lowQualScore : 111111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 666666666 1 1 1 8888 4 22 1 11 333 1 22 44444 1 11 11 2 333333 333 1 2 222 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 11 1 22 5555555555 1 4444444444444 1 11 1 111 11111111111111111 111 111111 111 22222222 111111 11111 111 55555555555555555 1 1111 22222 333333333 1111 1111 1 1111 22222 22222222 1 1111111 11 22 222222 1111111111111111111111111111 22222 22 11 11 11 11 1 11 1 1 11 1 2222222 1 33333 1 22 1111 44444444444444444444 11 11 222222222222222222 11 11111111111 111 111 111111 111111 2222 1111111 1111 11 1111111 22222222 1111 1 2 3333
lowQualScore : 0 000000000 5 6 6 5 6 6 6 6 7 6 6 5555 6 6 6 6 6 6 0 11 5 22 6 555 3 5 3 2 2 2 77 55555 5 88 6 2 77 6 0 000000 555 5 0 222 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 0 5 0 0 2 33 5 1 22 3 5 3 3 9999999999 6 6 7 6 5 6 6 3333333333333 2 5 77 55 3 222 88888888888888888 6 333 222222 6 222 9 44444444 9 6 666666 11111 1 111 2 55555555555555555 6 6 5 99 3 4444 1 33333 99 0 99999999 6 7 555555555 4444 77777 99 99 4444 99 1 0 6 4444 6 99 00000 5 44444444 0 8 9 7777777 8 33 44 111111 6 8888888888888888888888888888 8 8 00000 00 00 66 33 33 0 33 0 0 9 88 0 8 2 9999999 0 3 6 33333 0 2 8 11 8 1111 11111111111111111111 5 77 6 5 11 999999999999999999 11 5 999 2 88888 5 5 5 5 99999999999 0 66 666 5 2 7 5 000 9 5 5 5 6 888888 2 111111 2222 4 66 6666666 0 0000 5 11 6666666 99 55555555 6 6 7777 3 5 2 66 2 2 0 888 0 0 888 66 5 0000 5
lowQualScore : . ......... . . . . . . . . . . . .... . . . . . . . .. . .. . ... . . . . . . .. ..... . .. . . .. . . ...... ... . . ... . .................................................................................. . . . . . . . .. . . .. . . . . .......... . . . . . . . ............. . . .. .. . ... ................. . ... ...... . ... . ........ . . ...... ..... . ... . ................. . . . .. . .... . ..... .. . ........ . . ......... .... ..... .. .. .... .. . . . .... . .. ..... . ........ . . . ....... . .. .. ...... . ............................ . . ..... .. .. .. .. .. . .. . . . .. . . . ....... . . . ..... . . . .. . .... .................... . .. . . .. .................. .. . ... . ..... . . . . ........... . .. ... . . . . ... . . . . . ...... . ...... .... . .. ....... . .... . .. ....... .. ........ . . .... . . . .. . . . ... . . ... .. . .... .
lowQualScore : 0 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 0 00 0 00 0 000 0 0 0 5 5 5 55 00000 0 00 0 5 55 0 0 000000 000 5 0 000 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0 0 0 2 2 5 88 2 6 88 0 7 3 3 5555555555 7 7 5 7 0 7 0 2222222222222 7 7 11 00 7 999 00000000000000000 7 222 000000 7 555 2 22222222 0 7 000000 88888 0 777 5 88888888888888888 7 0 2 22 5 2222 0 33333 22 7 77777777 7 5 888888888 2222 77777 22 22 2222 22 7 8 7 2222 7 22 00000 6 44444444 0 0 8 8888888 0 00 66 444444 8 6666666666666666666666666666 0 0 00000 00 88 22 00 88 0 88 0 0 2 88 0 8 0 2222222 0 2 5 88888 0 5 0 22 0 8888 99999999999999999999 7 33 0 7 99 444444444444444444 99 0 444 5 99999 0 1 0 0 22222222222 4 99 444 0 2 6 0 444 0 0 0 0 0 999999 0 666666 2222 4 11 2222222 4 6666 0 99 2222222 22 22222222 7 7 7777 3 0 4 99 5 5 1 888 0 2 888 99 0 6666 0
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAAGCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGACACCTNCGGCATCGAGGAGGGNCTGNTNCANAATTCATCNTTGAAGTCGCTGTACAACACCNCCAGNAGTGCAGTCCTGCCTCAACAGATGGCCAGATCGGAGAATACTTTCAGGGCNNCAGTCGGCGTCTGNCAAGGGACNNCTNG----CTCT-C-CCAATCTT-NTTCAACCTCT-TCCTGGAGA---AA-ATCATG---CGCGGG---ACACTNC-AA-GGCCGCGAGTCGACNATCT--CCATCGGGGGGCGAATCATCAA-CAACTTGCG-------T-TTCGC-CGACGACATCGA-CCTGATGG-GAGGCAGCAACAGC-GAACTGCAA--GAT-----CTCACCAACAGACT-AG-CGTGCAGATCAGGGGCATA--TGGCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G--NGAGAAGA---GC-AA-AG--TCATGG--------TTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCC--CTGCT-CA--TAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGCCT-----TCA--AATATC--T-CG--GC-GCCACAC---TA----ACG----AAAGACGG-T-CGAT--C--CACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA----TCG-CAAC--GGCCGC-----CATAGCAAAA--CTC--ACAAANAT-ATGGAGGAACAA---CG-ACA-TCAG-ATT-CCCTACAAA-GACNAACCTCTAC-----ACAAAGCNC---AAGCC-C----TG-GTCCTTTC-CA-----TCCTCCTC-TACGGCTGCGAGA-GCTGGAC--CATG-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-GAGAGTCCAAACG-TTTGAG-ACCAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTCT---TGGT-CAGACCGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TC-GT---------GCCAAA--GT-CACAGCAC-TGGC-AGGT--CCC-A--AGGTACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGG-AAACT-GT-CGTGG--T--------TCGGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTA-TCCA-AGA-C-AGTCCTACAAGGGAC---CC-TGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGC-AAG-A--GCCG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--AC-------GCGAAT--GGAC-AGC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGGAC-CGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTACG---GCCTTCGC---GGT--CAGGA-GA---A-TGAGGTGAG
Reference ( gi|1 ) : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAAGCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----AGTCACTGTACAATACCGCCAGCAGTGCAGTCTT-CCTTAACA-ATGAC---ATCGGAGAATACTT-CAGGACAACAGTCGGCGTCCATCAATGG--TGCTTA----CTCT-C-CCAGTCCT-TTTCAACCTCT-TTCTGGAAA---AA-ATCATG---CGCAAA---ACACTGC-AA-GACTGTGAGTCGACGATTT--CCATCGGAGGACGAACCATCAA-CAGCCTGCG-------GGTTCGC-CGACGACATCGA-CCTAATGG-GACGCAGCAACAGC-GAATTGCAG--TAC-----CTCACCATCAGACT-AG-CGAGCAGATCAGGGGAATA--TGGCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G--TGAGAAGA---GT-AA-AG--CCATAG--------TCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCC--CTGCT-CA--GAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGCCT-----TCA--AATACC--T-CG--GC-GCCACGC---TC----ACG----AAAGACGG-T-CGAT--C--CACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA----TCG-CAAC--GGCCGC-----CATGGCAAAA--CTT--ACAAAGAT-ATGGAGAAGCAA---CG-ACA-TCAG-CTT-TCCTACAAA-GATGAATCTCTAC----TACAAAGCTT---AAGCC-C----TG-GTCCTTTC-CA-----TCCATCTC-CACGGCTTCGAGA-CCTGGAC--CATG-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-GAGAGTCCAAACA-TTTGAG-ATCAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTCC---AGGT-CAGACCGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TC-GT---------ACCAAA--GT-TACAGCAA-TAGC-AGGT--CCC-A--AGGAACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGG-AAGCT-GT-CGTGG--T--------TTGGCCAT--GT--GAC-CCACCACA-ATACCCTA-CCAA-AGA-C-AGTCTTACAAGGGAC---CA-TGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAGCGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--AC-------GCGAAT--GGAC-AGC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGGAC-CGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTACG---GCC-TCGC---GGT--CAGGA-G----A-TGAGGTGAGT
gi|4 : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAAGCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----AGTCACT--ACAACACCGCTA-CAGTGTAGTCCTGCCTCAACAGATGAC---ATCGGAGA-TACTTTCAGGG-AACAGTCG-TGTC-GTCAAGGG--GTCTTGAGCTCTCT-CACCAATCCTCTTTCAACCTCTGTTCTGGAAA---CACAT-ATGTCTCG-AAG---ACACTGCCAA-AGTTGTGAGTCGACGATTCTGCCATCGGGGTGTGAA--ATTAACCAACTTGC---------GTTCGCGGGACGACATCGA-CCTGATGG-GAAGCAGCAACAGC-GAACTGCAA--GAT-----ATCACCAACAGACT-AG-TGTGCATATCAGGGGCATA--TGTCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G--AGAAAAGA---GC-AA-AG--TCATGG--------TTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCC--CTGCT-AA--TAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGCCT-----TCA--AATATC--T-CG--GC-GCCACAC---TA----ACG----AAAGAC-G-T-CGAT--C--CACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA----TTG-CAAC--G
gi|9 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaGAGAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAAGT-GCTGTATAACACCTCCAGAAGTGCAGTCCT-CCT---CA-ATGGCCAGATTGGAAAATACTT-CAAGACCTCAGTCAGCATCTGGCA--GGACTGTTGG----CTCTAT-CCAACCTT-GTTCAATC-------------------ATCATG---AGAGGA---ACACTTT-AC-GGCTTCAAATCTGCCATCT--CAAGAGGAGGGCGAA--ATCAA-
gi|6 : ----CTCT-C-TCCGTATT-ACTCATCCTCT-TCCTAGAGAGATAA-AT--------GCAGATCAACCCTTC-AA-GACCACGTGCCAACTATCT--CCATCGGTGGCAGCGCCA------AGTCTGCAATATTACGATTCGC-CGACGACATTGA-TCTGATGG-GAGGAAGTAAC-GCGGAACTATAA--TACAGGATCTTACAAGCAAGTT-AGTCGA-CAGTGCTGGTGCAT---TGGTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAA---GTCGA-AGATCCATGG--------TAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA------TGCTGCAACAAC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAACT-----TCA--AGTACC--TGGG--GC-ATCCTTC---TA----TCG------AGGCGG-C---AC--CTGCACAGC----CGAG--GTCTGCATCGTATTTG--GA----GGG-CCAC--AGCATC-----CATGGCAAGC--CTCCAACAGA-AT-ATGGAGAAGCA-------ACA-TCAG-CTT------CAAA-AACCAA---GTA------AC-AAGCGT----AGCCACTCCATGTGTCTTCTC-CA-----CCCTACTC-TACAGCTGGAAAA-CCTGG
gi|3 : caaggctgtatcA---AA-ATCATG---CTCGAG---ACACTGC-AAAGTTTGTGAGTCGACGATTT--CCATCGGGGG-TGAA--AT-AA-GAACTTGCG---------TTCGC-GGACGACATCGA-CCTGATGG-AAGCCAGCAACAGC-GAACTGCAAGATAT-----C-CACCAACAGACT-AG-TGTGCATATCAGTGGCATA--TGTCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G--AGAGA-GA---GC-AA-AG--TCAT-G--------TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCCTGCTGCT------ATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGCCTG----TCA--AATATC--T-CG--GC-GCCACAC----A----ACG----AAAGACG--T-CGAT--C--CACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA----TTG-CAAC--GGCCGC-----CATAGCAAAA--CCC--ACAAAGAT-ATGGAGGAACAA---CG-ACA-TCAG-ATT--CCTACAAAAGA--AACCTCTAC-------AGAGCTCCCCA--CC-C----TG-GTTCTTTC-CA-----TCCTCCTC-TACGGCTGCGAGA-GCTGGAC--CATG-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-GAGAGTCC-AACG-TTTGAG-ACAAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTCT---TGGT-CAGACCGGAGGACCA-ACG-AATA-C----CCGGT---------AC------GT-TAC-GCAC-TGGC-AGGT--TCC-------------------CA--A-TC--GT--AAA-A---GAGG-AAACT-AT-CGCGG--T--------TCGGCCAT--GT--TA--CCGCCACA-ATACCCTA-TCCA-AGA-C-AGTCCTACAAGGGAC---CC-TGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGGT-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTAC-------GACAATTAGGA----C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGACTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTACA---GCT-TCGC---GATGACAGGA-G----A--AAGGTGgactcttctggccgatactgaagaggaacaggctttcgagctgaatgtatgagaaagctactgcacactcctaaccctagagccgtaaaacatgatttgtgagtgcccgtttcagaagttgtgcggcctagctgtgtgtccgagggaacctttactcgcacagtcaagagtacgcaatctgcagtgggttctggtcacgtcgactaacacgacaccctcagcagacgatcctgcaaggcactgtggaaggaggcggaacgtggcagcacaagtagactgccggctcgacatgtcaaagagtggac
gi|5 : CGGGGAACGAATCATCAA-CAACTTGCG-------T-TTCGC-CGACGACATTGAACCTGATGGTGAGGCAGCAACAGC-GAACTGCAA--GAT-----CTCACCAACAGACTTAG-TGTACAGATCAGGGGCATAAATGACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G--TGAGAAGA---GC-AA-AG--TCATGG--------TGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC---TGCT-CA--TAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-T-----TCA--AATATC--T-TT--GCCACCACAC---TA----ACG----AAAGACTG-T-CGGT--C--CACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA----TCG-CAAT--GGCTGT-----CATAGCAAAA--CTC--ACAAATAT-ATGGAGGAACAA---CG-ACA-TCAG-ATT-CCCTACAAT-GATAAATCTCTACAAAGTACAAAGCAC---AG----C----TG-GTCCTTTC-CA-----TCCTCCTC-TACGGCTGCGAGA-GTTGGAC--CATG-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-GAGAGTCCAAACG-TTTGAG-ACCAAATGC--------CA-CA-GCTTGGGATCTCT---TGGT-CAGACCAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TT-AT---------GCCAAA--GT-TACAGCAC-TGGC-AGAT--CCC-C--AAGTACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGG-AAACT-GT-CGTGA--T--------TCGGCCAT--GT--GAC-CCGCAACA-ATACCCTA-TCCA-AGA-C-AGTCCTACAAGGGAC---CC-TGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTTAAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--AC-------GCGAAT--GGAC-AGC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATGAC-CGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTACG---GCCTTTGC---GGT--CAGAA-GA---A-TGAGGTGAgat
gi|13 : CGAATCATCAA-CAACTTGCG-------T-TTCGC-CGGCGACATCGA-CCTGATAG-GAAGCAGCAACAGT-GAGCTGCA--------------------AGACT-AG-TGTACAGATCAAGGGCATA--TGGCATGGA-----
gi|14 : ATCAA-CAACTTGCG-------T-TTCGC-CGACGACATCAA-CCTCATGG-GAGGCAACAACAGC-GAACTACAA--GAC-----CTCACCAACAGACT-AG-CGTGCAGATCAGGGG
