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lowQualScore                  :       . .. . .. ..  .. . ...  .  .  ....... .... .. ..... ..  .......... . ....... ................  . . . .. . . .... ...... .. . ... . ...  . .. . .....  . .. ... ..  . ... ... .  ... ..  . .... . .. . .. . . .. . . . ...........  .  ... .. ..  . .  . .  .    
lowQualScore                  :       8 99 3 66 99  88 8 222  8  0  9999999 1111 55 99999 00  0000000000 9 8888888 1111111111111111  7 7 4 44 7 6 2222 111111 11 7 333 4 999  7 44 7 99999  7 11 222 00  7 000 555 4  222 77  7 3333 7 22 5 77 7 7 77 7 5 7 00000000000  5  999 88 33  8 9  0 0  1    
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Reference ( gi|31 )           :   TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------A------T--TT--CG-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|24                         :   TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---CT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------A------AAATT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|23                         :   TCAT-T--T-A--T--TA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------AA-----G--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-T----A-T--A-T--A-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
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gi|43                         :  aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G--------------------------A----------A-A-------A------T--TT--CT-TT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-G---A-G---GT-A--T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-A--G-A-A--C-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AT
gi|41                         :   TCAT-T--T-C--T--TA---------T-TT-GT-------A----A--T-----A--AAT---------A-A-------A------T--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---CT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---C-----AA---A--AC-C----A-T--A----G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AGGA
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gi|22                         :  aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT----GT-------A----A--A-----A--AACAAAAAAACAA-A-------A------C--T------GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--A--C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATtaa
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gi|48                         :   TCAT-T--T-A--TTAAA--G-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------A------A--TT--C--GT-C-A-G--T-TGT----A------G--C-AT--T-G---GT-A--T-T-----TA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--A--C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--Ag
gi|6                          :   TCAT-T--TTA--T--AA--ATA---TT-TTTGT-------A----A--TTAAAAA--AA----------A-A-------A------A--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G----A---T-G---AT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---TTA-A-AA---A--AC-CC---A-TT-A-T--G-A-A--T-T-T-------------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAg
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gi|17                         :  aTCAT-T--A-A--T--AA--A-A---TG-TT-GT-------A----A--T-----AAAAA----------A-A-------A------T--TT--CT-GT-C---G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GC-A--T-T-----AA-A--T---CTTCC-C---T---A-AA---A--CT-C----A-T--ACT--G-A-AATT-T-T-C-----------TG-CA---A--T--AATG-CT-G-AA-tctgaaaaaag
gi|11                         :   TCAT-TCGT-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T--C-----A--AA----------A-A-------AT-----T--TT--CT-GT-C-A-G--T-TCC----A------G--C-A---T-T---GG-A--A-T-----AA-A--T---C--CC-C---T------A---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-GT-T-T-T-C-----------TG-AA---A--TTAAG-G-CT-GAAA-ATGAc
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gi|5                          :  aTCTT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----G--AA----------A-ATTTTTTTA------T--TT-----GT---A-G--T-T-TCCCGA------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---ACAAAACA--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-CTT-C-----------AG-AA---A--TC-AA-G-CT-G-AA-ta
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gi|8                          :   TCAT-TG-T-A--T--AC--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----T--AA----------G-T-------T------T--TT--CTTGT-C-A-G--T-C-C----CCCCGCCA--C-A---T-G---GT-A--T-C-----AA-A--T---C--CC-C---TA--A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-C--T-C-T-------------TG-AA---A--T---A-G-CTAG-AA-ATGAtaa
gi|60                         :   TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------A------A--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-
gi|3                          :  aTCAT-T--T-A--T--AA---------T-TT-GT-------A----ATTT-----A--AA----------ACA-------A------T--TT--CT-GC-C-A-G--T-T-C----A------GC-C-ATTTT-G---GT-ATTT-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---ATAAAT-A--AC-C----A-T--A-TG-G-A-A--C-C-T-CTTCTGAGTATTTA-AA---A--T--AA-GTCT-G-AA-GT
gi|53                         :  aTCAT-T--T-A--T--AT--A-A---AT-TT-GT-------A----A--C-----A--AA----------A-AGA-----A------T-------G-GT-----------------------------A---T-A----T-A--T-T-----AA-A--T---C--CT-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-T-----------TG-AA---A--T--AA-G-catga
gi|36                         :  aTCAT-T--T-A--T--AAG-A-G---TT-TT-GT-------AT---AT-T-----A--AA----------A-A-------AACG---T--AT--C---T-C-A-GA-T-T-C----A------G--C-AT--T-G---GT-A--T-T------A-A--T---C--CC---------G-AA---A--AC-C----A-C----T--GTA-A--T-T-T-C-----------TG--A---A--T--AA-G-C--G-AA-ATt
