lowQualScore                  :                                                                   1111111111111                     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                1                                                             
lowQualScore                  :                   0 11 0 1  222 1 1111  111 0 2222222  111  222 0 0000000000000 0 0   1 111    0 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 0     1 0   4 22 5555555555  11 11  444444   11  1111 1 222  1 0 11 1     
lowQualScore                  :                   . .. . .  ... . ....  ... . .......  ...  ... . ............. . .   . ...    . .. ............................................................................ .. .     . .   . .. ..........  .. ..  ......   ..  .... . ...  . . .. .     
lowQualScore                  :                   9 11 8 6  222 6 7777  444 8 6666666  444  222 8 8888888888888 8 8   6 444    8 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 8     6 8   0 22 4444444444  11 11  111111   11  7777 6 222  6 8 11 7     
consensus                     :               AATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTT
Reference ( gi|18 )           :               AATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATGA--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTT
gi|10                         :               AATT-G--T-A-GC---T-CGATCTC---C-A-A-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-TAT-A--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---AC-T-A--C-AATTT
gi|10                         :            gcaAATT-G--T-A-GT---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-T-A-TAT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--TTT------TG--GAGATCG-A---GC-T-A--C-AATTTttcca
gi|11                         :           gcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---T-A-----------A-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CAT-A--T----------TT--T--TTT-----CCA--GA----A-A---GC-T-A--C-TATTTtcca
gi|11                         :           tgcaAATA-G--T-A-GC---T-T----TC---T-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CAT-A--T----------TA--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTttgc
gi|12                         :          tgcaaAATT-G--C-A-GC---T-C----TC---C-G-------AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGGCA-A-CATT---T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---TC-T-A--C-AATTTtgc
gi|12                         :           tgcaAATT-G--T-A-GA---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-A-A-TGT-T---GCCA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--TT-------CG--GA----G-A---GC-T-G--C-AATTTttgca
gi|14                         :          tgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-T-A-TGT-T---G------------------------------------------------------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTtgca
gi|14                         :          ctgcaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-AA----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C------------------------------------------------A-A-CAT-A--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTttgcag
gi|3                          :         ctgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TT---C-G-A-----AA---AA---A-A-----------T-C-A-TGT-T---GACA-T--A-----------------------CATATTATATCTCC--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATGT--T----------TT--T--TTT-----CTG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTtgcag
gi|3                          :          tgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---CAG-A-----AA---AA---A-A-----------A-C-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--GGAGATATAATATG-----------------------T--A-TGTCA-A-CATGA--T----------TT--T--TTT------CG--AA----G-A---GC-T-A--C-AATTTtgcag
gi|15                         :           tgcaAATT-G--T-A-GC---T-T----TG---C-G-G-----AA---AA---A-AA----------T-T-A-TGC-T---GACA-G--A-----------------------C------------CTCG------------A-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAT--T----------TT--T--TTT-----CTG--GA----G-A---GC-T-A--C-ttgcag
gi|5                          :             aaAATT-G--T-A-GC---TTC----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-A-A-TAT-TCTTGACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--TTG-----CAGTCGA----G-A---GC-TCA--CAAATTTc
gi|19                         :        ctgccaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A------------------------------------C--G------------A-----------------------T----------------A--T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AAGTTtg