gi|7 : TCAGAAT-AG-TGTGCAGATCAAAGGCATA--GGGCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G--AGAGAAGA---GC-AA-AG--TTATGG--------TTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCC--CTG-------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGCCT-----TCA--AATATC--T-CG--GC-GCCATAC---TA----ACG----AAAGACGGGT-CGAT--C--CACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA----TCG-CAAC--GGCCGC-----CAGAACAAA---CTC--AAAAAGAT-ATTGAGGAACAA---CT-ACA-TCAG-ATT-CCCTACAAA-GATAAACCTCTAC---------A-------AAGCC-C----TG-GTCCTTTC-CA-----TCCTCCTC-TACGGCTGCGAGA-GCTGGAC--CATG-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-GAGAGTCCAAACT-TTTGAG-ACCAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTCT---TGGT-CAGACCGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TC-AT---------GCCAAA--GT-TACAGCAC-TGTC-AGGTC-CCC-A--AGTAGCCTT-CCTAACG--A-T---------------------AACT-GT-CGTGG--T--------TCGGCCAT--GT--AAC-CCGCCATA-ATACCCTA-TCCA-ATA-C-AGTTCTACAAGGGAT---CC-TGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACGCTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--AC-------AAGAAT--AGAC-AGC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGGAA-CGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTACG---GCCTTCGC---GGT--CAGAATA----A-TGAGGTGAGc
gi|2 : acTCAGGATGAT-----GCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG--TGAGAAGATGTAT-AACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCC--CTGGT-CA--TAT--TCCATG-AACGGA-CA-CAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTCTCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATC--CACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCGGCAACTGGACCGCATACCCA-GCCAAAATACT----CCAGTATGATGGAG--GCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA---ACCAATTCCTAC--------AACCTT------CC---------GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCTCGCGTC-ACGAGAGCGTGGACCTCTTGAACAGCAGTGAGAAGAATCAACGGTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTGCGTACA---CGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATC-GTGTGTGCCTAACCAGATCATACACAGCAC-TGACAAGGTGCCCC-ACCAGTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGC-AAACTGGTACGTGG--TAGGAAGCCTTGACCATGGGTGGGACGCCGCCACAGATACCCTATCCAA-GGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---CC-TGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTTAAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-AC-------ACAGAT--GGACGAGTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGGAC-CGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTC--CG-----C-TCGCCTTGGT--CAGGA-GGAATA-TGAGGTGAGgtg
gi|8 : cagatcaccatgtgtgtacctccaccgccattaagaacaattcactcgaaccatgataatggacactcggagatttactatcacgacaagcagtcccgtcctccgtacacaccgctatgatgtaatctcttcctccactctctctcaaccatctttcggaacagctatgtctgcgagtaccactgcacaggaatctttttgagagtcgaagtctcgagttccacctctcgggggaacgcatacatacgtagtccatcactaatagcgctaattaatcgccggacggacttcatgacctagacggcggagggcttaccagacgagccgacacccatgccacatatactcacaagtagctgacatactcgctatgacaccgactGACGACCA-ACC-AACAACTT--TC-G---------------A--GT-CGCA-CAACTGGC-TGGT--CCT-C--GGGTACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGA-AAGTC-AT-CATGG--T--------TTGGGCAT--GT-------CAC-------ACTCTT-CCCA-ACA-C-AATTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAACAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAATGGCNCAT--GGAC-A-----CA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGTAC-AGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTACGATTGCT-T--T---GGT--CGGGA-G----ACTGAGGgtgag
gi|10 : AA--GT-TACAGCAC-TGGC-AGGT--CCCCA--ATGTACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGG-ATACT-GT-CATGG--T--------TCGGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-AAACCCTA-TCCA-AGA-C-AATTCTACAAGGGAC---TC-TGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATGCGAAG-A--G
gi|17 : AA--GT-CACAGCAC-TGAC-AGGT--CCC-C--ATGTACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|6 : GT--CCG-A--GGGAACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGTT--------CTGGTCAC--GTC-GAC-TAAC-ACG-ACACCCT---CAGCAGA-C-GATCCTGCAAGGCAC---TG-TGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAGT--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC-------
gi|12 : caaggctgtatcctctctccgtattactcatcctcttcctagagagataaatgcagatcaacccttcaagaccacgtgccaactatctccatcggtggcagcgccaagtctgcaatattacgattcgccgacgacattgatctgatgggaggaagtaacgcggaactataatacaggatcttacaagcaagttagtcgacagtgctggtgcattggtatggttaggaagttccgaaaagtcgaagatccatggtaaacagcaggaaagacatgctgcaacaacacgatgaaatggagaaacaactcgaacagttgataacttcaagtacctggggcatccttctatcgaggcggcacctgcacagccgaggtctgcatcgtatttggagggccacagcatccatggcaagcctccaacagaatatggagaagcaacatcagcttcaaaaaccaagtaacaagcgtagccactccatgtgtcttctccaccctactctacagctggaaaacctgggactcttctggccgatactgaagaggaacaggctttcgagctgaatgtatgagaaagctactgcacactcctaaccctagagccgtaaaacatgatttgtgagtgcccgtttcagaagttgtgcggcctagctgtgtAGG-AAACT-GT-CGTGG--A--------TCGGTCAT--GT--TAC-CCGCTACA-ATATCCTG-TCCA-ATA-C-AATCCTATAAAGGAC---CT-TGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CA--------G--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--AC-------G
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--AC-------ACGAAC--GGAG-AGC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGGAC-CGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTACA---GCCTTCGC---GGT--CAGGA-GA---A-TGAGGTGAG
gi|15 : agcAGGAGAC-CGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTACA---ATT-TT------GT--CAGGG-GA---A-TGAGATGAGgtg
gi|16 : AC-CGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTACG---GCCTTCGC---AGT--CAGGA-GA---A-TGAGGCGAGat
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222 4444 1 222 33 44444 2 1111 333 1 1 11 11111 11111 33333333333333333333333333 2222222222 11111 1111 1111 3333333333333 111111111 11 333333333 1111111 11111 11111 11111 111 111111 111 111111111111 1111 11111 11111 1111 1111 222222 111 111 6666666666666666666666 111 2222222 1111 111 333333333333333333333 111 1111 11 11111111 111 222 1111111 11 111 11111
lowQualScore : 5 66666 0 4 8888 4 2222 5 2 2 888 1 6 0 11 1 1 1 00 55555 77 7 1 77 3 9999 0 777 7 7 7 9999 2 2 1 44 88888 1 88888 1 8 1 88 99999 11111111111111111111111111 6 77 6 9999999999 2 66666 1 6 6 4444 6666 888 6666666666666 4 555555555 5 5 5 66 5 5 11 66 5 5 222222222 9999 5 6666666 4 777 4 66 66 66 66 22222 5 5 44444 5 33333 000 5 77 666666 77 0 5 5 000 66 77 7 0 777777777777 0 888 5 77 2222 44444 5 77 77 5 77 5 44444 77 2222 0 999 77 2222 77 1 5 77 666666 77 111 6 3 99 7 6 6 6 6 000 2 88 33 6 4444444444444444444444 2 6 6 99 111 6 6 6 99 1111111 6 99 6 6 4444 000 4 99999 6 1 1 99 3 2 6 6 5 5 5 0 77 777777777777777777777 66 111 4 777 66 7777 1 1 0 4 00 4 777 4 777 4 4 4 4 66666666 4 66 333 4 0 4 1 66 66 4 777 4 0 8 9999 0 666 4 55 3 4444444 9999 4 00 0 77 5 88888 5 5 5 000 66 5 66 1 00000 8 66 777
lowQualScore : . ..... . . .... . .... . . . ... . . . .. . . . .. ..... .. . . .. . .... . ... . . . .... . . . .. ..... . ..... . . . .. ..... .......................... . .. . .......... . ..... . . . .... .... ... ............. . ......... . . . .. . . .. .. . . ......... .... . ....... . ... . .. .. .. .. ..... . . ..... . ..... ... . .. ...... .. . . . ... .. .. . . ............ . ... . .. .... ..... . .. .. . .. . ..... .. .... . ... .. .... .. . . .. ...... .. ... . . .. . . . . . ... . .. .. . ...................... . . . .. ... . . . .. ....... . .. . . .... ... . ..... . . . .. . . . . . . . . .. ..................... .. ... . ... .. .... . . . . .. . ... . ... . . . . ........ . .. ... . . . . .. .. . ... . . . .... . ... . .. . ....... .... . .. . .. . ..... . . . ... .. . .. . ..... . .. ...
lowQualScore : 0 55555 7 0 3333 0 5555 0 5 5 777 0 7 7 77 0 0 0 77 33333 33 3 0 77 3 7777 7 000 3 3 3 3333 0 3 0 00 77777 0 44444 8 0 0 88 00000 66666666666666666666666666 7 77 7 7777777777 2 77777 0 7 7 2222 9999 888 9999999999999 4 666666666 0 0 0 99 0 0 99 99 0 0 555555555 6666 0 2222222 4 888 4 11 11 99 99 55555 7 7 33333 7 11111 000 7 99 444444 99 3 7 7 000 44 99 9 7 333333333333 7 333 7 99 1111 33333 7 99 99 7 99 7 33333 99 1111 7 444 99 1111 99 7 7 99 444444 99 777 7 2 22 5 7 7 7 7 222 5 77 22 3 5555555555555555555555 5 7 7 22 777 7 7 7 22 7777777 7 22 7 7 2222 222 2 88888 7 0 7 22 5 5 7 7 7 7 7 7 99 666666666666666666666 11 222 4 888 11 7777 9 1 9 6 66 4 222 4 888 4 4 4 4 11111111 4 11 444 4 1 4 0 11 11 4 888 4 8 9 4444 9 666 0 55 4 4444444 4444 4 66 7 99 7 77777 7 7 7 000 11 3 11 1 33333 4 11 888
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC--CTTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----AGTCGCTGTACAACACCGCCAGCAGTGCAGTCCT-CCTCAACA-ATGAC---ATCGGAGAATACTTTCAGGACAACAGTCGGCGTCCGTCAA-GGGCCGTTNGCTCT-C---CCAGT-CTTTTTCAACC-TCT-TTCTGGAAA---AAATCATG-C--GCG-AG---AC-ACT-NCA-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGA-TCT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAA-CAACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC-CAA-CCCTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG---------CC-------AAA--GT--TACAGCACTGGC-AG---GT--CCC-N--AGGTACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Reference ( family-1275 ) : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGACACCTNCGGCATCGAGGAGGGNCTGNTNCANAATTCATCNTTGAAGTCGCTGTACAACACCNCCAGNAGTGCAGTCCTGCCTCAACAGATGGCCAGATCGGAGAATACTTTCAGGGCNNCAGTCGGCGTCTGNCAAGGGACNNCTNGCTCT-C---CCAAT-CTTNTTCAACC-TCT-TCCTGGAGA---AAATCATG-C--GCG-GG---AC-ACT-NCA-AGG-------CC-GCGAGTCGA-----CNA-TCT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAA-CAACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAANAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGACNAACCTCTAC-A-----CAA----AGCNCAAGCCCTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG---------CC-------AAA--GT--CACAGCACTGGC-AG---GT--CCC-A--AGGTACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCCG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|1 : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAA----GCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----AGTCACTGTACAATACCGCCAGCAGTGCAGTCTT-CCTTAACA-ATGAC---ATCGGAGAATACTT-CAGGACAACAGTCGGCGTCCATCAATGG--TGCTTACTCT-C---CCAGT-CCTTTTCAACC-TCT-TTCTGGAAA---AAATCATG-C--GCA-AA---AC-ACT-GCA-AGA-------CT-GTGAGTCGA-----CGA-TTT-CCA----TCGGAGG--A-CG---AAC------------CATCAA-CAGCCTGCGGGT------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-AATGG--GACGCAGC--AACAG-C-GAAT---------TGCAGTAC---CTC-ACCA-------TCAGACT-AG-C-GAG-CA--GA--TCAGGGGAATA--TG--GCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G----TGAGAAGA---GTAA-AG--CCA------TA--GTCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CAGAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACG-----CTC--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATGG-CAAAACTT--ACAAAGAT-ATGGAGA-AGCAACG-AC-ATCAGCTTT--CCTACAAAGATGAATCTCTACTA-----CAA----AGCTTAAGCCCTG-GTCCTTTC-C--ATCCATC---TCCACG-GCTTCGAGACC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACATTTGAGAT--CAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--CAGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TCG-TA---------CC-------AAA--GT--TACAGCAATAGC-AG---GT--CCC-A--AGGAACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAG-CT-GT-CGT-GGT--------TT-GGCCAT--GT--GAC-CCACCACA-ATACCCTACCAA--AG--AC-AGTCTTACAAGGGAC---C-ATGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAG-CGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGG--ACCGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCC-TCGCGGT--CAGGAG----ATGAGGTGAG
gi|10 : AA--GT--TACAGCACTGGC-AG---GT--CCCCA--ATGTACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGATA-CT-GT-CAT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-AAACCCTATCCA--AG--AC-AATTCTACAAGGGAC---T-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATG-CGAAG-A--Gt
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACACGAAC--GG-AG-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-A---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|12 : agcAGGAAA-CT-GT-CGT-GGA--------TC-GGTCAT--GT--TAC-CCGCTACA-ATATCCTGTCCA--AT--AC-AATCCTATAAAGGAC---C-TTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CAG-----------GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGgtg
gi|13 : -CG---AAT------------CATCAA-CAACTTGCGT-T------TCGC-CG-GCG-ACATC--GA-CCT-GATAG--GAAGCAGC--AACAG-T-GAGC---------TGCAAGA------------------------CT-AG-T-GTA-CA--GA--TCAAGGGCATA--TG--GCATGGA-----
gi|14 : ATCAA-CAACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--AA-CCT-CATGG--GAGGCAAC--AACAG-C-GAAC---------TACAAGAC---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGC
gi|15 : AGGAG--ACCGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTAC-A---ATTTT----GT--CAGGGGA---ATGAGATGAG
gi|16 : --ACCGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCAGT--CAGGAGA---ATGAGGCGAGat
gi|17 : aAA--GT--CACAGCACTGAC-AG---GT--CCC-C--ATGTACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|2 : TCC-T---CCACT-CTCTCTCAACCATCT-TTC-GGA-A---CAGCTATG-TCTGCG-AGT--ACCACT-GCACAGGAATCTTTTT-GAGAGTCGAAGTCTCGA-GTT-CCACCTCTCGGGGG--AACG---CATACATACGTAGTCCATCAC-TAA-TAGCGC-TAATTAATCGC-CGGACGGACTTCATGA-CCTAGACGGCGGAGG--GCTTACCAGAC-GAGCCGACACCCATGCCACATATACTC-ACAAGTAGCTGACATACT-CG-CTATGACACCGACTTCAGG-----A--TGATGCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG----TGAGAAGATGTATAACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCCCTGGT----CATAT--TCCATG-AACGGA-C-ACAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTC-TCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATCCACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCG---GCAACTGGACCGCATACCCAGCCAAAATAC--TCCAGTATGATGGAGGCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA--ACCAATTCCTAC---------A----ACCTT---CC----GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCT-CGCGTCACGAGAGCGT-GGACCTCTT-------GAACAGCAGTGAGAAGAATCAACG----GTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTG--CGTA-CACGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATCG-TGTGTGCCTAACC-------AGATCATA-CACAGCACTGACAAG---GTGCCCC-ACCAGTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGCAAA-CTGGTACGT-GGTAGGAAGCCTT-GACCATGGGTGGGACGCCGCCACAGATACCCTATCCA--AGGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---C-CTGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTT-AAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-ACACAGAT--GG-ACGA--GTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGG--ACCGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTCCGCTC---GCCTT---GGT--CAGGAGGAATATGAGGTGAG
gi|3 : cagatcaccatgtgtgtacctccaccgccattaagaacaattcactcgaaccatgataatggacactcggagatttactatcacgacaagcagtcccgtcctccgtacacaccgctatgatgtaatctctA---AAATCATG-C--TCG-AG---AC-ACT-GCA-AAG-------TTTGTGAGTCGA-----CGA-TTT-CCA----TCGGGGG----TG---AA--------------AT-AA-GAACTTGCGT-T-------CGC-GG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--AAGCCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATCCACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGTGGCATA--TG--TCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G----AGAGA-GA---GCAA-AG--TCA------TG---TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCC-TGCT----GCTATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CTGTCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----C-A--ACG----AAAGACG--T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA--TT------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACCC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--C-TACAAA-AGAAACCTCTAC-A-----GAG----CTCCCCA-CCCTG-GTTCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAA-CGTTTGAGAC--AAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-C----CCGGTA---------C-------------GT--TAC-GCACTGGC-AG---GT--TCC-------------------CA--A-TC--GTAAAA------GAGGAAA-CT-AT-CGC-GGT--------TC-GGCCAT--GT--TAC-C-GCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGG-T-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTACGACAATTAGG-A------C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGA-CTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTAC-A---G-CTTCGCGATGACAGGAGA---A--AGGTGgtgag
gi|4 : ATTAGCCACACCAGGAAGATCATGGTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGANTTATGCCAAAgat
gi|4 : aTGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGA---CTTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----AGTCAC--TACAACACCGCTA-CAGTGTAGTCCTGCCTCAACAGATGAC---ATCGGAG-ATACTTTCAGGG-AACAGTC-GTGTC-GTCAAGGGGTCTTGAGCTCT-CTCACCAATCCTCTTTCAACC-TCTGTTCTGGAAAC--ACAT-ATGTC--TCGAAG---AC-ACTGCCA-AAG-------TT-GTGAGTCGA-----CGATTCTGCCA----TCGGGGT--G-TG---AA--------------ATTAACCAACTTGCG--T------TCGCGGG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAAGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATC-ACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGGGGCATA--TG--TCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G----AGAAAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----AATAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGAC-G-T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TT------GCAAC--Gactaccggacaattaacttgattagccacaccaggaagaccatgttacgagtgatcctcaagagattgaagaaagaagccgaagaacatctggcagaagaacaggcaggatctagggcaggcagaagcaccgtcggacagattttcaactgccgcatcatgatggaaaagcatctccaacaccagaaacaactttcccacaatttcatagacttcaagaaagccttcgacagggtgtcgcacgcaggactatggcacgtaccgagagacttcggcatcgaggagggactagtccagatcatccagtcactacaacaccgctacagtgtagtcctgcctcaacagatgacatcggagatactttcagggaacagtcgtgtcgtcaaggggtcttgagctctctcaccaatcctctttcaacctctgttctggaaacacatatgtctcgaagacactgccaaagttgtgagtcgacgattctgccatcggggtgtgaaattaaccaacttgcgttcgcgggacgacatcgacctgatgggaagcagcaacagcgaactgcaagatatcaccaacagactagtgtgcatatcaggggcatatgtcaggaaggttagcagagaaaagagcaaagtcatggttaacagcgcaaacaacacccctgctaatatatccaataacggacaacagctagaggaagtggacgccttcaaatatctcggcgccacactaacgaaagacgtcgatccaccactgaaatcaagaccagaatcgccattgcaacg
gi|5 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaCGGGGA--A-CG---AAT------------CATCAA-CAACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GAACCT-GATGGT-GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACTTAG-T-GTA-CA--GA--TCAGGGGCATAAATG--ACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G----TGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC-TGCT----CATAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC------T-TCA--AATAT--CT-TT--GCCACCACA-----CTA--ACG----AAAGACTG-T-CG--GTCCACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA--TC------GCAAT--GGCTGT---CATAG-CAAAACTC--ACAAATAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAATGATAAATCTCTAC-AAAGTACAA----AGCACAG---CTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGT-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCCAC-AG---------CTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TTA-TG---------CC-------AAA--GT--TACAGCACTGGC-AG---AT--CCC-C--AAGTACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GAT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCAACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTT-AAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATG--ACCGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTTGCGGT--CAGAAGA---ATGAGGTGA
gi|6 : CTCT-C---TCCGT-ATTACTCATCC-TCT-TCCTAGAGAGATAAAT--------GCA-GATCAAC-CCT-TCA-AGA-------CC-ACGTGCCAA-----CTA-TCT-CCA----TCGGTGGCAG-CGCCAAGT------------CTGCAA-TA--TTACGA-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GA-TCT-GATGG--GAGGAAGT--AAC-G-CGGAACTATAA----TACAGGAT---CTT-ACAA-------GCAAGTT-AGTC-G-A-CA--GT--GCTGGTGCAT---TG--GTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAAG----TCGA-AGATCCA------TG--GTAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA----TGCTGCAACA-AC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAA-----CT-TCA--AGTAC--CTGGG--GC-ATCCTT-----CTA--TCG------AGGCGG----------CACCTG----CACA--GCCGAGGTCTGCATCG--TA--TTTGGAGGGCCAC--AGCATC---CATGG-CAAGCCTCCAACAGA-AT-ATGGAGA-AGCA----AC-ATCAGCTT-------CAAAAACCAA---GTA--A-----CAAGCGTAGC-CACTCCATGTGTCTTCTC-C--ACCCTAC---TCTACA-GCTGGAAAACC-TGGGAC--TCTTCTGGCCG-ATACTG--AAGAGG-AACAG-GCTTTCGAG-CTGAATGTATGAGA----AA--GCTAC-----TG-CACACTCCTAA-CCC--T-----AGAGC-CGTAAAAC---ATG--ATT-TGT--GAG-TG---------CCCGTTTCAGAA--GTTGTGCGGC-CTAGC-TGTGTGT--CCG-A--GGGAACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGT--------TCTGGTCAC--GTC-GA--CTAACACG-ACACCCT---CAGCAG--AC-GATCCTGCAAGGCAC---T-GTGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAG-T--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC
gi|7 : caaggctgtatcCAGAAT-AG-T-GTG-CA--GA--TCAAAGGCATA--GG--GCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G----AGAGAAGA---GCAA-AG--TTA------TG--GTTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCCCTG--------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCATA-----CTA--ACG----AAAGACGGGT-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CAGAA-CAAA-CTC--AAAAAGAT-ATTGAGG-AACAACT-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAACCTCTAC-A-----------------AAGCCCTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACTTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TCA-TG---------CC-------AAA--GT--TACAGCACTGTC-AG---GT--CCC-C--AAGTAGCCTTCCTAACG--A-T--------------------AA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--AAC-CCGCCATA-ATACCCTATCCA--AT--AC-AGTTCTACAAGGGAT---C-CTGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACG-CTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--ACAAGAAT--AG-AC-A--GC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--AACGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGAATA---ATGAGGTGAG
gi|8 : actGACGACCA-ACC-AACAACTT--TCG-----------------------A--GT--CGCACAACTGGC-TG---GT--CCT-C--GGGTACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGAAAG-TC-AT-CAT-GGT--------TT-GGGCAT--GT----------CACA----CTCTTCCCA--AC--AC-AATTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAA-CAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAAT--GGCNC-ATGGA-CACA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGT--ACAGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTAC-GATTGCTTT---GGT--CGGGAGA---CTGAGGgtg
gi|9 : GAGAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAAGT-GCTGTATAACACCTCCAGAAGTGCAGTCCT-CCTCA----ATGGCCAGATTGGAAAATAC-TTCAAGACCTCAGTCAGCATCTGGCA--GGACTGTTGGCTCTAT---CCAAC-CTTGTTCAATC-------------------ATCATG-A--GAG-GA---AC-ACT-TTA-CGG-------CT-TCAAATCTG-----CCA-TCT-CAA----GAGGAGG--G-CG---AA--------------ATCAA-
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222 2222 1 2 11 222222 111 1 1 1 11 33333333 111 1 1 1111 111 33333333333333333333333333333 1111 222222222222 2222222 11111 1111 1111 3333333333333 111111111 11 333333333 1111111 11111 11111 11111 111 111111 111 111111111111 1111 11111 11111 1111 1111 222222 111 111 666666666666666666666666666666 111 2222222 1111 111 333333333333333333333 11111111 1111 11 11111111 111 222 1111111 11 111 11111
lowQualScore : 5 66666 1 8888 1 4444 5 1 1 3 6 33 3 222222 555 2 0 99 0 0 0 00 0 66666666 000 5 0 2 0 6666 0 6 777 88888888888888888888888888888 1 99 88 8 5 1 2222 222222222222 6 1 6 6 1111111 6 2 66666 6 6 4444 6666 888 6666666666666 5 555555555 5 5 5 66 5 5 11 66 5 5 222222222 9999 5 6666666 4 777 4 66 66 66 66 22222 5 5 44444 5 33333 000 5 77 666666 77 0 5 5 000 66 77 7 0 777777777777 0 888 5 77 2222 44444 5 77 77 5 77 5 44444 77 2222 0 999 77 2222 77 1 5 77 666666 77 111 6 3 99 6 6 6 6 6 000 2 88 1 4 444444444444444444444444444444 777 6 99 111 6 6 6 99 1111111 6 99 6 6 4444 000 4 99999 6 1 1 99 3 2 6 6 5 5 5 0 77 333333333333333333333 11111111 4 777 4 1 6666 4 0 4 00 4 777 4 777 4 4 4 4 66666666 4 66 333 4 0 4 1 66 66 4 777 4 0 8 9999 0 666 4 55 4444444 9999 4 00 0 77 5 88888 5 5 5 000 66 5 66 1 00000 8 66 777
lowQualScore : . ..... . .... . .... . . . . . .. . ...... ... . . .. . . . .. . ........ ... . . . . .... . . ... ............................. . .. .. . . . .... ............ . . . . ....... . . ..... . . .... .... ... ............. . ......... . . . .. . . .. .. . . ......... .... . ....... . ... . .. .. .. .. ..... . . ..... . ..... ... . .. ...... .. . . . ... .. .. . . ............ . ... . .. .... ..... . .. .. . .. . ..... .. .... . ... .. .... .. . . .. ...... .. ... . . .. . . . . . ... . .. . . .............................. ... . .. ... . . . .. ....... . .. . . .... ... . ..... . . . .. . . . . . . . . .. ..................... ........ . ... . . .... . . . .. . ... . ... . . . . ........ . .. ... . . . . .. .. . ... . . . .... . ... . .. ....... .... . .. . .. . ..... . . . ... .. . .. . ..... . .. ...
