lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 22222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 33 333333333333333333 3333333333 1111111 4 22 555555555555555555 55 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 9999999999999999999999 22 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 5555555 1111 11 2222222 1 444 333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11111 1 4444444 222 222 222 3 222222222222222222222222222222222222222 2
lowQualScore : 8 99 55 3 66666666 4 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0000 33 1 999999999999999999 5 5 5555555555 0 8888888 77 0 5 5 5 44 5 888 77 888888888888888888 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6 7 3 2222222222222222222222 22 77 99 77 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 0 2 2 5 8888888 7777 11 3333333 0 666 555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 66666 66 0 0000000 88 333 0 5 888 6 5 444 4 000000000000000000000000000000000000000 3 0
lowQualScore : . .. .. . ........ . . . ............................................................................... . .... .. . .................. . . .......... . ....... .. . . . . .. . ... .. .................. .. ............................................................ . . . . ...................... .. .. .. .. . .......................................................................................................................................................... . . . . . ....... .... .. ....... . ... ...... .................................................................................................................................................................. .. ..... .. . ....... .. ... . . ... . . ... . ....................................... . .
lowQualScore : 3 22 55 6 22222222 4 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 6666 11 7 777777777777777777 7 7 4444444444 3 6666666 99 0 7 7 7 11 7 888 99 333333333333333333 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 3 7 7777777777777777777777 99 99 99 99 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 5 3 0 0000000 0000 00 7777777 5 000 777777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 22222 88 0 0000000 88 000 8 8 333 7 3 222 3 888888888888888888888888888888888888888 7 8
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A---CCGGTC--G---GTATT-TC-TTTACTTG---AATGAGG--A--AAAA---CAAC-CAA-----CG-----A--CAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--T-ACAG-C----A---GCAATAT-------T--CATGGCT-TCAC-ATCT-G-GGGTA-A---GAGTAAATTCG--GTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTT---------A-----TGA-A-G-A-ACAGACGTAAAGCAAT---GCGTT-ACGTT-----TATTGAATAANCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCT---TA--CGCGTA-GCATTTTGTGCA--AACA-GTA--ACGGAGCCCCAA-C--------C-C--AGAATAGCATGC-ACGTG-A--GTAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GAC-GC-CAGAT-GCA-TC--TG--CGCGG---A-ATANGACGACA---TCAAATTCACCT-AA-C-AAA-GTT--AGTG-A-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCGTACCC--GCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGGAAAATNATGAA-AAAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-TGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTCATNTT-----CAA-GTCATAAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AAT-ATCATNCAGATTCAAACNTTTTGCC-CGATATCGCGAC-GA-C--ACATTCAAAAGT---CGTGCA-------CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAA-C-ANT-TTACCGGTCCTCATGGACCG-C-TTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAAAATAT--TTACCGGTTTT--------TT-ANA-------CCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( gi|1 ) : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A---C-GGTC--T---GTATTATC-TTTATTTGGAAAATGAGG--A--AACA---CAAC-CCG-----CA-----A--CCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGT-ACAG-C----A---GTAATAT-------T--CATGGCTGTCAC-ATCT-G-GGA-A-A---GAGTAAATTCA--GTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTT---------A-----TGA-ATACAGACAGACATAAAACAATTTTACATTTACGTTTT---TATTGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATTTTGTGCA--AACAAGTA--ATGGGGTCCCAAAG--------C-C--GGAATACC-TGCGACGTACATTGTAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCATAAAC-GC-CAGATAGCAATC--TG--CATGG---A-ATTGGATGACA---TCGAATTCACCT-A--C-AAA-GTTACAGTGTACTCTTTAGTCAGCAGCTACCATTCATA-TC--G-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCATGTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTTGTATT-----CAA-GTCAT-GAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAAT-ATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACAAC-AAA---ACATTCAAAAGTT--CATGCA-ATAGT-CAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACTATT-TTACTGGTCCTTATGGACAGGC-TTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAATCTATA-TTACCGGTTTT--------TTTACC-------CCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTG-A-----A--GAAAT-ATT-T-A---CTGGT---T---GAAATTTC-TTT-----GAAATTGAAG--A--AAAAG--CAAC---------AA-----A--CAAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGAT---AT-TG-A--CT--GT-ACAG-C----G-----AACAT-------T--CATGGCT-TCACAACCT-G-AGT-A-AGTCGAGTCAATTCA--GTC-CATTT-GTATGCTA-TCCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTAATATTGTCA-----TGA-GCGTATATAGACGTAAAGCAA--TTACGTTCATG-------TATTGAATAAACAGACTTG-TTTTCTGAAGGC-TGCT---TAGGTGCAT--GCA-TTTGTGC----ACA--TT--ACAGAGCCCCAACC--------C-C--AG-ATG---TGTGACGT------------CAAT-TTCCATTGAATT---------AC-AC-T-GAT-GC-ATCTGTG--CACGG---C-AT---ATGACAAAGTCGAATTCACCTAA--CAAAA-GTTGTATTG-A-----TAATTAGCAGCTTCCATCTGTA-CCT-GCTTATGATTCAA----AT--AT
gi|5 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggTGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A---CTGGTC--G---GTATT-TA-TTTACTT-------------------A---CAA-----------------A--CTAAA----GATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TTG--T-ACAG-C----A--------AT-------T------GCT-TCAC-ATCT-G-GGGTA-A---GAGTAAAGTCA--GTC------------------CACATGAATTTA-AATGCCTC---------A-----TG----------AAACATAGA---------------CGTT-------------AAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GCTTAGT---TGCGTA--CATTT-GTGCA--AACA-GTA--ATGGAGTCCCAAAC--------CTC--GGAATA----GC-ACGCAC---GTAACGTCGAT-TTCCATTAAA-----TCACAAACTGC-CAGAT-GCA-TC--TGTCCGCGG---C-ATATGATGACA---TCGAATTCACCT-AATT-AAA-GTT---GT------TTTA-TTATCAACTTCCATTCATA-CCCGA-ATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAAT
gi|7 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA---CTGGTC--G---GTATTAT--TCTACTTG---AATGAGG--ATTAA-A---CAAA-CAG------------A--CGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--T-ACAG-CGAGCA---ATAATAT-------T--CATGGCT-TTGC-AACT-G-GGGTA-A---GAGTAAAGTCA--GTC-CATTT
gi|6 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGGAATAGAAAAAATTTACT--GGTCgt
gi|14 : gtatttTGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-AC--C-GGTT--G---GTATT-TC-TTTACTTG---AATGAGG--G--AA-A----AAC-CAA-----CAAAAAGA--CAAAATAAGGATTT----AATaagaggaacagtgatttaataaaatttctggtctgaagaatattgtaccggttggtatctctttattgatgaggtaaaacaacaatccagataaaataagtttacaaattaatatttaacttgcaccacagtcatttatattatcctggctttaatctgggggtagagtaaattcatggtccgtttgtatgcatccgtggattttaatgtct
gi|16 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggTGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A---C---TC--TTCAGTAT--TC-TCAACTTG---AATGAGG--G--AAGA---AAACAAAG-----AG-----A--CAAAATAAAGAGTT----a
gi|9 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggTAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A---CCAGTC--G---GTATT-TC-TTTACTTG---AATGAGG--A--AAAA----AAC-CCAACAAACAG----A--CAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--T-ACAG-C----AAGCGCAATATAATATATT--CATGGCT-TTAC-ATCT-G-GGATA-A---GAGTAAATTCG--GTC
gi|6 : tttgaaatagaaaaaaatttgctggtcaagaggaccagtaaattaaTAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A---CCGGTT--G---GTATC-TC-TTTATT-----GATGAGGTAA--AACAA--CAAT-CCA------G-----A--TAAAATAAG--TTT----A----CAAATTAA-----TATTTAACTTGCACCACAGTC----A---TTTATAT-------TATCCTGGCT-TTA--ATCT-G-GGG-GTA---GAGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CATC---CGTGGATTT-TAATGTCT
gi|18 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagtgatttaaTAAGATTTACT--GGTCTG-A-----A--GAAAT-ATT-T-AC--C-GGTC--G---TTATT-TC-TCTACTTG---AATGAGG--
gi|21 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggtgatttaaTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCT-GGTCGAG---GTAT--TCATTTACTTG---AATGAgggaaaaaaa
gi|15 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagaggaattaa---GTATT-TC-TTTACTTG---AATGAGG--A--AAAAAATCAAC-AAA-----CA-----AGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTT--A---ATATTTA--CT--AT-ACAA-CA---A---GCAAAAT-------T--CATGGCT-TCAC-ATCT-GCAGT-A-A---GAGTAAATTTG--GTC-CGTTT-GTAT
gi|24 : A---ATATTTA--CTG--T-ACAG-C----A---GCAATAT-------T--CATGGCT-TCAC-ATCTGG-GGG-A-A---GATTAAATTC
gi|17 : tt---GAGTAAATTTG--ATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTT---------AAGTTATGA-A-----ACAGACGTAAAACAATtgatcttctcctgtgc
gi|8 : TGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTT---------A-----TCATATG-AAACAGATGTAAAACAATaattaaaagcagacttacgtgcattattttgtgcaaacagtaatggg
gi|2 : ATGCCTT---------A-----TGA-A-ACAC-CAGACGTAAAGCAAT---GCATTAA--TTTTATATATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT------------GCATA-G--TTGTGTGCATTAGTGTGTATTACGGAGTCCCAAAC--------C-CCCAGAATAGCATGC--------TTGCAACATCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CACAGAT-G------TATCTGTC--TG--C---G---ACATGTGACGACA---TTAAATTCAGCT-A--C-AAA------AG----CTGTTCAGCCA-----TACC---------C--GCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA--AAGGA-AATT-GTCTACATTTG--CTAGTTT----------GC----TGGTTCTCAATTT-----CAT-GTCAT-AAAAGTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AAT-AT-ATTTTGATTCAAACGTTTTGTT-C-ATATCACAGC-TA-----CATTAAAAAAC---CATGCA-TGCGTGTACAAAGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAA-CCACA-TTATT--------TGG-CAGTCCTTGT-GAAAGAAAA--CTCACCGGACTTTTAAG---ATATTTACCGATTTTGCTGGTAATTAAGA-------CCGGCTGATAT--AAAAAaaagcagacttgcgtgcattattttgtgcaaacagtaatggggttacacatacatgtacgtacacctaacgtcgatttccattgaatcatacacttccagatgcatctgtacgcggaatatgacgacatcaattcacaaaacaaaagttgtttatcagcagctcccatcc
gi|10 : CCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGTGTGTATT--GTGCA--AACA-GTA--ATGGAACCCCAA-GTCCCCACCC-C--AAAATAGCATGC-ACGTGAA--GT-----CAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGAT-GC----ATGGCA-TA--AG--AGTGA---A-A--AGAGAAAG---TCAAAATCACCT-AA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCC--GCTTACAATTTGA----AT--Aaaa
gi|17 : tgccacTA--CGTGCA-TTATTTTGTGCA--AAC-AGTA--ATGGG
gi|8 : gagtaaatttgatccgtttgtatgccatccacatgtatttagatgccttaagttatgaaacagacgtaaaacaataattaaaagcagactATTTTGTGCA--AAC-AGTA--ATGGGGTTACA-----------C-------ATACA-TGT-ACGTACACC-TAACGTCGAT-TTCCATT-GAATCATACAC---T-TC-CAGAT-GC-ATC--TGTACGCGG---A-ATATGACGACA---TC-AATTC-----A--C-AAA-ACAAAAGT----TGTTTA-TCAGCAGCTCCCATCC
gi|4 : tgccatccacatggatttaaatgccttatcatatgaaacagatgtaaaacaataaagcagacttgcgtgcattTTGTGCA--AACA-GTA--ATGGAACCCCAA-GTCCCCACCC-C--AAAATAGCATGC-ACGTGAA--GT-----CAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGAT-GC----ATGGCA-TA--AG--AGTGA---A-A--AGAGAAAG---TCAAAATCACCT-AA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCC--GCTTACAATTTGA----AT--AT-TTGAT-AAAATTATGA--AAAGAA-AA-TAGTCTAGATTTGTG--TGTTTG--CAA-TCAACAATGTGGTACTCATTTC-----CAA-GTCATAAAA-GTGCTTGAATTTAATG-ATTTA-AAT-AT
