lowQualScore                  :                                                                       44444444   1            22222             11        1111111111                                                                                  1111111111     2222222222222222      1111111111   22222222           1111111  4444444444444444444444444444444        11111111       11111       1111111                                11                 1111111    888888888888888888888888888888888888                                111111                                                    2         222               
lowQualScore                  :                                                                  6    44444444   7       5    00000    4 55  4  99  4  4  9999999999  4 55    0 999999       4     4 4  7   3  7 3 55 55 7777     3   7777  3   3  55 3333333333 3   2222222222222222 4  8 2222222222   11111111 4  55  4  0000000  0000000000000000000000000000000        33333333   55  00000     8 3333333    4   3 666  55  55 7    3 3  00 55 55 3      3  3333333    111111111111111111111111111111111111 5  33   555 555  777   33    2 000000  2 5 2  444 33 2  33  5 777777   7  2 77     2 2   7    444  555 7 66 2  2     
lowQualScore                  :                                                                  .    ........   .       .    .....    . ..  .  ..  .  .  ..........  . ..    . ......       .     . .  .   .  . . .. .. ....     .   ....  .   .  .. .......... .   ................ .  . ..........   ........ .  ..  .  .......  ...............................        ........   ..  .....     . .......    .   . ...  ..  .. .    . .  .. .. .. .      .  .......    .................................... .  ..   ... ...  ...   ..    . ......  . . .  ... .. .  ..  . ......   .  . ..     . .   .    ...  ... . .. .  .     
lowQualScore                  :                                                                  0    00000000   0       0    88888    0 55  0  00  0  0  1111111111  0 55    9 111111       0     0 0  3   6  3 6 00 00 7777     6   7777  6   6  00 7777777777 6   4444444444444444 0  0 5555555555   11111111 0  55  0  5555555  7777777777777777777777777777777        22222222   00  00000     0 0000000    0   6 444  00  00 3    6 6  00 00 00 6      6  0000000    777777777777777777777777777777777777 7  55   000 000  444   99    7 333333  7 0 4  111 44 5  44  0 222222   1  4 99     4 4   3    111  333 5 99 5  5     
consensus                     :                                                                 ACCTCTGTCAANNGTCTAAAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-CG-CG-CAG---G--AA-A--AATAAT---C--CGTTGTA-AAGTA-C-GG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-TAA-TT--T-C--C---A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-------CT-GT--AA-GA--T----TT------AA----------NA-C-------A-AAAAAATA--------AAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-TTA-T---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-CAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA---TCTT---G-GCA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-TA---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-C--GGGAA-C-GAT-AACT---CTG--G-G--T-AG-AGATT
Reference ( gi|6 )            :                                                                 ATCTCTACCCAGAGTCTGAAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGC-CA-CG-CG-TAG---G--AA-A--AATAAT---C--CGTTGTA-AAGTA-C-GG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-TAA-TT--T-C--C---A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-------TT-GT--AA-GA--T----TT------AA----------CA-C-------A-AAAAAATA--------AAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-TTA-T---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-CAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA---T------G-GCA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-TA---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-C--GGGAA-C-GATAAACT---CT---G-G--T-AG-AGATT
gi|4                          :                                                                 ACCTCTGTC-AACGTCTAAAAAATA-GTCCTTTATAAAC-G--GG-AGA-CA-CGGCA-CAG---A--AA-A--AATA-T---C--CGTTGTA-AAGTA-CCGG-TTA-AA-C-A--ACAC----ATTTT-TGA----TT-TAAATT--T-C--CGCCA-T-ATA-----------T----A-AAAT---C------ATA-------AT-GT--AA-GAA-T----TT------AAAAA-------CAGC-------A-AAAAAATA--------AA---CT-----G-TCAGA-------TTATCTTA-T---TT--AT--GCATGC-G-TTTAA--G--AACAAATA-AA-------AGTT---TA-TGC--CCCAA---A-G--AA---TCTTG--G-GCA-TTT---A---GA-CCGTT--GACA-A--G---AG-T-A-TA---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-CCGGGAAA-C-GATTAACT---CTTG-G-G--T-AG-AGATT
gi|8                          :                           ctctacccagttaatcgttcccgctacgctccactattACCTCTGTCAACA-TCTAAAAAATA-GTCC---G-AAAC-C--GG-AGA-CA-C--CA----------AATA--AATAAA---A------GAA-AAATA-C-GG-TTA-AG-C-A--A-TT----ATATC-TGA----TT-TAA-TT--T-C--C---AAT-ACA-----------T----A-AA-T---C------ATA-------CT-GT--AA-AA--T----TT------AAAACACACACACA-C-------A-CACAAATAAATAAATAAAA--CT-----GGTTA-A-------TTAT-TTA-T---TT--AT--A-ATGC-A-TT--A--G--A-CAAATA-g
gi|2                          :                        atctctttgcagagttatcgttcccgctacgcttcacttatACCTCTGTC-AACGTCTAAAAAATA-GTCC---TTAAAC-C--GG-AGA-CA-CG-CGCCAG---GAAAA-A--AATAAT---C--CGTTGT--TAGTATC-GG-GTATAA-CAA--A-AC----AT-TT-TGATTTTTT-TAA-TT--TCC--C---ACT-GTATTGATTTCAGTT----A-AA-T---CTATTAGATACCTGTATTT-AT--AG-GA--TAGTATTATAAG-AA----------CA-CCCAACACA-AAAAAGTA--------AAA--CTCACTAGGTCATAATCTAACTTAT-TAA-T---TTGAATTAG-ATGC-GTTT--ATTG--A-CACATA-AATATTAATAGTTACGTTGTGC--C---A---A-AGTAA---TCTTGCGG-GCT-TTT---ATAGGA-C-G-T--GACA-GAAA---GGTT-A-TA---
gi|13                         :                        aatctctacccagagtatcgttccgctacgctccacttattACCTCTGTCAACA-TCT-AAAAATA-GTCC---AGACAC-C--GG-AGA-CA-CA-TG-C-G---G--AG-A--AAT-----------TTATA----TA-C-GA-TCA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-TAA-TT--TCC--C---A-T-A
gi|5                          :                                                                              GTCTTCAAAATATGTCA---GTACAC-C--GGTGGA-CATCG-CG-CAG---G--AA-T--A-TGAT---C--CGTTGTA-AAGT----GG-TTA-AATC-A--A-AC----ATATT--GA----TTGTAA-T-----C--C---A-G-ATA-----------T----ATAA-TG--C------ATA-------CT-GT--AATGA--T----TT------AA----------AA---------A-CAAAAATA--------AA----C-----GGTCA-A-------TTAT-TAAAT---TT--AT--G-ATAC-A-TT--A--G--A--AAATA-AA-------GGTT---T---GC--C---A-----G--AA---TCT----GTGC--TTT---A---GA-C-GTT--GACATG--A---GG---A-TA---T--G-TG--GATG------CGT-AGGC--GGGAA-C-GAT-AACT---CT---G-G--T-AG-AGAT
gi|10                         :                                 ctcgagtctatcgtccccgctacgctccacttataccgctgtcaacTCT-AAAAATA-GTCC---AGAGAT-T--GG-----------C--------------A--AATATT---CTGCGGAGAG-AAATA-C-GGGTTA-AA-C-A--A-CC----ATATT-TAA----TT-TAA-TT--T-C--C---A-T-ATA-----------T------AA-T---C------ATA-------CT-GTAAAA-GA--T----TT------AA----------AA-C---------AAAAAATA--------AAA--
gi|9                          :              aatcttctaacccgagagttatcgttcccggctaacgctttcacttataacctggctgtcggagctaTAAAAAATA-GTCC---A--AAC-C--GG-AGA-CA-CG-CG-CAG---G--AG-A--AATAAT---T--CGTTGTA-AAGTA-C-GGTTTA-AA-C-A--G-AC----ATATT-TGA----TT-TAA-TT--T-C------------A-----------T----A-AA-T---C------ATA-------CT-GT--AA-GA--T----TA------AA----------AA-C-------ACAAAAAATA--------AAA--CT-----GGTAA-A-------TTAT-TTA-T---TT--GT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-C-AATA-AA-------
gi|3                          :                                           caatctctactcagagttatcgttcccgctttcacttatgAAAAATA-GTCTCG-ATAA-C-CTTGG-AGA-CA-CG-CG-CAG---G--AA-A--AATAAT---C--CGTTGTAGAAGTA-C-GG---A-AA-C-A--G-GCACATATATT-TGA----TT-TAA-TT--TCC--C---A-T-ATA-----------CTGCAA-AA-TCTCC------AC--------CT-GT--CA-GA--T----TTTAACTGAA----------CA-C---------AAAAAATA--------TAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-TTA-TTTCTT--AT--G--TGCGA-TT--G--G--A-CAAAAT-AA-------AGTT---TG-TGCAAC---ACTTG-G--AC---TCCTTG-G-GCATTTT---A---GA-C-ATT--GAGC-G--AGTGGG-TGA-TA---A--G-TG--GA-G-------GT----T--GGGAA-C-GA-AAA-T---CTG--G-G--T-AG-AGATT
