lowQualScore : 11111 11111111 1111 111111111111 11111 11111111 111111111 1 1 33333 3333333333333333333333333 1 11 111111 222 77777777
lowQualScore : 4 00000 88 55 88 7777 3 555 555 3 3 88888 3 22222222 3 3 3 0000 3 222222222222 5 7777 99999 2 7777 3 3 77777 33333333 3 44 55 3 1 4 3 99999 444444444 0 4 2 3 44 3 6 77777 6 99 3 55 1 8 3 0000000000000000000000000 3 3 1 6666 77 3 3 3 44 0 66 1 3 2 111111 6 111 2 88888888 2
lowQualScore : . ..... .. .. .. .... . ... ... . . ..... . ........ . . . .... . ............ . .... ..... . .... . . ..... ........ . .. .. . . . . ..... ......... . . . . .. . . ..... . .. . .. . . . ......................... . . . .... .. . . . .. . .. . . . ...... . ... . ........ .
lowQualScore : 0 00000 11 55 44 1111 3 888 888 6 6 55555 6 11111111 3 3 3 9999 3 777777777777 4 7777 11111 8 7777 6 6 44444 22222222 3 66 00 6 4 0 6 88888 000000000 4 0 6 3 66 3 7 66666 7 22 3 99 6 2 1 8888888888888888888888888 1 1 5 5555 33 1 1 1 66 5 99 4 6 0 555555 7 333 2 55555555 2
consensus : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GTGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTG----C---GAT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GAT--C--GTAA--------CTC-TAC--GA--GT-GGTCC-AGG-CTGT---CGT-----AG--GCGC-TCCT-ACGT--G-CACGTA-AA-CG--A-GCAAGATGGC-T-G-CCATGTCGG-CCC-------------------------TGC-C-TGAGATCA----T--TTTG-TT-GT-ATT--ATTTA-CCTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGAT-GN--AAGNAGAAAACAATGACTT---TTG-CNGTCTGCATTTGCACA
Reference ( gi|6 ) : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTG----C---GGT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GAT--G--GTAA--------CTC-TAC--GA--GT-GGTCC-AGG-CTAT---CGT-----AA--GCTC-TCAT-ACGT--G-CACGTA-AA-T---A-GCAAGATGGG-T-G-TCATGTCTG-CCC-------------------------TGC-C-TGATATCA----T--TTTG-TT-GT-ATT--ATTTA-TCTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGAT-GT--AAGAAGAAAACAATGACTTTTCTTA-CTGTCTGCATTTGCACA
gi|1 : ACCGTTTCGC-T-----AA-----TCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGCACG-CAG-CAC---C-TACGACC-GCTTCACAAGTACTAT-A-G-AA-----TA-CGACTT-G----C---AAT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GAT--C--GTAA--------CTC-TAT--GA--GT-GGTCC-AGT-CTTT---CGT-----TA--GCGC-TCCT-ACGT--G-CACGTA-AA-CA--A-GCAAGATGGA-T-G-CTATATCGG-CCCTGCCTGACATCCTCTTGTTGTATTATGC-C-TGATATCC----T--TTTG-TT-GT-ATT--ATTTA-CCTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGATGGT--AAGTAGTAAACAATGACTTTT-----CTGTCTGCATTTGCACA
gi|11 : gaACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGAC-TTG----A---GAT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GAT--C--GTAA--------CGC-TAC--GA--GT-GATCT-AGG-CTGA---CAT-----CG--GCGC-TCCT-ACGT--G-CACGTA-AA-CA--A-GCAAGATGGC-T-G-CTTTGTCGG-CCC-------------------------TGC-C-TGAGATTC----T--TTTG-TT-GC-ATT--ATTTA-CCTGA-CTGAGTCTGcaaatattatgcaatccgagcccgattacgaaattttatttaaagagtccttctatcatatgcatacgaattaccatt
gi|14 : gggACCGTTTCAC-TTTAGTAA-GCGATCGTA---------AACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-TAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGAC-TTG----C---GAT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GAT--C--GTAA--------CTC-TAC--GA--GT-GATCC-AGG-TTGA---CGT-----AG--GTGC-TCCT-TAGT--G-CACGTA-AA-CA--A-GCAAGATGGC-T-G-TTTTGTCGG-CCC-------------------------TGC-C-TGAGATTA----T--TTTG-TT-GT-AT
gi|12 : ggACCGTTTCACCT-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-GACGCGTAAAC---ATGA-CG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-AGAA---GTTAACGGCTT-G----C---GAT----TT-----ACGGCCAAA----AATC-GAT--C--GTAA--------CT---AC--GAACGT-GATCC-TGG-CTGT---CGT-----AG--GCGCGTCCT-ACGT--G-CACGTA-AA-ACCAA-GCAAGATGTGCT-G-CTATGTCGG-CCC-------------------------TGC-C-TGAGATCA----T--TTTG-TT-GT-ATT--ATATA-
gi|13 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-C-C---T-TACG-CC-GTTTC-C--------TAA-A-AA---GTTA-CGACGTTG----TCTAGTT----TT-----ACGACCAAA----A-TCAGGT--GTCGTAA--------CTC-TAC---A--GT-GGTCC-TGG-CTAatat
gi|18 : ACTGATTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCG-GAACG----TAGCA---GGTTATC---ATGAACG-CAATCACACGTGTACGGCTAATTTCAC--------T-A-A-AAG--GTTA-CAAACTTG----C---GAT----TTTTTTAACGAC--AT----T-TC-GAC--C--TTAA--------CTCATAC--GA--GT-gatacgctatgcgcctacagtctacatgtgcacctgtaaaacaagccaatgaacgtgctaatggggctcgggccttagat
gi|5 : ggCTGTTTCAC-T-----AA-ACAACCATA--GATCGTAAATG----TCT-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-CTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTT-----C---GAT----TT-----ACGACCAAT----A-TC-GTT--C--G------------TT-TAC--GA--GT-GATCC-AGG-CTGT---TGC-----AA--GCAG-TCCC-ACGT--G-CACGTACAA-G---A-GCAAGATAAG-T-G-CCATTT------C-------------------------TGC-C-TGAGATCA----T--TTTC-TT-GT-AGA--ATGTA--CT----TGCGTTTGT------Ta
gi|30 : gtCATTTTGC-T-----AA-CCGATCGTA--GATCGTAAATT----TCG-A---C--AAAT---CTGAAatggaggcttcttgtctgcctttgaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaat
gi|22 : ctgggggtTTTTA--T-----AA--CAGTTGTA--GATTGAAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GAGAAAG-CAG-AAT---C-TGCGATC-ATTTCAC--------T-T-T-AA---CTTA-Ct
gi|8 : cctgacgaacttC-T-----AATGCGATCGTATAGATCA---ACGCGTTTAA-A---CGTAAACTATATTAACGCTAG-CAC---T-TACGACC-GTT-CAC--------T-A-A-AATGTATTA-CGACTCTGCGATC---GGTAACCGT-----ACCTCTAGTCCTCA-CT-AATTCG--TTAAGCTCTTTTCTT-TGCCGGA--GTTGGTCC-AG--CTTTGAACGCGGTGAAG--GCGC-T--T-ACGTTGGTCATGTA-AAAT---AAGCAAGATGGC-T-G--CATGTCGGGCCC-------------------------TGCACATGAGATCA----TATTCTG-TTTGTGATT---TTTACTCTGAGCTGAGTCTGT------TGATAatctaagac
