        4   4          66   4     4   2   2222 66  222     4  66 111 4 4 9999    99 4  4   4    5  888 66 22222 5   5  888 5 66    5   888  5 5            4 4 777     11    66 6  777 777  4 66  4     66  4  55555   4 444   4      777          55 5   0 5        2 77       5  6    99    6 6     99   66666      6 6 6        000   0000 1  77 000  5 0 6 2  66666666666666666666666666666   8888 5    555555555555555  5    888     55555555555      000   5     5 5    5     5 666 5      77    1 1 222222222222 5   5  77   555555  5      000  5    5  5 33    5   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888         6  2   8888   5     2222222     22222   3    5   1111111    5 5   5    8888888  000  555    77777     1      7   5 1  5 5   2222222      5  222222222    000 5  5  7  6 6  3    6  6 99    444444444444444444444444444444444444444444 4     6666     6   000   6  3  6  99   99 6 3   7777777  111  00000        99    3    44444444    6 555555  0   33  0   33   0     0  0  333333        
lowQualScore                  :                  ..  ....    .   .  .     ........ ..... .     .  .    .   ........     .........   ........      .......    .   ..  ..   .    .        .   .          ..   .     .   .   .... ..  ...     .  .. ... . . ....    .. .  .   .    .  ... .. ..... .   .  ... . ..    .   ...  . .            . . ...     ..    .. .  ... ...  . ..  .     ..  .  .....   . ...   .      ...          .. .   . .        . ..       .  .    ..    . .     ..   .....      . . .        ...   .... .  .. ...  . . . .  .............................   .... .    ...............  .    ...     ...........      ...   .     . .    .     . ... .      ..    . . ............ .   .  ..   ......  .      ...  .    .  . ..    .   ............................................................         .  .   ....   .     .......     .....   .    .   .......    . .   .    .......  ...  ...    .....     .      .   . .  . .   .......      .  .........    ... .  .  .  . .  .    .  . ..    .......................................... .     ....     .   ...   .  .  .  ..   .. . .   .......  ...  .....        ..    .    ........    . ......  .   ..  .   ..   .     .  .  ......        
lowQualScore                  :                  00  4444    6   2  6     11111111 11111 8     0  0    8   22222222     888888888   66666666      6666666    4   55  55   0    4        4   4          11   4     4   9   2222 11  333     4  11 111 4 4 4444    77 4  4   4    0  888 99 55555 0   0  888 0 99    0   888  0 0            4 4 888     99    99 2  888 888  4 11  4     11  4  44444   4 888   4      333          44 0   0 0        9 99       7  7    22    7 7     22   77777      7 7 7        000   0000 6  99 000  7 7 8 0  55555555555555555555555555555   7777 7    777777777777777  7    888     88888888888      000   7     7 7    7     7 777 7      99    4 7 999999999999 7   7  99   999999  1      000  7    7  7 66    7   777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777         7  2   0000   7     3333333     99999   9    7   0000000    7 7   7    6666666  000  444    44444     4      1   7 4  7 7   9999999      7  333333333    000 7  7  2  7 7  3    7  7 22    222222222222222222222222222222222222222222 8     8888     7   222   7  2  7  22   22 7 3   7777777  777  88888        22    3    88888888    7 888888  8   88  0   88   0     0  0  333333        
consensus                     :         TAGACGGGG--TCAC--GTGA-CCCCGT-CTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTG-GGCGCCG---------GGG--------TAGCGCC---T--GAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTG--A--ATC--ATTTT-GA--GA--A-A-T----ATGA-TC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGAT-CGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATT-NTTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTNATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGCG------GGG-AATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-T-A-A--AACAA-ATT-AA--TCT----T-GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC-------------------------AA--G-A--AACTG-G---CAAAAA----------GGAGAGCAC-ACNAAA-T--GGT-AAATA---CAA-TATAAC----AGTAAACA-GTA-GATA-TTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--G-NTAAGTTGCTGTGTTTT-T-GT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---A-CA-ACAAT-A-TT-AAGA-CA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TTGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CA--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG-TT-AAT--ATATCTTT
Reference ( gi|4 )            :         TAGACGGGG--TC-C--GTGA-CCC-GT-CTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAA--GTG-GGCGCCG---------GGG--------TAGCGC----T--GAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTA--A--ATC--ATTTT-GA--G---A-A-T----ATGA-CC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-ACGAT-CGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTA-T-ATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTAATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-------GG--AATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-T-A-A-TAATTA-ATT-AA--TCT----T-GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC-------------------------AA--G-A--AACT--G---CAAAAC----------GGAGAGCAC-ACTAAA-T--GGT-AAATA---CAA-TATAAC----AGTAAACA-GTA-GAT--CTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--G-TTAAGTTGCTGTG-TTT-T-GT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---A-CA-ACAAT-A-TT-AAGA-CA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CG--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG-TTTAAT--ATATCTTT
gi|5                          :         TAGATGGGG--TC-CACGTGA-CCCCGT-CTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAA--A-G-TGCGCCG---------GGG--------TAGCGCC---T--GAAAATGA--AT--CTA-CGCT-A-TAAAAA-GAG-TGCAGAATTTCTGCT-TGGTG-ATATTTT-G--A--AT---ATTTT-GA--G---A-AAT----ATGA-TC-AG-AAA-ACT--CC---T--A-----TTATT-GAAATT-T--ATTT-ATA---AA-A-A-GACTTGCATG-T-A---TGAGAGACATT--TATG---T---GA-ACAAT-GTGAA--TA-AG-AAT-TTA-T-A-GATTCGAAAT-TGCTCACTTTATT-TTACAAT-CCG-TCTA-TTATTTACGG-AG-TACC--GCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAA-TTT---TTC----ATGT--T---ATGTGTTATGC-C----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GAGTGTA---AATGCG------GG--AATATT---TTA-GATTAGA-CAAA-GTTTT-C-T-TGTGTTGA--TT---------------ATTA-ATT--T--TCT----TGGTTATACAA---CGAATCA-AC-G--AAAG-TGC-------------------------AAAGA-A--AACTG-G---CAAAAA----------GGAGAGCAC-ACTAAA-G--TGTAAAATAT--TAT-TATAA-----AGTAAACA-GTT-GATA-TTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTG--TTGT--GATAAAGTTGCTGTGTTTT-T-GT-A-TGT-------GAAGAA-AA--A------
gi|18                         :       ttTAGACGGGG--TC-----------------TATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTG-G-CGCCG---------GGG--------TAGCGCC---T--GAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTG--A--ATC--ATTTT-GA--GA--A-A-T----ATGA-AC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATA-GA---T-T--ATTC-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---Taaaaagaacacaaattcaa
gi|24                         :         TAGACGGGG--TCAC--GTGA-CCC-GT-CTATT-G------G-----T
gi|25                         :        tTAGACGGGGGTCC-C--GTGA-CCCCGT-CTATT-G------G-----TTTACaaagtggctccagg
gi|26                         : aacattttTAGACGGGG--TCAC--GTGA-CCCCGT-CTATT--------G-----TTTAC
gi|26                         :     ttttTAGACGGGG--TCAC--GTGACCCC-GT-CTA
gi|20                         :       ttttGACGGGG--TCAC--GTGA-CCCCGT-CTAAT-G------G-----C---------------AAA--ATGTGGCGGAG---------GGG--------TAGTGCC---T--GAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTG--A--ATC--ATTTC-GA--GA--A-A-T----ATTA-TC-AG-AAA-ACTttgtttac
