lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222 11111 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 22 22222222 111 11 11 1 11 5555555555555555555555555 6666666666666666666 22222 111 3333 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 222 222222222222222 22222222222222 3333333333333333333333333333333333333 111 1111 11 1 1 11 11 2222 11 444 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 2 1 4 1 88888888 2 00000000000000000000000000000000 66666666666666666666 33 44444 4 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888888888888 1
lowQualScore : 0 5 777 4 4 4 77777777 4 5 888 55555 55 000 3 3 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 5 333333 55 8 0 00000000 8 1 9 444 8 11 8 44 8 6 44 6666666666666666666666666 6 8 5555555555555555555 9 00000 999 3 6 0000 4 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 333 2 999999999999999 22222222222222 2222222222222222222222222222222222222 5 333 22 6 1111 5 3 33 3 0 0 33 3 22 6666 3 4 4 22 6 000 6 77777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 4 0 0 0 1 88888888 3 0 2 6 4 6 00000000000000000000000000000000 2 2 4 1 0 44444444444444444444 88 99999 4 0 33 3 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 77 6 1 3333333333333333333 5 99
lowQualScore : . . ... . . . ........ . . ... ..... .. ... . . .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . ...... .. . . ........ . . . ... . .. . .. . . .. ......................... . . ................... . ..... ... . . .... . . .............................................................. ..... ... . ............... .............. ..................................... . ... .. . .... . . .. . . . .. . .. .... . . . .. . ... . ..... ............................................................................................................... . . . . . . . ........ . . . . . . ................................ . . . . . .................... .. ..... . . .. . . .................................................................................................................................... . .. . . ................... . ..
lowQualScore : 0 0 888 4 4 4 00000000 4 1 000 88888 00 333 6 6 00 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 000000 44 0 8 66666666 0 8 0 000 0 00 0 66 0 0 66 4444444444444444444444444 4 0 0000000000000000000 6 00000 000 0 0 0000 0 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 333 5 666666666666666 33333333333333 9999999999999999999999999999999999999 7 777 66 3 7777 7 6 88 2 0 0 88 2 22 5555 2 7 0 00 0 000 0 55555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 0 0 5 0 5 55555555 0 0 5 0 0 7 77777777777777777777777777777777 7 5 0 0 7 77777777777777777777 00 55555 0 0 55 0 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 00 0 0 0000000000000000000 0 00
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTACACCGG-AAG-T-AG----GGGGCGT-GCTTA-C-CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAAA-----T-----------AG---A-----GC----T-------TACGGT-A-CCAAAAT-CNTTN--TT-AT---N-T---G--CTGAATTTTAAC-AGNTTGTA-TCA-NATCTN-----TAATCANAACAA---GGTTTAGTTT-----A-------------T---------N----AGAT---T--T-----------T--------------T-T----G---------GC-----A----C--A-------TTTC------GTCAAATT-TGAAGGGA-T-----GGGGAA--AGA-AGGGGGGG-GTGTT-AATG-A--T-ANCG--G---ANTT-GA-CGT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAAT-----TACA---T-AATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATT-G-T--TTTAAA-AAAAAAAGATATTA--ACAG-ACATT-T-GGAAA-TAAAA-----TCACATTGAAA----AACA---------AA--GNGA------AC-----AT--TG----TTTA---TCAA---CAAAG--------GA--G------GG----G-GGGGGGG------GGGTAGT-CTAATGTTTGA---A-AATCCTTG---ACAAG-CA--AAC-AAGAAGCAA-AC-AAA-TA--TAA----CAAA------GC-TCTAAATNCT-AAAT------------CGTGT-TGTGTGTGT-----ATGTGC--GNTTCAGTTACTCAAAGCTCNAAGCNCTAAATATTATATTCGTGT--GTGTATGTACGT-TGTGTGN-ATGTG------------------CG-TTCAAT-----TCATCG---GTTCCTTGAANTTTACAATTCCAATATTTCACCACTATTTAAGAA---AG-----A---GGAG-G--AGC--CN---A----TAGA-TCAA-ACTTTGCTCGTAAAAATN--ACCAA-CTTTG-TTGTAATCATAA-C-AGAAA--TAGTGC-GTTGT---CGGAAGNGANGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATNAGACACAAAATTAATTCCCAAAAGACTGAANTACACCT-AATGANNAAACGNATCTACAGANAATTTANANNAGNANAC---TACGGAT-TCGATATAAT-TAA--T----TCCGATTTACATCGAGACCCGAAGTTTTCTGTCAGCAGTTGTGAAATAATNACGTGTGTTGGTTTGCACNTGTAATTTCNGGNATATCTTTATCTATNTTGTTTTGNTCGTTGAAAATATTGGTAGAAAGNGATGTGCTAAAGACG---TCNTNATCCTGATC--AA--TAAATAGGTCAAGGACTGAAAANTCACACAGGAGACA-ACAAA-ACATTAA---A-TCAATGAACTAAAANNNATTGTGCAGNC-ATATNGTTNGTCTGTAATTACACTT-AATT-T---TT-----------T-CA-AAAATTCGTCAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTNTCTATC-----------TAGTC-TTNTAATG--A---C--AATCACTCGAGGACCGCAACGCGTTGTGCGCCCCCTG----T-C---GGGAGA--TAACCCGCGCCGCACTGTGNAAAATGT
Reference ( gi|1 ) : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTACACCGG-AAG-T-AG----CGGACGT-GCTTA-C-CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAAA-----T-----------AG---A-----GC----T-------TACGGT-T-CCAAAGT-CATTC--TT-AT---C-T---G--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCA-GATCTT-----TAGTCATGACAA---GGTTTAGTTT-----A-------------T---------A----AGAT---T--T-----------T--------------T-T----G---------GT-----A----C--A-------TTTC------GTCAAATT-TGAAGGGA-T-----GGGGAA--AGAGAGGGAGGG-GTGCT-AATG-A--TAAAAA--A---AATT-GA-TGT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAAT-----TACA--GT-AATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTTTAAA-AAAGGAAGATATTT--ACAA-ACAGC-T-GGAAA-TAAAA-----TCACGTCGAAG----AA-----------AA--GTTA------AG-----AT--TG----TTTA---TCAA---C------------GA--GCCT---TG----G-GGGGTGG------GGGTAGT-CTAATGTCTGA---A-AATTCTTG---ACAAA-CA--AAC-AAGAAATAA-AC-AAT-TA--CGA----CAAA------AG-TCAAAATCCT-AAAT------------CGTGCAGGTACATGT-----ATGTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCAAAATCCTAAAT--------CGTGCAGGTACATGTATAT-TATGTGT-ATGTG------------------CGATTCAAT-----TCATCG---GTTCCTTAAAGTTTGCAATTCCAATATTTCACCGCTATGCAAGAA---AA-----A---AGAG-A--AAC--CA---A----TAGA-TCTA-ACTTTGCTCGTGAAAATA--ACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-C-AGAAA--TAGTAT-GTTGT---AGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATT-TACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGACA----ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----TCCG--TT-CATTG-GA--------TTTC-GTCAGCAGT-ATGAAATAATTACGTGTGTTGATT-GCACATGTAATTTT-GGTATAT----A---ATTT-GTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACA---TCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATAAATACATTAA---A-TCAATGGACTAAA-TTC-TTGTGCAGTCTATATCATTTGTCTGTAATTACATTTTAATTGT---TT-----------TTCA-AAAATTTGTTGAAC---TTGGTACT-GTAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTATC-----------TAGTC-TTATAG-G--A---C--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-----T-------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|9 : CTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTACATCGA-AAG-T-AG----CTG-TGT-GATTA-C-CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT------G-----T-----------AA---A-----GG----T-------TTCGGT-A-CCAAA----AATC---T-ATAAGT-T---G--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCA-TAACTC-----TTATTATAACAA---GGT---GTTT-----T-------------T---------T----AAAT---TGAT-----------T--------------TAT----A---------AC-----A----C--A-------TTTC------TTTAAA-T-TAAAGGGA-T-----GG------AGAGGGGGA
gi|10 : tctttcatatcacattcaatattgaaaaccttcaatgagcgaatgctctaCTTATATTTTTA-CCCCCCCCCCC---ATTACGCCGG-AAG-T-AGG---CAG-CAC-GCTTA-A--GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG-------T-----------AG---A-----------T-------CAAAATAT-CCAAA------TC--TTGAT---G-TAGTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCA-TATCTT-----TA---AAAGCAA---AGTTTAGTTT-----G-------------T---------T----CGAT---T--T-----------T--------------A-C--------------GTAGAAAA----C--A--------TTC------TTGAAA-T-TGAAAAGATT-----GGTGAA---------------------AAT--A--TAATAACCG---TATT-TA-CTT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATGT--ATG---ATACA----------------AATAACAAGA-------------TA----------TTAAA-AAAAGAATACATTA--ACAA-GAACC-T-GGAAA-TAtgttcacttcttccaagagttatctgtataaagagaattaaagtacctgaaaatgaaatcatcataaaagca
gi|2 : aaatgcTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTACATCGG-AAG-TTAG----CGGGCGT-GCTAATC-CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAA------T-----------AG---A-----GTGTTGTAAAGCGATACGGT-TACTGAACT---TTA--TT-AT---T-T---ATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTC-----CAA-CATAACAA---TGTTTAGTTT-----AGTAGATTCTATA-T---------AGAAAAAAT---T--C-----------T--------------T-T----G---------AT-----G----CTCA-------TTTC------GTCAA-TT-TGAAGTGA-T-----AGGGAA--------GGGGGG-GTG--------------ACC--A---AATT-GACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT------------T-AATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAATTTG----GAAAAA-AAAGAAAGATATTA--ATAAGACATT-T-AAAAA-TAAAA-----TCACATTGAAA----AAC----------AAACGGGA------AC-----AT--T-----TTTA---TTAAATTCATACAG------GA--G-------G----G-GGGGGGGGCGCCAGGGT--T-CTAATGTTTAA---A-AATCTTAG---ACAAG-CA--AACAAAGAAGCAG-AC-AAA-TA--TAA----CAAA------TC-TCAAAGCTCT-AAATATTATATTCGTGTGTGTATGTACGTGTGTGTGATGTGC--GAT
gi|19 : atTT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTACATC-G-AAG-T-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TGCGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACAC-AA-----T-----------AG---A-----Gggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|12 : atggcatATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTATACCGG-AAG-T-TG----GGAGCGT-GTT-----CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A----------------------------------------------------------------A-----GT----T-------TAC-GC-T-ACAAAATGCTTTA--TT-A------T---G--C---GTTTTAAC-AGAATGTG-TTA-AATCAA-----TGGT--TAAAAAGGGGGTTTAGTTTCTTCGA-------------TGTTTAGGAGA----AAAC---T--T-----------T--------------T-C----A---------AA-----ATCAGC--A-------TTTC------CTCGAATTGTAAA--GA-T-----T----A--AGATA---AGGT-GT-----AGG-A--TTACAG--CCCTATTT-GA-TGT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA----------A--AT-GATA--GAGAA-----------------------TCTAAA-AAAAAAAGACA-----ACAG-ACACT-T-GGAAA-TAAAtatttgtaaagggcttattgtactaaaacatctta
gi|29 : gaaagccctacTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTACACCGG-ATG-T-AG----GTGGTGG-GGTTA-C-CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGT
gi|3 : TTG-CAGTTACTGCC---CTTACATCGGGAAG-T-AA----GGGGCGT-GCTAA-T-CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAAA-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GC----T-------TACGGT-A-CTAAAA--CATTTA-TT-AT---G-T---T--CCGAATTTAAAC-A-----TA-TTA--ATCTTAACCATAATCATAACAA---GGTTTAATTT-----AGTTAGAATTTATAT---------AGAA-AAAT---T--C-----------T--------------T-A----GAAT------GC-----A----C--A-------TTTC------GTCAA-TT-TGAAGTGA-T-----AGG-AA--GGGGGGGGGGGG-GT---------------AAC--A---AATT-GA-TGT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAAT-----TA--------ATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTG-------GAA-AAA--AAGATATT---AAAG-ACATT-TTAAAAA-TAAAA-----TCACATTGAAA----AACA---------AA--GGGA------AC-----ATGTTG----TTAT---TCAA---CAAAG--------GA--G-------G----GAGGGGGGG------GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTG---ACAAG-CA--AAC-AAGAAGCAA-AC-AAA-TA--TAA----CAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AAAT------------CGTGT--GTGTATGT-----ATGTGT--G
gi|21 : ttcatgTG-CAGTTGCTGTC---CTCACACCGG-AAG-T-AG----GGTGCAG-GCTTA-C-C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAAAGAGTGT-----------AA---AATAACGC----T-------TACGAT-A-CCAAA---TACT---TT-AT---CAT---T--TTGAATTtgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|26 : GTTACTGCC---CTTACAACGG-GAGTT-GG----CGG-CGT-GCTTA-C-CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TAG-----T-----------AT---A-----GC----T-------TGCGAT-A-CCAAAAT-C
gi|8 : C--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACATA-----C-----------AGTGAA-----GC----T-------TATGTT-A-TCAAATT-CTTTTAATA-AT---A-T---G--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCA-TATTAA-----TAAATAAAACAA---GATTTAGTTT-----C-------------T---------T----CAAT---T--TATGGAGAGCACT--------------T-C----GCTTTCAAATGC-----A----C--A-------TTTT------GTCAAA-T-TGAAGGGT-T-----GGAAAA--GGGTAAACAGGGAGTGTT-Atatattactaaa
gi|22 : caatgacttgcattgtttcagttaatcttaacatctgaagtttggggccttacaccagttgttgttgcaacC--CTAAGC--TTC-AG-AC---A----------A--CTAG-------------GGTA-TT--G-----T-----------AA---A-----AC----T-------CATGGT-A-CAAAAAT-CATTA--TT-AT---C-T---C--CT--ATAGTAAC-A----------A-GGTTTT-----TACGAAGAACA--------CATTTT-----A-------------T---------A----AGA------------------------------------------------------------------A-------TT-----------AA--T-TGAAGGGA-T-----GG------AGAGGGGGcagccatctttgatatgatacaattaatacaaagaattccataaataatttgtacaagtaaaaaaaaattg
gi|13 : AA----------A--G-AGT------------G-TA-G--AA-----T-----------AA---A-----AC----T-------TTCGAT-A-CTAAATT-CTTTA--TT-AT---------G--TTG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTA-----TGATAAAAGCAA---AGTATGGTGT-----C-------------T---------T----CGAT---T--T-----------T--------------G-T----G---------GAGAAA-A----C--T-------TTTTAAAATTGTAAAATT-CAACAGAT-T-----GCGGAATTGGAGAAGG--GG-GTGTTTAATATA--TAGCCG--A---ATTC-GA-CGT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTTAA-A---ATGCAAT-----TACAATGT-AATACCAA-AA-T--TT---------TT--CTTTTTTAAATAAAAGA
gi|20 : gaaatagtattaac-------TAAGGT-A-CCGAGAT-CTTTA--TT-AC---G-T---G--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC---ATCTC-----TAATCATAAAAA---AGTTTAGTTT-----A-------------A---------T----AGATGAAT--T-----------T--------------T-TA---A---------AT-----G----C--A---------AC------GTAAAATT-TGACGGGA-TTGGAGAGGGAA--AAAAAGGGGGAG-Gcactaaaattaaaagcacaa
gi|17 : AGT-C-TTCA-TT-AT---------G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTA-TATCTA-----T-GACAAAACAA---GGTTTAGTTC-----C-------------T---------T----AGAT---T--T-----------TGTA-----------T-T----G---------A------A----C--G-------CTT--------------T-T--AGGGT-T-----GGGGAA--GG-------GGA-GTCAC-AATG-AGTTGAAT---------TT-GA-TGT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATCGATGTGCA--GT-Aa
gi|7 : ataaacagactatgatataaccCATAACAA---GGTTTAGTTT-----A-------------A---------T----AGAT---T--T-----------TATTGAGAAAAATTCT-TAGAAG---------GC-----A----C--A-------TTTC------GTC-AGTT-TGAAAGGA-T-----AG-----------GGGAGGG-GGGCC-AATT-A--Ttttt
gi|24 : TTT-----A-------------TGGAG-----A----AAAC---T--T-----------TAAA-----------T-T----G----------T-----A----C--A-------ATTC------GTCAAA-T-TGTAGAGA-T-----G-------AGA-AGGGA--G-ATGTT-AATG-C--C-------G---AATTCCA-CGT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTTtatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|6 : gtttggtgtcttcgat-----A-------------C---------A----ACAT---C--T-----------T--------------T-T---------------T-----A----C--AATTATATTTTC------GTTAAATT--AAAGGGA--------GGGGA--AG---GGGGGGG-GTGTT---TT-A--TTACCA--G---ATCT-GA-TGTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGAT-----TAT--------TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATT--CTTTTTTAAA-A----AAGATATTTTAACAG-ACATCTT-GGAAAGTAAAAAGTGCTAATG--AAAGCTGTGA-----------AA--GCTAACGTATAG-----AT--TAAATTTTTAGTTTCAA---A------------AA--GAAA---GGGGGGG-GGGGGGG------GGGCAGT-GGGATAGTTGATTTACAATGCATGAATAGAAA-AA--AAA-AAGAA--AA-AC-AAA-TAGGTGA----CAGA------AG------GTCCT-AAAT------------GTTGTTTGTGTGTGT-----ATGTGTTGGCTTCAGTTA
gi|15 : ttga--A---ATTT-GA-TGT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAAT-----TA--------AT-CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAAT--GTT-----GGA-AAGAAAAGATATT---ATAG-ACA---T-GTAAA-TAAAA-----TCACATTGAAA----CA-----------AC--G-GG------AC-----AT--TG-----TTA---TTAA---C------------AAAGGGGT---GA----G-GGGGGGG------GGGT--T-CTAATGGTT-A---A-AATTC-TG---ACAAAGCAATAAC-GAGCAACAATACTAGTATA--CAATCT-CAAA------GC-T--AAATACTAAAAT------------CGTGTGTGTA-ATGT-----ATGT
gi|8 : ccTG---ATATGAT------ACA--ATTAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAATTTGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|7 : caatgacttgcattgtttcagttaatcttaacatctgaagtttggggccttacaccagttgttgttgcaaccctatgcatcacataaacattattttaacagtacatacagtgaagcttatgttatcaaattcttttaataatatgctgaaccttaacagtttctatcatattaataaataaaacaagatttagtttcttcaatttatggagagcacttcgctttcaaatgcacattttgtcaaattgaagggttggaaaagggtaaacagggagtgttacagccatctt-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------TTGAA-AAAAAAAGATATTA--ATAG-ACATT-T-A-AAA-TAAAA-----TCACATTGAGA----AACATATCATGTAAA--TTTA------CGGGATCAT--TG----TTAT---TCAA---AAAAGGAGGGGTGGG--GCCCGGATG----G-GGGAGGG------GGGT--T-CTAA-GTTTGA---A-AATCCTTG---ACAAG-CA--AAC-AAGAAACAA-ACAAAT-TA--CAAATCTCAAA------GC-TCTAAATTCT-AAAT------------CAT----GTGTGTGT-----GTGTGacaagtaaaaaaaaattg
