lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 2 1 11 1 1111111 111 11 222222 1 1 11 22222 1 3333333 222222 22222 1 2222 1 11 33333 222 11 1 33 2222 1 33333 11 3333 2222222222 11 222222 1 11 1 22222 111 33333 11 1 22 222 1 8888888888888888 333 22222 3333333 44444444 44444444444444444444444 1111 55555555555555 1 1 2 33333 11 222 222 4444444444444 2222222222 111 11 11111 111 2 333333 11 1111 555555 11 7777777777777777777 22222 1 1111111111111111111111111111111111 2 1 4444444 22 1 666666666666 111 22 11 2 1 22 22222222222222222222222222 33333333 22222222222222 22222 6666666666666666 1 44444444444444444444 11 1 3333 111 22222 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 66666666 111 333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 222 1111 22 1 2222
lowQualScore : 0 3 2 111 4 7 0 33 0 4444444 444 8 11 111111 0 0 2 33 99 44444 0 3333333 111111 2 2 11111 0 1111 4 2 3 5 33 33333 0 333 55 7 3 11 2222 3 33333 88 3333 7 7777777777 6 88 000000 0 33 4 0 88888 777 3 4 55555 2 22 0 33 000 5 3333333333333333 111 33333 0000000 7 55555555 7 0 22222222222222222222222 7 3333 66666666666666 3 3 3 6 00000 88 333 444 4444444444444 7777777777 777 00 8 33333 8 888 4 3 8 8 111111 8 11 4444 111111 0 4 11 9999999999999999999 7 0 8 44444 0 0000000000000000000000000000000000 0 88 1 6 6 6 0 2 4444444 5 2 88 0 333333333333 111 2 11 33 3 0 2 2 5 44 55555555555555555555555555 2 55555555 666 66666666666666 22222 4444444444444444 5 1 99999999999999999999 55 1 5 666 0000 777 55555 99999999999999999999999999999999999999999999999 77 22222222 4 55555555 6 6 6 666 0 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 111 333 4444 55 6 3 0000
lowQualScore : . . . ... . . . .. . ....... ... . .. ...... . . . .. .. ..... . ....... ...... . . ..... . .... . . . . .. ..... . ... .. . . .. .... . ..... .. .... . .......... . .. ...... . .. . . ..... ... . . ..... . .. . .. ... . ................ ... ..... ....... . ........ . . ....................... . .... .............. . . . . ..... .. ... ... ............. .......... ... .. . ..... . ... . . . . ...... . .. .... ...... . . .. ................... . . . ..... . .................................. . .. . . . . . . ....... . . .. . ............ ... . .. .. . . . . . .. .......................... . ........ ... .............. ..... ................ . . .................... .. . . ... .... ... ..... ............................................... .. ........ . ........ . . . ... . ... .................................................................................................................................................................. . ... ... .... .. . . ....
lowQualScore : 0 2 5 222 0 5 0 88 0 5555555 000 0 00 222222 0 0 5 88 88 88888 0 8888888 888888 5 0 55555 0 5555 0 5 2 5 88 33333 7 333 77 3 3 77 7777 3 33333 33 0000 3 0000000000 7 33 777777 0 22 0 0 00000 555 2 5 88888 5 55 0 22 222 0 0000000000000000 000 55555 0000000 0 77777777 3 7 77777777777777777777777 3 7777 33333333333333 3 3 7 7 77777 33 000 777 7777777777777 3333333333 555 22 0 00000 0 444 0 8 0 6 888888 0 00 8888 000000 8 6 00 8888888888888888888 0 8 8 00000 0 5555555555555555555555555555555555 8 88 0 8 4 5 0 5 0000000 0 5 88 0 444444444444 000 5 22 88 0 0 5 5 0 00 33333333333333333333333333 5 66666666 999 33333333333333 00000 1111111111111111 7 4 66666666666666666666 77 4 7 000 0000 444 00000 77777777777777777777777777777777777777777777777 99 00000000 0 88888888 7 7 7 777 8 666 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 777 333 2222 00 7 3 2222
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACNCAA-AGTGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AANC--AAAATNAAAAN----TT-GCA---TTT-AAATGT---TA-GCACANAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATN---GGNAGTNTAGCAAATTTATG--GTT-----GAAGTTT---GGCTCGGCATCCAGCA-AATGA-TTTGGAAACG-T--TCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA-T--GTGTTAAAG-AAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAACG-AATTGGGACGG-ACACCNCT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAG--GAAGACAAAAATGNTTGTATTTTTAAAGAGTATGTATATTCANCGAAATGTTTAGATNNTTGTGT-AC-T--CAAATTTTTTTAATTGT-G---G-TTGA-CA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCC-T-TA--GA-T--TT-GGATA-TNTTATGGAATTGTA-TTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AGCAATTTT----AT-ATA-A-AGT--AA-AAC--AGAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCAC-C--AAAA---TGTAAT----TTATATAAA--TATGTN----AATGANGGG--T--TTTAAATTACAATTGTATT-TTAC-AAAG----CTA---TC-----CCAAGTG----GT---TATTCAAACT-ATAAGCAAAATACCGANTG-TCNTCACGTAAACTAGAGAG-TTG-AACAAGGTAGAT----TTCA-AG-AATGT-T-CAAGAAATGGAA--GAAAATGTAAATTNTGTGTNAGANAACATTCAAGTNTGAAGTATTCATTTTTATTTACATGT----TTTTATAATGAT-TT--GNAGAANACAGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTAT--------AAAACAA-C-CCTCT-ACTTT-CAAGC--TNGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-G-AA----TATTAC-GGAAT-----TATGT-A-A-CTT--GGG-TAA-A-----TA-CCT----ATATAAATG----TTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAGTTN-T-CGN-A-GAT-TATCC-TCA-G-TATCAAATATCCCGTGTACC-AAATTGTACATCANTTATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTAT-ATTTTCTGGT-AT------TGTAAAAAAT-TAG-T--TCGTTGTAATATGTATATACTTT----------TATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-T-TG---GTCA---AT----AAAT-CAA-T-ACAA--TACA
Reference ( gi|4 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGCATCCAGCA-AATG--TTTGGAAACG-T--TCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTAAT--GTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTT-AAAATTAAAG--GAAGACAAA--TAATTGTATTTA-AAAGAGTAT-T-TAT-CAG-GAAATGTT-AGATACTTTTG--AC-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---G-TTGAACA-CAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGTT-TA--GG-T--TT-GGATA-TGTT-TGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--TGAAA-AACAATTTT----AT-CTG-A-AGT--AACAAC--AGAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--AAAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCAC-C--AAAA---TGTA------TTATATAGA--TATGTTTTCAAATGAAAGGTTT--TTTAAATTACAATTGTATTCTTAC-AAAG----CTA---TC-----CGAAGTGT---GT---TATTCAAACT-ATAAGTAGAATACCGACTA-TCCT-ACA-AGATTAGAGAATTTG-AACAAGGTAGAT----TTAAAAG-AATAT-T-CAAGAAACAGAA--GAAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAATTTATATGT--CCTTTTATAATGA--T---GTAAAACACAGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTAT--------ATAACA--C-CCTCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-G-AA----TATTACGGGAAT-----TATGT-A-A-CTT---GG-TAA-A-----TA-CC-----ATA-AAATT----TTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAGTT--T-TAT-A-GAT-TATCC-TCA-G-TATC--ATATCCT-T---CC-A---TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTAT-ATT------T-AT------TG-------T-TAA----TTGTT------TGTATATAC-------------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--T-TG---GTCA---AT----AAA--CAA-T-AC-A--TACA
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGCATCCAGCA-AATG--TTTGGAAACG-T--TCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTAAT--GTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTT-AAAATTAAAG--GAA
gi|11 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatactTAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|1 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttAATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GGGATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAG-TATTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTA-TCAGTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAA--AAA
gi|3 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCGC-AATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-CA-CCAGCA-AATAA-TTTGGAAACACT--TCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA-T--GTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAG---AAGACAAAAATGATTGTATTTTTAAAGAGTAT-TATAT-CAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--AC-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC--T-TA--GGAT--TTGGGATA-TTGT-TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAA-CAAAATTTT----ATGATG-A-AGTAAAACAA---AGAC---TACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAAT--AAATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCAC-C--AAAA---TGTACTAT--TTATATCAA--TATGTC----AATGAAGG---T--TTTAAATTACAATTGTAT--TTAC-AAAAAGCCCTA---TT-----CCTAGTG----GTTTATATTCAAAC--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCACT-AGAATATTGAAATTGAAAAAAGGTAGAT----TT---AGTAATAT-TCCAAGAAA-AGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTTTTATTAGT-TGTCGCTTTTTATAATGATTT---GGGGAAAACAGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTAT--------A-AACAC-C-CCTCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-G-AA----TATTACCGGAAT-----TATGT---A-CTTTTGGG-TAA-A-----TA-CCT----ATATAAATG----TTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTAT-TGTAA-GATATATCCTTCA-G-T-----ATATCCT-G---CC-A---TGT---------AC-ATCATAT--GATATA-AAGATTCTG-----AT-ATT------T-ATTTCATGTA-------T-TAAAT--TTGTT------TGTATATACTT-----------TATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-T-TAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-T-AC-AATTACA
gi|18 : aatA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAGACGCTGA-AAA--TACT----------AAGAGTATGT-TATTCAC-GAAATGTT-AGCTCATTTTGTTACGTGGCAA--TTTTTTAATTGT-G---GGTTGACTAGTATCGG--TGAGAGAA--ATTGAT-ATTCTGT-TACGGA-TGGTT-GTCTA-TGTTATGGAATAGTA-TTA-TGGT--ATAAA--AGAAA-A-CAATTTTTTTTAT-CTA-A-AGT--AAAAACAAAGGC---CACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAA-AATT--TGATAGTGCT-ATT----GACTCTCACTC--AAAAATGTGTC------TTATA-AGACGTATGTc
gi|8 : AATGTTTAGA-AGTTGTGTAAT-T--CAGATATGTTTACTTGT-GTCGG-TTCT-CA-GAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTCCTTAGA--GA-T--TT-GGATACTATTATGGAATTCCA---A-TAATCGATTAA--CGAAAGAGCATTTTT----AC-ATACACAGT--GA-AAC--AAACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCAT-AAATTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCAT-C--AAAA----GTAAC----TTATATGAA--TATGTGAT--AATGATGGG--C--TATAAGTTGCAATT-TATTAACAA-AAAG----CCAATTTCAAATACGATATGTACAGT---TA-------T-ATAAGCA-AATATCGCATG-TCATCACA-TAACTAGA-AGTTGA-AACAAGGTAGAT----ATCATAA-TGTGT-T-CAA-AAAT-GAA--GAAcaagaagg
gi|16 : C---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--TAATAGTG---TTTTGA-GAC-GTCAC-CAAAAAA---TATA------TTATATAAA--TATGTC----AATGAAGG---T--TTTAAATTACAATTGTA-TCCTACAAAAG----ATA---TA-----CCAAGTGA---GTA--TATTCAAACT-ATAAGTA-AATACCGA
gi|12 : GATGTGTT-TG-CG--CAAG-AAAT--GAAC-AGGTT-TTTCGATAAT--TCAT-C--AAAA---TGTAATTAACTTATATATA--CAAGTATGTAAATGATGAATTTCATTTAA-----AATTTTATT-TAAC-AAA-------A---AC--------AGT------------TCCAAACTCATCAGCA-AATATCGAATG-TCATCACATAAACTAGAGG--TTG-AACAAGGTAGATA---TT---AT-AATGTGT-CGAGAAATGAAA--GA
gi|20 : tggaattccaataatatcaccgaaaaccgttttttatttttattttataagaat---TGTTCAAAAT-ATTAG-AAAATACCGATTA-TCCTCACGTACATTAGAGA--TTG-AATAAGGTCGATCAACTTCAAAG-A
gi|13 : CAAGGTAGAT----TTA---GCAATAT-T-CAAGAACCGAAA--GAAAATGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAG-TTGAA-TA-----------TTACAT------TTTTATAATGAT-T---ATAGAAAACAGTATT-TA-G--ATA---TATGTT-AGTAT--------A-AACA--CGCCTCA-GCTTCAC--GC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTA-AA----TATTAC-GAAAT-----TATGTAA-A-CTT---GG-TAA-A-----TA-CCT----ACATCAATA----TTCATCT--A-TTAgatt
gi|17 : TTA-ATGT----TTTGATAAT----TTCAGGAAAATGTA-TATT----A--AGA---AATA-TTATTAT--------AAAAAAAAC-CTTCT-ACTT-ACAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-A-AAA---CATTTCAG-AAT-----TATGT-A-A-ATTA--GG-GAA-A-----TATTC-----ATA-g
gi|10 : attaagtgtccaTGTAATGA--TT--GTAGAAAACAGTATT-TA-A--AG-----ATA-TCATTAT--------A-AACAT-C-CCTCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAAA----TAT----GGAAT-----TATGTAA-A-CTT---AG-TAA-A-----TA-CCT----ATATAAATG----TTCATCT--AGT--AT--ATTTCAGTTA-T-TGCAA-GAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAGCCTGC---CC-A---TGT-----AC--ATCA--ATAT--GATATACTATGTTCTG---TTATCATT------TCGT------TG-------TATAATTTGTTGTT------TGTATATACTTTATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-T-TG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-T-ACAA--TACt
gi|6 : A--T---G-AAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTATTCACCCTCAAAACAACC-CCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-G-GACAATTATTACGG-AATGTTTATATGTTACA-CCTCCGGGCTAA-AACTACTA-CTTTCCAATA-ACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAGTTTCT-CAA-A-GAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACC-TGTACC-AAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTAT-ATTTTCTGGT-AT------TGTAAAAAAT-TAG----TCGTTGTAATATGTATATGCTTT----------TATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGT-TG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAAC-A--TACA
