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lowQualScore                  :            222   9999999999999999999   22 1111111111 33333 1      22     22 1    1   1  1  88   1  2  11  11   1 1 11   11  11 1 6666666   1 1  1 2  1  777 11  4 1 1 444444 11 1   1  1  4444    1  3 1   00000     1      1    
lowQualScore                  :            ...   ...................   .. .......... ..... .      ..     .. .    .   .  .  ..   .  .  ..  ..   . . ..   ..  .. . .......   . .  . .  .  ... ..  . . . ...... .. .   .  .  ....    .  . .   .....     .      .    
lowQualScore                  :            888   5555555555555555555   11 9999999999 77777 5      00     00 5    4   3  3  99   4  8  77  77   2 2 77   77  77 3 2222222   3 3  3 7  4  555 99  1 4 4 333333 88 3   4  4  6666    5  0 5   88888     5      7    
consensus                     :  AGTCAGTAGC---AAATCNA------------A-AAAG--C---G-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAN-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGT
Reference ( gi|7 )            :  AGTCAGTAGC---AAACCCA------------A-CAAG--C---G-----CG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAA-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-G-------AAC-C-CC-T-AT-AA--GG--AA-T-A-CA-----A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----GATTAC-AATATA-CAGT
gi|14                         :  AGTCAATAGC---AAATCCA------------A--AAG--C---A-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAA-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-G-------ACC-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----AGTA-AC-G-ATT----AATTAC-AATATA-CAGT
gi|9                          :  AGTCAGTAGC---AAATCCA------------A-AAAG--T---T-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-ATG-AA-AAA-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TC--A-G-------AAG-C-CT-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AA-T-ATT----AATTAC-AATATA-CAGT
gi|11                         :  AGTCAGTAGC---AAATAAG------------A-AAAG--C---A-----TG-----A-TTCCTT--AAATA--A-GATT-GTGGAA-AAA-AGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-G-------AAC-C-CT-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-AAT----AATTAC-AATATA-CAG
gi|8                          :  AGTCAGTAGC---AAATAAA------------AACAAC--C---T-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAT-AGC-AA-AC--AG--CGG-T-C--AAT--TC--A-GT------AAC-C-CC-T-AT-AA--AG---A-T-A-C------A--A-AAT-TA-CT----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGT
gi|2                          :  AGTCAGTAGC---AAATAAA------------A--AAG--T---GATACACGTACATG-TACCTT--AGATA--A-CATT-GGG-AA-AAT-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-TC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CA
gi|6                          :  AGTCAGTAGC---AAATAAA------------A-AAAA--CC--G-----TG-----A-TACTTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAT-AAC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--GT--A-GT------GAC-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C-----------AGT-TA-CT----GGTA-AC-A-ATTTTAAAATTAC-AGTATA-CAGcag
gi|1                          :  AGTCAGTAGC---AAATACATGTAAAAAAAAAA-AAAA--A---G-----TG-----A-TACCTT--AA-TA--C-AATT-TTG-AG-CAATAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-TC-T-GT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-AAT----AATTAC-AATATA-CAGT
gi|10                         :  AGTCAGTAGC---AAATCAA------------A-AAAG--C---G-----TG-----A-TATCTT--AAATA--A-CATT--NN-NN-NNN-NNN-NN-NN--NN--NNN-N-N--NNN--NN--N-N-------NNN-N-NN-N-NN-NN--NN--NN-N-N-NN-----N--N-NNT-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAG
gi|31                         :  AGTCAGTAGG---AACTCCA------------A-AAAG--C---A-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CACT-GGG-A----------------------GA-T-C--AAT--GT--A-G-------AAC-A-CC-T-Ac
gi|26                         :  AGTCAATAGC---AAATC-A------------A-CAAG--T---G-----AT-----A-TAGTTT--AAATA--A-CAAG-GTG-AA-ATA-A-C-GA-AT--AG--TGA-T-C--AAA--TT--
gi|33                         :  AGTCAGTAGC---AAATAAA------------A-AAAA--C---C-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-ATG-AA-gttggtatatcgaatacttcccattatgatgttagaatatgc
gi|21                         :  AATCAGTAGC---ACATT-A------------A-CAAA--C---TT----CA-----A-TGC-TT--GAATA--G-CACT-GCG-AC-AAT-AGC-GA-AC--TG--TGA-T-C--AAT--TC--A-GTAAGTTAAAC-C-CTAT-AT-AAC-GGTTAATT-A-CA-----A--ATAATGTA-Ccagtg
gi|24                         :  AGTCCGCAGC---AAATC-A------------A-CAAG--G---G-----TG-----T-CAGCTTTTAAA-A--A-CAAG-GTG-AA-AAT-AGC-GA-AC--AG--TGC-C-C--GAT--CT--A-agta
gi|37                         : tAGTCAGTAGC---AA--CTA------------A-AAAAACC---A-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATcattgtaatagctcctatacatcccgctatgattttagggtat
gi|12                         :   GTCGGTAGC---AAATAAG------------A-AAAC--C---G-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-AAA-AGC-AA-AT--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-G-------AAC-C-CT-T-AT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-CA-TC----CGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGT
gi|13                         :   GTCAGAAGC---AA-TTTA------------A-AAAG--C---G-----TG-----A-TACTTT--AAATA--A-CATC-GTG-AA-AAT-AGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--ACT--TT--A-GT------AAT-A-CC-T-GT-AA--AG--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-TAGTa
gi|15                         :   GTCAGTAGC---ATATCCA------------A--AAG--C---G-----TC-----A-TACCTT--AAATA--AACATT-GTA-AA-AAA-AGC-GA-AC--AA--TGA-T-C--AA---TT--A-G-------AAC-C-CT-T-TT-AA--AG--AA-T-A-C------C--A-AAT-TA-CT----GATA-AC-A-ATC----AATTAC-AATATA-
gi|16                         :   GTCAGAAGC---AAATCCA------------A-AAGG--C---G-----TG-----A-TACCTT--AAATATAA-CATT-GTG-AA-AAA-AGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AA----T--A-G-------AA--C-CT-T-AT-AA--AG--AA-T----------A--A-AAT-TA-CC----GGTC-AA-A-ATT------CTACAAATATA-CAGTttta
gi|4                          :   GTAAGTAGCGAAAAATCCA------------A-AAAA--CAGTG-----TG-----A-TACCTT--CAATA--A-CAT--GTC-AA-AAAGAGC-GA-AC--AG--TGA-TAT--GAT--TT--AAG-------AAC-C-CC-T-TT-AA--AG--AA-T-A-CA-----A--A-A---TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATGTA-CAGTa
