lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 2 44444444444444444444444 222222 111 11 111 222222 22222 11 44444444444444444444444 11 1 3 111 11 2 2 11111111 11 1 11111 11 1 22222 11 11111111 22222222 11 11111111111111 44444444444444444444444444 1111111 11 555555555555555555 1111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 22 11111111 1
lowQualScore : 5 3 99 6 888 99 6 5 5 0 5 5 5 5 33333333333333333333333 5 888 5 5 666666 111 777 5 5 00 111 000000 6 66666 0 22 11111111111111111111111 77 33 3 66 0 666 3 7 88 000 3 3 22 1 8 55 55 88 33 666 9 55 3 88888888 7 777 99 00 3 4 2 44444 5 6 6 3 55 3 3 666 666 4 4 8 7 3 88 22 7777 44 3 3 555 888 3 88888 4 3 88 3 8 99 00000 3 3 99 3 77777777 333 44 3 44 555 888 1 00000000 33 2 2 555 2 11 5555 888 55 333 33 33 33 2 44444444444444 2 2 999 33 666 2 66666666666666666666666666 777 2 444 33 33 777 33 4444444 2 2 55555 88888 22 2 2 777777777777777777 888888 2 2 33 2 1 4444 2 3 3 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 2222 9999 77 4 55555555 0 55 4 2
lowQualScore : . . .. . ... .. . . . . . . . . ....................... . ... . . ...... ... ... . . .. ... ...... . ..... . .. ....................... .. .. . .. . ... . . .. ... . . .. . . .. .. .. .. ... . .. . ........ . ... .. .. . . . ..... . . . . .. . . ... ... . . . . . .. .. .... .. . . ... ... . ..... . . .. . . .. ..... . . .. . ........ ... .. . .. ... ... . ........ .. . . ... . .. .... ... .. ... .. .. .. . .............. . . ... .. ... . .......................... ... . ... .. .. ... .. ....... . . ..... ..... .. . . .................. ...... . . .. . . .... . . . . . ............................................................... . . .... .... .. . ........ . .. . .
lowQualScore : 0 2 22 7 333 22 7 7 7 0 7 7 7 7 11111111111111111111111 7 666 0 7 555555 444 444 7 7 22 777 333333 7 88888 7 99 99999999999999999999999 99 11 3 99 0 444 6 6 66 000 6 6 33 8 0 55 00 66 88 444 2 00 6 33333333 3 000 77 66 1 4 0 00000 0 6 4 6 00 6 6 444 444 0 0 0 3 6 66 33 1111 22 3 3 888 222 3 33333 7 3 66 6 2 00 00000 6 6 55 6 11111111 999 66 3 66 888 555 6 66666666 99 9 7 333 5 44 0000 444 33 999 11 11 11 2 88888888888888 2 2 222 11 111 2 66666666666666666666666666 444 4 111 22 22 444 22 0000000 4 4 66666 99999 22 5 5 333333333333333333 222222 9 9 99 9 1 6666 9 1 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 0000 0000 22 0 99999999 1 55 3 1
consensus : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-T---CC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTT--TGGAT-CGACAT-AG-AAAACTGGTT-AAAATC---TACGTTTAGATATT-GA-TAT-AAACTTA-AGCAG----A--AA----T-TCAATTT-TGTT--TGGT-AAA-TAA--ACAA---C-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AG--AAAATCTT-A--TAATTC--TA--ACAATT-AA---ATAC-TATATTT--A-TACAA------C-CAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAN-CT--AAGTTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAAT-CAA--T-AG-A---CTAT---AC-A-TTG-AG-AA-A--TT--A--T-TTTGCT--GAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGAAAAAT-G-----T-T-T--ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT-CA--TCA---TAAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-A-CACC-T-C-ATTAAA--C-ATCTA--TC--TT---CTT--TCA--A--A-TCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A--N------AC---------A-----CA--NC-AAAA---CTT--TCA--C---A--T--A--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-NT-T-GT------A----TGC----AA------TC-GA-G--A-ATAA---G-TTT-T-GTGCAT-AT-TTATG----GT------T---TT--T------TTTC-----TG--TTTTTTTT----GATTT--G-TG-TAAG-AATG-N--TA-T-NGAT-GTATGTGAAA-ATCAA----TAAAAAAAAAACATTAAAAAAAA
Reference ( gi|2 ) : ACTTCAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-T---TC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTT--TGGAT-TGACAT-AG-AAAACTGGTT-AAAATC---TATGTTTAGATATT-GA-TATTAAACTTA-AGCAG----A--AA----T-TCAATTTGTGTT--TGGT-AAA-TAA--A-AA---C-TTTAGATCGAA--T---C-GTCT-AG--AAA-TCTT-A--TAATTC--TA--ATAATC-AA---ATACATATATTT--A-TATAA------C-CAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAT-CT--AATTTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAGT-CAA--T-AG-A---CTAT---AC-A-TTG-AG-AA-A--TT--A--T-TTTGCT--GAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGATAAAC-G-----T-T-T--ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT-CA--TCA---TGAGTT---TCTCCCC----A-G-C--ATCTT-A-CATT-T-C-TTTAAA--T-ATCTG--TC--TT---CTT--TCA--A--A-TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A--T------AC---------A-----CA--TC-AAAA---CTT--TCA--C---A--T--A--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-AT-T-GT------A----TG-----AA------TT-GA-G--A-ATAC---G-TTT-T-GTGCAT-AT-TTATG-GGGGT------T---TT--T------TTTT-----TG--TTTTTTTTTTTCGATTT--G-TG-TAAG-AATG-C--TA-T-AGATGGTATGTGAAA-AATAA----TAAAAAGAAAACATTAAAAAAAA
gi|1 : ACTTAAATAAACGTGCTAT-AAAGA--CCT---TC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-ATTCA-GTTAAC-CAGAGA-CA---------AATAGGA-TC----TT-GTTTTCA-GGAATGTTTTGTTAATC--AAA-GAGCTT---GGAT-TGACATCAG-AAAACTGGTT-AAAATC---TATTGTTA-ATATT-GA-TAT-AAACTTA-AGCAG----A--AA----T-TCAATTGTTGTT--TGTA-AAA-TAA--ATAA---C-TT-AGATCAAA--TT--C-GTCT-AG--AAAATCTTTA--TAATTC--TA--ATAATC-AA---ATACGTATATTT--A-TATAG------C-CAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAT-CTA-AAATTTGGAG-AACTAA-----AAAACGATT-TAGT-CAATCT-AG-A---CTAT---AC-A-TTG-AG-AA-T--TTTGA----TTTGCT--G-AAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAAAGGCT-TTGAAAAAC-G-----TGT-T--ACAAA-A-A-AAC--T-TGA--ACATT-TA--TCA---TGAGTT---TCTCCCCA---A-A-C--AGTCT-A-CATT-TCC-TTTAAA--T-ATCTG--TCT-TT---CTT--TCA--A--A-TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AAC--A-AGTC------AC---------A-----CATTTC-AAAAAGTCTTTGTCAGTC---AGTT--A--TCAT-TC-TGTAATAGGTG-C---TA-AT-T-AT------GTTATTT-----AA------TT-GA-G--AGATAA---T-ATT-G-GTGCATAATGTTATG------------T---TC--C------TTGT-----TG--TTTTTT
gi|23 : aaaagattttaatattagtatccttcttactatcagtttaatatttcaatctagagaggatgtaaggaaatgtatataagtttgcattttcaaagaaaaaaagttttccaactattcttgaaagtaaatggtgtcaaatggtattacctttatgtgaaagaatggaagcagtttacatgcttccttttagaaacaaacagccagaaacaaagaacttacagtgtttcaatttgtcaaaatgttacagcagactatctgctacaaattacgACTTGAATAAATGTGCTATTAAAAA--C-T---CCCCATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTAA-C-CAG------------------AG-A-TCAT--TT-ATTTTCA-G-AATG-TTT-TTAATC--A---AA
gi|24 : tttaaaacaactgcagaaacaaaattactatgatttcaatttcaaatgcttcacagactatctactacaaactattACTTGAATAAATGTCCTATTTAAGATTC-T---CC--ATTAT-GTTCA-T-AT
gi|4 : ccttttaaaacaactacagaaacaaaattacagtggttttaatttcaaatgcttcacagactgtctgctacaaactaatTTGAATAAATGTGCTATTAAGGA--C-TCCTTC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGCAAATCAGGTTA-CACAGAGA-CAAGCAT----A-TAG-A-TCAT--TT-GTTTTCATT-AATGTTTC-TTGATC------------------T-TGACAT-GA-GAAACTGGTT--AAATCTGGTATG-TTAGATATT-GACTATGAAACTTACAGTGGTGATA--AATAGCT-TCAA----TGTT--TGA--AAA-Tc
gi|3 : attttctggtcgtatgcaaacaaataaagaaaataatacaacagaacaacaagaattttgtgaaaagattttgaattattttacggtatcccatctactaagcagtttaatatttcaatctaagaaaggatgtgaaggaaatgtatagatgttgcctctttcaaaaggaaaaaaagtgttcccaacttctgaaagtaaatggtttcaaaatggtattaactttagtagaaaagatgagaagcagtttacatgcttcctttaaaccaactgcagaaagacaaactacagtgatttcaatttcaaatgccacacactttgttctaA--C-TC--TC--ATTATTGTTCAAT-ATTGCGAACCA-GTTA-C--AGACA-CAGTGAGTTATA-TAG-AATCAAT-TT-GTTTTCA-T-A-TATCAT-TTAATC--A---AGACCT--TGGATATGACA--AG-AAAACTTGTT-AAAATG---TAGGTA-ATATATTAGA-TAT-AAACTTACAGCAG----ATTAA----TATTTGTTTGTGTTATTGGT-AAAATAATAA-AA---CGTTTAGATCAAAA-T---C-GTCTTAG--AAAATGTT-A--TAATT--------TGATT-AA-------------TT--A-TATAA------CGCAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAT-CA--AATTTT-GAG-AACTGA-----AAAACCCTT-TAGT-CAA--T-AG-GACGCTAT---AC-AGTTG-AGTAA-A--TT--A--T-TTTGCTCTGAAAA-ATCTGCA---A---TA-A-AGGAATT-----TGACGAATG--C-TTGAAAAGT-GGTTAAT-T-T--ACAAA-A-A-A----T-GGACTATATT-CA--TCA----GAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT---CATT-T-C-TTTAAAGAT-ATCTG--TC--T----CTT--TCA--ATCA-TCTCC--C-----------TC-TTCTTACT---AT--GA---A-A--C-----------------------CA--AC-AAAT---CTT--G-A--C---A--A--A----GT-TT-AGTA-----TA-T---CA-AT-TTGT------A----TA-----A----------GA-A--A-AT---------T-T-G-G-AT-AC-T-----AGCGT------T---TT--T------------------------TTTCTTCGATAT--G-TG-TAAC-GATG-CTATA-T-AGAT-GTATGTGAGA-AATCA----T---AAGACAACATTTAAcga
gi|15 : --C-T---CC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-T-G-A-TC----TT-ATTTTCA-G-AATGTTAT-CTAATCAAA---GAGCTA--TGGAT-C-ATAT-AGAAAAACTGGTT-AAAATC---AACATT--GATATT-GA-CA-TAAA-TTA---CAG-------AA----T-TC--TTTTTGTT--CGGTAAAA-TAA--ACAA---C-TTTAAATCAAA--T---C-GTCT-AGA-AAA-TCTC-A--T-ATTCTTTA--ACAATTAAA---ATAC-TATATTT--A-TACAA------A-CAAGTTCACC-ACTTC----GAGAAA-CT--AA-GTTTGAG-CACCTA-----AAAAAGAATATAAT-CAA--T-AG-A---CTAT---
gi|18 : tTCA-TGATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGAACA---------A-TAGCA-TCAATATT-GTTT-CA-G-A--GTTTC-TTAATC--ACAAGAGCTTGTCATAT-T-ACAT-AG-AAAACTGGTTTAAAATC---TATATGTAGA-ATT-GATTACTAAACTTA-AGCAGA---A--AA----T-TAAATTT-TGTT--TCGTAAAA-TAG--A-AATACC-TTTAGATCTAA--TAGAT-GTCT-AGA-AAA-TCTT-A--TAATTC--TA--AT-ATC-AATAGATATATATTTTT--ATTATAAAAGACCC-CAAGTTCATC-TCTt
gi|35 : CA-GTTA-C-CATAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TTTATTTTCA-G-AATGTCTT-TTAATCAAA---GAGTTT--TGGAT-CGAGAT-AG-A
gi|31 : --A---GAGCTT--TGGAT-CGAGAT-AG-AAAACTGGTT-TAAATC---TAC-TTTGAATA------------------------------------T-TCAATTT-TGTT--TGGT-AAAATAA--ACAA---C-TTTAGATCAAA--T---T-GTCT-AG--AAA-
gi|26 : AAACTTA-AGCAG----A--AA----T-TT------TGTT--TGGT-AAAATGA--ATAA---C-TTTAAATCAAA--T---T-GCCT-AG--AAAATCTT-A--AAATTC--TG--ATAATT-AA---ATAC-TATATTT--A-TACAA------C-CGAGTTCAAC-ACTTCA---atc
gi|6 : AA-TAA--ACAA---C-TTTAAATCTAA--T---C-GTCT-AAGAAAA-TCTC-AGGTAATTC--TAC-ACAATT-AA----TCC-TATATTT----TACAA------A-CA-GTTCACCCACTTCG---AAGAAA-CTTAAGTTTTTGAG-CACC-A-----AAAAAGAATATAATTCAA--T-AG-A---CTAT---TTTA-TGA-AG-AATA--CT--A-------ACT--GAAAA-A-CTGTA---A--AGATA-AAGGAAT-----TAACAACTG--T-TTAAAAAAT-G-----T-T-TT-ACCAA-A-ATA----TGTGA--ACATT-CA--TCAATACAAGTTC--TCTCTAC----A---C--ATTTT-AACACC-T-C-ATTAAA--C-ATCTTATTC--TT---TTTCTTCATTA--G-TCTCCC--------------T-TTCTT-CT---AT--AA---A-A--A------AA---------AA----CA--AC-AAAA---CTT--TCA--C---A--T--AC-T-ATATC-TGTA-----TA-TTATCA-AT-T-GTGTATACA----TGTT---AA------TTCGATG--A-AAAA---G-TTT-T-G-GCAT-AT-TTATG----------------TT--T------TTTC-----TG--TTTTTTTT-----------G--G-TAAG-AATG-A--TAAT-TGATG-TATGTGAAA-ATCAA----TATAA--GAAACA--AAAAAAAA
gi|7 : ttA-TAA--ATAA---C-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AG--AAAATCTT-A--TAATTC--TA--ATAATC-AA---ATAC-TATATT---A-TATAA------C-CAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAT-CT--AAATTTTGAG-AAC-TAT----AAAACGATTGTAGT-CAA--T-AG-A---CTAT---AC-A-TTG-AG-AA-A--TTT-A--T-TTTGCT--GAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGA-AAAT-GT----T-T-T--ACAAA-A-A-A----T-CGA--ACATT-CA--TCA---TGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-A-CATT-T-C-TTTAAA--T-ATCTG--TC--TT---CTT--TCA--A--A-TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A--T------AC---------A-----CA--TCAAAAA---CTT--TCA--C---A--T--A--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-AT-T-GT------A----TG-----AA------TT-GA-G--A-ATAA---G-TTT----TGCAT-AT-TTATGTGGAGT------T---TT--TTTTGGGTTTT-----TT--TTTTTTTTTTTCGATTT--G-TG-GAAG-AATG-T--TA-T-AGA--GTATGTGAAA-ATCAA----TAA----AAAACATTAAAAAAAA