gi|7 : atacatgaagttgtAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTATTCACCCTCAAAACAACC-CCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-G-GACAATTATTACGG-AATGTTTATATGTTACA-CCTCCGGGCTAA-AACTACTA-CTTTCCAATA-ACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAGTTTCT-CAA-A-GAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACC-TGTACC-AAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTAT-ATTTTCTGGT-AT------TGTAAAAAAT-TAG----TCGTTGTAATATGTATATGCTTT----------TATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGT-TG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAAC-A--TACAa
gi|15 : tgATAATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTAT--------A-AACA--C-CCCCT-ACTTC--AAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-G-AA----AATTAC-GGAAT-----TATGTAA-A-CTT------TAA-A-----TA-CCT----ATATAAATG----TTCATCT--A-TC--G--AACTCGGTTAGTGTA--A-GAT-TATCC-TCA-G-Ta
gi|19 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgAT-----TATGT-A-AACTT---GG-TAACA-----AA-CCT----ATATAAATG----TTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAGTTA-T-TGT-AAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TATCCTGT---CCAA---TGTACATCAT--ATGAT
gi|14 : ATAC-------------T-TA---TAT----GGAC-TG--TATGGTT--TCTG---GTCA---AT----AAA--CAACT-ACAA--TACAa
gi|23 : CC-TAT----GAAC-TG--TATGGTTC-T-TG---GTCA---AT----AAA--CAA-T-ACAA--TACAatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|21 ): CATTAATAGGCAAATAATCGTATGTCATCACATAAAACTAAAAGTTGAACAAGGTTTTTAAGAAGTGAAAG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 111 111 11 11111 11111 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2 11 2 1 11 11 1 22 111 2222 1 1 222222222 22222222222 1 333333333 22222 222222 11111 1 1 222222222222222 1 1 1 222 11 111 44444444444444444 11111 22222222222 111 11111 11 3333333333333 22222 111 111 11 22222222 2 1111 111111 2222 3333333333333 1 2 22 44444444444444444444444444 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 3333333 111 22 555555555555 22 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 2222222 22
lowQualScore : 88 0 8 1 6 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 1 11 44 88888 8 88888 4444 8 1 7777 8 5555 1 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0 33 3 0 3 3 0 2 33 33 0 2 8 8 1 8 8 88 444 0 1 3 2222 8 8 0 0 66 2 11 333333333 77777777777 5 555 2 555555555 3 77777 111111 0 77777 3 0 0 222222222222222 0 0 1 5 777 8 11 1 222 55555555555555555 55555 88 8 8 00000000000 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 6666666666666 1 99 44444 22 444 3 5 0 333 99 77777777 6 1 4 6 3333 444444 99 5 1 6 1 9 6 99 4444 6 5 1 4444444444444 8 8 55 3 1 3 1 1 11 33333333333333333333333333 5 1 5 1 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 88888 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 3333333 5 5 222 66 222222222222 99 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 1111111 99 5 4 5
lowQualScore : .. . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . . .. .. ..... . ..... .... . . .... . .... . . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . .. ... . . . .... . . . . .. . .. ......... ........... . ... . ......... . ..... ...... . ..... . . . ............... . . . . ... . .. . ... ................. ..... .. . . ........... .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ............. . .. ..... .. ... . . . ... .. ........ . . . . .... ...... .. . . . . . . .. .... . . . ............. . . .. . . . . . .. .......................... . . . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ....... . . ... .. ............ .. ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ....... .. . . .
lowQualScore : 88 8 0 0 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 0 00 66 00000 0 88888 8888 0 0 0000 0 0000 0 0 6 8 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 0 88 2 0 2 2 0 5 88 88 0 0 0 0 0 0 0 00 000 8 4 2 2222 0 0 6 8 44 3 77 777777777 77777777777 5 222 5 222222222 2 55555 222222 8 55555 2 0 0 222222222222222 0 0 0 5 222 0 00 0 444 66666666666666666 00000 88 0 0 66666666666 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 5555555555555 7 22 33333 00 222 8 0 8 222 00 00000000 4 0 0 7 3333 999999 00 4 0 7 0 0 7 22 5555 7 7 4 7777777777777 0 0 44 3 0 3 0 0 33 99999999999999999999999999 4 0 7 0 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 88888 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 9999999 7 7 999 55 888888888888 33 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 0000000 33 7 9 7
consensus : ATAATGGTAAA-TTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GT-----TGGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AA--AAGTTTTAAT--GTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-G--TAGTA-GAATA-TTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA-TTT-AAAGAGTAT-TATATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATA-TGTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAA-AAC-------AA----TTTTAT-NTG-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--ACT--------TATATAAA--TATGT----CAATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNACA-AAAG----CT-ATTCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGAT----TT--A-AG-AATAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTTTTATTTANATGTC---TTTTATAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCA--TCTA-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC--ATATCCCGT-T-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---A---TAAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGTAAA-TTTCAAC-AAAACNCAA-AGTGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AANC--AAAATNAAAAN----TT-GCAT--TT-AAATGT---TA-GCACANAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATN---GGNAGTNTAGCAAATTTATG--GT-----TGAAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AA--AAGTTTT-AT--GTGTTAAAG-AAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAACG-AATTGGGACGG-ACACCNCT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-G--TAGTA-GAATA-TTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACAAAAATGNTTGTATTTTTAAAGAGTATGTATATTCANCGAAATGTTTAGATNNTTGTG-TA-C-T--CAAATTTTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-C-TTA--GA--T--TTGG-ATA-TNTTATGGAATTGTA-TTAT-GAT--ATAAAC--GAAA-AGC-------AA----TTTTAT-ATA-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--ATT--------TATATAAA--TATGT----NAATGANGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TTAC--AAAG----CT-ATCCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACGTAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGAT----TT-CA-AG-AATGT-TC-AAGAAATGGAAGAAAA-TGTAAATTNTGTGTNAGANAACATTCAAGTNTGAAGTATTCATTTTTATTTACATGT----TTTTATAATGATTTGNA-GAANAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TNGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCA--TCTA-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCG-NAGAT-TATCC-TCA-G-TATCAAATATCCCGTGTACCAAATTGTACATCANTTATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---A---TAAAT-CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGTAA---TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT-AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTT-ATCAGTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGAC-G-CCTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGA-A-A--TA-TA-GAATA-ATTAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTGTAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCA--TCTAGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAGCCTGC---CCA---TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA-CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---AT-AAT--ATCACC--GAAA-ACCGTTTTTTAT----TTTTAT-TTT-A---T-AA-GA---------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAGAAA-TG--AACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT----AAATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC--AAA--------------AACA-GT-T-----CCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAA-GGTAGATA---TT----AT-AATGTGTC-GAGAAATGAAAGA
gi|13 : CAA-GGTAGAT----TT----AGCAATAT-TC-AAGAACCGAAAGAAAA-TGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-----------TATT-ACAT------TTTTATAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCA--TCTA-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---A---TAAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCA--TCTA-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TT--AATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--TAT--------TATATAAA--TATGT----CAATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTACA-AAAG----AT-ATACCAAGTGAGTAT---ATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : TTA-ATGT----TTTGATAAT---TTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : attaagtgtccaA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCAC--TT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TATCCTGT---CCAA--TGTACATCA--TATGATc
gi|2 : ATAATGGTAAA-TTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GT-----TGGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AA--AAGTTTTAAT--GTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-G--TAGTA-GAATA-TTGAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact-T---GTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAA-GGTCGATCAACTT-CA-A
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAA-GGT---T----TT-TA-AG-AAagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---A---TAAA--CAA-TACAA-TACAgtgaaag
gi|3 : TGGTAAA-TTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCAT--T--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGT-----TGAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAA--AAGTTTT-AT--GTGTTAAAG-A--TCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATA-TTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-AAGACAAAAATGATTGTATTTTTAAAGAGTAT-TATAT-CAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---GTTG-AAC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATA-TTGT-TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAA-CAA-------AA----TTTTATGATG-A-AGT-AA-AAC--AAAGAC---TACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAATA--AATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTATT--------TATATCAA--TATGT----CAATGAAGG---TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC--AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GT-TTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGAAA--TTG-AAAAAAGGTAGAT----TT----AGTAATAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTTTTATT-AGTTGTCGCTTTTTATAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCA--TCTAGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T-----ATATCCTG----CCA---TGTACATCA--TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---A---TAAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGTAAA-TTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GT-----TGGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AA--AAGTTTTAAT--GTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-G--TAGTA-GAATA-TTGAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTA-TTTAAAAGAGTATTTA---TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTGAA-C--ACAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TTGG-ATA-TGTT-TGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAT--GAAA-AAC-------AA----TTTTAT-CTG-A-AGT-AACAAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TA--AAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA----T--------TATATAGA--TATGTTTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG----CT-ATCCGAAGTGTGT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAA-GGTAGAT----TTAAA-AG-AATAT-TC-AAGAAACAGAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAATTTATATGTCC--TTTTATAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCA--TCTA-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-A-TAGAT-TATCC-TCA-G-TATC--ATATCC----TTCCA---TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---A---TAAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAA--TTTA-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACC-TGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCA---TAAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAA--TTTA-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACC-TGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCA---TAAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTG-TAAT-T--CAGATATGTTTACTTGT-GTCGGTTC-T-C--AGAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TTGG-ATACTATTATGGAATTCCA---AT-AATCGATTAAC--GAAAGAGC-------AT----TTTTAC-ATACACAGT-GA-AAC--A--AACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCATAAA-TTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--ACT--------TATATGAA--TATGTGA--TAATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG----CCAATTTCAAATACGA-T---ATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAA-GGTAGAT----AT-CATAA-TGTGT-TC-AA-AAAT-GAAGAAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GACGCTGAAAATACT----------AAGAGTATGT-TATTCA-CGAAATG-TTAGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTGTGG---GTTG-A-CTAGTATCGG--TGAGAGA--AATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTTGT-CTA-TGTTATGGAATAGTA-TTAT-GGT--ATAAAA--GAAA-A-C-------AATTTTTTTTAT-CTA-A-AGTAAA-AACAAA--GGC---CACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAAAAT-TT--GATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--TCT--------TATA-AGACGTATGT----CAA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 333333333 1 11 11 1 333333333 22222 222222 11111 1 1 111 11 11111 1 111 1 222 11 111 333333333333333 22222222222 111 11111 11 33333333 1111 2222222 111 111 222222 333333333 111111 2222 11111 1 1 11 1 22222222222222222222222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 66 2 222222222 6 44 33 5 555 1 555555555 3 77777 111111 0 77777 3 0 0 444 33 88888 0 111 5 111 8 11 1 222 0 888888888888888 99 99 88 8 8 00000000000 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 1 444 3 5 0 000 88 000000 4 1 666666666 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 6 5 1 11111 99 8 8 1 3 3 3 44 3 88888888888888888888888 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 9999999999 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . .. . ......... . .. .. . ... . ......... . ..... ...... . ..... . . . ... .. ..... . ... . ... . .. . ... . ............... .. .. .. . . ........... .