gi|27                         :   GTCAGCAGC---AAATCAA------------A-AAAG--C---G-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATC-GTG-AA-AAT-AGA-GA-AC--AG--TGA-T-C--ATT--TC--A-GT------AAC-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-CA-----A--A-A
gi|19                         :   GTCAGTAAC---AAATAAA------------A--AAG--C---A-----TG-----A-TGCATT--AAATC--A-TATT-GTG-AA-AGA-AGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-G-------AAA-C-CT-T-AT-AA--AA--AG-T-T-C------A--A-AAT-TG-CC----GGTA-AC-----------ATTAC-AATAAG-CAGtt
gi|17                         :     CAGTAGC---AAAT--A------------A-AAAA------G-----TG-----A-CACTTT--AATTA--A-TATT-GTG-AA-AAT-AGC-GA-AC--AA--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-TC-T-TT-AA--AG--CA-T-A-AA-----A--A-AAT-T--CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAG
gi|35                         :     CAGTAGC---AAAT--G------------A-AAAA--T---G-----TG-----A-TACCTT--AAATA--A-CATT-GTG-AA-
gi|5                          :      gaTAGC---AAATAAA------------A--AAG--C---G-----TG-----AGTAC-TT--AAATA--A-TATTAGTG-AA-AAT-AGCTGACAC--AGAATGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-T-AT-AA--AG--AAAT-AGCC-----A--A-AAT-TA-CTA---GGTATAC-A-ATT----AATTAC-AATATA-
gi|20                         :       ggtGC---AAATCAA------------A-CAAG--C---C-----TG-----C-TACTTT--AA-------CATT-GTG-AA-AAT-AGC-GA-AT--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-TC-T-AT-AA---G--AA-T-A-C------A--A-AAT-TA-TC----CGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGTtca
gi|18                         :                                   ttttG--T---G-----TG-----A-TACCTT--ACATA--A-CATT-GTG-AATAGT-AGC-AA-----AG--TGC-T-CGTGATTCTC--A-GCT-----AACTC-CC-T-AT-AATGAG--AA-T-A-CCGT---A--A-GAT-C--TC----GGTA-AT-ACATT----
gi|3                          :                                               -----CG-----A-TACATC--GAGAA--A-CATG-TTG-AA-AAT-AAC-GA-AC--A---TGACT-C--A----TT--A-G-------TAC-CTCC-T-AT-AA--AG--AAAT-A-CA-----ATCA-ACT-TAACCTGATGGTA-TC-A-ATA----AGTTAC-AATATA-atattgtcatacatgatat
gi|28                         :                                                  cagtacgtaagtaaggaaaaagctgtgaaATT-GTG-AA-AAC-AGT-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-T-GC-AA--AG--AG-T-A-C------A--T-AAT-TA-CC----GGAA-AA-C-ATT----AATTAG-AATATA-c
gi|29                         :                                                                         aatgttATT-GTG-AA-AAC-AGT-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAA-C-CC-T-GCGAA--GA--AG-T-A-C------A--T-AAT-TA--C----GGAA-AA-A-ATT----AATTG--AATATatac
gi|36                         :                                                                                     G-AA-AAT-ATC-AA-AC--AG--TGA-T-A--AAT--TT--G-GT------GAC-C-TT-T-AT-AA--GG--A
gi|25                         :                                                                                      -AA-CAA-AGT-GACACTTAG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-TTAT-AA--G---AA-T-A-CA-----A--A-ATT-CA-CT----G-TA-ACTA-ATT----AATTAC-AATATA-CAGtt
gi|30                         :                                                                       tcagagtagcaataaaaaaaaaaaaccaA-AC--AG--TGA-T-C--ATT--TT--A-G-------AAA-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-CA-----A--A-A-T-TA-CC----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGTata
gi|32                         :                                                                                                     aC--GG--TGA-T-C--A-T--TTCCA-T-------AAG-C-TC-T-AT-AA--AG--AA-T-A-CA-----A--A-A
gi|23                         :                                                                             tgtaagaaaatgttgacgataatggc--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-T-AT-AA--AG--AA-TCA-C------A--A-AAT-TA-CC----TGTA-CC-A-ATT----AATTAC-AATATAGCAGT
gi|22                         :                                                           ggtcagtagcaaataaaaaaaaaaaccaaacaaacgtgacactt--AG--TGA-T-C--AAT--TT--A-GT------AAC-C-CC-TTAT-AA--G---AA-T-A-CA-----A--A-ATT-CA-CT----G-TA-ACTA-ATT----AATTAC-AATATA-CAGa
gi|34                         :                                                                                                                   ggtcagtagcaaataaaaaaaaaaaaccaaacaaacgtgacacttA-T-A-CAGTATCA--A-AGT-TA-CT----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AATATA-CAGTat
gi|38                         :                                                                                                                                                                        -----A--A-AGT-TA-CA----GGTA-AC-A-ATT----AATTAC-AGTATat





Alignments
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lowQualScore                  :                                     1  222    00000000000000   1   99999999999   222 4444   11   11  11    1    1  2   2  1   1  2  11  11   1 1 11   11   2222 111111  222 1       2 11  2  1 1 11 333  11    11   4444    1  2 1   2222 1     4444      1    
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lowQualScore                  :                                     4  444    11111111111111   4   00000000000   333 2222   88   88  88    3    3  4   4  4   2  4  77  77   2 2 77   77   7777 888888  222 2       5 88  6  3 3 88 555  88    88   3333    4  8 4   9999 4     3333      5    
consensus                     :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-CA-----------AAA-AAG-------C---GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
Reference ( family-1276 )     :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-CN-----------AAA-AAG-------C---GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AANAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|1                          :                             AGTCAGTA-GC---AAATACATGTAAAAAAAAAAA-AAA-------A---GTG---A----TAC--CTT---A--ATAC-AATT-TT-GAGCAATAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|10                         :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-CA-----------AAA-AAG-------C---GTG---A----TAT--CTT--AA--ATAA-CATT--N-NNN-NNNNNN-NN-NN--NN--NNN-N-N--NNN--NNN----N-----NNN---N-NNNNNNN-N--NN-NN-N-N--N---NN--NNTT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAG
gi|11                         :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------GAA-AAG-------C---ATG---A----TTC--CTT--AA--ATAA-GATT-GTGGAA-AAAAGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGc
