lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 2222 111 1 33333333 111 111 111 11 1 22222 11111 000000000000000000000000000000 111 111111 11111111 5555555555555555 777777777777 1111 22222222 111 2222222222222222 111 5555555555555555555555555555555555555 11 111
lowQualScore : 0 8 66 1111 555 2 3 6 11111111 0 333 1 888 99 555 4 55 6 0 44 6 44444 0 3 7 6 1 44444 555555555555555555555555555555 000 6 999999 3 44444444 0 99 9999999999999999 1 3 99 77 1 999999999999 5 2222 5 44 8 00000000 555 777 4444444444444444 5 5 99 777 5 8 5 0000000000000000000000000000000000000 6 99 6 8 11 444
lowQualScore : . . .. .... ... . . . ........ . ... . ... .. ... . .. . . .. . ..... . . . . . ..... .............................. ... . ...... . ........ . .. ................ . . .. .. . ............ . .... . .. . ........ ... ... ................ . . .. ... . . . ..................................... . .. . . .. ...
lowQualScore : 0 2 55 5555 888 3 5 7 22222222 7 222 7 333 22 666 8 55 7 8 77 0 77777 7 7 0 7 7 88888 888888888888888888888888888888 222 7 222222 2 33333333 7 22 0000000000000000 7 9 77 99 4 111111111111 7 1111 7 33 6 11111111 777 000 9999999999999999 0 0 00 222 0 2 1 8888888888888888888888888888888888888 7 22 7 0 00 222
consensus : ACATGTACGAC-TTGTTTGGACTTG-ACAATGAGACG-GTAATTTTGA-GAATATGATTTAGAGA-CATG-----CC-AAGGAAACGTCA--NTATTTATC---AGAATGTGTG--CTTTGC-GTAAAGCGACT-GGAAATTGTGACGATTG-T---GCTCTGTGTAGTTAGT-GACTG-NAAACTTT--------------G---TGAA---TAT-G-TA-CG------AGAAATTTGT-CTTG-TAAATATG--CACGATG-A------CATCTATCTTAGCATGA-AAAAAGAAC--AAATAAA------ATACATA-A----A-CTNTAAAA--N-A---TCTT--NTT--ATCT----AT-G--------CAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTACCT-TA-AAAAATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
Reference ( gi|5 ) : ACATGTACGAC-TTCTTTGGACTTT-ACAATGAGGTG-GTAATTTTGA-GTATATGATTAAGAAA-CATG-----CA-AAGGAAGCATCA--TTATTTATC---AGAATGTGTG--CTTTGC-ATAGAGTTACT-GCAAATTGTGATAATTG-T---GCTCTGTGCAGTTATT-GACTG-GGAA------------------G---TGAA---TAT-G-TA-CA------AGAAATTTCT-CATA-TGAATATG--CATGATGCA------CATCTATCTTAGCATGA-GAAAAGAAC--AAACAAAAT-T-AATGTATA-A----A-CTTTAGAA--T-A---TCTT--GTT--ATCT----AT-A--------CAA-GA-TAAG-GTTCCATGTTG-TTGAAATCAAGTCGATTGCTTTTA-AAAAAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACA-TTGTA
gi|1 : ACATGTACGACCTTCTTTGGACTTA-CCAATGAG-TGCGTAATTTTGAAGTATATGATTAAGAAAACATG-----CA-AAGGAAGCATCA--TTATTTATCA--AGAATGTGTGTTCTTTGCAATAGAG-TACTGGCAAATT-TGATAATTG-TG--GCTCTGTGCAGTTATTGGACTG-GGAA------------------G---TGAA----AT-GTTA-CA------AAAAATTTCTGCATATTGAATATG--CATGATG-A------CATCTATTCTAGCATGA-GAAAAGAACAAAAACAAAATATAAATGTATAGA----A-CTTTAGAA--T-A---TCTT--GTTTAATCT----ATAA--------CAAGGA-TAAG-GTTCCATGTTGTTTGAAATCAAGTCGATTGCTTTTATAAAAAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GCAAAAAC--AAGT-GCCATGGGACA-TTGTA
gi|2 : agccATGTATGAC-TTGTTTGGACCTTGACAATGAGAGA-GAAATTT----------GATTTAGGGG-CACG-----AC-AAGGAAACATTAAATTATTT-------GAATGTGTG--CTTTGA-GTAAAGTGACT-GAAAATTGTGAGGACTA-A---GTTCTATGTTGTGAGT-GACTG-TAAACTTTATTTATATTCGACTG---TAAACTTTAT-T-TA-CATTCAAGAGAAATTTGT-CTTG-TAAATTTA--CATG-TGCATGACTGCATCTATCTTAACA----------AAT--AAATACAA----AATG-ATA-A----A-----A-------A---TCTT--TTT--CTCTAG--AT-G--------CAA-GA-TGAA-GTTCTTTGTTG-TTTAAACTGAGTCAATTAC--GTA-AAA----------------G-----------T-GTCAAGAC--AG-T-GCCA--AGATG-TTGTAcaatatgcacctcaatcttctggttctataaaatcttaatcgtatagtcagacctttaattctggttttactcaactttgaatttcgatcaaactcctcgatcactcaaagttttttaagtcccgtgaaaact
gi|8 : aATTTACCAT-TTGTATTGACTTG-ACATTGAGACA-ATATTTTTGA-GAATACAATTCAGAGA-CATGGTTACCGTAAGGAAACATCA--GTATTTATC---AGAATGTATG--CTTCGT-GTAAAGTGACT-GAAAATTGTAATGATTGTT---ACTTCGTGTAATTAGT-GACTG-aatatgcactatagtgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttgatcacagtcccttgaacttttgagttatcaagagttacctgtgtgttatatgatattgtgttg
