lowQualScore : 22222222 111
lowQualScore : 0 1 0 0 666 1 0 0 3333 11 444444444 222 0 11 11 11 1 0 44444 0 0 111 0 444 0 00000000 3 0 444 5555555 11 0 22 11 222 55 333 0 666666
lowQualScore : . . . . ... . . . .... .. ......... ... . .. .. .. . . ..... . . ... . ... . ........ . . ... ....... .. . .. .. ... .. ... . ......
lowQualScore : 8 6 8 8 444 5 8 8 4444 00 000000000 333 7 00 00 00 5 7 00000 7 7 333 7 999 8 11111111 9 8 222 8888888 99 8 22 99 666 33 111 8 666666
consensus : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-A------T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
Reference ( gi|23 ) : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|25 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-----A-C---CC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-AC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|21 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TAAGAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--A-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-AG-----T-G-CAC--G-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTa
gi|8 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---A-TG--T--TTT--T-G-G-----AA-G-A---A-A---AC-A-AGACAG-T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|26 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C---G-----AA-G-A---A-A---TC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CA--C--A---TT--A---G-CT----A-TATTTTT
gi|29 : GTTTCCA---T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---AC-A-AG-----T-G-CAC--T-------T--C-CT--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTa
gi|50 : gGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---TC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-C
gi|24 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----GG-T-A---A-A---AC-T-C------T-G-CAT--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|38 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---T-TG--T--TTC------G-----AG-A-A---A-A---TC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CC--A--A---TGA-A---A-CT----A-TATTT
gi|15 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-GAAAAAAA-A-A---A-A---CT-A-AG-----T-G-CAC--T-------T-----C--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|36 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-------C--A-------------C-TG--T--TTT--C-G-A-----AA-A-A---A-A---CC-A-AG-----T-G-CAC--T-------T--C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTc
gi|10 : GTTTTCA-C-T-TGT---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--TGTTTT--T-G-G-----AA-A-A---A-ATAACC-A-AG-----T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TAc
gi|34 : GTTTTCA-C-T-C-T---GA-TA-GAA-AG---AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---TC-A-C------T-G---A--T-------TTCC-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTata
gi|11 : GTTTTCA-C-C-T-TTCCAT-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-AG-----T-GCCAC--T-------T--C-CC--ATCA---TG--A---A-CT------TATCT
gi|33 : GTTTTCA-C-T-T-----GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-T---T--TTT--C-A-A-----AA---A---A-A---CA-A-G------T-G-CAC--T-------T--T-CC--A--A---TG--A---A-CT----ATTATTCTT
gi|53 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AT--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-A-----AA-A-A---A-A---CC-t
gi|22 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----ACATA---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-
gi|48 : GTTTTCA-C-T-T-G---AA-TA-AAA-A----AC--A---------T---CTTG--T--TTT--C-G-G-----AC-G-----A-T---CC-A-AGG----T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--tgtaagaactttcccataaaggaaacttattt
gi|57 : gGTTCTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--T-G-G-----A
gi|19 : gGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TC-GAA-A----CG--A---------A---C-TG--T--ATT--C-G-G-----AA-G-A---ACC---CC-A-G------T-G-CAA--C-------T--T-TC--A--A---T-------A-CT----T-TGTTGTT
gi|59 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--Tag
gi|17 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A---------------TG--T--TTT--C-G-A-----AA-ACAAATA-A---CC-A-AG-----TGG-CACT-T-------T--C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A--ATT
gi|37 : ggGTTTTCA-CCT-T-T---GA-CA-AGA-A----AC--A---------T---C-----T--TTT--C-G-G-----AA---C---A-A---CA-A-G------T-G-CAC--T-------T--C-CC--C--A---AG--AC--A-CT------TATT
gi|41 : ggaTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-GT----AA-G-A---A-A---CC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TA
gi|30 : TTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--ATT--CAG-A-----AA-A-A---A-A---CCGA-G------T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-TT----A-TATTTTc
gi|18 : TTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-TAG-A----AC--AAA-------T---C-TG--T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A-A---C--A-T------T-G-TAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---AACT----A-TATTTTT
gi|42 : TTTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG------TT--C-G-G------A-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-CAC--G-------C--C-CC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTa
gi|7 : TTTCCC-C-T-T-T---GAATA-GGA-A----AA--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-AG-----TGG-CAAC-T-------T--C-TCCAA--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|55 : gtTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----GC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-A-G-----AA-G-A---A-
gi|52 : gaTTTTCA-C-T-T-G---GA-TA-GAA-A----AC--A---------------TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-
gi|20 : aTTTTCA-C-T-T-T---GA--A-GAA-A-----C--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-A-A---A-A---AA-A-ACTGAAGT-G-CAC--T-------T-----C--A--A---TG--AT--A-C-----A-TATTTTTccg
gi|2 : TTTTCAAC-T-T-TTG-GA-CT-GAA-ATAACAC--A---------T---C-TG--T--TTTTCC-G-A-----AACA-A---A-A---CC-A-AG-----T-G-CAC--T-------T--C-CA--A--AAAATG--A---A-CT----A-TAGTTTT
gi|44 : TTTTCC-C-C-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---------T--TTT--C-C-G-----GC-G-A---A-A---TC-A-C------T-G-T-A--C-------T--C-AC--A--A---TG--ta
gi|9 : gcTTTCA-C-TAT-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-GTGC----AA-G-A---A-A---CC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CC--A--A---TG--AAATA-CC----A-TATCTTTgctcaattta
gi|4 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----CC--ATCTGGTTCGT---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-A-A---A-A---CC-A-AG-----T-G-CAC--T-------T--C-CC--C--A---TG--A---A-TT----A-TATTTTTt
gi|35 : ggTTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G------A-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-CAC--G-------C--CGCC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|47 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A---------T------G--T--TTG--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-TAC--T-------T--C-CT--A--A---TG--A---A-TT----
gi|45 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A---------------TG--T--TTG--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-TAGC-T-------T--C-CT--A--A---TG--A---A-TT----C-TATTct
gi|32 : TTTCC-C-C-A-T---GA-TA-GAA-A----TC--A---------T---A-TG--T--TTT--T-G-A-----AA-T-A---A-A---AC-A-C------T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|43 : TTTCA-C-T-T-----GA-GA-GAA-A-----C--A---------T---C-AG--T--TTT--C-G-T-----AG-------A-A---TC-A-AC-----T-G-CCAC-T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTa
gi|1 : TTTCA-C-T-T-T---GATTA-GAATA----AC--A---------TTAGC-TC--G--TTT--A-G-G-----AA-T-A---A-A---CC-A-AGG----T-G-CACT-T-------T--C-CC--AC-A---TGACA---A-CTCTGAA-TATTGTT
gi|28 : ggaTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----GA-A-A---A-AAACCC-A-G------T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTtt
gi|16 : TTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A---------T---C-TGATT--TTT--C---G-----AA-G-A---A-A---CC-A-C------T-T-CCACTT-------T--G-CCAGA--A---TG--A---A-CTA---A-TAATTTT
gi|39 : TTCA-C-T-T-TT--GA--A-GAA-A-----C--A---------TTC-C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-C-A---A-A---TC-A-C------T-G-CAT--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-
gi|6 : TTTA-C-T-T-TT--GA-TA-GAA-ATG--AA--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-G---A-A------A-A------C-A-CAA--TTGTGACGT--C-CC--A--AAG-TG--A---A-CT----A-CTTTTTTactcattt
gi|14 : TTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A---------T---C-TG--T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A-AC--CC-A-A------CAG-CAC--TCG-----T--T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTT
gi|13 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A---------T---C-TG--T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A-AC--CC-A-A------CAG-CAC--TCG-----T--T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|12 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A---------T---C-TG--T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A-AC--CC-A-A------CAG-CAC--TCG-----T--T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|40 : g-C-T-T-T---GA-CA-GAA-A----AC--A---------T---C-TG--C--TTC--C-T-G-----AA-G-A---A-A---TC-A-T------T-A-CAT--T-------T--C-CC--A--G---TG--A---A-AT----C-TATTTTTa
gi|46 : cc-C-T-T-T---GA-TA---A-A----AC--A---------T------G--T--TTT--C-T-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-CAC--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CC----C-TACTTTT
gi|27 : c-T-T-T---GA-TA-GAA-A-----C--A---------T-----TG--T--TTT--CCG-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-AAG----T-G-CAC--T-------T--C-CC--G--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|31 : ttcttt-T---GA-TA-GAA-A----TC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-GG----AA-A-A---A-A---AC-A-C------T-G-CAC--T-------T--T-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTTa
gi|3 : ttctcccaA-TA-TAA-A----TC--A---------T---T-TG--T--TTT--C-G-G------A-G-C---A-A---CC-ATC------T-G-CACT-T-------T--C-CC--A--T---TG--A---A-CT----C-TATTCTT
gi|49 : gttatttcccccctttttaaaatgaA-A----AC--A---------T---C-TG--T--TTT--C-G-A-----AA-G-A---A-A---TC-C-C------T-G-CAT--T-------T--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTTT
gi|51 : ---------T---C-TG--T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-AGTGCACT-G-CAC--T-------T--C-CA--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTT
gi|54 : -G-G-----AA-G-A---A-A---CC-A-A------T-G-CAA--T-------T--C-CC--A--A---T---A---A-CT----ATTATTTTT
gi|56 : -G-----AA-G-A---A-A---CC-A-C------T-G-CAC--T-------TT-C-CC--A--A---CG--A---A-CT----C-TATTTa
gi|58 : -G-A---A-A---C--A-C------T-G-CAC--T-------A--C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GTTTTCAATATTAATAAGAATATTCTGTTCTTCGGACGAAAAGCCAAGTGGCACTTGCCAAAATTGAACTTTATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222
lowQualScore : 0 1 0 0 666 1 0 0 3333 11 11 222 0 333333333 11 11 1 0 33333 0 11 111 0 444 0 0 11111111 3 0 2 0 3 33 0 1 22 11 222 55 333 0 666666
lowQualScore : . . . . ... . . . .... .. .. ... . ......... .. .. . . ..... . .. ... . ... . . ........ . . . . . .. . . .. .. ... .. ... . ......
lowQualScore : 8 6 8 8 222 5 8 7 3333 00 00 333 7 999999999 00 00 5 7 99999 7 77 333 7 888 7 7 11111111 8 8 3 8 1 22 8 5 22 99 555 22 111 8 222222
consensus : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
Reference ( family-1242 ) : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|1 : TTTCA-C-T-T-T---GATTA-GAATA----AC--A--TTAGC-TC---------G--TTT--A-G-G-----AA-T--A---A-A---C-C-A-AGG----T-G-C-A-CTT--T-C-CC--AC-A---TGACA---A-CTCTGAA-TATTGTT
gi|10 : ggaGTTTTCA-C-T-TGT---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------TGTTTT--T-G-G-----AA-A--A---A-ATAAC-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TAtt
gi|11 : GTTTTCA-C-C-T-TTCCAT-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----T-GCC-A-C-T--T-C-CC--ATCA---TG--A---A-CT------TATCTata
gi|12 : TTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTT
gi|13 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|14 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|15 : gGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GAAAAAAA-A--A---A-A---C-T-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTa
gi|16 : TTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TGAT-------T--TTT--C---G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-CT-----T-C-C-A-C-T--T-TGCCAGA--A---TG--A---A-CTA---A-TAATTTTc
gi|17 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-AC-AAATA-A---C-C-A-AG-----TGG-C-A-CTT--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A--ATT
gi|18 : ggTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-TAG-A----AC--AAAT---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-A---C---A-T------T-G-T-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---AACT----A-TATTTTT
gi|19 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TC-GAA-A----CG--A--A---C-TG---------T--ATT--C-G-G-----AA-G--A---ACC---C-C-A-G------T-G-C-A-A-C--T-T-TC--A--A---T-------A-CT----T-TGTTGTTa
gi|2 : TTTTCAAC-T-T-TTG-GA-CT-GAA-ATAACAC--A--T---C-TG---------T--TTTTCC-G-A-----AACA--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--AAAATG--A---A-CT----A-TAGTTTTag
gi|20 : TTTTCA-C-T-T-T---GA--A-GAA-A-----C--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-A--A---A-A---A-A-A-ACTGAAGT-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--AT--A-C-----A-TATTTTTta
gi|21 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TAAGAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--A-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-G--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|22 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----ACATA--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--
gi|23 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTtgtaagaactttcccataaaggaaacttattt
gi|24 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GG-T--A---A-A---A-C-T-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|25 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G------A-C---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-AC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|26 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C---G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CA--C--A---TT--A---G-CT----A-TATTTTTa
gi|27 : -T-T-T---GA-TA-GAA-A-----C--A--T-----TG---------T--TTT--CCG-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AAG----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--G--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|28 : ttctttTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GA-A--A---A-AAACC-C-A-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|29 : GTTTCCA---T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---A-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|3 : gA-TA-TAA-A----TC--A--T---T-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G--C---A-A---C-C-ATC------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--T---TG--A---A-CT----C-TATTCTT
gi|30 : gttatttcccccctttttaaaatgaTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--ATT--CAG-A-----AA-A--A---A-A---C-CGA-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-TT----A-TATTTT
gi|31 : -T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GG----AA-A--A---A-A---A-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|32 : ttctcccaTTTCC-C-C-A-T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-A-----AA-T--A---A-A---A-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|33 : GTTTTCA-C-T-T-----GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-T----------T--TTT--C-A-A-----AA----A---A-A---C-A-A-G------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----ATTATTCTTa