gi|21                         :          ctgccAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-AT----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--------------------------------------------------------A--T----------TT--T--TTT-----CCG--TA----G-A---GC-T-A--C-AATTTttgcag
gi|21                         :         ctgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TA---C-G-G-----AA---AA---A-A---------------A-TG-------------------------------------------------------------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--A----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTtgca
gi|13                         :          ctgcaAACT-A--T-A-GC---T-C----TC---C---------AA---AA---A-A-----------T-T-G-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------T--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-G-CACAA--T----------TT--T--TT--------G--AA----G-T---GC-T-A--C-AGTTttgca
gi|13                         :         ctgcagAACT-G--T-A-GC---A-C----TT---C---------AA---AA---A-A-----------T-T-G-TGC-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--A------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CACAA--T----------TT--T--TT--------G--GA----G-A---GC-T-A--T-AGTTctattg
gi|9                          :         ctgcagAACT-G--T-A-GC---T-C----TC---A-A-A-----AA---AA---A-A-----------T---A-TGC-C---GGCA-G--A-----------------------C------------C--A------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATTT--T----------TT--T--TTT-----TCA--GA----G-A---AC-T-A--ctattg
gi|29                         : tgcagatctgtacaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--ctgcag
gi|17                         :         ctgcaaAATT-A--T-A-GC---T-C----TT---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A--GT-T-----CG-A--A-----------------------T------------C--A------------G----------------------------------A-CAT-A--T----------TT--T--TCT-----CCG--GA----G-A---GCAT-A--T-AATTT
gi|17                         :          gctgcAATT-A--T-ATGC---T-C----TC---C-G-G-----AG---AA---A-A-----------A-T-A-TGT-------------------------------------C------------T--G------------A-----------------------T--T-CG--A-A-C-TAA-------------TT--T--TTT-----CCG--AA----G-A---GC-T-A--T-AATTTttgcgc
gi|23                         :         gctgcaAACT-GCCT-A-GC---T-C----TC---C-G-A-----AA---AA---G-AAGA--------T-T-A-TGT-T---GACA-G--C-----------------------C------------C--G------------G----------------------------------A-GAT----T----------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-tgcgc
gi|31                         :            atgAATT-G--T-A-GC---C-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--
gi|28                         :               AATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-GTA-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------ttgcag
gi|32                         :        gctgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-A-G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------
gi|24                         :         ctgcaaAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----TA---AA---A-A-----------T-T-A-TGTCT-----------------------------------C------------C--T------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CAT-A--T----------TT--T--T
gi|4                          :          tgcaaAAAT-G--T-A-GC---T-C----T------G-G-----AA---AA---A-AC----------T-T-G-CAC-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--A------------G-----------------------T--T-TAACA-A-CATAA--TTTAAGACAACTT--T--TTT-----TTT--GA----G-A---GC-T-A--C-AGT
gi|20                         :             agAATTAG--T-A-GCCTCT-T----TC---C-G-G-----AA---AA---C-A-----------T-T-A---------GACC-C--A-----------------------C------------G--G------------T-----------------------T--C-TGTCA-A-CACAA--C----------TT--T--TTC-----TCG--GA----GTA---GC-T-A--C-actactacagct
gi|6                          :             cgAATT-G--T-A-GC---T-C----TC---T-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-G-A---T-T---GACA-G--A-----------------------T------------C--GCTTATCCTCC--G-----------------------T--CTTGTCA-A--ATAA--T----------TG--T--TGT-----CCC--GC----G-A---G
gi|35                         :            caaAATT-G--T-A-AC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AT---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--gaactcatttttgc
gi|27                         :         ctgcaaAATT-G--T-A-GC---T-T----TC---C-G-G-----AAAAAAA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---AACA-G--A-----------------------C------------
gi|26                         :               AACT-G--T-AAGT---T-C----TC---C-G--------A---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------A-----------------------T--C-ttgcag
