lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33333 222222222222222 77777777777777777777777777777 11111 222 1111111 111111111 2222 222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22222222222 11 5555555555555555555555555
lowQualScore : 6 1 44444 6 6 5 444444444444444 77 99 2 1 44444444444444444444444444444 55555 333 77777 5 1 1111111 4 3 8 999999999 2222 666666666 3 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 77777777777 1 99 6 44 3 7777777777777777777777777
lowQualScore : . . ..... . . . ............... .. .. . . ............................. ..... ... ..... . . ....... . . . ......... .... ......... . .. ........................................................................................................................... . ........... . .. . .. . .........................
lowQualScore : 0 0 00000 0 5 7 111111111111111 99 22 5 0 99999999999999999999999999999 55555 222 77777 4 3 8888888 7 0 1 333333333 0000 777777777 5 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 00000000000 4 22 7 22 0 0000000000000000000000000
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATAT----TTACCACCANATGAATT-A--------G-A----T--TTGAA--TGAATCACTGTTTACGAATACAAAAA-TA-CGTGAAAG-AATCCGGAACAATACAAT---AATGATACGATTTGA-----AAACTCAAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGCTTGAATTNC-TGTTTTAAAAGAC--AAAAA---------TTCGTGAAAAG--ATC-----C----------------AA------TAACGAT-NGTACGATTCAGAA-------ACACAAG--------GCCGANACCCAAGGCCG--C-AAACG---AAGTAGCCT-NAGTTATTGCTTTACAAGTTNGATA-AATTTAATGGT--ACAAT-TTGAANACCCAAGGTCGACACGAAAGATTAAANAAGTTANAGNTGANANNAT--ATACAT
Reference ( gi|2 ) : AAGCCATACGTTAAATTATAT----GTATCACTACATGAATT-A--------G-A----T--TTGAA--TGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAA-TAGCGTGAGGG-ATTCCGAAACAATACAAT---AATGATATTGTTTGA-----AAACTCGAGGTCGAAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGATTGAATTGC-TGTTATAAAAGAC--ACAAA---------TTCATGAAAAG--ATT-----C----------------AA------TAACGGT-CG---GGTTAAGAA-------ACACAAA--------GTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAACG---AAGTAATCT-CAGATACTGCTGTACAAGTCAGACA-AATCTAATGGT--ACAAT-TTGAGCACCCAAAGTCGACACGAAAGATT--AT--GTTGTGAGTGAAATAATAAATACATCGT
gi|3 : AAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATT-A--------G-A----T--
gi|1 : tGCCGTACGTTGAATTATAT----TTACCACTAAAT--ATT-A--------GTAATATT--TTGAA--TGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAAG-AACCCGAAACAATGCAAT---TATGATG--ATTTGA-----AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|6 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTTGAGTAATAT----TTTCTACCATATGAATT-A--------G-A----T--TAGAA--TGAATCACTTTTA-CGAATGCAAAAA-TTACGTGAAAG-AATCCGGAATAA----AT---G-TGA-ATTG----A-----AAAC----------AA-------CGAACCAAAATGtga
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattgttAATTATAT----TTACCACTTCATGAATT-ACATATGTAA-A----T--TTGAA--TGGATCACTATTTACGAATACAGAAA-TTACGTGA
gi|12 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagagATGAATTGA--------G-A----TAGTTGTGCTTGAATTTCTTTTTATAATGGACAAAA-T-TCGTGAAAA-GATCTGGAACAATA-AATTT-AATGAT--TGTACGATCCAGAAACACAAGGCCGAAA-------CGAAaa
gi|15 : acagtacagtaattgtatgatttgaaaactcgaggccgaaTT-A--------G-A----T--TTGAA--TGAGTCACTGTTTACGG--------A-TA-----------TCCCGGAACAGTACAAA---ACTGATACGATTTGA-----AAACTCAAGGCCGAGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGCTTGAATTAC-Tgtacactttacaagttagactttatttgtacaatttgaactc
gi|17 : gtaaccaatT-A--------A-A----T--TTGAA--TAAA--ATCGTTAACGAATAC---AA-CA----------AATCCAGAATAATGCAATTATAATGATGTGATTTTA-----AAACTCAAGGTCGAAA-------CGAAATGGAATG
gi|22 : actaGTGAAAGTATTTCGGAACAATACAAT---AATGGTACGATTTAG-----AAAC
gi|3 : gaacaagatttG-AATCCGGAACAATACAAC---AATGA------------------CCCAAGGCCGAA--------CGAATTGAGATGAGTTATGCTTGAATTTC-TGTTTTAAAAGACAAAAAAA---------ATCGTGAAAAG--ATC-----CGG--------------AACACAT-TAAAAAT-TGTACGATTTAGAA-------ACTGAAG--------GTCGATACTCAAGGCCGATC----CGTATAAGTAG-----AAACACTGTTTAACAAGTTGGAGG-AAT-TATTGAT--ACAAT-TAGAAAACTCAAGGTCGACACacaa
gi|13 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaaG-AATCTGAAATAATACAGT---TTTGGTACAATTTGA-----AAACTCAAGGTCGA
gi|4 : gaagatnttcaaataatagtaggatttagaaacattagaccgaatcaatgtgaactccgttatacattggaacactgttttggaagacattgatgcagaaGAAATAATACAGT---TTTGGTACAATTTGA-----AAACTCAAGGTCGAttctaaacgccga
gi|9 : tAAAGAATACAGT---ATTGATAAAATTTGA-----AAATTCAAGGTCAAttctaaacgccgaaactaaagaagataattaagttatacatttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|12 : tACAGTACAGT---AATTGTATGATTTGA-----AAACTCGAGGCCGAAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGCTTGAATTTCTTTTTATAATGGAC--A-AAA---------TTCGTGAAAAG--ATCTGGAAC----------------AATAAATTTAATGAT-TGTACGATCCAGAA-------ACACAAG--------GCCG-----------------AAACG---AAGTA-----CA-------CTTTACAAGTTAGAC----TTTATTTGT--ACAAT-TTGAACctaccaaggtcgacatgaaagatcaccagcatataatactatcaagtttaaattaagtctaagacaaccgaataattcgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaatattagtagcacataaatgaaggggatagagaaaaaccaaggaatgaataggaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|8 : TGATACAATTTGA-----AAATTCAAGGTCGACA-------Ctc
gi|21 : ataaacattcgtgaaaccccattctataatggtacgattcagaaactcaaggccgaaatgatgtacaacgtcgtttatagttttttctttacaagtTTTGA-----AAATTCAAGGCCGAAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGCTAGAATccaaggccaacacgaaagattataagttaaaggtaaaatcatatacatgtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|19 : AGGCCGAAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGATTAAATCAA-TATTTCAAAAGAC--AAAAAAAATACATGTACATGACAAG--ATT-----T----------------AG------CAACaataatg
gi|14 : AGGCCGAAA-------CGAA---------GTT---AGTAAATGGG-TGTTCTAAAAGGC--AAAAA---------TAGGTAAAAAG--ATC-----CGGAACAATTACATTCAAA------TAATAGT-AG---GATTTAGAA-------ACAa
gi|11 : GCCAAAA-------CGAAGTGAGATGAG-----------------------GAAGAC--AAAAA---------TTCGTGAAAAG--ATC-----C----------------GG-------AACAATACA-----TTAAAAATAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAACT---AAGTAACCT-AAGTTATAGCTTTACAAGTTCGGTA-AAACTCAAGGTCAACAGA-CTCAACACCCAAGGCCGACATGAAAGATTAAAG--GTTATAATTGATAAAATttaggcagaatcaatgtgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|8 : aA---------TTCGTGAAACCCCATT-----C----------------TA------TAATGGT-AC---GATTCAGAA-------ACTCAAG--------GCCGAAAT-----GATGT-----ACA---ACGTCGTTTATAGTTTTTTCTTTACAAGTT-GATACAATTTGAAAAT--TCAAGGTCGA-CACCCAAGGCCAACACGAAAGATT--ATAAGTTAAAGGTAAAATCAT--ATACATtatgtaatattatattagg
gi|16 : ataaacAATGTT--ACAAT-TTATAAACCCAAAGTTGACgtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|4 : tgttttacaagacaaaattacatgaaaagacccgaaacaatacattaaaaTGGT--ACAAT-TTGAAAACTCAAGGTCGAcctgagggccgaagcgaagtgaaatcagttaaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GAATTTGGAACAATACAAAAACAGTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGCCAAAACAAAAGAATATAATTATAAGTTGTACATCGAATTATATAATATTAGGCAATAGTAAATCAGAATTACAATAAAATAAAAAGGTAAATGACATAGATGCAGACATCAAACAGTAAGGAAAAACAAATGATGAAAGCGTGGCAGTTGCGAAACATATGAAACAAACAGGACGATGGGAATATAGCCTGGTCAAGATGGTGCAGTGGATACA
Unaligned ( gi|10 ): AATACATATTGATAAAATTTGAAAAACTTCAAGGTCGAACTTACAAAGGTCGACGAAAGATTACCAACCAATATAATACTATCTGTGTTAAATTAAGTCAAGAAACCGAATAATTGACGGAAACGGCAAAGACGCAGACATAAAAAATTATTAAAGCTAGCACACTAAATGAAGGGGATAGAGAAAAACCAAGAAGAATAGAAACTAAATATACAGGCAGATCAAAATGATGCAGTGGA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|23 ): GGGCAGAAACAAACCGAAATGAGATGTGCTTGAAAATTAATGTTTCAAAATACAA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 1111 11111 1111111111111 11111 222222222 11 88888888888888888888888888888888888888888 555555555555555555555555555555555555555555 2222 111 222222 222222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 8888 11 1 4 2 22222 444 1 5 1 2222222222222 11111 8888888 33 0 0 88 55 22 4 888 000000000 5 11 99999999999999999999999999999999999999999 1 0 2 000000000000000000000000000000000000000000 7 3333 0 000 999 0 22 3 333333 111111 3 1 33 888 22 33