gi|6                          :             CGGGG--TCAC--GTGA-CCC-GT-CTATT-G------G-----T-----------------A--GTG-G-CGCCG---------GG---------TAGCGCC---T--GAAA-TGA--AT--CTA-C-CT-AATAAAAAAGAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTG--A--ATC--ATTTT-GA--G---A-A-T----ATGA-TC-AGAAAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTGCATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGAT-CGAAAT-T-CATAC-TTATTAT-ACA-T-CCGGTCTATT-ATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----AGGT--T---AT-TGTTATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAGC---------------GA-TGTA---AATGCG------GG--AATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--T-TA----------------A-ATT-AA--TCT----T-GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGCAAG----------------------AA--G-A--AACTG-G---CAAAAA----------GGAGAGCAC-ACTAAAGT--GGT-AAATA---T-A-TTTAAC----AGTAAACA-GTT-GATAATTATT-T-ATT-ACAT-------AG----TG--TTGT--G-ATAAGTTGCTGTGTTTT-T-GT-A-TGT-------GAAAAA-AA--AACCCACCCCG---A-CA-AC
gi|2                          :             CGGGG--TC-C--GTGA-CCCCGT-CTCTTCG------G-----TTTACTGCTT-CAGTTAAAAAGTT-GGCGCCGTCCGAGGCTGGT--------TAGCGCAACCT--GAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAGTTGCAGAATTT--TGT-TGGTC-A-ATTTATG--A--ATC--ATTTTAGA--GAACA-A-T----ATGA-TC-AG--AA-ACTA-CTGTAT--A-----T-ATTCGC---TCT--ATTT-ATAAACAA-A-ATGACT----TG-T-AAACTGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-G-GAAAGTA-CA-G---TTA-TAAAGAT-CGAATT-A-CATACTTTATT-T-ACA-TCCCGGTCTA-T-AATTACGG-AGCTAGCCTCCGA-G-AAGAT--ACG-----AC-GCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----GAGTACT---GC-TGTAATGCGC----------A---TATT--------AAGCTTC-GAAAAC---------------GA-TGTA---AATGCATAAGGGGG--AATATT---TTA-GATTA-ACCAAA-GTTTT-CTT-T-TGTTGA--TCTAATCG-TAA-A-TAATTACATT-AA--TCTTACGT-ATGATGAAA---CG-ATCA-AC-GGCAAAGTTGC-------------------------AA--GAA--AACT--GCGCCAAAACAGGCGCGGGGGAAGAGCACAACTAAA-T--GGT-AAATC---CAACTATAAC----AGT-AACA-GAATGATAATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CT-T-GTGT--A-TTAAGTTGCTGTG-TTTGT-GT-A-TGTTGGAAGAGAAAAACAA--A------CCCGCGCA-CA-ACCAT-ATTT-AAGA-CA-GACTGTAAGA------G--G--GT--CAATAGGCT--------TCGCAGTCGTTTA--CTTTGAACCAGCCTCGATTCAAC-CGTTTTC--GTATTTG---T---TTTCCCACC---GAATTTTA--ACATCTATT--T-CA--AGGGCA--ATGTCACGTTG-TCTTGAGCTTT-TGTTG-TGTTTTAATCAATATCTTT
gi|14                         :              GGGG--TC-CACGTGA-CCC-GTTCTTAT-G------GCCTTCTTCAGTG-TT-CAGTCAAA--ATG-G-CGCAG---------GGGGGAGTCATTGTCGC----C--AAAA--GATGAT--CTAACGTA-AATAAA---GAG-TGCAGAATTT--GCT-GGTTC-ATATTTTGAATA--ATT---TTTT-GA--A---A-A-T----ATTA-TCAAG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-TG---T-T--A-TT-AT----CA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAG---CATTGCTCCG---T---GACA--ATAATGAA--CA-AGAA---TTA-T-CAGAT-CGAAA--A-CATACTTTATT-T-ACAGT-CCGGTCGATT-TTTTACGG-attta
gi|3                          :            accgGG--TCAC--GTGA-CCC-GT-CTATT-ACTAGTAG-----TTTACTG-TT-CAGTCAAA--GTG-GTGGCCG---------GGGG-------TAGCACC---T--CAAT-TGA--ATTTCTA-CGCTTAATATAAG-ATG-TGCAGAATTT--GCT--GGTC-AT--TTTTG--ACTATG--ATC----A--G---ATA-TTTCAATGAACC-A---AA-TCTA-CT---T--ACCGTAT-ATT-GA---T-T--ATTT-A-A---AA-A-ATTACTTACATG-T-A---TTAGAA-TATT--T-TG---T---CA-A--AT-ATGAA--CATAG-A---CTAAT-AAGAT-CGAAAT-T-CATACTTTTTT-T-ACA-T-CCGGTCTATT-TTTTACGG--G-TAGC--CCGAGG-AAGATTGGCGGGGACACTGCA-TCC-CGAAGTTTTTATTCAAAGATGT--TAAAAT-TGTAACGCGCTCAAAGAAATA---T-TCTAGAAAAAAAGG-TG-G-AAACATTTAAGCTCGAAACGA-TGTA---ACTGCAG-----GG--AATG-T---TTA-GAATA-A-TAAA-GTTTT-C-C-T-TGTTGA--TCTAATCGCT-A----AACAA-ATTAAA--TCT----T-GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-AGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA--A-A--AACTGGG---CAAAA-----------GGAGAGCTC-TCAAAA-T--GGT-AAATATTCTAA-TATAAC----AGAAAACA-GTACGATA-TTATT-T-CTT-CCAT-------AG---CTCTGTTGT--G-ATAAGTTGCTGTGTTTT-T-GTGA-TATTGAAA--AAAAAA-AA--A------C------A-CACACATTAA-TT-AAGA-CA-G--TG-A--A------G--A----------GGG----------TC-CT-TTGTTTA--C-CTGAA-CAGC--TGA-TTAAT-CG--TTC--G-A-TCGT--T---TT---CA-CCGAAAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-AATA-TTCAGGTTTCTC-TGA--TTT-TGTTG-TA-TT
gi|11                         :                                       gggtca------G-----TTTACTG-TTTCAGGTAAAAAGTG-G-CGCCG---------GGG--------TAGCGC----CTGGAAA-TGA--AT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAG-ATTG--GCT-TGGTC--TATTTTGG--A--ATCATATTTT-GA--GA--A-A-T----ATGA-TC-AG-AAA-ACTA-CT---CTAA-----T-ATT-GA---T-T--ATTT--TA---AA-A-ATGACTTGCATG-TAA---TGAGA--CACT--TATGGTCT---GA-A--AT-ATGAA--CA-AGAA---TTA-TAAAGAT-CGAAAT-T-CATA-TTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATT-ATTTACGGCAG-TAG----CGA-GAAAGAT--ACG-----ACTGCACT-CGCGAAGTTT---TTTCA--AGGT--T---AT-TGCTATGCGC----------A---at
gi|27                         :                                                                    tcacgtgatgattcctCGCCG---------GGG--------TAGCGCC---T--GAAA-TGA--AT--CTA-C
gi|15                         :                                                                                                                                GA--AT--ATA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGATTTT--GCTCTGGTCTATAATTTTG--A--ATCAAATTTT-GAAGA---A-A-T----ATGA-TC-AG-AAAGACTATCT---T--A-----T-ATT-GA---T-TTCATTTAATA---AACACATG--TTACATGTT-A---TGAGA--CATT--C-TG---TGGAGA-G--AT-ATGAG--AA-AC-ACATTTA-TCAAGAT-CGAGATGC-CATACTTTATA-T-ACA-G-CCGGTCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GT-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGAT-CGAAAT-T-C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G---T---GA-A--AT-AAGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGAT-CGAAAT-T-CATACTTTAT----ACA-T-CCGGTCTA-T-TTTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGGC--GCG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---GTC----ATGA--T---AT-T-----------------------T-TT---------AGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-------GG--GA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGGTT---TCC----AT-T--T---GT-TTTCA-GC-C----------A---T-TTGT------AAAT----G-AAAT---------------G--TAAA---AATGC-------GGGAAATTTT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTTTC-TCT-TGTTGA--TCTAATTG-T-A-A---ACAA-ATT-AA--TCT----T-GTTATGAA----CG-ATCC-AC-G--AAAG-TTC-------------------------AA--G-A--A-CC--G---CAAAAA----------GGAGCG-AC-ACCATT-TTTGGT-AAATA---CAA--ATGAA----AGTAAACA-GTA-GATA-TTATT-T-ATT-CCATAGCATTAAG---CTG--TTGT--G-ATAAGTTG-TGTG-GTT-T-GT-ATTGT-------GGAAAA-AA--AAAC---CCCG---ACCA-AC--T-A--T-AAGA-CA-G--TGTA--A------G--A----------GGG----------TC-CA-TTGTTTA--A-TTGAA-CAAC--TTG-TC-AC-CG--TTC--G-A-TGT---T---TT---CA-C---GATTCTTA--GAAT-TATT--T-TC--AGGG-AATA-G-CAAGTT--TC-TGT--TTTGTGTTGTTG-TT--AT--ATGTCTTa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gaacataaaattcatTAATGCAC----------ACATT-TT--------TAGC-CCAG-AAAC---------------GA-TGTATAAAATGC-------AGGCAATATTAATTTA-GAATA-A-CTAATGTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-C-ACA-CAGCAA-ATT-AAATTCT----T--TAATGAAATACCA-CTAA-ACTG--AGAG-TG---------------------------A--G-C--AACatattgacaaaaaacaaaacaaaaccaaaatataaaaaaaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaaA---AATGC-------GGGTAATATT---TTACGATGA-A-CA----TGTT-T-C-T-TGTTGAATTCTGATTG-T-A-AACAA--A-ATT-AA--TAT------GT-ATGAGA---CG-ATCAGAC-GG-AAAG-TTC-------------------------AA--G-ATAAACTC-G---CAAAA-------------AGAGCAC-ACAAAA-T--GGT-AAATA---CAG-TATAAC----AGTTAACATGTAAGAT--ATATT-TGATT-CCAT-------AG---CTTG-TTGT--GATTAAGT--CTGTG-TTT-TTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA----------CCG---A-CA-ACAAT-A-TTTGGGA-CAAG--TGTA--A------GAAG--GT--ACATTGC----------T-------GTTTA--A-TTGAA-CAGC--TGA-TGCAC-CG--T-C--G-A-TTGAATT---TT---CA-C---GAATTTAATTGAAT-TGTTGTT-CA--AGGA-AT-A-G-CAAGTT--TC-TGA--TGT-TGTTG-TG-TTGAAA--TTATCTTactattgtattaccatagtgtctgttggtcagataagtggctgtgtttttgtaattgacaaaaaccacccaacaaatatttaagaacagtgtaaacacacggaagtaaccatgagatggaagggctcgcattgtttagctttgaaggcaacgcgttcgtgacttgtctcttcagaatttagaatatatttacaacagggaat
