lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 333333333333333 22222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1
lowQualScore : 777 99 0 0 777777777777777 3 66666 777777 8888888 444 7 1 33333333 33 55 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 2 7 22 22 22 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 6666666666 1 3333 0 333 1 88888 1 66666666 555555555555555555555555555555555555 5555555 77 00000000000000000000000 000 0 1 44 77777 1 2 4444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 22 111111111111111 22 222 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 44444 3 1 1 3 1 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 3 4 5 777777 2
lowQualScore : ... .. . . ............... . ..... ...... ....... ... . . ........ .. .. .. .............................................................................. .. . . .. .. .. . ............................................................ . .......... . .... . ... . ..... . ........ .................................... ....... .. ....................... ... . . .. ..... . . .... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .. ............... .. ... .... ................................................................................ .... ..... . . . . . . .............................................................................................................. .. . . . ...... .
lowQualScore : 777 22 8 1 555555555555555 1 99999 777777 7777777 777 5 7 99999999 22 66 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 1 4 99 99 99 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 7777777777 7 7777 4 000 7 55555 8 66666666 444444444444444444444444444444444444 9999999 33 99999999999999999999999 000 8 7 33 11111 9 1 5555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 22 444444444444444 22 888 4444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 88888 8 9 9 7 4 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 6 0 0 777777 8
consensus : NNTAACG-T-TTT--TATAAGATATCNCA----AA--A---TGA-ATT---TTATAA------GAT-------A---TCTCA--N-ACGCTTT--A--TG--AGATAT--CTTAT--AAN-A-C----AT-------AT----A-AGGTA--T----------A-----TCTNATA---NA----CTTT--AT-AAGATA--TC--T--TAT-A-------A--AA----------AT----AA-A-T---T-TAT---A----N---------GATATCT---------CAT-AA----AGT---TTAT-AA--G--A-TATC--------TT-AT-AA-----A-G---TTNAT-----AA-------GATAT-------CTTATA-NAAGTTA--C-------A---GTTTAT-AAGATATCT-CATA--AAATN-T-ATAA-GA----TA--T--C---ATA---T--T-T--AAC----TN-T-A-T-------A--AGAT-AT---C-----TCA-A---AA-----------AC--ATT-AA----AAG--AT---CTTA--T--ACAATA---T---T----CA-------AGAT--ATC----A---T---AT----A------G-------AA----TAT-----------ATGAN---AT--CTCATA-AAC--TT--T--CTT-T-ATAA--------GATATCTTATA------AA--------A-----ATAAGAT-NTC----------TT---ATA------A----AAGT-------T---AT-----------GA--TATCT--TAT-N---A------A-GTT--TATG---AGATA----TCTTAT-A-----T-CA-AAAA--T-GT-T-A---T-TAAG--ATAT------ATTC-T----AA---A--GT-----TN-ATGAGATATCT-TA-TAA-----AGT-TT-ATGAGATATCTTA------C-------TA-C-----A-AT-A-----T---ATC-TCAT---AT--A-----T----TN---ATGAGATATC-TTATAAAG-----AG--A--A--AAT----A--TA-A-GATATCTCA-TAT-----CTTTTATAAG
Reference ( gi|2 ) : CCTAACA-T-TTT--TATACGATATCCCAG---AA--A---TGA-ATT---TCATAA------GAT-------A---TATCA--A-ACGCTTT--A--TG--AGATAC--CTTAT--GGC-A-C----AC-------AC----A-AGGTA--T----------A-----TCTGATA---TA----TTTT--AT-AAGGTA--TC--T--TAT-A-------A--AA----------AT----AA-A-T---T-CAT---A----T---------GATATTT---------TAT-AA----AGT---TTAT-AA--A--A-TATC--------TT-CT-AA-----A-G---TTAAT-----AG-------GATAT-------CCCATA-CAAGTTA--C-------A---GTTTAC-AAGATATCT-CATA--AGATA-T-ATAA-GA----TA--T--C---ATA---T--T-T--AAC----TG-T-A-T-------A--AAAT-AT---C-----TCA-A---AA-----------AC--ATT-AA----AAG--AT---TTTGC-T--ACAGTA---T---T----CA-------AGAT--ATC----A---T---AT----G------G-------AA----TAC-----------ATGAA---AT--CTCATA-AAC--TT--T--CTTAT-ATAA--------GACATCTTATA------AA--------A-----ATAAGAT-TTC----------TT---ATA------A----AAGC-------T---GT-----------GA--TATCT--TAT-T---A------A-GTT--TATG---AGATA----TCTTGT-A-----T-CA-AAAA--T-GT-T-A---T-TAAG--ATAT------AGTC-T----AA---A--GT-----TG-GCGAGATATCT-TG-TAA-----AGT-TT-ATGAGATAGCTTA------C-C-----TA-C-----A-AT-A-----T---ATC-TCAT---AT--A-----TC---TA---ATGAGATGTC-TTATAGAG----AAG--A--A--AAC----A--TA-A-GATATCTCA-TAT-----CTTTTAGAAG
gi|1 : TAAGA-TATCT--TATACGAT-TTACAGTTTAC--A---GGATATTATACCATAA------AAT-------A---TGTAA--G-ACGCTTT--ATTTA--AGCTA-----TAT--AAG-A-T----AC-------A----------TG--T----------A-----TCTAATA---AA----CCCT--AT-A----A--TC--T--TGT-GT------ATTAA----------AC----AA-G-T----------------------------TATCT---------TAA-AA----AGT---TTGT-GA--A--ATTAGC--------TT-AT-AA-----G-A---T--AG-----AA-------GATAT-------CTTAT--CA--TTATTT-------A---TTTTAT-AAGATATCT-TAGA--AAACA-A-ATAA-GA--------------------------T--AAC----TT-T-A-T-------A--AGAT-AT---T-----CTATA---AG-----------AT--ATC-AATTATAAG--ATA--TTT-------CAAAC---T---T----TATG-----AGAT--ATC----G---T---AT----AAT----G-------CA----TAC-----------AGGAT---AT--CTCATA------TG--T--GT--T-ATAA--------GATATCCTATA------AA--------A-----GTAAG---TTCATACGATAATTC---ATA------A----AATT-------T---ATAA---------GA--TATCT--CATAT---AATTCACA-GTT--TATA---TGATA----TCTCAT------------AAAA--T-GTAT-A---C-T-AT--ATAT------AA---T----AA---A--TT-----TT-ATGAGATATCT-TA-TAA-----AATATA-AAAAAATATCTTA------T----------C-----A-AT-A-----T----TC-T-AT---AT--ACTTTCTT---TT---ATATAATATC-TTATA------------A--A--AGT----T--TA-ACGATATCTTA-TA
gi|9 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaacttTAACGGT-TTTGATGTAAGATGTCTCA------------TAA-AGT---TCATAA------GAT-------AGTTTAT----A-AC-TTTT--A--TG--AGATAT--CTTATACGGT-A-CT---AA-------AG----A-AAGTT--T----------A-----TTTGATA---Ttgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : cttggtatgtcataaactttacaagatatcttatACA-T-TTT---ATGAGATATCATAT---AA--ACTGTGA-ATT---ATATGA------GAT-------A---TCTTA--T-AAATTTT--A--TG--AATTAT--CGTAT--GA--A-C----TT-------ACTTTTATAGG-A--T----------A-----TCTTATAACACA----T-----AT-GAGATA--TC--C--TGT-A-----------------------T----GC-A-T---T--AT---A----C---------GATATCT---------CAT-AA----AGT---TTG---A--A--A-TATC--------TT-AT-AATTGATA-T---CTTAT-----AG-------AATAT-------CTTATA--AAGTTA--TCTT----ATTTGTTTTCTAAGATATCT-TATA--AAATA-A-ATAATGA----TA--A--G---ATATCTT--C-T--ATC----T--T-A-T-------A--AGCTAAT---T-----TCA-C---AA-----------AC--TTT-TT----AAG--ATAA-CTTGT-T---TAATA---C---A----CA-------AG----ATT----A---T---AG----G------GTTTATTAGA----TAC-----------ATG-T---AT--CTTATA------TA--G--CTTAA-ATAA--------AGCGTCTTACATATTTTAT--------G-----GTATAAT-ATC----------CT---GTA------A----A--C-------T---GTAAATCGTATAAGA--TATCT--TAT-G---A------A-ATT--TATT---AGATACATGTATTTT-A-----T-CA-AAAA--TAG-----------AAG--ATA---------TC-T----AA---AACAT-----TATGTAAGATATAT-Tct
gi|6 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatTT--TATAAGGCATCTTA------------TGT-ACT---TTTGAA------GAT-------G---TCTCA--A-A-G-TTT--A--TG--GGATAT--CTTA-----C-A-A----AA-------AT----A-TGAGA--T----------A-----TCTTATAAGCTAAATCTTTT--AT-AAGATA--TC--T--TAT-A-------A--AA----------GTTATCAG-A-T---TTCGT---A----TAAAAGTTATGATATTT---------TAT-AA----AGT---TTAT-tatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|6 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgagttttaaaatgtctcaaaaacTT--TATAAAATATC-----------A---TAA-CTT---TTATAC------GAA-------A---TCTGAT-A-AC-TTTT--A--TA--AGATAT--CTTAT--AAA-A-G----ATTTAGCTTAT----A-AG--A--T----------A-----TCTCATA---T-----TTTT--GT-AAGATA--TC--C--CAT-A-------A--AC---------------------T---T---T---G----A---------GACATCT---------TCA-AA----AGT---ACAT-AA--G--A-TGCC--------TT-AT-AA-----A-G---TTTTT-----GA-------GACATTTTAAAACTCATA-CAAGATA--T-------GT--GTTT-T-TTGACATCT-GAAA--AAATA-T-Ag
gi|7 : t--TATAAGATATCCCAG---TATTA---TAA-CTT---TTATAA------GAT-------A---Tgtttatg
gi|7 : tatatcttataaactttatgaactatcttatatgaacaatgttgataagatatgttttaaagtttatgagatgtttaatgggatacatgtatctaactataagaagtatcatacaggaGATATCTTAT---AA--A-----A-GTT-----ATAATACTGGGAT-------A---TCTTA--T-ATCCTGT--A--TG--A--TACTTCTTAT--AGTTA-G----AT-------AC----A--TGTA--TCCCATTAAACA-----TCTCATA---AA----CTTT--AA-AACATA--TC--T--TAT-C-------A--AC----------AT----TG---T---T-CAT---A----TAA-------GATAGTT---------CAT-AA----AGT---TTAT-AA--G--A-TATct
gi|3 : tAA---AA--A---TGG-ATT---TTATAA------GCC-------C---TCTCA--T-AAACTTT--A--TG--AGAT-------AT--CGA-A---------------------A-AAGT-------------------------------------TTT--AT-AGGATA--TC--T--TCT-G-------A--AA----------GT----AA-A-T---T-CAT---G----T---------GATACTT---------TAT-AA----CAT---TTAT-AATTATCA-TGTCTATAAACTTT-TT-AA-----A-G---TTAAT---------------------------TTATA-TAATCTA--C-------T---GTTTAT-GAGATATCTCCATA--AAATA-T-GTAA-GA----TA--T--C---TTA---TGAT-A--AAC----TA-T-A-T-------ATTATAT-ATA--T-----TCA-ATTCAATTCGTTTATTGACCAATT-AA----GGG--CC---CCCAC-TGGGCAA--------------CA-------AGAT--AT--------------------------A-------AG----TAC--------------------T--CTCATT-AAA--TA--T--CTGAT-ATAAGATAACACGATATCTAATA------AA--------GTTT--ATGAGATGGTT----------TT---AT-----------------------------------------A--TATCT--AAT-A---A------A-A----TATG---ATATA----TCTTG-----------A-AAGA--G-G----A---T-TAA---ATGT------At
gi|5 : cattttta---AA--A---GGT-ATC---TCATAA------CATTTAGAAGA---TATCA--T-ATGTTAT--G--CG--AGATA------AT--A---A-T----AT-------AC----G-AG--A--T----------A-----TTT--TA---TA----TTCT--AT-TAGATA--TG--T--TAT-A-------A--AA----------G-----------------AT---A----T---------G----TT---------TAA-AA----AGT---T-AC-AA--G--A-TATC--------TT-TT-AA-----A-T---TTA-T-----GA-------GATAT-------CTCCTA--AAGTTT--A-------A------TAT-AAAATATCT-CATATAAGATA-A-AGAA-AACACTTG--T--G---ATA---T--C-T--CACATCTTC-T-A-T-------A--ACAT-ATATCC-----TGA-A---GG-----------AT--A-T-AA----AAT--AT---
gi|9 : --A---TAA-ACT---TTACAA------GAT-------A---TCTTATTA-ACGGTTTTGA--TGTAAGATGT--CTCAT--AAA-G-T----TC-------AT----A-AG--A--T----------A-----GTTTATA---AC----TTTT--AT-GAGATA--TC--T--TAT-ACGGTACTA--AA----------GA----AA-G-T---T-TAT---T----T---------GATATCT---------atctc
gi|6 : cttggtatgtc--A---TGA-GTT---T--TAA------AAT-------G---TCTCA--A-AAACTTT--A--TA--AGGCAT--CTTAT--G-T-A-C----TT-------TT----G-AAG-A--T----------G-----TCT--CA---AA----GTTT--AT-GGGATA--TC--T--TAC-A-------A--AA----------AT----A------------T---G----A---------GATATCT---------TAT-AAGCTAAATCTTTTAT-AA--G--A-TATC--------TT-ATAAA-----A-G---TT-AT-----CA-------GATTT-------CGTATA-AAAGTTA--T--------------------GATATTT-TATA--AAGTT-T-AT
gi|4 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtA-GTT---TTAT--------GAT-------A---TATCA--TTACA-TAT--A--TG--AGATAA--CTCGT--A-C-AGT----AC-------AT----A-AG--A--T----------A-----TTTAATA---TA----CTTT--AT-AAGATAGGCC--TACTAT-ACT-----A--TA----------TT----AACA-T---T-TATGATA----T---------GATATATCTCAAAAACTAT-GA----CTT---TTAC-AA--T--A-TAAC--------TT-TT-A----------------T-----AA-------GATTT-------CCGATA-ATAG--A--A-------A---ACTTAT-ATGATATCT-CATA--AATTG-T-ATAA-GA----TA--T--C---g
gi|12 : caa-ATT---TTATAA------GAT-------A---TCTCA--T-GAGCTTT--C--TG--AGATAT--CTTgtaataaaggatatagataggtcgtaagctttaaaag
gi|3 : tatatatcatgaatttcagaagatatcttacataatttgg---TCATAA------GAT-------A---TCTTA--C-ATATTTT--A--TGG-AGATAT--CT-------C-A-T----AA-------AC----A---GTA----------------------GAT----TA----T-----AT-AAATTA--AC--T--T-T-A-------A--AA----------A--------G-T---T-TAT---AGACAT---------GATAATT----------AT-AA----ATG---TTAT-AA--A--G-TATC--------AC-AT-GA-----A-T---TTACTTTCAGAA-------GATAT-------CCTATA-AAACTT----------------TTT-C---GATATCT-CATA--AAGTT-T-ATGA-GA----ataagaaatat
gi|11 : catttttaaaaaatggattttataagcccATAA------GAT-------A---TATCA--T-AAACTTT--AT-TA--AGATAT--CTTAT--taaactatatattatatatattcaattcaattcgtttattgaccaattaagggcccccactgggcaacaagatataagtactctcattaaatatctgatataagataacacgatatctaataaagtttatgagatggttttatatatctaataaaatatgatatatcttgaaagaggattaaatgta
gi|6 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttgatCTTT--A--TA--AAATAT--CATA-------A-CTTTTAT-------AC----G-AA----------------A-----TCTGATA---AC----TTTT--AT-AAGATA--TC--T--TAT-A-------A--AAGATTTAGCTTAT----AAGA-TATCT-CAT---A----TTTTTGTAA-GATATCC---------CAT-AA----ACT---T--T-GA--G--A-CATC--------TT-CA-AA-----A-G---TACAT-----AA-------GATGC-------CTTATA--AAGTT----------------TTT---GAGACATTT-TAAA--ACTCA-T-ACAA-GA----TA--T--aactttaataagatatc
gi|1 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacTTT--A--TA--AGATAT--CTTAG--AAA-A-C----AA-------AT----A-AGATAACT----------T-----TATAAGA---TA----TTCT--AT-AAGATA--TCAAT--TAT-A-------A--GAT---------ATTTC-AA-ACT---T-TAT---G----A---------GATATCG---------TAT-AA----TGC---ATAC-AG--G--A-TATC--------TC-AT-AT-----GTG---TTA-T-----AA-------GATAT-------CCTATA-AAAGT-A----------A---GTTCAT-ACGATAATT-CATA--AAATT-T-ATAA-GA----TATCT--C---ATA---TAAT-T--CACAG--TT-T-A-T-------A--TGAT-AT---C-----TCATA---AA-----------AT--GT---------AT--AC---TATA--T--ATAATAAATT---T----TATG-----AGAT--ATC----T---T---AT----A------A-------AA----TAT-----------AAAAAAATAT--CTTATC-AAT--AT--T--C-TAT-ATAC--------TTTCTTTTAT-----------------------ATAATA---TC----------TT---ATA------A----AAGT-------TTA-AC-----------GA--TATCT--TAT-A---A------A-GTT--GATG---AGGTA----TCTTATAA-----T-TATAAAA--C-GT-T-G---A-TAAG--ATAT------CTTA-T----AA---A--GT-----TG-ATGAtttatg
gi|9 : T--A--TA--AGATAT--CT-----------C----AT-------AA----A-AGTTA--T----------AAACTATCTTATG---AA----CTTT--AT-GAGACA--TC--T--TAC-ATC-----A--AA----------AC----CG---T---T-AAT---A----A---------GATATCT---------TGT-AA----AGT---TTAT-GA--C--A-TACC--------ataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|13 : cttTAT--CTTAT--AAC-A-T----TT-------AT----A-CG--A--T----------A-----TCTGATA---AC----TTTTAAAT-AAGATA--TT--T--TAT-A-------C--AA----------AG----AA-A-cggtactaaagaaagtttatttgatatct
gi|11 : tataagc----AT-------AT----A-AGATA--T----------A-----TC--ATA---AA----CTTT--ATTAAGATA--TC--T--TAT-A-------A--ct
gi|9 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttgGGTA--T----------G-----TC--ATA---AA----CTTT--AC-AAGATA--TC--T--TATTA-------A--CG----------GT----T----T---T-GAT---G----TAA-------GATGTCT---------CAT-AA----AGT---TCAT-AA--G--A-TAGT--------TT-AT-AA-----C-T---TTTAT-----GA-------GATAT-------CTTATA-C--GGTA--CTAAAGAAA---GTTTAT-TTGATATCT-ctttaataagatatc
gi|7 : cttTA--T----------A-----TCTTATA---AA----CTTT--AT-GAACTA--TC--T--TAT-A-------T--GA----------AC----AATG-T---T-GAT---A----A---------GATATGT---------TTT-AA----AGT---TTAT-GA--G--A-TGT----------------------------TTAAT-----GG-------GATA----------CATG-TATCTAA--C--------------TAT-AAGAAGTAT-CATAC-AGG-A-T-ATAA-GA----TA--T--CCCAGTA---T--TAT--AACT---TT-T-A-T-------A--AGAT-AT---C-----T
gi|1 : A----CTTT--AT-AAGATA--TC--T--TAT-C-------A--ACGTTTT-----AT----AA-------T-TAT---A----A---------GATACCT---------CAT-CA----ACT---TTAT-AA--G--A-TATC--------GT--T-AA-----ACT---TTTAT-----AA-------GATAT-------TATATA-AAAG--A--A-------A---GTATAT-AGAATAT-T-GATA--AGATA-T-TT---------TT--T--T---ATA---T--T-T------------T-A-T-------A--AGAT-AT---C-----TCA-T---AA-----------A---ATT---------T--AT---TATA--T--ATAGTA---T---A----CATTTTATGAGAT--ATC----A---T---AT----AAACTGTG-------AAT---TAT-----------ATGAGAT-AT--CTTATA-AAT--TT---------T-ATGA--------ATTATCGTATG------AA--------C-----TTA-----CTT----------TT---ATA------G--------------------------------GA--TATCT--TAT-A---A------C-ACA--TATG---AGATA----TCCTGT-A-----TGCA----------T-T-A-----TACG--ATAT-------CTCAT----AA---A--GT-----T---TGAAATATCT-TA-TAATTGATATC-TT-ATAGAATATCTTA--------------TA-A-----A-GT-------T---ATC-TTAT---TT--G-----TT---TT---CTAAGATATC-TTATAAAA----TAA--A--T--AATG---A--TA-A-GATATCTTC-TAT-----CTTATA