gi|34                         :               AATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-A-T-----AA---AA---A-------------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------ttgca
gi|38                         :               AATT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------T-G-A-TGttgcag
gi|1                          :        gtcgcaaAACT-G--T-A-TC---T-C----AC---T-G-A-----AA---AA---A-ACCCCGA-----T-T-A-TAT-T---GACA-G--ATCAGATCTACAGTTTACTCATCTC------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATCA--T----------TTTCT--TTT-----CAA--TA----G-A---GT-T-A--A-AGTTaca
gi|1                          :        gcagcagAACT-T--T-A-AC---T-C----TA---T-T-G-----AA---AAGAAA-A-----------T-G-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------GAGATGAGTAAACTGTAGATCTGAT--C-TGTCA-A-TATAA--TCGGGG-----TT--T--TTT-----TCA--GT----G-A---GA-T-A--C-AGTTctt
gi|8                          :        gcagcagAACT-G--T-A-GTG--T-C----TC---T-G-A-----AA---TA---A-A-----------T-TGA-TGG-----GACA-AGCA-----------------------C------------T--G------------A-----------------------T----TGTCGCA-AATAC--T----------CT--T--TTT-----TCA--GA----G-A---GC-T-A--C-ctt
gi|36                         :       agctgcagAATT-G--T-G-GC---T-C----TC---C---G-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TTT-T---GAGA-G--ttctgct
gi|25                         :               AAAT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-GTGGAAAA---AA---A-A-----------A-T-A-TAT-T---GACT-A--A-----------------------T------------C--A------------G-----------------------T--C-Tttgcagc
gi|4                          :         gctgtagACT-G--T-A-GC---T-C----TC---A-A-A-----AA---AA---A-AGTTGTCTTAAAT-T-A-TGT-T---GTTA-A--A-----------------------C------------T--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-G-TGCAA--G----------TT--T--TTT-----CC----A----G-A---GC-T-A--C--ATTT
gi|5                          :               agTT-G--TGA-GC---T-C----TCGACT-G-C-----AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-GAATATTT----------TT--T--TTT-----CCG--GA----GAA---GC-T-A--C-AATTTactactacagct
gi|19                         :           ctgccaTT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A-T-A-T---------C----------------------------------------------------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA-------------TT--T--TTT-----CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTattttg
gi|15                         :          ctgccaacT-G--T-A-GC---T-C----TC---C-A-G-----AA---AA---A-A-----------AAT-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------T------------C--GAG----------G-----------------------T--C-TGTCA-G-CATAA--T----------TT--T--TTT-----CCG--CA----A-A---GC-T-A--C-AATTTtgcag
gi|8                          :                 aT-G--T-A-GC---T-C----TC---T-G-A-----AA---AA---AGA-----------G-T-A-TTTGC---GACA----A-----------------------T------------C--A------------G-----------------------TGCT-TGTC--C-CATCA--A----------TT--T--ATT-----TCA--GA----G-AC--AC-T-A--C-AGTTc
gi|33                         :          agctgcagT-G--T-A-GC---T-C----TC---C---------AA---AT---A-A-----------T-C-A-TGC-T---GACA-G--A-----------------------ttctgct
gi|20                         :                   -G--T-A-GC---TAC----TC---C-GAG-----AA---AA---A-G-----------T-T-G-TGT-T---GACA-G--A-----------------------A------------C--C------------G-----------------------T--G-GGTCT-A--ATG------------------T--TTT-----CCG--GA----A-AGAGGC-T-A--CTAATTttcagtttgca
gi|30                         :                 cg-G--T-A-GC---T-C----TC---C-G-------AA---AA---A-A-----------T-T-A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------
gi|9                          :                     --T-A-GT---T-C----TC---T-G-A-----AA---AA---A-A-----------A-A-AATGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------T--G------------G-----------------------T--C-TGCCG-G-CAT-A--T----------TT--T--TTT-----TT---GA----G-A---GC-T-A--C-AGTTgtcagtttgtcag
gi|23                         :            tgcagatctgtaca-GC---T-C----TC---C-G-G-----AA---AA---A-A-----------A---A-TCT-------------------------------------C------------C--G------------G-----------------------G--C-TGTCA-A-CATAATCT----------TC--T--TTT-----TCG--GA----G-A---GC-T-AGGC-AGTTctgcag
gi|6                          :                         atgC---T-C----GC---G-G-G-----AC---AAC--A-A-----------T-T-A-T-T-T---GACAAG--A-----------------------CGGAGGATAAG--C--G------------A-----------------------T--C-TGTCA-ATCAT----------------T--T--TTT-----CCA--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTT
gi|24                         :                                                     caA---AA---A-A-----------T---A-TGT-T---GACA-G--A-----------------------C------------A--G------------G--------------------------------AGA-CATAA--T----------TT--T--TA------CCG--GA----G-A---GC-T-A--C-AATTTgaactcatttttgc
