lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 333333333333 1111
lowQualScore : 8 3 5 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 7 888888888 2 333 333333 222222222222 4 1 1 333 4444 4444 2 55555 5555 33 5
lowQualScore : . . . . ......................................................................................................... .. . ......... . ... ...... ............ . . . ... .... .... . ..... .... .. .
lowQualScore : 1 1 7 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 4 444444444 1 333 888888 222222222222 1 7 9 333 0000 2222 0 00000 6666 22 6
consensus : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTATCCTTGTCTTTGGGGGATATCANNGAGAAAAATG--GG-GGA---------AAAC-TCTACTCGG---AT---C-GACAC---G-CGCCG-TTCC-GTCGCCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
Reference ( gi|8 ) : CTATCAAATGAACAGAATC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG--GGCGGA---------AAAC-TCTACTCGG---AT---C-GACAT---G-TGTCA-TTTC-GTCGCCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-T-----TA---ACCAGCGATC--GACTTCCGGTTA
gi|9 : CTACAAAATGAAGAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----
gi|12 : aCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGTTGTCGCTCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNGGAAAATGGAGAAAAC-TCTACTTGG---AT---C-AGCAC---A-CGCTG-TTCC-GTCGACTGGTTCT-A---G----Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgggaaaaactgggattgaaacaccgttctgtcgcctggttctaaacttatttactggcgatcgatttccggtta
gi|3 : ataCTATTAAATCAACAGAGTCCGAAAGTGGGTGNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--ATG--GG-GGG---------AAAC-CCTACTCGGGGAAT---CAAACAC---A-CG-CG-TTCC-GTCACATGGTTAT-A---AATCTAT----TTA-T-----TT---ATTAACAATTTGAATTTCCGGTTAaatt
gi|6 : tataCTATTAAATCAACAAAGTC-GAAATTGGGTGTTGCTCTNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATG--AG-GAA---------AAACATCTANNNNN---NN---N-NNNNN---N-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-N---N----NN----NNN-N-----TT---ACCGACGATC--GATTTTCGGTTAttg
gi|4 : tatgCTATAAAATCAACAGAATT-GAAATTGGGTGTTGCTCT----ttga
gi|5 : tataCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAAGTGGGTGNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--ATG--GGGGGA---------AACC-CCTANNNNN---NN---N-NNNNN---N-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-N---N----NNNNNNTTA-T-----TT---ATTAACAATT--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgggggaaatctctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcgatcgatttccggttat
gi|35 : tataCTATTGAATTAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCttgaa
gi|37 : ctataCTACGAAATTGAGAGATTC-GAAATTGGGTGTCACTaa
gi|11 : ataTATTAAATCAAAAGAGTC-GAAAT-GGGTGTCAATCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTATCCTTGTCTTTGGGGGATATCAGGGAGAAAATTG--GG-------------AAAC-TCTACTTGG---AT---C-AACACACGG-TGTC-----T-GTCGGCTGGTTCT-A---A----AG----TCA-T-----TT---CCCAGCAATC--AAATTC
gi|38 : agTATTAAATTAGCATAGTC-GAAATTGGGTGTCgg
gi|33 : atatTATTAAATTAACAGAGCC-GAAATTTGGTGTCaat
gi|36 : atctttatTATTAAATTAAC-GAGTC-GAAATTTGGTGTCag
gi|7 : tctatatTTAAATCAACAGAGTC-AAAATTGGATGTCGATCT----aa
gi|2 : AATAGAGTC-GAAATTGGGTGTCACTCTACTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAAAAAATGGGGGGGGG---------GGAC-TTTTATCGG---AT---C-GACAC---G----CAGTTCC-AACGCCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-TACATGTATTTACCAGCAATC--GATTTCCGGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacaaaactctactcggatcaacacatgccggtccatcgcagggctctaaacttatttactagcaatcaacttc
gi|17 : atttaaaatataaagcATG--GG-GAA---------AAAC-TCTACTTAG---AT---C-GACAC---ACTGT----TGC-ATCACCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---AACAGTGATC--AATTTC
gi|20 : tataatcattgtcttaggtgggaggggagaaaATG--GG-GAA---------AAAC-T--ATTCGG---AT---C-GACAC---A-C--CG-TAGC-GTCGCCTGATTCT-A---A----AC-----TA-T-----TT---ACCACCCATT--GATTTCt
gi|22 : ggggtttctgggagaaaaATG--GG--AA---------AAAC-TCTATT-AG---AT---C-GACAC---A-CACTG-TTGCAGTCACATGGTTCTTA---A----AC----TTATT-----TA---AACAGTGATC--AATTTTCG
gi|4 : aaaATG--GG-GGA---------AATC-TCTANNNNN---NN---N-NNNNN---N-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-N---N----NN----NNN-N-----NN---NNNAGCGATC--GATTTCCGGTTA
gi|24 : tatactataaaatcaacagaattgaaattgggtgttgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATG--GGGGGA---------AAAC-TCTACATGA---A-------ACAT---G-CGGC----TC---CGACTTATT-T-ATTTA----CT----TTA-T-----TT---ACCAGCAATC--AATTTCTGGTTAt
gi|25 : aaTG--GG-GGA---------AAAT-TCTACCCGA---AT---A-GACAC---G--GT-G-TTTT-ATCGCCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---ACCAGAGATT--GATTTCAGGTTt
gi|29 : TG--GG-GAA---------AAAC-TCTACTCGA---AT---A-AACAC---A-CGCCA-ATCC-GTCGCCTAGT
gi|21 : TG--GGCGGA---------AAGC-T--ANNNNN---NN---N-NNNNN---N-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-N---N----NN----NNN-N----------ACCAGCGATC--GATTTCCGGCTA
gi|23 : G--GGAGGG---------GTAC-TCTACTCCG---AT---T-AACAC---A-CGCCG-TTCC-GTCGTATGGTTCT-T---A----AT----TTA-C-----TT---ATCAGCGATC--CGTTTCCGttggcgaag
gi|9 : ggGGA---------AAA-----ACTGGG---AT---T-GAAAC---A-C--CG-TTCT-GTCGCCTGGTTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---ACTGGCGATC--GATTTCCGGTTAac
gi|31 : actacaaaatgaagagagtcgaaattgggtgtcgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgGA---------AATC-TTCACTTGG---AT---C-AACAC---G-C--CA-TTTC-GTCG