gi|7 : gatacaTACGAC-TGGTTTAACCTTC-ACAATGAGACA-GTAATTTTGA-GAATATAATTTAGAGA-CTTG-----C-------TGCATCA--GTATTCATT---AGATTGTGTG--CTTTAT-GTAAAGCGACT-GGGAATTGTGAAGTTTG-A---GATATTTGTAGTTAGT-AGCTATGCAACTTT--------------G---T------TAT-G-TA-CG------AGACACTTGT-CTTG-TAAATATGTACATGTGGGA------C--------TAACTTGA-ATATAGAGC--AAATAAAcaaa
gi|12 : ttTTTTGGGACTTG-ACAATGAGACA-GTAATTTTGA-AAACATGATTTAAAGA-CATG-----CC-AAAGAAATGCCA--CAATTTATCAATAAAATGTGTG--CTTTtacgtta
gi|4 : acataaaatttacataaGACTTG-ACAATAATATG-GCAATTTTGA-GAATATAATTTAGAGA-CATG-----CC-AAGGAAATGTCG--CTCTTTGTT---AGAGTGTGTG--CTTTGT-GTAAAGCAACT-GGAAATTGTTACAA--G-TAAAGCATGGTGTAATTAGT-GACAG-CAAA------------------ACTTTGGA----AT-G-TA-CA------AGG----TCT---TG-TGAATGTG--TAC-ATG----------------TTAACATGA-AAAAAAAGC--ATATAAA-------TATATA-A----A-TTAAAAAA--A-A---TCTT--GTT--ATCT----AT-G--------CAG-GA-TACA-ATTGCTTGTTG-TTGAAATTAAATCAATTACCT----AAAAATATG-AAGGACAACAGACTGTCAACTT-GTCAAAAC--TA-T-GTCA--AGttgtaaa
gi|3 : TACAGTGACG-GGAAACTGTGATTAATG-T---GTTCTGTGCA---ATT-G-C---AAAA------------------C---TTCA---TACCA-TA-AA------AGAAATTTAT-CTTG-TAAATATG--TAC---------------TTATCTTCACACAA-TAAAAGAAC--AAATAAA-------TATATA-ACAGTA-CTATAAAA--A-A----CTT--TTT--ATTT----AC-ATATACATGCAA-TA-TCAA-GTTCTGTGTTG-TTGAAATCAAGTC--------TTA-AAAAA--------GACTG-------------T-ATCAAAAC--AA-T-GCCA--GGATG-TTGTAcactctagttgcaatcatgatgagtggacctttatattccggaattgactcgacttatgaa
gi|6 : gtg---TAT-G-TCTCG------AGAAATTTGC-CATG-TAAATATG--TAC-ATGTA------CATCTATTTCAGCAAGA-AAAAAGAAC--AAACA-----------CATG-A----A-CTTTAAAAATT-A---TTTTTAGTT--A--T----AT-G--------TCA-GA-TAAA-GTTCTGTGCTT-TTGAAATCAAGTCAGTTACTT----AAAAATAGG-AAGGAagtgtgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactctaagttttctcaagatcccttgaacttttgagttaaatcaagaatgacctatagtatgtattatcttga
gi|10 : gattgtgaaacatcattattATGTATCTGAGCATGAAGAAAAGAAT--AAATA-----------CGTC-A----A-CTTCAAAA--A-AAAATCTT--TTT---TCTTATGAT-G--------CAA-GAATAAAAGTTCCTTGTTG-TTGAAATCATGTAAGTTACCT----AAAAATATGAAAGGATAGTT-----------TGGTTGAAACAAAA-TGGCCT--GGATGTTTGTAaataattgtcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttatatgaaggccccttgaactttaagttattgagagtcacctg
gi|13 : ATACATA-A----ATCTCTGAAA--TTA---TATT----T--ATCT----AT-A--------CAA-GA-TAAA-GTTT----TTG-CTGAC-TTAAGTCAATTACCT-----AAAATATG-GAGGACAAGA-----------T-GTCAAAAC--AA-a
gi|17 : TT--ATCT----AT-G--------CAG-GA-TAAA-GCT---TTTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTACCTagtcgtttattataaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ACAATGCCAGAATGTTGCAAGTATTCACCCCTGTTGTTATAAAATCTAAATCATAGTGGCCAGGTCTTTTTCTGGTTTTGACTCAACCTTCGATCTTTTAAACTTGAGATCACTTTAAGGTTTATGTAGGTCCCTTAAACTTCGAGTTATCTCGAGTCACCTAA
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCACTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAACT
Unaligned ( gi|14 ): GTAATGTTCAGACCTTTAATTTATGGATTTGACTCAATCTTGGATCTCTCAATCTCTTCAAGTTTTATCAAGGTCCCTTGAACTTTGATTTCTTAAGAGTCACCAGTAAA
Unaligned ( gi|15 ): AACGGCTGGAAATTGTGACTATTGTACTCCTGTAGATAGCGACTACAAAACGTCGTTATATTCGAGCCATTTGTTTTGCAAAAATGGGGAACTCAACATGAATA
Unaligned ( gi|16 ): CTTTATTTCTGGATTTATTCAACCTTTGATCTTTTGAACTCTTGATATCACTCAAAACTTTATCAAGATCCCTAGAACTTCTAGTTA
Unaligned ( gi|18 ): GATCGCTTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 11111 666666666666666666666666666 1111111111 1111 333333333333333 111111 11111111111111 11111 11111 2222222222222 111 22222 333333333333333
lowQualScore : 8 5 66666 5 5 0 5 33333333 1 6 00000 77 3 5 1 5 66 2 11111 5 1 2 5 0 7777 000000000000000000000000000 5 4444444444 0 0000 999999999999999 555 66 66 444444 4 22222222222222 5 1 22222 1 11111 2222222222222 4 4 4 4 111 4 1 4 44444 66 7 4 444444444444444 5 77 5 6 99 8
lowQualScore : . . ..... . . . . ........ . . ..... .. . . . . .. . ..... . . . . . .... ........................... . .......... . .... ............... ... .. .. ...... . .............. . . ..... . ..... ............. . . . . ... . . . ..... .. . . ............... . .. . . .. .