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . ... . . . ... .. ...... . . ......... ...... .. . . . . . . .. .... . . . ..... .. . . . . . . .. . ....................... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . .......... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 44 0 333333333 0 77 33 5 000 0 222222222 2 55555 222222 8 55555 2 0 0 888 88 55555 0 000 5 222 0 00 0 444 8 444444444444444 00 44 88 0 0 66666666666 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 0 222 8 0 8 888 88 888888 0 0 555555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 7 7 4 22222 22 0 0 4 8 3 3 77 3 44444444444444444444444 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 7777777777 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTATT-TATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATA-T-GTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAAAA-C-------AA----TTTTATN-TG-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AATAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTTT-ATTTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTATTATATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATA-T-GTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAAAA-C-------AA----TTTTATN-TG-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AAGAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTTTTATTTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCCGTTCCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTG--CCCA--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---AT-AAT--ATCACC--GAAAAC-CGTTTTTTAT----TTTTATT-TT-A---T-AA-GA---------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAGAAA-TG--AACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT----------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAA-GGTAGATAT--TATAA--TGTGTC-GAGAAATGAAAGA
gi|13 : CAA-GGTAGATTT--AGCAA--TAT-TC-AAGAACCGAAAGAAAA-TGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TAT-----------TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TT--AATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTAT---ATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTG-TCCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact-T---GTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAA-GGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAA-GGT--TTTT--AAGAA--caacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACAgtgaaag
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-AAGACAAAAATGATTGTATTTTTAAAGAGTATTATAT-CAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---GTTG-AAC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATA-TTGTT--GGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAACA-A-------AA----TTTTATGATG-A-AGT-AA-AAC--AAAGAC---TACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAATA--AATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAAGG---TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GT-TTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGAAA--TTG-AAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTTTTATT-AGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTG--CC-A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTATTTA-AAAGAGTATT-TA-TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTGAA-C--ACAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TTGG-ATA-T-GTT-TGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAT--GAAAAA-C-------AA----TTTTATC-TG-A-AGT-AACAAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TA--AAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAA-GGTAGATTTAAAAGAA--TAT-TC-AAGAAACAGAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TAT-CATTTTAATTTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CC--TTCC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTG-TAAT-T--CAGATATGTTTACTTGT-GTCGGTTC-T-C--AGAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TTGG-ATACT-ATTATGGAATTCCA---AT-AATCGATTAAC--GAAAGAGC-------AT----TTTTACA-TACACAGT-GA-AAC--A--AACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCATAAA-TTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA-T---ATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAA-GGTAGATAT--CATAATGTGT-TC-AA-AAATG-AAGAAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GACGCTGAAAATACT----------AAGAGTATGTTATTCA-CGAAATG-TTAGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTGTGG---GTTG-A-CTAGTATCGG--TGAGAGA--AATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTTGT-CTA-T-GTTATGGAATAGTA-TTAT-GGT--ATAAAA--G-AAAA-C-------AATTTTTTTTATC-TA-A-AGTAAA-AACAAA--GGC---CACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAAAAT-TT--GATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 333333333 111 11 11 1 333333333 22222 222222 11111 1 1 111 11 11111 1 111 1 222 11 111 333333333333333 22222222222 111 11111 11 33333333 1111 2222222 111 111 222222 333333333 111111 2222 1111111 1 1 11 1 4444444444 22222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 66 2 222222222 777 44 33 5 555 1 555555555 3 77777 111111 0 77777 3 0 0 444 33 88888 0 111 5 111 8 11 1 222 0 888888888888888 99 99 88 8 8 00000000000 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 1 444 3 5 0 000 88 000000 4 1 666666666 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 6 5 1 6666666 99 6 6 2 1 3 3 44 3 3333333333 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 2222222 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . .. . ......... ... .. .. . ... . ......... . ..... ...... . ..... . . . ... .. ..... . ... . ... . .. . ... . ............... .. .. .. . . ........... .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . ... . . . ... .. ...... . . ......... ...... .. . . . . . . .. .... . . . ....... .. . . . . . . .. . .......... .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . ....... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 44 0 333333333 777 77 33 5 000 0 222222222 2 55555 222222 8 55555 2 0 0 888 88 55555 0 000 5 222 0 00 0 444 8 444444444444444 00 44 88 0 0 66666666666 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 0 222 8 0 8 888 88 888888 0 0 555555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 7 7 4 8888888 22 7 7 2 7 3 3 77 3 7777777777 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 3333333 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTAT-T-TATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATA-T-GTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAAAA-C-------AA----TTTTATN-TG-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AATAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTTT---TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTAT-T-TATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTG-A-C--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATA-T-GTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAAAA-C-------AA----TTTTATN-TG-A-AGT-AA-AAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-TN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AATAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTTT-ATTTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTGC-CC-A--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---AT-AAT--ATCACC--GAAAAC-CGTTTTTTAT----TTTTATT-TT-A---T-AA-GA---------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAGAAA-TG--AACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT----------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAA-GGTAGATAT--TATAA--TGTGTC-GAGAAATGAAAGA
gi|13 : CAA-GGTAGATTT--AGCAA--TAT-TC-AAGAACCGAAAGAAAA-TGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TAT-----------TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TT--AATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTAT---ATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact-T---GTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAA-GGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAA-GGT---T-------------T-TT-AAGAAGTGAAAGcaacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-AAGACAAAAATGATTGTATTTTTAAAGAGTAT-TATAT-CAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---GTTG-AAC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATA-TTGTT--GGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAACA-A-------AA----TTTTATGATG-A-AGT-AA-AAC--AAAGAC---TACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAATA--AATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAAGG---TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GT-TTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGAAA--TTG-AAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTTT-TATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTGC-C--A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTATTTA-AAAGAGTAT-T-TA-TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---GTTGAA-C--ACAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TTGG-ATA-T-GTT-TGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAT--GAAAAA-C-------AA----TTTTATC-TG-A-AGT-AACAAC--A--GAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-TA--AAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT-T---ATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAA-GGTAGATTTAAAAGAA--TAT-TC-AAGAAACAGAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TAT-CATTTTAATTTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTG-TAAT-T--CAGATATGTTTACTTGT-GTCGGTTC-T-C--AGAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TTGG-ATACT-ATTATGGAATTCCA---AT-AATCGATTAAC--GAAAGAGC-------AT----TTTTACA-TACACAGT-GA-AAC--A--AACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCATAAA-TTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA-T---ATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAA-GGTAGATAT--CATAATGTGT-TC-AA-AAATG-AAGAAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GACGCTGAAAATACT----------AAGAGTATGT-TATTCA-CGAAATG-TTAGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTGTGG---GTTG-A-CTAGTATCGG--TGAGAGA--AATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTTGT-CTA-T-GTTATGGAATAGTA-TTAT-GGT--ATAAAA--G-AAAA-C-------AATTTTTTTTATC-TA-A-AGTAAA-AACAAA--GGC---CACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAAAAT-TT--GATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 1 3333333333 22 22 11 1 333333333 1111111 22222 11111 1 1 111 11 11111 1 2 11 22222 11 111 333333333333333 22 111 111 11111 11 33333333 1111 2222222 11 111 222222 4444444 111111 2222 1 1111111 1 11 1 5555555555555 22222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 3 2 2222222222 00 00 33 5 555 1 555555555 3 8888888 11111 0 77777 3 0 0 444 33 88888 0 0 22 33333 11 1 222 0 888888888888888 99 99 88 8 8 22 111 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 9 11 3 5 0 000 88 000000 4 1 1111111 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 3 1 6666666 99 6 6 2 1 6 3 44 3 1111111111111 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 2222222 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . . . .......... .. .. .. . ... . ......... . ....... ..... . ..... . . . ... .. ..... . . .. ..... .. . ... . ............... .. .. .. . . .. ... .