gi|7 : atgtgaA---------AAAC-TCTACTCGG---AT---C-AACAC---A-TGCCG-GTCC-ATCGCAGGGCTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---ACTAGCAATC--AACTTCaatgg
gi|1 : ttaaatcaacagagtcaaaattggatgtcgatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacA---------AAAC-TATTCTCGG---ATAAAC-GAC-------CGTCG-TTCC-GTCTCCTGCTTCT-A---A----AT----TTA-T-----T
gi|27 : cctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagagaaaTACTCGG---AT---C-AACAC---A-CGCAA-TTCC-GTCGCTTGGATCT-A---A----AT----GTA-T-----TT---ACCATCAATC--taataggaattttataagcgataaattttcctcattggctgctagctttgactttagtcgaagcagttcaagaa
gi|19 : aggggtagggggTCGG---AT---A-AACAC---A-CGCCG-TTCC-GTCTCCTGGTTCT-A---A----AG----TTA-C-----TA---Aac
gi|18 : -TTCC-GTCTCCTGGTTCT-A---A----AT----TTA-T-----Tataggaattttataagcgataaattttcctcattggccgctagcttgca
gi|30 : gTTC-ATCAACTAGCTCT-A---A----AC----TTA-T-----TT---AACAGAGATT--GATTTTTGGTTtaataggaattttataagcgataaattttcctcattggccactagcttgacttaagtggaaacagttcgaga
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTAAAATGATAAAACATTATATCGTCTTTTGGGATTTCGAAGAGAAAATGAAGCGGGGGGGTGCCAGGGGGGGGGGCCTACTGAGATAACACAACGCCGTTCCGTCTACTGGTTCTAAAATTTTATATGCGATGGCCGCTAGCTTTACTTTATTCGAAGCAGTTCGAGA
Unaligned ( gi|13 ): TCTAATATTAAATCAACATAGTAGAAATTGATTGTCAATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGGGGGGGGGGCTCTAATCGGATAAACACACACCGTTCTATTGCATGGTTTTAA
Unaligned ( gi|14 ): CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCTTTTAGTCATCGTCTTTGAGCTATTTCGGGGAGAAAATGGGGAAAATCTCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACCAGCGATAGATTTC
Unaligned ( gi|15 ): GTGTCGAATTTGGGTGTCACCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|16 ): AGATATCCATCGTCTTTGAAGGATTTTGGGTAGGAATTAGTTGGAAACGTTTCTCGGATCAACACACGCGTGCCGTGCCTTGTTTAATCCTAAAAAGTAGGGCTTTTGGGATTTCCTACAACAAACTCGCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CCATCGTCTTGGAAGAATTAGTTCTGGAAAAGTTTTCTCGAATCAACACACGCCGCGTTCGTGGCCCTGTTTAA
Unaligned ( gi|28 ): GGAAAGGAGGGGGCTCTACTCGGATTATAACACGCCGCCGTCCTCTATGGTTCTAAATTTTATT
Unaligned ( gi|32 ): TGTATACTATAAAATCAACAGAGTCGAAACTGGAGATCGCTC
Unaligned ( gi|34 ): TCAATATTATTAAATTAACAGAGTCGGAATTTGGTGTCAA
Unaligned ( gi|39 ): GGCCGCTAGCTTACTTTAGTCCAAGTAGTTCGAGA
Alignments
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111111111111 111111111
lowQualScore : 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 88 0 3 1 8888888 2 8888888888888888888888888 1 3333333 333333333 1 44444 222 555555 44 6 1 1 22 1 3333 1 66666666 1 888888888888 1 22
lowQualScore : . .................................................................... . . .. . . . ....... . ......................... . ....... ......... . ..... ... ...... .. . . . .. . .... . ........ . ............ . ..
lowQualScore : 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 11 6 1 7 7777777 4 8888888888888888888888888 7 3333333 000000000 7 22222 888 555555 66 7 5 5 00 5 3333 6 00000000 7 555555555555 7 88
consensus : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGGAGA-AA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
Reference ( family-1401 ) : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCC-TTGTCTTTGG-GGGATATCANNGAGA-AA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACG-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
gi|1 : GAGA-GA------A-----------------A---------A--AA---------AC-TA-----TTCTCGG---ATAAAC-GAC----CGTCGT-T-CCGTCTCC--TGCTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-A
gi|10 : cctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTA-TA--TCGTCTTTTG-GG-ATTTCGAAGAGA-AA------ATGAAGCGGGGGGGTGCCAGGG-G-GG-G--GG---------GC--C-----TACTGAG---AT-----AACACAACGCCGT-T-CCGTCTAC--TGGTTC-TAA----A-AT-----------------------TTT-ATATGCGATataggaattttataagcgataaattttcctcattggctgctagctttgactttagtcgaagcagttcaagaa
gi|11 : cttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaaaatgataaaacTATTAAATCAAAAGAGTC-GAAAT-GGGTGTCAATCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCC-TTGTCTTTGG-GGGATATCAGGGAGA-AA------A-----------------TTGG-G-------AA---------AC-TC-----TACTTGG---AT---C-AACACA-CG--GTGT-CTGTCGGC--TGGTTC-TAA----A-GT--------C-A------------TTT-CCCAGCAATC--AAATTCggccgctagctttactttattcgaagcagttcgaga
gi|12 : agCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGTTGTCGCTCTN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN------N-----------------NNNN-N-GG-A--AAATGGAGAAAAC-TC-----TACTTGG---AT---C-AGCACA-CGCTGT-T-CCGTCGAC--TGGTTC-TAG----A-gg
gi|13 : ataTATTAAATCAACATAGTA-GAAATTGATTGTCAATCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNA-----------------ATGGGG-GG-G--GG---------GC-TC-----TAATCGG---AT---A-AACACA-CACCGT-T-CTATTGCA--TGGTTT-TAA----aatt
gi|14 : tctaaTTAGTCA-TCGTCTTTGA-GCTATTTCGGGGAGA-AA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCAGCGATA--GATTTC
gi|16 : ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccttAGAT-A-TCCATCGTCTTTGA-AGGATTTTGGGTAGG-AATT----A-----------------GTTG-G-------AA---------AC-GT-----TTCTCGG---AT---C-AACACA-CG-CGT-G-CCGT-GCC--TTGTT--TAA----T-CC--------T-A------------
gi|17 : ATAA-TCA-TTGTCTTAGGTGGGA----GGGGAGA-AA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTTAG---AT---C-GACACA-C--TGT-T-GCATCACC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGTGATC--AATTTCaaaagtagggcttttgggatttcctacaacaaactcgctattt
gi|18 : tGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-At