gi|45                         :  aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-T--GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------AAAAT--T--TT--CT-GTCC-A-G--TAT-C----A------G--C-A---T-----GT-A--A-T-----AA-A--T---
gi|10                         :  atCAT-T--A-A--T--AA--A-A---TTATT-GTT------A----A--T-----A--GA----------A-A-------AAAAAACT--TT--CT-GT-C-A-GC-T-T-A----A------G--CCA---T-G---GT-A--T-T-----AA----T---C--CC-G---T---A-AA---A--AC------A-T--A-T--G-A-A--T-T-C-C-----------TG-AA---A--TA-AA-G-CT-G-AA-ATGAttgatgacactaaatatctttaccgacatt
gi|37                         :     AT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--CA----------A-A-------AT-----T--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T------A-A--T---C--TC-C---T---T-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-T-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|26                         :    tAT-T--T-A--T--TA--A-A---AT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------AA-----T--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A----T-----AG-A--TCTCC--CT-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---------AA-T-CT-G-AA-ATGA
gi|35                         :    tAT-T--T-A--T--AA--A-AAAATT-TA-AT-------A----A--------A--AA----------A-A-------A------T--T---CT-GT-T-A-G--T--------A------G--C-A---TTG---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---AA-AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAat
gi|7                          :    tAT-T--T-AAAT--AA--A-A---TT-T--GA-------A----A--T-----A--AA----------A-A-------AAT----T--TT--CT-GT-CCA-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-TA----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AT-CACCAA-T--A-T--G-A-A--T-C-T-T-----------TGAAA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|2                          :  tcaAT-T--T-A--A--AA--A-AATCTT-TT-GT-------A----AA-T-----A--AA----------A-A-------AAAAATAT--TT-----GT-C-A-G--T-T-CA---A------G--C-A---T-----GT-A--T-A-----AA-AATT---C--CC-C---TTAAA-AA---A--AT-C----A-TTCA----G-A-A--TCC-T-CT----------TG-AA---A--A--AA-
gi|46                         :     aT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GA-------A----T--T-----A--AA----------A-A-------A------T--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T--------A--T---C--TC-C---TA--A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-T-T-C-----------TG-AA---A--T--GA-atatgaacttgaaaatgataag
gi|29                         : tcattT-T--T-A--TT-AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--GA----------A-A-------AT-----T--TT--TT-GT-C-A-G--T-TCC----A------C--C-A---T-----GT-A--T-TAA---AA-A--T---C--CC-C---TTA-A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-CTT-C-----------TG-AA---A--T--AC-G-Cta
gi|38                         :    tcT-T--T-A--TTAGA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----T--AA----------A-T-------T------T--TTTTCT--T-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GTAA--T-T-----AA-AT-T---C--CC-C---TA--A-AA---A--AC-C----ATT--A-T--G-A-A--T-C-TAC-----------TG-AA---A--T--Aaca
gi|52                         :     tc-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G--------A----A--TA----A--AA----------A-A-------A------T--TT--CT-GT-C-A-G----T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----TA-A--T------CC-C---T---A-AA---A--A--C----A-T--A-T--A-A-G--------C-----------TA-AATG-A--T--AA-G-cg
gi|50                         :         --T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A--T-----A--AA----------A-T-------T------T--TT--TT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AAATGA--T--AA-G-CT-
gi|4                          :            -A--T--AA--A-G---CT-TT-GT-------ATCATA--T-----A--AATA--------A-A-------A------A--TT--CT-GT-C-AAG--T-T-CCA--A------G--C-A---T-GAAGGT-A--T-TTTTGTAATA--T---C--CC-TCTAT---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-ATA--T-T-T-C-----------TG-AA---ATTT--AA-G-CT-G--A-ATGA
gi|57                         :                   tttaa-A---TT-TT-GT-------A----A--TTAA--A--AA----------A-A-------A------A--TT--CT-GT-C-A-G---------------------------------GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--ta
gi|56                         :                                   cT-------A----A--A-----A--AA----------A-G-------A------T--CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---T--CC-C---C---G-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--GA-
gi|39                         :                                                                          -A-------A------T--TT--CT-GT-C-A-G--T-T-C----A------G--C-A---T-G---GT-A--T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAtaag
gi|54                         :                                                                                    ctctatagtaggcgg-GT-C-AAG--T-T-C----A------G--C-A-----G---TT-A--T-T-----AA-AA-T---C--CT----------------A--CC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-AA---A--T--AA-G-CT-G-AAGATGtaagc
gi|58                         :                                                                                                                     aaaacaacaagct-A---T-G---GT-A--T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-G-T--T-T-T-A-----------TG-AA---A--T--AT-G-CT-G-AA-ATGAgata
gi|61                         :                                                                                                                                        -G---GT-A--T-C-----AA-A--T---C--CC-T---T---A-AA---A--AC-C----A-T--A-T--G-A-A--T-C-T-C-----------TG-Atac

Unaligned ( gi|1 ): TATCAGGTTTATAAAATTTTGTATTAACATATAATTTTCCTGGTTGCAGGTCAGGCGATGTATGAGAGAGATCTCCGCTAATTAACCTCGATTATGAATGTTTATGAGAAGTAACCTGCAAAAAGATAAGCTTA
Unaligned ( gi|59 ): AGTAATCATATCCAAACTTGGGTTTAAATTGTATTTCTTCACCACTGGCAT