gi|26 : caaaggttgctaaggtgtgtgtaATTACAT---AATCATACAC---T-GCTCAGAATGCA-TC--TG--TATAGCAGA-AT-ATATGACA---TCAAATTCACCT-attttagtcgatttcataagtacgttaaaaaaccatgcatgtactgaggttcaagttctgaattggaccgcctatggacgaaaattcacaggactttaaataatattttctggtttatactggctgatttcata
gi|25 : --TG--CATGG---A-CTATGACGACA---TCAAATTCATCTAA--CAAAA-GTT
gi|20 : actgccagatgcatgcattgatatgtaGGAAAATT-GTCTAGATTCGCGC--GTTT--CCGAT-CA---------------T-TT-----CAA-GTCAT-AAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AAT-AT-GTACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACAAC-gtttt
gi|13 : ATTCG--CGTGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTA-ATTGATTCCAA-GTCAT-AAA-A-----GCGTTT---GAATTTAT--TGATTATTC------AAACCTTTTG-C-TGATATCATGACTACATGTACATTCAAAAGTCAGCATGTA-------CAG--AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTtacatta
gi|23 : TGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTCG-ATT-----CCATGTCATAAAA-GCGC------TTATTGA--TTAAAA--ATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|11 : gTTA-AAT-ATC-TGCAGATTTAAACTGTTTGCCA--ATATTGCATT-GATCT-ACATTCAAAAGT---CGTGCATGTA---CAGA--GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTAA--ATT-TTGCCGGTCCTCA-AGACCG-C-TTGT-TGACGATAA--TTCACTGGAC-TTTAAAAATAT--TTGTCGGTA-------------AGA-------CCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : AGGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAACCAAATATTACCGGTCCTT-TAGATAG-C-TTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGAA-TTTAGAAATAT--TTACCGGTTTT--------
gi|22 : catgcatgtatgg-TTACCAGTCCT-ATGGACTG---TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGAT-TTTAAAG-TAT--TTATCAGTTTT-----------GCCGGTAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACTgccggtaagacggattaatttcataaactctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|4 : TGGACCG-C-CTAT-GGACGAAAA--TTCACAGGAC-TTTAAATA-ATA-TT-----TTCTGG------TTTATA-------CTGGCTGATTT
gi|19 : caaaggttgctaaggtgtgtgtattgtgcaaacagtaatggaaccccaagtccccaccccaaaatagcatgcacgtgaagtcaatttccattaaatcacactgatgcatggcataagagtgaaaagagaaagtcaaaatcacctaacaaatgttgtaatatttaattagcagcttccatccatacccgcttacaatttgaatatttgataaaattatgaaaagaaaatagtctagatttgtgtgtttgcaatcaacaatgtggtactcatttccaagtcataaaagtgcttgaatttaatgatttaaatatattttagtcgatttcataagtacgttaaaaaaccatgcatgtactgaggttcaagttctgaatGC-TGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAAAATAT--TTACCAGTTTT-----------GCCGGTAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTcata
gi|28 : agttcaaaattgatt-------CCGGCTGA-TTTCAAAAACTctggtatatacactgtcacaggcttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Unaligned ( gi|29 ): GTAAGACCGACTGATTTCAAAAACTCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 444444444444444444 22222 33333333333333 11111 1111 44444444444444444444 1111111111111111111111111111 22222222222222 111 55555555 555555555 444444444444444444444444444444444444444444 7777777777777 1111 1 1 1 2222 1111 222222 2 11 333333 22222 2222222222222 11111 777777777777777 55555555555 44444444444 6666666666666666
lowQualScore : 4 55 22222222 4 4 4 55 55 3 666 55 666 4 666666666666666666 9999 5 0 77777 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 44444 4444 66666666666666666666 2 7777777777777777777777777777 1 1 99 0 88888888888888 2 888 5 0 5 0 2 5 99999999 77 7 5 111111111 5 5 66 444444444444444444444444444444444444444444 333 0 1 5 1111111111111 9999 0 3 2 0 4444 99 33 44 1 7 3 7 0 0 7777 99 5 6 1 4444 333333 3 7 77 5 555555 3 1 44444 3 9999999999999 99999 2 555555555555555 99 6666 6 1 00000000000 11111111111 5 77 5 1 5 5 6666666666666666 1 4
lowQualScore : . .. ........ . . . .. .. . ... .. ... . .................. .... . . ..... .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . ..... .... .................... . ............................ . . .. . .............. . ... . . . . . . ........ .. . . ......... . . .. .......................................... ... . . . ............. .... . . . . .... .. .. .. . . . . . . .... .. . . . .... ...... . . .. . ...... . . ..... . ............. ..... . ............... .. .... . . ........... ........... . .. . . . . ................ . .
lowQualScore : 0 55 55555555 0 0 0 55 55 6 444 00 444 0 333333333333333333 4444 0 1 22222 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 33333 2222 88888888888888888888 2 2222222222222222222222222222 0 0 88 2 11111111111111 0 888 0 1 0 4 0 7 33333333 44 9 7 111111111 0 0 99 000000000000000000000000000000000000000000 888 9 4 0 9999999999999 1111 3 3 5 7 2222 22 33 55 0 3 3 3 0 0 5555 22 2 7 0 2222 000000 7 3 22 7 000000 0 0 33333 3 7777777777777 00000 8 777777777777777 22 0000 7 0 44444444444 22222222222 7 99 7 7 7 7 3333333333333333 0 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAA-AAA----CAACAAA-C-----GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CT--GTACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCA-TCCACGTGGATTTA-AATGCC-----TTA----TG--A---AAA---AC------AGACGTAAAACAA---TACG-TT-----T-TAT----TGAATAAGCAGACTTG-TTTTCCGAAGGCTTGCT---TA--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAAC-AGTAATGGAGCCCC-AAGCC-----CCCGGAATAGCATGC-ACGTG-A--A--TAACGTCGAT-TTCCATT-AAATCA--CAC-GAC-GC-CAGA-T-G-C-AT-C-----------TG--C---GCGGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-CAAA-GTTA----GT--TGTT--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA-AAAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTT--TCCAA-TCAGC----TGGTACTCG--TT--TCCAAGTCAT-AAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACAAC-AT--A----CATTCAAAAG-T---CATGCATG-GT---CAGA---AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAA--CCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGAC-NGCTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCGG-TTTTGCCGG---TN-AGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAA-AAA----CAACCAA-C-----GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CT--GTACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCA-TCCACGTGGATTTA-AATGCC-----TTA----TG--A---AGA---AC------AGACGTAAAGCAA---TGCG-TTACG--TTTAT----TGAATAANCAGACTTG-TTTTCCGAAGGCTTGCT---TA--CGCGTA-GCATT-TTGTGCAAAC-AGTAACGGAGCCCC-AA--------CCCAGAATAGCATGC-ACGTG-A--G--TAACGTCGAT-TTCCATT-AAATCA--CAC-GAC-GC-CAGA-T-G-C-AT-C-----------TG--C---GCGGAATANGACGACATCAAATTCACCTAA-CAAA-GTTA----GTGATGTT--TAATTAGCAGCTTCCATCCGTACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGGAAAATNATGAA-AAAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTT--TCCAA-TCAGC----TGGTACTCA--TN--TTCAAGTCATAAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATCATNCAGATTCAAACNTTTTG-CCCGATATCGCGACGAC--A----CATTCAAAAG-T---CGTGCA--------CAGA---AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAA--C---ANT--TTACCGGTCCTCATGGAC-CGCTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCGG-TTTT--------TT-ANACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A---CGGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAA-ACA----CAACCCG-C-----AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---TT--CATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCC-----TTA----TG--A---ATACAGAC------AGACATAAAACAATTTTACATTTACGTTTTTAT----TGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAAA--------GCCGGAATA-CCTGCGACGTACATTG--TAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCATAAAC-GC-CAGA-TAG-CAAT-C-----------TG--C---ATGGAATTGGATGACATCGAATTCACCT-A-CAAA-GTTACAGTGTACTCTT--TAGTCAGCAGCTACCATTCATA-TCG-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCAT-GTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTTG--TA--TTCAAGTCAT--GAAGCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACAACAAA--A----CATTCAAAAGTT---CATGCAATAGT---CAGAC--AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACT---ATT--TTACTGGTCCTTATGGACAGGCTTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTTT--------TT-ACCCCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : CCAAAGG-TTGCT---AA--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAAC-AGTAATGGAACCCC-AAGTCCCCACCCCAAAATAGCATGC-ACGTG-A--A------GTCAAT-TTCCATT-AAATCA--CACTGAT-GC----A-T-GGC-AT-A-----------AG--A---GTGAAA--AGAGAAAGTCAAAATCACCTAA-CAAATGTT-----GTAATATT--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTG-CC-AATATTGCATTGATCTA----CATTCAAAAG-T---CGTGCATGTA----CAGA----GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTA--A---ATT--TTGCCGGTCCTCA-AGAC-CGCTTGT-TGACGATAA--TTCACTGGA-CTTTAAA-AATAT-TTGTCGG-------------TA-AGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : GG---AGGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAA--CCA-AATA-TTACCGGTCCTT-TAGAT-AGCTTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGA-ATTTAGA-AATAT-TTACCGG-TTTTGCCGG---TA-AGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : catgcatgtatATTCGCG--T-GTT--TCCAA-TCAGC----TGGTACTTAATTGATTCCAAGTCATAAAA-GCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTG-CT-GATATCATGACTAC--ATGTACATTCAAAAG-TCAGCATGTA--------CAG----AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGA-AA------AACCAA-CAAAAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAA-AAAAAT-CAACAAA-CAA---GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA-----TATTTA--CT--ATACAAC-AA--G-CA-------AAA---TT--CATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTA-T-TCTCAACTTG---AA--TGA---GGGA-AGA----AAACAAAGA-----GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCA-TCCACATGTATTTA-GATGCCTTAAGTTA----TG--A-----A---AC------AGACGTAAAACAA---TA-------------AT----TAA--AAGCAGA--------------------CT---TA--CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAAC-AGTAATGG
gi|18 : TGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAA-AAA----g
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggATTGAT-TGCTGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCAG-TTTTGCCGG---TA-AGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTaa
gi|2 : agttcaaaATGCC-----TTA----TG--A---AAC---ACC-----AGACGTAAAGCAA---TGCA-TTAAT--TTTATATATTGAATAATCAGACTTG-TTTTCCGAAGACT-GCA---TAGTTGTGT--GCATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCC-AAACC-----CCCAGAATAGCATGC-TTGC---------AACATCGAT-TTCCATT-AAATCA--CAC---------AGA-T-G-T-AT-C-----------TG--TCT-GCGACATGTGACGACATTAAATTCAGCTA--CAAA----A----GC--TGTT---------CAGC-------CATACCCGCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA-AA-GGA-AATT-GTCTACATTTGC---TAGTT--T--------GC----TGGTTCTCA--AT--TTCATGTCATAAAA-GTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AATAT-ATTTTGATTCAAACGTTTTG-TTC-ATATCACAGC--T--A----CATTAAAAAA-C---CATGCATGCGTGTACA-A---AGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAA--CCACATTATTTGGCAGTCCT------------TGT-GAAAGAAAA--CTCACCGGA-CTTTTAA-GATAT-TTACCGA-TTTTGCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCGCGC---GTT--TCCGA-TCA------------------T--TTCAAGTCAT-AAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATAT-GTACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACAACTAC--A----aa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---tta
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag--TTACCAGTCCT-ATGGAC-TG-TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGA-TTTT-AA-AGTAT-TTATCAG-TTTTGCCGG---TA-AGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : -T-GTT--TCCAA-TCAGC----TGGTACTCG--AT--TCCATGTCAT-AAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : gA---ATATTTA--CT--GTACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : tt-GC-CAGA-T-G-C-ATGCATTGATATGTATG--C---ATGGACTATGACGACATCAAATTCATCTAA-CAAA----A----GT--TGTT--Ttgatcttctcctgtgc