gi|15 : tTAAACG----TGG-G---CATATAC---GGAAACG-TAG-CAC---A-TGCTAC---TTTTAC------------A-AA-------------TCG----T---GAT----CT-----GCGACCAAT----A-TT-AAT--A--GTAA--------CTC-TAC--GA--GT-GGTCA-ATG-GTGT---CGT-----AA--GTGA-TTCT-ACGT--C-CACGTA-AA-CG--A-GCAATGTCGC-T-G-CCAAG--CG-CTT-------------------------CTC-C-CGGGAACA----T--ATTG-CG-GT-AGT--ATT
gi|24 : gG----TAG-A---CATAAAC---GCAAAAG-CAG-CAC---A-TGTGATA-GTATCAC--------T-AAA-AA---GTTG-CAA-TTTC----T---GAT----TT-----TCTAC---T----A-TT-GAT--C--ATAA--------CTC-TAT--Ggaact
gi|23 : CAC--------T-A-T-AA---GTTA-CGGC-TTA----C---TAT----TT-----ACGACAATT----A-TT-GAT--G--AAAA----------C-TAC--GA--GT-GTTCTAAGG-CTGT---CAT-----AAGTGCTC-TCAC-Agt
gi|4 : -TAC--GA--GT-GTTCT-GGGGCTGT---CTT-----AA--GTTC-TCCT-ACTT--G-CACATA-AA-CGA-A-G-AATATTGC-T-G-TCTTGACTG-TCC-------------------------CGT-C-TGAGAGTA----TG-TTTA-TT-AT-ATT--GT-------GA-TTG---CTGT------TGTTACAAT-GTGGACGGAGAAAACAATGACTT-----G-CAGTCTGCATTTGCACAtccaaagta
gi|19 : GG-CTGT---CGT-----AGC-GCGC-TCCTCACGT--G-CACGTA-AC-C---A-GCAAGATGGC-TCGCTTATGTCGG-CCC-------------------------TTG-C-TGAGATTACTTCT--CTCGCTT-GT-ATTAAATTTACCCTGA-CTGCGCTCGT------TGatacctgtttgttattattgtgcccgtctgaacatagatttgaaattgatttttggtacgcacaagaatagaaatgtaagtgaaccaatgtactttgaaaaacttttcaggtattttcaaaaattgatttcaacgacc
gi|10 : T-ACGT--G-TATGTA-AA-C---AAGCAAGATGGG-T-G-TCATATCTG-CCC-------------------------TGC-C-TGAGATCA----T--TTTG-TT-GT-ATT--ATTTA-CCTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGAT-GG--AAGTAGAAAACAATGACT----CTG-CTATCTGTATTTGCAcc
gi|2 : cc-ACGT--G-CACGTA-AA-CA--A-GCAAGATGGC-T-G-TT-TGTCGG-CCC-------------------------TGT-T-TGATATCA----T--TTTG-TT-CT-TTT--ATTTA-CCTGA-CTGAGTCTGT------TGACACAAT-GG--AAAAAGAAAACAATGACT----TTG-CTGTCTGCATTTGCACAgacgaatattattcagaccgagcccatgtatgaaattttgtctaaaatgtgtccttctatcttataaaacactagttggccaaaataaaatcaaaggcgttgaattaatcgctttactcttatattt
gi|3 : CGT--G-CACGTACAA-G---A-GCAAGATAAG-T-G-CCATTTCTG-CC--------------------------------TGAGATCA----T--TTTC-TT-GT-AGA--ATGTA--CT----TGCGTTTGT------Tcgaatataatgcagtccgagcccgattatgaaattttatttggtacttagccaaaataaatgtaaagtcgttgaattaattgcttatctcttgtatttcaattttctttcaataacttaaaaaaaggcacaaagaatttgcatgtaattacatgtatatcaaaatagaggggggggggggcatgtgtacgtgcgcctacgtcccgagttaattcaggtacccgagcctgatca
gi|20 : G-CCC-------------------------TGT-C-TGAAAATA----T--TTTG----GT-AAT--GGTT--TC--A-GTGAAATTGT------TGACA--AT-GTGGAGGAAGAAAACAATGACTTT------CAGTCTGCATTTG-ACAatggaggcttcttgtctgcctttgaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaataaatgtaaaggcgttaacgtaatttattcacccttagtcttatatttccattgtctttatttattaaaaaaaagagggggtatctagaaatgtgcatgtaatgataaagatgcaaaatgtcaaaatgtgtgtgaagtaggcgggggtgtaactgctgagttaatttgaataccagagactgatcacat
gi|7 : TTTA-CCTGA-CTGAGTCTGTAAGTTTTGACACGAT-GG--AAAAAGAAAACAATGA-----ATTACCCGTCTGCATTTGCACAatagtattgtgcatatatatgataa
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAACAAGTGGGGACCCCTCATCTATTCATTATGCATTACAACCACTTGGCCCAAAGAAAATTGCCTAACAGTTGTGTTGAATGATTGCTTACTCTTGTATTTTCAATTTTCTTTTCATTAATTCGTTACAGAAATAAAAAAGAAGGTATTCAATTAGAATAATGAAAAAAAGAATTGTTTAAAATAATATCAAGAAGAGTGGGGGACTAAATGTATTGCGACTGCGAAAGTTAATTTGCACAACCCGACCTGATCGCACTCTTTAC
Unaligned ( gi|16 ): CGCTTTACTCTTATATTTCAATTTTCTTTGATTAACCTTTAAATAAAAAGGTACATAGAATTGTGCATGTAATGACAAAGATGTAATATATCAATGGGGAGGGGGTGAAGGGAGCTGCATATATGCGCCTGCGGAGTTTATTCAGGTACCCGAGCCTGATCACCTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTTGCACACAAACATTGTGCAGTCAGAGGCTAAATACGAAATCATATAGAGTTTATTGTATATCAAGAGAAACGCCTTTCAGCCAAAATAAATGTAAATTAAGGCATAAATTAATCACTTTATTCATATTTCCATTATCATTTTTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATTTTATTTGTCTTTCTATCGTATATGAGATACCAGCTGGCCAAACTAAATGTAAATTGTTGAATTAATCGCTTTACTCTTATATTTTGATTTTCTTTTATTAACGTT
Unaligned ( gi|25 ): CATATATGGGCCTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCGAACTTGATCATCTTTACGATTAATTCATCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|26 ): ATAGTTTGTACCTGCCGAGCTAGTTTAGATATCCGAGCCTGATCACCTTTACGGTTAATTCACCTATTATCATTAT
Unaligned ( gi|27 ): ATGTGACTGCAGAGTTAATCCAGGCACCCGAGTCCGAACACCTTTACGATTAATTCACCTGTTACTACTATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): AATCAGTGCAAATGATTACTGAATCATCTAAATGATTACTGGAAAAAATACTGGGGACCGTTTCACTAAG
Unaligned ( gi|29 ): GCCCTGCGGAGTTAATTCAGTACCCGAACTTGATCACTTTACGATTAATTCATGCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|31 ): GCTCACATGTGTGCGCCTACTGTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCAAGCC
Unaligned ( gi|32 ): ATCGGTGTAAAACTAGAACCGGTATAAGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1111111 11111111 222222222222222222222 111111 22222222
lowQualScore : 3 99999 66 55 1 6666 3 555 8888 3 3 77777 3 11111111 3 3 3 9999 3 2 555 44 88888 44 3 6666 7777 3 555 3 44 3 0000000 44 44 3 0 3 22222222 3 44 3 3 33 3 77777 2 33 33 2 33 2 8888 3 3 33 3 2 2 33 6666 2 5 2 44 444444444444444444444 9999 3 4 222222 77 5 1 1 33333333 1
lowQualScore : . ..... .. .. . .... . ... .... . . ..... . ........ . . . .... . . ... .. ..... .. . .... .... . ... . .. . ....... .. .. . . . ........ . .. . . .. . ..... . .. .. . .. . .... . . .. . . . .. .... . . . .. ..................... .... . . ...... .. . . . ........ .