gi|1                          :                               actctctgacccagagttatcagttcgcttacgctcaccactagataaggttctgtcaacgatctaccTAAACAC--GG-AGAACA-CG-CG-CAGCTTG--AA-ATAAATTATATCC--CATTGTA-AAGTA-A-GG-TTA-CA-C-ATTA-AC----ATATTGTGA----TT-TAA-CTCTT-CGAC---A-TTATA-----------G----A-AACT---C------ATAA------TTAGT--AA-GAATC----TT------AA----------AA-C-------G-CAAAAATA--------GAATACT-----GGTCA-A-------TTTT-TTA-T---TT--AT--GGATGC-A-CTTAA--GGAA-CAAATATAA-------AGTT---T---AC--C---A---AAG--AA---TCTCT--G-GCA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-TA---A--GTTG--GA-G------CTT-AG-C--GGGAA-C-GATAAAACATACT---G-G--TAAG-AGATTg
gi|7                          : ctctacccagagttaatcgtttcccgctaacgacaatactcactattataccctttctgattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacacAAAC-T--GG-AGA-CA-CG-CG-CAG---G--AA-A--AATAAT---C--CGTTGTA-AAATA-C-AG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-TAA-TT--C-T--C---A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-------CT-GT--AA-GA--T----TT------AA----------AA-C-------ACAAAAAATA--------AAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-TTA-T---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-TAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATATT------G-GCA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-TA---A--G-TG--GA-G------TGT-AG-CT-GGGAA-C-GAT-AACT---CTG--G-G--T-AG-AGATTg
gi|12                         :                                                                                                                                                                        G-TTA-AATC-A--A-----------T-CGA----TT-TAA-TT--T-C--CC--G-T-TTC-----------T----A-AA-T---C------ATA-------CA-GT--AA-GA--T----TT------AA----------GA-C-------A-CAAAAATA--------AAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-TTA-T---TG--AT--A-ATGC-A-TT--A--C--A-CAAATA-AA-------g
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    c------AA----------TA-A-------A-AATAAATA--------AAA--TT-----GGTTA-A-------TCAT-TTA-T---TT--CT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-CAAATA-AA-------
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agataaaA-T---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--A-CAACTG-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATACT------G-GCA-TTT---A---GA-G-GTT--GGCA-G--A---GG-T-T-T---------TG--TA-G------CGC-AG-C--TGG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A-TTTTGAA---GA-C-GTT--GACA-G--C---GG-T-A-TA---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-C--GGGGA-C-GATAGACT---Ctgagagattgctttgtggggtgtctgggact
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctc-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-AT---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-C--GGGAA-C-GATTAACT----G---G-G--T-AG-AGatgtcagtacaccggtggacatcgcgcaggaatatgatccgttgtaaagtggttaaatcaaacatattgattgtaatccagatatataatgcatactgtaatgatttaaaaacaaaaataaacggtcaattattaaatttatgatacattagaaaataaaggtttgccagaatctgtgctttagacgttgacatgaggatatgtggatgcgtaggcgggaacgataactctggtagagat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-A-TA---A--G-TG--AA-G------CGT-AG-C--GGGAA-C-GAT-AACT---CT---GCA--A-AG-AGATaaatagtcctttataaacgggagacacggcacagaaaaaatatccgttgtaaagtaccggttaaacaacacatttttgatttaaatttccgccatatataaaatcataatgtaagaatttaaaaacagcaaaaaaataaactgtcagattatcttatttatgcatgcgtttaagaacaaataaaagtttatgccccaaagaatcttgggcatttagaccgttgacaagagtataagtggagcgtagccgggaaacgattaactcttgggtagagattg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-AATA---A--G-TG--GA-G------CGT-AG-C---GGAA-C-GAT--ACT---CTG--G-G--T-AG-AGATTaaatagtccgaaaccggagacaccaaataaataaaagaaaaatacggttaagcaattatatctgatttaatttccaatacataaatcatactgtaaaatttaaaacacacacacacacacaaataaataaataaaactggttaattatttatttataatgcattagacaaata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-aaatagtccttaaaccggagacacgcgccaggaaaaaaataatccgttgttagtatcgggtataacaaaacattttgatttttttaatttcccactgtattgatttcagttaaatctattagatacctgtatttataggatagtattataagaacacccaacacaaaaaagtaaaactcactaggtcataatctaacttattaatttgaattagatgcgtttattgacacataaatattaatagttacgttgtgccaaagtaatcttgcgggcttttataggacgtgacagaaaggttata
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTT---A---GA-TAGCTCCGACA-GCCA---GG-TTA-TA---A--G-TG--AAAG------CGTTAG-CC-GGGAA-C-GAT-AACT---CTC--G-GGTT-AGAAGATTaatagtccagacaccggagacacatgcggagaaatttatatacgatcaaacaaacatatttgatttaatttcccata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T---A---GATC-GTT--GACA-G--A---AC-C-T-TATCTA--G-TGGTGA-G------CGTAAG-C----GAA-CTGAT-AACT---CT---G-GGTC-AG-AGAaatagtccagagattggcaaatattctgcggagagaaatacgggttaaacaaccatatttaatttaatttccatatataatcatactgtaaaagatttaaaacaaaaaataaaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acCA-G--AAAGGG-T-A-TA---ATAG-TG---A-GTATTGTCGTTAG-C--GGGAAAC-GATTAACT---CTG--G-G--T-AG-AGccaaaaatagtctcgataaccttggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtagaagtacggaaacaggcacatatatttgatttaatttcccatatactgcaaaatctccacctgtcagattttaactgaacacaaaaaatataactggtcaattatttatttcttatgtgcgattggacaaaataaagtttgtgcaacacttggactccttgggcattttagacattgagcgagtgggtgataagtggaggttgggaacgaaaatctgggtagagattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -A-TA---A--G-TG--AA------------AG-C--GGGAA-C-GAT-AACT---CT---GAG--T-AG-AGATTattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacactaaacacggagaacacgcgcagcttgaaataaattatatcccattgtaaagtaaggttacacattaacatattgtgatttaactcttcgacattatagaaactcataattagtaagaatcttaaaacgcaaaaatagaatactggtcaattttttatttatggatgcacttaaggaacaaatataaagtttaccaaagaatctctggcatttagaggttgacagaggtataagttggagcttagcgggaacgataaaacatactggtaagagattg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           c-TA---A--G-TG--GA-T------CGT-AG-C--GGGAA-C-GAT-AACT---CTG--G-G--T-AG-AGATTgtaaaaaatagtccaaaccggagacacgcgcaggagaaataattcgttgtaaagtacggtttaaacagacatatttgatttaatttcataaatcatactgtaagattaaaaacacaaaaaataaaactggtaaattatttatttgtgatgcattagacaataaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -TA---A--G-TG--GA-G------CGT-A--C--GGGAA-C-GAT-AACT---CTGTGG-G--T-AG-AGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -AG-C--GGGAA-C-GAT-AACT---CT---GAG--T-AG-AGATTga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cGGAA-C-GAT-AACT---CTG--G-G--T-AG-AGATTc





Alignments
lowQualScore                  :                                                  222                  11111                            111                                                                                  111            2222222222222222      111 111111                     111111                 4444444444444444444444444                                  1111111                                                  1111111        11      111111111111     11111                                 111111                                                                                
lowQualScore                  :                                       66     66  111    66    1  4    66666    3 55  7   3  3  3 3 3   000 55  3 55    2 666        3     7   3   3  6 3 44 33 7777     3   7777  3 3    44 555 44 6 3 3   3333333333333333 3  3 000 000000   3  55  55 99999 3 444444 55  3 999999  1 2222222222222222222222222   88888 44       44  99999     7 1111111    3 3   555  44  44 6    3 3  99 44 77       3  1111111    777 55   66 222222222222     77777  55  2   888 555  666   33    2 000000  2 7   333 33 2   33 4 666666   4 4  77     2 2  4 77 2  2 2 55 2   2 2  2     
lowQualScore                  :                                       ..     ..  ...    ..    .  .    .....    . ..  .   .  .  . . .   ... ..  . ..    . ...        .     .   .   .  . . .. .. ....     .   ....  . .    .. ... .. . . .   ................ .  . ... ......   .  ..  .. ..... . ...... ..  . ......  . .........................   ..... ..       ..  .....     . .......    . .   ...  ..  .. .    . .  .. .. ..       .  .......    ... ..   .. ............     .....  ..  .   ... ...  ...   ..    . ......  . .   ... .. .   .. . ......   . .  ..     . .  . .. .  . . .. .   . .  .     