gi|9 : A---C-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AG--AAAATCTC-A--CAATTC--TA--ACAATT-AA---ATGC-TATATTT--A-TAGAA------A-CAAATTCACC-ACTTCA---AAGAAA-CT--AAGTTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATATAAT-CAA--T-AG-A---CTAT---AT-A-TTGAAA-AA-A--TT--A--T-TCTGCT--GAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAAAATAT-GT----T-T-T--ACAAA-----------------------------A---TAAGTT---TCTCTCT----A-G-C--ATTTT-A-CACC-T-C-ATTAAA--C-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--A--A-TATCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A---------A----------A-----CA--AC-AATA---TTT--TCA--C---A--TGCA--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-TT-T-AT------A----TACATGTAA------TC-GA-G--A-ATAA---C-TTC-T-GTTCAT-AT-TGAT-----GT------T---TT--T------TTTC-----TG--TTTTT-------G---------G-TAAG-AATG-A--TA-T-TGAT-GTGTGTGAAA-Aa
gi|20 : A---C-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AG--AAAATCTT-A--AAATTC--TA--ATAATC-AA---ATAtcaa
gi|5 : ---C-TTTAAATCAAAAAT---CTGTCT-AG--AAA-TCCTCA--TAATTA--TGGGACAATT-AA---ATAC-TATATTTTAA-TACAA------TGCAAGTCAACCTACCTTATATAAGAAAACT--AAGTTTTGAGCAACCTAGGAGAAAAGAAAATATAAT-CAA--TCAGCA---CTATTTTAT-C-TCG-AA-AA-AATTT--AATT-TCTGCT--GAAAAGA-CT-CA---A---TACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTTACAAAAAG-----T-T-TGTACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT-CACATCA---TAAGTTAAATCTCTCT----A-AACTGATTTT-A-CACCCT-CATTGAAG--C-ATCTA--TC--TTAATCTT--T-A--A--A-TCTTCC-CG----------TTGTTCTT-CCTA-AT--AA---A-A--------------------A-----CA--AC-AACA---CTG--TCA--C---A--T--ACAT-AT-TCCTGTA-----TAGT---CATCT-T-GT------A----TACATGTAA------TC-GA-G--A-AAACCATG-TTT-T-GTGCAT-AT-TTATA-TAGTG------C---TT--T------TTTC-----TG--TTTTTT-------------G--G-TAAG-AATG-A--TATT-GGATAGTA-GTGGAG-ATCAA----Taaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatataaccaagttcaccacttcaaagaatctaaattttgagaacctaaaaacgattgtagtcaatagaatatacattgagaaatttattttgctgaaaaactgcaagtacgaggaatt
gi|12 : ccatC--TA--ACAATT-AA---ATAC-TATATTT--A-TACAG------A-CAATTGCACC-ACTTCA---AAGAAG-CT--TAGTATTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAAT-CAA--T-AT-G---CTAT---AT-A-CTG-AA-AA-A--TA--A--T-TTTGCT--GAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGAAATT-----TAACGACTGT-T-TTGAAAAAT-GT----T-T-T--ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT-CA--CCA---TAAGTT---TCTGTCT----A-A-C--ATCTT-A-CACC-T-C-ATTAAA--T-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--A--A-TATCGC-C-----------TT-TTCTT-CT---AC--AA---A-A--A------AT---------AAAAACTA--AC-AAAA---CTT--TCA--CACTA--C--A--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-
gi|20 : ATTT--A-TATAA------C-CAAGTTCACC-ACTTCA---AAGAAT-CT--AAATTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAGT-CAA--T-AG-A---ATAT---AC-A-TTG-AG-AA-AT-TT--A--T-TTTGCT--GAAAA-A-CTGCA---A--GTACG-AGGAATT-----t
gi|38 : actttagatcaaatcgtctagaaaatcttaaaattctaataatcaaataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----AAAAAGAATGTAAT-CAG--C-AG-A---CTAT---AT-A-TTG-AACAA-A--AT--A--T-TTTGCT--
gi|36 : -CAA--T-AG-A---CTAT---AC-A-TTGAAA-AA-A--TT--A--T-TTTGCT--G-AAA-A-CTGCA---A--GCACA-AGGAATT-----TAACAAATG--T-
gi|17 : -AA-A--TTC-A--TATTTGTT--GAAA-----TGTA---A--GTACGCAGGGCTT-----T-ACAAGAG--TCTTGAAAAAT-G-----T-T-TT-ACAAACACA-A----T-T-A--ACATT-TA--T-A---TGAGTT---TC-CCCT----A---C--A-CTT-A-C--T-T-C-ATTAAT--A-ATCTA--TC-------ACG--TCA--A--ACTCTCCT-C-----------CT-TCTCT-CT---A---AA---A-A--T-------C---------AG----CA--TC-AAAA---CAT----A--C---A--T--A--T-----C-TGTA-----TA-T---CT--T-T-GT------ACA--TGC----AA------TT-GA-G--A-ATAC---G-TTTGTGGTAGAT-AT-CTA-G-G--------------TT--T------TTTC-----TA--TTT---------GATTT--T-TC-TAAA-GATGTC--TA-TAAGAT-GTATGTG
gi|11 : --T-TCTGCT--GAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAAAAAAT-G-----T-T-TT-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT-CA--TCA---TAAGTT---TCTCTCT----ACA-C--ATTTT-A-CACC-T-C-ATTAAA--T-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--T--A-TCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A--A------AA---------A-----CA--AC-AAAA---CTT--TCA--C---A--T--ACAT-AT-TC-TGTA-----TA-TAT-CA-TT-T-GT------A----TACATGTAA------TC-GA-G--A-A-AA---A-TTT-T-GTGCAT-AT-TTATG------------T---TT--T------TTTC-----TG--TTTTTTT------------G--G-TAAA-AATG-A--TA-T-TGATG-TATGTGAAA-ATCAA----TAAAAAAAAAA----AAAAAAAA
gi|14 : atTGCT--GAAAA-A-TTACGTACATTGTACA-AGGAATTATAATTAACAAATG--T-ATGAAAAAT-G-----T-T-TC-ACAAA-A-A-AAAAAT-T-A--ACATT-CA--TTA---TGAGTT---TCTC---------------------------T-C-ATTAAA--A-ATCT-----------------T---------TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-TT---AT--AA---A-A--A------AC---------G-----CA--TC-AAAA---CTT--TCA--CAA-A--C--A--C-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-TT-T-GC------A----TACATGTAA------TT-GA-G--A-ATAA---G-TTT-T-GCGCAT-AT-TTATG-GGGGTGGGGGG------------------------TG--TTCTCT--------TTT--G-TG-TAAA-AATG-C--TT-C-AAAC------TGAAAGAATGC----TAAAAACAAACCAATAATAACAAa
gi|13 : AAT-G-----T-TAT--ACAAT-A-ATA----T-GGA--ACATTACA--TCA---TAAAGT---TCTCTCTTCTAA-A-C--ATTTTTA-CACT---C-ATTAAA--TCATCTA--TTCTTT---CTT--CCA--A--A-TCTCC--C-----------CT-TTCTT-CTC--AT--AA---A-A--tgtaaa
gi|19 : caaagA--ACATT-CA--TCA---TAAGTT---TCTCTCT----A-AAC--ATTTT-A-CACC-T-C-ATTAAA--C-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--A--A-TCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT----T--AA---A-A--A------AA---------AAC---CA--AC-AAAA---CGT--TCA--C---A--TACA--T-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-TT-T-GT------A----TACATGTGA------TC-GA-G--A-AAAA---G-TTT-T-GTGCAT-AT-TTAT-----GT------T---TT--T------TCTG-----GG--TTTTTTTTT---G---------G-TAAG-AATG-A--TA-G-TGAT-GTATGTGAAA-ATCAA----TAAAAAAAAAAAA-CAAAAAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactattcacattacatattctgatatcatttgtatacaaatgaaatcgaagaaaaaagttttgtgccatattctatttatgtttgttggtaaagaaaatgatttattgaatcgtatggtgaaaatcaatcaataaaaaaaa
gi|30 : actaattatgaT---TCTTCCC----A-A-C--ATCCT-A-CATT-T-C-TTTACA--T-GTCTG--TC--TT---CTT--TCA--A--A-TCTCCC-C-----------TT-TTCCT-CT---A---AA---A-A--A------AG---------A-----CA--TC-AAAA---CTT--TCA--C---A--TACA--T-AT-TC-TGTA-----
gi|16 : CTCCCC----A-A-C--ATCTT-A-CATC-T-C-ATTAAA--T-ATCGA--TC--TT---CTT--TCA--G--A-TCTCCT-CTTTTCTCGGGTTT-TTCTT-CT---AT--AACTTATA--T------A----------A-----CA--TC-AAAA---CTT--TCA--C---A--T--A--C-A-----TG--------A-T---TA-A--T-AT------A----TG-----AATAATTCTT-TA-GGTA-GT-C---GATTT-T-GTA-AT-A---TATC-GAGGT------TCAGTTAAC------TTGTACTCATA--TTTTCTGTTTTTGATTTTCG-TGATACA-AATG-C--TA-
gi|29 : -CACC-T-C-ATTAAA--C-ATCTA--TC--TT---TTT--TCA--A--A-TCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT--AA---A-A---------AC---------------CC--CC-AAAA---CTT--TCA--T---A--T--ACCT-AT-TC-TGTA-----TA-T---CA-TT-T-GT------A----Tgaactatgtaatgtcgtagagaatcccagcatcacaaaaagattttttaaagagaaaaaag
gi|21 : -T-C-ATTAAA--C-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--A--A-TTTCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---ATCAAA---A-A--A------AC---------C-----CA--AC-AAAA---TTT--TCA--C---A--T--A--TAAT-TT-TATG-----TA-----CA----T-GT------------------AA------TT-GA-G--A-ATAA---G-TGT-T-GTGCAT-AG-TTAT------T------A---CA--T------TTCC-----TG--TTTTT-------GGTTT--G-TG-TAAG-AATG-A--TA-T-TGAT-GTATATGAAA-ATCAATTTTTAAAAAAAacatgt
gi|25 : tcaacattgtaaaaatgtccTTAAA--C-ATCTA--TC--TT---TCT--TCA--A--A-TCTCTC-A-----------TT-TTTTT-CTAAAAT--AA---A-A--TAAAAAAACCCATCAGAAA-----CA--TC-AACA---CTT--TCA--C---A--C--A--C-AT-T--TGTA-----TA-----CA----T-GT------------------AA------TT-GA-G--A-ATAA---G-TTtgtaaaaa
gi|32 : aTGAA--T-ATCTC--TT--TT---CTT--TCA--A--A-TCTCGTAT-----------TT-TTTTT-CT---AT--AA---A-A--T------AC---------A-----CA--TC-AAAA---CTT--TCA--T---A--T--A--T-AT-TC-TGCA-----TA-T---CA-AT-T-
gi|33 : A-----TA-A---TA-ATAT-AC------A----TGT----AA------TT-GA-G--A-ACAA---G-TTT-T-GTGCAC-AT-TTATG------------T---TT--T------TTTC-----AG--TTTTT-------G---------G-TAAG-AATG-A--TA-T-TGAT-GTGTGTGtgtttacatgtaa
gi|34 : aatc------TTTT-----TGGGTTTTTTTTTTTCGATTT--GATG-TAAGAAATC-C--TA-T-AGAT-GTATG---AA-AAT------CAAAAAG-----ATTAAAAA
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GATGATAACTCTATGTAGATTGGGCAATTAATTTATGATCATATGCGAATTGCAAGAAATGTCAAAAGAAGATGTAAACTTTCTCCCAATTCTTATGTCTAATATGACAACAAAAAGAAAACAAAGCAACAAGACACACATAGATATTGTAAAAAAAAATTAATATTAGGTATCCTCACATCAGTTTAAACATTTCAATCTAAGAAAGGGAGTTGTAGAGGAAATTGTGATAATGTTCACACTGTCAATAGAAAAGAAGAGGTTTCCAACTCTGACAGTAAATGGTTCCAAATGATATTAACTTAGTGAAAAAGAAATGGAAGCCAGTCTTACATGCTTCCTTTTAAAAGTAACTGCAGCAACAAAACTACAGTGGTTTCAATTTCAATGCTACACAGACTATCTGCTACAATTACACTACTTGATAATGTGC
Unaligned ( gi|10 ): ATTGGTGACCTATGTAATAAGGACAATTCATTTATGTCATATGCAAAATTCAAAGAAACGTCTTCAAGAAAAATAAACTTTCTCAAATTGTCTGGTCTTGTTACAACAATATAGAATCATATGCTACAAACAACTCAATCATTGTAAAAGATTTCAATATTAGGTATCCATCTACTATCAGTTTTATATCAATCTTTGAAAGGTTGTAAAGAAATGTATAATGTTGTCATTTAAAAGACAAAAACAGTTTTCCAACTTCTGAAAGTAAATGGTTTCAAAATGGTAGCAACTTTAGTAGAAAAGAATGGGAGGCAGTACA
Unaligned ( gi|22 ): ACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAAATTTCTGTAATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATATGCAACAGAACAACAAACTTATCATAAAAGATTTCAATATTAGATATCCCTCTACTGATAGCTGGCAGATATTT
Unaligned ( gi|27 ): TCATTGCTGTCATATGCAGACTTCAAATAAATGTCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGTAATAAAAAAAATTAGCAACAGAACAACAAAATTAT
Unaligned ( gi|28 ): ATACATGTATTATGTATAATGATTATTAGTCATTTGTATACATGTAACTGAGTTTTGTGCATAGTTATGTTTTTTTCTGATTGTGTGAGAATATTATGTATAGGCAA
Unaligned ( gi|37 ): CTTTTATGTTTTTTCTGGGTTTTTTTGTAAGAATGGTATTGATGTATGTGAAAATCAATA
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGGACCTATGTAATATGGGCAATTCATTTCTGTCATATGC
Unaligned ( gi|40 ): GTATGTGAAAATCAATAAAAAACATTAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|41 ): CTGGTTTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATA
Alignments
lowQualScore : 111111 2 333333333 1 2222 222222 1111111 22222222 1111111 11 222222222222222222222222 1111 2 111111 11111 11 11111 1 11111111 1111 11111111111 111111 22222222222222222222 111 11111111111 111111111 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 0 77 5 888888 5 5 5 0 5 5 5 5 222222222 5 0 5 8888 5 666 3 5 222222 6 1111111 5 5 77 00000000 3 5 2222222 00 777777777777777777777777 5 0000 0 0 66 4 3 3 77 999 3 6 3 55 44 77 555 3 7 88888 44 0 333333 3 3 666 55 4 4 4 4 22222 0 0 3 44 3 999 3 555 3 3 6 3 11 6 44 77 33 3 3 555 666 3 77777 1 77 3 3 88888 3 77 3 3 66666666 3 0 44 77 555 555 0 0000 5 2 33 5 88888 0 2 2 22 33 2 2 55 333 0 22 22 22 2 22222222222 2 2 888 000000 2 22 55555555555555555555 333 2 333 2 22 22 666 22 777 44 4 44 2 22 88888 22222222222 2 44 88888 666666666 33 4 55555555555 2 33 2 5 5555 2 2 2 2 2 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 444 2 999 2 2 33 33 5555 2 2 5555 2 33 33 000000000 88888
lowQualScore : . .. . ...... . . . . . . . . ......... . . . .... . ... . . ...... . ....... . . .. ........ . . ....... .. ........................ . .... . . .. . . . .. ... . . . .. .. .. ... . . ..... .. . ...... . . ... .. . . . . ..... . . . .. . ... . ... . . . . .. . .. .. .. . . ... ... . ..... . .. . . ..... . .. . . ........ . . .. .. ... ... . .... . . .. . ..... . . . .. .. . . .. ... . .. .. .. . ........... . . ... ...... . .. .................... ... . ... . .. .. ... .. ... .. . .. . .. ..... ........... . .. ..... ......... .. . ........... . .. . . .... . . . . . . .. ...................................................................... . ... . ... . . .. .. .... . . .... . .. .. ......... .....