lowQualScore                  :                                                                                 111111111                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                0 11 2 22 33  11 0 444  0  3  3333333 3333 2222 99999 11  11 3 1 555555555  333  22222  0 0 1 22 0 3 3333 333333 2 0 2 222 111  0 1 0 66666  0 33 111 11  0 111 666 11  111 11 11 0 1111 1 1 1 22 1 0 11 111 0 1 33333333333 1  333 11 33  0 0  1 1  1    
lowQualScore                  :                . .. . .. ..  .. . ...  .  .  ....... .... .... ..... ..  .. . . .........  ...  .....  . . . .. . . .... ...... . . . ... ...  . . . .....  . .. ... ..  . ... ... ..  ... .. .. . .... . . . .. . . .. ... . . ........... .  ... .. ..  . .  . .  .    
lowQualScore                  :                8 88 3 55 99  88 7 111  7  0  9999999 1111 3333 77777 00  77 6 4 000000000  666  55555  7 7 4 44 7 5 2222 000000 1 7 1 555 999  7 4 7 77777  7 00 999 00  7 999 444 77  999 77 00 7 5555 4 4 4 00 4 7 77 555 7 5 55555555555 5  888 88 22  8 9  0 0  1    
consensus                     :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
Reference ( family-1328 )     :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|10                         :             CAT-T--A-A--T--AA--A-A---TTATT-GTT------A----A----T-----A--GA--A-A-AAAAAACT--TT---CT-----GT-C-A-GC-T-T-A----A------GCC-A-T---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--CC-G---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-C-C-T-----------G-AA---A--TA-AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|11                         :            TCAT-TCGT-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----C-----A--AA--A-A-AT-----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-TCC----A------G-C-A-T---T---GG-A-A-T-----AA-A--T---C--CC-C---T-------A---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-GT-T-T-T-C-T-----------G-AA---A--TTAAG-G-CT-GAAA-ATGA
gi|12                         :           aTCAT-G--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GTTTCTTATA----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A---T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G---A--T-T-T-C-T-----------A-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|13                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----T-----A--AA--AGA-A------T--TT---CC-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T------CC-C---T---A--AT---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-TAT-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|14                         :          taTCAT-T--TTA--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----T-----A--AA--A-A-AA-----T--TT---CT-----GT-C-G-T--T-T-C----A------G-C-A-TA--G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--TA-AA-G-CT-G-AA-ta
gi|15                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GTT------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---TT-----GT-C-A-G--T-T-C-----------G-C-A-T---G---GT-A-TAT-----TA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---AAAA--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAgtg
gi|16                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TTTGT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--TTT--CT-----GT-C-A-G--T-TTC----A------GGC-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-AA-T---C--TC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATG
gi|17                         :            TCAT-T--A-A--T--AA--A-A---TG-TT-GT-------A----A----T-----AAAAA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C---G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GC-A-T-T-----AA-A--T---CTTCC-C---T---A--AA---A--C--T-C----A-T-ACT--G-A-AATT-T-T-C-T-----------G-CA---A--T--AATG-CT-G-AA-
gi|18                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-AA--TT-TT-GT-------AC---A----A-----A--AA--A-A-A------T--TA---C------GT-C-A-GCCC-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A---T-----GA-A--T---C--CC-T---A---A--AA---A--A--C-C----A-C-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G--A---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATAAc
gi|19                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-TCC----A------G-C-A-T---G---G----T-T-----AA-A--T---T--CT-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAt
gi|2                          :              AT-T--T-A--A--AA--A-AATCTT-TT-GT-------A----AA---T-----A--AA--A-A-AAAAA--T--AT---TT-----GT-C-A-G--T-T-CA---A------G-C-A-T-------GT-A-T-A-----AA-AATT---C--CC-C---TTAAA--AA---A--A--T-C----A-T---TCAG-A-A--TCC-T-CTT-----------G-AA---A--A--AA-taa
gi|20                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-T------T--TTT--CT-----AT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-T--A---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-T-T-----------G-AA---A--T---A-G-CT-G-AA-ATGAatatgaacttgaaaatgataag
gi|21                         :           aTCGT-A--T-A--TTCAA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAT----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------GCC-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CCAC---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-TGAG-A-A--T-C-T---T-----------G-AA---A--T---A-G-CT-G-Ata
gi|22                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT----GT-------A----AAAAAC-----A--AA--A-A-A------A--CAAAACT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATg
gi|23                         :           aTCAT-T--T-A--T--TA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AA-----G--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-T----A-T-A-T--A-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|24                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---CT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------AAATT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|25                         :            TCAT-T--TTA--T--AA--A-A---TT-TTTGT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T---C----A------G-C---T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--TC-C---T------AA---A--A--T-C----A-TAA-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|26                         :              AT-T--T-A--T--TA--A-A---AT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AA-----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A---T-----AG-A--TCTCC--CT-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---------AA-T-CT-G-AA-ATGAta
gi|27                         :           tTCAT-T--T-A--T--AATAA-G---GT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-ACA------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----AGG----G-C-A-T---G---GT---T-T-----AA-A--T------CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-A-ACT--G-G-A--T-C-T-C-T-----------G-AAT--A--T--AT-G-CG-G-AA-at
gi|28                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT--T-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--TC-C---T------AA---A--A--T-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|29                         :              aT-T--T-A--TT-AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--GA--A-A-AT-----T--TT---TT-----GT-C-A-G--T-TCC----A------C-C-A-T-------GT-A-T-TAA---AA-A--T---C--CC-C---TTA-A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-CTT-C-T-----------G-AA---A--T--AC-G-Ct
gi|3                          :          tcTCAT-T--T-A--T--AA---------T-TT-GT-------A----A----TTT---A--AA--ACA-A------T--TT---CT-----GC-C-A-G--T-T-C----A------G-CCA-TTTTG---GT-A-T-TTT---AA-A--T---C--CC-C---T---ATAAAT--A--A--C-C----A-T-A-T--GGA-A--C-C-T-C-TTCTGAGTATTTA-AA---A--T--AA-GTCT-G-AA-GTaca
gi|30                         :           aTCAC-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----T-----A--AA--AGA-A------T--TT---CC-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AT---A--A--C-C----A-T-A-T--G---A--T-T-T-A-T-----------G-AA---AT-T--AA-G-CT-G-AA-ATcatga
gi|31                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CG-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAcg
gi|32                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--C-A---TT-TT-GT-------A----A----TTA---A--AA--A-A-A------T--T-----------GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---A---AT-A-T-C-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-C--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|33                         :           aTCAT-T--T-A------A--A-A---TT-TT-GT-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A----T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-ATT-T-----AA-A--T---C--TC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-GT-G-AA-ATGA
gi|34                         :            TCATAT--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--ATA-AAAT---T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-T----C------G-C-A-T---GT--GT-ATT-T-----AA-A--T---T--CC-C---TA--A--AA---A--A--C-T----A-T-A-T--G-A-A--T---T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-
gi|35                         :             aAT-T--T-A--T--AA--A-AAAATT-TA-AT-------A----A----------A--AA--A-A-A------T--T----CT-----GT-T-A-G--T--------A------G-C-A-TT--G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---AA-A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAta
gi|36                         :           tTCAT-T--T-A--T--AAG-A-G---TT-TT-GT-------AT---A----TTA---A--AA--A-A-A------C--GT---AT-----CT-C-A-GA-T-T-C----A------G-C-ATT---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--CC---------G--AA---A--A--C-C----A-C---T--GTA-A--T-T-T-C-T-----------G--A---A--T--AA-G-C--G-AA-AT
gi|37                         :             aAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--CA--A-A-AT-----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--TC-C---T---T--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|38                         :              tT-T--T-A--TTAGA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--A-T-T------T--TTTT-CT------T-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GTAA-T-T-----AA-AT-T---C--CC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----ATT-A-T--G-A-A--T-C-TAC-T-----------G-AA---A--T--A
gi|39                         :                                                                           tc-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAcg
gi|4                          :      ctctatagtaggcgg-A--T--AA--A-G---CT-TT-GT-------ATCATA----T-----A--AATAA-A-A------A--TT---CT-----GT-C-AAG--T-T-CCA--A------G-C-A-T---GAAGGT-A-T-TTTTGTAATA--T---C--CC-TCTAT---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-ATA--T-T-T-C-T-----------G-AA---ATTT--AA-G-CT-G--A-ATGAtaagc
gi|40                         :       tttaaTCAT-T--T-AA-T--AA--A-A---TT-TTTGT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--T----CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--TC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-G--T-A-A--T---T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ta
gi|41                         :            TCAT-T--T-C--T--TA---------T-TT-GT-------A----A----T-----A--AAT-A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---CT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---C------AA---A--A--C-C----A-T-A----G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AGGA
gi|42                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------G----A----T-----A--AA--AAA-A------T--TT---CT-----GC-C-C-G--T-T-C----A------G-C-A-T-------GT-A-T-T-----AA-A--TC--C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---G-----AA-G-CT-G-A