lowQualScore                  :                                       11     11  444    11    9  4    77777    6 00  3   6  6  6 6 6   000 00  6 00    1 444        6     3   3   3  7 3 66 88 1111     3   1111  3 3    66 888 66 7 3 3   2222222222222222 6  6 000 555555   6  00  00 11111 6 111111 00  6 666666  0 6666666666666666666666666   33333 66       66  11111     3 8888888    6 6   888  66  66 7    3 3  22 66 99       3  8888888    888 00   11 666666666666     99999  55  9   999 000  222   99    7 333333  7 5   999 22 4   22 7 888888   4 4  55     2 2  4 55 2  2 2 33 4   4 4  4     
consensus                     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-GTCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-CG-C-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T------AAAA----------CA-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
Reference ( family-1314 )     :                                   ACCT--CTGTC--AANNGTCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-CG-C-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T------AANA----------CA-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CA-G--AAAGGG-T-ATA---ATAG-TG---A-GTATTGTCGTTA-GC--GGGAAAC-GA-TT-A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AG
gi|1                          :                                                                           TAAACAC--GG-AGAACA-CG-C-G-CAGCTTG--AA-ATAAATTATATCCCATTGTA-AAGTA-AGG-TTA-CA-C-ATTA-AC----ATATTGTGA----TT-T-AACTCTT---CGAC-A-TTATA-----------G----A-AACT---C------ATA-ATTAGT--A-----A-G------AATCT-T------AAAA----------CG-------------CAA-----A--AATAGAATACT-----GGTCA-A-------TTTT-T-TAT---TT--AT--GGATGC-A-CTTAA--GGAACAAATATAA-------AGTT---T---AC--C---A---AAG--AATCTCT---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--GTTGG--A-G------CTT-A-GC--GGGAA-C-GA-TAAA-ACATAC--T-GGT-A-AG-AGATTattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacactaaacacggagaacacgcgcagcttgaaataaattatatcccattgtaaagtaaggttacacattaacatattgtgatttaactcttcgacattatagaaactcataattagtaagaatcttaaaacgcaaaaatagaatactggtcaattttttatttatggatgcacttaaggaacaaatataaagtttaccaaagaatctctggcatttagaggttgacagaggtataagttggagcttagcgggaacgataaaacatactggtaagagattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctctacccagagttaatcgtttcccgctaacgacaatactcactattataccctttctgattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacacT---T--TGC--C---A---A------TCTCT---GGACTA-TTTTT-A---GA-TAGCTCCGACA-GCCA---GG-TTATA---A--G-TGA--AAG------CGTTA-GCC-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--TCGGGTT-AGAAGATTg
gi|10                         :                                   ACCTGGCTGTCGGAGCTATCTA--AAAA-TA-GTCC---AGAGAT-T--GGCAAA-TA-TT-CTG-CGGA--G--AG-A--AATA------CG-------------GG-TTA-AA-C-A--A-CC----ATATT-TAA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T------AA-T---C------ATA-CT--GTAAA-----A-G------A--TT-T------AAAA----------C--------------AAA-----A--AATAAAA--tattctgcggagagaaatacgggttaaacaaccatatttaatttaatttccatatataatcatactgtaaaagatttaaaacaaaaaataaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatcttctaacccgagagttatcgttcccggctaacgctttcacttataAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAACTG-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAC-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GGCA-G--A---GG-T-TT---------TGT--A-G------CGC-A-GC--TGG
gi|12                         :                                                                                                                                              G-TTA-AATC-A--A-----------T-CGA----TT-T-AATT--T---C--CCG-T-TTC-----------T----A-AA-T---C------ATA-CA--GT--A-----A-G------A--TT-T------AAGA----------CA-------------CAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TG--AT--A-ATGC-A-TT--A--C--ACAAATA-AA-------tgagagattgctttgtggggtgtctgggact
gi|13                         :                                  cACCT--CTGTC--AACA-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGACAC-C--GG-AGA-CA-CA-T-G-C-G---G--AG-A--AAT---------TTATA----TA-CGA-TCA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              ------AAAA----------TA-------------AAA-----ATAAATAAAA--TT-----GGTTA-A-------TCAT-T-TAT---TT--CT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agataTA---A--G-TGG--A-G------CGT-A--C--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-CTGT-GGG-T-AG-AGATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TA---A--G-TGG--A-T------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATTgggttt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-TAATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC---GGAA-C-GA-T----AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTc
gi|2                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-GTCTA--AAAAATA-GTCC---TTAAAC-C--GG-AGA-CA-CG-C-GCCAG---GAAAA-A--AATAAT---CCGTTGT--TAGTATCGG-GTATAA-CAA--A-AC----AT-TT-TGATTTTTT-T-AATT--TC--C--C-ACT-GTATTGATTTCAGTT----A-AA-T---CTATTAGATACCT--GT--ATTTATA-GGATAGTA--TTAT------AAGAACACCCAACACA-------------AAA-----A--AGTAAAA--CTCACTAGGTCATAATCTAACTTAT-T-AAT---TTGAATTAG-ATGC-GTTT--ATTG--ACACATA-AATATTAATAGTTACGTTGTGC--C---A---A-AGTAATCT-TGCGGG--CT-TTT---ATAGGA-C-G-T--GACA-GAAA---GGTT-ATA---aaatagtccttaaaccggagacacgcgccaggaaaaaaataatccgttgttagtatcgggtataacaaaacattttgatttttttaatttcccactgtattgatttcagttaaatctattagatacctgtatttataggatagtattataagaacacccaacacaaaaaagtaaaactcactaggtcataatctaacttattaatttgaattagatgcgtttattgacacataaatattaatagttacgttgtgccaaagtaatcttgcgggcttttataggacgtgacagaaaggttata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aatctctacccagagtatcgttccgctacgctccacttattTTT-T---GG-------T---A---GATC-GTT--GACA-G--A---AC-C-TTATCTA--G-TGGTGA-G------CGT-AAGC--G--AA-CTGA-T--A-AC-T-C--T-GGG-TCAG-AGA
gi|3                          :                                    acT--CTGTC--AACGATCTACCAAAAATA-GTCTCG-ATAA-C-CTTGG-AGA-CA-CG-C-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTAGAAGTA-CGG---A-AA-C-A--G-GCACATATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-ATA-----------CTGCAA-AA-TCTCC------AC--CT--GT--C-----A-G------A--TT-TTAACTGAACA----------C--------------AAA-----A--AATATAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TATTTCTT--AT--G--TGCGA-TT--G--G--ACAAAAT-AA-------AGTT---TG-TGCAAC---ACTTG-G--ACTCC-TTG-GG--CATTTT---A---GA-C-ATT--GAGC-G--AGTGGG-TGATA---A--G-TGG--A-G-------GT----T--GGGAA-C-GA----A-AA-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTatagtctcgataaccttggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtagaagtacggaaacaggcacatatatttgatttaatttcccatatactgcaaaatctccacctgtcagattttaactgaacacaaaaaatataactggtcaattatttatttcttatgtgcgattggacaaaataaagtttgtgcaacacttggactccttgggcattttagacattgagcgagtgggtgataagtggaggttgggaacgaaaatctgggtagagattg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            actctctgacccagagttatcagttcgcttacgctcaccactagataaggt-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-AAT---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GATT--A-A----C--T-GGG-T-AG-AGg
gi|4                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-GTCTA--AAAAATA-GTCCTTTATAAAC-G--GG-AGA-CA-CGGC-A-CAG---A--AA-A--AATA-T---CCGTTGTA-AAGTACCGG-TTA-AA-C-A--ACAC----ATTTT-TGA----TT-TAAATT--TCCGC--C-A-T-ATA-----------TA---A-AA-T---C------ATA-AT--GT--A-----A-GA-----A--TT-T------AAAAACAG------CA-------------AAA-----A--AAT-AAA--CT------GTCAGA-------TTATCT-TAT---TT--AT--GCATGC-G-TTTAA--GA-ACAAATA-AA-------AGTT---TA-TGC--CCCAA---A-G--AATCT-TG--GG--CA-TTT---A---GACC-GTT--GACA-A--G---AG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GCCGGGAAA-C-GATT--A-AC-T-CT-T-GGG-T-AG-AGATTaaatagtcctttataaacgggagacacggcacagaaaaaatatccgttgtaaagtaccggttaaacaacacatttttgatttaaatttccgccatatataaaatcataatgtaagaatttaaaaacagcaaaaaaataaactgtcagattatcttatttatgcatgcgtttaagaacaaataaaagtttatgccccaaagaatcttgggcatttagaccgttgacaagagtataagtggagcgtagccgggaaacgattaactcttgggtagagattg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctctacccagttaatcgttcccgctacgctccactattA-TTTTGAA---GA-C-GTT--GACA-G--C---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGGA-C-GA-T--AGAC-T-C--g
gi|5                          :                                ctcACCG--CTGTC--AAC-GTCTT--CAAAATATGTCA---GTACAC-C--GGTGGA-CATCG-C-G-CAG---G--AA-T--A-TGAT---CCGTTGTA-AAGT---GG-TTA-AATC-A--A-AC----ATA-T-TGA----TTGT-AA----T---C--C-A-G-ATA-----------T----ATAA-TG--C------ATA-CT--GT--A-----ATG------A--TT-T------AAAA-----------A-------------CAA-----A--AATAAA----C-----GGTCA-A-------TTAT-TAAAT---TT--AT--G-ATAC-A-TT--A--G--A-AAATA-AA-------GG-T---T--TGC--C-------A-G--AATCT-G---TG--C--TTT---A---GA-C-GTT--GACATG--A---GG---ATA---T--G-TGG--ATG------CGT-AGGC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATatgtcagtacaccggtggacatcgcgcaggaatatgatccgttgtaaagtggttaaatcaaacatattgattgtaatccagatatataatgcatactgtaatgatttaaaaacaaaaataaacggtcaattattaaatttatgatacattagaaaataaaggtttgccagaatctgtgctttagacgttgacatgaggatatgtggatgcgtaggcgggaacgataactctggtagagat