lowQualScore : 8 99 7 111111 7 0 0 9 0 0 0 0 555555555 0 0 0 9999 0 222 2 0 666666 2 9999999 0 7 44 44444444 0 7 6666666 11 999999999999999999999999 0 6666 4 0 11 4 9 3 99 222 3 7 6 00 66 99 888 3 3 33333 66 8 444444 3 3 444 00 0 0 0 0 77777 3 4 6 66 3 222 3 888 6 6 7 3 22 7 22 33 99 1 1 444 888 1 77777 0 99 3 3 33333 3 99 3 3 22222222 3 4 22 33 444 000 8 3333 0 5 44 0 22222 1 2 1 99 66 1 1 00 777 7 99 99 99 1 11111111111 1 1 777 555555 0 88 22222222222222222222 888 0 555 1 99 88 222 88 222 88 0 88 0 88 55555 11111111111 1 77 66666 999999999 11 9 66666666666 4 22 4 1 0000 5 5 5 5 4 4 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 111 4 888 4 4 44 22 3333 4 4 0000 7 77 77 000000000 44444
consensus : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-T--C---CATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTT-A--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--AAC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-TT-----TG----T----A--TGTA----A------TCGA-G--A-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
Reference ( family-1267 ) : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-T--C---CATTAT-GTTCA-T-ATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAA-TA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTT-A--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--NAC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-NT-----TG----T----A--TGCA----A------TCGA-G--A-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|1 : ACTTAAATAAACGTGCTAT-AAAGA--CCT--T---CATTAT-GTTCA-T-ATTGC-ATTCA-GTTAAC-CAGAGA-CA---------AATAGGA-TC----TT-GTTTTCA-GGAATGTTTTGTTAATC--AAA-GAGCTT-GGAT-TG----ACATCAGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATTG---TTA-ATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----TGT-TGT----TTGTAAAA-TA--A-ATAAC-TT-AGATCAAA--TT--C-GTCT-AGAAAATCTTTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACGTATAT-----TT--ATATAG----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-TAAAA-TTTGGAG-AA-CTA-----AAAAACGATTTAG-TCAATCT-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG--A-A--TT-T--TGATTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAAAGGCT-TTGA-AAAACG-----TGT--T-ACAAA-A-A-AAC--T-TGA--ACATT--TATC---ATGAGTT---TCTCCCCA---A-A-C--AGTCT-ACA-----TTTCCTTT-AA--A-TATC-TG-TCT-T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AACA--AGTCAC---------A-----CATTTC-AAAAAGTCT-TTGTCAGTC---AGTT---A--TCAT--T-CTG--TAATAGGTG-----------CT-A-AT-----TATGT-T----A--TTTA----A------TTGA-G--AGATAA----TATT-G-GT-G-CATAATGT--TAT---G-------T---TC--------------CTTGTTGTTT-TTT
gi|11 : aaaagattttaatattagtatccttcttactatcagtttaatatttcaatctagagaggatgtaaggaaatgtatataagtttgcattttcaaagaaaaaaagttttccaactattcttgaaagtaaatggtgtcaaatggtattacctttatgtgaaagaatggaagcagtttacatgcttccttttagaaacaaacagccagaaacaaagaacttacagtgtttcaatttgtcaaaatgttacagcagactatctgctacaaattacg--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATG-----T-T--TTACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----ACA-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--T--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--AAA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-CTGTATA-----TA-----------TC-A-TT-----TG----TATACA--TGTA----A------TCGA-G--A-A-AA----ATTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCTG-TT-TTTTT----------G------------G-TA---AAAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA------AAAAAAAA
gi|12 : atC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAG----A-CAATTGCA-CC-ACTTCA---AAGAAG-C-T-TAG-TATTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAA-TCAA--T-AT---GCTA-T---ATA-CTG-AA-AA-A--TA-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGAAATT-----TAACGACTGT-T-TTGA-AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CACC---ATAAGTT---TCTGTCT----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCGC-C-----------TT-TTCTT-CT---AC------AA-A--A--AAT---------AAAAACTA--AC-AAAA---CT-T--TCA--CACTA--C---A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-a
gi|13 : A-AGAATG-----T-TA-T-ACAAT-A-ATA----T-GGA--ACATTA-CATC---ATAAAGT---TCTCTCTTCTAA-A-C--ATTTTTACA-----C-TCA-TT-AA--ATCATC-TA-TTCTT---TCT--TCCA--A--ATCTCCC-C------------T-TTCTT-CTC--AT------AA-A--A--AAA---------A-----AA--AA-AAAA---t
gi|13 : ca------AA-A--A--AAA---------A-----AA--AA-AAAA---CTAT--TCA--C---A--TTACA--T-AT--T-CTG---A-----TA-----------TC-A-TT-----TG----T----A--TACA----AATGAAATCGA-AGAA-AAAA----GTTT-T-GT-GCCAT-A-----------------------------------------TTCTATTTATGTTT----------G-----TT--G--G-TAAAGAAAA-TGATTT-A-T-TG--AATC-GT-ATGGT----GA-AAAT--CA--A----TCAATAAAAAAA--aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactattcacattacatattctgatatcatttgtatacaaatgaaatcgaagaaaaaagttttgtgccatattctatttatgtttgttggtaaagaaaatgatttattgaatcgtatggtgaaaatcaatcaataaaaaaaa
gi|14 : caaagaatgttatacaataatatggaacattacatcataaagttctctcttctaaacatttttacactcattaaatcatctattctttcttccaaatctcccctttcttctcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTG--CTGAAAA-A-TTACGTACATTGTACA-AGGAATTATAATTAACAAATG--T-ATGA-AAAATG-----T-T--TCACAAA-A-A-AAAAAT-T-A--ACATT--CATT---ATGAGTT---TCTC------------------------------TCA-TT-AA--A--A----A-TC--T---T--------------TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-TT---AT------AA-A--A--AAC---------G-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--CAA-A--C---A--C-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-TT-----TGCATAC----A--TGTA----A------TTGA-G--A-ATAA----GTTT-T-GC-G-CAT-AT-T--TAT---G----GG-G---GTGGGGGG--------TGTTCTCT-----------------------TTT--G-TG-TA---AAAA-TG--CT---T-CA--A-------AC--T----GA-AAG----A--ATGC-TAAA-AACAAAC--CAATAATAACAAa
gi|15 : --C-T--C---CATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-T-G-A-TC----TT-ATTTTCA-G-AATGTTAT-CTAATC--AAA-GAGCTATGGAT-C-----ATAT-AGAAAAACTGGTT-AAAATCAACAT---T--GATATT-GA-C-A-T-AAA-TTA---CAG----AA-----TTCT-T-----T-T-TGT----TCGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAAATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTC-A--T-ATTCTTTA--A---CAATTAAAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----A-CAAGTTCA-CC-ACTTC----GAGAAA-C-T-AAG--TTTGAG-CACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---tgtaaa
gi|16 : tCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TCTCA-TT-AA--A-TATC-GA-TC--T---TCT--TTCA--G--ATCTCCT-CTTTTCTCGGGTTT-TTCTT-CT---AT------AA-CTTA--TATA--------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--C-ATGAT-TAA--TA-----TA-----------TG-A-ATAATTCTT----T----A--GGTA----G------TCGA---------------TTT-T-GTAA-TAT-AT-C--GA----G----GT-TCAGTTAACTTGTACTCATATTTTCTG----TTTTT----------GA---TTTTCG-TGATA---CAAA-TG--CT-A-G-AACTA--T-GTAAT-GTCGTAGA-GAATCCCAGCA----TCAC-AAAAAGATTTTTTAAAGAGAAt
gi|17 : -AA-A--TTCA--TA-TTTG--TTGAAA-----TGTA---A--GTACGCAGGGCTT-----TA-CAAGAG--TCTTGA-AAAATG-----T-T--TTACAAACACA-A----T-T-A--ACATT--TAT----ATGAGTT---TC--CCC----T-A-C--A-CTT-AC-------TTCA-TT-AA--T-AATC-TA-TC-------AC--GTCA--A--A-CTCTC-C-----------TC-CTTCT-CT---CT------AA-A--A--ATC---------AG----CA--TC-AAAA---CA-T----A--C---A--T---A--T-------CTG--TA-----TA-----------TC---TT-----TG----T----ACATGCA----A------TTGA-G--A-ATAC----GTTTGTGGT-A-GAT-AT-C--TA----G----G------TT--------------TTTTCTA------TTT----------GA---TTT--T-TC-TA---AAGA-TGT-CT-A-TAAG--A--T-GT-AT-GT----Gaaaag
gi|18 : TCA-TGATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGAACA---------A-TAGCA-TCAATATT-GTTT-CA-G-A--GTTTC-TTAATC--ACAAGAGCTT---GT-CATATTACAT-AGAAAA-CTGGTTTAAAATCTATAT---GTAGA-ATT-GA-TTACT-AAACTTA-AGCAG----AAAA---TTAAAT-----T-T-TGT----TTCGTAAAATAGAA-ATACC-TTTAGATCTAA--TAGAT-GTCT-AGAAAATCTT-A--TAATTC--TA--ATATCAA-T-AGATA--TATATTTTTATT--ATAAAAGACCC-CAAGTTCA-TC-TCT
gi|19 : A--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----A-AAC--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT----T------AA-A--A--AAA---------AAC---CA--AC-AAAA---CG-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-TT-----TG----T----A--TACATGTGA------TCGA-G--A-AAAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGGGT-TTTTT---------------TTT--G--G-TA---AGAA-TG--AT-A-G-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--AA-CAAAAA
gi|2 : actaattatgaACTTCAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-T--T---CATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-TG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATGT---TTAGATATT-GA-T-A-TTAAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-TGTGT----TTGGTAAA-TA--A-A-AAC-TTTAGATCGAA--T---C-GTCT-AG-AAATCTT-A--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACATATAT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAT-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGA-TAAACG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-G-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--TAC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-AT-----TG----T----A--TG-A----A------TTGA-G--A-ATAC----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TATGGGG----GT-T---TT--------------TTTTTTGTTT-TTTTTTTTC------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--CT-A-T-AG--A--TGGT-AT-GT----GA-AAAA--TA--A----TAAA-AAGAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|20 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTT-A--AAATTC--TA--A---TAATC-AAATA
gi|20 : AT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---AATA-T---ACA-TTG-AG-AA-AT-TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACG-AGGAATT-----aaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatataaccaagttcaccacttcaaagaatctaaattttgagaacctaaaaacgattgtagtcaatagaatatacattgagaaatttattttgctgaaaaactgcaagtacgaggaatt
gi|21 : actttagatcaaatcgtctagaaaatcttaaaattctaataatcaaataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC----A-A-C--ATTGT-AAAAATGTCCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATTTCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---ATCA----AA-A--A--AAC---------C-----CA--AC-AAAA---TT-T--TCA--C---A--T---A--TAAT--T-TTA--TG-----TA-----------------------------C----A--TGTA----A------TTGA-G--A-ATAA----GTGT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---------T-A---CA--------------TTTCCTG----TTTTT----------GG---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-AT----GA-AAAT--CA--ATTTTTAAA-AAAA
gi|23 : tACTTGAATAAATGTGCTATTAAAAA--C-TCCC---CATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTAA-C-CAG------------------AG-A-TCAT--TT-ATTTTCA-G-AATG-TTT-TTAATC--A---AAtgtaaaaa
gi|24 : tttaaaacaactgcagaaacaaaattactatgatttcaatttcaaatgcttcacagactatctactacaaactattACTTGAATAAATGTCCTATTTAAGATTC-T--C---CATTAT-GTTCA-T-AT
gi|25 : ccttttaaaacaactacagaaacaaaattacagtggttttaatttcaaatgcttcacagactgtctgctacaaactaatA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCTC-A-----------TT-TTTTT-CTAAAATAAAATAAA-A--A--AACCCATCAGAAA-----CA--TC-AACA---CT-T--TCA--C---A--C---A--C-AT--T--TG--TA-----TA-----------------------------C----A--TGTA----A------TTGA-G--A-ATAA----GTTc
gi|26 : -AAACTTA-AGCAG----AAA----TT-----------T-TGT----TTGGTAAAATG--A-ATAAC-TTTAAATCAAA--T---T-GCCT-AGAAAATCTT-A--AAATTC--TG--A---TAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CGAGTTCA-AC-ACTTCA---
gi|28 : A--C---A--T---G--T-AT--T-ATG--TA-----TAATGATTATTAGTC-A-TT-----TG----T----A--TACA------------TGT-A--A-CTGA----GTTT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTC----------T----------GA----TT--G-TG-TG---AGAA-TA--TT-A-T-GT--A--T-
gi|29 : atCA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A---AC---------------CC--CC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---ACCT-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-TT-----TG----T----A--TACA----aggcaa
gi|3 : A--C-T--CT--CATTATTGTTCAAT-ATTGCGAACCA-GTTA-C--AGACA-CAGTGAGTTATA-TAG-AATCAAT-TT-GTTTTCA-T-A-TATCAT-TTAATC--A---AGACCTTGGATATG----ACA--AGAAAA-CTTGTT-AAAATGTAGGT---A-ATATATTAGA-T-A-T-AAACTTACAGCAG----A-------TTAATATTTGT-T-TGTGTTATTGGTAAAATA--ATAAAACGTTTAGATCAAAA-T---C-GTCTTAGAAAATGTT-A--TAATTT-----------GATT-AA---------------TT--ATATAA----CGCAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C---AAA-TTTTGAG-AA-CTG-----AAAAACCCTTTAG-TCAA--T-AGGACGCTA-T---ACAGTTG-AGTAA-A--TT-A--T--TTTGCTCTGAAAA-ATCTGCA---A---TA-A-AGGAATT-----TGACGAATG--C-TTGA-AAAGTGGTTAAT-T--T-ACAAA-A-A-A----T-GGACTATATT--CATC---A-GAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT--CA-----TTTCT-TT-AAAGA-TATC-TG-TC------TCT--TTCA--ATCATCT-CC-C-----------TC-TTCTTACT---AT------GA-A--A--C-----------------CA--AC-AAAT---C--T--TGA--C---A------A--A-GT--T-TAG--TA-----TA-----------TCAA-TT-----TG----T----A--T----------------AA-G--A---AA----ATT-----T-G-GAT-A--C--TAG---C----GT-T---TT--------------TTTTC--------TTC----------GA---TAT--G-TG-TA---ACGA-TGCTAT-A-T-AG--A--T-GT-AT-GT----GAGAAAT--C---A----T----AAGACAA--CATTTAAtgt
gi|30 : T---TCTTCCC----A-A-C--ATCCT-ACA-----TTTCT-TT-AC--A-TGTC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCCT-CT---A-------AA-A--A--AAG---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-CTG--TA-----
gi|31 : --A---GAGCTTTGGAT-CG----AGAT-AGAAAA-CTGGTT-TAAATCTAC-T---TTGAATATT------------------------------------CAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---T-GTCT-AGAAAATC
gi|32 : T-GA--A-TATC-TC-TT--T---TCT--TTCA--A--ATCTCGTAT-----------TT-TTTTT-CT---AT------AA-A--A--TAC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---A--T-AT--T-CTG--CA-----TA-----------TC-A-AT-----T
gi|33 : ----A--TGTA----A------TTGA-G--A-ACAA----GTTT-T-GT-G-CAC-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCAG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----Gtgtttacatgtaa
gi|34 : aatcataataatatacAT-GT-T--TTT---G----GG-T---TT--------------TTTT-------TTTTC----------GA---TTT--GATG-TA---AGAAATC--CT-A-T-AG--A--T-GT-AT-G------A-AAAT--C---------------AAAAA--GATTAAAAA
gi|35 : CA-GTTA-C-CATAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TTTATTTTCA-G-AATGTCTT-TTAATCAAA---GAGTTTTGGAT-CG----AGAT-AGA