gi|43                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G----------------------------A--A-A-A------T--TT---CT-----TT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-G-A---G---GT-A-T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-A--G-A-A--C-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AT
gi|44                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAA----T--TT---GT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G----T-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AC---A--A--C-C----T-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-
gi|45                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-T--GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAAAT--T--TT---CT-----GTCC-A-G--TAT-C----A------G-C-A-T-------GT-A-A-T-----AA-A--T---taa
gi|46                         :             atT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GA-------A----T----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T--------A--T---C--TC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-ttgatgacactaaatatctttaccgacatt
gi|47                         :       tcattTCAT-T--T-A--T--AA--A-AA--TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--A----------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-T--C---T--CC-C---T---A--AA---A--A--CAC----A-TAA-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------GAAA---A--T--AA-ta
gi|48                         :           aTCAT-T--T-A--TTAAA--G-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---C------GT-C-A-G--T-TGT----A------G-C-ATT---G---GT-A-T-T-----TA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--A
gi|49                         :            TCAT-T--T-AA-T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A----------T---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-GCT---G---AT-A-T-T-----TA-A--T------CC-A---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-G--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AAT--A--T--AA-g
gi|5                          :            TCTT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----G--AA--A-A-T------T--TT---TTTATTTGT---A-G--T-T-TCCCGA------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---AC-AAAACA--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-CTT-C-A-----------G-AA---A--TC-AA-G-CT-G-AA-taa
gi|50                         :                ta--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-T-T------T--TT---TT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AAATGA--T--AA-G-CT-atg
gi|51                         :            TCAT-T----A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-ATA------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T--------A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--CC-C---T---A--AA---A--A--G-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-
gi|52                         :                -T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G--------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G----T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----TA-A--T------CC-C---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--A-A-G--------C-T-----------A-AATG-A--T--AA-G-
gi|53                         :            TCAT-T--T-A--T--AT--A-A---AT-TT-GT-------A----A----C-----A--AA--A-A-G--------------------------A-A--T--------G------G-T-A-T---A----T-A-T-T-----AA-A--T---C--CT-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-T-T-----------G-AA---A--T--AA-G-
gi|54                         :                                                                                           a---CT-----GT-C-AAG--T-T-C----A------G-C-A-----G---TT-A-T-T-----AA-AA-T---C--CT-----------------A--C--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AAGATGt
gi|55                         : aaaacaacaagTCAT-T--T-A--T---A--A-A---TT-TT-GT-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---gata
gi|56                         :                                                               a-----A--AA--A-A-A------G--AT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--CC-C---C---G--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-tctgaaaaaag
gi|57                         :                               ta-A---TT-TT-GT-------A----A----TTAA--A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--------------------------------GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--taag
gi|58                         :                                                                                                                                  c-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-G-T--T-T-T-A-T-----------G-AA---A--T--AT-G-CT-G-AA-ATGA
gi|6                          :            TCAT-T--TTA--T--AA--ATA---TT-TTTGT-------A----A----TTAAAAA--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G---A-T---G---AT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-CT--T---A--AA---A--AACC-C----ATT-A-T--G-A-A--T---T-T-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAtac
gi|60                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-ta
gi|61                         :                                                                                                                                      a---G---GT-A-T-C-----AA-A--T---C--CC-T---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-A
gi|7                          :              AT-T--T-AAAT--AA--A-A---TT-T--GA-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAT----T--TT---CT-----GT-CCA-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-TA----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--T-CACCAA-T-A-T--G-A-A--T-C-T-T-T-----------GAAA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|8                          :         tcaTCAT-TG-T-A--T--AC--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--G-T-T------T--TT---CTT----GT-C-A-G--T-C-C----CCCCGCCA-C-A-T---G---GT-A-T-C-----AA-A--T---C--CC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-C--T-C-T---T-----------G-AA---A--T---A-G-CTAG-AA-ATGA
