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lowQualScore                  :          .    ..........   ...    ....      ...    ....    .    .... ......  ........ . .     .... ..............     . ..   .....    .      ..    . .  ..  ..       .   ..     .... .. ..  .... .. ..     ...  .         .  ..............................      .    ......      ... .      .  ...... ..     ..   .         .. .   .  .      
lowQualScore                  :          7    4444444444   333    3333      000    3333    5    3333 222222  11111111 5 5     3333 99999999999999     5 44   66666    5      77    5 5  44  99       5   00     3333 99 99  6666 44 44     111  5         2  777777777777777777777777777777      3    888888      666 9      9  222222 99     66   0         22 3   7  0      
consensus                     :      TTTA-CTAC----------AGCA--TTCT---GTCGTAA---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-ATTTTA-TTATTT--ACAA-C-AA--CAC-CCTATAA-AATC-ACGCC----T--A--TGG---T--T-CCTTTC---TT-AAAGGACAG-AAACT---TGTTCT---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TNTAT-AGTATTCTC
Reference ( gi|2 )            :      TTTA-CTAC----------AGCA--TTCT---TTCGTAA---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATGATTTTA-TTATTT--ACAA-C-AA--CAC-CCTATAA-AATA-ACGCC----T--A--TGA---T--T-ACTTTC---TT-AAAGGACAG-AATCT---TGTTCT---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--TA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGTTAGAAAATGT-TGTAT-AG-ATTCTC
gi|7                          :      TTTA-CTAC----------AGCT--TTCT---GTCGTAA---GTAA----CCAC-ACAA----C------TA--------A-A-TGTAA----T-----------A--TGAAT-C--AGTAT---TTTA-TTCTTT--ACAA-C-AA--CAC-CCTATAA-AATC-ACGCC----T--A--TGA---TGTT-CCTTTC---TT-AAAGGACAG-AAACT---TGTTCT---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTATG-GT------G--ACCAC--GT
gi|8                          :    atTTTA-CTAC----------AGCT--TTCT---GTCGTAA---GTAA----CCAC-ACAA----C------TA--------A-A-TGTAA----T-----------A--TGAAT-C--AGTA----TTTA-TTCTTT--ACAA-C-AA--CA--CCTATAA-AATC-ACGCC----T--A--TGATGTT--T-CCTTTC---TTAAAAGGACAGAAAACT---TGTTCT---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-TCC-TGTATG-GT------G--ACCAC--GT
gi|5                          :      TTTA-CTAC----------ACCA--GTCT---GTCGTAA---GTAA----CAAT-ACAG----C------TA--------T-A-TCTAA----TTATTTTAAAATA-TTAAGT-C--AGTAT---TTTA-TTATTC--ACAA-------CAC-CCTATAA-AATC-ATGTC----T--A--TGG---T--A-CCTTTC---TT-AAAGGACAG-AAACG---TGTTCT---CGTAAAC--TT----TAATTT-ATTT--CA--TATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACC
gi|3                          :     tTTTA-CTACTGGTGTTAATAGC---TTCT---GTCATAAAAAGTAA----CAAC-ACAATAACC------TACAATGTATA-A-TCTAAAATAT-----------G-TTAAATTC--AGT-T-ATTCTAGTTATTT--ACA--C-AA--T---CCTATAA-ATC---CGCC----T--AA-TGG---T--T-CCTTTT---CT-TAAGGACAG-AA-CT---TGTTCT---TT----C--TT----AACTTT-ATTTCACA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--
gi|10                         :     aTTTAGCTA-----------AGCAGATTCTGTCTTCGTAA-----AA----CAAC-ACAA----C-------A--------T-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AG------------TATTT--ACAA-C-AA--CAC-ACTA-AA-AATC-AC-CC----C--A--TGG---T--T--CTTTC---TC-AAta
gi|19                         : aaaatTTTG-CTAC----------AGCA--TTCC---ATCGAAA---GTAATGTTCAAC-ACAA----C------TG-------------C-------T-----------A-GTAAAT-C--AGT---ATTTTA-TTATttctgtaggtgacccgtgctagaaaatgcatatacgagtattctcgt
gi|15                         :      TTTA--TAC----------AGCA--TTCT---GTC----------A----CACT-ACA-----C------TA--------A-A-T--------------------A-GTAAAT----------------------T--ACAA-C-AATACGC-TCTACAA-AATCCACGCC----TT-A--TGG---T--T-CCTTTC---TT-AAAGGACA
gi|13                         :           tTAC----------AGCA--TTCT---GTCGTAA---GTAA----CAACCAAAA----C------TA--------A-AATCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATAATTTTA-TTA-------------------------------G-ACGCC----T--A--TGG---T--T-GCTTTC---TT-AAGGGACAG-AAACT---TGTTCT---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTatgctgtagggtgaccacgtg
gi|11                         :             AC----------AGAA--TTTT---GTCGTTC---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TATAA----T-----------G-TTAAAT-C--------------------T--ACAA-C-AA--CAC-CCTATAA-CATC-ACGCC----T--A--TGG---T--T-CCTTTC---TT-ACAGGACGG-AATC----------------------------AATTT-----------------------TGTAGG-GT------G--AGCAC--GTGCTAGAAAATGC-TATAT-AGTATTCTC
gi|6                          :                                       gCGTAA---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------T-ATAAAT----AGTAT-ATTTCA-TTATTTTTACAAAC-AA--CAT-CCTATAA-AATA-ACGCC----T--A--TGG---T--T-ACTTTC---TT-AAAGGACAG-AAACT---TG-TCT---C-----C--TT----A--TTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG---------G--ACCAC--GTGCTAG-AAATGT-TGTAT-AGTATTCCCgt