gi|3 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaCTCAAAGCTCTAAATACTAAAT--------CGTGT--GTGTATGTATGTGTGTGTGG-AGGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGGCG-TTCAATATTAATCATCGTACGTTCCT-----------A---CAATAT---ACCACTATTTAGGAA---AG-----A---AGAG-G--AGC--AAGCTA----TAAA-TCAA-ACTTTGCTTGCCAAAATT--ACCAA-CTTTGgtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|2 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataacaaatTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGTATGTACGT--GTGTGTGATGTG------------------CGATtgaatat
gi|18 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataacaaatcT-TAT-TAC-ATGGG------------------C---TCAAT-----CCATCA---GTTC----ACGTTTACAGT-CTTACATTATACTGCT--GTAAAAA---TAGTGTGA---GGGG-ATTAAC--CA---A----TGTA-TCTT-AATTTGAAGGCAAAAATA--ACCA-----TGTGTGTAAACGTAA-CTAAAAA--C-GTAT-GTTGTCCAAACAAGGGACGGGggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|25 : AGT-----TCATCG---GCTCCTTAAACTTTACAATTCCAATATTTCACCACTATTT-AGAA---AG-----A---AGAG-G--AGCAACAT--G----TAGA-TCAA-ACTTTGCTAGTAAAAATA--ACAAA-CTCTGCTTG
gi|28 : TTCCTTGAATTTTACAACT-----ATTT-------AGGGAAGAA---AA-----G----GAG-A--ACC--TT---A----TAGA-TCAA-ACTTAGCTTGTAAAAATT--ACCAA-CTTTG
gi|2 : atccTCCAATAT---ACCACTATTTCAGGA---AG-----A---AGAG-G--AGC--CA---AACTATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-C-AGGAAATTAGTGCGGTTGT---CGGAAGtg
gi|30 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataacaaatctcaaagctctaaatattatattcgtgtgtgtatgtacgtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttccCAATATTTCTCCAATATTTAGTAA---AG-----ATACGGAG-T--AAC--AT---A----TAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT
gi|23 : AAGAATTTAA-----G---GAAGCA--AAC--CT---G----TAGAATCAACACTTTGC-CTTGCAAATT--ACCAAACTTTG--TG-AATCATAAAC-AGAAA--TAGTGC-GTTGT---CGG-AGAGAGGGatgaatg
gi|11 : ataattccctgttaactatttaggaCTCGTAAAAA-A--ATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-C-AGAAA--TAGTAC-GTTGT---CAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATT-AACACAAAATTAATTCCTAAAAGATT-AAAT-CACCT--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----TTCG--TT-CATCGAGACCCGAAGTTTTC-ATCAGCAGT-GTGAAATAATTACGtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|4 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgGTAAATTGATAAGACACAAAA-----TTTCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACA----AAAAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----T
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACATCCGATTTACAT----A--------TTTTTGTTAGCAGTTATGAAATAATAACGTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATC---A---ATTTTGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACA----GGATATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACAAA-ATCTTAA---A-tactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|4 : aaagGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATCTTTATCTATGT-GTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACG---TCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaaGACAGACAAAATCTTAAANNNNNNN--NN--NNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGAC------AGACA--AA---ACTTAATG-ACTAAAATTA-TTGTGCAATC-ATATAGTTGATCTGCAATTACACTTCA----T---TT-----------TTTATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT-CAAAT-------AT-CAGA-AT----T-GTACATTTTCTATT-----------TAGTC-TTCTTG-G--AACGC--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTA----TATTCTAGGAGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|14 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggaACTGAAAGTCCACACAAGGGACACATAAAT--ATTAATTGA-TCAAT-AACTAAA-AGCATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCTGTAATTACACTT--ATTATAAATTAAAAAAAAAAAT--A-AAAATTT----AAC----TGGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTATCAACATGTAATGTAGTC-TTGTAATG--A---CGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGCAAATTCAGGGGGAAA--TGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTcattgatattttatatgat
gi|16 : TAATCACACTT-AATT-----TT-----------TACA-AAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAATC-----------TATTCCTTATAATGTTG---C--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCT-----A-------------TAAatcccattggcatg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCTATTCTGGGGAAAGAA
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 55555555555555555555 111 4444444444444444444444444 44444444444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444444444 11111 2222 111 5555555 11 33333 11 1 1 1111 11 1 4444444444 1 111 6666666666666666666666 22222 111 2222222222222 1111 44444444444444444444444444 3333333333 3333333333333 1 11 111 333333333333333333333333333333333333333 222 1 33333 2 3333 3333 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 4444444444 11 55555555 1 4444444444444 3333 1 1 111 2222222222222 11 3333333333 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444 1 2222222222222 1111111111111111111111
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 777777 2 2 2 33 2 3 4 555 3 4 888 3 3 2 3 2 7 1 0000 1 55 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 888888 1 99 2 2 77777777777777777777777 00000000000000000000 1 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 5555555555555555555555555 7777 1 88888888888888 0 55 77 8888 3 5 99 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 999999999999999999 66666 8888 5 111 6 2 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 2 1 0 444 3333 33 0 2 7777777777 0 444 8 8888888888888888888888 00000 444 7777777777777 4444 77777777777777777777777777 0 3 1111111111 66 8888888888888 5 5 0 66 1 5 2 0 5 0 8 8 11 0 8 444 0 1 1 999999999999999999999999999999999999999 0 333 9999999 3 2 88 33333 22 7 11 0 3 6 1 6666 1 22 11 1 0000 0 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 2 1 3333333333 88 7 1 33 1 66666666 88 1 0 11 0 0 1 4 3333333333333 2 2 2 1 0000 0 0 9 444 2 3 8888888888888 1 8 8 22 44 5555555555 8 11 11 9999999999999999 6666666666666 99 77777 0 0 11 666666 1 77777777777 0 1 4444444444444 2 2 2 8888888888888888888888 0 2 1
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .................................................................. .... ...... . . . .. . . . ... . . ... . . . . . . . .... . .. . ............................................................................................. . ...... . .. . . ....................... .................... . . .. .. ... . ... ... .. . . ......................... .... . .............. . .. .. .... . . .. . ............................................................. . .................. ..... .... . ... . . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . . . ... .... .. . . .......... . ... . ...................... ..... ... ............. .... .......................... . . .......... .. ............. . . . .. . . . . . . . . .. . . ... . . . ....................................... . ... ....... . . .. ..... .. . .. . . . . .... . .. .. . .... . . . .................................................... ... . . .......... .. . . .. . ........ .. . . .. . . . . ............. . . . . .... . . . ... . . ............. . . . .. .. .......... . .. .. ................ ............. .. ..... . . .. ...... . ........... . . ............. . . . ...................... . . .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 888888 9 9 9 99 2 1 0 222 1 2 444 1 6 3 6 3 3 0 6666 0 88 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 222222 2 22 6 9 00000000000000000000000 44444444444444444444 0 6 99 00 444 6 333 444 00 6 6 0000000000000000000000000 8888 6 99999999999999 7 55 22 6666 4 0 22 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 222222222222222222 77777 7777 2 777 7 2 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 0 8 888 8888 88 0 0 2222222222 0 222 0 0000000000000000000000 00000 000 7777777777777 2222 33333333333333333333333333 1 1 9999999999 99 6666666666666 0 0 9 11 0 0 0 0 0 8 0 0 00 8 0 000 8 0 0 000000000000000000000000000000000000000 7 333 3333333 7 0 33 00000 00 3 77 7 7 7 0 7777 0 00 77 0 0000 0 2 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 0 0 8888888888 00 3 0 00 0 00000000 33 0 7 77 7 7 0 0 7777777777777 3 0 3 0 2222 0 0 2 000 5 2 8888888888888 0 0 0 44 22 0000000000 0 88 00 2222222222222222 6666666666666 00 88888 6 8 88 444444 0 55555555555 0 0 8888888888888 0 0 0 5555555555555555555555 2 0 0
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--AAT-CTTTA--T-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGNTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCAAATTTGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A--AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-ANCGG----ATTT-GAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATTA-A---TAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-TT----TTT---TAAAAAAA--AAAGATATTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG----TG----TG-TGTGT-ATG-TGG-----------------CG-TTCGAT-----TCATCG---GTTC------CTTAAANTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCGCTATTTAGGAAAGA------A---GAGG--AG-----C-A--C-TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-T-TGTAATTATAA-C-AGAAA--TAGTAC-GTTGTC---GGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--AC--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATC---A--TATTTTGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGAC-AGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-AT-ATTATTTNTCT----------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTA----CAATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTATC-----------TAGT-CTTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCT---ACA---TC-GGGG---GAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--AAT-CNTTN--T-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGNTTGTA-TCANA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTA-TNAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCAAATTTGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A--AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-ANCGG----ANTT-GAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATTACA---TAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-TTG---TTT---TAAAAAAA--AAAGATATTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GNGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAAGCTCNAAGCNCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG----T-----TG-TGTGN-ATG-TG------------------CG-TTCAAT-----TCATCG---GTTC------CTTGAANTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCACTATTTAAGAAAGA------G---GAGG--AG-----C----C-NATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-T-TGTAATCATAA-C-AGAAA--TAGTGC-GTTGTC---GGAAGNGANGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATNAGACACAAAATTAATTCCCAAAAGACTGAANTACACCT-AATGANNAAACGNATCTACAGANAATTTANANNAGNANAC---TACGGAT-TCGATATAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--ACCCGAAGTTTT---C-TGTCAGCAGT--TGTGAAATAATNAC----------GTGTGTTGGTTTGCACNTGTAATTTCNGGNATATCTTTATCTATNTTGTTTTGNTCGTTGAAAATATTGGTAGAAAGNGATGTGCTAAAGACGTCNTNATCCTGATC--AA--TAAATAGGTCAAGGACTGAAAANTCACACAGGAGAC-A-ACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAANNNATTGTGCAGNC-AT-ATNGTTNGTCT----------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTCAAAC---TCGGCACT--TAATTA----CAATCAGAAAT----T-GTAAATTNTCTATC-----------TAGT-CTTNT---AATG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGCGTTGTGCGCCCCCT---G-----TC---GG---GAGATAACCCGCGCCGCACTGTGNAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--AGT-CATTC--T-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCAAATTTGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AG-AGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAAAAAA----AATT-GAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACAG--TAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT---TAAAAAAG--GAAGATATTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCAAAATCCTAAA--------TCGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-----TA-TGTGT-ATG-TG------------------CGATTCAAT-----TCATCG---GTTC------CTTAAAGTTTG----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA------A---GAGA--AA-----C----C-AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCT-TGTAATTATAA-C-AGAAA--TAGTAT-GTTGTA---GGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATT-TACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGACA----ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A--------TTT---C--GTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATA--------TAATTTGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTC-ATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT------AAA--TTCTTGTGCAGTCTAT-ATCATTTGTCT----------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTA----CAA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTATC-----------TAGT-CTTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT---------T-------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--AAT-CTTGA--TGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGAAA-TTGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T--A------------TAATA----ACCGT----ATTT--AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACAA----A---TAA---CAAGA-------------TA----------T---TAAAAAAA--GAATACATTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGT-TTTATTTATAA-C-AGAAA--TAGTAC-GTTGTC---AGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAAT--CACCT--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCCGAAGTTTT---C--ATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A-------------------------------------------------------------------------A-----GTT-TACGCT-A-C-AA--AATGCTTTA--T-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCGAATT------------------GTAA----AG--ATTAAGATAAGGTG-T--AGG-AT-TACAGCCCTATTT-GAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACAA----A---TGATA--GAGAA-----------------------TC---TAAAAAAA--AAAGA---CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--ATT-CTTTA--T-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAAAATTCAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A--AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCG----AATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATTACAATGTAATACCAA-AA-T--TT----------TTC---TTT---TTTAAATA--AAAGACACTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGAC-A--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-AT-ATT-TTTGTCT----------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTA----CAATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTATCAACATGTAATGTAGT-CTTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCT---GCAAATTCAGGGG---GAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : ----ATTT-GAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATTA-------AT-CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-T-G---TT-----GGAAAGA--AAAGATATTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTGAAA--C----A---------AC-----GGGA-C------A--TTG----TT-A---TT---A-----ACAAAGGGG---T--------------GAGGGGGGG-----GGG--GTTCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccaAATCTCAAAGC--TAAATACTAAAATCGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-----TG-TGTGT--TG-TG------------------agcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATAATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAATC-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA-----TC---AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCAGT-CTTCA--T-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT--------------TT--AGGGT-T------GGGGAA--------------GGGGAGTC-ACAATG-A--GTTGA----ATTT-GAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATatctcattaatttatt
gi|18 : -TG------------------GG-CTCAAT-----CCATCA---GTTC----------ACGTTTA----CA--GT------------CTTACATTATACTGCTGT---AAAAATA------GTGTGAGG--GGATTAAC----C-AATGTA-TCTT-AATTTGAAGGC--AAAAATAACCA-----TG-TGTGTAAACGTAA-CTAAAAA--C-GTAT-GTTGTCCAAACAAGGGACGGGcgatgtgcagtatttt
gi|19 : ttattacaTT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AA
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A---CTTTA--T-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCAA-TTTGAAGTGA-T------AGGGAA-------------GGGGGGGTG-----------ACC-A----AATT-GACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT-------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-T-----TTG---GAAAAAAAAGAAAGATATTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Gcatctta