gi|25                         :                                                                                           tgcaA-G--A-----------------------C------------T--G------------A-----------------------T--T-AGTCA-A-TAT-A--T----------TT--T--TTTTTCCACCG--GA----G-A---GC-T-A--C--ATTT
gi|26                         :                                                                                         gctgtag-G--A-----------------------T------------C--G------------G-----------------------T--C-TGTCA-A-CATAA--T----------TT--T--T--------CG--GA----G-A---ACTT-A--C-AGTTT
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gi|36                         :                                                                                                                                                                             ctgca--C-TCTCA-A-AATAA--T----------TT--T--TT-------CG--GA----G-A---GC-C-A--C-AATTT
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|7 ): TGTAGCATAGCTTAGCTTCAGAACTGCAGCGCTCTAAACAAGCATCGGTAACAATTACAGATCCCGAATCTGTCCCAATATTCCCTCTGAG
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGTGATTTATAGATAAATTTTATCATTGTTGATATTGTGACATTCAAGTCTGTGAATGAGAGTTTATTTCCAGA
Unaligned ( gi|22 ): TATTATTGGCCATGATAAGATTATGATATTGAATTAATAAATGAGATAAGATTTCATATTATATTCTA
Unaligned ( gi|37 ): ACAAAACAACAGTTTAAAAGAAGTTTTAAAAAGACAC






Alignments
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lowQualScore                  :             . .. .   ...  ....  ...  .    ...  ........... . .    .      ..  ............  ..................................  .     . .   ... .....   ..   ....      .   .        
lowQualScore                  :             5 11 5   222  3333  777  4    777  55555555555 5 5    6      00  999999999999  8888888888888888888888888888888888  5     5 5   666 77777   00   3333      1   2        
consensus                     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
Reference ( family-1463 )     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
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gi|11                         :      gcaAATA-G--T-AGC---TT----TC---TGGAAAA---AA-----------A-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CAT--AT-----TAT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTTttcca
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gi|13                         :     tgcaAACT-A--T-AGC---TC----TC---C--AAAA---AA-----------T-T-GTGT-TGACAG--AC------------TG----------G-----------------------TC-TGTCA-G-CACA-AT-----TTT--TT-------GAAG-TGC-TACAGTTttgca
gi|14                         :   ctgcagAATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------A-T-ATGT-TG--------------------------------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTTctattg
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gi|19                         :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--A-------------CG----------A-----------------------T---------------AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAAGTT
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gi|21                         :       cgAATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AAT----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------C---------------------------------------------------AT-----TTT--TTT----CCGTAG-AGC-TACAATTT
gi|23                         :   ctgcaaAACT-GCCT-AGC---TC----TC---CGAAAAA---GAAGA--------T-T-ATGT-TGACAG--CC------------CG----------G--------------------------------A-GAT---T-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-tgca
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gi|27                         :                                                                                            ----------G-----------------------TC-TGTTA-A-CATA-AT-----TTTTTTTT----CCGGAA-AGC-TACAATTTtgca
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gi|3                          :   ctgcaaAATT-G--T-AGC---TC----TT---CGAAAAA---AA-----------T-C-ATGT-TGACAT--ACATATTATATCTCCG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATG-TT-----TTT--TTT----CTGGAG-AGC-TACAATTT
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gi|6                          :   ctgccaAATT-G--T-AGC---TC----TC---TGGAAAA---AA-----------T-G-A--T-TGACAG--AT------------CGCTTATCCTCCG-----------------------TCTTGTCA-A--ATA-AT-----TGT--TGT----CCCGCG-AGattttg
gi|8                          :      caaAACT-G--T-AGTG--TC----TC---TGAAATA---AA-----------T-TGATGG--GACAAGCAC------------TG----------A-----------------------T--TGTCGCA-AATA-CT-----CTT--TTT----TCAGAG-AGC-TACAgaactcatttttgc