lowQualScore : 0 55555 0 3333 0 5555 0 0 0 3 7 88 2 222222 555 5 0 00 0 0 2 88 2 22222222 888 5 2 5 0 5555 2 5 555 44444444444444444444444444444 4 00 88 0 6 5 2222 888888888888 7 0 7 7 7777777 7 2 77777 7 7 2222 9999 888 9999999999999 0 666666666 0 0 0 99 0 0 99 99 0 0 555555555 6666 0 2222222 4 888 4 11 11 99 99 55555 7 7 33333 7 11111 000 7 99 444444 99 3 7 7 000 44 99 9 7 333333333333 7 333 7 99 1111 33333 7 99 99 7 99 7 33333 99 1111 7 444 99 1111 99 7 7 99 444444 99 777 7 2 22 7 7 7 7 7 222 5 77 5 2 000000000000000000000000000000 555 7 22 777 7 7 7 22 7777777 7 22 7 7 2222 222 2 88888 7 0 7 22 5 5 7 7 7 7 7 7 99 777777777777777777777 66666666 4 888 4 0 0000 4 9 6 66 4 222 4 888 4 4 4 4 11111111 4 11 444 4 1 4 0 11 11 4 888 4 8 9 4444 9 666 0 55 4444444 4444 4 66 7 99 7 77777 7 7 7 000 11 3 11 1 33333 4 11 888
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC-TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAACG-ATGACA--------TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----GC--TCT-CT----CCAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC---C--AGCCC-T-G-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Reference ( family-1275 ) : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGACCTTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAACA-ATGACA--------TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----GC--TCT-C-----CCAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTNC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC---C--AACCC-T-G-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCNA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|1 : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAA----GCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC-TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACTGTACA-ATACCGCCAGCA-GTGCAGTCTT-CCTTAACA-ATGACA--------TCGGAGAAT-ACTT-CAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCAT---CAATGG-T-GCTT----AC--TCT-C-----CCAGTCCT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCAA--A-AC-ACTGC-A-AGA-------CT-GTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGAGG--A-CG---AAC------------CATCAAC-AGCCTGCGGGT------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-AATGG--GACGCAGC--AACAG-C-GAAT---------TGCAGTAC---CTC-ACCA-------TCAGACT-AG-C-GAG-CA--GA--TCAGGGGAATA--TG--GCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G----TGAGAAGA---GTAA-AG--CCA------TA--GTCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CAGAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACG-----CTC--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATGG-CAAAACTT--ACAAAGAT-ATGGAGA-AGCAACG-AC-ATCAGCTTT--CCTACAAAGATGAATCTCTACTA-----CAA----AGC---TTAAGCCC-T-G-GTCCTTTC-C--ATCCATC---TCCACG-GCTTCGAGACC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACATTTGAGAT--CAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--CAGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TCG-TA-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCAATAGC-AG---GT-CCCAA--G-GA-ACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAG-CT-GT-CGT-GGT--------TT-GGCCAT--GT--GAC-CCACCACA-ATACCCTACCAA--AG--AC-AGTCTTACAAGGGAC---C-ATGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAG-CGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGG--ACCGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCC-TCGCGGT--CAGGAG----ATGAGGTGAG
gi|10 : A--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--ATGT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGATA-CT-GT-CAT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-AAACCCTATCCA--AG--AC-AATTCTACAAGGGAC---T-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATG-CGAAG-A--Gt
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACACGAAC--GG-AG-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-A---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|12 : agcAGGAAA-CT-GT-CGT-GGA--------TC-GGTCAT--GT--TAC-CCGCTACA-ATATCCTGTCCA--AT--AC-AATCCTATAAAGGAC---C-TTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CAG-----------GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGgtg
gi|13 : -CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-GCG-ACATC--GA-CCT-GATAG--GAAGCAGC--AACAG-T-GAGC---------TGCAAGA------------------------CT-AG-T-GTA-CA--GA--TCAAGGGCATA--TG--GCATGGA-----
gi|14 : ATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--AA-CCT-CATGG--GAGGCAAC--AACAG-C-GAAC---------TACAAGAC---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGC
gi|15 : AGGAG--ACCGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTAC-A---ATTTT----GT--CAGGGGA---ATGAGATGAG
gi|16 : --ACCGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCAGT--CAGGAGA---ATGAGGCGAGat
gi|17 : aA--AGT--C-----ACAGCACTGAC-AG---GT-CCCCA--T-GT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|2 : CAGA--TCA-CC----ATGT-G-TGTACCTCCACCGCCATTAAGAACAATTCA-CTCGAACC-ATGATAATGGACACTCGGAGATTTACTATCACGACAAGCAGTCCCGTCCTCCGTACACA-----CCGCTATGATGTAATCT-CTTCCTCCACTCTC-TCTCAACCATCT-TTC-GGAACAG-CT-ATG-TCTGCGA--GTACCACTGC-ACAGGAATCTTTTT-GAGAGTCGAAGTCTCGAG-TT-CCACCTCTCGGGGG--AACG---CATACATACGTAGTCCATCACT-AA-TAGCGC-TAATTAATCGC-CGGACGGACTTCATGA-CCTAGACGGCGGAGG--GCTTACCAGAC-GAGCCGACACCCATGCCACATATACTC-ACAAGTAGCTGACATACT-CG-CTATGACACCGACTTCAGG-----A--TGATGCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG----TGAGAAGATGTATAACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCCCTGGT----CATAT--TCCATG-AACGGA-C-ACAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTC-TCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATCCACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCG---GCAACTGGACCGCATACCCAGCCAAAATAC--TCCAGTATGATGGAGGCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA--ACCAATTCCTA---------------------C--AACCT-TCC-GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCT-CGCGTCACGAGAGCGT-GGACCTCTT-------GAACAGCAGTGAGAAGAATCAACG----GTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTG--CGTA-CACGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATCG-TGTGTGCCT-------AACCAGA--TCATACACAGCACTGACAAG---GTGCCCCACCA-GTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGCAAA-CTGGTACGT-GGTAGGAAGCCTT-GACCATGGGTGGGACGCCGCCACAGATACCCTATCCA--AGGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---C-CTGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTT-AAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-ACACAGAT--GG-ACGA--GTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGG--ACCGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTCCGCTC---GCCTT---GGT--CAGGAGGAATATGAGGTGAG
gi|3 : AAA-ATCATG-C--TCGA--G-AC-ACTGC-A-AAG-------TTTGTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGGGG----TG---AA--------------AT-AAG-AACTTGCGT-T-------CGC-GG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--AAGCCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATCCACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGTGGCATA--TG--TCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G----AGAGA-GA---GCAA-AG--TCA------TG---TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCC-TGCT----GCTATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CTGTCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----C-A--ACG----AAAGACG--T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA--TT------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACCC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--C-TACAAA-AGAAACCTCTAC-A-------G----AGCTCCC--CACCC-T-G-GTTCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAA-CGTTTGAGAC--AAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-C----CCGGTA-----C-------------GT--T-----AC-GCACTGGC-AG---GT-TCCCA----------------------A-TC--GTAAAA------GAGGAAA-CT-AT-CGC-GGT--------TC-GGCCAT--GT--TAC-C-GCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGG-T-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTACGACAATTAGG-A------C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGA-CTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTAC-A---G-CTTCGCGATGACAGGAGA---A--AGGTGgtgag
gi|4 : ATTAGCCACACCAGGAAGATCATGGTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGANTTATGCCAAAgat
gi|4 : aTGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC-TTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACT--ACA-ACACCGCTA-CA-GTGTAGTCCTGCCTCAACAGATGACA--------TCGGAGA-T-ACTTTCAGGG-AA-CAGTC--G-TGTC-GT---CAAGGGGTCTTGA----GC--TCT-CTCA--CCAATCCTCTTTCAACC-TCTGTTCTGGAAACACAT-ATGTC--TCGAA-G-AC-ACTGCCA-AAG-------TT-GTGAGTCGA-----CGATTCTGCCA----TCGGGGT--G-TG---AA--------------ATTAACCAACTTGCG--T------TCGCGGG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAAGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATC-ACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGGGGCATA--TG--TCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G----AGAAAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----AATAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGAC-G-T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TT------GCAAC--Gactaccggacaattaacttgattagccacaccaggaagaccatgttacgagtgatcctcaagagattgaagaaagaagccgaagaacatctggcagaagaacaggcaggatctagggcaggcagaagcaccgtcggacagattttcaactgccgcatcatgatggaaaagcatctccaacaccagaaacaactttcccacaatttcatagacttcaagaaagccttcgacagggtgtcgcacgcaggactatggcacgtaccgagagacttcggcatcgaggagggactagtccagatcatccagtcactacaacaccgctacagtgtagtcctgcctcaacagatgacatcggagatactttcagggaacagtcgtgtcgtcaaggggtcttgagctctctcaccaatcctctttcaacctctgttctggaaacacatatgtctcgaagacactgccaaagttgtgagtcgacgattctgccatcggggtgtgaaattaaccaacttgcgttcgcgggacgacatcgacctgatgggaagcagcaacagcgaactgcaagatatcaccaacagactagtgtgcatatcaggggcatatgtcaggaaggttagcagagaaaagagcaaagtcatggttaacagcgcaaacaacacccctgctaatatatccaataacggacaacagctagaggaagtggacgccttcaaatatctcggcgccacactaacgaaagacgtcgatccaccactgaaatcaagaccagaatcgccattgcaacg
gi|5 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaCGGGGA--A-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GAACCT-GATGGT-GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACTTAG-T-GTA-CA--GA--TCAGGGGCATAAATG--ACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G----TGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC-TGCT----CATAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC------T-TCA--AATAT--CT-TT--GCCACCACA-----CTA--ACG----AAAGACTG-T-CG--GTCCACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA--TC------GCAAT--GGCTGT---CATAG-CAAAACTC--ACAAATAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAATGATAAATCTCTAC-AAAGTACAA----AGCA--C--AGC---T-G-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGT-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCCAC-AG---------CTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TTA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---AT-CCCCA--A-GT-ACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GAT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCAACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTT-AAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATG--ACCGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTTGCGGT--CAGAAGA---ATGAGGTGA
gi|6 : AAGG-CTGTAT----CC--TCT-C-----TCCGTATT-ACTCATCC-TCT-TCCTAGAGAGA-TAAATG-C--A-GATCA-AC-CCTTC-A-AGA-------CC-ACGTGCCAA-----CTAT-CT-CCA----TCGGTGGCAG-CGCCAAGT------------CTGCAAT-A--TTACGA-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GA-TCT-GATGG--GAGGAAGT--AAC-G-CGGAACTATAA----TACAGGAT---CTT-ACAA-------GCAAGTT-AGTC-G-A-CA--GT--GCTGGTGCAT---TG--GTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAAG----TCGA-AGATCCA------TG--GTAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA----TGCTGCAACA-AC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAA-----CT-TCA--AGTAC--CTGGG--GC-ATCCTT-----CTA--TCG------AGGCGG----------CACCTG----CACA--GCCGAGGTCTGCATCG--TA--TTTGGAGGGCCAC--AGCATC---CATGG-CAAGCCTCCAACAGA-AT-ATGGAGA-AGCA----AC-ATCAGCTT-------CAAAAACCAA---GTA--A-----CAAGCGTAGC---C--ACTCCAT-GTGTCTTCTC-C--ACCCTAC---TCTACA-GCTGGAAAACC-TGGGAC--TCTTCTGGCCG-ATACTG--AAGAGG-AACAG-GCTTTCGAG-CTGAATGTATGAGA----AA--GCTAC-----TG-CACACTCCTAA-CCC--T-----AGAGC-CGTAAAAC---ATG--ATT-TGT--GAG-TG-----CCCGTTTCAGA--AGTTGT-----GCGGC-CTAGC-TGTGTGT-CCGAG--G-GA-ACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGT--------TCTGGTCAC--GTC-GA--CTAACACG-ACACCCT---CAGCAG--AC-GATCCTGCAAGGCAC---T-GTGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAG-T--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC
gi|7 : cCAGAAT-AG-T-GTG-CA--GA--TCAAAGGCATA--GG--GCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G----AGAGAAGA---GCAA-AG--TTA------TG--GTTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCCCTG--------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCATA-----CTA--ACG----AAAGACGGGT-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CAGAA-CAAA-CTC--AAAAAGAT-ATTGAGG-AACAACT-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAACCTCTAC-A-------A----AGC---C------C-T-G-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACTTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TCA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGTC-AG---GT-CCCCA--A-GT-AGCCTTCCTAACG--A-T--------------------AA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--AAC-CCGCCATA-ATACCCTATCCA--AT--AC-AGTTCTACAAGGGAT---C-CTGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACG-CTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--ACAAGAAT--AG-AC-A--GC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--AACGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGAATA---ATGAGGTGAG
gi|8 : actGACGACCA-ACC-AACAACTT--TCG---------------------AGT--C-----GCACAACTGGC-TG---GT-CCTCG--G-GT-ACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGAAAG-TC-AT-CAT-GGT--------TT-GGGCAT--GT----------CACA----CTCTTCCCA--AC--AC-AATTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAA-CAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAAT--GGCNC-ATGGA-CACA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGT--ACAGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTAC-GATTGCTTT---GGT--CGGGAGA---CTGAGGgtg
gi|9 : GAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAA-GT-GCTGTATA-ACACCTCCAGAA-GTGCAGTCCT-CCTCAATG-GCCAGA--------TTGGAAAAT-ACTT-CAAGACCT-CAGTC--AGCATCTGG---CA-GGA-CTGTTG----GC--TCTAT-----CCAACCTT-GTTCAATC-----------------ATCATG-A--GAGG--A-AC-ACTTT-A-CGG-------CT-TCAAATCTG-----CCAT-CT-CAA----GAGGAGG--G-CG---AA--------------ATCAA
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222 2222 1 222 11 222222 111 1 1 1 3333333333 1 111 1 1 1111 111 44444444444444444444 11 11 1111 222222222222 2222222 11111 1111 1111 3333333333333 111111111 11 333333333 1111111 11111 11111 11111 111 111111 111 111111111111 1111 11111 11111 1111 1111 222222 111 111 666666666666666666666666666666 111 2222222 1111 111 333333333333333333333 11111111 1111 11 11111111 111 222 1111111 11 111 11111
lowQualScore : 5 66666 1 8888 1 4444 5 1 1 333 6 33 3 222222 555 2 0 99 0 0 0 2222222222 0 000 5 0 2 0 6666 0 6 777 44444444444444444444 11 0 11 22 99 88 8 5 1 2222 222222222222 6 6 6 1111111 6 2 66666 6 6 4444 6666 888 6666666666666 5 555555555 5 5 5 66 5 5 11 66 5 5 222222222 9999 5 6666666 4 777 4 66 66 66 66 22222 5 5 44444 5 33333 000 5 77 666666 77 0 5 5 000 66 77 7 0 777777777777 0 888 5 77 2222 44444 5 77 77 5 77 5 44444 77 2222 0 999 77 2222 77 1 5 77 666666 77 111 6 3 99 6 6 6 6 6 000 2 88 1 4 777777777777777777777777777777 6 6 99 111 6 6 6 99 1111111 6 99 6 6 4444 000 4 99999 6 1 1 99 3 2 6 6 5 5 5 0 77 333333333333333333333 11111111 4 777 4 6666 4 0 4 00 4 777 4 777 4 4 4 4 66666666 4 66 333 4 0 4 1 66 66 4 777 4 0 8 9999 0 666 4 55 4444444 9999 4 00 0 77 5 88888 5 5 5 000 66 5 66 1 00000 8 66 777
lowQualScore : . ..... . .... . .... . . . ... . .. . ...... ... . . .. . . . .......... . ... . . . . .... . . ... .................... .. . .. .. .. .. . . . .... ............ . . . ....... . . ..... . . .... .... ... ............. . ......... . . . .. . . .. .. . . ......... .... . ....... . ... . .. .. .. .. ..... . . ..... . ..... ... . .. ...... .. . . . ... .. .. . . ............ . ... . .. .... ..... . .. .. . .. . ..... .. .... . ... .. .... .. . . .. ...... .. ... . . .. . . . . . ... . .. . . .............................. . . .. ... . . . .. ....... . .. . . .... ... . ..... . . . .. . . . . . . . . .. ..................... ........ . ... . .... . . . .. . ... . ... . . . . ........ . .. ... . . . . .. .. . ... . . . .... . ... . .. ....... .... . .. . .. . ..... . . . ... .. . .. . ..... . .. ...