gi|26 : act-TTACAT---AATCA--TAC-ACT-GCTCAGAAT-G-C-AT-C-----------TG--TATAGCAGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : g-AGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : gtaTGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAA-AAAG---CAAC-AA--------ACAAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA-----TATTGA--CT--GTACAGC-G------A-------ACA---TT--CATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTA-TCCGCGTGGCTTTA-AATGTC-----TTAATATTGTCA---TGA---GCGTATATAGACGTAAAGCAAT--TACG-TT-CA--TGTAT----TGAATAAACAGACTTG-TTTTCTGAAGGC-TGCT---TA--GGTGCATGCA-T-TTGTGC--AC-ATT-ACAGAGCCCC-AA--------CCC-----------C-AGATG-T--G--TGACGTCAAT-TTCCATT-GAATTA--CAC-T--------GA-T-G-C-AT-CTG---------TG--C---ACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAA-CAAA----A----GTTGTATTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----AT--ATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGG-TTGCT---AA--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAAC-AGTAATGGAACCCC-AAGTCCCCACCCCAAAATAGCATGC-ACGTG-A--A------GTCAAT-TTCCATT-AAATCA--CACTGAT-GC----A-T-GGC-AT-A-----------AG--A---GTGAAA--AGAGAAAGTCAAAATCACCTAA-CAAATGTT-----GTAATATT--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A--TTTGATAAAATTATG-A-AAAGAA-AATA-GTCTAGATTTGTG--T-GTT--TGCAA-TCAACAATGTGGTACTCA--TT--TCCAAGTCAT-AAAAGTGCTTGAATTTAATG-ATTTA-AATAT---------------ATTTTA-GTCGATTTCATAA--GT--A----CGTTAAAAAA-C---CATGCA--------TGTACTGAGGTT--CAAG-TTCTG-AATT-GG--------------------ACCG--CCT-ATG-------------GACGAAAA--TTCACAGGA-CTTTAAATAATAT-TTTCTGG----T--------TT-ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT-----------------------------------------ACAAACTAAAGATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TT--GTACAGC-A----------------A---TT------GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCC-----TCA----TG--A---AAC---AT------AGACGT-----------------------------------TAAGCAGATTTG-TTTTCCGAAAGCT-GCT---TAGTTGCGTA--CATT-T-GTGCAAAC-AGTAATGGAGTCCC-AAAC------CTCGGAATAGCACGC-ACGT---------AACGTCGAT-TTCCATT-AAATCA--CA--AACTGC-CAGA-T-G-C-AT-C-----------TGTCC---GCGGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATTAAA-GT----------TGTT--TTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG---A---TGA---GGTA-AAA----CAACAAT-CCA---GATAAAATAAG---TT------T-ACAAATTAA-----TATTTAACTT--GCACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CA-TC--CGTGGATTTT-AATGTC-----T
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAAA----CAAACA--------GACGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CT--GTACAGCGA---G-CA-------ATAATATT--CATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCA-TCCACATGGATTTA-AATGCC-----TTA----TC--ATATGAA---AC------AGATGTAAAACAA---TA------------------------AAGCAGACTTG-------------------------CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAAC-AGTAATGGGGTTAC--A--------C-----ATA-CATGT-ACGTA-C--ACCTAACGTCGAT-TTCCATT-GAATCA--TAC-ACT-TC-CAGA-T-G-C-AT-C-----------TGTAC---GCGGAATATGACGACATC-AATTCACAAAA-CAAA----A----GT--TGTT--T-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAA-AAAAACCCAACAAA-CA----GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATT--A---ATATTTA--CT--GTACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---TT--CATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 22222 222 22222 33333333333333 5555555555555555555 111111111111111111111111111111111 22222222222222 111 4444444444444 555555555 4444444444 3333333333333333333 6666666666666 1111 1 2 1 1 2222 111 1111 222222 1 111111 111 33333333333 44444444444 222222222 22222222222 1111
lowQualScore : 4 55 22222222 4 4 4 55 3 55 3 666 55 666 66666 4 4 444 9999 5 0 77777 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 5555555555555555555 5 6 222222222222222222222222222222222 1 55555 0 88888888888888 888 5 3 3 5 2222222222222 4 1 5 111111111 5 5 66 2222222222 4 4 8 4 4 4444444444444444444 66 1 4 0 0 4 3 0000000000000 66 9999 0 1 2 0 4444 99 8 11 1 3 3 0 0 7777 444 6 1 4444 111111 8 5 777777 3 1 555 1 99999999999 6 6 6 11111111111 99 6666 6 1 777777777 55555555555 1 5 77 5 666 5 1 22 0000 2 4
lowQualScore : . .. ........ . . . .. . .. . ... .. ... ..... . . ... .... . . ..... .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . ................... . . ................................. . ..... . .............. ... . . . . ............. . . . ......... . . .. .......... . . . . . ................... .. . . . . . . ............. .. .... . . . . .... .. . .. . . . . . .... ... . . .... ...... . . ...... . . ... . ........... . . . ........... .. .... . . ......... ........... . . .. . ... . . .. .... . .
lowQualScore : 0 55 55555555 0 0 0 55 0 55 6 444 00 444 11111 4 4 000 4444 0 1 22222 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 0000000000000000000 8 7 222222222222222222222222222222222 0 99999 2 11111111111111 888 0 2 2 0 0000000000000 3 4 7 666666666 0 0 99 2222222222 4 4 9 4 4 9999999999999999999 11 9 6 9 7 4 2 6666666666666 99 1111 3 0 5 7 2222 22 8 55 0 3 7 0 0 5555 333 7 0 2222 777777 0 7 666666 0 0 333 0 22222222222 7 7 7 88888888888 22 0000 7 0 444444444 88888888888 3 7 99 7 111 7 7 11 6666 8 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATAGCATGC-ACGTG-A--T---AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAACAAA-GTTA----GTA-TGT--T--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA-AA-GGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----GATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCA-TG---TN-CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGAC-NGCTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTTGCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---A---AAAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATAGCATGC-ACGTGAA--T---AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAACAAA-GTTA----GT--TGT--T--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA-AAAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----GTTTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----ATA-CATTCAAAAGT-CATGCA-TG---GT-CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGAC-NGCTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTTGCCGG----TNAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--C-GGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAAACA----CAAC-CCG-C--AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---TT--CATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTTA---------TGA---ATACAGAC-AGACATAAAACAATTTTACATTTACGTT-------T---TTATTGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAAAGCC---G-----GAATACC-TGCGACGTACA--TTGTAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCAT-AAAC-GC-CAGA-TAG-CAAT-C-----------TG--C---AT--GGAATTGGATGACATCGAATTCACCTA-CAAA-GTTACAGTGTACTCT--T--TAGTCAGCAGCTACCATTCATATC-G-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCAT-GTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTT----GTATTCAAGTCATGAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACA---AC-----AAAACATTCAAAAGTTCATGCAATA---GT-CAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACT-ATT--TTACTGGTCCTTATGGACAGGCTTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTT----T----TTACCCCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : -CCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATAGCATGC-ACGTGAA---------GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAACAAATGTT-----GTAATAT--T--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTG-C-CAATATTGCATTGAT-----CTA-CATTCAAAAGT-CGTGCA-TG---TA-CAGA--GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTA--A-ATT--TTGCCGGTCCTCA-AGAC-CGCTTGT-TGACGATAA--TTCACTGGA-CTTTAAA-AATAT-TT---------GTCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : -CATGCA-TG----T-ATGG-AGGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAACCA-AATA-TTACCGGTCCTT-TAGAT-AGCTTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGA-ATTTAGA-AATAT-TTACCGGTTTTGCCGG----TAAGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : ATTCGCG--T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTAATTGATTCCAAGTCATAAAAGCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTG-CT-GATATCATG---ACTACATGTA-CATTCAAAAGT-CA-GCA-TG---TA-CAG--AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGAAAAAC--CAACAAAA-A--GACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAAT-CAAC-AAA-CAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA-----TATTTA--CTA--TACAAC-AA--G-CA-------AAA---TT--CATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTATT--CTCAACTTG---AA--TGA---GGGAAGA----AAAC-AAAGA--GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTTAAGT------TAT---G---AAAC-AGACGTAAAACAAT---------A-----------------ATTAA--AAGCAGA--------------------CTT---A--CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGG
gi|18 : TGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAAAAA----g
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggATTGAT-TGCTGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGA-CTTTAAA-AATAT-TTACCAGTTTTGCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTaa
gi|2 : agttcaaaATGCCTTA---------TGA---A---ACACCAGACGTAAAGCAAT---------GCATTAATTTTATA--T-ATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT-GCAT---AGTTGTGT--GCATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCCAA-ACCCCCA-----GAATAGCATGC-TTGC---------AACATCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC----------AGA-T-G-TA-T-C-----------TG--TCT-GC--GACATGTGACGACATTAAATTCAGCTA-CAAA----A----GC--TGT--T---------CAGC-------CATACCCGCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA-AA-GGA-AATT-GTCTACATTTGC---TAGTTT----------GC----TGGTTCTC----AATTTCATGTCATAAAAGTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AATATA-TTTTGATTCAAACGTTTTG-TTC-ATATCACA---GC------TA-CATTAAAAAAC-CATGCA-TGCGTGTACA-A-AGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAACCACATTATTTGGCAGTCCTT------------GT-GAAAGAAAA--CTCACCGGA-CTTTTAA-GATAT-TTACCGATTTTGCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCGCGC---GTTT--CCGAT-CA--------------------TTTCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATATG-TACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACA---AC------TA-CATTaa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---a
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag--TTACCAGTCCT-ATGGAC-TG-TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGA-TTTTAAA-G-TAT-TTATCAGTTTTGCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : -T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----GATTCCATGTCATAAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : gA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : tt-GC-CAGA-T-G-CA-TGCATTGATATGTATG--C---AT--GGACTATGACGACATCAAATTCATCTAACAAA----A----GT--TGT--T--Ttgatcttctcctgtgc