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA-T--G---AAATA---CCACTA-AACTGAGAGTGAGCA-ACA------CTATTGT-ATTACCAT-------AGTGTCTGT-TGGTCAG-ATAAGTGGCTGTG-TTT-TTGT-A-ATT-------GACAAA-AACCA------CCCA---A-CA-A--AT-A-TTTAAGAACA-G--TGTA--AACACACG--GAAGTAACCATGAGATGGAAGGGCTCGCA-TTGTTTAGCT-TTGAA--GG--------CAACGCG--TTCGTG-ACTTG---TCTCTT---CA-----GAA-TTTA--GAATATATT--TACAACAGGG-A--A-attgacaaaaatcacaaacaaagaccaaaaaacaaaaagaaacaaaaacaaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataactgttagtaattatggtttattttataaagtggtaattccagtggaccaaacataattttacagtttttattgacaatcaaaaacgaagattgattatcacgtaagaaaaaatcttgaaaacaaatttaaatttcaaaaaaaatctcagaaaaaaaattatattgacttggagataaatcaagcacttggataatgtatctaagattttcaataaattaagagcatgcattaccaaagatgcatgtgaagaataaaaccacatttgtaatttaaattattgtttctattgagcaaaatcaaacagagttattttatttgcgaatatgtgcacaatgag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaataatgcacacatttttagcccagaaacgatgtataaaatgcaggcaatattaatttagaataactaatgttttctttgttgatctaatcgcacacagcaaattaaattcttt---A-CA-ACAAT-A-TT-AAGA-CA-G--TGTA--A------GAGG--GC--CTATGGG----------TA-CA-TTGTTTA--C-TTTAA-CAGT--TGA-TTAAC-TG--TTC--G-A-TTGA--T---TT---CA-A---GAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-A--t

Unaligned ( gi|7 ): GCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGAATTAAACTGTTAGTAATTAATGCTTATTTTATTGAAGTGGTAATTCCAATGGAAAAACATAAATTTTCAGTTTTTATTGAAAAATCAAAAACGGAGATCTTGAAGATTGATACAATTCAAAAAATCTTGGAGAGCAGCATTTGAAATTAACAAAATCTTGGGAAACAAATTTTAAAATTCAAAAATCTTGGAGAAACAAAATTATAATTGAGTTCTTGGAGACATTGCCTTGGAGATAGTCAAGCATTAGACAAATATATGCTAAGATTTCAATTAAATAAGAGATTGAATTACCAGATGCAAGAAAATAAATGCACATTTGTGATCTAAATATTGC
Unaligned ( gi|9 ): AGAGAGAGAGAGAAGGGAAGAATTTAAACTGTTAGTAATTTAACTGCTTAATTCTATTCAAAGTGGTAATCTCCAATGGAACCAAAACATAATTTTACCAGTTTTTACTGAAATGCACAAAACCGGAGATCTTTGAAGATCTGATACTAATCAAAAAAATCCTTGGAGAAGCCACAATTTGAAATTACAAAATCTTGGGAAAACAATATTTTAAAAATTCAAAAATCTTTGGAGAAATCAAATTATTATTTGAGTTGCTGTGAGACATTTGTGCCTTGGAGATAGTCAAGCACTTAGACAAGAATGTCTGCTTAAAATGATTTCAGAGTTAAAAAAGACATTGACACTTAAACAAGATGCAAGTATAGAATTAACATGCCACATCTTTATTGCTTCCAGGTCAGAAT
Unaligned ( gi|12 ): GGAAATCTGATAATCTGATACAATTAAAAAAAATCTGAGAAACCAACATTTGAAATTCAAAGAAACATCTCGGAGAAAGCAAAGTCCTAACTGATTGAGTCAAATCTTGGAGACAATGTGAGGAGCCTTGGAGATAGTCCAAACATCTAGCCCTCCAGAGAGTTGGCACTGCCTAAAATGTTTGCAAGGTGAGAGATAGAAGAGAATGACATTACCAAGATGCATGCGATGAAGATAAATGCAAGCATAATAATGTGAATTTAGATAATTGCTTCATATTCAGAATGATAAATATTCAAACAGGCGTTATTT
Unaligned ( gi|13 ): AATCAAAAAATCTTGGAGAAACACATTAAAATTACAAAAATCTTGGGAAACAAATTTTAAAATTAAAAAATCTGGAGAAACAAATTATATTGAGTTGTTGGAGACATTGCCTTGGAGATAGTCAAGCACTTAGACAAATGTATGCTAAGATTTCAATTAAATAAGAAGATTGACATTACCAGATGCAAGAAGAATAAATGCACATTTGTGAATCTAATATTGCTTCATATTGCGAAAATTCAACAGCGTTATTTTATTACCATATTGCAATATGTGCACATTG
Unaligned ( gi|16 ): AAAAAAAGGAGGATGAAGAGAATAACTGTTAGTAATTATGATTATTTTTTTAAGTGGTAAGTTCCAGTGGACAAACAATAATTTTAGCAGTTTTATTGAAACTCAAACACGGAGTCTTTGAAGATCTGATCACTTAAAAAAAAATATTGGAATCTAAAATAAAGAGGTCTGGTTAGAAAATATTT
Unaligned ( gi|17 ): TCATATTGCGAAAATTCAACAGCGTTATTCTATTTACCATATTTGCAATATGTGCACATTGAGATCTACTCATGTTTATTTTGAAGACAGTATGATGGTTTGACAAAAAATGATAATGCATTTTGTTTGAAAGCAATTAGAATATTAAAATGTGACACATATGTATAGTGGTATCTC
Unaligned ( gi|22 ): GAGAATAACTGATAGTACTCAAGTTTATTTTTTTGAAATGGTAACATCCAGTGGACAAAACATATTTGACATTTTATTGAAATTAAAAACGGAGATCTTGAAATAA

lowQualScore                  :                                                                                                                     11                                                 11    2     111111111   11111111                                                                        1           11                                                  11111                                                        11                                      11111     1                                                                               11111                         1111                       222222222222222222222222222             333333333333333               111111                                                         22222222222222           111111111                        11                      444444444444444444444444            22222222222                               22222222222222            1111    111     1                 1111111       111         1                        2222222         222222222                   1                     555555555555555555555555555555555555          1111                                  1   2222222  111  11111              1    1111          222222      11      11            11  111  111       
lowQualScore                  :                                                                                                                  4  11        7       3 999999 88888       4  4        33    3     666666666   88888888      777   4  4 4     55   3    4        4   4          55   4     4   0   3  55   11 55    4 4   55   8888      4  4   4    4  777 66 11111 4   4  777 4 66    4   777  4 4            4 4 777     00    66 4  777 777  4 55  4     55  4  33333   4 2           555           4 4   8 4          5       5  5    77    5 5     77   44444      5 5 5        888   7777 0  66 888  5   2 0  5 666666666666666666666666666   5555 5    111111111111111  5    777     555555  1      888   5     5 5    5 5     5 5 5      66  0   0 88888888888888   5  66   888888888  3   0  888  5    5  5 11    5   888 5 66 5 66 888888888888888888888888    5       77777777777         5  777 66  5    5     22222222222222        0   0000 5  777 66  0      5 5   5    6666666  888  999    66 1 0    0             5 5   8888888      5  777777777    888   55   5 5 1  5   5   5 77    77 777777777777777777777777777777777777  5       3333     5    77   5  1  5  77   77 5 1   2222222  000  66666        77    1    2222  77    5 444444      99  8   11   8     8  99  111  777       
lowQualScore                  :                                                                                                                  .  ..        .       . ...... .....       .  .        ..    .     .........   ........      ...   .  . .     ..   .    .        .   .          ..   .     .   .   .  ..   .. ..    . .   ..   ....      .  .   .    .  ... .. ..... .   .  ... . ..    .   ...  . .            . . ...     ..    .. .  ... ...  . ..  .     ..  .  .....   . .           ...           . .   . .          .       .  .    ..    . .     ..   .....      . . .        ...   .... .  .. ...  .   . .  . ...........................   .... .    ...............  .    ...     ......  .      ...   .     . .    . .     . . .      ..  .   . ..............   .  ..   .........  .   .  ...  .    .  . ..    .   ... . .. . .. ........................    .       ...........         .  ... ..  .    .     ..............        .   .... .  ... ..  .      . .   .    .......  ...  ...    .. . .    .             . .   .......      .  .........    ...   ..   . . .  .   .   . ..    .. ....................................  .       ....     .    ..   .  .  .  ..   .. . .   .......  ...  .....        ..    .    ....  ..    . ......      ..  .   ..   .     .  ..  ...  ...       