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGG-----------------TG-GTTGGT-----TGGTTG---GTTGGGGGGGCTTAATATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTCCAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA------A---GAGG--AG-----CCAAAC-TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----T-TGTGATTATAA-C-AGGAAATTAGTGCGGTTGTC---GGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--GAT-CTTTA--T-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAAAATTTGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A--AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--ATA-CTTTA--T-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--AAT-CATTA--T-TATCTC--CT--ATAGTAAC-A----------AGG-TTTTTACGA-AGAACA-----CATTTTA-TAAGA----------------------------------------------------------------------------------------------ATT-----------AA--TTGAAGGGA-T------GG--------AG--A--GGGGG
gi|23 : ACTATTTAGGAAAGAATTTAAG---GAAGCAAA-----C----C-TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T--G-AATCATAAAC-AGAAA--TAGTGC-GTTGTC---GG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta---------G-----------T----A-------CAATTC------GTCAAATT-GTAGAGA-T------G---------AG--A--AGGGAGA--TG-TTAATG-----CCGA----ATTC-CAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactttaaattAGT-----TCATCG---GCTC------CTTAAACTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCACTATTT-AGAAAGA------A---GAGG--AG-----CAA--CATGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-C-T
gi|26 : GTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--AAT-CTATA--T-TAtg
gi|28 : TTC------CTTGAATTTTA----CA--A---------------------------CTATTTAGGGAAGA------A---AAGG--AGAAC--C----T-TATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-T-ctaaa
gi|29 : atccTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--AAC-ATTTA--T-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCAA-TTTGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G--GGGGGGGGG--------G-GT-AACA-----AATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATTA-------ATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-TT----------TGGAAAA---AAAGATATTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAAT-CGTGT--GTGT-ATGTATG----TG----TG-TGTGG-AGG-TGGTTGGTTGGGGGGGGGGGCG-TTCAATATTAATCATCGTACGTTC------C--------TA----CA--AT---------------AT-----ACCACTATTTAGGAAAGA------A---GAGG--AG-----CAAG-C-TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-T-tgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataaCAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATAC---G---GAGT--AA-----C----A-TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|4 : GTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA----AAAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAACAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATCTTTATCTATG-TGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATAg
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-AC-ACTATTTTTCA----------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCA----TCATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT-------------ATTTT-----TGTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATC---A---ATTTTGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGAC-AGACA-AA-ATCTTAA---Aacctttctcacaacattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGAC-AGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAATT-ATTGTGCAATC-AT-ATAGTTGATCT----------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTATT-----------TAGT-CTTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCT---ATAT--TCTAGGA---GAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTAAATT-AAAGGGA---------GGGGA----AG------GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTACCAG----ATCT-GAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATTAT-------TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAA-TTC---TTT---TTTAAAAA--AGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC-AGTTTGAAAGGA-T------AGGG-------G--A--GGGGGG
gi|7 : AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T---TGAAAAAA--AAAGATATTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--ATT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCAAA-TTGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA--AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-ATC-------TTT-GA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT-------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAATTTG---TACAAGTAAAAAAA--AAgtggaggtggtggggg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-A-----GCTGTGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--AAT-C--TA--T-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTAAA-TTAAAGGGA-T------GG---------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|32 ): TGAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCTATTCTGGGGAAAGAA
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222 444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 11 11 1 22222 1 1 888888888888888888888888888888 22222 111 222222 5555555555555555555555 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 777777 2 2 2 33 666 2 44 3 4 888 3 7 1 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 7777 2 77777777777777777777777 666666666666666666666 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 3 11 33 33 0 55555 2 0 0 333333333333333333333333333333 00000 777 333333 0 44 9999999999999999999999 666 4 1 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 77777 0 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 8888888888888 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .................................................................. .... ...... . . . .. ... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. .... . ....................... ..................... .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. .. .. . ..... . . . .............................. ..... ... ...... . .. ...................... ... . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ......... . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. ..... . . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 888888 9 9 9 99 111 9 22 1 2 444 1 3 0 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 6666 9 00000000000000000000000 777777777777777777777 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 2 88 00 88 0 00000 5 0 0 222222222222222222222222222222 00000 555 000000 8 88 0000000000000000000000 888 8 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 333333333 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 88888 6 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 6666666666666 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A--AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGA----ATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-TGTG------TGG-----------------CG-NTCGGT-----TCATCG---GTTC------CTTAAANTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCA--ATTT---TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTA----CAATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGT-CTTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGNTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A--AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-NCGG----ATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-TATG------TGG-----------------CG-TTCGAT-----TCATCG---GTTC------CTTAAANTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCGCTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAT-ATTT---TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTA----CAATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGT-CTTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAC-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--A--GT-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AG-AGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAA----AATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-TCGTGCAGGTAC-ATGTATA-----T-TATG-TG-TATG------T-G-----------------CGATTCAAT-----TCATCG---GTTC------CTTAAAGTTTG----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATATAA----TT---TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTA----CAA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGT-CTTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-------T-------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--A--AT-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T--A------------TAATA----A-CCGT----ATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A-------------------------------------------------------------------------A-----GTT-TACGCT-A-C-AA--A--ATGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATT---------------------GTAA----AG--ATTAAGATAAGGTG-T--AGG-AT-T-ACAGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--A--TT-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A--AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGA----ATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTA----CAATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGT-CTTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : ----ATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccaAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAATCGTGT--GTGTAATGTATGTAGCTTGTGTGTTG-TGTA------TGG-----------------TG-GTTGGT-----Tagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTggtatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCA--GT-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA--------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGA----ATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AACAT-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A-----CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA-------------GGGGGGGTG-----------A-CCAA----A-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG-----TGTGTG-TGATGTGCGATGGTGG-----------------TG-GTTGGT-----TGGTTG---GTTGGGGGGGCTTAATATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTCCAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--G--AT-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A--AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--A--TA-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--A--AT-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A--GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaCTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgttaa-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A--AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGA----ATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactT-----TCATCG---GCTC------CTTAAACTTTA----CA--AT-----------TCCAATATTTCACCACTATTTA-GAAAGA---A---GAGGA-GCA--A---CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : agGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--A--AT-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : TTC------CTTGAATTTTA----CA--A---------------------------CTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--A--AC-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G--GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAA----ATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAAT-CGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-GAGG------TGGTTGGTTGGGGGGGGGGGCG-TTCAATATTAATCATCGTACGTTC------CT-----------------A--------------CAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataaCAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATCTTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCA----TCATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TT-CTCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCA--ATTT---TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGT-CTTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG------GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAG----ATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A--GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--A--TT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA--AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC-------TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgtggaggtggtggggg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-A-----GCTGTGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--A--AT-C--T--AT-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG---------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 11 11 1 22222 1 33333333333 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 3 33 9999 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 5 1 3 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 3 11 33 33 0 55555 2 0 33333333333 2 2 11 2 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 7 1 1 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .............................................................................. . . . .. .... . .. . . ... . . . . . . . . . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. .. .. . ..... . . ........... . . .. . . . ..................................................... ... . . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 9 5 99 0000 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 8 0 6 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 2 88 00 88 0 00000 5 0 22222222222 5 0 00 0 5 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 3 0 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-TGTG------TGGTG-GTCGGTTCGTCGG-------TTC------C---TTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT-C---CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-TGTG------TGGCG-NTCGGTTCATCGG-------TTC------C---TTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT-C---CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCCAA--A--G-T-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTCATGACAAGG-TTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-TCGTGCAGGTAC-ATGTATA-----T-TATG-TG-TATG------T-GCGATTCAATTCATCGG-------TTC------C---TTAA--AGTTTG----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT-T---CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATCCA--A--A-T-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA---AAAGCAAAG-TTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CGA---------------GC--TTC-AC-AT-AA------------------------------------------------------------------------------GTT-TACGCT-AC-AA--A--A-TGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACTAA--A--T-T-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATAAAAGCAAAG-TATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAATCGTGT--GTGTAATGTATGTAGCTTGTGTGTTG-TGTA------TGGTG-GTTGGTTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTggtatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT-AACCA--G-T-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-CAAAACAAGG-TTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACTAA--AACA-T-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACTGA--A------CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-CATAACAATG-TTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG-----TGTGTG-TGATGTGCGATGGTGGTG-GTTGGTTGGTTGG-------TTGGGGGGGC---TTAA--TATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTCC---AATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACCGA--G--A-T-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATCATAAAAAAG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACCAA--A--T-A-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACAAA--A--A-T-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGG-------CTC------C---TTAA--ACTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTA-GAAAGA---A---GAGGA-GCA--A---CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACCAA--A--A-T-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACTAA--A--A-C-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATCATAACAAGG-TTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAAT-CGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG----G------AGGTG-GTTGGTTGGGGGGGGGGGCGTTC------AATATTAATCATCGTA----CG---T-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataaC---AATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatCATAACAAGG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATCAA--A--T-T-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAATAAAACAAGA-TTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgtggaggtggtggggg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-AG----CTG-TGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTTG--------------------T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAA--A--AAT-CTAT--A---AGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATTATAACAAGG-T---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 11 222222 111 33333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 3 33 9999 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 5 1 3 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 66 11 8 888888 8 222 55555555 4 5 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 7 1 1 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .............................................................................. . . . .. .... . .. . . ... . . . . . . . . . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . .. .. . ...... . ... ........ . . . ..................................................... ... . . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 9 5 99 0000 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 8 0 6 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 66 00 0 888888 0 000 00000000 6 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 3 0 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATGT----TGTGTG-TG-TGTG------N-GGTGGTCGGTTGGTCGG-------TTC------C---TTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT-C---CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG-TGTG------T-GGTGGTCGGTTCGTCGG-------TTC------C---TTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT-C---CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCCAA--A--G-T-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTCATGACAAGG-TTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-TCGTGCAGGTAC-ATGTATAT----TATGTG-TA-TGTG------C-GAT--TCAATTCATCGG-------TTC------C---TTAA--AGTTTG----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT-T---CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATCCA--A--A-T-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA---AAAGCAAAG-TTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CGA---------------GC--TTC-AC-AT-AA------------------------------------------------------------------------------GTT-TACGCT-AC-AA--A--A-TGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACTAA--A--T-T-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATAAAAGCAAAG-TATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAATCGTGT--GTGTAATGTATGTAGCTTGTGTGTTG-TGTA------T-GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT-AACCA--G-T-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-CAAAACAAGG-TTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACTAA--AACA-T-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACTGA--A------CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-CATAACAATG-TTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG-----TGTGTG-TGATGTGCGATGGT-GGTGGTTGGTTGGTTGG-------TTGGGGGGGC---TTAA--TATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTCC---AATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACCGA--G--A-T-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATCATAAAAAAG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACCAA--A--T-A-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACAAA--A--A-T-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGG-------CTC------C---TTAA--ACTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTA-GAAAGA---A---GAGGA-GCA--A---CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACCAA--A--A-T-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACTAA--A--A-C-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATCATAACAAGG-TTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAAT-CGTGT--GTGT-ATGTATG-----TGTGTG-TG----G------A-GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGGCGTTC------AATATTAATCATCGTA----CG---T-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataaC---AATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatCATAACAAGG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-TCATGT--GTGT-GTGTGTG------GTGTG-T--TGTG------GAGGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATCAA--A--T-T-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAATAAAACAAGA-TTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-AG----CTG-TGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTTG--------------------T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAA--A--AAT-CTAT--A---AGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATTATAACAAGG-T---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 2 11 333333 1 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 777777 2 2 2 33 666 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 5 11 8 000000 6 0 9999999 4 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 7 1 1 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .................................................................. .... ...... . . . .. ... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . .. . ...... . . ....... . . ................................................... ... . . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 888888 9 9 9 99 111 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 6 00 0 666666 0 8 8888888 6 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 3 0 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-TCGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCG-------GTTCGG----CTTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAATTCGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGTGN----GGTGGTCGGTTGGTCG-------GTTC------CTTAA--ANTTTA----CA--AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--A--GT-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-TCGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-TATGTG-TATGTGC----GAT--TCAATTCATCG-------GTTC------CTTAA--AGTTTG----CA--AT-----------TC---CAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--A--AT-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A-------------------------------------------------------------------------A-----GTT-TACGCT-A-C-AA--A--ATGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--A--TT-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAATCGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-TGTGTGTTGTGTAT----GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCA--GT-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AACAT-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A-----CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATATTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTG-------GTTGGGGGGGCTTAA--TATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTC---CAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--G--AT-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--A--TA-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--A--AT-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCG-------GCTC------CTTAA--ACTTTA----CA--AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTA-GAAAGA---A---GAGGA-GCA--A---CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--A--AT-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--A--AC-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-TCGTGT--GTGT-ATGTATG------TGTGTG-TG---GA----GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGGCGTTCAAT---ATTAATCATCGTA----C---GT-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataa---CAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-TCATGT--GTGT-GTGTGTG----G-TGTGT--TGTG-GA----GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--A--TT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-A-----GCTGTGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--A--AT-C--T--AT-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 333333 1 2222222 4444444 1 9999999999999999999999999 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 66 33 666 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 8 8 11 8 000000 6 0 2222222 4 0 0 1111111 0 1 1111111111111111111111111 444 7 1 1 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .............................................................................. . . .. .. ... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . . .. . ...... . . ....... . . . ....... . . ......................... ... . . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 9 44 99 111 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 0 0 00 0 666666 0 8 6666666 6 2 8 2222222 0 0 8888888888888888888888888 000 3 0 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CATC----AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTCGG----C-TTAAANTTTA----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--A--GT-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-T-CGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-TATGTG-TATGTGC----GAT--TCAATTCATCGGTTC------C-TTAAAGTTTG----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--A--AT-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CGA---------------GC--TTC-AC-AT-AA------------------------------------------------------------------------------GTT-TACGCT-AC--AA--A--ATGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--A--TT-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAAT-CGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-TGTGTGTTGTGTAT----GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCA--GT-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AACAT-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A-----CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATA-TTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTGGTTGGGGGGGC-TTAATATTTAAATTCATT----ATCGTTACGTTCCTC---CAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--G--AT-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--A--TA-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--A--AT-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGGCTC------C-TTAAACTTTA----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTA-GAAAGA---A---GAGGA-GCA--A---CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--A--AT-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--A--AC-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG------TGTGTG-TG---GA----GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGG----CGTTCAATATTAAT--CATCGTACGT-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataa---CAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-T-CATGT--GTGT-GTGTGTG----G-TGTGT--TGTG-GA----GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--A--TT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-AG----CTG-TGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--A--AT-C--T--AT-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 333333 1 2222222 3333333 1 99999999999999999999999999 111 1111111 4444444444 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 66 33 666 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 8 8 11 8 000000 6 0 2222222 4 0 0 9999999 0 1 55555555555555555555555555 444 7 1 0 3333333 5 2222222222 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .............................................................................. . . .. .. ... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . . .. . ...... . . ....... . . . ....... . . .......................... ... . . . ....... . .......... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 9 44 99 111 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 0 0 00 0 666666 0 8 6666666 6 2 8 8888888 0 0 22222222222222222222222222 000 3 0 7 1111111 7 3333333333 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---A---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--A--GT-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-T-CGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-TATGTG-TATGTGC----GAT--TCAATTCATCGGTTC------C-TTAAAGTTT-G---CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAA---A---GAGAA-AC-------C--AATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--A--AT-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CGA---------------GC--TTC-AC-AT-AA------------------------------------------------------------------------------GTT-TACGCT-AC--AA--A--ATGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--A--TT-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAAT-CGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-TGTGTGTTGTGTAT----GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCA--GT-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AACAT-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A-----CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATA-TTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTGGTTGGGGGGGC-TTAATATTTAAATTCAT----TATCGTTACGTTCCTC---CAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGA---A---GAGGA-GCCAAA---C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--G--AT-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--A--TA-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--A--AT-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGA---ATTTAAGGAAGC---AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGGCTC------C-TTAAACTTTA----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAG-AAAGA---A---GAGGA-GC---AA--CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--A--AT-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGA---A---AAGGA-GA---A---CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--A--AC-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG------TGTGTG-TG---GA----GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGG----CGTTCAATATTAAT--CATCGTACGT-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGA---A---GAGGA-GC---AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataa---CAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGATACG---GAGTA-AC---A------TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-T-CATGT--GTGT-GTGTGTG----G-TGTGT--TGTG-GA----GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--A--TT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-A-----GCTGTGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--A--AT-C--T--AT-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 333333 1 2222222 3333333 1 99999999999999999999999999 111 111 33333 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 777777 2 2 33 9999 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 8 8 11 8 000000 6 0 2222222 4 0 0 9999999 0 1 55555555555555555555555555 444 7 1 1 000 5 77 00000 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .................................................................. .... ...... . . .. .... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . . .. . ...... . . ....... . . . ....... . . .......................... ... . . . ... . .. ..... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 888888 9 9 99 0000 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 0 0 00 0 666666 0 8 6666666 6 2 8 8888888 0 0 22222222222222222222222222 000 3 0 7 000 7 99 00000 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCCAA--A--G-T-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-T-CGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-TATGTG-TATGTGC----GAT--TCAATTCATCGGTTC------C-TTAAAGTTT-G---CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAAA---GAGAA-AC--CA------ATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATCCA--A--A-T-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A-------------------------------------------------------------------------A-----GTT-TACGCT-A-CAA--A--A-TGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACTAA--A--T-T-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAAT-CGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-TGTGTGTTGTGTAT----GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT-AACCA--G-T-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACTAA--AACA-T-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACTGA--A------CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATA-TTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTGGTTGGGGGGGC-TTAATATTTAAATTCAT----TATCGTTACGTTCCTC---CAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGAA---GAGGA-GCCAAA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACCGA--G--A-T-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACCAA--A--T-A-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACAAA--A--A-T-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGAATTTAAGGAAGC--AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGGCTC------C-TTAAACTTTA----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTA-GAAAGAA---GAGGA-GC--AA--CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACCAA--A--A-T-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGAA---AAGGA-G---AA--CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACTAA--A--A-C-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG------TGTGTG-TG---GA----GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGG----CGTTCAATATTAAT--CATCGTACGT-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataa---CAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGAT---ACGGA-GT--AA--CA-TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-T-CATGT--GTGT-GTGTGTG----G-TGTGT--TGTG-GA----GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATCAA--A--T-T-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-AG----CTG-TGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTTG--------------------T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAA--A--AAT-CTAT--A---AGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 22222222222 111111111 444444444444444444 444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222 555555555555555555 11111 222 111 5555555 11 33333 11 11 333333 1 2222222 3333333 1 99999999999999999999999999 111 111 33333 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 1 1 111 3333333 111 4444444444444 11 3333333333333333 3333333333333 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 5555555555555