gi|26 : act-TTACAT--AA-TCA--TAC-AC-T-GCTCAGAAT-G-CA-T-C-----------TG--TATAGC--AGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : G----TAAGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAAAAAG---CAAC-AAA-C-----AAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA-----TATTGA--CTG--TACAGC-G------A-------ACA---TT--CATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTAT-CCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTAATATTGTCATGA---GCGTATAT-AGACGTAAAGCAATT--------ACGTT-------CATGT-ATTGAATAAACAGACTTGTTTT-CTGAAGGCT-GCTT---A--GGTGCATGCATT-T-GTGCA--CA-TTA-CAGAGCCCCAA---CCCCA-----GA-----------TGTG----T---GACGTCAAT-TTCCATTGAA-TTA--CAC-T---------GA-T-G-CA-T-C-----------TG--T---GCACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAACAAA----A----GT--TGTATTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----AT--ATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATAGCATGC-ACGTGAA---------GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAACAAATGTT-----GTAATAT--T--TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--AT--TTGATAAAATTATGAA-AA-GAA-AATA-GTCTAGATTTGTG--T-GTTT--GCAAT-CAACAATGTGGTACTC----ATTTCCAAGTCATAAAAGTGCTTGAATTTAATGA-TTTA-AATAT---------------ATTTTA-GTCGATTTCATA---A------GTA-CGTTAAAAAAC-CATGCA-TG---TA-CTG--AGGTT--CAAG-TTCTG-AATT-GG------------------ACCG---CCTAT-------------GGACGAAAA--TTCACAGGA-CTTTAAATAATAT-TTTCTGGTTT------------ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT---------------------------AC-AAA-C---------TAAAGATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TTG--TACAGC-A----------------A---TT------GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCCTCA---------TGA---A---ACAT-AGACGT-----------------------------------------TAAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GCTT---AGTTGCGTA--CATT-T-GTGCAAACA-GTAATGGAGTCCCAA-ACCTC-G-----GAATAGCACGC-ACGT---------AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CA--AA-CTGC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTCC---GC--GGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATTAA----A----GT--TGT--T--TTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG---A---TGA---GGTAAAA----CAAC-AAT-CCAGATAAAATAAG---TT------T-ACAAATTAA-----TATTTAACTTG--CACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CAT-C--CGTGGATTTT-AATGTCT
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAA------AC-AAA-CA-GACGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--TACAGCGA---G-CA-------ATAATATT--CATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTTA---------TCATATG---AAAC-AGATGTAAAACAAT---------A------------------------AAGCAGACTTG-------------------------CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGGGTTACA-------C--------ATA-CATGT-ACGTACACCT---AACGTCGAT-TTCCATTGAA-TCA--TAC-AC-T-TC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTAC---GC--GGAATATGACGACATC-AATTCACAAAACAAA----A----GT--TGT--T--T-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAACCCAAC-AAA-CA-GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATT--A---ATATTTA--CTG--TACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---TT--CATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 22222 222 22222 33333333333333 5555555555555555555 111111111111111111111111111111111 22222222222222 111 4444444444444 1111 333333 4444444444 3333333333333333333 6666666666666 1111 11 1 1 2222 111 1111 222222 1 111111 111 33333333333 1111 222 222222222 22222222222 111 1111
lowQualScore : 4 55 22222222 4 4 4 55 3 55 3 666 55 666 66666 4 4 444 9999 5 0 77777 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 4444444444444444444 1 6 222222222222222222222222222222222 1 55555 0 88888888888888 888 5 3 3 5 2222222222222 0000 5 1 666666 4 5 5 66 2222222222 4 4 8 4 4 4444444444444444444 66 1 4 0 0 4 88 5 4444444444444 0 5 0 1 2 0 4444 99 8 11 1 88 0 0 7777 444 6 1 4444 000000 8 5 777777 3 1 555 1 66666666666 6 6 6 4444 1 111 99 6666 6 1 777777777 55555555555 1 5 77 5 666 5 000 0 0000 4
lowQualScore : . .. ........ . . . .. . .. . ... .. ... ..... . . ... .... . . ..... .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . ................... . . ................................. . ..... . .............. ... . . . . ............. .... . . ...... . . . .. .......... . . . . . ................... .. . . . . . .. . ............. . . . . . . .... .. . .. . .. . . .... ... . . .... ...... . . ...... . . ... . ........... . . . .... . ... .. .... . . ......... ........... . . .. . ... . ... . .... .
lowQualScore : 0 55 55555555 0 0 0 55 0 55 6 444 00 444 11111 4 4 000 4444 0 1 22222 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 5555555555555555555 0 7 222222222222222222222222222222222 0 99999 2 11111111111111 888 0 2 2 0 0000000000000 7777 7 4 444444 3 0 0 99 2222222222 4 4 9 4 4 9999999999999999999 11 9 6 9 7 4 22 0 2222222222222 2 1 3 0 5 7 2222 22 8 55 0 33 0 0 5555 333 7 0 2222 333333 0 7 666666 0 0 333 0 33333333333 7 7 7 2222 0 333 22 0000 7 0 444444444 88888888888 3 7 99 7 111 7 000 7 6666 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCA-TG----TACAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ATGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCA-TG----TNCAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--C-GGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAAACA----CAAC-CCG-C--AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---TT--CATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTTA---------TGA---ATACAGAC-AGACATAAAACAATTTTACATTTACGTT-------T---TTATTGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAAAGCC---G-----GAATACCTGCGACGTACATT-G--TAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCAT-AAAC-GC-CAGA-TAG-CAAT-C-----------TG--C---AT--GGAATTGGATGACATCGAATTCACCTA--C-AAA-GTTACAGTGTACTCTTTAGTCAGCAGCTACCATTCATATC-G-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCAT-GTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTT----GTATTC-AAGTCATGAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACA---AC-----AAAACATTCAAAAGTTCATGCAATA----GTCAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACT-ATT--TTACTGGTCCTTATGGACAGGCTTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTTTTTACC-----------CCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : -CCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTG-C-CAATATTGCATTGAT-----CTA-CATTCAAAAGT-CGTGCA-TG----TACAGA--GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTA--A-ATT--TTGCCGGTCCTCA-AGACCG-CTTGT-TGACGATAA--TTCACTGGAC-TTTAAA-AATA----------TTT---GTCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : -CATGCA-TG----TATGGA--GGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAACCA-AATA-TTACCGGTCCTT-TAGATAG-CTTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGAA-TTTAGA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : ATTCGCG--T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTAATTG-ATTCCAAGTCATAAAAGCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTG-CT-GATATCATG---ACTACATGTA-CATTCAAAAGT-CA-GCA-TG----TACAG--AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGAAAAAC--CAACAAAA-A--GACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAAT-CAAC-AAA-CAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA-----TATTTA--CTA--TACAAC-AA--G-CA-------AAA---TT--CATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTATT--CTCAACTTG---AA--TGA---GGGAAGA----AAAC-AAAGA--GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTTAAGT------TAT---G---AAAC-AGACGTAAAACAAT---------A-----------------ATTAA--AAGCAGA--------------------CTT---A--CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGG
gi|18 : TGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAAAAA----g
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggATTGATTG-CTGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTaa
gi|2 : agttcaaaATGCCTTA---------TGA---A---ACACCAGACGTAAAGCAAT---------GCATTAATTTTATA--T-ATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT-GCAT---AGTTGTGT--GCATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCCAA-ACCCCCA-----GAATA---GC-ATGC---TT-G--CAACATCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC----------AGA-T-G-TA-T-C-----------TG--TCT-GC--GACATGTGACGACATTAAATTCAGCTA--C-AAA----A----GC--TGTT-------CAGC-------CATACCCGCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA--AAGGA-AATT-GTCTACATTTGC---TAGTTT----------GC----TGGTTCTC----A-ATTTCATGTCATAAAAGTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AATATA-TTTTGATTCAAACGTTTTG-TTC-ATATCACA---GC------TA-CATTAAAAAAC-CATGCA-TGCGTGTACA-A-AGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAACCACATTATTTGGCAGTCCTT------------GT-GAAAGAAAA--CTCACCGGAC-TTTTAA-GATAT-TTACCGATTTT---GCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCGCGC---GTTT--CCGAT-CA---------------------TTTCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATATG-TACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACA---AC------TA-CATTaa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---a
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag--TTACCAGTCCT-ATGGACTG--TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGAT-TTTAAA-G-TAT-TTATCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : -T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCATGTCATAAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : gA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : tt-GC-CAGA-T-G-CA-TGCATTGATATGTATG--C---AT--GGACTATGACGACATCAAATTCATCTAA-C-AAA----A----GT--TGTTTtgatcttctcctgtgc
gi|26 : act-TTACAT--AA-TCA--TAC-AC-T-GCTCAGAAT-G-CA-T-C-----------TG--TATAGC--AGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : G----TAAGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAAAAAG---CAAC-AAA-C-----AAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA-----TATTGA--CTG--TACAGC-G------A-------ACA---TT--CATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTAT-CCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTAATATTGTCATGA---GCGTATAT-AGACGTAAAGCAATT--------ACGTT-------CATGT-ATTGAATAAACAGACTTGTTTT-CTGAAGGCT-GCTT---A--GGTGCATGCATT-T-GTGCA--CA-TTA-CAGAGCCCCAA---CCCCA-----GA--------------TGTG----TGACGTCAAT-TTCCATTGAA-TTA--CAC-T---------GA-T-G-CA-T-C-----------TG--T---GCACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAA-CAAAA-GTT-----GTA-TTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----AT--ATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--AT--TTGATAAAATTATGAA--AAGAA-AATA-GTCTAGATTTGTG--T-GTTT--GCAAT-CAACAATGTGGTACTC----A-TTTCCAAGTCATAAAAGTGCTTGAATTTAATGA-TTTA-AATAT---------------ATTTTA-GTCGATTTCATA---A------GTA-CGTTAAAAAAC-CATGCA-TG----TACTG--AGGTT--CAAG-TTCTG-AATT-GG------------------ACCG---CCTAT-------------GGACGAAAA--TTCACAGGAC-TTTAAATAATAT-TTTCTGGTTT---------------ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT---------------------------AC-AAA-C---------TAAAGATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TTG--TACAGC-A----------------A---TT------GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCCTCA---------TGA---A---ACAT-AGACGT-----------------------------------------TAAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GCTT---AGTTGCGTA--CATT-T-GTGCAAACA-GTAATGGAGTCCCAA-ACCTC-G-----GAATA---GC-ACGCACGT------AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CA--AA-CTGC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTCC---GC--GGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATT-AAA-GT----------TGTTTTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG---A---TGA---GGTAAAA----CAAC-AAT-CCAGATAAAATAAG---TT------T-ACAAATTAA-----TATTTAACTTG--CACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CAT-C--CGTGGATTTT-AATGTCT