lowQualScore : 0 7 11111 7 7 6 7 00000000 4 6 44444 99 1 0 4 0 55 2 22222 0 4 5 0 4 6666 777777777777777777777777777 0 8888888888 1 6666 888888888888888 444 00 99 000000 6 11111111111111 0 0 44444 0 33333 7777777777777 4 4 4 4 222 4 7 4 99999 11 4 4 777777777777777 7 99 7 7 22 0
consensus : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTTTTT--A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
Reference ( family-1220 ) : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------TGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAANA---TCTTNTT--A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
gi|1 : ACATGTACGACCTTCTTTGGAC-TTACCAATGAGTGCG-TAATTTTGAAGTA-TATGATTAAGAAAACATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---AAGAATGTGTGTTCTTTGCAATAGAGT-ACTGGCAAATT-TGATAATTG-T---GGCTCTGTGCAGTTATTGGACTG-GG-AA-------------------GTGAA----AT-GTTA-C------AAAAAATTTCTGCATATTG--AATATGCATG---ATG-A---CATCTATTCTAGCATGAG-AAAAGAACAAAAACAA----AATATAAATGTATAGA----A-CTTTAGAATA---TCTTGTTTAA--TCT----A--------TAACAAGGA-TAAG-GTTCCATGTTGTTTGAAATCAAGTCGATTGC-TTTTATAAAA--AA-ATG-AAGGACAGCA-----------T-GCAAAAAC--AAGT-GCCATGGGACA-TTGTA
gi|10 : agccATGTATCTGAGCATGAAGAAAAGAAT--AAATA---------CG----TC---A----A-CTTCAAAAAAAAATCTTTTT-----TCTTATGA--------T-GCAA-GAATAAAAGTTCCTTGTTG-TTGAAATCATGTAAGTTAC-CT-----AAA--AATATGAAAGGATAGTT-----------TGGTTGAAACAAAA-TGGCCT--GGATGTTTGTAcaatatgcacctcaatcttctggttctataaaatcttaatcgtatagtcagacctttaattctggttttactcaactttgaatttcgatcaaactcctcgatcactcaaagttttttaagtcccgtgaaaact
gi|12 : TTGGGAC-TTGACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-AAA-CATGATTTAAAGA-CATG----CC--AAAGAAATGCCACAATTTATCAATA-AAATGTGTG--CTTTTTG-TAAAa
gi|13 : acataaaatttacataattATACA----TA---A----ATCTCTGAAAT----TATATTT--A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAA-GTTT----TTG-CTGAC-TTAAGTCAATTAC-CT------AA--AATATG-GAGGACAAGA-----------T-GTCAAAAC--AA-
gi|15 : AACGGCTGG-AAATTGTGACTATTG-T---A-CTCC-TGTAGATAGCG-ACTACAA-AA-CGT--------------CGT------TAT-AT-T-C------GAGCCATTT----GTTTTGCAAAAATGagtcgtttattataaa
gi|17 : AAAAAA---AGTGTTT--A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TAAA-GCT---TTTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-CT---GAAAGTTGATATA-AAgggaactcaacatgaata
gi|2 : atatatttgtaaaATGTATGAC-TTGTTTGGACCTTGACAATGAG-A----------GA-GAAATTTGATTTAGGGG-CACG----AC--AAGGAAACATTA--AATTATT---T-GAATGTGTG--CTTTGAG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTGAGGACTA-A---G-TTCTATGTTGTGAGTG-ACTG-TA-AA-CTTTATTTATATTCGACTGTAAACTTTAT-TT-A-CATTCAAGAGAAATTT----GTCTTGTAAATTTACATGTGCATG-ACTGCATCTATCTT--------------AAC--AAAT-A----AATACA-----A---A----A-TGATAAAA-A---TCTTTTT--C--TCTAG--A--------T-GCAA-GA-TGAA-GTTCTTTGTTG-TTTAAACTGAGTCAATTA--CG---TAAAA------------------G-----------T-GTCAAGAC--AG-T-GCCA--AGATG-TTGTA
gi|3 : aGTG-TACAGTGACGGG-AAACTGTGATTAATG-T---G-TTCTGTGCAATTG-----C---AA-AA-CTT--------------C----A---TACCAT-A-A------AAGAAATTT----ATCTTGTAAATATGTAC---------------TTATCTTCACACAAT-AAAAGAAC--AAATAA----A-TATA----TA---ACAGTA-CTATAAAAAA----CTTTTT--A--TTT----ACATATACAT-GCAA-TA-TCAA-GTTCTGTGTTG-TTGAAATCAAGT--------CT---TAAAA--AA--------GAC--TG-----------T-ATCAAAAC--AA-T-GCCA--GGATG-TTGTAaatatgcactatagtgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttgatcacagtcccttgaacttttgagttatcaagagttacctgtgtgttatatgatattgtgttg
gi|4 : GAC-TTGACAATAAT-ATGGCAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAATGTCGCTCTTTGTT---A-GAGTGTGTG--CTTTGTG-TAAAGCAACTGG-AAATTGTTACAA--G-TAAAG-CATGGTGTAATTAGTG-ACAG-CA-AAACTT--------------TG-GAA---T---GT-A-C------AAG----------GTCTTGTGAATGTGTAC----ATG-------------TTAACATGAA-AAAAAAGC--ATATAA----A-TATA----TA---A----A-TTAAAAAAAA---TCTTGTT--A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TACA-ATTGCTTGTTG-TTGAAATTAAATCAATTAC-CT-----AAA--AATATG-AAGGACAACAGACTGTCAACTT-GTCAAAAC--TA-T-GTCA--AGagtgtgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactctaagttttctcaagatcccttgaacttttgagttaaatcaagaatgacctatagtatgtattatcttga
gi|5 : ACATGTACGAC-TTCTTTGGAC-TTTACAATGAG-GTGGTAATTTTGA-GTA-TATGATTAAGAAA-CATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCA-TAGAGTTACTGC-AAATTGTGATAATTG-T---G-CTCTGTGCAGTTATTG-ACTG-GG-AA-------------------GTGAA---TAT-GT-A-C------AAGAAATTT----CTCATATGAATATGCATG---ATGCA---CATCTATCTTAGCATGAG-AAAAGAAC--AAACAAAATTAATGTA----TA---A----A-CTTTAGAATA---TCTTGTT--A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAG-GTTCCATGTTG-TTGAAATCAAGTCGATTGCTTT---TAAAA--AAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACA-TTGTAcactctagttgcaatcatgatgagtggacctttatattccggaattgactcgacttatgaa
gi|6 : ---TAT-GT-CTC------GAGAAATTT----GCCATGTAAATATGTAC----ATGTA---CATCTATTTCAGCAAGAA-AAAAGAAC-------A----AACACA----TG---A----A-CTTTAAAAAT---TATTTTT--AGTTAT----A--------T-GTCA-GA-TAAA-GTTCTGTGCTT-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-TT-----AAA--AATAGG-AAGGA
gi|7 : gattgtgaaacatcattattTACGAC-TGGTTTAACC-TTCACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CTTG----CT--G------CATCAGTATTCATT---A-GATTGTGTG--CTTTATG-TAAAGCGACTGG-GAATTGTGAAGTTTG-A---G-ATATTTGTAGTTAGTA-GCTA-TGCAA-CTT--------------TGT------TAT-GT-A-C------GAGACACTT----GTCTTGTAAATATGTACAT--GTG-G---GA-CTAACT-----TGAA-TATAGAGC--AAAT-A----AATACG----Taataattgtcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttatatgaaggccccttgaactttaagttattgagagtcacctg
gi|8 : ttATTTACCAT-TTGTATTGAC-TTGACATTGAG-ACAATATTTTTGA-GAA-TACAATTCAGAGA-CATGGTTACCGTAAGGAAACATCAGTATTTATC---A-GAATGTATG--CTTCGTG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTAATGATTGTT---A-CTTCGTGTAATTAGTG-ACTG-CA-AA-ta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ACAATGCCAGAATGTTGCAAGTATTCACCCCTGTTGTTATAAAATCTAAATCATAGTGGCCAGGTCTTTTTCTGGTTTTGACTCAACCTTCGATCTTTTAAACTTGAGATCACTTTAAGGTTTATGTAGGTCCCTTAAACTTCGAGTTATCTCGAGTCACCTAA
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCACTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAACT
Unaligned ( gi|14 ): GTAATGTTCAGACCTTTAATTTATGGATTTGACTCAATCTTGGATCTCTCAATCTCTTCAAGTTTTATCAAGGTCCCTTGAACTTTGATTTCTTAAGAGTCACCAGTAAA
Unaligned ( gi|16 ): CTTTATTTCTGGATTTATTCAACCTTTGATCTTTTGAACTCTTGATATCACTCAAAACTTTATCAAGATCCCTAGAACTTCTAGTTA
Unaligned ( gi|18 ): GATCGCTTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 11111 666666666666666666666666666 1111111111 1111 333333333333333 111111 11111111111111 2222222222222 111 22222 333333333333333
lowQualScore : 8 5 66666 5 5 0 5 33333333 1 6 00000 77 3 5 1 5 66 2 11111 5 1 2 5 0 7777 222222222222222222222222222 5 4444444444 0 0000 999999999999999 555 66 66 444444 4 22222222222222 5 1 777 4 9999 2222222222222 4 4 4 4 111 4 4 44444 66 7 4 444444444444444 5 77 5 6 99 8
lowQualScore : . . ..... . . . . ........ . . ..... .. . . . . .. . ..... . . . . . .... ........................... . .......... . .... ............... ... .. .. ...... . .............. . . ... . .... ............. . . . . ... . . ..... .. . . ............... . .. . . .. .