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 777777 2 2 33 9999 2 44 3 4 888 3 7 2 4 8 1 888 1 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 888888 1 2 44 777 2 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 66 55 666 3 555 111 55 3 3 66666666666 0 777777777 333 7777 1 111111111111111111 4 66 77 8888 3 5 99 7 1 111111111111111111111 3333333333333333333333333333333333 1 111111111111111111 66666 444 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 99 6 0000000 11 3 1 6 99 33333 6 6 11 1 0 55 1 8 8 11 8 000000 6 0 2222222 4 0 0 9999999 0 1 55555555555555555555555555 444 7 1 1 000 5 77 00000 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 0 0 9 444 2 3 2222222 3 0 8 111 1 4444444444444 8 11 11 9999999999999999 0000000000000 99 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 2222222222222 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .................................................................. .... ...... . . .. .... . .. . . ... . . . . . . ... . .. ............................................................................................. . ...... . . .. ... . .............................................. . .. .. ... . ... ... .. . . ........... . ......... ... .... . .................. . .. .. .... . . .. . . ..................... .................................. . .................. ..... ... . ... . . . .. . . . . .. . ....... .. . . . .. ..... . . .. . . .. . . . .. . ...... . . ....... . . . ....... . . .......................... ... . . . ... . .. ..... . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . . ... . . ....... . . . ... . ............. . .. .. ................ ............. .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . ............. .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 888888 9 9 99 0000 9 22 1 2 444 1 3 6 0 0 0 333 0 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222222 2 9 00 999 9 7777777777777777777777777777777777777777777777 9 99 00 444 6 333 444 00 6 6 88888888888 8 666666666 777 8888 6 999999999999999999 0 11 22 6666 4 0 22 3 7 222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 0 777777777777777777 77777 777 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22 7 0000000 88 7 0 7 22 00000 7 7 00 0 8 66 0 0 0 00 0 666666 0 8 6666666 6 2 8 8888888 0 0 22222222222222222222222222 000 3 0 7 000 7 99 00000 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 2 000 5 2 0000000 8 8 0 666 0 0000000000000 0 88 00 2222222222222222 8888888888888 00 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCCAA--A--G-T-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTC-ATGACAAGGTTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------T----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--AGAGGGAGGGGTG-CTAATG-ATAA-AAAAAATTGAT-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTTGATG---ATATAATTACA----GTAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTGTTTTTT-----TAAAAAAG-GAAGATA--TTTAC-AAACA-G-CTGGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------A--TTG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------GGGGGGTGG-----GGGTAG-TCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--CG-A-------CAAAAGTCAAAATCCT-AA--ATCGTG-CAG-GTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-T-CGTGCAGGTAC-ATGTATA----T-TATGTG-TATGTGC----GAT--TCAATTCATCGGTTC------C-TTAAAGTTT-G---CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAAA---GAGAA-AC--CA------ATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTTTAATTGTTT---TT-----------CAAAAATTTGTTGAAC---TTGGTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCT-T-------------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATCCA--A--A-T-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA----AAAGCAAAGTTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------A----A-------CA-TTC------TTGA-AA-T---TGAAAAGATT------GGTGAA----AA--T-A------------TAATA----A-CCGTATTT-AC-TT--T---TAA--AT---T--CTGATC-AATG-T-ATG---ATACA-----A----ATAA---CAAGA-------------TA----------T-----TAAAAAAA-GAATACA--TTAAC-AAGAA-C-CTGGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CG---------------AGC--TTC-AC-AT-A-------------------------------------------------------------------------A-----GTT-TACGCT-A-CAA--A--A-TGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTC----AAAATCAGCATTTC------CTCG-AATTG--TAAA--GA-T------TAAG------AT--A-AGGTGTAGG------ATT-AC-AGCCCTATTTGAT-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AGG---ATACA-----A----ATGATA--GAGAA-----------------------TC-----TAAAAAAA-AAAGA-----CAAC-AGACA-C-TTGGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACTAA--A--T-T-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATA-AAAGCAAAGTATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------AGAAAA-------CTTTTTAAAATTGTAA-AATT---CAACAGAT-T------GCGGAATTGGAG--A-AGG---GGGTGTTTAATATAT-AGCCGAATTCGAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TC-CAAGTT-AAA---ATGCAATT--ACAATGTAATACCAA-AA-T--TT------TTC-----TTTTT-----T--AAATA-AAAGACA--CTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CTTA-T--TATAAATTAAAAAAAAAAATAAAAATTT----AAC---T-GGCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGC-AAATT--CAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-GT--T---T-A--ATAT-T--CTG-CC-AA--------------TAATT--A----AT----CTAAGAA-TATTTCAGGAGTAA-----TGTT-------GGAAAGA-AAAGATA--TTA-T-AGACA-T---GTAAA-TAAAA--TCACATTG--AAAC----A---------AC-----GGG-AC------A--TTG-----TTA---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------AGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--TACAATCT---CAAAG--CTAAATACTAAA--ATCGTG---T-GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAAT-CGTGT--GTGTAATGTATGTAGCT-TGTGTGTTGTGTAT----GGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CTTAAT--TTT---TA-----------CAAAAATAAGTTAAATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTATAA---T--C-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT-AACCA--G-T-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-C-AAAACAAGGTTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------A-------CGCTT---------------T---T--AGGGT-T------GGGGAA-------------GGGGAGTC-ACAATG-A--G-TTGAATTTGAT-GT--T---T-C--AT---T--CTG-TC-CAAGTT-ATG---ATACAATC--G----ATatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACTAA--AACA-T-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACTGA--A------CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-C-ATAACAATGTTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------C----T-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGGGAA------------GGGGGGGTG-----------A-CCAAA-TTGACTGT--TATAT-A--AT---TTCCTG-CC-AAA--------------AAT---------TAATACCAAGAATT--TTCAGGAGTAA-----TTTGG-----AAAAAAAAGAAAGATA--TTAATAAGACA-T-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------A--TT-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------GGGGGGGGGCGCCAGGGT---TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TA-A-------CAAATCTCAAAGCTCT-AAATATTATA-T-TCGTGT-GTGTAT-GTAC--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATA-TTCGTGT--GTGT-ATGTACG----TGTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTGGTTGGGGGGGC-TTAATATTTAAATTCAT----TATCGTTACGTTCCTC---CAATAT---ACCACTATTTCAGGAAGAA---GAGGA-GCCAAA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACCGA--G--A-T-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATC-ATAAAAAAGTTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------C----A--------A---C------GTAA-AATT---TGACGGGA-TTGGAGAGGGAAA----AA--A-AGGGGGAGG
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACCAA--A--T-A-CTTT--AT-CATTT----TGAATTa
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACAAA--A--A-T-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT
gi|22 : -----------C----A-------CATTTT------ATAAGAATTAATTGAAGGGA-T------GG--------AG--A-GGGGGtttacgaagaacacattttataagaattaattgaagggatggagaggggg
gi|23 : cctaagcttcagacaactagggtattgtaaaactcatggtacaaaaatcattattatctcctatagtaacaaggtttttacgaagaaACTATTTAGGAAAGAATTTAAGGAAGC--AAACC--TGTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------T----A-------CAATTC------GTCA-AATT----GTAGAGA-T------G---------AG--A-AGGGAGA--TG-TTAATG------CCGAATTCCAC-GT--T---T-A--TT---T--CTG-TCAAAAGTT-
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGGCTC------C-TTAAACTTTA----CA------AT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTA-GAAAGAA---GAGGA-GC--AA--CA-TGTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CT
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACCAA--A--A-T-CTAT--AT-TAtg
gi|28 : ATTTTACAACTATTTAGGGAAGAA---AAGGA-G---AA--CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-Tctaaa
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACTAA--A--A-C-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATC-ATAACAAGGTTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-A-TT---TGAAGTGA-T------AGG--A----AG--G-GGGGGGGGG--------G-GT-A-ACAAATT-GAT-GT--T---T-ATAAT---T--CTG-CC-AA------------TATAATT--A----ATA---CCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTT---------GGAAAA-AAAGATA--TTAA--AGACATT-TTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGG-----GGGGAGTTCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-ACAAATCTCAAAGCTCTAAATACT-AA--ATCGTG---T-GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG------TGTGTG-TG---GA----GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGG----CGTTCAATATTAAT--CATCGTACGT-----------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AAG-C--TATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataa---CAATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGAT---ACGGA-GT--AA--CA-TATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT-AT--T--C-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CCGTAT--TCT---TT-----------CAGATATT-ATTTAGC---T-GGCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CTTCAT--TTT---TT-----------ATAAAATTCATCAA-----TTGGCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT-A---TTCT-AGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTA-AATT----AAAGGGA---------GGGGA----AG-----GGGGGGGGTG-TT--TT-ATTA-CCAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGTT--CTG-TC-AA-GTTGATGTATATGTGATT--A-----T--TACCACAAA-T--TTCAGGAGTAATTC--TTTTT-----T----AAA-AAAGATATTTTAAC-AGACA-TCTTGGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGA--TTAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGCAG-TGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGTG-A-------CAGA-----AGGTCCT-AA--ATGTTGTT-T-GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatC-ATAACAAGGTTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------C----A-------CATTTC------GTC--AGTT---TGAAAGGA-T------AGGG-------G--A-GGGGGG
gi|7 : TT--A----A-AATACCAAGAA-T--TTCAAGAGTA----------T-----TGAAAAAA-AAAGATA--TTAAT-AGACA-T-TTA-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------A--TTG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATGGGGGAGGG-----GGGT---TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--CA-AATCT---CAAAGCTCTAAATTCT-AA--ATCATG---T-GTGT-GTGTGTGGTGT--GTTccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattacaaatctcaaagctctaaattctaaatcatgtgtgtgtgtgtggtgtgttgtggaggtggtggggg
gi|7 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttCAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-T-CATGT--GTGT-GTGTGTG----G-TGTGT--TGTG-GA----GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATCAA--A--T-T-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAAT-AAAACAAGATTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------C----A-------CATTTT------GTCA-AA-T---TGAAGGGT-T------GGAAAA----GGGTA-AACAGGGAGTG-TTACAG-CC-A-TC---TTTGA-----------------------------------T-ATG---ATACAAT---------TAATACAAAGAA-T--TCCATAAATAA-----TTTGTACAAGTAAAAAAA-AAgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-AG----CTG-TGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTTG--------------------T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAA--A--AAT-CTAT--A---AGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATT-ATAACAAGGT---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------C----A-------CATTTC------TTTA-AA-T---TAAAGGGA-T------GG--------------AGAGGGGGATG-TTttg
blockSeqs : G G G GCG A G T GGGT G T CACCAGTTGT TTGGG CG GTC T A T ATAGTCTCTAGAAATTAGGTATCGT GTGA ATAACG A T CC ACA G TA G G ATT C C T A A T TTA A AG TTTATGGAGAGCACTTCGCTTTCAAATGCA AAAATT G G AT AAT T GCGGAATTGGAGAAGGGGGTGTTTAATATATAG G CT CT ATA A TAA GGT TC A A GTTGATGTAT TACAATG GAT TAT G ATTTGTACAAGTA G TT TA TTT G G AG A A ATATCATGTAAATTTAC GTATAGATTAAATTTTTAGTTTCAAAA C GGGTGGGGCCCGGAT CGCCA AGT A TTT C T A AT A A T T GG C CAAATCT TC T A A AT TTC A G TG C CT A A T . A TAGCT T CGATGGT T GGGGGGG G A AAATTCATTATCGTTACGTTCC CTA T C A TTT A CA ACC A C CA AT A G T A AT G A G AATTC T A CT A A G A TTT C T A C A A TTTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAACAAGAACTTTTGCACA TGA T AAGCTCAAAA T T C C C CTTTATCTATG C C CTGATCTTAAGN T G T T G T . A TTG G A GATGACA G . CTA G TCTTCAGTAAATG . AA . AAATTAAAAAAAAAAA AGTTAAATATATC AG TTCCA AA ACGGTA CAACATGTAATG C TGG T ACGA T GCAAATTCAG CA
blockSeqs : . T . . . . . . . A TG GGG . AT . . . ATGATACACAATAGAGTATTTGTAA G G . . . AA . . . G G A A A . A A TA A G TGTTTAGGAGAAAACTTTTCAAAATCAG . C . AT G . GGAAAAGGGTAAACAGGGAGTGTTACAGCCA C C . . . A AT . . . AGTTAGG TAA AAT TT G ATTCTTTTTT . . C TCT G . . A A TGTGAAA ATTTTTATTAAATTC T TG . AG G . . C . . . . . . . . ATCT GC A T . . TTT . . . T CT A . . . . TG A TAT T GGG . C AATCATCGTACGT . T T G . . . CCT . . . TT . . T . . . A . . C G AA . . . A . . A T . . . TGTTTCGTTCATCGAGACCCGAAGTTTT T G . T . G T A CAATTT A . . N N N T G . . C . G A A A . TAG T . . TA . TA ATTTAGCT . A AA A ACC . . T TTGC C ATATTCTA G
blockSeqs : . T . . . . . . . A TC TAT . T . . . ATATTAGTAACAATAGAGTGTTGT A A . . . A . . . G G C . G . . A TC A C TTCTATATAGAAAAAATTCTTTGATGCT . A . AT . . GGGGAAGGGGGGGGGTGTTTTATTA G T . . . T . . . . AGTTAAA CGA AAT T G ATTTGGAA . . C CC T . . A A AAAC ATGTTGTTATTCA C G . . G . . A . . . . . . . . ATCT GC T A . . T . . . CT A . . . . G . GA T C . T ACAAT . T C G . . . CA . . . TA . . . . . . . . . TGACATCCGATTTACATATTTTT . A . A . . . . . . . A A . TT T . . CA . TT CATCAATT . C AT A C . . C C T ATAATCA G
blockSeqs : . T . . . . . . . T A GCT . T . . . ATACAAACAAATTAGAGTATTGT G G . . . A . . . T G A . T . . A TC A C ATTTATATAGAAAAATTCTTAGAATGCA . C . AT . . TAAGATAAGGTGTAGGATTACAG G C . . . T . . . . AGTTATG TAA AAT T G CTTTTTT . . T CT A . . . G AAC ATTGTTATTCA G G . . . . . T . . . . . . . . . G T C . . T . . . . T . . . . . . GA G . . . G . . . GC . . . TT . . A . . . A A . . A . TT TAACT . . A T T . . C CTATTCT A
blockSeqs : . T . . . . . . . T C GTA . A . . . CATTATTTTAACAGTACATAC G G . . . T . . . G G A . A . . C AT T C TTTTATTGAGAAAAATTCTTAGAAGGCA . A . AT . . GGGGAAGGGGAGTCACAATGAG A T . . . A . . . . TGTATG TAA AAT T A ATGTTG . . C TT A . . . A AAA ATTGTTATTA A G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . G . . . CA . . . TT . .