gi|9                          : agctgcagAACT-G--T-AGC---TC----TC---AAAAAAA---AA-----------T---ATGC-CGGCAG--AC------------CA----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATT-TT-----TTT--TTT----TCAGAG-AAC-TAttctgct
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTAACATCTAAATTAGTTGCAGAGCTGAAGCTTGCTCTGAAAATATTGGCACATATTCAATCTGTCCTAATATTCTCTCAGAGCTACAATTCTACGG
Unaligned ( gi|7 ): TGTAGCATAGCTTAGCTTCAGAACTGCAGCGCTCTAAACAAGCATCGGTAACAATTACAGATCCCGAATCTGTCCCAATATTCCCTCTGAG
Unaligned ( gi|16 ): AATTTGTGATTTATAGATAAATTTTATCATTGTTGATATTGTGACATTCAAGTCTGTGAATGAGAGTTTATTTCCAGA
Unaligned ( gi|22 ): TATTATTGGCCATGATAAGATTATGATATTGAATTAATAAATGAGATAAGATTTCATATTATATTCTA
Unaligned ( gi|37 ): ACAAAACAACAGTTTAAAAGAAGTTTTAAAAAGACAC






Alignments
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lowQualScore                  :             . .. .   ...  ....  ...  .    ...  ........... . .    .      ..  ............  ..................................  .     . .   ... .....   ..   ....      .   .        
lowQualScore                  :             5 11 5   222  3333  777  4    777  55555555555 5 5    6      00  999999999999  8888888888888888888888888888888888  5     5 5   666 77777   00   3333      1   2        
consensus                     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
Reference ( family-1463 )     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
gi|1                          :         AACT-T--T-AAC---TC----TA---TTGAAAAGAAAA-----------T-G-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------GAGATGAGTAAACTGTAGATCTGATC-TGTCA-A-TATA-ATCGGGGTTT--TTT----TCAGTG-AGA-TACAGTT
gi|10                         :  gcagcagAATT-G--T-AGC---TCGATCTC---CAAAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-TAT--AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AAC-TACAATTTctt
gi|11                         :      gcaAATA-G--T-AGC---TT----TC---TGGAAAA---AA-----------A-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CAT--AT-----TAT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTTttcca
gi|12                         :    tgcaaAATT-G--C-AGC---TC----TC---CG-AAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGGCA-A-CAT--TT-----TTT--TTT----CCGGAG-ATC-TACAATTTtgc
gi|13                         :     tgcaAACT-A--T-AGC---TC----TC---C--AAAA---AA-----------T-T-GTGT-TGACAG--AC------------TG----------G-----------------------TC-TGTCA-G-CACA-AT-----TTT--TT-------GAAG-TGC-TACAGTTttgca
gi|14                         :   ctgcagAATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------A-T-ATGT-TG--------------------------------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTTctattg
gi|15                         :       ctgcaT-G--T-AGC---TC----TC---CAGAAAA---AA-----------AAT-ATGT-TGACAG--AT------------CGAG--------G-----------------------TC-TGTCA-G-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGCAA-AGC-TACAATTTttgcag
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gi|19                         :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--A-------------CG----------A-----------------------T---------------AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAAGTT
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gi|23                         :   ctgcaaAACT-GCCT-AGC---TC----TC---CGAAAAA---GAAGA--------T-T-ATGT-TGACAG--CC------------CG----------G--------------------------------A-GAT---T-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-tgca
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gi|27                         :                                                                                            ----------G-----------------------TC-TGTTA-A-CATA-AT-----TTTTTTTT----CCGGAA-AGC-TACAATTTtgca
gi|28                         :                                                                                            ----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----ACGGAG-AGC-TACAATTTtgcag
gi|29                         :   gctgcaAATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------C
gi|3                          :   ctgcaaAATT-G--T-AGC---TC----TT---CGAAAAA---AA-----------T-C-ATGT-TGACAT--ACATATTATATCTCCG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATG-TT-----TTT--TTT----CTGGAG-AGC-TACAATTT
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gi|32                         :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CAGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--Atgcag
gi|33                         :      ctgcaaT-G--T-AGC---TC----TC---C--AAAT---AA-----------T-C-ATGC-TGACAG--A
gi|34                         :                                                                                            ----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TAT------GGAG-AGC-TACAATTTttcagtttgca