lowQualScore : .... . ............... . .... .. . . . ..... ... . . . ............. ..... ....... .. . . .. .. .. . ... ......... . .. ......................................... . . . .......................................... . .... . ... ... . .. . ...... ...... . . .. ... .. ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 7 2222 44 4 0 9 33333 777 1 9 5 2222222222222 88888 1111111 55 2 7 66 00 77 4 000 000000000 0 99 66666666666666666666666666666666666666666 0 4 1 333333333333333333333333333333333333333333 5 0000 1 777 666 3 44 3 000000 888888 2 0 00 000 00 88
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAA-TA-CGTGAAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCAA-------------GGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAA---------TTCGTG-AAAAG--ATC-----CGG---AA------T--------A-----ACGA---TNGTACGATTCAGAAACNCAAGGCCGACACTCAANGCCGT---A-AACG---AAGTAGTCTA-AGNTACCGCTTTACAAGTTNGAT-A-AATTTAATGGT--ACAATTTGAACACCCAAGGTCGACACGAA------AGATTAAAGAAGTTATAANTGAAANAAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACCANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAA-TA-CGTGAAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGATACGATTTGAAAACTCAA-------------GGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTNCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAA---------TTCGTG-AAAAG--ATC-----C-----AA------T--------A-----ACGA---TNGTACGATTCAGAAACACAAGGCCGANACCCAAGGCCGC---A-AACG---AAGTAGCCTN-AGTTATTGCTTTACAAGTTNGAT-A-AATTTAATGGT--ACAATTTGAANACCCAAGGTCGACACGAA------AGATTAAANAAGTTANAGNTGANANNAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAAGAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATGAT--GATTTGAAA
gi|11 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCA-----AAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAA---------TTCGTG-AAAAG--ATC-----CGGAACAA------T--------ACATTAAAAA---TAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACCC-C---A-AACT---AAGTAACCTA-AGTTATAGCTTTACAAGTTCGGTAA-AACTCAA-GGTCAACAGACTCAACACCCAAGGCCGACATGAA------AGATTAAAG--GTTATAATTGATAAAAT--tga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGA-------------GGCCG-----AAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC---AAAA---------TTCGTG-AAAAG--ATCTGGAAC-----AATAAATTT--------A-----ATGA---TTGTACGATCCAGAAACACAAGGCCG-----------------A-AACG---AAGTA------------CACTTTACAAGTTAGAC-----TTTATTTGT--ACAATTTGAAtatgtaatattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTA-------------GACCG-----AAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC------A---------TTGATGCAGAAGA-ATC-----TGA---AA------T--------AAT---ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGCCGctc
gi|13 : gaagatnttcaTGGAACACTGTTTTGGAAGACATTGA-TG-CA--GAAGAATC-TGAAATAA-TAC-----AGT---TTTGGTACAATTTGAAAACTCAA-------------GGTCGATTCTAAA-------CG--CCGAa
gi|14 : gaagatnttcaaataatagtaggatttagaaacattagaccgaatcaatgtgaactccgttatacatA-------------GGCCG-----AAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAA---------TAGGTA-AAAAG--ATC-----CGGAACAA------TTACATTCAA-----ATAA---TAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGA
gi|14 : CAAAAA-TA-GGTAAAAAGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTA-------------GGCAG-----AAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-atcaatgtgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAA-------------GGCCG-----AGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTTTAC-AAGACAAAAT-TA-CATGAAAAGACC-CGAAACAA-TACATTA-AAA---AATGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGCCG-----AAG-------CGAAGTGAAATCAGTT
gi|17 : tgtTA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAA-------------GGTCG-----AAA-------CGAAATGGAATGaaa
gi|19 : actaA-------------GGCCG-----AAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAAAAATACATGTACATG-ACAAG--ATT-----T-----AG------C--------A-----AC
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAA-TAGCGTGAGGGATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGA-------------GGTCG-----AAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAA---------TTCATG-AAAAG--ATT-----C-----AA------T--------A-----ACGG---TCG---GGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAA-AACG---AAGTAATCTC-AGATACTGCTGTACAAGTCAGAC-A-AATCTAATGGT--ACAATTTGAGCACCCAAAGTCGACACGAA------AGATT----ATGTTGTGAGTGAAATAATAAATACATa
gi|21 : TTTGAAAATTCAA-------------GGCCG-----AAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : AAGA-TT-TGTGAAAGTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACACAA-------------aataatg
gi|23 : gaac-------------GGCAG-----AAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AA
gi|24 : gAA-TAC-----AGT---ATTGATA-AATTTGAAAATTCAA-------------GG
gi|3 : attaAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----Tgtcaactaccaaggt
gi|3 : tAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATGA-------------CCCAA-------------GGCCG-----AA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAA---------ATCGTG-AAAAG--ATC-----CGG---AACACAT-T--------A-----AAAA---TTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGCCG----A-TCCGTATAAGTAG-----AAACACTGTTTAACAAGTTGGAG-G-AA-TTATTGAT--ACAATTAGAAAACTCAAGGTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattGAAATAA-TAC-----AGT---TTTGGTACAATTTGAAAACTCAA-------------GGTCGATTCTAAA-------CG--CCGAAA
gi|4 : tAT-ACAGTTT--TGGT--ACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGCCGAAACTAAAGAAG--ATAATT---AAGTT--ATACATctaaagaagataattaagttatacatttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|5 : tgaaataGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAAttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAAGAATC-CGGAATAA-------------------ATGTGAATTGAAAAC----------------------------AA-------CGAACCAAAATG
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattAT--AAACA---------TTCGTG-AAACCCCATT-----C-----TA------T--------A-----A------TGGTACGATTCAGAAACTCAAGGCCGA-----AATGATGT---ACAACG------TCGTTTATAGTTTTTTCTTTACAAGTT-GAT-ACAATTTGAAAAT--TCAAGGTCGACACCCAAGGCCAACACGAA------AGATT--ATAAGTTAAAGGTAAAATCAT--ATACAT
gi|9 : AAGAA-TAC-----AGT---ATTGATAAAATTTGAAAATTCAA-------------GGTCA-----Agtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|9 : taAAATTTGA--A-AATTCAA-GGT---CAACT-----ACC-AAGGTCGACATGAA------AGATCActaccaaggtcgacatgaaagatcaccagcatataatactatcaagtttaaattaagtctaagacaaccgaataattcgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaatattagtagcacataaatgaaggggatagagaaaaaccaaggaatgaataggaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GAATTTGGAACAATACAAAAACAGTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGCCAAAACAAAAGAATATAATTATAAGTTGTACATCGAATTATATAATATTAGGCAATAGTAAATCAGAATTACAATAAAATAAAAAGGTAAATGACATAGATGCAGACATCAAACAGTAAGGAAAAACAAATGATGAAAGCGTGGCAGTTGCGAAACATATGAAACAAACAGGACGATGGGAATATAGCCTGGTCAAGATGGTGCAGTGGATACA
Unaligned ( gi|10 ): AATACATATTGATAAAATTTGAAAAACTTCAAGGTCGAACTTACAAAGGTCGACGAAAGATTACCAACCAATATAATACTATCTGTGTTAAATTAAGTCAAGAAACCGAATAATTGACGGAAACGGCAAAGACGCAGACATAAAAAATTATTAAAGCTAGCACACTAAATGAAGGGGATAGAGAAAAACCAAGAAGAATAGAAACTAAATATACAGGCAGATCAAAATGATGCAGTGGA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 22222 99999999999999999999999999999999999999999 11111 2222222222222222 33333333333333 111 111111 1 111 444444 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 1 66666 0 2 5 4 99999 666 8 4 3 0 77777 9999999 33 88 55 88 4 55 5 5 0 11111111111111111111111111111111111111111 8888 1 1 0 77777 2 8888888888888888 5 11111111111111 000 6 777777 0 1 222 1 66 333333 1 1 88
