lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 00000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 44444444444 22 111 88888888888888888 1 33333333333333333 11111 2 55555555555555555 666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444 111111 666666666666666666666666666666666666 44 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 88888888888888888888888888888 5555555555 4444444444444 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 333 11111 222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444 11 3 22222 1 2222222222 2 33333333 1 1 1 44 11111 5555555555 7777777777777777777777777777777777777 333 2222222222222 11 111 11 4444 333333 111111
lowQualScore : 22 6 6 00000000000000000000000000000000000000000000000 8 88 999999999999999 88 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 6 99 33333333333 55 3 222 77 5 0 55555555555555555 5 77 99999999999999999 00000 3 7 3 1 3 4 33333333333333333 44 3 88888 555 111111111111111111111111111111111111111111111111 777 5555555555 3 44 3 333 444444 3 888888888888888888888888888888888888 77 33 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 99 1 8 66666666666666666666666666666 1 1111111111 66 5 3333333333333 111 2 3 111 8 4 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666 999999 8 444 22222 5 777 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 4 4 7 22222 8 99 8 0 66666 0 1 3 3 0 6666666666 8 8 4 88888888 5 0 3 5 5 5 5 5 5 55 9 0 4 4 44444 4 8 9999 777 66 4 6666666666 4 9999999999999999999999999999999999999 88888 3 66 000 555 2222222222222 3 7777 3 3 11 3 222 555 3 22 999 99 2222 55 8 4 444444 111111 6
lowQualScore : .. . . ............................................... . .. ............... .. . ........................................................... . . . .. ........... .. . ... .. . . ................. . .. ................. ..... . . . . . . ................. .. . ..... ... ................................................ ... .......... . .. . ... ...... . .................................... .. .. .............................................................................................. . . .. . . ............................. . .......... .. . ............. ... . . ... . . . ................................................. ...... . ... ..... . ... .. .................................................... . . . . . ..... . .. . . ..... . . . . . .......... . . . ........ . . . . . . . . . .. . . . . ..... . . .... ... .. . .......... . ..................................... ..... . .. ... ... ............. . .... . . .. . ... ... . .. ... .. .... .. . . ...... ...... .
lowQualScore : 00 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 88 333333333333333 33 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 7 22 88888888888 88 5 999 99 7 3 77777777777777777 0 99 00000000000000000 55555 6 3 6 8 6 0 55555555555555555 66 3 33333 888 222222222222222222222222222222222222222222222222 000 0000000000 3 33 6 777 555555 6 222222222222222222222222222222222222 55 88 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 5 22 7 0 77777777777777777777777777777 7 3333333333 99 2 8888888888888 111 0 9 000 0 0 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444 000000 9 555 88888 6 555 99 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 0 0 9 55555 0 00 0 8 66666 8 0 2 2 0 4444444444 0 0 0 66666666 0 0 9 0 0 0 0 1 0 00 4 7 0 0 77777 4 9 4444 888 11 4 2222222222 0 7777777777777777777777777777777777777 33333 1 22 000 888 4444444444444 3 1111 3 3 22 3 555 888 3 11 222 22 1111 55 0 4 000000 888888 7
consensus : NNNNNTACCTGTGTGTTAA---ATGTGTGCTAGTTATGCAT-T-AATAG---TAAT-GTAT-TG--AAT-AATAA-TGAGCTGCCTTAATTGCA-TCGTCACGTGGTATCTTT-TGC-AATGCA-GG-------AATT-TAA-T-TAAT-T---CTT---CT--TC------ANA---T-ATTTCATTAAATATT-CC--TGCTT-TGCA--T-AGGATACCACGGT-G-TA--C-TTCTTCAG-TTAT-TA---TTAT-TGTTGCATGC--ATGAA----AT-TTT-TACAC-AAGTTTG---T-A-CAA-C-CCTCA-ATAT-T--GT-------A-A-CCAA--G-CCA-----T---ATC---T-GG-T-A-----TG-ATG-TAAA-T-G-----GA-TGTTACT-TGTGTGTTA---AA--GTGTG-C-AATCA-TGCAT-GTTANTT-GTATTG-TAATGCCAG-AATGAGTGGGCC---CTTAATTTG--GAACATCGTCACGTGGTATCCTT--TGCAA-T-GCAGGG--------ANTTTC----AATT-TAATATAATTTTCTTCGACTTAA-C------------ATTATTTC-----------------ATTAAATATTCC--TGCTTTGCAT-TAGGA--TAC-ACG--G-TGGTA-C--TN-TCTTCAGTTATTAT-TATT--T--TGCATGC--ATGAA---A-----T---TATA-CAAGTTTG---T-A-CAACCCTCAATAT-----ATT-----G-A----CAAG--CC---ATA-ATC-G-T----GGTTAT--G-A-G-TAAATGTGAAT-G-T-ACCTGTGT-TGTTAAA--GTG-N-TAA-GTTAT-TGCATG-T-A-AT-TGTAT-TGTACAT--AAT--AA-TGAGTGCCCTA-A-TTGCATCGTC-ACGTGGTATC-TT--T-GCAATGCAAGGAATTTCAATTT--AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCA-T-AATATA-T-CC-TGCTTTGCAT-TAGGAT-ACAC-G-TGGTA-C-TTCTTCA-GTT-ATTATTA-TTGTTGCATGCA--TGAAAATAT-TAT-A-CAAGTTT-GT-AC----A---AC--CCTCA-ATGT--TGT--AAACCAA-GCCATA--CAGTGGTTA-TG-------ANG-TA-------AA-TTGA-----ATG-TACT-TGT--GT---GTTA-A-------A--TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATATGT---TA-TTTGTAATG-CCTG---AAA--GGGC-CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATCT-TA-ATC---T--AT-CTATCACA
Reference ( gi|1 ) : TACTATACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACAT-TAAATA----TAAT-GTAT-TGCCAAT-AATAA-TGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTT-TGC-AAT-CA-GG-------AATT-TGA------------CTT---CT--CC------AGA---T-ATTTCATTAAATATT-CC--TGCTTCTGCA--T-ATGATACCACGAT-G-TA--C-TTCTTCA--TTATATAAC-TTATCTGTTGCAGAC--ATGAA----AT-TTT-TACAA-AAGTTTG---T-A-CAA-C-C-TCA-ATATAT--GT-------A-G-CCAA--G-CCA-----T---AT----T-G--T-A-----TG-A-G-TAAA-T-G-----GA-TAATACC-TGTGTGTTA---AAAGGTGTG-C-AATTA-TGCAT-GTTAATT-ATATTG-TAAT--CAGAAATGAGTGTGCC---CTTAATT----GAACATCGTCACGTGGTA--CTT--TGCAA-TCGC--GG--------ATTTTG----AATT-T-----------------------T------------ATT-TTTT-----------------ATTAGATATTCC--TGCTTTGCATATAGGAATTAC-AC---G-TG--A-C--TA-TC--CAATTATTATCTAT---T--TGCATAC--ATAAA---A-----T---TACA-CAAGTTTG---T-A-CAACCCTCAATAT-----ATT-----G-A----CA----CC---ATA-ATC---T----G--TAT--G-A-G-TAAATGGGAAT-A-T-ACCTGTGT-TGTTAAA--GTG-G-TAAGGCTAT-TGCATG-T-A-AT-TGTAT-TGTACAT--AAT--AA-TGAGTGCCCTA-A-TTGCATCG-C-A-GTGGTATC-TT--T-GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--A-TATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCA-T-AACATA-T-CC-TG-TTTGCATCTATGATTACAC-G-TGGGA-C-TTCTTCA-GTT-ATTATTA-TTGTTGCATGCACTTGAAAATAT-TAT-A-CAAGTTT-GT-AC----A---AC--CCTCA-ATG---TGA--CAACCAA-GCCATATTCAGTTGGTATTG-------AAGTTA-------AACTTGA-----ATG-TACT-TG---GT---GTT--A-------A--TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATATGT---TA-TTTGTAATG-GCTG---AAA--G----CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATCT-TACATC---T--AT-CTATCATA
gi|3 : TACCTGTGTGTTAA---A-GTGTGCTAGTTATGCATGTTAAT-----TGAT-ATGT-----AAT-AATAA-TGAG-TGCCTTAATTGCA-TCGTCACGTGGTATCTTT-TGC-AATGCA-GGGAATTTCAATT-TAATATAATTTT---CTTTGACT--TA------ACA---TTATTTCATTAA-TATT-TCCATGCTT--GCA--TTAGGATAC-ACGGT-G-TA--C-TCTTCCAG-TTAT-TA---TTAT-TGTTGCATGC--ATGAA-------TAT-TATAC-AAGTTTG---T-A-CAA-C-CCTCA-ATGT-T--GT-------A-AACCAA--GGCCA-----T---AC----C-G--T-GGTTATTG-AAG-TAAT-T-G-----AA-TGTTACT-TGTGTGTTA---AA---TGTATC-AATCA-TATAT-GTTATTT-GTAATG-