gi|9                          :                                         GTAC---GTAA----CAAC-GCAA----C------TA--------A-A-TCTAA----C-----------A-GTAAAT-C--AGC---ATTTTA-TTATTT-----A-C-AA--CAC-CCTATAA-AGTC-ACGCC----TAGA--TGT---T--T-CCTTTC---TT-AAAAGACAG-AATC----------------------------AATT----------------------C-TGTAGG-GTTACCACGTTACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TTTAT-AGTATTCTCg
gi|1                          :                                          TGA---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------ACA-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATAATTTTA-TTATAT--ACAA-C--A--C-C-CCTATAACAATA-ACGCC----T--ATTTGGTT-T--T-ACTTTTCAATT-AAAGAGCAGAAAGCT---TGTTCTCAAC-----C--TT----AACTTTAATTT--CAAGCAGCATAT-CTTGTAGGCGT------G--ACCACTTGTGCTAGAAAATGT-Tgt
gi|18                         :                                          gtA---GTAA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-TTACAT-C--AGT---ATTCTA-TTATTT--ACAA-C-AA--CA------------------CC----T--A--TGG---T--T-CCTTTC---TT-tgttagttatttctcgt
gi|12                         :                                             ---GTAA----CAAC-ACAG----C------TA--------A-A-TTTAA----T-----------A-TTAAAT-C--AGTAT---TTTA-ATATTT--ACAA-C-AA--CAC-ACTATAA-AATC-ACACC----T--A--TGG---T--T-CCTTTC---TT-AAAGAACAG-AATC----------------------------AATT----------------------C-TGTAGG-AT------G--AACAC--GTGCTAGAAAAAGC-ACTAT-AGTATTCTC
gi|4                          :                                              ttcTAA----CAAC-ACAA----CCTAATGTA--------A-A-TCTAA----T-----------AAGTAAAT-CTCAGTTC--TTTTA-TTATTT--ACAA-CAAA--CACACCTAT-A-CATC-ACGCC----T--A--TGG---T--TCGCTTTC---TT-AGAG--CAG-AA-ATAAATGTTTT---C-----T--GTCTGAAACTTT-ATTT--CAT-CATCAT-T-C-TCTAGG-GT------G--A-CAC--GTGCTAGAAAATGC-TGTAT-AGTATTCTCg
gi|16                         :                                                  AA----CAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--ATTATAATTTTA-TTATTT--ATAA-C-AA--CAT-CCTATAA-AATA-ACCCC----T--A--TGG---T--T-ACTTTC---TT-AAAGGACAG-AAgt
gi|20                         :                                                                                                                                                 CAA-C-AA--CAC-CCTATAA-AATC-ACGCCTATAT--A--TGG---T--T-CCTTTC---a
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                        TTTC---T---AAGGACAG-GAACT---TCTTCT---C-----CCTTT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAAG-GT------C--ACCAA--GTGCTAGACAATGC-TTTAT-AGTATTCTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                tAT-T-C-TGTAGG--T------G--ACC-C--GTGCTAGAAAATGCATATACGAGTATTCTCg
gi|15                         :                                                                                                                                                                      aaaattttagctaagcagattctgtcttcgtaaaacaacacaacatatctaatagtaaatcagtatttacaacaacacactaaaaatcaccccatggttctttctcaAT-G-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCTGTTCGTTACACGAACACAACTAAATATAATCGTTAAAGTCTACAAACAACACCTGGCTTTATACCATCGCCTATGGTTCTCTTTCTACAGGCAACGGAATCAATTTTGTAGGGTGAGCAC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                               0   55 5555555555   1      3 444    444   2 7777 2   2    7777 444444  11111111 2 2     7777 66666666666666     2 11  3333333    2      22    4   33  33  66666     2    2     7777 33 33  11 999  77777     99  2     44    7  6666666  3  1 888888888888888888 3    9    99  666 4   7 7 7      7  777777 77     22              4 0   4  4  4     
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Reference ( family-1444 )     :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCATTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-A-TTTTA-TTATTT--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-AATC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TNTAT-AG-TA-TTCTC
gi|1                          :                                                                                                                                TGA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------ACA-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATAA-TTTTA-TTATAT--ACAA-C-A--C-C-CC-----TATAACAATA-ACGCC----T--ATTTG--G---TTTTAC-TTTTCAATT-AAAGA--GCAG-AAAGCT---TGTTC-TCAAC-----C--TT----AACTTTAATTT--CAAGCAGCATAT-CTTGTAGGCGT------G--ACCACTTGTGCTAGAAAATGT-TTGTT-AGTTATTTCTC
gi|10                         :                                                                                         gtTTTAGCTAAGC----------AG-ATTCTGT-CTTCGTAA-----A-A----C-AAC-ACAA----C-------A--------T-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-------------TT--ACAA-CAA--CAC-AC-----TA-AA-AATC-AC-CC----C--A--TG--G---TT-----CTTTC--TC-AAgt