lowQualScore : 0 7 11111 7 7 6 7 00000000 4 6 44444 99 1 0 4 0 55 2 22222 0 4 5 0 4 6666 666666666666666666666666666 0 8888888888 1 6666 888888888888888 444 00 99 000000 6 11111111111111 0 0 888 4 7777 7777777777777 4 4 4 4 222 4 4 99999 11 4 4 777777777777777 7 99 7 7 22 0
consensus : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
Reference ( family-1220 ) : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
gi|1 : ACATGTACGACCTTCTTTGGAC-TTACCAATGAGTGCG-TAATTTTGAAGTA-TATGATTAAGAAAACATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---AAGAATGTGTGTTCTTTGCAATAGAGT-ACTGGCAAATT-TGATAATTG-T---GGCTCTGTGCAGTTATTGGACTG-GG-AA-------------------GTGAA----AT-GTTA-C------AAAAAATTTCTGCATATTG--AATATGCATG---ATG-A---CATCTATTCTAGCATGAG-AAAAGAACAAAAACAA----AATATAAATGTATAGA----A-CTTTAGAATA---TCTTGTTTAA--TCT----A--------TAACAAGGA-TAAG-GTTCCATGTTGTTTGAAATCAAGTCGATTGC-TTTTATAAAA--AA-ATG-AAGGACAGCA-----------T-GCAAAAAC--AAGT-GCCATGGGACA-TTGTA
gi|10 : agccATGTATCTGAGCATGAAGAAAAGAAT--AAATA---------CG----TC---A----A-CTTCAAAAAAAAATCTT-TTT----TCTTATGA--------T-GCAA-GAATAAAAGTTCCTTGTTG-TTGAAATCATGTAAGTTAC-CT-----AAA--AATATGAAAGGATAGTT-----------TGGTTGAAACAAAA-TGGCCT--GGATGTTTGTAcaatatgcacctcaatcttctggttctataaaatcttaatcgtatagtcagacctttaattctggttttactcaactttgaatttcgatcaaactcctcgatcactcaaagttttttaagtcccgtgaaaact
gi|12 : TTGGGAC-TTGACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-AAA-CATGATTTAAAGA-CATG----CC--AAAGAAATGCCACAATTTATCAATA-AAATGTGTG--CTTTTTG-TAAAa
gi|13 : acataaaatttacataattATACA----TA---A----ATCTCTGAAAT----TATA-TTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAA-GTTT----TTG-CTG-ACTTAAGTCAATTAC-CT------AA--AATATG-GAGGACAAGA-----------T-GTCAAAAC--AA-
gi|15 : AACGGCTGG-AAATTGTGACTATTG-T---A-CTCC-TGTAGATAGCG-ACTACAA-AA-CGT--------------CGT------TAT-AT-T-C------GAGCCATTT----GTTTTGCAAAAATGagtcgtttattataaa
gi|17 : AAAAAA---AGTG-TTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TAAA-GCT---TTTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-CT---GAAAGTTGATATA-AAgggaactcaacatgaata
gi|2 : atatatttgtaaaATGTATGAC-TTGTTTGGACCTTGACAATGAG-A----------GA-GAAATTTGATTTAGGGG-CACG----AC--AAGGAAACATTA--AATTATT---T-GAATGTGTG--CTTTGAG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTGAGGACTA-A---G-TTCTATGTTGTGAGTG-ACTG-TA-AA-CTTTATTTATATTCGACTGTAAACTTTAT-TT-A-CATTCAAGAGAAATTT----GTCTTGTAAATTTACATGTGCATG-ACTGCATCTATCTT--------------AAC--AAAT-A----AATACA-----A---A----A-TGAT-AAAAA---TCTT-TTT-C--TCTAG--A--------T-GCAA-GA-TGAA-GTTCTTTGTTG-TTTAAACTGAGTCAATTA--CG---TAAAA------------------G-----------T-GTCAAGAC--AG-T-GCCA--AGATG-TTGTA
gi|3 : aGTG-TACAGTGACGGG-AAACTGTGATTAATG-T---G-TTCTGTGCAATTG-----C---AA-AA-CTT--------------C----A---TACCAT-A-A------AAGAAATTT----ATCTTGTAAATATGTAC---------------TTATCTTCACACAAT-AAAAGAAC--AAATAA----A-TATA----TA---ACAGTA-CTATAAAAAA----CTT-TTT-A--TTT----ACATATACAT-GCAA-TA-TCAA-GTTCTGTGTTG-TTGAAATCAAGT--------CT---TAAAA--AA--------GAC--TG-----------T-ATCAAAAC--AA-T-GCCA--GGATG-TTGTAaatatgcactatagtgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttgatcacagtcccttgaacttttgagttatcaagagttacctgtgtgttatatgatattgtgttg
gi|4 : GAC-TTGACAATAAT-ATGGCAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAATGTCGCTCTTTGTT---A-GAGTGTGTG--CTTTGTG-TAAAGCAACTGG-AAATTGTTACAA--G-TAAAG-CATGGTGTAATTAGTG-ACAG-CA-AAACTT--------------TG-GAA---T---GT-A-C------AAG----------GTCTTGTGAATGTGTAC----ATG-------------TTAACATGAA-AAAAAAGC--ATATAA----A-TATA----TA---A----A-TTAAAAAAAA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TACA-ATTGCTTGTTG-TTGAAATTAAATCAATTAC-CT-----AAA--AATATG-AAGGACAACAGACTGTCAACTT-GTCAAAAC--TA-T-GTCA--AGagtgtgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactctaagttttctcaagatcccttgaacttttgagttaaatcaagaatgacctatagtatgtattatcttga
gi|5 : ACATGTACGAC-TTCTTTGGAC-TTTACAATGAG-GTGGTAATTTTGA-GTA-TATGATTAAGAAA-CATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCA-TAGAGTTACTGC-AAATTGTGATAATTG-T---G-CTCTGTGCAGTTATTG-ACTG-GG-AA-------------------GTGAA---TAT-GT-A-C------AAGAAATTT----CTCATATGAATATGCATG---ATGCA---CATCTATCTTAGCATGAG-AAAAGAAC--AAACAAAATTAATGTA----TA---A----A-CTTTAGAATA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAG-GTTCCATGTTG-TTGAAATCAAGTCGATTGCTTT---TAAAA--AAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACA-TTGTAcactctagttgcaatcatgatgagtggacctttatattccggaattgactcgacttatgaa