gi|6                          : ctcgagtctatcgtccccgctacgctccacttatATCT--CTACC--CAGAGTCTG--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGC-CA-CG-C-G-TAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-TT--GT--A-----A-G------A--TT-T------AACA----------CA-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA----T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-TA-A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATT
gi|7                          :                                                                            AAAC-T--GG-AGA-CA-CG-C-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAATA-CAG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--C---T--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T------AAAA----------CAC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ATAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAT-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------TGT-A-GCT-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGA--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GCA-A-AG-AGATg
gi|8                          :                                   ACCT--CTGTC--AACA-TCTA--AAAAATA-GTCC---G-AAAC-C--GG-AGA-CA-C------CA-------AATA--AATAAA---A----GAA-AAATA-CGG-TTA-AG-C-A--A-TT----ATATC-TGA----TT-T-AATT--T---C--CAA-T-ACA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-A------A--TT-T------AAAA----------CACACACACACACACAAATAAATA--AATAAAA--CT-----GGTTA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--A-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-aaatagtccgaaaccggagacaccaaataaataaaagaaaaatacggttaagcaattatatctgatttaatttccaatacataaatcatactgtaaaatttaaaacacacacacacacacaaataaataaataaaactggttaattatttatttataatgcattagacaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atctctttgcagagttatcgttcccgctacgcttcacttat-ATA---A--G-TGA--A------------A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATT
gi|9                          :                                   cCCG--CTTTC--ACTTATGTA--AAAAATA-GTCC---A--AAC-C--GG-AGA-CA-CG-C-G-CAG---G--AG-A--AATAAT---TCGTTGTA-AAGTA-CGGTTTA-AA-C-A--G-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C----------A-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-A------AAAA----------CAC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTAA-A-------TTAT-T-TAT---TT--GT--G-ATGC-A-TT--A--G--AC-AATA-AA-------gtaaaaaatagtccaaaccggagacacgcgcaggagaaataattcgttgtaaagtacggtttaaacagacatatttgatttaatttcataaatcatactgtaagattaaaaacacaaaaaataaaactggtaaattatttatttgtgatgcattagacaataaa





Alignments
lowQualScore                  :                                              11                        11111                            111                                                                                  111            2222222222222222      111 111111                     111111              4444444444444444444444444444                                  1111111                                                  1111111        11      111111111111     11111                                 111111                                                                                
lowQualScore                  :                                       66     11   666    66    1  4    66666    3 55  7   3  3 3  3 3   000 55  3 55   3  666        3     7   3   3  6 3 44 33 7777     3   7777  3 3    44 555 44 6 3 3   3333333333333333 3  3 000 000000   3  55  55 99999 3 444444 88  3   999  0000000000000000000000000000   88888 44       44  99999     7 1111111    3 3   555  44  44 6    3 3  99 44 77       3  1111111    777 55   66 222222222222     77777  55  2   888 555  666   33    2 000000  2 7   333 33 2   33 4 666666   4 4  77     2 2  4 77 2  2 2 55 2   2 2  2     
lowQualScore                  :                                       ..     ..   ...    ..    .  .    .....    . ..  .   .  . .  . .   ... ..  . ..   .  ...        .     .   .   .  . . .. .. ....     .   ....  . .    .. ... .. . . .   ................ .  . ... ......   .  ..  .. ..... . ...... ..  .   ...  ............................   ..... ..       ..  .....     . .......    . .   ...  ..  .. .    . .  .. .. ..       .  .......    ... ..   .. ............     .....  ..  .   ... ...  ...   ..    . ......  . .   ... .. .   .. . ......   . .  ..     . .  . .. .  . . .. .   . .  .     
lowQualScore                  :                                       99     99   000    11    9  4    77777    6 00  3   6  6 6  6 6   000 00  6 00   6  444        6     3   3   3  7 3 66 88 1111     3   1111  3 3    66 888 66 7 3 3   2222222222222222 6  6 000 555555   6  00  00 11111 6 111111 66  6   222  6666666666666666666666666666   33333 66       66  11111     3 8888888    6 6   888  66  66 7    3 3  22 66 99       3  8888888    888 00   11 666666666666     99999  55  9   999 000  222   99    7 333333  7 5   999 22 4   22 7 888888   4 4  55     2 2  4 55 2  2 2 33 4   4 4  4     
consensus                     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
Reference ( family-1314 )     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CA-G--AAAGGG-T-ATA---ATAG-TG---A-GTATTGTCGTTA-GC--GGGAAAC-GA-TT-A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AG
gi|1                          :                                                                            TAAACAC--GG-AGAACA-C-GC-G-CAGCTTG--AA-ATAAATTATATCCCATTGTA-AAGTA-AGG-TTA-CA-C-ATTA-AC----ATATTGTGA----TT-T-AACTCTT---CGAC-A-TTATA-----------G----A-AACT---C------ATA-ATTAGT--A-----A-G------AATCT-TAA---AA----C---------G-------------CAA-----A--AATAGAATACT-----GGTCA-A-------TTTT-T-TAT---TT--AT--GGATGC-A-CTTAA--GGAACAAATATAA-------AGTT---T---AC--C---A---AAG--AATCTCT---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--GTTGG--A-G------CTT-A-GC--GGGAA-C-GA-TAAA-ACATAC--T-GGT-A-AG-AGATTattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacactaaacacggagaacacgcgcagcttgaaataaattatatcccattgtaaagtaaggttacacattaacatattgtgatttaactcttcgacattatagaaactcataattagtaagaatcttaaaacgcaaaaatagaatactggtcaattttttatttatggatgcacttaaggaacaaatataaagtttaccaaagaatctctggcatttagaggttgacagaggtataagttggagcttagcgggaacgataaaacatactggtaagagattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctctacccagagttaatcgtttcccgctaacgacaatactcactattataccctttctgattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacacT---T--TGC--C---A---A------TCTCT---GGACTA-TTTTT-A---GA-TAGCTCCGACA-GCCA---GG-TTATA---A--G-TGA--AAG------CGTTA-GCC-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--TCGGGTT-AGAAGATTg
gi|10                         :                                   ACCTGGCTGTCGGAGCTA-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGAGAT-T--GGCAAA-TA-T-TCTG-CGGA--G--AG-A--AATA------CG-------------GG-TTA-AA-C-A--A-CC----ATATT-TAA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T------AA-T---C------ATA-CT--GTAAA-----A-G------A--TT-TAA---AA----C-----------------------AAA-----A--AATAAAA--tattctgcggagagaaatacgggttaaacaaccatatttaatttaatttccatatataatcatactgtaaaagatttaaaacaaaaaataaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatcttctaacccgagagttatcgttcccggctaacgctttcacttataAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAACTG-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAC-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GGCA-G--A---GG-T-TT---------TGT--A-G------CGC-A-GC--TGG
gi|12                         :                                                                                                                                               G-TTA-AATC-A--A-----------T-CGA----TT-T-AATT--T---C--CCG-T-TTC-----------T----A-AA-T---C------ATA-CA--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---GA----C---------A-------------CAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TG--AT--A-ATGC-A-TT--A--C--ACAAATA-AA-------tgagagattgctttgtggggtgtctgggact
gi|13                         :                                  cACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGACAC-C--GG-AGA-CA-C-AT-G-C-G---G--AG-A--AAT---------TTATA----TA-CGA-TCA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               AA---AA----T---------A-------------AAA-----ATAAATAAAA--TT-----GGTTA-A-------TCAT-T-TAT---TT--CT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agataTA---A--G-TGG--A-G------CGT-A--C--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-CTGT-GGG-T-AG-AGATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA---A--G-TGG--A-T------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATTgggttt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               c-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-TAATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC---GGAA-C-GA-T----AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTc