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAA------AC-AAA-CA-GACGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--TACAGCGA---G-CA-------ATAATATT--CATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTTA---------TCATATG---AAAC-AGATGTAAAACAAT---------A------------------------AAGCAGACTTG-------------------------CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGGGTTACA-------C--------ATA----C-ATGTACGTACACCTAACGTCGAT-TTCCATTGAA-TCA--TAC-AC-T-TC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTAC---GC--GGAATATGACGACATC-AATTCACAAAA-C-AAA----A----GT--TGTTT-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAACCCAAC-AAA-CA-GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATT--A---ATATTTA--CTG--TACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---TT--CATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 22222 222 22222 33333333333333 5555555555555555555 111111111111111111111111111111111 22222222222222 111 4444444444444 1111 333333 4444444444 3333333333333333333 6666666666666 1111 11 1 1 2222 111 1111 222222 1 111111 111 33333333333 1111 222 222222222 22222222222 111 1111
lowQualScore : 4 55 22222222 4 4 4 55 3 55 3 666 55 666 66666 4 4 444 9999 5 0 77777 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 4444444444444444444 1 6 222222222222222222222222222222222 1 55555 0 88888888888888 888 5 3 3 5 2222222222222 0000 5 2 1 666666 4 5 5 66 2222222222 4 4 8 4 4 4444444444444444444 66 1 4 0 0 4 88 5 4444444444444 0 5 0 1 2 0 4444 99 8 11 1 88 0 0 7777 444 6 1 4444 000000 8 5 777777 3 1 555 1 66666666666 6 6 4444 99 111 99 6666 6 1 777777777 55555555555 1 5 77 5 666 5 000 0 0000 4
lowQualScore : . .. ........ . . . .. . .. . ... .. ... ..... . . ... .... . . ..... .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . ................... . . ................................. . ..... . .............. ... . . . . ............. .... . . . ...... . . . .. .......... . . . . . ................... .. . . . . . .. . ............. . . . . . . .... .. . .. . .. . . .... ... . . .... ...... . . ...... . . ... . ........... . . .... .. ... .. .... . . ......... ........... . . .. . ... . ... . .... .
lowQualScore : 0 55 55555555 0 0 0 55 0 55 6 444 00 444 11111 4 4 000 4444 0 1 22222 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 5555555555555555555 0 7 222222222222222222222222222222222 0 99999 2 11111111111111 888 0 2 2 0 0000000000000 7777 7 7 4 444444 3 0 0 99 2222222222 4 4 9 4 4 9999999999999999999 11 9 6 9 7 4 22 0 2222222222222 2 1 3 0 5 7 2222 22 8 55 0 33 0 0 5555 333 7 0 2222 333333 0 7 666666 0 0 333 0 33333333333 7 7 2222 22 333 22 0000 7 0 444444444 88888888888 3 7 99 7 111 7 000 7 6666 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--C-GGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAAACA----CAAC-CCG-C--AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---TT--CATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTTA---------TGA---ATACAGAC-AGACATAAAACAATTTTACATTTACGTT-------T---TTATTGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAAAGCC---G-----GAATACCTGCGACGTACATT-G--TAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCAT-AAAC-GC-CAGA-TAG-CAAT-C-----------TG--C---AT--GGAATTGGATGACATCGAATTCACCTA--C-AAA-GTTACAGTGTACTCTTTAGTCAGCAGCTACCATTCATATC-G-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCAT-GTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTT----GTATTC-AAGTCATGAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACA---AC-----AAAACATTCAAAAGTTCATGCA-A----TAGTCAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACT-ATT--TTACTGGTCCTTATGGACAGGCTTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTTTTTACC-----------CCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : -CCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTG-C-CAATATTGCATTGAT-----CTA-CATTCAAAAGT-CGTGCATG----TA--CAGA--GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTA--A-ATT--TTGCCGGTCCTCA-AGACCG-CTTGT-TGACGATAA--TTCACTGGAC-TTTAAA-AATA----------TTT---GTCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : -CATGCATG----TA--TGGA--GGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAACCA-AATA-TTACCGGTCCTT-TAGATAG-CTTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGAA-TTTAGA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : ATTCGCG--T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTAATTG-ATTCCAAGTCATAAAAGCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTG-CT-GATATCATG---ACTACATGTA-CATTCAAAAGT-CA-GCATG----TA--CAG--AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGAAAAAC--CAACAAAA-A--GACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAAT-CAAC-AAA-CAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA-----TATTTA--CTA--TACAAC-AA--G-CA-------AAA---TT--CATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTATT--CTCAACTTG---AA--TGA---GGGAAGA----AAAC-AAAGA--GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTTAAGT------TAT---G---AAAC-AGACGTAAAACAAT---------A-----------------ATTAA--AAGCAGA--------------------CTT---A--CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGG
gi|18 : TGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAAAAA----g
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggATTGATTG-CTGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTaa
gi|2 : agttcaaaATGCCTTA---------TGA---A---ACACCAGACGTAAAGCAAT---------GCATTAATTTTATA--T-ATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT-GCAT---AGTTGTGT--GCATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCCAA-ACCCCCA-----GAATA---GC-ATGC---TT-G--CAACATCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC----------AGA-T-G-TA-T-C-----------TG--TCT-GC--GACATGTGACGACATTAAATTCAGCTA--C-AAA----A----GC--TGTT-------CAGC-------CATACCCGCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA--AAGGA-AATT-GTCTACATTTGC---TAGTTT----------GC----TGGTTCTC----A-ATTTCATGTCATAAAAGTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AATATA-TTTTGATTCAAACGTTTTG-TTC-ATATCACA---GC------TA-CATTAAAAAAC-CATGCATGCGTGTA--CA-A-AGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAACCACATTATTTGGCAGTCCTT------------GT-GAAAGAAAA--CTCACCGGAC-TTTTAA-GATAT-TTACCGATTTT---GCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCGCGC---GTTT--CCGAT-CA---------------------TTTCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATATG-TACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACA---AC------TA-CATTaa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---a
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag--TTACCAGTCCT-ATGGACTG--TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGAT-TTTAAA-G-TAT-TTATCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : -T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCATGTCATAAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : gA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : tt-GC-CAGA-T-G-CA-TGCATTGATATGTATG--C---AT--GGACTATGACGACATCAAATTCATCTAA-C-AAA----A----GT--TGTTTtgatcttctcctgtgc
gi|26 : act-TTACAT--AA-TCA--TAC-AC-T-GCTCAGAAT-G-CA-T-C-----------TG--TATAGC--AGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : G----TAAGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAAAAAG---CAAC-AAA-C-----AAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA-----TATTGA--CTG--TACAGC-G------A-------ACA---TT--CATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTAT-CCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTAATATTGTCATGA---GCGTATAT-AGACGTAAAGCAATT--------ACGTT-------CATGT-ATTGAATAAACAGACTTGTTTT-CTGAAGGCT-GCTT---A--GGTGCATGCATT-T-GTGCA--CA-TTA-CAGAGCCCCAA---CCCCA-----GA--------------TGTG----TGACGTCAAT-TTCCATTGAA-TTA--CAC-T---------GA-T-G-CA-T-C-----------TG--T---GCACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAA-CAAAA-GTT-----GTA-TTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----AT--ATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--AT--TTGATAAAATTATGAA--AAGAA-AATA-GTCTAGATTTGTG--T-GTTT--GCAAT-CAACAATGTGGTACTC----A-TTTCCAAGTCATAAAAGTGCTTGAATTTAATGA-TTTA-AATAT---------------ATTTTA-GTCGATTTCATA---A------GTA-CGTTAAAAAAC-CATGCATG----TA--CTG--AGGTT--CAAG-TTCTG-AATT-GG------------------ACCG---CCTAT-------------GGACGAAAA--TTCACAGGAC-TTTAAATAATAT-TTTCTGGTTT---------------ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT---------------------------AC-AAA-C---------TAAAGATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TTG--TACAGC-A----------------A---TT------GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCCTCA---------TGA---A---ACAT-AGACGT-----------------------------------------TAAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GCTT---AGTTGCGTA--CATT-T-GTGCAAACA-GTAATGGAGTCCCAA-ACCTC-G-----GAATA---GC-ACGCACGT------AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CA--AA-CTGC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTCC---GC--GGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATT-AAA-GT----------TGTTTTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG---A---TGA---GGTAAAA----CAAC-AAT-CCAGATAAAATAAG---TT------T-ACAAATTAA-----TATTTAACTTG--CACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CAT-C--CGTGGATTTT-AATGTCT
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAA------AC-AAA-CA-GACGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--TACAGCGA---G-CA-------ATAATATT--CATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTTA---------TCATATG---AAAC-AGATGTAAAACAAT---------A------------------------AAGCAGACTTG-------------------------CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGGGTTACA-------C--------ATA----C-ATGTACGTACACCTAACGTCGAT-TTCCATTGAA-TCA--TAC-AC-T-TC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTAC---GC--GGAATATGACGACATC-AATTCACAAAA-C-AAA----A----GT--TGTTT-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAACCCAAC-AAA-CA-GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATT--A---ATATTTA--CTG--TACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---TT--CATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 22222 222 22222 33333333333333 5555555555555555555 111111111111111111111111111111111 22222222222222 111 4444444444444 1111 333333 4444444444 3333333333333333333 6666666666666 1111 11 1 1 2222 111 1111 222222 1 111111 111 33333333333 1111 222 222222222 22222222222 111 1111
lowQualScore : 4 55 22222222 4 4 4 55 3 55 3 666 55 666 66666 4 4 444 9999 5 0 77777 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 4444444444444444444 1 6 222222222222222222222222222222222 1 55555 0 88888888888888 888 5 3 3 5 2222222222222 0000 5 2 1 666666 4 5 5 66 2222222222 4 4 8 4 4 4444444444444444444 66 1 4 0 0 4 88 5 4444444444444 0 5 0 1 2 0 4444 99 8 11 1 88 0 0 7777 444 6 1 4444 000000 8 5 777777 3 1 555 1 66666666666 6 6 4444 99 111 99 6666 6 1 777777777 55555555555 1 5 77 5 666 5 000 0 0000 4
lowQualScore : . .. ........ . . . .. . .. . ... .. ... ..... . . ... .... . . ..... .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . ................... . . ................................. . ..... . .............. ... . . . . ............. .... . . . ...... . . . .. .......... . . . . . ................... .. . . . . . .. . ............. . . . . . . .... .. . .. . .. . . .... ... . . .... ...... . . ...... . . ... . ........... . . .... .. ... .. .... . . ......... ........... . . .. . ... . ... . .... .