blockSeqs : . T . . . . . . . T C GGG . T . . . ATAGTATTAACAAAGAGTGT A A . . . G . . . T C A . G . . C TT T A TGAATTTTTAAATGCA . A . AT . . AGGAAGGGGGGGGGGGGGTA G T . . . A . . . . TATG AA AA T T TCTA . . T TT G . . . . . C . . . A . .
blockSeqs : G . . . . . . . A C GCA . T . . . AGAGTGTAGAAT A G . . . A . . . C T A . G . . A C T A TTTTACGTAGAAAA . C . GT . . GAGAAGGGAGATGTTAATG A C . . . A . . . . A AA A T . ATTT . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T T GCG . T . . . CTAGGGTATTGT A G . . . T . . . G G A . A . . A C T A TTTTGTGGAGAAAA . C . A . . GGTGAAAATATAATAA A T . . . T . . . . . TA T . . TTA . .
blockSeqs : . . . . . . T C . . A . . . ATAGGGTATAGT T G . . . A . . . A G . . T . . C . A C TTGATTTATAACA . T . T . . AGGGAAGGGGGGGTGA . T . . . A . . . . . . . . . TTG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . TAGGGTGTTGT A G . . . A . . . T . . . G T T TTTTGTATTGAA . C . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . A . . . . A . . . . . . TTGTA . C . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GGGGAAGGGGGGGGGTGTTCACAA********************** GTTAG****** TAA****** ATTTG************* G***************** *** ATCT*** T**** CT ** G***** GAT**** CC*** ** GTTAANT****** ** NTATTCG****** G*
originalCons : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-T------GGGGAA----AG--A-AGGGGGGGGTG-TTAATG-AT-A-CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAAGTT-ATG---ATACAATT--A----ATAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAA-----TTTTT-----TAAAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GGGGGGGGG-----GGGTAG-TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-A-------CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTG-T-T-GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATG----T-TGTGTG-TGTGCGA----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AA--C--TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTCGTTAAAC---TCGGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTAT-A---T--C-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
finalCons : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACCAA--A--A-T-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATC-ANAACAAGGTTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------C----A-------CATTTC------GTCA-AATT---TGAAGGGA-TGGGGAAGGGGGGGGGTGTTCACAA----------------------CCGAATTTGAC-GT--T---T-A--AT---T--CTG-TC-AAGTTAG------ATACAATTAA------TAATACCAAGAA-T--TTCAGGAGTAATTTG-------------AAAAAA-AAAGATA--TTAAC-AGACA-T-TTGGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------A--TTG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAGG-----------------GGGGGGGGG-----GGGT---TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TA-AATCT---CAAAGCTCTAAATNCT-AA--ATCGTGT----GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGT-ATGTATGG-----TGTGTG-TGTGGAT----GGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CAT----CAT-----------TC---CAATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC--AACC---TATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CTTAAT--TTT---TT-----------CAAAAATTGTTAANT------GGCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTNTATTCG------GGG-GAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|27 ): ACGTTGTTCACAGAACATGATTACAAGCTAATAATTGAATAGTCGTATTATTTTTCAGTCATCACACTCATGTCCTAGTTTCATTTCATAACTGGCATTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 333333333333333333333333 111111111111 111 44444444444444444444444444444444 11111 222222222 444444444444444444444 111111 11111111 2222222222222222 555555555555555555 11111 11 111 33333333 111 11 3333333 11 2222222 3333333 1 9999999999999999999999 111 111 1 1 11 1 1 1 444444 1 222 3333 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 4444444444 1 4444444444444 1 666666666666 11111111 2222222 3333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444 111 11111 11 11111 222222 44444444444444 111 222222 2222222222
lowQualScore : 5 1 4 666 3 3 3 7777 3 2 99999999999 99999 44 888 3 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 66 33 666 2 44 3 4 888 3 7 2 0 3 7 1 99 1 3 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 0 888888 1 66 2 6666 2 3333333333333 44 777777777777777777777777 5 44444 111111111111 44 44 000 3 88888888888888888888888888888888 55 4 22 11111 4 222222222 55 8888 2 5 55 5 3 5 99 5 111111111111111111111 3 999999 55555555 4444444444444444 1 111111111111111111 6 66666 99 88 5 111 6 6 6 99 6 6 6 6 11111111 7 5 22 888 99 77 6 333 1 0 55 1 8 8 11 8 6666666 88 7777777 4 0 0 9999999 0 1 5555555555555555555555 444 7 1 0 000 5 88 5 5 5 5 66 11 5 0 1 0 3 0 33 0 3 3 0 88888 1 2 777777 7 0 3 6 7 333 6 1 1 0000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1 3333333333 7 7 3 2 1 5555555555555 0 1 2 222222222222 1 1 1 1 8 8 8 55555555 0 3 3 3333333 1 3 6 555 1 6666666666666 6 8888888888888888888888888888888888888888888888 000 66666 55 0 77777 0 11 666666 22222222222222 0 8 444 6 444444 2 5555555555 99 0
lowQualScore : . . . ... . . . .... . . ........... ..... .. ... . . . .............................................................................. . . .. .. ... . .. . . ... . . . . . . . .. . . .. ........................................................................................... . . ...... . .. . .... . ............. .. ........................ . ..... ............ .. .. ... . ................................ .. . .. ..... . ......... .. .... . . .. . . . .. . ..................... . ...... ........ ................ . .................. . ..... .. .. . ... . . . .. . . . . ........ . . .. ... .. .. . ... . . .. . . . .. . ....... .. ....... . . . ....... . . ...................... ... . . . ... . .. . . . . .. .. . . . . . . .. . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . .... . . . ..................................................... ... . .......... . . . . . ............. . . . ............ . . . . . . . ........ . . . ....... . . . ... . ............. . .............................................. ... ..... .. . ..... . .. ...... .............. . . ... . ...... . .......... .. .
lowQualScore : 7 8 4 444 6 6 6 7777 6 5 33333333333 66666 66 777 3 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 9 44 99 111 9 22 1 2 444 1 3 6 5 6 3 0 22 0 3 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 9 222222 2 44 9 1111 9 9999999999999 22 999999999999999999999999 8 88888 111111111111 66 66 111 3 99999999999999999999999999999999 55 0 33 99999 0 222222222 55 5555 2 0 99 0 4 0 22 7 222222222222222222222 5 222222 33333333 8888888888888888 0 777777777777777777 7 77777 22 33 2 777 7 0 7 22 7 7 7 7 22222222 3 2 00 333 22 33 7 888 0 8 66 0 0 0 00 0 0000000 00 6666666 6 2 8 8888888 0 0 2222222222222222222222 000 3 0 7 000 7 77 7 7 7 7 99 44 7 1 4 8 2 0 88 0 2 3 7 00000 0 0 000000 3 7 3 7 3 333 7 0 0 0000 0 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 0 8888888888 3 3 7 0 0 7777777777777 7 0 0 777777777777 0 0 0 4 8 0 0 22222222 8 2 8 8888888 7 2 7 222 0 7777777777777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555 222 77777 88 8 66666 8 88 444444 22222222222222 8 0 000 4 555555 0 8888888888 44 2
consensus : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------------C----A-CATTTC------GTCAAATT-TGAAGG----GA-TGGGGAA----GGG-----G--GGGGGTG-T---TNA-----CAAC----CGAATTTGAC-G--TT---T-A--A---T--T--CTG-T-C-AAGTT-A--GATACA-AT-T--A----A-TAATACCAAGAAT--TT-CAGGAGTAA----T-TTG--------AA--AAAAAAAGA----TATTAACA-GACAT-TT-GGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------AT--TG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------G-GGGGGGGG-----GG--GT--TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--T---A-AATCTCAAAGCTCTAAATNCT-A-AATCGTGT--GTGT-ATGTAT-GTGT--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGTA-TGTATGT-----GTGTGTG-TGTG----GACGGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CATCAT---T-------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC-AA-CCT-ATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATTAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CT-------TAAT--TT--T---TT-----------CAAAAA-TT-G-TTAA--CTG-----GCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTNT--ATTC-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
Reference ( family-1340 ) : CTT-CATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----GGGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GNGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-ACC-AA--A--AT-CTTT--AT-TATNTG--CTGAATTTTAAC-AGGTTGTA-TCATA-TCTNTAATCANAACAAGG-TTTAGTTTN-TTAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------------C----A-CATTTC------GTCAAATT-TGAAGG----GA-TGGGGAA----GGG-----G--GGGGGTG-T---TCA-----CAAC----CGAATTTGAC-G--TT---T-A--A---T--T--CTG-T-C-AAGTT-A--GATACA-AT-T--A----A-TAATACCAAGAAT--TT-CAGGAGTAA----T-TTG--------AA--AAAAAAAGA----TATTAACA-GACAT-TT-GGAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------AT--TG----TTTA---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------G-GGGGGGGG-----GG--GT--TCTAATGTTTGA---A-AATTCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--T---A-AATCTCAAAGCTCTAAATNCT-A-AATCGTGT--GTGT-GTGTAT-GTGC--GNTTCAGTTACTCAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGTA-TGTATG------GTGTGTG-TGTG----GATGGTGGTCGGTTGGTCGGTTNGG----C-TTAAANTTTAA---CATCAT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC-AA-CCT-ATAGA-TCAA-ACTTTGCTCGT--AAAAATNACCAA-CTTTG-TTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGTTGATTA-ACGCAAAATTAATTCTTAAAAGANTGAATTACAC-T-AATGAGTAAACGTATTT-CAGACAA---ACANGAANAAAC---TACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG-------ATTTACATCGAG--A--C--GAANTTTT---C-CGTCAGCAGT--TATGAAATAATNAC----------GTGTGTTGATTTGCACGTGTAATTTCTGGNATATCAATTT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGTAATATGCTAAAGACGTCNTCATTC-GATC--AA--TAAANANGNCGAGGACTGAAAAATCACACAGGGGACAGACA-AA-ACATTAA---ATCAATGAACT------AAAAATTATTGTGCAGTC-ATATTATTTNTCT-------------GTAATTACA-CT-------TAAT--TT--T---TT-----------CAAAAA-TT-G-TTAA--NTG-----GCACT--TAATTAC----AATCAGAAAT----T-GTAAATTTTCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AACG--AC--AATCACTCGAGGACCGCAACGTGTTGTGTGCCCCCTNT--ATTC-GGG-GGAAATAACCCGCGCTGCACTGTGAAAAATGT