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gi|11                         : aaaattttagctaagcagattctgtcttcgtaaaacaacacaacatatctaatagtaaatcagtatttacaacaacacactaaaaatcaccccatggA--C----------AGAATTTTGT-C---GTTC---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TATAA----T-----------G-TTAAAT-C---------------------T--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-CATC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-ACAGG--ACGG-AA------------------------------------------T--CA------AT-T-T-TGTAGG-GT------G--AGCAC--GTGCTAGAAAATGC-TATAT-AG-TA-TTCTCgt
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAT-G-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGatgctgtagggtgaccacgtg
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gi|4                          :                                                                                                                                      aTA-A----C-AAC-ACAA----CCTAATGTA--------A-A-TCTAA----T-----------AAGTAAAT-CTCAGT-T-C-TTTTA-TTATTT--ACAA-CAAA-CACACC-----TATAC-A-TC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---CGCTTTC--TT-AGAG----CAG-AAA--TAAATGTTT-T---C-----T--GTCTGAAACTTT-ATTT--CAT-CATCAT-T-C-TCTAGG-GT------G--A-CAC--GTGCTAGAAAATGC-TGTAT-AG-TA-TTCTCta
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Reference ( family-1444 )     :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCATTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-A-TTTTA-TTATTT--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-AATC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TNTAT-AG-TA-TTCTC
gi|1                          :                                                                                                                                TGA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------ACA-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATAA-TTTTA-TTATAT--ACAA-C-A--C-C-CC-----TATAACAATA-ACGCC----T--ATTTG--G---TTTTAC-TTTTCAATT-AAAGA--GCAG-AAAGCT---TGTTC-TCAAC-----C--TT----AACTTTAATTT--CAAGCAGCATAT-CTTGTAGGCGT------G--ACCACTTGTGCTAGAAAATGT-TTGTT-AGTTATTTCTC
gi|10                         :                                                                                         gtTTTAGCTAAGC----------AG-ATTCTGT-CTTCGTAA-----A-A----C-AAC-ACAA----C-------A--------T-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-------------TT--ACAA-CAA--CAC-AC-----TA-AA-AATC-AC-CC----C--A--TG--G---TT-----CTTTC--TC-AAgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaatTT-CTTT--CT--CA--AT-T-C-TGTAGG--T------G--ACC-C--GTGCTAGAAAATGCATATACGAG-TA-TTCTCttctgtaggtgacccgtgctagaaaatgcatatacgagtattctcgt
gi|11                         : aaaattttagctaagcagattctgtcttcgtaaaacaacacaacatatctaatagtaaatcagtatttacaacaacacactaaaaatcaccccatggA--C----------AGAATTTTGT-C---GTTC---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TATAA----T-----------G-TTAAAT-C---------------------T--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-CATC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-ACAGG--ACGG-AA------------------------------------------T--CA------AT-T-T-TGTAGG-GT------G--AGCAC--GTGCTAGAAAATGC-TATAT-AG-TA-TTCTCgt
gi|12                         :                                                                                                                                  g---GTA-A----C-AAC-ACAG----C------TA--------A-A-TTTAA----T-----------A-TTAAAT-C--AGTAT----TTTA-ATATTT--ACAA-CAA--CAC-AC-----TATAA-AATC-ACACC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-AAAGA--ACAG-AA------------------------------------------T--CA------AT-T-C-TGTAGG-AT------G--AACAC--GTGCTAGAAAAAGC-ACTAT-AG-TA-TTCTCgt
gi|13                         :                                                                                              ttcTA--C----------AGCATTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-AACCAAAA----C------TA--------A-AATCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTAT-AATTTTA-TTAG------------------------------------ACGCC----T--A--TG--G---TT---G-CTTTC--TT-AAGGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTg
gi|14                         :                                                                                                                     TCTGTTC---GT------TACA----CGAAC-ACAA----C------TA--------A-A-TATAA----T-----------C-GTTAA-----AGT---------------CT--ACAAACAA--CAC-CTGGCTTTATAC-CATC---GCC----T--A--TG--G---TT---CTCTTTC---T-ACAGGCAACGG-AA