gi|34 : GTTTTCA-C-T-C-T---GA-TA-GAA-AG---AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-C------T-G---A-T-T--TCC-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTt
gi|35 : TTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-G--C-CGCC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|36 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-------C--A------C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|37 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-CA-AGA-A----AC--A--T---C------------T--TTT--C-G-G-----AA----C---A-A---C-A-A-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---AG--AC--A-CT------TATTc
gi|38 : ggaGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---T-TG---------T--TTC------G-----AG-A--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TGA-A---A-CT----A-TATTT
gi|39 : TTCA-C-T-T-TT--GA--A-GAA-A-----C--A--TTC-C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-C--A---A-A---T-C-A-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-
gi|4 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----CC--A--T---C-TGGTTCGTCTGT--TTT--C-G-G-----AA-A--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---TG--A---A-TT----A-TATTTTTactcattt
gi|40 : gg-C-T-T-T---GA-CA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------C--TTC--C-T-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-T------T-A-C-A-T-T--T-C-CC--A--G---TG--A---A-AT----C-TATTTTT
gi|41 : ccTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GT----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TA
gi|42 : TTTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG-------------TT--C-G-G------A-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-G--C-C-CC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTc
gi|43 : TTTCA-C-T-T-----GA-GA-GAA-A-----C--A--T---C-AG---------T--TTT--C-G-T-----AG--------A-A---T-C-A-AC-----T-G-CCA-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTT
gi|44 : TTTTCC-C-C-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T----------------T--TTT--C-C-G-----GC-G--A---A-A---T-C-A-C------T-G-T-A-C----T-C-AC--A--A---TG--
gi|45 : gcTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTG--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-T-AGC-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----C-TATTgctcaattta
gi|46 : -C-T-T-T---GA-TA---A-A----AC--A--T------G---------T--TTT--C-T-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CC----C-TACTTTT
gi|47 : cTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--T------G---------T--TTG--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-T-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----
gi|48 : GTTTTCA-C-T-T-G---AA-TA-AAA-A----AC--A--T---CTTG---------T--TTT--C-G-G-----AC-G------A-T---C-C-A-AGG----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--ct
gi|49 : gA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-G--A---A-A---T-C-C-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTTT
gi|50 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-C
gi|51 : --T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AGTGCACT-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTT
gi|52 : TTTTCA-C-T-T-G---GA-TA-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-
gi|53 : aGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AT--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A--A---A-A---C-C-ccg
gi|54 : -G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---T---A---A-CT----ATTATTTTT
gi|55 : TTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----GC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AA-G--A---A-a
gi|56 : ga-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--A---CG--A---A-CT----C-TATTT
gi|57 : GTTCTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--T-G-G-----A
gi|58 : g-G--A---A-A---C---A-C------T-G-C-A-C-T--A-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|59 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--Tag
gi|6 : TTTA-C-T-T-TT--GA-TA-GAA-ATG--AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-GGAA---A-A---CAC-A-AT-----T-G-TGA-C-G--T-C-CC--A--AAG-TG--A---A-CT----A-CTTTTTT
gi|7 : TTTCCC-C-T-T-T---GAATA-GGA-A----AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----TGG-CAA-C-T--T-C-TCCAA--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|8 : gtGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-G-----AA-G--A---A-A---A-C-A-AGACAG-T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|9 : TTTCA-C-TAT-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-GTGC----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--AAATA-CC----A-TATCTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GTTTTCAATATTAATAAGAATATTCTGTTCTTCGGACGAAAAGCCAAGTGGCACTTGCCAAAATTGAACTTTATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222
lowQualScore : 0 1 0 0 666 1 0 0 3333 11 11 222 0 333333333 11 11 1 0 33333 0 11 111 0 444 0 0 11111111 3 0 2 0 3 33 0 1 22 11 222 55 333 0 666666
lowQualScore : . . . . ... . . . .... .. .. ... . ......... .. .. . . ..... . .. ... . ... . . ........ . . . . . .. . . .. .. ... .. ... . ......