gi|6 : tcatca----------AT----AA-ACT---T-TAT---A----A---------AATATC-----------AT-AA----CTT---TTAT-AC--G--A-AATC--------TG-AT-AA-----C-T---TTTAT-----AA-------GATAT-------CTTATA-AAAGATT--T-------A---GCTTAT-AAGATATCT-CAT---ATTTT-T-GTAA-GA----TA--TCCC---ATA-----------AAC----T--T---T-------G--AGAC-AT---CT----TCA-A---AAGT---------AC--AT--------AAG--ATGC-CTTA--T--AAAGTT---T---T----TG-------AGAC--ATagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|9 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgagttttaaaAT---A----A---------GATATCT---------CAT-AA----AAG---TTAT-AA--A--C-TATC--------TT-AT-GA-----A-C---TTTAT-----GA-------GACAT-------CTTACATCAAA--A--C-------C---GTTAAT-AAGATATCT-TGTA--AAGTT-T-ATGA-CA----TA--C--C---Ag
gi|11 : ctAT---A----A---------GATATAT---------CAT-AA----ACT---TTATTAA--G--A-TATC--------TT-AT-AA-----C-T---TTAAT-----AA-------GATAT-------Cacggtactaaagaaagtttatttgatatct
gi|4 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttgatT---A----T---------GATATAT---------CAT-TA----CAT---ATAT-GA--G--A-TAAC--------TC-GT-AC-----A-G---TACAT-----AA-------GATAT-------TTAATA------TA--C------------TTTAT-AAGATAGGC-C--------TACT-ATAC-TA----TA--T--TA--ACA---T--T-T--A------TGAT-A-T-------G--ATAT-AT---C-----TCA-A---AA-----------ACT-AT----------G--AC---TTT---T--ACAATA---TAACTTTTATA-------AGAT--TTCCG--A---TA--AT----A------G-------AAAACTTAT-----------ATGAT---AT--CTCATA-AA-----------TTGT-ATAA--------GATATCTT
gi|9 : c----T---------GGTATGT---------CAT-AA----ACT---TTAC-AA--G--A-TATC--------TTATT-AA-----C-GGTTTTGATGT---AA-------GATGT-------CTCATA-------A----------A---GTTCAT-AAGATAGTT-TATA--ACTTT-T-ATGA-GA----TA--T--C---TTA---T--------AC----GG-T-ACT-------A--AAaaactgtaataaaggatatagataggtcgtaagctttaaaag
gi|11 : ct---------GATATCT---------TATTAA----AGT---T-AT-AA--G--A-TATC--------TTAAT-AA-----A-G---TTTAT-----GA-------TATAT-------CTTATATCAAgaaagtttatttgatatct
gi|16 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttTT---------TAT-AA----AGT---TTAT-AA--G--A-TATC--------TC-CT-GC-----A-G---TTTAC-----AGTATGTACGATAT-------CTTATA-AAA
gi|16 : ta--------TT-AT-AA-----A-G---TTTAT-----AA-------GATAT-------CTCCTG-CAGTTTA--C-------A---GTATGT-ACGATATCT-TATA--AAATA-
gi|4 : ATAT-------CCTTTA-----TTA--C-------A---GTTT-T-ATGATATAT-CATT--ACATA-T-ATGA-GA----TAACT--C---GTA---C--------AG----TA-C-A-T-------A--AGAT-AT---T-----TAA-T---AT-----------AC--TTT-AT----AAG--ATAGGCCTAC-T--ATACTA---TA--T----TA-------ACATTTATG----A---T---AT----G---------------------AT-----------AT------AT--CTCAAA-AAC--TA--TGACTTTT-ACAA--------TATAACTTTTA-----------------------TAAGAT-TTC----------CG---ATA------ATAGAAAAC-------TTATAT-----------GA--TATCT--CAT-A---A------A-TTG--TATA---AGATA----TCTTGa
gi|12 : TTA--T-------A---TTTTAT-AAGATATCT-CATG--AGCTT-T-CTGA-GA----TA--T--C---------T--T-CCAAAT----TA-T-G-T-------A--AGAT-AT---C-----Tagataggtcgtaagctttaaaag
gi|6 : tatatatcatgaatttcagaTTTAT-AAAATATC---ATA--ACTTT-T-ATAC-GA----AA--T--C---TGA---T-------AAC----TT-TTA-T-------A--AGAT-AT---C-----TTA------------------------T-AA----AAG--AT---TTAGC-T------TA---T---------A-------AGAT--ATCTC--A---T---ATTTTTG------T-------AA--------------------GAT---AT--CCCATA-AAC--TT--T----------GA--------GACATCTT-CA------AA--------AGTAC-ATAAGAT-GCC----------TT---AT-------A----AAGT-------T---TTTGA--------GA--CATTT--TA------A------A-ACTCATACA---AGATA----Tgaaatat
gi|9 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacTAT-AAGATATCT-CATA--AAAGT-T-ATAA-AC----TA--T--C---TTA------T-G--AAC----TT-T-A-T-------G--AGAC-AT---CTTACATCA-A---AA-----------CC--GTT-AAT---AAG--AT---gtttatg
gi|6 : cttggtatgtcataaactttacaagatATATTT-TTTC--AGATG-TCAAAA-AA----CA-----C---ATA---T--C-T---------TG-T-A-TGAGTTTTA--AAAT-GT---C-----TCA-A---AA-----------AC--TTT-AT----AAGGCAT---CTTATGT--AC--TT---T---T----GA-------AGAT--GTCTCAAAGTTT---AT----G------G-------GA----TATCTTACAAAAATATGAG---ATATCTTATA-AGC--TAAAT--CTTTT-ATAA--------GATATCTTATA------AA--------AGTT--ATCAGAT-TTC----------GT---ATA------A----AAGT-------T---AT-----------GA--TATTT--TAT-A---A------A-GTT--TATG---cggtactaaagaaagtttatttgatatct
gi|5 : tt-------A--AGGT-AT---C-----TCA-T---AA------------C--ATTTAG----AAG--AT---ATCA--T--ATGTTA---T---G----CG-------AGAT--A--------------AT----A------A-------TA----TAC-----------GAGAT---AT--TTTATA-------T--T--CT----ATTA--------GATATGTTATA------AA--------A---------GATATGT----------TT---A-A------A----AAGT-------T---ACAA---------GA--TATCT--T-T-T---A------A-ATT--TATG---AGATA----TCTCCT------------AAAG--T-TT-A-A---TATAAA--ATAT------
gi|9 : a---TTTAG-T--ACCGTA---T---------A-------AGAT--ATC----T---C---AT----A------A-------AA----GTT-----------ATAAACT-AT--CTTATG-AAC--TT--T--------ATGA--------GACATCTTACATCAA--AACCGTT---A-----ATAAGAT-ATC----------TT---GTA------A----AGTT-------T---AT-----------GA--CATctcatataagataaagaaaacacttgtgatatctcacatcttctataacatatatcctgaaggatataaaatatatctc
gi|5 : cttggt---T---T----CA-------GGAT--AT-----A---TGTTAT----A------G-------AA----GAT-----------GTGAG---AT--ATCACA-AGTGTTT--T--CTT-----------------TATCTTATA-----------------------TGAGAT-ATT----------TT---ATATT----A----AA-C-------T---TTAGGA-------GA--TATCT--CAT-----A------A-ATT--TAAA---AGATA----TCTTGT-AACTTTT-TA-AACA--T-ATCT-T---T-TATA--ACAT------A-TC-T----AATAGA--AT--------ATAAAATATCT-CG-TAT-----A---TT-AT----TATCTCG------C-A-----TAAC-----ATATGA-----T---ATC-TTCT---AA--A-----TG---TT---ATGAGATACC-TTgaaagtttatttgatatct
gi|4 : a----CA-------AGAT--ATC----T---T---AT----A------C-------AA----TTT-----------ATGAG---AT--ATCATATAAG--TT--T--TCTATTATCG--------GAAATCTTATA------AA--------A-----GT----T-ATA----------TT---GTA------A----AAG---------------------------------T--CAT------------A-GTT--TTTG---AGATA----TATCAT-A-----T-CA-TAAA--T-GT-T-A-----------ATAT------AGTA-T---------A--GT-----AG-GC---CTATCT-TA-TAA-----AGT-AT-ATTAAATATCTTA------T-G-----TA-C-----T-GT-ACGAGTT---ATC-TCAT---AT--A-----TG---TA---ATGATATATC---ATAAAACTGTAAT--A--A--AGG----A--TATA-GATAGGTCG-TAA-----GCTTTAAAAGggatataaaatatatctc
gi|5 : A-------AGAT--ATC----A---T---AT----G------T-------TA----TGC-------------GAG---AT--A--ATA-A-------------TAT-ACGA--------GATATTTTATA------------------------------TTC----------T----ATT------A--------------------------------GA--TATGT--TAT-A---A------A-------------AGATA----T---GT-------T-TA-AAAA----GT-T-A---C--AAG--ATAT------CTTT-T----AA---A--TT-----TA--TGAGATATCT-CC-TAA-----AGT-TT-A----ATA---TA-----------------------A-A--A-----T---ATC-TCAT---AT--A------------------AGAT-----------A----AAG--A--A--AAC----ACTTG-T-GATATCTCA-CAT-----CTTCTATAA
gi|6 : aaaggtatctcataacatttag-----------ATAAA---AT--ATCATA-A-C--TT--T------T-ATAC--------GAAATCTGATA------AC--------TTTT--ATAAGAT-ATC----------TT---ATA------A----AAGA-------T---TTAGCTTATAA--GA--TATCTCATAT-T-------------TT--TGTA---AGATA----TCCCAT------------AAAC--T----------T-TGAG--ACAT------CTTC-A----AA---A--GT-----AC-ATAAGATGCCT-TA-TAA-----AGT-TT-TTGAGACATTTTAAAACT-C-A-----TA-C-----A-AG-A-----T---ATcatatatcctgaaggatataaaatatatctc
gi|9 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacac---AT--GTCATA-AAC--TT--T--------ACAA--------GATATCTTATT------AACGGTTTTGAT----GTAAGAT-GTC----------TC---ATA------A----AGTT-------C---ATAA---------GA--TAGTT--TAT-A---A------C-TTT--TATG---AGATA----TCTTAT-A-----aaagtttatg
gi|6 : cttggtT--CTCAAA-AAC--TT--T--------ATAA--------GGCATCTTATG-----------------------TA-------C----------TT---TTG------A----A---------------------------GA--TGTCT--CA------A------A-GTT--TATG---GGATA----TCTTA----------CA-AAAA--T-A----------TGAG--ATATCTTATAAG-C-T----AA---ATCTT-----TT-ATAAGATATCT-TA-TAA-----AAG-TT-ATCAGATcggtactaaagaaagtttatttgatatct
gi|3 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgagttttaaaatgT--CTCATA-AAC--TT--T--------ATGA--------GATATC--GAA------AA--------AGTTTTATAGGAT-ATC----------TT---CTG------A----AAGTAAATTCAT---GT-----------GA--TACTT--TAT-A---A------C-ATT--TATA---AT-TA----TCATGT-C-----T--A-TAAACTT-TT-T-AAAGT-TAATTTATAT------AATC-T----AC---T--GT-----TT-ATGAGATATCTCCA-TAA-----AAT-AT-GTAAGATATCTTA------TGA-----TA-A-----A-CT-A-----T---ATA-TTAT---AT--A-----Tttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|9 : catttttaaaaaatggattttataagcccATA-AAC--TT--T--CTT----TAG--------TAC--CGTATA------A-------------------GAT-ATC----------TC---ATA------A----AAGT-------T---AT-----------AAACTATCT--TAT-G---A------A-CTT--TATG---AGACA----TCTTAC-A-----T-CA-AAAC--C-GT-T-A-------------AT------A------------------------------AGATATCT-TG-TAA-----AGT-TT-ATGACATAattcaattcaattcgtttattgaccaattaagggcccccactgggcaacaagatataagtactctcattaaatatctgatataagataacacgatatctaataaagtttatgagatggttttatatatctaataaaatatgatatatcttgaaagaggattaaatgta
gi|13 : cttgg-----ATAAGCT-TTC----------TTTGTATA------A----AA------------------------------TATCT--TAT-TTAAA------A-GTT---ATC---AGATA----TC--GT-A-----T-----AAA--T-GT-T-A-----TAAG--ATAttgatatct
gi|11 : tGAT-ATC----------TT---ATT------A----AAGT-------T---ATAA---------GA--TATCT--TAA-T---A------AAGTT--TATG---ATATA----TCTTAT-A-----T-CA-AAAAC-T-GG-T-A------ATG--ATAT------Act
gi|12 : aactttatatataaatgAT-TTC----------TT---ATATTTTATA----A---------------------------GA--TATCT--CAT-G---A------G-CTT--TCTG---AGATA----TCTT---------C-CA-AA-------T-T-A---TGTAAG--ATAT------CTTC-T----GA---A--AT-----TC-ATGATATAT
gi|10 : tTC----------AT---ATA------A----A--C-------T---GTAAATAA-----GA--TATCT--TAT-A---A------A-ATT--TATT---ATATG----TCTT---A-----T-CA-AAAA---------------TAAA--ATAT------A-TC-T----at
gi|9 : ctaT-----------GG--TATGT--CAT-A---A------A-CTT--TACA---AGATA----TCTT---A-----T-TA-ACGG--T-TT-TGA---TGTAAG--AT---------GTC-TCAT-AA---A--GT-----TC-ATAAGATAGTT-TA-TAA-----CTT-TT-ATGAGATATCTTA--------------TA-C-----G-GT-A-----cattaaattaatcatataatgtatctttacagagaaatagatataaatacggcatgccatag
gi|6 : ctA--TATCT--TGTAT---G------A-GTT--T-TA---AAATG----TCT------------CA-AAAA--C-TT-T-A---T--AAG--GCAT---------C-T----TA---T--GTACTTTTG-A--AGATGTCT-C---AA-----AGT-TT-ATGGGATATCTTA------C--------A-A-----A-A---------------------------A-----T---------ATGAGATATC-TTATA--------AGCTA--A--ATCTTTTA--TA-A-GATATCTTA-TActaaagaaagtttatttgatatct
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA--TATCT--TAT-A---A------A-CTT--TATG---AACTA----TCTTAT-A-----T-GA-ACAA--T-GT-T-G---A-TAAG--ATAT------GTTT-T----AA---A--GT-----TT-ATGAGAT-----------------GT-TTAATGGGATA------------------------------------------------CAT---GT--A-----TC---TAACTATAAGAAGTA-TCATACAG---------------GAT----A--TA-A-GATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAGaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|10 : tA--TATCT---AT-T-------------TC--TCTGTAAAGATA----CATTAT-A-----T-GA-TTAA--T--T-T-A---A-TGAG--ATAT------ATTT-T----AT---T--TT-----TG-ATAAGACATAT-AA-TAA-----ATT-TT-ATAAGATATCTTA------T-T-----TA-C-----A-GT-T-----T---ATA-TGAT---Aatatct
gi|11 : cGATA----TCTT---A-----T-TA-AA------GT-T-A---T--AAG--ATAT------CTTAAT----AA---A--GT-----TT-ATGATATATCT-TA-TAaaatacggcatgccatag
gi|9 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttga-TAAG--ATAT---------C-TCATAAA---A--GT-----TA--TAAACTATCT-TA-TGA-----ACT-TT-ATGAGACATCTTA------C-A-----T--C-----A-AA-A-------------CCGT------------------TA---ATAAGATATC-TTGTAAAG----
gi|4 : cttggtatgtcataaaTT-T----AA---A--GC-----TT-ACGACCTATCT--A-TAT-----CCT-TT-ATTA--CAGTTT---------------TA-T-----G-AT-A-----T---ATCATTAC---AT--A-----T---------ATGAGATAAC-TCGTACAG----TA-----------C----A--TA-A-GATATTTAA-TAT-----ACTTTATAAGtacggtactaaagaaagtttatttgatatct
gi|11 : caagatatcttatacaatttatgagatatcatataagttttctattatcggaaatcttataaaagttatattgtaaaagtcatagtttttgagatatatcatatcataaatgttaatatagtatagtaggcctat-T----AA---A--GT-----TA--TAAGATATCT-TAATAA-----AGT-TT-ATGATATATCTTA------ag
gi|10 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttgataAGATATCT-TA-TAA-----AAT-TT-ATTATATGTCTTA------T-CAAAAATA-A-----A-AT-A-----T---ATC-TCATTAAATTAA-----TCATATA---ATG---TATCTTTACAGAG----AAA--T--A--GAT----A--TA-A--ATAataagatatc
gi|11 : ctatcatataaactgtaaataGATATCT-TATTAA-----AG--TT-ATAAGATATCTTAATAAAGT-T-----TA-T-----G-AT-A-----T---ATC-TTAT---AT--cggcatgccatag
gi|3 : aactttatatataaatgtatatcattaccagtttttgGATATCT-AA-TAA-----AGT-TT-ATGAGATGGTTT---------------T----------AT-A-----T---ATC-TAATA--AA--A-----T---------ATGATATATC-TTG-AAAG----AGG--ATTA--AAT----G--TA-
gi|12 : catttttaaaaaatggattttataagccctctcataaactttatgagatatcgaaaaagttttataggatatcttctgaaagtaaattcatgtgatactttataacatttataattatcatgtctataaactttttaaagttaatttatataatctactgtttatgagatatctccataaaatatgtaagatatcttatgataaactatatattatatatattcaattcaattcgtttattgaccaattaagggcccccactgggcaacaagatataagtactctcattaaatatctgatataagataacacATATAT-CA-TGA-----ATT-TC-AGAAGATATCTTA------C-A-----TA-ATTTGGA-AG-A-----T---ATC-TCAG---AA--A-----GC---TC---ATGAGATATC-TTAT-------------A--A--AAT----A--TA-A-GAAAT
gi|6 : t-TAA-----ACT-TT-ATAAAATATCATA------A-C-----TT-T-----T-AT-A-----CGAAATC-TGAT---AA--C-----TT---TT---ATAAGATATC-TTATAAA------AG--A--TTTAGCTT--A--TA-A-GATATCTCA-TAT-----TTTTat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGAAATATCTTGTAATATTTTATGAGATATCAATCATATGAGAAATTCACTATATATCTTATTGAAAATGGAAGACATCTCACAAATTATAATATATCTTTATTCAGGAATAAGCATAAATATGGCGTGCCATAA
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1 22222 333333333 11 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444444444444 1111111 111111 1111 11111 1111111 111111 11111 222222222 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 5555555555555555 1111 11111111111 11 222222 222222 111111 77777777777777777777777777777 111 33333 11 4444444444444 33333
lowQualScore : 2 55555 99 1 666666666 77 5 33 1 3333333 33 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 4 0000000000000000000000000000000 9999 66 1 3 0 1111111 888 66 444444 9999 2 6666 4 0 55555 3 3333333 9 5 444444 66 99 55555 5 1 77 222222222 5 33333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 000 111 1 3 11 1 0000000000000000 1 0000 5 66 11111111111 4 2 1 5 888 5 0 55 3 77 2 4 333333 3 888888 0 6 99 999999 66666666666666666666666666666 6 3 000 33333 3 11 0000000000000 8 33333
lowQualScore : . ..... .. . ......... .. . .. . ....... .. ............................................................... ... . ............................... .... .. . . . ....... ... .. ...... .... . .... . . ..... . ....... . . ...... .. .. ..... . . .. ......... . ..... .................................................................................... . ... ... . . .. . ................ . .... . .. ........... . . . . ... . . .. . .. . . ...... . ...... . . .. ...... ............................. . . ... ..... . .. ............. . .....
