lowQualScore                  :                                                                                    1111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                                                     111                            4444444444444444444444444444444444444444       111111                                                                               1                                                                          11                                                              7777777777777777777777777777777777777777777777                 2222                          333333333333333333333333              11111                                         1                               111111111111     1111                             1                  111111                                   222            2222        1111          1111        22    11        
lowQualScore                  :            6       4   555555 2  2  333    3   22 2 777  666666     3 3       55 4 7777777777777777777777777777777777777777  777  888888 4 4 66   66 4  4   66  4        5 5  55             1 3 1        1   3333     3 3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  3    1  1        555555 00   4444    555555        1 1 1 555555 1 3  1 22   8888888888  8888888888888888888888888888888888888888888888  9999999 4      5555 2 33 2 7   444 2 333     444444444444444444444444    9    1    77777    3             99999    3   666       0      4  4444    22   1     66 333333333333   4 5555 4444  2 2  2 33     666 2 2 3 33   444 444     333333  5   555 44     4 4  66    4  9   111   66     4 0000  777   3333 5 5 5    2222  0     00    88        
lowQualScore                  :            .       .   ...... .  .  ...    .   .. . ...  ......     . .       .. . ........................................  ...  ...... . . ..   .. .  .   ..  .        . .  ..             . . .        .   ....     . .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  .    .  .        ...... ..   ....    ......        . . . ...... . .  . ..   ..........  ..............................................  ....... .      .... . .. . .   ... . ...     ........................    .    .    .....    .             .....    .   ...       .      .  ....    ..   .     .. ............   . .... ....  . .  . ..     ... . . . ..   ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .  .   ...   ..     . ....  ...   .... . . .    ....  .     ..    ..        
lowQualScore                  :            0       0   888888 0  0  555    8   88 2 999  444444     1 1       00 0 5555555555555555555555555555555555555555  888  999999 4 4 11   11 4  4   11  4        0 0  22             8 6 8        8   9999     2 6   8  99999999        66  9  9      8  88 9 88  6    8  8        555555 77   0000    555555        9 9 9 555555 9 8  9 66   3333333333  3333333333333333333333333333333333333333333333  7777777 4      0000 4 22 4 2   111 4 666     111111111111111111111111    9    0    88888    3             11111    6   444       5      2  0000    66   9     44 111111111111   2 4444 7777  2 2  1 11     555 4 4 7 22   111 444     111111  3   000 66     0 0  11    4  8   333   11     4 1111  888   0000 0 0 0    1111  8     77    33        
consensus                     :          NAATATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAC--G-CT--CA------GTTCA-C-AGTAAGA--A-T-------------TC---CC----------GT--------AA---TG------T-A-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAG---T-G--CACTATATCCTC-T-CC-GTAT-CTCGTTTAAATTTGACGGCCATTT-TATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGCGGTTTTTCC-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-AG---AG---CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( gi|3 )            :          TAGTATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAC--G-CA--CA------GTTCA-C-AGTAAGA--A-T-------------TC---------------GT--------AA---TG------T-A-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TA-CAC----ATGC----C-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TAAAG---T-G--TACTATATCCTCGTCCCGGTATCCTCGTTAAAATCTGACGGCCAGTT-AATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGCGGGTTTTCC-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-ATG--CAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-AT---AG---CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|8                          :           AATATCTTAATTG------T-GA-CC---AGG--TAC--T-CA---G------GTCC-----GTAAGA--A-T-------------TCCACCCTATCACTC--AT--------AA----GAA----T-A-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-TACCGTT-TCTGAATA------T---GC----ATGC----C-TGTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------
gi|4                          :          aaagATCTTA-CTG------T-GA-AC---AGAC-TAC--G-TT--CA------GTTCA-C-AGTAAGT--A-TCCCTCCCCTATACTC---------------GT--------AA---TG------T-T-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----A----------TTTAATC-T-A-A------A-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-----------A----------AA-TAGTTTGTAGTA-------AGGAC-AT----T-T--A-TGAAG---T-G--CACTAT-TCCTAGT-------------TT--AATTTAACGACCATTT-TATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCAT---CTCGCGGTTTTTCC-TC----C-AA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-G--T--TTCAA---A-A-ATAGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-AG---AG---CCA-C--G-G-C-GTGA----atagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|5                          :      aaataataATCTTAACTG------T-TA-CC---AGGCCTAC--G-CT--CA------GGTAAAC-AGTAAGA--A-T-------------TCATTACCCTATACGTCGT--------AA---TG------T-A-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----A-TCTGC-AC--GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CATTACC-TT-TATGAATA------TG-CGCATTTATGC----TGGTTTAATC-T-A-C------G-T-AA----ATC----------CA---------TTAATAGTTCTGCA----------TA-T---------TAAG-----A-GACAAT----TAT--ATTGAAG---T-G--TACTATA-----------GAATCCTCGTTTAAATTTGACAGCCATTT--ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CAT---CTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT--TCGGCTTT------------TA--A--T-A----AA-C-AT-T--TTCAA---A-T-TAG--GAT---G---AT-GA------CT-TTT---a
gi|9                          :    gaaaggaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAC--G-CT--CA------GTTCA-C-AGTAAGA--A-T-------------CC----------------C--------ACCCCTG------T-A-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C-T-TT----GA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TTTGAATAATTATATG-CAC----ATGCGGGCC-GTTCATTC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT--------------------------------------------A-AATAGT----T-TGCA-TTAAG---------ACAAT----TTAT----GAA-----GTTTAAATTTGACAGCCATTT-TATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGTGGTTTT
gi|6                          :    agaaagaataATCTTA-CTG------T-GT-CC---ATGC-TAC--G-CT--CA------GTTCA-C-A
gi|14                         :    agaaagaataATCTTA-TTG------T-GA-CC---AGGC-TCC--G-CG--CA------GGTAA-A-AGTAAGA--A-T-------------TCCCCCCTTATACGC--GT--------AA---TG------T-A-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAAAA------TG-CAC----ATGC----T-GTTTAGTA-T-C-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------AA-T---------cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|1                          :  gaaagaaggctgATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TACCAG-CT--CA------GTGCA-C-AGTAAGA--A-TGTCCA--------CC---------------GCCAAACCCGAA---TG------T-ACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-TACC-TTCTCTGAATA------TGCCAC----AT-C----T-G-TTAATCTT-A-C------GTT-AACT--ATC----------CA---------TC-----------A----------AA-T---------CA-------agtttgcagtaa
gi|22                         :    agaaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-T-C--G-CT--CAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGA--AGT-------------TCACACTTGACTT----GT--------AA---TG------TAA-G--CAG----CG-CGA--AG-CGGATCTG-C--T-CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-gttatttgcagtagagacaatgatgcactaatctctttctcaaaatgcgcggctgatcacatcatccgttttcaaataggcattttttttaaggcagtccttttttcaagggataggcatgatagagcttttcttgaaaactccagatgaaggcaggaacatatttaagagtccattaggtcgtgatcattataaattaagatttgacaggta
gi|36                         :      aaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CCTGCAGGC-TAC--G-CT--CA------GTTCA-C-AG
gi|38                         :    agaaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAC--G-Cga
gi|41                         :  ctagaaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAT--G-CT--CA------Gtc
gi|45                         :    agaaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAC--
gi|40                         :   tagaaagaataATCTTA-CTG------TTGA-CC---AGGC-TAC--G-CT--CA------
gi|39                         :    agaaagaataATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-TAG--G-CT--CA------
gi|37                         :   tagaaagaatgATCTTA-CTGCACACAT-GA-CC---AGGC-TAC--G-CT--CA------G
gi|44                         :    tagaaaaaaaATCTTA-CTG------T-GA-CC---AGGC-Tg
gi|48                         : gttagaaaaaataATCTTA-CTG------T-TA-CC---AGGC-TAC--
gi|9                          :       aaagaataTCTTA-CTG------T-GAACT---GAGCGTA---G-C---CT------GGTCA-C-AGTAAGATTA-T-------------TC---------------
gi|4                          :           agaaaCTTA-CTG------T-GA-AC---TGA---AC--G-TAGTCT------GTTCA-C-AGTAAGA--atcccacccctgtagcagccgcgaagcggatctgctttgcattgattttgactttgagtacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttttgaataattatatgcacatgcgggccgttcattctacgtaatatccattaaatagtttgcattaagacaatttatgaagtttaaatttgacagccattttattcagaattcacactcggaacatctcgtggtttt
gi|31                         :       aaataataaCTCG-CCG------T-GA-CC---AGGC-TAC--G-CT--CA------Gtatccctcccctatactcgtaatgttgcagccgcaaagcggatattctttcacgtcgatttgactttatttgagaacttctgcacggaaaagctacataatattgctactacatacctttctgaatatgcacatttaatctaaatgatacccattaaatagtttgtagtaaggacatttatgaagtgcactattcctagtttaatttaacgaccattttatttggaattcacgctcgggatcatctcgcggtttttcctccaaatggcggcttacatcatcgtttcaaaaatagtcatgatagacttttttttgaaactccagatgaaggcgactatagagccacggcgtgaa
gi|2                          :              actagaaagaataatcttactgtcgtgacc-TAC--GTCT--CA------GTTCA-C-A-TAAGA--A-T-------------CC---------------CTCCCT----AA---TACTTTAAT-A-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCCT----A-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA--ACC-TT-T---GATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTATATA-T-A-T------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TTG----------A----------TAGT---------TATGCAGCTA-AAGAA-----T-T--A-TGAAG---T-G--CACTAT-TCCT----CCTGTA------------------GGCCATTT-TATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA----CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AGT-GCAGC---------------TAC-A--T-TGACGAT---GT-T--TACAA---ACT-AGG--CA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GATAAA---GC---AATAT-AG---AG---CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGAgt
gi|30                         :                  aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgA------GTTCA-C-AGTAAGA--A-T-------------TCCACCCCTAAACCC--GT--------AA---TG------T-A-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCTg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                 GCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTTAATC-T-A-CATGAACG-T-AA-T--ATC----------TA---------TT-----------AGTTTA-----CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAGACGT-G--TACTATATTCTCAT-------------TTAAA-TTTGACGGCCATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CAT---CTCGCGGTTTTTCC-TC----CAAA--ATG-GCAGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-AG---AG---CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                 GCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGTATA------CG-CAC----ATGC----C-GTGTAATC-T-A-C------G-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-----------A----------AA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAG---T-G--TACTATA------------TATT-------AAATTTGACAGTCATTT-TATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CAT---CTCGCGGTTTTTCT-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAT-A--C-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-GGG--CAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|28                         :                                                                                                                                                                                 GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                  CGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TGCC-TT-TTTGAATA------TG-CGC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-----------G----------CA-C---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAG---T-G--TACTATA----------GATA--CTCGTTTAAATTTGACAGCGATTT-TATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CAT---CTCGCGGTTTTTCA-TC----CAAA--ATG-GCGGCT-T------------TAT-A----C----AA-C-AT-T--TTC
gi|12                         :                                                   agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TTTGAATA------TG-CGC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------AAATAGTTTG-CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAG---T-G--TACTATA----------GATA--CTCATTTAAATTTGACAACAATTT-TATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CAT---CTCGCGGTTTTACA-TC----CAAA--ATG-A-GGC--T------------T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTTAATC-T-A-T------A-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------CA-TAGTTTGCAGTA-------A-GACAATTTAAT-T--A-TGAAA---T-G--CACTAT-TCCTCTTTCCtataaaac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACTACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------A----------AA-TAG-------TA-------AGGACAATTTAAT-T--A-TGGAG---TGG--CACTAT-TCCTCTTTCCaaaatggcggcttacaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-G------G-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-----------G----------CA-G---------TA-------A-GACAATTTAAT-T--A-TGAAG---T-G--CACTAT-TCCTCaaaatggcggc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----T-GTTTATTC-T-A-C------G-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-----------G----------CA-G---------TA-------A-GACAAT----T-T--A---------T-G--CACTAT-TCCTCTTTCCtttctaaaatggcggcttacaatcatcgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-Aaaaatggcggcttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                   GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|42                         :                                                                                                                                                                                    TCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|15                         :                                                                                                                                                                                     CGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------AAATAGTTTG-CA-G---------TA-------A-GACAATTTTAT-T--A-TGAAC---T-G--CACTAT-TCCTCTTTCC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                      GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-TACC-TT-TCTGAATaaaatggcggcttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TTGGC-AC--T-A--CA-TAAC-CT-TC---ATA------TG-CAC----ATTC----T-GTTTAATC-T-ACC------A-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-----------AAATAGTTTGCCA-G---------TA-------A-GACAAT----A-T--T-TGAAG---T-GGCCACC-TATCCTCTTCTC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     -A--CA-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------AAATAATATG-CA-G---------TA-------A-GACAATCTAAT-T--A-TGAAG---T-G--CACaaaatggcggctgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          A-TACC-TT-TTTGAATA------TG-CGC----ATGC----T-GTTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-----------AAATAGTTTG-CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-T--A-TGAAG---T-G--TACTATA-----------G-ATCCTCATTTAAATTTGACAGCCATTT-AATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGCGGTTTTTCG-TC----CAAA--ATG-GCAGCT-T------------TAT-A----C----AA-C-AT-T--TCCAA---A-TGGGG--CAT---G---ATAGA------