gi|12                         :                              GTCGGTA-GC---AAAT-AA-----------GAA-AAC-------C---GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-AT--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATC--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|13                         :                              GTCAGAA-GC---AA-T-TT-----------AAA-AAG-------C---GTG---A----TAC--TTT--AA--ATAA-CATC-GT-GAA-AATAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--ACT--TTA----G-----TAA---T-ACCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-TAGTa
gi|14                         :                             AGTCAATA-GC---AAAT-CC-----------AAA-A-G-------C---ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AC---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----AGTA-AC-G-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|15                         :                              GTCAGTA-GC---ATAT-CC-----------AAA-A-G-------C---GTC---A----TAC--CTT--AA--ATAAACATT-GT-AAA-AAAAGC-GA-AC--AA--TGA-T-C--AAT--T-A----G------AA---C-CCTTTTA-A--AG-AA-T-A--C---CA--AATT--ACT----GATA-AC-A-ATC----A-ATTAC----AATATA-
gi|16                         :                              GTCAGAA-GC---AAAT-CC-----------AAA-AGG-------C---GTG---A----TAC--CTT--AAATATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AA----TA----G------AA-----CCTTATA-A--AG-AA-T--------AA--AATT--ACC----GGTC-AA-A-ATT-------CTACA---AATATA-CAGTttta
gi|17                         :                                CAGTA-GC---AAAT--A-----------AAA-AAG------------TG---A----CAC--TTT--AA--TTAA-TATT-GT-GAA-AATAGC-GA-AC--AA--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTTTA-A--AG-CA-T-A--A---AA--AAAT--TCC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|18                         :                                                                   G-------T---GTG---A----TAC--CTT--AC--ATAA-CATT-GT-GAATAGTAGC-AA-----AG--TGC-T-CGTGATTCTCA----GC----TAA---CTCCCTATA-ATGAG-AA-T-A--CCGTAA--GATC---TC----GGTA-AT-ACATT----ATATTGT----CATACA-
gi|19                         :                              GTCAGTA-AC---AAAT--A-----------AAA-AAG-------C---ATG---A----TGC--ATT--AA--ATCA-TATT-GT-GAA-AGAAGC-AA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---A-CCTTATA-A--AA-AG-T-T--C---AA--AATT--GCC----GGTA-AC------------ATTAC----AATAAG-CAGtgatat
gi|2                          :                             AGTCAGTA-GC---AAAT--A-----------AAA-AAGTGATACAC---GTACATG----TAC--CTT--AG--ATAA-CATT-GG-GAA-AATAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CA
gi|20                         :                                     -GC---AAAT-CA-----------AAC-AAG-------C---CTG---C----TAC--TTT--AA-------CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-AT--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTAT--A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcag
gi|21                         :                         ttttAATCAGTA-GC---ACAT-TA-----------ACA-AAC-------T---TCA---A----TGC---TT--GA--ATAG-CACT-GC-GAC-AATAGC-GA-AC--TG--TGA-T-C--AAT--TCA----GTAAGTTAA---A-CCCTATA--------------------------------------TA-AC-G-GTT----A-ATTACAAATAATGTA-CAGT
gi|22                         :                              GTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------AAA-AAA-------------A---A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------T--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|23                         :                             gGTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------AAA-AAA-----------------A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------T--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-TCA--C---AA--AATT--ACC----TGTA-CC-A-ATT----A-ATTAC----AATATAGCAGTat
gi|24                         :                            gAGTCCGCA-GC---AAAT-C------------AAC-AAG-------G---GTG---T----CAG--CTTTTAA--A-AA-CAAG-GT-GAA-AATAGC-GA-AC--AG--TGC-C-C--GAT--CTACATTG-----TAATAGC-TCCTATA-a
gi|25                         :                                                                                                                     tAA-CAAAGT-GACACTTAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGcatcccgctatgattttagggtat
gi|26                         : tcagagtagcaataaaaaaaaaaaaccaAGTCAATA-GC---AAAT-CA-----------ACA-A-------------GTG---A----TATAGTTT--AA--ATAA-CAAG-GT-G-A-AATAAC-GA-AT--AG--TGA-T-C--AAA--TTata
gi|27                         :                              GTCAGCA-GC---AAAT-CA-----------AAA-AAG-------C---GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATC-GT-GAA-AATAGA-GA-AC--AG--TGA-T-C--ATT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--gttggtatatcgaatacttcccattatgatgttagaatatgc
gi|28                         :                                                                                                              ATT-GT-GAA-AACAGT-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTGCA-A--AG-AG-T-A--C---AT--AATT--ACC----GGAA-AA-C-ATT----A-ATTAG----AATATA-
gi|29                         :                                                                                                        aatgttATT-GT-GAA-AACAGT-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---A-CCCTGCG-A--AG-AAGT-A--C---AT--AATT--A-C----GGAA-AA-A-ATT----A-ATTG-----AATATatac
gi|3                          :                                CAGTACGT---AAGT-AAGG---------AAA-AAG-------CT--GTG---AACGATAC--ATC--GA--GAAA-CATG-TT-GAA-AATAAC-GA-AC--A---TGACT-C--A----TTA----G-----TAC---C-TCCTATA-A--AGAAA-T-A--C---AATCAACTTAACCTGATGGTA-TC-A-ATA----A-GTTAC----AATATA-
gi|30                         :                                                                                                                                 A-AC--AG--TGA-T-C--ATT--TTA----G------AA---A-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTc
gi|31                         :                            aAGTCAGTA-GG---AACT-CC-----------AAA-AAG-------C---ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CACT-GG-GA---------------------GA-T-C--AAT--GTA----G------AA---C-ACCTA