lowQualScore : 8 6 8 8 222 5 8 7 3333 00 00 333 7 999999999 00 00 5 7 99999 7 77 333 7 888 7 7 11111111 8 8 3 8 1 22 8 5 22 99 555 22 111 8 222222
consensus : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
Reference ( family-1242 ) : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|1 : TTTCA-C-T-T-T---GATTA-GAATA----AC--A--TTAGC-TC---------G--TTT--A-G-G-----AA-T--A---A-A---C-C-A-AGG----T-G-C-A-CTT--T-C-CC--AC-A---TGACA---A-CTCTGAA-TATTGTT
gi|10 : ggaGTTTTCA-C-T-TGT---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------TGTTTT--T-G-G-----AA-A--A---A-ATAAC-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TAtt
gi|11 : GTTTTCA-C-C-T-TTCCAT-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----T-GCC-A-C-T--T-C-CC--ATCA---TG--A---A-CT------TATCTata
gi|12 : TTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTT
gi|13 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|14 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-AC--C-C-A-A------CAG-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|15 : gGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GAAAAAAA-A--A---A-A---C-T-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTa
gi|16 : TTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TGAT-------T--TTT--C---G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-CT-----T-C-C-A-C-T--T-TGCCAGA--A---TG--A---A-CTA---A-TAATTTTc
gi|17 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-AC-AAATA-A---C-C-A-AG-----TGG-C-A-CTT--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A--ATT
gi|18 : ggTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-TAG-A----AC--AAAT---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G--A---A-A---C---A-T------T-G-T-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---AACT----A-TATTTTT
gi|19 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TC-GAA-A----CG--A--A---C-TG---------T--ATT--C-G-G-----AA-G--A---ACC---C-C-A-G------T-G-C-A-A-C--T-T-TC--A--A---T-------A-CT----T-TGTTGTTa
gi|2 : TTTTCAAC-T-T-TTG-GA-CT-GAA-ATAACAC--A--T---C-TG---------T--TTTTCC-G-A-----AACA--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--AAAATG--A---A-CT----A-TAGTTTTag
gi|20 : TTTTCA-C-T-T-T---GA--A-GAA-A-----C--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-A--A---A-A---A-A-A-ACTGAAGT-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--AT--A-C-----A-TATTTTTta
gi|21 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TAAGAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--A-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-G--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|22 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----ACATA--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--
gi|23 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTtgtaagaactttcccataaaggaaacttattt
gi|24 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GG-T--A---A-A---A-C-T-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|25 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G------A-C---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-AC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|26 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C---G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CA--C--A---TT--A---G-CT----A-TATTTTTa
gi|27 : -T-T-T---GA-TA-GAA-A-----C--A--T-----TG---------T--TTT--CCG-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AAG----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--G--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|28 : ttctttTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GA-A--A---A-AAACC-C-A-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|29 : GTTTCCA---T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---A-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|3 : gA-TA-TAA-A----TC--A--T---T-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G--C---A-A---C-C-ATC------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--T---TG--A---A-CT----C-TATTCTT
gi|30 : gttatttcccccctttttaaaatgaTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--ATT--CAG-A-----AA-A--A---A-A---C-CGA-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-TT----A-TATTTT
gi|31 : -T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GG----AA-A--A---A-A---A-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|32 : ttctcccaTTTCC-C-C-A-T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-A-----AA-T--A---A-A---A-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|33 : GTTTTCA-C-T-T-----GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-T----------T--TTT--C-A-A-----AA----A---A-A---C-A-A-G------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----ATTATTCTTa
gi|34 : GTTTTCA-C-T-C-T---GA-TA-GAA-AG---AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-C------T-G---A-T-T--TCC-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTt
gi|35 : TTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-G--C-CGCC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|36 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-------C--A------C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|37 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-CA-AGA-A----AC--A--T---C------------T--TTT--C-G-G-----AA----C---A-A---C-A-A-G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---AG--AC--A-CT------TATTc