lowQualScore : 0 55 55555555 0 0 0 55 0 55 6 444 00 444 11111 4 4 000 4444 0 1 22222 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 5555555555555555555 0 7 222222222222222222222222222222222 0 99999 2 11111111111111 888 0 2 2 0 0000000000000 7777 7 7 4 444444 3 0 0 99 2222222222 4 4 9 4 4 9999999999999999999 11 9 6 9 7 4 22 0 2222222222222 2 1 3 0 5 7 2222 22 8 55 0 33 0 0 5555 333 7 0 2222 333333 0 7 666666 0 0 333 0 33333333333 7 7 2222 22 333 22 0000 7 0 444444444 88888888888 3 7 99 7 111 7 000 7 6666 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--C-GGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAAACA----CAAC-CCG-C--AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAA---ATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---TT--CATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTTA---------TGA---ATACAGAC-AGACATAAAACAATTTTACATTTACGTT-------T---TTATTGAATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGCTTTCTA--CGCGTG-GCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAAAGCC---G-----GAATACCTGCGACGTACATT-G--TAACG-CGATATTCCATTAAAATCATCCAT-AAAC-GC-CAGA-TAG-CAAT-C-----------TG--C---AT--GGAATTGGATGACATCGAATTCACCTA--C-AAA-GTTACAGTGTACTCTTTAGTCAGCAGCTACCATTCATATC-G-TTACAATTCAA----AT--ATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCAT-GTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTT----GTATTC-AAGTCATGAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACA---AC-----AAAACATTCAAAAGTTCATGCA-A----TAGTCAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAAACT-ATT--TTACTGGTCCTTATGGACAGGCTTGT-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTTTTTACC-----------CCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : -CCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--A
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTG-C-CAATATTGCATTGAT-----CTA-CATTCAAAAGT-CGTGCATG----TA--CAGA--GGTGGAAAAAT---AGAAAATAGATCATTTA--A-ATT--TTGCCGGTCCTCA-AGACCG-CTTGT-TGACGATAA--TTCACTGGAC-TTTAAA-AATA----------TTT---GTCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : -CATGCATG----TA--TGGA--GGTT--AAAGTTCCAAAA--T-GATCGCTAACCA-AATA-TTACCGGTCCTT-TAGATAG-CTTGG-AGACGAAAAAATTCACCAGAA-TTTAGA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : ATTCGCG--T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTAATTG-ATTCCAAGTCATAAAAGCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTG-CT-GATATCATG---ACTACATGTA-CATTCAAAAGT-CA-GCATG----TA--CAG--AGATG--AAAGTTT--GAAATT-GATCGTctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGAAAAAC--CAACAAAA-A--GACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAAT-CAAC-AAA-CAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA-----TATTTA--CTA--TACAAC-AA--G-CA-------AAA---TT--CATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGAC-GGA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTATT--CTCAACTTG---AA--TGA---GGGAAGA----AAAC-AAAGA--GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTTAAGT------TAT---G---AAAC-AGACGTAAAACAAT---------A-----------------ATTAA--AAGCAGA--------------------CTT---A--CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGG
gi|18 : TGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAAAAA----g
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggATTGATTG-CTGGT-GAACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTaa
gi|2 : agttcaaaATGCCTTA---------TGA---A---ACACCAGACGTAAAGCAAT---------GCATTAATTTTATA--T-ATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT-GCAT---AGTTGTGT--GCATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCCAA-ACCCCCA-----GAATA---GC-ATGC---TT-G--CAACATCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC----------AGA-T-G-TA-T-C-----------TG--TCT-GC--GACATGTGACGACATTAAATTCAGCTA--C-AAA----A----GC--TGTT-------CAGC-------CATACCCGCTTACGATTCAA----CTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA--AAGGA-AATT-GTCTACATTTGC---TAGTTT----------GC----TGGTTCTC----A-ATTTCATGTCATAAAAGTGCTTGAATTTATTGAATT-A-AATATA-TTTTGATTCAAACGTTTTG-TTC-ATATCACA---GC------TA-CATTAAAAAAC-CATGCATGCGTGTA--CA-A-AGGTG--AAAATTTCA--AATT-GATCGTTAACCACATTATTTGGCAGTCCTT------------GT-GAAAGAAAA--CTCACCGGAC-TTTTAA-GATAT-TTACCGATTTT---GCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCGCGC---GTTT--CCGAT-CA---------------------TTTCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATATG-TACAGATTCAAACGTTTTG--TCGATATCACA---AC------TA-CATTaa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----AAGAAAATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---a
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag--TTACCAGTCCT-ATGGACTG--TTGTTGGATGAAAA--TTCACTGGAT-TTTAAA-G-TAT-TTATCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : -T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCATGTCATAAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : gA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : tt-GC-CAGA-T-G-CA-TGCATTGATATGTATG--C---AT--GGACTATGACGACATCAAATTCATCTAA-C-AAA----A----GT--TGTTTtgatcttctcctgtgc
gi|26 : act-TTACAT--AA-TCA--TAC-AC-T-GCTCAGAAT-G-CA-T-C-----------TG--TATAGC--AGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : G----TAAGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAAAAAG---CAAC-AAA-C-----AAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA-----TATTGA--CTG--TACAGC-G------A-------ACA---TT--CATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTAT-CCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTAATATTGTCATGA---GCGTATAT-AGACGTAAAGCAATT--------ACGTT-------CATGT-ATTGAATAAACAGACTTGTTTT-CTGAAGGCT-GCTT---A--GGTGCATGCATT-T-GTGCA--CA-TTA-CAGAGCCCCAA---CCCCA-----GA--------------TGTG----TGACGTCAAT-TTCCATTGAA-TTA--CAC-T---------GA-T-G-CA-T-C-----------TG--T---GCACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAA-CAAAA-GTT-----GTA-TTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----AT--ATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGG-TTGCTA---A--GGTGT--GTGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAA-GTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGTG-A----A-GTCAAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGA-T-GC----A-T-GGCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAA-C-AAATGTT-----GTAATATTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----AT--AT--TTGATAAAATTATGAA--AAGAA-AATA-GTCTAGATTTGTG--T-GTTT--GCAAT-CAACAATGTGGTACTC----A-TTTCCAAGTCATAAAAGTGCTTGAATTTAATGA-TTTA-AATAT---------------ATTTTA-GTCGATTTCATA---A------GTA-CGTTAAAAAAC-CATGCATG----TA--CTG--AGGTT--CAAG-TTCTG-AATT-GG------------------ACCG---CCTAT-------------GGACGAAAA--TTCACAGGAC-TTTAAATAATAT-TTTCTGGTTT---------------ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA--------GAAAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT---------------------------AC-AAA-C---------TAAAGATTT----AA------ATTAAATTTATATTTA--TTG--TACAGC-A----------------A---TT------GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCCTCA---------TGA---A---ACAT-AGACGT-----------------------------------------TAAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GCTT---AGTTGCGTA--CATT-T-GTGCAAACA-GTAATGGAGTCCCAA-ACCTC-G-----GAATA---GC-ACGCACGT------AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CA--AA-CTGC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTCC---GC--GGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATT-AAA-GT----------TGTTTTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATAT--ATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA-----G----AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG---A---TGA---GGTAAAA----CAAC-AAT-CCAGATAAAATAAG---TT------T-ACAAATTAA-----TATTTAACTTG--CACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CAT-C--CGTGGATTTT-AATGTCT
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAAGATTTA--GAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAA------AC-AAA-CA-GACGAAATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--TACAGCGA---G-CA-------ATAATATT--CATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTTA---------TCATATG---AAAC-AGATGTAAAACAAT---------A------------------------AAGCAGACTTG-------------------------CGTGCA-TTATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGGGTTACA-------C--------ATA----C-ATGTACGTACACCTAACGTCGAT-TTCCATTGAA-TCA--TAC-AC-T-TC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TGTAC---GC--GGAATATGACGACATC-AATTCACAAAA-C-AAA----A----GT--TGTTT-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAACCCAAC-AAA-CA-GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATT--A---ATATTTA--CTG--TACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---TT--CATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
blockSeqs : . CT GATTTA A G T TC C GA . . AT GGG AACCC A G AAG TTGA . ATTTA AC . G AGCGCAATATAAT ATA AT . T TCG AT . G . C . C . ATATTGTCATGAGCGT A C GCATTAATTTTATATATTGAA C TTTT CTGCATAGTT ATG A T A . GTCCCCACCCCA G . T A ACACCT C . . . ACTGCTC A . G . G ATTGATATGTATGC AC T T A AT A TGTTGTAA A C C ATAT TT G GA A . . . TA C . G AATG AATTG A . CTGCA T T CT A ACTACATG . . CGTG . AA GA CAAA A T CCACATTAT CAAGACCGC T T AA . TAA . . TAAT .
blockSeqs : . . AAG . . . . T . . . . . AATC . . CAG . . AA . . . GTCATTT . . . G . . . G . C . C . AGTTATG C . TACGTTCATGTATTGAA C TTTT CTGCTTAGTT AT . T A . GTCCCCACCCCA G . T A TGC C . . . AACTGCC . . G . . TGTATA . T T A A . TGTTGTAA A C C . . G AT T . . . T C . G . A G . ATTTT C C TT G TTGATC . . . . A . AGA . A CCAAATA TTAGATAGC T . . . AA . . . .