gi|32                         :                                                                                                                   T-GAC-GATAAT-GG-CC--GG--TGA-T-C--ATT--TCC----A-----TAA---G-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AA
gi|33                         :                tgtaagaaaatgtAGTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------AAA-AAA-------C---CTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                  ATA-C--AG-TA-T----C---AA--AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcagtg
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gi|37                         :                             AGTCAGTA-GC---AACT-AA-----------AAA-AAC-------C---ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATtt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                  --C---AA--AGTT--ACA----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AGTAT
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gi|5                          :                                   TA-GC---AAAT--A-----------AAA-AAG-------C---GTG---AG---TAC---TT--AA--ATAA-TATTAGT-GAA-AATAGCTGACAC--AGAATGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AGAAA-T-AGCC---AA--AATT--ACTA---GGTATAC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-
gi|6                          :                          ggtAGTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------AAA-AAA-------CC--GTG---A----TAC--TTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAAC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--GTA----G-----TGA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C-------AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATTTTAAA-ATTAC----AGTATA-CAGtca
gi|7                          :                             AGTCAGTA-GC---AAAC-CC-----------AAC-AAG-------C---GCG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCCTATA-A--GG-AA-T-A--CA--AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----G-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|8                          :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-AA-----------AAACAAC-------C---TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-AA-AC--AG--CGG-T-C--AAT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG--A-T-A--C---AA--AATT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|9                          :                             AGTCAGTA-GC---AAAT-CC-----------AAA-AAG-------T---TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-AAAAGC-GA-AC--AG--TGA-T-C--AAT--TCA----G------AA---G-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AA-T-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT





Alignments
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lowQualScore                  :                      3  333    0000000000000000   3 3  000000000   333 0000   88   88  88    3    2  4   4  2   2  2    77   2 2 77   77   7777 888888  222 2       5 88  6  3 3 88 555  88    88   3333    4  8 4   9999 4     3333      5    
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Reference ( family-1276 )     :              AGTCAGTA-GC---AAAT-C--A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|1                          :              AGTCAGTA-GC---AAATAC--ATGTAAAAAAAAAAA-A-AA-------A-GTG---A----TAC--CTT---A--ATAC-AATT-TT-GAGCAATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
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gi|11                         :              AGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------GAA-A-AG-------C-ATG---A----TTC--CTT--AA--ATAA-GATT-GTGGAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGc
gi|12                         :               GTCGGTA-GC---AAAT-A--A-----------GAA-A-AC-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-ATAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATC--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|13                         :               GTCAGAA-GC---AATT-T--A-----------AAA---AG-------C-GTG---A----TAC--TTT--AA--ATAA-CATC-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--ACT--TTA----G-----TAA---T-ACCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-TAGTa
gi|14                         :              AGTCAATA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A--G-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AC---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----AGTA-AC-G-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|15                         :               GTCAGTA-GC---ATAT-C--C-----------AAA-A--G-------C-GTC---A----TAC--CTT--AA--ATAAACATT-GT-AAA-AAAAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--T-A----G------AA---C-CCTTTTA-A--AG-AA-T-A--C---CA--AATT--ACT----GATA-AC-A-ATC----A-ATTAC----AATATA-
gi|16                         :               GTCAGAA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A-GG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AAATATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AA----TA----G------AA-----CCTTATA-A--AG-AA-T--------AA--AATT--ACC----GGTC-AA-A-ATT-------CTACA---AATATA-CAGTttta
gi|17                         :                 CAGTA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AG----------TG---A----CAC--TTT--AA--TTAA-TATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTTTA-A--AG-CA-T-A--A---AA--AAAT--TCC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|18                         :                                                       G-------T-GTG---A----TAC--CTT--AC--ATAA-CATT-GT-GAATAGTAGC-AA---AG--TGC-T-CGTGATTCTCA----GC----TAA---CTCCCTATA-ATGAG-AA-T-A--CCGTAA--GATC---TC----GGTA-AT-ACATT----ATATTGT----CATACA-
gi|19                         :               GTCAGTA-AC---AAAT----A-----------AAA-A-AG-------C-ATG---A----TGC--ATT--AA--ATCA-TATT-GT-GAA-AGAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---A-CCTTATA-A--AA-AG-T-T--C---AA--AATT--GCC----GGTA-AC------------ATTAC----AATAAG-CAGtgatat
gi|2                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AGTGATACAC-GTACATG----TAC--CTT--AG--ATAA-CATT-GG-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CA
gi|20                         :                      -GC---AAAT-C--A-----------AAC-A-AG-------C-CTG---C----TAC--TTT--AA-------CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTAT--A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcag
gi|21                         :          ttttAATCAGTA-GC---ACAT-T--A-----------ACA-A-AC-------T-TCA---A----TGC---TT--GA--ATAG-CACT-GC-GAC-AATAGC-GA-ACTG--TGA-T-C--AAT--TCA----GTAAGTTAA---A-CCCTATA--------------------------------------TA-AC-G-GTT----A-ATTACAAATAATGTA-CAGT
gi|22                         :               GTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-----------A---A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|23                         :              gGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA---------------A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-TCA--C---AA--AATT--ACC----TGTA-CC-A-ATT----A-ATTAC----AATATAGCAGTat
gi|24                         :             gAGTCCGCA-GC---AAAT-C--A-----------ACA-A-GG---------GTG---T----CAG--CTTTTAA--A-AA-CAAG-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGC-C-C--GAT--CTACATTG-----TAATAGC-TCCTATA-a
gi|25                         :                 tAGTA-GC---AA-T-A--A-----------AAA-A-AA-----------A---A----AAC--C----AA--ACAA--A---GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGcatcccgctatgattttagggtat
gi|26                         :          tcagAGTCAATA-GC---AAAT-C--A-----------ACA-A------------GTG---A----TATAGTTT--AA--ATAA-CAAG-GT-GAA-A-TAAC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAA--TTata
gi|27                         :               GTCAGCA-GC---AAAT-C--A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATC-GT-GAA-AATAGA-GA-ACAG--TGA-T-C--ATT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--gttggtatatcgaatacttcccattatgatgttagaatatgc
gi|28                         :                                                                                                ATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTGCA-A--AG-AG-T-A--C---AT--AATT--ACC----GGAA-AA-C-ATT----A-ATTAG----AATATA-
gi|29                         :                                                                                          aatgttATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---A-CCCTGCG-A--AG-AAGT-A--C---AT--AATT--A-C----GGAA-AA-A-ATT----A-ATTG-----AATATatac
gi|3                          :                 CAGTACGT---AAGT-A--AGG---------AAA-A-AG-------CTGTG---AACGATAC--ATC--GA--GAAA-CATG-TT-GAA-AATAAC-GA-ACA---TGACT-C--A----TTA----G-----TAC---C-TCCTATA-A--AGAAA-T-A--C---AATCAACTTAACCTGATGGTA-TC-A-ATA----A-GTTAC----AATATA-
gi|30                         :                                                                                                                   A-ACAG--TGA-T-C--ATT--TTA----G------AA---A-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTc
gi|31                         :             aAGTCAGTA-GG---AACT-C--C-----------AAA-A-AG-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CACT-GG-GA-------------------GA-T-C--AAT--GTA----G------AA---C-ACCTA
gi|32                         :                                                                                                     T-GAC-GATAAT-GG-CCGG--TGA-T-C--ATT--TCC----A-----TAA---G-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AA
gi|33                         : tgtaagaaaatgtAGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-------C-CTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                  ATA-C--AG-TA-T----C---AA--AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcagtg
gi|35                         :                 CAGTA-GC---AAAT-G--A-----------AAA-A----------T-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-at
gi|36                         :                                                                                                    ga-GAA-AATATC-AA-ACAG--TGA-T-A--AAT--TTG----G-----TGA---C-CTTTATA-A--GG-A
gi|37                         :              AGTCAGTA-GC---AACT-A--A-----------AAA-A-AC-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATtt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                  --C---AA--AGTT--ACA----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AGTAT
gi|4                          :              tGTAAGTA-GCGAAAAAT-CCAA-----------AAA-ACAG-------T-GTG---A----TAC--CTT--CA--ATAA-CAT--GTCAAA-AAGAGC-GA-ACAG--TGA-TAT--GAT--TTA----A-----GAA---C-CCCTTTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AAT---ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATGTA-CAGT
gi|5                          :                    TA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---AG---TAC---TT--AA--ATAA-TATTAGT-GAA-AATAGCTGACACAGAATGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AGAAA-T-AGCC---AA--AATT--ACTA---GGTATAC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-
gi|6                          :           ggtAGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-------CCGTG---A----TAC--TTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAAC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--GTA----G-----TGA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C-------AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATTTTAAA-ATTAC----AGTATA-CAGtca
gi|7                          :              AGTCAGTA-GC---AAAC-C--C-----------AAC-A-AG-------C-GCG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCCTATA-A--GG-AA-T-A--CA--AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----G-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|8                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAACA-AC-------C-TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-AA-ACAG--CGG-T-C--AAT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG--A-T-A--C---AA--AATT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|9                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A-AG-------T-TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TCA----G------AA---G-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AA-T-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT





Alignments
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lowQualScore                  :                      .  ...    ................   . .  .........   ... ....   ..   ..  ..    .    .  .   .  .   .  .    ..   . . ..   ..   .... ......  ... .       . ..  .  . . .. ...  ..    ..   ....    .  . .   .... .     ....      .    