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . .. . . . ... .. ...... . . ....... ...... .. . . . . . . .. .... . . ....... .. . . . . . . .. . ............. .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . ....... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 2 0 3333333333 77 77 33 5 000 0 222222222 2 5555555 22222 8 55555 2 0 0 888 88 55555 0 0 55 22222 00 0 444 8 444444444444444 00 44 88 0 0 00 777 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 3 00 8 0 8 888 88 888888 0 0 5555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 3 4 8888888 22 7 7 2 7 7 3 77 3 1111111111111 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 3333333 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCAC-TACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTGAAC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAAAA-C-------AA----TTTTAT-NTG-A-AGT-AA-AACAAAGAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAATN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCAC-TACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTG-AC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATA-TGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAAAA-C-------AA----TTTTAT-NTG-A-AGT-AA-AAC--AGAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAATN--AATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTC-TTCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTGC-CC-A--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---A-TAAT--ATCAC--CGAAAAC-CGTTTTTTAT----TTTTAT-TTT-A---T-AA-GA-------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAG-AAATG--AACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT---------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAAGGTAGATAT--TATAA--TGTGT-CGAGAAATGAAAG-A
gi|13 : CAAGGTAGATTT--AGCAA--TAT-T-CAAGAACCGAAAG-AAAATGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TA-------------TTACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAATT--AATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTA--TATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : --TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCAC-TACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact---TGTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAAGGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAAGGT---T-------------T-T-TAAGAAGTGAAAG-caacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GAAGACAAAAATGATTGTATTTTT-AAAGAGTA--TTATATCAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTT-G---GTTGAAC--ATAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATATTGT--TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAACA-A-------AA----TTTTATGATG-A-AGT-AA-AACAAAGAC---TACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAATA--AATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GTTTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGA-AA-TTGAAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTT---TTATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTGC-C--A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCAC-TACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTA--TTTAAAAGAGTAT-TTA--TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTGAAC--ACAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TT-GGATA-TGTT-TGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--TGAAAAA-C-------AA----TTTTAT-CTG-A-AGT-AACAAC--AGAC---TACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAATA--AAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT---TATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAAGGTAGATTTAAAAGAA--TAT-T-CAAGAAACAGAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAAT--TTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTG-TAAT-T--CAGATATGTTTACTTG-T-GTCGGTTC-TC--AGAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TT-GGATACTATTATGGAATTCCA---A-TAATCGATTAA--CGAAAGAGC-------AT----TTTTAC-ATACACAGT-GA-AAC--AAACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCAT-AAATTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA---TATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAAGGTAGATAT--CATAATGTGT-T-CAA-AAATG-AAG-AAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTC-TACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GACGCTGAAAATACT-----------AAGAGTATGTTAT-TCA-CGAAATG-TTAGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTG-TGG---GTTG-ACTAGTATCGG--TGAGAGA--AATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTT-GTCTA-TGTTATGGAATAGTA-TTA-TGGT--ATAAA--AG-AAAA-C-------AATTTTTTTTAT-CTA-A-AGTAAA-AACAAAGGC---CACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAA-AATTT--GATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 1 3333333333 22 22 11 1 333333333 1111111 11 11111 1 1 111 11 11111 1 1 11 22222 11 111 3333333333333 11 111 111 11111 11 33333333 1111 2222222 11 111 222222 4444444 111111 2222 1 1111111 1 11 1 4444444444444 22222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 3 2 2222222222 00 00 33 5 555 1 555555555 3 8888888 9 00 77777 3 0 0 444 33 88888 0 9 22 33333 11 1 222 0 8 5555555555555 99 99 88 11 111 1 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 9 11 3 5 0 000 88 000000 4 1 1111111 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 3 1 6666666 99 6 6 2 1 6 3 44 3 3333333333333 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 2222222 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . . . .......... .. .. .. . ... . ......... . ....... . .. ..... . . . ... .. ..... . . .. ..... .. . ... . . ............. .. .. .. .. ... . .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . .. . . . ... .. ...... . . ....... ...... .. . . . . . . .. .... . . ....... .. . . . . . . .. . ............. .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . ....... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 2 0 3333333333 77 77 33 5 000 0 222222222 2 5555555 2 88 55555 2 0 0 888 88 55555 0 0 55 22222 00 0 444 8 0 4444444444444 00 44 88 88 888 8 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 3 00 8 0 8 888 88 888888 0 0 5555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 3 4 8888888 22 7 7 2 7 7 3 77 3 1111111111111 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 3333333 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AA----TTTTAT-NTG-A-AGT-AAAACAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTG-TA-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AA----TTTTAT-NTG-A-AGT-AAAACAA-A-GACTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTGC-CC-A--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---A-TAAT--ATCAC--CGAAA-ACCGTTTTTTAT----TTTTAT-TTT-A---T-AAGA------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAG-AAAT--GAACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT---------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAAGGTAGATAT--TATAA--TGTGT-CGAGAAATGAAAG-A
gi|13 : CAAGGTAGATTT--AGCAA--TAT-T-CAAGAACCGAAAG-AAAATGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TA-T------------TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgCTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--TAATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTA--TATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : --TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact---TGTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAAGGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAAGGT---T-------------T-T-TAAGAAGTGAAAG-caacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GAAGACAAAAATGATTGTATTTTT-AAAGAGTA--TTATATCAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTT-G---GTTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATATTGT--TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAA-CAA-------AA----TTTTATGATG-A-AGT-AAAACAA-A-GACTACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAAT--AAATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GTTTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGA-AA-TTGAAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTT---TTATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTGC-C--A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTA--TTTAAAAGAGTAT-TTA--TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-T-G---GTTGAACA-CAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TT-GGATA-TGTT-TGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--TGAAA-AAC-------AA----TTTTAT-CTG-A-AGT---AACAACA-GACTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--AAAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT---TATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAAGGTAGATTTAAAAGAA--TAT-T-CAAGAAACAGAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAAT--TTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTG-TAAT-T--CAGATATGTTTACTTG-T-GTCGGTTCT-CA-GAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TT-GGATACTATTATGGAATTCCA---A-TAATCGATTAA--CGAAAGAGC-------AT----TTTTAC-ATACACAGT-GAAACAA-ACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCAT-AAATTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA---TATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAAGGTAGATAT--CATAATGTGT-T-CAA-AAATG-AAG-AAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GACGCTGAAAATACT-----------AAGAGTATGTTAT-TCA-CGAAATG-TTAGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTG-TGG---GTTGACTAGTATCGG--TGAGAGA--AATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTT-GTCTA-TGTTATGGAATAGTA-TTA-TGGT--ATAAA--AG-AA-AAC-------AATTTTTTTTAT-CTA-A-AGTAAAAACAA-A-GGCCACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAA-AATT--TGATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 3333333333 22 22 11 333333333 1 111 1 11 11111 1 1 111 11 11111 1 1 11 22222 11 111 33333333333 1111 111 111 11111 11 33333333 1111 2222222 11 111 222222 4444444 111111 2222 1 1111111 1 11 1 4444444444444 22222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 66 2 2222222222 00 00 33 3 3 555 1 555555555 3 0 777 0 9 00 77777 3 0 0 444 33 88888 0 9 22 33333 11 1 222 33333333333 1 7777 99 99 88 3 8 111 1 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 9 11 3 5 0 000 88 000000 4 1 1111111 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 3 1 6666666 99 6 6 2 1 6 3 44 3 3333333333333 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 2222222 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . .. . .......... .. .. .. . . ... . ......... . . ... . . .. ..... . . . ... .. ..... . . .. ..... .. . ... ........... . .... .. .. .. . . ... . .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . .. . . . ... .. ...... . . ....... ...... .. . . . . . . .. .... . . ....... .. . . . . . . .. . ............. .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . ....... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 44 0 3333333333 77 77 33 2 2 000 0 222222222 2 0 555 0 2 88 55555 2 0 0 888 88 55555 0 0 55 22222 00 0 444 44444444444 4 0000 00 44 88 8 0 888 4 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 3 00 8 0 8 888 88 888888 0 0 5555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 3 4 8888888 22 7 7 2 7 7 3 77 3 1111111111111 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 3333333 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AATTTT----AT-NTG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AATTTT----AT-NTG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTGC-CC-A--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---A-TAAT--ATCAC--CGAAA-ACCGTTTTTTATTTTT----AT-TTT-A---TAAGA-------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAG-AAAT--GAACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT---------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAAGGTAGATAT--TATAA--TGTGT-CGAGAAATGAAAG-A