lowQualScore : 6 11111 55 00 2 5555 1 444 4444 3 3 00000 3 22222222 1 1 1 3333 1 7 888 66 33333 66 3 2222 1111 3 888 3 66 1 0000000 22 66 3 4 3 11111111 3 66 3 3 44 3 77777 9 77 77 7 99 9 9999 1 1 88 1 9 9 99 1111 9 7 9 22 333333333333333333333 6666 3 0 888888 99 7 0 0 66666666 0
consensus : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--T-GGAAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
Reference ( family-1241 ) : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GTGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--T-GNAAGNAGAAAACAATGACTT---TTGCNGTCTGCATTTGCACA
gi|1 : ACCGTTTCGC-T-----AA-----TCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGCACG-CAG-CAC---C-TACGACC-GCTTCACAAGTACTAT-A-G-AA-----TA-CGACTT-GC---AATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AT--GA--GT-GGTCCA-G--------T-CT--TT-CG-TTA-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GAT-GCT-ATATC-GGCCCTGC-C-TGACATC--C----T-CTTG-TTGT-ATT--ATGCCTGATATCCTTTTGTTGTATTATTTAC-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGGTAAGTAGTAAACAATGACTT---TT-CTGTCTGCATTTGCACA
gi|10 : ga-----CCT-AC--GT--G-TAT--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GGT-GTC-ATATC-TGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--T-GGAAGTAGAAAACAATGAC-T---CTGCTATCTGTATTTGCAcaaatattatgcaatccgagcccgattacgaaattttatttaaagagtccttctatcatatgcatacgaattaccatt
gi|11 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GA---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACGC-T-------AC--GA--GT-GATCTA-G--------G-CT--GA-CA-TCG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GCT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--C----T-TTTG-TTGC-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGgacgaatattattcagaccgagcccatgtatgaaattttgtctaaaatgtgtccttctatcttataaaacactagttggccaaaataaaatcaaaggcgttgaattaatcgctttactcttatattt
gi|12 : gggACCGTTTCACCT-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-GACGCGTAAAC---ATGA-CG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-AGAA---GTTAACGGCTT-GC---GATT--T-----A--CG-GCC---AAA----AATCG---AT-CGT--AACT----------AC--GAACGT-GATCCT-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGCGT-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAAACCAAGCAAGATGTGCT-GCT-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------ATA----
gi|13 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-C-C---T-TACG-CC-GTTTC-C--------TAA-A-AA---GTTA-CGACGTTGTCTAGTTT--T-----A--CG-ACC---AAA----A-TCAGGTGT-CGT--AACTC-T-------AC---A--GT-GGTCCT-G--------G-CTAGATACGCTAT-GCGC-CTACAGTCT-ACATGT--G-CACCTGTAAAA--CAAGCatat
gi|14 : ACCGTTTCAC-TTTAGTAA-GCGATCGTA---------AACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-TAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-TT--GA-CG-TAG-GTGC-T-----CCT-TA--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--A----T-TTTG-TTGT-ATcaatgaacgtgctaatggggctcgggccttagat
gi|15 : ggGTAAACG----TGG-G---CATATAC---GGAAACG-TAG-CAC---A-TGCTAC---TTTTAC------------A-AA-------------TCGT---GATC--T-----G--CG-ACC---AAT----A-TTA---AT-AGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCAA-T--------G-GT--GT-CG-TAA-GTGA-T-----TCT-AC--GT--C-CAC--GT-AAA--CGAGCAATGTC-GCT-GCC-AAG-C-GCTTCT-C-C-CGGGAAC--A----T-ATTG-CGGT-AGT--AT---------------------T
gi|18 : ACTGATTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCG-GAACG----TAGCA---GGTTATC---ATGAACG-CAATCACACGTGTACGGCTAATTTCAC--------T-A-A-AAG--GTTA-CAAACTTGC---GATT--TTTTTAA--CG-AC-----AT----T-TCG---AC-CTT--AACTCAT-------AC--GA--GT-gaact
gi|19 : gg-G--------G-CT--GT-CG-TAGCGCGC-T-----CCTCAC--GT--G-CAC--GT-AAC--C-AGCAAGATG-GCTCGCTTATGTC-GGCCCTTG-C-TGAGATT--ACTTCT-CTCGCTTGT-ATTAAAT---------------------TTAC---C-CTGA-CTGCGCTCGT------TGa
gi|2 : -AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT--TGTC-GGCCCTGT-T-TGATATC--A----T-TTTG-TTCT-TTT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACAA--T-GGAAAAAGAAAACAATGAC-T---TTGCTGTCTGCATTTGCACAcc
gi|20 : GCCCTGT-C-TGAAAAT--A----T-TTTG---GT-AAT--GG---------------------TT--------TCA-GTGAAATTGT------TGACAATG--T-GGAGGAAGAAAACAATGACTT---T--CAGTCTGCATTTG-ACAcgaatataatgcagtccgagcccgattatgaaattttatttggtacttagccaaaataaatgtaaagtcgttgaattaattgcttatctcttgtatttcaattttctttcaataacttaaaaaaaggcacaaagaatttgcatgtaattacatgtatatcaaaatagaggggggggggggcatgtgtacgtgcgcctacgtcccgagttaattcaggtacccgagcctgatca
gi|22 : TTTTA--T-----AA--CAGTTGTA--GATTGAAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GAGAAAG-CAG-AAT---C-TGCGATC-ATTTCAC--------T-T-T-AA---CTTA-Catagtattgtgcatatatatgataa
gi|23 : cctgacgaacttCAC--------T-A-T-AA---GTTA-CGGCTT-AC---TATT--T-----A--CG-ACA---ATT----A-TTG---AT-GAA--AACT----------AC--GA--GT-GTTCTAAG--------G-CT--GT-CA-TAA-GTGC-T-----CTC-AC--AT--C-CAatctaagac
gi|24 : G----TAG-A---CATAAAC---GCAAAAG-CAG-CAC---A-TGTGATA-GTATCAC--------T-AAA-AA---GTTG-CAA-TTTCT---GATT--T-----T--CT-AC------T----A-TTG---AT-CAT--AACTC-T-------AT--Gaagta
gi|3 : C--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTGgt
gi|30 : CATTTTGC-T-----AA-CCGATCGTA--GATCGTAAATT----TCG-A---C--AAAT---CTGAAcgtttgttatggaggcttcttgtctgcctttgaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaataaatgtaaaggcgttaacgtaatttattcacccttagtcttatatttccattgtctttatttattaaaaaaaagagggggtatctagaaatgtgcatgtaatgataaagatgcaaaatgtcaaaatgtgtgtgaagtaggcgggggtgtaactgctgagttaatttgaataccagagactgatcacat
gi|4 : ctgggggt-T-------AC--GA--GT-GTTCTG-G--------GGCT--GT-CT-TAA-GTTC-T-----CCT-AC--TT--G-CAC--AT-AAA--CGAAGAATATT-GCT-GTC-TTGAC-TGTCCCGT-C-TGAGAGT--A----TGTTTA-TTAT-ATT--G--------------------------------TGA-TTG---CTGT------TGTTACAATGT-GGACGGAGAAAACAATGAC-----TTGCAGTCTGCATTTGCACAt
gi|5 : CTGTTTCAC-T-----AA-ACAACCATA--GATCGTAAATG----TCT-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-CTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTT-C---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---TT-CG------TT-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-CT--GT-TG-CAA-GCAG-T-----CCC-AC--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTGatacctgtttgttattattgtgcccgtctgaacatagatttgaaattgatttttggtacgcacaagaatagaaatgtaagtgaaccaatgtactttgaaaaacttttcaggtattttcaaaaattgatttcaacgacc
gi|6 : gtACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GGTT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-GGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--AT-CG-TAA-GCTC-T-----CAT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--T-AGCAAGATG-GGT-GTC-ATGTC-TGCCCTGC-C-TGATATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----T-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--T-GTAAGAAGAAAACAATGACTTTTCTTACTGTCTGCATTTGCACAcgtttgttatggaggcttcttgtctgcctttgaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaat
gi|7 : T---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGTAAGTTTTGACACGA--T-GGAAAAAGAAAACAATGAATT---AC-CCGTCTGCATTTGCACA
gi|8 : C-T-----AATGCGATCGTATAGATC---AACGCGTTTAA-A---CGTAAACTATATTAACGCTAG-CAC---T-TACGACC-GTT-CAC--------T-A-A-AATGTATTA-CGACTCTGC---GATCGGT-----AACCGTACCTCTAGTCCTCA-CTA---ATTCGTTAAGCTC-TTTTCTTTGCCGGA--GTTGGTCCA-GCTTTGAACG-CG--GT--G-AAG-GCGC-T-------T-AC--GTTGGTCAT--GT-AAAA-TAAGCAAGATG-GCT-G-C-ATGTCGGGCCCTGCACATGAGATCATA----T-TCTGTTTGTGATT---T---------------------TTA----CTCTGAGCTGAGTCTGT------TGATAcgaatataatgcagtccgagcccgattacgaaattttaaaaagtgaccttctatcatatgcatatgaattactacttggcccaaataaatgtaacgtcgttgaattaattgcttatctattgtatttcaattttctttcattaacattaaaaaaaaaggcacatagaattttgtatacaattacatgtaaattaaaggggggggggtta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAACAAGTGGGGACCCCTCATCTATTCATTATGCATTACAACCACTTGGCCCAAAGAAAATTGCCTAACAGTTGTGTTGAATGATTGCTTACTCTTGTATTTTCAATTTTCTTTTCATTAATTCGTTACAGAAATAAAAAAGAAGGTATTCAATTAGAATAATGAAAAAAAGAATTGTTTAAAATAATATCAAGAAGAGTGGGGGACTAAATGTATTGCGACTGCGAAAGTTAATTTGCACAACCCGACCTGATCGCACTCTTTAC
Unaligned ( gi|16 ): CGCTTTACTCTTATATTTCAATTTTCTTTGATTAACCTTTAAATAAAAAGGTACATAGAATTGTGCATGTAATGACAAAGATGTAATATATCAATGGGGAGGGGGTGAAGGGAGCTGCATATATGCGCCTGCGGAGTTTATTCAGGTACCCGAGCCTGATCACCTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTTGCACACAAACATTGTGCAGTCAGAGGCTAAATACGAAATCATATAGAGTTTATTGTATATCAAGAGAAACGCCTTTCAGCCAAAATAAATGTAAATTAAGGCATAAATTAATCACTTTATTCATATTTCCATTATCATTTTTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATTTTATTTGTCTTTCTATCGTATATGAGATACCAGCTGGCCAAACTAAATGTAAATTGTTGAATTAATCGCTTTACTCTTATATTTTGATTTTCTTTTATTAACGTT
Unaligned ( gi|25 ): CATATATGGGCCTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCGAACTTGATCATCTTTACGATTAATTCATCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|26 ): ATAGTTTGTACCTGCCGAGCTAGTTTAGATATCCGAGCCTGATCACCTTTACGGTTAATTCACCTATTATCATTAT
Unaligned ( gi|27 ): ATGTGACTGCAGAGTTAATCCAGGCACCCGAGTCCGAACACCTTTACGATTAATTCACCTGTTACTACTATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): AATCAGTGCAAATGATTACTGAATCATCTAAATGATTACTGGAAAAAATACTGGGGACCGTTTCACTAAG
Unaligned ( gi|29 ): GCCCTGCGGAGTTAATTCAGTACCCGAACTTGATCACTTTACGATTAATTCATGCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|31 ): GCTCACATGTGTGCGCCTACTGTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCAAGCC
Unaligned ( gi|32 ): ATCGGTGTAAAACTAGAACCGGTATAAGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1111111 11111111 222222222222222222222 111111 22222222
lowQualScore : 3 99999 66 55 1 6666 3 555 555 3 3 77777 3 11111111 3 3 3 9999 3 2 555 44 88888 44 3 6666 7777 3 555 3 44 3 0000000 44 44 3 0 3 22222222 3 44 3 3 33 3 77777 2 33 33 2 33 2 8888 3 3 33 3 2 2 33 6666 2 5 2 44 444444444444444444444 9999 3 3 1 000000 1 66 4 999 22222222
lowQualScore : . ..... .. .. . .... . ... ... . . ..... . ........ . . . .... . . ... .. ..... .. . .... .... . ... . .. . ....... .. .. . . . ........ . .. . . .. . ..... . .. .. . .. . .... . . .. . . . .. .... . . . .. ..................... .... . . . ...... . .. . ... ........
lowQualScore : 6 11111 55 00 2 5555 1 444 444 3 3 00000 3 22222222 1 1 1 3333 1 7 888 66 33333 66 3 2222 1111 3 888 3 66 1 0000000 22 66 3 4 3 11111111 3 66 3 3 44 3 77777 9 77 77 7 99 9 9999 1 1 88 1 9 9 99 1111 9 7 9 22 333333333333333333333 6666 3 3 1 555555 9 11 4 111 66666666
consensus : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
Reference ( family-1241 ) : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
gi|1 : ACCGTTTCGC-T-----AA-----TCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGCACG-CAG-CAC---C-TACGACC-GCTTCACAAGTACTAT-A-G-AA-----TA-CGACTT-GC---AATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AT--GA--GT-GGTCCA-G--------T-CT--TT-CG-TTA-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GAT-GCT-ATATC-GGCCCTGC-C-TGACATC--C----T-CTTG-TTGT-ATT--ATGCCTGATATCCTTTTGTTGTATTATTTAC-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGGTAAGTAGTAAACAATGACTT---TT-CTGTCTGCATTTGCACA
gi|10 : ga-----CCT-AC--GT--G-TAT--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GGT-GTC-ATATC-TGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGTAGAAAACAATGAC-T---CTGCTATCTGTATTTGCAcaaatattatgcaatccgagcccgattacgaaattttatttaaagagtccttctatcatatgcatacgaattaccatt
gi|11 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GA---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACGC-T-------AC--GA--GT-GATCTA-G--------G-CT--GA-CA-TCG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GCT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--C----T-TTTG-TTGC-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGgacgaatattattcagaccgagcccatgtatgaaattttgtctaaaatgtgtccttctatcttataaaacactagttggccaaaataaaatcaaaggcgttgaattaatcgctttactcttatattt
gi|12 : gggACCGTTTCACCT-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-GACGCGTAAAC---ATGA-CG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-AGAA---GTTAACGGCTT-GC---GATT--T-----A--CG-GCC---AAA----AATCG---AT-CGT--AACT----------AC--GAACGT-GATCCT-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGCGT-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAAACCAAGCAAGATGTGCT-GCT-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------ATA----
gi|13 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-C-C---T-TACG-CC-GTTTC-C--------TAA-A-AA---GTTA-CGACGTTGTCTAGTTT--T-----A--CG-ACC---AAA----A-TCAGGTGT-CGT--AACTC-T-------AC---A--GT-GGTCCT-G--------G-CTAGATACGCTAT-GCGC-CTACAGTCT-ACATGT--G-CACCTGTAAAA--CAAGCatat
gi|14 : ACCGTTTCAC-TTTAGTAA-GCGATCGTA---------AACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-TAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-TT--GA-CG-TAG-GTGC-T-----CCT-TA--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--A----T-TTTG-TTGT-ATcaatgaacgtgctaatggggctcgggccttagat
gi|15 : ggGTAAACG----TGG-G---CATATAC---GGAAACG-TAG-CAC---A-TGCTAC---TTTTAC------------A-AA-------------TCGT---GATC--T-----G--CG-ACC---AAT----A-TTA---AT-AGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCAA-T--------G-GT--GT-CG-TAA-GTGA-T-----TCT-AC--GT--C-CAC--GT-AAA--CGAGCAATGTC-GCT-GCC-AAG-C-GCTTCT-C-C-CGGGAAC--A----T-ATTG-CGGT-AGT--AT---------------------T