lowQualScore                  :                      3  333    0000000000000000   3 3  000000000   333 0000   88   88  88    3    2  4   4  2   2  2    77   2 2 77   77   7777 888888  222 2       5 88  6  3 3 88 555  88    88   3333    4  8 4   9999 4     3333      5    
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Reference ( family-1276 )     :              AGTCAGTA-GC---AAAT-C--A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|1                          :              AGTCAGTA-GC---AAATAC--ATGTAAAAAAAAAAA-A-AA-------A-GTG---A----TAC--CTT---A--ATAC-AATT-TT-GAGCAATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
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gi|11                         :              AGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------GAA-A-AG-------C-ATG---A----TTC--CTT--AA--ATAA-GATT-GTGGAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGc
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gi|14                         :              AGTCAATA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A--G-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AC---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----AGTA-AC-G-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|15                         :               GTCAGTA-GC---ATAT-C--C-----------AAA-A--G-------C-GTC---A----TAC--CTT--AA--ATAAACATT-GT-AAA-AAAAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--T-A----G------AA---C-CCTTTTA-A--AG-AA-T-A--C---CA--AATT--ACT----GATA-AC-A-ATC----A-ATTAC----AATATA-
gi|16                         :               GTCAGAA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A-GG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AAATATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AA----TA----G------AA-----CCTTATA-A--AG-AA-T--------AA--AATT--ACC----GGTC-AA-A-ATT-------CTACA---AATATA-CAGTttta
gi|17                         :                 CAGTA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AG----------TG---A----CAC--TTT--AA--TTAA-TATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTTTA-A--AG-CA-T-A--A---AA--AAAT--TCC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|18                         :                                                       G-------T-GTG---A----TAC--CTT--AC--ATAA-CATT-GT-GAATAGTAGC-AA---AG--TGC-T-CGTGATTCTCA----GC----TAA---CTCCCTATA-ATGAG-AA-T-A--CCGTAA--GATC---TC----GGTA-AT-ACATT----ATATTGT----CATACA-
gi|19                         :               GTCAGTA-AC---AAAT----A-----------AAA-A-AG-------C-ATG---A----TGC--ATT--AA--ATCA-TATT-GT-GAA-AGAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---A-CCTTATA-A--AA-AG-T-T--C---AA--AATT--GCC----GGTA-AC------------ATTAC----AATAAG-CAGtgatat
gi|2                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AGTGATACAC-GTACATG----TAC--CTT--AG--ATAA-CATT-GG-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CA
gi|20                         :                      -GC---AAAT-C--A-----------AAC-A-AG-------C-CTG---C----TAC--TTT--AA-------CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTAT--A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcag
gi|21                         :          ttttAATCAGTA-GC---ACAT-T--A-----------ACA-A-AC-------T-TCA---A----TGC---TT--GA--ATAG-CACT-GC-GAC-AATAGC-GA-ACTG--TGA-T-C--AAT--TCA----GTAAGTTAA---A-CCCTATA--------------------------------------TA-AC-G-GTT----A-ATTACAAATAATGTA-CAGT
gi|22                         :               GTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-----------A---A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|23                         :              gGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA---------------A----AAC--C----AA--ACAA--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-TCA--C---AA--AATT--ACC----TGTA-CC-A-ATT----A-ATTAC----AATATAGCAGTat
gi|24                         :             gAGTCCGCA-GC---AAAT-C--A-----------ACA-A-GG---------GTG---T----CAG--CTTTTAA--A-AA-CAAG-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGC-C-C--GAT--CTACATTG-----TAATAGC-TCCTATA-a
gi|25                         :                 tAGTA-GC---AA-T-A--A-----------AAA-A-AA-----------A---A----AAC--C----AA--ACAA--A---GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGcatcccgctatgattttagggtat
gi|26                         :          tcagAGTCAATA-GC---AAAT-C--A-----------ACA-A------------GTG---A----TATAGTTT--AA--ATAA-CAAG-GT-GAA-A-TAAC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAA--TTata
gi|27                         :               GTCAGCA-GC---AAAT-C--A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATC-GT-GAA-AATAGA-GA-ACAG--TGA-T-C--ATT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--gttggtatatcgaatacttcccattatgatgttagaatatgc
gi|28                         :                                                                                                ATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTGCA-A--AG-AG-T-A--C---AT--AATT--ACC----GGAA-AA-C-ATT----A-ATTAG----AATATA-
gi|29                         :                                                                                          aatgttATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---A-CCCTGCG-A--AG-AAGT-A--C---AT--AATT--A-C----GGAA-AA-A-ATT----A-ATTG-----AATATatac
gi|3                          :                 CAGTACGT---AAGT-A--AGG---------AAA-A-AG-------CTGTG---AACGATAC--ATC--GA--GAAA-CATG-TT-GAA-AATAAC-GA-ACA---TGACT-C--A----TTA----G-----TAC---C-TCCTATA-A--AGAAA-T-A--C---AATCAACTTAACCTGATGGTA-TC-A-ATA----A-GTTAC----AATATA-
gi|30                         :                                                                                                                   A-ACAG--TGA-T-C--ATT--TTA----G------AA---A-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTc
gi|31                         :             aAGTCAGTA-GG---AACT-C--C-----------AAA-A-AG-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CACT-GG-GA-------------------GA-T-C--AAT--GTA----G------AA---C-ACCTA
gi|32                         :                                                                                                     T-GAC-GATAAT-GG-CCGG--TGA-T-C--ATT--TCC----A-----TAA---G-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AA
gi|33                         : tgtaagaaaatgtAGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-------C-CTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                  ATA-C--AG-TA-T----C---AA--AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcagtg
gi|35                         :                 CAGTA-GC---AAAT-G--A-----------AAA-A----------T-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-at
gi|36                         :                                                                                                    ga-GAA-AATATC-AA-ACAG--TGA-T-A--AAT--TTG----G-----TGA---C-CTTTATA-A--GG-A
gi|37                         :              AGTCAGTA-GC---AACT-A--A-----------AAA-A-AC-------C-ATG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATtt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                  --C---AA--AGTT--ACA----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AGTAT
gi|4                          :              tGTAAGTA-GCGAAAAAT-CCAA-----------AAA-ACAG-------T-GTG---A----TAC--CTT--CA--ATAA-CAT--GTCAAA-AAGAGC-GA-ACAG--TGA-TAT--GAT--TTA----A-----GAA---C-CCCTTTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AAT---ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATGTA-CAGT
gi|5                          :                    TA-GC---AAAT----A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---AG---TAC---TT--AA--ATAA-TATTAGT-GAA-AATAGCTGACACAGAATGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AGAAA-T-AGCC---AA--AATT--ACTA---GGTATAC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-
gi|6                          :           ggtAGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAA-A-AA-------CCGTG---A----TAC--TTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAAC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--GTA----G-----TGA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C-------AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATTTTAAA-ATTAC----AGTATA-CAGtca
gi|7                          :              AGTCAGTA-GC---AAAC-C--C-----------AAC-A-AG-------C-GCG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCCTATA-A--GG-AA-T-A--CA--AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----G-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|8                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT-A--A-----------AAACA-AC-------C-TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-AA-ACAG--CGG-T-C--AAT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG--A-T-A--C---AA--AATT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|9                          :              AGTCAGTA-GC---AAAT-C--C-----------AAA-A-AG-------T-TTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-AT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TCA----G------AA---G-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AA-T-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT


blockSeqs                     :                      C  GAA    AAGG               C C  TGATACAC    CAT ACGA   AG   TT  AT    A    A  G   T      T  C    AA   C A GT   TC   CATT TAAGTT  TAG T       T TG  A  G C GC CGT  TC    TA   TGAT    T  T C   TTAA T     AAAT      G
blockSeqs                     :                      .  .      CCAA               . .  CT          .   G      .    .   .     .    .  C   .      .  .    .    . . .    .    .    CT      .   .       T .   A  . . .  A    .     .    A       .  T .   .    .     A         .