gi|38 : ggaGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---T-TG---------T--TTC------G-----AG-A--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TGA-A---A-CT----A-TATTT
gi|39 : TTCA-C-T-T-TT--GA--A-GAA-A-----C--A--TTC-C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-C--A---A-A---T-C-A-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-
gi|4 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----CC--A--T---C-TGGTTCGTCTGT--TTT--C-G-G-----AA-A--A---A-A---C-C-A-AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---TG--A---A-TT----A-TATTTTTactcattt
gi|40 : gg-C-T-T-T---GA-CA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------C--TTC--C-T-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-T------T-A-C-A-T-T--T-C-CC--A--G---TG--A---A-AT----C-TATTTTT
gi|41 : ccTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GT----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TA
gi|42 : TTTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG-------------TT--C-G-G------A-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-G--C-C-CC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTc
gi|43 : TTTCA-C-T-T-----GA-GA-GAA-A-----C--A--T---C-AG---------T--TTT--C-G-T-----AG--------A-A---T-C-A-AC-----T-G-CCA-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTT
gi|44 : TTTTCC-C-C-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T----------------T--TTT--C-C-G-----GC-G--A---A-A---T-C-A-C------T-G-T-A-C----T-C-AC--A--A---TG--
gi|45 : gcTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTG--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-T-AGC-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----C-TATTgctcaattta
gi|46 : -C-T-T-T---GA-TA---A-A----AC--A--T------G---------T--TTT--C-T-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CC----C-TACTTTT
gi|47 : cTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--T------G---------T--TTG--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-T-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----
gi|48 : GTTTTCA-C-T-T-G---AA-TA-AAA-A----AC--A--T---CTTG---------T--TTT--C-G-G-----AC-G------A-T---C-C-A-AGG----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--ct
gi|49 : gA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-G--A---A-A---T-C-C-C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTTT
gi|50 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---T-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-C
gi|51 : --T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AGTGCACT-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTT
gi|52 : TTTTCA-C-T-T-G---GA-TA-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-
gi|53 : aGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AT--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A--A---A-A---C-C-ccg
gi|54 : -G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---T---A---A-CT----ATTATTTTT
gi|55 : TTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----GC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AA-G--A---A-a
gi|56 : ga-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-C------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--A---CG--A---A-CT----C-TATTT
gi|57 : GTTCTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--T-G-G-----A
gi|58 : g-G--A---A-A---C---A-C------T-G-C-A-C-T--A-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|59 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--Tag
gi|6 : TTTA-C-T-T-TT--GA-TA-GAA-ATG--AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-GGAA---A-A---CAC-A-AT-----T-G-TGA-C-G--T-C-CC--A--AAG-TG--A---A-CT----A-CTTTTTT
gi|7 : TTTCCC-C-T-T-T---GAATA-GGA-A----AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-AG-----TGG-CAA-C-T--T-C-TCCAA--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|8 : gtGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-G-----AA-G--A---A-A---A-C-A-AGACAG-T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|9 : TTTCA-C-TAT-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-GTGC----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--AAATA-CC----A-TATCTTT
blockSeqs : C TCC A TAAC AT AA TC GTTCGTCTG GT TC C AAAAA GA AAT TAA ACTGAAG A C T CG G AG TC AAA AA AAT AA
blockSeqs : C TG . TG . . . AT . . A G C . AAC AGTGCAC A G T CG G CA . AG AA T AT
blockSeqs : . T . G . . . . . . . T . . C AGACAG A A T CG . . . . AA C AT
blockSeqs : . T . . . . . . . . . C . . C AAG G . . . . . . . A . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . C AGG G . . . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** N******* ** ** A*****
originalCons : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-A-A------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
finalCons : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G--A---A-A---C-C-AN-------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CTA-----TATTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GTTTTCAATATTAATAAGAATATTCTGTTCTTCGGACGAAAAGCCAAGTGGCACTTGCCAAAATTGAACTTTATTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111
lowQualScore : 0 1 0 0 666 1 0 0 3333 11 11 222 0 333333333 11 11 1 0 55555 0 2 111 2222 222 1111 111111111111 1 0 2 0 3 33 0 1 22 11 222 55 333 0 666666
lowQualScore : . . . . ... . . . .... .. .. ... . ......... .. .. . . ..... . . ... .... ... .... ............ . . . . . .. . . .. .. ... .. ... . ......