gi|18 : ACTGATTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCG-GAACG----TAGCA---GGTTATC---ATGAACG-CAATCACACGTGTACGGCTAATTTCAC--------T-A-A-AAG--GTTA-CAAACTTGC---GATT--TTTTTAA--CG-AC-----AT----T-TCG---AC-CTT--AACTCAT-------AC--GA--GT-gaact
gi|19 : gg-G--------G-CT--GT-CG-TAGCGCGC-T-----CCTCAC--GT--G-CAC--GT-AAC--C-AGCAAGATG-GCTCGCTTATGTC-GGCCCTTG-C-TGAGATT--ACTTCT-CTCGCTTGT-ATTAAAT---------------------TTAC---C-CTGA-CTGCGCTCGT------TGa
gi|2 : -AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT--TGTC-GGCCCTGT-T-TGATATC--A----T-TTTG-TTCT-TTT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACAA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAC-T---TTGCTGTCTGCATTTGCACAcc
gi|20 : GCCCTGT-C-TGAAAAT--A----T-TTTG---GT-AAT--GG---------------------TT--------TCA-GTGAAATTGT------TGACAATG--TGG-AGGAAGAAAACAATGACTT---T--CAGTCTGCATTTG-ACAcgaatataatgcagtccgagcccgattatgaaattttatttggtacttagccaaaataaatgtaaagtcgttgaattaattgcttatctcttgtatttcaattttctttcaataacttaaaaaaaggcacaaagaatttgcatgtaattacatgtatatcaaaatagaggggggggggggcatgtgtacgtgcgcctacgtcccgagttaattcaggtacccgagcctgatca
gi|22 : TTTTA--T-----AA--CAGTTGTA--GATTGAAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GAGAAAG-CAG-AAT---C-TGCGATC-ATTTCAC--------T-T-T-AA---CTTA-Catagtattgtgcatatatatgataa
gi|23 : cctgacgaacttCAC--------T-A-T-AA---GTTA-CGGCTT-AC---TATT--T-----A--CG-ACA---ATT----A-TTG---AT-GAA--AACT----------AC--GA--GT-GTTCTAAG--------G-CT--GT-CA-TAA-GTGC-T-----CTC-AC--AT--C-CAatctaagac
gi|24 : G----TAG-A---CATAAAC---GCAAAAG-CAG-CAC---A-TGTGATA-GTATCAC--------T-AAA-AA---GTTG-CAA-TTTCT---GATT--T-----T--CT-AC------T----A-TTG---AT-CAT--AACTC-T-------AT--Gaagta
gi|3 : C--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGgt
gi|30 : CATTTTGC-T-----AA-CCGATCGTA--GATCGTAAATT----TCG-A---C--AAAT---CTGAAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaataaatgtaaaggcgttaacgtaatttattcacccttagtcttatatttccattgtctttatttattaaaaaaaagagggggtatctagaaatgtgcatgtaatgataaagatgcaaaatgtcaaaatgtgtgtgaagtaggcgggggtgtaactgctgagttaatttgaataccagagactgatcacat
gi|4 : ctgggggt-T-------AC--GA--GT-GTTCTG-G--------GGCT--GT-CT-TAA-GTTC-T-----CCT-AC--TT--G-CAC--AT-AAA--CGAAGAATATT-GCT-GTC-TTGAC-TGTCCCGT-C-TGAGAGT--A----TGTTTA-TTAT-ATT--G--------------------------------TGA-TTG---CTGT------TGTTACAATGTGG-ACGGAGAAAACAATGAC-----TTGCAGTCTGCATTTGCACAt
gi|5 : CTGTTTCAC-T-----AA-ACAACCATA--GATCGTAAATG----TCT-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-CTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTT-C---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---TT-CG------TT-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-CT--GT-TG-CAA-GCAG-T-----CCC-AC--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGatacctgtttgttattattgtgcccgtctgaacatagatttgaaattgatttttggtacgcacaagaatagaaatgtaagtgaaccaatgtactttgaaaaacttttcaggtattttcaaaaattgatttcaacgacc
gi|6 : gtACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GGTT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-GGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--AT-CG-TAA-GCTC-T-----CAT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--T-AGCAAGATG-GGT-GTC-ATGTC-TGCCCTGC-C-TGATATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----T-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGT-AAGAAGAAAACAATGACTTTTCTTACTGTCTGCATTTGCACAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaat
gi|7 : T---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGTAAGTTTTGACACGA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAATT---AC-CCGTCTGCATTTGCACA
gi|8 : C-T-----AATGCGATCGTATAGATC---AACGCGTTTAA-A---CGTAAACTATATTAACGCTAG-CAC---T-TACGACC-GTT-CAC--------T-A-A-AATGTATTA-CGACTCTGC---GATCGGT-----AACCGTACCTCTAGTCCTCA-CTA---ATTCGTTAAGCTC-TTTTCTTTGCCGGA--GTTGGTCCA-GCTTTGAACG-CG--GT--G-AAG-GCGC-T-------T-AC--GTTGGTCAT--GT-AAAA-TAAGCAAGATG-GCT-G-C-ATGTCGGGCCCTGCACATGAGATCATA----T-TCTGTTTGTGATT---T---------------------TTA----CTCTGAGCTGAGTCTGT------TGATAcgaatataatgcagtccgagcccgattacgaaattttaaaaagtgaccttctatcatatgcatatgaattactacttggcccaaataaatgtaacgtcgttgaattaattgcttatctattgtatttcaattttctttcattaacattaaaaaaaaaggcacatagaattttgtatacaattacatgtaaattaaaggggggggggtta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAACAAGTGGGGACCCCTCATCTATTCATTATGCATTACAACCACTTGGCCCAAAGAAAATTGCCTAACAGTTGTGTTGAATGATTGCTTACTCTTGTATTTTCAATTTTCTTTTCATTAATTCGTTACAGAAATAAAAAAGAAGGTATTCAATTAGAATAATGAAAAAAAGAATTGTTTAAAATAATATCAAGAAGAGTGGGGGACTAAATGTATTGCGACTGCGAAAGTTAATTTGCACAACCCGACCTGATCGCACTCTTTAC
Unaligned ( gi|16 ): CGCTTTACTCTTATATTTCAATTTTCTTTGATTAACCTTTAAATAAAAAGGTACATAGAATTGTGCATGTAATGACAAAGATGTAATATATCAATGGGGAGGGGGTGAAGGGAGCTGCATATATGCGCCTGCGGAGTTTATTCAGGTACCCGAGCCTGATCACCTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTTGCACACAAACATTGTGCAGTCAGAGGCTAAATACGAAATCATATAGAGTTTATTGTATATCAAGAGAAACGCCTTTCAGCCAAAATAAATGTAAATTAAGGCATAAATTAATCACTTTATTCATATTTCCATTATCATTTTTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATTTTATTTGTCTTTCTATCGTATATGAGATACCAGCTGGCCAAACTAAATGTAAATTGTTGAATTAATCGCTTTACTCTTATATTTTGATTTTCTTTTATTAACGTT
Unaligned ( gi|25 ): CATATATGGGCCTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCGAACTTGATCATCTTTACGATTAATTCATCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|26 ): ATAGTTTGTACCTGCCGAGCTAGTTTAGATATCCGAGCCTGATCACCTTTACGGTTAATTCACCTATTATCATTAT
Unaligned ( gi|27 ): ATGTGACTGCAGAGTTAATCCAGGCACCCGAGTCCGAACACCTTTACGATTAATTCACCTGTTACTACTATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): AATCAGTGCAAATGATTACTGAATCATCTAAATGATTACTGGAAAAAATACTGGGGACCGTTTCACTAAG
Unaligned ( gi|29 ): GCCCTGCGGAGTTAATTCAGTACCCGAACTTGATCACTTTACGATTAATTCATGCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|31 ): GCTCACATGTGTGCGCCTACTGTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCAAGCC
Unaligned ( gi|32 ): ATCGGTGTAAAACTAGAACCGGTATAAGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1111111 11111111 222222222222222222222 111111 22222222
lowQualScore : 3 99999 66 55 1 6666 3 555 555 3 3 77777 3 11111111 3 3 3 9999 3 2 555 44 88888 44 3 6666 7777 3 555 3 44 3 0000000 44 44 3 0 3 22222222 3 44 3 3 33 3 77777 2 33 33 2 33 2 8888 3 3 33 3 2 2 33 6666 2 5 2 44 444444444444444444444 9999 3 3 1 000000 1 66 4 999 22222222
lowQualScore : . ..... .. .. . .... . ... ... . . ..... . ........ . . . .... . . ... .. ..... .. . .... .... . ... . .. . ....... .. .. . . . ........ . .. . . .. . ..... . .. .. . .. . .... . . .. . . . .. .... . . . .. ..................... .... . . . ...... . .. . ... ........