lowQualScore : 0 00000 22 0 777777777 99 7 66 0 1111111 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 0 6666666666666666666666666666666 5555 22 0 7 7 9999999 888 99 444444 4444 9 4444 4 1 99999 7 6666666 2 0 444444 00 99 11111 0 0 99 999999999 7 77777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 000 666 4 6 77 3 0000000000000000 0 6666 0 99 11111111111 4 6 1 0 888 0 1 88 1 00 5 9 111111 3 333333 3 7 22 222222 77777777777777777777777777777 7 7 888 33333 7 33 3333333333333 0 33333
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAA--GATATCTCA--NAATGA-ATT--TTATAA-GATATC--TCANACG----TTTTATGAGATATCTTATAANA--------------T--AT----ACAAGGTA-----TATCTNAT-------------ANACTTT---ATAAGATATC-TTAT--AAAA---------------AT--------AA--A-TTC-ATANGATATCTTATAAA--GT---TT---ATA--AGA------TATC----TTATAAAGTT---TAT-AAGATATCTTATATAANTTACAG------TTTATANGATATCT-CATA------AAAT-NTATAAGATATCNTAT--TNAACTTTATA--AGATA---------T-CTCA-A---AA-----------AC--ATTAAAAG--ATCTTA-T---ACA-TATTCAAGATATCTTATAGAATAT---ATGAG---AT--CTC--ATAAACT---TTCT-T-TATAAGATATCTTATAAAA---------ATAAGATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TA---TCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATC---A-AAAA-CGTTAA-TAAGATATATTN-----TAAAGTTTATGAGA------TATCTTATAA-AGTTT--ATGAG------ATATC--TTA-C-TACA--------ATA-----TATC-TNA-T-ATAT-T-ATGANATATCTTATANAG-TG-AAA---TATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAA--GATATCNCA--AAATGA-ATT--TTATAA-GATATC--TCANACG----CTTTATGAGATATCTTATAANA--------------C--AT----ATAAGGTA-----TATCTNAT-------------ANACTTT---ATAAGATATC-TTAT--AAAA---------------AT--------AA--A-TTT-ATANGATATCTCATAAA--GT---TT---ATA--AGA------TATC----TTATAAAGTT---NAT-AAGATATCTTATANAAGTTACAG------TTTATAAGATATCT-CATA------AAAT-NTATAAGATATCATAT--TTAACTNTATA--AGATA---------T-CTCA-A---AA-----------AC--ATTAAAAG--ATCTTA-T---ACAATATTCAAGATATCATATAGAATAT---ATGAN---AT--CTC--ATAAACT---TTCT-T-TATAAGATATCTTATAAAA---------ATAAGATNTCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TA---TCTTA-TNAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATC---A-AAAA-TGTTAT-TAAGATATATTC-----TAAAGTTNATGAGA------TATCTTATAA-AGTTT--ATGAG------ATATC--TTA-C-TACA--------ATA-----TATC-TCA-T-ATAT-TNATGAGATATCTTATAAAG-AGAAAA---TATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAA--GATATTCTA--TAA-GATATCAATTATAA-GATATT--TCAAAC------TTTATGAGATATCGTATAATG--------------C--AT----ACAGG--A-----TATCTCAT-------------ATGTGTT---ATAAGATATC-CTAT--AAAA---------------GT--------AA--G-TTC-ATACGATAATTCATAAA--AT---TT---ATA--AGA------TATC----TCATA----T---AAT------------------TCACAG------TTTATATGATATCT-CATA------AAAT-GTATACTATAT-ATAA--TAAATTTTATG--AGATA---------T-CTTATA---AA-----------AT--ATAAAAAAATATCTTA-T----CAATATTC----------------TAT---AT-------------------ACT---TTCT-T-T-TA--------TATA-----------------ATATCTTATA----A-AAGTTTAAC--GA--TA---TCTTA-TAAAGTTGATGAGGTATCTTATAATT---ATAAAA-CGTTGA-TAAGATATCTTA-----TAAAGTTGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAA--GATACCTCA-----TCA-ACT--TTATAA-GATATCG-TTAAAC-----TTTTATAAGATATTATATAAAAGAAAGTATATAGAAT--ATTG--ATAAGATA-----TTTTTT-T-------------ATATTTT---ATAAGATATC-TCAT--AAAATTTATTATATATAGTAT--------AC--A-TTTTATGAGATATCATATAAACTGTGAATT---ATATGAGA------TATC----TTATAAATTT---TAT-GAATTATCGTAT-GAACTTAC-T------TTTATAGGATATCT-TATA------ACAC-ATATGAGATATCCTGT--ATG-CATTATA--CGATA---------T-CTCA-T---AA-----------AG--TTTGAAAT--ATCTTA-T---A----ATT---GATATCTTATAGAATATCTTATAAAGTTAT--CTT--AT----T---TGTT-T-TCTAAGATATCTTATAAAATAAATAATGATAAGATATCTTCTATCTTATAAGCT--A--------A---TTTCA-CAAACTTTTTAAGATAACTTGT--TT---A-A-------TACACAAGAT-TA--------TAGGGTTTATTAGATACATGTATCTTATAT-AGCTTAAATAAA------GCGTC--TTA-C---------------A-----TATT-TTA-TGGTAT-------AATATCCTGTAAAC-TGTAAATCGTATAAGATATCTTA-Ttcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTCT-----TATAATTGATATCTTATAGAAT---ATC--TTATAAAGTTATC--TTATTTG----TTTTCTAAGATATCTTATAAAA--------------TAAATAATGATAAGATATCTTCTATCTTATAAGCTAATTTCACAAACTTT---TTAAGATAAC-TTGT----------------------T--------TA--A-TAC-ACAAGA----TTATAGG--GT---TT---ATT--AGATACATGTATC----TTATATAGCTTA-AAT-AAAGCGTCTTACATATTTTATGG--------TATA--ATATCC-TGTAAACTGTAAATCGTATAAGATATCTTA---TGAAATTTATT--AGATACATGTATTTT-ATCA-A---AA-----------A-----TAGAAGATATCTAA-A---ACATTATGTAAGATATgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatatcttataaattttatgaattatcgtatgaacttacttttataggatatcttataacacatatgagatatcctgtatgcattatacgatatctcataaagtttgaaataTA-----TATCTATT-------------TCTCTGT---A-AAGATACA-TTAT--ATGA---------------TT--------AA--T-TTA-ATGAGATATATTTTA-----T---TTTTGATA--AGA------CATA----TAATAAATTT---TAT-AAGATATCTTAT-----TTACAG------TTTATATGATAatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|11 : cGATATCTTATT----A-AAGTT--ATAAGA--TA---TCTTAATAAAGTTTATGATATATCTTAT-ATC---A-AAAACTGGTAA-TGATATACATTTATATATAAAGTTaatacggcatgccatag
gi|12 : TA-----TATATCAT-------------GAATTTC---AGAAGATATC-TTAC--A-------------------T--------AA----TTT-GGAAGATATCTCAGAAA--GC---TC---ATG--AGA------TATC----TTATAAAAT-----AT-AAGAAAT
gi|13 : TATCTTATAACA--------------T--TT----ATACG--A-----TATCTGAT-------------A-ACTTTTAAATAAGATATT-TTAT--ACAA---------------AG--------AA--AGCTT-ATAat
gi|16 : ----TTATAAAGTT---TAT-AAGATATCTCCTGCAGTTTACAG------TATGTACGATATCT-TATA------AAAT-ct
gi|2 : tTAACATTTT-----TATAC--GATATCCCAG-AAATGA-ATT--TCATAA-GATATA--TCAAACG----CTTTATGAGATACCTTATGGCA--------------C--AC----ACAAGGTA-----TATCTGAT-------------ATATTTT---ATAAGGTATC-TTAT--AAAA---------------AT--------AA--A-TTC-ATATGATATTTTATAAA--GT---TT---ATA--AAA------TATC----TTCTAAAGTT---AAT-AGGATATCCCATACAAGTTACAG------TTTACAAGATATCT-CATA------AGAT-ATATAAGATATCATAT--TTAACTGTATA--AAATA---------T-CTCA-A---AA-----------AC--ATTAAAAG--ATTTTGCT---ACAGTATTCAAGATATCATATGGAATAC---ATGAA---AT--CTC--ATAAACT---TTCT-TATATAAGACATCTTATAAAA---------ATAAGATTTCTTATA----A-AAGCT--GT--GA--TA---TCTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTTGT-ATC---A-AAAA-TGTTAT-TAAGATATAGTC-----TAAAGTTGGCGAGA------TATCTTGTAA-AGTTT--ATGAG------ATAGC--TTACC-TACA--------ATA-----TATC-TCA-T-ATATCTAATGAGATGTCTTATAGAGAAGAAAA---CATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTAGAAGa
gi|3 : ccA--AAATGG-ATT--TTATAA-GCCCTC--TCATAAA----CTTTATGAGATATCG---AA---------------------------AAAGT-------------------------------TTT---ATAGGATATC-TTCT--GAAA---------------GT--------AA--A-TTC-ATGTGATACTTTATAAC--AT---TT---ATA--AT-------TATCATGTCTATAAACTT---TTTAAAGTTAATTTATATAATCTACTG------TTTATGAGATATCTCCATA------AAAT-ATGTAAGATATCTTATGATAAACTATATATTATATA---------TATTCA-ATTCAATTCGTTTATTGACCAATTAAGGG--CCCCCA-CTGGGCAA----CAAGATAT------AAGTAC------------T--CTC--ATTAAAT---ATCT-GATATAAGAT----------A---------ACACGATATCTAATA----A-AGTTT--AT--GA--GATGGTTTTA-TATATCTAATAAAATATGATAT-ATCTTGA-AAGA-GG--AT-TAA-ATGTA
gi|4 : catttttaaCAAGATATCTTATACAATTT---ATGAG---AT--ATCATATAAGTT---TTCTAT-TATCGGAAATCTTATAAAA---------GT----TATATTGTA----A-AAGTC--AT--------------------AGTTTTTGAGATATATCAT-ATC---A-TAAA-TGTTA------ATATAGTA-----T--AGT-----AGGCC----TATCTTATAA-AGTAT--ATTAA------ATATC--TTA-TGTACT--------GTACGAGTTATC-TCA-T-ATATGTAATGATATATC--ATAAAA-CTGTAA---TAAAGGATAT
gi|4 : CTTTTAA-AGCTT--ACGACCTATCTATATCCTTTA-T-TACAGTTTTATGATA-----TATCATTA-C-ATAT---ATGAGATAACTCGTACAG-T----A---CATAAGATATTTAA-TAT-----ACTTTATAAGagataggtcgtaagctttaaaag
gi|5 : caagatatcttatacaatttatgagatatcatataagttttctattatcggaaatcttataaaagttatattgtaaaagtcatagtttttgagatatatcatatcataaatgttaatatagtatagtaggcctatAA--GGTATCTCA--TAACA----T--TTAGAA-GATA----TCATATG----TTATGCGAGATA----ATAAT------------------AT----ACGAG--A-----TATTTTAT-------------AT--TCT---ATTAGATATG-TTAT--AAAAG--------------ATATGTTTAAAA--A-GTT-ACAAGATATCTTTTAAA---T---TT---ATG--AGA------TATC----TCCTAAAGTTTAATAT-AAAATATCTCATATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATCT-CACA------TCTT-CTATAACATAT-ATCC--TGAAGGATATA--AAATA---------T-ATC
gi|6 : aATATCTTGTATGAGTT------------T-TAAAATGTCT-CAAA------AACT-TTATAAGGCATCTTAT--GTA-CTTTTGA--AGATG---------T-CTCA-A---AG---------------------------TTTA-T---G---------GGATATCTTACAAAA-AT---ATGAG---ATATCTT--ATAAGCTAAATCTT-T-TATAAGATATCTTATAAAAGTT------ATCAGATTTCGTATA----A-AAGTT--AT--GA--TA---TTTTA-TAAAGTTTATGtc
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA--TA---TCTTA-TAAACTTTATGAACTATCTTAT-ATG---A-ACAA-TGTTGA-TAAGATATGTTT-----TAAAGTTTATGAGA------TGT-TTA-----------ATGGG------ATAC---------------------ATG-----TATC-TAACT-ATA----A-GAAGTATC--ATACAG-----GA---TATAAGATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAG
gi|8 : tATGAAA------TATCTTGTAATATTTT--ATGAG------ATAT-----------CA--------AT------CATA-TGA-G-AAAT-TCACTATATATCTTAT-----TGAAAA---TGGAAGACATCTCA-CAatatct
gi|8 : ATGA--AATATCTTG--TAAT---ATT--TTATGA-GATATCAATCATATGAGAAATTCACTATATATCTTATTGAA--------------A--AT----GGAAG--A-----CATCTCAC-------------AAA--TT---ATAATATATCTTTATTCAGGA---------------AT--------AAGCA-TAA-ATATGGCGTGCCATAAaattataatatatctttattcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
gi|9 : GAT---AT--CAA--ATAAACT---TTCT-T-TA----GTACCGTATAA---------------GATATCTCATA----A-AAGTT--AT--AAACTA---TCTTA-TGAACTTTATGAGACATCTTAC-ATC---A-AAAC-CGTTAA-TAAGATATCTTG-----TAAAGTTTATGACA------TACC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 33333 22222222222222 555555555555555555555555555555 111 1111 6666666666666666666666666666666666 33333333333333 111111 111111 11111 111111 000000000000000000000000000000000000000 111111 1111 1111111111 6666666666666666 111111 1111111 11111 1111111111 222222222 444444444444444 33333 1 44444444444 222222
lowQualScore : 2 55555 7 99999 99 55555555555555 1 3 0 444444444444444444444444444444 55 555 4 3333 4 66 0000000000000000000000000000000000 88 66 5 4 22 11111111111111 66 222222 77 4 55 777 777 88 111111 2 888 2 1 1 0 0 77 77 5 1 77777 1 666666 999999999999999999999999999999999999999 77 44 111111 1111 6666666666 0 888 999999 0 2 555 4444444444444444 9999 4 66 222222 55 444 1 4 999 77777 11 2222222 00000 6666666666 0 222222222 5 0 1 3 666666666666666 6 999 11111 1 0 1 66666666666 8 777777
lowQualScore : . ..... . ..... .. .............. . . . .............................. .. ... . .... . .. .................................. .. .. . . .. .............. .. ...... .. . .. ... ... .. ...... . ... . . . . . .. .. . . ..... . ...... ....................................... .. .. ...... .... .......... . ... ...... . . ... ................ .... . .. ...... .. ... . . ... ..... .. ....... ..... .......... . ......... . . . . ............... . ... ..... . . . ........... . ......
lowQualScore : 0 00000 5 77777 22 22222222222222 7 3 3 888888888888888888888888888888 88 888 4 9999 4 11 4444444444444444444444444444444444 88 11 3 0 99 00000000000000 11 888888 11 8 55 000 222 77 555555 6 888 2 9 0 7 1 66 99 7 0 33333 7 444444 555555555555555555555555555555555555555 99 11 111111 0000 5555555555 1 888 444444 1 0 222 1111111111111111 4444 4 11 111111 00 000 4 4 999 11111 44 3333333 33333 9999999999 1 777777777 3 1 7 6 555555555555555 7 222 33333 0 0 0 55555555555 0 555555
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-TGA-ATT--TTATAAGATATC--TCAAACG----TTTTACGAGATATCTTATAAAA--------------TAT--A--CAAG-TATATCTCATATNTTTT-ATAAG----ATATC-TTAT--AAA--------A---------------AT------AA-GTTT-ATAAGATAT-CTTATAAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTN-ATAAANTTT--A---TAAGATATCTTAT-ACAANTTACAG------TTTATANGATATC---TCATAAAATNTATAAGATATCNT--AT-TNAA-CTNTATAAGATA------TCTCAN-AAAC-TTAAAA-ATCTTA-TA-A-TATT---C--A--AGATATCT--TATANAATA-T---ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-TATAAGATA-TCTTATAAAA---------ATAAGATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TAT--CTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATCA-AAAAC-GTT-AATAAGATATAT-----TNTAAAGTT----TATGA--GA------TATCTTATAAAGT-TT--ATNAGATATCTTA-T-TAC-ATA-----TATC-TCA-TATAT-T--ATGAGATATCNTATAAAG--TG--AA---TATAAGATATCTCA-TAT-----NTTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCANAA-TGA-ATT--TTATAAGATATC--TCANACG----TTTTATGAGATATCTTATAANA--------------TAT--A--CAAGGTATATCTNATANACTTT-ATAAG----ATATC-TTAT--AAA--------A---------------AT------AA-ATTC-ATANGATAT-CTTATAAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTT-ATAAAGTTT--A---TAAGATATCTTAT-ATAANTTACAG------TTTATANGATATC---TCATAAAATNTATAAGATATCNT--AT-TNAA-CTTTATAAGATA------TCTCAA-AAACATTAAAAGATCTTA-TACA-TATT---C--A--AGATATCT--TATAGAATA-T---ATGAG---AT--CTC--A--TAAACT---TTCT-T-TATAAGATA-TCTTATAAAA---------ATAAGATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TAT--CTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATCA-AAAAC-GTT-AATAAGATATAT-----TNTAAAGTT----TATGA--GA------TATCTTATAAAGT-TT--ATGAGATATCTTA-C-TACAATA-----TATC-TNA-TATAT-T--ATGANATATCTTATANAG--TG-AAA---TATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAA--GATATCAATTATAAGATATT--TCAAAC------TTTATGAGATATCGTATAATG--------------CAT--A--CAGG--ATATCTCATATGTGTT-ATAAG----ATATC-CTAT--AAA--------A---------------GT------AA-GTTC-ATACGATA-----AT---------------------------------TC-ATAAAATTT--A---TAAGATATCTCAT-ATAATTCACAG------TTTATATGATATC---TCATAAAATGTATACTATAT-AT--AA-TAAA-TTTTATGAGATA------TCTTA--------TAAAA-----TA-TAAA-----------A--AAATATCT--TAT-CAATA-T------------T--CT---A--TATACT---TTCT-T-T-TA---------TATA-----------------ATATCTTATA----A-AAGTTTAAC--GA--TAT--CTTA-TAAAGTTGATGAGGTATCTTATAATTATAAAAC-GTT-GATAAGATATCT-----TATAAAGTT----GATGA--
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCA----TCA-ACT--TTATAAGATATCG-TTAAAC-----TTTTATAAGATATTATATAAAAGAAAGTATATAGAATATTGA--TAAGATATTTTTT-TATATTTT-ATAAG----ATATC-TCAT--AAA--------ATTTATTATATATAGTAT------AC-ATTTTATGAGATAT-CATATAAACTGTGAATT---ATATGAGATA------TCTT-ATAAATTTT--A---TGAATTATCGTAT-G-AACTTAC-T------TTTATAGGATATC---TTATAACACATATGAGATATCCT--GTATGCA---TTATACGATA------TCTCAT-AAAGTTTGAAATATCTTA-TA----ATT----------GATATCT--TATAGAATA-TCTTATAAAGTTAT--CTT--A--T----T---TGTT-T-TCTAAGATA-TCTTATAAAATAAATAATGATAAGATATCTTCTATCTTATAAGCT--A--------AT--TTCA-CAAACTTTTTAAGATAACTTGT-TT---AATAC------ACAAG----AT-----TATAGGGTT----TATTA--GATACATGTATCTTATATAGC-TTAAATAAAGCGTCTTA-C-------A-----TATT-T---TATGG-T--AT--AATATCCTGTAAAC--TGTAAATCGTATAAGATATCTTA-Ttcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTATCTT-TATTCCTCGATAAAT---ATATC-TTAC--A---------------------------T------AATGTTT--TA-GATAT-CTTCTA-----T---TTTTGATA--AAATACATGTATCTA-ATAAATTTC--A---TAAGATATCTTAT-ACGATTTACAG------TTTACAGGATATTATACCATAAAATATGTAAGACGCTTT--AT-TTAAGCTATATAAGATACATGTATCTAAT-AAACCCTATAA--TCTTG-TG---TATTAAAC--A--AGTTATCT--TAAAAAGTT-T---GTGAA---AT--T---------AGCT---T-------ATAAGATA-G--------------------AAGATATCTTATC----A----TT--AT------------TTA-T----TTTATAAGATATCTTA-----G-AAAAC-A---AATAAGATA-------------ACTT----TATAA--GA------TATTCTATAA------------GATATCA-A-T-TATAAGA-----TATT-TCA-AACTT-T--ATGAGATATCGTATAATG--C----A---TACAGGATATCTCA-TAT-----GTGTTATAAGgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatatcttataaattttatgaattatcgtatgaacttacttttataggatatTATATCTATTTCTCTGT-A-AAG----ATACA-TTAT--ATG--------A---------------TT------AA-TTTA-ATGAGATAT-ATTTTA-----T---TTTTGATA--AGACA------TATA-ATAAATTTT--A---TAAGATATCTTAT------TTACAG------TTTATATGATAaatttggagtgccataat
gi|11 : cGATATCTTATT----A-AAGTT--ATAAGA--TAT--CTTAATAAAGTTTATGATATATCTTAT-ATCA-AAAACTGGT-AATGATATACATTTATATATAAAGTT----aatacggcatgccatag
gi|12 : TATATATCATGAATTTC-AGAAG----ATATC-TTAC--A---------------------------T------AA--TTT-GGAAGATAT-CTCAGAAA--GC---TC---ATG--AGATA------TCTT-ATAAAA--T--A---TAAGAAAT
gi|13 : TAT-CTTATAAC--AT---TT---ATA--CGATA------TCTG-ATAACTTTTAAA---TAAGATATTTTAT-ACAAA-GAAAG------CTTATAat
gi|16 : TT-ATAAAGTTT--A---TAAGATATCTCCT-GCAGTTTACAG------TATGTACGATATC---TTATAAAATct
gi|2 : tTAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAAATGA-ATT--TCATAAGATATA--TCAAACG----CTTTATGAGATACCTTATGGCA--------------CAC--A--CAAGGTATATCTGATATATTTT-ATAAG----GTATC-TTAT--AAA--------A---------------AT------AA-ATTC-ATATGATAT-TTTATAAA--GT---TT---ATA--AAATA------TCTT-CTAAAGTTA--A---TAGGATATCCCAT-ACAAGTTACAG------TTTACAAGATATC---TCATAAGATATATAAGATATCAT--AT-TTAA-CTGTATAAAATA------TCTCAA-AAACATTAAAAGATTTTGCTACAGTATT---C--A--AGATATCA--TATGGAATA-C---ATGAA---AT--CTC--A--TAAACT---TTCT-TATATAAGACA-TCTTATAAAA---------ATAAGATTTCTTATA----A-AAGCT--GT--GA--TAT--CTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTTGT-ATCA-AAAAT-GTT-ATTAAGATATAG-----TCTAAAGTT----GGCGA--GA------TATCTTGTAAAGT-TT--ATGAGATAGCTTACC-TACAATA-----TATC-TCA-TATAT-CTAATGAGATGTCTTATAGAGAAGA-AAA---CATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCATAA-----ACT--TTATGAGATATC--GAAAAAG----TTTTATAGGATATCTTCTGAAAG-------------TAA--ATTCATGTGATACTTTATAACATTT-ATAATTATCATGTC-T-AT--AAACTTTTTAAA---------------GT------TA-ATTT-ATATAATCTACT--------GT---TT---ATG--AGATA------TCTCCATAAAATAT--G---TAAGATATCTTATGATAAACTATAT------ATTATAT-ATAT----TCA----ATTCA----AT-TCGTTTAT-TGAC-CAAT-TAAGGGC------CCCCACTGGGCA--ACAAGAT---A-TAAG-TACT---CTCATTAAATATCTGATATAAGATAAC---ACGAT---AT--CTA--A--TAAAGT---TT------ATGAGATGGTTTTATA------------------TATCTAATA----A-AA--T--AT--GA--TATATCTTG--AAAG
gi|4 : catttttaaaaaatgga---C--A--AGATATCT--TATACAATT-T---ATGAG---AT--ATCATA--TAAGTT---TTCTAT-TATCGGAAA-TCTTATAAAA---------GT----TATATTGTA----A-AAGTC--AT-------------------AGTTTTTGAGATATATCAT-ATCA-TAAAT-GTT-AATATAGTATAG-----T---AGGCC-------------------TATCTTATAAAGT-AT--ATTAAATATCTTA-TGTACTGTACGAGTTATC-TCA-TATATGTA-ATGATATATCATA-AAAC--TG-TAA---TAAAGGATATaggattaaatgta
gi|4 : T-----TTTAAAGCT----TACGA--CC------TATCT-ATATCCT-TT--ATTACA-GTTTTA-T----GATA-----TATCATTA-CATAT----ATGAGATAACTCGTACAG--T----A---CATAAGATATTTAA-TAT-----ACTTTATAAGagataggtcgtaagctttaaaag
gi|5 : caagatatcttatacaatttatgagatatcatataagttttctattatcggaaatcttataaaagttatattgtaaaagtcatagtttttgagatatatcatatcataaatgttaatatagtatagtaggcctatAAGGTATCTCATAA-CA----T--TTAGAAGATATC----ATATG----TTATGCGAGATA----ATAA----------------TAT--A--CGAG--ATATTTTATAT--TCT-ATTAG----ATATG-TTAT--AAA--------AGAT------------ATGTTTAAAA-AGTT-ACAAGATAT-CTTTTAAA---T---TT---ATG--AGATA------TCTC-CTAAAGTTT--AATATAAAATATCTCAT-ATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATC---TCACATCTTCTATAACATAT-AT--CC-TGAA-GGATATAAAATA------TATCg
gi|6 : aATATCTTGT-ATGA------G------TTT-TAAAATGTC---TCAAAAACTTTATAAGGCATCTT--AT-GTA--CTTTTGAAGATG------TCTCAA-AG------------TTTA-TG----------------GGATATCT--TACAAAA-A-T---ATGAG---ATATCTT--A--TAAGCTAAATCTT-T-TATAAGATA-TCTTATAAAAGTT------ATCAGATTTCGTATA----A-AAGTT--AT--GA--TAT--TTTA-TAAAGTTTATGtc
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA--TAT--CTTA-TAAACTTTATGAACTATCTTAT-ATGA-ACAAT-GTT-GATAAGATATGT-----TTTAAAGTT----TATGA--GA------TGT-TTA-----------ATGGGATAC-----------ATG-----TATC-TAACTATA-----A-GAAGTATC--ATACAG------GA---TATAAGATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAG
gi|8 : tATGAAATATCTTGTAA-T---ATT--TTATGAGATATCAATCATATGAGAAATTCACTATATATCTTATTGAA--------------AAT--G--GAAG--ACATCTCACAAA--TT-ATAAT----ATATCTTTATTCAGG--------A---------------AT------AA-G--C-ATAA-ATAT-atatct
gi|8 : --GA--TAT--ATTA-TAA--TTTGTGAGATGTCTTCC-ATT---------TTCAATAAGATATAT-----AGTGAATTTCTCATATGATTGA------TATCTCATAAAATATT--ACAAGATATTTCA-ggcgtgccataa
gi|9 : aAG---AT--ATC--AAATAAACT---TTCT-T-TA----GTA-CCGTATAA---------------GATATCTCATA----A-AAGTT--AT--AAACTAT--CTTA-TGAACTTTATGAGACATCTTAC-ATCA-AAACC-GTT-AATAAGATATCT-----TGTAAAGTT----TATGA--CA------TACCtttattcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 55555 111 222222 11111111111 111 1 111 1111 33333333333333333333333 3333333333 111 111111 11 111111 1111 222222222 222222222222222 111111 2222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333 44444444444 111111111 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555 222222 33333333333 222222
lowQualScore : 2 55555 11111 99 666 222222 0 1 3 44444444444 666 0 111 555 3333 4 77777777777777777777777 0 2 0000000000 555 1 222222 55 1 777777 4 0 00 44 111111 4 2 888 66 1111 1 222222222 77 444444444444444 1 666666 5 9999999999999999999999999999999999 77 33 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000 88888888888 66 777777 1 4 2 1 0 4 888 66 777 666666666 00000 66 5 0 9 2 666 1 5 1 11111111111111111111111111111111111111111111111 888888 1 88 44444444444 99 3 8 111111
lowQualScore : . ..... ..... .. ... ...... . . . ........... ... . ... ... .... . ....................... . . .......... ... . ...... .. . ...... . . .. .. ...... . . ... .. .... . ......... .. ............... . ...... . .................................. .. .. . . . ........................................ ........... .. ...... . . . . . . ... .. ... ......... ..... .. . . . . ... . . . ............................................... ...... . .. ........... .. . . ......