gi|36 : CAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTGAAA-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GCACA-AGGAATT-----TAACAAATG--T-
gi|37 : --------------TTTTATGTTT-TTTCT----------GGGTTTTT--T-TG-TA---AGAA-TG--GT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TA
gi|38 : c-----AAAAAGAATGTAA-TCAG--C-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AACAA-A--AT-A--T--TTTG--CT
gi|4 : TTGAATAAATGTGCTATTAAGGA--C-T--CCTTCATTAT-GTTCA-T-ATTGCAAATCAGGTTA-CACAGAGA-CAAGCAT----A-TAG-A-TCAT--TT-GTTTTCATT-AATGTTTC-TTGATC----------------T-TG----ACAT-GAGAAA-CTGGTT--AAATCTG-GTATGTTAGATATT-GACT-A-TGAAACTTACAGTGGTGATAAATAGCTTCAA----------TGT----TTGA-AAA-T
gi|40 : attttctggtcgtatgcaaacaaataaagaaaataatacaacagaacaacaagaattttgtgaaaagattttgaattattttacggtatcccatctactaagcagtttaatatttcaatctaagaaaggatgtgaaggaaatgtatagatgttgcctctttcaaaaggaaaaaaagtgttcccaacttctgaaagtaaatggtttcaaaatggtattaactttagtagaaaagatgagaagcagtttacatgcttcctttaaaccaactgcagaaagacaaactacagtgatttcaatttcaaatgccacacactttgttcta-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAAcga
gi|5 : CATC-TTTAAATCAAAAAT---CTGTCT-AGAAATCCTC-A--TAATTA--TGGGA---CAATT-AAATAC-TATAT-----TTTAATACAA----TGCAAGTCAA-CCTACCTTATATAAGAAAAC-T-AAG-TTTTGAGCAACCTAGGAGAAAAGAAAATATAA-TCAA--TCAGC--ACTA-TTTTATC-TCG-AA-AA-AATTT-AATT--TCTG--CTGAAAAGA-CT-CA---A---TACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTTACAAAAAG-----T-TTGT-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATTCACATC---ATAAGTTAAATCTCTCTA---A-A-CTGATTTT-ACAC----CCTCA-TTGAA--G-CATC-TA-TC--TTAATCT--TT-A--A--ATCTTCC-CG----------TTGTTCTT-CCTA-AT------AA-A--A--------------A-----CA--AC-AACA---CT-G--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--TCCTG--TA-----TAG----------TC-ATCT-----TG----TATACA--TGTA----A------TCGA-G--A-A-AACCATGTTT-T-GT-G-CAT-AT-TTATAT---A----GTGC---TT--------------TTTTCTG--T-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-ATT-GG--A--TAGT-A--GT----GG-AGAT--CA--A----Taa
gi|6 : cAA-TA--A-ACAAC-TTTAAATCTAA--T---C-GTCTAAGAAAATCTC-AGGTAATTC--TAC-A---CAATT--AATCC-TATAT-----TT---TACAA----A-C-AGTTCACCC-ACTTCG---AAGAAA-CTT-AAGTTTTTGAG-CACC-A-----AAAAAGAATATAATTCAA--T-AG---ACTATT---TTA-TGA-AG-AATA--CT-A--------A--CTGAAAA-A-CTGTA---A--AGATA-AAGGAAT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATGT----T-T--T-ACCAA-A-ATA----TGTGA--ACATT--CATCAATACAAG-T---TCTCTCT----ACA-C--ATTTTAACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATCTTATTC--T---TTTTCTTCATTA--GTCTCCC--------------T-TTCTT-CT---ATA-----AA-A--A--AAA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---AC-T-ATA-T-CTG--TATAT--TA-----------TC-A-ATTG---TG----T----A--TACATGTTAAT----TCGATG--A-AAAA----GTTT-T-G--G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--ATAA-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T--A-TAAGAAA--CA--AAAAAAAA
gi|7 : ttA-TA--A-ATAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTT-A--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATAC-TATAT-----T---ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AAC-TAT----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TTTA--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTG--AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-CGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--TAC---------A-----CA--TCAAAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-AT-----TG----T----A--TG-A----A------TTGA-G--A-ATAA----GTTT----T-G-CAT-AT-T--TAT---GTGGAGT-T---TT--------------TTTTGGGTTT-TTTTTTTTTTTTTTCGA---TTT--G-TG-GA---AGAA-TG--TT-A-T-AG--A----GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|9 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATCTC-A--CAATTC--TA--A---CAATT-AAATGC-TATAT-----TT--ATAGAA----A-CAAATTCA-CC-ACTTCA---AAGAAA-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AA-AA-AA-TT-A--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AATATG-----T-T--TTACAAA-A------------------------------TAAGTT---TCTCTCT----A-G-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA-A--A--A-----------A-----CA--AC-AATA---TT-T--TCA--C---A--TGC-A--T-AT--T-CTG--TA-----TA-----------TC-A-TT-----TA----TATACA--TGTA----A------TCGA-G--A-ATAA----CTTC-T-GT-T-CAT-AT-T--GAT--------GT-T---TT--------------TTTTCTG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----GA-AAAT--CA--A----a
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GATGATAACTCTATGTAGATTGGGCAATTAATTTATGATCATATGCGAATTGCAAGAAATGTCAAAAGAAGATGTAAACTTTCTCCCAATTCTTATGTCTAATATGACAACAAAAAGAAAACAAAGCAACAAGACACACATAGATATTGTAAAAAAAAATTAATATTAGGTATCCTCACATCAGTTTAAACATTTCAATCTAAGAAAGGGAGTTGTAGAGGAAATTGTGATAATGTTCACACTGTCAATAGAAAAGAAGAGGTTTCCAACTCTGACAGTAAATGGTTCCAAATGATATTAACTTAGTGAAAAAGAAATGGAAGCCAGTCTTACATGCTTCCTTTTAAAAGTAACTGCAGCAACAAAACTACAGTGGTTTCAATTTCAATGCTACACAGACTATCTGCTACAATTACACTACTTGATAATGTGC
Unaligned ( gi|10 ): ATTGGTGACCTATGTAATAAGGACAATTCATTTATGTCATATGCAAAATTCAAAGAAACGTCTTCAAGAAAAATAAACTTTCTCAAATTGTCTGGTCTTGTTACAACAATATAGAATCATATGCTACAAACAACTCAATCATTGTAAAAGATTTCAATATTAGGTATCCATCTACTATCAGTTTTATATCAATCTTTGAAAGGTTGTAAAGAAATGTATAATGTTGTCATTTAAAAGACAAAAACAGTTTTCCAACTTCTGAAAGTAAATGGTTTCAAAATGGTAGCAACTTTAGTAGAAAAGAATGGGAGGCAGTACA
Unaligned ( gi|22 ): ACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAAATTTCTGTAATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATATGCAACAGAACAACAAACTTATCATAAAAGATTTCAATATTAGATATCCCTCTACTGATAGCTGGCAGATATTT
Unaligned ( gi|27 ): TCATTGCTGTCATATGCAGACTTCAAATAAATGTCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGTAATAAAAAAAATTAGCAACAGAACAACAAAATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGGACCTATGTAATATGGGCAATTCATTTCTGTCATATGC
Unaligned ( gi|41 ): CTGGTTTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATA
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333 1 2222 222222 1111111 22222222 11111 11 222222222222222222222222 1111 11 111111 11111 11 11111 1 11111111 1111 11111111111 111111 11111111111111111111 111 11111111111 33333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 0 77 5 555 77 5 5 5 7 5 5 5 5 222222222 5 0 5 8888 5 666 3 5 222222 6 1111111 5 5 77 00000000 3 5 33333 5 00 777777777777777777777777 5 0000 66 4 3 3 11 555 3 6 3 55 44 77 555 3 7 88888 44 0 333333 3 3 666 55 4 4 4 4 22222 0 0 3 44 3 999 3 555 3 3 6 3 11 6 44 77 33 3 3 555 666 3 77777 1 77 3 3 88888 3 77 3 3 66666666 3 0 44 77 555 555 0 0000 5 2 33 5 88888 0 2 2 22 33 2 2 55 333 0 22 22 22 2 22222222222 2 2 555 000000 333 77777777777777777777 444 2 333 2 22 22 666 22 777 44 2 44 2 22 22 2 22 66666666666 4 555 4 55555555555 22 33 2 55 2 5 5555 2 2 2 2 2 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 444 2 999 2 2 33 33 5555 2 2 5555 2 33 33 000000000 88888
lowQualScore : . .. . ... .. . . . . . . . . ......... . . . .... . ... . . ...... . ....... . . .. ........ . . ..... . .. ........................ . .... .. . . . .. ... . . . .. .. .. ... . . ..... .. . ...... . . ... .. . . . . ..... . . . .. . ... . ... . . . . .. . .. .. .. . . ... ... . ..... . .. . . ..... . .. . . ........ . . .. .. ... ... . .... . . .. . ..... . . . .. .. . . .. ... . .. .. .. . ........... . . ... ...... ... .................... ... . ... . .. .. ... .. ... .. . .. . .. .. . .. ........... . ... . ........... .. .. . .. . . .... . . . . . . .. ...................................................................... . ... . ... . . .. .. .... . . .... . .. .. ......... .....
lowQualScore : 8 99 7 777 99 7 0 0 1 0 0 0 0 555555555 0 0 0 9999 0 222 2 0 666666 2 9999999 0 7 44 44444444 0 7 99999 0 11 999999999999999999999999 0 6666 11 4 9 3 22 888 3 7 3 00 66 99 888 3 3 33333 66 8 444444 3 3 444 00 0 0 0 0 77777 3 4 6 66 3 222 3 888 6 6 7 3 22 7 22 33 99 1 1 444 888 1 77777 0 99 3 3 33333 3 99 3 3 22222222 3 4 22 33 444 000 8 3333 0 5 44 0 22222 1 2 1 99 66 1 1 00 777 7 99 99 99 1 11111111111 1 1 888 555555 555 22222222222222222222 444 0 555 1 99 88 222 88 222 88 0 88 0 88 88 0 88 55555555555 0 555 2 22222222222 99 11 2 66 4 1 0000 5 5 5 5 4 4 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 111 4 888 4 4 44 22 3333 4 4 0000 7 77 77 000000000 44444
consensus : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
Reference ( family-1267 ) : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|1 : ACTTAAATAAACGTGCTAT-AAAGA--CCTT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-ATTCA-GTTAAC-CAGAGA-CA---------AATAGGA-TC----TT-GTTTTCA-GGAATGTTTTGTTAATC--AAA-GAGCTT-GGAT-TG----ACATCAGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATTG---TTA-ATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----TGT-TGT----TT-GTAAAATA--A-ATAAC--TTAGATCAAAT-T---C-GTCT-AGAAAATCTTTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACGTATAT-----TT--ATATAG----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-TAAAA-TTTGGAG-AA-CTA-----AAAAACGATTTAG-TCAATCT-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG--A-A--TT-T--TGATTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAAAGGCT-TTGA-AAAACG-----TGT--T-ACAAA-A-A-AAC--T-TGA--ACATT--TATC---ATGAGTT---TCTCCCCA---A-A-C--AGTCT-ACA-----TTTCCTTT-AA--A-TATC-TG-TCT-T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---CAAGTCAC---------A-----CATTTC-AAAAAGTCT-TTGTCAGTC---AGTT---A--TCAT--T-C--TG--TAAT--AGGTGC------TA-AT---TATGT---T------A--TT-TAA-TTGA--GAGATAA----TATT-G-GT-G-CATAATGT--TAT---G-------T---TC--------------CTTGTTGTTT-TTT
gi|11 : aaaagattttaatattagtatccttcttactatcagtttaatatttcaatctagagaggatgtaaggaaatgtatataagtttgcattttcaaagaaaaaaagttttccaactattcttgaaagtaaatggtgtcaaatggtattacctttatgtgaaagaatggaagcagtttacatgcttccttttagaaacaaacagccagaaacaaagaacttacagtgtttcaatttgtcaaaatgttacagcagactatctgctacaaattacg--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATG-----T-T--TTACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----ACA-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--T--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TGTAT-AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-A-AA----ATTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCTG-TT-TTTTT----------G------------G-TA---AAAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA------AAAAAAAA
gi|12 : atC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAG----A-CAATTGCA-CC-ACTTCA---AAGAAG-C-T-TAG-TATTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAA-TCAA--T-AT---GCTA-T---ATA-CTG-AA-AA-A--TA-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGAAATT-----TAACGACTGT-T-TTGA-AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CACC---ATAAGTT---TCTGTCT----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCGC-C-----------TT-TTCTT-CT---AC------AA---AAA---AT---------AAAAACTA--AC-AAAA---CT-T--TCA--CACTA--C---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---a
gi|13 : A-AGAATG-----T-TA-T-ACAAT-A-ATA----T-GGA--ACATTA-CATC---ATAAAGT---TCTCTCTTCTAA-A-C--ATTTTTACA-----C-TCA-TT-AA--ATCATC-TA-TTCTT---TCT--TCCA--A--ATCTCCC-C------------T-TTCTT-CTC--AT------AA---AAA---AA---------A-----AA--AA-AAAA---
gi|13 : ca------AA---AAA---AA---------A-----AA--AA-AAAA---CTAT--TCA--C---A--TTACA--T-AT--T-C--TG----AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATACAAA--TG-AAA-TCGAAGAA-AAAA----GTTT-T-GT-GCCAT-A-----------------------------------------TTCTATTTATGTTT----------G-----TT--G--G-TAAAGAAAA-TGATTT-A-T-TG--AATC-GT-ATGGT----GA-AAAT--CA--A----TCAATAAAAAAA--aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactattcacattacatattctgatatcatttgtatacaaatgaaatcgaagaaaaaagttttgtgccatattctatttatgtttgttggtaaagaaaatgatttattgaatcgtatggtgaaaatcaatcaataaaaaaaa
gi|14 : caaagaatgttatacaataatatggaacattacatcataaagttctctcttctaaacatttttacactcattaaatcatctattctttcttccaaatctcccctttcttctcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTG--CTGAAAA-A-TTACGTACATTGTACA-AGGAATTATAATTAACAAATG--T-ATGA-AAAATG-----T-T--TCACAAA-A-A-AAAAAT-T-A--ACATT--CATT---ATGAGTT---TCTC------------------------------TCA-TT-AA--A--A----A-TC--T---T--------------TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-TT---AT------AA---AAA---AC---------G-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--CAA-A--C---A--C-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TGCATAC------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTT-T-GC-G-CAT-AT-T--TAT---G----GG-G---GTGGGGGG--------TGTTCTCT-----------------------TTT--G-TG-TA---AAAA-TG--CT---T-CA--A-------AC--T----GA-AAG----A--ATGC-TAAA-AACAAAC--CAATAATAACAAa
gi|15 : --C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-T-G-A-TC----TT-ATTTTCA-G-AATGTTAT-CTAATC--AAA-GAGCTATGGAT-C-----ATAT-AGAAAAACTGGTT-AAAATCAACAT---T--GATATT-GA-C-A-T-AAA-TTA---CAG----AA-----TTCT-T-----T-T-TGT----TCGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAAATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--T-ATTCTTTA--A---CAATTAAAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----A-CAAGTTCA-CC-ACTTC----GAGAAA-C-T-AAG--TTTGAG-CACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---tgtaaa
gi|16 : tCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TCTCA-TT-AA--A-TATC-GA-TC--T---TCT--TTCA--G--ATCTCCT-CTTTTCTCGGGTTT-TTCTT-CT---AT------AACTTATA---TA---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--C-ATGAT-TAATA--T-ATGAA-----------TA-AT---TCTT----T------A--GG-TAG-TCGA--------------TTT-T-GTAA-TAT-AT-C--GA----G----GT-TCAGTTAACTTGTACTCATATTTTCTG----TTTTT----------GA---TTTTCG-TGATA---CAAA-TG--CT-A-G-AACTA--T-GTAAT-GTCGTAGA-GAATCCCAGCA----TCAC-AAAAAGATTTTTTAAAGAGAAt
gi|17 : -AA-A--TTCA--TA-TTTG--TTGAAA-----TGTA---A--GTACGCAGGGCTT-----TA-CAAGAG--TCTTGA-AAAATG-----T-T--TTACAAACACA-A----T-T-A--ACATT--TAT----ATGAGTT---TC--CCC----T-A-C--A-CTT-AC-------TTCA-TT-AA--T-AATC-TA-TC-------AC--GTCA--A--A-CTCTC-C-----------TC-CTTCT-CT---CT------AA---AAA---TC---------AG----CA--TC-AAAA---CA-T----A--C---A--T---A--T-------C--TG--T-AT--A-----------TC--T---T-TG----T------ACATG-CAA-TTGA--GA-ATAC----GTTTGTGGT-A-GAT-AT-C--TA----G----G------TT--------------TTTTCTA------TTT----------GA---TTT--T-TC-TA---AAGA-TGT-CT-A-TAAG--A--T-GT-AT-GT----Gaaaag