gi|2 : caactttgctttacaaccctcaatatattgtaagccaagcctattggtatgaggtaaatggatatTACCTGTGTGTTAA---A-GTGTGCTAGTTATGCAT----GT-----TAAT-GAAT-T---AATTAATAA-TGAG-TGCCTTAATTGCA-TCGTCACGTGGTATCTTTATGC-AATGCA-GGGAATTC-AATT-TTAATATAATTTT--CTTTGACT--TA------ACA---TTATTTCATTAA-TATT-CC--TGCTT--GCAATT-AGGA-AACACGGT-G-TAATC-TGTCTCA--TTAT-TA---TTATTTGTTGCATGC--ATGAA----AC-TAT-TATACCAAGTTTG---T-A-CAA-C-C-TCA-ATGT-T--GTA------A-A-CCAA--G-CCA-----T---AC----C-G--T-GGTTATTGAA-G-TAAATT-G-----AA-T-TTACT-TGTGTGTTA---AATGTTAT--C-AATCA-T-TAT-GTTATTT-GTAATG-cctgaaagggcctaatttggaataaagaatctagtctatctatac
gi|5 : ttgttacaaccctcaatatatttgtaagccaaaagccatattggtatgaggtaaatggaatatACAGATTTATGT--ATATAA-AT-TACATAGCTTTAGT-GTATATGC-----AATAT-TTAATT-CCCT----GCA-TTGTCACGTGGTATCCCC-TGCAAAG-CA-CG-------AGTTATAATTATTAT-----TTT---CT--CCCCCTCAAAA---A-GTATGACCAAACTTT-CC--TACTT-TGCAT-T-AGGATA-CACGATAG-CA--T-TACTTTA--GT---TAACATTACATGT-----AC--ATAAAGTATAT-TTG-TACAA-A---------T-A-CAA-C-C-TTACATAT-T--GTTCAACAAG-G-CCAA--A-CCAGTGCGT---GT----T-G--TGA-----TG-A-cgctgaaagggctctaatttggaaataaagtaatctatcttaatctatac
gi|13 : actatttatgcatTGTATGTCAATT--ACA----AATAGTGCTAAT-GTAT-TGA-AAT-AATTA--GAGCC-------TTGCA-TCACCACATGGTATCTTT-TGA-AATGCA--G-------ACTT-TAA------------ATT---C-------------A---T-TTTTCATcaagttatgatatcaattgaaagtgcttgt
gi|4 : tg----TAATTGTAT-TGT-AAT-AATAAATGAG-TGCT-TAATTG--ATCGTCACGTGGTATCTTT--GC-AATGCAAGG-------AATT-TCAATTTAATATAATTTT---CT--TCGACTT-AAACATT-ATTTCATTAAATATT-CC--TGCTT-TGCAT-T-AGGATA-CATGGTGG-TA--CTTTCTTCAG-TTAT-T-------TTTGTTGCATGC--ATGAA----ATATTA-TAC-C-AAGTTTG---TAA-CAACC-C-TCA-ATGT-T--GTA------A-A-CCAA--G-CCA-----T---ATCAG-T-GT-T-A-----TG-ATG-TAAATT-G-----AA-T-GTA-T-TGTGTGTTA---AA---TGTACC-AATCATTATAT-GTTATTT-GTAATG-ccctccaacatt
gi|9 : tgcatgtCTGCC----TTGCA-TCGTCACGTGGTATCTTT-CAC-A---C-----------AATT----------------CTA---CTGAAC------AG----T-ATTTCAT--ATTATTACA--TACTTGTACG--T-Acctgaaagggccctatttggata
gi|6 : ttagttaTAAATATT-CC--TGCTT-TGCA--TTAGGATAC-ACGGT-GGTA--C-TTCTTCA--GT-TGTAA--TTAT-TGTTGCATAC--ATGAA----AT-ATTATAC-------TTG---T-A-CAA-CTC-TTA-ATAT-T--GT-------A-AACCAA--G-ACA-----T---ATCAG-T-GGTT-A-----TG-ATG-TAAA-TTG-----AA-TG-TACC-TGTGTGTTA---AAA--TGTG-CTAATTA-TATAT-AT--GTT-AT-TTG-TGATGCCTGAAA-----GGGCC---C-TAATTTG--GAATAcaaccctccatattgttaaccaagccatggcagcgttacgatgtaaattgggtgtatgttatgtacgtgtgtgcaaatcgtgcagcatgtcatttgtgaaagggtccctaataa
gi|14 : aGATAC-ACAGT-GGTA--C-TTCTTCAG-TTAC-TA---TTAT-TGTTGCATAC--ATGAA----A-------------AGT--------A-CAA-C-CCTCA-ATATAT---TGAA----A-G-CCAA--G-CCA-----T---AT----TGG--T-A-----TG-AGG-TAAA-T-aagaatatatagatctat
gi|7 : ag-G-TA--C-TTCTTCACGTTAT-TA----TAT-TGTTGCATGCCAATGAA----AT-ATC-TATAC-AAGTTTGG--T-AACAA-C-CCTCA-AT-T-T--GT-------A-A-CCAA--G-CCA-----T---ATCCAGT-GGTT-A-----TGAA-G-TAAT-T-GACACTGA-TA--ACTGTGTGTGTTA---AA---TGTACC-AATCA-TA-ATAGTTAGT-----TTG-TAAT--
gi|8 : ggtgT-TGCAA-TAGTTTG---T-A-CAACC-C-TCA-AT---------------------------CCA-----T---ATCAG-T-GGTT-A-----TG-ATG-TAAA-T-T-----G---AATG---TATGTGCCA---A----TGAT-C-A--TA-TACAT-GTATGTT-AT-TTG-TAATGCC-----TGAATGGGCC---C-TAATTTG--GAATAggctgtgaaaggcctaatttggcaataaagaactctactctatcctataa
gi|3 : ttgttcctcacatcaaca-AACTTTGCTTT-A-CAA-C-CCTCA-ATATATT-GT-------AAG-CCAA--G-CC------T---AT----T-GG-T-A-----TG-A-GGTAAA-T-G-----GA-TATTACC-TGTGTGTTA---AA--GTGTG-CTAGTTA-TGCAT-GTTAATTGATA-TG-TAAT---AATAATGAGTG---C---CTTAATT----G--CATCGTCACGTGGTATCTTT--TGCAA-T-GCAGGG--------AATTTC----AATT-TAATATAATTTTCTTTGACTTAA-C------------ATTATTTC-----------------ATTA-ATATTTCCATGC-TTGCAT-TAGGA--TAC-ACG--G-TGT-A-C--TCTTC--CAGTTATTAT-TATTG-T--TGCATGC--ATGAAT--A-----T---TATA-CAAGTTTG---T-A-CAACCCTCAATGTTGTAAACC-----A-A----GG----CC---ATA-CCG---T----GGTTATTGA-A-G-TAATT--GAAT-GTT-ACTTGTG--TGTTAAA--aagaatagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
gi|2 : cTTG---TTA-CAA-C-CCTCA-ATATATTTGT-------AAG-CCAAAAG-CCA-----T---AT----T-GG-T-A-----TG-A-GGTAAA-T-G-----GAATATTACC-TGTGTGTTA---AA--GTGTG-CTAGTTA-TGCAT-GTTAATG-A-AT---TAAT--TAATAATGAGTG---C---CTTAATT----G--CATCGTCACGTGGTAT-CTTTATGCAA-T-GC--AGGGAATTCAATTTTAATATAATT-T-----------------------TCTTTGACTTAACATTATTTC-----------------ATTA-ATATTCC--TGC-TTGCAATTAGGAA--AC-ACGGTG-TA--ATC--TG-TC--TCATTATTAT-TATTTGT--TGCATGC--ATGAAACTA-----T---TATACCAAGTTTG---T-A-CAA-CCTCAATGT-----TGT-----A-AAC--CAAG--CC---ATA-CCG---T----GGTTATTGA-A-G-TAAAT-TGAAT-T-T-ACTTGTG--TGTTAAAT-GTT-A-TCAATC-AT-T--ATGTT-A-TT-TGTAA-TGCGC-T--GA-------AAGGGCTCTA-A-TTtgtatcaatcatatatgttatttgtaatgcctgaaagggcctaatttggaataaagaatctagtctatctatac
gi|9 : G---T-A-CAA-C-CCTCC-ATAT-T--GTT------A-A-CCAA--G-CCA-----TGGCAG----C-GT-T-A-----CG-ATG-TAAATT-G-----GG---------TGTATGTTATGTACGTGTGTG-CAAATCG-TGCAtggaaataaagtaatctatcttaatctatac
gi|10 : ttagttactgccttgcatcgtcacgtggtatctttcacacaattctactgaacagtatttcatattattacatacttgtacT--GT-------A-AACCAA--G-CCA-----T---ATCAT-T-GGTT-A-----TG-ATG-TAAA-TTG-----AA-TG-TACT-TATGTGTTA---AAATGTGC--C-AATCA-TATAT-GTC-AT-----TTG-TAATGCC-----TGAATGGGCC---C-TAATTTG--GAATAgcatgtcatttgtgaaagggtccctaataa
gi|5 : TTA-TGTAT-ATAAATT-ACATAGCT--T--TAG---TGTATATGCAATATTTAATTCCCTG--CATTGTCACGTGGTATCCCC--TGCAAAGCAC--GA--------GTTAT-----AATTAT-----------------------T------------ATT-TTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCAAACTTTCC--TACTTTGCAT-TAGGA--TAC-AC---GATA--G-CATTACTT--TAGTTAACAT-TAC---A--TG--TAC--ATAAA---GTATATT---TGTA-CAA----A---T-A-CAACCTT--ACAT-----ATT-----G-aagaatctatctatcttgtatctatcacacaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|4 : actatttatgcatacagat-TGCAT-GTTAATT-GTATTG-TAAT--AATAAATGAGTG-------CTTAATT----GA---TCGTCACGTGGTAT-CTT--TGCAA-T-GCAAGG--------AATTTC----AATT-TAATATAATTTTCTTCGACTTAAAC------------ATTATTTC-----------------ATTAAATATTCC--TGCTTTGCAT-TAGGA--TAC-ATG--G-TGGTA-C--TT-TCTTCAGTTATT-TTTG----T--TGCATGC--ATGAAAT-A-----T---TATACCAAGTTTG---TAA-CAACCCTCAATGT-----TGT-----A-AAC--CAAG--CC---AT--ATCAG-T----GT-TAT--G-ATG-TAAAT-TGAAT-G-T-A-TTGTG--TGTTAAAT-GTA-C-CAA--TCAT-TATATGTT-A-TT-TGTAA-TG--CCT--GA-------AAGGGCCCTA-T-TTGGATttcaacaaggccaaaccagtgcgtgttgtgatgacaagttatgatatcaattgaaagtgcttgt
gi|2 : -----------------ATTGAAT-TCCC--TGCATTGCATA-AAGA--TACCAC---G-TG--A-C--GA-TG--CAATTAa
gi|6 : ttgttacaaccctcaatatatttgtaagccaaaagccatattggtatgaggtaaatggaatattacctgtgtgttaaagtgtgctagttatgcatgttaatgaattaattaataatgagtgcctTAAATATTCC--TGCTTTGCAT-TAGGA--TAC-ACG--G-TGGTA-C--T--TCTTCAGTTGTAAT-TATTG-T--TGCATAC--ATGAAAT-A-----T---TATA-C----TTG---T-A-CAACTCTTA--AT-----ATT-----GTA----AA----CCAAGACATATCAG-T----GGTTAT--G-ATG-TAAAT-TGAAT-G-T-ACCTGTG--TGTTAAAATGTG-C-TAA--TTATATATATG-T-T-AT-T-TGT-GATGCCT--GA-------AAGGGCCCTA-A-TTtttaatataattttctttgacttaacattatttcattaatattcctgcttgcaattaggaaacacggtgtaatctgtctcattattattatttgttgcatgcatgaaactattataccaagtttgtacaacctcaatgttgtaaaccaagccataccgtggttattgaagtaaattgaatttacttgtgtgttaaatgttatcaatcattatgttatttgtaatgcgctgaaagggctctaatttggaaataaagtaatctatcttaatctatac
gi|14 : aAGGA--TAC-ACA--G-TGGTA-C--T--TCTTCAGTTACTAT-TAT---TGTTGCATAC--ATGAA---A----------A----------G---T-A-CAACCCTCAATAT-----ATT-----G-AAAGCCAAG--CC---AT--ATT---G----G--TAT--G-AGG-TAAATtggaataaagaatatatagatctat