gi|13 : CAAGGTAGATTT--AGCAA--TAT-T-CAAGAACCGAAAG-AAAATGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TA-T------------TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgCTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--TAATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTA--TATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : --TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact---TGTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAAGGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAAGGT---T-------------T-T-TAAGAAGTGAAAG-caacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GAAGACAAAAATGATTGTATTTTT-AAAGAGTA--TTATATCAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATATTGT--TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAA-CAA-------AATTTT----ATGATG-A-AGTAAAA-CAA-A-GACTACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAAT--AAATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GTTTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGA-AA-TTGAAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTT---TTATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTGC-C--A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTA--TTTAAAAGAGTAT-TTA--TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-CAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TT-GGATA-TGTT-TGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--TGAAA-AAC-------AATTTT----AT-CTG-A-AGT--AA-CAACA-GACTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--AAAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT---TATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAAGGTAGATTTAAAAGAA--TAT-T-CAAGAAACAGAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAAT--TTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTGT-AAT-T--CAGATATGTTTACTTG-TGTCGG-TTCT-CA-GAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TT-GGATACTATTATGGAATTCCA---A-TAATCGATTAA--CGAAAGAGC-------ATTTTT----AC-ATACACAGTGAAA-CAA-ACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCAT-AAATTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA---TATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAAGGTAGATAT--CATAATGTGT-T-CAA-AAATG-AAG-AAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-ACGCTGAAAATACT-----------AAGAGTATGTTAT-TCA-CGAAATGTT-AGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTG-TG---GGTTGACTAGTATCGG--TGAGAGAA--ATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTT-GTCTA-TGTTATGGAATAGTA-TTA-TGGT--ATAAA--AGAAA-A-C-------AATTTTTTTTAT-CTA-A-AGTAAAAACAA-A-GGCCACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAA-AATT--TGATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 11111 111 22 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 3333333333 22 22 11 333333333 1 111 1 11 11111 1 1 111 11 11111 1 1 11 22222 11 111 33333333333 1111 111 111 11111 11 33333333 1111 2222222 11 111 222222 4444444 111111 2222 1 1111111 1 11 1 4444444444444 22222 222222 1 11 11111 2222 1 3333333333 11 1 1 11 2222 11 1 22222 22222 3333333333333333 11 11 111 1 2222 1 111111 111 222 1 2222222 1 3333333333333 11 22222 2222222222222 2222 1 3333 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 44 88888 8 444 00 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 66 2 2222222222 00 00 33 3 3 555 1 555555555 3 0 777 0 9 00 77777 3 0 0 444 33 88888 0 9 22 33333 11 1 222 33333333333 1 7777 99 99 88 3 8 111 1 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 22222222 4444 99 2222222 9 11 3 5 0 000 88 000000 4 1 1111111 444444 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 3 1 6666666 99 6 6 2 1 6 3 44 3 3333333333333 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 5 5 5 8888888888 3 11 0 0 77 99999 2222 33 0 5 5 88888 5 5 22222 5555555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 0 0 77 1 5 777777 5 5 222 555 3 2222222 7 3 4444444444444 1 8 11 0 55 33333 1 4444444444444 0 4444 1 2222 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. ..... . ... .. .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . .. . .......... .. .. .. . . ... . ......... . . ... . . .. ..... . . . ... .. ..... . . .. ..... .. . ... ........... . .... .. .. .. . . ... . .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... . .. . . . ... .. ...... . . ....... ...... .. . . . . . . .. .... . . ....... .. . . . . . . .. . ............. .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . . .......... . .. . . .. ..... .... .. . . . ..... . . ..... ................ . .. .. ... . .... .. . . .. . . ...... . . ... ... . ....... . . ............. . . .. . .. ..... . ............. . .... . .... . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 00 00000 0 000 66 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 44 0 3333333333 77 77 33 2 2 000 0 222222222 2 0 555 0 2 88 55555 2 0 0 888 88 55555 0 0 55 22222 00 0 444 44444444444 4 0000 00 44 88 8 0 888 4 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 22222222 2222 22 8888888 3 00 8 0 8 888 88 888888 0 0 5555555 999999 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 3 4 8888888 22 7 7 2 7 7 3 77 3 1111111111111 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 0 4444444444 2 44 0 0 22 22222 9999 88 0 0 0 55555 0 0 22222 2222222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 1 99 0 7 111111 7 7 999 777 3 3333333 3 3 4444444444444 0 2 66 8 66 00000 4 2222222222222 8 6666 4 1111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AATTTT----AT-NTG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AATTTT----AT-NTG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT--AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TA-TCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG-------A---A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA-----AT-A-T-GGAAT-----TATGTAA-A-C--TT---AG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGT--AT--ATTTCAG-TTA-TTGCAAGAC-TATCC-TTA-G-TATC---TAG-CCTGC-CC-A--TGTACATCAA-TATGA----------TATACTATGTTCTGTTATCA---TTTC----GTTGT--ATAATTTGTTGTTTGTATATACTT-TATACCTATTTTATACT-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---A-TAAT--ATCAC--CGAAA-ACCGTTTTTTATTTTT----AT-TTT-A---TAAGA-------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAG-AAAT--GAACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTA--ATTAACTTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT---------TCCAAA---CTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAAGGTAGATAT--TATAA--TGTGT-CGAGAAATGAAAG-A
gi|13 : CAAGGTAGATTT--AGCAA--TAT-T-CAAGAACCGAAAG-AAAATGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TA-T------------TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATA-T-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGC--TTGTCCA-A-GTA--TTATC-AAC-TGTAAA----TATTA-C-GAAAT-----TATGTAA-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATA-TTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGC--TTGTACTAA-CTA--TTAT--AAC-TG-GAA----AATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-AAC--TT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGG-TTA-GTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgCTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--TAATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T----ATTATATA----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAGTA--TATTCAAA---CT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : --TTAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATA-TTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAAC--TAATTC--AGTTG--TTATC-AAC-AG-AAAA---CATTT-C-AGAAT-----TATGT-A-A-A--TT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAATAAAAAC----TTTGCA---CTT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AAC--TT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAG-TTA-TTGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-A-TATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatact---TGTTCAAA---AT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAAGGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAAGGT---T-------------T-T-TAAGAAGTGAAAG-caacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA--AAGAT----TT-GCA---TT--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAA-GAAGACAAAAATGATTGTATTTTT-AAAGAGTA--TTATATCAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATATTGT--TGGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAA-CAA-------AATTTT----ATGATG-A-AGTAAAA-CAA-A-GACTACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAAT--AAATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTACTA----TTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAA-GG--TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-GTTTATATTCAAA---C--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGA-AA-TTGAAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTT---TTATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATT-ATTA-T----------AAACAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTACA-A-TTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACC-GGAAT-----TATGT---A-CTTTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTA-TTGTAAGATATATCCTTCA-G-T---A--TAT-CCTGC-C--A--TGTACATC-A-TATGAT-ATAA-AGA---------TTCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATTTGTT-----------TGTATATAC----TTTATACC-TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTA--TTTAAAAGAGTAT-TTA--TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-CAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TT-GGATA-TGTT-TGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--TGAAA-AAC-------AATTTT----AT-CTG-A-AGT--AA-CAACA-GACTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAG-AAAT--AAAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTGT---TATTCAAA---CT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAAGGTAGATTTAAAAGAA--TAT-T-CAAGAAACAGAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TA-TCATTTTAAT--TTATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGC--TTGTAC--A-TTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-CGGGAAT-----TATGT-A-A-C--TT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAG-TTT-T-AT-AGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATAC--GGTATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATT-GTT-------TGTATATAC------TATACC-TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATA-T-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGC--CGCTAC--AACTAACTTATCCAAC-TT-GGACAATTATTA-C-GGAATGTTTATATGTTACA-C--CTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAG-TTTCTCA-AAGAT-TATCC-TCATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAG-TCGTTGTA-ATATGTATATGC---TTTTATACCATATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTGT-AAT-T--CAGATATGTTTACTTG-TGTCGG-TTCT-CA-GAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TT-GGATACTATTATGGAATTCCA---A-TAATCGATTAA--CGAAAGAGC-------ATTTTT----AC-ATACACAGTGAAA-CAA-ACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCAT-AAATTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A----CTTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGA---TATGTACAGTTAT-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAAGGTAGATAT--CATAATGTGT-T-CAA-AAATG-AAG-AAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-ACGCTGAAAATACT-----------AAGAGTATGTTAT-TCA-CGAAATGTT-AGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTG-TG---GGTTGACTAGTATCGG--TGAGAGAA--ATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTT-GTCTA-TGTTATGGAATAGTA-TTA-TGGT--ATAAA--AGAAA-A-C-------AATTTTTTTTAT-CTA-A-AGTAAAAACAA-A-GGCCACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAA-AATT--TGATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T----CTTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
blockSeqs : A . A C . TT . AC G TGC . AT . T T T . TA C T . TG AATT A AGTT . ACTA T T TT . TGG C T GC T . A CAC T TGTAA . AT T T T . G . GT A . GA A T G GG . A TGTTT T T T GG G TGTATTTA TG T G T T TAC T TTACGTGG A . TCG G A GT GGA T G C GT CG GAT . C TA CTTGT CG A TTT GAGC A TTTT GA AC CA A A CA A TG A C AC A TGG A T G TTGAG TC CA A CTAT . CG TTTCA A TT A G CTT AA GCCCT A A GGTTTA GTTAT CA A T A C G A TT GAAT A A TTAAAAG TG . C C A A G TA G TTCATTTTTA AG G CGCT ATGTTT T T CG A AATT TGCA T T G TCACCCTCA A AA C T CA TGTTG TAA AC C T T CAATT C G GTTTA TACACCTCCGGGC C AC TA CCA C TGCT CT G TT A T AGTGT A T TGC AAA A ACCAAAT A T CAAACTAATTAT A A AT TG TAAAA T TCGTTGTAATA T A TGAA C AT G ATT ATC . TC C A T
blockSeqs : . . T C . . . AG C . . . . . . . . TG A . . TG T . . . T A T . . . C C GC T . . CG . . . AT T T T . G . . . . A A . . G . A GT . . T GG . . T . C T T TCA G TAATT A . . . C C CGG T . . TG . TGG . . TA CTTA . A T CAA A . C G A G . AC A G . . . . T A T . TTGAT G . T TA . . GAT G . A G CT A CCA T T GAGTA CT TA A A . A A . . GA A C TTAGC . . . T A . . A . TCATTTTAAT GT G CC . T . CG . ACA TGCA . T . TCACCCTCA A C C T TT TTG AA AC C . . CAATT . . GTTTA TACACCTCCGGGC . AC TA CCA C TGCT . . . T . ATTGT . . TGC AAA A ACCAAAT A T CAAACTAATTAT T C AT TG TAAAA A TCGTTGTAATA T A TGAA . AT G . ATC . TC . A .