lowQualScore : 0 00000 88888 22 888 777777 7 7 3 77777777777 222 2 333 999 9999 4 77777777777777777777777 8 0 9999999999 666 6 888888 00 0 666666 0 5 22 77 555555 0 6 888 99 1111 0 999999999 66 111111111111111 0 444444 7 6666666666666666666666666666666666 99 33 1 1 2 5555555555555555555555555555555555555555 00000000000 99 777777 6 0 4 6 8 4 222 11 666 666666666 33333 11 0 2 3 3 777 0 0 6 77777777777777777777777777777777777777777777777 333333 0 33 00000000000 22 5 0 000000
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-CG--ATT--TTATAAGATATC--TCAAACG----TTTTACGAGATATCTTATGAAA-NATA--CAAG-T-ATATCTCATATNTTT-T-ATAAG----ATATC-TTAT--AAAA--TA-A-GT--------TTATAAGATATCTTATA-AA------GTTT---ATGAGATA------TCTN-ATAAANTT---T--ATAAGATATCTCAT-ACAANTTAC-AG------TT-TATANGATATC---TCA--TAAA---NTNTAT---------AAGATATCNTATTN---AA-C-----TNTATAAGA------TA-TCTCA-AA-AC-TTAAAA-ATCT---TATAGTAT----CAAGATATCT--TATANAATNTATGAGAT---CTC--A--TAAGCT---TT------CT-T-TATAA--GATATCTTATAAAA---AT-AGATATCTTATAAAAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATCA-AAAAC-GTT-A-ATAAGATATNT-----TNTAAAGTT----TATGA--GAT-ATCTTATAAANT-TTATGAGATATCTTA-T--TAC-AT-----A-----TATC-TCA----TATA----T--T--ATGAGA------TATCNTAT-A---AAG--TA-AAT--ATAAGATATCTCA-TAT-----ATTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-TGA-ATT--TTATAAGATATC--TCAAACG----TTTTACGAGATATCTTATAAAA-TATA--CAAG-T-ATATCTCATATNTTT-T-ATAAG----ATATC-TTAT--AAAA-ATA-A-GT--------TTATAAGATATCTTATA-AA------GTTT---ATAAGATA------TCTN-ATAAANTT---T--ATAAGATATCTTAT-ACAANTTAC-AG------TT-TATANGATATC---TCA--TAAA---ATNTAT---------AAGATATCNTATTN---AA-C-----TNTATAAGA------TA-TCTCANAA-AC-TTAAAA-ATCT---TATAATATT---CAAGATATCT--TATANAATATATGAGAT---CTC--A--TAAGCT---TT------CT-T-TATAA--GATATCTTATAAAA---ATAAGATATCTTATAAAAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTTAT-ATCA-AAAAC-GTT-A-ATAAGATATAT-----TNTAAAGTT----TATGA--GAT-ATCTTATAAAGT-TTATNAGATATCTTA-T--TAC-AT-----A-----TATC-TCA----TATA----T--T--ATGAGA------TATCNTAT-A---AAG--TG-AAT--ATAAGATATCTCA-TAT-----NTTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAA--GATATCAATTATAAGATATT--TCAAAC------TTTATGAGATATCGTATAATG-CATA--CAGG---ATATCTCATATGTGT-T-ATAAG----ATATC-CTAT--AAAA-GTA-A-GT--------TCATACGATA----AT---------------------------------TC-ATAAAATT---T--ATAAGATATCTCAT-ATAATTCAC-AG------TT-TATATGATATC---TCA--TAAA---ATGTAT---------ACTATAT-ATAATA---AA-T-----TTTATGAGA------TA-TCTTA--------TAAAA--------TATAA-A------AAAATATCT--TAT-CAATAT------T---CT---A--TATACT---TT------CT-T-T-TA----------TATA-----------ATATCTTATAAAAGTTTAAC--GA--TATCTTA-TAAAGTTGATGAGGTATCTTATAATTATAAAAC-GTT-G-ATAAGATATCT-----TATAAAGTT----GATGA--
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCATCA-----ACT--TTATAAGATATCG-TTAAAC-----TTTTATAAGATATTATATAAAA-GA-----AAG-T-ATATAGAATAT---T-G-ATAAG----ATATT-TTTT--------TATA-TT--------TTATAAGATATCTCATA-AA------ATTT---ATTATATA------TAGT-ATACATTT---T--ATGAGATATC--AT-ATAAACTGTGAA------TTATATGAGATATC---TTA--TAAA---TTTTAT---------GAATTATCGTA-TG---AA-CTTACTTTTATAGGA------TA-TCTTATAACAC-------------------ATAT-----GAGATATCCTGTATGCATTATACGATAT---CTC--A--TAAAGT---TTGAAATATC-T-TATAATTGATATCTTATAGA---------ATATCTTAT-AAAGTT--AT--CT--TAT-TTG-T----TTTCTAAGATATCTTAT-AAAA-TAAAT-AAT-G-ATAAGATATCT-----TCT--ATCT----TATAA--GCTAATTTCACAAACT-TTTTAAGATAACTTG-T--TTA-AT-----A-----CA----CAAGATTATAGGGTT--T--ATTAGATACATGTATCTTAT-A---TAGCTTA-AAT--A-AAG-CGTCTTA-CAT-----ATTTTATtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatc--CAAA-T-TTATCTT-TATTCCT-CGATAAAT---ATATC-TTAC--A-----TA-ATGT--------TT-TA-GATATCTTCTA----------TTTTTGATAAAATACATGTATCTA-ATAAATTT---C--ATAAGATATCTTAT-ACGATTTAC-AG------TT-TACAGGATATTATACCA--TAAA---ATATGT---------AAGACGCTTTATTT---AAGC-----TATATAAGATACATGTA-TCTAATAA-AC-CCTATA-ATCT---TGT-GTATTAAACAAGTTATCT--TAAAAAGTTTGTGAAATTAGCTT--A--TAAGA-----------------TAGAA--GATATCTTAT---C---ATTATTTATTTTATAA-----------GA--TATCTTA-GAAAACAAATAAGATAACTT-T-AT---AAGAT-ATT-CTATAAGATAT---------CAA---T----TATAA--GAT-ATTT--CAAACT-TTATGAGATATCGTA-TAATGC-ATACAGGA-----TATC-TCA----TATG----TGTT--ATAAGA------TATCCTATAA---AAG--TA-AGTTCATACGATAATTCA-TAA-----AATTTATAAGggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatat-T-ATATCT-ATTTCTCTGT-A-AAG----ATACA-TTAT--ATGA-TTA-A-TT--------TAATGAGATATATTTTA----------TTTTTGATAAGACA------TATA-ATAAATTT---T--ATAAGATATCTTAT------TTAC-AG------TT-TATATGATAgagtgccataat
gi|11 : cGATATCTTATTAAAGTT--ATAAGA--TATCTTAATAAAGTTTATGATATATCTTAT-ATCA-AAAACTGGT-A-ATGATATACATTTATATATAAAGTT----aatacggcatgccatag
gi|12 : -T-ATATATCATGAATTT-C-AGAAG----ATATC-TTAC--A-----TA-A--T--------TTGGAAGATATCTCAGA-AA------GCTC---ATGAGATA------TCTT-ATAAAA-----T--ATAAGAAAT
gi|13 : TATCTTATA-AC------ATTT---ATACGATA------TCTG-ATAACTTT---TAAATAAGATATTTTAT-ACAAA-GAA-AG------CT-TATAat
gi|16 : TT-ATAAAGTT---T--ATAAGATATCTCCT-GCAGTTTAC-AG------TA-TGTACGATATC---TTA--TAAA---ATct
gi|2 : tTAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAAATGA-ATT--TCATAAGATATA--TCAAACG----CTTTATGAGATACCTTATGGCA-CACA--CAAGGT-ATATCTGATATATTT-T-ATAAG----GTATC-TTAT--AAAA-ATA-A-AT--------TCATATGATATTTTATA-AA------GTTT---ATAAAATA------TCTT-CTAAAGTT---A--ATAGGATATCCCAT-ACAAGTTAC-AG------TT-TACAAGATATC---TCA--TAAG---ATATAT---------AAGATATCATATTT---AA-C-----TGTATAAAA------TA-TCTCAAAA-ACATTAAAAGATTTTGCTACAGTATT---CAAGATATCA--TATGGAATACATGAAAT---CTC--A--TAAACT---TT------CT-TATATAA--GACATCTTATAAAA---ATAAGATTTCTTATAAAAGCT--GT--GA--TATCTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTTGT-ATCA-AAAAT-GTT-A-TTAAGATATAG-----TCTAAAGTT----GGCGA--GAT-ATCTTGTAAAGT-TTATGAGATAGCTTACC--TACAAT-----A-----TATC-TCA----TATA----T--CTAATGAGA------TGTCTTAT-AGAGAAG--AA-AAC--ATAAGATATCTCA-TAT-----CTTTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCATAA-----ACT--TTATGAGATATC--GAAAAAG----TTTTATAGGATATCTTCTGAAAGTAAATTCATG-TGATACTTTATAACATT-T-ATAATTATCATGTC-T-AT--AAAC-TT-----T--------TTA-AAGTTAATTTATATAATCTACTGTTT---ATGAGATA------TCTCCATAAAATA---T--GTAAGATATCTTATGATAAACTAT-AT------AT-TATAT-ATAT----TCAATTCAATTCGTTTATTGACCAATTAAGGGCCCCCACTGGGCAA-CAA---GATATAAG-------TACTCTCA-------TTAAAT-ATCTGA-TATAAGATAA--CACGATATCT--AATAAAGTTTATGAGAT--------------GGT------------T-T-TAT-----ATATCTAATAAAAT--ATGATATATCTTGAAAGAG
gi|4 : catttttaaaaaatgga---CAAGATATCT--TATACAATTTATGAGAT---ATCATA--TAAGTT---TT------CTAT-TATCG--GAAATCTTATAAAA---GT----TATATTGTAAAAGTC--AT-----------------AGTTTTTGAGATATATCAT-ATCA-TAAAT-GTT-A-ATATAGTATAG-----T---AGGCC-------------T-ATCTTATAAAGT-ATATTAAATATCTTA-TG-TACTGT-----ACGAGTTATC-TCA----TATA----TG-TA-ATGATA------TATCATA--A---AAC--TGTAAT--AAAGGATATgattaaatgta
gi|4 : T-----TTTAAAGCT----TACGA--CCT-ATCT-ATATCCT-TTATTACA-GTTTTA-T--GA---T-----A-----TATCATTA----CATA----T-----ATGAGA------TAACTCGT-A---CAG--T---AC--ATAAGATATTTAA-TAT-----ACTTTATAAGagataggtcgtaagctttaaaag
gi|5 : caagatatcttatacaatttatgagatatcatataagttttctattatcggaaatcttataaaagttatattgtaaaagtcatagtttttgagatatatcatatcataaatgttaatatagtatagtaggcctatAAGGTATCTCATAA-CA----T--TTAGAAGATA----TCATATG----TTATGCGAGATA----AT--AA-TATA--CGAG---ATATTT--TATATTC-T-ATTAG----ATATG-TTAT--AAAAGATA-T-GTTTAAAAAGTTACAAGATATCTTTTA-AA-------TTT---ATGAGATA------TCTC-CTAAAGTTTAAT--ATAAAATATCTCAT-ATAAGATAA-AGAAAACACT-TGT--GATATC---TCA--CATC---TTCTAT---------AACATAT-ATCCTG---AA-G-----GATATAAAA------TA-TATCg
gi|6 : aATATCTTGT-ATGA-------G------TT-T-TAAAATGTC---TCA--AAAA---CTTTAT---------AAGGCATCTTATGT---A--C-----TTTTGAAGA------TG-TCTCA-----------AA-GT-T---TATGG----------GATATCT--TACAAAA-ATATGAGATAT-CTT--A--TAAGCTAAATC------TT-T-TATAA--GATATCTTATAAAAGTTATCAGATTTCGTATAAAAGTT--AT--GA--TATTTTA-TAAAGTTTATGtc
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA--TATCTTA-TAAACTTTATGAACTATCTTAT-ATGA-ACAAT-GTT-G-ATAAGATATGT-----TTTAAAGTT----TATGA--GAT-GT-TTA---------ATGGGA-----------TAC-AT-----G-----TATC-T-A-------A----C--T--ATAAGAAG----TATCATAC-A---------G-GAT--ATAAGATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAG
gi|8 : t--GA--TATATTA-TAA--TTTGTGAGATGTCTTCC-ATT---------TTCA-ATAAGATATAT-----AGTGAATTTCTCATATGATTGAT-ATCTCATAAAATATTACAAGATATTTCA-T--atatct
gi|8 : ATGAAATATCTTGTAA-T---ATT--TTATGAGATATCAATCATATGAGAAATTCACTATATATCTTATTGAA-AATG--GAAG---ACATCTCACAAA--T-T-ATAAT----ATATCTTTATTCAGGA-ATA-A-G----------CATAA-ATATtttattcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
gi|9 : AGAT---ATC--AAATAAACT---TT------CT-T-TA------GTACCGTATAA---------GATATCTCATAAAAGTT--AT--AAACTATCTTA-TGAACTTTATGAGACATCTTAC-ATCA-AAACC-GTT-A-ATAAGATATCT-----TGTAAAGTT----TATGA--CAT-ACCggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 88888888888888888888888888888888 2222 111111 11111111 111 222222222222222 555555555555555555555555555 2222222222 1111111 11111111111 111111 22222 444444444 33333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555 22222222222 11111 222222222 11111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444444 1111 333333333
lowQualScore : 2 00000 66666666666666666666666666666666 2222 888888 5 3 5 0 1 22222222 0 3 000 777777777777777 4 2 9999 0 888888888888888888888888888 55 0 6666666666 777 4444444 44 1 666 55 44444444444 000000 3 2 66 1 00000 000000000 55 55555555555555555555 5 5 6666666666666666666666666666666666666666 77 77 1 7777777777777777777777777777777777777777777 66666666666666666 4 66 22222222222 0 4 3 66 777 66 11111 4 0 4 88 4 000000000 4 55 1 00000 1 4 5 55555 77 77 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 000000000 0 33 4444 777777777 1
lowQualScore : . ..... ................................ .... ...... . . . . . ........ . . ... ............... . . .... . ........................... .. . .......... ... ....... .. . ... .. ........... ...... . . .. . ..... ......... .. .................... . . ........................................ .. .. . ........................................... ................. . .. ........... . . . .. ... .. ..... . . . .. . ......... . .. . ..... . . . ..... .. .. . ......................................................... . . ......... . .. .... ......... .