blockSeqs : . . A . . . . C . . . . . ACC . . AG . . AA . . . AGCA . . . T . . . A . C . C . TCATATG T . AATTAA T TTTT TTGCTAAG AT . T A . ACCCCCA G . T A GA C . . . TGATGC . . . . . TGTCT . T T A A . GTTGTA A T C . . . GG . . C C . G . G . . GTACA C G GT G GC . . . . A . CTG . A AATT ATGGACTG G . . . AA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . T . . . . . GC . . AG . . . . . . GCA . . . T . . . G . . . . . TGAA C . A C . CTGCTTAG G . T A . ACCTCG G . C A GT C . . . TGATGC . . . . . TGTCC . T T A A . AGC T C C . . T G . A . A . . CTGCA C G C G AC . . . . A . GA . . . TAT T . . . AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . A . . G . . . . . . GCA . . . G . . . A . . . . . TGAA A . . . . TTGCTAAG G . T A . CCCCA . . T . GA . . . . ACTTCC . . . . . TGTAC . T T G A . AGT . C A . . . . . . . . . . C C T . AG . . . . A . CA . T . . . . GA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . C . . G . . . . . . A . . . T . . . . . CTTAC G . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . AGA . T T A A . AGT . . . . A . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C A . . . . . . . . . . . . . TGT . . . G . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ******** *** AC*** ***** ** ATGAG************** TAATTAA************************** TTTT* CTGCTTAG****** G** CCCCACCCCA*** G*** GN**** ** TGCTC***** A* NGT********** T*** C** A***** NTGCA* NT* AC********* ** A** NA** AT******* TGGACCG**** ***
originalCons : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA-----A--GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAA----CAAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAAA---ATATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA---------TGA---G---ANAC-AGACGTAAAACAAT---------ACGTT-------T---T-ATTGAATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTTGCTT---A--CGTGTA-GCATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA-GCCCCCG-----GAATA---GC-ACGCACGTG-A--TAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CAC-GA-C-GC-CAGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAA-GTTA----GTA-TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGC-T-GTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTC----G-ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATC-TGCAGATTCAAACNTTTTG-CTCGATATCACA---AC-----GTA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA-AGGTG--AAAGTTTCAGAAATT-GATCGTTAACCA-ATT--TTACCGGTCCTTATGGACNG-CTTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
finalCons : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA--------GAAAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAC---AAC-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAA-----TATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---TT--CATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTAATGAG--------------ANAC-AGACGTAAAACAATTAATTAA--------------------------TAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCTGCTTAG------GTGTG--CATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAACCCCACCCCA---GAATAG---C-ACGCACGTGN----AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TCA--CACTGCTC-----AGA-T-G-CA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAA-C-AAANGT----------TGTTTAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----AT--ATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCGCGT---GTTTC--CAAT-CAGC----TGGTACTCA-----ATTCCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATNTGCA-GATTCAAACNTTTTGNT-CGATATCACAAC---------TA-CATTCAAAAGT-CATGCATG----TA--CAGA--GGTG--AAAGTTTNA--AATT-GATCGTTAAAT-------TTACCGGTCCTTGGACCG----TTGT-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 111 111 33333333333333 66666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333333 11111 2222222222222222222 3333333333333 1111 11 33333333333 3333333333333333333 1111 44444444444 11111111 11 1 1 11 111 1111 1111 22 111111 111 11111 111111 1111 55555555555555 3333333333333 111 1111
lowQualScore : 4 55 111 111111 4 4 4 55 3 55 3 666 55 666 1 666 4 4 4 999 2 9999 5 66 66 66 5 88888888888888 888 66 5 3 777 66 5 1 5 2 6 2 6 55555555555555555555 1 6 2222222222222222222222222222222222222222 00000 3 0 5 4444444444444444444 5 3 3 5 8888888888888 1111 5 0 8 999 5 5 5 66 33 33333333333 8 7777 4 4 4444444444444444444 66 1 4 0 0 4 1 0000 44444444444 0 1 2 6 66666666 8 11 1 88 0 0 11 444 6 1 4444 6 4444 55 5 222222 3 3 555 1 11111 99 999999 6 4444 99 99 99 1 99 3 6 66666666666666 6666666666666 66 5 66 5 5 0 5 000 0 0000 4
lowQualScore : . .. ... ...... . . . .. . .. . ... .. ... . ... . . . ... . .... . .. .. .. . .............. ... .. . . ... .. . . . . . . . .................... . . ........................................ ..... . . . ................... . . . . ............. .... . . . ... . . . .. .. ........... . .... . . ................... .. . . . . . . .... ........... . . . . ........ . .. . .. . . .. ... . . .... . .... .. . ...... . . ... . ..... .. ...... . .... .. .. .. . .. . . .............. ............. .. . .. . . . . ... . .... .
lowQualScore : 0 55 000 555555 0 0 0 55 0 55 6 444 00 444 3 555 4 4 4 666 9 4444 0 99 99 99 0 55555555555555 888 99 0 1 888 11 0 7 7 5 7 5 7 33333333333333333333 0 7 8888888888888888888888888888888888888888 00000 2 2 0 5555555555555555555 0 2 2 0 6666666666666 4444 7 4 9 444 0 0 0 99 88 00000000000 9 1111 4 4 9999999999999999999 11 9 6 9 7 4 0 6666 55555555555 3 0 5 3 88888888 8 55 0 33 0 0 00 333 7 0 2222 7 2222 22 7 999999 0 0 888 0 88888 22 222222 7 2222 22 22 22 0 22 5 7 77777777777777 0000000000000 99 0 99 0 0 1 0 000 7 6666 4
consensus : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAA---CAA-C-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAA--TATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---T--TCATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA--A--T--------GAG---ANAC-AGACGTAAAACAAT----T--------A---------ATT----------AATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCT-GC-TT---AG--GCG--TG-CGTT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA--CCCCACCCCGGAATA---GC-ACGCACGT-GNAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TC--A--CA--C---TGC--CA-GA-T-GCA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAACAAAAGT----TGTA-T-TT---TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----A---TATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCG--CGTGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTCG-ATT----CCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATN-TGCAGATTCAAACCTTTTGNT-CGATATCACA---A-CTA--CAT------TCAAAAGT-CATGCA----TGTA--CAGA--GGTG--AAAGTTTCA--AATTGATCG-TTAA-------A----T-TTACCGGTCCT-TA-GGACCGC-TTG--T-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
Reference ( family-1409 ) : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CCGGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAA---CAA-C-AAA-C--GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAA--TATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---T--TCATGGCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAATTC--GGTC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACGTGGATTTA-AATGCCTTA--A--T--------GAG---ANAC-AGACGTAAAACAAT----T--------A---------ATT----------AATAAGCAGACTTGTTTT-CCGAAGGCT-GC-TT---AG--GTG--TG-CATT-TTGTGCAAACA-GTAATGGAGCCCCAA--CCCCACCCCAGAATA---GC-ACGCACGT-GNAACGTCGAT-TTCCATTAAA-TC--A--CA--C---TGCT-CA-GA-T-GCA-T-C-----------TG--C---GC--GGAATATGACGACGTCGAATTCACCTAACAAANGT----TGT-----T---TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACGATTCGA----A---TATGTTCGGAAAAATNATGAA--AAGGA-AATT-GTCTAGATTCG--CGTGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTCA-ATT----CCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTATTGAATTTA-AATATN-TGCAGATTCAAACNTTTTGNT-CGATATCACA---A-CTA--CAT------TCAAAAGT-CATGCA----TGTA--CAGA--GGTG--AAAGTTTNA--AATTGATCG-TTAA-------A----T-TTACCGGTCCT-T--GGACCG--TTG--T-GGACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|1 : TGAAATAGCTAAAATTTACT--GGTCTGAAA--GA------AAT-ATT-T-A--C-GGTC--TGTATTATCTTTATTTGGAAAA--TGA---GGAAACA----CAA-C-CCG-C--AACCAAATAAGGATTT----AATGACAAATTAAAATATGTA--CTGCGTACAGC-A---G-TA-------ATA---T--TCATGGCTGTCACATCTGGGA-AAG---AGTAAATTC--AGTCTCGTTTAGTATGCCATTCCACGTGGATTTCTAATGCCTTA-----T--------GAATACAGAC-AGACATAAAACAAT----TTTACATTTACGTTTTT--ATTG---------AATAAGCGGACTTGTTTTTCCGAAGGCTTGC-TTTCTAC--GCG--TGGCATT-TTGTGCAAACAAGTAATGGGGTCCCAA------AGCC-GGAATACCTGCGACGTACATTGTAACG-CGATATTCCATTAAAATC--ATCCA--TAAACGC--CA-GA-TAGCAAT-C-----------TG--C---AT--GGAATTGGATGACATCGAATTCACCTA-CAAAGTTACAGTGTACTCTT---TAGTCAGCAGCTACCATTCATATC-G-TTACAATTCAA----A---TATCTTCGTAAAAATGATGAACAAAGGACAATTAGTCTAGATTCGGGCATGTTTATTCAATTCAGC----TGGTACTTGTATT----C-AAGTCATGAA-GCGCTTGCATTTATTGAATTTACAATATCACGCAGAGT-AAACCTTTTGACACGATATCACA---A-CAAAACAT------TCAAAAGTTCATGCA-----ATAGTCAGACAGGTG--AAAGTTTCAGAAATTGATCG-TTAA-------ACTATT-TTACTGGTCCT-TATGGACAGGCTTG--T-GGATGAAAC--TTCACCGGACCTTTAAA-TCTATATTACCGGTTTTTTTACC-----------CCGGCTGATTTTCAAAAACT