lowQualScore : 8 6 8 8 222 5 8 7 3333 00 00 333 7 999999999 00 00 5 7 44444 7 1 333 3333 666 6666 333333333333 5 8 3 8 1 22 8 5 22 99 555 22 111 8 222222
consensus : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--N------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
Reference ( family-1242 ) : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--N------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|1 : TTTCA-C-T-T-T---GATTA-GAATA----AC--A--TTAGC-TC---------G--TTT--A-G-G-----AA-T-A---A----A---C----C--AAGG------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--AC-A---TGACA---A-CTCTGAA-TATTGTT
gi|10 : ggaGTTTTCA-C-T-TGT---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------TGTTTT--T-G-G-----AA-A-A---A----ATAAC----C--A--AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TAtt
gi|11 : GTTTTCA-C-C-T-TTCCAT-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----CA-A--G------T-GCC-A-C-T--T-C-CC--ATCA---TG--A---A-CT------TATCTata
gi|12 : TTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A----A---C----CCAA--C------A-G-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTT
gi|13 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A----A---C----CCAA--C------A-G-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|14 : gTTCA-T-T-T-TT--GA-T--GAA-A----A---A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A----A---C----CCAA--C------A-G-C-A-C-TCGT-T-CC--A--A---TGAAA---A-CT----T-TATTTTTa
gi|15 : gGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GAAAAAAA-A-A---A----A---C----TA-A--G------T-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTa
gi|16 : TTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TGAT-------T--TTT--C---G-----AA-G-A---A----A---C----C--AC-T------T-C-C-A-C-T--T-TGCCAGA--A---TG--A---A-CTA---A-TAATTTTc
gi|17 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-ACAAATA----A---C----CA-A--G------TGG-C-A-CTT--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A--ATT
gi|18 : ggTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-TAG-A----AC--AAAT---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AG-G-A---A----A---C-------A--T------T-G-T-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---AACT----A-TATTTTT
gi|19 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TC-GAA-A----CG--A--A---C-TG---------T--ATT--C-G-G-----AA-G-A---AC---C---C----C--A--G------T-G-C-A-A-C--T-T-TC--A--A---T-------A-CT----T-TGTTGTTa
gi|2 : TTTTCAAC-T-T-TTG-GA-CT-GAA-ATAACAC--A--T---C-TG---------T--TTTTCC-G-A-----AACA-A---A----A---C----C--A--AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--AAAATG--A---A-CT----A-TAGTTTTag
gi|20 : TTTTCA-C-T-T-T---GA--A-GAA-A-----C--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GAAAA-AA-A-A---A----A---C----TGAA--G------T-G-C-A-C-T--T----C--A--A---TG--AT--A-C-----A-TATTTTTta
gi|21 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TAAGAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--A-G-G-----AA-G-A---A----A---C----CA-A--G------T-G-C-A-C-G--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|22 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----ACATA--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-
gi|23 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTtgtaagaactttcccataaaggaaacttattt
gi|24 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GG-T-A---A----A---A----C--T--C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|25 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-----A----C---C----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-AC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|26 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C---G-----AA-G-A---A----A---T----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CA--C--A---TT--A---G-CT----A-TATTTTTa
gi|27 : -T-T-T---GA-TA-GAA-A-----C--A--T-----TG---------T--TTT--CCG-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--AAG----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--G--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|28 : ttctttTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----GA-A-A---A----AAACC----C--A--G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTTa
gi|29 : GTTTCCA---T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-GAA---A----A---C----A--A--G------T-G-C-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|3 : gA-TA-TAA-A----TC--A--T---T-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G-C---A----A---C----C--AT-C------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--T---TG--A---A-CT----C-TATTCTT
gi|30 : gttatttcccccctttttaaaatgaTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--ATT--CAG-A-----AA-A-A---A----A---C----CG-A--G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-TT----A-TATTTT
gi|31 : -T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GG----AA-A-A---A----A---A----C--A--C------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|32 : ttctcccaTTTCC-C-C-A-T---GA-TA-GAA-A----TC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-A-----AA-T-A---A----A---A----C--A--C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|33 : GTTTTCA-C-T-T-----GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-T----------T--TTT--C-A-A-----AA---A---A----A---C----A--A--G------T-G-C-A-C-T--T-T-CC--A--A---TG--A---A-CT----ATTATTCTTa
