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lowQualScore                  :            .   . ...........     .     ..     .       
lowQualScore                  :            7   7 11111111111     7     33     3       
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Reference ( gi|13 )           :   AATATCTTT-CTA-TA---------AACTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
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gi|4                          :   AATATCTTT-CTA-TT---------AACTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
gi|2                          :  aAATATCTTT-CTA-TA---------AACTGG-TCTCA--ATGGG-TTTCCGTa
gi|22                         :   AATATATTT-CTA-TA---------AACTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCaaa
gi|8                          :   AATATCTTT-CTA-TA---------AACTGG-CCACA--ATGGG-CTTGCGT
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Alignments
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Reference ( family-134 )      :         AATATCTTT-CTA-TGNA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
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gi|23                         :         AATA-CTTT-CTA-T--A---------ATGG-C-TCA--ATGGG-CTTCCGT
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gi|4                          :        aAATATCTTT-CTA-TTAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
gi|5                          :        aAATATCTCT-CTA-TGCA---------CTGG-CCTTA--ATGGG-CTTCCGTa
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Alignments
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lowQualScore                  :                  .   . .. .........    .     ..     .       
lowQualScore                  :                  6   6 00 444444444    6     22     2       
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Reference ( family-134 )      :         AATATCTTT-CTA-TGNA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
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gi|17                         :           TATCTTT-CTAATAAA---------CTGG-CCTCA--GTGGG-CTTTC
gi|18                         :             acTCT-CCA-TGTA---------TTGG-CCTCA--ATGGG-TTTCCGTc
gi|19                         :      tagtATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-ATTCAGTac
gi|2                          :         AATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-TCTCA--ATGGG-TTTCCGT
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gi|21                         :                TT-CTA-TACA---------CTGG-CATCA--ATGGG-CTTCC
gi|22                         : aaaaaaaaAATATATTT-CTA-TAAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCC
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gi|4                          :        aAATATCTTT-CTA-TTAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
gi|5                          :        aAATATCTCT-CTA-TGCA---------CTGG-CCTTA--ATGGG-CTTCCGTa
gi|6                          :            ATCTTT-CTA-TGTA---------CTGG-CC-CA--ATGGGCCCTCCGTat
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gi|8                          :       aaAATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-CCACA--ATGGG-CTTGCGTa
gi|9                          :         AATACCTCT-CTA-TGTA---------CTGG-CCTCA--ATGAG-TTTCCGTa


blockSeqs                     :                  T   A GT .            G     AT     C
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      C
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GC .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AC .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . TT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . TA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GC .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . AA .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . GT .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . A  .            .     .      .
blockSeqs                     :                  .   . .  .            .     .      .


blockSeqCons                  :                           *********
originalCons                  :         AATATCTTT-CTA-TGNA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
finalCons                     :         AATATCTTT-CTA-TGNA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT





Alignments
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lowQualScore                  :                  6   6 00 444444444    6     22     2       
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Reference ( family-134 )      :         AATATCTTT-CTA-TGNA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
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gi|14                         :         AATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCAT
gi|15                         :              CTCT-CTA-TGTA---------TTGG-CCTCA--ATGGG-CTTCCGT
gi|16                         :    aaatcAAAATCTTT-CTA-TGTA---------CTGG-CCTCA--ATGGGCCCTCCG
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gi|18                         :             acTCT-CCA-TGTA---------TTGG-CCTCA--ATGGG-TTTCCGTc
gi|19                         :      tagtATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-CCTCA--ATGGG-ATTCAGTac
gi|2                          :         AATATCTTT-CTA-TAAA---------CTGG-TCTCA--ATGGG-TTTCCGT
gi|20                         :         AATATATTT-CCA-TGCA---------CCAG-CCTCA--TTGGG-CTTCCGaaa
gi|21                         :                TT-CTA-TACA---------CTGG-CATCA--ATGGG-CTTCC
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