gi|7 : TTATTATATTG---T--TGCATGCCAATGAA---A-----TATCTATA-CAAGTTTGG--T-AACAACCCTCAATTT-----GTA-----A-C----CAAG--CC---AT--ATCCAGT----GGTTAT--GAA-G-TAATTGACACTGA-T-AACTGTGTGTGTTAAA--
gi|8 : ggtggtacttcttcacgAC--ATCAAC--A-----T---TGCA-ATAGTTTG---T-A-CAACCCTCAAT----------------------------CC---AT--ATCAG-T----GGTTAT--G-ATG-TAAAT-TGAAT-G-T-A--TGTGC-C-----A--ATG-A-TCA---TA--TACATG-T-ATGT-TAT-T-TGTA-AT--GCCTGAA-TGG--GCCCTA-A-TTtgtaccaatcataatagttagtttgtaatggctgtgaaaggcctaatttggcaataaagaactctactctatcctataa
gi|3 : ttgttcctc-CAACTTTGCTTT-A-CAACCCTCAATAT-----ATT-----GTA----AG----CC---A-A-GCC---TATTGG--TAT--G-A-GGTAAATGG--AT-A-TTACCTGTGT--GTTAAA--GTGTGCTA--GTTAT--GCATG-TTA-AT-TG-ATATGTA-AT--AAT--AA-TGAGTGCCTTA-A-TTGCATCGTC-ACGTGGTATC-TT--TTGCAATGCAGGGAATTTCAATTT--AATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCA-TTAATATT-T-CCATG-CTTGCAT-TAGGAT-ACAC-G-GTGTA-C-TCTTCCA-GTT-ATTATTA-TTGTTGCATGCA--TGAA--TAT-TAT-A-CAAGTTT-GT-AC----A---AC--CCTCA-ATGT--TGT--AAACCAAGGCCATA--CCGTGGTTATTG-------AAG-TA-------A--TTGA-----ATGTTACT-TGT--GT---GTTA-A-------A--TG-TA----TCA-A-T--CA-T---ATATGT---TA-TTTGTAATG-CCTG---AAAGGG----CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATC--TA-GTC---T--AT-CTATtggaataaagaatagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
gi|2 : TTG---TTA-CAACCCTCAATAT-----ATTTGTAAG-C----CAAAAGCC---ATA--TT---G----G--TAT--G-A-GGTAAATGG-AAT-A-TTACCTGTGT--GTTAAA--GTGTGCTA--GTTAT--GCATG-T-T-AA-TGAAT-TA-AT-T--AAT--AA-TGAGTGCCTTA-A-TTGCATCGTC-ACGTGGTATC-TTTAT-GCAATGC-AGGGAATTCAATTTTAA-TATAATTTTCTTTGACTT-AACATTATT-TCATT-AATAT--T-CC-TG-CTTGCAATTAGGA-AACACGG-TGTAATC-TGTCTCA--TT-ATTATTATTTGTTGCATGCA--TGAAACTAT-TAT-ACCAAGTTT-GT-AC----A---A---CCTCA-ATGT--TGT--AAACCAA-GCCATA--CCGTGGTTATTG-------AAG-TA-------AA-TTGA-----ATT-TACT-TGT--GT---GTTA-A-------A--TGTTA----TCA-A-T--CA-T----TATGT---TA-TTTGTAATGCGCTG---AAA--GGGC-TCTAATTT--GGAAATAAAGTAATCT----ATC---TTAAT-CTATac
gi|18 : AAGCCAT-TGCAT--T-A-ATATACAT-TGTACAT--AAA--CA-CCAGTATACTA-AATTGCATCG-C-A-GTGATATac
gi|5 : AT-TACAT----A-GC-TTTAG-TGTATATGCAAT--AT-TTAATTCCCTGCA-TTG--TCA-C---GTGGTATC-CCC-T-GCAAAGC-ACGAGTTATAATT------ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA---AACTT--T-CC-TACTTTGCAT-TAGGAT-ACAC-GATAGCA-T-TACTTTA-GTT-AACATTA-------CATGTACATAAAG-----TAT-A-----TTT-GT-AC----AAATACAACCTTACATA---TTGTTCAACAAG-GCCA-AACCAGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTATGATATCAA-TTGA-----AAG-TGCT-TG---
gi|4 : actatttatgcatacagatttatgtatataa-TGCATG-TTA-AT-TGTAT-TGTA-AT--AAT--AAATGAGTGCT-TA-A-TTG-ATCGTC-ACGTGGTATC-TT--T-GCAATGCAAGGAATTTCAATTT--AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCA-T-TAAATATT-CC-TGCTTTGCAT-TAGGA-TACATGG-TGGTA-CTTTCTTCA-GTT-ATT-T---TTGTTGCATGCA--TG-AAATAT-TAT-ACCAAGTTT-GTAAC----A---AC--CCTCA-ATGT--TGT--AAACCAA-GCCATA-TCAG-TGTTA-TG-------ATG-TA-------AA-TTGA-----ATG-TA-T-TGT--GT---GTTA-A-------A--TG-TA----CCA-A-T--CATT---ATATGT---TA-TTTGTAATG-CCTG---AAA--GGGC-CCT-ATTT--GG-At
gi|13 : -T-A-AT--GTAT-TG---A---AAT--AA-TTAGAGCC------TTGCATCA-CCACATGGTATCTTT--T-GAAATGC--AGACTTTAAATTC--A-T----TTTTCta
gi|6 : tgtgtatgtcaattacaaatagtgcA-T-AA-ATA-TTCC-TGCTTTGCAT-TAGGAT-ACAC-GGTGGTA-C-TTCTTCA-GTT-GTAATTA-TTGTTGCATACA--TG-AAATAT-TAT-A-C----TT-GT-AC----A---AC--TCTTA-ATAT--TGT--AAACCAA-GACATA-TCAGTGGTTA-TG-------ATG-TA-------AA-TTGA-----ATG-TACC-TGT--GT---GTTAAA-------A--TG-TG----CTA-A-TTATA-T---ATATGT---TA-TTTGTGATG-CCTG---AAA--GGGC-CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATATATAGATC---T--AT-atccctccaacatt
gi|17 : TACACCTATG--------G-TGGTA-T-TTCTTCA-GTTAAGTACCA-TTATTACATACAT---AAAATAT-TAT-A-C
gi|14 : taagaTACACAG-TGGTA-C-TTCTTCA-GTT-ACTATTA-TTGTTGCATACA--TGAAAA------------------GT-AC----A---AC--CCTCA-ATATATTGA--AAGCCAA-GCCATA-----TTGGTA-TG-------AGG-TA-------AActgtgtg
gi|7 : agga-G-TGGTA-C-TTCTTCACGTT-ATTAT-A-TTGTTGCATGCCAATG-AAATATCTAT-A-CAAGTTTGGTAAC----A---AC--CCTCA-ATT---TG---TAACCAA-GCCATATCCAGTGGTTA-TG-------AAG-TA-------A--TTGACACTGATA--ACTGTGT--GT---GTTA-A-------A--TG-TA----CCA-A-T--CA-TA--ATA-GT---TAGTTTGTAATG-GCTGTGAAAG--G----CCTAATTT--GGCAATAAAG-AACTC-TAC-TC---T--ATCCTATt
gi|8 : gAACAT-TGC-A-ATAGTTT-GT-AC----A---AC--CCTCA-AT------------------CCATA-TCAGTGGTTA-TG-------ATG-TA-------AA-TTGA-----ATG-TAT-------GT---GCC--A-------A--TG--A----TCATA-TA-CA-T---GTATGT---TA-TTTGTAATG-CCTG---AAT--GGGC-CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcATAT-TATTA-CATACTT-GT-ACGTACA---AC--CCTCC-ATAT--TGT--TAACCAA-GCCATG-GCAG-CGTTA-CG-------ATG-TA-------AA-TTGG-----GTG-TA---------T---GTT--ATGTACGTG--TG-TG----CAA-A-T--CG-TGCAGCATGT---CA-TTTG--------TG---AAA--GGGTCCCTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
gi|10 : ttagttactgccttgcatcgtcacgtggtatctttcacacaattctactgaacagtatttcAACCAA-GCCATAT-CA-TTGGTTATG-------ATGT-A-------AA-TTGA-----ATG-TACT-TAT--GT---GTT--A-------AAATG-TG----CCA-A-T--CA-T---ATATGT---CA-TTTGTAATG-CCTG---AAT--GGGC-CCTAATTT--GG-AATAAAG-AATCTATCTATCTTGT--AT-CTATCACAaa
gi|15 : tgtaTGA-----ACA-TCCTCTG---TT---GCT--A-------AG-TG-TAAAAACTA-A-A--AA-G---ACATGTCTTTA-TTTGTAAT--GCTGA--AAA--G----CCTAATTT--GG-AAT-AAG-AATCT-caaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|11 : A-----ATG-TACT-TAT--GT---GTA--A-------A--TG-TA----CTA-A-T--CA-T---GTATGT---TA-CTTGTAATG-CCTG---AAA--GGGT-CCTAATTG--AA-AATATAG-AATCT----ATC---T--AT-CTAATATAataatatcattcta
gi|12 : -----ATG-TACC-TATGTGTACCGTT--A-------G--TG-TA----CTA-A-TG-CA-TG--ACACGC---TA-TCTGTAATG-CCTG---AAAGGG----CCTACTTTTGGA-AATAAAG-AATCC-Ttcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|16 : ggtgtaaattgtcTA-TACC-TGT--GT---GTA--A-------G--TG-TA----TTA-AAT--CA-T---ACATGT---TA-TTTGTAATG-CCTG---AAA--G----ctgttactggaacaagcgtttatactga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333
lowQualScore : 11 777777777777777777777777777777777 222222 11 2222 2 1 1 555555555 4 1 888888888888888 22 1 4 4 666 4 22 55 55 4 1 55 55 77777 1 777777777777777777777777777 4 55 8888888888888 4 4 22222 11 1 8888888888 2 3 1 222 2 333 1 1 111 1 11 111 2222 2 11111 11111 11111 33333333333333333333333 1 11111 1111111 1 1111 1111111
lowQualScore : 22 6 6 000000000000000000000000000000000 888888 2 88 4444 0 2 5 5 3 222222222 4 1 0 5 6 555555555555555 11 5 0 0 6 111 0 33 6 55 6 1 6 55 0 5 55 55 55555 1 5 444444444444444444444444444 6 6 0 55 5555555555555 6 0 0 6 6 6 2 77777 33 7 6 4 0000000000 6 1 3 111 3 777 5 0 7 555 6 6 2 99 6 3 6 7 6 8 99 1 6 444 0 0 8 4444 8 5 0 5 5 0 4 88888 8 7777 00000 4 4 00000 4 55 55 55 44 77 3 3 55 7 3 4 4 4 55 6 3 3 3 11111111111111111111111 0 1 3 3 3 77777 2 2 5 44 00000 6 3 6666 3 3 6 3 0000000 3 555 3 3 44 444 44 0 4 8888 7777 8888888 5
lowQualScore : .. . . ................................. ...... . .. .... . . . . . ......... . . . . . ............... .. . . . . ... . .. . .. . . . .. . . .. .. ..... . . ........................... . . . .. ............. . . . . . . . ..... .. . . . .......... . . . ... . ... . . . ... . . . .. . . . . . . .. . . ... . . . .... . . . . . . . ..... . .... ..... . . ..... . .. .. .. .. .. . . .. . . . . . .. . . . . ....................... . . . . . ..... . . . .. ..... . . .... . . . . ....... . ... . . .. ... .. . . .... .... ....... .