gi|35                         :         AATT-G--T-AAC---TC----TC---CGGAAAT---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--tgcag
gi|36                         :                                                                                                                         ctgcaaC-TCTCA-A-AATA-AT-----TTT--TT------CGGAG-AGC-CACAATTT
gi|38                         :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-G-ATGtgcagc
gi|4                          :   gtcgcaaACT-G--T-AGC---TC----TC---AAAAAAA---AAGTTGTCTTAAAT-T-ATGT-TGTTAA--AC------------TG----------G-----------------------TC-TGTCA-G-TGCA-AG-----TTT--TTT----CC--AG-AGC-TAC-ATTTaca
gi|5                          :         agTT-G--TGAGC---TC----TCGACTGCAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-AGAATATTT-----TTT--TTT----CCGGAGAAGC-TACAATTTactactacagct
gi|6                          :   ctgccaAATT-G--T-AGC---TC----TC---TGGAAAA---AA-----------T-G-A--T-TGACAG--AT------------CGCTTATCCTCCG-----------------------TCTTGTCA-A--ATA-AT-----TGT--TGT----CCCGCG-AGattttg
gi|8                          :      caaAACT-G--T-AGTG--TC----TC---TGAAATA---AA-----------T-TGATGG--GACAAGCAC------------TG----------A-----------------------T--TGTCGCA-AATA-CT-----CTT--TTT----TCAGAG-AGC-TACAgaactcatttttgc
gi|9                          : agctgcagAACT-G--T-AGC---TC----TC---AAAAAAA---AA-----------T---ATGC-CGGCAG--AC------------CA----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATT-TT-----TTT--TTT----TCAGAG-AAC-TAttctgct


blockSeqs                     :             A CC G   CTC  GATC  GAC       .    GTTGTCTTAAA A G    C      GC  ATATTATATCTC  CTTATCCTCCG                         T     C G   ATT .       TT   TCCA      T   A
blockSeqs                     :             . .  .   G    .     .         .    AGA         . .    .      .   .             AGG                                 .     . .   AA  .       .    .         A   T
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    T           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   GA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AT  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             A                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             T                                   .     . .   GT  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             A                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AA  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   AC  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   TT  .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   A   .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   A   .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   T   .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .   .             G                                   .     . .   A   .       .    .         .   .
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blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .                 A                                   .     . .   A   .       .    .         .   .
blockSeqs                     :             . .  .   .    .     .         .    .           . .    .      .                 G                                   .     . .   A   .       .    .         .   .
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blockSeqCons                  :                                           ***                                              G*********************************                  *****
originalCons                  :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
finalCons                     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CGG---------------------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTAACATCTAAATTAGTTGCAGAGCTGAAGCTTGCTCTGAAAATATTGGCACATATTCAATCTGTCCTAATATTCTCTCAGAGCTACAATTCTACGG
Unaligned ( gi|7 ): TGTAGCATAGCTTAGCTTCAGAACTGCAGCGCTCTAAACAAGCATCGGTAACAATTACAGATCCCGAATCTGTCCCAATATTCCCTCTGAG
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Unaligned ( gi|37 ): ACAAAACAACAGTTTAAAAGAAGTTTTAAAAAGACAC






Alignments
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consensus                     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
Reference ( family-1463 )     :         AATT-G--T-AGC---TC----TC---CGGAAAA---AA-----------T-T-ATGT-TGACAG--AC------------CG----------G-----------------------TC-TGTCA-A-CATA-AT-----TTT--TTT----CCGGAG-AGC-TACAATTT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ATGTAACATCTAAATTAGTTGCAGAGCTGAAGCTTGCTCTGAAAATATTGGCACATATTCAATCTGTCCTAATATTCTCTCAGAGCTACAATTCTACGG
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