gi|18 : TCA-TGATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGAACA---------A-TAGCA-TCAATATT-GTTT-CA-G-A--GTTTC-TTAATC--ACAAGAGCTT---GT-CATATTACAT-AGAAAA-CTGGTTTAAAATCTATAT---GTAGA-ATT-GA-TTACT-AAACTTA-AGCAG----AAAA---TTAAAT-----T-T-TGT----TTCGTAAAATAGAA-ATACC-TTTAGATCTAA--TAGAT-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--ATATCAA-T-AGATA--TATATTTTTATT--ATAAAAGACCC-CAAGTTCA-TC-TCT
gi|19 : A--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----A-AAC--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT----T------AA---AAA---AA---------AAC---CA--AC-AAAA---CG-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATAC--A--TG-TGA-TCGA--GA-AAAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGGGT-TTTTT---------------TTT--G--G-TA---AGAA-TG--AT-A-G-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--AA-CAAAAA
gi|2 : actaattatgaACTTCAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-TG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATGT---TTAGATATT-GA-T-ATT-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-TGTGT----TTGGT-AAATA--A-A-AAC-TTTAGATCGAA--T---C-GTCT-AG-AAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACATATAT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAT-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGA-TAAACG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-G-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG----T------A--TG--AA-TTGA--GA-ATAC----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TATGGGG----GT-T---TT--------------TTTTTTGTTT-TTTTTTTTC------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--CT-A-T-AG--A--TGGT-AT-GT----GA-AAAA--TA--A----TAAA-AAGAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|20 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TA--A---TAATC-AAATA
gi|20 : AT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---AATA-T---ACA-TTG-AG-AA-AT-TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACG-AGGAATT-----aaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatataaccaagttcaccacttcaaagaatctaaattttgagaacctaaaaacgattgtagtcaatagaatatacattgagaaatttattttgctgaaaaactgcaagtacgaggaatt
gi|21 : actttagatcaaatcgtctagaaaatcttaaaattctaataatcaaataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC----A-A-C--ATTGT-AAAAATGTCCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATTTCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---ATCA----AA---AAA---AC---------C-----CA--AC-AAAA---TT-T--TCA--C---A--T---A--T-A--------------AT--T-----------TT-AT---G-TA----C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTGT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---------T-A---CA--------------TTTCCTG----TTTTT----------GG---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-AT----GA-AAAT--CA--ATTTTTAAA-AAAA
gi|23 : tACTTGAATAAATGTGCTATTAAAAA--C-TC---CCCATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTAA-C-CAG------------------AG-A-TCAT--TT-ATTTTCA-G-AATG-TTT-TTAATC--A---AAtgtaaaaa
gi|24 : tttaaaacaactgcagaaacaaaattactatgatttcaatttcaaatgcttcacagactatctactacaaactattACTTGAATAAATGTCCTATTTAAGATTC-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-AT
gi|25 : ccttttaaaacaactacagaaacaaaattacagtggttttaatttcaaatgcttcacagactgtctgctacaaactaatA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCTC-A-----------TT-TTTTT-CTAAAATAAAATAAA---AAA---ACCCATCAGAAA-----CA--TC-AACA---CT-T--TCA--C---A--C---A--C-AT--T----TG--T-AT--A---------------------------C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTc
gi|26 : -AAACTTA-AGCAG----AAA----TT-----------T-TGT----TTGGTAAAATG--A-ATAAC-TTTAAATCAAA--T---T-GCCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TG--A---TAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CGAGTTCA-AC-ACTTCA---
gi|28 : A--C---A--T---G--T-AT--T-A--TG--T-AT--AATGATTATTAGTC-AT---T-TG----T------A--TA-CA---TGT--AA-CTGA----GTTT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTC----------T----------GA----TT--G-TG-TG---AGAA-TA--TT-A-T-GT--A--T-
gi|29 : atCA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---CC---------C-----C----C-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---ACCT-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--Taggcaa
gi|3 : A--C-TCT--C--ATTATTGTTCAAT-ATTGCGAACCA-GTTA-C--AGACA-CAGTGAGTTATA-TAG-AATCAAT-TT-GTTTTCA-T-A-TATCAT-TTAATC--A---AGACCTTGGATATG----ACA--AGAAAA-CTTGTT-AAAATGTAGGT---A-ATATATTAGA-T-A-T-AAACTTACAGCAG----A-------TTAATATTTGT-T-TGTGTTATTGGTAAAATA--ATAAAACGTTTAGATCAAAA-T---C-GTCTTAGAAAATG-TTA--TAATTT-----------GATT-AA---------------TT--ATATAA----CGCAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C---AAA-TTTTGAG-AA-CTG-----AAAAACCCTTTAG-TCAA--T-AGGACGCTA-T---ACAGTTG-AGTAA-A--TT-A--T--TTTGCTCTGAAAA-ATCTGCA---A---TA-A-AGGAATT-----TGACGAATG--C-TTGA-AAAGTGGTTAAT-T--T-ACAAA-A-A-A----T-GGACTATATT--CATC---A-GAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT--CA-----TTTCT-TT-AAAGA-TATC-TG-TC------TCT--TTCA--ATCATCT-CC-C-----------TC-TTCTTACT---AT-----------GAA---AC---------------CA--AC-AAAT---C--T--TGA--C---A------A--A-GT--T-T--AG--T-AT--A-----------TCAAT---T-TG----T------A--T--------AA--GA---AA----ATT-----T-G-GAT-A--C--TAG---C----GT-T---TT--------------TTTTC--------TTC----------GA---TAT--G-TG-TA---ACGA-TGCTAT-A-T-AG--A--T-GT-AT-GT----GAGAAAT--C---A----T----AAGACAA--CATTTAAacatgt
gi|30 : T---TCTTCCC----A-A-C--ATCCT-ACA-----TTTCT-TT-AC--A-TGTC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCCT-CT---A-------AA---AAA---AG---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-A
gi|31 : --A---GAGCTTTGGAT-CG----AGAT-AGAAAA-CTGGTT-TAAATCTAC-T---TTGAATATT------------------------------------CAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---T-GTCT-AGAAAATC-
gi|32 : T-GA--A-TATC-TC-TT--T---TCT--TTCA--A--ATCTCGTAT-----------TT-TTTTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---A--T-AT--T-C--TG--C-AT--A-----------TCAAT---T-TG----TTTAC--A--TG-TAA-
gi|33 : --A-----------TA-AT---A-TA----C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ACAA----GTTT-T-GT-G-CAC-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCAG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----G
gi|34 : aatcataAT-GT-T--TTT---G----GG-T---TT--------------TTTT-------TTTTC----------GA---TTT--GATG-TA---AGAAATC--CT-A-T-AG--A--T-GT-AT-G------A-AAAT--C---------------AAAAA--GATTAAAAA
gi|35 : CA-GTTA-C-CATAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TTTATTTTCA-G-AATGTCTT-TTAATCAAA---GAGTTTTGGAT-CG----AGAT-AGA
gi|36 : CAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTGAAA-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GCACA-AGGAATT-----TAACAAATG--T-
gi|37 : --------------TTTTATGTTT-TTTCT----------GGGTTTTT--T-TG-TA---AGAA-TG--GT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TA
gi|38 : c-----AAAAAGAATGTAA-TCAG--C-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AACAA-A--AT-A--T--TTTG--CT
gi|4 : TTGAATAAATGTGCTATTAAGGA--C-TCCTTC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGCAAATCAGGTTA-CACAGAGA-CAAGCAT----A-TAG-A-TCAT--TT-GTTTTCATT-AATGTTTC-TTGATC----------------T-TG----ACAT-GAGAAA-CTGGTT--AAATCTG-GTATGTTAGATATT-GACT-A-TGAAACTTACAGTGGTGATAAATAGCTTCAA----------TGT----TTG--AAAAT
gi|40 : attttctggtcgtatgcaaacaaataaagaaaataatacaacagaacaacaagaattttgtgaaaagattttgaattattttacggtatcccatctactaagcagtttaatatttcaatctaagaaaggatgtgaaggaaatgtatagatgttgcctctttcaaaaggaaaaaaagtgttcccaacttctgaaagtaaatggtttcaaaatggtattaactttagtagaaaagatgagaagcagtttacatgcttcctttaaaccaactgcagaaagacaaactacagtgatttcaatttcaaatgccacacactttgttcta-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAAcga
gi|5 : CATC-TTTAAATCAAAAAT---CTGTCT-AGAAATCC-TCA--TAATTA--TGGGA---CAATT-AAATAC-TATAT-----TTTAATACAA----TGCAAGTCAA-CCTACCTTATATAAGAAAAC-T-AAG-TTTTGAGCAACCTAGGAGAAAAGAAAATATAA-TCAA--TCAGC--ACTA-TTTTATC-TCG-AA-AA-AATTT-AATT--TCTG--CTGAAAAGA-CT-CA---A---TACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTTACAAAAAG-----T-TTGT-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATTCACATC---ATAAGTTAAATCTCTCTA---A-A-CTGATTTT-ACAC----CCTCA-TTGAA--G-CATC-TA-TC--TTAATCT--TT-A--A--ATCTTCC-CG----------TTGTTCTT-CC----T------AA---TAA---AA---------A-----CA--AC-AACA---CT-G--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--TCC--TG--T-AT--AG----------TC-ATC--T-TG----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-A-AACCATGTTT-T-GT-G-CAT-AT-TTATAT---A----GTGC---TT--------------TTTTCTG--T-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-ATT-GG--A--TAGT-A--GT----GG-AGAT--CA--A----Taa
gi|6 : cAATA--A-ACAAC-TTTAAATCTAA--T---C-GTCTAAGAAAATC-TCAGGTAATTC--TAC-A---CAATT--AATCC-TATAT-----TT---TACAA----A-C-AGTTCACCC-ACTTCG---AAGAAA-CTT-AAGTTTTTGAG-CACC-A-----AAAAAGAATATAATTCAA--T-AG---ACTATT---TTA-TGA-AG-AATA--CT-A--------A--CTGAAAA-A-CTGTA---A--AGATA-AAGGAAT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATGT----T-T--T-ACCAA-A-ATA----TGTGA--ACATT--CATCAATACAAG-T---TCTCTCT----ACA-C--ATTTTAACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATCTTATTC--T---TTTTCTTCATTA--GTCTCCC--------------T-TTCTT-CT---ATA-----AA---AAA---AA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---AC-T-ATA-T-C--TG--T-AT--A-----------TT-ATCAAT-TG----TGTATACA--TGTTAATTCGAT-GA-AAAA----GTTT-T-G--G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--ATAA-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T--A-TAAGAAA--CA--AAAAAAAA
gi|7 : ttATA--A-ATAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATAC-TATAT-----T---ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AAC-TAT----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TTTA--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTG--AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-CGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TCAAAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG----T------A--TG--AA-TTGA--GA-ATAA----GTTT----T-G-CAT-AT-T--TAT---GTGGAGT-T---TT--------------TTTTGGGTTT-TTTTTTTTTTTTTTCGA---TTT--G-TG-GA---AGAA-TG--TT-A-T-AG--A----GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|9 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--CAATTC--TA--A---CAATT-AAATGC-TATAT-----TT--ATAGAA----A-CAAATTCA-CC-ACTTCA---AAGAAA-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AA-AA-AA-TT-A--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AATATG-----T-T--TTACAAA-A------------------------------TAAGTT---TCTCTCT----A-G-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA--------------A-----CA--AC-AATA---TT-T--TCA--C---A--TGC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TA----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----CTTC-T-GT-T-CAT-AT-T--GAT--------GT-T---TT--------------TTTTCTG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----GA-AAAT--CA--A----a
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GATGATAACTCTATGTAGATTGGGCAATTAATTTATGATCATATGCGAATTGCAAGAAATGTCAAAAGAAGATGTAAACTTTCTCCCAATTCTTATGTCTAATATGACAACAAAAAGAAAACAAAGCAACAAGACACACATAGATATTGTAAAAAAAAATTAATATTAGGTATCCTCACATCAGTTTAAACATTTCAATCTAAGAAAGGGAGTTGTAGAGGAAATTGTGATAATGTTCACACTGTCAATAGAAAAGAAGAGGTTTCCAACTCTGACAGTAAATGGTTCCAAATGATATTAACTTAGTGAAAAAGAAATGGAAGCCAGTCTTACATGCTTCCTTTTAAAAGTAACTGCAGCAACAAAACTACAGTGGTTTCAATTTCAATGCTACACAGACTATCTGCTACAATTACACTACTTGATAATGTGC
Unaligned ( gi|10 ): ATTGGTGACCTATGTAATAAGGACAATTCATTTATGTCATATGCAAAATTCAAAGAAACGTCTTCAAGAAAAATAAACTTTCTCAAATTGTCTGGTCTTGTTACAACAATATAGAATCATATGCTACAAACAACTCAATCATTGTAAAAGATTTCAATATTAGGTATCCATCTACTATCAGTTTTATATCAATCTTTGAAAGGTTGTAAAGAAATGTATAATGTTGTCATTTAAAAGACAAAAACAGTTTTCCAACTTCTGAAAGTAAATGGTTTCAAAATGGTAGCAACTTTAGTAGAAAAGAATGGGAGGCAGTACA
Unaligned ( gi|22 ): ACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAAATTTCTGTAATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATATGCAACAGAACAACAAACTTATCATAAAAGATTTCAATATTAGATATCCCTCTACTGATAGCTGGCAGATATTT
Unaligned ( gi|27 ): TCATTGCTGTCATATGCAGACTTCAAATAAATGTCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGTAATAAAAAAAATTAGCAACAGAACAACAAAATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGGACCTATGTAATATGGGCAATTCATTTCTGTCATATGC
Unaligned ( gi|41 ): CTGGTTTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATA
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333 1 2222 222222 1111111 22222222 11111 11 222222222222222222222222 1111 11 111111 11111 11 11111 1 11111111 1111 11111111111 111111 11111111111111111111 111 11111111111 33333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222
lowQualScore : 0 77 5 555 77 5 5 5 7 5 5 5 5 222222222 5 0 5 8888 5 666 3 5 222222 6 1111111 5 5 77 00000000 3 5 33333 5 00 777777777777777777777777 5 0000 66 4 3 3 11 555 3 6 3 55 44 77 555 3 7 88888 44 0 333333 3 3 666 55 4 4 4 4 22222 0 0 3 44 3 999 3 555 3 3 6 3 11 6 44 77 33 3 3 555 666 3 77777 1 77 3 3 88888 3 77 3 3 66666666 3 0 44 77 555 555 0 0000 5 2 33 5 88888 0 2 2 22 33 2 2 55 333 0 22 22 22 2 22222222222 2 2 555 000000 333 77777777777777777777 444 2 333 2 22 22 666 22 777 44 2 44 2 22 22 2 22 66666666666 4 555 4 55555555555 22 33 2 55 2 5 5555 2 2 2 2 2 2 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 444 2 999 2 2 33 33 5555 2 2 5555 2 33 33 000000000 88888
lowQualScore : . .. . ... .. . . . . . . . . ......... . . . .... . ... . . ...... . ....... . . .. ........ . . ..... . .. ........................ . .... .. . . . .. ... . . . .. .. .. ... . . ..... .. . ...... . . ... .. . . . . ..... . . . .. . ... . ... . . . . .. . .. .. .. . . ... ... . ..... . .. . . ..... . .. . . ........ . . .. .. ... ... . .... . . .. . ..... . . . .. .. . . .. ... . .. .. .. . ........... . . ... ...... ... .................... ... . ... . .. .. ... .. ... .. . .. . .. .. . .. ........... . ... . ........... .. .. . .. . . .... . . . . . . .. ...................................................................... . ... . ... . . .. .. .... . . .... . .. .. ......... .....