gi|1 : CTT-TATTTTTG-CAGTTACTGCC---CTTA-CACCGG-AAGT-AG----CGGACGT-GCTTA-C---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--TTC-AG-AT-AAA----------A--C-AGT------------GGTA-ACAA---------A-----T-----------AG---A-----GCT-TACGGT-TCC-AA--A--GT-CATT--CT-TATCTG--CTGAATTTTAAC-AGAATGTA-TCAGA-TCTTTAGTCATGACAAGG-TTTAGTTTA-TAAGA---------------T---T--T-----------T----------------T-T----G---------G-----------------T----A-CATTTC------GTCAAATT-TGAAGG----GA-TGGGGAAAGAGAGG-----G--AGGGGTG-CTAATGA-----TAAA----AAAAATTGAT-G--TT---T-A--A---T--T--CTG-T-CAAAGTT-GATGATATA-AT-TACA----G-TAATACCAAGAAT--TT-CAGGAGTAA----T-TTGTTTTTTTAAA--AAAGGAAGA----TATTTACA-AACAG-CT-GGAAA-TAAAA--TCACGTCGAAGA------A---------AA-----GTTAAG------AT--TG----TTTA---TC---A-----AC----GAGCCTT--------------G-GGGGGTGG-----GG--GTAGTCTAATGTCTGA---A-AATTCTTGAC-AAACA--AAC-AAGAAA-TAA-ACAAT-TA--C---G-A----CAAAAGTCAAAATCCT-A-AATCGTGCAGGTAC-ATGTAT-GTGC--GATTCAATTACTCAGTANTCA-------AAATCCTAAA-T-CGTGCAGGTACA-TGTATA------TTATGTG-TATG----TGCGAT--TCAATTCATCGGTTC------C-TTAAAGTTT-G---CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCGCTATGCAAGAAAAAA---GAGA-----AA-CCA-ATAGA-TCTA-ACTTTGCTCGT--GAAAATAACCAA-CTTTGCTTGTAATTATAA-CAGAAA--TAGTAT-GTTGTAGGAAGAGAAGGGGAAGCCCCAATTCTTTCTCTCCCTAACGTGCTTGATACATGTAATTATTTTTATGTACGTTTGAGTAAGTTGATTT-ACGCAAAATTAATTTTTAAAAGAAT-AATTACACGTGAATGAGTAAACATATTT-CAGAC-A---ACAGGAAGAAACGTGTACGGAT-TCGATACAAT-TAA--T----T--CCG--------TT--CATTG-G--A-----------TT---T-CGTCAGCAG---TATGAAATAATTAC----------GTGTGTTGA-TTGCACATGTAATTT-TGGTATAT-AA-TT-------TGTTTTGGTCGTTGAAAATATTGATAAAAAGTAATATGCGAAAGACATCTTTATTCGGATC--AA--TAAAGATGGCGAGGACTGAAAAATCACACAAGGGACTCATA-AATACATTAA---ATCAATGGACT--------AAATTCTTGTGCAGTCTATATCATTTGTCT-------------GTAATTACATTT-------TAATTGTT--T---TT-----------CAAAAATTT-G-TTGAACTTG-----GTACTG-TAATTAC----AA-CAGACAT----T-GTAAATTTCCTAT--C-----------TAGTC-TTAT---AG-G--AC--ACTCACTTGAGGACCGCAGTGTGTTGTGTGTCCTCTT-----------------TAACTCGCCCTGCACTGTAAAAAATGT
gi|10 : CC---ATTA-CGCCGG-AAGT-AG----GCAGCAC-GCTTA-A----------GAT------TC--GTGAGC--TTC-AG-AC-AAA----------A--T-AGTCTCTAGAAATTAGGTA-TCG----------------T-----------AG---A-------T-CAAAAT-ATC-CA--A--AT-CTTG--ATGTA-GTG--CTGCGTTTTAAC-AGTTTGTA-TCATA-TCTTTA---AAAGCAAAG-TTTAGTTTG-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------A-C----GTAGA-----A-----------------A----A-CA-TTC------TTGAAA-T-TGAAAA----GATTGGTGAA------------------AATA-----TAA-----TAAC----CGTATTT-AC-T--TT---TAA--A---T--T--CTGAT-C-AATGT-AT-GATACA-------A----A-TAA---CAAGA-------------TA-------TTA--------AA--AAAAGAATA----CATTAACA-AGAAC-CT-GGAAA-TA
gi|11 : aaatgccttatatttttacccccccccCTCGT--AAAAA-AATAAA-CTTTGGTTTTATTTATAA-CAGAAA--TAGTAC-GTTGTCAGAAGTAAAGAGG
gi|11 : GTAATTATTTTCGTGTACGCTTGAGTAAGCTGATTA-ACACAAAATTAATTCCTAAAAGATTAAATCAC-C-T--ATGAGTAA--GTATCTACAGAAAATTTACATTAGAAAA-----ATGGAT-TTCATACAAT-TAATGT----T--TCG--------TT--CATCGAG--ACCC--GAAGTTTT-----CATCAGCAG---TGTGAAATAATTAC----------Gtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttggtaattattttcgtgtacgcttgagtaagctgattaacacaaaattaattcctaaaagattaaatcacctatgagtaagtatctacagaaaatttacattagaaaaatggatttcatacaattaatgtttcgttcatcgagacccgaagttttcatcagcagtgtgaaataattacg
gi|12 : ctcgtaaaaaaataaactttggttttatttataacagaaatagtacgttgtcagaagtaaagaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgCTA-CATTTTGG-CAGTTACTCTC---CTTA-TACCGG-AAGT-TG----GGAGCGT-GTT-------------CGA---------------GC--TTC-AC-AT-AA------------------------------------------------------------------------------GTT-TACGCT-AC--AA--A--ATGCTTT--AT-TATGCG-------TTTTAAC-AGAATGTG-TTAAA-TCAATGGTTAAAAAGGGGGTTTAGTTTC-TTCGA---------------T---G--T-----------T----------------T-A----G---------GAGAAAACTTTTCAAAATC----AGCATTTC------CTCGAATTGTAAAGATTAAGA-T----AA----GGT-----G--TAGGAT-------TA-----CAGC----CCTATTTGAT-G--TT---T-A--T---T--T--CTG-TCC-AAGTT-AG-GATACA-------A----A-TGATA----------------GAG-AA----T-CTA--------AA--AAAAAAAGA-------CAACA-GACAC-TT-GGAAA-TAAA
gi|13 : gaaagccAA----------A--G-AGT------------G-TA-G--A---------A-----T-----------AA---A-----ACT-TTCGAT-ACT-AA--A--TT-CTTT--AT-TATGT----TG--TTTTAAC-AGGTTGTAATTATAATCTATGATAAAAGCAAAG-TATGGTGTC-TTCGA---------------T---T--T-----------T----------------G-T----G---------G-----------------AGAAAA-CTTTTTAAAATTGTAAAATT-CAACAG----AT-TGCGGAATT--GGA-----GAAGGGGGTG-T---TTAATATATAGC----CGAATTCGAC-G--TT---T-A--T---T--T--CTG-TCC-AAGTTAA--AATGCA-AT-T--ACAATG-TAATACCAA-AAT--TT-T-----TCT----T-TTT--------TA--AATAAAAGA----CACTAA
gi|14 : gaaatagtattaacACTGAAAGTCCACACAAGGGACA--CATAA-ATATTAATTGATCAAT-AACT------AAAAGC-ATTGTGCAGAC-ATATT-TTTGTCT-------------GTAATTACA-CT-------TA-T--TA--TAAATTAAAAAAAAAAATAAAAA-TT----TAA--CTG-----GCACT--TATTTAC----AATCAGAAAT----A-GTAAATTCTCTAT--CAACATGTAATGTAGTC-TTGT---AATG--ACGAAATCACTTGAGGACTGCAACATGTTTTGTGCCCTCTGCAAATTCAGGG-GGAAATGATTCACGCTGTACTATGAAAAATGTaattaaaagcacaa
gi|15 : AATTTGAT-G--TT---T-A--A---TATT--CTG-C-C-AA-----------TA-AT-T--A----A-T----CTAAGAATATTT-CAGGAGTAA----TGTTG--------GA--AAGAAAAGA----TATTA-TA-GACAT----GTAAA-TAAAA--TCACATTGAAA--C----A---------AC-----GGGA-C------AT--TG----TT-A---TT---A-----ACAAAGGGGT--G--------------A-GGGGGGGG-----GG--GT--TCTAATGGTT-A---A-AATTC-TGACAAAGCAATAAC-GAGCAA-CAATACTAG-TA--T---ACAATCTCAAAG--CTAAATACTAA-AATCGTGT--GTGTAATGTAT-GTatcccattggcatg
gi|15 : ccAATCTCAAAGCT--AAATACTAAAAT-CGTGT--GTGTAATGTATGTAGCTTGTGTGT--TGTG----TATGGTGGTTGGTTGGTagcttgtgtgttgtgtatggtggttggttggtatgtggggg
gi|16 : ccaatttgatgtttaatattctgccaataattaatctaagaatatttcaggagtaatgttggaaagaaaagatattatagacatgtaaataaaatcacattgaaacaacgggacattgttattaacaaaggggtgagggggggggggttctaatggttaaaattctgacaaagcaataacgagcaacaatactagtatacAA---ATTTATGAACTGATGACAACAAATATGGTACAGTC-ATA--ATTTTTCTTCTTCAGTAAATGATAATCACA-CT-------TAAT--TT--T---TA-----------CAAAAA-TAAG-TTAA--ATATATCTGAACTAGTAATTACTTCCAATCAGAAATACGGTAGTAAACTACTAAT--C-----------TATTCCTTAT---AATGTTGC--AATGAATCAAGGAATGCAATGCGTTGTGTGCTCCCTAT--AATC-AGGCAGAAATAACCCTTGCTGCACTGTGAACTATGTatgtggggg
gi|17 : ta-ATAA---------A-----C-----------AG---A-------C-TATGAT-AT--AACCA--GT-CTTC--AT-TAT--G--CTGAGTTTTAGCCAGTTTTTT-TTATA-TCTATGA-CAAAACAAGG-TTTAGTTCC-TTAGA---------------T---T--T-----------TGTA-------------T-T----G---------A----------------------A-CGCTT--------------T-T--AGG----GT-TGGGGAA----GGG-----G--AG----------TCA-----CAATGAGTTGAATTTGAT-G--TT---T-C--A---T--T--CTG-TCC-AAGTT-AT-GATACA-AT-C--G----A-Tatctcattaatttatt
gi|19 : TT-CATCTTTGGCAGTTACTGCCGCGCTTA-CATC-G-AAGT-AGGGGTGGGGCGTGGCTAA-TG--------CGAT--GGGGTCCGCTAAGC--ATC-AGAAT-AAA----------A------T------------GATACACAATAGAGT---A-----TTTGTAA-----AG---G-----GCT-TATTGT-ACT-AA--AACAT-CTTgtgcagtatttt
gi|2 : atggcatTT-CATTTTTG-CA-TTACTGCC---CTTA-CATCGG-AAGTTAG----CGGGCGT-GCTAATC---------CGATTTGGGGTC--CTAAGCA-TTCTAG-ATTAAA----------A--T-ATT------------AGTA-ACAATAGAGTGTTG-----T-----------AA---A-----GCGATACGGTTACT-GA--A-----CTTT--AT-TATTTATTCCGCATTTTCAC-AGATTGTA-TCATAATCTCCAA-CATAACAATG-TTTAGTTTA-GTAGA---------------T---T--C-----------TATATAGAAAAAATTCTT-T----GAT-------G-----------------C----T-CATTTC------GTCAA-TT-TGAAGT----GA-TAGGGAA----GGG-----G--GGG--TG---------------AC----CAAATT-GACTG--TTATAT-A--A---T--TTCCTG-C-C-AAA-----------A-AT-T--A----A-TA---CCAAGAAT--TTTCAGGAGTAA----T-TTG--------GA--AAAAAAAGAAAGATATTAATAAGACAT-TT-AAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AAC----GGGAAC------AT--T-----TTTA---TT---AAATTCATACAGGAG---G--------------G-GGGGGGGGCGCCAGG--GT--TCTAATGTTTAA---A-AATCTTAGAC-AAGCA--AACAAAGAAG-CAG-ACAAA-TA--TAACA-AATCTCAAAGCTCTAAATATT-ATATTCGTGT--GTGT-ATGTAC-GTGT--Ga
gi|2 : atCAAATCTCAAAGCTCTAAATATTATA-TTCGTGT--GTGTA-TGTACGT-----GTGTGTGATGTGCGATGGTGGTGGTTGGTTGGTTGGTTGGGGGGGC-TTAATATTTAAATTCATTATCGTTACGTTCCTCC---AATAT---ACCACTATTTCAGGAAGAA---GAGGA-GCCAA-ACT-ATAGA-TCAA-ACTTTGCTTGTCAAAAAAATACCAA-CT----TTGTGATTATAA-CAGGAAATTAGTGCGGTTGTCGGAAGtgtgatgtgcgatggtggtggttggttggttggttgggggggcttaatatttaaattcattatcgttacgttcctccaatataccactatttcaggaagaagaggagccaaactatagatcaaactttgcttgtcaaaaaaataccaactttgtgattataacaggaaattagtgcggttgtcggaag
gi|20 : atttcatttttgcattactgcccttacatcggaagttagcgggcgtgctaatccgatttggggtcctaagcattctagattaaaatattagtaacaatagagtgttgtaaagcgatacggttactgaactttattatttattccgcattttcacagattgtatcataatctccaacataacaatgtttagtttagtagattctatatagaaaaaattctttgatgctcatttcgtcaatttgaagtgatagggaagggggggtgaccaaattgactgttatataatttcctgccaaaaattaataccaagaattttcaggagtaatttggaaaaaaaagaaagatattaataagacatttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaacgggaacatttttattaaattcatacaggagggggggggggcgccagggttctaatgtttaaaaatcttagacaagcaaacaaagaagcagacaaatataa-TAAGGT-ACC-GA--G--AT-CTTT--AT-TACGTG--CTGAATCCTAAC-AGGCTGTA-TC--A-TCTCTAATCATAAAAAAG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------TGAAT--T-----------T----------------T-T----AAAT------G-----------------C----A--A---C------GTAAAATT-TGACGG----GA-TTGGAGA----GGG-----