lowQualScore : 0 55555 0 3333 0 5555 0 0 0 333 7 88 2 222222 555 5 0 00 0 0 2 2222222222 0 888 5 2 5 0 5555 2 5 555 00000000000000000000 00 8 00 22 00 88 0 6 5 2222 888888888888 7 7 7 7777777 7 2 77777 7 7 2222 9999 888 9999999999999 0 666666666 0 0 0 99 0 0 99 99 0 0 555555555 6666 0 2222222 4 888 4 11 11 99 99 55555 7 7 33333 7 11111 000 7 99 444444 99 3 7 7 000 44 99 9 7 333333333333 7 333 7 99 1111 33333 7 99 99 7 99 7 33333 99 1111 7 444 99 1111 99 7 7 99 444444 99 777 7 2 22 7 7 7 7 7 222 5 77 5 2 222222222222222222222222222222 7 7 22 777 7 7 7 22 7777777 7 22 7 7 2222 222 2 88888 7 0 7 22 5 5 7 7 7 7 7 7 99 777777777777777777777 66666666 4 888 4 0000 4 9 6 66 4 222 4 888 4 4 4 4 11111111 4 11 444 4 1 4 0 11 11 4 888 4 8 9 4444 9 666 0 55 4444444 4444 4 66 7 99 7 77777 7 7 7 000 11 3 11 1 33333 4 11 888
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC----C--AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Reference ( family-1275 ) : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC----C--AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|1 : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAA----GCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACTGTACA-ATACCGCCAGCA-GTGCAGTCTT-CCTTAAC---AAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTT-CAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCAT---CAATGG-T-GCTT----A----CTCT--C-C--CAGTCCT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCAA--A-AC-ACTGC-A-AGA-------CT-GTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGAGG--A-CG---AAC------------CATCAAC-AGCCTGCGGGT------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-AATGG--GACGCAGC--AACAG-C-GAAT---------TGCAGTAC---CTC-ACCA-------TCAGACT-AG-C-GAG-CA--GA--TCAGGGGAATA--TG--GCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G----TGAGAAGA---GTAA-AG--CCA------TA--GTCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CAGAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACG-----CTC--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATGG-CAAAACTT--ACAAAGAT-ATGGAGA-AGCAACG-AC-ATCAGCTTT--CCTACAAAGATGAATCTCTACTA-----CAA----AGC----TTAAGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCATC---TCCACG-GCTTCGAGACC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACATTTGAGAT--CAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--CAGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TCG-TA-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCAATAGC-AG---GT-CCCAA--G-GA-ACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAG-CT-GT-CGT-GGT--------TT-GGCCAT--GT--GAC-CCACCACA-ATACCCTACCAA--AG--AC-AGTCTTACAAGGGAC---C-ATGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAG-CGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGG--ACCGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCC-TCGCGGT--CAGGAG----ATGAGGTGAG
gi|10 : A--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--ATGT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGATA-CT-GT-CAT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-AAACCCTATCCA--AG--AC-AATTCTACAAGGGAC---T-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATG-CGAAG-A--Gt
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACACGAAC--GG-AG-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-A---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|12 : agcAGGAAA-CT-GT-CGT-GGA--------TC-GGTCAT--GT--TAC-CCGCTACA-ATATCCTGTCCA--AT--AC-AATCCTATAAAGGAC---C-TTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CAG-----------GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGgtg
gi|13 : -CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-GCG-ACATC--GA-CCT-GATAG--GAAGCAGC--AACAG-T-GAGC---------TGCAAGA------------------------CT-AG-T-GTA-CA--GA--TCAAGGGCATA--TG--GCATGGA-----
gi|14 : ATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--AA-CCT-CATGG--GAGGCAAC--AACAG-C-GAAC---------TACAAGAC---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGC
gi|15 : AGGAG--ACCGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTAC-A---ATTTT----GT--CAGGGGA---ATGAGATGAG
gi|16 : --ACCGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCAGT--CAGGAGA---ATGAGGCGAGat
gi|17 : aA--AGT--C-----ACAGCACTGAC-AG---GT-CCCCA--T-GT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|2 : CAGA--TCA-CC----ATGT-G-TGTACCTCCACCGCCATTAAGAACAATTCA-CTCGAACCATGATAATGGACACTCGGAGATTTACTATCACGACAAGCAGTCCCGTCCTCCGTACACA-----CCGCTATGATGTAATCTCTTCCTC--CACTCTC-TCTCAACCATCT-TTC-GGAACAG-CT-ATG-TCTGCGA--GTACCACTGC-ACAGGAATCTTTTT-GAGAGTCGAAGTCTCGAG-TT-CCACCTCTCGGGGG--AACG---CATACATACGTAGTCCATCACT-AA-TAGCGC-TAATTAATCGC-CGGACGGACTTCATGA-CCTAGACGGCGGAGG--GCTTACCAGAC-GAGCCGACACCCATGCCACATATACTC-ACAAGTAGCTGACATACT-CG-CTATGACACCGACTTCAGG-----A--TGATGCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG----TGAGAAGATGTATAACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCCCTGGT----CATAT--TCCATG-AACGGA-C-ACAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTC-TCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATCCACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCG---GCAACTGGACCGCATACCCAGCCAAAATAC--TCCAGTATGATGGAGGCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA--ACCAATTCCTAC--------------AAC----C--TTCC-----GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCT-CGCGTCACGAGAGCGT-GGACCTCTT-------GAACAGCAGTGAGAAGAATCAACG----GTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTG--CGTA-CACGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATCG-TGTGTGCCT-------AACCAGA--TCATACACAGCACTGACAAG---GTGCCCCACCA-GTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGCAAA-CTGGTACGT-GGTAGGAAGCCTT-GACCATGGGTGGGACGCCGCCACAGATACCCTATCCA--AGGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---C-CTGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTT-AAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-ACACAGAT--GG-ACGA--GTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGG--ACCGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTCCGCTC---GCCTT---GGT--CAGGAGGAATATGAGGTGAG
gi|3 : AAA-ATCATG-C--TCGA--G-AC-ACTGC-A-AAG-------TTTGTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGGGG----TG---AA--------------AT-AAG-AACTTGCGT-T-------CGC-GG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--AAGCCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATCCACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGTGGCATA--TG--TCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G----AGAGA-GA---GCAA-AG--TCA------TG---TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCC-TGCT----GCTATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CTGTCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----C-A--ACG----AAAGACG--T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA--TT------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACCC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--C-TACAAA-AGAAACCTCTAC-A-------G----AGCTCCCC--A-CCC-TG-GTTCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAA-CGTTTGAGAC--AAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-C----CCGGTA-----C-------------GT--T-----AC-GCACTGGC-AG---GT-TCCCA----------------------A-TC--GTAAAA------GAGGAAA-CT-AT-CGC-GGT--------TC-GGCCAT--GT--TAC-C-GCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGG-T-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTACGACAATTAGG-A------C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGA-CTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTAC-A---G-CTTCGCGATGACAGGAGA---A--AGGTGgtgag
gi|4 : ATTAGCCACACCAGGAAGATCATGGTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGANTTATGCCAAAgat
gi|4 : aTGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACT--ACA-ACACCGCTA-CA-GTGTAGTCCTGCCTCAACA--GAT----GACA-TCGGAGA-T-ACTTTCAGGG-AA-CAGTC--G-TGTC-GT---CAAGGGGTCTTGA----G----CTCT--CTCACCAATCCTCTTTCAACC-TCTGTTCTGGAAACACAT-ATGTC--TCGAA-G-AC-ACTGCCA-AAG-------TT-GTGAGTCGA-----CGATTCTGCCA----TCGGGGT--G-TG---AA--------------ATTAACCAACTTGCG--T------TCGCGGG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAAGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATC-ACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGGGGCATA--TG--TCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G----AGAAAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----AATAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGAC-G-T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TT------GCAAC--Gactaccggacaattaacttgattagccacaccaggaagaccatgttacgagtgatcctcaagagattgaagaaagaagccgaagaacatctggcagaagaacaggcaggatctagggcaggcagaagcaccgtcggacagattttcaactgccgcatcatgatggaaaagcatctccaacaccagaaacaactttcccacaatttcatagacttcaagaaagccttcgacagggtgtcgcacgcaggactatggcacgtaccgagagacttcggcatcgaggagggactagtccagatcatccagtcactacaacaccgctacagtgtagtcctgcctcaacagatgacatcggagatactttcagggaacagtcgtgtcgtcaaggggtcttgagctctctcaccaatcctctttcaacctctgttctggaaacacatatgtctcgaagacactgccaaagttgtgagtcgacgattctgccatcggggtgtgaaattaaccaacttgcgttcgcgggacgacatcgacctgatgggaagcagcaacagcgaactgcaagatatcaccaacagactagtgtgcatatcaggggcatatgtcaggaaggttagcagagaaaagagcaaagtcatggttaacagcgcaaacaacacccctgctaatatatccaataacggacaacagctagaggaagtggacgccttcaaatatctcggcgccacactaacgaaagacgtcgatccaccactgaaatcaagaccagaatcgccattgcaacg
gi|5 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaCGGGGA--A-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GAACCT-GATGGT-GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACTTAG-T-GTA-CA--GA--TCAGGGGCATAAATG--ACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G----TGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC-TGCT----CATAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC------T-TCA--AATAT--CT-TT--GCCACCACA-----CTA--ACG----AAAGACTG-T-CG--GTCCACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA--TC------GCAAT--GGCTGT---CATAG-CAAAACTC--ACAAATAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAATGATAAATCTCTAC-AAAGTACAA----AGCA---C--AGC---TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGT-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCCAC-AG---------CTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TTA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---AT-CCCCA--A-GT-ACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GAT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCAACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTT-AAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATG--ACCGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTTGCGGT--CAGAAGA---ATGAGGTGA
gi|6 : AAGG-CTGTAT----C----CTCT--CTC--C-GTATT-ACTCATCC-TCT-TCCTAGAGAGA-TAAATG-C--A-GATCA-AC-CCTTC-A-AGA-------CC-ACGTGCCAA-----CTAT-CT-CCA----TCGGTGGCAG-CGCCAAGT------------CTGCAAT-A--TTACGA-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GA-TCT-GATGG--GAGGAAGT--AAC-G-CGGAACTATAA----TACAGGAT---CTT-ACAA-------GCAAGTT-AGTC-G-A-CA--GT--GCTGGTGCAT---TG--GTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAAG----TCGA-AGATCCA------TG--GTAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA----TGCTGCAACA-AC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAA-----CT-TCA--AGTAC--CTGGG--GC-ATCCTT-----CTA--TCG------AGGCGG----------CACCTG----CACA--GCCGAGGTCTGCATCG--TA--TTTGGAGGGCCAC--AGCATC---CATGG-CAAGCCTCCAACAGA-AT-ATGGAGA-AGCA----AC-ATCAGCTT-------CAAAAACCAA---GTA--A-----CAAGCGTAGC----C--ACTCCATGTGTCTTCTC-C--ACCCTAC---TCTACA-GCTGGAAAACC-TGGGAC--TCTTCTGGCCG-ATACTG--AAGAGG-AACAG-GCTTTCGAG-CTGAATGTATGAGA----AA--GCTAC-----TG-CACACTCCTAA-CCC--T-----AGAGC-CGTAAAAC---ATG--ATT-TGT--GAG-TG-----CCCGTTTCAGA--AGTTGT-----GCGGC-CTAGC-TGTGTGT-CCGAG--G-GA-ACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGT--------TCTGGTCAC--GTC-GA--CTAACACG-ACACCCT---CAGCAG--AC-GATCCTGCAAGGCAC---T-GTGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAG-T--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC
gi|7 : cCAGAAT-AG-T-GTG-CA--GA--TCAAAGGCATA--GG--GCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G----AGAGAAGA---GCAA-AG--TTA------TG--GTTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCCCTG--------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCATA-----CTA--ACG----AAAGACGGGT-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CAGAA-CAAA-CTC--AAAAAGAT-ATTGAGG-AACAACT-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAACCTCTAC-A------------A---------AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACTTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TCA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGTC-AG---GT-CCCCA--A-GT-AGCCTTCCTAACG--A-T--------------------AA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--AAC-CCGCCATA-ATACCCTATCCA--AT--AC-AGTTCTACAAGGGAT---C-CTGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACG-CTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--ACAAGAAT--AG-AC-A--GC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--AACGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGAATA---ATGAGGTGAG
gi|8 : actGACGACCA-ACC-AACAACTT--TCG---------------------AGT--C-----GCACAACTGGC-TG---GT-CCTCG--G-GT-ACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGAAAG-TC-AT-CAT-GGT--------TT-GGGCAT--GT----------CACA----CTCTTCCCA--AC--AC-AATTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAA-CAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAAT--GGCNC-ATGGA-CACA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGT--ACAGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTAC-GATTGCTTT---GGT--CGGGAGA---CTGAGGgtg
gi|9 : GAGAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAA-GT-GCTGTATA-ACACCTCCAGAA-GTGCAGTCCT-CCTCAAT---GGC----CAGA-TTGGAAAAT-ACTT-CAAGACCT-CAGTC--AGCATCTGG---CA-GGA-CTGTTG----G----CTCT--ATC--CAACCTT-GTTCAATC-----------------ATCATG-A--GAGG--A-AC-ACTTT-A-CGG-------CT-TCAAATCTG-----CCAT-CT-CAA----GAGGAGG--G-CG---AA--------------ATCAA
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222 2222 1 222 11 222222 111 1 1 1 3333333333 1 111 1 1 1111 111 44444444444444444444 11 11 1111 222222222222 2222222 11111 1111 1111 3333333333333 111111111 11 333333333 1111111 11111 11111 11111 111 111111 111 111111111111 1111 11111 11111 1111 1111 222222 111 111 666666666666666666666666666666 111 2222222 1111 111 333333333333333333333 11111111 1111 11 11111111 111 222 1111111 11 111 11111
lowQualScore : 5 66666 1 8888 1 4444 5 1 1 333 6 33 3 222222 555 2 0 99 0 0 0 2222222222 0 000 5 0 2 0 6666 0 6 777 44444444444444444444 11 0 11 22 99 88 8 5 1 2222 222222222222 6 6 6 1111111 6 2 66666 6 6 4444 6666 888 6666666666666 5 555555555 5 5 5 66 5 5 11 66 5 5 222222222 9999 5 6666666 4 777 4 66 66 66 66 22222 5 5 44444 5 33333 000 5 77 666666 77 0 5 5 000 66 77 7 0 777777777777 0 888 5 77 2222 44444 5 77 77 5 77 5 44444 77 2222 0 999 77 2222 77 1 5 77 666666 77 111 6 3 99 6 6 6 6 6 000 2 88 1 4 777777777777777777777777777777 6 6 99 111 6 6 6 99 1111111 6 99 6 6 4444 000 4 99999 6 1 1 99 3 2 6 6 5 5 5 0 77 333333333333333333333 11111111 4 777 4 6666 4 0 4 00 4 777 4 777 4 4 4 4 66666666 4 66 333 4 0 4 1 66 66 4 777 4 0 8 9999 0 666 4 55 4444444 9999 4 00 0 77 5 88888 5 5 5 000 66 5 66 1 00000 8 66 777
lowQualScore : . ..... . .... . .... . . . ... . .. . ...... ... . . .. . . . .......... . ... . . . . .... . . ... .................... .. . .. .. .. .. . . . .... ............ . . . ....... . . ..... . . .... .... ... ............. . ......... . . . .. . . .. .. . . ......... .... . ....... . ... . .. .. .. .. ..... . . ..... . ..... ... . .. ...... .. . . . ... .. .. . . ............ . ... . .. .... ..... . .. .. . .. . ..... .. .... . ... .. .... .. . . .. ...... .. ... . . .. . . . . . ... . .. . . .............................. . . .. ... . . . .. ....... . .. . . .... ... . ..... . . . .. . . . . . . . . .. ..................... ........ . ... . .... . . . .. . ... . ... . . . . ........ . .. ... . . . . .. .. . ... . . . .... . ... . .. ....... .... . .. . .. . ..... . . . ... .. . .. . ..... . .. ...