lowQualScore : 00 0 0 555555555555555555555555555555555 000000 5 00 5555 0 5 0 0 0 000000000 0 0 0 0 0 000000000000000 00 0 0 0 0 000 0 00 0 00 0 0 0 00 0 0 00 00 00000 0 0 000000000000000000000000000 0 0 0 00 0000000000000 0 0 0 0 0 0 5 77777 00 3 0 0 3333333333 7 7 3 777 7 777 5 0 3 000 7 7 0 22 7 7 7 3 7 0 00 8 0 444 8 8 0 6666 0 7 1 7 0 1 4 00000 0 7777 00000 0 0 88888 0 55 55 55 88 99 6 6 00 3 5 0 0 0 55 4 6 6 6 88888888888888888888888 9 0 3 3 1 77777 9 9 7 22 00000 2 1 5555 1 1 2 1 3333333 1 444 1 1 22 888 22 9 0 5555 8888 6666666 7
consensus : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTNAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCA-TTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACC-TCAATATATGTAGCCAAGCCATATT--GTATGA-GTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAAT--CAGAAATGAGTGTGCCCTTAATT--GAACATCGTCACGTGGTA--CTTTGCAATCGC--GGATTTTGAATTT----------------------TATT-TTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACG-TG--ACTATC--CAATTATTATCTATTT-GCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AANCCAT--TGGT-ATGAGGTAAATG-GA-ATAT-ACCTGTGT-GTTAAAGTGTGCTAAG-CTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCA-T--AATAT-TCC-TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCAT-AT-CAGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----TAAA-TG-TA----CCA-A-T-CA-T---AT--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
Reference ( family-1457 ) : NNNNNTACCTGTGTGTTAA---ATGTGTGCTAGTTATGCATTAA-TAGT---AATGTATTG--AATAATAATGAGCTGCCTTAATTGCA-TCGTCACGTGGTATCTTTTGCAATGCAGGAATTT-AATTAATTCTTCTTCANATATTTCATTAAATATTCCTGCTT-TGCATAGGATACCACGGTGTACTTCTTCAGTTAT-TA--TTAT-TGTTGCATGCATGAAATTTTTACACAAGTTTGTACAACCCTCAATAT-TGTAACCAAGCCATATCTGGTATGATGTAAATGGATGTTACTTGTGTGTTAAA--GTGTGCAATCATGCATGTTANTTGTATTGTAATGCCAGAA-TGAGTGGGCCCTTAATTTGGAACATCGTCACGTGGTATCCTTTGCAAT-GCAGGGANTTTCAATTTAATATAATTTTCTTCGACTTAACATTATTTCATTAAATATTCCTGCTTTGCAT-TAGGA--TACACGGTGGTACTNTCTTCAGTTATTAT-TATTTTGCATGCATGAAATTATACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACAAGCCATAATCG----TGGTTATGAG-TAAATGTGA-ATGT-ACCTGTGTTGTTAAAGTGN--TAAG-TTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCA-T--AATATATCC-TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCAT-A--CAGTG----------------GTTA-TGANG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----TAAA-TG-TA----CCA-A-T-CA-T---AT--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
gi|1 : TACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATA-T---AATGTATTGCCAATAATAATGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTTTGCAAT-CAGGAATTT-GA------CTTCTCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCA-TTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACC-TCAATATATGTAGCCAAGCCATATT--GTATGA-GTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAAT--CAGAAATGAGTGTGCCCTTAATT--GAACATCGTCACGTGGTA--CTTTGCAATCGC--GGATTTTGAATTT----------------------TATT-TTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACG-TG--ACTATC--CAATTATTATCTATTT-GCATACATAAAATTACACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACA--CCATAATC-----TG--TATGAG-TAAATGGGA-ATAT-ACCTGTGTTGTTAAAGTGG--TAAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCG-CA-GTGGTATCTT-T--GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--ATATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCA-T--AACATATCC-TG-TTTGCA-TCTATGATTACAC-----G-TGGGA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--ACTTGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATG-TG-ACAACCAA-GCCAT-ATTCAGTT----------------GGTATTGAAGTTAAACTTG-A-----ATG-TAC-T-TG-GT--GT----T-AA-TG-TA----CCA-A-T-CA-T---AT--AT-GT---TA-TTTGTAATGG-C--TGAAAG----C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TACATC-------TAT-CTATCATA
gi|10 : tactaTG-TAAACCAA-GCCAT-AT-CATTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT----TAAAATG-TG----CCA-A-T-CA-T---AT--AT-GT---CA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT----ATCTATCTTGTAT-CTATCACA
gi|11 : -A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT-----AAA-TG-TA----CTA-A-T-CA-T---GT--AT-GT---TA-CTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-TC--CTAATTGAA-AATATAG-A----ATCT----ATC-------TAT-CTAcaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|12 : GGTG-TAAA-TTGTC-----ATG-TAC-C-TATGT--GTACCGTTAG-TG-TA----CTA-A-TGCA-TG--AC--AC-GC---TA-TCTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CCTACT--TTTGGAAATAAAG-A----ATCC-Tatatatcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|13 : TGTATGTCAATTA--CA--AA-TAGTGCTAATGTATTG--AA--ATAATTAGA-GCCTT----GCA-TCACCACATGGTATCTTTTGAAATGCA-GACTTTAAATTCATTTTTCATCctgttactggaacaagcgtttatactga
gi|14 : tgAGGA-TACACA----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ACTATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA-A-------------------G-T-A-CAACCCTCAATATATTG-AAAGCCAA-GCCAT-A--T--TG----------------G-TA-TGAGG-TAAA-Tcctccaacatt
gi|15 : TG-A-----ACA-TCC-TCTGT-T--GC----TAAG-TG-TAAAAACTA-A-A-AA-G---AC--AT-GTCTTTA-TTTGTAATGC----TGAAAAG---C--CTAATTTGG-AAT-AAG-A----ATCTATA-AT
gi|16 : TA-TAC-C-TGTGT--GT-----AAG-TG-TA----TTA-AAT-CA-T---AC--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGAA-CC--TTAatcattcta
gi|17 : tattacatacataaaatat-TAAGA-TACACCTATGG-TGGTA--T-TTCTT-----CA-GTTAAGTACC----ATT-ATTACATA--C--A--T-AAA-ATA-T-TA--TA-C
gi|18 : AAG-CCATTGCAT-T-AATATA-CATTGTACAT--AAACA-CCAGTATACTAAATTGCATCG-CA-GTGATATctgtgtg
gi|2 : TTG---TTACAACCCTCAATATATTTGTAAGCCAAAAGCCATATTGGT-ATGAGGTAAATG-GA-ATATTACCTGTGT-GTTAAAGTGTGCTA-G-TTAT-GCATGT-TAA-TG-AATTA-AT-T--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TATGCAATGCAGGGAATT-CAATTTTAATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCA-TT-AATAT-TCC-TGCTT-GCAAT-TAGGA-AACAC-----G-GTGTAATC-TGTCT-----CA--TT-ATTATT----ATTTGTTGCATG--C--A--TGAAA-CTA-T-TA--TACCAAGTTTG-T-A-CAA-CCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCAT-A--CCGTG----------------GTTATTGAAG-TAAA-TTG-A-----ATT-TAC-T-TGTGT--GT----TAAA-TGTTA----TCA-A-T-CA-T----T--AT-GT---TA-TTTGTAATGCGC--TGAAAGGG-CT--CTAATTTGGAAATAAAGTAATCTATCT-TA-ATC-------TAT-
gi|3 : CAACTTTGCTTT-ACAACCCTCAATATATTG-TAAGCCA-AGCCTAT--TGGT-ATGAGGTAAATG-GATAT-T-ACCTGTGT-GTTAAAGTGTGCTA-G-TTAT-GCATGTTAAT-TGATAT-GTA-AT--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TT-GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTTGACTT-AACATTATT-TCATT--AATATTTCCATGC-TTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-GTGTA--C-TCTTC-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TG--A-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAGGCCAT-A--CCGTG----------------GTTATTGAAG-T-AA-TTG-A-----ATGTTAC-T-TGTGT--GT----TAAA-TG-TA----TCA-A-T-CA-T---AT--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG--C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATC--TA-GTC-------TAT-CTATac
gi|4 : TGCATGTTAAT-TG-TATTGTA-AT--AATAAATGAGTGCT-T-AATTG-ATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCA-TTAAATAT-TCC-TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACATG----G-TGGTA--CTTTCTT-----CA-GTT-ATT-T------TT-GTTGCATG--C--A--TG-AA-ATA-T-TA--TACCAAGTTTG-TAA-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCAT-AT-CAGT-----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA--T-TGTGT--GT----TAAA-TG-TA----CCA-A-T-CATT---AT--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CT-ATTTGG-Aac
gi|5 : ATTACAT---AGC-TT-TAGTGTATATGCAATAT-TTAATTCCCT-----GCATTGTCACGTGGTATCCCCT--GCAAAGCACG-AGTTATAATT-----ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA----AACTT-TCC-TACTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GATAGCA--T-TACTT-----TA-GTT-AACATT----A-------CATGTAC--A--TAAAGTATATT-TG--TA-CAA----A-T-A-CAACCTTAC--ATATTGTTCAACAAG-GCCAA-AC-CAGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTA-TGATA-TCAA-TTG-A-----AAG-TGC-T-TGTta
gi|6 : actatttatgcatacagatttatgtatataa--AATAT-TCC-TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GGTGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-GTAATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA--TA-T-TA--TA-C----TTG-T-A-CAACTCTTA--ATATTG-TAAACCAA-GACAT-AT-CAGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-C-TGTGT--GT----TAAAATG-TG----CTA-A-T-TA-T---ATATAT-GT---TA-TTTGTGATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATATATAGATC-------TAT-
gi|7 : ata-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CACGTT-ATTAT-----ATT-GTTGCATG--CCAA--TGAAA--TA-TCTA--TA-CAAGTTTGGT-AACAACCCTCA--AT-TTG-TAA-CCAA-GCCAT-ATCCAGTG----------------GTTA-TGAAG-TAA--TTG-ACACTGATA--AC-TGTGTGT--GT----TAAA-TG-TA----CCA-A-T-CA-T---A---ATAGT---TAGTTTGTAATGG-CTGTGAAAGG---C--CTAATTTGGCAATAAAG-A----ACTC-TA-CTC-------TATCCTAT
gi|8 : gA-ACA-T-TG--CA-ATAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--AT---------------CCAT-AT-CAGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA------TGT--GC----CAA--TG--A----TCATA-TACA-T---GT--AT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcC-TGCCTTGCA-T-CG----T-CAC-----G-TGGTA-----TCTTTCACACA-ATT--CTACTGAACAGT-ATTTCAT------A--T------TA-T-TACATA-CTTGTACG-T-A-CAACCCTCC--ATATTG-TTAACCAA-GCCATGG--CAGC-----------------GTTA-CGATG-TAAA-TTG-G-----GTG-TATGT-TATGTACGT-------G-TG-TG----CAA-A-T-CG-TGCAGC--AT-GT---CA-TTTG----------TGAAAGGGTCC--CTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
Alignments