lowQualScore : .... . ............... . . ..... . . . . ..... ... . . . . ..... ....... .. .. .. .. . .. . . . ......................................... .... . . . ..... . ................ . .............. ... . ...... . . ... . .. ...... . . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 4 88888 2 1 0 0 11111 444 0 1 9 6 11111 3333333 99 66 00 55 0 55 0 0 2 22222222222222222222222222222222222222222 8888 7 0 7 00000 6 3333333333333333 7 55555555555555 000 6 444444 1 7 777 8 00 222222 0 0 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATTT----ACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TCCGGA----ACA-------T-----------AA--N---------AATN---GTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAANGCCG----AAAC----G---AAG-TAATCTA-AGTTATCGCTTTAC---AAGTTNGAT-A-A-ATTTAATGGT--ACAANTTGAACACCCAAGGTCGACACGAAAGATTA-A-A-GTTATAAGTGAAATAAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATTT----ACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAA-TA-CGTGAAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCAAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TCCGGA----A---------T-----------AA--C---------GATN---GTACGATTCAGAAACNCAAGGCCGACACTCAANGCCGT---AAAC----G---AAG-TAGTCTA-AGNTACCGCTTTAC---AAGTTNGAT-A-A-ATTTAATGGT--ACAATTTGAACACCCAAGGTCGACACGAAAGATTAAAGAAGTTATAANTGAAANAAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATTT----ACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAAGAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|11 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCA-----AAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TCCGGA----ACAATACAT-T-----------AA--A---------AATA---GTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAA-CCCC---AAAC----T---AAG-TAACCTA-AGTTATAGCTTTAC---AAGTTCGGTAA-A-ACTCAA-GGTCAACAGACTCAACACCCAAGGCCGACATGAAAGATTAAAG--GTTATAATTGATAAAAT--tga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC---AAAATTCGTG-AAAAGA-TCTGGA----ACAATAAATTT-----------AA--T---------GATT---GTACGATCCAGAAACACAAGGCCG-----------------AAAC----G---AAG-TA------------CACTTTAC---AAGTTAGAC------TTTATTTGT--ACAATTTGAACtatgtaatattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCG-----AAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGAAGAATCTGAA----A---------T-----------AATAC---------AGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGCCGtc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCG-----AAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAAAGA-TCCGGA----A---------CAATTACATTCAAA--T---------AATA---GTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGA-A-TCAATGa
gi|14 : CAAAAA-TA-GGTAAAAAGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAG-----AAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-tgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCG-----AGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAAAGA-CCCGAA----A---------C-----------AA--TACATTAAAAAATG---TTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGCCG----AAGC----G---AAG-T
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCG-----AAA-------CGAAATGGAATGgaaatcagttaaa
gi|19 : actaAGGCCG-----AAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATGT----ATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAA-TAGCGTGAGGGATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCG-----AAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAAAGA-TTC--A----A---------T-----------AA--C---------GGTC---G---GGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-TAATCTC-AGATACTGCTGTAC---AAGTCAGAC-A-A-ATCTAATGGT--ACAATTTGAGCACCCAAAGTCGACACGAAAGATT----ATGTTGTGAGTGAAATAATAAATACATaaatacatgtacatgacaagatttagcaaca
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCG-----AAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : AAGA-TT-TGTGAAAGTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACACAAaataatg
gi|23 : gaacGGCAG-----AAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AA
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATG-------------ACCCAAGGCCG-----AA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAAAGA-TCCGGA----ACACAT----T-----------AA--A---------AATT---GTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGCCG----ATCC----GTATAAG-TAG-----AAACACTGTTTAAC---AAGTTGGAG-G-A-A-TTATTGAT--ACAATTAGAAAACTCAAGGTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattGAAATAA-TAC-----AGT---TTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAA-------CG--CCGAAA
gi|4 : tTG---GTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGCCG----AAACTAAAG---AAGATAAT-TA-AGTTATACATTTACGTTAAGTTTTAT-A-ATATTctaaagaagataattaagttatacatttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|5 : tgaaataatacagtttGAATTATATTT----ACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAAaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATTT----TCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAAGAATC-CGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC---------------AA-------CGAACCAAAATG
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattAT--AAACATTCGTG-AAA-----CCCCATTCTA---------T-----------AA--------------TG---GTACGATTCAGAAACTCAAGGCCGA-----AATGATGT-----AC----A---ACG-TCGTTTATAGTTTTTTCTTTAC---AAGTT-GAT-ACA-ATTTGAAAAT--TCAAGGTCGACACCCAAGGCCAACACGAAAGATT--ATAAGTTAAAGGTAAAATCAT--ATACAT
gi|9 : ---AAATTTGA--A-A-ATTCAA-GGT---CAACT-----ACC-AAGGTCGACATGAAAGATCAgtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GAATTTGGAACAATACAAAAACAGTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGCCAAAACAAAAGAATATAATTATAAGTTGTACATCGAATTATATAATATTAGGCAATAGTAAATCAGAATTACAATAAAATAAAAAGGTAAATGACATAGATGCAGACATCAAACAGTAAGGAAAAACAAATGATGAAAGCGTGGCAGTTGCGAAACATATGAAACAAACAGGACGATGGGAATATAGCCTGGTCAAGATGGTGCAGTGGATACA
Unaligned ( gi|10 ): AATACATATTGATAAAATTTGAAAAACTTCAAGGTCGAACTTACAAAGGTCGACGAAAGATTACCAACCAATATAATACTATCTGTGTTAAATTAAGTCAAGAAACCGAATAATTGACGGAAACGGCAAAGACGCAGACATAAAAAATTATTAAAGCTAGCACACTAAATGAAGGGGATAGAGAAAAACCAAGAAGAATAGAAACTAAATATACAGGCAGATCAAAATGATGCAGTGGA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 1111 666666666666666666666 11111 1111 11111111 222222222 1111 1111 222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 0 3333 999999 5 4 99999 666 8 4 2 5 77777 9999999 33 88 55 88 4 55 2 4 4 6 111111111111111111111 1 4 8888 2 1 0 77777 2 0000 3 88888888 5 666666666 5 77 888 5 5 0000 5 55 9 999 1 7 0 1111 333 7 88
lowQualScore : .... . ............... . . .... ...... . . ..... ... . . . . ..... ....... .. .. .. .. . .. . . . . ..................... . . .... . . . ..... . .... . ........ . ......... . .. ... . . .... . .. . ... . . . .... ... . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 1 7777 888888 0 0 11111 444 0 1 6 5 11111 3333333 99 66 00 55 0 55 0 4 4 7 888888888888888888888 0 4 5555 4 0 1 00000 6 6666 6 00000000 7 666666666 1 33 888 0 9 0000 0 99 1 777 0 9 7 7777 333 7 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--ATA-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAANGC----CGAAAC----G---AAG-T--AATCTA-AGTTATCGCTTTAC---AAGT-TNGAT-A-A-A-TTTAANGGT--ACAANTTNAACACCCAAGGCCGACACGAAAGATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--ANA-A----TNGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAANGC----CGAAAC----G---AAG-T--AATCTA-AGTTATCGCTTTAC---AAGT-TNGAT-A-A-A-TTTAATGGT--ACAANTTGAACACCCAAGGTCGACACGAAAGATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATAAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAA----GAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|10 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AAAT-TTGAA-A-A-A-CTTCAAGGT--CGAACTT--ACA---AAGGTCGAC--GAAAGATTA-tga