gi|21 : TG-CAGTTGCTGTC---CTCA-CACCGG-AAGT-AG----GGTGCAG-GCTTA-C---------C-AT--TATGTC--CTAGGCGTCTC-A-----AAA----------A--T-AGT------------ATTA-ACAA---------AGAGTGT-----------AA---AATAACGCT-TACGAT-ACC-AA--A--TA-CTTT--AT-CATTT----TGAATTaaaaaaagggggagga
gi|22 : C--CTAAGC--TTC-AG-AC-AA--------------CTAG-------------GGTA-TTG----------------T-----------AA---A-----ACT-CATGGT-ACA-AA--A--AT-CATT--AT-TATCTC--CT--ATAGTAACAAGGTT----------TTTACGA--AGAACA------CATTTTA-TAAGA----------------------------------------------------------------------------------------------ATT------------AAT--TGAAGG----GA-TGGAGAG----GGG-----G--
gi|23 : ACTATTTAGGAAAGAATTTAAGGAAGC-AAACCT-GTAGAATCAACACTTTGC-CTT--GCAAATTACCAAACTTTG-T-G-AATCATAAACAGAAA--TAGTGC-GTTGTCGG-AGAGAGGG
gi|24 : ataattccctgtta-TTAAA---------------T---T------------------------------------------------G-----------------T----A-CAATTC------GTCAAATT--GTAGA----GA-TGAGAA-------------G--GGAGATG-T---TAA-----TG-C----CGAATTCCAC-G--TT---T-A--T---T--T--CTG-T-C-AA
gi|25 : gtttggtgtcttcgattttatggagaaaactGTTCATCGGCTC------C-TTAAACTTTA----CA--AT-----------TCC---AATATTTCACCACTATTTAG-AAAGAA---GAGGA-GC-AA-CAT-GTAGA-TCAA-ACTTTGCTAGT--AAAAATAACAAA-CTCTG-CTaagtt
gi|26 : aGTTACTGCC---CTTA-CAACGG-GAGT-TG----GCGGCGT-GCTTA-C---------CGAT--GCTACC--CTAAGC--TTC-AG-A--AAG----------A--T-AG-------------GGTA---TA---------G-----T-----------AT---A-----GCT-TGCGAT-ACC-AA--A--AT-CTAT--AT-TAtg
gi|27 : ACA-GA-ACAT--G---ATTA-CAAGCT------AATAATT---GAATAGTC-GTATTATTTTTCA-------------GTCATCACA-CTCATGTCCTAGT--TTCAT---TT-----------CA-----------TAA--CTG-----GCATT--TAActaaa
gi|28 : acgttgttcATTTTACAACTATTTAGGGAAGAA---AAGGA-G--AA-CCTTATAGA-TCAA-ACTTAGCTTGT--AAAAATTACCAA-CTTTG-T
gi|29 : atccttccttgaTTTTTG-CAGTTATTGCC---CTTA-CACCGG-ATGT-AG----GTGGTGG-GGTTA-C---------CGAT--GTAGTC--CTCAGT--TTC-AG-AT-AAA----------T--C-AGT------------TGTg
gi|3 : TT-CATGTT-G-CAGTTACTGCC---CTTA-CATCGGGAAGT-AA----GGGGCGT-GCTAA-T---------CGAT--GGGGTC--CTAAGC--ATC-AG-AT-AAA----------ATAC-A-----------------A-ACAA---------A-----TTAGAGTATTGTAA---A-----GCT-TACGGT-ACT-AA--A--AC-ATTT--AT-TATGTT--CCGAATTTAAAC-ATATTA-A-TCTTA-ACCATAATCATAACAAGG-TTTAATTTAGTTAGAATTTATATAGAAAAAT---T--C-----------T----------------T-A----GAAT------G-----------------C----A-CATTTC------GTCAA-TT-TGAAGT----GA-TAGGAAG----GGG-----G--GGGGGGG-G---TAA-----CAA--------ATT-GAT-G--TT---T-ATAA---T--T--CTG-C-C-AA---------TATA-AT-T--A----A-TA---CCAAGAAT--TT-CAGGAGTAA----T-TTG--------GA--AAAAAA-GA----TATTAA-A-GACAT-TTTAAAAA-TAAAA--TCACATTGAAAAAC----A---------AA-----GGGAAC------ATGTTG----TTAT---TC---A-----ACAAAGGAG---G--------------GAGGGGGGGG-----GGGAGT--TCTAATGTT--A---A-AATTCCTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAG-CAA-ACAAA-TA--TAACA-AATCTCAAAGCTCTAAATACT-A-AATCGTGT--GTGT-ATGTAT-GTGT--G
gi|3 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATACTAAA-T-CGTGT--GTGTA-TGTATG---------TGTG-TGTG----GA-GGTGGTTGGTTGGGGGGGGGGG----CGTTCAATATTAAT--CATCGTACGT-------TCCTACAATAT---ACCACTATTTAGGAAAGAA---GAGGA-GC-AA-GCT-ATAAA-TCAA-ACTTTGCTTGC--CAAAATTACCAA-CTTTG-Ttgtggaggtggttggttgggggggggggcgttcaatattaatcatcgtacgttcctacaatataccactatttaggaaagaagaggagcaagctataaatcaaactttgcttgccaaaattaccaactttgtgaatat
gi|30 : ttcatgttgcagttactgcccttacatcgggaagtaaggggcgtgctaatcgatggggtcctaagcatcagataaaatacaaacaaattagagtattgtaaagcttacggtactaaaacatttattatgttccgaatttaaacatattaatcttaaccataatcataacaaggtttaatttagttagaatttatatagaaaaattcttagaatgcacatttcgtcaatttgaagtgataggaagggggggggggggtaacaaattgatgtttataattctgccaatataattaataccaagaatttcaggagtaatttggaaaaaaagatattaaagacattttaaaaataaaatcacattgaaaaacaaagggaacatgttgttattcaacaaaggagggagggggggggggagttctaatgttaaaattcctgacaagcaaacaagaagcaaacaaatataaC---AATATTTCTCCAATATTTAGTAAAGAT---ACGGA-GT-AA-CAT-ATAGA-TCAA-ATTTTGCTCGT--ATGAATgaatat
gi|32 : GAAGACCACAATGTACTATGTGCCCCCTCT--ATTC-TGG-GGAAAGAAg
gi|4 : tGTAAATTGATAAGACACAAAATT-----TCAAAAGACTGAATTACA----AATGACAAAACAGATTT-CA-ACAA---A-AAGAATACAC---TACAGATACCAATATCATATAA--T----TTACTGGCACTTAATGTACATTTAGCAA--CAAGAACTTTTGCACACATCATGAATGACATGAAATGATGGCAAGCTCAAAAGTGTGTTGGTTTGCACCTGTAATTTCAGGCATATC--TTTATCTATGTGTTTTGGTCATTGAAAATATTGGTAGAAAATGATGTGCTAAAGACGTCCTCATT------------TAAATAGGTCAAGGACT-ATAATTTACATA
gi|4 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatAAATTATTGAAAAGTC-ACACTATTTTTCA-------------GTCATTACA-CC-------GTAT--TC--T---TT-----------CAGATA-TT-ATTTAG--CTG-----GCACT--TAATCAT----CATCAGATGG----A-GTAAATTTTCTATACC-----------T-TTC-TCAC---AACctttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagataaattattgaaaagtcacactatttttcagtcattacaccgtattctttcagatattatttagctggcacttaatcatcatcagatggagtaaattttctatacctttctcacaacattca
gi|5 : gataaaatatacaattttttttgtttacattggaataattgcaatgctggtttaactgtgcaatgtaaattgataagacacaaaatttcaaaagactgaattacaaatgacaaaacagatttcaacaaaaagaatacactacagataccaatatcatataatttactggcacttaatgtacatttagcaacaagaacttttgcacacatcatgaatgacatgaaatgatggcaagctcaaaagtgtgttggtttgcacctgtaatttcaggcatatctttatctatgtgttttggtcattgaaaatattggtagaaaatgatgtgctaaagacgtcctcatttaaataggtcaaggactataatttacatactttgttatatcataaccttacattgcctttgaaatattctcacatggttcgcataaaaataattcagagatGGAT-TCGATGTAAT-CAT--TGACAT--CCG-------ATTTACAT--------------ATTTTT------GTTAGCAGT--TATGAAATAATAAC----------GTGTGTTAATT-GCACGTGTAATTTTTGGAATATCAATTT-------TGTTTTGCTCGTTGAAAATATTGATAGAAAGAAATATGCTAAAGACAGGAT-ATCCTGATCTTAAGNNNNNNNNNNNNNNGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-ATCTTAA---Aattca
gi|5 : aaagGACTGAAAAATCACACAGGAGACAGACA-AA-AC---------TTAATGA-CT------AAAA-TTATTGTGCAATC-ATATAGTTGATCT-------------GCAATTACA-CT-------TCAT--TT--T---TT-----------ATAAAA-TTCA-TCAA--TTG-----GCAAT--CAAAT-------ATCAG-AAT----T-GTACATTTTCTAT--T-----------TAGTC-TTCTTGGAACG---C--AATCACTTGAGGACCACAACGTGTTGTGCGCCCCCTAT--ATTCTAGG-AGAAATAACCCGCGTCGCACTGTGCAAAATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaacttaatgactaaaattattgtgcaatcatatagttgatctgcaattacacttcattttttataaaattcatcaattggcaatcaaatatcagaattgtacattttctatttagtcttcttggaacgcaatcacttgaggaccacaacgtgttgtgcgccccctatattctaggagaaataacccgcgtcgcactgtgcaaaatgcattgatattttatatgat
gi|6 : aaagggattcgatgtaatcattgacatccgatttacatatttttgttagcagttatgaaataataacgtgtgttaattgcacgtgtaatttttggaatatcaattttgttttgctcgttgaaaatattgatagaaagaaatatgctaaagacaggatatcctgatcttaagnnnnnnnnnnnnnngactgaaaaatcacacaggagacagacaaaatcttaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTC------GTTAAATT--AAAGG----GA--GGGGAA----GGG-----G--GGGGGTGTT---TTA-----TTAC----CAGATCTGAT-GTCTT---T-A--ATGGT--T--CTG-T-C-AAGTT----GATGTATATGT--G----ATTATTACCACAAAT--TT-CAGGAGTAATTCTT-TTT--------TA--AAAAAGATA----TTTTAACA-GACATCTT-GGAAAGTAAAAAGTGCTAATG-AAAGCTGTGA---------AA-----GCTAACGTATAGAT--TAAATTTTTAGTTTCAAAA-----AGAAAGGGG---G--------------G-GGGGGGGG-----GG--GCAGTGGGATAGTTGATTTACAATGCATGAA-TAGAA--AAA-AAAAAGAAAA-ACAAA-TAGGT---G-A--CAGAAGGTCCTAAATG-------TTGTTT--GTGT-GTGTAT-GTGTTGGCTTCAGTTAcattgatattttatatgat
gi|7 : ttgaacaacatctttttacaattatatCATAACAAGG-TTTAGTTTA-ATAGA---------------T---T--T-----------TATTGAGAAAAATTC--T-TAGAAG---------G-----------------C----A-CATTTC------GTCAG-TT-TGAAAG----GA-TAGGG-------GA-----G--GGGGG------------------C----C-AATT------------------A---T--T--ATG-T------TT------------T-T--A----A--AATACCAAGAAT--TT-CAAGAGTA-------TTG--------AA--AAAAAAAGA----TATTAATA-GACAT-TT-A-AAA-TAAAA--TCACATTGAGAAAC----ATATCATGTAAATTTACGGGATC------AT--TG----TTAT---TC---A-----AAAAAGGAG---GGGTGGGGCCCGGATG-GGGGAGGG-----GG--GT--TCTAA-GTTTGA---A-AATCCTTGAC-AAGCA--AAC-AAGAAA-CAA-ACAAATTA--C---A-AATCTCAAAGCTCTAAATTCT-A-AATCATGT--GTGT-GTGTGTGGTGT--GTT
gi|7 : CAAATCTCAAAGCTCTAAATTCTAAA-T-CATGT--GTGTG-TGTGTG------GTGTGT--TGTG----GA-GGTGGTGGGgtggaggtggtggggg
gi|8 : cataacaaggtttagtttaatagattttattgagaaaaattcttagaaggcacatttcgtcagtttgaaaggataggggaggggggccaattattatgtttttaaaataccaagaatttcaagagtattgaaaaaaaaagatattaatagacatttaaaataaaatcacattgagaaacatatcatgtaaatttacgggatcattgttattcaaaaaaggaggggtggggcccggatgggggaggggggttctaagtttgaaaatccttgacaagcaaacaagaaacaaacaaattaCTTGCATTGTTT-CAGTTAAT------CTTAACATCTG-AAGT-TT----GGGGC----CTTA-CACCAGTTGTTGTT--GCAACC--CTATGC--ATC-AC-AT-AAACATTATTTTAA--C-AGT-----------------ACAT---------A-----C-----------AGTGAA-----GCT-TATGTT-ATC-AA--A--TT-CTTTTAAT-AATATG--CTGAACCTTAAC-AGTTTCTA-TCATA-TTAATAAATAAAACAAGA-TTTAGTTTC-TTCAA---------------T---T--TATGGAGAGCACT----------------T-C----GCTTTCAAATG-----------------C----A-CATTTT------GTCAAA-T-TGAAGG----GT-TGGAAAA----GGGTAAACA--GGGAGTG-T---T-A-----CAGC----CATCTTTGAT-A--T------------------------------------GATACA-AT-----------TAATACAAAGAAT--TC-CATAAATAA----T-TTGTAC-----AAGTAAAAAAAAA----Tgg
gi|9 : caatgaCTT-TTTTTTGG-TAGTTACTGTC---CTTA-CATCGA-AAGT-A-----GCTGTGT-GATTA-C---------CGAT--GCGATC--CTAATC--GTC-AG-AT-AAAT---------A--G-GGT------------GTT---------------G-----T-----------AA---A-----GGT-TTCGGT-ACCAAA--A--AT-C--T--AT-AAGTTG--CTGATGATTGAC-ATGTTGTA-TCATA-ACTCTTATTATAACAAGG-T---GTTTT-TTAAA---------------T---TGAT-----------T----------------TAT----A---------A-----------------C----A-CATTTC------TTTAAA-T-TAAAGG----GA-TGGAGA-------------G--GGGGATG-T---TCA-----Ctg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTATTACATGGGCTCAATCCATCAGTTCACGTTTACAGTCTTACATTATACTGCTGTAAAAATAGTGTGAGGGGATTAACCAATGTATCTTAATTTGAAGGCAAAAATAACCATGTGTGTAAACGTAACTAAAAACGTATGTTGTCCAAACAAGGGACGGG
Unaligned ( gi|31 ): TTGTGGAGAAAACTTTCTAAATCGTACAATTCAACAAATTGTAGAGT
Unaligned ( gi|33 ): GACTGTCTATCATATTAATTTGCCATTTTTCA