lowQualScore : 22 222 2222 22222 11 2222 1 1 1 333333333 22222 1 33333333333 1 1 1 1 1 111 1 11 111 1 222 11111 11111 11111 11 22222222222222222 111111 11 1 1111 1111111
lowQualScore : 33 111 3333 77777 1 66 4444 5 1 5 5 1 444444444 1 1 77777 2 7 00000000000 6 3 3 7 3 3 7 9 7 555 6 6 2 99 6 3 6 7 6 8 99 1 6 444 0 8 333 5 77 5 5 5 0 4 88888 8 7777 00000 4 4 00000 4 55 55 55 1 00 3 3 55 7 3 4 4 4 55 6 3 3 3 55 55555555555555555 7 3 1 3 3 3 77777 2 2 5 44 333333 3 3 6666 3 3 00 3 888 3 555 3 3 44 444 44 0 4 8888 7777 8888888 5
lowQualScore : .. ... .... ..... . .. .... . . . . . ......... . . ..... . . ........... . . . . . . . . . ... . . . .. . . . . . . .. . . ... . . ... . .. . . . . . ..... . .... ..... . . ..... . .. .. .. . .. . . .. . . . . . .. . . . . .. ................. . . . . . . ..... . . . .. ...... . . .... . . .. . ... . ... . . .. ... .. . . .... .... ....... .
lowQualScore : 55 555 0000 00000 0 55 0000 5 0 0 0 0 555555555 0 0 77777 0 3 00000000000 7 3 3 3 3 3 3 2 3 000 7 7 0 22 7 7 7 3 7 0 00 4 0 444 6 0 333 7 99 0 7 0 1 4 00000 0 7777 00000 0 0 88888 0 55 55 55 6 11 6 6 00 3 5 0 0 0 55 4 6 6 6 77 55555555555555555 3 3 7 3 3 1 77777 9 9 7 22 111111 1 1 5555 1 1 44 1 555 1 444 1 1 22 888 22 9 0 5555 8888 6666666 7
consensus : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN-CTAT--TGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAG-CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-AC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
Reference ( family-1457 ) : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTNAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN-CCAT--TGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAAGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCAT--AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAG-CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-AC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
gi|1 : TACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATA----TAATGTATTGCCAATAATAATGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTTTGCAAT-CAGGAATTT-GA------CTTCTCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACA--CCATAAT-CT------GTATGA-GTAAATGGGA-ATAT-ACCTGTGTTGTTAAAGTG-GTAAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCG-CA-GTGGTATCTT-T--GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--ATATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCAT--AACATATCC--TG-TTTGCA-TCTATGATTACAC-----G-TGGGA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--ACTTGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATG-TG-ACAACCAAG-CCATATTC-AGTT----------------GGTATT-GAAGTTAAACTTG-A-----ATGT-AC-T-TG-GT--GT----T--AA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGG-C--TGAAAG----C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TACATC-------TAT-CTATCATA
gi|10 : tactaTG-TAAACCAAG-CCATA-TC-ATTG----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-AC-T-TATGT--GT----T-AAAATG-TG----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---CA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT----ATCTATCTTGTAT-CTATCACA
gi|11 : -A-----ATGT-AC-T-TATGT--GT------AAA-TG-TA----CTA-A-T--CA-T---GTAT-GT---TA-CTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-TC--CTAATTGAA-AATATAG-A----ATCT----ATC-------TAT-CTAcaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|12 : -GGTG-TAAA-TTGTC-----ATGT-AC-C-TATGT--GTACCGT-TAG-TG-TA----CTA-A-TG-CA-TG--ACAC-GC---TA-TCTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CCTACT--TTTGGAAATAAAG-A----ATCC-Tatatatcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|13 : TGTATGTCAATT--ACA---AATAGTGCTAATGTATTG---A-AATAATTAGA-GCC----TTGCA-TCACCACATGGTATCTTTTGAAATGCA-GACTTTAAATTCATTTTTCATCctgttactggaacaagcgtttatactga
gi|14 : tgAGGA-TACACA----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ACTATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA-A-------------------G-T-A-CAACCCTCAATATATTG-AAAGCCAAG-CCATA-T----TG----------------G-TA-T-GAGG-TAAA-Tcctccaacatt
gi|15 : TG-A-----ACAT-CC-TCTGT-T--GC----T-AAG-TG-TAAAAACTA-A-A--AA-G---ACAT-GTCTTTA-TTTGTAATGC----TGAAAAG---C--CTAATTTGG-AAT-AAG-A----ATCTATA-AT
gi|16 : TAT-AC-C-TGTGT--GT------AAG-TG-TA----TTA-AAT--CA-T---ACAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGAA-CC--TTAatcattcta
gi|17 : tattacatacataaaatat-TAAGA-TACACCTATGG-TGGTA--T-TTCTT-----CA-GTTAAGTACC----ATT-ATTACATA--C--A--T-AAA-ATA-T-TA--TA-C
gi|18 : AAGCCATTGCAT-T-AATATA-CATTGTACAT--AAACA-CCAGTATACTAAATTGCATCG-CA-GTGATATctgtgtg
gi|2 : TTG---TTACAACCCTCAATATATTTGTAAGCCA-AAAGCCATATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATATTACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTA-GTTAT-GCATGT-TAA-TG-AATTA-AT-T--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TATGCAATGCAGGGAATT-CAATTTTAATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTT-GCAAT-TAGGA-AACAC-----G-GTGTAATC-TGTCT-----CA--TT-ATTATT----ATTTGTTGCATG--C--A--TGAAA-CTA-T-TA--TACCAAGTTTG-T-A-CAA-CCTCA--ATGTTG-TAAACCAAG-CCATA-CC--GTG----------------GTTATT-GAAG-TAAA-TTG-A-----ATTT-AC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TGTTA----TCA-A-T--CA-T----TAT-GT---TA-TTTGTAATGCGC--TGAAAGGG-CT--CTAATTTGGAAATAAAGTAATCTATCT-TA-ATC-------TAT-
gi|3 : CAACTTTGCTTT-ACAACCCTCAATATATTG-TAAGCCA-AGC-CTAT--TGGTATGAGGTAAAT-GGATAT-T-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTA-GTTAT-GCATGTTAAT-TGATAT-GTA-AT--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TT-GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCATT-AATAT-TTCCATGCTT-GCA-T-TAGGA-TACAC-----G-GTGTA--C-TCTTC-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAA---TA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAGGCCATA-CC--GTG----------------GTTA-TTGAAG-TAA--TTG-A-----ATGTTAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----TCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG--C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATC--TA-GTC-------TAT-CTATac
gi|4 : TGCATGTTAAT-TG-TATTGTA-AT--AATAAATGAGTGCT-T-AATTG-ATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATTAAATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACATG----G-TGGTA--CTTTCTT-----CA-GTT-ATT-T------TT-GTTGCATG--C--A--TG-AA-ATA-T-TA--TACCAAGTTTG-TAA-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAG-CCATA-TC-AGT-----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-A--T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CATT---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CT-ATTTGG-Aac
gi|5 : ATTACAT---AGC-TT-TAGTGTATATGCAATAT-TTAATTCCCT-----GCATTGTCACGTGGTATCCCCT--GCAAAGCACG-AGTTATAATT-----ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA---AACTT-TCC--TACTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GATAGCA--T-TACTT-----TA-GTT-AACATT----A-------CATGTAC--A--TAAAGTATATT-TG--TA-CAA----A-T-A-CAACCTTAC--ATATTGTTCAACAAGG-CCAAA-CC-AGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTA-T-GATA-TCAA-TTG-A-----AAGT-GC-T-TGTta
gi|6 : actatttatgcatacagatttatgtatataa--AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GGTGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-GTAATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA--TA-T-TA--TA-C----TTG-T-A-CAACTCTTA--ATATTG-TAAACCAAG-ACATA-TC-AGTG----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-AC-C-TGTGT--GT----TAAAA-TG-TG----CTA-A-TTATA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTGATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATATATAGATC-------TAT-
gi|7 : ata-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CACGTT-ATTAT-----ATT-GTTGCATG--CCAA--TGAAA--TA-TCTA--TA-CAAGTTTGGT-AACAACCCTCA--AT-TTG-TAA-CCAAG-CCATA-TCCAGTG----------------GTTA-T-GAAG-TAA--TTG-ACACTGATA--AC-TGTGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---A-ATAGT---TAGTTTGTAATGG-CTGTGAAAGG---C--CTAATTTGGCAATAAAG-A----ACTC-TA-CTC-------TATCCTAT
gi|8 : gA-ACA-T-TG--CA-ATAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--AT---------------CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-T-GATG-TAAA-TTG-A-----ATGT-A------TGT--GC----C-AA--TG--A----TCATA-TA-CA-T---GTAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcT-TAC--TGCCTTGCA-T-CG----T-CAC-----G-TGGTA-----TCTTTCACACA-ATT--CTACTGAACAGT-ATTTCAT------A--T------TA-T-TACATA-CTTGTACG-T-A-CAACCCTCC--ATATTG-TTAACCAAG-CCATG-GC-AGC-----------------GTTA-C-GATG-TAAA-TTG-G-----GTGT-ATGT-TATGTACGT--------G-TG-TG----CAA-A-T--CG-TGCAGCAT-GT---CA-TTTG----------TGAAAGGGTCC--CTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
Alignments
lowQualScore : 11 222 2222 22222 11 2222 1 1 1 333333333 22222 1 22222222 1 1 1 1 1 111 1 11 111 111 11111 11111 11111 22222222222222222 1 111111 11 1 1111 1111111
lowQualScore : 88 111 3333 77777 1 66 4444 5 1 5 5 1 444444444 1 1 77777 2 7 33333333 7 6 3 3 7 3 3 7 5 7 555 6 6 2 99 6 3 6 7 6 8 99 1 6 444 0 0 8 333 5 77 0 5 5 0 4 88888 8 7777 00000 4 4 00000 4 55 55 55 44 77 3 3 55 7 3 4 4 4 55 6 3 3 3 55 55555555555555555 0 1 3 3 3 77777 2 2 5 44 333333 3 3 6666 3 3 00 3 888 3 555 3 3 44 444 44 0 4 8888 7777 8888888 5
lowQualScore : .. ... .... ..... . .. .... . . . . . ......... . . ..... . . ........ . . . . . . . . . . ... . . . .. . . . . . . .. . . ... . . . ... . .. . . . . . ..... . .... ..... . . ..... . .. .. .. .. .. . . .. . . . . . .. . . . . .. ................. . . . . . ..... . . . .. ...... . . .... . . .. . ... . ... . . .. ... .. . . .... .... ....... .
