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gi|40 : tagtatatatgCATTAT-AT----T------------TT------AA--------A--------A-T-------A----TTTTG------G----AA---------------C-----CG--CCCT-----G----G-----A-GTCAAAA-----CCT-T--Gata
gi|41 : acataatag----AC---------------C-----CA--CCCT-----A----C-----A-ATCAAAA-----CTC-T--GG----GGTTG----CAA---AATTC---A-C
gi|5 : tattttga--------A-T----A-A-T-------G----T----------GG---AC---------------C-----CA--TCTT-----A----G-----A-GTCAAAA-----GAG-T--GT----GATTG----AAA---ATTTT---A-CAATTT-T------GGTAC----AC-----CC-T--------T--TT-CCGA-TTTACC------------A--T---A--T---GT--C-T-----T---TA--T-T-A-T---ATCAACATCA-TATCAACAAATATA-----C--------AGTG-CTT-CAA-AT--GAT-AA-A-GGA----------AGTAACTAT-GAGAAAAA----AGGTCTCACTCTGG-AAC-CCAA-CTCA----TTA-CGTATTGGATC
gi|6 : catgtaatataaacattatattactTAC-ATT-TGCA---AC----A-TT------AAC-------A-T----G-AAT-------A----T----------G----ACTAATTGGAT------C-----CA--TC-T-----A----A-----A-ATCAAAA-----TCC-T--GG----GATTG----CAC---AATTT---AACAATTT-T------GATAC----AT-----CG-T--------T--TT--TGC-TTTTCTT---A-A-----A--T------T---GTT-A-T-----T---TAGTT-T-T-T---GT--AAAC-G-CATCAG-AAGTTTA-A-ACACCATATCTAGTC-CTTGAAA-AT--GATAAA-A-AGA---A---T--GATCACCAT-
gi|7 : gagacttttaataaaTCCATAAT-ATACTGTATTGAT----G-CT------TA--------A-T----G-ACT-------A----TTTTG------G----AG---------------C-----CG--CCCT-----A----G-----A-GACAATA-----TTC-T--GG----G--TG----C-----------------ATT-------------------------CC-T--------T--TT-CAGC-TTTTCAT---A-A-----A--T---A--T---GT--T-T-----T---CAGAT-T-T-T---AT--ACA--G-TATCAACAAAACTT-G-AGA--------A--------TAA-AT--CAT------------A---T--AATCAC----CATAATAA-TTTCGGTCCAACCTTGG-AA
gi|8 : ctataccgTGT-ATA-TGTT---AT----A-TT------AAC-------A-C----T-A-T-------A----T----------G----AC---------------T------A--TTTT-----A----G-----A-CCCATGC-----ACC-T--AG----AGTTG----TGA---AATTC---A-TAGTTT-T------GGTGC----AT-----TC-C--------T--TT-ATGT-TT----------------A--T---A------GT------------------T-T-T-T---AT--TCC--A-CATCGGCAAAATCA-ACAGA--------AGTC-TTT-CAC-AT--GATAAA-A-ACA---A---T--AAT
gi|9 : gtaatacatgtatacaTCCATAAT-ATACTGTATTGAT----G-CT------TA--------A-T----G-ACT-------A----TTTTG------G----AG---------------C-----CG--CCCT-----A----G-----A-GACAATA-----TTC-T--GG----G--TG----CA-------TC-----------------------------T-----CC-T--------T--TT-CAGC-TTTTCAT---A-A-----A--T---A--T---GT--T-T-----T---CAGAT-T-T-T---AT--ACA--G-TATCAACAAACTT--G-AGA--------A--------TAA-AT--CAT------------A---T--AATCAC----CATAATAA-TTTCGGT-CCACCTTaattttggact
blockSeqs : C C TTG ATTAG CTATTG CATGGTATGACAAATTTGTACAGGGT AATTTC GG GACCT TGAT GATCG T GAACT C TC TTAA G ATTGCA TTT TAA A G TATTTC AGCT CCTTTCGAAGT TG A T GAAA TTTTT . GCC GG ATG AA A ACCAA ACA T G C G TAT CA TC A AT GA CCATATCT CTT G T CA A AGACAATAG TT T TAC T C A T T ACATATC C TTG AAGGGCAACATACTCC A T
blockSeqs : . C TTG TAG . TACTCAATGTGATTAATTTGGAA C . . . . . . . . . A CA . TAA . . G C GAACACCT . . G AT TTTTT . AC GG . A . G . C G G A T . C . CT AC . AT . T . A AGACACTTA . T AA T . G . T TACA A CTG GCAATTTAC . T
blockSeqs : . C . AA . CGTGATTTAACTAATTTGGAC C . . . . . . . . . G TG . A . . T . GAACACCT . . . AT . . . G . T . C . A . . . . . . . GA A . CT . . . . TGACAATT . T TC T . C . . CTCA C TAC
blockSeqs : . . . A . CATCATATGACAAATCTGGAG T . . . . . . . . . G CA . . . . . . CTGT . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . AT A . CT . . . . TGACAA . T TC T . C . . ACC C GTA
blockSeqs : . . . A . CACGATATCACTTATTTGGAC T . . . . . . . . . G CA . . . . . . TCT . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . AT A . AT . . . . AACAA . T TG C . C . . AC . .
blockSeqs : . . . A . CATGAATATGACTAATTGGAT C . . . . . . . . . A CG . . . . . . CTT . . . G . . . . . . . . . A . . . . . . . CT A . CT . . . . AGAAA . T C G . C . .