lowQualScore                  :                                                                                                                  0  22        5       6 666666 33333       4  4        77    3     000000000   55555555      000   0  0 0     00   6    0        0   0          55   0     0   7   2  55   00 55    0 0   55   5555      0  0   0    4  888 11 11111 4   4  888 4 11    4   888  4 4            0 0 000     66    11 6  000 000  0 55  0     55  0  00000   0 0           777           4 4   9 4          9       0  7    99    7 7     99   33333      7 7 7        888   5555 2  99 888  0   6 8  7 111111111111111111111111111   2222 0    222222222222222  0    888     888888  9      888   0     0 0    0 0     0 0 0      99  1   2 22222222222222   0  99   444444444  4   1  888  0    0  0 99    0   888 0 99 0 99 111111111111111111111111    7       11111111111         0  999 99  0    0     66666666666666        4   6666 0  555 99  0      0 0   0    2222222  888  999    99 0 0    1             0 0   8888888      0  111111111    888   11   7 7 4  7   7   7 99    99 333333333333333333333333333333333333  7       0000     7    99   7  4  7  99   99 7 4   4444444  000  44444        99    4    0000  99    7 777777      00  0   00   0     0  00  888  000       
consensus                     :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTGG-CGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTNATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-G-TTTTC-T-T-TGTTGA--TCTAATCGT--A-AACAA----ATT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACN--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CA--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TGT-TT--AAT--ATATCTTT
Reference ( family-1478 )     :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTGGGCGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTNTTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTNATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-G-TTTTC-T-T-TGTTGA--TCTAATCGTA-A-AACAA----ATT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACN--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GNT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TTGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CA--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG--TT--AAT--ATATCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---AATGC-----GGGTAATATT---TTACGATGA-A-CA-----TGTTT-C-T-TGTTGAATTCTGATTGTA-A-ACAAA----ATT-AA--TAT---------GT-ATGAGA---CG-ATCAGAC-GG-AAAG-TTC---A-A--G-ATAA------------------------ACTC-GCAAAAA-----------G---AGCAC-ACA--A--AA-TGGT-AAATA---C---AG-T---ATAACAGTTAAC----ATGT-AAG--AT-AT-ATT-TGATT-CCAT-------AG---CTTG-TTGT--GATTAAGT--CTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA----------CCG---ACA-ACAA-T-A-TTTGGG-ACAAG--TGTA--A------GAAG--GT--ACATTG-----------------CTGTTTA--A-TTGAA-CAGC--TGA-TGCAC-CG--T-C--G-A-TTGAATT---TT---CA-C---GAATTTAATTGAAT-TGTTGTT-CA--AGGA-AT-A-G-CAAGTT--TC-TGA--TGT-TGTTG-TG--TTGAAAT---TATCTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAATGCAC----------ACATT-TT--------TAGC-CCAG-AAAC---------------GA-TGTATAAAATGC-----AGGCAATATTAATTTA-GAATA-A-CTAATG-TTTTC-T-T-TGTTGA--TCTAATCGCACACAGCAA----ATT-AAATTCT----T-----TAATGAAATACCA-CTAA-ACTG--AGAG-TG------A--G-C--A------------------------ACattgacaaaaatcacaaacaaagaccaaaaaacaaaaagaaacaaaaacaaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataactgttagtaattatggtttattttataaagtggtaattccagtggaccaaacataattttacagtttttattgacaatcaaaaacgaagattgattatcacgtaagaaaaaatcttgaaaacaaatttaaatttcaaaaaaaatctcagaaaaaaaattatattgacttggagataaatcaagcacttggataatgtatctaagattttcaataaattaagagcatgcattaccaaagatgcatgtgaagaataaaaccacatttgtaatttaaattattgtttctattgagcaaaatcaaacagagttattttatttgcgaatatgtgcacaatgag
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaaGCAC-ACAGCA--AA-T--T-AAATT---CTTTAA-TGAAATACCACTAAACTGAGA-GTGA-GCAAC-ACTATTGT-ATTACCAT-------AGTGTCTGT-TGGTCAGAT-AAGTGGCTGTGTTTTTGT-A-ATT-------GACAAA-AACCA------CCCA---ACA---AA-T-ATTT-AAGAACA-G--TGTA--AACACACG--GAAGTAACCATGAGATGGAAGGGCTCGCA-TTGTTTAGCT-TTGAA--GG--------CAACGCG--TTCGTG-ACTTG---TCTCTT---CA-----GAA-TTTA--GAATATATT--TACAACAGGG-A--A-actattgtattaccatagtgtctgttggtcagataagtggctgtgtttttgtaattgacaaaaaccacccaacaaatatttaagaacagtgtaaacacacggaagtaaccatgagatggaagggctcgcattgtttagctttgaaggcaacgcgttcgtgacttgtctcttcagaatttagaatatatttacaacagggaat
gi|11                         : ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaataatgcacacatttttagcccagaaacgatgtataaaatgcaggcaatattaatttagaataactaatgttttctttgttgatctaatc------G-----TTTACTG-TTTCAGGTAAAAAGTGG-CGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTGGAA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAG-ATTG--GCT-TGGTC--TATTTTGGA--ATCATA--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---CTAA-----T-ATT-GA---T-T--ATTT--TA---AA-A-ATGACTTGCATG-TAA---TGAGA--CACT--TATGGTCT---GA-A--AT-ATGAA--CA-AGAA---TTA-TAAAGATCGAAAT-T-CATA-TTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGGCAG-TAG----CGA-GAAAGAT--ACG-----ACTGCACT-CGCGAAGTTT---TTTCA--AGGT--T---AT-TGCTATGCGC----------A---t
gi|14                         :                                                                                              tcacgtgatgattcctGGGG-TCCACGTGACCCGTTCTTAT-G------GCCTTCTTCAGTG-TT-CAGTCAAAA--TGG-CGCAG---------GGGGGAGTCATTGTCGC---CAA-AAGA-TGA-T--CTAACGTA-AATAAA---GAG-TGCAGAATTT--GCT-GGTTC-ATA-TTTTGA--ATA--ATTTTTT-G-A-A--AAT----ATTATCAAG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-TG---T-T--A-TT-AT----CA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAG---CATTGCTCCG---T---GACA--ATAATGAA--CA-AGAA---TTA-T-CAGATCGAAA--A-CATACTTTATT-T-ACAGT-CCGGTCGATTTTTTACGG-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                       accgGAAT--ATA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGATTTT--GCTCTGGTCTATAATTTTGA--ATCAAA--TTTT-GAAGA--AAT----ATGATC-AG-AAAGACTATCT---T--A-----T-ATT-GA---T-TTCATTTAATA---AACACATG--TTACATGTT-A---TGAGA--CATT--C-TG---TGGAGA-G--AT-ATGAG--AA-AC-ACATTTA-TCAAGATCGAGATGC-CATACTTTATA-T-ACA-G-CCGGTCT
gi|18                         :                                                                                                                                GTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTGG-CGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGAAC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATA-GA---T-T--ATTC-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tagacgggG---T---GA-A--AT-AAGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTAT----ACA-T-CCGGTCTATT-TTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGGC--GCG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---GTC----ATGA--T---AT-T-----------------------T-TT---------AGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGAA
gi|2                          :                                                                                                             CGGGG-TC--CGTGACCCCGTCTCTTCG------G-----TTTACTGCTT-CAGTTAAAAAGTTGGCGCCGTCCGAGGCTGGT--------TAGCGCAACCTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAGTTGCAGAATTT--TGT-TGGTC-A-ATTTATGA--ATC--A--TTTTAG-AGAACAAT----ATGATC-AG--AA-ACTA-CTGTAT--A-----T-ATTCGC---TCT--ATTT-ATAAACAA-A-ATGACT----TG-T-AAACTGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-G-GAAAGTA-CA-G---TTA-TAAAGATCGAATT-A-CATACTTTATT-T-ACA-TCCCGGTCTA-TAATTACGG-AGCTAGCCTCCGA-G-AAGAT--ACG-----AC-GCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----GAGTACT---GC-TGTAATGCGC----------A---TATT--------AAGCTTC-GAAAAC---------------GA-TGTA---AATGCATAAGGGGGAATATT---TTA-GATTA-ACCAAA-G-TTTTCTT-T-TGTTGA--TCTAATCGT--A-AATAATTACATT-AA--TCTTACGT----ATGATGAAA---CG-ATCA-AC-GGCAAAGTTGC---A-A--GAA--A------------------------ACTGCGCCAAAACAGGCGCGGGGGAAGAGCACAACT--A--AA-TGGT-AAATC---C---AACT---ATAACAGT-AAC----A-GA-ATG--ATAATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CT-T-GTGT--ATT-AAGTTGCTGTGTTTGTGT-A-TGTTGGAAGAGAAAAACAA--A------CCCGCGCACA-ACCA-T-ATTT-AAG-ACA-GACTGTAAGA------G--G--GT--CAATAGGCT--------TCGCAGTCGTTTA--CTTTGAACCAGCCTCGATTCAAC-CGTTTTC--GTATTTG---T---TTTCCCACC---GAATTTTA--ACATCTATT--T-CA--AGGGCA--ATGTCACGTTG-TCTTGAGCTTT-TGTTG-TGTTTT--AATCAATATCTTT
gi|20                         :                                                                                                           GACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTAAT-G------G----------------CA---AAAT-GTGG-CGGAG---------GGG--------TAGTGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTGA--ATC--A--TTTC-G-AGA--AAT----ATTATC-AG-AAA-ACTattta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------GAGG--GC--CTATGGG----------TA-CA-TTGTTTA--C-TTTAA-CAGT--TGA-TTAAC-TG--TTC--G-A-TTGA--T---TT---CA-A---GAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-A--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GT-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-C
gi|24                         :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGA-CCCGTCTATT-G------G-----T
gi|25                         :                                                                                                        tTAGACGGGGGTC-CCGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACaaagtggctccagg
gi|26                         :                                                                                                 aacattttTAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT--------G-----TTTAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                           ttttCGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-C
gi|3                          :                                                                                                                GG-TC-ACGTGACCC-GTCTATT-ACTAGTAG-----TTTACTG-TT-CAGTCAAA--GTGGTGGCCG---------GGGG-------TAGCAC---CTC-AA-T-TGAATTTCTA-CGCTTAATATAAG-ATG-TGCAGAATTT--GCT--GGTC-AT--TTTTGACTATG--A--TC-----AGA--TATTTCAATGAAC-C--AAA-TCTA-CT---T--ACCGTAT-ATT-GA---T-T--ATTT-A-A---AA-A-ATTACTTACATG-T-A---TTAGAA-TATT--T-TG---T---CA-A--AT-ATGAA--CATAG-A---CTAAT-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTTTT-T-ACA-T-CCGGTCTATTTTTTACGG--G-TAGC--CCGAGG-AAGATTGGCGGGGACACTGCA-TCC-CGAAGTTTTTATTCAAAGATGT--TAAAAT-TGTAACGCGCTCAAAGAAATA---T-TCTAGAAAAAAAGG-TG-G-AAACATTTAAGCTCGAAACGA-TGTA---ACTGC-----AGGGAATG-T---TTA-GAATA-A-TAAA-G-TTTTC-C-T-TGTTGA--TCTAATCGCT-A-AACAA----ATTAAA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-AGC---ACA--A-A--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTG-GGCAAAA-----------GGAGAGCTC-TCA--A--AA-TGGT-AAATATTCT---AA-T---ATAACAGAAAAC----A-GT-ACG--AT-ATTATT-T-CTT-CCAT-------AG---CTCTGTTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGTGA-TATTGAAA--AAAAAA-AA--A------C------ACACACAT-TAA-TT-AAG-ACA-G--TG-A--A------G--A----------GGG----------TC-CT-TTGTTTA--C-CTGAA-CAGC--TGA-TTAAT-CG--TTC--G-A-TCGT--T---TT---CA-CCGAAAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-AATA-TTCAGGTTTCTC-TGA--TTT-TGTTG-TA--TT--A
gi|4                          :                                                                                                   gggtcaTAGACGGGG-TC--CGTGACCC-GTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAA--GTGGGCGCCG---------GGG--------TAGCGC----TG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTAA--ATC--A--TTTT-G-AGA--A-T----ATGACC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-ACGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTAT-ATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTAATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GG--AATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-G-TTTTC-T-T-TGTTGA--TCTAATCGTA-ATAATTA----ATT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG--CAAAAC-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT--CTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GTT-AAGTTGCTGTGTTTT-GT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CG--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TGT-TT--AAT--ATATCTTTt
gi|5                          :                                                                                                         TAGATGGGG-TCCACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-GTG--CGCCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-AATGAAT--CTA-CGCT-A-TAAAAA-GAG-TGCAGAATTTCTGCT-TGGTG-ATATTTT-GA--AT---A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACT--CC---T--A-----TTATT-GAAATT-T--ATTT-ATA---AA-A-A-GACTTGCATG-T-A---TGAGAGACATT--TATG---T---GA-ACAAT-GTGAA--TA-AG-AAT-TTA-T-AGATTCGAAAT-TGCTCACTTTATT-TTACAAT-CCG-TCTATTATTTACGG-AG-TACC--GCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAA-TTT---TTC----ATGT--T---ATGTGTTATGC-C----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GAGTGTA---AATGC------GGGAATATT---TTA-GATTAGA-CAAA-G-TTTTC-T-TGTGTTGA--TT--------------------ATT-AA--TTT----TCTTGGTTATACAA---CGAATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-AAGA-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AA-GTGTAAAATAT--T---AT-T---ATAA-AGTAAAC----A-GT-T-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTG--TTGT--GATAAAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAGAA-AA--A------
gi|6                          :                                                                                                           ttCGGGG-TC-ACGTGACCC-GTCTATT-G------G-----T------------------A-GTGG-CGCCG---------GG---------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-C-CT-AATAAAAAAGAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTT-GA--ATC--A--TTTT-G-AG---AAT----ATGATC-AGAAAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTGCATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATAC-TTATTAT-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----AGGT--T---AT-TGTTATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAGC---------------GA-TGTA---AATGC------GGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-G-TTTTC-T-T-TGTTGA--T--------------TAA----ATT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGCAAGA-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AAGTGGT-AAATA---T----A-T---TTAACAGTAAAC----A-GT-T-G--ATAATTATT-T-ATT-ACAT-------AG----TG--TTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--AACCCACCCCG---ACA-ACaaaaagaacacaaattcaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGGTT---TCC----AT-T--T---GT-TTTCA-GC-C----------A---T-TTGT------AAAT----G-AAAT---------------G--TAAA---AATGC-----GGGAAATTTT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTTTC-TCT-TGTTGA--TCTAATTGT--A-AACAA----ATT-AA--TCT----T----GTTATG-AA---CG-ATCC-AC-G--AAAG-TTC---A-A--G-A--A------------------------CC---GCAAAAA-----------GGAGCG-AC-ACC--ATTTT-TGGT-AAATA---C---AA-----ATGAAAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCATAGCATTAAG---CTG--TTGT--GAT-AAGTTG-TGTG-GTTTGT-ATTGT-------GGAAAA-AA--AAAC---CCCG---AC---CAACT-A--T-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--A----------GGG----------TC-CA-TTGTTTA--A-TTGAA-CAAC--TTG-TC-AC-CG--TTC--G-A-TGT---T---TT---CA-C---GATTCTTA--GAAT-TATT--T-TC--AGGG-AATA-G-CAAGTT--TC-TGT--TTTGTGTTGTTG--TT---AT--ATGTCTT