lowQualScore : 0 55555 0 3333 0 5555 0 0 0 333 7 88 2 222222 555 5 0 00 0 0 2 2222222222 0 888 5 2 5 0 5555 2 5 555 00000000000000000000 00 8 00 22 00 88 0 6 5 2222 888888888888 7 7 7 7777777 7 2 77777 7 7 2222 9999 888 9999999999999 0 666666666 0 0 0 99 0 0 99 99 0 0 555555555 6666 0 2222222 4 888 4 11 11 99 99 55555 7 7 33333 7 11111 000 7 99 444444 99 3 7 7 000 44 99 9 7 333333333333 7 333 7 99 1111 33333 7 99 99 7 99 7 33333 99 1111 7 444 99 1111 99 7 7 99 444444 99 777 7 2 22 7 7 7 7 7 222 5 77 5 2 222222222222222222222222222222 7 7 22 777 7 7 7 22 7777777 7 22 7 7 2222 222 2 88888 7 0 7 22 5 5 7 7 7 7 7 7 99 777777777777777777777 66666666 4 888 4 0000 4 9 6 66 4 222 4 888 4 4 4 4 11111111 4 11 444 4 1 4 0 11 11 4 888 4 8 9 4444 9 666 0 55 4444444 4444 4 66 7 99 7 77777 7 7 7 000 11 3 11 1 33333 4 11 888
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC----C--AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Reference ( family-1275 ) : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC----C--AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|1 : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAA----GCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACTGTACA-ATACCGCCAGCA-GTGCAGTCTT-CCTTAAC---AAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTT-CAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCAT---CAATGG-T-GCTT----A----CTCT--C-C--CAGTCCT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCAA--A-AC-ACTGC-A-AGA-------CT-GTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGAGG--A-CG---AAC------------CATCAAC-AGCCTGCGGGT------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-AATGG--GACGCAGC--AACAG-C-GAAT---------TGCAGTAC---CTC-ACCA-------TCAGACT-AG-C-GAG-CA--GA--TCAGGGGAATA--TG--GCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G----TGAGAAGA---GTAA-AG--CCA------TA--GTCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CAGAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACG-----CTC--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATGG-CAAAACTT--ACAAAGAT-ATGGAGA-AGCAACG-AC-ATCAGCTTT--CCTACAAAGATGAATCTCTACTA-----CAA----AGC----TTAAGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCATC---TCCACG-GCTTCGAGACC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACATTTGAGAT--CAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--CAGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TCG-TA-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCAATAGC-AG---GT-CCCAA--G-GA-ACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAG-CT-GT-CGT-GGT--------TT-GGCCAT--GT--GAC-CCACCACA-ATACCCTACCAA--AG--AC-AGTCTTACAAGGGAC---C-ATGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAG-CGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGG--ACCGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCC-TCGCGGT--CAGGAG----ATGAGGTGAG
gi|10 : A--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--ATGT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGATA-CT-GT-CAT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-AAACCCTATCCA--AG--AC-AATTCTACAAGGGAC---T-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATG-CGAAG-A--Gt
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACACGAAC--GG-AG-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-A---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|12 : agcAGGAAA-CT-GT-CGT-GGA--------TC-GGTCAT--GT--TAC-CCGCTACA-ATATCCTGTCCA--AT--AC-AATCCTATAAAGGAC---C-TTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CAG-----------GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGgtg
gi|13 : -CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-GCG-ACATC--GA-CCT-GATAG--GAAGCAGC--AACAG-T-GAGC---------TGCAAGA------------------------CT-AG-T-GTA-CA--GA--TCAAGGGCATA--TG--GCATGGA-----
gi|14 : ATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--AA-CCT-CATGG--GAGGCAAC--AACAG-C-GAAC---------TACAAGAC---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGC
gi|15 : AGGAG--ACCGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTAC-A---ATTTT----GT--CAGGGGA---ATGAGATGAG
gi|16 : --ACCGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCAGT--CAGGAGA---ATGAGGCGAGat
gi|17 : aA--AGT--C-----ACAGCACTGAC-AG---GT-CCCCA--T-GT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|2 : CAGA--TCA-CC----ATGT-G-TGTACCTCCACCGCCATTAAGAACAATTCA-CTCGAACCATGATAATGGACACTCGGAGATTTACTATCACGACAAGCAGTCCCGTCCTCCGTACACA-----CCGCTATGATGTAATCTCTTCCTC--CACTCTC-TCTCAACCATCT-TTC-GGAACAG-CT-ATG-TCTGCGA--GTACCACTGC-ACAGGAATCTTTTT-GAGAGTCGAAGTCTCGAG-TT-CCACCTCTCGGGGG--AACG---CATACATACGTAGTCCATCACT-AA-TAGCGC-TAATTAATCGC-CGGACGGACTTCATGA-CCTAGACGGCGGAGG--GCTTACCAGAC-GAGCCGACACCCATGCCACATATACTC-ACAAGTAGCTGACATACT-CG-CTATGACACCGACTTCAGG-----A--TGATGCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG----TGAGAAGATGTATAACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCCCTGGT----CATAT--TCCATG-AACGGA-C-ACAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTC-TCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATCCACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCG---GCAACTGGACCGCATACCCAGCCAAAATAC--TCCAGTATGATGGAGGCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA--ACCAATTCCTAC--------------AAC----C--TTCC-----GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCT-CGCGTCACGAGAGCGT-GGACCTCTT-------GAACAGCAGTGAGAAGAATCAACG----GTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTG--CGTA-CACGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATCG-TGTGTGCCT-------AACCAGA--TCATACACAGCACTGACAAG---GTGCCCCACCA-GTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGCAAA-CTGGTACGT-GGTAGGAAGCCTT-GACCATGGGTGGGACGCCGCCACAGATACCCTATCCA--AGGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---C-CTGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTT-AAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-ACACAGAT--GG-ACGA--GTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGG--ACCGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTCCGCTC---GCCTT---GGT--CAGGAGGAATATGAGGTGAG
gi|3 : AAA-ATCATG-C--TCGA--G-AC-ACTGC-A-AAG-------TTTGTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGGGG----TG---AA--------------AT-AAG-AACTTGCGT-T-------CGC-GG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--AAGCCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATCCACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGTGGCATA--TG--TCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G----AGAGA-GA---GCAA-AG--TCA------TG---TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCC-TGCT----GCTATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CTGTCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----C-A--ACG----AAAGACG--T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA--TT------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACCC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--C-TACAAA-AGAAACCTCTAC-A-------G----AGCTCCCC--A-CCC-TG-GTTCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAA-CGTTTGAGAC--AAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-C----CCGGTA-----C-------------GT--T-----AC-GCACTGGC-AG---GT-TCCCA----------------------A-TC--GTAAAA------GAGGAAA-CT-AT-CGC-GGT--------TC-GGCCAT--GT--TAC-C-GCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGG-T-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTACGACAATTAGG-A------C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGA-CTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTAC-A---G-CTTCGCGATGACAGGAGA---A--AGGTGgtgag
gi|4 : ATTAGCCACACCAGGAAGATCATGGTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGANTTATGCCAAAgat
gi|4 : aTGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACT--ACA-ACACCGCTA-CA-GTGTAGTCCTGCCTCAACA--GAT----GACA-TCGGAGA-T-ACTTTCAGGG-AA-CAGTC--G-TGTC-GT---CAAGGGGTCTTGA----G----CTCT--CTCACCAATCCTCTTTCAACC-TCTGTTCTGGAAACACAT-ATGTC--TCGAA-G-AC-ACTGCCA-AAG-------TT-GTGAGTCGA-----CGATTCTGCCA----TCGGGGT--G-TG---AA--------------ATTAACCAACTTGCG--T------TCGCGGG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAAGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATC-ACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGGGGCATA--TG--TCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G----AGAAAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----AATAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGAC-G-T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TT------GCAAC--Gactaccggacaattaacttgattagccacaccaggaagaccatgttacgagtgatcctcaagagattgaagaaagaagccgaagaacatctggcagaagaacaggcaggatctagggcaggcagaagcaccgtcggacagattttcaactgccgcatcatgatggaaaagcatctccaacaccagaaacaactttcccacaatttcatagacttcaagaaagccttcgacagggtgtcgcacgcaggactatggcacgtaccgagagacttcggcatcgaggagggactagtccagatcatccagtcactacaacaccgctacagtgtagtcctgcctcaacagatgacatcggagatactttcagggaacagtcgtgtcgtcaaggggtcttgagctctctcaccaatcctctttcaacctctgttctggaaacacatatgtctcgaagacactgccaaagttgtgagtcgacgattctgccatcggggtgtgaaattaaccaacttgcgttcgcgggacgacatcgacctgatgggaagcagcaacagcgaactgcaagatatcaccaacagactagtgtgcatatcaggggcatatgtcaggaaggttagcagagaaaagagcaaagtcatggttaacagcgcaaacaacacccctgctaatatatccaataacggacaacagctagaggaagtggacgccttcaaatatctcggcgccacactaacgaaagacgtcgatccaccactgaaatcaagaccagaatcgccattgcaacg
gi|5 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaCGGGGA--A-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GAACCT-GATGGT-GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACTTAG-T-GTA-CA--GA--TCAGGGGCATAAATG--ACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G----TGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC-TGCT----CATAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC------T-TCA--AATAT--CT-TT--GCCACCACA-----CTA--ACG----AAAGACTG-T-CG--GTCCACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA--TC------GCAAT--GGCTGT---CATAG-CAAAACTC--ACAAATAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAATGATAAATCTCTAC-AAAGTACAA----AGCA---C--AGC---TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGT-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCCAC-AG---------CTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TTA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---AT-CCCCA--A-GT-ACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GAT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCAACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTT-AAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATG--ACCGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTTGCGGT--CAGAAGA---ATGAGGTGA
gi|6 : AAGG-CTGTAT----C----CTCT--CTC--C-GTATT-ACTCATCC-TCT-TCCTAGAGAGA-TAAATG-C--A-GATCA-AC-CCTTC-A-AGA-------CC-ACGTGCCAA-----CTAT-CT-CCA----TCGGTGGCAG-CGCCAAGT------------CTGCAAT-A--TTACGA-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GA-TCT-GATGG--GAGGAAGT--AAC-G-CGGAACTATAA----TACAGGAT---CTT-ACAA-------GCAAGTT-AGTC-G-A-CA--GT--GCTGGTGCAT---TG--GTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAAG----TCGA-AGATCCA------TG--GTAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA----TGCTGCAACA-AC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAA-----CT-TCA--AGTAC--CTGGG--GC-ATCCTT-----CTA--TCG------AGGCGG----------CACCTG----CACA--GCCGAGGTCTGCATCG--TA--TTTGGAGGGCCAC--AGCATC---CATGG-CAAGCCTCCAACAGA-AT-ATGGAGA-AGCA----AC-ATCAGCTT-------CAAAAACCAA---GTA--A-----CAAGCGTAGC----C--ACTCCATGTGTCTTCTC-C--ACCCTAC---TCTACA-GCTGGAAAACC-TGGGAC--TCTTCTGGCCG-ATACTG--AAGAGG-AACAG-GCTTTCGAG-CTGAATGTATGAGA----AA--GCTAC-----TG-CACACTCCTAA-CCC--T-----AGAGC-CGTAAAAC---ATG--ATT-TGT--GAG-TG-----CCCGTTTCAGA--AGTTGT-----GCGGC-CTAGC-TGTGTGT-CCGAG--G-GA-ACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGT--------TCTGGTCAC--GTC-GA--CTAACACG-ACACCCT---CAGCAG--AC-GATCCTGCAAGGCAC---T-GTGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAG-T--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC
gi|7 : cCAGAAT-AG-T-GTG-CA--GA--TCAAAGGCATA--GG--GCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G----AGAGAAGA---GCAA-AG--TTA------TG--GTTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCCCTG--------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCATA-----CTA--ACG----AAAGACGGGT-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CAGAA-CAAA-CTC--AAAAAGAT-ATTGAGG-AACAACT-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAACCTCTAC-A------------A---------AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACTTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TCA-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGTC-AG---GT-CCCCA--A-GT-AGCCTTCCTAACG--A-T--------------------AA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--AAC-CCGCCATA-ATACCCTATCCA--AT--AC-AGTTCTACAAGGGAT---C-CTGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACG-CTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--ACAAGAAT--AG-AC-A--GC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--AACGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGAATA---ATGAGGTGAG
gi|8 : actGACGACCA-ACC-AACAACTT--TCG---------------------AGT--C-----GCACAACTGGC-TG---GT-CCTCG--G-GT-ACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGAAAG-TC-AT-CAT-GGT--------TT-GGGCAT--GT----------CACA----CTCTTCCCA--AC--AC-AATTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAA-CAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAAT--GGCNC-ATGGA-CACA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGT--ACAGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTAC-GATTGCTTT---GGT--CGGGAGA---CTGAGGgtg
gi|9 : GAGAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAA-GT-GCTGTATA-ACACCTCCAGAA-GTGCAGTCCT-CCTCAAT---GGC----CAGA-TTGGAAAAT-ACTT-CAAGACCT-CAGTC--AGCATCTGG---CA-GGA-CTGTTG----G----CTCT--ATC--CAACCTT-GTTCAATC-----------------ATCATG-A--GAGG--A-AC-ACTTT-A-CGG-------CT-TCAAATCTG-----CCAT-CT-CAA----GAGGAGG--G-CG---AA--------------ATCAA
blockSeqs : G ACTTG G TTAT A . G G C ACC G AT T TTGAA CAC G T TT A G CATGATAATG C TTT T C G CCGT C ACA CCGCTATGATGTAAT TC AC AC CT AT G T A ATC TCTGCGAGT C C C AATCTTT T A AGTCT T G CCTC CAG CCA TACATACGTAGTC C CTAATTAA G G G AT A A CG TT A G CGACACCCA TATA C GTAGCTG T CT A CC CT AA AT CCTGC T G AATTA A GTTCC TGT C AT AAGAGT CA T T GGT CT CC C GCAACAACA TGA G CC ACGA TCGTG G CC CA G TC C CAGGT GT CCAT TA AT GTGA CC A A AT TGGAGG TG ATA C A CA T G C C A CAT C TG C T ACAAGCGTAGCCACTCCA T A AA ACT C G G CT TCTGGCC A GT A C CTTT CAA A TAGAA A C C CT T G G A C A A AA TGTGTGCCTAACC TCATAC A TGT G CCA C A TC C CAT C AAT T G A G AGGAAGCC T GG GGG G G A GC GA A AAA A A CCAT CG A CT GACACAT GTAC G CT TA C CATG A G T AAT GC A AG C GATT C GA AAT
blockSeqs : T . . . . T AT GC G . GA . . AGAT . AT T C . AG T . AGGGGTCTTGAG . . AA T T . T A CAT TCTCGAAG . . . . . T . . . . AA . T . TT . . . . . . T . . . TATAA C . . . TC . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . C GCTATCAT TG . . . . . . . . . . . . . GT . . . A . . TCG . . . A . G . . . . C C AA A C AAAGTACAAAGCACAGC . . . . . . . . . . . . . . C G AGA . C T . T G . . . . . . TGCCCGTTTCAGA TGT . . . AT . A C . C . . . . . . . . . CG . . G . . . . . C . TT . . . . . A . . CGA . . . . . C . C TC C . .