gi|11 : aatacatattgataGCCA-----AAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-AATACAT-T--------A--AAA-A----TAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAAC----T---AAG-T--AACCTA-AGTTATAGCTTTAC---AAGT-TCGGTAA-A-A-CTCAA-GGTCAACAGACTCAACACCCAAGGCCGACATGAAAGATTA-AAGGTTATAATTGATAAAATTAT--GTAccaaccaatataatactatctgtgttaaattaagtcaagaaaccgaataattgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaattattaaagctagcacactaaatgaaggggatagagaaaaaccaagaagaatagaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC--AAAA-TTCGTG-AAA-AGATCTGGAAC-AATAAATTT--------A--ATG-A----TTGTACGATCCAGAAACACAAGG-------------C----CGAAAC----G---AAG-T--A------------CACTTTAC---AAGT-TAGAC-------TTTATTTGT--ACAATTTGAACatattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCG-----AAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGA-AGAATCTGAA--A-------T--------A--ATACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAtc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCG-----AAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAA-AGATCCGGAACAA-------TTACATTCAA--ATA-A----TAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGA-A-TCAATG
gi|14 : CAAAAAT-A-GGTAAAA----AGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAG-----AAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-tgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-----------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCG-----AGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAA-AGACCCGAAACAA-------TACATTA--A--AAA-A----TGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGC----CGAAGC----G---AAG-TGAAATC---AGTTA
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-----------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCG-----AAA-------CGAAATGGAATGaa
gi|19 : actaAGGCCG-----AAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA-------AAATACAT---GTAC-A-------T--------G--ACA-A----------GATTTAGCAAC
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAATAG-CGTGAGG----GATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCG-----AAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAA-AGATTC-----------------------A--ATA-A----CGGTCGGGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-T--AATCTC-AGATACTGCTGTAC---AAGT-CAGAC-A-A-A-TCTAATGGT--ACAATTTGAGCACCCAAAGTCGACACGAAAGATT--AT-GTTGTGAGTG---AAATAATAAATACATa
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCG-----AAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : ACAAGATTT---GTGAAA----GTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACaataatg
gi|23 : gaGGCAG-----AAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AAacaa
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tTTA-CGAGAAATTAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATG-------------ACCCAAGGCCG-----AA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-ACAT----T--------A--AAA-A----TTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGC----CGATCC----GTATAAG-T--AG---A-AA-CACTGTTTAAC---AAGT-TGGAG-G-A-A--TTATTGAT--ACAATTAGAAAACTCAAGGTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAATAA-TAC-----AGT---TTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAA-------CG--CCGAAA
gi|4 : t----TGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAAACTAAAG---AAGAT--AAT-TA-AGTTATACATTTACGTTAAGT-TTTAT-A-ATA-TTctaaagaagataattaagttatacatttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|5 : tgaaataatacagtttGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAA----aagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC---------------AA-------CGAACCAAAATG
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattACACCCAAGGCCAAAACAAAAGAATA-TA-ATTATAAGT
gi|8 : gaatttggaacaatacaaaaacagtaaaaaatctaggtcgAT--AAACATTCGTG-AAA----CCC----C-A-------T--------TCTATA-A----TGGTACGATTCAGAAACTCAAGGCCGA-----AATGA----TGTA-C----A---ACG-T--CGTTTATAGTTTTTTCTTTAC---AAGT-T-GAT-ACA-A-TTTGAAAAT--TCAAGGTCGACACCCAAGGCCAACACGAAAGATTATAA-GTTAAAGGTA---AAATCAT--ATACATtgtacatcgaattatataatattaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|9 : TAC---A-GTATTGAT-A-A-AATTTGAAAAT--TCAAGGTCAACTACCAAGGTCGACATGAAAGATCA-gtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 1111 11111 1111 1111111 555555555555555555555555555555555555 11111111 333333333333333333333333333333 2222222222222 1 222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 0 3333 999999 5 4 00000 777 0000 555 0000000 55 88 55 88 4 55 2 4 4 6 333333333333333333333333333333333333 1 88 1 2 8888 0 33333333 444444444444444444444444444444 0 777 777 8 4 2222222222222 222 777 1 5 9999 2 66 5 5 0 333 1 88
lowQualScore : .... . ............... . . .... ...... . . ..... ... .... ... ....... .. .. .. .. . .. . . . . .................................... . .. . . .... . ........ .............................. . ... ... . . ............. ... ... . . .... . .. . . . ... . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 1 7777 888888 0 4 00000 000 8888 777 0000000 88 66 00 55 0 55 0 4 4 7 666666666666666666666666666666666666 0 00 4 3 5555 8 66666666 999999999999999999999999999999 2 000 000 0 9 8888888888888 222 444 0 3 4444 5 99 7 7 0 333 0 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--AATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAANGC----CGAAAC----G---AAG-T--AATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAANGGT--ACAANTTNAA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAA----GAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|10 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---AAT-TTGAAA---------A-A-CTTCAAGGT--CGAACTT--A----CA---AAG--GTCGAC--GAAAG-ATTA-tga
gi|11 : aatacatattgataGCCAAAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-AATACAT-T--------A--AA-----A-A----TAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAAC----T---AAG-T--AACCTA-AGTT---------AT-AGCTTTAC---A---AGT-TCGGTA---------A-A-ACTCAAGGTCAACAGACTCAA----CACCCAAG--GCCGACATGAAAG-ATTA-AAGGTTATAATTGATAAAATTAT--GTAccaaccaatataatactatctgtgttaaattaagtcaagaaaccgaataattgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaattattaaagctagcacactaaatgaaggggatagagaaaaaccaagaagaatagaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC--AAAA-TTCGTG-AAA-AGATCTGGAAC-AATAAATTT--------A--AT-----G-A----TTGTACGATCCAGAAACACAAGG-------------C----CGAAAC----G---AAG-T--A----------------------CACTTTAC---A---AGT-TAGAC--------------TTTATTTGT--ACAATTTGAA----Catattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCGAAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGA-AGAATCTGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAtc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCGAAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAA-AGATCCGGAACAA-------TTACATTCAA--AT-----A-A----TAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGA-A-TCAATG
gi|14 : CAAAAAT-A-GGTAAAA----AGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGAAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-tgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-----------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCGAGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAA-AGACCCGAAACAA-------T--------AC-ATTAAAAA-A----TGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGC----CGAAGC----G---AAG-TGAAATC---AGTT---------A
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-----------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCGAAA-------CGAAATGGAATGaa