lowQualScore : 0 00000 55555555555555555555555555555555 6666 999999 7 7 7 1 6 33333333 1 0 888 999999999999999 4 0 4444 1 222222222222222222222222222 22 1 8888888888 000 5555555 66 0 444 00 11111111111 555555 6 4 11 0 44444 000000000 33 44444444444444444444 7 7 1111111111111111111111111111111111111111 99 00 0 0000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333 4 99 00000000000 1 4 7 11 888 11 11111 4 1 4 99 0 000000000 0 55 0 00000 0 0 0 66666 99 99 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 000000000 3 33 2222 000000000 0
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATA--------------------A-CGA-T-T---TTATAAGATATC-T-TAAAC-GT---TT-TATG-AGATATCTTATAAAAN---ATACGAG-T-ATATCT-ATATN-------TTT-TATAAG----ATATCTTATAAA----------A-TAAAT--------TTA-TAAGATATCTTATA-AA------GTTT---AT------AAGATATCTC-ATAAAGTT---T--ATAAGATATCTCAT-ACAANTTAC-AG------TT-TATANGATATCTCA--TAAANTC----TAT---------AAGATATCNTAT----TG---AAC-----TNT-ATAAGATA-TCTC-A-A-C-TTA-AA---A-ATTT---TACAA---TA-T--CAAGATATCT--TATANAATATACGAGAT--CTC--A--TAAGCT---TT------CT-T---TATAA--GATATCTTATA-A----AA-AT----AGA-TATCTTATAAAAGTT--AT--G-----A--TATCTTA-TAAA--GT---T--TATGAGATATCTT-----AT-ATCA-AAAAC-GTTA-ATA---------A-GA--TATCT-----TATA-AAGTTTATGAGAT-ATCTTACAAACTTT--ATG--AGATAT-CTTA-T-TAC------ATATATCTCA----TAT-A----TT--ATGAGA------TATCTTATA---AAG---AAATATAAGATATCTCA----TA---TAA---TTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATA--------------------A-CGA-T-T---TTATAAGATATC-T-CAAAC-GT---TT-TACG-AGATATCTTATGAAAN---ATACAAG-T-ATATCTCATATN-------TTT-TATAAG----ATATCTTATAAA----------A-TAAGT--------TTA-TAAGATATCTTATA-AA------GTTT---AT------GAGATATCTN-ATAAANTT---T--ATAAGATATCTCAT-ACAANTTAC-AG------TT-TATANGATATCTCA--TAAANTN----TAT---------AAGATATCNTAT----TN---AAC-----TNT-ATAAGATA-TCTC-AAAAC-TTA-AA---A-ATCT---TATAG---TA-T--CAAGATATCT--TATANAATNTATGAGAT--CTC--A--TAAGCT---TT------CT-T---TATAA--GATATCTTATA-A----AA-AT----AGA-TATCTTATAAAAGTT--AT--G-----A--TATCTTA-TAAA--GT---T--TATGAGATATCTT-----AT-ATCA-AAAAC-GTTA-ATA---------A-GA--TATNT-----TNTA-AAGTTTATGAGAT-ATCTTATAAANTTT--ATG--AGATAT-CTTA-T-TAC------ATATATCTCA----TAT-A----TT--ATGAGA------TATCNTATA---AAG--TAAATATAAGATATCTCA----TA---TA----TTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATA--------------------A--GA-TATCAATTATAAGATATT-T-CAAAC------TT-TATG-AGATATCGTATAATGC---ATACAGG---ATATCTCATATG-------TGT-TATAAG----ATATCCTATAAA----------AGTAAGT--------TCA-TACGATA------------------------------------AT-TC-ATAAAATT---T--ATAAGATATCTCAT-ATAATTCAC-AG------TT-TATATGATATCTCA--TAAAATG----TAT---------ACTATAT-ATAA----TA---AAT-----TTT-ATGAGATA-TCTT-A------TA-AA---A--------TATAA----A-----AAAATATCT--TAT-CAATAT------T--CT---A--TATACT---TT------CT-T---T-TA----------TATA-----------------A-TATCTTATAAAAGTTTAAC--G-----A--TATCTTA-TAAA--GT---T--GATGAGGTATCTT-----ATAATTATAAAAC-GTTG-ATA---------A-GA--TATCT-----TATA-AAGTTGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCAT-----------------------CAA-C-T---TTATAAGATATCGT-TAAAC--T---TT-TATA-AGATATTATATAAAAG---A---AAG-T-ATATAGAATAT----------T-GATAAG----ATATTTTTTTAT----------A-T---T--------TTA-TAAGATATCTCATA-AA------ATTT---AT------TATATATAGT-ATACATTT---T--ATGAGATA--TCAT-ATAAACTGTGAA------TTATATGAGATATCTTA--TAAATTT----TAT---------GAATTATCGTA-----TG---AACTTACTTTT-ATAGGATA-TCTT-ATAAC--------------------ACA----TA-T---GAGATATCCTGTATGCATTATACGATAT--CTC--A--TAAAGT---TTGAAATATC-T---TATAATTGATATCTTATA-G----A----------A-TATCTTAT-AAAGTT--AT--C-----T--TAT-TTG-T------T---T--TCTAAGATATCTT-----AT-AAAA-TAAAT-AATG-ATA---------A-GA--TATCT-----TCT---ATCTTATAAGCTAATTTCACAAACTTT--TTA--AGATAA-CTTG-T-TTA------ATACA---CAAGATTAT-AGGGTTT--ATTAGATACATGTATCTTATA---TAGCTTAAATA-AAG-CGTCTTA----CA---TA----TTTTATtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTTT-----TATAAGATATCTCATAAAATTTATTATATATAGTATA-C-A-T-T---TTATGAGATATCATATAAACTGTGAATTATATG-AGATATCTTATAAATT---TTATGAA-T--TATC--GTATGAACTTACTTT-TATAGG----ATATCTTATAAC----------A-CA------------TA-TGAGATATCCTGTA-TG------CATT---AT------ACGATATCTC-ATAAAGTT---T--G--AAATATCTTAT-A--ATTGAT-AT------CT-TATAGAATATCTTA--TAAAGTTATCTTATTTGTTTTCTAAGATATCTTATAAAATA---AAT-----AATGATAAGATA-TCTT-CTATC-TTATAAGCTA-ATTT---CACAAACTTT-T--TAAGATAACT--TGTTTAATACACAAGAT--T----A--TAGGGT---TT------AT-TAGATACAT--G-TATCTTATATAGCTTAA-AT----AAAGCGTCTTACATATTTT--AT--GGTATAA--TATCCTG-TAAACTGTAAATCGTATAAGATATCTT-----AT-G--A-AATTT-ATTAGATAC--------A-TG--TATTT-----TATC-AAAAATAGAAGAT-ATC-TA-AAACATT--ATGTAAGATATATTTA-T-ggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttata-T-ATATCT-ATTTC-------TCTGTA-AAG----ATACATTATATG----------A-TTAAT--------TTAATGAGATATATTTTA----------TTTTTGAT------AAGACATATA-ATAAATTT---T--ATAAGATATCTTAT------TTAC-AG------TT-TATATGATAcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|11 : cGA-TATCTTATTAAAGTT--ATAAG-----A--TATCTTAATAAA--GT---T--TATGATATATCTT-----AT-ATCA-AAAACTGGTA-ATG---------A-TA--TACATTTATATATA-AAGTTaatacggcatgccatag
gi|12 : -T-ATATATCATGAA-------TTT-CAGAAG----ATATCTTACA--------------TAA-T--------TTG-GAAGATATCTCAGA-AA------GCTC---AT------GAGATATCTT-ATAAAA-----T--ATAAGAAAT
gi|13 : TATCTTATA-AC------ATTT---AT------ACGATATCTG-ATAACTTT---TAAATAAGATATTTTAT-ACAAA-GAA-AG------CT-TATAat
gi|16 : TT-ATAAAGTT---T--ATAAGATATCTCCT-GCAGTTTAC-AG------TA-TGTACGATATCTTA--TAAAATct
gi|2 : tTAACATTTT-----TATACGATATCCCAGA--------------------AATGAAT-T---TCATAAGATATA-T-CAAAC-GC---TT-TATG-AGATACCTTATGGCAC---ACACAAGGT-ATATCTGATATA-------TTT-TATAAG----GTATCTTATAAA----------AATAAAT--------TCA-TATGATATTTTATA-AA------GTTT---AT------AAAATATCTT-CTAAAGTT---A--ATAGGATATCCCAT-ACAAGTTAC-AG------TT-TACAAGATATCTCA--TAAGATA----TAT---------AAGATATCATAT----TT---AAC-----TGT-ATAAAATA-TCTCAAAAACATTA-AA---AGATTTTGCTACAG---TATT--CAAGATATCA--TATGGAATACATGAAAT--CTC--A--TAAACT---TT------CT-TA--TATAA--GACATCTTATA-A----AA-ATA---AGA-TTTCTTATAAAAGCT--GT--G-----A--TATCTTA-TTAA--GT---T--TATGAGATATCTT-----GT-ATCA-AAAAT-GTTA-TTA---------A-GA--TATAG-----TCTA-AAGTTGGCGAGAT-ATCTTGTAAAGTTT--ATG--AGATAG-CTTACC-TACA-----ATATATCTCA----TAT-A----TCTAATGAGA------TGTCTTATAGAGAAG--AAAACATAAGATATCTCA----TA---TC----TTTTAGAAGa
gi|3 : cc---TCATAAGATATC-T-TACAT-AT---TT-TATGGAGATATCTCATAAACA---GTA-GAT-T-ATAT---AAATTAA-----CTT-TAAAAA----GT---TTATAGACATGATAATTA-TAAATG-------TTA-TAAAGTATCACATG-AA-------TTT---ACTTTCAGAAGATATCCT-ATAAAACT---T--TTTCGATATCTCAT-A------A--AG------TT-TATGAGAGGGCTTA--TAAAATC----CAT---------
gi|3 : catttttaaaaaTTT-----TATAAGCCCTCTCATA--------------------A---A-C-T---TTATGAGATATC-G-AAAAA-GT---TT-TATA-GGATATCTTCTGAAAGTAAATTCATG-TGATACTTTATAAC-------ATT-TATAATTATCATGTCT-ATAAA----------C-T--TT--------TTA--AAGTTAATTTATATAATCTACTGTTT---AT------GAGATATCTCCATAAAATA---T--GTAAGATATCTTATGATAAACTAT-AT------AT-TATAT-ATAT-TCAATTCAATTCGTT-TATTGACCAATTAAGGGCCCCCAC----TGGGCAACAA---GAT-ATAAG-TACTCTC-A-----TTA-AA---T-ATCTGA-TATAA---GA-TAACACGATATCT--AATAAAGTTTATGAGAT-------------GGT------------T-T---TAT-----ATATCTAATA-A----AATATG---ATA-TATCTTGAAAGAGtaaactatatattatatatattcaattcaattcgtttattgaccaattaagggcccccactgggcaacaagatataagtactctcattaaatatctgatataagataacacgatatctaataaagtttatgagatggttttatatatctaataaaatatgatatatcttgaaagaggattaaatgta
gi|4 : catttttaaaaaatgga--CAAGATATCT--TATACAATTTATGAGAT--ATCATA--TAAGTT---TT------CTAT---TATCG--GAAATCTTATA-A----AA-GT--------TATATTGTAAAAGTC--AT----------------------A--GT---T--TTTGAGATATATC-----AT-ATCA-TAAAT-GTTA-ATATAGTATAGTA-GGCCTATCT-----TATA-AAGTATATTAAAT-ATCTTATGTACTGT--ACG--AGTTAT-CTCA---TAT------ATGTA-ATGA----TAT-A----TC--ATAAAA------C-TGTAATA---AAG----GATAT-AGATAGGTCG----TA---AG----CTTTAAAAGgattaaatgta
gi|5 : AAGGTATCTCATA--------------------A-CA----T---TTAGAAGATATC----ATAT-GT---TA-TGCG-AGATA----AT--AAT---ATACGAG---ATATTT--TATA-------TTC-TATTAG----ATATGTTATAAAAG--------A-TATGTTTAAAAAGTTA-CAAGATATCTTTTA-AA-------TTT---AT------GAGATATCTC-CTAAAGTTTAAT--ATAAAATATCTCAT-ATAAGATAA-AGAAAACACT-TGT--GATATCTCA--CATCTTC----TAT---------AACATAT-ATCC----TG---AAG-----GAT-ATAAAATA-TATC-
gi|6 : aATATTTTTTCAGAT-GTCA-AAAA-------ACA---------C--A--TATCT-----TGTATGAGTTT-TAAAAT-GTCTCAAAAACTTT--ATA--AGGCAT-CTTA-TGTACTTTTGAAGATGTCTCA----AAG-T----TT--ATGGGA------TATCTTACA---A-----AAATATGAGATATCTTA----TAAGCTAAATCTTTTATAAGtc
gi|6 : tt-AG------TT-T-TAAAATGTCTCA--AAAACTT----TAT---------AAGGCATCTTAT----GT---A-C-----TTT-TGAAGATG-TCTC-AAAGT-TTA-----------------TGG------------GATATCT--TACAAAA-ATATGAGATATCTT--A--TAAGCTAAATC------TT-T---TATAA--GATATCTTATA-A----AA-GTTATCAGA-TTTCGTATAAAAGTT--AT--G-----A--TATTTTA-TAAA--GT---T--TATGatatcttataaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatg-----A--TATCTTA-TAAA--CT---T--TATGAACTATCTT-----AT-ATGA-ACAAT-GTTG-ATA---------A-GA--TATGT-----TTTA-AAGTTTATGAGAT-GT-TTA----------ATG--GGA-----------TAC------ATGTATCT-A--------A----CT--ATAAGAAG----TATCATACA---------GGATATAAGATATCCCAGTATTA---TAAC--TTTTATAAG
gi|8 : tA-ATA---------AAGA--TATAT-----TATA-A--TTTGTGAGAT-GTCTTCCA--TTTTCAATA--AGATAT-ATAG-T-GA---------ATTTCTCA----TATGA----TT------GA------TATCTCATA---AAA--TAT-TACAAGATATTTCA----Tatatct
gi|9 : AGAT--ATC--AAATAAACT---TT------CT-T---TA------GTACCGTATA-A--------------GA-TATCTCATAAAAGTT--AT--A-----AACTATCTTA-TGAA--CT---T--TATGAGACATCTT-----AC-ATCA-AAACC-GTTA-ATA---------A-GA--TATCT-----TGTA-AAGTTTATGACAT-ACCcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 1 222222222 6666666666666666666666666666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 888888888888888888888 1111111 111 1111 111 222222222 11111 111111111 111 11 3333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 111 111 111 1111 66666666666666666666 1111 4444444444444444 11111 1111 222222222 111111 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666 555555555555 111 444444444
lowQualScore : 33333 0 0 999999999 9999999999999999999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 6 111 444444444444444444444 999 6 9999999 111 99 4444 7 4 000 222222222 5 0 00000 444444444 2 2 6 22 8 1 999 1 666 11 1 8 2222222222222222222222222222222222222222222 11 1 3 7777 2 111 555 77 77 000 5 1111 1 77 5 55555555555555555555 0000 5 0000000000000000 5 1 22222 0 1111 000000000 5 66 66 99999 4 0 0 444444 6666666666666666666 66 5 2 44444444444444444444444444444444444444444444 1 000000000000 000 1 6 3 333333333 3
lowQualScore : ..... . . ......... ............................ ..................................................... . . ... ..................... ... . ....... ... .. .... . . ... ......... . . ..... ......... . . . .. . . ... . ... .. . . ........................................... .. . . .... . ... ... .. .. ... . .... . .. . .................... .... . ................ . . ..... . .... ......... . .. .. ..... . . . ...... ................... .. . . ............................................ . ............ ... . . . ......... .
lowQualScore : 33333 8 0 555555555 6666666666666666666666666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 7 777 555555555555555555555 333 7 7777777 777 22 2222 6 3 000 999999999 7 4 66666 777777777 8 8 7 55 2 0 888 0 666 00 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444 00 0 8 8888 8 777 888 99 99 000 7 6666 6 99 7 22222222222222222222 6666 0 3333333333333333 0 4 55555 7 7777 000000000 0 11 11 88888 4 9 2 444444 7777777777777777777 99 0 2 99999999999999999999999999999999999999999999 1 333333333333 000 7 7 7 666666666 5
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATA-TCTCATAA-CGA-CTTTATAAGATATC-T--T----AA---AC----------GTTTTATGAGATA------TCTTATGAA-------ANATACGAG-TAT---------ATCT-AT--ATATTT-TAT---AAGATATCTTATAAA--A-T----------------AAATT-T-A-TGAGATATCTTATAAA--GT---TT---ATA--AG----ATATCTTATAAANTT---TAT---------AA-GATATCTCATACAANTTACAG------TTTGTAAGATATCTC-ATAAAATATATAAGATATCNTAT--TGAACTNTATA--AGATAT-CTC---AAC-TTAAAA-GTT---T---TA-----CAATA-TC----AA--GATATCTTATAGAATAT---ATGAG---AT--CTCA--TA--AGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--A-AAA---------GT----A----GATATCTTATA----A-AAGTTAT--GA------------TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATATCAAAAAC-GTTAATA---------A-GA--T--ATNT---TATA-AAGTTTATGAGATA------TCT-------TACA-------AACTTT--A-TAAGGTATCTTA-T----TAC------A-NATATCTCA----TAT-A----TT--ATGAGATATCTTATAAA------G----AAAT---ATAAGATATC-TCATA---NAN---TTTTANAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATA-TCTCATAA-CGA-TTTTATAAGATATC-T--T----AA---AC----------GTTTTATGAGATA------TCTTATAAA-------ANATACGAG-TAT---------ATCT-AT--ATNTTT-TAT---AAGATATCTTATAAA--A-T----------------AAATT-T-A-TAAGATATCTTATAAA--GT---TT---ATA--AG----ATATCTCATAAAGTT---TAT---------AA-GATATCTCATACAANTTACAG------TTTATANGATATCTC-ATAAANTCTATAAGATATCNTAT--TGAACTNTATA--AGATAT-CTC---AAC-TTAAAA-ATT---T---TA-----CAATA-TC----AA--GATATCTTATANAATAT---ACGAG---AT--CTCA--TA--AGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--A-AAA---------AT----A----GATATCTTATA----A-AAGTTAT--GA------------TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATATCAAAAAC-GTTAATA---------A-GA--T--ATCT---TATA-AAGTTTATGAGATA------TCT-------TACA-------AACTTT--A-TGAGATATCTTA-T----TAC------A-TATATCTCA----TAT-A----TT--ATGAGATATCTTATAAA------G----AAAT---ATAAGATATC-TCATA---TAA---TTTTATAAG
gi|1 : -------AACTTT--A-TAAGATATCTTA-T----CA----------ACGTTTTA----TA--A----TT--ATAAGATACCTCATCAA-----------CTTT---ATAAGATATCGT--TA---AAC---TTTTATAAG
gi|1 : tcatcAACGTTTTATAATTATAAGATA-CCTCAT---CAA-CTTTATAAGATATCGT--T----AA---AC-----------TTTTATAAGATA------TTATATAAAAGAAAGTATATA-GAA-TATTGATAAGATATTT-TTTTATATTT-TAT---AAGATATCTCATAAA--A-TTTATTATATATAGTATACATT-TTA-TGAGATATCATATAAACTGTGAATT---ATATGAG----ATATCTTATAAATTT---TAT---------GA-ATTATCGTATG-AACTTAC-T------TTTATAGGATATCTT-ATAACACATATGAGATATCCTGTA-TGCA--TTATA--CGATAT-CTC---A----TAAAG---T---T---TG-----AAATA-TCTTATAATTGATATCTTATAGAATATCTTATAAAGTTAT--CTTA--T------T---TGTT-T-T--CTAAGATATCTTAT--A-AAATAAATAATGAT----AA---GATATCTTCTATCTTATAAGCTA------------------ATTTCA-CAAACTTTTTAAGATAACTT-----GTTT--AATAC-----ACA---------A-GA--T---------TATA-GGGTTTATTAGATACATGTATCT-------TATAT------AGCTTA--AATAAAGCGTCTTA--------C------A-TATTT--------TAT-G----GT--ATAA--TATCCTGTAAACT----GT---AAATCGTATAAGATATC-TTATG---AAA---TTTatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatatcttataaattttatgaattatcgtatgaacttacttttataggatatcttataacacatatgagatatcctgtatgcattatacgatatctcataaagtttgaaatatcttataattgatatcttatagaatatcttataaagttatcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTCT-----TATAAGCTAATTTCACAA---A-CTTTTTAAGATAAC-T--TGTTTAATACACAAGATTATAGGGTTTATTAGATACATGTATCTTATATAGCTT---AAATA-AAG-CGT---------CT-T-AC--ATATTT-TATGGTATAATATCCTGTAAACTG-T----------------AAATCGT-A-TAAGATATCTTATGAA--AT---TT---ATT--AG----ATA---CATGTATTT---TATCAAAAATAGAA-GATATCTAAAACA--TTA-----------TGTAAGATATattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatatcttataaattttatgaattatcgtatgaacttacttttataggatatcttataacacatatgagatatcctgtatgcattatacgatatctcataaagtttgaaatatcttataattgatatcttatagaatatcttataaagttatcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttcta-TAT---------ATCT-AT--TTCTCTGTA----AAGATACATTATATG--A-T----------------TAATT-T-AATGAGATATATTTTA-----T---TTTTGATA--AG----ACATATAATAAATTT---TAT---------AA-GATATCTTAT-----TTACAG------TTTATATGATAatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|11 : c----GATATCTTATT----A-AAGTTATAAGA------------TATCTTAATAAAGTTTATGATATATCTT-----ATATCAAAAACTGGTAATG---------A-TA--TACATTTATATATA-AAGTTaatacggcatgccatag
gi|12 : A--T--ATAT---CATG-AATTTCAGAAGATA------TCT-------TACA-------TAATTT--G-GAAGATATCT----------C------A-GAAAGCTCA----T--------------GAGATATCTTATAAAATATAAG----AAAT---AT
gi|13 : tA--TA--AGCT---TTCT-T-TGTATAAAATATCTTATTTA-AAA---------GTTATCA----GATATCGTATA----A-ATGTTATAAGA------------TA
gi|16 : tTTATAAAGTT---TAT---------AA-GATATCTCCTGCAGTTTACAG------TATGTACGATATCTT-ATAAAATct
gi|2 : tTAACATTTT-----TATACGATA-TCCCAGAAATGAATTTCATAAGATATA-T--C----AA---AC----------GCTTTATGAGATA------CCTTATGGC-------ACACACAAGGTAT---------ATCTGAT--ATATTT-TAT---AAGGTATCTTATAAA--AAT----------------AAATT-C-A-TATGATATTTTATAAA--GT---TT---ATA--AA----ATATCTTCTAAAGTT---AAT---------AG-GATATCCCATACAAGTTACAG------TTTACAAGATATCTC-ATAAGATATATAAGATATCATAT--TTAACTGTATA--AAATAT-CTCAAAAACATTAAAAGATT---TTGCTA-----CAGTATTC----AA--GATATCATATGGAATAC---ATGAA---AT--CTCA--TA--AACT---TTCT-TAT--ATAAGACATCTTAT--A-AAA---------ATA---A----GATTTCTTATA----A-AAGCTGT--GA------------TATCTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTT-----GTATCAAAAAT-GTTATTA---------A-GA--T--ATAG---TCTA-AAGTTGGCGAGATA------TCT-------TGTA-------AAGTTT--A-TGAGATAGCTTACC----TACA-----A-TATATCTCA----TAT-A----TCTAATGAGATGTCTTATAGA------GAAGAAAAC---ATAAGATATC-TCATA---T-C---TTTTAGAAGa
gi|3 : ccGA-TTTTATAAGCCCTC-TCAT----AA---AC------------TTTATGAGATA------TC----GAA-------AAA------------------------------GTTT-TAT---AGGATATCTTCTGAA--AGT----------------AAATT-C-A-TGTGATACTTTATAAC--AT---TT---ATA--ATTATCATGTCT-ATAAACTT---TTT---------AAAGTTAATTTATATAATCTACTG------TTTATGAGATATCTCCATAAAATATGTAAGATATCTTATGATAAACTATATATTATATATATTC---AAT-TCAA----TTCGTT---TATTGACCAAT---T----AA--GGGCCCCCACTGGGCA----ACAAG---AT-----A--TA--AGTA---CTCT-C----ATTAAATATCTGAT--ATAAG---------AT----AACACGATATCTAATA----A-AGTTTAT--GAGATGGTTTTATATATCTAA-TAAAAT--ATGATATATCTT-----
gi|4 : catttttaaaaaatgC----AA--GATATCTTATACAATTT---ATGAG---AT--ATCA--TATAAGTT---TTCTAT-T--ATCGGAAATCTTAT--A-AAA---------GT-----------TATATTGTA----A-AAGTCAT---------------------------AGTTTTTGAGATATATC-----ATATCATAAAT-GTTAATATAGTATAGTA-GGCCT--ATCT---TATA-AAGTATATTAAATA------TCT-------TATG-------TACTGT--A-CGAGTTATCTCA------TAT------A-TGTA-ATGA----TAT-A----TC--ATAAAAC-TGTAATAAA------G-----GAT---AT-AGATAGG-TCGTA----AG---CTTTAAAAGgaaagaggattaaatgta
gi|5 : AAGGTA-TCTCATAA-CA---TTTAGAAGATATC---------AT---AT----------GTTATGCGAGATA----------AT--A-------ATATACGAG--AT---------ATTT--T--ATATTC-TAT---TAGATATGTTATAAAAGA-TATGTTTAA--------AAAGT-T-A-CAAGATATCTTTTAAA---T---TT---ATG--AG----ATATCTCCTAAAGTTTAATAT---------AA-AATATCTCATATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATCTC-ACATCTTCTATAACATAT-ATCC--TGAAGGATATA--AAATAT-ATC---
gi|6 : aATATTTTTTCAGATGTCAAAAA------ACA---------C--A--T--ATCT---TGTATGAGTTT-TAAAATG------TCT-------CAAA-------AACTTT--A-TAAGGCATCTTA-TG---TACTTTTGAA-GATGTCTCA----AAG-T----TT--ATGGGATATCTTACAA------------AAAT---ATGAGATATC-TTATAAGCTAAATCTTTTATAAGtc
gi|6 : ttAG------TTT-TAAAATGTCTC-AAAAACTTTATAAGGCATCTTAT---GTACTTTTGA--AGATGT-CTC---AA-------A-GTT---T--------------A-T-----GG--GATATCTTACAAAA-AT---ATGAG---ATATCTTA--TA--AGCTAAATCTT-T-T--ATAAGATATCTTAT--A-AAA---------GTTATCA----GATTTCGTATA----A-AAGTTAT--GA------------TATTTTA-TAAAGTTTATGatatcttataaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgA------------TATCTTA-TAAACTTTATGAACTATCTT-----ATATGAACAAT-GTTGATA---------A-GA--T--ATGT---TTTA-AAGTTTATGAGATG------TTTAATGGGATACATGTATCTAACTAT--A-AGAAGTATCATA-CAGGATAT------AAGATATCCCAGTATTAT-AACTTTT--ATAAGATATCT
gi|8 : tAATA---------AAGA--T--ATAT---TATA-A--TTTGTGAGATG------TCT-------TCCA---------TTTTCAA-TAAGATATATAG-T----GA----------ATTTCTCA----TATGA----TT------GATATCTCATAAA------A----TATT---ACAAGATATT-TCAT
gi|9 : AG---AT--ATCAAATA--AACT---TTCT-T-T--A----GTACCGTAT--A-A----------------------GATATCTCATA----A-AAGTTAT--AAAC----------TATCTTA-TGAACTTTATGAGACATCTT-----ACATCAAAACC-GTTAATA---------A-GA--T--ATCT---TGTA-AAGTTTATGACATA------CCcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333 44444444444 22222 22 66666666666666666666666666666666666666 22 777777777777777777777777777777 33333333333333 11111111 111111 111111 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 2222222 555555555555555555555555 3333333333333333 11111 111111111 1111111 111111 222222 55555555555555555 1111111111 4444444444444 5555555555555
lowQualScore : 2 33333 22222222222 8 11111 33 99999999999999999999999999999999999999 00 5 5 77 5 77 888888888888888888888888888888 1 4 22222222222222 22222222 666666 7 1 888 5 66 2 222222 6 5 888 5 77 33 1 88 1 77 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777 77 55 0 00000 888 4444444 66 777 0 4 9999999 0 66 555555555555555555555555 8888 4 55 6666666666666666 4 2 1 00000 4 2 4 9999 666666666 4 55 0000000 0 3 222222 1 888888 66 5 0 1 0 55555555555555555 1 0 5 6666666666 66 2 5555555555555 888 0 5 1111111111111 1
lowQualScore : . ..... ........... . ..... .. ...................................... .. . . .. . .. .............................. . . .............. ........ ...... . . ... . .. . ...... . . ... . .. .. . .. . .. . ................................................. .. .. . ..... ... ....... .. ... . . ....... . .. ........................ .... . .. ................ . . . ..... . . . .... ......... . .. ....... . . ...... . ...... .. . . . . ................. . . . .......... .. . ............. ... . . ............. .