gi|9                          :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---GT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAAA---TA-TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----T-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AC---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA

Unaligned ( gi|1 ): TATCAGGTTTATAAAATTTTGTATTAACATATAATTTTCCTGGTTGCAGGTCAGGCGATGTATGAGAGAGATCTCCGCTAATTAACCTCGATTATGAATGTTTATGAGAAGTAACCTGCAAAAAGATAAGCTTA
Unaligned ( gi|59 ): AGTAATCATATCCAAACTTGGGTTTAAATTGTATTTCTTCACCACTGGCAT

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Reference ( family-1328 )     :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|10                         :             CAT-T--A-A--T--AA--A-A---TTATT-GTT------A----A----T-----A--GA--A-A-AAAAAACT--TT---CT-----GT-C-A-GC-T-T-A----A------GCC-A-T---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--CC-G---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-C-C-T-----------G-AA---A--TA-AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|11                         :            TCAT-TCGT-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----C-----A--AA--A-A-AT-----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-TCC----A------G-C-A-T---T---GG-A-A-T-----AA-A--T---C--CC-C---T-------A---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-GT-T-T-T-C-T-----------G-AA---A--TTAAG-G-CT-GAAA-ATGA
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gi|14                         :          taTCAT-T--TTA--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----T----T-----A--AA--A-A-AA-----T--TT---CT-----GT-C-G-T--T-T-C----A------G-C-A-TA--G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--TA-AA-G-CT-G-AA-ta
gi|15                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GTT------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---TT-----GT-C-A-G--T-T-C-----------G-C-A-T---G---GT-A-TAT-----TA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---AAAA--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAgtg
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gi|17                         :            TCAT-T--A-A--T--AA--A-A---TG-TT-GT-------A----A----T-----AAAAA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C---G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GC-A-T-T-----AA-A--T---CTTCC-C---T---A--AA---A--C--T-C----A-T-ACT--G-A-AATT-T-T-C-T-----------G-CA---A--T--AATG-CT-G-AA-
gi|18                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-AA--TT-TT-GT-------AC---A----A-----A--AA--A-A-A------T--TA---C------GT-C-A-GCCC-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A---T-----GA-A--T---C--CC-T---A---A--AA---A--A--C-C----A-C-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G--A---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATAAc
gi|19                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-TCC----A------G-C-A-T---G---G----T-T-----AA-A--T---T--CT-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAt
gi|2                          :              AT-T--T-A--A--AA--A-AATCTT-TT-GT-------A----AA---T-----A--AA--A-A-AAAAA--T--AT---TT-----GT-C-A-G--T-T-CA---A------G-C-A-T-------GT-A-T-A-----AA-AATT---C--CC-C---TTAAA--AA---A--A--T-C----A-T---TCAG-A-A--TCC-T-CTT-----------G-AA---A--A--AA-taa
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gi|35                         :             aAT-T--T-A--T--AA--A-AAAATT-TA-AT-------A----A----------A--AA--A-A-A------T--T----CT-----GT-T-A-G--T--------A------G-C-A-TT--G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---AA-A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAta
gi|36                         :           tTCAT-T--T-A--T--AAG-A-G---TT-TT-GT-------AT---A----TTA---A--AA--A-A-A------C--GT---AT-----CT-C-A-GA-T-T-C----A------G-C-ATT---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--CC---------G--AA---A--A--C-C----A-C---T--GTA-A--T-T-T-C-T-----------G--A---A--T--AA-G-C--G-AA-AT
gi|37                         :             aAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--CA--A-A-AT-----T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T------A-A--T---C--TC-C---T---T--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|38                         :              tT-T--T-A--TTAGA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--A-T-T------T--TTTT-CT------T-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GTAA-T-T-----AA-AT-T---C--CC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----ATT-A-T--G-A-A--T-C-TAC-T-----------G-AA---A--T--A
gi|39                         :                                                                           tc-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAcg
gi|4                          :      ctctatagtaggcgg-A--T--AA--A-G---CT-TT-GT-------ATCATA----T-----A--AATAA-A-A------A--TT---CT-----GT-C-AAG--T-T-CCA--A------G-C-A-T---GAAGGT-A-T-TTTTGTAATA--T---C--CC-TCTAT---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-ATA--T-T-T-C-T-----------G-AA---ATTT--AA-G-CT-G--A-ATGAtaagc
gi|40                         :       tttaaTCAT-T--T-AA-T--AA--A-A---TT-TTTGT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------T--T----CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--TC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-G--T-A-A--T---T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ta