blockSeqs : . . A G . . C . . GGC . T . . . G . . AAGGCTGTATC . . AA A T . . C TAA CAGATCA . . . . . T . . . . G . T . TT . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . C AATATAT AT . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . A . T . . . . C C AG A T AGAGCTCCCCACCC . . . . . . . . . . . . . . C A AGA . C T . T G . . . . . . TGCCAA T . . . T . A . . C . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . TT . . . . . . . . GA . . . . . A . C A C . .
blockSeqs : GGACTGTTGG . . G G . . . G ATC CTCGAG . . . . . C . . . . A . T . TT . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . CATATGT AT . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . C . G . . . . C . A C C AACCTTCC . . . . . . . . . . . . . . C A AG . T T . T . . . . . . . TGCCAA C . . . A . A . . C . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . CT . . . . . . . . CA . . . . . T . C A T . .
blockSeqs : . CT AGAGGA . . . . . C . . . . G . . . TT . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . CATATT TG . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . AAAGCCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTAC T . . . G . A . . C . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . CA . . . . . . . . CA . . . . . A . C G C . .
blockSeqs : . . . . AT . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . A . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . C A . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . G . . . . G . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . T . . . . . . . G . . G . . .
blockSeqs : . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T************ TT******* AAAGCNCANCGCCC**************** TGCCGA***************
originalCons : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTAC-A-----CAA----AGC----C--AGCCC-TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCG-TG-----CC-------AA--AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
finalCons : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGTT-------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCTCTACAAAGCNCANCGCCC----------------TG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TCGTGCCGA---------------AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Alignments
lowQualScore : 1 22222 2222 2222 1 222 11 222222 111 1 1 1 3333333333 1 111 1 1 1111 111 44444444444444444444 11 11 1111 222222222222 2222222 11111 1111 1111 3333333333333 111111111 11 333333333 1111111 11111 11111 11111 111 111111 111 111111111111 1111 11111 11111 1111 1111 222222 111 111 111 44444444444 111 2222222 1111 111 11111111 22222222222222 11111111 1111 11 11111111 111 1111111 222 1111111 11 111 11111
lowQualScore : 5 66666 1 8888 1 4444 5 1 1 333 6 33 3 222222 555 2 0 99 0 0 0 2222222222 0 000 5 0 2 0 6666 0 6 777 44444444444444444444 11 0 11 22 99 88 8 5 1 2222 222222222222 6 6 6 1111111 6 2 66666 6 6 4444 6666 888 6666666666666 5 555555555 5 5 5 66 5 5 11 66 5 5 222222222 9999 5 6666666 4 777 4 66 66 66 66 22222 5 5 44444 5 33333 000 5 77 666666 77 0 5 5 000 66 77 7 0 777777777777 0 888 5 77 2222 44444 5 77 77 5 77 5 44444 77 2222 0 999 77 2222 77 1 5 77 666666 77 111 6 3 99 6 6 6 6 6 000 2 88 1 4 111 1 22222222222 99 6 6 99 111 6 6 6 99 1111111 6 99 6 6 4444 000 4 99999 6 1 1 99 3 2 6 6 5 5 5 0 77777777 99999999999999 11111111 4 777 4 6666 4 0 4 00 4 777 4 777 4 4 4 4 66666666 4 66 000 8888888 4 1 0 66 66 4 777 4 0 8 9999 0 666 4 55 4444444 9999 4 00 0 77 5 88888 5 5 5 000 66 5 66 1 00000 8 66 777
lowQualScore : . ..... . .... . .... . . . ... . .. . ...... ... . . .. . . . .......... . ... . . . . .... . . ... .................... .. . .. .. .. .. . . . .... ............ . . . ....... . . ..... . . .... .... ... ............. . ......... . . . .. . . .. .. . . ......... .... . ....... . ... . .. .. .. .. ..... . . ..... . ..... ... . .. ...... .. . . . ... .. .. . . ............ . ... . .. .... ..... . .. .. . .. . ..... .. .... . ... .. .... .. . . .. ...... .. ... . . .. . . . . . ... . .. . . ... . ........... .. . . .. ... . . . .. ....... . .. . . .... ... . ..... . . . .. . . . . . . . . ........ .............. ........ . ... . .... . . . .. . ... . ... . . . . ........ . .. ... ....... . . . .. .. . ... . . . .... . ... . .. ....... .... . .. . .. . ..... . . . ... .. . .. . ..... . .. ...
lowQualScore : 0 55555 0 3333 0 5555 0 0 0 333 7 88 2 222222 555 5 0 00 0 0 2 2222222222 0 888 5 2 5 0 5555 2 5 555 00000000000000000000 00 8 00 22 00 88 0 6 5 2222 888888888888 7 7 7 7777777 7 2 77777 7 7 2222 9999 888 9999999999999 0 666666666 0 0 0 99 0 0 99 99 0 0 555555555 6666 0 2222222 4 888 4 11 11 99 99 55555 7 7 33333 7 11111 000 7 99 444444 99 3 7 7 000 44 99 9 7 333333333333 7 333 7 99 1111 33333 7 99 99 7 99 7 33333 99 1111 7 444 99 1111 99 7 7 99 444444 99 777 7 2 22 7 7 7 7 7 222 5 77 5 2 777 7 88888888888 22 7 7 22 777 7 7 7 22 7777777 7 22 7 7 2222 222 2 88888 7 0 7 22 5 5 7 7 7 7 7 7 33333333 33333333333333 66666666 4 888 4 0000 4 9 6 66 4 222 4 888 4 4 4 4 11111111 4 11 777 9999999 4 0 8 11 11 4 888 4 8 9 4444 9 666 0 55 4444444 4444 4 66 7 99 7 77777 7 7 7 000 11 3 11 1 33333 4 11 888
consensus : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCT---CTACAAAGC-CA---ACGC-C--CTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TC----GTGCC-------G--A---AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-------CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
Reference ( family-1275 ) : TGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGATCATGNTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCNGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAATTTACTGCCGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGNTGTNGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCGCTGTACA-ACACCGCCAGCA-GTGCAGTCCT-CCTCAAC---GAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTTTCAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCGT---CAAGGG-CCGTTN----G----CTCT--CTC--CAGTCTT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCGA--G-AC-ACTGC-A-AGG-------CT-GCGAGTCGA-----CGAT-CT-CCA----TCGGGGG--G-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGCATA--TG--GCATGGA-----G-G-TTA-----GCA-G----NGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CATAT-ATCCATG-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACTC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAATCT---CTACAAAGCNCA---NCGC-C--CTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TC----GTGCC-------G--A---AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--G-GT-ACCCCTCCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-------CCGCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGG-C-AAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGANCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|1 : TGCCAAAACTACCG-ACAATTA---------GCCACACCAGCAAGATCATGCTACGAGTGATCCTCAACAGATTGAAGAAAGAA----GCTGAAAAATATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATTTAGGGCAGGCTGAAGCACCGTCGAACAAATTTTCAATTTACTGCTGCATCATGATGGAAAAGCACCTCCAACACCAGAAATAACTTTTCCACAATTTCATAGACTTTAAAAAA-CCTTCGACAGATTGTGGCACGCAGGACTATGGCATATACTGAGAGAC---TTCGGCATCGAGAAGGAACTGGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACTGTACA-ATACCGCCAGCA-GTGCAGTCTT-CCTTAAC---AAT----GACA-TCGGAGAAT-ACTT-CAGGACAA-CAGTC--GGCGTCCAT---CAATGG-T-GCTT----A----CTCT--C-C--CAGTCCT-TTTCAACC-TCT-TTCTGGAAAAA-ATCATG-C--GCAA--A-AC-ACTGC-A-AGA-------CT-GTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGAGG--A-CG---AAC------------CATCAAC-AGCCTGCGGGT------TCGC-CG-ACG-ACATC--GA-CCT-AATGG--GACGCAGC--AACAG-C-GAAT---------TGCAGTAC---CTC-ACCA-------TCAGACT-AG-C-GAG-CA--GA--TCAGGGGAATA--TG--GCATGGA-----G-G-TCA-----GCA-G----TGAGAAGA---GTAA-AG--CCA------TA--GTCAA-CAGC-AC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----CAGAT-ATCGATG-AACGGA-CAACAGTTTGAGG--AAATG----GACGC-----CT-TCA--AATAC--CT-CG--GC-GCCACG-----CTC--ACG----AAAGACGG-T-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGATTCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CATGG-CAAAACTT--ACAAAGAT-ATGGAGA-AGCAACG-AC-ATCAGCTTT--CCTACAAAGATGAATCTCTACTACAAAGCTTA---A-GC-C--CTG-GTCCTTTC-C--ATCCATC---TCCACG-GCTTCGAGACC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACATTTGAGAT--CAAGTGCTTC-AG-ACG-CATGCTCGGGATCTC--CAGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACT-AATA-CGT--TC----GTACC-------A--A---AGT--T-----ACAGCAATAGC-AG---GT-CCCAA--G-GA-ACCCCACCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAG-CT-GT-CGT-GGT--------TT-GGCCAT--GT--GAC-------CCACCACA-ATACCCTACCAA--AG--AC-AGTCTTACAAGGGAC---C-ATGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CAAG-CGAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-TTCA-CCCTGA-TCAGGG---AGGCAGAGG--ACCGAACT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCC-TCGCGGT--CAGGAG----ATGAGGTGAG
gi|10 : --A---AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---GT-CCCCA--ATGT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGATA-CT-GT-CAT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-------CCGCCACA-AAACCCTATCCA--AG--AC-AATTCTACAAGGGAC---T-CTGGAAGGTGGCCGGAGACGCGGAAG-A----CATG-CGAAG-A--Gt
gi|11 : AG-A--G--G-------NGTGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACACGAAC--GG-AG-A--GC-CCCA-CCCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--ACCGTACT--GGTTGGCGCTCCTTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-A---GCCTTCGCGGT--CAGGAGA---ATGAGGTGAG
gi|12 : agcAGGAAA-CT-GT-CGT-GGA--------TC-GGTCAT--GT--TAC-------CCGCTACA-ATATCCTGTCCA--AT--AC-AATCCTATAAAGGAC---C-TTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGGAG-A----CAG-----------GCTG-------GATGGATAACATCAA----AGA-CTGG--ACGgtg
gi|13 : -CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-GCG-ACATC--GA-CCT-GATAG--GAAGCAGC--AACAG-T-GAGC---------TGCAAGA------------------------CT-AG-T-GTA-CA--GA--TCAAGGGCATA--TG--GCATGGA-----