gi|6 : ---TAT-GT-CTC------GAGAAATTT----GCCATGTAAATATGTAC----ATGTA---CATCTATTTCAGCAAGAA-AAAAGAAC-------A----AACACA----TG---A----A-CTTTAAAAAT---TATT-TTT-AGTTAT----A--------T-GTCA-GA-TAAA-GTTCTGTGCTT-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-TT-----AAA--AATAGG-AAGGA
gi|7 : gattgtgaaacatcattattTACGAC-TGGTTTAACC-TTCACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CTTG----CT--G------CATCAGTATTCATT---A-GATTGTGTG--CTTTATG-TAAAGCGACTGG-GAATTGTGAAGTTTG-A---G-ATATTTGTAGTTAGTA-GCTA-TGCAA-CTT--------------TGT------TAT-GT-A-C------GAGACACTT----GTCTTGTAAATATGTACAT--GTG-G---GA-CTAACT-----TGAA-TATAGAGC--AAAT-A----AATACG----Taataattgtcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttatatgaaggccccttgaactttaagttattgagagtcacctg
gi|8 : ttATTTACCAT-TTGTATTGAC-TTGACATTGAG-ACAATATTTTTGA-GAA-TACAATTCAGAGA-CATGGTTACCGTAAGGAAACATCAGTATTTATC---A-GAATGTATG--CTTCGTG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTAATGATTGTT---A-CTTCGTGTAATTAGTG-ACTG-CA-AA-ta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ACAATGCCAGAATGTTGCAAGTATTCACCCCTGTTGTTATAAAATCTAAATCATAGTGGCCAGGTCTTTTTCTGGTTTTGACTCAACCTTCGATCTTTTAAACTTGAGATCACTTTAAGGTTTATGTAGGTCCCTTAAACTTCGAGTTATCTCGAGTCACCTAA
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCACTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAACT
Unaligned ( gi|14 ): GTAATGTTCAGACCTTTAATTTATGGATTTGACTCAATCTTGGATCTCTCAATCTCTTCAAGTTTTATCAAGGTCCCTTGAACTTTGATTTCTTAAGAGTCACCAGTAAA
Unaligned ( gi|16 ): CTTTATTTCTGGATTTATTCAACCTTTGATCTTTTGAACTCTTGATATCACTCAAAACTTTATCAAGATCCCTAGAACTTCTAGTTA
Unaligned ( gi|18 ): GATCGCTTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 11111 666666666666666666666666666 1111111111 1111 333333333333333 111111 11111111111111 2222222222222 111 22222 333333333333333
lowQualScore : 8 5 66666 5 5 0 5 33333333 1 6 00000 77 3 5 1 5 66 2 11111 5 1 2 5 0 7777 222222222222222222222222222 5 4444444444 0 0000 999999999999999 555 66 66 444444 4 22222222222222 5 1 777 4 9999 2222222222222 4 4 4 4 111 4 4 44444 66 7 4 444444444444444 5 77 5 6 99 8
lowQualScore : . . ..... . . . . ........ . . ..... .. . . . . .. . ..... . . . . . .... ........................... . .......... . .... ............... ... .. .. ...... . .............. . . ... . .... ............. . . . . ... . . ..... .. . . ............... . .. . . .. .
lowQualScore : 0 7 11111 7 7 6 7 00000000 4 6 44444 99 1 0 4 0 55 2 22222 0 4 5 0 4 6666 666666666666666666666666666 0 8888888888 1 6666 888888888888888 444 00 99 000000 6 11111111111111 0 0 888 4 7777 7777777777777 4 4 4 4 222 4 4 99999 11 4 4 777777777777777 7 99 7 7 22 0
consensus : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
Reference ( family-1220 ) : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
gi|1 : ACATGTACGACCTTCTTTGGAC-TTACCAATGAGTGCG-TAATTTTGAAGTA-TATGATTAAGAAAACATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---AAGAATGTGTGTTCTTTGCAATAGAGT-ACTGGCAAATT-TGATAATTG-T---GGCTCTGTGCAGTTATTGGACTG-GG-AA-------------------GTGAA----AT-GTTA-C------AAAAAATTTCTGCATATTG--AATATGCATG---ATG-A---CATCTATTCTAGCATGAG-AAAAGAACAAAAACAA----AATATAAATGTATAGA----A-CTTTAGAATA---TCTTGTTTAA--TCT----A--------TAACAAGGA-TAAG-GTTCCATGTTGTTTGAAATCAAGTCGATTGC-TTTTATAAAA--AA-ATG-AAGGACAGCA-----------T-GCAAAAAC--AAGT-GCCATGGGACA-TTGTA
gi|10 : agccATGTATCTGAGCATGAAGAAAAGAAT--AAATA---------CG----TC---A----A-CTTCAAAAAAAAATCTT-TTT----TCTTATGA--------T-GCAA-GAATAAAAGTTCCTTGTTG-TTGAAATCATGTAAGTTAC-CT-----AAA--AATATGAAAGGATAGTT-----------TGGTTGAAACAAAA-TGGCCT--GGATGTTTGTAcaatatgcacctcaatcttctggttctataaaatcttaatcgtatagtcagacctttaattctggttttactcaactttgaatttcgatcaaactcctcgatcactcaaagttttttaagtcccgtgaaaact
gi|12 : TTGGGAC-TTGACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-AAA-CATGATTTAAAGA-CATG----CC--AAAGAAATGCCACAATTTATCAATA-AAATGTGTG--CTTTTTG-TAAAa
gi|13 : acataaaatttacataattATACA----TA---A----ATCTCTGAAAT----TATA-TTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAA-GTTT----TTG-CTG-ACTTAAGTCAATTAC-CT------AA--AATATG-GAGGACAAGA-----------T-GTCAAAAC--AA-