gi|41                         :            TCAT-T--T-C--T--TA---------T-TT-GT-------A----A----T-----A--AAT-A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---CT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---C------AA---A--A--C-C----A-T-A----G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AGGA
gi|42                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------G----A----T-----A--AA--AAA-A------T--TT---CT-----GC-C-C-G--T-T-C----A------G-C-A-T-------GT-A-T-T-----AA-A--TC--C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---G-----AA-G-CT-G-A
gi|43                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G----------------------------A--A-A-A------T--TT---CT-----TT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-G-A---G---GT-A-T-TTAA--AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-A--G-A-A--C-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-AT
gi|44                         :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAA----T--TT---GT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G----T-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AC---A--A--C-C----T-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-
gi|45                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-T--GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAAAT--T--TT---CT-----GTCC-A-G--TAT-C----A------G-C-A-T-------GT-A-A-T-----AA-A--T---taa
gi|46                         :             atT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GA-------A----T----T-----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T--------A--T---C--TC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-ttgatgacactaaatatctttaccgacatt
gi|47                         :       tcattTCAT-T--T-A--T--AA--A-AA--TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--A----------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-T--C---T--CC-C---T---A--AA---A--A--CAC----A-TAA-T--G-A-A--T-T-T-C-T-----------GAAA---A--T--AA-ta
gi|48                         :           aTCAT-T--T-A--TTAAA--G-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---C------GT-C-A-G--T-TGT----A------G-C-ATT---G---GT-A-T-T-----TA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--A
gi|49                         :            TCAT-T--T-AA-T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A----------T---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-GCT---G---AT-A-T-T-----TA-A--T------CC-A---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-G--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AAT--A--T--AA-g
gi|5                          :            TCTT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----G--AA--A-A-T------T--TT---TTTATTTGT---A-G--T-T-TCCCGA------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---AC-AAAACA--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-CTT-C-A-----------G-AA---A--TC-AA-G-CT-G-AA-taa
gi|50                         :                ta--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-T-T------T--TT---TT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AAATGA--T--AA-G-CT-atg
gi|51                         :            TCAT-T----A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-ATA------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T--------A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--CC-C---T---A--AA---A--A--G-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-
gi|52                         :                -T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-G--------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G----T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----TA-A--T------CC-C---T---A--AA---A--A----C----A-T-A-T--A-A-G--------C-T-----------A-AATG-A--T--AA-G-
gi|53                         :            TCAT-T--T-A--T--AT--A-A---AT-TT-GT-------A----A----C-----A--AA--A-A-G--------------------------A-A--T--------G------G-T-A-T---A----T-A-T-T-----AA-A--T---C--CT-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-T-T-----------G-AA---A--T--AA-G-
gi|54                         :                                                                                           a---CT-----GT-C-AAG--T-T-C----A------G-C-A-----G---TT-A-T-T-----AA-AA-T---C--CT-----------------A--C--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AAGATGt
gi|55                         : aaaacaacaagTCAT-T--T-A--T---A--A-A---TT-TT-GT-------A----A----TA----A--AA--A-A-A------T--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---gata
gi|56                         :                                                               a-----A--AA--A-A-A------G--AT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---T--CC-C---C---G--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AA---A--T--GA-tctgaaaaaag
gi|57                         :                               ta-A---TT-TT-GT-------A----A----TTAA--A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--------------------------------GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--taag
gi|58                         :                                                                                                                                  c-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-G-T--T-T-T-A-T-----------G-AA---A--T--AT-G-CT-G-AA-ATGA
gi|6                          :            TCAT-T--TTA--T--AA--ATA---TT-TTTGT-------A----A----TTAAAAA--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G---A-T---G---AT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-CT--T---A--AA---A--AACC-C----ATT-A-T--G-A-A--T---T-T-T-----------G-AA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGAtac
gi|60                         :           aTCAT-T--T-A--T--AA--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-A------A--TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-ta