lowQualScore : 0 33333 88888888888 0 66666 66 99999999999999999999999999999999999999 33 7 7 99 7 99 666666666666666666666666666666 7 0 99999999999999 66666666 444444 4 0 888 0 22 8 888888 2 4 888 0 66 66 7 77 0 99 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555 99 66 1 33333 888 1111111 11 888 8 4 8888888 8 11 666666666666666666666666 5555 0 55 3333333333333333 0 4 6 00000 4 9 4 9999 000000000 0 00 2222222 5 6 888888 1 444444 99 0 9 1 1 00000000000000000 0 1 6 6666666666 99 0 0000000000000 888 1 7 7777777777777 0
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCCCATAAG----CGA-TTT-ATAAGATATC-T--CAAACGTTTTATGAGATATC-TATGANACA------------------TACGAG-TATATCT-ATATATTT-T--ATAAG-ATATCTTATAAA--A-T----------------AAATTT-A-TGAGATATCTTNTAAA--GT---TT---ATA--AG----ATA------TCTNATAAANTT---TATAA-GATATCTCATACAATTTACAG------TTTATANGATATC---TC-ATAAAATATATAAGATATCNTAT--TGAA-CTNTATA--AGATAT-CTC---AAT-TTAA-A-AG-TTT---T-ACAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAGAATAT---ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------G-T----A----GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA------------TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATA-TCA-AAAAC-GTTAATA---------A-GA--TATNT-----TATA-AAGTTTATGAGATA------TCTTATA--ACTTT--A-TAAGGTATC--TTA-T-TAC------ANATATCTCATAT-ATT--ATGAGA--TATCTTATAAA------G----AAAT---ATAAGATATCTCA-TA----AA------NTTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-----CGACTTT-ATAAGATATC-T--TAAACGTTTTATGAGATATCTTATGAAANA------------------TACGAG-TATATCT-ATATATTT-T--ATAAG-ATATCTTATAAA--A-T----------------AAATTT-A-TGAGATATCTTATAAA--GT---TT---ATA--AG----ATA------TCTTATAAANTT---TATAA-GATATCTCATACAANTTACAG------TTTGTAAGATATC---TC-ATAAAATATATAAGATATCNTAT--TGAA-CTNTATA--AGATAT-CTC---AAC-TTAA-A-AG-TTT---T-ACAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAGAATAT---ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------G-T----A----GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA------------TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATA-TCA-AAAAC-GTTAATA---------A-GA--TATNT-----TATA-AAGTTTATGAGATA------TCTTACA-AACTTT--A-TAAGGTATC--TTA-T-TAC------ANATATCTCATAT-ATT--ATGAGA--TATCTTATAAA------G----AAAT---ATAAGATATCTCA-TA----NA------NTTTTANAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAAGATATCAA--TT-ATAAGATATT-T--CAAAC--TTTATGAGATATCGTATAATGCA------------------TAC-AG-GATATCTCATATGTGT-T--ATAAG-ATATCCTATAAA--A--------------------------------------GTAA---GT---TC---ATA--CG----ATA------ATTCATAAAATT---TATAA-GATATCTCATATAATTCACAG------TTTATATGATATC---TC-ATAAAATGTATACTATAT-ATAA--TAAA-TTTTATG--AGATAT-CTT---A----TAA-A-A--------T-ATAA--------A-----------AA--AATATCTTATC-AATAT------------T--CT---A--TATACT---TTCT-T-T-------------TAT--A--------------T----A-----ATATCTTATA----A-AAGTTTAAC--GA------------TATCTTA-TAAAGTTGATGAGGTATCTT-----ATAATTATAAAAC-GTTGATA---------A-GA--TATCT-----TATA-AAGTTGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCAT-------CAACTTT-ATAAGATATCGT--TAAAC-TTTTATAAGATATTATATAAAAGAAAGTATATAGAATATTGATAAGA--TATTTTT-TTATATTT-T--ATAAG-ATATCTCATAAA--A-TTTATTATATATAGTATACATTTTA-TGAGATATCATATAAACTGTGAATT---ATATGAG----ATA------TCTTATAAATTT---TATGA-ATTATCGTATG-AACTTAC-T------TTTATAGGATATC---TT-ATAACACATATGAGATATCCTGTA-TGCA---TTATA--CGATAT-CTC---A----TAA-A--G-TTT---G-A-AAT-------A-T----CTTATAATTGATATCTTATAGAATATCTTATAAAGTTAT--CTT--A--T----T---TGTT-T-T--CTAAGATATCTTAT--AAAATAAATAATGA-T----AA---GATATCTTCTATCTTATAAGCT--A------------------ATTTCA-CAAACTTTTTAAGATAACTT-----GTT-T---AATAC-----ACA---------A-GA--T---------TATA-GGGTTTATTAGATACATGTATCTTATATAGCTTA--AATAAAGCGTC--TTA-------------CATATTT--TAT-GGT--ATAA----TATCCTGTAAACT----GT---AAATCGTATAAGATATCTTA-TG----AA------ATTTtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTTATGGCAC-------------------TCCAAA-TTTATCT-TTAT-TCC-TCGATAAATATATCTTACATA--A-T----------------G--TTT---T-AGATATCTTCTA-----T---TTTTGATA--AA----ATACATGTATCTAATAAATTT---CATAA-GATATCTTATACGATTTACAG------TTTACAGGATATTATACC-ATAAAATATGTAAGACGCTTTAT--TTAAGCTATATA--AGATAC-ATG---TAT-CTAATA-AA-CCC---T-ATAATCTTGTGTA-TTAAAC----AA--GTTATCTTAAAAAGTTT---GTGAA---AT--T---------AGCT---T---------ATAAGATA---------------------G-A----A----GATATCTTATC----A----TT--AT--------------------TTA-T----TTTATAAGATATCTT-----A-----G-AAAAC-A--AATA---------A-GA--TA--------------ACTTTATAAGATA------T----------TCT--A-TAAGATATCAATTA-T--A-------AGATATTTCAAAC-TTT--ATGAGA--TATCGTATAAT------G-----CAT---ACAGGATATCTCA-TA----T-------GTGTTATAAGattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattatatgagatatcttataaattttatgaattatcgtatgaacttacttttataggatat-TATATCT-ATTTCTCTGT--A-AAG-ATACATTATATG--A-T----------------TAATTT-AATGAGATATATTTTA-----T---TTTTGATA--AG----ACA------TATAATAAATTT---TATAA-GATATCTTAT-----TTACAG------TTTATATGATAt
gi|11 : c----GATATCTTATT----A-AAGTT--ATAAGA------------TATCTTAATAAAGTTTATGATATATCTT-----ATA-TCA-AAAACTGGTAATG---------A-TA--TACATTTATATATA-AAGTTaatacggcatgccatag
gi|12 : A--TATAT-----CATG-AATTTCAGAAGATA------TCTTACA-TAATTT--G-GAAGATATC--T-------C------AGAAAGCTCAT----------GAGA--TATCTTATAAAATATAAG----AAAT---AT
gi|13 : t--A--TAAGCT---TTCT-T-TGTATAAAATATCTTATTTAAAA---------G-TTATCA----GATATCGTATA----A-ATGTT--ATAAGA------------TA
gi|16 : tTTATAAAGTT---TATAA-GATATCTCCTGCAGTTTACAG------TATGTACGATATC---TT-ATAAAATAct
gi|2 : TAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAAA----TGAATTTCATAAGATATA-T--CAAACGCTTTATGAGATACCTTATGGCACA------------------CACAAGGTATATCTGATATATTT-T--ATAAG-GTATCTTATAAA--AAT----------------AAATTC-A-TATGATATTTTATAAA--GT---TT---ATA--AA----ATA------TCTTCTAAAGTT---AATAG-GATATCCCATACAAGTTACAG------TTTACAAGATATC---TC-ATAAGATATATAAGATATCATAT--TTAA-CTGTATA--AAATAT-CTCAAAAACATTAA-A-AGATTTTGCT-ACAGT-------ATT----C----AA--GATATCATATGGAATAC---ATGAA---AT--CTC--A--TAAACT---TTCT-TAT--ATAAGACATCTTAT--AAAA---------A-TA---A----GATTTCTTATA----A-AAGCT--GT--GA------------TATCTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTT-----GTA-TCA-AAAAT-GTTATTA---------A-GA--TATAG-----TCTA-AAGTTGGCGAGATA------TCTTGTA-AAGTTT--A-TGAGATAGC--TTACC-TACA-----ATATATCTCATAT-ATCTAATGAGA--TGTCTTATAGA------GAAGAAAAC---ATAAGATATCTCA-TA----T-------CTTTTAGAAGa
gi|3 : ccGATTTT-ATAAGCCCTC-TCATAAAC--TTTATGAGATATC----GAAAAA-------------------------------------GTTT-T--ATAGG-ATATCTTCTGAA--AGT----------------AAATTC-A-TGTGATACTTTATAAC--AT---TT---ATA--ATTATCATG------TCT-ATAAACTT---TTTAAAGTTAATTTATATAATCTACTG------TTTATGAGATATC---TCCATAAAATATGTAAGATATCTTATGATAAA-CTATATATTATATATATTC---AAT-TCAA-TTCG-TTTAT-TGACCA--------A-T----T----AA--GGGCCCCCACTGGGCA----ACAAG---AT-------A--TAAGTA---CTCT-C----ATTAAATATCTGAT--ATAA---------GAT----AACACGATATCTAATA----A-AGTTT--AT--GAGATGGTTTTATATATCTAA-TAAAAT--ATGATATATCTT-----
gi|4 : catttttaaaaaatg----C----AA--GATATCTTATACAATTT---ATGAG---AT--ATCATA--TAAGTT---TTCTAT-T--ATCGGAAATCTTAT--AAAA---------G-T-----------TATATTGTA----A-AAGTC--AT---------------------------AGTTTTTGAGATATATC-----ATA-TCA-TAAAT-GTTAATATAGTATAGTA-GGCCTATCT-----TATA-AAGTATATTAAATA------TCTTATG-TACTGT--A-CGAGTTATC--TCA---TAT------ATGTA-ATGATAT-ATC--ATAAAA--C-TGTAATAAA------G-----GAT---AT-AGATAGGTCG-TA-----A------GCTTTAAAAGgaaagaggattaaatgta
gi|5 : AAGGTATCTCATAA-----CA--TTT-AGAAGATATC-----ATATGTTATGCGAGATA----AT--AATA------------------TACGAG--ATATTT--TATATTC-T--ATTAG-ATATGTTATAAAAGA-TATGTTTAA--------AAAGTT-A-CAAGATATCTTTTAAA---T---TT---ATG--AG----ATA------TCTCCTAAAGTTTAATATAA-AATATCTCATATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATC---TC-ACATCTTCTATAACATAT-ATCC--TGAA-GGATATA--AAATAT-ATC---
gi|6 : aATATTTTTTCAGATG-TCA-AAAA------ACA---------C--A--TATCT-----TGTATGAGTTT-TAAAATG------TCTCAAA-AACTTT--A-TAAGGCATC--TTA-TGTACTTTTGAAGATGTCTCAAAG-TTT--ATGGGA--TATCTTACAA------------AAAT---ATGAGATATCTTA-TA----AGCTAAATCTTTTATAAGtc
gi|6 : ttAG------TTT-TAAAATGTC---TC-AAAAACTTTATAAGGCATCTTAT---GTA-CTTTTGA--AGATGT-CTC---AA---------AG-TTT-----------------A-T---------GG--GATATCTTACAAAA-AT---ATGAG---ATATCTT--A--TAAGCTAAATCTT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------G-TTATCA----GATTTCGTATA----A-AAGTT--AT--GA------------TATTTTA-TAAAGTTTATGatatcttataaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgA------------TATCTTA-TAAACTTTATGAACTATCTT-----ATA-TGA-ACAAT-GTTGATA---------A-GA--TATGT-----TTTA-AAGTTTATGAGATG------T-TTA-----------A-T--GGGA----------TAC------ATGTATCT-A----ACT--ATAAGAAGTATC--ATACA------G-----GAT---ATAAGATATCCCAGTATTATAA------CTTTTATAAG
gi|8 : tAATA---------AAGA--TATAT-----TATA-A--TTTGTGAGATG------TCTTCCA---TTTTCAA-TAAGATAT-----A-T-AGT------GAATTTCTCATATGATT------GA--TATCTCATAAA------A----TATT---ACAAGATATTTCA-Tatatct
gi|9 : AG---AT--ATC--AAATAAACT---TTCT-T-T--A----GTACCGTAT--AA-----------------------GATATCTCATA----A-AAGTT--AT--AAAC----------TATCTTA-TGAACTTTATGAGACATCTT-----ACA-TCA-AAACC-GTTAATA---------A-GA--TATCT-----TGTA-AAGTTTATGACATA------CCcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 4444444444 111 1 22222 555555555555555555555555555555555555 11 1111 777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 111111 111111 222222222222222 22222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111 2222222222 5555555555555555555 222222 11111 111111 111111111 11111 11111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 88888888888888888888888888888888888 44444444444444444444
lowQualScore : 2 55555 9999999999 666 0 33333 1 333333333333333333333333333333333333 99 88888 2 0000 5 66 5 3 666666666666666666666666666666666666666 5 1 99999999999999 66 444444 55 1 777 0 888 2 222222 2 888 66 000000000000000 0 77 11111111111111 5 6666666666666666666666666666666666666666666666 77 7 2 0000 888 6666666666 1 777 3 4 4 9999999 0 66 0000000000000000000 8888 4 66 111111 4 3 1 11111 4 666 4 222222 666 666666666 4 55 2 00000 4 00000 444444 11111111111111111111111111111111111111111111111 7 1 22222222 2 77 0 22 22222222222222222222222222222222222 0 5 11111111111111111111
lowQualScore : . ..... .......... ... . ..... . .................................... .. ..... . .... . .. . . ....................................... . . .............. .. ...... .. . ... . ... . ...... . ... .. ............... . .. .............. . .............................................. .. . . .... ... .......... . ... . . . ....... . .. ................... .... . .. ...... . . . ..... . ... . ...... ... ......... . .. . ..... . ..... ...... ............................................... . . ........ . .. . .. ................................... . . ....................