blockSeqs                     :                      .  .      CA                 . .  CC          .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    N       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      TA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      TA                 . .  T           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CA                 . .  T           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  T           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    G       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      GA                 . .  T           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    T       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  C           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      AA                 . .  T           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      CC                 . .  .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      A                  . .  .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .         .
blockSeqs                     :                      .  .      A                  . .  .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .          
blockSeqs                     :                      .  .      A                  . .  .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .    .       .  . .   .    .     .          
blockSeqs                     :                      .  .      A                  . .  .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .  . . .  .    .     .                                           
blockSeqs                     :                                                        .           .   .      .    .   .     .    .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       . .   .      .  .    .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                   .  .   .      .  .    .    . . .    .    .    .       .   .       .                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                      .   .         .    .    . . .    .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                      .   .                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                NA**************
originalCons                  :              AGTCAGTA-GC---AAAT-C--A-----------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
finalCons                     :              AGTCAGTA-GC---AAATNA--------------AAA-A-AG-------C-GTG---A----TAC--CTT--AA--ATAA-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT





Alignments
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lowQualScore                  :                      1  222    11111111111 11   33 77777    4444   888888888888   11     11 1    1  2   2  0   1  1    11   1 1 11   11   2222 111111  222 1       2 11  2  1 1 11 333  11    11   4444    1  2 1   2222 1     4444      1    
lowQualScore                  :                      .  ...    ........... ..   .. .....    ....   ............   ..     .. .    .  .   .  .   .  .    ..   . . ..   ..   .... ......  ... .       . ..  .  . . .. ...  ..    ..   ....    .  . .   .... .     ....      .    
lowQualScore                  :                      3  333    33333333333 88   22 55555    0000   444444444444   88     88 3    2  4   4  2   2  2    77   2 2 77   77   7777 888888  222 2       5 88  6  3 3 88 555  88    88   3333    4  8 4   9999 4     3333      5    
consensus                     :              AGTCAGTA-GC---AAATN----------A--AAA--A-AGC-GTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
Reference ( family-1276 )     :              AGTCAGTA-GC---AAATN----------A--AAA--A-AGC-GTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|1                          :              AGTCAGTA-GC---AAATACATGTAAAAAA--AAAAAA-AAA-GTGA----TAC------------CTT---AATA--C-AATT-TT-GAGCAATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|10                         :              AGTCAGTA-GC---AAATC----------A--AAA--A-AGC-GTGA----TAT------------CTT--AAATA--A-CATT--N-NNN-NNNNNN-NN-NNNN--NNN-N-N--NNN--NNN----N-----NNN---N-NNNNNNN-N--NN-NN-N-N--N---NN--NNTT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAG
gi|11                         :              AGTCAGTA-GC---AAATA----------A--GAA--A-AGC-ATGA----TTC------------CTT--AAATA--A-GATT-GTGGAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-AAT----A-ATTAC----AATATA-CAGc
gi|12                         :               GTCGGTA-GC---AAATA----------A--GAA--A-ACC-GTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-ATAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATC--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|13                         :               GTCAGAA-GC---AATTT----------A--AAA----AGC-GTGA----TAC------------TTT--AAATA--A-CATC-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--ACT--TTA----G-----TAA---T-ACCTGTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-TAGTa
gi|14                         :              AGTCAATA-GC---AAATC----------C--AAA--A--GC-ATGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AC---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----AGTA-AC-G-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|15                         :               GTCAGTA-GC---ATATC----------C--AAA--A--GC-GTCA----TAC------------CTT--AAATA--AACATT-GT-AAA-AAAAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--T-A----G------AA---C-CCTTTTA-A--AG-AA-T-A--C---CA--AATT--ACT----GATA-AC-A-ATC----A-ATTAC----AATATA-
gi|16                         :               GTCAGAA-GC---AAATC----------C--AAA--A-GGC-GTGA----TAC------------CTT--AAATATAA-CATT-GT-GAA-AAAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AA----TA----G------AA-----CCTTATA-A--AG-AA-T--------AA--AATT--ACC----GGTC-AA-A-ATT-------CTACA---AATATA-CAGTttta
gi|17                         :                 CAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-----GTGA----CAC------------TTT--AATTA--A-TATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAA--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTTTA-A--AG-CA-T-A--A---AA--AAAT--TCC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|18                         :                                                      GT-GTGA----TAC------------CTT--ACATA--A-CATT-GT-GAATAGTAGC-AA---AG--TGC-T-CGTGATTCTCA----GC----TAA---CTCCCTATA-ATGAG-AA-T-A--CCGTAA--GATC---TC----GGTA-AT-ACATT----ATATTGT----CATACA-
gi|19                         :               GTCAGTA-AC---AAAT-----------A--AAA--A-AGC-ATGA----TGC------------ATT--AAATC--A-TATT-GT-GAA-AGAAGC-AA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---A-CCTTATA-A--AA-AG-T-T--C---AA--AATT--GCC----GGTA-AC------------ATTAC----AATAAG-CAGtgatat