gi|61                         :                                                                                                                                      a---G---GT-A-T-C-----AA-A--T---C--CC-T---T---A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-A
gi|7                          :              AT-T--T-AAAT--AA--A-A---TT-T--GA-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAT----T--TT---CT-----GT-CCA-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-TA----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--T-CACCAA-T-A-T--G-A-A--T-C-T-T-T-----------GAAA---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA
gi|8                          :         tcaTCAT-TG-T-A--T--AC--A-A---TT-TT-GT-------A----A----T-----T--AA--G-T-T------T--TT---CTT----GT-C-A-G--T-C-C----CCCCGCCA-C-A-T---G---GT-A-T-C-----AA-A--T---C--CC-C---TA--A--AA---A--A--C-C----A-T-A-T--G-A-C--T-C-T---T-----------G-AA---A--T---A-G-CTAG-AA-ATGA
gi|9                          :            TCAT-T--T-A--T--AA--A-A---GT-TT-GT-------A----A----T-----A--AA--A-A-AAAA---TA-TT---CT-----GT-C-A-G--T-T-C----A------G-C-A-T---G---GT-A-T-T-----AA-A--T---C--CC-C---T---A--AA---A--A--C-C----T-T-A-T--G-A-A--T-C-T-C-T-----------G-AC---A--T--AA-G-CT-G-AA-ATGA


blockSeqs                     :                  CG T AA TC  TA   ATC     T  TTCTTAT TCAT AAAA TAAAA AA  TA G C AAAAT      AAA  TATTT      A CC   C CCCG CCCGCC G   T TTT AAG    T   TTTGT    AT CTC       CTA TAA TA  AAC AA      ACCA T A C CA G   AT CC    A TCTGAGTATTT A  ATG TT TA         A  G
blockSeqs                     :                  G  T A  TA  G    AAA     T  T       C    A    TAA   .   T  C T AAATT      TT   T          A A    T CA   GG     C   T A   T      T   TAA      A  C         T   TA  C   T   A       .    T A C GA T   T  CT    T .           A  TG  T  A          .  .
blockSeqs                     :                  .  T A  TA  .    A       T  .       T    .    TT    .   .  G . AAATA      T    .          . .    C A    .      .   C T   .      .   TAA      T  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  CT    . .           .  T   .  C          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  T   .    A       T  .       .    .    TA    .   .  T . AATT       T    .          . .    C .    .      .   . .   .      .   AA       A  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  T   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    TA    .   .  A . ATT        .    .          . .    G .    .      .   . .   .      .   TT       .  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    A     .   .  . . AAA        .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   A        .  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    A     .   .  . . AAT        .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    A     .   .  . . ATT        .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   A   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    A     .   .  . . TT         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    A     .   .  . . AT         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . AG         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . AT         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . TT         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . TT         .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . C          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .  .
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .          .   
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .          .   
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  T     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . G          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  C     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                  .  . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  .     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                     . .  .   .    .       .  .       .    .    .     .   .  . . A          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  .     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                                   .       .  .       .    .    .     .   .  . . T          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  .     . .           .  .   .  .              
blockSeqs                     :                                                                .     .   .  . . .          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .  .     . .           .                        
blockSeqs                     :                                                                             . . .          .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .   .       .    . . . .  .   .                                               
blockSeqs                     :                                                                                            .    .          . .    . .    .      .   . .   .      .   .        .  .         .   .   .   .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                     . .   .      .   .        .  .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                       .   .                                                                                                                          


blockSeqCons                  :                                              *******                            T********                    **                                                                                                                                       **
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