gi|15                         :                                                                                          gTTTA--TA--C----------AGCATTCTGT-C--------------A----C-ACT-ACA-----C------TA--------A-A-T--------------------A-GTAAAT-----------------------T--ACAA-CAATACGC-TC-----TACAA-AATCCACGCC----TT-A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAtcaattttgtagggtgagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAT-G-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGatgctgtagggtgaccacgtg
gi|16                         :                                          ttttatacagcattctgtcacactacactaaatagtaaattacaacaatacgctctacaaaatccacgccttatggttcctttcttaaaggacaA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--ATTAT-AATTTTA-TTATTT--ATAA-CAA--CAT-CC-----TATAA-AATA-ACCCC----T--A--TG--G---TT---A-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTTC--T---AAGG--ACAG-GAA-CT---TCTTC-T---C-----CCTTT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAAG-GT------C--ACCAA--GTGCTAGACAATGC-TTTAT-AG-TA-TTCTC
gi|18                         :                                                                                                                                 tA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-TTACAT-C--AG--T-A-TTCTA-TTATTT--ACAA-CAA--CA-----------------------CC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-g
gi|19                         :                                                                                           TTTG-CTA--C----------AGCATTCCAT-C---GAAA---GTA-ATGTTC-AAC-ACAA----C------TG-------------C-------T-----------A-GTAAAT-C--AG--T-A-TTTTA-TTAT
gi|2                          :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCATTCTTT-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGTATGA-TTTTA-TTATTT--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-AATA-ACGCC----T--A--TG--A---TT---A-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAT-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--TA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGTTAGAAAATGT-TGTAT-AG--A-TTCTC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                          CAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-AATC-ACGCCTATAT--A--TG--G---TT---C-CTTTC--
gi|3                          :                                                                                           TTTA-CTA--CTGGTGTTAATAGC-TTCTGT-C---ATAAAAAGTA-A----C-AAC-ACAATAACC------TACAATGTATA-A-TCTAAAATAT-----------G-TTAAATTC--AGT-T-A-TTCTAGTTATTT--ACA--CAA--T---CC-----TATAA-A-TC--CGCC----T--AA-TG--G---TT---C-CTTTT--CT-TAAGG--ACAG--AA-CT---TGTTCTT---T-----C--TT----AACTTT-ATTTCACA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--
gi|4                          :                                                                                                                                      aTA-A----C-AAC-ACAA----CCTAATGTA--------A-A-TCTAA----T-----------AAGTAAAT-CTCAGT-T-C-TTTTA-TTATTT--ACAA-CAAA-CACACC-----TATAC-A-TC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---CGCTTTC--TT-AGAG----CAG-AAA--TAAATGTTT-T---C-----T--GTCTGAAACTTT-ATTT--CAT-CATCAT-T-C-TCTAGG-GT------G--A-CAC--GTGCTAGAAAATGC-TGTAT-AG-TA-TTCTCta
gi|5                          :                                                                                           TTTA-CTA--C----------ACCAGTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-AAT-ACAG----C------TA--------T-A-TCTAA----TTATTTTAAAATA-TTAAGT-C--AGTAT----TTTA-TTATTC--ACAA------CAC-CC-----TATAA-AATC-ATGTC----T--A--TG--G---TA---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CG---TGTTC-T---CGTAAAC--TT----TAATTT-ATTT--CA--TATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCgt
gi|6                          :                                                                                                                         t-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------T-ATAAAT----AGTAT-A-TTTCA-TTATTTTTACAAACAA--CAT-CC-----TATAA-AATA-ACGCC----T--A--TG--G---TT---A-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TG-TC-T---C-----C--TT----A--TTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG---------G--ACCAC--GTGCTAG-AAATGT-TGTAT-AG-TA-TTCCC
gi|7                          :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCTTTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-CAC-ACAA----C------TA--------A-A-TGTAA----T-----------A--TGAAT-C--AGTAT----TTTA-TTCTTT--ACAA-CAA--CAC-CC-----TATAA-AATC-ACGCC----T--A--TGATG---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTATG-GT------G--ACCAC--GTg
gi|8                          :                                                                                         atTTTA-CTA--C----------AGCTTTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-CAC-ACAA----C------TA--------A-A-TGTAA----T-----------A--TGAAT-C--AGTA-----TTTA-TTCTTT--ACAA-CAA--CA--CC-----TATAA-AATC-ACGCC----T--A--TG--ATGTTT---C-CTTTC--TTAAAAGG--ACAGAAAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-TCC-TGTATG-GT------G--ACCAC--GT