gi|19 : actaAGGCCGAAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA-------AAATACAT---GTAC-A-------T--------G--AC-----A-A----------GATTTAGCAAC
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAATAG-CGTGAGG----GATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCGAAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAA-AGATTC-----------------------A--AT-----A-A----CGGTCGGGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-T--AATCTC-AGAT---------AC-TGCTGTAC---A---AGT-CAGACA---------A-A-TCTAATGGT--ACAATTTGAG----CACCCAAA--GTCGACACGAAAG-ATT--AT-GTTGTGAGTG---AAATAATAAATACATa
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCGAAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : ACAAGATTT---GTGAAA----GTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACaataatg
gi|23 : gaGGCAGAAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AAacaa
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tTTA-CGAGAAATTAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATG-------------ACCCAAGGCCGAA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-ACAT----T--------A--AA-----A-A----TTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGC----CGATCC----GTATAAG-T--AG---A-AA-C---------AC-TGTTTAAC---A---AGT-TGGAGG---------A-A--TTATTGAT--ACAATTAGAA----AACTCAAG--GTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAAACTAAAG---AAGAT--AAT-TA-AGTT---------AT-ACATTTACGTTA---AGT-TTTATA---------ATA-TT
gi|5 : tGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAA----aagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC----------AA-------CGAACCAAAATG
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGC----CAAAAC----A---AAA-G--AATATA-A-TT---------ATAAGTTGTAC---ATCGAAT-TATATA---------ATA-TT
gi|7 : gaatttggaacaatacaaaaacagTCGA----CACCCAAG--GCCAAAACAAAAG-AATA-TA-ATTATAAGTaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : gaatttggaacaatacaaaaacagtaaaaaatctaggAT--AAACATTCGTG-AAA----CCC----C-A-------T--------TCTAT-----A-A----TGGTACGATTCAGAAACTCAAGGCCGA-----AATGA----TGTA-C----A---ACG-T--CGTTTATAGTT---------TT-TTCTTTAC---A---AGT-T-GATAC--------A-A-TTTGAAAAT--TCAAGGTCGA----CACCCAAG--GCCAACACGAAAG-ATTATAA-GTTAAAGGTA---AAATCAT--ATACATtgtacatcgaattatataatattaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : ----TGATACAATTTGAAAATTCAAGGTCGACACCCAAGGC----CAACAC----G---AAA-G--ATTATA-AGTTAAAGGTAAAAT-CA-TATAC---A---TGTATTAATATCAGGCATTA-ACTTTACAAGT--ACATATTAGAGAGGCAACAAAGACGCAGACACGAAAACATTA-Agtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|9 : ataaacattcgtgaaaccccattctataatggtacgattcagaaactcaaggccgaaatgatgtacaacgtcgtttatagttttttctttacaagtTAC---A----GTATTGATA---------A-AATTTGAAAAT--TCAAGGTCAA----CTACCAAG--GTCGACATGAAAG-ATCA-tgacaaacaaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 1111 11111 1111 1111111 555555555555555555555555555555555 11111111 44444444444444444444444444444444 2222222222222 1111 1 222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 0 3333 999999 5 4 00000 777 0000 555 0000000 55 88 55 88 4 55 2 4 4 6 66 333333333333333333333333333333333 4 0 3 8888 11111111 6666 88888888888888888888888888888888 0 777 777 8 4 2222222222222 222 777 1 66 0000 2 66 5 5 0 333 1 88
lowQualScore : .... . ............... . . .... ...... . . ..... ... .... ... ....... .. .. .. .. . .. . . . . .. ................................. . . . .... ........ .... ................................ . ... ... . . ............. ... ... . .. .... . .. . . . ... . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 1 7777 888888 0 4 00000 000 8888 777 0000000 88 66 00 55 0 55 0 4 4 7 55 777777777777777777777777777777777 5 3 4 5555 88888888 9999 77777777777777777777777777777777 2 000 000 0 9 8888888888888 000 444 0 88 6666 5 99 7 7 0 333 0 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAA----GAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|10 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---AAT-TTGAAA---------A-A-CTTCAAGGT--CGAACTT--A----CA---AAG--GTCGAC--GAAAG-ATTA-tga
gi|11 : aatacatattgataGCCAAAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-AATACAT-T--------A--AA-----A-A----TAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAAC----T---AAG-T--A-------ACCTA-AGTT---------AT-AGCTTTAC---A---AGT-TCGGTA---------A-A-ACTCAAGGTCAACAGACTCAA----CACCCAAG--GCCGACATGAAAG-ATTA-AAGGTTATAATTGATAAAATTAT--GTAccaaccaatataatactatctgtgttaaattaagtcaagaaaccgaataattgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaattattaaagctagcacactaaatgaaggggatagagaaaaaccaagaagaatagaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC--AAAA-TTCGTG-AAA-AGATCTGGAAC-AATAAATTT--------A--AT-----G-A----TTGTACGATCCAGAAACACAAGG-------------C----CGAAAC----G---AAG-T--A-----------------------------CACTTTAC---A---AGT-TAGAC--------------TTTATTTGT--ACAATTTatattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCGAAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGA-AGAATCTGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAgaactc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCGAAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAA-AGATCCGGAACAA-------TTACATTCAA--AT-----A-A----TAGTAGGATTTAGAAACATTAGG
gi|14 : CAAAAAT-A-GGTAAAA----AGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGAAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-cagaatcaatgtgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-----------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCGAGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAA-AGACCCGAAAC-AA------T--------AC-ATTAAAAA-A----TGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGC----CGAAGC----G---AAG-TGAA-------ATC---AGTT---------A
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-----------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCGAAA-------CGAAATGGAATGaa
gi|19 : actaAGGCCGAAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA-------AAATACAT---GTAC-A-------T--------G--AC-----A-A----------GATTTAGCAAC
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAATAG-CGTGAGG----GATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCGAAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAA-AGATTC-----------------------A--AT-----A-A----CGGTCGGGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTC-AGAT---------AC-TGCTGTAC---A---AGT-CAGACA---------A-A-TCTAATGGT--ACAATTTGAG----CACCCAAA--GTCGACACGAAAG-ATT--AT-GTTGTGAGTG---AAATAATAAATACATa
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCGAAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : ACAAGATTT---GTGAAA----GTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACaataatg
gi|23 : gaGGCAGAAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AAacaa
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tTTA-CGAGAAATTAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATG-------------ACCCAAGGCCGAA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-ACAT----T--------A--AA-----A-A----TTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGC----CGATCC----GTATAAG-T--A-------G---A-AA-C---------AC-TGTTTAAC---A---AGT-TGGAGG---------A-A--TTATTGAT--ACAATTAGAA----AACTCAAG--GTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAAACTAAAG---AAGAT--A-------AT-TA-AGTT---------AT-ACATTTACGTTA---AGT-TTTATA---------ATA-TT
gi|5 : tGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAA----aagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC----------AA-------CGAACCAAAATG
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGC----CAAAAC----A---AAA-G--A-------ATATA-A-TT---------ATAAGTTGTAC---ATCGAAT-TATATA---------ATA-TT