lowQualScore : 0 00000 4444444444 888 0 77777 0 777777777777777777777777777777777777 88 00000 0 6666 0 99 0 6 444444444444444444444444444444444444444 0 0 22222222222222 99 444444 44 0 888 1 111 1 888888 6 888 99 888888888888888 1 66 11111111111111 7 7777777777777777777777777777777777777777777777 99 6 1 1111 888 6666666666 8 888 4 4 4 6666666 8 11 2222222222222222222 5555 0 11 666666 4 7 1 11111 4 222 4 888888 444 000000000 0 55 4 00000 0 00000 444444 44444444444444444444444444444444444444444444444 9 7 33333333 7 99 1 66 33333333333333333333333333333333333 1 7 77777777777777777777
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAAAC-A--T---TTATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATC-T-ATGANA-------CATAC-GAG----TAT---------A---TCT-AT--A--TAT----TT-T--ATAAG-ATATCTTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATA-TCTTNTAAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTC-ATAAANTTTA---TAAGATATCTCAT-ACAANTTACAG------TTTATANGATATC---TCA--TAAA-------AT------ATATAAGATATCNTAT-TG---AA-C--TNTATAAGATA-TCTCAA-----TTAA-AAG-TTT---TATAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAAAATNT---ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------GT----A-GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATA-T--CA-AA------AAC-GTTAATA---------A-GA--TATNT-----TATA-AAGT-----TTATGAGATA------TCTTAT-A-A-CTTT--A--TGAGGTATCTTA-T------TAC------AN-ATATCTCATAT-AT--T--ATAAGA--TATCTTATA-----AA--G------------------AAAT---ATAAGATATCTCA-TA----AA------CT-----TTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCCCATAAGCGA--T---TTATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATC-T-ATGANA-------CATAC-GAG----TAT---------A---TCT-AT--A--TAT----TT-T--ATAAG-ATATCTTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATA-TCTTNTAAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTN-ATAAANTTTA---TAAGATATCTCAT-ACAATTTACAG------TTTATANGATATC---TCA--TAAA-------AT------ATATAAGATATCNTAT-TG---AA-C--TNTATAAGATA-TCTCAA----TTTAA-AAG-TTT---TACAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAGAATAT---ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------GT----A-GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTATGAGATATCTT-----ATA-T--CA-AA------AAC-GTTAATA---------A-GA--TATNT-----TATA-AAGT-----TTATGAGATA------TCTTAT-A-A-CTTT--A--TAAGGTATCTTA-T------TAC------AN-ATATCTCATAT-AT--T--ATGAGA--TATCTTATA-----AA--G------------------AAAT---ATAAGATATCTCA-TA----AA------NT-----TTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAAGATA--TCAATTATAAGATATT-TCAAAC--TTTATGAGATATCGT-ATAATG-------CATAC--AG----GAT---------A---TCTCAT--A--TGT----GT-T--ATAAG-ATATCCTATAAAA------------------------------------------------GTAA---GT---TC---ATA--CGATA------ATTC-ATAAAATTTA---TAAGATATCTCAT-ATAATTCACAG------TTTATATGATATC---TCA--TAAA-------AT------GTATACTATAT-ATAA-TA---AA-T--TTTATGAGATA-TCTTA-------TAA-AA--------TATAA--------A-----------AA--AATATCTTATC-AATAT------------T--CT---A--TATACT---TTCT-T-T-------------TAT--A-------------T----A--ATATCTTATA----A-AAGTTTAAC--GA--TATCTTA-TAAAGTTGATGAGGTATCTT-----ATAAT--TATAA------AAC-GTTGATA---------A-GA--TATCT-----TATA-AAGT-----TGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCATCAAC----T---TTATAAGATATCGTTAAAC-TTTTATAAGATATTAT-ATAAAAGAAAG--TATATAGAA----TATTGATAAGATA---TTT-TTTTA--TAT----TT-T--ATAAG-ATATCTCATAAAA--------TTTATTATATATAGTATACA--TTTTA-TGAGATA-TCATATAAACTGTGAATT---ATATGAGATA------TCTT-ATAAATTTTA---TGAATTATCGTAT-G-AACTTAC-T------TTTATAGGATATC---TTA--TAAC-------AC------ATATGAGATATCCTGTATG---CA-----TTATACGATA-TCTCA-------TAA-A-G-TTT---GA-AAT-------A-T----CTTATAATTGATATCTTATAGAATATCTTATAAAGTTAT--CTT--A--T----T---TGTT-T-T--CTAAGATATCTTAT--AAAATAAATAATGAT----AAGATATCTTCTATCTTATAAGCT--A--------ATTTCA-CAAACTTTTTAAGATAACTT-----GTT-T-----AA------TAC-----ACA---------A-GA--T---------TATA-GGGT-----TTATTAGATACATGTATCTTAT-ATA-GCTT--AAATAAAGCGTCTTA------------------C-ATATTT--TAT-GG--T--ATAA----TATCCTGTA-----AACTGT-----------------AAATCGTATAAGATATCTTA-TG----AA------AT-----TTtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatc-T-ATGGCA-------C-TCC-AAA----TTT---------A---TCT-TT--A--T-T----CC-TCGATAAATATATCTTACATAA--------T----------------G----TTT---T-AGATA-TCTTCTA-----T---TTTTGATA--AAATACATGTATCTA-ATAAATTTCA---TAAGATATCTTAT-ACGATTTACAG------TTTACAGGATATTATACCA--TAAA-------AT------ATGTAAGACGCTTTAT-TT---AAGC--TATATAAGATA-CATGTA----TCTAATAAA-CCC---TATAATCTTGTGTA-TTAAAC----AA--GTTATCTTAAAAAGTTT---GTGAA---AT--T---------AGCT---T---------ATAAGATA---------------------GA----A-GATATCTTATC----A----TT--AT----------TTA-T----TTTATAAGATATCTT-----AGA-AAACA-AATAAGATAAC-TTTA-TA---------A-GA--TATTC-----TATA-AGATATCAATTATAAGATA------TTTCA--A-A-CTTT--A--TGAGATATCGTA-TAATGCATAC------AGGATATCTCATAT-GTGTT--ATAAGA--TATCCTATAAAAGTAA--GTTCATACGATAATTCATAAAATTT-ATAAGATATCTCA-TAT---AA------TTCACAGTTTATAattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatca----TAT---------A---TCT-AT--T--TCT----CTGT--A-AAG-ATACATTATATGA--------T----------------TAA--TTT-AATGAGATA-TATTTTA-----T---TTTTGATA--AGACA------TATA-ATAAATTTTA---TAAGATATCTT------ATTTACAG------TTTATATGATAat
gi|11 : c-GATATCTTATT----A-AAGTT--ATAAGA--TATCTTAATAAAGTTTATGATATATCTT-----ATA-T--CA-AA------AACTGGTAATG---------A-TA--TACATTTATATATA-AAGT-----Taatacggcatgccatag
gi|12 : ----TAT---------T---TCT--T--A--TAT----TT-T--ATAAG-ATATCTCATG----------------------------AGC--TTT-C-TGAGATA-TCTTCCAAA--TT---AT---GTA--AGATA------TCTT-CTGAAATTCA---TGATATAT
gi|13 : t--A--TAAGCT---TTCT-T-TGTATAAAATATCTTATTTAAAA---------GTTATCA-GATATCGTATA----A-ATGTT--ATAAGA--TAt
gi|16 : tTT-ATAAAGTTTA---TAAGATATCTCCT-GCAGTTTACAG------TATGTACGATATC---TTA--TAAA-------AT------Act
gi|2 : TAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAAATGAATT---TCATAAGATATA-TCAAACGCTTTATGAGATACC-TTATGGCA-------CACAC-AAGG---TAT---------A---TCTGAT--A--TAT----TT-T--ATAAG-GTATCTTATAAAAA-------T----------------AAA--TTC-A-TATGATA-TTTTATAAA--GT---TT---ATA--AAATA------TCTT-CTAAAGTTAA---TAGGATATCCCAT-ACAAGTTACAG------TTTACAAGATATC---TCA--TAAG-------AT------ATATAAGATATCATAT-TT---AA-C--TGTATAAAATA-TCTCAAAAACATTAA-AAGATTTTGCTACAGT-------ATT----C----AA--GATATCATATGGAATAC---ATGAA---AT--CTC--A--TAAACT---TTCT-TAT--ATAAGACATCTTAT--AAAA---------ATA---A-GATTTCTTATA----A-AAGCT--GT--GA--TATCTTA-TTAAGTTTATGAGATATCTT-----GTA-T--CA-AA------AAT-GTTATTA---------A-GA--TATAG-----TCTA-AAGT-----TGGCGAGATA------TCTTGTAA-A-GTTT--A--TGAGATAGCTTACC------TACA-----AT-ATATCTCATAT-AT--CTAATGAGA--TGTCTTATA-----GA--GAAGA--------------AAAC---ATAAGATATCTCA-T-----AT------CT-----TTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCATAAAC----T---TTATGAGATATC-GAAAAAGTTTTATAGGATATCTT-CTGAAAGTAAATTCATGT-GATACTTTAT---------AACATTT-AT--AATTATCATGTC-T--ATAA----ACTTTTTAAAG--------T----------------TAA--TTT-A-T---ATAATCTACT-----GT---TT---ATG--AGATA------TCTCCATAAAATATG---TAAGATATCTTATGATAAACTATAT------ATTATAT-ATAT----TCAATTCAATTCGTTTATTGACCAAT-TAAGGGCCCCCAC-TGGGCAA-CAAGATATAAG-TACTCTCA------TTAA-ATA-TCTGA-TATAAG-------A-TAA--C----AC--GATATCTAATAAAGTTT---ATGAG---AT-------------GGT------T-T-T--AT---ATATCTAAT--AAAA----------T----ATGATATATCTTG----A-AAG
gi|4 : catttttaaaaaatgga----C----AA--GATATCTTATACAATTT---ATGAG---AT--ATCATA--TAAGTT---TTCTAT-T--ATCGGAAATCTTAT--AAAA---------GT--------TATATTGTA----A-AAGTC--AT-----------------AGTTTTTGAGATATATC-----ATA-T--CA-TA------AAT-GTTAATATAGTATAGTA-GGCCTATCT-----TATA-AAGT-----ATATTAAATA------TCTTAT-GTA-CTGT--A--CGAGTTATCTCA--------TAT------AT-GTA-ATGATAT-AT--C--ATAAAA--C-TGTAATA-----AA--G-------------------GAT---AT-AGATAGGTCG-TA----AG------CT-----TTaggattaaatgta
gi|5 : AAGGTATCTCATAA-C-A--T---TTAGAAGATATC---ATATGTTATGCGAGATA-----ATAATA---------TAC-GAG-----AT---------A---TTT--T--A--TAT----TC-T--ATTAG-ATATGTTATAAAAGATATGTTT----------------AAAAAGTT-A-CAAGATA-TCTTTTAAA---T---TT---ATG--AGATA------TCTC-CTAAAGTTTAATATAAAATATCTCAT-ATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATC---TCA--CATC-------TT------CTATAACATAT-ATCC-TG---AA-G--GATATAAAATA-TATCaaaag
gi|6 : aATATTTTTTCAGATG-T--CA-AA------AA------ACA---------C--A--TATCT-----TGTATGAGT-----TT-TAAAATG------TCTCAA-A-AACTTT--A--TAAGGCATCTTA-TG-----TACTTTTGAAG-ATGTCTCAAAG-TT--T--ATGGGA--TATCTTACA-----AA----------------------AAT---ATGAGATATCTTA-TA----AGCTAAATCT-----TTTATAAGtc
gi|6 : ttAG------TTT-TAAAATGTC---TCA--AAAA-------CT------TTATAAGGCATCTTAT--G---TA-C--TTTTGAAGATG-TCTCAA-----------AG-TTT----------------A-T---------GG--GATATCTTACAAAA-AT---ATGAG---ATATCTT--A--TAAGCTAAATCTT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAA---------GTTATCA-GATTTCGTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATTTTA-TAAAGTTTATGatatcttataaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgA--TATCTTA-TAAACTTTATGAACTATCTT-----ATA-T--GA-AC------AAT-GTTGATA---------A-GA--TATGT-----TTTA-AAGT-----TTATGAGATG------T-TTA------------A--T--GGGA-------------TAC------AT-GTATCT-A----AC--T--ATAAGAAGTATC--ATA-----CA--G-------------------GAT---ATAAGATATCCCAGTATTATAA------CT-----TTTATAAG
gi|8 : tAATA---------AAGA--TATAT-----TATA-A--T-----TTGTGAGATG------TCTTCC-A---TTTTCAA--TAAGATAT---A-T------AGT------GA-ATTTCTCATATGAT--T------GA--TATCTCATA-----AA--A------------------TATT---ACAAGATATTTCA-Tatatct
gi|9 : AG---AT--ATC--AAATAAACT---TTCT-T-T--A----GTACCGTAT--AA-------------------GATATCTCATA----A-AAGTT--AT--AAACTATCTTA-TGAACTTTATGAGACATCTT-----ACA-T--CA-AA------ACC-GTTAATA---------A-GA--TATCT-----TGTA-AAGT-----TTATGACATA------CCcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1 22222 3333333333333 111 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666666666666 33333333333333333 111 111111 22222222222222222 22222222222222 999999999999999999999999999999999999 11111111 111 1111111 1111111 666666666666666666666666666 111111 11111 111111111 11111 111111 7777777777777777777777777777777777777 222222222222 555555555555555 3333333333333
lowQualScore : 2 00000 0 7777777777777 6 6 333 00 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888 4 777 4 55 555555555555555555555555555555555 555 3 4 1 11111111111111111 55 44 4 666 1 555 2 0 111111 1 3 66 66666666666666666 0 55 99999999999999 5 444444444444444444444444444444444444 77 88888888 5 1 777 4444444 66 777 555 2222222 333333333333333333333333333 8888 4 66 888888 4 66 11111 4 666 99999999 777777777 0 66 2 11111 1 4 66 777 66 0 666666 1111111111111111111111111111111111111 1 444444444444 1 99 1 99 444444444444444 1 8 7777777777777
lowQualScore : . ..... . ............. . . ... .. . ........................................................ .... . ... . .. ................................. ... . . . ................. .. .. . ... . ... . . ...... . . .. ................. . .. .............. . .................................... .. ........ . . ... ....... .. ... ... ....... ........................... .... . .. ...... . .. ..... . ... ........ ......... . .. . ..... . . .. ... .. . ...... ..................................... . ............ . .. . .. ............... . . .............
lowQualScore : 0 00000 3 0000000000000 7 7 555 33 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555 0 000 0 55 444444444444444444444444444444444 333 2 0 0 99999999999999999 55 00 5 444 2 222 6 8 555555 3 8 11 22222222222222222 1 55 66666666666666 7 000000000000000000000000000000000000 99 11111111 7 7 555 9999999 11 888 333 3333333 666666666666666666666666666 5555 0 11 555555 4 11 11111 4 444 33333333 888888888 1 11 6 11111 6 4 11 888 11 2 444444 5555555555555555555555555555555555555 0 333333333333 7 22 7 22 222222222222222 7 0 0000000000000
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-AC-----AT---T-T-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATCGT-ATGANA-------CATAC-GAG----TAT---------A---TCT-AT--A--TAT----TT-T---ATAA-GATATC--TTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATA-TCTTNT--AAA--GT---TT---ATA--AGATATCTC-ATAAAGTT---TATAAGATATCTCAT-ATAANTTACAG------TTTATANGATATCTCA--TAAA-------AT------A-TATAAGATATCNTAT-T-G---AAC--TTTATAAGATA-TCTCA-----ATTAAAAG-TTT---TATAATA-T--C----AA--GATATCTTATAAAAT---NT-ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT---------AA---AAGT-------A-GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTA--TGAGATATCTT-----AT-ATCA-AAAAC-GTTA--ATA---------AGA--TATCT-----TGTA-AA--GT---T--TATGAGA------TATCTTAT-A-A-NTTT--ATGAGATATCTTA---TAC------ATGTATCTCAT--ATANT--ATAAGA--TATCTTATAAA--G-----A--A---TATAAGATATCTCA-TA----AG------CTTTTATAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-AC-----AT---T-T-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATC-T-ATGANA-------CATAC-GAG----TAT---------A---TCT-AT--A--TAT----TT-T---ATAA-GATATC--TTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATA-TCTTNT--AAA--GT---TT---ATA--AGATATCTC-ATAAANTT---TATAAGATATCTCAT-ACAANTTACAG------TTTATANGATATCTCA--TAAA-------AT------A-TATAAGATATCNTAT-T-G---AAC--TNTATAAGATA-TCTCA-----ATTAAAAG-TTT---TATAATA-T--C----AA--GATATCTTATAAAAT---NT-ATGAG---AT--CTC--A--TAAGCT---TTCT-T-T--ATAAGATATCTTAT---------AA---AAGT-------A-GATATCTTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGTTTA--TGAGATATCTT-----AT-ATCA-AAAAC-GTTA--ATA---------AGA--TATNT-----TATA-AA--GT---T--TATGAGA------TATCTTAT-A-A-CTTT--ATGAGGTATCTTA-T-TAC------ANATATCTCAT--ATATT--ATAAGA--TATCTTATAAA--G----AA--A---TATAAGATATCTCA-TA----AA------CTTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAAGAT-----ATCAAT-T-ATAAGATATT-TCAAAC--TTTATGAGATATCGT-ATAATG-------CATAC--AG----GAT---------A---TCTCAT--A--TGT----GT-T---ATAA-GATATC--CTATAAAA------------------------------------------------GT--AA---GT---TC---ATA--CGATAATTC-ATAAAATT---TATAAGATATCTCAT-ATAATTCACAG------TTTATATGATATCTCA--TAAA-------AT------G-TATACTATAT-ATAA-T-A---AAT--TTTATGAGATA-TCTTA-------TAAAA--------TATAA-A---------AA--AATATCTTATCAA------T-AT-------T--CT---A--TATACT---TTCT-T-T---TA--------TAT---------A------------------ATATCTTATA----A-AAGTTTAAC--GA--TATCTTA-TAAAGTTGA--TGAGGTATCTT-----ATAATTATAAAAC-GTTG--ATA---------AGA--TATCT-----TATA-AA--GT---T--GATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCATCA-AC------T---T-T-ATAAGATATCGTTAAAC-TTTTATAAGATATTAT-ATAAAAGAAAG--TATATAGAA----TATTGATAAGATA---TTT-TTTTA--TAT----TT-T---ATAA-GATATC--TCATAAAA--------TTTATTATATATAGTATACA--TTTTA-TGAGATA-TCATAT--AAACTGTGAATT---ATATGAGATATCTT-ATAAATTT---TATGAATTATCGTAT-G-AACTTAC-T------TTTATAGGATATCTTA--TAAC-------AC------A-TATGAGATATCCTGTAT-G---CA----TTATACGATA-TCTC------AT--AAAG-TTT---GA-AATA-T--CTTATAATTGATATCTTATAGAATATCTT-ATAAAGTTAT--CTT--A--T----T---TGTT-T-T--CTAAGATATCTTAT---------AAAATAAATAATGATAA-GATATCTTCTATCTTATAAGCT--A--------ATTTCA-CAAACTTTT--TAAGATAACTT-----GT-TT---AATAC-------ACA---------AGA------T-----TATA-GG--GT---T--TATTAGATACATGTATCTTAT-ATA-GCTTAAATAAAGCGTCTT-------------ACATATTT--T--ATGGT--ATA--A--TATCCTGTAAACTGT---AA--ATCGTATAAGATATCTTA-TG----AA------ATTTtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTTT-----TATGAGATATCATATAA-ACTGTGAAT---TAT-ATGAGATATC-TTATAAATTTTATGAATTATCGT-ATGA-A-------CTTAC-------------------------------------T----TT-T---ATAG-GATATC--TTATAACA--------C----------------A------T-A-TGAGATA-TCCTGT--ATG--CA---TT---ATA--CGATATCTC-ATAAAGTT---TG--AAATATCTTAT-A--ATTGATAT------CTTATAGAATATCTTA--TAAA-------GT---------------TATCTTAT-TTG-----T--TTTCTAAGATA-TCTTA-------TAAAA---TA---AATAATG-A--T----AA--GATATCTTCTA---T---CTTATAAGCTAAT--TTC--A--CAAACT---TTTT--------AAGATAACTTGTTTAATACACAA---GATT-------A-TAGGGTTTATT----A-GATAC--AT--G---TATCTTA-TATAGCTTAAATAAAGCGTCTT-----AC-AT------AT-TTTATGGTA---------TAA--TATCC-----TGTA-AACTGTAAATCGTATAAGA------TATCTTATGA-A-ATTT--ATTAGATA----------C------ATGTATTTTATCAAAAAT--AGAAGA--TATCT---AAA--A----CATTA---TGTAAGATATattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtataca----TAT---------A---TCT-AT--T--TCT----CTGT---A-AA-GATACA--TTATATGA--------T----------------TAA--TTT-AATGAGATA-TATTTT--A-----T---TTTTGATA--AGACATATA-ATAAATTT---TATAAGATATCTTAT------TTACAG------TTTATATGATAatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|11 : c-GATATCTTATT----A-AAGTT--ATAAGA--TATCTTAATAAAGTTTA--TGATATATCTT-----AT-ATCA-AAAACTGGTA--ATG---------ATA--TACATTTATATATA-AA--GT---T--aatacggcatgccatag
gi|12 : ----TAT---------T---TCT--T--A--TAT----TT-T---ATAA-GATATC--TCATGAGC--------T----------------------TT-C-TGAGATA-TCTTCC--AAA--TT---AT---GTA--AGATATCTT-CTGAAATT---CATGATATAT
gi|13 : t--A--TAAGCT---TTCT-T-TGTATAAAATATCTTATTT-------AA---AAGTTATC---A-GATATCGTATA----A-ATGTT--ATAAGA--TAt
gi|16 : tTT-ATAAAGTT---TATAAGATATCTCCT-GCAGTTTACAG------TATGTACGATATCTTA--TAAA-------AT------A-ct
gi|2 : TAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAA-ATGA---AT---T-TCATAAGATATA-TCAAACGCTTTATGAGATACC-TTATGGCA-------CACAC-AAGG---TAT---------A---TCTGAT--A--TAT----TT-T---ATAA-GGTATC--TTATAAAAA-------T----------------AAA--TTC-A-TATGATA-TTTTAT--AAA--GT---TT---ATA--AAATATCTT-CTAAAGTT---AATAGGATATCCCAT-ACAAGTTACAG------TTTACAAGATATCTCA--TAAG-------AT------A-TATAAGATATCATAT-T-T---AAC--TGTATAAAATA-TCTCAAAAACATTAAAAGATTTTGCTACAGTATT--C----AA--GATATCATATGGAAT---AC-ATGAA---AT--CTC--A--TAAACT---TTCT-TAT--ATAAGACATCTTAT---------AA---AAATA------A-GATTTCTTATA----A-AAGCT--GT--GA--TATCTTA-TTAAGTTTA--TGAGATATCTT-----GT-ATCA-AAAAT-GTTA--TTA---------AGA--TATAG-----TCTA-AA--GT---T--GGCGAGA------TATCTTGTAA-A-GTTT--ATGAGATAGCTTACC-TACA-----ATATATCTCAT--ATATCTAATGAGA--TGTCTTATAGA--GAAGAAA--A---CATAAGATATCTCA-T-----AT------CTTTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCATAA-AC------T---T-T-ATGAGATATC-GAAAAAGTTTTATAGGATATC-TTCTGAAAGTAAATTCATGT-GATACTTTAT---------AACATTT-AT--AATTATCATGTC-T---ATAA----ACT--TTTTAAAG--------T----------------TAA--TTT-A-T---ATAATCTACT-------GT---TT---ATG--AGATATCTCCATAAAATA---TGTAAGATATCTTATGATAAACTATAT------ATTATAT-ATAT-TCAATTCAATTCGTTTATTGACCAA-T-TAAGGGCCCCCAC-T-GGGCAACAAGATATAAG-TACTCTCA------TTAAATA-TCTGA-TATAAGA-TAAC----AC--GATATCTAATAAAGT---TT-ATGAG---AT-------------GGT------T-T-T--AT---ATATCTAAT---------AA---AA-T-------ATGATATATCTTG----A-AAG
gi|4 : catttttaaaaaatgga--C----AA--GATATCTTATACAAT---TT-ATGAG---AT--ATCATA--TAAGTT---TTCTAT-T--ATCGGAAATCTTAT---------AA---AAGT-----------TATATTGTA----A-AAGTC--AT-----------------AGTTTT--TGAGATATATC-----AT-ATCA-TAAAT-GTTA--ATATAGTATAGTAGGCCTATCT-----TATA-AA--GT---A--TATTAAA------TATCTTAT-GTA-CTGT--ACGAGTTATCTCA---TAT------ATGTA-ATGAT--ATATC--ATAAAA--C-TGTAATAAA--G-----G--A---TAT-AGATAGGTCG-TA----AG------CTTTaggattaaatgta
gi|5 : AAGGTATCTCATAA--C-----AT---T-T-AGAAGATATC---ATATGTTATGCGAGATA-----ATAATA---------TAC-GAG-----AT---------A---TTT--T--A--TAT----TC-T---ATTA-GATATG--TTATAAAAGATATGTTT----------------AAAAAGTT-A-CAAGATA-TCTTTT--AAA---T---TT---ATG--AGATATCTC-CTAAAGTTTAATATAAAATATCTCAT-ATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATCTCA--CATC-------TT------C-TATAACATAT-ATCC-T-G---AAG--GATATAAAATA-TATCaaaag
gi|6 : aATATTTTTTCAGAT-GTCA-AAAA--------ACA---------C-A--TATCT-----TGTATGA--GT---T--T-TAAAA------TGTCTCAA-A-AACTTT--ATAAGGCATCTTA-TGTACTTTTGAAGATGTCTCAA--AGTTT--ATGGGA--TATCTTACAAA--------A--A---TATGAGATATCTTA-TA----AGCTAAATCTTTTATAAGtc
gi|6 : ttAG------TTT-TAAAATGTCTCA--AAAA-------CT------T-TATAAGGCATCTTAT---G---TAC--TTTTGAAGATG-TCTCA-----A-----AG-TTT---------A-T-------GG--GATATCTTACAAAA----AT-ATGAG---ATATCTT--A--TAAGCTAAATCTT-T-T--ATAAGATATCTTAT---------AA---AAGTTATC---A-GATTTCGTATA----A-AAGTT--AT--GA--TATTTTA-TAAAGTTTA--TGatatcttataaaagttatcagatttcgtataaaagttatgatattttataaagtttatg
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacatatcttgtatgA--TATCTTA-TAAACTTTA--TGAACTATCTT-----AT-ATGA-ACAAT-GTTG--ATA---------AGA--TATGT-----TTTA-AA--GT---T--TATGAGA------TGT-TTA------------ATGGGA----------TAC------ATGTATCT-A-----ACT--ATAAGAAGTATC--ATACA--G-----G--A---TATAAGATATCCCAGTATTATAA------CTTTTATAAG
gi|8 : tAT---------A---TTT-AT--GCTTAT----TC-CTGAATAAAGATATA--TTATAA--------------------------------TTT-G-TGAGATG-TCTTCC--A-----T---TTTCAATA--AGATATATA-GTGAATTT-------------CTCAT-ATGATT------------------GATATCTCA--TAAA-------AT------ATTACAAGATATTTCAT-atatct
gi|8 : AT---------A---TCTTGT--AA-TAT----TT-T---ATGA-GATATCAATCATATGA--------G----------------AAA--TTC-A-CTATATA-TCTTATTGAAA--A-----T---GGA--AGACATCTC-ACAAA--T---TATAATATATCTggcgtgccataa
gi|9 : atgaaAG---AT--ATC--AAATAAACT---TTCT-T-T--A----GTACCGTAT---------AA----------------GATATCTCATA----A-AAGTT--AT--AAACTATCTTA-TGAACTTTA--TGAGACATCTT-----AC-ATCA-AAACC-GTTA--ATA---------AGA--TATCT-----TGTA-AA--GT---T--TATGACA------TACCttattcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 3333333333 111 1 111 33333333333333 111111111 22222222 111 777777777777777777777777777777777 11111 33333333333333 111111 111111 1111111111 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555555555555 111111 11111 111111 111111111 111111 444444444444 11 11 333333333333333 11 444444444444444 22222
lowQualScore : 2 55555 1111111111 8 666 0 000 99999999999999 55 666666666 22222222 4 4 222 4 4 55 111111111111111111111111111111111 11111 1 55 77777777777777 55 111111 0 4 4 0 666 0 1 2 6 3 111111 1 3 777 4 4 77 2222222222 77 666666 5 55555555555555555555555555555555555555555555555 77 11 9999999 1 888 6666666666666666666666666666666666666666666666 4 66 0 66 9999999999999999999 4 8888 44 222222 55 4 00000 4 4 333333 44 777777777 88888 0 777 4 999999 222222222222 9 0 11 66 1 777777777777777 5 11 3 77 555555555555555 0 8 00000 4 3
lowQualScore : . ..... .......... . ... . ... .............. .. ......... ........ . . ... . . .. ................................. ..... . .. .............. .. ...... . . . . ... . . . . . ...... . . ... . . .. .......... .. ...... . ............................................... .. .. ....... . ... .............................................. . .. . .. ................... . .... .. ...... .. . ..... . . ...... .. ......... ..... . ... . ...... ............ . . .. .. . ............... . .. . .. ............... . . ..... . .