lowQualScore : 55 555 0000 00000 0 55 0000 5 0 0 0 0 555555555 0 0 77777 0 3 00000000 3 7 3 3 3 3 3 3 0 3 000 7 7 0 22 7 7 7 3 7 0 00 4 0 444 8 8 0 333 7 99 1 7 0 1 4 00000 0 7777 00000 0 0 88888 0 55 55 55 88 99 6 6 00 3 5 0 0 0 55 4 6 6 6 77 55555555555555555 9 7 3 3 1 77777 9 9 7 22 111111 1 1 5555 1 1 44 1 555 1 444 1 1 22 888 22 9 0 5555 8888 6666666 7
consensus : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
Reference ( family-1457 ) : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
gi|1 : TACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATA----TAATGTATTGCCAATAATAATGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTTTGCAAT-CAGGAATTT-GA------CTTCTCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACA--CCATAAT--C-T----GTATGA-GTAAATGGGA-ATAT-ACCTGTGTTGTTAAAGTG-GTAAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCG-CA-GTGGTATCTT-T--GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--ATATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCA-T-AACATATCC--TG-TTTGCA-TCTATGATTACAC-----G-TGGGA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--ACTTGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATG-TG-ACAACCAA-GCCATATTC-AGTT----------------GGTATTGAAGTTAAACTTG-A-----ATG-TAC-T-TG-GT--GT----T--AA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGG-C--TGAAAG----C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TACATC-------TAT-CTATCATA
gi|10 : tactaTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-ATTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT----T-AAAATG-TG----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---CA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT----ATCTATCTTGTAT-CTATCACA
gi|11 : -A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT------AAA-TG-TA----CTA-A-T--CA-T---GTAT-GT---TA-CTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-TC--CTAATTGAA-AATATAG-A----ATCT----ATC-------TAT-CTAcaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|12 : GGTG-TAAA-TTGTC-----ATG-TAC-C-TATGT--GTACCGT-TAG-TG-TA----CTA-A-TG-CA-TG--ACAC-GC---TA-TCTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CCTACT--TTTGGAAATAAAG-A----ATCC-Tatatatcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|13 : TGTATGTCAATT--ACA---AATAGTGCTAATGTATTG---A-AATAATTAGA-GCC----TTGCA-TCACCACATGGTATCTTTTGAAATGCA-GACTTTAAATTCATTTTTCATCctgttactggaacaagcgtttatactga
gi|14 : tgAGGA-TACACA----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ACTATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA-A-------------------G-T-A-CAACCCTCAATATATTG-AAAGCCAA-GCCATA-T----TG----------------G-TA-TGAGG-TAAA-Tcctccaacatt
gi|15 : TG-A-----ACA-TCC-TCTGT-T--GC----T-AAG-TG-TAAAAACTA-A-A--AA-G---ACAT-GTCTTTA-TTTGTAATGC----TGAAAAG---C--CTAATTTGG-AAT-AAG-A----ATCTATA-AT
gi|16 : TA-TAC-C-TGTGT--GT------AAG-TG-TA----TTA-AAT--CA-T---ACAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGAA-CC--TTAatcattcta
gi|17 : tattacatacataaaatat-TAAGA-TACACCTATGG-TGGTA--T-TTCTT-----CA-GTTAAGTACC----ATT-ATTACATA--C--A--T-AAA-ATA-T-TA--TA-C
gi|18 : AAGCCATTGCAT-T-AATATA-CATTGTACAT--AAACA-CCAGTATACTAAATTGCATCG-CA-GTGATATctgtgtg
gi|2 : TTG---TTACAACCCTCAATATATTTGTAAGCCA-AAAGCCATATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATATTACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGT-TAA-TG-AATTA-AT-T--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TATGCAATGCAGGGAATT-CAATTTTAATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTT-GCAAT-TAGGA-AACAC-----G-GTGTAATC-TGTCT-----CA--TT-ATTATT----ATTTGTTGCATG--C--A--TGAAA-CTA-T-TA--TACCAAGTTTG-T-A-CAA-CCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-TAAA-TTG-A-----ATT-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TGTTA----TCA-A-T--CA-T----TAT-GT---TA-TTTGTAATGCGC--TGAAAGGG-CT--CTAATTTGGAAATAAAGTAATCTATCT-TA-ATC-------TAT-
gi|3 : CAACTTTGCTTT-ACAACCCTCAATATATTG-TAAGCCA-AGC--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGATAT-T-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGTTAAT-TGATAT-GTA-AT--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TT-GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTTGACTT-AACATTATT-TCATT-AATAT-TTCCATGC-TTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-GTGTA--C-TCTTC-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TG--A-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAGGCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-T-AA-TTG-A-----ATGTTAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----TCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG--C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATC--TA-GTC-------TAT-CTATac
gi|4 : TGCATGTTAAT-TG-TATTGTA-AT--AATAAATGAGTGCT-T-AATTG-ATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATTAAATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACATG----G-TGGTA--CTTTCTT-----CA-GTT-ATT-T------TT-GTTGCATG--C--A--TG-AA-ATA-T-TA--TACCAAGTTTG-TAA-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGT-----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA--T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CATT---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CT-ATTTGG-Aac
gi|5 : ATTACAT---AGC-TT-TAGTGTATATGCAATAT-TTAATTCCCT-----GCATTGTCACGTGGTATCCCCT--GCAAAGCACG-AGTTATAATT-----ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA---AACTT-TCC--TACTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GATAGCA--T-TACTT-----TA-GTT-AACATT----A-------CATGTAC--A--TAAAGTATATT-TG--TA-CAA----A-T-A-CAACCTTAC--ATATTGTTCAACAAG-GCCAAA-CC-AGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTA-TGATA-TCAA-TTG-A-----AAG-TGC-T-TGTta
gi|6 : actatttatgcatacagatttatgtatataaATA-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GGTGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-GTAATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA--TA-T-TA--TA-C----TTG-T-A-CAACTCTTA--ATATTG-TAAACCAA-GACATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-C-TGTGT--GT----TAAAA-TG-TG----CTA-A-TTATA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTGATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATATATAGATC-------TAT-
gi|7 : -----G-TGGTA--C-TTCTT-----CACGTT-ATTAT-----ATT-GTTGCATG--CCAA--TGAAA--TA-TCTA--TA-CAAGTTTGGT-AACAACCCTCA--AT-TTG-TAA-CCAA-GCCATA-TCCAGTG----------------GTTA-TGAAG-TAA--TTG-ACACTGATA--AC-TGTGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---A-ATAGT---TAGTTTGTAATGG-CTGTGAAAGG---C--CTAATTTGGCAATAAAG-A----ACTC-TA-CTC-------TATCCTAT
gi|8 : gA-ACA-T-TG--CA-ATAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--AT---------------CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA------TGT--GC----C-AA--TG--A----TCATA-TA-CA-T---GTAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcT-TAC--TGCCTTGCA-T-CG----T-CAC-----G-TGGTA-----TCTTTCACACA-ATT--CTACTGAACAGT-ATTTCAT------A--T------TA-T-TACATA-CTTGTACG-T-A-CAACCCTCC--ATATTG-TTAACCAA-GCCATG-GC-AGC-----------------GTTA-CGATG-TAAA-TTG-G-----GTG-TATGT-TATGTACGT--------G-TG-TG----CAA-A-T--CG-TGCAGCAT-GT---CA-TTTG----------TGAAAGGGTCC--CTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
Alignments
lowQualScore : 11 222 2222 22222 11 2222 1 1 1 333333333 22222 1 22222222 1 1 1 1 1 111 1 11 111 111 11111 11111 11111 22222222222222222 1 111111 11 1 1111 1111111
lowQualScore : 88 111 3333 77777 1 66 4444 5 1 5 5 1 444444444 1 1 77777 2 7 33333333 7 6 3 3 7 3 3 7 5 7 555 6 6 2 99 6 3 6 7 6 8 99 1 6 444 0 0 8 333 5 77 0 5 5 0 4 88888 8 7777 00000 4 4 00000 4 55 55 55 44 77 3 3 55 7 3 4 4 4 55 6 3 3 3 55 55555555555555555 0 1 3 3 3 77777 2 2 5 44 333333 3 3 6666 3 3 00 3 888 3 555 3 3 44 444 44 0 4 8888 7777 8888888 5
lowQualScore : .. ... .... ..... . .. .... . . . . . ......... . . ..... . . ........ . . . . . . . . . . ... . . . .. . . . . . . .. . . ... . . . ... . .. . . . . . ..... . .... ..... . . ..... . .. .. .. .. .. . . .. . . . . . .. . . . . .. ................. . . . . . ..... . . . .. ...... . . .... . . .. . ... . ... . . .. ... .. . . .... .... ....... .