lowQualScore : 8 99 7 777 99 7 0 0 1 0 0 0 0 555555555 0 0 0 9999 0 222 2 0 666666 2 9999999 0 7 44 44444444 0 7 99999 0 11 999999999999999999999999 0 6666 11 4 9 3 22 888 3 7 3 00 66 99 888 3 3 33333 66 8 444444 3 3 444 00 0 0 0 0 77777 3 4 6 66 3 222 3 888 6 6 7 3 22 7 22 33 99 1 1 444 888 1 77777 0 99 3 3 33333 3 99 3 3 22222222 3 4 22 33 444 000 8 3333 0 5 44 0 22222 1 2 1 99 66 1 1 00 777 7 99 99 99 1 11111111111 1 1 888 555555 555 22222222222222222222 444 0 555 1 99 88 222 88 222 88 0 88 0 88 88 0 88 55555555555 0 555 2 22222222222 99 11 2 66 4 1 0000 5 5 5 5 4 4 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 111 4 888 4 4 44 22 3333 4 4 0000 7 77 77 000000000 44444
consensus : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
Reference ( family-1267 ) : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|1 : ACTTAAATAAACGTGCTAT-AAAGA--CCTT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-ATTCA-GTTAAC-CAGAGA-CA---------AATAGGA-TC----TT-GTTTTCA-GGAATGTTTTGTTAATC--AAA-GAGCTT-GGAT-TG----ACATCAGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATTG---TTA-ATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----TGT-TGT----TT-GTAAAATA--A-ATAAC--TTAGATCAAAT-T---C-GTCT-AGAAAATCTTTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACGTATAT-----TT--ATATAG----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-TAAAA-TTTGGAG-AA-CTA-----AAAAACGATTTAG-TCAATCT-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG--A-A--TT-T--TGATTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAAAGGCT-TTGA-AAAACG-----TGT--T-ACAAA-A-A-AAC--T-TGA--ACATT--TATC---ATGAGTT---TCTCCCCA---A-A-C--AGTCT-ACA-----TTTCCTTT-AA--A-TATC-TG-TCT-T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---CAAGTCAC---------A-----CATTTC-AAAAAGTCT-TTGTCAGTC---AGTT---A--TCAT--T-C--TG--TAAT--AGGTGC------TA-AT---TATGT---T------A--TT-TAA-TTGA--GAGATAA----TATT-G-GT-G-CATAATGT--TAT---G-------T---TC--------------CTTGTTGTTT-TTT
gi|11 : aaaagattttaatattagtatccttcttactatcagtttaatatttcaatctagagaggatgtaaggaaatgtatataagtttgcattttcaaagaaaaaaagttttccaactattcttgaaagtaaatggtgtcaaatggtattacctttatgtgaaagaatggaagcagtttacatgcttccttttagaaacaaacagccagaaacaaagaacttacagtgtttcaatttgtcaaaatgttacagcagactatctgctacaaattacg--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATG-----T-T--TTACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----ACA-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--T--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TGTAT-AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-A-AA----ATTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCTG-TT-TTTTT----------G------------G-TA---AAAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA------AAAAAAAA
gi|12 : atC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAG----A-CAATTGCA-CC-ACTTCA---AAGAAG-C-T-TAG-TATTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAA-TCAA--T-AT---GCTA-T---ATA-CTG-AA-AA-A--TA-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGAAATT-----TAACGACTGT-T-TTGA-AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATT--CACC---ATAAGTT---TCTGTCT----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCGC-C-----------TT-TTCTT-CT---AC------AA---AAA---AT---------AAAAACTA--AC-AAAA---CT-T--TCA--CACTA--C---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---a
gi|13 : A-AGAATG-----T-TA-T-ACAAT-A-ATA----T-GGA--ACATTA-CATC---ATAAAGT---TCTCTCTTCTAA-A-C--ATTTTTACA-----C-TCA-TT-AA--ATCATC-TA-TTCTT---TCT--TCCA--A--ATCTCCC-C------------T-TTCTT-CTC--AT------AA---AAA---AA---------A-----AA--AA-AAAA---
gi|13 : ca------AA---AAA---AA---------A-----AA--AA-AAAA---CTAT--TCA--C---A--TTACA--T-AT--T-C--TG----AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATACAAA--TG-AAA-TCGAAGAA-AAAA----GTTT-T-GT-GCCAT-A-----------------------------------------TTCTATTTATGTTT----------G-----TT--G--G-TAAAGAAAA-TGATTT-A-T-TG--AATC-GT-ATGGT----GA-AAAT--CA--A----TCAATAAAAAAA--aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactattcacattacatattctgatatcatttgtatacaaatgaaatcgaagaaaaaagttttgtgccatattctatttatgtttgttggtaaagaaaatgatttattgaatcgtatggtgaaaatcaatcaataaaaaaaa
gi|14 : caaagaatgttatacaataatatggaacattacatcataaagttctctcttctaaacatttttacactcattaaatcatctattctttcttccaaatctcccctttcttctcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTG--CTGAAAA-A-TTACGTACATTGTACA-AGGAATTATAATTAACAAATG--T-ATGA-AAAATG-----T-T--TCACAAA-A-A-AAAAAT-T-A--ACATT--CATT---ATGAGTT---TCTC------------------------------TCA-TT-AA--A--A----A-TC--T---T--------------TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-TT---AT------AA---AAA---AC---------G-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--CAA-A--C---A--C-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TGCATAC------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTT-T-GC-G-CAT-AT-T--TAT---G----GG-G---GTGGGGGG--------TGTTCTCT-----------------------TTT--G-TG-TA---AAAA-TG--CT---T-CA--A-------AC--T----GA-AAG----A--ATGC-TAAA-AACAAAC--CAATAATAACAAa
gi|15 : --C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-T-G-A-TC----TT-ATTTTCA-G-AATGTTAT-CTAATC--AAA-GAGCTATGGAT-C-----ATAT-AGAAAAACTGGTT-AAAATCAACAT---T--GATATT-GA-C-A-T-AAA-TTA---CAG----AA-----TTCT-T-----T-T-TGT----TCGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAAATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--T-ATTCTTTA--A---CAATTAAAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----A-CAAGTTCA-CC-ACTTC----GAGAAA-C-T-AAG--TTTGAG-CACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---tgtaaa
gi|16 : tCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TCTCA-TT-AA--A-TATC-GA-TC--T---TCT--TTCA--G--ATCTCCT-CTTTTCTCGGGTTT-TTCTT-CT---AT------AACTTATA---TA---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--C-ATGAT-TAATA--T-ATGAA-----------TA-AT---TCTT----T------A--GG-TAG-TCGA--------------TTT-T-GTAA-TAT-AT-C--GA----G----GT-TCAGTTAACTTGTACTCATATTTTCTG----TTTTT----------GA---TTTTCG-TGATA---CAAA-TG--CT-A-G-AACTA--T-GTAAT-GTCGTAGA-GAATCCCAGCA----TCAC-AAAAAGATTTTTTAAAGAGAAt
gi|17 : -AA-A--TTCA--TA-TTTG--TTGAAA-----TGTA---A--GTACGCAGGGCTT-----TA-CAAGAG--TCTTGA-AAAATG-----T-T--TTACAAACACA-A----T-T-A--ACATT--TAT----ATGAGTT---TC--CCC----T-A-C--A-CTT-AC-------TTCA-TT-AA--T-AATC-TA-TC-------AC--GTCA--A--A-CTCTC-C-----------TC-CTTCT-CT---CT------AA---AAA---TC---------AG----CA--TC-AAAA---CA-T----A--C---A--T---A--T-------C--TG--T-AT--A-----------TC--T---T-TG----T------ACATG-CAA-TTGA--GA-ATAC----GTTTGTGGT-A-GAT-AT-C--TA----G----G------TT--------------TTTTCTA------TTT----------GA---TTT--T-TC-TA---AAGA-TGT-CT-A-TAAG--A--T-GT-AT-GT----Gaaaag
gi|18 : TCA-TGATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGAACA---------A-TAGCA-TCAATATT-GTTT-CA-G-A--GTTTC-TTAATC--ACAAGAGCTT---GT-CATATTACAT-AGAAAA-CTGGTTTAAAATCTATAT---GTAGA-ATT-GA-TTACT-AAACTTA-AGCAG----AAAA---TTAAAT-----T-T-TGT----TTCGTAAAATAGAA-ATACC-TTTAGATCTAA--TAGAT-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--ATATCAA-T-AGATA--TATATTTTTATT--ATAAAAGACCC-CAAGTTCA-TC-TCT
gi|19 : A--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----A-AAC--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT----T------AA---AAA---AA---------AAC---CA--AC-AAAA---CG-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----TATAC--A--TG-TGA-TCGA--GA-AAAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGGGT-TTTTT---------------TTT--G--G-TA---AGAA-TG--AT-A-G-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--AA-CAAAAA
gi|2 : actaattatgaACTTCAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-TG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTATGT---TTAGATATT-GA-T-ATT-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-TGTGT----TTGGT-AAATA--A-A-AAC-TTTAGATCGAA--T---C-GTCT-AG-AAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACATATAT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAT-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGA-TAAACG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-G-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG----T------A--TG--AA-TTGA--GA-ATAC----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TATGGGG----GT-T---TT--------------TTTTTTGTTT-TTTTTTTTC------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--CT-A-T-AG--A--TGGT-AT-GT----GA-AAAA--TA--A----TAAA-AAGAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|20 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TA--A---TAATC-AAATA
gi|20 : AT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---AATA-T---ACA-TTG-AG-AA-AT-TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACG-AGGAATT-----aaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatataaccaagttcaccacttcaaagaatctaaattttgagaacctaaaaacgattgtagtcaatagaatatacattgagaaatttattttgctgaaaaactgcaagtacgaggaatt
gi|21 : actttagatcaaatcgtctagaaaatcttaaaattctaataatcaaataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC----A-A-C--ATTGT-AAAAATGTCCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATTTCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---ATCA----AA---AAA---AC---------C-----CA--AC-AAAA---TT-T--TCA--C---A--T---A--T-A--------------AT--T-----------TT-AT---G-TA----C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTGT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---------T-A---CA--------------TTTCCTG----TTTTT----------GG---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-AT-AT----GA-AAAT--CA--ATTTTTAAA-AAAA
gi|23 : tACTTGAATAAATGTGCTATTAAAAA--C-TC---CCCATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTAA-C-CAG------------------AG-A-TCAT--TT-ATTTTCA-G-AATG-TTT-TTAATC--A---AAtgtaaaaa
gi|24 : tttaaaacaactgcagaaacaaaattactatgatttcaatttcaaatgcttcacagactatctactacaaactattACTTGAATAAATGTCCTATTTAAGATTC-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-AT
gi|25 : ccttttaaaacaactacagaaacaaaattacagtggttttaatttcaaatgcttcacagactgtctgctacaaactaatA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCTC-A-----------TT-TTTTT-CTAAAATAAAATAAA---AAA---ACCCATCAGAAA-----CA--TC-AACA---CT-T--TCA--C---A--C---A--C-AT--T----TG--T-AT--A---------------------------C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTc
gi|26 : -AAACTTA-AGCAG----AAA----TT-----------T-TGT----TTGGTAAAATG--A-ATAAC-TTTAAATCAAA--T---T-GCCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TG--A---TAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CGAGTTCA-AC-ACTTCA---
gi|28 : A--C---A--T---G--T-AT--T-A--TG--T-AT--AATGATTATTAGTC-AT---T-TG----T------A--TA-CA---TGT--AA-CTGA----GTTT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTC----------T----------GA----TT--G-TG-TG---AGAA-TA--TT-A-T-GT--A--T-
gi|29 : atCA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---CC---------C-----C----C-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---ACCT-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--Taggcaa
gi|3 : A--C-TCT--C--ATTATTGTTCAAT-ATTGCGAACCA-GTTA-C--AGACA-CAGTGAGTTATA-TAG-AATCAAT-TT-GTTTTCA-T-A-TATCAT-TTAATC--A---AGACCTTGGATATG----ACA--AGAAAA-CTTGTT-AAAATGTAGGT---A-ATATATTAGA-T-A-T-AAACTTACAGCAG----A-------TTAATATTTGT-T-TGTGTTATTGGTAAAATA--ATAAAACGTTTAGATCAAAA-T---C-GTCTTAGAAAATG-TTA--TAATTT-----------GATT-AA---------------TT--ATATAA----CGCAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C---AAA-TTTTGAG-AA-CTG-----AAAAACCCTTTAG-TCAA--T-AGGACGCTA-T---ACAGTTG-AGTAA-A--TT-A--T--TTTGCTCTGAAAA-ATCTGCA---A---TA-A-AGGAATT-----TGACGAATG--C-TTGA-AAAGTGGTTAAT-T--T-ACAAA-A-A-A----T-GGACTATATT--CATC---A-GAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT--CA-----TTTCT-TT-AAAGA-TATC-TG-TC------TCT--TTCA--ATCATCT-CC-C-----------TC-TTCTTACT---AT-----------GAA---AC---------------CA--AC-AAAT---C--T--TGA--C---A------A--A-GT--T-T--AG--T-AT--A-----------TCAAT---T-TG----T------A--T--------AA--GA---AA----ATT-----T-G-GAT-A--C--TAG---C----GT-T---TT--------------TTTTC--------TTC----------GA---TAT--G-TG-TA---ACGA-TGCTAT-A-T-AG--A--T-GT-AT-GT----GAGAAAT--C---A----T----AAGACAA--CATTTAAacatgt
gi|30 : T---TCTTCCC----A-A-C--ATCCT-ACA-----TTTCT-TT-AC--A-TGTC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCCT-CT---A-------AA---AAA---AG---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-A
gi|31 : --A---GAGCTTTGGAT-CG----AGAT-AGAAAA-CTGGTT-TAAATCTAC-T---TTGAATATT------------------------------------CAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---T-GTCT-AGAAAATC-
gi|32 : T-GA--A-TATC-TC-TT--T---TCT--TTCA--A--ATCTCGTAT-----------TT-TTTTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---A--T-AT--T-C--TG--C-AT--A-----------TCAAT---T-TG----TTTAC--A--TG-TAA-
gi|33 : --A-----------TA-AT---A-TA----C------A--TG-TAA-TTGA--GA-ACAA----GTTT-T-GT-G-CAC-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCAG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----G
gi|34 : aatcataAT-GT-T--TTT---G----GG-T---TT--------------TTTT-------TTTTC----------GA---TTT--GATG-TA---AGAAATC--CT-A-T-AG--A--T-GT-AT-G------A-AAAT--C---------------AAAAA--GATTAAAAA
gi|35 : CA-GTTA-C-CATAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TTTATTTTCA-G-AATGTCTT-TTAATCAAA---GAGTTTTGGAT-CG----AGAT-AGA
gi|36 : CAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTGAAA-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GCACA-AGGAATT-----TAACAAATG--T-
gi|37 : --------------TTTTATGTTT-TTTCT----------GGGTTTTT--T-TG-TA---AGAA-TG--GT-A-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TA
gi|38 : c-----AAAAAGAATGTAA-TCAG--C-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AACAA-A--AT-A--T--TTTG--CT
gi|4 : TTGAATAAATGTGCTATTAAGGA--C-TCCTTC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGCAAATCAGGTTA-CACAGAGA-CAAGCAT----A-TAG-A-TCAT--TT-GTTTTCATT-AATGTTTC-TTGATC----------------T-TG----ACAT-GAGAAA-CTGGTT--AAATCTG-GTATGTTAGATATT-GACT-A-TGAAACTTACAGTGGTGATAAATAGCTTCAA----------TGT----TTG--AAAAT
gi|40 : attttctggtcgtatgcaaacaaataaagaaaataatacaacagaacaacaagaattttgtgaaaagattttgaattattttacggtatcccatctactaagcagtttaatatttcaatctaagaaaggatgtgaaggaaatgtatagatgttgcctctttcaaaaggaaaaaaagtgttcccaacttctgaaagtaaatggtttcaaaatggtattaactttagtagaaaagatgagaagcagtttacatgcttcctttaaaccaactgcagaaagacaaactacagtgatttcaatttcaaatgccacacactttgttcta-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAAcga
gi|5 : CATC-TTTAAATCAAAAAT---CTGTCT-AGAAATCC-TCA--TAATTA--TGGGA---CAATT-AAATAC-TATAT-----TTTAATACAA----TGCAAGTCAA-CCTACCTTATATAAGAAAAC-T-AAG-TTTTGAGCAACCTAGGAGAAAAGAAAATATAA-TCAA--TCAGC--ACTA-TTTTATC-TCG-AA-AA-AATTT-AATT--TCTG--CTGAAAAGA-CT-CA---A---TACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTTACAAAAAG-----T-TTGT-ACAAA-A-T-A----T-TGA--ACATTCACATC---ATAAGTTAAATCTCTCTA---A-A-CTGATTTT-ACAC----CCTCA-TTGAA--G-CATC-TA-TC--TTAATCT--TT-A--A--ATCTTCC-CG----------TTGTTCTT-CC----T------AA---TAA---AA---------A-----CA--AC-AACA---CT-G--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--TCC--TG--T-AT--AG----------TC-ATC--T-TG----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-A-AACCATGTTT-T-GT-G-CAT-AT-TTATAT---A----GTGC---TT--------------TTTTCTG--T-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-ATT-GG--A--TAGT-A--GT----GG-AGAT--CA--A----Taa