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          A-TACC-TT-TCTGAATA------TG-CAC----ATGC----C-GTTTACTC-C-A-C------G-TAAA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-----------G----------CA-T---------TA-------A-GACAAT----T-A--A-TGAAG---T-G--TACTATA------------TATCCTCGTTTAAAT---------------ATTC-GGAATTCACAC
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               C-CT-TC-GAATA------TAGCAC----ATGC----C-GT--AATT-TTA-C------G-T-AA-T--ATC----------C----------------------------------CA-T---------TA-------A-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAATTTAACGACCATTT-TATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CAT---CTCGCGGTTTTTCC-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-AGT--CAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-AG---AG---CCA-C--G-G-C-Gatagttgctgcagtagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcgtttccaccaaaatggcggctaacaatacatcgtatttcaaataggcacgatagactatttcttttgaaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttCAATT-AATTG-GAAA--------------AGAA-TATTTCCTCG-----TTTCC-AC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------AACAA--TAC----AT-C-GTAT--TTCAA---A-T-AGG--CAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-A
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ccttcgaatatagcacatgccgtaattttacgtaatatcccattaaatagttgctgcagtagagacaaatttTCTTTC-TC-----AAA--ATGCGCGGC--TGAT---------CAC-A--T-C----AT-CCGT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAT---
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaaagaataatcttactgtgaccaggctaccagctcagtgcacagtaagaatgtccaccgccaaacccgaatgtacgcagtgccgaccaagtggatctgaattcgcgtcgattttgactttatttaaaaacttttctgccgaaaaactgcataaattttgctacataccttctctgaatatgccacatctgttaatcttacgttaactatccatcaaatcagttatttgcagtagagacaatgatgcactaatcTTTTC-TA----TAAATAATG-GCGGC--T------------TAC-AATC-C----ATGC-GT-T--TTCAG---A-T-AGG--CAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAAGT-GCA--AATATGAG---AG---CCATC--G-G-CGGTGA----TAtttttttaaggcagtccttttttcaagggataggcatgatagagcttttcttgaaaactccagatgaaggcaggaacatatttaagagtccattaggtcgtgatcattataaattaagatttgacaggta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccTCC-TCTTCTCAAA--ATG-GCGGC--TGTCCAAAAAAAATAC-AA-T-T----GT-T-GT-TGTTTCAA---A-T-AGG--CATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAA-TGGCA--AATAT-AG---AG---CCACC--G-G-C-GTGA----TAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccaccta-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctctt-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-AAAT-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAC---G---ATAGA------CT-TTaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctacgtaatatccattaaatagtttgcagtaagacaattttattatgaactgcactattcctctt-TC----TAAA--ATG-GCGGC--T------------TACAA--T-C----AT-C-GT-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctctt-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-AA-T-C----AT-A-GT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-AG---AG---CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctctt-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-AA-T-C----AT-C-GT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--T
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          t-TC----CAAA--ATG-GCGGC--T------------T
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAT-AA-C-C----AC-C-AT-T--TTCAA---A-T-AGG--CAT---G---ATAGA------CT-TTT---tataaaacattttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ----CAAA--ATG-GCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-C-GT-T--TTCAAG--A-T-AGG--C-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagT-T--TTCAAGGGA-T-AGG--CAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACAT-ATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGTca
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agaaagaataatcttactgtgaccaggctaccagctcagtgcacagtaagaatgtccaccgccaaacccgaatgtacgcagtgccgaccaagtggatctgaattcgcgtcgattttgactttatttaaaaacttttctgccgaaaaactgcataaattttgctacataccttctctgaatatgccacatctgttaatcttacgttaactatccatcaaatcagttatttgcagtagagacaatgatgcactaatctctttctcaaaatgcgcggctgatcacatcatccgttttcaaataggcattttttttaaggcagtcctt-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-AG---AG---CCA-C--a
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                         2                                                                   22222222222222222222222222222222222222222222222    111111                                                                                                                                                                                                                       88888888888888888888888888888888888888888888888888888              1111                         00000000000000000000000000000000                                                                                                                      11                                                 111111                                                11111        1111          1111        11    11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       2 8     4   666666 2    333    2   22 2    666666     3 3        4 4  44444444444444444444444444444444444444444444444    777777  8 55   55 4  4   55  4        4 4  4              1 3 1        1   3333       3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  1 1   1  1     555555    1 1     7777    1       1 1 1 555555 1 3  1 22   9999999999  00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 22 333   9999 1   1   1 333 1 22      22222222222222222222222222222222      555   6666     6666      2    2             77777    3        3        2  3333    22        22 999999999999   2 55 6 4444  2   2 33   33  666 4 2      444 444     222222  5   444 44     3 3  55    4      4 4   55     44444    4   0000 4 4 4    0000        33    33        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       . .     .   ...... .    ...    .   .. .    ......     . .        . .  ...............................................    ......  . ..   .. .  .   ..  .        . .  .              . . .        .   ....       .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  . .   .  .     ......    . .     ....    .       . . . ...... . .  . ..   ..........  ..................................................... . . .. ...   .... .   .   . ... . ..      ................................      ...   ....     ....      .    .             .....    .        .        .  ....    ..        .. ............   . .. . ....  .   . ..   ..  ... . .      ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .      . .   ..     .....    .   .... . . .    ....        ..    ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                       2 9     2   111111 1    777    0   99 4    888888     3 3        0 0  22222222222222222222222222222222222222222222222    000000  0 55   55 0  0   55  0        4 4  4              7 5 7        7   7777       5   7  66666666        55  8  8      7  66 8 66  7 7   7  7     000000    8 8     7777    8       7 7 7 000000 7 5  7 44   3333333333  33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 55 222   3333 8   8   8 222 8 66      88888888888888888888888888888888      000   1111     1111      9    9             77777    1        1        7  9999    55        55 333333333333   0 55 3 5555  1   1 11   11  555 7 4      111 111     444444  0   777 22     6 6  55    0      0 0   55     00000    0   7777 4 4 4    6666        22    88        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T-TC-------------C-C---------C-----------GT--------AATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATA--TCC------TC-T----GTA-T-C-TCGTTTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( family-1388 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAAT-A-TCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T-TC-------------C-----------C-----------GT--------AATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATA--TCC------TC-TCC--GTA-T-C-TCGTTTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TACCAG-CTCA------GTGCA-C-AGTAAGAA-TGTC-------------CAC---------C-----------GCCAAACCCGAATG------TACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-T-ACC-TTCTCTGA------ATAT-GCCACAT-----CTG--TTAATCTT-A-C------GTT-AACT--ATC----------CA---------TC-A-----------AA-T---------CAGTTATTTGCAGTAGA-G-A--C---A---------AT-GA------T-G--CACTA-A--T-C------TC-TT-------T-C-TCA---AAAT---GCG-----CGGCTGATCACATC-ATCC-GT-TTTCA-AATA-----GG---CATTT------TTTTT---------AA-----GGCAG-----------------------T-C----CT-TTT-T--T-C--AAGGGA-T-AGGCAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACATATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agaaagGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTATTC-T-A-C------G-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TA----------T-G--CACTAT---TCC------TC-Ta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-AA-T-C----AT-AGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGttccaaaatggcggcttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctcttGCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGT------ATAC-G-CACAT----GCCG-TGTAATC-T-A-C------G-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-A-----------AA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA--------------------TA---------TTAAAT---TTG----ACAGT----CATTTT-ATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCTTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAT-A--C-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-GGGCAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA-------------------G-A-TAC-TCATTTAAAT---TTG----ACAAC----AATTTT-ATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CATCTCGC-GGTTTTACATC----CAAA--ATGA-GGC--T------------T
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGC-AC--T-A--CA-T-AAC-CT-TC---------ATAT-G-CACAT----TCTG-TTTAATC-T-ACC------A-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTGC-CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----A-TTT-GAA-G---T-GGCCACC-TA--TCC------TC-TTC--tataaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCCTCTTCTCAAA--ATGGCGGC--TGTCCAAAAAAAATAC-AA-T-T----GT-TGT-TGTTTC--AA---A-T-AGGCATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAATG-GCA--AATAT-----AGAG-CCACC--G-G-C-GTGA----TATtcaaaatggcggctgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                     ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccaccta-A-TCTTA-TTG------T-GACC---AGGC-TCC--G-CGCA------GGTAA-A-AGTAAGAA-T-TC-------------C-----------CCCCTTATACGCGT--------AATG------TA-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AAAT-G-CACAT----GCTG-TTTAGTA-T-C-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-T---------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaaagaaggctgCGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTTAT-TAT-GAA-C---T-G--CACTAT---TCC------TC-Tagtttgcagtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAAC-T-G-C------A-T-AA-T--TTTG---------CA---------CT-A-----------CA-T-----------------------------A--C---C-T----T-TCT-GAATA---T-G--CAC-ATG---CCGTTTAATC-TAC--GTAAT-A-TCCATTAAATAGTTTGCAGTAAGAC----AATTTT-ATTA-TGAACT-GCACT------------ATTCC------TCTT--TC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-AAAT-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-TTttccaaaatggcggcttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATAGATCC------TC----------------ATTTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTA-ATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCGTC----CAAA--ATGGCAGC--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TCC--AA---A-TGGGGCAT---G---ATAGA------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-G------G-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---TCC------TC-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC----TAAA--ATGGCGGC--T------------TACAA--T-C----AT-CGT-ttctaaaatggcggcttacaatcatcgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctcttGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-T------A-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-TAGTTTGCAGTA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-A---T-G--CACTAT---TCC------TC-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--ttccaaaatggcggcttacaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctcttC-CT-TC-GA------ATATAG-CACAT----GCCG-T--AATT-TTA-C------G-T-AA-T--ATC----------C-------------------------CA-T---------TA--------------A---A--T---AGT----T-GCT-GCA-G---T-aa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTCCAC----CAAA--ATGGCGGC--T------------AAC-AA-TAC----AT-CGTAT--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-Aagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcgtttccaccaaaatggcggctaacaatacatcgtatttcaaataggcacgatagactatttcttttgaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                  