gi|15 : AACGGCTGG-AAATTGTGACTATTG-T---A-CTCC-TGTAGATAGCG-ACTACAA-AA-CGT--------------CGT------TAT-AT-T-C------GAGCCATTT----GTTTTGCAAAAATGagtcgtttattataaa
gi|17 : AAAAAA---AGTG-TTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TAAA-GCT---TTTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-CT---GAAAGTTGATATA-AAgggaactcaacatgaata
gi|2 : atatatttgtaaaATGTATGAC-TTGTTTGGACCTTGACAATGAG-A----------GA-GAAATTTGATTTAGGGG-CACG----AC--AAGGAAACATTA--AATTATT---T-GAATGTGTG--CTTTGAG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTGAGGACTA-A---G-TTCTATGTTGTGAGTG-ACTG-TA-AA-CTTTATTTATATTCGACTGTAAACTTTAT-TT-A-CATTCAAGAGAAATTT----GTCTTGTAAATTTACATGTGCATG-ACTGCATCTATCTT--------------AAC--AAAT-A----AATACA-----A---A----A-TGAT-AAAAA---TCTT-TTT-C--TCTAG--A--------T-GCAA-GA-TGAA-GTTCTTTGTTG-TTTAAACTGAGTCAATTA--CG---TAAAA------------------G-----------T-GTCAAGAC--AG-T-GCCA--AGATG-TTGTA
gi|3 : aGTG-TACAGTGACGGG-AAACTGTGATTAATG-T---G-TTCTGTGCAATTG-----C---AA-AA-CTT--------------C----A---TACCAT-A-A------AAGAAATTT----ATCTTGTAAATATGTAC---------------TTATCTTCACACAAT-AAAAGAAC--AAATAA----A-TATA----TA---ACAGTA-CTATAAAAAA----CTT-TTT-A--TTT----ACATATACAT-GCAA-TA-TCAA-GTTCTGTGTTG-TTGAAATCAAGT--------CT---TAAAA--AA--------GAC--TG-----------T-ATCAAAAC--AA-T-GCCA--GGATG-TTGTAaatatgcactatagtgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttgatcacagtcccttgaacttttgagttatcaagagttacctgtgtgttatatgatattgtgttg
gi|4 : GAC-TTGACAATAAT-ATGGCAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAATGTCGCTCTTTGTT---A-GAGTGTGTG--CTTTGTG-TAAAGCAACTGG-AAATTGTTACAA--G-TAAAG-CATGGTGTAATTAGTG-ACAG-CA-AAACTT--------------TG-GAA---T---GT-A-C------AAG----------GTCTTGTGAATGTGTAC----ATG-------------TTAACATGAA-AAAAAAGC--ATATAA----A-TATA----TA---A----A-TTAAAAAAAA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TACA-ATTGCTTGTTG-TTGAAATTAAATCAATTAC-CT-----AAA--AATATG-AAGGACAACAGACTGTCAACTT-GTCAAAAC--TA-T-GTCA--AGagtgtgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactctaagttttctcaagatcccttgaacttttgagttaaatcaagaatgacctatagtatgtattatcttga
gi|5 : ACATGTACGAC-TTCTTTGGAC-TTTACAATGAG-GTGGTAATTTTGA-GTA-TATGATTAAGAAA-CATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCA-TAGAGTTACTGC-AAATTGTGATAATTG-T---G-CTCTGTGCAGTTATTG-ACTG-GG-AA-------------------GTGAA---TAT-GT-A-C------AAGAAATTT----CTCATATGAATATGCATG---ATGCA---CATCTATCTTAGCATGAG-AAAAGAAC--AAACAAAATTAATGTA----TA---A----A-CTTTAGAATA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAG-GTTCCATGTTG-TTGAAATCAAGTCGATTGCTTT---TAAAA--AAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACA-TTGTAcactctagttgcaatcatgatgagtggacctttatattccggaattgactcgacttatgaa
gi|6 : ---TAT-GT-CTC------GAGAAATTT----GCCATGTAAATATGTAC----ATGTA---CATCTATTTCAGCAAGAA-AAAAGAAC-------A----AACACA----TG---A----A-CTTTAAAAAT---TATT-TTT-AGTTAT----A--------T-GTCA-GA-TAAA-GTTCTGTGCTT-TTGAAATCAAGTCAGTTAC-TT-----AAA--AATAGG-AAGGA
gi|7 : gattgtgaaacatcattattTACGAC-TGGTTTAACC-TTCACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CTTG----CT--G------CATCAGTATTCATT---A-GATTGTGTG--CTTTATG-TAAAGCGACTGG-GAATTGTGAAGTTTG-A---G-ATATTTGTAGTTAGTA-GCTA-TGCAA-CTT--------------TGT------TAT-GT-A-C------GAGACACTT----GTCTTGTAAATATGTACAT--GTG-G---GA-CTAACT-----TGAA-TATAGAGC--AAAT-A----AATACG----Taataattgtcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttatatgaaggccccttgaactttaagttattgagagtcacctg
gi|8 : ttATTTACCAT-TTGTATTGAC-TTGACATTGAG-ACAATATTTTTGA-GAA-TACAATTCAGAGA-CATGGTTACCGTAAGGAAACATCAGTATTTATC---A-GAATGTATG--CTTCGTG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTAATGATTGTT---A-CTTCGTGTAATTAGTG-ACTG-CA-AA-ta
blockSeqs : . C ACAG . A . GTTACCGT G C AATA . T . G . CT T TAAA . A G . CAA CTTTATTTATATTCGACTGTAAACTT C ACATTCAA . GTGCATGACTGCAT GAG AG . AAAATT A TAACAGT T T AAA . AGT ACATATACA . . A A CCT . T GA TT T A AACAGACTGTCAACT G AA . G . T
blockSeqs : . . ATGG . . . CC A C T . A . G . GG C TT . G G . TGC ACTTTGGAA . CTC . GATGCACAT TCA T . AA A TCA . C . . A TATGA . . . . CTT . . TA . T . AGTT . . . . . .
blockSeqs : . . GTGG . . . AC G T A . T . G . TT A T . G G . TA CGTCGT . TC . ATGTACAT TAA A . AA A TAA . A . . A AGA . . . . CTG . . TA . T . AAGA . . . . . .