gi|6 : cAATA--A-ACAAC-TTTAAATCTAA--T---C-GTCTAAGAAAATC-TCAGGTAATTC--TAC-A---CAATT--AATCC-TATAT-----TT---TACAA----A-C-AGTTCACCC-ACTTCG---AAGAAA-CTT-AAGTTTTTGAG-CACC-A-----AAAAAGAATATAATTCAA--T-AG---ACTATT---TTA-TGA-AG-AATA--CT-A--------A--CTGAAAA-A-CTGTA---A--AGATA-AAGGAAT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATGT----T-T--T-ACCAA-A-ATA----TGTGA--ACATT--CATCAATACAAG-T---TCTCTCT----ACA-C--ATTTTAACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATCTTATTC--T---TTTTCTTCATTA--GTCTCCC--------------T-TTCTT-CT---ATA-----AA---AAA---AA---------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---AC-T-ATA-T-C--TG--T-AT--A-----------TT-ATCAAT-TG----TGTATACA--TGTTAATTCGAT-GA-AAAA----GTTT-T-G--G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--ATAA-T-TG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T--A-TAAGAAA--CA--AAAAAAAA
gi|7 : ttATA--A-ATAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATAC-TATAT-----T---ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AAC-TAT----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TTTA--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTG--AAAATGT----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-CGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAT---AC---------A-----CA--TCAAAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG----T------A--TG--AA-TTGA--GA-ATAA----GTTT----T-G-CAT-AT-T--TAT---GTGGAGT-T---TT--------------TTTTGGGTTT-TTTTTTTTTTTTTTCGA---TTT--G-TG-GA---AGAA-TG--TT-A-T-AG--A----GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----T-----AAAAAA--CATTAAAAAAAA
gi|9 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--CAATTC--TA--A---CAATT-AAATGC-TATAT-----TT--ATAGAA----A-CAAATTCA-CC-ACTTCA---AAGAAA-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AA-AA-AA-TT-A--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AATATG-----T-T--TTACAAA-A------------------------------TAAGTT---TCTCTCT----A-G-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCTC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA--------------A-----CA--AC-AATA---TT-T--TCA--C---A--TGC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TA----TATAC--A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----CTTC-T-GT-T-CAT-AT-T--GAT--------GT-T---TT--------------TTTTCTG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TG--A--T-GT-GT-GT----GA-AAAT--CA--A----a
blockSeqs : TT . CTT CC T A G G G . A A GTGAGTTAT . C A AATA T TT A . ACAA T CATATT . A TA GTATGTT G A TTAC G CA TGATAAATAGCTTCAA G GTTA GA T C G AA AGA T T . GG TT GG TAT A A TTTTA TA GACCC C T TAT AA T . T C GGAGA T . C GAC T TTT G A T T AT C AT A CT G T TAC TTG C ATAAT C T C C GTTAA . TG T C AAAAAA G CT CA AAT AAA TCTA C A TG T AATGT . G AG TC T T CT TAA TC TT TC A TTTTCTCGGGT G A AAA AAAATA CTT ACCCATCAGAAA A A . A . . ACT . TAC CC . GA C AA TA . GA ATGATTATTAG A CAA C TATACAA CA TT T AG . A CCAT G G A C . . TA GGTTCAGTTAACTTGTACTCATATTTTCTGTTTTTGATTTTCGT A AAG A ATT A T AA CT ATC A G CGTA G CC GC TTTTTAAA TTTTT
blockSeqs : . . T . . . . G . . . . AGCAT . . . AAT . G A . AAA T ATG . . A TATGT G . TAT . CA ATTAATATTTGT . . . . T . A . . A . . . C . . . . . CG . . . G . . . . T . . . C . . . . C . T T . . . . . . A . . C . . . T . A C . ATA . . A . . A C . . A C . . . T . . . . . . . . G . . C CA . ATAAAAAC A . . . . . AA . AC C . A . . . . . G A C . TGTATAC . T . T . T . . . . . . . . GTGGAGTTTTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCGATTTGT . . . CTA . . T . TG . . . . . . TGCTAAA CAA
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . AT . G A . AAA T TG . . A TGTTT G . CTA . A AAAATTAAATT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . A . . . T . . T . CAA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . AAAAC A . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . TATAC . A . . . T . . . . . . . . GGGGGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTCGATTTGT . . . TC . . C . TA . . . . . . TCAAT CAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AT . G A . A T CG . . A CATT T . CA . A AAATTCAATT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . G . . . T . . T . ATA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TCAG A . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . CATAC . T . . . A . . . . . . . . GGGGGTGGGGGGTGTTCTCTTTTGT . . . C . . A . T . . . . . . TCAC CAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . G A . A T CG . . T GGTA A . TA . A AATTCTTT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AAA T . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . TATAC . T . . . T . . . . . . . . TACATTTCCTGTTTTTGGTTTGT . . . C . . T . T . . . . . . TAAA GAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . A . TG . . . CTTT G . . . . AAATT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AAA T . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . TTTAC . C . . . T . . . . . . . . GGGTTTTTTTTTTTCGATTTGAT . . . A . . A . T . . . . . . TAAA CAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . A . C . . . CAATT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AAA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATAC . T . . . T . . . . . . . . GTTTTTTCTGGGTTTTTTTTTG . . . C . . T . T . . . . . . TA CAT
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . ACG A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATAC . T . . . T . . . . . . . . GGTTTTTTCTATTTGATTTTT . . . A . . G . T . . . . . . T AA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TAA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . C . . . . . . . . CGTTTTTTTTCTTCGATATGT . . . T . . A . T . . . . . . T CA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . ACA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . A . . . . . . . . AGTGCTTTTTTCTGTTTTTTG . . . A . . T . T . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . ACC T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . T . . . . . . . . GTTTTTTCTGTTTTTTTTG . . . C . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . CCC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . T . . . . . . . . TTCTATTTATGTTTGTTG . . . G . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AGA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . GTTTTTTTTCTGTTTTTG . . . A . . G . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . ACA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . GTTTTTTTCAGTTTTTG . . . A . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AAA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . GTTTTTTTCTGATTGT . . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AAA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . ACA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AT** G** AA**** CGTNT*** AAATTCAATT************** ** ** ** ** NA****** **** ** ANA***************** N** *** ** ** ** *********** T********** TAA****** CAT**
originalCons : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA---TT-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC--A---GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGT---TTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-A-A-A----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAA---AC---------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG----T------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--A----TAAA-AAAAAAA--CATTAAAAAAAA
finalCons : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCAT--TT-GTTTTCAG--AATGTTTT-TTAATCAA----GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATCTACGTNT---AGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAGAAATTCAATT--------------T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-ACAAA-ANA------T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT---AT------AA---AAAANA-----------------CAN--C-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TGT----------A--TG-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NG--A--T-GT-AT-GT----GA-AAAT--CA--ATAA------AAAAAAACAT--TAAAAAAAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GATGATAACTCTATGTAGATTGGGCAATTAATTTATGATCATATGCGAATTGCAAGAAATGTCAAAAGAAGATGTAAACTTTCTCCCAATTCTTATGTCTAATATGACAACAAAAAGAAAACAAAGCAACAAGACACACATAGATATTGTAAAAAAAAATTAATATTAGGTATCCTCACATCAGTTTAAACATTTCAATCTAAGAAAGGGAGTTGTAGAGGAAATTGTGATAATGTTCACACTGTCAATAGAAAAGAAGAGGTTTCCAACTCTGACAGTAAATGGTTCCAAATGATATTAACTTAGTGAAAAAGAAATGGAAGCCAGTCTTACATGCTTCCTTTTAAAAGTAACTGCAGCAACAAAACTACAGTGGTTTCAATTTCAATGCTACACAGACTATCTGCTACAATTACACTACTTGATAATGTGC
Unaligned ( gi|10 ): ATTGGTGACCTATGTAATAAGGACAATTCATTTATGTCATATGCAAAATTCAAAGAAACGTCTTCAAGAAAAATAAACTTTCTCAAATTGTCTGGTCTTGTTACAACAATATAGAATCATATGCTACAAACAACTCAATCATTGTAAAAGATTTCAATATTAGGTATCCATCTACTATCAGTTTTATATCAATCTTTGAAAGGTTGTAAAGAAATGTATAATGTTGTCATTTAAAAGACAAAAACAGTTTTCCAACTTCTGAAAGTAAATGGTTTCAAAATGGTAGCAACTTTAGTAGAAAAGAATGGGAGGCAGTACA
Unaligned ( gi|22 ): ACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAAATTTCTGTAATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATATGCAACAGAACAACAAACTTATCATAAAAGATTTCAATATTAGATATCCCTCTACTGATAGCTGGCAGATATTT
Unaligned ( gi|27 ): TCATTGCTGTCATATGCAGACTTCAAATAAATGTCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGTAATAAAAAAAATTAGCAACAGAACAACAAAATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGGACCTATGTAATATGGGCAATTCATTTCTGTCATATGC
Unaligned ( gi|41 ): CTGGTTTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATA
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333333 1 1111 111111 1111111 111 222222 11111 11 22222222222 111111111 1111 11 111111 11111 22222 1 111111 1111 11111111111 222222222222222222222 111111 11111111111 333333 3333333333333333333333333333333 2222 33333333333333333333333 111 1111
lowQualScore : 0 77 5 555 77 5 5 5 7 5 5 5 5 222222222 5 0 5 5555 666 3 5 666666 6 1111111 5 5 77 000 444444 5 44444 5 00 33333333333 1 444444444 5 0000 66 4 3 3 11 555 3 6 3 55 44 77 555 3 7 88888 44 0 333333 3 3 666 55 4 4 4 4 22222 0 0 3 44 3 999 3 555 3 7 6 3 77 6 44 77 33 3 3 555 666 3 77777 1 77 3 3 11111 3 77 0 3 3 3 1 222222 44 77 555 555 0 0000 5 2 33 5 88888 0 2 2 22 33 2 2 55 333 0 22 22 22 2 22222222222 2 2 2 77777777 44 333 000000000000000000000 333 2 333 2 22 22 333 888888 44 2 44 2 22 22 2 22 66666666666 4 555 4 2 444444 22 4444 33 2 55 2 5 5555 2 2 2 2 2 2 33 4444444444444444444444444444444 1 6666 99999999999999999999999 2 444 2 000 2 2 44 4444 2 2 1 6666 6666 3 666 4
lowQualScore : . .. . ... .. . . . . . . . . ......... . . . .... ... . . ...... . ....... . . .. ... ...... . ..... . .. ........... . ......... . .... .. . . . .. ... . . . .. .. .. ... . . ..... .. . ...... . . ... .. . . . . ..... . . . .. . ... . ... . . . . .. . .. .. .. . . ... ... . ..... . .. . . ..... . .. . . . . . ...... .. .. ... ... . .... . . .. . ..... . . . .. .. . . .. ... . .. .. .. . ........... . . . ........ .. ... ..................... ... . ... . .. .. ... ...... .. . .. . .. .. . .. ........... . ... . . ...... .. .... .. . .. . . .... . . . . . . .. ............................... . .... ....................... . ... . ... . . .. .... . . . .... .... . ... .
lowQualScore : 8 99 7 777 99 7 0 0 1 0 0 0 0 555555555 0 0 0 2222 222 2 0 222222 2 9999999 0 7 44 000 666666 7 00000 0 11 55555555555 4 888888888 0 6666 11 4 9 3 22 888 3 7 3 00 66 99 888 3 3 33333 66 8 444444 3 3 444 00 0 0 0 0 77777 3 4 6 66 3 222 3 888 6 3 7 3 99 7 22 33 99 1 1 444 888 1 77777 0 99 3 3 77777 3 99 0 3 3 3 0 222222 22 33 444 000 8 3333 0 5 44 0 22222 1 2 1 99 66 1 1 00 777 7 99 99 99 1 11111111111 1 1 1 66666666 88 555 111111111111111111111 888 0 555 1 99 88 555 444444 88 0 88 0 88 88 0 88 55555555555 0 555 2 1 555555 99 5555 11 2 66 4 1 0000 5 5 5 5 4 4 22 3333333333333333333333333333333 1 6666 77777777777777777777777 5 444 5 444 5 5 44 8888 5 9 5 1111 0000 6 444 8
consensus : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA-T-TTGTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC-A--A-GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATC---TACGTNTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-A-CAA-A-ANA----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAA---AN----------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG-T------A--T----G-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTG-TT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----TAAA-AA-A---AAACATTAAAAAAAA
Reference ( family-1267 ) : ACTTGAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA-T-TTGTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC-A--A-GAGCTTTGGAT-CG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATC---TACGTNTAGATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAN-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TAACAANTG--T-TTGA-AAAATG-----T-T--T-A-CAA-A-ANA----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAA---AN----------A-----CA--NC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG-T------A--T----G-TAA-TCGA--GA-ATAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G----GT-T---TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--NT-A-T-NGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----TAAA-AA-A---AAACATTAAAAAAAA
gi|1 : ACTTAAATAAACGTGCTAT-AAAGA--CCTT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-ATTCA-GTTAAC-CAGAGA-CA---------AATAGGA-TC----TTGTTTTCA-GGAATGTTTTGTTAATC-A--AAGAGCTT-GGAT-TG----ACATCAGAAAA-CTGGTT-AAAATC---TAT-TGTTAATATT-GA-T-A-T-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----TGT-TGT----TT-GTAAAATA--A-ATAAC--TTAGATCAAAT-T---C-GTCT-AGAAAATCTTTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACGTATAT-----TT--ATATAG----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-TAAAA-TTTGGAG-AA-CTA-----AAAAACGATTTAG-TCAATCT-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG--A-A--TT-T--TGATTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAAAGGCT-TTGA-AAAACG-----TGT--T-A-CAA-A-AAAAC--T-TGA--ACATT--TATC---ATGAGTT---TCTCCCCA---A-A-C--AGTCT-ACA-----TTTCCTTT-AA--A-TATC-TG-TCT-T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---CAAGTCAC----------A-----CATTTC-AAAAAGTCT-TTGTCAGTC---AGTT---A--TCAT--T-C--TG--TAAT--AGGTGC------TA-AT---TATGTT------A--T----T-TAA-TTGA--GAGATAA----TATT-G-GT-G-CATAATGT--TAT---G-------T---TC--------------CTTGTTGTTT-TTT
gi|11 : aaaagattttaatattagtatccttcttactatcagtttaatatttcaatctagagaggatgtaaggaaatgtatataagtttgcattttcaaagaaaaaaagttttccaactattcttgaaagtaaatggtgtcaaatggtattacctttatgtgaaagaatggaagcagtttacatgcttccttttagaaacaaacagccagaaacaaagaacttacagtgtttcaatttgtcaaaatgttacagcagactatctgctacaaattacg--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATG-----T-T--TTA-CAA-A-ATA----T-TGA--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----ACA-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--T--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAA---AA----------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TGTAT-AT--A-----------TC-AT---T-TG-TATAC--A--T----G-TAA-TCGA--GA-A-AA----ATTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCTG-TT-TTTTT----------G------------G-TA---AAAA-TG--AT-A-T-TGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----TAAA-AA-A---AAAAA--AAAAAAAA
gi|12 : atC--TA--A---CAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAG----A-CAATTGCA-CC-ACTTCA---AAGAAG-C-T-TAG-TATTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATGTAA-TCAA--T-AT---GCTA-T---ATA-CTG-AA-AA-A--TA-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGAAATT-----TAACGACTGT-T-TTGA-AAAATGT----T-T--T-A-CAA-A-ATA----T-TGA--ACATT--CACC---ATAAGTT---TCTGTCT----A-A-C--ATCTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-TATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCGC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------C--AA---AAA---AT----------AAAAACTA--AC-AAAA---CT-T--TCA--CACTA--C---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---