gi|2                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---TTAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-GCCAG---GAAAA-A--AATAAT---CCGTTGT--TAGTATCGG-GTATAA-CAA--A-AC----AT-TT-TGATTTTTT-T-AATT--TC--C--C-ACT-GTATTGATTTCAGTT----A-AA-T---CTATTAGATACCT--GT--ATTTATA-GGATAGTA--TTATAAG--AA----CACCCAACACA-------------AAA-----A--AGTAAAA--CTCACTAGGTCATAATCTAACTTAT-T-AAT---TTGAATTAG-ATGC-GTTT--ATTG--ACACATA-AATATTAATAGTTACGTTGTGC--C---A---A-AGTAATCT-TGCGGG--CT-TTT---ATAGGA-C-G-T--GACA-GAAA---GGTT-ATA---aaatagtccttaaaccggagacacgcgccaggaaaaaaataatccgttgttagtatcgggtataacaaaacattttgatttttttaatttcccactgtattgatttcagttaaatctattagatacctgtatttataggatagtattataagaacacccaacacaaaaaagtaaaactcactaggtcataatctaacttattaatttgaattagatgcgtttattgacacataaatattaatagttacgttgtgccaaagtaatcttgcgggcttttataggacgtgacagaaaggttata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatctctacccagagtatcgttccgctacgctccacttattTTT-T---GG-------T---A---GATC-GTT--GACA-G--A---AC-C-TTATCTA--G-TGGTGA-G------CGT-AAGC--G--AA-CTGA-T--A-AC-T-C--T-GGG-TCAG-AGA
gi|3                          :                                    acT--CTGTC--AAC-GATCTACCAAAAATA-GTCTCG-ATAA-C-CTTGG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTAGAAGTA-CGG---A-AA-C-A--G-GCACATATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-ATA-----------CTGCAA-AA-TCTCC------AC--CT--GT--C-----A-G------AT-TT-TAACTGAA----C---------AC------------AAA-----A--AATATAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TATTTCTT--AT--G--TGCGA-TT--G--G--ACAAAAT-AA-------AGTT---TG-TGCAAC---ACTTG-G--ACTCC-TTG-GG--CATTTT---A---GA-C-ATT--GAGC-G--AGTGGG-TGATA---A--G-TGG--A-G-------GT----T--GGGAA-C-GA----A-AA-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTatagtctcgataaccttggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtagaagtacggaaacaggcacatatatttgatttaatttcccatatactgcaaaatctccacctgtcagattttaactgaacacaaaaaatataactggtcaattatttatttcttatgtgcgattggacaaaataaagtttgtgcaacacttggactccttgggcattttagacattgagcgagtgggtgataagtggaggttgggaacgaaaatctgggtagagattg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actctctgacccagagttatcagttcgcttacgctcaccactagataaggt-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-AAT---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GATT--A-A----C--T-GGG-T-AG-AGg
gi|4                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCCTTTATAAAC-G--GG-AGA-CA-CGGC-A-CAG---A--AA-A--AAT-AT---CCGTTGTA-AAGTACCGG-TTA-AA-C-A--ACAC----ATTTT-TGA----TT-TAAATT--TCCGC--C-A-T-ATA-----------TA---A-AA-T---C------ATA-AT--GT--A-----A-GA-----A--TT-TAA---AAACAGC---------A-------------AAA-----A--AAT-AAA--CT------GTCAGA-------TTATCT-TAT---TT--AT--GCATGC-G-TTTAA--GA-ACAAATA-AA-------AGTT---TA-TGC--CCCAA---A-G--AATCT-TG--GG--CA-TTT---A---GACC-GTT--GACA-A--G---AG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GCCGGGAAA-C-GATT--A-AC-T-CT-T-GGG-T-AG-AGATTaaatagtcctttataaacgggagacacggcacagaaaaaatatccgttgtaaagtaccggttaaacaacacatttttgatttaaatttccgccatatataaaatcataatgtaagaatttaaaaacagcaaaaaaataaactgtcagattatcttatttatgcatgcgtttaagaacaaataaaagtttatgccccaaagaatcttgggcatttagaccgttgacaagagtataagtggagcgtagccgggaaacgattaactcttgggtagagattg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctctacccagttaatcgttcccgctacgctccactattA-TTTTGAA---GA-C-GTT--GACA-G--C---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGGA-C-GA-T--AGAC-T-C--g
gi|5                          :                                ctcACCG--CTGTC--AAC-G-TCTT--CAAAATATGTCA---GTACAC-C--GGTGGA-CATC-GC-G-CAG---G--AA-T--A-TGAT---CCGTTGTA-AAGT---GG-TTA-AATC-A--A-AC----ATA-T-TGA----TTGT-AA----T---C--C-A-G-ATA-----------T----ATAA-TG--C------ATA-CT--GT--A-----ATG------A--TT-TAA---AA--------------A-------------CAA-----A--AATAAA----C-----GGTCA-A-------TTAT-TAAAT---TT--AT--G-ATAC-A-TT--A--G--A-AAATA-AA-------GG-T---T--TGC--C-------A-G--AATCT-G---TG--C--TTT---A---GA-C-GTT--GACATG--A---GG---ATA---T--G-TGG--ATG------CGT-AGGC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATatgtcagtacaccggtggacatcgcgcaggaatatgatccgttgtaaagtggttaaatcaaacatattgattgtaatccagatatataatgcatactgtaatgatttaaaaacaaaaataaacggtcaattattaaatttatgatacattagaaaataaaggtttgccagaatctgtgctttagacgttgacatgaggatatgtggatgcgtaggcgggaacgataactctggtagagat
gi|6                          : ctcgagtctatcgtccccgctacgctccacttatATCT--CTACCC-AGA-G-TCTG--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGC-CA-C-GC-G-TAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-TT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---CA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA----T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-TA-A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATT
gi|7                          :                                                                             AAAC-T--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAATA-CAG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--C---T--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------AC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ATAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAT-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------TGT-A-GCT-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGA--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GCA-A-AG-AGATg
gi|8                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAAATA-GTCC---G-AAAC-C--GG-AGA-CA-C------CA-------AATA--AATAAA---A----GAA-AAATA-CGG-TTA-AG-C-A--A-TT----ATATC-TGA----TT-T-AATT--T---C--CAA-T-ACA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-A------A--TT-TAA---AA----C---------ACACACACACACACAAATAAATA--AATAAAA--CT-----GGTTA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--A-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-aaatagtccgaaaccggagacaccaaataaataaaagaaaaatacggttaagcaattatatctgatttaatttccaatacataaatcatactgtaaaatttaaaacacacacacacacacaaataaataaataaaactggttaattatttatttataatgcattagacaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atctctttgcagagttatcgttcccgctacgcttcacttat-ATA---A--G-TGA--A------------A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATT
gi|9                          :                                                       cTA--AAAAATA-GTCC---A--AAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AG-A--AATAAT---TCGTTGTA-AAGTA-CGGTTTA-AA-C-A--G-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C----------A-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-AAA---AA----C---------AC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTAA-A-------TTAT-T-TAT---TT--GT--G-ATGC-A-TT--A--G--AC-AATA-AA-------gtaaaaaatagtccaaaccggagacacgcgcaggagaaataattcgttgtaaagtacggtttaaacagacatatttgatttaatttcataaatcatactgtaagattaaaaacacaaaaaataaaactggtaaattatttatttgtgatgcattagacaataaa





Alignments
lowQualScore                  :                                              11                        11111                            111                                                                                  111            2222222222222222      111 111111                     111111              4444444444444444444444444444                                  1111111                                                  1111111        11      111111111111     11111                                 111111                                                                                
lowQualScore                  :                                       66     11   666    66    1  4    66666    3 55  7   3  3 3  3 3   000 55  3 55   3  666        3     7   3   3  6 3 44 33 7777     3   7777  3 3    44 555 44 6 3 3   3333333333333333 3  3 000 000000   3  55  55 99999 3 444444 88  3   999  0000000000000000000000000000   88888 44       44  99999     7 1111111    3 3   555  44  44 6    3 3  99 44 77       3  1111111    777 55   66 222222222222     77777  55  2   888 555  666   33    2 000000  2 7   333 33 2   33 4 666666   4 4  77     2 2  4 77 2  2 2 55 2   2 2  2     
lowQualScore                  :                                       ..     ..   ...    ..    .  .    .....    . ..  .   .  . .  . .   ... ..  . ..   .  ...        .     .   .   .  . . .. .. ....     .   ....  . .    .. ... .. . . .   ................ .  . ... ......   .  ..  .. ..... . ...... ..  .   ...  ............................   ..... ..       ..  .....     . .......    . .   ...  ..  .. .    . .  .. .. ..       .  .......    ... ..   .. ............     .....  ..  .   ... ...  ...   ..    . ......  . .   ... .. .   .. . ......   . .  ..     . .  . .. .  . . .. .   . .  .     