Unaligned ( gi|7 ): GCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGAATTAAACTGTTAGTAATTAATGCTTATTTTATTGAAGTGGTAATTCCAATGGAAAAACATAAATTTTCAGTTTTTATTGAAAAATCAAAAACGGAGATCTTGAAGATTGATACAATTCAAAAAATCTTGGAGAGCAGCATTTGAAATTAACAAAATCTTGGGAAACAAATTTTAAAATTCAAAAATCTTGGAGAAACAAAATTATAATTGAGTTCTTGGAGACATTGCCTTGGAGATAGTCAAGCATTAGACAAATATATGCTAAGATTTCAATTAAATAAGAGATTGAATTACCAGATGCAAGAAAATAAATGCACATTTGTGATCTAAATATTGC
Unaligned ( gi|9 ): AGAGAGAGAGAGAAGGGAAGAATTTAAACTGTTAGTAATTTAACTGCTTAATTCTATTCAAAGTGGTAATCTCCAATGGAACCAAAACATAATTTTACCAGTTTTTACTGAAATGCACAAAACCGGAGATCTTTGAAGATCTGATACTAATCAAAAAAATCCTTGGAGAAGCCACAATTTGAAATTACAAAATCTTGGGAAAACAATATTTTAAAAATTCAAAAATCTTTGGAGAAATCAAATTATTATTTGAGTTGCTGTGAGACATTTGTGCCTTGGAGATAGTCAAGCACTTAGACAAGAATGTCTGCTTAAAATGATTTCAGAGTTAAAAAAGACATTGACACTTAAACAAGATGCAAGTATAGAATTAACATGCCACATCTTTATTGCTTCCAGGTCAGAAT
Unaligned ( gi|12 ): GGAAATCTGATAATCTGATACAATTAAAAAAAATCTGAGAAACCAACATTTGAAATTCAAAGAAACATCTCGGAGAAAGCAAAGTCCTAACTGATTGAGTCAAATCTTGGAGACAATGTGAGGAGCCTTGGAGATAGTCCAAACATCTAGCCCTCCAGAGAGTTGGCACTGCCTAAAATGTTTGCAAGGTGAGAGATAGAAGAGAATGACATTACCAAGATGCATGCGATGAAGATAAATGCAAGCATAATAATGTGAATTTAGATAATTGCTTCATATTCAGAATGATAAATATTCAAACAGGCGTTATTT
Unaligned ( gi|13 ): AATCAAAAAATCTTGGAGAAACACATTAAAATTACAAAAATCTTGGGAAACAAATTTTAAAATTAAAAAATCTGGAGAAACAAATTATATTGAGTTGTTGGAGACATTGCCTTGGAGATAGTCAAGCACTTAGACAAATGTATGCTAAGATTTCAATTAAATAAGAAGATTGACATTACCAGATGCAAGAAGAATAAATGCACATTTGTGAATCTAATATTGCTTCATATTGCGAAAATTCAACAGCGTTATTTTATTACCATATTGCAATATGTGCACATTG
Unaligned ( gi|16 ): AAAAAAAGGAGGATGAAGAGAATAACTGTTAGTAATTATGATTATTTTTTTAAGTGGTAAGTTCCAGTGGACAAACAATAATTTTAGCAGTTTTATTGAAACTCAAACACGGAGTCTTTGAAGATCTGATCACTTAAAAAAAAATATTGGAATCTAAAATAAAGAGGTCTGGTTAGAAAATATTT
Unaligned ( gi|17 ): TCATATTGCGAAAATTCAACAGCGTTATTCTATTTACCATATTTGCAATATGTGCACATTGAGATCTACTCATGTTTATTTTGAAGACAGTATGATGGTTTGACAAAAAATGATAATGCATTTTGTTTGAAAGCAATTAGAATATTAAAATGTGACACATATGTATAGTGGTATCTC
Unaligned ( gi|22 ): GAGAATAACTGATAGTACTCAAGTTTATTTTTTTGAAATGGTAACATCCAGTGGACAAAACATATTTGACATTTTATTGAAATTAAAAACGGAGATCTTGAAATAA

lowQualScore                  :                                                                                                                     11                                                                111111111   11111111                                                                        1           11                                                  11111                                                        11                                      11111     1                                                                               11111                         1111                       222222222222222222222222222             333333333333333               111111                                                         111111111    1111            111111111                        11                      444444444444444444444444            22222222222                               22222222222222            1111    111     1                 1111111       111         1                        2222222         222222222                   1                     555555555555555555555555555555555555          1111                                  1   2222222  111  11111              1    1111          222222      11      11                   11        
lowQualScore                  :                                                                                                                  4  11        7       3 999999 88888 1     4444   11   99999   3  3   444444444   88888888      777   4  4 4     55   3    4        4   4          55   4     4   0   3  55   11 55    4 4   55   8888      4  4   4    4  777 66 11111 4   4  777 4 66    4   777  4 4            4 4 777     00    66 4  777 777  4 55  4     55  4  33333   4 2           555           4 4   8 4          3       5  5    77    5 5     77   44444      5 5 5        888   7777 0  66 888  5   2 0  5 666666666666666666666666666   5555 5    111111111111111  5    777     555555  1      888   5     5 5    5     5 5 5 5      66  0   0 333333333    0000 5  5  66   888888888  3   0  888  5    5  5 11    5   888 5 66 5 66 888888888888888888888888    5       77777777777         5  777 66  5    5     22222222222222        0   0000 5  777 66  0      5 5   5    6666666  888  999    66   0    0             5 5   8888888      5  777777777    888   55   5 5 1  5   5   5 77    77 333333333333333333333333333333333333  5 2     3333     5    77   5  1  5  77   77 5 1   2222222  000  66666        77    1    2222  77    5 444444      99  8   11   8     8  8  9   33        
lowQualScore                  :                                                                                                                  .  ..        .       . ...... ..... .     ....   ..   .....   .  .   .........   ........      ...   .  . .     ..   .    .        .   .          ..   .     .   .   .  ..   .. ..    . .   ..   ....      .  .   .    .  ... .. ..... .   .  ... . ..    .   ...  . .            . . ...     ..    .. .  ... ...  . ..  .     ..  .  .....   . .           ...           . .   . .          .       .  .    ..    . .     ..   .....      . . .        ...   .... .  .. ...  .   . .  . ...........................   .... .    ...............  .    ...     ......  .      ...   .     . .    .     . . . .      ..  .   . .........    .... .  .  ..   .........  .   .  ...  .    .  . ..    .   ... . .. . .. ........................    .       ...........         .  ... ..  .    .     ..............        .   .... .  ... ..  .      . .   .    .......  ...  ...    ..   .    .             . .   .......      .  .........    ...   ..   . . .  .   .   . ..    .. ....................................  . .     ....     .    ..   .  .  .  ..   .. . .   .......  ...  .....        ..    .    ....  ..    . ......      ..  .   ..   .     .  .  .   ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                  0  22        5       6 666666 33333 2     4444   88   55555   6  6   555555555   55555555      000   0  0 0     00   6    0        0   0          55   0     0   7   2  55   00 55    0 0   55   5555      0  0   0    4  888 11 11111 4   4  888 4 11    4   888  4 4            0 0 000     66    11 6  000 000  0 55  0     55  0  00000   0 0           777           4 4   9 4          6       0  7    99    7 7     99   33333      7 7 7        888   5555 2  99 888  0   6 8  7 111111111111111111111111111   2222 0    222222222222222  0    888     888888  9      888   0     0 0    0     0 0 0 0      99  1   2 555555555    6666 0  0  99   444444444  4   1  888  0    0  0 99    0   888 0 99 0 99 111111111111111111111111    7       11111111111         0  999 99  0    0     66666666666666        4   6666 0  555 99  0      0 0   0    2222222  888  999    99   0    1             0 0   8888888      0  111111111    888   11   7 7 4  7   7   7 99    99 999999999999999999999999999999999999  7 7     0000     7    99   7  4  7  99   99 7 4   4444444  000  44444        99    4    0000  99    7 777777      00  0   00   0     0  0  2   88        