ccttcgaatatagcacatgccgtaattttacgtaatatcccattaaatagttgctgcagtagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcg-TAC--GTCTCA------GTTCA-C-A-TAAGAA-T-CC-------------CTC---------C-----------CT--------AATACTTTAATA-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCC----TA-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA---ACC-TT-T---G------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTATATA-T-A-T------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TTGA-----------TAGT---------TATGCAGCT-------A-A-A--G---AA-----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---TCC------TC--CT--GTA---------------------------GGC----CATTTT-ATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA-CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AGTGCAGC---------------TAC-A--T-TGACGAT--GT-T--TAC--AA---ACT-AGGCA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GAT-AA-A-GC---AATAT-----AGAG-CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACT-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-TAG-------TA--------------AGG-A--C---AATTTAAT-TAT-GGA-G---TGG--CACTAT---TCC------TC-Tg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTTCTA----TAAATAATGGCGGC--T------------TAC-AATC-C----ATGCGT-T--TTC--AG---A-T-AGGCAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAA-GTGCA--AATATG----AGAG-CCATC--G-G-CGGTGA----TAttccaaaatggcggc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                   agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-T-C--G-CTCAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGAAGT-TC-------------A-----------CACTTGACTT--GT--------AATG------TAAG--CAG--C--G-CGA--AG-CGGATCTG-C-T--CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aaagTTAAAT---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTACTC-C-A-C------G-TAAA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-AAT-GAA-G---T-G--TACTATA--------------------TA-TCC-TCGTTTAAA-------------------------T-ATTC-GGAATTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAATATG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATCTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AGT-A-TCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CACA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T-TC-------------------------------------GT--------AATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-A-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-AAA-G---T-G--TACTATA--TCC------TCGTCCCGGTA-TCC-TCGTTAAAAT---CTG----ACGGC----CAGTTA-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGGTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-ATGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-----ATAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T-TC-------------CACCCCTAAACCC-----------GT--------AATG------TA-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           CTCG-CCG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------G
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actagaaagaataatcttactgtcgtgaccTC----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-AA-T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--Tgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-A
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAT-AA-C-C----AC-CAT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-AATCTTA-CTG------T-GACCTGCAGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAA-A-TCTTA-CTGCACACAT-GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------Gga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaaaAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CTCg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            ctagaaagAATGA-TCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAG--G-CTCA------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaagAAT-AATCTTA-CTG------T-GAAC---AGAC-TAC--G-TTCA------GTTCA-C-AGTAAGTA-T-CC-------------CTCCCCTATACTC-----------GT--------AATG------TT-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----------TTAATC-T-A-A------A-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-A-----------AA-TAGTTTGTAGTA--------------A-GGA--C---A-T----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---------------TCC---TA-------GTTTAA-T---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCATCTCGC-GGTTTTTCCTC----C-AA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CG--T--TTCAAAA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatAAT-AATCTTA-CTG------TTGACC---AGGC-TAC--G-CTCA------a
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAT--G-CTCA------G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agaaagTCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-T
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                           gttagaaaaAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tagaaag-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-----AGAG-CCA-C--
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TC----CAAA--ATGGCGGC--T------------T
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-AATCTTA-CTG------T-TACC---AGGC-TAC--tataaaacattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aaagAAT-AATCTTAACTG------T-TACC---AGGCCTAC--G-CTCA------GGTAAAC-AGTAAGAA-T-TCATTACCCTATACGT-----------C-----------GT--------AATG------TA-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----AT-CTGC-ACG--A--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TTACC-TT-TATGA------ATAT-G-CGCATTTATGCTGGTTTAATC-T-A-C------G-T-AA----ATC----------CA---------TT-AATAGTTCTGCATA-T---------TA--------------A-G-AGAC---AAT----TATATTGAA-G---T-G--TACTATA-------------------GAA-T-CCTCGTTTAAAT---TTG----ACAGC----CA-TTT-ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CATCTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT-TCGGCTTT------------TA--A--T-A----AA-CAT-T--TTC--AA---ATT-AGG-AT---G---AT-GA------CT-TTT---
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gaaaggAAT-AATCTTA-CTG------T-GTCC---ATGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agaaagCGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-GCC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-G-----------CA-C---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA-------------------G-A-TAC-TCGTTTAAAT---TTG----ACAGC----GATTTT-ATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCATC----CAAA--ATGGCGGC--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TTC--cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-CATGAACG-T-AA-T--ATC----------TA---------TT-AGTTTA------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-GACGT-G--TACTATA--T--------------------T-C-TCATTTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCAGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-A-TCTTAATTG------T-GACC---AGG--TAC-----TCA------GGTC--C--GTAAGAA-T-TC-------------CACCCTATCACTC-----------AT--------AA-GAA----TA-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-T-ACCGTT-TCTGA------ATAT-G---CAT----GCCT-GTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A------------A-TAGTTTGC--TAGT------------A-G-A--CATTAAT----G-TAT-G-A-G---T-G--CA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aaag----CAAA--ATGGCGGC--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AAG--A-T-AGGC-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGAaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|9                          : aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagAAT-AATCTTA-CTG------T-GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T-CC-------------C-----------A-----------CC--------CCTG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C------TTTGA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATAATTATAT-G-CACATGCGGGCCG-TTCATTC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA----------------------------------------------GTTTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTT-ATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGT-GGTTTTca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111                                               111  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000   222222                                                                                                                                                                                                                       88888888888888888888888888888888888888888888888888888              1111                         99999999999999999999999999999999999                                                                                                                        1111                                               111111                                                11111        1111          1111        11    11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              4   666666 555555555555555    333    2   22 2    666666     3 3        4 111  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222   000000  8 55   55 4  4   55  4        4 4  4              1 3 1        1   3333       3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  1 1   1  1     555555    1 1     7777    1       1 1 1 555555 1 3  1 22   9999999999  00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 22 333   9999 1   1   1 333 1 22      00000000000000000000000000000000000      444   5555     5555      2    2             77777    3        3        2  3333    22       22 22 999999999999   2 6666 4444  2   2 33   33  666 4 2      444 444     222222  5   444 44     3 3  55    4      4 4   55     44444    4   0000 4 4 4    0000        33    33        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   ...... ...............    ...    .   .. .    ......     . .        . ...  .......................................................   ......  . ..   .. .  .   ..  .        . .  .              . . .        .   ....       .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  . .   .  .     ......    . .     ....    .       . . . ...... . .  . ..   ..........  ..................................................... . . .. ...   .... .   .   . ... . ..      ...................................      ...   ....     ....      .    .             .....    .        .        .  ....    ..       .. .. ............   . .... ....  .   . ..   ..  ... . .      ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .      . .   ..     .....    .   .... . . .    ....        ..    ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              2   111111 333333333333333    777    0   99 4    888888     3 3        0 000  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000   000000  0 55   55 0  0   55  0        4 4  4              7 5 7        7   7777       5   7  66666666        55  8  8      7  66 8 66  7 7   7  7     000000    8 8     7777    8       7 7 7 000000 7 5  7 44   3333333333  33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 55 222   3333 8   8   8 222 8 66      77777777777777777777777777777777777      777   7777     7777      9    9             77777    1        1        7  9999    55       55 55 333333333333   0 4444 5555  1   1 11   11  555 7 4      111 111     444444  0   777 22     6 6  55    0      0 0   55     00000    0   7777 4 4 4    6666        22    88        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T---TC--------CA---------C-------C----------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATA--TCCT-C-T----G-AT-C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( family-1388 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T---TC--------C----------C-------C----------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATA--TCCT-C-T----GTAT-C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TACCAG-CTCA------GTGCA-C-AGTAAGAA-TG--TC--------CA---------C-------C----------GCCAAACCCGA------ATG------TACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-T-ACC-TTCTCTGA------ATAT-GCCACAT-----CTG--TTAATCTT-A-C------GTT-AACT--ATC----------CA---------TC-A-----------AA-T---------CAGTTATTTGCAGTAGA-G-A--C---A---------AT-GA------T-G--CACTA-A--T-CT-C-T-----T-T-C-T-CA-----------AAAT---GCG-----CGGCTGATCACATC-ATCC-GT-TTTCA-AATA-----GG---CATTT------TTTTT---------AA-----GGCAGTCC--T------------T------------------T-T--TTC--AAGGGA-T-AGGCAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACATATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaaagGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTATTC-T-A-C------G-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TA----------T-G--CACTAT---TCCT-C-T----a
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-AGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGttccaaaatggcggcttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctcttGCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGT------ATAC-G-CACAT----GCCG-TGTAATC-T-A-C------G-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-A-----------AA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA---------------TA-----------------TTAAAT---TTG----ACAGT----CATTTT-ATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCTTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-A--C-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-GGGCAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA--------------G-ATAC-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACAAC----AATTTT-ATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CATCTCGC-GGTTTTACATC----CAAA--ATGA-GG--C--T------------T
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGGC-AC--T-A--CA-T-AAC-CT-TC---------ATAT-G-CACAT----TCTG-TTTAATC-T-ACC------A-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTGC-CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----A-TTT-GAA-G---T-GGCCACC-TA--TCCT-C-T-------T-C-T-CA-----------AAA-----TG----GCGGC----tataaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCCTCTTCTCAAA--ATGGCGG--C--TGTCCAAAAAAAATAC-AA-T-T----GT-TGT-TGTTTC--AA---A-T-AGGCATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAATG-GCA--AATAT-----AGAG-CCACC--G-G-C-GTGA----TATtgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                    ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccacctaTGATCTTA-TTG------T---------------GACC---AGGC-TCC--G-CGCA------GGTAA-A-AGTAAGAA-T---TC--------C----------C-------CCCTTATACGCGT--------A------ATG------TA-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AAAT-G-CACAT----GCTG-TTTAGTA-T-C-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-T---------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gaaagaaggcCGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTTAT-TAT-GAA-C---T-G--CACTAT---TCCT-C-T----agtttgcagtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AAAC-T-G-C------A-T-AA-T--TTTG---------CA---------CT-A-----------CA-T-----------------------------A--C---C-T----T-TCT-GAATA---T-G--CAC-ATG--CCGT-T-T----A-AT-C-TACGTAATATCCATTAAATAGTTTGCAGTAAGAC----AATTTT-ATTA-TGAACT-GCACT------------ATTCC------TCTT--TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AAAT-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-TTttccaaaatggcggcttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATAGATCCT-C----------------AT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTA-ATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCGTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TCC--AA---A-TGGGGCAT---G---ATAGA------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-G------G-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---TCCT-C-T----