lowQualScore : 6 11111 55 00 2 5555 1 444 444 3 3 00000 3 22222222 1 1 1 3333 1 7 888 66 33333 66 3 2222 1111 3 888 3 66 1 0000000 22 66 3 4 3 11111111 3 66 3 3 44 3 77777 9 77 77 7 99 9 9999 1 1 88 1 9 9 99 1111 9 7 9 22 333333333333333333333 6666 3 3 1 555555 9 11 4 111 66666666
consensus : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
Reference ( family-1241 ) : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
gi|1 : ACCGTTTCGC-T-----AA-----TCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGCACG-CAG-CAC---C-TACGACC-GCTTCACAAGTACTAT-A-G-AA-----TA-CGACTT-GC---AATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AT--GA--GT-GGTCCA-G--------T-CT--TT-CG-TTA-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GAT-GCT-ATATC-GGCCCTGC-C-TGACATC--C----T-CTTG-TTGT-ATT--ATGCCTGATATCCTTTTGTTGTATTATTTAC-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGGTAAGTAGTAAACAATGACTT---TT-CTGTCTGCATTTGCACA
gi|10 : ga-----CCT-AC--GT--G-TAT--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GGT-GTC-ATATC-TGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGTAGAAAACAATGAC-T---CTGCTATCTGTATTTGCAcaaatattatgcaatccgagcccgattacgaaattttatttaaagagtccttctatcatatgcatacgaattaccatt
gi|11 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GA---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACGC-T-------AC--GA--GT-GATCTA-G--------G-CT--GA-CA-TCG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GCT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--C----T-TTTG-TTGC-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGgacgaatattattcagaccgagcccatgtatgaaattttgtctaaaatgtgtccttctatcttataaaacactagttggccaaaataaaatcaaaggcgttgaattaatcgctttactcttatattt
gi|12 : gggACCGTTTCACCT-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-GACGCGTAAAC---ATGA-CG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-AGAA---GTTAACGGCTT-GC---GATT--T-----A--CG-GCC---AAA----AATCG---AT-CGT--AACT----------AC--GAACGT-GATCCT-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGCGT-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAAACCAAGCAAGATGTGCT-GCT-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------ATA----
gi|13 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-C-C---T-TACG-CC-GTTTC-C--------TAA-A-AA---GTTA-CGACGTTGTCTAGTTT--T-----A--CG-ACC---AAA----A-TCAGGTGT-CGT--AACTC-T-------AC---A--GT-GGTCCT-G--------G-CTAGATACGCTAT-GCGC-CTACAGTCT-ACATGT--G-CACCTGTAAAA--CAAGCatat
gi|14 : ACCGTTTCAC-TTTAGTAA-GCGATCGTA---------AACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-TAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-TT--GA-CG-TAG-GTGC-T-----CCT-TA--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--A----T-TTTG-TTGT-ATcaatgaacgtgctaatggggctcgggccttagat
gi|15 : ggGTAAACG----TGG-G---CATATAC---GGAAACG-TAG-CAC---A-TGCTAC---TTTTAC------------A-AA-------------TCGT---GATC--T-----G--CG-ACC---AAT----A-TTA---AT-AGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCAA-T--------G-GT--GT-CG-TAA-GTGA-T-----TCT-AC--GT--C-CAC--GT-AAA--CGAGCAATGTC-GCT-GCC-AAG-C-GCTTCT-C-C-CGGGAAC--A----T-ATTG-CGGT-AGT--AT---------------------T
gi|18 : ACTGATTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCG-GAACG----TAGCA---GGTTATC---ATGAACG-CAATCACACGTGTACGGCTAATTTCAC--------T-A-A-AAG--GTTA-CAAACTTGC---GATT--TTTTTAA--CG-AC-----AT----T-TCG---AC-CTT--AACTCAT-------AC--GA--GT-gaact
gi|19 : gg-G--------G-CT--GT-CG-TAGCGCGC-T-----CCTCAC--GT--G-CAC--GT-AAC--C-AGCAAGATG-GCTCGCTTATGTC-GGCCCTTG-C-TGAGATT--ACTTCT-CTCGCTTGT-ATTAAAT---------------------TTAC---C-CTGA-CTGCGCTCGT------TGa
gi|2 : -AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT--TGTC-GGCCCTGT-T-TGATATC--A----T-TTTG-TTCT-TTT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACAA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAC-T---TTGCTGTCTGCATTTGCACAcc
gi|20 : GCCCTGT-C-TGAAAAT--A----T-TTTG---GT-AAT--GG---------------------TT--------TCA-GTGAAATTGT------TGACAATG--TGG-AGGAAGAAAACAATGACTT---T--CAGTCTGCATTTG-ACAcgaatataatgcagtccgagcccgattatgaaattttatttggtacttagccaaaataaatgtaaagtcgttgaattaattgcttatctcttgtatttcaattttctttcaataacttaaaaaaaggcacaaagaatttgcatgtaattacatgtatatcaaaatagaggggggggggggcatgtgtacgtgcgcctacgtcccgagttaattcaggtacccgagcctgatca
gi|22 : TTTTA--T-----AA--CAGTTGTA--GATTGAAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GAGAAAG-CAG-AAT---C-TGCGATC-ATTTCAC--------T-T-T-AA---CTTA-Catagtattgtgcatatatatgataa
gi|23 : cctgacgaacttCAC--------T-A-T-AA---GTTA-CGGCTT-AC---TATT--T-----A--CG-ACA---ATT----A-TTG---AT-GAA--AACT----------AC--GA--GT-GTTCTAAG--------G-CT--GT-CA-TAA-GTGC-T-----CTC-AC--AT--C-CAatctaagac
gi|24 : G----TAG-A---CATAAAC---GCAAAAG-CAG-CAC---A-TGTGATA-GTATCAC--------T-AAA-AA---GTTG-CAA-TTTCT---GATT--T-----T--CT-AC------T----A-TTG---AT-CAT--AACTC-T-------AT--Gaagta
gi|3 : C--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGgt
gi|30 : CATTTTGC-T-----AA-CCGATCGTA--GATCGTAAATT----TCG-A---C--AAAT---CTGAAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaataaatgtaaaggcgttaacgtaatttattcacccttagtcttatatttccattgtctttatttattaaaaaaaagagggggtatctagaaatgtgcatgtaatgataaagatgcaaaatgtcaaaatgtgtgtgaagtaggcgggggtgtaactgctgagttaatttgaataccagagactgatcacat
gi|4 : ctgggggt-T-------AC--GA--GT-GTTCTG-G--------GGCT--GT-CT-TAA-GTTC-T-----CCT-AC--TT--G-CAC--AT-AAA--CGAAGAATATT-GCT-GTC-TTGAC-TGTCCCGT-C-TGAGAGT--A----TGTTTA-TTAT-ATT--G--------------------------------TGA-TTG---CTGT------TGTTACAATGTGG-ACGGAGAAAACAATGAC-----TTGCAGTCTGCATTTGCACAt
gi|5 : CTGTTTCAC-T-----AA-ACAACCATA--GATCGTAAATG----TCT-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-CTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTT-C---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---TT-CG------TT-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-CT--GT-TG-CAA-GCAG-T-----CCC-AC--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGatacctgtttgttattattgtgcccgtctgaacatagatttgaaattgatttttggtacgcacaagaatagaaatgtaagtgaaccaatgtactttgaaaaacttttcaggtattttcaaaaattgatttcaacgacc
gi|6 : gtACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GGTT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-GGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--AT-CG-TAA-GCTC-T-----CAT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--T-AGCAAGATG-GGT-GTC-ATGTC-TGCCCTGC-C-TGATATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----T-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGT-AAGAAGAAAACAATGACTTTTCTTACTGTCTGCATTTGCACAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaat
gi|7 : T---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGTAAGTTTTGACACGA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAATT---AC-CCGTCTGCATTTGCACA