blockSeqs : . . ACAG . . . CC A G A . T . A . CA T A . G T . AA CTTTGT . AA . ATGTGGGA TAG G . A A TAA . A . . C A . . . . GCT . . TA . T . AGCA . . . . . .
blockSeqs : . ACAA . . . CA A G A . C . T . TA T T . T G . CA CTTCA . AC . ATG CAG A . A A TAA . A . . A A . . . . CCA . . . . A . TG . . . . .
blockSeqs : . A . . . CT A . A . T . G . AG T T . G G . GG GTGAA . AC . . T A . A . TGA . T . . A A . . . . CTG . . . . T . G . . .
blockSeqs : T . G . TG . A . . . . CA . AC . . . . A . AA . T . . A A . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A**** ** CTTCGTA******************** AC******** **** ** A***** TAA*********** A*** A**** **
originalCons : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AA-CTT--------------CGTGAA---TAT-GT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATAA----AATACA----TA---A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CT---TAAAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
finalCons : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATCA----GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-NA-AACTTCGTA--------------------TAT-GTAC--------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAAC--AAATA-----AATACATAA-----------A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTTA---TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC-CTA----AAA--AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ACAATGCCAGAATGTTGCAAGTATTCACCCCTGTTGTTATAAAATCTAAATCATAGTGGCCAGGTCTTTTTCTGGTTTTGACTCAACCTTCGATCTTTTAAACTTGAGATCACTTTAAGGTTTATGTAGGTCCCTTAAACTTCGAGTTATCTCGAGTCACCTAA
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCACTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAACT
Unaligned ( gi|14 ): GTAATGTTCAGACCTTTAATTTATGGATTTGACTCAATCTTGGATCTCTCAATCTCTTCAAGTTTTATCAAGGTCCCTTGAACTTTGATTTCTTAAGAGTCACCAGTAAA
Unaligned ( gi|16 ): CTTTATTTCTGGATTTATTCAACCTTTGATCTTTTGAACTCTTGATATCACTCAAAACTTTATCAAGATCCCTAGAACTTCTAGTTA
Unaligned ( gi|18 ): GATCGCTTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 11111 11111 6666666666666666666666666666666 1111111111 1111 333333333333333 22222222222 11111 1111 2222222222222 111 1111111 111111 333333333333333
lowQualScore : 8 5 66666 5 5 0 5 33333333 1 6 00000 77 3 5 1 5 66 2 11111 5 1 2 4 00000 1111111111111111111111111111111 4444444444 0 0000 999999999999999 555 66 00000000000 22222 5 0000 5 1 777 4 9999 2222222222222 4 4 4 4 111 4 5555555 9 222222 4 444444444444444 5 77 5 6 99 8
lowQualScore : . . ..... . . . . ........ . . ..... .. . . . . .. . ..... . . . . ..... ............................... .......... . .... ............... ... .. ........... ..... . .... . . ... . .... ............. . . . . ... . ....... . ...... . ............... . .. . . .. .
lowQualScore : 0 7 11111 7 7 6 7 00000000 4 6 44444 99 1 0 4 0 55 2 22222 0 4 5 4 33333 9999999999999999999999999999999 8888888888 1 6666 888888888888888 444 00 44444444444 55555 0 6666 0 0 888 4 7777 7777777777777 4 4 4 4 222 4 4444444 0 444444 4 777777777777777 7 99 7 7 22 0
consensus : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-N-A-AA-CTT--------------CGT-A-----T--ATGT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAACAA---------ATA-----AATACATA-A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC--C----TAAAA---AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
Reference ( family-1220 ) : ACATGTACGAC-TTGTTTGGAC-TTGACAATGAG-ACGGTAATTTTGA-GAA-TATGATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAACGTCANTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCG-TAAAGCGACTGG-AAATTGTGACGATTG-T---G-CTCTGTGTAGTTAGTG-ACTG-N-A-AA-CTT--------------CGT-A-----T--ATGT-A-C------GAGAAATTT----GTCTTGTAAATATGCACG---ATG-A---CATCTATCTTAGCATGAA-AAAAGAACAA---------ATA-----AATACATA-A----A-CTNTAAAAAA---TCTT-TTT-A--TCT----A--------T-GCAA-GA-TAAA-GTTCCGTGTTG-TTGAAATCAAGTCAATTAC--C----TAAAA---AATATG-AAGGACAGCG-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACG-TTGTA
gi|1 : ACATGTACGACCTTCTTTGGAC-TTACCAATGAGTGCG-TAATTTTGAAGTA-TATGATTAAGAAAACATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---AAGAATGTGTGTTCTTTGCAATAGAGT-ACTGGCAAATT-TGATAATTG-T---GGCTCTGTGCAGTTATTGGACTG-G-G-AA-------------------GTGA-----A--ATGTTA-C------AAAAAATTTCTGCATATTG--AATATGCATG---ATG-A---CATCTATTCTAGCATGAG-AAAAGAACAAAAACAAAATATA-----AATGTATAGA----A-CTTTAGAATA---TCTTGTTTAA--TCT----A--------TAACAAGGA-TAAG-GTTCCATGTTGTTTGAAATCAAGTCGATTGC--TTTTATAAAA---AA-ATG-AAGGACAGCA-----------T-GCAAAAAC--AAGT-GCCATGGGACA-TTGTA
gi|10 : agccATGTATCTGAGCATGAAGAAAAGAA-------------TA-----AATACGTC-A----A-CTTCAAAAAAAAATCTT-TTT----TCTTATGA--------T-GCAA-GAATAAAAGTTCCTTGTTG-TTGAAATCATGTAAGTTAC--C----T-AAA---AATATGAAAGGATAGTT-----------TGGTTGAAACAAAA-TGGCCT--GGATGTTTGTAcaatatgcacctcaatcttctggttctataaaatcttaatcgtatagtcagacctttaattctggttttactcaactttgaatttcgatcaaactcctcgatcactcaaagttttttaagtcccgtgaaaact