lowQualScore : 55 555 0000 00000 0 55 0000 5 0 0 0 0 555555555 0 0 77777 0 3 00000000 3 7 3 3 3 3 3 3 0 3 000 7 7 0 22 7 7 7 3 7 0 00 4 0 444 8 8 0 333 7 99 1 7 0 1 4 00000 0 7777 00000 0 0 88888 0 55 55 55 88 99 6 6 00 3 5 0 0 0 55 4 6 6 6 77 55555555555555555 9 7 3 3 1 77777 9 9 7 22 111111 1 1 5555 1 1 44 1 555 1 444 1 1 22 888 22 9 0 5555 8888 6666666 7
consensus : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
Reference ( family-1457 ) : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
gi|1 : TACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATA----TAATGTATTGCCAATAATAATGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTTTGCAAT-CAGGAATTT-GA------CTTCTCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACA--CCATAAT--C-T----GTATGA-GTAAATGGGA-ATAT-ACCTGTGTTGTTAAAGTG-GTAAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCG-CA-GTGGTATCTT-T--GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--ATATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCA-T-AACATATCC--TG-TTTGCA-TCTATGATTACAC-----G-TGGGA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--ACTTGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATG-TG-ACAACCAA-GCCATATTC-AGTT----------------GGTATTGAAGTTAAACTTG-A-----ATG-TAC-T-TG-GT--GT----T--AA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGG-C--TGAAAG----C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TACATC-------TAT-CTATCATA
gi|10 : tactaTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-ATTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT----T-AAAATG-TG----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---CA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT----ATCTATCTTGTAT-CTATCACA
gi|11 : -A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT------AAA-TG-TA----CTA-A-T--CA-T---GTAT-GT---TA-CTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-TC--CTAATTGAA-AATATAG-A----ATCT----ATC-------TAT-CTAcaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|12 : GGTG-TAAA-TTGTC-----ATG-TAC-C-TATGT--GTACCGT-TAG-TG-TA----CTA-A-TG-CA-TG--ACAC-GC---TA-TCTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CCTACT--TTTGGAAATAAAG-A----ATCC-Tatatatcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|13 : TGTATGTCAATT--ACA---AATAGTGCTAATGTATTG---A-AATAATTAGA-GCC----TTGCA-TCACCACATGGTATCTTTTGAAATGCA-GACTTTAAATTCATTTTTCATCctgttactggaacaagcgtttatactga
gi|14 : tgAGGA-TACACA----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ACTATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA-A-------------------G-T-A-CAACCCTCAATATATTG-AAAGCCAA-GCCATA-T----TG----------------G-TA-TGAGG-TAAA-Tcctccaacatt
gi|15 : TG-A-----ACA-TCC-TCTGT-T--GC----T-AAG-TG-TAAAAACTA-A-A--AA-G---ACAT-GTCTTTA-TTTGTAATGC----TGAAAAG---C--CTAATTTGG-AAT-AAG-A----ATCTATA-AT
gi|16 : TA-TAC-C-TGTGT--GT------AAG-TG-TA----TTA-AAT--CA-T---ACAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGAA-CC--TTAatcattcta
gi|17 : tattacatacataaaatat-TAAGA-TACACCTATGG-TGGTA--T-TTCTT-----CA-GTTAAGTACC----ATT-ATTACATA--C--A--T-AAA-ATA-T-TA--TA-C
gi|18 : AAGCCATTGCAT-T-AATATA-CATTGTACAT--AAACA-CCAGTATACTAAATTGCATCG-CA-GTGATATctgtgtg
gi|2 : TTG---TTACAACCCTCAATATATTTGTAAGCCA-AAAGCCATATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATATTACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGT-TAA-TG-AATTA-AT-T--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TATGCAATGCAGGGAATT-CAATTTTAATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTT-GCAAT-TAGGA-AACAC-----G-GTGTAATC-TGTCT-----CA--TT-ATTATT----ATTTGTTGCATG--C--A--TGAAA-CTA-T-TA--TACCAAGTTTG-T-A-CAA-CCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-TAAA-TTG-A-----ATT-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TGTTA----TCA-A-T--CA-T----TAT-GT---TA-TTTGTAATGCGC--TGAAAGGG-CT--CTAATTTGGAAATAAAGTAATCTATCT-TA-ATC-------TAT-
gi|3 : CAACTTTGCTTT-ACAACCCTCAATATATTG-TAAGCCA-AGC--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGATAT-T-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGTTAAT-TGATAT-GTA-AT--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TT-GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTTGACTT-AACATTATT-TCATT-AATAT-TTCCATGC-TTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-GTGTA--C-TCTTC-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TG--A-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAGGCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-T-AA-TTG-A-----ATGTTAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----TCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG--C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATC--TA-GTC-------TAT-CTATac
gi|4 : TGCATGTTAAT-TG-TATTGTA-AT--AATAAATGAGTGCT-T-AATTG-ATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATTAAATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACATG----G-TGGTA--CTTTCTT-----CA-GTT-ATT-T------TT-GTTGCATG--C--A--TG-AA-ATA-T-TA--TACCAAGTTTG-TAA-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGT-----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA--T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CATT---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CT-ATTTGG-Aac
gi|5 : ATTACAT---AGC-TT-TAGTGTATATGCAATAT-TTAATTCCCT-----GCATTGTCACGTGGTATCCCCT--GCAAAGCACG-AGTTATAATT-----ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA---AACTT-TCC--TACTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GATAGCA--T-TACTT-----TA-GTT-AACATT----A-------CATGTAC--A--TAAAGTATATT-TG--TA-CAA----A-T-A-CAACCTTAC--ATATTGTTCAACAAG-GCCAAA-CC-AGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTA-TGATA-TCAA-TTG-A-----AAG-TGC-T-TGTta
gi|6 : actatttatgcatacagatttatgtatataaATA-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GGTGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-GTAATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA--TA-T-TA--TA-C----TTG-T-A-CAACTCTTA--ATATTG-TAAACCAA-GACATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-C-TGTGT--GT----TAAAA-TG-TG----CTA-A-TTATA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTGATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATATATAGATC-------TAT-
gi|7 : -----G-TGGTA--C-TTCTT-----CACGTT-ATTAT-----ATT-GTTGCATG--CCAA--TGAAA--TA-TCTA--TA-CAAGTTTGGT-AACAACCCTCA--AT-TTG-TAA-CCAA-GCCATA-TCCAGTG----------------GTTA-TGAAG-TAA--TTG-ACACTGATA--AC-TGTGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---A-ATAGT---TAGTTTGTAATGG-CTGTGAAAGG---C--CTAATTTGGCAATAAAG-A----ACTC-TA-CTC-------TATCCTAT
gi|8 : gA-ACA-T-TG--CA-ATAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--AT---------------CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA------TGT--GC----C-AA--TG--A----TCATA-TA-CA-T---GTAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcT-TAC--TGCCTTGCA-T-CG----T-CAC-----G-TGGTA-----TCTTTCACACA-ATT--CTACTGAACAGT-ATTTCAT------A--T------TA-T-TACATA-CTTGTACG-T-A-CAACCCTCC--ATATTG-TTAACCAA-GCCATG-GC-AGC-----------------GTTA-CGATG-TAAA-TTG-G-----GTG-TATGT-TATGTACGT--------G-TG-TG----CAA-A-T--CG-TGCAGCAT-GT---CA-TTTG----------TGAAAGGGTCC--CTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta
blockSeqs : . . GTGC A T A . . A G . C AAATTCATT A C CTTT G A AAAGCCA A G . T A T . T G T GTT A A C GC A C A T C C AT G T TTA A TTA . CA A . . CTATG A ATC TCACA C A TGAAC T TA CA . GA TA T C CA C A G A A AT A T G . CA GCGTGTTGTGATGACAA T T . . T CACTG T G C AC ACCGT A T AAAA T A TA T GCA A CTT G G TG GTC TA A T ATCT ATAG TATCTTG C
blockSeqs : TT . A AGCC A G . . . . . T . T GTT . . T . . T . T C . T G T TA . TT . . . . . A G CT . . . T . . . . GA A . . . C A . . . . G . . . A G T T . . . . . . G . TA . . . . . G . G . . . . . GC . A . . ATA . .
blockSeqs : . T GT . . T . . T . T C . . A A TA . TT . . . . . G . C . . . C . . . . AA A . . . . A . . . . G . . . A G . G . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . GT . C . . TA . .
blockSeqs : . T . . . . . C . T C . . C . . . TA . . . . . . . T . . . T . . . . GA C . . . . A . . . . G . . . A G . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GC . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . GA A . . . . A . . . . A . . . A G . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AC . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . T . . . . A A . . . . T . . . . A . . . A G . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . T . . . . G A . . . . T . . . . A . . . A G . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GC . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . GC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GT* TA* TT* ** GC* TA**
originalCons : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
finalCons : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTTA-ATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGGC-C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCTTA--ATC-------TAT-CTATCACA
Alignments
lowQualScore : 11 222 2222 22222 11 2222 1 1 1 333333333 22222 1 22222222 1 1 1 1 1 111 1 11 111 111 11111 11111 11111 22222222222222222 1 111111 11 1 1111 1111111
lowQualScore : 88 111 3333 77777 1 66 4444 5 1 5 5 1 444444444 1 1 77777 2 7 33333333 7 6 3 3 7 3 3 7 5 7 555 6 6 2 99 6 3 6 7 6 8 99 1 6 444 0 0 8 333 5 77 0 5 5 0 4 88888 8 7777 00000 4 4 00000 4 55 55 55 44 77 3 3 55 7 3 4 4 4 55 6 3 3 3 55 55555555555555555 0 1 3 3 3 77777 2 2 5 44 333333 3 3 6666 3 3 00 3 888 3 555 3 3 44 444 44 0 4 8888 7777 8888888 5
lowQualScore : .. ... .... ..... . .. .... . . . . . ......... . . ..... . . ........ . . . . . . . . . . ... . . . .. . . . . . . .. . . ... . . . ... . .. . . . . . ..... . .... ..... . . ..... . .. .. .. .. .. . . .. . . . . . .. . . . . .. ................. . . . . . ..... . . . .. ...... . . .... . . .. . ... . ... . . .. ... .. . . .... .... ....... .