consensus                     :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-G--TGG-CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTNATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-TA---A--ACAA----A-TT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACN--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CA--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG-TTTAAT--ATATCTTT
Reference ( family-1478 )     :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-G--TGG-CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTNATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-TA---A--ACAA----A-TT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACN--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CA--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG-TTTAAT--ATATCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A---AATGC-----GGGTAATATT---TTACGATGA-A-CA----TGTT-T-C-T-TGTTGAATTCTGATTG-TA---A--ACAA----AATT-AA--TAT---------GT-ATGAGA---CG-ATCAGAC-GG-AAAG-TTC---A-A--G-ATAA------------------------ACTC-GCAAAAA-----------G---AGCAC-ACA--A--AA-TGGT-AAATA---C---AG-T---ATAACAGTTAAC----ATGT-AAG--AT-AT-ATT-TGATT-CCAT-------AG---CTTG-TTGT--GATTAAGT--CTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA----------CCG---ACA-ACAA-T-A-TTTGGG-ACAAG--TGTA--A------GAAG--GT--ACATTGC----------T-------GTTTA--A-TTGAA-CAGC--TGA-TGCAC-CG--T-C--G-A-TTGAATT---TT---CA-C---GAATTTAATTGAAT-TGTTGTT-CA--AGGA-AT-A-G-CAAGTT--TC-TGA--TGT-TGTTG-TG-TTGAAA--TTATCTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAATGCAC----------ACATT-TT--------TAGC-CCAG-AAAC---------------GA-TGTATAAAATGC-----AGGCAATATTAATTTA-GAATA-A-CTAATGTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-CACACA--GCAA----A-TT-AAATTCT----T-----TAATGAAATACCA-CTAA-ACTG--AGAG-TG------A--G-C--A------------------------ACattgacaaaaatcacaaacaaagaccaaaaaacaaaaagaaacaaaaacaaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataactgttagtaattatggtttattttataaagtggtaattccagtggaccaaacataattttacagtttttattgacaatcaaaaacgaagattgattatcacgtaagaaaaaatcttgaaaacaaatttaaatttcaaaaaaaatctcagaaaaaaaattatattgacttggagataaatcaagcacttggataatgtatctaagattttcaataaattaagagcatgcattaccaaagatgcatgtgaagaataaaaccacatttgtaatttaaattattgtttctattgagcaaaatcaaacagagttattttatttgcgaatatgtgcacaatgag
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaaGCAC-ACAGCA--AA-T--T-AAATT---CTTTAA-TGAAATACCACTAAACTGAGA-GTGA-GCAAC-ACTATTGT-ATTACCAT-------AGTGTCTGT-TGGTCAGAT-AAGTGGCTGTGTTTTTGT-A-ATT-------GACAAA-AACCA------CCCA---ACA---AA-T-ATTT-AAGAACA-G--TGTA--AACACACG--GAAGTAACCATGAGATGGAAGGGCTCGCA-TTGTTTAGCT-TTGAA--GG--------CAACGCG--TTCGTG-ACTTG---TCTCTT---CA-----GAA-TTTA--GAATATATT--TACAACAGGG-A--A-actattgtattaccatagtgtctgttggtcagataagtggctgtgtttttgtaattgacaaaaaccacccaacaaatatttaagaacagtgtaaacacacggaagtaaccatgagatggaagggctcgcattgtttagctttgaaggcaacgcgttcgtgacttgtctcttcagaatttagaatatatttacaacagggaat
gi|11                         : ttatagagatagcgcgcggaagaagatatcagacttgatctaatgaataatgcacacatttttagcccagaaacgatgtataaaatgcaggcaatattaatttagaataactaatgttttctttgttgatctaatc------G-----TTTACTG-TTTCAGGTAAAAAG--TGG-CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTGGAA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAG-ATTG--GCT-TGGTC--TATTTTGGA--ATCATA--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACTA-CT---CTAA-----T-ATT-GA---T-T--ATTT--TA---AA-A-ATGACTTGCATG-TAA---TGAGA--CACT--TATGGTCT---GA-A--AT-ATGAA--CA-AGAA---TTA-TAAAGATCGAAAT-T-CATA-TTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGGCAG-TAG----CGA-GAAAGAT--ACG-----ACTGCACT-CGCGAAGTTT---TTTCA--AGGT--T---AT-TGCTATGCGC----------A---t
gi|14                         :                                                                                              tcacgtgatgattcctGGGG-TCCACGTGACCCGTTCTTAT-G------GCCTTCTTCAGTG-TT-CAGTCAAAA----TGG-CG-CAG---------GGGGGAGTCATTGTCGC---CAA-AAGA-TGA-T--CTAACGTA-AATAAA---GAG-TGCAGAATTT--GCT-GGTTC-ATA-TTTTGA--ATA--ATTTTTT-G-A-A--AAT----ATTATCAAG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-TG---T-T--A-TT-AT----CA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAG---CATTGCTCCG---T---GACA--ATAATGAA--CA-AGAA---TTA-T-CAGATCGAAA--A-CATACTTTATT-T-ACAGT-CCGGTCGATTTTTTACGG-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                          accgGAAT--ATA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGATTTT--GCTCTGGTCTATAATTTTGA--ATCAAA--TTTT-GAAGA--AAT----ATGATC-AG-AAAGACTATCT---T--A-----T-ATT-GA---T-TTCATTTAATA---AACACATG--TTACATGTT-A---TGAGA--CATT--C-TG---TGGAGA-G--AT-ATGAG--AA-AC-ACATTTA-TCAAGATCGAGATGC-CATACTTTATA-T-ACA-G-CCGGTCT
gi|18                         :                                                                                                                                GTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-G--TGG-CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTGA--ATC--A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGAAC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATA-GA---T-T--ATTC-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tagacgggG---T---GA-A--AT-AAGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTAT----ACA-T-CCGGTCTATT-TTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGGC--GCG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---GTC----ATGA--T---AT-T-----------------------T-TT---------AGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GGGAA
gi|2                          :                                                                                                             CGGGG-TC--CGTGACCCCGTCTCTTCG------G-----TTTACTGCTT-CAGTTAAAA-AGTTGG-CG-CCGTCCGAGGCTGGT--------TAGCGCAACCTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAGTTGCAGAATTT--TGT-TGGTC-A-ATTTATGA--ATC--A--TTTTAG-AGAACAAT----ATGATC-AG--AA-ACTA-CTGTAT--A-----T-ATTCGC---TCT--ATTT-ATAAACAA-A-ATGACT----TG-T-AAACTGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-G-GAAAGTA-CA-G---TTA-TAAAGATCGAATT-A-CATACTTTATT-T-ACA-TCCCGGTCTA-TAATTACGG-AGCTAGCCTCCGA-G-AAGAT--ACG-----AC-GCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----GAGTACT---GC-TGTAATGCGC----------A---TATT--------AAGCTTC-GAAAAC---------------GA-TGTA---AATGCATAAGGGGGAATATT---TTA-GATTA-ACCAAA-GTTTT-CTT-T-TGTTGA--TCTAATCG-TA---A--ATAATTACA-TT-AA--TCTTACGT----ATGATGAAA---CG-ATCA-AC-GGCAAAGTTGC---A-A--GAA--A------------------------ACTGCGCCAAAACAGGCGCGGGGGAAGAGCACAACT--A--AA-TGGT-AAATC---C---AACT---ATAACAGT-AAC----A-GA-ATG--ATAATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CT-T-GTGT--ATT-AAGTTGCTGTGTTTGTGT-A-TGTTGGAAGAGAAAAACAA--A------CCCGCGCACA-ACCA-T-ATTT-AAG-ACA-GACTGTAAGA------G--G--GT--CAATAGGCT--------TCGCAGTCGTTTA--CTTTGAACCAGCCTCGATTCAAC-CGTTTTC--GTATTTG---T---TTTCCCACC---GAATTTTA--ACATCTATT--T-CA--AGGGCA--ATGTCACGTTG-TCTTGAGCTTT-TGTTG-TGTTTTAATCAATATCTTT