gi|12 : TTGGGAC-TTGACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-AAA-CATGATTTAAAGA-CATG----CC--AAAGAAATGCCACAATTTATCAATA-AAATGTGTG--CTTTTTG-TAAAa
gi|13 : acataaaatttacataattATACATA-A----ATCTCTGAAAT----TATA-TTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAA-GTTT----TTG-CTG-ACTTAAGTCAATTAC--C----T--AA---AATATG-GAGGACAAGA-----------T-GTCAAAAC--AA-
gi|15 : AACGGCTGG-AAATTGTGACTATTG-T---A-CTCC-TGTAGATAGCG-ACTACA-A-AA-CGT--------------CGT-------T--ATAT-T-C------GAGCCATTT----GTTTTGCAAAAATGagtcgtttattataaa
gi|17 : AAAAAA---AGTG-TTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TAAA-GCT---TTTTG-TTGAAATCAAGTCAGTTAC--C----TGAAAGTTGATATA-AAgggaactcaacatgaata
gi|2 : atatatttgtaaaATGTATGAC-TTGTTTGGACCTTGACAATGAG-A----------GA-GAAATTTGATTTAGGGG-CACG----AC--AAGGAAACATTA--AATTATT---T-GAATGTGTG--CTTTGAG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTGAGGACTA-A---G-TTCTATGTTGTGAGTG-ACTG-T-A-AA-CTTTATTTATATTCGACTGT-AAACTTT--ATTT-A-CATTCAAGAGAAATTT----GTCTTGTAAATTTACATGTGCATG-ACTGCATCTATCTT--------------AACAA---------ATA-----AATACA-A-A----A-TGAT-AAAAA---TCTT-TTT-C--TCTAG--A--------T-GCAA-GA-TGAA-GTTCTTTGTTG-TTTAAACTGAGTCAATTAC--G----TAAAA-------------------G-----------T-GTCAAGAC--AG-T-GCCA--AGATG-TTGTA
gi|3 : aGTG-TACAGTGACGGG-AAACTGTGATTAATG-T---G-TTCTGTGCAATTG-----C---A-A-AA-CTT--------------CAT-A-----C---CAT-A-A------AAGAAATTT----ATCTTGTAAATATGTAC---------------TTATCTTCACACAAT-AAAAGAACAA---------ATA-----AATATATA-ACAGTA-CTATAAAAAA----CTT-TTT-A--TTT----ACATATACAT-GCAA-TA-TCAA-GTTCTGTGTTG-TTGAAATCAAGT------C--T----TAAAA---AA--------GAC--TG-----------T-ATCAAAAC--AA-T-GCCA--GGATG-TTGTAaatatgcactatagtgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttgatcacagtcccttgaacttttgagttatcaagagttacctgtgtgttatatgatattgtgttg
gi|4 : GAC-TTGACAATAAT-ATGGCAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CATG----CC--AAGGAAATGTCGCTCTTTGTT---A-GAGTGTGTG--CTTTGTG-TAAAGCAACTGG-AAATTGTTACAA--G-TAAAG-CATGGTGTAATTAGTG-ACAG-C-A-AAACTT--------------TGG-A--------ATGT-A-C------AAG----------GTCTTGTGAATGTGTAC----ATG-------------TTAACATGAA-AAAAAAGCAT---------ATA-----AATATATA-A----A-TTAAAAAAAA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-GCAG-GA-TACA-ATTGCTTGTTG-TTGAAATTAAATCAATTAC--C----TAAAA---A-TATG-AAGGACAACAGACTGTCAACTT-GTCAAAAC--TA-T-GTCA--AGagtgtgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactctaagttttctcaagatcccttgaacttttgagttaaatcaagaatgacctatagtatgtattatcttga
gi|5 : ACATGTACGAC-TTCTTTGGAC-TTTACAATGAG-GTGGTAATTTTGA-GTA-TATGATTAAGAAA-CATG----CA--AAGGAAGCATCATTATTTATC---A-GAATGTGTG--CTTTGCA-TAGAGTTACTGC-AAATTGTGATAATTG-T---G-CTCTGTGCAGTTATTG-ACTG-G-G-AA-GT----------------GA-A-----T--ATGT-A-C------AAGAAATTT----CTCATATGAATATGCATG---ATGCA---CATCTATCTTAGCATGAG-AAAAGAACAA---------ACAAAATTAATGTATA-A----A-CTTTAGAATA---TCTT-GTT-A--TCT----A--------T-ACAA-GA-TAAG-GTTCCATGTTG-TTGAAATCAAGTCGATTGCTTT----TAAAA---AAAATG-AAGGACAGCA-----------T-GTCAAAAC--AA-T-GCCA--GGACA-TTGTAcactctagttgcaatcatgatgagtggacctttatattccggaattgactcgacttatgaa
gi|6 : G-ATTG-TGA-AA-CAT--------------CATTA-----TTTATGT-CTC------GAGAAATTT----GCCATGTAAATATGTAC----ATGTA---CATCTATTTCAGCAAGAA-AAAAGAAC-------------A-----AACACATG-A----A-CTTTAAAAAT---TATT-TTT-AGTTAT----A--------T-GTCA-GA-TAAA-GTTCTGTGCTT-TTGAAATCAAGTCAGTTAC--T----T-AAA---AATAGG-AAGGA
gi|7 : TACGAC-TGGTTTAACC-TTCACAATGAG-ACAGTAATTTTGA-GAA-TATAATTTAGAGA-CTTG----CT--G------CATCAGTATTCATT---A-GATTGTGTG--CTTTATG-TAAAGCGACTGG-GAATTGTGAAGTTTG-A---G-ATATTTGTAGTTAGTA-GCTA-T-GCAA-CTT--------------TGT-------T--ATGT-A-C------GAGACACTT----GTCTTGTAAATATGTACAT--GTG-G---GA-CTAACT-----TGAA-TATAGAGCAA---------ATA-----AATACGTaataattgtcacattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttatatgaaggccccttgaactttaagttattgagagtcacctg
gi|8 : ttATTTACCAT-TTGTATTGAC-TTGACATTGAG-ACAATATTTTTGA-GAA-TACAATTCAGAGA-CATGGTTACCGTAAGGAAACATCAGTATTTATC---A-GAATGTATG--CTTCGTG-TAAAGTGACTGA-AAATTGTAATGATTGTT---A-CTTCGTGTAATTAGTG-ACTG-C-A-AA-ta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ACAATGCCAGAATGTTGCAAGTATTCACCCCTGTTGTTATAAAATCTAAATCATAGTGGCCAGGTCTTTTTCTGGTTTTGACTCAACCTTCGATCTTTTAAACTTGAGATCACTTTAAGGTTTATGTAGGTCCCTTAAACTTCGAGTTATCTCGAGTCACCTAA
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCACTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAACT
Unaligned ( gi|14 ): GTAATGTTCAGACCTTTAATTTATGGATTTGACTCAATCTTGGATCTCTCAATCTCTTCAAGTTTTATCAAGGTCCCTTGAACTTTGATTTCTTAAGAGTCACCAGTAAA
Unaligned ( gi|16 ): CTTTATTTCTGGATTTATTCAACCTTTGATCTTTTGAACTCTTGATATCACTCAAAACTTTATCAAGATCCCTAGAACTTCTAGTTA
Unaligned ( gi|18 ): GATCGCTTCAAAGTTTTATTAAGGTCCCTTGAAT