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC----TAAA--ATGGCGG--C--T------------TACAA--T-C----AT-CGT-ttctaaaatggcggcttacaatcatcgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctcttGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-T------A-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-TAGTTTGCAGTA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-A---T-G--CACTAT---TCCT-C-T----
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--ttccaaaatggcggcttacaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctcttC-CT-TC-GA------ATATAG-CACAT----GCCG-T--AATT-TTA-C------G-T-AA-T--ATC----------C-------------------------CA-T---------TA--------------A---A--T---AGT----T-GCT-GCA-G---T-aa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTCCAC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------AAC-AA-TAC----AT-CGTAT--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-Aagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcgtttccaccaaaatggcggctaacaatacatcgtatttcaaataggcacgatagactatttcttttgaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                               ccttcgaatatagcacatgccgtaattttacgtaatatcccattaaatagttgctgcagtagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcg-TAC--GTCTCA------GTTCA-C-A-TAAGAA-T---CC--------CT---------C-------C----------CT--------A------ATACTTTAATA-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCC----TA-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA---ACC-TT-T---G------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTATATA-T-A-T------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TTGA-----------TAGT---------TATGCAGCT-------A-A-A--G---AA-----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---TCCTCC-T----GTA-----------------------------------GGC----CATTTT-ATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA-CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AGTGCAG--C---------------TAC-A--T-TGACGAT--GT-T--TAC--AA---ACT-AGGCA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GAT-AA-A-GC---AATAT-----AGAG-CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACT-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-TAG-------TA--------------AGG-A--C---AATTTAAT-TAT-GGA-G---TGG--CACTAT---TCCT-C-T----g
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTTCTA----TAAATAATGGCGG--C--T------------TAC-AATC-C----ATGCGT-T--TTC--AG---A-T-AGGCAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAA-GTGCA--AATATG----AGAG-CCATC--G-G-CGGTGA----TAttccaaaatggcggc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                   agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T-C--G-CTCAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGAAGT---TCACACTTGAC----------T-------T----------GT--------A------ATG------TAAG--CAG--C--G-CGA--AG-CGGATCTG-C-T--CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaag--------TTAAAT---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTACTC-C-A-C------G-TAAA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-AAT-GAA-G---T-G--TACTATA---------------TATCC-T-CGT--------TTAAA-------------------------T-ATTC-GGAATTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAATATG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATCTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        ATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CACA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T---TC--------------------------------------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-A-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-AAA-G---T-G--TACTATA--TCCT-CGTCCCGGTATCC-T-CGT--------TAAAAT---CTG----ACGGC----CAGTTA-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGGTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-ATGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-----ATAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tagtA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T---TC--------CACCCCTAAACC-------C----------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------TCGTGACCCTCGCCGTGACC---AGGC-TAC--G-CTCA------G
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           actagaaagTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--Tgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-A
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-AA-C-C----AC-CAT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACCTGCAGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAAAATCTTA-CTGCACACAT---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------Gga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tagaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            ctagaaagAATGATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAG--G-CTCA------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GAAC---AGAC-TAC--G-TTCA------GTTCA-C-AGTAAGTA-TCCCTC--------C----------C-------CTATACTC---GT--------A------ATG------TT-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----------TTAATC-T-A-A------A-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-A-----------AA-TAGTTTGTAGTA--------------A-GGA--C---A-T----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT---TCCT----------A-------GT--------TTAA-T---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCATCTCGC-GGTTTTTCCTC----C-AA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CG--T--TTCAAAA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatAATAATCTTA-CTG------TT--------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------a
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAT--G-CTCA------G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaaagTCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                           gttagaaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tagaaag-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-----AGAG-CCA-C--
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------TACC---AGGC-TAC--tataaaacattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aaagAATAATCTTAACTG------T---------------TACC---AGGCCTAC--G-CTCA------GGTAAAC-AGTAAGAA-T---TCATTAC---C----------CTATACGTC----------GT--------A------ATG------TA-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----AT-CTGC-ACG--A--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TTACC-TT-TATGA------ATAT-G-CGCATTTATGCTGGTTTAATC-T-A-C------G-T-AA----ATC----------CA---------TT-AATAGTTCTGCATA-T---------TA--------------A-G-AGAC---AAT----TATATTGAA-G---T-G--TACTATA--------------GAAT-CCT-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CA-TTT-ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CATCTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT-TCGG--CTTT------------TA--A--T-A----AA-CAT-T--TTC--AA---ATT-AGG-AT---G---AT-GA------CT-TTT---
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gaaaggAATAATCTTA-CTG------T---------------GTCC---ATGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagCGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-GCC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-G-----------CA-C---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA--------------G-ATAC-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----GATTTT-ATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCATC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TTC--cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-CATGAACG-T-AA-T--ATC----------TA---------TT-AGTTTA------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-GACGT-G--TACTATA--T--------------T-C-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATA-TCTTAATTG------T---------------GACC---AGG--TAC-----TCA------GGTC--C--GTAAGAA-T---TC--------CA---------C-------C----------CT--------ATCACTCATAAGAA--TA-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-T-ACCGTT-TCTGA------ATAT-G---CAT----GCCT-GTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A------------A-TAGTTTGC--TAGT------------A-G-A--CATTAAT----G-TAT-G-A-G---T-G--CA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaag----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AAG--A-T-AGGC-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGAaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|9                          : aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAA-T---CC--------CACC-------C-------C----------------------------TG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C-T-TT----GA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATAATTATAT-G-CACATGCGGGCCG-TTCATTC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-----------------------------------------GT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTT-ATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGT-GGTTTTca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111                                                 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   222222                                                                                                                                                                                                                       88888888888888888888888888888888888888888888888888888              1111                         77777777777777777777777777777777                                                                                                                        1111                                               111111                                                11111        1111          1111        11    11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              4   666666 555555555555555    333    2   22 2    666666     3 3         4  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   000000  8 55   55 4  4   55  4        4 4  4              1 3 1        1   3333       3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  1 1   1  1     555555    1 1     7777    1       1 1 1 555555 1 3  1 22   9999999999  00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 22 333   9999 1   1   1 333 1 22      33333333333333333333333333333333      444   5555     5555      2    2             77777    3        3        2  3333    22       22 22 999999999999   2 6666 4444  2   2 33   33  666 4 2      444 444     222222  5   444 44     3 3  55    4      4 4   55     44444    4   0000 4 4 4    0000        33    33        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   ...... ...............    ...    .   .. .    ......     . .         .  .........................................................   ......  . ..   .. .  .   ..  .        . .  .              . . .        .   ....       .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  . .   .  .     ......    . .     ....    .       . . . ...... . .  . ..   ..........  ..................................................... . . .. ...   .... .   .   . ... . ..      ................................      ...   ....     ....      .    .             .....    .        .        .  ....    ..       .. .. ............   . .... ....  .   . ..   ..  ... . .      ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .      . .   ..     .....    .   .... . . .    ....        ..    ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              2   111111 333333333333333    777    0   99 4    888888     3 3         0  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   000000  0 55   55 0  0   55  0        4 4  4              7 5 7        7   7777       5   7  66666666        55  8  8      7  66 8 66  7 7   7  7     000000    8 8     7777    8       7 7 7 000000 7 5  7 44   3333333333  33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 55 222   3333 8   8   8 222 8 66      88888888888888888888888888888888      777   7777     7777      9    9             77777    1        1        7  9999    55       55 55 333333333333   0 4444 5555  1   1 11   11  555 7 4      111 111     444444  0   777 22     6 6  55    0      0 0   55     00000    0   7777 4 4 4    6666        22    88        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATATCCT----CTGAT---C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( family-1388 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATATCCT----CTGAT---C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TACCAG-CTCA------GTGCA-C-AGTAAGAATGTC-----------C--------AC--------C---------GCCAAACCCGA------ATG------TACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-T-ACC-TTCTCTGA------ATAT-GCCACAT-----CTG--TTAATCTT-A-C------GTT-AACT--ATC----------CA---------TC-A-----------AA-T---------CAGTTATTTGCAGTAGA-G-A--C---A---------AT-GA------T-G--CACTA-AT-CT----CTT-T---C-T-CA-----------AAAT---GCG-----CGGCTGATCACATC-ATCC-GT-TTTCA-AATA-----GG---CATTT------TTTTT---------AA-----GGCAGTCC--T------------T------------------T-T--TTC--AAGGGA-T-AGGCAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACATATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTATTC-T-A-C------G-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TA----------T-G--CACTAT-TCCT----CTa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-AGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGttccaaaatggcggcttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctcttGCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGT------ATAC-G-CACAT----GCCG-TGTAATC-T-A-C------G-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-A-----------AA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATAT----------A-------------------TTAAAT---TTG----ACAGT----CATTTT-ATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCTTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-A--C-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-GGGCAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GATA--C-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACAAC----AATTTT-ATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CATCTCGC-GGTTTTACATC----CAAA--ATGA-GG--C--T------------T