blockSeqs : . . T . . . . AG C . . . . . . . . TG T . . T T . . . A A T . . . C T C . . . CG . . . T T . T . G . . . . A A . . . . G GT . . . G . . AG T ACT . . . . . G G . . . C . T . . T TTA . T C AAC T . A G A A . A G G . . . . A A T . TGGA G . T AC . . C G . A G TA A AT C A GTGT AT TA T C . C A . . AG . A TTAGT . . . A A . TA G C . . . . . ACA T . . . AT A C . . TT TTG AG . . . . AC . . . ACTTTTGGG . . . . . . . . . T . ATTGT . . G A . CCAA A . GATACGGTATA T C AT T A A TTGTT . . AT . . . . . . C . A .
blockSeqs : . . T . . . . G . . . . . . . . . . A . . . T . . . A A . . . A T . . . . . . . . . G A . A A AC A . C A A . . A G T . . . . A . C . GA G . T TC . . C . . G . T . CT T A ACGA CT T T C . C A . . AA . A ATCAT . . . C G . . . . . . TA C . . . A A A . . T TAA AA . . . . T . . . AAACTTGG . . . . . . . . . T . TCTCA . . G A . CCA . . ATAAAGA . . T . . A TT . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . A . . . . T . T . T . . . . . . C . C A A A . A . . . AG . A . . . . T . . . . . AA A . . . A A A . . A TTG AA . . . . A . . . AAATTAGG . . . . . . . . . A . TCTCA . . G . . CA . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : C A . . . . AA A . . . A A A . . T CGC AA . . . . T . . . AAACTTGG . . . . . . . . . A . TTAT . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . CGC A . . . . T . . . AACTTGG . . . . . . . .
blockSeqs : . AAACTT . . . .
blockSeqCons : AG *** ** N**** *** T* T*** A* *** GT*** TTA** NAC******** A* A** G* TC****** **** CT**** GCGTA** CT**** A*** T* TNG** AA** T**** A** CCAA*** NAAACGATAT*** AT T* A**** TTGTT******** **** ****
originalCons : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAA----TT-GCA---TTTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTACTTA-TGAT--ATAAA--CGAAA-AAC-------AATTTT----AT-NTG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--A----CTTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-GT---TATTCAAA---CT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGC--TTGTAC--A-CTA--TTATC-AAC-TG-GAA----TATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAA-TATGATCANACTAGNTATATTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTTCGTTGTA-ATATGTATATAC---TTTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
finalCons : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAATGAAAAN----TT-GCA---TTT-AAATGTT---A-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGGA-CACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGAGT---AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTA--TTT-AAAGAGTAT-TTAT-TCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTG-TG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TT-GGATACTGTTATGGAATTGTATTA--TGAT--ATAAA--CGAAANAC--------AATTTT----AT-NTG-AA-GTAAAA-CAAA--GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAG-AAAT--NAATAGTGTT-TTTCGATGACG-TCACC--AAAATGTATC------TTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAGCT----ATTCCAAGTGCGTA--TATTCAAACT----ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAAGGTAGATTT--AATAA--TAT-T-CAAGAAACGAAAG-AAAATGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TA-TCATTT---T--TTANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGAA---ATA-T-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTNG--TACAA--CTA--TTATC-AAC-TG-GAAT----ATTA-C-GGAAT-----TATGT-A-A-C--TT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAG-TTN-TCGTAAGAT-TATCC-TCA-G-TATCA--TAT-CCTGTCCAA---TGTACATCAA-TATGATNAAACGATAT---TTATGTTCTGCTATTATATTTTCT-GTATTGA----AATTAGTTGTT--------TGTATATAC----TTTATACC-TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT
Alignments
lowQualScore : 2 11 111 111 11 1111 11111 1111 1111 1111 1 11 22222 111 11111 1 1 111111 1 22222 11 2222 1 1 11 11 1 22 111 22222 1 1 1 333333333 111 11 11 333333333 1 111 1 11 11111 1 1 111 11 11111 1 1 1 222 11 111 33333333333 1111 111 111 11111 11 33333333 1111 2222222 222 111 222222 33333333 2222 1111111 1 1 11 1 44444444444444 22222 222222 1 11 11111 2222 2 33333333 11 1 1 11 1111 11 1 111 22222 1 22222 33333333333333 11 11 111 1 2222 1111 222222 111 222 1 2222222 1 3333333333333 22222 4444444 444444 11 555555555555555555 11 1 111 222 1111 22
lowQualScore : 8 0 0 8 1 0 8 11 8 55 8 111 6 99 444 8 8 8 11 88 5555 8 88888 4444 8 7777 8 5555 1 0 0 11 55555 777 2 4 88888 3 0 5 999999 0 55555 33 0000 3 5 3 0 2 33 33 0 8 88 1 8 8 88 444 0 1 44444 8 8 0 0 3 2 222222222 777 44 33 3 3 555 1 555555555 3 0 777 0 9 00 77777 3 0 0 444 33 88888 0 9 5 777 8 11 1 222 33333333333 1 7777 99 99 88 3 8 111 1 77 6 6 99 6 000 7 1 6 55555 77 99 3 44444444 4444 99 2222222 444 3 5 0 000 88 000000 4 1 11111111 99 777 99 5 1 6 1 1 6 99 4444 6 5 1 6666666 99 6 6 2 1 3 3 44 3 22222222222222 22 2 33333 333333 0 5 33 5 11111 0000 0 5 66666666 5 9 11 0 0 77 1111 0 5 33 0 111 33333 0 22222 55555555555555 4 22 22 555 0 1111 66 5 1111 1 222222 5 5 222 999 3 2222222 3 3333333333333 1 8 0 0 22222 5555555 6 666666 66 111111111111111111 5 55 1 000 000 2222 11 5 4 5
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . ... . .. ... . . . .. .. .... . ..... .... . .... . .... . . . .. ..... ... . . ..... . . . ...... . ..... .. .... . . . . . .. .. . . .. . . . .. ... . . ..... . . . . . . ......... ... .. .. . . ... . ......... . . ... . . .. ..... . . . ... .. ..... . . . ... . .. . ... ........... . .... .. .. .. . . ... . .. . . .. . ... . . . ..... .. .. . ........ .... .. ....... ... . . . ... .. ...... . . ........ .. ... .. . . . . . . .. .... . . . ....... .. . . . . . . .. . .............. .. . ..... ...... . . .. . ..... .... . . ........ . . .. . . .. .... . . .. . ... ..... . ..... .............. . .. .. ... . .... .. . .... . ...... . . ... ... . ....... . ............. . . . . ..... ....... . ...... .. .................. . .. . ... ... .... .. . . .
lowQualScore : 0 8 8 0 4 0 0 00 0 88 8 777 7 22 000 0 0 0 00 88 0000 0 88888 8888 0 0000 0 4444 4 8 6 00 00000 555 5 2 00000 2 0 5 555555 0 00000 88 2222 2 5 2 0 5 88 88 0 0 88 4 0 0 00 000 8 4 88888 0 0 6 8 2 0 333333333 777 77 33 2 2 000 0 222222222 2 0 555 0 2 88 55555 2 0 0 888 88 55555 0 0 5 222 0 00 0 444 66666666666 4 0000 00 44 88 8 0 888 4 77 7 7 22 7 222 3 7 7 77777 55 22 5 55555555 2222 22 8888888 222 8 0 8 888 88 888888 0 0 88888888 22 444 00 4 0 7 0 7 7 22 5555 7 7 4 8888888 22 7 7 2 7 3 3 77 3 11111111111111 22 5 88888 000000 6 7 88 0 22222 9999 0 0 22222222 0 4 44 0 0 22 0000 2 0 88 0 222 55555 0 22222 22222222222222 4 22 22 666 0 2222 99 0 7777 0 999999 7 7 999 777 3 3333333 3 0000000000000 0 2 8 8 44444 4444444 0 000000 88 111111111111111111 7 77 4 000 000 1111 44 7 9 7