blockSeqs : . . . G . ATGGCTATTTTGGAC C . . . . . . . . . A CA . . . . . . CCC . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . AT A . CG . . . . AACAA . T T T . . . .
blockSeqs : . . . A . ATGATTACTTTTGAC T . . . . . . . . . G CA . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . GC G . AT . . . . AAGAA . C T T . . .
blockSeqs : . . . A . ATGTATATGGTTAAT A . . . . . . . . . A TG . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . CT . . . . AACAA . . C . . .
blockSeqs : . . . A . GTGACTATTTGGGAC T . . . . . . . . . G TA . . . . . . TCT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . AT A . AT . . . . AGGA . . C .
blockSeqs : . . . T . ATGACTATTTTGGAG T . . . . . . . . . G CG . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CA A . CC . . . . AGA . .
blockSeqs : . . . A . ATGACTATTTTGGAG T . . . . . . . . . A CG . . . . . . CAC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CA A . GC . . . . A . .
blockSeqs : . . . A . ATTTCGGATTCAC A . . . . . . . . . G TG . . . . . . CCG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AC A . CC . . . . A .
blockSeqs : . . . A . AATATTTTGGAA T . . . . . . . . . G TG . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CA A . CT . . . .
blockSeqs : . . . A . AACGATATGAC T . . . . . . . . . G CA . . . . . . TCC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TA G . C . . . .
blockSeqs : . . . A . AACGATATGAC C . . . . . . . . . T CA . . . . . . CCT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TT G . . . . . .
blockSeqs : . . . A . ATAATGTGGAC T . . . . . . . . . G CA . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . CACTATATGAC T . . . . . . . . . G CG . . . . . . CCC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . .
blockSeqs : . . . A . CTAATACGAC T . . . . . . . . . G TG . . . . . . TCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CT .
blockSeqs : . . . G . ATGATATA C . . . . . . . . . G CA . . . . . . TTC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATTTGAC C . . . . . . . . . G CA . . . . . . CCT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTTGGAC C . . . . . . . . . G AA . . . . . . CCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TGGAC C . . . . . . . . . A CA . . . . . . CGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . A TG . . . . . . CCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . G CA . . . . . . TCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . CCT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . CC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** TC*
originalCons : TCCATTAT-ATA-TGTA---AC----G-TT------AA--------A-T----G-A-T-------A----T----------G----AC---------------C-----CG--TCCT-----A----G-----A-GTCAAAA-----CCC-T--GG----GGTTG----CGA---AATTC---A-CAATTT-T------GGTAC----AT-----CC-T--------T--TT-CTGC-TTTTCCT---A-A-----A--T---A--T---GC--A-T-----T---TAG-T-T-T-T---AT--ACA--G-TATCAGCAAANTTA-A-AGA--------AGTC-TTT-CAA-AT--GAT-AA-A-ACA---A---T--AATCACTAT-CATAATAA-TTTTGGTCCCACCCTGG-AAC-CAAA-A-CA---CTTACCCTNTGGGATCAT-------AAGGGCAATATACTCC----TAGATATCTATTTAGTTTCGATTTAGCA
finalCons : TCCATTAT-ATA-TGTA---AC----G-TT------AA--------A-T----G-A-T-------A----T----------G----AC---------------C-----CG--TCCT-----A----G-----A-GTCAAAA-----CCC-T--GG----GGTTG----CGA---AATTC---A-CAATTT-T------GGTAC----AT-----CC-T--------T--TT-CTGC-TTTTCCT---A-A-----A--T---A--T---GC--A-T-----T---TAG-T-T-T-T---AT--ACA--G-TATCAGCAAANTTA-A-AGA--------AGTC-TTT-CAA-AT--GAT-AA-A-ACA---A---T--AATCACTATC-ATAATAA-TTTTGGTCCCACCCTGG-AAC-CAAA-A-CA---CTTACCCTNTGGGATCAT-------AAGGGCAATATACTCC----TAGATATCTATTTAGTTTCGATTTAGCA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): AAAATATAAAATGTGAATGTTATATTAGCACTATATGACTATTTTGAACCCAATCCAAAGTTGCAAAGTTTAAAACTTTGGTAC
Unaligned ( gi|36 ): ATGTAATATAATACATGTAACATTTGCACAATATGACTAACTTGGACCTGGCCTAGTGTTGCAAAATTCAAAAT
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Reference ( family-1248 ) : TCCATTAT-ATA-TGTA---AC----G-TT------AA--------A-T----G-A-T-------A----T----------G----AC---------------C-----CG--TCCT-----A----G-----A-GTCAAAA-----CCC-T--GG----GGTTG----CGA---AATTC---A-CAATTT-T------GGTAC----AT-----CC-T--------T--TT-CTGC-TTTTCCT---A-A-----A--T---A--T---GC--A-T-----T---TAG-T-T-T-T---AT--ACA--G-TATCAGCAAANTTA-A-AGA--------AGTC-TTT-CAA-AT--GAT-AA-A-ACA---A---T--AATCACTAT-CATAATAA-TTTTGGTCCCACCCTGG-AAC-CAAA-A-CA---CTTACCCTNTGGGATCAT-------AAGGGCAATATACTCC----TAGATATCTATTTAGTTTCGATTTAGCA
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gi|29 : acAATTT-T------GGTAC----AT-------------------------------TCCT---A-A-----A--C---A--T---GC--A-T-----T---TAA-T-T-T-TT--AT--ACT--G-CATCAGCAGCCATA-A-AGA--------AGTA-TTT-C-A-ATCAAAT-AA-A-ACA---A---T--AATGACTAA-AATAAT
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