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGGC-AC--T-A--CA-T-AAC-CT-TC---------ATAT-G-CACAT----TCTG-TTTAATC-T-ACC------A-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTGC-CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----A-TTT-GAA-G---T-GGCCACC-TATCCT----CT--T---C-T-CA-----------AAA-----TG----GCGGC----tataaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCTCTTCTCAAA--ATGGCGG--C--TGTCCAAAAAAAATAC-AA-T-T----GT-TGT-TGTTTC--AA---A-T-AGGCATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAATG-GCA--AATAT-----AGAG-CCACC--G-G-C-GTGA----TATtgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                    ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccacctaTGATCTTA-TTG------T---------------GACC---AGGC-TCC--G-CGCA------GGTAA-A-AGTAAGAAT-TC-----------CCCCCTTATACG-------C---------GT--------A------ATG------TA-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AAAT-G-CACAT----GCTG-TTTAGTA-T-C-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-T---------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaaagaaggcCGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTTAT-TAT-GAA-C---T-G--CACTAT-TCCT----CTagtttgcagtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAC-T-G-C------A-T-AA-T--TTTG---------CA---------CT-A-----------CA-T-----------------------------A--C---C-T----T-TCT-GAATA---T-G--CAC-ATGCCGT----TTAAT---C-TACGTAATATCCATTAAATAGTTTGCAGTAAGAC----AATTTT-ATTA-TGAACT-GCACT------------ATTCC------TCTT--TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AAAT-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-TTttccaaaatggcggcttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GAT---CCT-CAT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTA-ATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCGTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TCC--AA---A-TGGGGCAT---G---ATAGA------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-G------G-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCT----CT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----TAAA--ATGGCGG--C--T------------TACAA--T-C----AT-CGT-ttctaaaatggcggcttacaatcatcgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctcttGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-T------A-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-TAGTTTGCAGTA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-A---T-G--CACTAT-TCCT----CT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--ttccaaaatggcggcttacaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctcttC-CT-TC-GA------ATATAG-CACAT----GCCG-T--AATT-TTA-C------G-T-AA-T--ATC----------C-------------------------CA-T---------TA--------------A---A--T---AGT----T-GCT-GCA-G---T-aa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTCCAC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------AAC-AA-TAC----AT-CGTAT--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-Aagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcgtttccaccaaaatggcggctaacaatacatcgtatttcaaataggcacgatagactatttcttttgaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                               ccttcgaatatagcacatgccgtaattttacgtaatatcccattaaatagttgctgcagtagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcg-TAC--GTCTCA------GTTCA-C-A-TAAGAAT-CC-----------C--------TC--------C---------CT--------A------ATACTTTAATA-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCC----TA-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA---ACC-TT-T---G------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTATATA-T-A-T------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TTGA-----------TAGT---------TATGCAGCT-------A-A-A--G---AA-----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCTC---CTG---------------------TA---------------GGC----CATTTT-ATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA-CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AGTGCAG--C---------------TAC-A--T-TGACGAT--GT-T--TAC--AA---ACT-AGGCA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GAT-AA-A-GC---AATAT-----AGAG-CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACT-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-TAG-------TA--------------AGG-A--C---AATTTAAT-TAT-GGA-G---TGG--CACTAT-TCCT----CTg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTCTA----TAAATAATGGCGG--C--T------------TAC-AATC-C----ATGCGT-T--TTC--AG---A-T-AGGCAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAA-GTGCA--AATATG----AGAG-CCATC--G-G-CGGTGA----TAttccaaaatggcggc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                   agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T-C--G-CTCAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGAAG-TT-----------C--------ACACTTGACTT---------GT--------A------ATG------TAAG--CAG--C--G-CGA--AG-CGGATCTG-C-T--CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaag--------TTAAAT---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTACTC-C-A-C------G-TAAA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-AAT-GAA-G---T-G--TACTATAT----------ATC--C-T-CGT--------TTAAA-------------------------T-ATTC-GGAATTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAATATG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATCTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        ATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CACA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC----------------------------------------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-A-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-AAA-G---T-G--TACTATATCCTCGTCCCGGTATCC-T-CGT--------TAAAAT---CTG----ACGGC----CAGTTA-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGGTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-ATGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-----ATAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tagtA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------CCCTAAACCCGT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------TCGTGACCCTCGCCGTGACC---AGGC-TAC--G-CTCA------G
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actagaaagTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--Tgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-A
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 C----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-AA-C-C----AC-CAT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACCTGCAGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAAAATCTTA-CTGCACACAT---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------Gga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tagaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            ctagaaagAATGATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAG--G-CTCA------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GAAC---AGAC-TAC--G-TTCA------GTTCA-C-AGTAAGTAT-CC-----------CTCCCCTATACT-------C---------GT--------A------ATG------TT-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----------TTAATC-T-A-A------A-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-A-----------AA-TAGTTTGTAGTA--------------A-GGA--C---A-T----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCT-------A---------GT--------TTAA-T---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCATCTCGC-GGTTTTTCCTC----C-AA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CG--T--TTCAAAA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatAATAATCTTA-CTG------TT--------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------a
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAT--G-CTCA------G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaaagTCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                           gttagaaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaag-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-----AGAG-CCA-C--
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------TACC---AGGC-TAC--tataaaacattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aaagAATAATCTTAACTG------T---------------TACC---AGGCCTAC--G-CTCA------GGTAAAC-AGTAAGAAT-TCATTACCCTATAC--------GT--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----AT-CTGC-ACG--A--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TTACC-TT-TATGA------ATAT-G-CGCATTTATGCTGGTTTAATC-T-A-C------G-T-AA----ATC----------CA---------TT-AATAGTTCTGCATA-T---------TA--------------A-G-AGAC---AAT----TATATTGAA-G---T-G--TACTATAGAAT----C-------C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CA-TTT-ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CATCTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT-TCGG--CTTT------------TA--A--T-A----AA-CAT-T--TTC--AA---ATT-AGG-AT---G---AT-GA------CT-TTT---
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gaaaggAATAATCTTA-CTG------T---------------GTCC---ATGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agaaagCGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-GCC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-G-----------CA-C---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GATA--C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----GATTTT-ATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCATC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TTC--cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-CATGAACG-T-AA-T--ATC----------TA---------TT-AGTTTA------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-GACGT-G--TACTATAT-----------T---C-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATA-TCTTAATTG------T---------------GACC---AGG--TAC-----TCA------GGTC--C--GTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------CT--------ATCACTCATAAGAA--TA-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-T-ACCGTT-TCTGA------ATAT-G---CAT----GCCT-GTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A------------A-TAGTTTGC--TAGT------------A-G-A--CATTAAT----G-TAT-G-A-G---T-G--CA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaag----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AAG--A-T-AGGC-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGAaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|9                          : aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-CC-----------C--------AC--------C---------CC----------------TG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C-T-TT----GA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATAATTATAT-G-CACATGCGGGCCG-TTCATTC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA--------------------------------------GT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTT-ATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGT-GGTTTTca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111                                                 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   222222                                                                                                                                                                                                                       88888888888888888888888888888888888888888888888888888              1111                         77777777777777777777777777777777                                                                                                                        1111                                               111111                                                11111        1111          1111        11    11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              4   666666 555555555555555    333    2   22 2    666666     3 3         4  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   000000  8 55   55 4  4   55  4        4 4  4              1 3 1        1   3333       3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  1 1   1  1     555555    1 1     7777    1       1 1 1 555555 1 3  1 22   9999999999  00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 22 333   9999 1   1   1 333 1 22      33333333333333333333333333333333      444   5555     5555      2    2             77777    3        3        2  3333    22       22 22 999999999999   2 6666 4444  2   2 33   33  666 4 2      444 444     222222  5   444 44     3 3  55    4      4 4   55     44444    4   0000 4 4 4    0000        33    33        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   ...... ...............    ...    .   .. .    ......     . .         .  .........................................................   ......  . ..   .. .  .   ..  .        . .  .              . . .        .   ....       .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  . .   .  .     ......    . .     ....    .       . . . ...... . .  . ..   ..........  ..................................................... . . .. ...   .... .   .   . ... . ..      ................................      ...   ....     ....      .    .             .....    .        .        .  ....    ..       .. .. ............   . .... ....  .   . ..   ..  ... . .      ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .      . .   ..     .....    .   .... . . .    ....        ..    ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              2   111111 333333333333333    777    0   99 4    888888     3 3         0  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   000000  0 55   55 0  0   55  0        4 4  4              7 5 7        7   7777       5   7  66666666        55  8  8      7  66 8 66  7 7   7  7     000000    8 8     7777    8       7 7 7 000000 7 5  7 44   3333333333  33333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 55 222   3333 8   8   8 222 8 66      88888888888888888888888888888888      777   7777     7777      9    9             77777    1        1        7  9999    55       55 55 333333333333   0 4444 5555  1   1 11   11  555 7 4      111 111     444444  0   777 22     6 6  55    0      0 0   55     00000    0   7777 4 4 4    6666        22    88        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATATCCT----CTGAT---C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( family-1388 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATATCCT----CTGAT---C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TACCAG-CTCA------GTGCA-C-AGTAAGAATGTC-----------C--------AC--------C---------GCCAAACCCGA------ATG------TACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-T-ACC-TTCTCTGA------ATAT-GCCACAT-----CTG--TTAATCTT-A-C------GTT-AACT--ATC----------CA---------TC-A-----------AA-T---------CAGTTATTTGCAGTAGA-G-A--C---A---------AT-GA------T-G--CACTA-AT-CT----CTT-T---C-T-CA-----------AAAT---GCG-----CGGCTGATCACATC-ATCC-GT-TTTCA-AATA-----GG---CATTT------TTTTT---------AA-----GGCAGTCC--T------------T------------------T-T--TTC--AAGGGA-T-AGGCAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACATATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTATTC-T-A-C------G-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TA----------T-G--CACTAT-TCCT----CTa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-AGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGttccaaaatggcggcttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctcttGCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGT------ATAC-G-CACAT----GCCG-TGTAATC-T-A-C------G-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-A-----------AA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATAT----------A-------------------TTAAAT---TTG----ACAGT----CATTTT-ATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCTTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-A--C-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-GGGCAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GATA--C-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACAAC----AATTTT-ATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CATCTCGC-GGTTTTACATC----CAAA--ATGA-GG--C--T------------T