gi|19 : TCGG---AT---A-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-GT--------T-ACTAAATAGGAATTTT-ATAAGCGATA--AATTTTCataggaattttataagcgataaattttcctcattggccactagcttgacttaagtggaaacagttcgaga
gi|2 : TAAAGCAATAGAGTC-GAAATTGGGTGTCACTCTACTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTTAAAA-AA------A-----------------ATGG-G-GG-G--GGGGG------AC-TT-----TTATCGG---AT---C-GACACG-CA--GT-T-CCAACGCC--TGGTTC-TAA----A-CTTATACATGT-A------------TTT-ACCAGCAATC--GATTTCCGGTTctcattggccgctagcttgca
gi|20 : atttaaaata-GGGGTTTCTGGGAGA-AA------A-----------------ATGG-G-GA-A--AA---------AC-T-------ATTCGG---AT---C-GACACA-C--CGT-A-GCGTCGCC--TGATTC-TAA----A-C---------T-A------------TTT-ACCACCCATT--GATTTC
gi|21 : -ACCAGCGATC--GATTTCCGGCTA
gi|22 : tgggcggaaagctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA------A-----------------ATGG-G-A--A--AA---------AC-TC-----TATT-AG---AT---C-GACACA-CACTGT-TGCAGTCACA--TGGTTCTTAA----A-CT--------T-A------------TTTAAACAGTGATC--AATTTTCGttggcgaag
gi|23 : GG-G-GG-A--GGGGT------AC-TC-----TACTCCG---AT---T-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCGTA--TGGTTC-TTA----A-TT--------T-A------------CTT-ATCAGCGATC--CGTTTCCG
gi|24 : A------A-----------------ATGG-G-GGGA--AA---------AC-TC-----TACATGA---A-------ACATG-CG--GC-T-CCG--ACT--TATTTA-TTT----A-CT--------TTA------------TTT-ACCAGCAATC--AATTTCTGGTTAac
gi|25 : TGG-G-GG-A--AA---------AT-TC-----TACCCGA---AT---A-GACACG--GT-GT-T-TTATCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGAGATT--GATTTCAGGTTt
gi|27 : -----TACTCGG---AT---C-AACACA-CGCAAT-T-CCGTCGCT--TGGATC-TAA----A-TG--------T-A------------TTT-ACCATCAATC--
gi|28 : aggggtagggggGA-AA------G-----------------GAGG-G-GG----------------C-TC-----TACTCGG---AT---T-ATAACA-CGCCG----CCGTCCTCTATGGTTC-TAA----ATTT--------T-A------------TTac
gi|29 : gTGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTCGA---AT---A-AACACA-CGCCAA-T-CCGTCGCC--TAGT
gi|3 : CTATTAAATCAACAGAGTCCGAAAGTGGGTGNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNA-AA-------------------------TGG-G-GG-G--AA---------AC-CC-----TACTCGGGGAAT---CAAACACA-CG-CGT-T-CCGTCACA--TGGTTA-TAAATCTA-TT--------T-A------------TTT-ATTAACAATTTGAATTTCCGGTTA
gi|30 : tata-T-TCATCAAC--TAGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGAGATT--GATTTTTGGTTttg
gi|32 : CTATAAAATCAACAGAGTC-GAAACTGGAGATCGCTCt
gi|33 : tgtataTATTAAATTAACAGAGCC-GAAATTTGGTGTC
gi|34 : atctttatTATTAAATTAACAGAGTC-GGAATTTGGTGTCag
gi|35 : tcaatatCTATTGAATTAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCaa
gi|36 : ctataTATTAAATTAAC-GAGTC-GAAATTTGGTGTCaa
gi|37 : tctatatCTACGAAATTGAGAGATTC-GAAATTGGGTGTCACTaa
gi|38 : ataTATTAAATTAGCATAGTC-GAAATTGGGTGTC
gi|4 : atatCTATAAAATCAACAGAATT-GAAATTGGGTGTTGCTCT----aat
gi|4 : tata-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NNN-NNNAGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgggggaaatctctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcgatcgatttccggttat
gi|5 : tatactataaaatcaacagaattgaaattgggtgttgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAAGTGGGTG--NNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN------A-----------------ATGG-G-GG-G--AA---------AC-CCCTANNNNNNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NT--------T-A------------TTT-ATTAACAATT--GATTTCCGGTTAt
gi|6 : tataCTATTAAATCAACAAAGTC-GAAATTGGGTGTTGCTCTNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NA------A-----------------ATGA-G-GA-A--AA---------ACATC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCGACGATC--GATTTTCGGTTAttgaa
gi|7 : tatgTTAAATCAACAGAGTC-AAAATTGGATGTCGATCT----ttga
gi|7 : ------A-----------------ATGG-G-GA-ACAAA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-AACACA-TGCCGG-T-CCATCGCA--GGGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTAGCAATC--AACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacaaaactctactcggatcaacacatgccggtccatcgcagggctctaaacttatttactagcaatcaacttc
gi|8 : ttaaatcaacagagtcaaaattggatgtcgatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCAAATGAACAGAATC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NN------N-----------------ATGG-GCGG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACATG-TGTCAT-T-TCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTA-ACCAGCGATC--GACTTCCGGTTA
gi|9 : CTACAAAATGAAGAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT----
gi|9 : aGAGAGAA------A-----------------ATGG-G----A--AA---------A----------ACTGGG---AT---T-GAAACA-C--CGT-T-CTGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTGGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgggaaaaactgggattgaaacaccgttctgtcgcctggttctaaacttatttactggcgatcgatttccggtta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGTCGAATTTGGGTGTCACCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|26 ): CCATCGTCTTGGAAGAATTAGTTCTGGAAAAGTTTTCTCGAATCAACACACGCCGCGTTCGTGGCCCTGTTTAA
Unaligned ( gi|31 ): ATGTGAGAAATCTTCACTTGGATCAACACGCCATTTCGTCGAATGG
Unaligned ( gi|39 ): GGCCGCTAGCTTACTTTAGTCCAAGTAGTTCGAGA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 55555 3 1 4444 0000000000000000000000000 1 1 1 22 222222222 1 33333 222 44444 1 1 2 1 22 1 3333 1 66666666 1 888888888888 1 22
lowQualScore : . .................................................................. . ..... . . .... ......................... . . . .. ......... . ..... ... ..... . . . . .. . .... . ........ . ............ . ..