gi|14 : ATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATC--AA-CCT-CATGG--GAGGCAAC--AACAG-C-GAAC---------TACAAGAC---CTC-ACCA-------ACAGACT-AG-C-GTG-CA--GA--TCAGGGGC
gi|15 : AGGAG--ACCGACTT--GGTTGGCATACCTTGGCCTACAGGTCGTCCATCAATTCTCCACTAC-A---ATTTT----GT--CAGGGGA---ATGAGATGAG
gi|16 : --ACCGAACT--GGTTGGTGCTCCCTGGCACACAAATCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCAGT--CAGGAGA---ATGAGGCGAGat
gi|17 : a--A---AGT--C-----ACAGCACTGAC-AG---GT-CCCCA--T-GT-ACCCCTTCTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GA
gi|2 : CAGA--TCA-CC----ATGT-G-TGTACCTCCACCGCCATTAAGAACAATTCA-CTCGAACCATGATAATGGACACTCGGAGATTTACTATCACGACAAGCAGTCCCGTCCTCCGTACACA-----CCGCTATGATGTAATCTCTTCCTC--CACTCTC-TCTCAACCATCT-TTC-GGAACAG-CT-ATG-TCTGCGA--GTACCACTGC-ACAGGAATCTTTTT-GAGAGTCGAAGTCTCGAG-TT-CCACCTCTCGGGGG--AACG---CATACATACGTAGTCCATCACT-AA-TAGCGC-TAATTAATCGC-CGGACGGACTTCATGA-CCTAGACGGCGGAGG--GCTTACCAGAC-GAGCCGACACCCATGCCACATATACTC-ACAAGTAGCTGACATACT-CG-CTATGACACCGACTTCAGG-----A--TGATGCATGGACCTGCG-C-TCA-----GCAAG----TGAGAAGATGTATAACAG--TCAAAGAGTTGCAATTAATCAGC-GC---AAACTACCACATCCCTGGT----CATAT--TCCATG-AACGGA-C-ACAGCTAGAGGCCACATGACGAGACGCTCGTGTC-TCACCAATACCACT-CATCGC-GCTACACAGGTCTAGTACACCATACAGACGG-TACGATATCCACCACGTGACCAACCATCAAGACCATACTCGCACGATTCTCG---GCAACTGGACCGCATACCCAGCCAAAATAC--TCCAGTATGATGGAGGCAATCACGCACAATCAGACTCATCCTACAA--ACCAATTC---CTACA------A---CCTT-C--C---GTCCTTTCACAAATCTTCCACTTCT-CGCGTCACGAGAGCGT-GGACCTCTT-------GAACAGCAGTGAGAAGAATCAACG----GTAGTTCCAACGTTTTAAGCAACAAATGCTACTAGAACGATATG-GCGGGACCTCCTTTG--CGTA-CACGGAGAACCACACGAAATA-CGTAATCGTGTGTGCC-------T--AACCAGA--TCATACACAGCACTGACAAG---GTGCCCCACCA-GTCACCCTTCTAAACG--ACTCATGTGAAAACGAATGAGCAAA-CTGGTACGT-GGTAGGAAGCCTT-GACCATGGGTGGGACG------CCGCCACAGATACCCTATCCA--AGGAGCAAGTCCTACAA-GGAC---C-CTGGAATGT-GCCGGAGACGCGGAAG-A----CAGGTT-AAGAA--GCTG-------GATGGATAACATC-A----AGA-CTGGA-ACACAGAT--GG-ACGA--GTACCCAGCCCTGATTCAGAAAATAAGCAGAGG--ACCGATCT--GGTTGGCGCTCCCTGGCAC----TTCTTCCCTCACGTTTTCTCCGCTC---GCCTT---GGT--CAGGAGGAATATGAGGTGAG
gi|3 : AAA-ATCATG-C--TCGA--G-AC-ACTGC-A-AAG-------TTTGTGAGTCGA-----CGAT-TT-CCA----TCGGGGG----TG---AA--------------AT-AAG-AACTTGCGT-T-------CGC-GG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--AAGCCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATCCACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGTGGCATA--TG--TCATGGA-----G-G-TTAAATTAGCA-G----AGAGA-GA---GCAA-AG--TCA------TG---TTAA-CAGCTGC---AAAC-A--ACACCC-TGCT----GCTATCATCCAAT-AACGGA-CAAC-GCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CTGTCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----C-A--ACG----AAAGACG--T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACC-GAATCGC-CA--TT------GCAAC--GGCCGC---CATAG-CAAAACCC--ACAAAGAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--C-TACAAA-AGAAACCT---CTACAGAGCTCC---CCAC-C--CTG-GTTCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAA-CGTTTGAGAC--AAAGCGCTAC-AG-ACG-TATGCTCGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACCA-ACG-AATA-C-------------CC-------GGTA---CGT--T-----AC-GCACTGGC-AG---GT-TCCCA----------------------A-TC--GTAAAA------GAGGAAA-CT-AT-CGC-GGT--------TC-GGCCAT--GT--TAC-------C-GCCACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGGAAGGTGGCCGGAGATGCGGAAGAA----CAGG-T-AAC-A--GCCA-------GA--GATAACATCAA----AGA-CTGACTACGACAATTAGG-A------C-CCCA-CCTTGA-TCAAGA---AAGCAGAGGGCACTGA-CTAGGGTTGACGCT-CCTGG-ACACAAGT-GTCCCCAATGTCCTCTCTAC-A---G-CTTCGCGATGACAGGAGA---A--AGGTGgtgag
gi|4 : ATTAGCCACACCAGGAAGATCATGGTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGANTTATGCCAAAgat
gi|4 : aTGCCAAAACTACCGGACAATTAACTTGATTAGCCACACCAGGAAGACCATGTTACGAGTGATCCTCAAGAGATTGAAGAAAGAA----GCCGAAGAACATCTGGCAGAAGAACAGGCAGGATCTAGGGCAGGCAGAAGCACCGTCGGACAGATTTTCAA----CTGCCGCATCATGATGGAAAAGCATCTCCAACACCAGAAACAACTTTCCCACAATTTCATAGACTTCAAGAAAGCCTTCGACAGGGTGTCGCACGCAGGACTATGGCACGTACCGAGAGAC---TTCGGCATCGAGGAGGGACTAGTCCAGA--TCATCC----A-GTCACT--ACA-ACACCGCTA-CA-GTGTAGTCCTGCCTCAACA--GAT----GACA-TCGGAGA-T-ACTTTCAGGG-AA-CAGTC--G-TGTC-GT---CAAGGGGTCTTGA----G----CTCT--CTCACCAATCCTCTTTCAACC-TCTGTTCTGGAAACACAT-ATGTC--TCGAA-G-AC-ACTGCCA-AAG-------TT-GTGAGTCGA-----CGATTCTGCCA----TCGGGGT--G-TG---AA--------------ATTAACCAACTTGCG--T------TCGCGGG-ACG-ACATC--GA-CCT-GATGG--GAAGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---ATC-ACCA-------ACAGACT-AG-T-GTG-CA--TA--TCAGGGGCATA--TG--TCAGGAA-----G-G-TTA-----GCA-G----AGAAAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTTAA-CAGC-GC---AAAC-A--ACACCCCTGCT----AATAT-ATCCAAT-AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCACA-----CTA--ACG----AAAGAC-G-T-CG--ATCCACCAC----TGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TT------GCAAC--Gactaccggacaattaacttgattagccacaccaggaagaccatgttacgagtgatcctcaagagattgaagaaagaagccgaagaacatctggcagaagaacaggcaggatctagggcaggcagaagcaccgtcggacagattttcaactgccgcatcatgatggaaaagcatctccaacaccagaaacaactttcccacaatttcatagacttcaagaaagccttcgacagggtgtcgcacgcaggactatggcacgtaccgagagacttcggcatcgaggagggactagtccagatcatccagtcactacaacaccgctacagtgtagtcctgcctcaacagatgacatcggagatactttcagggaacagtcgtgtcgtcaaggggtcttgagctctctcaccaatcctctttcaacctctgttctggaaacacatatgtctcgaagacactgccaaagttgtgagtcgacgattctgccatcggggtgtgaaattaaccaacttgcgttcgcgggacgacatcgacctgatgggaagcagcaacagcgaactgcaagatatcaccaacagactagtgtgcatatcaggggcatatgtcaggaaggttagcagagaaaagagcaaagtcatggttaacagcgcaaacaacacccctgctaatatatccaataacggacaacagctagaggaagtggacgccttcaaatatctcggcgccacactaacgaaagacgtcgatccaccactgaaatcaagaccagaatcgccattgcaacg
gi|5 : aattagccacaccaggaagatcatggtacgagtgatcctcaagagattgaagaaaganttaCGGGGA--A-CG---AAT------------CATCAAC-AACTTGCGT-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GAACCT-GATGGT-GAGGCAGC--AACAG-C-GAAC---------TGCAAGAT---CTC-ACCA-------ACAGACTTAG-T-GTA-CA--GA--TCAGGGGCATAAATG--ACATGGA-----CTG-TTA-----ACA-G----TGAGAAGA---GCAA-AG--TCA------TG--GTGAA-CAGC-GC---AAA--A--ACACCC-TGCT----CATAT-GTCCATG-AACG-A-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC------T-TCA--AATAT--CT-TT--GCCACCACA-----CTA--ACG----AAAGACTG-T-CG--GTCCACCAC----CGAA--ATCAAGACTAGAATCGC-CA--TC------GCAAT--GGCTGT---CATAG-CAAAACTC--ACAAATAT-ATGGAGG-AACAACG-AC-ATCAGATTC--CCTACAATGATAAATCT---CTACAAAGTACA---AAGCACAGCTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGT-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCA--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACGTTTGAGAC--CAAATGCCAC-AG---------CTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CAGAGGACCA-ACG-AATA-CGT--TT----ATGCC-------A--A---AGT--T-----ACAGCACTGGC-AG---AT-CCCCA--A-GT-ACCCCTTTTAACG--A-TC--GTGAAAA-G---GAGGAAA-CT-GT-CGT-GAT--------TC-GGCCAT--GT--GAC-------CCGCAACA-ATACCCTATCCA--AG--AC-AGTCCTACAAGGGAC---C-CTGTAAGGTGGCCGGAGAGCCGGAAG-A----CAGGTT-AAG-A--GCTG-------GGTGGATAACATCAA----AGA-CTAG--ACGCGAAT--GG-AC-A--GC-CCCA-CCCTGC-TCAGGA---AAGCAGATG--ACCGAACT--GGTTGGCGCTCCCTGGCACACAAGCCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTTGCGGT--CAGAAGA---ATGAGGTGA
gi|6 : AAGG-CTGTAT----C----CTCT--CTC--C-GTATT-ACTCATCC-TCT-TCCTAGAGAGA-TAAATG-C--A-GATCA-AC-CCTTC-A-AGA-------CC-ACGTGCCAA-----CTAT-CT-CCA----TCGGTGGCAG-CGCCAAGT------------CTGCAAT-A--TTACGA-T------TCGC-CG-ACG-ACATT--GA-TCT-GATGG--GAGGAAGT--AAC-G-CGGAACTATAA----TACAGGAT---CTT-ACAA-------GCAAGTT-AGTC-G-A-CA--GT--GCTGGTGCAT---TG--GTAT--------G-G-TTA-----GGA-AGTTCCGAAAAG----TCGA-AGATCCA------TG--GTAAA-CAGC-AG---GAAA-G--ACA----TGCTGCAACA-AC-A-CGATGAAATGGAGAAACAACTCGA-A--CAGTT----GATAA-----CT-TCA--AGTAC--CTGGG--GC-ATCCTT-----CTA--TCG------AGGCGG----------CACCTG----CACA--GCCGAGGTCTGCATCG--TA--TTTGGAGGGCCAC--AGCATC---CATGG-CAAGCCTCCAACAGA-AT-ATGGAGA-AGCA----AC-ATCAGCTT-------CAAAAACCAA------GTAACAAGCGTAGCCACTC-C--ATGTGTCTTCTC-C--ACCCTAC---TCTACA-GCTGGAAAACC-TGGGAC--TCTTCTGGCCG-ATACTG--AAGAGG-AACAG-GCTTTCGAG-CTGAATGTATGAGA----AA--GCTAC-----TG-CACACTCCTAA-CCC--T-----AGAGC-CGTAAAAC---ATG--ATT-TGT--GA----GTGCCCGTTTCAG--A---AGTTGT-----GCGGC-CTAGC-TGTGTGT-CCGAG--G-GA-ACCTTTACT--CGC-A-CA--GTCAAGA-G---TACGCAATCT-GC-AGTGGGT--------TCTGGTCAC--GTC-GA--------CTAACACG-ACACCCT---CAGCAG--AC-GATCCTGCAAGGCAC---T-GTGGAAGGAGG-CGGA-ACGTGGCAGCA----CAAG-T--AG-ACTGCCG-------GCTCGAC-ATGTCAA----AGA-GTGG--AC
gi|7 : cCAGAAT-AG-T-GTG-CA--GA--TCAAAGGCATA--GG--GCATGCA-----G-GGTTA-----GCA-G----AGAGAAGA---GCAA-AG--TTA------TG--GTTAA-CAGG-GCGGTAAAC-A--ACACCCCTG--------------------AACGGA-CAACAGCTAGAGG--AAGTG----GACGC-----CT-TCA--AATAT--CT-CG--GC-GCCATA-----CTA--ACG----AAAGACGGGT-CG--ATCCACCAC----CGAA--ATCAAGACCAGAATCGC-CA--TC------GCAAC--GGCCGC---CAGAA-CAAA-CTC--AAAAAGAT-ATTGAGG-AACAACT-AC-ATCAGATTC--CCTACAAAGATAAACCT---CTACAAAGC-----------C--CTG-GTCCTTTC-C--ATCCTCC---TCTACG-GCTGCGAGAGC-T-GGAC--CAT-------G-ACAGCT--GAGACG-ATCAG-G----AGAGTCCAAACTTTTGAGAC--CAAATGCTAC-AG-ACG-CATGTTTGGGATCTC--TTGGTCAGA-C-CGGAGGACTA-ACG-AATA-CGT--TC----ATGCC-------A--A---AGT--T-----ACAGCACTGTC-AG---GT-CCCCA--A-GT-AGCCTTCCTAACG--A-T--------------------AA-CT-GT-CGT-GGT--------TC-GGCCAT--GT--AAC-------CCGCCATA-ATACCCTATCCA--AT--AC-AGTTCTACAAGGGAT---C-CTGGAAGGTGGCTGGAGACTCAGAAG-A----CACG-CTAAG-A--GCTG-------GATGGATAACATCTA----GGA-CTGG--ACAAGAAT--AG-AC-A--GC-CCTA-CGCTGA-TCAGGA---AAGCAGAGG--AACGATCT--GGTTGGCTCTCCCTGGCACACAAGTCGTCCCTCATGTCTCCTCTAC-G---GCCTTCGCGGT--CAGAATA---ATGAGGTGAG
gi|8 : actGACGACCA-ACC-AACAACTT--TC----GAGTC-------G-----------C-----ACA--ACTGGC-TG---GT-CCTCG--G-GT-ACTCCTCCT--CGTCA-TG--GCGCAGA-G---GAGAAAG-TC-AT-CAT-GGT--------TT-GGGCAT--GT--CACACTCTTCCCAACACA-A----------------------TTCTGCAAGGGACAAACACTGGAAGGCAGT---AGATGCTG-AG-ACCATCAAA-CAAAG-T--GCTGGACACATGATAAGTAAGGTGAAGTACAGAGCTGG--ATGGCAAT--GGCNC-ATGGA-CACA----TGA-TAAGGA---AGGTGAAGT--ACAGAGCT--GGATGGCAATGGCTGG--------------CTCGGGGATCATCTAC-GATTGCTTT---GGT--CGGGAGA---CTGAGGgtg
gi|9 : GAGAAACACCTGCAACATC-AGAAGGACTTGCTACACAATTCATTATTGAA-GT-GCTGTATA-ACACCTCCAGAA-GTGCAGTCCT-CCTCAAT---GGC----CAGA-TTGGAAAAT-ACTT-CAAGACCT-CAGTC--AGCATCTGG---CA-GGA-CTGTTG----G----CTCT--ATC--CAACCTT-GTTCAATC-----------------ATCATG-A--GAGG--A-AC-ACTTT-A-CGG-------CT-TCAAATCTG-----CCAT-CT-CAA----GAGGAGG--G-CG---AA--------------ATCAA