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGGC-AC--T-A--CA-T-AAC-CT-TC---------ATAT-G-CACAT----TCTG-TTTAATC-T-ACC------A-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTGC-CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AAT----A-TTT-GAA-G---T-GGCCACC-TATCCT----CT--T---C-T-CA-----------AAA-----TG----GCGGC----tataaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCTCTTCTCAAA--ATGGCGG--C--TGTCCAAAAAAAATAC-AA-T-T----GT-TGT-TGTTTC--AA---A-T-AGGCATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAATG-GCA--AATAT-----AGAG-CCACC--G-G-C-GTGA----TATtgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                    ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccacctaTGATCTTA-TTG------T---------------GACC---AGGC-TCC--G-CGCA------GGTAA-A-AGTAAGAAT-TC-----------CCCCCTTATACG-------C---------GT--------A------ATG------TA-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AAAT-G-CACAT----GCTG-TTTAGTA-T-C-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-T---------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaaagaaggcCGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTTAT-TAT-GAA-C---T-G--CACTAT-TCCT----CTagtttgcagtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAC-T-G-C------A-T-AA-T--TTTG---------CA---------CT-A-----------CA-T-----------------------------A--C---C-T----T-TCT-GAATA---T-G--CAC-ATGCCGT----TTAAT---C-TACGTAATATCCATTAAATAGTTTGCAGTAAGAC----AATTTT-ATTA-TGAACT-GCACT------------ATTCC------TCTT--TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AAAT-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-TTttccaaaatggcggcttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaA-T-ACC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GAT---CCT-CAT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTA-ATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCGTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TCC--AA---A-TGGGGCAT---G---ATAGA------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-G------G-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCT----CT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----TAAA--ATGGCGG--C--T------------TACAA--T-C----AT-CGT-ttctaaaatggcggcttacaatcatcgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctcttGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-T------A-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-TAGTTTGCAGTA--------------A-G-A--C---AATTTAAT-TAT-GAA-A---T-G--CACTAT-TCCT----CT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--ttccaaaatggcggcttacaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctcttC-CT-TC-GA------ATATAG-CACAT----GCCG-T--AATT-TTA-C------G-T-AA-T--ATC----------C-------------------------CA-T---------TA--------------A---A--T---AGT----T-GCT-GCA-G---T-aa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTCCAC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------AAC-AA-TAC----AT-CGTAT--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-Aagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcgtttccaccaaaatggcggctaacaatacatcgtatttcaaataggcacgatagactatttcttttgaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                               ccttcgaatatagcacatgccgtaattttacgtaatatcccattaaatagttgctgcagtagagacaaatttcaattaattggaaaagaatatttcctcg-TAC--GTCTCA------GTTCA-C-A-TAAGAAT-CC-----------C--------TC--------C---------CT--------A------ATACTTTAATA-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCC----TA-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA---ACC-TT-T---G------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTATATA-T-A-T------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TTGA-----------TAGT---------TATGCAGCT-------A-A-A--G---AA-----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCTC---CTG---------------------TA---------------GGC----CATTTT-ATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA-CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AGTGCAG--C---------------TAC-A--T-TGACGAT--GT-T--TAC--AA---ACT-AGGCA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GAT-AA-A-GC---AATAT-----AGAG-CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACT-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-TAG-------TA--------------AGG-A--C---AATTTAAT-TAT-GGA-G---TGG--CACTAT-TCCT----CTg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTCTA----TAAATAATGGCGG--C--T------------TAC-AATC-C----ATGCGT-T--TTC--AG---A-T-AGGCAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAA-GTGCA--AATATG----AGAG-CCATC--G-G-CGGTGA----TAttccaaaatggcggc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                   agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T-C--G-CTCAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGAAG-TT-----------C--------ACACTTGACTT---------GT--------A------ATG------TAAG--CAG--C--G-CGA--AG-CGGATCTG-C-T--CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaag--------TTAAAT---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTACTC-C-A-C------G-TAAA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-AAT-GAA-G---T-G--TACTATAT----------ATC--C-T-CGT--------TTAAA-------------------------T-ATTC-GGAATTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAATATG--CA-G---------TA--------------A-G-A--C---AATCTAAT-TAT-GAA-G---T-G--CAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        ATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CACA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC----------------------------------------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-A-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-AAA-G---T-G--TACTATATCCTCGTCCCGGTATCC-T-CGT--------TAAAAT---CTG----ACGGC----CAGTTA-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGGTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-ATGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-----ATAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tagtA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------CCCTAAACCCGT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------TCGTGACCCTCGCCGTGACC---AGGC-TAC--G-CTCA------G
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actagaaagTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AA-T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--Tgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-A
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 C----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAT-AA-C-C----AC-CAT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACCTGCAGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAAAATCTTA-CTGCACACAT---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------Gga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tagaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            ctagaaagAATGATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAG--G-CTCA------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GAAC---AGAC-TAC--G-TTCA------GTTCA-C-AGTAAGTAT-CC-----------CTCCCCTATACT-------C---------GT--------A------ATG------TT-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----------TTAATC-T-A-A------A-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-A-----------AA-TAGTTTGTAGTA--------------A-GGA--C---A-T----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTAT-TCCT-------A---------GT--------TTAA-T---TTA----ACGAC----CATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCATCTCGC-GGTTTTTCCTC----C-AA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CG--T--TTCAAAA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatAATAATCTTA-CTG------TT--------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------a
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAT--G-CTCA------G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaaagTCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                           gttagaaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaag-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-----AGAG-CCA-C--
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------TACC---AGGC-TAC--tataaaacattttc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aaagAATAATCTTAACTG------T---------------TACC---AGGCCTAC--G-CTCA------GGTAAAC-AGTAAGAAT-TCATTACCCTATAC--------GT--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----AT-CTGC-ACG--A--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TTACC-TT-TATGA------ATAT-G-CGCATTTATGCTGGTTTAATC-T-A-C------G-T-AA----ATC----------CA---------TT-AATAGTTCTGCATA-T---------TA--------------A-G-AGAC---AAT----TATATTGAA-G---T-G--TACTATAGAAT----C-------C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CA-TTT-ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CATCTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT-TCGG--CTTT------------TA--A--T-A----AA-CAT-T--TTC--AA---ATT-AGG-AT---G---AT-GA------CT-TTT---
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gaaaggAATAATCTTA-CTG------T---------------GTCC---ATGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agaaagCGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-GCC-TT-TTTGA------ATAT-G-CGCAT----GCTG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-G-----------CA-C---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--TACTATA----------GATA--C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----GATTTT-ATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCATC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------T-T-A--TAC----AA-CAT-T--TTC--cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-CATGAACG-T-AA-T--ATC----------TA---------TT-AGTTTA------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-GACGT-G--TACTATAT-----------T---C-T-CAT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCAG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATA-TCTTAATTG------T---------------GACC---AGG--TAC-----TCA------GGTC--C--GTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------CT--------ATCACTCATAAGAA--TA-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-T-ACCGTT-TCTGA------ATAT-G---CAT----GCCT-GTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A------------A-TAGTTTGC--TAGT------------A-G-A--CATTAAT----G-TAT-G-A-G---T-G--CA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaag----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AAG--A-T-AGGC-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGAaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|9                          : aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-CC-----------C--------AC--------C---------CC----------------TG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C-T-TT----GA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATAATTATAT-G-CACATGCGGGCCG-TTCATTC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA--------------------------------------GT--------TTAAAT---TTG----ACAGC----CATTTT-ATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGT-GGTTTTca


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              A   CACACA CGTGACCCTCGCCGT    TGC    C   .  T    AGCTCG     A T         .  ATTACCCTATACGTCGTA                                          CTTTAA  A TA   .  A  .   TT  G        T .  T              A C A        A   TTAC       C   A  AAAAAACC        CT  .  C      T  AG G AT  C T   G  .     ATAATT    A .     TTAT    G       . T C ATGAAC . A  . CC   AAATAGTTTG  TTAATAGTTCTGCATATTA                                   G G GA ATT   TTTA A   T   T ACG G GC      GCCGTTTAATCTACGTAATATCCA              AGT   CAGT     .         C    G             CATCA    T        G        T  TTCT    TA       .  TT GTCCAAAAAAAA   A AAT  GACG  G   A GT   AA  G   C G      CGA AAA     CCTACT  A   GTC TT     C C  TG    T      T T   .      G        .   CG   A . G    .           AA    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              A   .      T                  .      .   .  .    .          . .         .  CCCCCTTATACGCGTA                                            AGAA    . .    .  .  .   .   .        . .  .              . A .        .   .          G   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     GCGG    .       . . . .      . A  . .    G           TTAAATAGTTTGCCAGTA                                    . . .  .     TTAA .   .   . .   . .       ATCCTCGTCCCGGTATCCTCGT                .     .        .         .    .             .        .        .        A  .       .        .  .  .              . ATA  .     .   . .    .   .   T .      .   .       CT      A   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   CC   . . .    .           A     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CACCCCTAAACCCGTA                                            .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TCAAATAGTTTGCAGTA                                     . . .  .     TTAA .   .   . .   . .       ATCCTCTTCTCA                          .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . ATC  .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   TC   . . .    .           A     . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CTCCCCTATACTCGTA                                            .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTTTGCATTA                                     . . .  .     TTAA .   .   . .   . .       AGAATCCTCGT                           .     .        .         .    .             .        .        .        G  .       .        .  .  .              . AT   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   T    . . .    .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CACACTTGACTTGTA                                             .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTTTGCAGTA                                     . . .  .     