consensus : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAAT-GAAAAN---TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTAT-T-TATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATACTGTTATGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAC--GAAAAA-C-------AATTTT----ATN-TG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-T--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--T--C--TTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTG-G-T--ATATTCAA--ACT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AATAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTT---TT--TANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATATTATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTN--GTAC-AACTA--TTATC-AACT-G-GAA----TATTAC-GGAAT-----TATGT-A-A-CTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAGTTN-TCGTAAGAT-TATCCT-CA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAAT-ATGATNAAACNAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTCGTTGTAATATGTATATACTTTTATACC-----------TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
Reference ( family-1230 ) : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGNCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAAT-GAAAAN---TT-GCAT--TT-AAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTCGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTCGGC---ATCCAGCA-AATGATTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-TG-TGCT---ATAGGAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAGGAAGACGAAAATAATTGTATTT--AAAGAGTAT-T-TATTCAGCGAAATGTTTAGATANTTNTGT-A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TTA--GA--T--TTGG-ATACTGTTATGGAATTGTA-TTAT-GAT--ATAAAC--GAAANA-C-------AATTTT----ATN-TG-A-AGTAAAA-CAA-A-GGCTACA-GGATGTGTT-TA-TG--CAAGAAA-T--NAATAGTGTT-TTTCGATGAC-GTCACC--AAAATGTA--T--C--TTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGGG--TTTTAAATTACAATTGTATT-TNAC-AAAAG---CT-ATTCCAAGTGCG-T--ATATTCAA--ACT-ATAAGCAAAATACCGANT-GTCNTCACATAAA-CTA--GAGAG-TTG-AACAA-GGTAGATTT--AATAA--TAT-TC-AAGAAACGAAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTCAAGTATGAA-TAT-CATTT---TT--TANATGT-C---TTTTA------TAATGATTTGTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATAT-ATTA-T--------A-AAACAA-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTN--GTAC-AACTA--TTATC-AACT-G-GAA----TATTAC-GGAAT-----TATGT-A-A-CTT--GGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TCAAG--ANCTCAGTTN-TCGTAAGAT-TATCCT-CA-G-TATCA--TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATCAAT-ATGATNAAACGA--TAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCT-GTATTG----AAATTAGTTGTT------TGTATATAC-TTTATACC-----------TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|1 : AATGGT-AA--TTCAATTAAAACACAA-AGTGTTCTT--AGGCA-TCAGCAATGTAAA---AATAG--GCTTAAGTTGTAC-CT-GTT-AAGCTAAAAATCGAAAACATCTT-GCAACATT-AAATGT----A-GTACAAAGTTGTCATTGTTCAATACT----TACTATT---AGTAGTATAGCAAATT-ATG--GCTCCTGTGAAGTCT---GG---GATTAAATCCAGCATAATGAATTGGGAAGAGTA-TTCATCT-AGATTTGT-----AAACAAATTTTATCA-GTG---AAG-AAG--CAGTCTGT-TCCATGGTATG--GTG-TACCGTAACTAGGACGC--CTCCTCT-TCA-T----CTTAAATAGGAAA--T--A-TA-GAATAAT-TAAATACTTGTT--AAATTGAAAAAA
gi|10 : ccagaattgaatagtccgatcacagaagtggagataactcgtgttattgaacgtttaaataaagaaaaatcacatggaaatgacaatctcctcaacgaatattttattgaattcattgaatgccttaccaaataccttgtcaaattattcaacatagttttttcatcgggaatatttcccaattcttgttcagaggggattataacacttgtttttaaaaagggtgattacaatgactgtaataattacagaggtattacattatcgagttgcttgtcaaaaatatatactgctttactgaatgatagattaagtgcatgagcaaaaagtatgatttaatctctgatgcccaatttggttttaaagctggatatagtacaagtgatgctatttttgttttacactggttaataacacggacacttgcaaaacgtaaacaccttttttgttgctttgtggattatcaaaaggctcttttgataagtatgatatgaaacatgctcatttttaaattatcgaaatatggaactttgactgtcaaatgttaaagtcaatgaaactctaatataaaaacatgtggtacgccactacttaaatcaatggtcagagttgctcaggatgttcgccgaggggttgatgcagggcgagtcactctcctcccattgttattttcgttccatataaattaccttttgaaatgaaattattggaagtcatcgtgtattatctgtaagaaattagagaaatagctttattttttcatcgatatgctttgagatgacactgttttattattccagacaacggaacacacaggtttacaaagatatgttaactgtttgactcaacttatgacatctacagtggaattgatacccggtaaacgagacaaaactaatgttttgctagtattcagaaaaaagttggtagattgaaacagaaactattttttggaaatataatatggaaaagctattgatgttgtgagacaatcgttaatttatctagtatccactttgaatttcTG------TAATGATT-GTA-GAAAAC--AGTATT-TA-A--AGA-----TATCATTA-T--------A-AA-CAT-CCC-TCC-ACTTT-CAAG----------AACTA--TTATC-AACT-G-GAA-----AT-AT-GGAAT-----TATGT-A-AACTT--AG--TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-GTA-T--ATTTCAGTTA-TTGCAAGAC-TATCCT-TA-G-TATC---TAG-CCTGC-CCA---TGTACATCAAT-ATGAT------A--TA--CTATGTTCTGTTATCAT-TTCGTT-GTAT-------AATTTGTTGTT------TGTATATAC-TTTATACCTATTTTATACTTAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---ATATTAAAA--CAA-TACAA-TAC
gi|11 : TAATGGTAAAATTT--AT-AAAACACAA-AGTGTC-TT--AG-CACT-GGAAATGTAAATGCAA-GAATGTTTAAG
gi|12 : tttttcatgcgctggcgatactgagctattttcagaaacagaacaaaatgaaatgtgttgagttaaattaaactgttttcagcactacatttgtaaaagagatatgaaaataaatgtcggcgtagctatgtttgctgtatttagaaagcgtagtaaactaaatatgaactattgttagaaatggcacaatgccttgattgaaaactttgaattattttggtgttaatttgaatttTGGAATTCCA---AT-AAT--ATCACC--GAAAAC-CGTTTTTTATTTTT----ATT-TT-A---TAAGA-------------A-TGATGTGTT-TG-CG--CAAGAAA-T--GAACAG-GTT-TTTCGATAAT--TCATC--AAAATGTAATTAAC--TTATATATACAAG--TATGT--A----AATGATGAA--TTTCAT-TTAAAATTTTATT-TAAC-AAAAA---C--------AGT----------TCCAA--ACTCATCAGCAAA-TATCGAAT-GTCATCACATAAA-CTA--GAG-G-TTG-AACAA-GGTAGATAT--TATAA--TGTGTC-GAGAAATGAAAGA
gi|13 : CAA-GGTAGATTT--AGCAA--TAT-TC-AAGAACCGAAAGAAAA-TGTAAATTCTGT-TAAAACAATATTCAAGT-TGAA-TA-----------T--TACAT-------TTTTA------TAATGA-TTATA-GAAAAC--AGTATT-T-----AGA---TATAT-GTTAGT--------ATAAACAC-GCC-TC--AGCTT-CACGCTT--GTCC-AAGTA--TTATC-AACT-GTAAA----TATTAC-GAAAT-----TATGTAA-A-CTT---GG-TAA-A--TAC--CTAC---ATCA-AT----ATTCATCT--A-TTA
gi|14 : ATACT-----------TATAT--GGA-CTG--TATGGTTT-CTG---GTCA---AT----AAA--CAACTACAA-TACAg
gi|15 : AT--AATATTATA-ATTATA---CATATTATTA-T--------A-AA-CA--CCC-CCT-ACTT--CAAGCTT--GTACTAACTA--TTAT--AACT-G-GAA----AATTAC-GGAAT-----TATGT-A-AACTT------TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--A-TC--G--AACTCGGTTA-GTGTAAGAT-TATCCT-CA-G-Tatacaattcattgtaggtgaatcccactcttgtttgatttcagcctaagtaccacctatagggatcagatatccaaaacacgcatgtttgttgctctgaatttgacacagagtaaacattggcgatttatagcttcttagtggttcagatgcaatgaataata
gi|16 : aaaaaagcacacaatctgttaaatggttactctgaaaaataaagtttgCTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-T--TAATAGTGTT-TT--GA-GAC-GTCACC--AAAAAATA--T--A--TTATATA----AA--TATGT--C----AATGAAGG---TTTTAAATTACAATTGTATC-CTAC-AAAAG---AT-ATACCAAGTGAG-T--ATATTCAA--ACT-ATAAGT-AAATACCGA
gi|17 : T--TAAGTGT-C---CATTAATGTTTTGATAATTTCAG-GAAAAT---GTATA-TT-A--AGA---AATATTATTA-T--------A-AAAAAAACCT-TCT-ACTTA-CAAACTA--ATTC-AGTTG--TTATC-AACA-GAAAA----CATTTC-AGAAT-----TATGT-A-A-ATT--AGG-GAA-A--TAT--TCAT---AT
gi|18 : aA---AA-AG--GCTTAAGT---TGTCT-GTT-AAGT--AAAAT-AAAAAC---TTTGCAC--TT-AAATGTAATTAAGTACAAAGTTGTCATTGTTCGATACAAGTTTA-CATT---AGTAGTATAGCAAA-TTATG--G
gi|19 : AT-----TATGT-A-AACTT--GG--TAACA--AAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCTCTA-TCAGA--ATCTCAGTTA-TTGTAAGAT-TATCCT-CA-G-TATC---TAT-CCTGT-CCAA--TGTACATC-AT-ATGATc
gi|2 : ATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAAT-GAAAAA---TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAa
gi|20 : ccaacaattgatagttcttgaagggcttactgcagcggaggtaactgtacaatgcatcaagcgcttaaaaaaagaaaaatctcctggagttgataatattattgaatgaatattttattttatttgatgaataccttactactatttggtgaactctttaatttgtattttcctctgaattttcgcccaattatgtctgagggtattatagctcctgtttttaaaaagggatgtcaaacgaattgtaataattatgcgtggtattacactgtagttgtttgtcaaaatttttacagcatattaatgacgattaaaatgtatggtctagcaatgagatattatttctgatgctcagttggaatttaaatctggttacgtacaaagatgcaatttttgttttacatgcattaaatcaatagaacattgtagggtaagaaattaattgttgcttgtagattatcaaaaagctttgataaaataggacagaaatatgttatttttcaaattagcaaaacatggtattgattcgttcaaattttaaaaaatgatcaagtctatgtactccaatattaaatcatgtgtaaagacacaaaaatcagttctcaaactctcaccattgcaatgaggtttgatgcaaggggaatcctctcaccgatttcttttctctctgtgagtgaaatgattttgagatggaatcattgaaaaattgtgtatcccgaattgaaaataaaagaatgttttgtttttaatgatgttgtgatgatacggtactttttttcagacacagaaccaaggtttagccaaagcatgttgaattgtttacaagattatacctcatatgtggatataaagtcgaagtggataaaatcaaaaaatagtgttttttagaaagtggaaattaaaaaataactattgttggaagtatgaacaacatgttggttaataattggttgaaaattttaattatttgggtataacataatactTGTTCAA--AAT-ATTAG-AAAATACCGATT-ATCCTCACGTACA-TTA--GAGA--TTG-AATAA-GGTCGAT
gi|21 : -ATAGGCAAATAATCGTAT-GTCATCACATAAAACTA--AA-AG-TTG-AACAA-GGT---T-------------T-TT-AAGAAGTGAAAGcaacttcaaagagatt
gi|23 : cattaCC-----------TAT----GAA-CTG--TATGGTTC-TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TACAA-TACA
gi|3 : TGGT-AAATTTCA-C-AAAACTCAA-AATGTT-TTTTAG-C-GCCG-CAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CTTGTTTAACC--AAAA---AAGAT---TT-GCAT--T--GAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTTTGATACG----TA-TATACTAGGAAGTCTAGCAAATT-ATGTTGTT-----GAAGTTTTGGGGCTCA-C---A-CCAGCA-AATAATTTGGAAA---CACTTCATTTTGAATTTGTTGTAAAAA--AGTTTTA---TGTGTTAAAG---ATCTTA-CTATGTCTATG--ATGGTTTTACAATG-AATTGGGACGG-ACACCACTTACA-TG-TGCT---A----AGA-----AGTATGAATATT-GAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-AAGACAAAAATGATTGTATTTTTAAAGAGTAT-TATAT-CAGCGAAATGTTTAGATGTTTGTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGTTG---G-TTGAACA-TAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTC-T-TAG--GA--T--TTGGGATATTGTT--GGAATTGTACTTGTTGAT--ATAAATTTGAAACA-A-------AATTTT----ATGATG-A-AGTAAAA-CAA-A-GACTACATGGATGTGTTATA-TA--CAAGAAAAT--AAATAGTGTT-TTTGGA-GAC-GTCACC--AAAATGTA--C--TATTTATATC----AA--TATGT--C----AATGAAGG---TTTTAAATTACAATTGTATT-T-AC-AAAAAGCCCT-ATTCCTAGTG-G-TTTATATTCAA--AC--ATAAGTAAATTACCGACTAGCCCTCAC-TAGA-ATATTGAAA--TTG-AAAAAAGGTAGATTT--AGTAA--TAT-TCCAAGAAAAGAAAGAAAAATGTAAATTATGTGTCAGAGAACATTCAAGTATGAAGTATTCATTT---TTATTAGTTGT-CGCTTTTTA------TAATGATTTGGG-GAAAAC--AGTATT-AA-A--AGA---AATATTATTA-T--------A-AA-CAC-CCC-TCT-ACTTT-CAAGCTGTTGTAC-AATTA--TTATC-AACTTG-GAA----TATTACCGGAAT-----TATGT-A---CTTTTGGG-TAA-A--TAC--CTAT---ATAA-AT----GTTCATCT--AGTCAGATTATCTCAGTTTATTGTAAGATATATCCTTCA-G-TAT-----AT-CCTGC-C--A--TGTACATCA-T-ATGATATAAAGA--T---------TCTGATATT-TATTTCAT-GTATT-----AAATT---TGTT------TGTATATAC-TTTATACC-----------TTA----GAA-CTG--TATGGTTC-TTAATTGTCA---AT----AAAC-CAA-TACAATTACAgccacaattc
gi|4 : aatATAATGGT-AAATTTCAAC-AAAACTCAACAATGTT-TT--AG-CAGTCGCCAATGTAGA---AA-AA--GTTTAAGT---AG-CT-GTT-AACC--AAAAT-GAAAAA---TT-GCAT--TTGAAATGT---TA-GCACACAGTTGTCACTGTCTGATACG----TA-TATA---GGAAGTCTAGCAAATTTATG--GTT-----GGAGTTT---GGCTTGGC---ATCCAGCA-AATG-TTTGGAAA---CG-TTCATTT-GAATTTGT-----AAA--AGTTTTA--ATGTGTTAAAGTAAGTCCAA-CTATGTCTATG--ATG--TTT-CAATG-AATTGGGACGG-ACACCACT-ACA-T--TGCT---ATAGAAGA-GT--AGTA-GAATATT-GAAATATTGG-TTAAAATTAAAGGAAGAC--AAATAATTGTATTTA-AAAGAGTAT-T-TA-TCAG-GAAATG-TTAGATACTTTTG--A-C-T--CAAATTCTTTTAATTGT-G---G-TTGAACA-CAT--G--TAAGAGATTTATT-AT-ACTCGT-TTA--GG--T--TTGG-ATA-TGTT-TGGAATTGTACTTAT-GAT--ATAAAT--GAAAAA-C-------AATTTT----ATC-TG-A-AGT--AA-CAACA-GACTACA-GGATGTGTT-TA-TA--CAAGAAA-T--AAAT-GTGTT-TTTTGAGGAC-GTCACC--AAAATGTA--------TTATATA----GA--TATGT--TTTCAAATGAAAGGTTTTTTAAATTACAATTGTATTCTTAC--AAAG---CT-ATCCGAAGTGTG-T---TATTCAA--ACT-ATAAGTAGAATACCGACT-ATCCT-ACA-AGA-TTA--GAGAATTTG-AACAA-GGTAGATTTAAAAGAA--TAT-TC-AAGAAACAGAAGAAAA-TGTAAATTATGT-TCAGAGAACATTGAAG-ATGAA-TAT-CATTTTAATT--TATATGTCC---TTTTA------TAATGA--TGTA-AAACAC--AGTATT-TA-A--AGA---AATAT-AGTA-T--------A-TAAC-A-CCC-TCT-ACTTCATAAGCTT--GTAC--ATTA--TTATC-AACT-G-GAA----TATTACGGGAAT-----TATGT-A-A-CTT---GG-TAA-A--TAC--C-AT---A-AA-AT----TTTCATCT--A-TCAAG--ATCTCAGTTT-T-AT-AGAT-TATCCT-CA-G-TATCA--TAT-CCT-T-CC-A--TGT-C-TCAA--ATGATGATACGG--TATATAATGTTCTG---TTATATT------TATTG-------TTAATTGTT------TGTATATAC---TATACC-----------TAT----GAACCTG--TA-GGTT--TTG---GTCA---AT----AAA--CAA-TAC-A-TACA
gi|6 : TTGTATGAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATAT-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGCCG--CTAC-AACTAACTTATCCAACT-T-GGACAATTATTAC-GGAATGTTTATATGTTACA-CCTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAGTTTCTCA-AAGAT-TATCCT-CATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTCGTTGTAATATGTATATGCTTTTATACCA----------TATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACA
gi|7 : atacatgaag-GAAAACCGAGTATT-TACA--AGGTGCAATAT-ATTA-TTCACCCTCA-AAACAA-CCCCTCTTACTTTTCAAGCCG--CTAC-AACTAACTTATCCAACT-T-GGACAATTATTAC-GGAATGTTTATATGTTACA-CCTCCGGGCTAA-AACTACTACTTTCCAATAACATTGCTGTTAATTT--A-TCAAG--AACTCAGTTTCTCA-AAGAT-TATCCT-CATGCTATCAAATATACCTGTACCAAATTGTACATCAATTATGATCAAACTAATTAT-TTATGTTCTGCTATTATATTTTCTGGTATTGTAAAAAATTAGTCGTTGTAATATGTATATGCTTTTATACCA----------TATTGAAGAA-CTGATTATGGTTCGTTG---GTCAATCAT----AAGTCCAA-TAACA-TACAa
gi|8 : tAATGTTTAGA-AGTTGTGT-AAT-T--CAGATATGTTTACTTGT-GTCGG-TTCT-CA-GAT--GGATAAAACATTTATT-GTCGCTC-C-TTA--GAGAT--TTGG-ATACTATTATGGAATTCCA---AT-AATCGATTAAC--GAAAGAGC-------ATTTTT----ACA-TACACAGTGAAA-CAA-ACGGTTGAA-TGATGTGTT-TGCTG--GCATAAA-TTGGAAT-GCGTTGTTTTGATAAT--TCATC--AAAA-GTA--A--C--TTATATG----AA--TATGTGAT----AATGATGGG--CTATAAGTTGCAATT-TA-T-TAACAAAAAG---CCAATTTCAAATACGAT--ATGTACAGTTA-T-ATAAGC-AAATATCGCAT-GTCATCACAT-AA-CTA--GA-AG-TTGAAACAA-GGTAGATAT--CATAATGTGT-TC-AA-AAATG-AAGAAa
gi|9 : -AATTAGAACGGGACACCTCT-ACAGTGGTGCT---ATAGGAAATGTTTAGTA--AGTATTTGAAATATTGGTTTAAAATTAAAG-ACGCTGAAAATACT----------AAGAGTATGT-TATTCA-CGAAATGTT-AGCTCATTTTGTTA-CGTGGCAA--TTTTTTAATTGT-G---GGTTGACTAGTATCGG--TGAGAGAA--ATTGAT-ATTC-TGTTACGGA--TGGTTGT-CTA-TGTTATGGAATAGTA-TTAT-GGT--ATAAAA--GAAA-A-C-------AATTTTTTTTATC-TA-A-AGTAAAAACAA-A-GGCCACA-AGATGTGTT-TA-TGACCAAAAAT-T--TGATAGTGCT-AT----TGACTCTCACTCAAAAATGTG--T--C--TTATA-A----GACGTATGT--C----AA-GAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTATCGTGGTATATCACTAGTAAGTTGCATGTCAATTTTTTTACGTCAATTTTGAATGACAGGTTTTTAAATTGGTCACAAAAATATTTATATATGATGCACAATTCGGTTTTAAACCAGGTTATGGCATGACAGATGCTGCTTTTACTGTGCATGATTCAAAAAACATTAATTAACTTATAAGAAGATGCTTTGTGGACTATCTGAAGGCTTTTGATAGTGTCAACAGACAAAATCTATTTCTAAAATTAGATCGCAATGGAATAGTTGCTAAAATCTGTTATCAAATCTATTTATTCTAATGTAAAATTATGTGTAAAGTACAAGGGCAATAATTCACATTTCTGTGATGTGCAAAATGATCTCATACAAGGGGACGGATTATCGCCATTTTTGTTTTCTCTGTACATCAACGATTTTGAAAATTATTTGATTGAAAATTCAGTAGAAAATGTAGAATTGAAAGAATCGTCATTGTTATTGTCCCTCTATGCTGACGACACTGTTATTTGCACAAAGGAAAAACGCATTACAAAACATGCTGGATAAATTATTTGAATGTTCATGTAGTATTAGATGGAACAGACATGTTTATGTAGATAAAATGAAAATTGTTATGCTTAGGAACAATCTTAAATTAAGCACAAAAGATCAATGGTCATATAACGGAATCAATTAATGGAATATAATGGAACTCAAATTGATGCAGTGAATAGTTTTAGTTATTTAGGTGTAAATCTTTTTTTATACTGGAAAATTTACTAAAATCAAAACATTTTATATCACAGGGAAGAAAAATCAGATAATTATGTAACGAAAACACATTGATTATTGAAACTAAATTACATGTATTTGATACATGTACGAGAGG
Unaligned ( gi|22 ): TTAATTCAGTTGCTATCAACAGAAAATATTTAAAAATTATGTAAATTAGAGATATATTCAA
Unaligned ( gi|24 ): AATCTGATCACCCCGATCCTCCAGTCAGGTGGTTT