lowQualScore                  :                                       99     99   000    11    9  4    77777    6 00  3   6  6 6  6 6   000 00  6 00   6  444        6     3   3   3  7 3 66 88 1111     3   1111  3 3    66 888 66 7 3 3   2222222222222222 6  6 000 555555   6  00  00 11111 6 111111 66  6   222  6666666666666666666666666666   33333 66       66  11111     3 8888888    6 6   888  66  66 7    3 3  22 66 99       3  8888888    888 00   11 666666666666     99999  55  9   999 000  222   99    7 333333  7 5   999 22 4   22 7 888888   4 4  55     2 2  4 55 2  2 2 33 4   4 4  4     
consensus                     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
Reference ( family-1314 )     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CA-G--AAAGGG-T-ATA---ATAG-TG---A-GTATTGTCGTTA-GC--GGGAAAC-GA-TT-A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AG
gi|1                          :                                                                            TAAACAC--GG-AGAACA-C-GC-G-CAGCTTG--AA-ATAAATTATATCCCATTGTA-AAGTA-AGG-TTA-CA-C-ATTA-AC----ATATTGTGA----TT-T-AACTCTT---CGAC-A-TTATA-----------G----A-AACT---C------ATA-ATTAGT--A-----A-G------AATCT-TAA---AA----C---------G-------------CAA-----A--AATAGAATACT-----GGTCA-A-------TTTT-T-TAT---TT--AT--GGATGC-A-CTTAA--GGAACAAATATAA-------AGTT---T---AC--C---A---AAG--AATCTCT---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--GTTGG--A-G------CTT-A-GC--GGGAA-C-GA-TAAA-ACATAC--T-GGT-A-AG-AGATTattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacactaaacacggagaacacgcgcagcttgaaataaattatatcccattgtaaagtaaggttacacattaacatattgtgatttaactcttcgacattatagaaactcataattagtaagaatcttaaaacgcaaaaatagaatactggtcaattttttatttatggatgcacttaaggaacaaatataaagtttaccaaagaatctctggcatttagaggttgacagaggtataagttggagcttagcgggaacgataaaacatactggtaagagattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctctacccagagttaatcgtttcccgctaacgacaatactcactattataccctttctgattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacacT---T--TGC--C---A---A------TCTCT---GGACTA-TTTTT-A---GA-TAGCTCCGACA-GCCA---GG-TTATA---A--G-TGA--AAG------CGTTA-GCC-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--TCGGGTT-AGAAGATTg
gi|10                         :                                   ACCTGGCTGTCGGAGCTA-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGAGAT-T--GGCAAA-TA-T-TCTG-CGGA--G--AG-A--AATA------CG-------------GG-TTA-AA-C-A--A-CC----ATATT-TAA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T------AA-T---C------ATA-CT--GTAAA-----A-G------A--TT-TAA---AA----C-----------------------AAA-----A--AATAAAA--tattctgcggagagaaatacgggttaaacaaccatatttaatttaatttccatatataatcatactgtaaaagatttaaaacaaaaaataaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatcttctaacccgagagttatcgttcccggctaacgctttcacttataAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAACTG-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAC-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GGCA-G--A---GG-T-TT---------TGT--A-G------CGC-A-GC--TGG
gi|12                         :                                                                                                                                               G-TTA-AATC-A--A-----------T-CGA----TT-T-AATT--T---C--CCG-T-TTC-----------T----A-AA-T---C------ATA-CA--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---GA----C---------A-------------CAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TG--AT--A-ATGC-A-TT--A--C--ACAAATA-AA-------tgagagattgctttgtggggtgtctgggact
gi|13                         :                                  cACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGACAC-C--GG-AGA-CA-C-AT-G-C-G---G--AG-A--AAT---------TTATA----TA-CGA-TCA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               AA---AA----T---------A-------------AAA-----ATAAATAAAA--TT-----GGTTA-A-------TCAT-T-TAT---TT--CT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agataTA---A--G-TGG--A-G------CGT-A--C--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-CTGT-GGG-T-AG-AGATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA---A--G-TGG--A-T------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATTgggttt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               c-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-TAATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC---GGAA-C-GA-T----AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTc
gi|2                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---TTAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-GCCAG---GAAAA-A--AATAAT---CCGTTGT--TAGTATCGG-GTATAA-CAA--A-AC----AT-TT-TGATTTTTT-T-AATT--TC--C--C-ACT-GTATTGATTTCAGTT----A-AA-T---CTATTAGATACCT--GT--ATTTATA-GGATAGTA--TTATAAG--AA----CACCCAACACA-------------AAA-----A--AGTAAAA--CTCACTAGGTCATAATCTAACTTAT-T-AAT---TTGAATTAG-ATGC-GTTT--ATTG--ACACATA-AATATTAATAGTTACGTTGTGC--C---A---A-AGTAATCT-TGCGGG--CT-TTT---ATAGGA-C-G-T--GACA-GAAA---GGTT-ATA---aaatagtccttaaaccggagacacgcgccaggaaaaaaataatccgttgttagtatcgggtataacaaaacattttgatttttttaatttcccactgtattgatttcagttaaatctattagatacctgtatttataggatagtattataagaacacccaacacaaaaaagtaaaactcactaggtcataatctaacttattaatttgaattagatgcgtttattgacacataaatattaatagttacgttgtgccaaagtaatcttgcgggcttttataggacgtgacagaaaggttata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatctctacccagagtatcgttccgctacgctccacttattTTT-T---GG-------T---A---GATC-GTT--GACA-G--A---AC-C-TTATCTA--G-TGGTGA-G------CGT-AAGC--G--AA-CTGA-T--A-AC-T-C--T-GGG-TCAG-AGA
gi|3                          :                                    acT--CTGTC--AAC-GATCTACCAAAAATA-GTCTCG-ATAA-C-CTTGG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTAGAAGTA-CGG---A-AA-C-A--G-GCACATATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-ATA-----------CTGCAA-AA-TCTCC------AC--CT--GT--C-----A-G------AT-TT-TAACTGAA----C---------AC------------AAA-----A--AATATAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TATTTCTT--AT--G--TGCGA-TT--G--G--ACAAAAT-AA-------AGTT---TG-TGCAAC---ACTTG-G--ACTCC-TTG-GG--CATTTT---A---GA-C-ATT--GAGC-G--AGTGGG-TGATA---A--G-TGG--A-G-------GT----T--GGGAA-C-GA----A-AA-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTatagtctcgataaccttggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtagaagtacggaaacaggcacatatatttgatttaatttcccatatactgcaaaatctccacctgtcagattttaactgaacacaaaaaatataactggtcaattatttatttcttatgtgcgattggacaaaataaagtttgtgcaacacttggactccttgggcattttagacattgagcgagtgggtgataagtggaggttgggaacgaaaatctgggtagagattg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actctctgacccagagttatcagttcgcttacgctcaccactagataaggt-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-AAT---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GATT--A-A----C--T-GGG-T-AG-AGg
gi|4                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCCTTTATAAAC-G--GG-AGA-CA-CGGC-A-CAG---A--AA-A--AAT-AT---CCGTTGTA-AAGTACCGG-TTA-AA-C-A--ACAC----ATTTT-TGA----TT-TAAATT--TCCGC--C-A-T-ATA-----------TA---A-AA-T---C------ATA-AT--GT--A-----A-GA-----A--TT-TAA---AAACAGC---------A-------------AAA-----A--AAT-AAA--CT------GTCAGA-------TTATCT-TAT---TT--AT--GCATGC-G-TTTAA--GA-ACAAATA-AA-------AGTT---TA-TGC--CCCAA---A-G--AATCT-TG--GG--CA-TTT---A---GACC-GTT--GACA-A--G---AG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GCCGGGAAA-C-GATT--A-AC-T-CT-T-GGG-T-AG-AGATTaaatagtcctttataaacgggagacacggcacagaaaaaatatccgttgtaaagtaccggttaaacaacacatttttgatttaaatttccgccatatataaaatcataatgtaagaatttaaaaacagcaaaaaaataaactgtcagattatcttatttatgcatgcgtttaagaacaaataaaagtttatgccccaaagaatcttgggcatttagaccgttgacaagagtataagtggagcgtagccgggaaacgattaactcttgggtagagattg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctctacccagttaatcgttcccgctacgctccactattA-TTTTGAA---GA-C-GTT--GACA-G--C---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGGA-C-GA-T--AGAC-T-C--g
gi|5                          :                                ctcACCG--CTGTC--AAC-G-TCTT--CAAAATATGTCA---GTACAC-C--GGTGGA-CATC-GC-G-CAG---G--AA-T--A-TGAT---CCGTTGTA-AAGT---GG-TTA-AATC-A--A-AC----ATA-T-TGA----TTGT-AA----T---C--C-A-G-ATA-----------T----ATAA-TG--C------ATA-CT--GT--A-----ATG------A--TT-TAA---AA--------------A-------------CAA-----A--AATAAA----C-----GGTCA-A-------TTAT-TAAAT---TT--AT--G-ATAC-A-TT--A--G--A-AAATA-AA-------GG-T---T--TGC--C-------A-G--AATCT-G---TG--C--TTT---A---GA-C-GTT--GACATG--A---GG---ATA---T--G-TGG--ATG------CGT-AGGC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATatgtcagtacaccggtggacatcgcgcaggaatatgatccgttgtaaagtggttaaatcaaacatattgattgtaatccagatatataatgcatactgtaatgatttaaaaacaaaaataaacggtcaattattaaatttatgatacattagaaaataaaggtttgccagaatctgtgctttagacgttgacatgaggatatgtggatgcgtaggcgggaacgataactctggtagagat
gi|6                          : ctcgagtctatcgtccccgctacgctccacttatATCT--CTACCC-AGA-G-TCTG--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGC-CA-C-GC-G-TAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-TT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---CA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA----T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-TA-A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATT
gi|7                          :                                                                             AAAC-T--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAATA-CAG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--C---T--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------AC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ATAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAT-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------TGT-A-GCT-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGA--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GCA-A-AG-AGATg
gi|8                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAAATA-GTCC---G-AAAC-C--GG-AGA-CA-C------CA-------AATA--AATAAA---A----GAA-AAATA-CGG-TTA-AG-C-A--A-TT----ATATC-TGA----TT-T-AATT--T---C--CAA-T-ACA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-A------A--TT-TAA---AA----C---------ACACACACACACACAAATAAATA--AATAAAA--CT-----GGTTA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--A-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-aaatagtccgaaaccggagacaccaaataaataaaagaaaaatacggttaagcaattatatctgatttaatttccaatacataaatcatactgtaaaatttaaaacacacacacacacacaaataaataaataaaactggttaattatttatttataatgcattagacaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atctctttgcagagttatcgttcccgctacgcttcacttat-ATA---A--G-TGA--A------------A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATT
gi|9                          :                                                       cTA--AAAAATA-GTCC---A--AAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AG-A--AATAAT---TCGTTGTA-AAGTA-CGGTTTA-AA-C-A--G-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C----------A-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-AAA---AA----C---------AC------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTAA-A-------TTAT-T-TAT---TT--GT--G-ATGC-A-TT--A--G--AC-AATA-AA-------gtaaaaaatagtccaaaccggagacacgcgcaggagaaataattcgttgtaaagtacggtttaaacagacatatttgatttaatttcataaatcatactgtaagattaaaaacacaaaaaataaaactggtaaattatttatttgtgatgcattagacaataaa


blockSeqs                     :                                       .      C    GA     CC    A  T    TTTAT    . TT  C   .  T G  T C   A   AA  T .    A  .          G     T   T   T  T A .  CA ACAT     .   TTTT  G A    .  CCG .  C C .   TTGATTTCAGTT     T  . CTC TATTAG   C  .   AA TTTAT T GATAGT T   A   CTG  CACACACACACACAC                TAAAT TA       .   CACTA     T ATCTAAC    C A   TTC  GA  TA C    G T  TA TT A        .  TATTAAT    ACG TG   AA ACTTGG           TGCG   AC  T   TGA TAG  TA    CC    T AGTG    T T   TCT .  T   TG A .        T A  CG     . T  T AA G  A A TG C   T C  A
blockSeqs                     :                                       .      .    A      .     A  .    CGAT     . .   T   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     C   .   .  T . .  C  .        .   .     . .    .  C   .  A . .   CTGCA            .  . G   .        .  .   .  .     . A      .   .   G    CACCCAACACA                    .     .        .   .         G .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   G    .  CCAAAG           TTG    .   .   TT  .    TC    .     . CCA     . A   .   .  .   .  T .        . G  C      . .  T A  .  . . T  .   . .  .