gi|10 : -CCAAAGGTT-GC-TA---AG--GTG--TG-TGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAAGTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGT-GAA--GTCAAT-TTCCATTAAA-TC--A--CA--C---TGATGCATG----GCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAACAAATGT----TGTAATATT---TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----A---TA
gi|11 : tgccacTTA-AATATC-TGCAGATTTAAACTGTTTGC--CAATATTGCATTGATCTA--CAT------TCAAAAGT-CGTGCA----TGTA--CAGA--GGTGGAAAAATAGAA--AATAGATCATTTAA-------AT---T-TTGCCGGTCCT-CA-AGACCGC-TTG--T-TGACGATAA--TTCACTGGAC-TTTAAA-AATA----------TTT---GTCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAA
gi|12 : -CATGCA----TGTA--TGGA--GGTT--AAAGTTCCA--AAATGATCG-CTAACCAA---A----TATTACCGGTCCT-TT-AGATAGC-TTG--G-AGACGAAAAAATTCACCAGAA-TTTAGA-AATAT-TTACCGGTTTT---GCCGG----TAAGACGGATTAA-TTTCATAAACT
gi|13 : ATTCG--CGTGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTTA-ATTGATTCCAAGTCATAAAAGCGTTTGAATTTATTGA--TTA--------------TTCAAACCTTTTGCT--GATATCATG---A-CTA--CATGTACATTCAAAAGT-CA-GCA----TGTA--CAGA--GATG--AAAGTTTGA--AATTGATCG-Tctgcagtaatttactacacagctttcttgt
gi|14 : TGAAATAA-TAAAA---ACA--GGTCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CCGGTT--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGGAAAAAC--CAA-CAAAA-A--GACAAAATAAGGATTT----AAT-A
gi|15 : agtttttgaaatgaaaaaaattcactggtcaagacgaccggGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAAT-CAA-C-AAA-CAAGACAAAATAAGGATTT----AAT-ACATGTTAA--TATTTA--CTA--TACAAC-AA--G-CA-------AAA---T--TCATGGCT-TCACATCTGCAGTAAG---AGTAAATTT--GGTC-CGTTT-GTAT
gi|16 : TGAATTAA-TGATATTTACT--GGACGGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CTCTTC--AGTA-T-TCTCAACTTG---AA--TGA---GGGAAGAA----AA-C-AAAGA--GACAAAATAAAGAGTT----
gi|17 : agtttttgaaatagggaagaatttaatggtcaagaagaatggG---AGTAAATTT--GATC-CGTTT-GTATGCCAT-CCACATGTATTTA-GATGCCTTA--AGTT--------ATG---AAAC-AGACGTAAAACAA-----T--------A---------ATT----------AA-AAGCAGACTTA------CG-----T-GCATT----------------ATT-TTGTGCAAACA-GTAATGG
gi|18 : AA-------A----A-TTACTGGTCAA-GA-GGACCG--GTGATT-TAAT-AAGA--TTTACTGGTC-TGAAGA-AATAT-TTACCGGTg
gi|18 : agtttttgaaatagaaaaTGATTTAA-TAAGATTTACT--GGTCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CCGGTC--GTTATT-TCTCTACTTG---AA--TGAGGGGGAAAAAA---cgttatttctctacttgaatgagggggaaaaaaa
gi|19 : agtttttgaaatagaaaaaaaattactggtcaagaggaccggG--T-GAACGAAAA--TTCACCGGAC-TTTAAA-AATAT-TTACCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAAAAACTa
gi|2 : agttcaaaattgattgctgATGCCTTA-----T--------GAA---ACACCAGACGTAAAGCAATGCATT--------A---------ATTTTATATATTGAATAATCAGACTTGTTTT-CCGAAGACT-GC-AT---AGTTGTG--TG-CATTAGTGTGTA------TTACGGAGTCCCAA--AC---CCCCAGAATA---GC-ATG--CTT-GCAACATCGAT-TTCCATTAAA-TC--A--CA-----------CA-GA-T-GTA-T-C-----------TGTCT---GC--GACATGTGACGACATTAAATTCAGCT-ACAAAAGC----TGT-----T----------CAG-------CCATACCCGCTTACGATTC-A----ACTTTGTGTTTGGAAAAATAATGAA--AAGGA-AATT-GTCTACATTTG--CTAGTTT----------GC----TGGTTCTCA-ATT----TCATGTCATAAAAGTGCTTGAATTTATTGAA-TTA-AATATA-TTTTGATTCAAACGTTTTGTT-C-ATATCACA---G-CTA--CAT------TAAAAAAC-CATGCATGCGTGTA--CAAA--GGTG--AAAATTTCA--AATTGATCG-TTAACCACATTA----T-TTGGCAGTCC-------------TTG--T-GAAAGAAAA--CTCACCGGAC-TTTTAA-GATAT-TTACCGATTTT---GCTGGTAATTAAGACCGGCTGA-TATAAAAAActggtatatacactgtcacaggcttt
gi|20 : GAA-AATT-GTCTAGATTCG--CGCGTTT--CCGAT-CA-----------------TT----TCAAGTCATAAAAGCGCTTGAATTTACTG-GTTTA-AATATG-TACAGATTCAAACGTTTTG-T-CGATATCACA---A-CTA--CAT------Taa
gi|21 : gGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAAAAGAA------AATAATT-T-ATCCTGGTCGAGGTATT-CATTTACTTG---AA--TGA---a
gi|22 : gttttgaaatagaaaaaaaatcactggtcaagag-TTACCAGTCCTAT--GGACTG--TTG--TTGGATGAAAA--TTCACTGGAT-TTTAAA-G-TAT-TTATCAGTTTT---GCCGG----TAAGACCGGCTGA-TTTCAACAACT
gi|23 : GTGTTT--CCAAT-CAGC----TGGTACTCG-ATT----CCATGTCATAAAAGCGC------TTATTGA--TTA-AAAATC-TGCAGATTCAAATCTTTT
gi|24 : TTAA--TATTTA--CTG--TACAGC-A---G-CA-------ATA---T--TCATGGCT-TCACATCTGGGGGAAG---ATTAAATTC--
gi|25 : A--C---TGC--CA-GA-T-GCA-TGCATTGATATGTATG--C---AT--GGACTATGACGACATCAAATTCATCTAACAAAAGT----TGT-----T---Ttgatcttctcctgtgc
gi|26 : -TTACAT--AA-TC--ATACA--C---TGCT-CA-GAAT-GCA-T-C-----------TG--TATAGC--AGAATAT-ATGACATCAAATTCACCTt
gi|28 : aGACCGGCTGA-TTTCAAAAACT
gi|29 : G----TAAGACCGACTGA-TTTCAAAAACTctgctacactatgtacttatcacaggctc
gi|3 : TGAATTAA-TAAAATTTACT--GGTCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CTGGTT--GAAATT-TCTTT----G---AAATTGA---AGAAAAAG---CAA-C-AAA-C-----AAAATTAAGCTGT----AAT-ACAAATTGA--TATTGA--CTG--TACAGC-G------A-------ACA---T--TCATGGCT-TCACAACCTGAGTAAGTCGAGTCAATTC--AGTC-CATTT-GTATGCTAT-CCGCGTGGCTTTA-AATGTCTTA--A--TATTGTCATGAGCGTATAT-AGACGTAAAGCAAT----T--------ACGTTCATGTATTG---------AATAAACAGACTTGTTTT-CTGAAGGCT-GC-TT---AG--GTGCATG-CATT-T-GTGCA--CA-TTA-CAGAGCCCCAA--CCCCA------------------G-ATGT-GTGACGTCAAT-TTCCATTGAA-TT--A--CA--C---TG-------A-T-GCA-T-C-----------TG--T---GCACGGCATATGACAAAGTCGAATTCACCTAACAAAAGT----TGTA----TTGATAATTAGCAGCTTCCATCTGTACCTGCTTATGATTCAA----A---TATctg
gi|4 : ttttgaaatacaaaaaaaaaaactctggtcaagaggattggCAAAGGTT-GC-TA---AG--GTG--TG-TGTA-TTGTGCAAACA-GTAATGGAACCCCAAGTCCCCACCCCAAAATA---GC-ATGCACGT-GAA--GTCAAT-TTCCATTAAA-TC--A--CA--C---TGATGCATG----GCA-T-A-----------AG--A---GT--GAAA-A-GAGAAAGTCAAAATCACCTAACAAATGT----TGTAATATT---TAATTAGCAGCTTCCATCCATACCCGCTTACAATTTGA----A---TAT--TTGATAAAATTATGAA--AAGAA-AATA-GTCTAGATTTG--TGTGTTT--GCAAT-CAACAATGTGGTACTCA-TTT----CCAAGTCATAAAAGTGCTTGAATTTAATGA-TTTA-AATATA-T--------------TTTAGT-CGATTTCATA---A-GTA--CGT------TAAAAAAC-CATGCA----TGTA--CTGA--GGTT--CAAGTTCTG--AA------------------------------------T-T--GGACCGC-CTA--T-GGACGAAAA--TTCACAGGAC-TTTAAATAATAT-TTTCTGGTTT---------------ATACTGGCTGA-TTTCA
gi|5 : TGAATTAA-TGAAATTTACTCTGGCCTGAA---GA------AAT-ACT-A-A--CTGGTC--GGTATT-TATTTACTT---------------------------A-C-AAA-C---------TAAAGATTT----AAA-TTAAATTTA--TATTTA--TTG--TACAGC-A----------------A---T--T----GCT-TCACATCTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-C-----------------ACATGAATTTA-AATGCCTCA-----T--------GAA---ACAT-AGACGT----------------------------------------------TAAGCAGATTTGTTTT-CCGAAAGCT-GC-TT---AGTTGCG--TA-CATT-T-GTGCAAACA-GTAATGGAGTCCCAA------ACCTCGGAATA---GC-ACGCACGT---AACGTCGAT-TTCCATTAAA-TC--A--CAAAC---TGC--CA-GA-T-GCA-T-C-----------TGTCC---GC--GGCATATGATGACATCGAATTCACCTAATTAAAGT----TGT-----T---TTATTATCAACTTCCATTCATACCCGAATACGATCCAAATATA---TATGTTCGGGAAAATta
gi|6 : gaaataaaaaaaaaaatcactagtcaagaggaccggTGATTTAA-TAAAATTT-CT--GGTCTGAA---G-------AAT-ATTGT-A--CCGGTT--GGTATC-TCTTTA-TTG----A--TGA---GG-TAAAA---CAA-C-AAT-CCAGATAAAATAAG--TT-------T-ACAAATTAA--TATTTAACTTG--CACCAC-A---GTCATTT----ATA---TTATCCTGGCT-TTA-ATCTGGGGGTAG---AGTAAATTCATGGTC-CGTTT-GTATG-CAT-C--CGTGGATTTT-AATGTCT
gi|7 : gtattttggaatagaaaaaatttactggtcaagaggaacagTGAATTAA-TGGAATTTACT--GGTCTGAA---GATTTAGAAAT-ATT-TTA--CTGGTC--GGTATT-ATTCTACTTG---AA--TGA---GGATTAAA---CAAAC-AGA-C--GA---AATGATGCTTTTTGAAAT-ACAAATTAA--TATTTA--CTG--TACAGCGA---G-CA-------ATAATAT--TCATGGCT-TTGCAACTGGGGTAAG---AGTAAAGTC--AGTC-CATTT-GT
gi|8 : agttttttaaattaaaaataaaaccactggtcaagagtactggTGCCAT-CCACATGGATTTA-AATGCCTTATCA--T--------ATG---AAAC-AGATGTAAAACAAT-------------------------------------A-AAGCAGACTTG------CG-----T-GCATT---A-------------TT-TTGTGCAAACA-GTAATGGGGTTACA------CATAC----AT----GT-ACGTACAC-CTAACGTCGAT-TTCCATTGAA-TCATA--CA--C---TTC--CA-GA-T-GCA-T-C-----------TGTAC---GC--GGAATATGACGACATC-AATTCACAAAACAAAAGT----TGT-----T---T-ATCAGCAGCTCCCATCC
gi|9 : TAAATTAA-TAAAATCTACT--GGCCTGAA---GA------AAT-ATT-T-A--CCAGTC--GGTATT-TCTTTACTTG---AA--TGA---GGAAAAAAACCCAA-C-AAA-CA-GACAAAATAAGGATTT----AAT-ACAAATTAA--TATTTA--CTG--TACAGC-AAGCG-CAATATAATATA---T--TCATGGCT-TTACATCTGGGATAAG---AGTAAATTC--GGTC-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGTTTTTGAAATAAAAAAAAAATTGACTGGTCAAGAGGACCGGTGAATTAATAAAA