gi|7 : gaatttggaacaatacaaaaacagTCGA----CACCCAAG--GCCAAAACAAAAG-AATA-TA-ATTATAAGTaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : gaatttggaacaatacaaaaacagtaaaaaatctaggAT--AAACATTCGTG-AAA----CCC----C-A-------T--------TCTAT-----A-A----TGGTACGATTCAGAAAC-------------TCAAGGC----CGAAAT----G---ATG-T--ACAACGTCGTTTATAGTT---------TT-TTCTTTAC---A---AGT-T-GATAC--------A-A-TTTGAAAAT--TCAAGGTCGA----CACCCAAG--GCCAACACGAAAG-ATTATAA-GTTAAAGGTA---AAATCAT--ATACATtgtacatcgaattatataatattaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : ----TGATACAATTTGAAAATTCAAGGTCGACACCCAAGGC----CAACAC----G---AAA-G--A-------TTATA-AGTTAAAGGTAAAAT-CA-TATAC---A---TGTATTAATATCAGGCATTA-ACTTTACAAGT--ACATATTAGAGAGGCAACAAAGACGCAGACACGAAAACATTA-Agtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|9 : ataaacattcgtgaaaccccattctataatggtacgattcagaaactcaaggccgaaatgatgtacaacgtcgtttatagttttttctttacaagtTAC---A----GTATTGATA---------A-AATTTGAAAAT--TCAAGGTCAA----CTACCAAG--GTCGACATGAAAG-ATCA-tgacaaacaaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 1111 11111 1111 1111111 555555555555555555555555555555555 11111111 44444444444444444444444444444444 2222222222222 1111 1 222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 0 3333 999999 5 4 00000 777 0000 555 0000000 55 88 55 88 4 55 2 4 4 6 66 333333333333333333333333333333333 4 0 3 8888 11111111 6666 88888888888888888888888888888888 0 777 777 8 4 2222222222222 222 777 1 66 0000 2 66 5 5 0 333 1 88
lowQualScore : .... . ............... . . .... ...... . . ..... ... .... ... ....... .. .. .. .. . .. . . . . .. ................................. . . . .... ........ .... ................................ . ... ... . . ............. ... ... . .. .... . .. . . . ... . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 1 7777 888888 0 4 00000 000 8888 777 0000000 88 66 00 55 0 55 0 4 4 7 55 777777777777777777777777777777777 5 3 4 5555 88888888 9999 77777777777777777777777777777777 2 000 000 0 9 8888888888888 000 444 0 88 6666 5 99 7 7 0 333 0 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAA----GAACC-CGAAACAA-TGC-----AAT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|10 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---AAT-TTGAAA---------A-A-CTTCAAGGT--CGAACTT--A----CA---AAG--GTCGAC--GAAAG-ATTA-tga
gi|11 : aatacatattgataGCCAAAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-AATACAT-T--------A--AA-----A-A----TAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAAC----T---AAG-T--A-------ACCTA-AGTT---------AT-AGCTTTAC---A---AGT-TCGGTA---------A-A-ACTCAAGGTCAACAGACTCAA----CACCCAAG--GCCGACATGAAAG-ATTA-AAGGTTATAATTGATAAAATTAT--GTAccaaccaatataatactatctgtgttaaattaagtcaagaaaccgaataattgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaattattaaagctagcacactaaatgaaggggatagagaaaaaccaagaagaatagaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|12 : aACAG-TAC-----AGT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC--AAAA-TTCGTG-AAA-AGATCTGGAAC-AATAAATTT--------A--AT-----G-A----TTGTACGATCCAGAAACACAAGG-------------C----CGAAAC----G---AAG-T--A-----------------------------CACTTTAC---A---AGT-TAGAC--------------TTTATTTGT--ACAATTTatattatattagg
gi|13 : -----AAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCGAAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGA-AGAATCTGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAgaactc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCGAAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAA-AGATCCGGAACAA-------TTACATTCAA--AT-----A-A----TAGTAGGATTTAGAAACATTAGG
gi|14 : CAAAAAT-A-GGTAAAA----AGATC-CGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAGAAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-cagaatcaatgtgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-----------------------CC-CGGAACAG-TAC-----AAA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCGAGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAA-AGACCCGAAAC-AA------T--------AC-ATTAAAAA-A----TGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGC----CGAAGC----G---AAG-TGAA-------ATC---AGTT---------A
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-----------------ATC-CAGAATAA-TGC-----AATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCGAAA-------CGAAATGGAATGaa
gi|19 : actaAGGCCGAAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA-------AAATACAT---GTAC-A-------T--------G--AC-----A-A----------GATTTAGCAAC
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAATAG-CGTGAGG----GATTC-CGAAACAA-TAC-----AAT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCGAAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAA-AGATTC-----------------------A--AT-----A-A----CGGTCGGGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTC-AGAT---------AC-TGCTGTAC---A---AGT-CAGACA---------A-A-TCTAATGGT--ACAATTTGAG----CACCCAAA--GTCGACACGAAAG-ATT--AT-GTTGTGAGTG---AAATAATAAATACATa
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCGAAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : ACAAGATTT---GTGAAA----GTATTTCGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTAGAAACaataatg
gi|23 : gaGGCAGAAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AAacaa
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tTTA-CGAGAAATTAAGAATC-CGGAACAA-TAC-----AAC---AATG-------------ACCCAAGGCCGAA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-ACAT----T--------A--AA-----A-A----TTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGC----CGATCC----GTATAAG-T--A-------G---A-AA-C---------AC-TGTTTAAC---A---AGT-TGGAGG---------A-A--TTATTGAT--ACAATTAGAA----AACTCAAG--GTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAA--A-------T--------A--AT-----ACAGTTTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAAACTAAAG---AAGAT--A-------AT-TA-AGTT---------AT-ACATTTACGTTA---AGT-TTTATA---------ATA-TT
gi|5 : tGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAA----aagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC----------AA-------CGAACCAAAATG
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattTAAAAAATCTAGGTCGACACCCAAGGC----CAAAAC----A---AAA-G--A-------ATATA-A-TT---------ATAAGTTGTAC---ATCGAAT-TATATA---------ATA-TT
gi|7 : gaatttggaacaatacaaaaacagTCGA----CACCCAAG--GCCAAAACAAAAG-AATA-TA-ATTATAAGTaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : gaatttggaacaatacaaaaacagtaaaaaatctaggAT--AAACATTCGTG-AAA----CCC----C-A-------T--------TCTAT-----A-A----TGGTACGATTCAGAAAC-------------TCAAGGC----CGAAAT----G---ATG-T--ACAACGTCGTTTATAGTT---------TT-TTCTTTAC---A---AGT-T-GATAC--------A-A-TTTGAAAAT--TCAAGGTCGA----CACCCAAG--GCCAACACGAAAG-ATTATAA-GTTAAAGGTA---AAATCAT--ATACATtgtacatcgaattatataatattaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : ----TGATACAATTTGAAAATTCAAGGTCGACACCCAAGGC----CAACAC----G---AAA-G--A-------TTATA-AGTTAAAGGTAAAAT-CA-TATAC---A---TGTATTAATATCAGGCATTA-ACTTTACAAGT--ACATATTAGAGAGGCAACAAAGACGCAGACACGAAAACATTA-Agtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|9 : ataaacattcgtgaaaccccattctataatggtacgattcagaaactcaaggccgaaatgatgtacaacgtcgtttatagttttttctttacaagtTAC---A----GTATTGATA---------A-AATTTGAAAAT--TCAAGGTCAA----CTACCAAG--GTCGACATGAAAG-ATCA-tgacaaacaaat
blockSeqs : TTAA C CATATGTAAA G AGC TTAAGA T T ATTCA TAT GTAT ATT GTTCAAA TT CA AA TT A AA A C T G CA TTACATTCAAATAA A T TGTT TAAAG TGA CAACGTCGTTTATAGTTTTTTC GTT TCG A C TCAGGCATTAAC CAA CAA A CA GAGG C AC C T . . A AA
blockSeqs : . A GA G TAC AG . . . . GTAG ATT . GT CA . CA . . T . . T C ATAAATTTAATGA T C . GTAT AT TTATAAGTTAAAGGTAAAATCA . . A A ATA ATT A T GA . C . . . . . C .