blockSeqs                     :                                       .      .    G      .     A  .    AG       . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  C   .  . . .   TA               .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    ACAGCA                         .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   A    .  AAAGT            CT     .   .   .   .    CC    .     . AAA     . G   .   .  .   .  . .        . .  T      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                       .      .    G      .     A  .    TT       . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    G  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  C   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    CAC                            .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   .    .  AAG              TG     .   .   .   .    G     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                       .      .    G      .     A  .    GT       . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     .   .   .  . . .  G  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    CAC                            .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   .    .  AAG              T      .   .   .   .    C     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                       .      .    G      .     A  .    AT       . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    CAC                            .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   .    .  AAG              T      .   .   .   .    C     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                       .      .    A      .     A  .    G        . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    CA                             .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   .    .  AA               G      .   .   .   .    C     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                          .     .  .    A        . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    A  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    TA                             .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .          .   .    .  AG               T      .   .   .   .    C     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                 . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    .  .          .     .   .   .  . . .  T  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    CA                             .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .                                       T      .   .   .   .    C     .     . G       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                 . .   .   .  . .  . .   .   .   . .    .  .          .     .   .   .  . . .  A  .        .   .     . .    .  .   .  . . .   T                .  . .   .        .  .   .  .     . .      .   .   .    C                              .     .        .   .         . .          . .   .    .   .  .    . .  .  .  .        .  .                                                  .   .   .    C     .     . C       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .   .  . . .  .  .        .   .     . .    .  .   .  . . .                                                                       .    A                              .     .        .                                .    .   .  .    . .  .  .  .        .                                                     .   .   .    C     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .   .   .    G     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .   .   .    T     .     . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         . A       . .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .   .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .   .  .   .  . .        . .  .      . .  . .  .  . . .  .   . .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .                        . .  .      . .  . .  .  . . .            


blockSeqCons                  :                                       **     **   G**                                                   ***       **      ***                             **                              **     **                                               **                    **           CAC*************************                  **                                                     **    **                                 AAG*********     T****                                 A*****            **          ******                      **
originalCons                  :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AA----C---------A-------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
finalCons                     :                                   ACCT--CTGTC--AACG--TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGG-TTA-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-TAA---AACAC-------------------------AAA-----A--AATAAAA--CT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--CAAG---------AATCTT----GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-GA-----GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT





Alignments
lowQualScore                  :                                              11                        11111                            111                                                                                  111            2222222222222222      111 111111                     111111          11111111       2222222222222222                           1111111                                                  1111111        11      111111111111     11111                                 111111                                                                                
lowQualScore                  :                                       66     11   666    66    1  4    66666    3 55  7   3  3 3  3 3   000 55  3 55   3  666        3     7     3 3  6 3 44 33 7777     3   7777  3 3    44 555 44 3 6 3   3333333333333333 3  3 000 000000   3  55  55 99999 3 444444 88  3 3  77777777    3  2222222222222222  6  3 3       99999     7 1111111    3 3   555  44  44 6    3 3  99 44 77       3  1111111    777 55   66 222222222222     77777  55  2   888 555  666   33    2 000000  2 7   333 33 2   33 4 666666   4 4  77     2 2  4 77 2  2 2 55 2   2 2  2     
lowQualScore                  :                                       ..     ..   ...    ..    .  .    .....    . ..  .   .  . .  . .   ... ..  . ..   .  ...        .     .     . .  . . .. .. ....     .   ....  . .    .. ... .. . . .   ................ .  . ... ......   .  ..  .. ..... . ...... ..  . .  ........    .  ................  .  . .       .....     . .......    . .   ...  ..  .. .    . .  .. .. ..       .  .......    ... ..   .. ............     .....  ..  .   ... ...  ...   ..    . ......  . .   ... .. .   .. . ......   . .  ..     . .  . .. .  . . .. .   . .  .     
lowQualScore                  :                                       99     99   000    11    9  4    77777    6 00  3   6  6 6  6 6   000 00  6 00   6  444        6     3     3 3  7 3 66 88 1111     3   1111  3 3    66 888 66 3 7 3   2222222222222222 6  6 000 555555   6  00  00 11111 6 111111 66  6 3  99999999    3  1111111111111111  7  3 3       11111     3 8888888    6 6   888  66  66 7    3 3  22 66 99       3  8888888    888 00   11 666666666666     99999  55  9   999 000  222   99    7 333333  7 5   999 22 4   22 7 888888   4 4  55     2 2  4 55 2  2 2 33 4   4 4  4     
consensus                     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGGTT-A-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T-AA--------AACA-CA----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
Reference ( family-1314 )     :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGGTT-A-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T-AA--------AACA-CA----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATCT-T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CA-G--AAAGGG-T-ATA---ATAG-TG---A-GTATTGTCGTTA-GC--GGGAAAC-GA-TT-A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AG
gi|1                          :                                                                            TAAACAC--GG-AGAACA-C-GC-G-CAGCTTG--AA-ATAAATTATATCCCATTGTA-AAGTA-AGGTT-A-CA-C-ATTA-AC----ATATTGTGA----TT-T-AACTCTT---CGAC-A-TTATA-----------G----A-AACT---C------ATA-ATTAGT--A-----A-G------AATCT-T-AA--------AACG-CA----------------AA-AATA-GAATACT-----GGTCA-A-------TTTT-T-TAT---TT--AT--GGATGC-A-CTTAA--GGAACAAATATAA-------AGTT---T---AC--C---A---AAG--AATCTCT---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--GTTGG--A-G------CTT-A-GC--GGGAA-C-GA-TAAA-ACATAC--T-GGT-A-AG-AGATTattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacactaaacacggagaacacgcgcagcttgaaataaattatatcccattgtaaagtaaggttacacattaacatattgtgatttaactcttcgacattatagaaactcataattagtaagaatcttaaaacgcaaaaatagaatactggtcaattttttatttatggatgcacttaaggaacaaatataaagtttaccaaagaatctctggcatttagaggttgacagaggtataagttggagcttagcgggaacgataaaacatactggtaagagattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ctctacccagagttaatcgtttcccgctaacgacaatactcactattataccctttctgattccaattcagttcgtacatattaatatagatacgacacT---T--TGC--C---A---A------TCTCT---GGACTA-TTTTT-A---GA-TAGCTCCGACA-GCCA---GG-TTATA---A--G-TGA--AAG------CGTTA-GCC-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--TCGGGTT-AGAAGATTg