gi|13 : A-AGAATG-----T-TA-T-A-CAATA-ATA----T-GGA--ACATTA-CATC---ATAAAGT---TCTCTCTTCTAA-A-C--ATTTTTACA-----C-TCA-TT-AA--ATCATC-TA-TTCTT---TCT--TCCA--A--ATCTCCC-C------------T-TTCTT-CTCA--------T--AA---AAA---AA----------A-----AA--AA-AAAA---
gi|13 : ca--AA---AAA---AA----------A-----AA--AA-AAAA---CTAT--TCA--C---A--TTACA--T-AT--T-C--TG----AT--A-----------TC-AT---T-TG-TATACAAA--T----G-AAA-TCGAAGAA-AAAA----GTTT-T-GT-GCCAT-A-----------------------------------------TTCTATTTATGTTT----------G-----TT--G--G-TAAAGAAAA-TGATTT-A-T-TGAATC-GTATGGTGA-AAATCAA----TCAATAA-A---AAAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactattcacattacatattctgatatcatttgtatacaaatgaaatcgaagaaaaaagttttgtgccatattctatttatgtttgttggtaaagaaaatgatttattgaatcgtatggtgaaaatcaatcaataaaaaaaa
gi|14 : caaagaatgttatacaataatatggaacattacatcataaagttctctcttctaaacatttttacactcattaaatcatctattctttcttccaaatctcccctttcttctcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaTG--CTGAAAA-A-TTACGTACATTGTACA-AGGAATTATAATTAACAAATG--T-ATGA-AAAATG-----T-T--TCA-CAA-A-AAAAAAAT-T-A--ACATT--CATT---ATGAGTT---TCTC------------------------------TCA-TT-AA--A--A----A-TC--T---T--------------TCTCCT-C-----------TT-TTCTT-TT-A--------T--AA---AAA---AC----------G-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---AAAC---A--C-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG-C------A--TACATG-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTT-T-GC-G-CAT-AT-T--TAT---G----Gaa
gi|15 : --C-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-T-G-A-TC----TTATTTTCA-G-AATGTTAT-CTAATC-A--AAGAGCTATGGAT-C-----ATAT-AGAAAAACTGGTT-AAAATC---AACATT--GATATT-GA-C-A-T-AAA-TTA---CAG----AA-----TTCT-T-----T-T-TGT----TCGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAAATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--T-ATTCTTTA--A---CAATTAAAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----A-CAAGTTCA-CC-ACTTC----GAGAAA-C-T-AAG--TTTGAG-CACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---gggtggggggtgttctcttttgtgtaaaaatgcttcaaactgaaagaatgctaaaaacaaaccaataataacaatgtaaa
gi|16 : tCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TCTCA-TT-AA--A-TATC-GA-TC--T---TCT--TTCA--G--ATCTCCT-CTTTTCTCGGGTTT-TTCTT-CT-A--------T--AACTTATA---TA----------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--C-ATGAT-TAATA--T-ATGAA-----------TA-AT---TCTT-T------A--G----G-TAG-TCGA--------------TTT-T-GTAA-TAT-AT-C--GA----G----GT-TCAGTTAACTTGTACTCATATTTTCTG----TTTTT----------GA---TTTTCG-TGATA---CAAA-TG--CT-A----GA--A-CTAT-GT-A-ATGTC-G----TAGA-GA-ATCCCAGCATCACAAAAAt
gi|17 : -AA-A--TTCA--TA-TTTG--TTGAAA-----TGTA---A--GTACGCAGGGCTT-----TA-CAAGAG--TCTTGA-AAAATG-----T-T--TTA-CAA-ACACA----A-TTA--ACATT--TAT----ATGAGTT---TC--CCC----T-A-C--A-CTT-AC-------TTCA-TT-AA--T-AATC-TA-TC-------AC--GTCA--A--A-CTCTC-C-----------TC-CTTCT-CT-C--------T--AA---AAA---TC----------AG----CA--TC-AAAA---CA-T----A--C---A--T---A--T-------C--TG--T-AT--A-----------TC--T---T-TG-T------ACAT----G-CAA-TTGA--GA-ATAC----GTTTGTGGT-A-GAT-AT-C--TA----G----G------TT--------------TTTTCTA------TTT----------GA---TTT--T-TC-TA---AAGA-TGT-CT-A-TAAGA--T-GTAT-GTGgattttttaaagagaaaaaag
gi|18 : TCA-TGATTGCGAATCA-GTTA-C-CAGAGAACA---------A-TAGCA-TCAATATTGTTT-CA-G-A--GTTTC-TTAATC-ACAA-GAGCTT---GT-CATATTACAT-AGAAAA-CTGGTTTAAAATC---TATATGTAGA-ATT-GA-TTACT-AAACTTA-AGCAG----AAAA---TTAAAT-----T-T-TGT----TTCGTAAAATAGAA-ATACC-TTTAGATCTAA--TAGAT-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--ATATCAA-T-AGATA--TATATTTTTATT--ATAAAAGACCC-CAAGTTCA-TC-TCT
gi|19 : A--ACATT--CATC---ATAAGTT---TCTCTCT----A-AAC--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT----------T--AA---AAA---AA----------AAC---CA--AC-AAAA---CG-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG-TATAC--A--T----G-TGA-TCGA--GA-AAAA----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGGGT-TTTTT---------------TTT--G--G-TA---AGAA-TG--AT-A-G-TGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----TAAA-AA-A---AAAAAACAAAAA
gi|2 : actaattatgaACTTCAATAAATGTGCTATTAAAGA--C-TT---C--ATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTTA-C-CAGAGA-CA---------A-TAG-A-TCA-T-T-GTTTTCA-G-AATGTTTT-TTAATC-A----GAGCTTTGGAT-TG----ACAT-AGAAAA-CTGGTT-AAAATC---TATGTTTAGATATT-GA-T-ATT-AAACTTA-AGCAG----AAA----TTCAAT-----T-TGTGT----TTGGT-AAATA--A-A-AAC-TTTAGATCGAA--T---C-GTCT-AG-AAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATACATATAT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAT-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTGA-TAAACG-----T-T--T-A-CAA-A-AAA----T-TGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-G-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAT---AC----------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG-T------A--T----G--AA-TTGA--GA-ATAC----GTTT-T-GT-G-CAT-AT-T--TATGGGG----GT-T---TT--------------TTTTTTGTTT-TTTTTTTTC------GA---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--CT-A-T-AGA--TGGTAT-GTGA-AAAATAA----TAAA-AAGA---AAACATTAAAAAAAA
gi|20 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TA--A---TAATC-AAATA
gi|20 : AT-----TT--ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AACCTA-----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---AATA-T---ACA-TTG-AG-AA-AT-TT-A--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACG-AGGAATT-----aaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatataaccaagttcaccacttcaaagaatctaaattttgagaacctaaaaacgattgtagtcaatagaatatacattgagaaatttattttgctgaaaaactgcaagtacgaggaatt
gi|21 : actttagatcaaatcgtctagaaaatcttaaaattctaataatcaaataaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC----A-A-C--ATTGT-AAAAATGTCCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATTTCTC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------TCAAA---AAA---AC----------C-----CA--AC-AAAA---TT-T--TCA--C---A--T---A--T-A--------------AT--T-----------TT-AT---G-TA-C------A--T----G-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTGT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---------T-A---CA--------------TTTCCTG----TTTTT----------GG---TTT--G-TG-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TGA--T-GTAT-ATGA-AAATCAATTTTTAAA-AA-A---A
gi|23 : tACTTGAATAAATGTGCTATTAAAAA--C-TC---CCCATTAT-GTTCA-T-ATTGC-AATCA-GTAA-C-CAG------------------AG-A-TCA-T-TTATTTTCA-G-AATG-TTT-TTAATC-A--A-tgtaaaaa
gi|24 : tttaaaacaactgcagaaacaaaattactatgatttcaatttcaaatgcttcacagactatctactacaaactattACTTGAATAAATGTCCTATTTAAGATTC-TC---C--ATTAT-GTTCA-T-ATa
gi|25 : ccttttaaaacaactacagaaacaaaattacagtggttttaatttcaaatgcttcacagactgtctgctacaaactaatA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATCTCTC-A-----------TT-TTTTT-CT-AAAATAAAAT--AA---AAA---AACCCATCAGAAA-----CA--TC-AACA---CT-T--TCA--C---A--C---A--C-AT--T----TG--T-AT--A-----------C-------------------A--T----G-TAA-TTGA--GA-ATAA----GTTc
gi|26 : -AAACTTA-AGCAG----AAA----TT-----------T-TGT----TTGGTAAAATG--A-ATAAC-TTTAAATCAAA--T---T-GCCT-AGAAAATC-TTA--AAATTC--TG--A---TAATT-AAATAC-TATAT-----TT--ATACAA----C-CGAGTTCA-AC-ACTTCA---
gi|28 : A--C---A--T---G--T-AT--T-A--TG--T-AT--AATGATTATTAGTC-AT---T-TG-T------A--T----A-CA---TGT--AA-CTGA----GTTT-T-GT-G-CAT-AG-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTC----------T----------GA----TT--G-TG-TG---AGAA-TA--TT-A-T-GTA--T-
gi|29 : atCA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAA---------------C-----CC--CC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---ACCT-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TG-T------A--T----aggcaa
gi|3 : A--C-TCT--C--ATTATTGTTCAAT-ATTGCGAACCA-GTTA-C--AGACA-CAGTGAGTTATA-TAG-AATCAAT-TTGTTTTCA-T-A-TATCAT-TTAATC-A--A-GA-CCTTGGATATG----ACA--AGAAAA-CTTGTT-AAAATG---TAGGTA-ATATATTAGA-T-A-T-AAACTTACAGCAG----A-------TTAATATTTGT-T-TGTGTTATTGGTAAAATA--ATAAAACGTTTAGATCAAAA-T---C-GTCTTAGAAAATG-TTA--TAATTT-----------GATT-AA---------------TT--ATATAA----CGCAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C---AAA-TTTTGAG-AA-CTG-----AAAAACCCTTTAG-TCAA--T-AGGACGCTA-T---ACAGTTG-AGTAA-A--TT-A--T--TTTGCTCTGAAAA-ATCTGCA---A---TA-A-AGGAATT-----TGACGAATG--C-TTGA-AAAGTGGTTAAT-T--T-A-CAA-A-AAA----T-GGACTATATT--CATC---A-GAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT--CA-----TTTCT-TT-AAAGA-TATC-TG-TC------TCT--TTCA--ATCATCT-CC-C-----------TC-TTCTTACT-A--------T--GA---AA----------------C-----CA--AC-AAAT---C--T--TGA--C---A------A--A-GT--T-T--AG--T-AT--A-----------TCAAT---T-TG-T------A--T------------AA--GA---AA----ATT-----T-G-GAT-A--C--TAG---C----GT-T---TT--------------TTTTC--------TTC----------GA---TAT--G-TG-TA---ACGA-TGCTAT-A-T-AGA--T-GTAT-GTGAGAAATC-A----T--A-AG-A---CAACATTTAAacatgt
gi|30 : T---TCTTCCC----A-A-C--ATCCT-ACA-----TTTCT-TT-AC--A-TGTC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCC-C-----------TT-TTCCT-CT-A-----------AA---AAA---AG----------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--T-C--TG--T-A
gi|31 : --A-GAGCTTTGGAT-CG----AGAT-AGAAAA-CTGGTT-TAAATC---TAC-------T-TT-GA---A-T-A-----------------------TTCAAT-----T-T-TGT----TTGGTAAAATA--A-ACAAC-TTTAGATCAAA--T---T-GTCT-AGAAAATC-
gi|32 : T-GA--A-TATC-TC-TT--T---TCT--TTCA--A--ATCTCGTAT-----------TT-TTTTT-CT-A--------T--AA---AAT---AC----------A-----CA--TC-AAAA---CT-T--TCA--T---A--T---A--T-AT--T-C--TG--C-AT--A-----------TCAAT---T-TG-TTTAC--A--T----G-TAA-
gi|33 : --A-----------TA-AT---A-TA-C------A--T----G-TAA-TTGA--GA-ACAA----GTTT-T-GT-G-CAC-AT-T--TAT---G-------T---TT--------------TTTTCAG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TGA--T-GTGT-GTG
gi|34 : aatcataAT-GT-T--TTT---G----GG-T---TT--------------TTTT-------TTTTC----------GA---TTT--GATG-TA---AGAAATC--CT-A-T-AGA--T-GTAT-G--A-AAATC------------A-A---AAAGATTAAAAA
gi|35 : CA-GTTA-C-CATAGA-CA---------A-TAG-A-TCA-T-TTATTTTCA-G-AATGTCTT-TTAATCAA--A-GAGTTTTGGAT-CG----AGAT-AGA
gi|36 : CAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTGAAA-AA-A--TT-A--T--TTTG--CTG-AAA-A-CTGCA---A--GCACA-AGGAATT-----TAACAAATG--T-
gi|37 : --------------TTTTATGTTT-TTTCT----------GGGTTTTT--T-TG-TA---AGAA-TG--GT-A-T-TGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----TA
gi|38 : c-----AAAAAGAATGTAA-TCAG--C-AG---ACTA-T---ATA-TTG-AACAA-A--AT-A--T--TTTG--CT
gi|4 : TTGAATAAATGTGCTATTAAGGA--C-TCCTTC--ATTAT-GTTCA-T-ATTGCAAATCAGGTTA-CACAGAGA-CAAGCAT----A-TAG-A-TCA-T-TTGTTTTCATT-AATGTTTC-TTGATC----------------T-TG----ACAT-GAGAAA-CTGGTT--AAATCTGGTATGT-TAGATATT-GACT-A-TGAAACTTACAGTGGTGATAAATAGCTTCAA----------TGT----TTG--AAAAT
gi|40 : attttctggtcgtatgcaaacaaataaagaaaataatacaacagaacaacaagaattttgtgaaaagattttgaattattttacggtatcccatctactaagcagtttaatatttcaatctaagaaaggatgtgaaggaaatgtatagatgttgcctctttcaaaaggaaaaaaagtgttcccaacttctgaaagtaaatggtttcaaaatggtattaactttagtagaaaagatgagaagcagtttacatgcttcctttaaaccaactgcagaaagacaaactacagtgatttcaatttcaaatgccacacactttgttcta-GTAT-GTGA-AAATCAA----T----AA-A---AAACATTAAAAAAAAcga
gi|5 : CATC-TTTAAATCAAAAAT---CTGTCT-AGAAATCC-TCA--TAATTA--TGGGA---CAATT-AAATAC-TATAT-----TTTAATACAA----TGCAAGTCAA-CCTACCTTATATAAGAAAAC-T-AAG-TTTTGAGCAACCTAGGAGAAAAGAAAATATAA-TCAA--TCAGC--ACTA-TTTTATC-TCG-AA-AA-AATTT-AATT--TCTG--CTGAAAAGA-CT-CA---A---TACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTTACAAAAAG-----T-TTGT-A-CAA-A-ATA----T-TGA--ACATTCACATC---ATAAGTTAAATCTCTCTA---A-A-CTGATTTT-ACAC----CCTCA-TTGAA--G-CATC-TA-TC--TTAATCT--TT-A--A--ATCTTCC-CG----------TTGTTCTT-CC----------T--AA---TAA---AA----------A-----CA--AC-AACA---CT-G--TCA--C---A--TAC-A--T-AT--TCC--TG--T-AT--AG----------TC-ATC--T-TG-TATAC--A--T----G-TAA-TCGA--GA-A-AACCATGTTT-T-GT-G-CAT-AT-TTATAT---A----GTGC---TT--------------TTTTCTG--T-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-ATT-GGA--TAGTA--GTGG-AGATCAA----Taa
gi|6 : cAATA--A-ACAAC-TTTAAATCTAA--T---C-GTCTAAGAAAATC-TCAGGTAATTC--TAC-A---CAATT--AATCC-TATAT-----TT---TACAA----A-C-AGTTCACCC-ACTTCG---AAGAAA-CTT-AAGTTTTTGAG-CACC-A-----AAAAAGAATATAATTCAA--T-AG---ACTATT---TTA-TGA-AG-AATA--CT-A--------A--CTGAAAA-A-CTGTA---A--AGATA-AAGGAAT-----TAACAACTG--T-TTAA-AAAATGT----T-T--T-ACCAA-A-ATA----TGTGA--ACATT--CATCAATACAAG-T---TCTCTCT----ACA-C--ATTTTAACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATCTTATTC--T---TTTTCTTCATTA--GTCTCCC--------------T-TTCTT-CT-A--------TA-AA---AAA---AA----------A-----CA--AC-AAAA---CT-T--TCA--C---A--T---AC-T-ATA-T-C--TG--T-AT--A-----------TT-ATCAAT-TG-TGTATACA--T----GTTAATTCGAT-GA-AAAA----GTTT-T-G--G-CAT-AT-T--TAT---G-----------TT--------------TTTTCTGTTT-TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--ATAA-T-TGA--T-GTAT-GTGA-AAATCAA----T-AT-AA-G---AAACA--AAAAAAAA
gi|7 : ttATA--A-ATAAC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TTA--TAATTC--TA--A---TAATC-AAATAC-TATAT-----T---ATATAA----C-CAAGTTCA-CC-ACTTCA---AAGAAT-C-T-AAA-TTTTGAG-AAC-TAT----AAAACGATTGTAG-TCAA--T-AG---ACTA-T---ACA-TTG-AG-AA-A--TTTA--T--TTTG--CTGAAAA-A-CTGCA---A--GTACA-AGGAATT-----TGACAAATG--T-TTG--AAAATGT----T-T--T-A-CAA-A-AAA----T-CGA--ACATT--CATC---ATGAGTT---TCTCCCC----A-A-C--ATCTT-ACA-----TTTCT-TT-AA--A-TATC-TG-TC--T---TCT--TTCA--A--ATCTCCT-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAT---AC----------A-----CA--TCAAAAA---CT-T--TCA--C---A--T---A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AA---T-TG-T------A--T----G--AA-TTGA--GA-ATAA----GTTT----T-G-CAT-AT-T--TAT---GTGGAGT-T---TT--------------TTTTGGGTTT-TTTTTTTTTTTTTTCGA---TTT--G-TG-GA---AGAA-TG--TT-A-T-AGA----GTAT-GTGA-AAATCAA----T----AA-A---AAACATTAAAAAAAA
gi|9 : AC-TTTAGATCAAA--T---C-GTCT-AGAAAATC-TCA--CAATTC--TA--A---CAATT-AAATGC-TATAT-----TT--ATAGAA----A-CAAATTCA-CC-ACTTCA---AAGAAA-C-T-AAG-TTTTGAG-AACCTA-----AAAAAGAATATAA-TCAA--T-AG---ACTA-T---ATA-TTGAAA-AA-A--TT-A--T--TCTG--CTGAAAA-A-CTGTA---A--ATACA-AGGAATT-----TAACAACTG--T-TTAA-AATATGT----T-T--T-A-CAA-A-ATA----------------------------AGTT---TCTCTCT----A-G-C--ATTTT-ACA-----CCTCA-TT-AA--A-CATC-TA-TC--T---TTC--TTCA--A--ATATCTC-C-----------TT-TTCTT-CT-A--------T--AA---AAA---------------A-----CA--AC-AATA---TT-T--TCA--C---A--TGC-A--T-AT--T-C--TG--T-AT--A-----------TC-AT---T-TA-TATAC--A--T----G-TAA-TCGA--GA-ATAA----CTTC-T-GT-T-CAT-AT-T--GAT--------GT-T---TT--------------TTTTCTG----TTTTT----------G------------G-TA---AGAA-TG--AT-A-T-TGA--T-GTGT-GTGA-AAATCAA----a
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GATGATAACTCTATGTAGATTGGGCAATTAATTTATGATCATATGCGAATTGCAAGAAATGTCAAAAGAAGATGTAAACTTTCTCCCAATTCTTATGTCTAATATGACAACAAAAAGAAAACAAAGCAACAAGACACACATAGATATTGTAAAAAAAAATTAATATTAGGTATCCTCACATCAGTTTAAACATTTCAATCTAAGAAAGGGAGTTGTAGAGGAAATTGTGATAATGTTCACACTGTCAATAGAAAAGAAGAGGTTTCCAACTCTGACAGTAAATGGTTCCAAATGATATTAACTTAGTGAAAAAGAAATGGAAGCCAGTCTTACATGCTTCCTTTTAAAAGTAACTGCAGCAACAAAACTACAGTGGTTTCAATTTCAATGCTACACAGACTATCTGCTACAATTACACTACTTGATAATGTGC
Unaligned ( gi|10 ): ATTGGTGACCTATGTAATAAGGACAATTCATTTATGTCATATGCAAAATTCAAAGAAACGTCTTCAAGAAAAATAAACTTTCTCAAATTGTCTGGTCTTGTTACAACAATATAGAATCATATGCTACAAACAACTCAATCATTGTAAAAGATTTCAATATTAGGTATCCATCTACTATCAGTTTTATATCAATCTTTGAAAGGTTGTAAAGAAATGTATAATGTTGTCATTTAAAAGACAAAAACAGTTTTCCAACTTCTGAAAGTAAATGGTTTCAAAATGGTAGCAACTTTAGTAGAAAAGAATGGGAGGCAGTACA
Unaligned ( gi|22 ): ACATTGGGGACCTATGTAATATGGACAAATTTCTGTAATATGCAGACTTCAAAGAAATATCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATATGCAACAGAACAACAAACTTATCATAAAAGATTTCAATATTAGATATCCCTCTACTGATAGCTGGCAGATATTT
Unaligned ( gi|27 ): TCATTGCTGTCATATGCAGACTTCAAATAAATGTCTACAGGAAAAGTAAACTTTCTGCAATTTTCTGGTCTTGTTGCAGTAATAAAAAAAATTAGCAACAGAACAACAAAATTAT
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGGACCTATGTAATATGGGCAATTCATTTCTGTCATATGC
Unaligned ( gi|41 ): CTGGTTTTGTTGCAGCAATAAAGAAACATA