lowQualScore : 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111 1 7 8888 0000000000000000000000000 7 6 6 22 000000000 6 88888 666 99999 5 1 8 4 00 5 1111 6 00000000 7 555555555555 7 88
consensus : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
Reference ( family-1401 ) : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
gi|1 : GG---AGAGA------A-----------------A---------A--AA---------AC-TA-----TTCTCGG---ATAAAC-GAC----CGTCGT-T-CCGTCTCC--TGCTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-A
gi|10 : cctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTA-T-A-TCGTCTTTTG-GG-ATTTCGAAG---AGAAA------ATGAAGCGGGGGGGTGCCAGGG-G-GG-G--GG---------GC--C-----TACTGAG---AT-----AACACAACGCCGT-T-CCGTCTAC--TGGTTC-TAA----A-AT-----------------------TTT-ATATGCGATataggaattttataagcgataaattttcctcattggctgctagctttgactttagtcgaagcagttcaagaa
gi|11 : cttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaaaatgataaaacTATTAAATCAAAAGAGTC-GAAAT-GGGTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCC-TTGTCTTTGG-GGGATATCAGGG---AGAAA------A-----------------TTGG-G-------AA---------AC-TC-----TACTTGG---AT---C-AACACA-CG--GTGT-CTGTCGGC--TGGTTC-TAA----A-GT--------C-A------------TTT-CCCAGCAATC--AAATTCggccgctagctttactttattcgaagcagttcgaga
gi|12 : agCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGTTGTCGCTCTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------NNNN-N-GG-A--AAATGGAGAAAAC-TC-----TACTTGG---AT---C-AGCACA-CGCTGT-T-CCGTCGAC--TGGTTC-TAG----A-gg
gi|13 : ataTATTAAATCAACATAGTA-GAAATTGATTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNA-----------------ATGGGG-GG-G--GG---------GC-TC-----TAATCGG---AT---A-AACACA-CACCGT-T-CTATTGCA--TGGTTT-TAA----aatt
gi|14 : tctaaTTAGTCA-TCGTCTTTGA-GCTATTTCGGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCAGCGATA--GATTTC
gi|16 : ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccttAGAT-A-TCCATCGTCTTTGA-AGGATTTTGGGT---AGGAATT----A-----------------GTTG-G-------AA---------AC-GT-----TTCTCGG---AT---C-AACACA-CG-CGT-G-CCGT-GCC--TTGTT--TAA----T-CC--------T-A------------
gi|17 : ATAA-TCA-TTGTCTTAGGTGGGA----GGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTTAG---AT---C-GACACA-C--TGT-T-GCATCACC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGTGATC--AATTTCaaaagtagggcttttgggatttcctacaacaaactcgctattt
gi|18 : tGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-At
gi|19 : TCGG---AT---A-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-GT--------T-ACTAAATAGGAATTTT-ATAAGCGATA--AATTTTCataggaattttataagcgataaattttcctcattggccactagcttgacttaagtggaaacagttcgaga
gi|2 : TAAAGCAATAGAGTC-GAAATTGGGTGTCACTCTA-CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTAAAAAA------A-----------------ATGG-G-GG-G--GGGGG------AC-TT-----TTATCGG---AT---C-GACAC---GCAGT-T-CCAACGCC--TGGTTC-TAA----A-CTTATACATGT-A------------TTT-ACCAGCAATC--GATTTCCGGTTctcattggccgctagcttgca
gi|20 : atttaaaata-GGGGTTTCTGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GA-A--AA---------A---C-----TATTCGG---AT---C-GACACA---CCGT-A-GCGTCGCC--TGATTC-TAA----A-C---------T-A------------TTT-ACCACCCATT--GATTTC
gi|21 : -ACCAGCGATC--GATTTCCGGCTA
gi|22 : tgggcggaaagctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA------A-----------------ATGG-G-A--A--AA---------AC-TC-----TATT-AG---AT---C-GACACA-CACTGT-TGCAGTCACA--TGGTTCTTAA----A-CT--------T-A------------TTTAAACAGTGATC--AATTTTCGttggcgaag
gi|23 : GG-G-GG-A--GGGGT------AC-TC-----TACTCCG---AT---T-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCGTA--TGGTTC-TTA----A-TT--------T-A------------CTT-ATCAGCGATC--CGTTTCCG
gi|24 : A------A-----------------ATGG-G-GGGA--AA---------AC-TC-----TAC-------AT-----GAAACA-TGCGGC-T-CCG--ACT--TATTTA-TTT----A-CT--------TTA------------TTT-ACCAGCAATC--AATTTCTGGTTAac
gi|25 : TGG-G-GG-A--AA---------AT-TC-----TACCCGA---AT---A-GACAC---GGTGT-T-TTATCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGAGATT--GATTTCAGGTTt