gi|10                         :                                   ACCTGGCTGTCGGAGCTA-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGAGAT-T--GGCAAA-TA-T-TCTG-CGGA--G--AG-A--AATA------CG-------------GGTT-A-AA-C-A--A-CC----ATATT-TAA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T------AA-T---C------ATA-CT--GTAAA-----A-G------A--TT-T-AA--------A--A-CA----------------AA-AA-A-TAAAAtattctgcggagagaaatacgggttaaacaaccatatttaatttaatttccatatataatcatactgtaaaagatttaaaacaaaaaataaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aatcttctaacccgagagttatcgttcccggctaacgctttcacttataAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAACTG-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAC-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GGCA-G--A---GG-T-TT---------TGT--A-G------CGC-A-GC--TGG
gi|12                         :                                                                                                                                               GTT-A-AATC-A--A-----------T-CGA----TT-T-AATT--T---C--CCG-T-TTC-----------T----A-AA-T---C------ATA-CA--GT--A-----A-G------A--TT-T-AA--------GACA-C-----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TG--AT--A-ATGC-A-TT--A--C--ACAAATA-AA-------tgagagattgctttgtggggtgtctgggact
gi|13                         :                                  cACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAA-TA-GTCC---AGACAC-C--GG-AGA-CA-C-AT-G-C-G---G--AG-A--AAT---------TTATA----TA-CGATC-A-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-A
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               -AA--------AATA-AA----------------AATAA-A-TAAAATT-----GGTTA-A-------TCAT-T-TAT---TT--CT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agataTA---A--G-TGG--A-G------CGT-A--C--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-CTGT-GGG-T-AG-AGATT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TA---A--G-TGG--A-T------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATTgggttt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       c-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-TAATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC---GGAA-C-GA-T----AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTc
gi|2                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCC---TTAAAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-GCCAG---GAAAA-A--AATAAT---CCGTTGT--TAGTATCGGGT-ATAA-CAA--A-AC----AT-TT-TGATTTTTT-T-AATT--TC--C--C-ACT-GTATTGATTTCAGTT----A-AA-T---CTATTAGATACCT--GT--ATTTATA-GGATAGTA--TTAT-AAGAACACCCAACA-CA----------------AA-AA-AGTAAAACTCACTAGGTCATAATCTAACTTAT-T-AAT---TTGAATTAG-ATGC-GTTT--ATTG--ACACATA-AATATTAATAGTTACGTTGTGC--C---A---A-AGTAATCT-TGCGGG--CT-TTT---ATAGGA-C-G-T--GACA-GAAA---GGTT-ATA---aaatagtccttaaaccggagacacgcgccaggaaaaaaataatccgttgttagtatcgggtataacaaaacattttgatttttttaatttcccactgtattgatttcagttaaatctattagatacctgtatttataggatagtattataagaacacccaacacaaaaaagtaaaactcactaggtcataatctaacttattaatttgaattagatgcgtttattgacacataaatattaatagttacgttgtgccaaagtaatcttgcgggcttttataggacgtgacagaaaggttata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatctctacccagagtatcgttccgctacgctccacttattTTT-T---GG-------T---A---GATC-GTT--GACA-G--A---AC-C-TTATCTA--G-TGGTGA-G------CGT-AAGC--G--AA-CTGA-T--A-AC-T-C--T-GGG-TCAG-AGA
gi|3                          :                                    acT--CTGTC--AAC-GATCTACCAAAAATA-GTCTCG-ATAA-C-CTTGG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTAGAAGTA-CGG---A-AA-C-A--G-GCACATATATT-TGA----TT-T-AATT--TC--C--C-A-T-ATA-----------CTGCAA-AA-TCTCC------AC--CT--GT--C-----A-G------AT-TT-T-AACTG-----AACA-CA----------------AA-AA-A-TATAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TATTTCTT--AT--G--TGCGA-TT--G--G--ACAAAAT-AA-------AGTT---TG-TGCAAC---ACTTG-G--ACTCC-TTG-GG--CATTTT---A---GA-C-ATT--GAGC-G--AGTGGG-TGATA---A--G-TGG--A-G-------GT----T--GGGAA-C-GA----A-AA-T-C--T-GGG-T-AG-AGATTatagtctcgataaccttggagacacgcgcaggaaaaataatccgttgtagaagtacggaaacaggcacatatatttgatttaatttcccatatactgcaaaatctccacctgtcagattttaactgaacacaaaaaatataactggtcaattatttatttcttatgtgcgattggacaaaataaagtttgtgcaacacttggactccttgggcattttagacattgagcgagtgggtgataagtggaggttgggaacgaaaatctgggtagagattg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actctctgacccagagttatcagttcgcttacgctcaccactagataaggt-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-AAT---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GATT--A-A----C--T-GGG-T-AG-AGg
gi|4                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-G-TCTA--AAAAATA-GTCCTTTATAAAC-G--GG-AGA-CA-CGGC-A-CAG---A--AA-A--AAT-AT---CCGTTGTA-AAGTACCGGTT-A-AA-C-A--ACAC----ATTTT-TGA----TT-TAAATT--TCCGC--C-A-T-ATA-----------TA---A-AA-T---C------ATA-AT--GT--A-----A-GA-----A--TT-TAAA--------AACAGCA----------------AA-AA-A-ATAAACT------GTCAGA-------TTATCT-TAT---TT--AT--GCATGC-G-TTTAA--GA-ACAAATA-AA-------AGTT---TA-TGC--CCCAA---A-G--AATCT-TG--GG--CA-TTT---A---GACC-GTT--GACA-A--G---AG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GCCGGGAAA-C-GATT--A-AC-T-CT-T-GGG-T-AG-AGATTaaatagtcctttataaacgggagacacggcacagaaaaaatatccgttgtaaagtaccggttaaacaacacatttttgatttaaatttccgccatatataaaatcataatgtaagaatttaaaaacagcaaaaaaataaactgtcagattatcttatttatgcatgcgtttaagaacaaataaaagtttatgccccaaagaatcttgggcatttagaccgttgacaagagtataagtggagcgtagccgggaaacgattaactcttgggtagagattg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctctacccagttaatcgttcccgctacgctccactattA-TTTTGAA---GA-C-GTT--GACA-G--C---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGGA-C-GA-T--AGAC-T-C--g
gi|5                          :                                ctcACCG--CTGTC--AAC-G-TCTT--CAAAATATGTCA---GTACAC-C--GGTGGA-CATC-GC-G-CAG---G--AA-T--A-TGAT---CCGTTGTA-AAGT---GGTT-A-AATC-A--A-AC----ATA-T-TGA----TTGT-AA----T---C--C-A-G-ATA-----------T----ATAA-TG--C------ATA-CT--GT--A-----ATG------A--TT-T-AA--------AA-A-C-----------------AA-AA-A-TAAA--C-----GGTCA-A-------TTAT-TAAAT---TT--AT--G-ATAC-A-TT--A--G--A-AAATA-AA-------GG-T---T--TGC--C-------A-G--AATCT-G---TG--C--TTT---A---GA-C-GTT--GACATG--A---GG---ATA---T--G-TGG--ATG------CGT-AGGC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATatgtcagtacaccggtggacatcgcgcaggaatatgatccgttgtaaagtggttaaatcaaacatattgattgtaatccagatatataatgcatactgtaatgatttaaaaacaaaaataaacggtcaattattaaatttatgatacattagaaaataaaggtttgccagaatctgtgctttagacgttgacatgaggatatgtggatgcgtaggcgggaacgataactctggtagagat
gi|6                          : ctcgagtctatcgtccccgctacgctccacttatATCT--CTACCC-AGA-G-TCTG--AAAAATA-GTCC---ATAAAC-C--GG-AGC-CA-C-GC-G-TAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAGTA-CGGTT-A-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-TT--GT--A-----A-G------A--TT-T-AA--------CACA--A----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AA----T---GG--CA-TTT---A---GA-C-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-TA-A-AC-T-C--T--GG-T-AG-AGATT
gi|7                          :                                                                             AAAC-T--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AA-A--AATAAT---CCGTTGTA-AAATA-CAGTT-A-AA-C-A--A-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--C---T--C-A-T-ATA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-T-AA--------AACA-CA----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTCA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--G-ATGC-A-TT--A--G--ATAAATA-AA-------AGTT---T--TGC--C---A---A-G--AATAT-T---GG--CA-TTT---A---GA-G-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGG--A-G------TGT-A-GCT-GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GGG-T-AG-AGATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTT---A---GA-T-GTT--GACA-G--A---GG-T-ATA---A--G-TGA--A-G------CGT-A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GCA-A-AG-AGATg
gi|8                          :                                   ACCT--CTGTC--AAC-A-TCTA--AAAAATA-GTCC---G-AAAC-C--GG-AGA-CA-C------CA-------AATA--AATAAA---A----GAA-AAATA-CGGTT-A-AG-C-A--A-TT----ATATC-TGA----TT-T-AATT--T---C--C-AAT-ACA-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-A------A--TT-T-AA--------AACA-CACACACACACACAAATAAATAA-A-TAAAACT-----GGTTA-A-------TTAT-T-TAT---TT--AT--A-ATGC-A-TT--A--G--ACAAATA-aaatagtccgaaaccggagacaccaaataaataaaagaaaaatacggttaagcaattatatctgatttaatttccaatacataaatcatactgtaaaatttaaaacacacacacacacacaaataaataaataaaactggttaattatttatttataatgcattagacaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atctctttgcagagttatcgttcccgctacgcttcacttat-ATA---A--G-TGA--A------------A-GC--GGGAA-C-GA-T--A-AC-T-C--T-GAG-T-AG-AGATT
gi|9                          :                                                       cTA--AAAAATA-GTCC---A--AAC-C--GG-AGA-CA-C-GC-G-CAG---G--AG-A--AATAAT---TCGTTGTA-AAGTA-CGGTTTA-AA-C-A--G-AC----ATATT-TGA----TT-T-AATT--T---C----------A-----------T----A-AA-T---C------ATA-CT--GT--A-----A-G------A--TT-A-AA--------AACA-CA----------------AA-AA-A-TAAAACT-----GGTAA-A-------TTAT-T-TAT---TT--GT--G-ATGC-A-TT--A--G--AC-AATA-AA-------gtaaaaaatagtccaaaccggagacacgcgcaggagaaataattcgttgtaaagtacggtttaaacagacatatttgatttaatttcataaatcatactgtaagattaaaaacacaaaaaataaaactggtaaattatttatttgtgatgcattagacaataaa