gi|34 : GTTTTCA-C-T-C-T---GA-TA-GAA-AG---AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---T----C--A--C------T-G---A-T-T--TCC-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTt
gi|35 : TTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G------A-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-C-A-C-G--C-CGCC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|36 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-------C--A------C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A-A---A----A---C----C--A--AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--T--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|37 : GTTTTCA-CCT-T-T---GA-CA-AGA-A----AC--A--T---C------------T--TTT--C-G-G-----AA---C---A----A---C----A--A--G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---AG--AC--A-CT------TATTc
gi|38 : ggaGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---T-TG---------T--TTC------G-----AG-A-A---A----A---T----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TGA-A---A-CT----A-TATTT
gi|39 : TTCA-C-T-T-TT--GA--A-GAA-A-----C--A--TTC-C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-C-A---A----A---T----C--A--C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-
gi|4 : TTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----CC--A--T---C-TGGTTCGTCTGT--TTT--C-G-G-----AA-A-A---A----A---C----C--A--AG-----T-G-C-A-C-T--T-C-CC--C--A---TG--A---A-TT----A-TATTTTTactcattt
gi|40 : gg-C-T-T-T---GA-CA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------C--TTC--C-T-G-----AA-G-A---A----A---T----C--A--T------T-A-C-A-T-T--T-C-CC--A--G---TG--A---A-AT----C-TATTTTT
gi|41 : ccTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-G-A-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-GT----AA-G-A---A----A---C----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TA
gi|42 : TTTTCA-C-G-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG-------------TT--C-G-G------A-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-C-A-C-G--C-C-CC--A--G---TG--A---A-CT----C-TATTTTc
gi|43 : TTTCA-C-T-T-----GA-GA-GAA-A-----C--A--T---C-AG---------T--TTT--C-G-T-----A--G-A---A----T---C----A--A--C------T-G-CCA-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTT
gi|44 : TTTTCC-C-C-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T----------------T--TTT--C-C-G-----GC-G-A---A----A---T----C--A--C------T-G-T-A-C----T-C-AC--A--A---TG--
gi|45 : gcTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTG--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-T-AGC-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----C-TATTgctcaattta
gi|46 : -C-T-T-T---GA-TA---A-A----AC--A--T------G---------T--TTT--C-T-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CC----C-TACTTTT
gi|47 : cTTTCA-C-T-T-T---GA-TT-GAA-A----AC--A--T------G---------T--TTG--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-T-A-C-T--T-C-CT--A--A---TG--A---A-TT----
gi|48 : GTTTTCA-C-T-T-G---AA-TA-AAA-A----AC--A--T---CTTG---------T--TTT--C-G-G-----AC-G-----A----T---C----C--AAGG------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--ct
gi|49 : gA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-G-A---A----A---T----C--C--C------T-G-C-A-T-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATCTTT
gi|50 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---T----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-C
gi|51 : --T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--AGTGCACT-G-C-A-C-T--T-C-CA--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTT
gi|52 : TTTTCA-C-T-T-G---GA-TA-GAA-A----AC--A--------TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--C------C-G-
gi|53 : aGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AT--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-A-----AA-A-A---A----A---C----C--
gi|54 : -G-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---T---A---A-CT----ATTATTTTT
gi|55 : TTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----GC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-A-G-----AA-G-A---A----a
gi|56 : ga-G-----AA-G-A---A----A---C----C--A--C------T-G-C-A-CTT--T-C-CC--A--A---CG--A---A-CT----C-TATTT
gi|57 : GTTCTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--T-G-G-----A
gi|58 : g-G-A---A----A---C-------A--C------T-G-C-A-C-T--A-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----C-TATTTTT
gi|59 : GTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--Tag
gi|6 : TTTA-C-T-T-TT--GA-TA-GAA-ATG--AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-G---AAAACA---C----A--A--T------T-G-TGA-C-G--T-C-CC--A--AAG-TG--A---A-CT----A-CTTTTTT
gi|7 : TTTCCC-C-T-T-T---GAATA-GGA-A----AA--A--T---C-TG---------T--TTT--C-G-G-----AA-G-A---A----A---C----CA-A--G------TGG-CAA-C-T--T-C-TCCAA--A---TG--A---A-CT----A-TATTTT
gi|8 : gtGTTTTCA-C-T-T-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---A-TG---------T--TTT--T-G-G-----AA-GAA---A----A---CAAGAC--A--G------T-G-C-A-C-T--T-C-CC--A--A---TG--A---A-CT----A-TATTTTT
gi|9 : TTTCA-C-TAT-T---GA-TA-GAA-A----AC--A--T---C-TG---------T--TTT--C-GTGC----AA-G-A---A----A---C----C--A--A------T-G-C-A-A-T--T-C-CC--A--A---TG--AAATA-CC----A-TATCTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GTTTTCAATATTAATAAGAATATTCTGTTCTTCGGACGAAAAGCCAAGTGGCACTTGCCAAAATTGAACTTTATTTT