gi|8 : C-T-----AATGCGATCGTATAGATC---AACGCGTTTAA-A---CGTAAACTATATTAACGCTAG-CAC---T-TACGACC-GTT-CAC--------T-A-A-AATGTATTA-CGACTCTGC---GATCGGT-----AACCGTACCTCTAGTCCTCA-CTA---ATTCGTTAAGCTC-TTTTCTTTGCCGGA--GTTGGTCCA-GCTTTGAACG-CG--GT--G-AAG-GCGC-T-------T-AC--GTTGGTCAT--GT-AAAA-TAAGCAAGATG-GCT-G-C-ATGTCGGGCCCTGCACATGAGATCATA----T-TCTGTTTGTGATT---T---------------------TTA----CTCTGAGCTGAGTCTGT------TGATAcgaatataatgcagtccgagcccgattacgaaattttaaaaagtgaccttctatcatatgcatatgaattactacttggcccaaataaatgtaacgtcgttgaattaattgcttatctattgtatttcaattttctttcattaacattaaaaaaaaaggcacatagaattttgtatacaattacatgtaaattaaaggggggggggtta
blockSeqs : C TTAGT TG TA T CGTT C ACG TAT C T ACGTG A . A A G TGTA A T CTA GG TTTTA AC T CTCT CCTC A GGT T TA A TTTCTTT CG AC T A CTTTGAAC G AG A C GC G TACAG C AT TG T CT A ACCA T C TA G A A AT CTTC G C G AA . C T G A AAGTTT G TG . AGT TTTTCTTA
blockSeqs : . . G . T . . . . . . T . . . . . GG . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . ATA . . A . . . . . . T . . . . . . A . A . . AAA TCTG
blockSeqs : . . G . T . . . . . . T . . . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CA . . T . . . . . . . . . . . . . C . T . . GGA TTTG
blockSeqs : . . G . T . . . . . . T . . . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . CA . . A . . . . . . . . . . . . . A . A . . CGG TTCT
blockSeqs : . . G . A . . . . . . T . . . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . CA . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . AGA TTCT
blockSeqs : . . G . T . . . . . . A . . . . . G . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CA . . A . . . . . . . . . . . . . A . G . . AAA TTAC
blockSeqs : . . C . T . . . . . . C . . . . . C . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CG . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTT
blockSeqs : . . A . T . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CA . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTG
blockSeqs : . . G . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AG . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CG . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . AG . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G* ******** G*** ********************* ****
originalCons : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
finalCons : ACCGTTTCAC-T-----AAG-CGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AAG---TTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAACAAGTGGGGACCCCTCATCTATTCATTATGCATTACAACCACTTGGCCCAAAGAAAATTGCCTAACAGTTGTGTTGAATGATTGCTTACTCTTGTATTTTCAATTTTCTTTTCATTAATTCGTTACAGAAATAAAAAAGAAGGTATTCAATTAGAATAATGAAAAAAAGAATTGTTTAAAATAATATCAAGAAGAGTGGGGGACTAAATGTATTGCGACTGCGAAAGTTAATTTGCACAACCCGACCTGATCGCACTCTTTAC
Unaligned ( gi|16 ): CGCTTTACTCTTATATTTCAATTTTCTTTGATTAACCTTTAAATAAAAAGGTACATAGAATTGTGCATGTAATGACAAAGATGTAATATATCAATGGGGAGGGGGTGAAGGGAGCTGCATATATGCGCCTGCGGAGTTTATTCAGGTACCCGAGCCTGATCACCTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTTGCACACAAACATTGTGCAGTCAGAGGCTAAATACGAAATCATATAGAGTTTATTGTATATCAAGAGAAACGCCTTTCAGCCAAAATAAATGTAAATTAAGGCATAAATTAATCACTTTATTCATATTTCCATTATCATTTTTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATTTTATTTGTCTTTCTATCGTATATGAGATACCAGCTGGCCAAACTAAATGTAAATTGTTGAATTAATCGCTTTACTCTTATATTTTGATTTTCTTTTATTAACGTT
Unaligned ( gi|25 ): CATATATGGGCCTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCGAACTTGATCATCTTTACGATTAATTCATCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|26 ): ATAGTTTGTACCTGCCGAGCTAGTTTAGATATCCGAGCCTGATCACCTTTACGGTTAATTCACCTATTATCATTAT
Unaligned ( gi|27 ): ATGTGACTGCAGAGTTAATCCAGGCACCCGAGTCCGAACACCTTTACGATTAATTCACCTGTTACTACTATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): AATCAGTGCAAATGATTACTGAATCATCTAAATGATTACTGGAAAAAATACTGGGGACCGTTTCACTAAG
Unaligned ( gi|29 ): GCCCTGCGGAGTTAATTCAGTACCCGAACTTGATCACTTTACGATTAATTCATGCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|31 ): GCTCACATGTGTGCGCCTACTGTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCAAGCC
Unaligned ( gi|32 ): ATCGGTGTAAAACTAGAACCGGTATAAGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1111111 11111111 222222222222222222222 111111 22222222
lowQualScore : 3 99999 66 55 1 6666 3 555 555 3 3 77777 3 11111111 3 3 3 9999 3 2 555 44 88888 44 3 6666 7777 3 555 3 44 3 0000000 44 44 3 0 3 22222222 3 44 3 3 33 3 77777 2 33 33 2 33 2 8888 3 3 33 3 2 2 33 6666 2 5 2 44 444444444444444444444 9999 3 3 1 000000 1 66 4 999 22222222
lowQualScore : . ..... .. .. . .... . ... ... . . ..... . ........ . . . .... . . ... .. ..... .. . .... .... . ... . .. . ....... .. .. . . . ........ . .. . . .. . ..... . .. .. . .. . .... . . .. . . . .. .... . . . .. ..................... .... . . . ...... . .. . ... ........
lowQualScore : 6 11111 55 00 2 5555 1 444 444 3 3 00000 3 22222222 1 1 1 3333 1 7 888 66 33333 66 3 2222 1111 3 888 3 66 1 0000000 22 66 3 4 3 11111111 3 66 3 3 44 3 77777 9 77 77 7 99 9 9999 1 1 88 1 9 9 99 1111 9 7 9 22 333333333333333333333 6666 3 3 1 555555 9 11 4 111 66666666
consensus : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
Reference ( family-1241 ) : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CGAGCAAGATG-GCT-GCC-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGAAGAAAACAATGACTT---TTGCTGTCTGCATTTGCACA
gi|1 : ACCGTTTCGC-T-----AA-----TCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGCACG-CAG-CAC---C-TACGACC-GCTTCACAAGTACTAT-A-G-AA-----TA-CGACTT-GC---AATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AT--GA--GT-GGTCCA-G--------T-CT--TT-CG-TTA-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GAT-GCT-ATATC-GGCCCTGC-C-TGACATC--C----T-CTTG-TTGT-ATT--ATGCCTGATATCCTTTTGTTGTATTATTTAC-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGGTAAGTAGTAAACAATGACTT---TT-CTGTCTGCATTTGCACA
gi|10 : ga-----CCT-AC--GT--G-TAT--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GGT-GTC-ATATC-TGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGG-AAGTAGAAAACAATGAC-T---CTGCTATCTGTATTTGCAcaaatattatgcaatccgagcccgattacgaaattttatttaaagagtccttctatcatatgcatacgaattaccatt
gi|11 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GA---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACGC-T-------AC--GA--GT-GATCTA-G--------G-CT--GA-CA-TCG-GCGC-T-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GCT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--C----T-TTTG-TTGC-ATT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGgacgaatattattcagaccgagcccatgtatgaaattttgtctaaaatgtgtccttctatcttataaaacactagttggccaaaataaaatcaaaggcgttgaattaatcgctttactcttatattt
gi|12 : gggACCGTTTCACCT-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-GACGCGTAAAC---ATGA-CG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-AGAA---GTTAACGGCTT-GC---GATT--T-----A--CG-GCC---AAA----AATCG---AT-CGT--AACT----------AC--GAACGT-GATCCT-G--------G-CT--GT-CG-TAG-GCGCGT-----CCT-AC--GT--G-CAC--GT-AAAACCAAGCAAGATGTGCT-GCT-ATGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------ATA----