lowQualScore : 55 555 0000 00000 0 55 0000 5 0 0 0 0 555555555 0 0 77777 0 3 00000000 3 7 3 3 3 3 3 3 0 3 000 7 7 0 22 7 7 7 3 7 0 00 4 0 444 8 8 0 333 7 99 1 7 0 1 4 00000 0 7777 00000 0 0 88888 0 55 55 55 88 99 6 6 00 3 5 0 0 0 55 4 6 6 6 77 55555555555555555 9 7 3 3 1 77777 9 9 7 22 111111 1 1 5555 1 1 44 1 555 1 444 1 1 22 888 22 9 0 5555 8888 6666666 7
consensus : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
Reference ( family-1457 ) : NNNNNTACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATAGTGCTAATGTATTGCCAATAATAATNAGNTGCCCTAATTGCAATCGCCACGTGGTATCTTTTGNAATGCAGGANTTTAGATTCATTCTTCNCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAANTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGGTAAGCCA-AAN--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATAT-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TA-ATC-------TAT-CTATCACA
gi|1 : TACTCGTATATTAACGGATGTATGTCAGTTTAACATTAAATA----TAATGTATTGCCAATAATAATGAGCTGCCCTAATTGCAATCGTCACGTGGTATCTTTTGCAAT-CAGGAATTT-GA------CTTCTCCAGATATTTCATTAAATATTCCTGCTTCTGCATATGATACCACGATGTACTTCTTCATTATATAACTTATCTGTTGCAGACATGAAATTTTTACAAAAGTTTGTACAACCTCAATATATGTAGCCAAGCCATATTGTATGAGTAAATGGATAATACCTGTGTGTTAAAAGGTGTGCAATTATGCATGTTAATTATATTGTAATCAGAAATGAGTGTGCCCTTAATTGAACATCGTCACGTGGTACTTTGCAATCGCGGATTTTGAATTTTATTTTTTATTAGATATTCCTGCTTTGCATATAGGAATTACACGTGACTATCCAATTATTATCTATTTGCATACATAAAATTACACAAGTTTG---T-ACAACCCTCAATATATTGACA--CCATAAT--C-T----GTATGA-GTAAATGGGA-ATAT-ACCTGTGTTGTTAAAGTG-GTAAGGCTATTGCATGT-AAT-TG-TATTGTACAT--AATAA-TGAGTGCCCT-AATTGCATCG-CA-GTGGTATCTT-T--GCAATGCTAGGAATTTCAATTT--ATATAATTTTCTTTGACTTAAACATTATT-TCA-T-AACATATCC--TG-TTTGCA-TCTATGATTACAC-----G-TGGGA--C-TTCTT-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--ACTTGAAA-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATG-TG-ACAACCAA-GCCATATTC-AGTT----------------GGTATTGAAGTTAAACTTG-A-----ATG-TAC-T-TG-GT--GT----T--AA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGG-C--TGAAAG----C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT-TACATC-------TAT-CTATCATA
gi|10 : tactaTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-ATTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT----T-AAAATG-TG----CCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---CA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATCT----ATCTATCTTGTAT-CTATCACA
gi|11 : -A-----ATG-TAC-T-TATGT--GT------AAA-TG-TA----CTA-A-T--CA-T---GTAT-GT---TA-CTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-TC--CTAATTGAA-AATATAG-A----ATCT----ATC-------TAT-CTAcaaatgtatatggaaagatgtataggattattttataa
gi|12 : GGTG-TAAA-TTGTC-----ATG-TAC-C-TATGT--GTACCGT-TAG-TG-TA----CTA-A-TG-CA-TG--ACAC-GC---TA-TCTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CCTACT--TTTGGAAATAAAG-A----ATCC-Tatatatcttgtacaggaatatagaatgtacatgtaagcttaaccactttaaatgta
gi|13 : TGTATGTCAATT--ACA---AATAGTGCTAATGTATTG---A-AATAATTAGA-GCC----TTGCA-TCACCACATGGTATCTTTTGAAATGCA-GACTTTAAATTCATTTTTCATCctgttactggaacaagcgtttatactga
gi|14 : tgAGGA-TACACA----G-TGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-ACTATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA-A-------------------G-T-A-CAACCCTCAATATATTG-AAAGCCAA-GCCATA-T----TG----------------G-TA-TGAGG-TAAA-Tcctccaacatt
gi|15 : TG-A-----ACA-TCC-TCTGT-T--GC----T-AAG-TG-TAAAAACTA-A-A--AA-G---ACAT-GTCTTTA-TTTGTAATGC----TGAAAAG---C--CTAATTTGG-AAT-AAG-A----ATCTATA-AT
gi|16 : TA-TAC-C-TGTGT--GT------AAG-TG-TA----TTA-AAT--CA-T---ACAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGAA-CC--TTAatcattcta
gi|17 : tattacatacataaaatat-TAAGA-TACACCTATGG-TGGTA--T-TTCTT-----CA-GTTAAGTACC----ATT-ATTACATA--C--A--T-AAA-ATA-T-TA--TA-C
gi|18 : AAGCCATTGCAT-T-AATATA-CATTGTACAT--AAACA-CCAGTATACTAAATTGCATCG-CA-GTGATATctgtgtg
gi|2 : TTG---TTACAACCCTCAATATATTTGTAAGCCA-AAAGCCATATTGGTATGAGGTAAAT-GGA-ATATTACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGT-TAA-TG-AATTA-AT-T--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TATGCAATGCAGGGAATT-CAATTTTAATATAATTTTCTTTGACTTAA-CATTATT-TCATT-AATAT-TCC--TGCTT-GCAAT-TAGGA-AACAC-----G-GTGTAATC-TGTCT-----CA--TT-ATTATT----ATTTGTTGCATG--C--A--TGAAA-CTA-T-TA--TACCAAGTTTG-T-A-CAA-CCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-TAAA-TTG-A-----ATT-TAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TGTTA----TCA-A-T--CA-T----TAT-GT---TA-TTTGTAATGCGC--TGAAAGGG-CT--CTAATTTGGAAATAAAGTAATCTATCT-TA-ATC-------TAT-
gi|3 : CAACTTTGCTTT-ACAACCCTCAATATATTG-TAAGCCA-AGC--C-TATTGGTATGAGGTAAAT-GGATAT-T-ACCTGTG-TGTTAAAGTGTGCTAG-TTAT-GCATGTTAAT-TGATAT-GTA-AT--AATAA-TGAGTGCCTT-AATTGCATCGTCACGTGGTATCTT-TT-GCAATGCAGGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTTGACTT-AACATTATT-TCATT-AATAT-TTCCATGC-TTGCA-T-TAGGA-TACAC-----G-GTGTA--C-TCTTC-----CA-GTT-ATTATT----ATT-GTTGCATG--C--A--TG--A-ATA-T-TA--TA-CAAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAAGGCCATA-CC--GTG----------------GTTATTGAAG-T-AA-TTG-A-----ATGTTAC-T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----TCA-A-T--CA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG--C--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATC--TA-GTC-------TAT-CTATac
gi|4 : TGCATGTTAAT-TG-TATTGTA-AT--AATAAATGAGTGCT-T-AATTG-ATCGTCACGTGGTATCTT-T--GCAATGCAAGGAATTTCAATTT-AATATAATTTTCTTCGACTTAAACATTATT-TCATTAAATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACATG----G-TGGTA--CTTTCTT-----CA-GTT-ATT-T------TT-GTTGCATG--C--A--TG-AA-ATA-T-TA--TACCAAGTTTG-TAA-CAACCCTCA--ATGTTG-TAAACCAA-GCCATA-TC-AGT-----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA--T-TGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CATT---ATAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAAAGGG-CC--CT-ATTTGG-Aac
gi|5 : ATTACAT---AGC-TT-TAGTGTATATGCAATAT-TTAATTCCCT-----GCATTGTCACGTGGTATCCCCT--GCAAAGCACG-AGTTATAATT-----ATTATTTTCTCCCCCTCAAAAAGTATGACCA---AACTT-TCC--TACTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GATAGCA--T-TACTT-----TA-GTT-AACATT----A-------CATGTAC--A--TAAAGTATATT-TG--TA-CAA----A-T-A-CAACCTTAC--ATATTGTTCAACAAG-GCCAAA-CC-AGTGCGTGTTGTGATGACAAGTTA-TGATA-TCAA-TTG-A-----AAG-TGC-T-TGTta
gi|6 : actatttatgcatacagatttatgtatataaATA-AATAT-TCC--TGCTTTGCA-T-TAGGA-TACAC-----GGTGGTA--C-TTCTT-----CA-GTT-GTAATT----ATT-GTTGCATA--C--A--TGAAA--TA-T-TA--TA-C----TTG-T-A-CAACTCTTA--ATATTG-TAAACCAA-GACATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TAC-C-TGTGT--GT----TAAAA-TG-TG----CTA-A-TTATA-T---ATAT-GT---TA-TTTGTGATGC-C--TGAAAGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATATATAGATC-------TAT-
gi|7 : -----G-TGGTA--C-TTCTT-----CACGTT-ATTAT-----ATT-GTTGCATG--CCAA--TGAAA--TA-TCTA--TA-CAAGTTTGGT-AACAACCCTCA--AT-TTG-TAA-CCAA-GCCATA-TCCAGTG----------------GTTA-TGAAG-TAA--TTG-ACACTGATA--AC-TGTGTGT--GT----T-AAA-TG-TA----CCA-A-T--CA-T---A-ATAGT---TAGTTTGTAATGG-CTGTGAAAGG---C--CTAATTTGGCAATAAAG-A----ACTC-TA-CTC-------TATCCTAT
gi|8 : gA-ACA-T-TG--CA-ATAGTTTG-T-A-CAACCCTCA--AT---------------CCATA-TC-AGTG----------------GTTA-TGATG-TAAA-TTG-A-----ATG-TA------TGT--GC----C-AA--TG--A----TCATA-TA-CA-T---GTAT-GT---TA-TTTGTAATGC-C--TGAATGGG-CC--CTAATTTGG-AATAAAG-A----ATaa
gi|9 : ttgttcctcacatcT-TAC--TGCCTTGCA-T-CG----T-CAC-----G-TGGTA-----TCTTTCACACA-ATT--CTACTGAACAGT-ATTTCAT------A--T------TA-T-TACATA-CTTGTACG-T-A-CAACCCTCC--ATATTG-TTAACCAA-GCCATG-GC-AGC-----------------GTTA-CGATG-TAAA-TTG-G-----GTG-TATGT-TATGTACGT--------G-TG-TG----CAA-A-T--CG-TGCAGCAT-GT---CA-TTTG----------TGAAAGGGTCC--CTAATagattctatgttcatgatacacgtatttctgaatgtacaatagaattgtacttttttataacttta