gi|20                         :                                                                                                           GACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTAAT-G------G----------------CA---AAAT-G--TGG-CG-GAG---------GGG--------TAGTGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATA-TTTTGA--ATC--A--TTTC-G-AGA--AAT----ATTATC-AG-AAA-ACTattta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------GAGG--GC--CTATGGG----------TA-CA-TTGTTTA--C-TTTAA-CAGT--TGA-TTAAC-TG--TTC--G-A-TTGA--T---TT---CA-A---GAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-A--
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GT-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-C
gi|24                         :                                                                                                         TAGACGGGG-TC-ACGTGA-CCCGTCTATT-G------G-----T----------------AAA-G--TGG-CT-CCA---------GG
gi|25                         :                                                                                                        tTAGACGGGGGTC-CCGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTAC
gi|26                         :                                                                                                 aacattttTAGACGGGG-TC-ACGTGACCCCGTCTATT--------G-----TTTAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                            tttt-CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-C
gi|3                          :                                                                                                                GG-TC-ACGTGACCC-GTCTATT-ACTAGTAG-----TTTACTG-TT-CAGTCAAA--G--TGG-TGGCCG---------GGGG-------TAGCAC---CTC-AA-T-TGAATTTCTA-CGCTTAATATAAG-ATG-TGCAGAATTT--GCT--GGTC-AT--TTTTGACTATG--A--TC-----AGA--TATTTCAATGAAC-C--AAA-TCTA-CT---T--ACCGTAT-ATT-GA---T-T--ATTT-A-A---AA-A-ATTACTTACATG-T-A---TTAGAA-TATT--T-TG---T---CA-A--AT-ATGAA--CATAG-A---CTAAT-AAGATCGAAAT-T-CATACTTTTTT-T-ACA-T-CCGGTCTATTTTTTACGG--G-TAGC--CCGAGG-AAGATTGGCGGGGACACTGCA-TCC-CGAAGTTTTTATTCAAAGATGT--TAAAAT-TGTAACGCGCTCAAAGAAATA---T-TCTAGAAAAAAAGG-TG-G-AAACATTTAAGCTCGAAACGA-TGTA---ACTGC-----AGGGAATG-T---TTA-GAATA-A-TAAA-GTTTT-C-C-T-TGTTGA--TCTAATCGCTA---A--ACAA----A-TTAAA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-AGC---ACA--A-A--AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTG-GGCAAAA-----------GGAGAGCTC-TCA--A--AA-TGGT-AAATATTCT---AA-T---ATAACAGAAAAC----A-GT-ACG--AT-ATTATT-T-CTT-CCAT-------AG---CTCTGTTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGTGA-TATTGAAA--AAAAAA-AA--A------C------ACACACAT-TAA-TT-AAG-ACA-G--TG-A--A------G--A----------GGG----------TC-CT-TTGTTTA--C-CTGAA-CAGC--TGA-TTAAT-CG--TTC--G-A-TCGT--T---TT---CA-CCGAAAATTTTA--GAAT-TATT--A-CA--AGGG-AATA-TTCAGGTTTCTC-TGA--TTT-TGTTG-TA-TT
gi|4                          :                                                                                                   gggtcaTAGACGGGG-TC--CGTGACCC-GTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAA--G--TGGGCG-CCG---------GGG--------TAGCGC----TG-AA-A-TGAAT--CTA-CGCT-AATAAAAA-GAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTTTAA--ATC--A--TTTT-G-AGA--A-T----ATGACC-AG-AAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTACATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-ACGATCGAAAT-T-CATACTTTATT-T-ACA-T-CCGGTCTAT-ATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----ATGT--T---AT-TGTAATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GA-TGTA---AATGC-----GG--AATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--TCTAATCG-TA---ATAATTA----A-TT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-A--G-A--A------------------------ACTG--CAAAAC-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AA-TGGT-AAATA---C---AA-T---ATAACAGTAAAC----A-GT-A-G--AT--CTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTGT-TTGT--GTT-AAGTTGCTGTGTTTT-GT-A-TGT-------GAAAAA-AA--A------CCCG---ACA-ACAA-T-A-TT-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--G--GT--CCATGGG----------TC-CA-TCGTTTA--C-TTGAA-CAGC--TGA-TCAAC-CG--TTC--G-A-TTG---T---TT---CA-C---GAATTTTA--GAAT-TATT--T-CG--AGGG-A--A-GTCAAGTT--TC-TGA--TTT-TGTTG-TG-TTTAAT--ATATCTTTat
gi|5                          :                                                                                                         TAGATGGGG-TCCACGTGACCCCGTCTATT-G------G-----TTTACTG-TT-CAGTTAAAA-G--TG--CG-CCG---------GGG--------TAGCGC---CTG-AA-AATGAAT--CTA-CGCT-A-TAAAAA-GAG-TGCAGAATTTCTGCT-TGGTG-ATATTTT-GA--AT---A--TTTT-G-AGA--AAT----ATGATC-AG-AAA-ACT--CC---T--A-----TTATT-GAAATT-T--ATTT-ATA---AA-A-A-GACTTGCATG-T-A---TGAGAGACATT--TATG---T---GA-ACAAT-GTGAA--TA-AG-AAT-TTA-T-AGATTCGAAAT-TGCTCACTTTATT-TTACAAT-CCG-TCTATTATTTACGG-AG-TACC--GCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAA-TTT---TTC----ATGT--T---ATGTGTTATGC-C----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAAC---------------GAGTGTA---AATGC------GGGAATATT---TTA-GATTAGA-CAAA-GTTTT-C-T-TGTGTTGA--TT-----------------------A-TT-AA--TTT----TCTTGGTTATACAA---CGAATCA-AC-G--AAAG-TGC---A-AAGA-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AA-GTGTAAAATAT--T---AT-T---ATAA-AGTAAAC----A-GT-T-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCAT-------AG---CTG--TTGT--GATAAAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAGAA-AA--A------
gi|6                          :                                                                                                           ttCGGGG-TC-ACGTGACCC-GTCTATT-G------G-----T------------------A-G--TGG-CG-CCG---------GG---------TAGCGC---CTG-AA-A-TGAAT--CTA-C-CT-AATAAAAAAGAG-TGCAGAATTT--GCT-TGGTC-ATATTTT-GA--ATC--A--TTTT-G-AG---AAT----ATGATC-AGAAAA-ACTA-CT---T--A-----T-ATT-GA---T-T--ATTT-ATA---AA-A-ATGACTTGCATG-T-A---TGAGA--CATT--TATG---T---GA-A--AT-GTGAA--CA-AG-A---TTA-T-AAGATCGAAAT-T-CATAC-TTATTAT-ACA-T-CCGGTCTATTATTTACGG-AG-TAGC--CCGA-G-AAGAT--ACG-----ACTGCA-T-C-CGAAGTTT---TTC----AGGT--T---AT-TGTTATGCGC----------A---T-TT--------AAGC-TC-G-AAGC---------------GA-TGTA---AATGC------GGGAATATT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTT-C-T-T-TGTTGA--T-----------------TAA----A-TT-AA--TCT----T----GTTATGAAA---CG-ATCA-AC-G--AAAG-TGCAAGA-A--G-A--A------------------------ACTG-GCAAAAA-----------GGAGAGCAC-ACT--A--AAGTGGT-AAATA---T----A-T---TTAACAGTAAAC----A-GT-T-G--ATAATTATT-T-ATT-ACAT-------AG----TG--TTGT--GAT-AAGTTGCTGTGTTTTTGT-A-TGT-------GAAAAA-AA--AACCCACCCCG---ACA-ACaaaaagaacacaaattcaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTT---TCC----AT-T--T---GT-TTTCA-GC-C----------A---T-TTGT------AAAT----G-AAAT---------------G--TAAA---AATGC-----GGGAAATTTT---TTA-GATTA-A-CAAA-GTTTTTC-TCT-TGTTGA--TCTAATTG-TA---A--ACAA----A-TT-AA--TCT----T----GTTATG-AA---CG-ATCC-AC-G--AAAG-TTC---A-A--G-A--A------------------------CC---GCAAAAA-----------GGAGCG-AC-ACC--ATTTT-TGGT-AAATA---C---AA-----ATGAAAGTAAAC----A-GT-A-G--AT-ATTATT-T-ATT-CCATAGCATTAAG---CTG--TTGT--GAT-AAGTTG-TGTG-GTTTGT-ATTGT-------GGAAAA-AA--AAAC---CCCG---AC---CAACT-A--T-AAG-ACA-G--TGTA--A------G--A----------GGG----------TC-CA-TTGTTTA--A-TTGAA-CAAC--TTG-TC-AC-CG--TTC--G-A-TGT---T---TT---CA-C---GATTCTTA--GAAT-TATT--T-TC--AGGG-AATA-G-CAAGTT--TC-TGT--TTTGTGTTGTTG-TT--AT--ATGTCTT