gi|9                          :                                                                                                                            ---GTAC---GTA-A----C-AAC-GCAA----C------TA--------A-A-TCTAA----C-----------A-GTAAAT-C--AG--C-A-TTTTA-TTATTT-----A-CAA--CAC-CC-----TATAA-AGTC-ACGCC----TAGA--TG--T---TT---C-CTTTC--TT-AAAAG--ACAG-AA------------------------------------------T--CA------AT-T-C-TGTAGG-GTTACCACGTTACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TTTAT-AG-TA-TTCTC


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blockSeqs                     :                                                                                               .   .  .            A      . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    AAG                . .   TATAAT     .      .     A   A   C   .         .    .     .    T  .   .  .    CG        .   .     .     .  ACT         . CTGTCTGA                .    .   C   T   . . .      .  .      .      .               . A   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                               .   .  .            A      . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    AG                 . .   TATGAT     .      .     .   .   C   .         .    .     .    .  .   .  .    C         .   .     .     .  ACT         . CCCTTT                  .    .   C   T   . . .      .  .      .      .               . C   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                               .   .  .            A      . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    GT                 . .   TATAT      .      .     .   .   C   .         .    .     .    .  .   .  .    C         .   .     .     .  TCT         . CCTT                    .    .   C   T   . . .      .  .      .      .               . T   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                               .   .  .            A      . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    AT                 . .   TTAT       .      .     .   .   C   .         .    .     .    .  .   .  .    G         .   .     .     .  ACT         . CCTT                    .    .   C   T   . . .      .  .      .      .               . G   .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                               .   .  .            A      . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    AG                 . .   TTCT       .      .     .   .   C   .         .    .     .    .  .   .  .    C         .   .     .     .  ACG         . TCTT                    .    .   C   T   . . .      .  .      .      .               . G   .  .  .
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blockSeqs                     :                                                                                                                          . .      .     . .    .   .    .    .       .        . .     .    AT                 . .   TAT        .      .     .   .   C   .         .    .     .    .  .   .  .    C         .   .     .     .  .           . .                       .    .   C   .   . . .      .  .      .      .                            
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Reference ( family-1444 )     :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCATTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------A-GTAAAT-C--AGT---AT---TTTA-TTATTT--AC-AA-CAA--CAC-C-----CTATAA-AATC-ACGCC----T--A--TG--G---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG-GT------G--ACCAC--GTGCTAGAAAATGC-TNTAT-AG-TA-TTCTC
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gi|6                          :                                                                                                                         t-C---GTAA---GTA-A----C-AAC-ACAA----C------TA--------A-A-TCTAA----T-----------T-ATAAAT----AGT---ATAT-TTCA-TTATTTTTAC-AAACAA--CAT-C-----CTATAA-AATA-ACGCC----T--A--TG--G---TT---A-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TG-TC-T---C-----C--TT----A--TTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTAGG---------G--ACCAC--GTGCTAG-AAATGT-TGTAT-AG-TA-TTCCC
gi|7                          :                                                                                           TTTA-CTA--C----------AGCTTTCTGT-C---GTAA---GTA-A----C-CAC-ACAA----C------TA--------A-A-TGTAA----T-----------A--TGAAT-C--AGT---AT---TTTA-TTCTTT--AC-AA-CAA--CAC-C-----CTATAA-AATC-ACGCC----T--A--TGATG---TT---C-CTTTC--TT-AAAGG--ACAG-AAA-CT---TGTTC-T---C-----C--TT----AACTTT-ATTT--CA--CATCAT-T-C-TGTATG-GT------G--ACCAC--GTg
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