gi|26 : -GG-A--AA---------AG-TT-----TTCTCGA---AT---C-AACACA-CGCCGCGT-TCGTGGCC--CTGTT--TAA----
gi|27 : ccatcgtcttggaagaattagttct-----TACTCGG---AT---C-AACACA-CGCAAT-T-CCGTCGCT--TGGATC-TAA----A-TG--------T-A------------TTT-ACCATCAATC--
gi|28 : aggggtagggggGAAA------G-----------------GAGG-G-GG----------------C-TC-----TACTCGG---AT---T-ATAACA-CGCCG----CCGTCCTCTATGGTTC-TAA----ATTT--------T-A------------TTac
gi|29 : gTGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTCGA---AT---A-AACACA-CGCCAA-T-CCGTCGCC--TAGT
gi|3 : CTATTAAATCAACAGAGTCCGAAAGTGGGTGNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNAAA-------------------------TGG-G-GG-G--AA---------AC-CC-----TACTCGGGGAAT---CAAACACA-CG-CGT-T-CCGTCACA--TGGTTA-TAAATCTA-TT--------T-A------------TTT-ATTAACAATTTGAATTTCCGGTTA
gi|30 : tata-T-TCATCAAC--TAGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGAGATT--GATTTTTGGTTttg
gi|31 : -----------------ATGT-G-AG-A--AA---------TC-TT-----CACTTGG---AT---C-AACAC---GCCAT-T-TCGTCGt
gi|32 : CTATAAAATCAACAGAGTC-GAAACTGGAGATCGCTCaatgg
gi|33 : tgtataTATTAAATTAACAGAGCC-GAAATTTGGTGTC
gi|34 : atctttatTATTAAATTAACAGAGTC-GGAATTTGGTGTCag
gi|35 : tcaatatCTATTGAATTAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCaa
gi|36 : ctataTATTAAATTAAC-GAGTC-GAAATTTGGTGTCaa
gi|37 : tctatatCTACGAAATTGAGAGATTC-GAAATTGGGTGTCACTaa
gi|38 : ataTATTAAATTAGCATAGTC-GAAATTGGGTGTC
gi|4 : atatCTATAAAATCAACAGAATT-GAAATTGGGTGTTGCTCT--aat
gi|4 : tata-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NNN-NNNAGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgggggaaatctctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcgatcgatttccggttat
gi|5 : tatactataaaatcaacagaattgaaattgggtgttgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAAGTGGGTG--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------A-----------------ATGG-G-GG-G--AA---------AC-CCCTANNNNNNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NT--------T-A------------TTT-ATTAACAATT--GATTTCCGGTTAt
gi|6 : tataCTATTAAATCAACAAAGTC-GAAATTGGGTGTTGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNA------A-----------------ATGA-G-GA-A--AA---------ACATC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCGACGATC--GATTTTCGGTTAttgaa
gi|7 : tatgTTAAATCAACAGAGTC-AAAATTGGATGTCGATCT--ttga
gi|7 : ------A-----------------ATGG-G-GA-ACAAA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-AACACA-TGCCGG-T-CCATCGCA--GGGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTAGCAATC--AACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacaaaactctactcggatcaacacatgccggtccatcgcagggctctaaacttatttactagcaatcaacttc
gi|8 : ttaaatcaacagagtcaaaattggatgtcgatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCAAATGAACAGAATC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------ATGG-GCGG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACATG-TGTCAT-T-TCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTA-ACCAGCGATC--GACTTCCGGTTA
gi|9 : CTACAAAATGAAGAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--
gi|9 : aTTTCGAG----AGAAA------A------------------TGG-G----A--AA---------A----------ACTGGG---AT---T-GAAACA-C--CGT-T-CTGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTGGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgggaaaaactgggattgaaacaccgttctgtcgcctggttctaaacttatttactggcgatcgatttccggtta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGTCGAATTTGGGTGTCACCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|39 ): GGCCGCTAGCTTACTTTAGTCCAAGTAGTTCGAGA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 55555 3 1 4444 0000000000000000000000000 1 1 1 22 222222222 1 33333 222 44444 1 1 2 1 22 1 3333 1 66666666 1 888888888888 1 22
lowQualScore : . .................................................................. . ..... . . .... ......................... . . . .. ......... . ..... ... ..... . . . . .. . .... . ........ . ............ . ..