CTAA .   .   . .   . .       AGATACTCAT                            .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . AT   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   C    . . .    .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CACCCTATCACTC                                               .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTTTGCATTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       AGATCCTCAT                            .     .        .         .    .             .        .        .        A  .       .        .  .  .              . TA   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   C    . . .    .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CTCCCTA                                                     .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTGAATAGTTTGCAGTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       ATATCCTCGT                            .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . AT   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   C    . . .    .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  CACCCC                                                      .       . .    .  .  .   .   .        . .  .              . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTACATAGTTTGCAGTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       AGATACTCGT                            .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . AC   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   C    . . .                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .         .  GTA                                                         .       . .    .  .  .   .   .                            . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTGATAGTTATGCAGCT                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       TCCTCCTG                              .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . TA   .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .  .     .      . .   .      .        .   C                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .                                                                                                                                  . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTGAATAGTTTGCATTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       ATTCTCAT                              .     .        .         .    .             .        .        .        C  .       .        .  .  .              . C    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .      . .                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .          . .                                                                                                                                  . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAATATGCAGTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       TCCTAGT                               .     .        .         .    .             .        .        .        A  .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTTTGTAGTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       ATA                                   .     .        .         .    .             .        .        .        A  .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .   .                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           ATGAATAGTTTGCACTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .       GT                                    .     .        .         .    .                                        C  .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTTTGCATTA                                     . . .  .     .    .   .   . .   . .                                             .     .        .                                                       .  .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .   .                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAATAGTTTGCTAGT                                      . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .       .                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .  .    .                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAGTTTACATTA                                         . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .   .   . .      .   .       .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .                                                                                                                                                       . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATAGTA                                            . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .              . T    .     .   . .    .                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   .      .                  .      .   .                                                                                                                                                       . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTAAATTA                                              . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .              . T    .     .   .                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .                                                                                                                                                           . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           TTACATTA                                              . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .              .                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .  .  . .   . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           CTACAT                                                . . .  .     .    .   .   . .   . .                                                                                                                       .       .        .  .  .                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .  .               .   .  .      .     .     . .   .  .     .         . .     .       .       . . . .      . .  . .    .           CATTA                                                 . . .  .     .    .   .   . .   .                                                                                                                         .       .        .  .  .                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               . . .        .   .          .   .                                .           . .   .  .     .                                 . . . .      . .  . .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       **                                                                                                           **                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ANATCCTCGT**********************                     ****                                                                        **                     AT**                      ***                      ******                                         **     *****        C***          ****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATATCCT----CTGAT---C-T-CGT--------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-A--T-C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGA------ATAT-G-CACAT----GCCG-TTTAATC-T-A-C------G-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-G-A--C---AAT----T-TAT-GAA-G---T-G--CACTATANATCCTCGT----------------------TTAAAT---TTG----ACGGC----CATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CATCTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--ATGGCGG--C--T------------TAC-AAT--C----AT-CGT-T--TTC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCAC---G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                         111111111111111                                                 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   222222                                                                                                                                                                                                                          88888888888888888888888888888888888888888888888888888             2222                       3333333333333333                                                                                                     111111111111                                                               111111                                                11111        1111          1111        11    11        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              4   666666 555555555555555    333    2   22 2    666666     3 3         4  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   000000  8 55   55 4  4   55  4        4 4  4              1 3 1        1   3333       3   1  66666666        22  1  1      1  22 1 22  1 1   1  1        555555 1 1     3333  3333  1       1 777777 1  1 1  3 22   8888888888  33333333333333333333333333333333333333333333333333333 3  22 333   0000 1   1   333 1 1       7777777777777777     7  2    66  1      1   2    2             777777   3   555     3        3  3333    22  1      1 555555555555 5555555  6666 444 2  2   2 22 2  22  666 4 2      444 444     222222  5   444 44     3 3  55    4      4 4   55     44444    4   0000 4 4 4    0000        33    33        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              .   ...... ...............    ...    .   .. .    ......     . .         .  .........................................................   ......  . ..   .. .  .   ..  .        . .  .              . . .        .   ....       .   .  ........        ..  .  .      .  .. . ..  . .   .  .        ...... . .     ....  ....  .       . ...... .  . .  . ..   ..........  ..................................................... .  .. ...   .... .   .   ... . .       ................     .  .    ..  .      .   .    .             ......   .   ...     .        .  ....    ..  .      . ............ .......  .... ... .  .   . .. .  ..  ... . .      ... ...     ......  .   ... ..     . .  ..    .      . .   ..     .....    .   .... . . .    ....        ..    ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              2   111111 333333333333333    777    0   99 4    888888     3 3         0  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   000000  0 55   55 0  0   55  0        4 4  4              7 5 7        7   7777       5   7  66666666        55  8  8      7  66 8 66  7 7   7  7        222222 8 8     9999  9999  8       8 000000 8  8 8  6 55   0000000000  11111111111111111111111111111111111111111111111111111 8  66 333   2222 9   9   333 9 9       1111111111111111     0  0    88  5      5   9    9             888888   1   444     1        6  9999    55  8      8 777777777777 9999999  0000 555 0  0   0 99 1  99  555 7 4      111 111     444444  0   777 22     6 6  55    0      0 0   55     00000    0   7777 4 4 4    6666        22    88        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A--------G--CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GCACTATA-------------A-TCCTCNTT-TAAATTTGACGGCCATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
Reference ( family-1388 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                   NAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GCACTATA------------NA-TCCTCGTT-TAAATTTGACGGCCATTTT-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TACCAG-CTCA------GTGCA-C-AGTAAGAATGTC-----------C--------AC--------C---------GCCAAACCCGA------ATG------TACG--CAGTGC-CGACCA--AG-TGGATCTG-AATT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTTTCT-GCC-GA--------AAAACTGC--ATAAA-TTTTG---C--T-A--CA-T-ACC-TTCTCTGAATA------T-GCCACAT-----C----TG--TTAATCTT------A-CGTT-AACT--ATC----------CA---------TC-A-----------AA-T---------CAGTTATTTGCAGTAGA-GA--C---A---------AT-GA------T-GCACTA-A------------TC-TCTTTCTC-AAAATGCG-CGGCT------------GA--TCACAT------------CAT---C-CG-----TTTTC---------AA--ATAGGCATT-T------------TTTTTAAGGCA---G-T-C----CTT-T--TTTC--AAGGGA-T-AGGCAT---G---ATAGAG-----CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCAGGAACATATTTAAGAGTCCA-TTAG-GTC-GTGATCATTATAAATT--AAGATTTGACAGGT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTAA-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----TG-TTTATTC-T------A-CG-T-AA-T--AAC----------CATCAAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TA----------T-GCACTAT----------------TCCTCTTT-CCAAAATGGCGGCa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-C-AT-AGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATTAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-CG-G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGttacaatcatagttttcaaataggcatgatagacttttcttgaaaactccagattaaggcaaatatagagccacgggcgtgatataaattaaagatgacagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtcgattttgactttatttaaaaacttctgcacggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgctgtttattctacgtaataaccatcaaatagtttgcagtaagacaatttatgcactattcctcttGCGTCGATTTTGA-C-T-TT--TTGA-GAA----CTTCTGC-GCG-GA--------AAAACTAC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGTATA------C-G-CACAT----GC----CG-TGTAATC-T------A-CG-T-AA-TCCATTAAATAGTTTGCA---------TT-A-----------AA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GTACTATA------------TA--------T-TAAATTTGACAGTCATTTT-ATTC-GGTATTCCAACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCTTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------AT----A-C-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-GGGCAT---G---ATGGA------CT-TTT---C--T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CATCTGC-ACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATA------T-G-CGCAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GTACTATA------------GA-TACTCATT-TAAATTTGACAACAATTTT-ATAC-GGTATCCACACTC-----TGAC-CAT---CTCGC-GGTTTTACATC----CAAA--AT-GA-GGC-T------------T-------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGGC-AC--T-A--CA-T-AAC-CT-TC---ATA------T-G-CACAT----TC----TG-TTTAATC-T------ACCA-TAAA-C--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTGC-CA-G---------TA--------------A-GA--C---AAT----A-TTT-GAA---G-T-G-GCCACC------------TA-TCCTCTTC-TCAAAATGGCGGCtataaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TCCTCTTCTCAAA--AT-GGCGGC-TGTCCAAAAAAAAT-------ACA---A-T-T-GT-TGT-TGTT-TC--AA---A-T-AGGCATCGAA---ATAGA------CTATTTGTCC--TTGAA-A-AC--TCCA-AA-GAATG-GCA--AATAT-----AGAG-CCACC--G-G-C-GTGA----TATtgtccaaaaaaaatacaattgttgttgtttcaaataggcatcgaaatagactatttgtccttgaaaactccaaagaatggcaaatatagagccaccggcgtgatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                    