blockSeqs : . C AA G TAC GA . . . . GTAG TCA . GT C . GG . . A . . G C ATACATTAAAAAA A A . G T ATCTCAGATACTGC . . . A ATA AAT A T GA . C . . . .
blockSeqs : . T GA A TAC GT . . . . ATAC TCA . CT C . CA . . A . . G C TAATACAGTTT C A . G T ATATAATTATAAGT . . . G CAA ATT A T CG . C . . .
blockSeqs : GA . AG GA . . . . ATGT TCG . AT A . TA . . A . . G C TAATACAGTTT A T . G T ATTAAGTTATACA . . . T AAA GAA T G CG . C . . .
blockSeqs : GA T . . . . . ATAT TCA . CC A . CA . . A . . . C CATTAAAAA T A . A G GAAACACTGT . . . A AA ACA A A AG . A . . .
blockSeqs : . . . . . . GTAC CCA . CT C . TG . . . . . . . TTCTATAA T A . G T CAC . . . T AA GAA T G CA . A .
blockSeqs : . . . . T . . CC C . TA . . . . . . . TGACAA T . . G G . . . T AA
blockSeqs : . . . . CC C . TT . . . AATAA T . . . . . . .
blockSeqs : . TT . . .
blockSeqs : . CC
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GA************* TAC* GTAN C* CG TTACATTAAATAA******************** AA*********** CG
originalCons : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-A-------T--------A--AT-----A-A----TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
finalCons : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTAGA-------------TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTAC-GTGAAA----GAATC-CGGAACAA-TAC-----AAT---AATGGTANGATTTGAAAACTCGAGGCCGAAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAA-AGATCCGGAAC-ATTACATTAAATAA--------------------TGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------AT-CGCTTTAC---A---AGT-TNGATAAA-----------TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222222222 111111111111111 1111111111 111 111111111 11111111 5555555555555555555555555555555 22222222222222 1111 1 222 11
lowQualScore : 7777 1 444444444444444 1 1 111111111111111 4 0000000000 9 2 2 5 77777 9999999 33 88 55 88 4 55 4 4 4 1 999 333333333 555 0 55 9999 22222222 5 66 1111111111111111111111111111111 777 8 5 33333333333333 222 777 1 66 0000 2 66 5 5 0 333 1 88
lowQualScore : .... . ............... . . ............... . .......... . . . . ..... ....... .. .. .. .. . .. . . . . ... ......... ... . .. .... ........ . .. ............................... ... . . .............. ... ... . .. .... . .. . . . ... . ..
lowQualScore : 0000 0 111111111111111 0 4 999999999999999 4 9999999999 8 4 6 5 11111 3333333 99 66 00 55 0 55 4 4 4 1 777 777777777 222 1 77 4444 55555555 0 99 2222222222222222222222222222222 888 9 3 99999999999999 000 444 0 88 6666 5 99 7 7 0 333 0 33
consensus : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATCCGGAACAAT-ACA-----AT---AATGGTACGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TC-CGGAAC-AATACA--TT-AAATAATGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------ATCGCTTTAC---AAGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
Reference ( family-1243 ) : AAGCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTANATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATCACTGTTTACGAATACAAAAATTA-CGTGAAA----GAATCCGGAACAAT-ACA-----AT---AATGGTANGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------CGAACCGAGATGAGTTGTGC-TTG--AATCGCTGTTT-TAAAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TC-CGGAAC-ATTACA--TT-AAATAATGGTACGATTTAGAAACNCAAGGTCGACACTCAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTA-AGTT---------ATCGCTTTAC---AAGT-TNGATA---------A-A-TTTAAAGGT--ACAANTTCGA----CACCCAAG--GCCGACACGAAAG-ATTA-AA-GTTATAAGTG---AAATNAT--ATACAT
gi|1 : GCCGTACGTTGAATTATATT----TACCACTAAAT--ATTA--------GTAATATTTTGAATGAATTGCTGCATACGAATACAAAAATTACCGTAAAA----GAACCCGAAACAAT-GCA-----AT---TATG--ATGATTTGAAA
gi|10 : tccacaccacccgattcataaaagtgccggatctacatagtagataaatggtcaaatattaaaaaatagtgcataaagcactactatgatcaacgacatgaacaattttacaactcgtctctttcaacgggataaacgagataatgtttgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AAAT-TTGAAA---------A-A-CTTCAAGGT--CGAACTT--A----CA---AAG--GTCGAC--GAAAG-ATTA-tga
gi|11 : aatacatattgataGCCA-----AAA-------CGAAGTGAGATGAG--------------------------GAAGAC--AAAAATTCGTG-AAAAGA-TC-CGGAAC-AATACA--TT-AAA-AATAGTACAATACAGAACTACTAGGTGGACACCCAAACC----CCAAAC----T---AAG-T--A-------ACCTA-AGTT---------ATAGCTTTAC---AAGT-TCGGTA---------A-A-ACTCAAGGTCAACAGACTCAA----CACCCAAG--GCCGACATGAAAG-ATTA-AAGGTTATAATTGATAAAATTAT--GTAccaaccaatataatactatctgtgttaaattaagtcaagaaaccgaataattgacggaaacggcaaagacgcagacataaaaaattattaaagctagcacactaaatgaaggggatagagaaaaaccaagaagaatagaaactaaatatacaggcagatcaaaatgatgcagtgga
gi|12 : aACAGT-ACA-----GT---AATTGTATGATTTGAAAACTCGAGGCCG-----AAA-------TGAATTGAGAT-AGTTGTGC-TTG--AATTTCTTTTTATAATGGAC---AAAATTCGTG-AAAAGA-TC-TGGAAC-AATAAA--TT-TAATGATTGTACGATCCAGAAACA-------------CAAGGC----CGAAAC----G---AAG-T--A----------------------------CACTTTAC---AAGT-TAGAC--------------TTTATTTGT--ACAATTTatattatattagg
gi|13 : A-----AT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGACCG-----AAT-------CAATGTGAACTCCGTTATACATTG--GAACACTGTTT-TGGAAGAC--A----TTGATGCAGAAGAATC-TGAAAT-AATACAGTTT-------TGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAgaactc
gi|14 : gaagatnttcaAGGCCG-----AAA-------CGAA---------GTTA-G---TA--AATGGGTGTTC-TAAAAGGC--AAAAATAGGTA-AAAAGA-TC-CGGAACAATTACA--TTCAAATAATAGTAGGATTTAGAAACATTAGG
gi|14 : CAAAAAT-A-GGTAAAA----AGATCCGGAACAATTACATTCAAAT---AATAGTAGGATTTAGAAACATTAGGCAG-----AAT-------CAATGTGAACTCAGCTATACATTG--GAACACTGTTT-cagaatcaatgtgaactcagctatacattggaacactgttt
gi|15 : aggccgaaacgaagttagtaaatgggtgttctaaaaggTTA--------G-A----TTTGAATGAGTCACTGTTTACGGATAT-----------------------CCCGGAACAGT-ACA-----AA---ACTGATACGATTTGAAAACTCAAGGCCG-----AGA-------CGAGCTAAGATGAGTTGTGC-TTG--AATTACT
gi|16 : gtaaccaatTGTTT-TACAAGAC--AAAATTACATG-AAAAGA-CC-CGAAAC-AATACA--TT-AAAAAATGTTACAATTTATAAACCCAAAGTTGACCCTGAGGGC----CGAAGC----G---AAG-TGAA-------ATC---AGTT---------A
gi|17 : TA--------A-A----TTTGAATAAA--ATCGTTAACGAATACAACAA-----------------ATCCAGAATAAT-GCA-----ATTATAATGATGTGATTTTAAAACTCAAGGTCG-----AAA-------CGAAATGGAATGaa
gi|19 : actaAGGCCG-----AAA-------CGAACCAAAATGAGTTGTGA-TTA--AATCAATATTT-CAAAAGAC--AAAAA
gi|2 : AAGCCATACGTTAAATTATATG----TATCACTACATGAATTA--------G-A----TTTGAATGAATTACTGTTAACAGCTACCGAAATAG-CGTGAGG----GATTCCGAAACAAT-ACA-----AT---AATGATATTGTTTGAAAACTCGAGGTCG-----AAA-------CGAACTGAGATGAGTTGTGA-TTG--AATTGCTGTTA-TAAAAGAC--ACAAATTCATG-AAAAGA-TT-C------------------AATAACGGTCGGGTTAAGAAACACAAAGTCGACACTCTAGGCTGTTCAAAAC----G---AAG-T--A-------ATCTC-AGAT---------ACTGCTGTAC---AAGT-CAGACA---------A-A-TCTAATGGT--ACAATTTGAG----CACCCAAA--GTCGACACGAAAG-ATT--AT-GTTGTGAGTG---AAATAATAAATACATaaatacatgtacatgacaagatttagcaaca
gi|21 : TTTGAAAATTCAAGGCCG-----AAAGTTCAAACAAACCAAGATGAGTTGTGC-TAG--AATcgt
gi|22 : AAGATTTGTG-AAAGTA-TTTCGGAAC-AATACA-------ATAATGGTACGATTTAGAAACACAAaataatg
gi|23 : gaacGGCAG-----AAA-------CAAACCGAAATGAGATGTGC-TTGAAAATTAATGTTT-CAAAATAC--AA
gi|3 : gAAGTCGTACGTAAAATTATATCTTAATACCAGCAAATGAATTA--------G-A----T
gi|3 : tTTA-CGAGAAATTAAGAATCCGGAACAAT-ACA-----AC---AATG-------------ACCCAAGGCCG-----AA--------CGAATTGAGATGAGTTATGC-TTG--AATTTCTGTTT-TAAAAGACAAAAAAAATCGTG-AAAAGA-TC-CGGAAC----ACA--TT-AAA-AATTGTACGATTTAGAAACTGAAGGTCGATACTCAAGGC----CGATCC----GTATAAG-T--A-------G---A-AA-C---------ACTGTTTAAC---AAGT-TGGAGG---------A-A--TTATTGAT--ACAATTAGAA----AACTCAAG--GTCGACACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacgagaaattaagaatccggaacaatacaacaatgacccaaggccgaacgaattgagatgagttatgcttgaatttctgttttaaaagacaaaaaaaatcgtgaaaagatccggaacacattaaaaattgtacgatttagaaactgaaggtcgatactcaaggccgatccgtataagtagaaacactgtttaacaagttggaggaattattgatacaattagaaaactcaaggtcgacac
gi|4 : taagtcgtacgtaaaattatatcttaataccagcaaatgaattagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAAATAAT-ACA-----GT---TTTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAA-------CG--CCGAAA
gi|4 : tTGGTACAATTTGAAAACTCAAGGTCGATTCTAAACGC----CGAAACTAAAG---AAGAT--A-------AT-TA-AGTT---------ATACATTTACGTTAAGT-TTTATA---------ATA-TTctaaagaagataattaagttatacatttacgttaagttttataatattaagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|5 : tgaaataatacagtttGAATTATATT----TACCACTTCATGAATTACATATGTAA-A----TTTGAATGGATCACTATTTACGAATACAGAAATTA-CGTGAAA----aagcattaataagtgaattaaattaaggtgagtcaaccaaataaatacgagtcaaactaaaaaagacacataaaaacattaatggcaaacaaataaagttgaggggggagtgtagttgagaagaacaagggaacaaacaggaaaaaggtatgtaggcggatcaagatggtgcagtggaa
gi|6 : agcactattatgaccaacgacacgaacaaaatttaaataaatcgcgattaacgaaaataaatgttttactaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggagaGTTCGTTGAGTAATATT----TTCTACCATATGAATTA--------G-A----TTAGAATGAATCACT-TTTACGAATGCAAAAATTA-CGTGAAA----GAATCCGGAATA----------------AATG---TGAATTGAAAAC---------------AA-------CGAACCAAAATG
gi|7 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgattTCGA----CACCCAAG--GCCAAAACAAAAG-AATA-TA-ATTATAAGT
gi|8 : gaatttggaacaatacaaaaacagtaaaaaatctaggAT--AAACATTCGTG-AAA----CC-C----------CA--TT-CTATAATGGTACGATTCAGAAAC-------------TCAAGGC----CGAAAT----G---ATG-T--ACAACGTCGTTTATAGTT---------TTTTCTTTAC---AAGT-T-GATAC--------A-A-TTTGAAAAT--TCAAGGTCGA----CACCCAAG--GCCAACACGAAAG-ATTATAA-GTTAAAGGTA---AAATCAT--ATACATtgtacatcgaattatataatattaggcaatagtaaatcagaattacaataaaataaaaaggtaaatgacatagatgcagacatcaaacagtaaggaaaaacaaatgatgaaagcgtggcagttgcgaaacatatgaaacaaacaggacgatgggaatatagcctggtcaagatggtgcagtggataca
gi|8 : TGATACAATTTGAAAATTCAAGGTCGACACCCAAGGC----CAACAC----G---AAA-G--A-------TTATA-AGTTAAAGGTAAAATCA-TATAC---ATGTATTAATATCAGGCATTA-ACTTTACAAGT--ACATATTAGAGAGGCAACAAAGACGCAGACACGAAAACATTA-Agtattaatatcaggcattaactttacaagtacatattagagaggcaacaaagacgcagacacgaaaacattaatgacaaacaaat
gi|9 : ataaacattcgtgaaaccccattctataatggtacgattcagaaactcaaggccgaaatgatgtacaacgtcgtttatagttttttctttacaagtTAC---A-GTATTGATA---------A-AATTTGAAAAT--TCAAGGTCAA----CTACCAAG--GTCGACATGAAAG-ATCA-tgacaaacaaat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGCGGATACAAAAACATTAGTAACACACAAATAGAGGGAATAGCTGAGGGGGAAAACGAAGTAATAGTGAAGTATGTATACAGGCATATCAAAA
Unaligned ( gi|20 ): GAAGTGTCGGATCTACATGGTAGATTTATGCAAGGTAAAAAAAAATAATACGTAAAGCACTGGTATGACGTACAACAACA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATACAGTATTGATAAATTTGAAAATTCAAGGGTCAACTACCAAGGT