lowQualScore : 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111 1 7 8888 0000000000000000000000000 7 6 6 22 000000000 6 88888 666 99999 5 1 8 4 00 5 1111 6 00000000 7 555555555555 7 88
consensus : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
Reference ( family-1401 ) : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
gi|1 : GG---AGAGA------A-----------------A---------A--AA---------AC-TA-----TTCTCGG---ATAAAC-GAC----CGTCGT-T-CCGTCTCC--TGCTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-A
gi|10 : cctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTA-T-A-TCGTCTTTTG-GG-ATTTCGAAG---AGAAA------ATGAAGCGGGGGGGTGCCAGGG-G-GG-G--GG---------GC--C-----TACTGAG---AT-----AACACAACGCCGT-T-CCGTCTAC--TGGTTC-TAA----A-AT-----------------------TTT-ATATGCGATataggaattttataagcgataaattttcctcattggctgctagctttgactttagtcgaagcagttcaagaa
gi|11 : cttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaaaatgataaaacTATTAAATCAAAAGAGTC-GAAAT-GGGTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCC-TTGTCTTTGG-GGGATATCAGGG---AGAAA------A-----------------TTGG-G-------AA---------AC-TC-----TACTTGG---AT---C-AACACA-CG--GTGT-CTGTCGGC--TGGTTC-TAA----A-GT--------C-A------------TTT-CCCAGCAATC--AAATTCggccgctagctttactttattcgaagcagttcgaga
gi|12 : agCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGTTGTCGCTCTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------NNNN-N-GG-A--AAATGGAGAAAAC-TC-----TACTTGG---AT---C-AGCACA-CGCTGT-T-CCGTCGAC--TGGTTC-TAG----A-gg
gi|13 : ataTATTAAATCAACATAGTA-GAAATTGATTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNA-----------------ATGGGG-GG-G--GG---------GC-TC-----TAATCGG---AT---A-AACACA-CACCGT-T-CTATTGCA--TGGTTT-TAA----aatt
gi|14 : tctaaTTAGTCA-TCGTCTTTGA-GCTATTTCGGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCAGCGATA--GATTTC
gi|16 : ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccttAGAT-A-TCCATCGTCTTTGA-AGGATTTTGGGT---AGGAATT----A-----------------GTTG-G-------AA---------AC-GT-----TTCTCGG---AT---C-AACACA-CG-CGT-G-CCGT-GCC--TTGTT--TAA----T-CC--------T-A------------
gi|17 : ATAA-TCA-TTGTCTTAGGTGGGA----GGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTTAG---AT---C-GACACA-C--TGT-T-GCATCACC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGTGATC--AATTTCaaaagtagggcttttgggatttcctacaacaaactcgctattt
gi|18 : tGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-At
gi|19 : TCGG---AT---A-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-GT--------T-ACTAAATAGGAATTTT-ATAAGCGATA--AATTTTCataggaattttataagcgataaattttcctcattggccactagcttgacttaagtggaaacagttcgaga
gi|2 : TAAAGCAATAGAGTC-GAAATTGGGTGTCACTCTA-CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTAAAAAA------A-----------------ATGG-G-GG-G--GGGGG------AC-TT-----TTATCGG---AT---C-GACAC---GCAGT-T-CCAACGCC--TGGTTC-TAA----A-CTTATACATGT-A------------TTT-ACCAGCAATC--GATTTCCGGTTctcattggccgctagcttgca
gi|20 : atttaaaata-GGGGTTTCTGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GA-A--AA---------A---C-----TATTCGG---AT---C-GACACA---CCGT-A-GCGTCGCC--TGATTC-TAA----A-C---------T-A------------TTT-ACCACCCATT--GATTTC
gi|21 : -ACCAGCGATC--GATTTCCGGCTA
gi|22 : tgggcggaaagctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA------A-----------------ATGG-G-A--A--AA---------AC-TC-----TATT-AG---AT---C-GACACA-CACTGT-TGCAGTCACA--TGGTTCTTAA----A-CT--------T-A------------TTTAAACAGTGATC--AATTTTCGttggcgaag
gi|23 : GG-G-GG-A--GGGGT------AC-TC-----TACTCCG---AT---T-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCGTA--TGGTTC-TTA----A-TT--------T-A------------CTT-ATCAGCGATC--CGTTTCCG
gi|24 : A------A-----------------ATGG-G-GGGA--AA---------AC-TC-----TAC-------AT-----GAAACA-TGCGGC-T-CCG--ACT--TATTTA-TTT----A-CT--------TTA------------TTT-ACCAGCAATC--AATTTCTGGTTAac
gi|25 : TGG-G-GG-A--AA---------AT-TC-----TACCCGA---AT---A-GACAC---GGTGT-T-TTATCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGAGATT--GATTTCAGGTTt
gi|26 : -GG-A--AA---------AG-TT-----TTCTCGA---AT---C-AACACA-CGCCGCGT-TCGTGGCC--CTGTT--TAA----
gi|27 : ccatcgtcttggaagaattagttct-----TACTCGG---AT---C-AACACA-CGCAAT-T-CCGTCGCT--TGGATC-TAA----A-TG--------T-A------------TTT-ACCATCAATC--
gi|28 : aggggtagggggGAAA------G-----------------GAGG-G-GG----------------C-TC-----TACTCGG---AT---T-ATAACA-CGCCG----CCGTCCTCTATGGTTC-TAA----ATTT--------T-A------------TTac
gi|29 : gTGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTCGA---AT---A-AACACA-CGCCAA-T-CCGTCGCC--TAGT
gi|3 : CTATTAAATCAACAGAGTCCGAAAGTGGGTGNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNAAA-------------------------TGG-G-GG-G--AA---------AC-CC-----TACTCGGGGAAT---CAAACACA-CG-CGT-T-CCGTCACA--TGGTTA-TAAATCTA-TT--------T-A------------TTT-ATTAACAATTTGAATTTCCGGTTA
gi|30 : tata-T-TCATCAAC--TAGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGAGATT--GATTTTTGGTTttg
gi|31 : -----------------ATGT-G-AG-A--AA---------TC-TT-----CACTTGG---AT---C-AACAC---GCCAT-T-TCGTCGt
gi|32 : CTATAAAATCAACAGAGTC-GAAACTGGAGATCGCTCaatgg
gi|33 : tgtataTATTAAATTAACAGAGCC-GAAATTTGGTGTC
gi|34 : atctttatTATTAAATTAACAGAGTC-GGAATTTGGTGTCag
gi|35 : tcaatatCTATTGAATTAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCaa
gi|36 : ctataTATTAAATTAAC-GAGTC-GAAATTTGGTGTCaa
gi|37 : tctatatCTACGAAATTGAGAGATTC-GAAATTGGGTGTCACTaa
gi|38 : ataTATTAAATTAGCATAGTC-GAAATTGGGTGTC
gi|4 : atatCTATAAAATCAACAGAATT-GAAATTGGGTGTTGCTCT--aat
gi|4 : tata-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NNN-NNNAGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgggggaaatctctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcgatcgatttccggttat
gi|5 : tatactataaaatcaacagaattgaaattgggtgttgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAAGTGGGTG--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------A-----------------ATGG-G-GG-G--AA---------AC-CCCTANNNNNNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NT--------T-A------------TTT-ATTAACAATT--GATTTCCGGTTAt