ttggcactacataaccttcatatgcacattctgtttaatctaccataaacatccattaaatagtttgccagtaagacaatatttgaagtggccacctaTGATCTTA-TTG------T---------------GACC---AGGC-TCC--G-CGCA------GGTAA-A-AGTAAGAAT-TC-----------CCCCCTTATACG-------C---------GT--------A------ATG------TA-A--CAC--C-AA-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCGTCGATTTTGA-C-A-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC-ACC-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAAAA------T-G-CACAT----GC----TG-TTTAGTA-T------C-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-T---------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaaagaaggcCGACTTTTA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTAC-AGG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-G---------TA--------------A-GA--C---AATTTTAT-TAT-GAA---C-T-GCACTAT----------------TCCTCTTT-CCAAAATGGCGGCagtttgcagtaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---AAT-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-TTttacaaatcatcgttttcaaataggcacgatagacttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgacttttactttatttgagaacttctacagggaaaaactgcataattttgcactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctacgtaatatccattaaatagtttgcagtaagacaattttattatgaactgcactattcctcttA-T-ACC-TT-TTTGAATA------T-G-CGCAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GTACTATA------------GA-TCCTCATT-TAAATTTGACAGCCATTTA-ATTC-GGAATCCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCGTC----CAAA--AT-GGCAGC-TTTA---------T-------ACA---A--------CAT-T--T-CC--AA---A-TGGGGCAT---G---ATAGA------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGG-AAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAAGTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--C-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-GG-T-AA-T--ATC----------CATTGAATAGTTT-G-----------CA-G---------TA--------------A-GA--C---AATTTAAT-TAT-GAA---G-T-GCACTAT----------------TCCTCTTTCTAAA-ATGGCGGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----TAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-C-AT-CGT-ttacaatcatcgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtcgattttgactttatttggaaacttctgcacggaaaaagtgcataattttgcaccacatacctttctgaatatgcacatgctgtttaatctaggtaatatccattgaatagtttgcagtaagacaatttaattatgaagtgcactattcctcttGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-AAG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTAGA-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTAATC-T------A-TA-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-TAGTTTGCAGTA--------------A-GA--C---AATTTAAT-TAT-GAA---A-T-GCACTAT----------------TCCTCTTT-CCAAAATGGCGGC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-ttacaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtcgattttgactttatttgagaacttctgcaaggaaaaactgcataatttagaactacatacctttctgaatatgcacatgccgtttaatctatataatatccattacatagtttgcagtaagacaatttaattatgaaatgcactattcctcttC-CT-TC-GAATA------TAG-CACAT----GC----CG-T--AATT-TT-----A-CG-T-AA-T--ATC----------C-------------------------CA-T---------TA--------------A--A--T---AGT----T-----------GCT-GCAGTAGA------------GA-C---------AAATTT------CAATTA-ATTG-GAAA--------------AGAA-TATTTCCTCG------TTTCCAC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------A-------ACA---A-TAC-AT-CGTAT--T-TC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CTATTT---CTTTTGAA-A-Aa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TAC--GTCTCA------GTTCA-C-A-TAAGAAT-CC-----------C--------TC--------C---------CT--------A------ATACTTTAATA-GTACAG--CACG-CGA--AG-CGGATTGA-C-TT--GTGTTGATTT-GA-C-T-TTATTTGAAGAA----TTTCC----TA-GA--------AAAAC-GC--AT-AA-TTTTGC-ACAGT-AATCA---ACC-TT-T---GATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTATATA-T------A-TG-T-AA-T--ATC----------CA---------TTGA-----------TAGT---------TATGCAGCT-------A-AA--G---AA-----T-TAT-GAA---G-T-GCACTAT----------------TCCTCCTG-TA--------GGCCATTTT-ATTC--GAATTCACACTCCATCAGGAA-TA----CTTGC-AGTTTTCCATC----CAAA--AG-TGCAGC--------------T-------ACATTGA-C-G-AT--GT-T--T-AC--AA---ACT-AGGCA----G---ATAGA-------T-TTT---C--TTGAA-ACAA--T-CA-GAT-AA-A-GC---AATAT-----AGAG-CCA-T--GAG-C-TAAA----TA-AAATTAAAAGA--TGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggaaataactcttcgcgatgctaataaatgattatccgGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTCCCACG-AA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CACT-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------AA-TAG-------TA--------------AGGA--C---AATTTAAT-TAT-GGA---G-TGGCACTAT----------------TCCTCTTT-CCAAAATGGCGGCg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTCTA----TAAATAAT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-CCATGCGT-T--T-TC--AG---A-T-AGGCAT---GAAAATAGACCTACTCT-TTT---C--TCGGACA-ACTGTCCATGATGAA-GTGCA--AATATG----AGAG-CCATC--G-G-CGGTGA----TA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                   agtaagaaaatttaatatgaagtcactattcccAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T-C--G-CTCAAGCTCGGTTCA-CTAGTAAGAAG-TT-----------C--------ACACTTGACTT---------GT--------A------ATG------TAAG--CAG--C--G-CGA--AG-CGGATCTG-C-T--CTCGTCGATTTTGC-C-T-TTATTTGA-AAA----CTTCTGC--CG-----------AAAACTGC---T-AACTTTTGC-AC--T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaagT-TAAATTTAACGACCATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------AC----A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTG-A-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTACTC-C------A-CG-T-AAAT--ATC----------CA---------TT-GAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-AAT-GAA---G-T-GTACTATA------------TA-TCCTCGTT-TAAA--------------T-ATTC-GGAATTCACAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAATATG--CA-G---------TA--------------A-GA--C---AATCTAAT-TAT-GAA---G-T-GCAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GATTTTGA-C-T-TTATT--A-AGA----CTTCTGC-ACG-GA--------AGAACTGA--AT-AA-TTCTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GCGTTGATTTTGA-CCT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACGAAA--------AAAACAGC--AT-TA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-A
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC--CA-GAAAAAAACCAAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-A
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        ATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CACA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC----------------------------------------GT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTTC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-A-CACAT----GC----CG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-AAA---G-T-GTACTATATCCTCGTCCCGGTA-TCCTCGTT-AAAATCTGACGGCCAGTTA-ATTC-GGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGGTTTTCCTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------AC----A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-ATGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GACGAA-T-GCA--AATAT-----ATAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TATAAATT-AAAGA--TGACAGGT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tagtA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------CCCTAAACCCGT--------A------ATG------TA-G--CAG--C-CG-CCA--AG-TGGATCT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------TCGTGACCCTCGCCGTGACC---AGGC-TAC--G-CTCA------G
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actagaaagTC----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA---A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAC---G---ATAGA------CT-CTT---T--Tgt
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tGTCGATTTTGA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--AT-TA-TTTTGC-A
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 C----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ATA---A-C-C-AC-CAT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAT---G---ATAGA------CT-TTT---
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACCTGCAGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AG
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAAAAATCTTA-CTGCACACAT---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------Gga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                              tagaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                            ctagaaagAATGATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAG--G-CTCA------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                             tagaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GAAC---AGAC-TAC--G-TTCA------GTTCA-C-AGTAAGTAT-CC-----------CTCCCCTATACT-------C---------GT--------A------ATG------TT-G--CAG--C-CG-CAA--AG-CGGATATT-C-TTTCACGTCGATTT-GA-C-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAGCTAC--AT-AA-TATTGCTAC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACA--------------TTTAATC-T------A-AA-T-GA-T--ACC----------CA---------TT-A-----------AA-TAGTTTGTAGTA--------------AGGA--C----AT----T-TAT-GAA---G-T-GCACTAT----------------TCCTAGTT-T-AATTTAACGACCATTTT-ATTT-GGAATTCACGCTC-----GGGATCAT---CTCGC-GGTTTTTCCTC----C-AA--AT-GGCGGC-T------------T-------AC----A-T-C-AT-CG--T--T-TCAAAA---A-T-AGTCAT---G---ATAGA------CT-TTT---T--TTTGA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCG--ACTAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                aaatAATAATCTTA-CTG------TT--------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------a
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                              agaaagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAT--G-CTCA------G
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaaagTCGATTTTAA-C-T-TTATTTCA-GAA----CTTCTGC-ACG-G
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-T
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                           gttagaaaaAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tagaaag-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GTA--AATAT-----AGAG-CCA-C--
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TC----CAAA--AT-GGCGGCTT------------T-------ATA---A-----AA-CAT-T--T-TC--
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATAATCTTA-CTG------T---------------TACC---AGGC-TAC--
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                aaagAATAATCTTAACTG------T---------------TACC---AGGCCTAC--G-CTCA------GGTAAAC-AGTAAGAAT-TCATTACCCTATAC--------GT--------C---------GT--------A------ATG------TA-G--CGG--C-CG-CAA--AGGCGGATCTG-C-TT-CGCGTCGATTTTGA-C-TATTATTTTA-GAA----AT-CTGC-ACG--A--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-TTACC-TT-TATGAATA------T-G-CGCATTTATGC----TGGTTTAATC-T------A-CG-T-AA----ATC----------CA---------TT-AATAGTTCTGCATA-T---------TA--------------A-GAGAC---AAT----TATATTGAA---G-T-GTACTATA------------GAATCCTCGTT-TAAATTTGACAGCCA-TTT-ATTCGGGAATCCACACTC------GAA-CAT---CTCGCGGGTTTTTCATC----CAAA--AT--TCGGC-T------------T-------TTA---A-T-A-AA-CAT-T--T-TC--AA---ATT-AGG-AT---G---AT-GA------CT-TTT---
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gaaaggAATAATCTTA-CTG------T---------------GTCC---ATGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agaaagCGTCGATTTTGA-A-T-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-GG--------AAAACTGC--CT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-GCC-TT-TTTGAATA------T-G-CGCAT----GC----TG-TTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CAATGAATAGTTT-G-----------CA-C---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-GTACTATA------------GA-TACTCGTT-TAAATTTGACAGCGATTTT-ATTC-GGAATCCACACTC-----AGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCATC----CAAA--AT-GGCGGC-TTTA---------T-------ACA---A--------CAT-T--T-TC--cagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtcgattttgaatttatttgagaacttctgcacgggaaaactgcctaattttgcactacatgcctttttgaatatgcgcatgctgtttaatctacgtaatatccaatgaatagtttgcactaagacaatttatgaagtgtactatagatactcgtttaaatttgacagcgattttattcggaatccacactcagaacatctcgcggtttttcatccaaaatggcggctttatacaacattttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agaaagaataatcttactgtgtccatgctacgctcagttcacacagagacatatatatgtctctggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGTTGATTTTGA-CAT-TTATTTGA-GAA----CTTCTGC-ACG-AA--------AAAACAGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TCTGAATA------T-G-CACAT----GC----CG-TTTAATC-TACATGAA-CG-T-AA-T--ATC----------TATTAGT----TT-A-----------CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAAGACG-T-GTACTAT--------------A-TTCTCATT-TAAATTTGACGGCCATTTTCATTT-GGAATTAACACTC-----GGAA-CAT---CTCGC-GGTTTTTCCTC----CAAA--AT-GGCAGC-T------------T-------AC----A-T-C-AT-CGT-T--T-TC--AA---A-T-AGGCAT---A---ATAGA------CA-TTT---C--TTGAA-A-AC--TCCA-GATGAA-G-GCA--AATAT-----AGAG-CCA-C--G-G-C-GTGA----TAT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    AATA-TCTTAATTG------T---------------GACC---AGG--TAC-----TCA------GGTC--C--GTAAGAAT-TC-----------C--------AC--------C---------CT--------ATCACTCATAAGAA--TA-G--AGA--C-CG-CGATTAT-CGGATCTGTC-TT-CGCGTCGATTTTGAAC-T-TTATTTGA-AAGTTACCTTCTGCGACG-GA--------AAAACTGCCTAT-AA-TTTTGC-AC--TGA--TA-T-ACCGTT-TCTGAATA------T-G---CAT----GC----CT-GTTAATC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-A------------A-TAGTTTGC--TAGT------------A-GA--CATTAAT----G-TAT-G-A---G-T-GCA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaag----CAAA--AT-GGCGGC-T------------T-------ACA-----T-C-AT-CGT-T--T-TC--AAG--A-T-AGGC-T---G---ATAGACT----CT-TTT---C--TTGAaccattctttagcaaaatggcggcttacatcatcgttttcaagataggctgatagactcttttcttgaca
gi|9                          : aaagaatatcttaattgtgaccaggtactcaggtccgtaagaattccaccctatcactcataagaatagagaccgcgattatcggatctgtcttcgcgtcgattttgaactttatttgaaagttaccttctgcgacggaaaaactgcctataattttgcactgatataccgtttctgaatatgcatgcctgttaatctacgtaatatccattaatagtttgctagtagacattaatgtatgagtgcaaccattctttagAATAATCTTA-CTG------T---------------GACC---AGGC-TAC--G-CTCA------GTTCA-C-AGTAAGAAT-CC-----------C--------AC--------C---------CC----------------TG------TA-G--CAG--C-CG-CGA--AG-CGGATCTG-C-TT-TGCATTGATTTTGA-C-T-TT----GA-GTA----CTTCTGC-ACG-GA--------AAAACTGC--AT-AA-TTTTGC-AC--T-A--CA-T-ACC-TT-TTTGAATAATTATAT-G-CACAT----GCGGGCCG-TTCATTC-T------A-CG-T-AA-T--ATC----------CA---------TT-AAATAGTTTG--CA-T---------TA--------------A-GA--C---AAT----T-TAT-GAA---G-T-------------------------------T-TAAATTTGACAGCCATTTT-ATTC-AGAATTCACACTC-----GGAA-CAT---CTCGT-GGTTTTca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACCGTGCAGGCTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|33 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|43 ): TATAGATGGATTTGAACAACCCGACATGTTCG