gi|2                          :              AGTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-----GTGA----TACACGTACATGTACCTT--AGATA--A-CATT-GG-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CA
gi|20                         :                      -GC---AAATC----------A--AAC--A-AGC-CTGC----TAC------------TTT--AA-------CATT-GT-GAA-AATAGC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CTCTAT--A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ATC----CGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcag
gi|21                         :          ttttAATCAGTA-GC---ACATT----------A--ACA--A-ACT-TCAA----TGC-------------TT--GAATA--G-CACT-GC-GAC-AATAGC-GA-ACTG--TGA-T-C--AAT--TCA----GTAAGTTAA---A-CCCTATA--------------------------------------TA-AC-G-GTT----A-ATTACAAATAATGTA-CAGT
gi|22                         :               GTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-AA----AA----AAC------------C----AAACA--A--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGa
gi|23                         :              gGTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-AA-----A----AAC------------C----AAACA--A--AC--GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-TCA--C---AA--AATT--ACC----TGTA-CC-A-ATT----A-ATTAC----AATATAGCAGTat
gi|24                         :             gAGTCCGCA-GC---AAATC----------A--ACA--A-GG--GTGT----CAG------------CTTTTAAA-A--A-CAAG-GT-GAA-AATAGC-GA-ACAG--TGC-C-C--GAT--CTACATTG-----TAATAGC-TCCTATA-a
gi|25                         :                 tAGTA-GC---AA-TA----------A--AAA--A-AA----AA----AAC------------C----AAACA--A--A---GT-GAC-ACT--------TAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCT-TATA--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--CAC----TGTA-ACTA-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGcatcccgctatgattttagggtat
gi|26                         :          tcagAGTCAATA-GC---AAATC----------A--ACA--A-----GTGA----TATAG----------TTT--AAATA--A-CAAG-GT-GAA-A-TAAC-GA-ATAG--TGA-T-C--AAA--TTata
gi|27                         :               GTCAGCA-GC---AAATC----------A--AAA--A-AGC-GTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATC-GT-GAA-AATAGA-GA-ACAG--TGA-T-C--ATT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--gttggtatatcgaatacttcccattatgatgttagaatatgc
gi|28                         :                                                                                               ATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTGCA-A--AG-AG-T-A--C---AT--AATT--ACC----GGAA-AA-C-ATT----A-ATTAG----AATATA-
gi|29                         :                                                                                         aatgttATT-GT-GAA-AACAGT-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---A-CCCTGCG-A--AG-AAGT-A--C---AT--AATT--A-C----GGAA-AA-A-ATT----A-ATTG-----AATATatac
gi|3                          :                 CAGTACGT---AAGTA----------AGGAAA--A-AGCTGTGAACGATAC------------ATC--GAGAA--A-CATG-TT-GAA-AATAAC-GA-ACA---TGACT-C--A----TTA----G-----TAC---C-TCCTATA-A--AGAAA-T-A--C---AATCAACTTAACCTGATGGTA-TC-A-ATA----A-GTTAC----AATATA-
gi|30                         :                                                                                                                  A-ACAG--TGA-T-C--ATT--TTA----G------AA---A-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTc
gi|31                         :             aAGTCAGTA-GG---AACTC----------C--AAA--A-AGC-ATGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CACT-GG-GA-------------------GA-T-C--AAT--GTA----G------AA---C-ACCTA
gi|32                         :                                                                                                    T-GAC-GATAAT-GG-CCGG--TGA-T-C--ATT--TCC----A-----TAA---G-CTCTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AA
gi|33                         : tgtaagaaaatgtAGTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-AAC-CTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-AT-GAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                 ATA-C--AG-TA-T----C---AA--AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGTcagtg
gi|35                         :                 CAGTA-GC---AAATG----------A--AAA--A---T-GTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-at
gi|36                         :                                                                                                   ga-GAA-AATATC-AA-ACAG--TGA-T-A--AAT--TTG----G-----TGA---C-CTTTATA-A--GG-A
gi|37                         :              AGTCAGTA-GC---AACTA----------A--AAA--A-ACC-ATGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATtt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                 --C---AA--AGTT--ACA----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AGTAT
gi|4                          :              tGTAAGTA-GCGAAAAATCCA--------A--AAA--ACAGT-GTGA----TAC------------CTT--CAATA--A-CAT--GTCAAA-AAGAGC-GA-ACAG--TGA-TAT--GAT--TTA----A-----GAA---C-CCCTTTA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AAT---ACC----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATGTA-CAGT
gi|5                          :                    TA-GC---AAAT-----------A--AAA--A-AGC-GTGAG---TAC-------------TT--AAATA--A-TATTAGT-GAA-AATAGCTGACACAGAATGA-T-C--AAT--TTA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AGAAA-T-AGCC---AA--AATT--ACTA---GGTATAC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-
gi|6                          :           ggtAGTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAA--A-AACCGTGA----TAC------------TTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AATAAC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--GTA----G-----TGA---C-CCCTATA-A--AG-AA-T-A--C-------AGTT--ACT----GGTA-AC-A-ATTTTAAA-ATTAC----AGTATA-CAGtca
gi|7                          :              AGTCAGTA-GC---AAACC----------C--AAC--A-AGC-GCGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TTA----G------AA---C-CCCTATA-A--GG-AA-T-A--CA--AA--AATT--ACC----GGTA-AC-A-ATT----G-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|8                          :              AGTCAGTA-GC---AAATA----------A--AAAC-A-ACC-TTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-GT-GAA-AATAGC-AA-ACAG--CGG-T-C--AAT--TCA----G-----TAA---C-CCCTATA-A--AG--A-T-A--C---AA--AATT--ACT----GGTA-AC-A-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT
gi|9                          :              AGTCAGTA-GC---AAATC----------C--AAA--A-AGT-TTGA----TAC------------CTT--AAATA--A-CATT-AT-GAA-AAAAGC-GA-ACAG--TGA-T-C--AAT--TCA----G------AA---G-CCTTATA-A--AG-AA-T-A--C---AA--AATT--ACC----GGTA-AA-T-ATT----A-ATTAC----AATATA-CAGT