gi|6 : tataCTATTAAATCAACAAAGTC-GAAATTGGGTGTTGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNA------A-----------------ATGA-G-GA-A--AA---------ACATC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCGACGATC--GATTTTCGGTTAttgaa
gi|7 : tatgTTAAATCAACAGAGTC-AAAATTGGATGTCGATCT--ttga
gi|7 : ------A-----------------ATGG-G-GA-ACAAA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-AACACA-TGCCGG-T-CCATCGCA--GGGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTAGCAATC--AACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacaaaactctactcggatcaacacatgccggtccatcgcagggctctaaacttatttactagcaatcaacttc
gi|8 : ttaaatcaacagagtcaaaattggatgtcgatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCAAATGAACAGAATC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------ATGG-GCGG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACATG-TGTCAT-T-TCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTA-ACCAGCGATC--GACTTCCGGTTA
gi|9 : CTACAAAATGAAGAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--
gi|9 : aTTTCGAG----AGAAA------A------------------TGG-G----A--AA---------A----------ACTGGG---AT---T-GAAACA-C--CGT-T-CTGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTGGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgggaaaaactgggattgaaacaccgttctgtcgcctggttctaaacttatttactggcgatcgatttccggtta
blockSeqs : C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T GTCA T G NTTA ATGAAGCGGGGGGGTGCCA G C G CA ATGGAGAAA A CTANN GGA CA A C G G TA T ATCT T TATACATG T CTAAATAGGAAT A TG
blockSeqs : . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N TCCA . N G NNNNNNAA . . . . GGG . . . C . C G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . ACTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N TCC . N G TTAG . . . . GGT . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T NNN . T N AT . . . . . . . . A . N . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A NNN . G N NN . . . . . . . . N . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N TCA . G G AA . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N NNN . N T AA . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . N NNN . G G AA . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . N NNN . N G AA . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . N NNN . N N GG . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . NNN . N N AA . . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . N N AA . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . N AA . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . NA . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . A . N . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . N . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . N . N . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . N . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . N . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TCN** C****
originalCons : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
finalCons : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTATCN--TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---ATC----GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGTCGAATTTGGGTGTCACCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|39 ): GGCCGCTAGCTTACTTTAGTCCAAGTAGTTCGAGA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222222 111111111
lowQualScore : 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 55555 3 1 4444 0000000000000000000000000 1 1 1 22 222222222 1 33333 222 44444 1 1 2 1 22 1 3333 1 66666666 1 888888888888 1 22
lowQualScore : . .................................................................. . ..... . . .... ......................... . . . .. ......... . ..... ... ..... . . . . .. . .... . ........ . ............ . ..
lowQualScore : 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111 1 7 8888 0000000000000000000000000 7 6 6 22 000000000 6 88888 666 99999 5 1 8 4 00 5 1111 6 00000000 7 555555555555 7 88
consensus : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
Reference ( family-1401 ) : CTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCN-TCGTCTTTGG-GGGATTTCGGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACACA-CGCCGT-T-CCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGCGATC--GATTTCCGGTTA
gi|1 : GG---AGAGA------A-----------------A---------A--AA---------AC-TA-----TTCTCGG---ATAAAC-GAC----CGTCGT-T-CCGTCTCC--TGCTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-A
gi|10 : cctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTA-T-A-TCGTCTTTTG-GG-ATTTCGAAG---AGAAA------ATGAAGCGGGGGGGTGCCAGGG-G-GG-G--GG---------GC--C-----TACTGAG---AT-----AACACAACGCCGT-T-CCGTCTAC--TGGTTC-TAA----A-AT-----------------------TTT-ATATGCGATataggaattttataagcgataaattttcctcattggctgctagctttgactttagtcgaagcagttcaagaa
gi|11 : cttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttaaaatgataaaacTATTAAATCAAAAGAGTC-GAAAT-GGGTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTA-TCC-TTGTCTTTGG-GGGATATCAGGG---AGAAA------A-----------------TTGG-G-------AA---------AC-TC-----TACTTGG---AT---C-AACACA-CG--GTGT-CTGTCGGC--TGGTTC-TAA----A-GT--------C-A------------TTT-CCCAGCAATC--AAATTCggccgctagctttactttattcgaagcagttcgaga
gi|12 : agCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAATTGGTTGTCGCTCTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------NNNN-N-GG-A--AAATGGAGAAAAC-TC-----TACTTGG---AT---C-AGCACA-CGCTGT-T-CCGTCGAC--TGGTTC-TAG----A-gg
gi|13 : ataTATTAAATCAACATAGTA-GAAATTGATTGTCAATCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNA-----------------ATGGGG-GG-G--GG---------GC-TC-----TAATCGG---AT---A-AACACA-CACCGT-T-CTATTGCA--TGGTTT-TAA----aatt