gi|13 : ACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCGTAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-C-C---T-TACG-CC-GTTTC-C--------TAA-A-AA---GTTA-CGACGTTGTCTAGTTT--T-----A--CG-ACC---AAA----A-TCAGGTGT-CGT--AACTC-T-------AC---A--GT-GGTCCT-G--------G-CTAGATACGCTAT-GCGC-CTACAGTCT-ACATGT--G-CACCTGTAAAA--CAAGCatat
gi|14 : ACCGTTTCAC-TTTAGTAA-GCGATCGTA---------AACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-TAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTT-GC---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-CGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-TT--GA-CG-TAG-GTGC-T-----CCT-TA--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT-TTGTC-GGCCCTGC-C-TGAGATT--A----T-TTTG-TTGT-ATcaatgaacgtgctaatggggctcgggccttagat
gi|15 : ggGTAAACG----TGG-G---CATATAC---GGAAACG-TAG-CAC---A-TGCTAC---TTTTAC------------A-AA-------------TCGT---GATC--T-----G--CG-ACC---AAT----A-TTA---AT-AGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCAA-T--------G-GT--GT-CG-TAA-GTGA-T-----TCT-AC--GT--C-CAC--GT-AAA--CGAGCAATGTC-GCT-GCC-AAG-C-GCTTCT-C-C-CGGGAAC--A----T-ATTG-CGGT-AGT--AT---------------------T
gi|18 : ACTGATTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCG-GAACG----TAGCA---GGTTATC---ATGAACG-CAATCACACGTGTACGGCTAATTTCAC--------T-A-A-AAG--GTTA-CAAACTTGC---GATT--TTTTTAA--CG-AC-----AT----T-TCG---AC-CTT--AACTCAT-------AC--GA--GT-gaact
gi|19 : gg-G--------G-CT--GT-CG-TAGCGCGC-T-----CCTCAC--GT--G-CAC--GT-AAC--C-AGCAAGATG-GCTCGCTTATGTC-GGCCCTTG-C-TGAGATT--ACTTCT-CTCGCTTGT-ATTAAAT---------------------TTAC---C-CTGA-CTGCGCTCGT------TGa
gi|2 : -AC--GT--G-CAC--GT-AAA--CAAGCAAGATG-GCT-GTT--TGTC-GGCCCTGT-T-TGATATC--A----T-TTTG-TTCT-TTT--AT---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACAA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAC-T---TTGCTGTCTGCATTTGCACAcc
gi|20 : GCCCTGT-C-TGAAAAT--A----T-TTTG---GT-AAT--GG---------------------TT--------TCA-GTGAAATTGT------TGACAATG--TGG-AGGAAGAAAACAATGACTT---T--CAGTCTGCATTTG-ACAcgaatataatgcagtccgagcccgattatgaaattttatttggtacttagccaaaataaatgtaaagtcgttgaattaattgcttatctcttgtatttcaattttctttcaataacttaaaaaaaggcacaaagaatttgcatgtaattacatgtatatcaaaatagaggggggggggggcatgtgtacgtgcgcctacgtcccgagttaattcaggtacccgagcctgatca
gi|22 : TTTTA--T-----AA--CAGTTGTA--GATTGAAAACG----TAG-A---CGTAAAC---GAGAAAG-CAG-AAT---C-TGCGATC-ATTTCAC--------T-T-T-AA---CTTA-Catagtattgtgcatatatatgataa
gi|23 : cctgacgaacttCAC--------T-A-T-AA---GTTA-CGGCTT-AC---TATT--T-----A--CG-ACA---ATT----A-TTG---AT-GAA--AACT----------AC--GA--GT-GTTCTAAG--------G-CT--GT-CA-TAA-GTGC-T-----CTC-AC--AT--C-CAatctaagac
gi|24 : G----TAG-A---CATAAAC---GCAAAAG-CAG-CAC---A-TGTGATA-GTATCAC--------T-AAA-AA---GTTG-CAA-TTTCT---GATT--T-----T--CT-AC------T----A-TTG---AT-CAT--AACTC-T-------AT--Gaagta
gi|3 : C--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGgt
gi|30 : CATTTTGC-T-----AA-CCGATCGTA--GATCGTAAATT----TCG-A---C--AAAT---CTGAAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaataaatgtaaaggcgttaacgtaatttattcacccttagtcttatatttccattgtctttatttattaaaaaaaagagggggtatctagaaatgtgcatgtaatgataaagatgcaaaatgtcaaaatgtgtgtgaagtaggcgggggtgtaactgctgagttaatttgaataccagagactgatcacat
gi|4 : ctgggggt-T-------AC--GA--GT-GTTCTG-G--------GGCT--GT-CT-TAA-GTTC-T-----CCT-AC--TT--G-CAC--AT-AAA--CGAAGAATATT-GCT-GTC-TTGAC-TGTCCCGT-C-TGAGAGT--A----TGTTTA-TTAT-ATT--G--------------------------------TGA-TTG---CTGT------TGTTACAATGTGG-ACGGAGAAAACAATGAC-----TTGCAGTCTGCATTTGCACAt
gi|5 : CTGTTTCAC-T-----AA-ACAACCATA--GATCGTAAATG----TCT-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-CTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTT-C---GATT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---TT-CG------TT-T-------AC--GA--GT-GATCCA-G--------G-CT--GT-TG-CAA-GCAG-T-----CCC-AC--GT--G-CAC--GT-ACA--AGAGCAAGATA-AGT-GCC-ATTT------CTGC-C-TGAGATC--A----T-TTTC-TTGT-AGA--AT---------------------GTA----C-TTG--C---GTTTGT------T------A--TGG-A-------------GGCTT---CT--TGTCTGCCTTTGatacctgtttgttattattgtgcccgtctgaacatagatttgaaattgatttttggtacgcacaagaatagaaatgtaagtgaaccaatgtactttgaaaaacttttcaggtattttcaaaaattgatttcaacgacc
gi|6 : gtACCGTTTCAC-T-----AA-GCGATCGTA--GATCATAAACG----TAG-A---CGTAAAC---ATGAACG-TAG-CAC---T-TACGACC-GTTTCAC--------T-A-A-AA---GTTA-CGACTTTGC---GGTT--T-----A--CG-ACC---AAT----A-TCG---AT-GGT--AACTC-T-------AC--GA--GT-GGTCCA-G--------G-CT--AT-CG-TAA-GCTC-T-----CAT-AC--GT--G-CAC--GT-AAA--T-AGCAAGATG-GGT-GTC-ATGTC-TGCCCTGC-C-TGATATC--A----T-TTTG-TTGT-ATT--AT---------------------TTA----T-CTGA-CTGAGTCTGT------TGACACGA--TGT-AAGAAGAAAACAATGACTTTTCTTACTGTCTGCATTTGCACAaatacgaatattgtgcagtcagaacccgaacaccagtcgtacaaaat
gi|7 : T---------------------TTA----C-CTGA-CTGAGTCTGTAAGTTTTGACACGA--TGG-AAAAAGAAAACAATGAATT---AC-CCGTCTGCATTTGCACA
gi|8 : C-T-----AATGCGATCGTATAGATC---AACGCGTTTAA-A---CGTAAACTATATTAACGCTAG-CAC---T-TACGACC-GTT-CAC--------T-A-A-AATGTATTA-CGACTCTGC---GATCGGT-----AACCGTACCTCTAGTCCTCA-CTA---ATTCGTTAAGCTC-TTTTCTTTGCCGGA--GTTGGTCCA-GCTTTGAACG-CG--GT--G-AAG-GCGC-T-------T-AC--GTTGGTCAT--GT-AAAA-TAAGCAAGATG-GCT-G-C-ATGTCGGGCCCTGCACATGAGATCATA----T-TCTGTTTGTGATT---T---------------------TTA----CTCTGAGCTGAGTCTGT------TGATAcgaatataatgcagtccgagcccgattacgaaattttaaaaagtgaccttctatcatatgcatatgaattactacttggcccaaataaatgtaacgtcgttgaattaattgcttatctattgtatttcaattttctttcattaacattaaaaaaaaaggcacatagaattttgtatacaattacatgtaaattaaaggggggggggtta
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TTTAACAAGTGGGGACCCCTCATCTATTCATTATGCATTACAACCACTTGGCCCAAAGAAAATTGCCTAACAGTTGTGTTGAATGATTGCTTACTCTTGTATTTTCAATTTTCTTTTCATTAATTCGTTACAGAAATAAAAAAGAAGGTATTCAATTAGAATAATGAAAAAAAGAATTGTTTAAAATAATATCAAGAAGAGTGGGGGACTAAATGTATTGCGACTGCGAAAGTTAATTTGCACAACCCGACCTGATCGCACTCTTTAC
Unaligned ( gi|16 ): CGCTTTACTCTTATATTTCAATTTTCTTTGATTAACCTTTAAATAAAAAGGTACATAGAATTGTGCATGTAATGACAAAGATGTAATATATCAATGGGGAGGGGGTGAAGGGAGCTGCATATATGCGCCTGCGGAGTTTATTCAGGTACCCGAGCCTGATCACCTTT
Unaligned ( gi|17 ): ATTTGCACACAAACATTGTGCAGTCAGAGGCTAAATACGAAATCATATAGAGTTTATTGTATATCAAGAGAAACGCCTTTCAGCCAAAATAAATGTAAATTAAGGCATAAATTAATCACTTTATTCATATTTCCATTATCATTTTTAA
Unaligned ( gi|21 ): AATTTTATTTGTCTTTCTATCGTATATGAGATACCAGCTGGCCAAACTAAATGTAAATTGTTGAATTAATCGCTTTACTCTTATATTTTGATTTTCTTTTATTAACGTT
Unaligned ( gi|25 ): CATATATGGGCCTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCGAACTTGATCATCTTTACGATTAATTCATCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|26 ): ATAGTTTGTACCTGCCGAGCTAGTTTAGATATCCGAGCCTGATCACCTTTACGGTTAATTCACCTATTATCATTAT
Unaligned ( gi|27 ): ATGTGACTGCAGAGTTAATCCAGGCACCCGAGTCCGAACACCTTTACGATTAATTCACCTGTTACTACTATTTTT
Unaligned ( gi|28 ): AATCAGTGCAAATGATTACTGAATCATCTAAATGATTACTGGAAAAAATACTGGGGACCGTTTCACTAAG
Unaligned ( gi|29 ): GCCCTGCGGAGTTAATTCAGTACCCGAACTTGATCACTTTACGATTAATTCATGCCTTTACCACTATCAT
Unaligned ( gi|31 ): GCTCACATGTGTGCGCCTACTGTGCGGAGTTAATTCAGGTACCCAAGCC
Unaligned ( gi|32 ): ATCGGTGTAAAACTAGAACCGGTATAAGTTA