gi|14 : tctaaTTAGTCA-TCGTCTTTGA-GCTATTTCGGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCAGCGATA--GATTTC
gi|16 : ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccttAGAT-A-TCCATCGTCTTTGA-AGGATTTTGGGT---AGGAATT----A-----------------GTTG-G-------AA---------AC-GT-----TTCTCGG---AT---C-AACACA-CG-CGT-G-CCGT-GCC--TTGTT--TAA----T-CC--------T-A------------
gi|17 : ATAA-TCA-TTGTCTTAGGTGGGA----GGGG---AGAAA------A------------------TGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTTAG---AT---C-GACACA-C--TGT-T-GCATCACC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGTGATC--AATTTCaaaagtagggcttttgggatttcctacaacaaactcgctattt
gi|18 : tGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-TT--------T-A------------TTT-At
gi|19 : TCGG---AT---A-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCTCC--TGGTTC-TAA----A-GT--------T-ACTAAATAGGAATTTT-ATAAGCGATA--AATTTTCataggaattttataagcgataaattttcctcattggccactagcttgacttaagtggaaacagttcgaga
gi|2 : TAAAGCAATAGAGTC-GAAATTGGGTGTCACTCTA-CTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTAAAAAA------A-----------------ATGG-G-GG-G--GGGGG------AC-TT-----TTATCGG---AT---C-GACAC---GCAGT-T-CCAACGCC--TGGTTC-TAA----A-CTTATACATGT-A------------TTT-ACCAGCAATC--GATTTCCGGTTctcattggccgctagcttgca
gi|20 : atttaaaata-GGGGTTTCTGGG---AGAAA------A-----------------ATGG-G-GA-A--AA---------A---C-----TATTCGG---AT---C-GACACA---CCGT-A-GCGTCGCC--TGATTC-TAA----A-C---------T-A------------TTT-ACCACCCATT--GATTTC
gi|21 : -ACCAGCGATC--GATTTCCGGCTA
gi|22 : tgggcggaaagctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA------A-----------------ATGG-G-A--A--AA---------AC-TC-----TATT-AG---AT---C-GACACA-CACTGT-TGCAGTCACA--TGGTTCTTAA----A-CT--------T-A------------TTTAAACAGTGATC--AATTTTCGttggcgaag
gi|23 : GG-G-GG-A--GGGGT------AC-TC-----TACTCCG---AT---T-AACACA-CGCCGT-T-CCGTCGTA--TGGTTC-TTA----A-TT--------T-A------------CTT-ATCAGCGATC--CGTTTCCG
gi|24 : A------A-----------------ATGG-G-GGGA--AA---------AC-TC-----TAC-------AT-----GAAACA-TGCGGC-T-CCG--ACT--TATTTA-TTT----A-CT--------TTA------------TTT-ACCAGCAATC--AATTTCTGGTTAac
gi|25 : TGG-G-GG-A--AA---------AT-TC-----TACCCGA---AT---A-GACAC---GGTGT-T-TTATCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACCAGAGATT--GATTTCAGGTTt
gi|26 : -GG-A--AA---------AG-TT-----TTCTCGA---AT---C-AACACA-CGCCGCGT-TCGTGGCC--CTGTT--TAA----
gi|27 : ccatcgtcttggaagaattagttct-----TACTCGG---AT---C-AACACA-CGCAAT-T-CCGTCGCT--TGGATC-TAA----A-TG--------T-A------------TTT-ACCATCAATC--
gi|28 : aggggtagggggGAAA------G-----------------GAGG-G-GG----------------C-TC-----TACTCGG---AT---T-ATAACA-CGCCG----CCGTCCTCTATGGTTC-TAA----ATTT--------T-A------------TTac
gi|29 : gTGG-G-GA-A--AA---------AC-TC-----TACTCGA---AT---A-AACACA-CGCCAA-T-CCGTCGCC--TAGT
gi|3 : CTATTAAATCAACAGAGTCCGAAAGTGGGTGNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNAAA-------------------------TGG-G-GG-G--AA---------AC-CC-----TACTCGGGGAAT---CAAACACA-CG-CGT-T-CCGTCACA--TGGTTA-TAAATCTA-TT--------T-A------------TTT-ATTAACAATTTGAATTTCCGGTTA
gi|30 : tata-T-TCATCAAC--TAGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-AACAGAGATT--GATTTTTGGTTttg
gi|31 : -----------------ATGT-G-AG-A--AA---------TC-TT-----CACTTGG---AT---C-AACAC---GCCAT-T-TCGTCGt
gi|32 : CTATAAAATCAACAGAGTC-GAAACTGGAGATCGCTCaatgg
gi|33 : tgtataTATTAAATTAACAGAGCC-GAAATTTGGTGTC
gi|34 : atctttatTATTAAATTAACAGAGTC-GGAATTTGGTGTCag
gi|35 : tcaatatCTATTGAATTAACAGAGTC-GAAATTGGGTGTCaa
gi|36 : ctataTATTAAATTAAC-GAGTC-GAAATTTGGTGTCaa
gi|37 : tctatatCTACGAAATTGAGAGATTC-GAAATTGGGTGTCACTaa
gi|38 : ataTATTAAATTAGCATAGTC-GAAATTGGGTGTC
gi|4 : atatCTATAAAATCAACAGAATT-GAAATTGGGTGTTGCTCT--aat
gi|4 : tata-----------------ATGG-G-GG-A--AA---------TC-TC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NNN-NNNAGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgggggaaatctctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcgatcgatttccggttat
gi|5 : tatactataaaatcaacagaattgaaattgggtgttgctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTAAATCAACAGAGTC-GAAAGTGGGTG--NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------A-----------------ATGG-G-GG-G--AA---------AC-CCCTANNNNNNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NT--------T-A------------TTT-ATTAACAATT--GATTTCCGGTTAt
gi|6 : tataCTATTAAATCAACAAAGTC-GAAATTGGGTGTTGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNA------A-----------------ATGA-G-GA-A--AA---------ACATC-----TANNNNN---NN---N-NNNNNN-NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNN----N-NN--------N-N------------NTT-ACCGACGATC--GATTTTCGGTTAttgaa
gi|7 : tatgTTAAATCAACAGAGTC-AAAATTGGATGTCGATCT--ttga
gi|7 : ------A-----------------ATGG-G-GA-ACAAA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-AACACA-TGCCGG-T-CCATCGCA--GGGCTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTAGCAATC--AACTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatggggaacaaaactctactcggatcaacacatgccggtccatcgcagggctctaaacttatttactagcaatcaacttc
gi|8 : ttaaatcaacagagtcaaaattggatgtcgatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCAAATGAACAGAATC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNN------N-----------------ATGG-GCGG-A--AA---------AC-TC-----TACTCGG---AT---C-GACATG-TGTCAT-T-TCGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTA-ACCAGCGATC--GACTTCCGGTTA
gi|9 : CTACAAAATGAAGAGAGTC-GAAATTGGGTGTCGCTCT--
gi|9 : aTTTCGAG----AGAAA------A------------------TGG-G----A--AA---------A----------ACTGGG---AT---T-GAAACA-C--CGT-T-CTGTCGCC--TGGTTC-TAA----A-CT--------T-A------------TTT-ACTGGCGATC--GATTTCCGGTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcagacgttgtctttcgagagaaaatgggaaaaactgggattgaaacaccgttctgtcgcctggttctaaacttatttactggcgatcgatttccggtta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGTCGAATTTGGGTGTCACCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|39 ): GGCCGCTAGCTTACTTTAGTCCAAGTAGTTCGAGA