lowQualScore : 0 00000 8888888888 0 888 0 222 55555555555555 11 000000000 11111111 7 0 555 0 0 55 666666666666666666666666666666666 44444 0 55 44444444444444 55 555555 7 1 3 6 444 4 2 8 3 3 555555 3 8 888 4 4 55 9999999999 99 444444 7 55555555555555555555555555555555555555555555555 99 11 0000000 7 888 6666666666666666666666666666666666666666666666 4 11 8 11 9999999999999999999 0 5555 88 777777 00 0 00000 4 4 222222 66 888888888 77777 1 888 4 222222 666666666666 0 6 00 22 0 666666666666666 6 00 8 88 888888888888888 8 0 88888 2 0
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-AC--AT---TT-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATCNTATGANA-----CATAC-GAG-TAT---------ATCT-AT--A--TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATATCTTNT--AAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTTATAAAGTTTA---TAAGATATCTCATATAATTTACAG------TTTATANGATATC---T-CATAAAATA-TATAAGATATCNTAT--TGAA-CTNTATA--AGA------TAT-CTCA-----ATT-AA--AG-TTT---TATAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAGAAT---NTATGAG---AT---CTC--A--TAAG-----------CT---T-TC---------T-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA---AA---GT-------A-GATATCTT-ATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGT-----TTATGAGAT-ATCTTAT-AT---CA-AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTTACGAGA------TATCTTAT-ATAGT-TT--ATGAGATATCTTA--TAC-ATGTA--TCTCATATATC--ATAAGA--TATCTTATAAA----G-----GA---TATAAGATATCTCA-TA----AACTTTTANAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-AC--AT---TT-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATCGTATGANA-----CATAC-GAG-TAT---------ATCT-AT--A--TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATATCTTNT--AAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTCATAAAGTTTA---TAAGATATCTCATATAANTTACAG------TTTATANGATATC---T-CATAAAATA-TATAAGATATCNTAT--TGAA-CTTTATA--AGA------TAT-CTCA-----ATTAAA--AG-TTT---TATAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAAAAT---NTATGAG---AT---CTC--A--TAAG-----------CT---T-TC---------T-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA---AA---GT-------A-GATATCTT-ATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGT-----TTATGAGAT-ATCTTAT-AT---CA-AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TGTAAAGTTTATGAGA------TATCTTAT-A-ANT-TT--ATGAGATATCTTA--TAC-ATGTA--TCTCATATANT--ATAAGA--TATCTTATAAA----G-----AA---TATAAGATATCTCA-TA----AGCTTTTATAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTATAAGAT--ATCAATT-ATAAGATATT-TCAAAC--TTTATGAGATATCGTATAATG-----CATAC--AG-GAT---------ATCTCAT--A--TGTGT-T---ATAA-G-ATATC--CTATAAAA-----------------------------------------------GT--AA---GT---TC---ATA--CGATA------ATTCATAAAATTTA---TAAGATATCTCATATAATTCACAG------TTTATATGATATC---T-CATAAAATG-TATACTATAT-ATAA--TAAA-TTTTATG--AGA------TAT-CTTA-------TAAA--A--------TATAA--------A-----------AA--AATATCTTATCAA------TAT-------T---CT---A--TATA-----------CT---T-TC---------T-T-T---TA--------TAT--A---------------------ATATCTT-ATA----A-AAGTTTAAC--GA--TATCTTA-TAAAGT-----TGATGAGGT-ATCTTATAAT---TATAAAAC-GTTGATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCATCA-AC---T---TT-ATAAGATATCGTTAAAC-TTTTATAAGATATTATATAAAAGAAAGTATATAGAA-TATTGATAAGATATTT-TTTTA--TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TCATAAAA--------TTTATTATATATAGTATACA--TTTTA-TGAGATATCATAT--AAACTGTGAATT---ATATGAGATA------TCTTATAAATTTTA---TGAATTATCGTATG-AACTTAC-T------TTTATAGGATATC---T-TATAACACA-TATGAGATATCCTGTA-TGCA---TTATA--CGA------TAT-CTC------AT--AA--AG-TTT---GA-AAT-------A-T----CTTATAATTGATATCTTATAGAATATCTTATAAAGTTAT---CTT--A--T---------------T---T-GT---------T-T-T--CTAAGATATCTTAT--AAAATAA---ATAATGATAA-GATATCTT-CTATCTTATAAGCT--A--------ATTTCA-CAAACT-----TTTTAAGAT-AACTTGT-TT------AATAC-----ACA---------AGA--------T---TATAGGGTTTATTAGATACATGTATCTTAT-ATAGC-TTAAATAAAGCGTCTTA--CA-----TA--TTT--TATGGT--ATA--A--TATCCTGTAAACTGTA-----AATCGTATAAGATATCTTA-TG----AAATTTtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTATGGCA-----C-TCC-AAA-TTT---------ATCT-TT--A--T-TCC-TCG-ATAA-ATATATC--TTACATAA--------T----------------G----TTT---T-AGATATCTTCT--A-----T---TTTTGATA--AAATACATGTATCTAATAAATTTCA---TAAGATATCTTATACGATTTACAG------TTTACAGGATATTATAC-CATAAAATA-TGTAAGACGCTTTAT--TTAAGCTATATA--AGATACATGTAT-CT-A-----AT---A--AA-CCC---TATAATCTTGTGTA-TTAAAC----AA--GTTATCTTAAAAAGT---TTGTGAA---ATTAGCTT--A--TAAGATAGAAGATATCT---TATCATTATTTATT-T-T--ATAAGATATCTTAG--AA---AACAAAT-------AAGATAACTTTATA----A------------GA--TATTCTA-TAAGATATCAATTATAAGAT-ATTTCA------------AAC-TTTA-TG---------AGA--T--ATCG---TATAATGCATACAGGA------TATCTCAT-A-TGTGTT--ATAAGATATCCTA--TAA-AAGTAAGT-TCATAC---------GA--TAATTCATAAA----A-----TT---TATAAGATATCTCA-TA----attagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaatta-TAT---------ATCT-AT--T--TCTCTGT---A-AA-G-ATACA--TTATATGA--------T----------------TAA--TTT-AATGAGATATATTTT--A-----T---TTTTGATA--AGACA------TATAATAAATTTTA---TAAGATATCTTAT-----TTACAG------TTTATATGATAat
gi|11 : c-GATATCTT-ATT----A-AAGTT--ATAAGA--TATCTTAATAAAGT-----TTATGATAT-ATCTTAT-AT---CA-AAAACTGGTAATG---------ATA--TACATTTATATATAAAGTTaatacggcatgccatag
gi|12 : -TAT---------TTCT--T--A--TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TCATGAGC--------T----------------------TT-C-TGAGATATCTTCC--AAA--TT---AT---GTA--AGATA------TCTTCTGAAATTCA---TGATATAT
gi|13 : t--A--TAAG-----------CT---T-TC---------T-T-TGTATAAAATATCTTATTTAA---AA---GTTATC---A-GATATCGT-ATA----A-ATGTT--ATAAGA--TAt
gi|16 : tTTATAAAGTTTA---TAAGATATCTCCTGCAGTTTACAG------TATGTACGATATC---T-TATAAAATA-ct
gi|2 : TAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAA-ATGAAT---TTCATAAGATATA-TCAAACGCTTTATGAGATACCTTATGGCA-----CACAC-AAGGTAT---------ATCTGAT--A--TATTT-T---ATAA-G-GTATC--TTATAAAAA-------T----------------AAA--TTC-A-TATGATATTTTAT--AAA--GT---TT---ATA--AAATA------TCTTCTAAAGTTAA---TAGGATATCCCATACAAGTTACAG------TTTACAAGATATC---T-CATAAGATA-TATAAGATATCATAT--TTAA-CTGTATA--AAA------TAT-CTCAAAAACATTAAA--AGATTTTGCTACAGT-------ATT----C----AA--GATATCATATGGAAT---ACATGAA---AT---CTC--A--TAAA-----------CT---T-TC---------T-TAT--ATAAGACATCTTAT--AA---AA---ATA------A-GATTTCTT-ATA----A-AAGCT--GT--GA--TATCTTA-TTAAGT-----TTATGAGAT-ATCTTGT-AT---CA-AAAAT-GTTATTA---------AGA--T--ATAG---TCTAAAGTTGGCGAGA------TATCTTGTAA-AGT-TT--ATGAGATAGCTTACCTACAATATA--TCTCATATATCTAATGAGA--TGTCTTATAGA----GAAGAAAA---CATAAGATATCTCA-T-----ATCTTTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCATAA-AC---T---TT-ATGAGATATC-GAAAAAGTTTTATAGGATATCTTCTGAA-------------AG-TAA---------ATTC-AT--G--T--------------G-ATACT--TTATA----------------------------ACA--TTT-A-TAA------TTAT--CAT--GT---CT---ATA--A---A------CTTTTTAAAGTTAA---T--------TTATATAATCTACTG------TTTATGAGATATC---TCCATAAAATA-TGTAAGATATCTTATGATAAA-CTATATATTATA------TATATTCA-----ATTCAATTCG-TTT---ATTGACCA-----A-T----T----AA--GGGCCCCCACTGGGC---A-ACAAG---AT--------A--TAAG-----------TA---C-TC-----------T-C--ATTAAATATCTGAT--AT---AA---G-------------------ATA----A-----C--AC--GA--TATCTAA-TAAAGT-----TTATGAGATGGTTTTAT-ATATCTA-ATAAA-AT--ATG---------ATA--T--ATCT---TG-AAAG
gi|4 : catttttaaaaaatgga----C----AA--GATATCTTATACAAT---TTATGAG---AT---ATCATA--TAAG-----------TT---T-TC---------TAT-T--ATCGGAAATCTTAT--AA---AA---GT-----------TATATT-GTA----A-AAGTC--AT-----------------AGT-----TTTTGAGAT-ATATCAT-AT---CA-TAAAT-GTTAATATAGTATAGTAGGCCT--ATCT---TATAAAGTATATTAAA------TATCTTAT-GTACT-GT--ACGAGTTATCTCA--TAT-ATGTA---ATGATATATC--ATAAAA--C-TGTAATAAA----G-----GA---TAT-AGATAGGTCG-TA----AGCTTTaggattaaatgta
gi|5 : AAGGTATCTCATAA--C--AT---TT-AGAAGATATC---ATATGTTATGCGAGATA----ATAATA-------TAC-GAG--AT---------ATTT--T--A--TATTC-T---ATTA-G-ATATG--TTATAAAAGATATGTTT----------------AAAAAGTT-A-CAAGATATCTTTT--AAA---T---TT---ATG--AGATA------TCTCCTAAAGTTTAATATAAAATATCTCATATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATC---T-CACATCTTC-TATAACATAT-ATCC--TGAA-GGATATA--AAA------TAT-ATCaaaag
gi|6 : aATATCTTGTATGA------G------TTT-TAAAATGTC---T-CAAAAACTT-TATAAGGCATCTTAT---GTA-CTTTTGA--AGA------TGT-CTCA-----A-------AG-TTT----------------A-T---------GG--GATATCTTACAAAA----ATATGAG---ATAT-CTT--A--TAAG-----------CTAAAT-CT---------T-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA---AA---GTTATC---A-GATTTCGT-ATA----A-AAGTT--AT--GA--TATTTTA-TAAAGT-----TTATGtc
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA--TATCTTA-TAAACT-----TTATGAACT-ATCTTAT-AT---GA-ACAAT-GTTGATA---------AGA--T--ATGT---TTTAAAGTTTATGAGA------TGT-TTA------------ATGGG-------A--TAC-ATGTA--TCT-A---ACT--ATAAGAAGTATC--ATACA----G-----GA---TATAAGATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAG
gi|8 : tAT---------ATTT-AT--GCTTATTC-CTGAATAAAG-ATATA--TTATAA--------------------------------TTT-G-TGAGATGTCTTCC--A-----T---TTTCAATA--AGATA------T---AT--AGT--------GAATTTCTCATATGATT------------------GATATC---T-CATAAAATATTACAAGATATTTCAT--atatct
gi|8 : AT---------ATCTTGT--AA-TATTT-T---ATGA-G-ATATCAATCATATGA--------G----------------AAA--TTC-A-CTATATATCTTATTGAAA--A-----T---GGA--AGACA------TCTCACAAA--TTA---TAATATATCTggcgtgccataa
gi|9 : atgaaAG---AT---ATC--AAATAAA-----------CT---T-TC---------T-T-T--A----GTACCGTAT--AA-------------------GATATCTC-ATA----A-AAGTT--AT--AAACTATCTTA-TGAACT-----TTATGAGAC-ATCTTAC-AT---CA-AAACC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TGTAAAGTTTATGACA------TACCttattcaggaataagcataaatatggcgtgccataa
blockSeqs : G ATAAT ATGAAT C GTT G TTA AAGAAAGTATATAG GT TGATAAGAT TTTTA A G TGA A T AA AAATTTATTATATATAGTATACA TATG A TG AACTGTGAATT TG CATGTA T T ATA A C C A AAAACA A G ATA C T CC GATAAACTA TT TACATG A AAAACATTAAAAGATTTTGCTACAGTATTC TT AG ATATCTT A GTT TAGCTTATAAGATAGAAGATATCTTATCATTATTTATT A GT TT AATAAATAATGATAA T TCTT TA ATAA AC A ATCAA G . ATCTA TG TAGTATAGT TAC ATA A . TATGTGTT A CC CA A TCTCATATATCTA A AG A TC GAAGAAAA G ATTAT T T
blockSeqs : A . ACT . TC G CCT CACACACA T . ATGCT C . CG . . . AAAGATATGTTTAAAAA AATG C . TTTTTG . . A T . G C T A . A G . . . TT TTAAGCTA . . . ATAAACCCTATAATCTTGTGTATTAAAC . AA GTTT G . ATCTTATAAGCTAAATCTT . . . AACAAATAA . . A ATAA . . . . . CA T . CCT . A . TAAAGTTT A . A T ATGATATATC A . G TT ATT . A G
blockSeqs : . ACT . GA G TCT CACTCCA T . TGTAA A . . . . . AAAATAAA CTG T . TTTTTG . . A T . G C T A . A T . . . CA TTAACTG . . . ATTCAATTCGTTTATTGACCAATT . GG ATAC G . ATCATATAAGTTTTCTA . . . AAGTTATCA . . A GT . . . . . CA G . T . A . TGTACTGT T . T T AGTTCATAC A . A TA GGA . A A
blockSeqs : CAT . . . . TATACG T . GATA A . . . . . TGATTAA ATA C . AATTAT . . T A . T T G A . G C . . . CT TGAAGGA . . . ATAAAGTTTGAAATATCTTAT . TG ATTT A . ATCAAATAAACTTTCT . . . AAGTTATCA . . A AC . . . . . CA A . T . C . . . . C T TCTAACT . . . . GGA . .
blockSeqs : A T . TTA A . . . . . TGAGAAA ATA A . AAGTTT . . T G . G T T T . A A . . . CT ATGCAT . . . AAGTTTAT . AC GCA G . CTCATAAACTTTCT . . . AAATAA . . A AT . . . . . GA G . T . G .
blockSeqs : T . ATT A . . . . . TAATG ACA A . ATGTCT . . T G . G T G A . A A . . . TT GTACTT . . . . AA AAT G . CTTATTTGTT . . . AAGT . . A AT . . . . . CA G . T . A
blockSeqs : . . ATG A . . . . . AGCT GTG T . TTTTCA . . T G . A T T . . G A . . . A . ATAAGTACTC . . . AAG . . A AT . . . . . . G . T . T
blockSeqs : . TA . . . . . . ACA ACT C . AATTT . . C G . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . TA . . . . . . A T A . AAAT . . C G . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ACT******* NATACCA******* ATA***** AGATAAA************************** ACG** NTTTCG******** CT ATAAANTTTGAAATATCTTGCAT************************ ATTT*** ATCAATAAGCTTTCT******************************* AAGTATAA*********** AT**** CA**** ****** TATANTTT**** N* TTNATACC******* GGA************
originalCons : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAA-AC--AT---TT-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATCNTATGANA-----CATAC-GAG-TAT---------ATCT-AT--A--TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TTATAAAA--------T----------------AAA--TTT-A-TGAGATATCTTNT--AAA--GT---TT---ATA--AGATA------TCTTATAAAGTTTA---TAAGATATCTCATATAATTTACAG------TTTATANGATATC---T-CATAAAATA-TATAAGATATCNTAT--TGAA-CTNTATA--AGA------TAT-CTCA-----ATT-AA--AG-TTT---TATAAT-------A-T----C----AA--GATATCTTATAGAAT---NTATGAG---AT---CTC--A--TAAG-----------CT---T-TC---------T-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA---AA---GT-------A-GATATCTT-ATA----A-AAGTT--AT--GA--TATCTTA-TAAAGT-----TTATGAGAT-ATCTTAT-AT---CA-AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTTACGAGA------TATCTTAT-ATAGT-TT--ATGAGATATCTTA--TAC-ATGTA--TCTCATATATC--ATAAGA--TATCTTATAAA----G-----GA---TATAAGATATCTCA-TA----AACTTTTANAAG
finalCons : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCATAAACT-------TT-ATAAGATATC-TCAAACGTTTTATGAGATATCNTATGANATACCA-------AG-TAT---------ATCTATA-----TATTT-T---ATAA-G-ATATC--TTATAAGATAAA--------------------------TTTACG--AGATATCTTNT--ANTTTCG--------ATA--AGATA------TCTTATAAAGTTTA---TAAGATATCTCATATAATTTACAG------TTTATANGATATC---T-CATAAAATA-TATAAGATATCTTAT--TGAA-CTNTATA--AGA------TAT-CTCAATAAANTTTGAAATATCTTGCAT------------------------AA--GATATCTTATAGAATTT---ATGAG---ATATCAATAAGCTTTCT-------------------------------T-T--ATAAGATATCTTAT--AAAAGTATAA-----------GATATCTT-ATA----A-AAGTTAT----GA--TATCTTA-TAAAGT-----TTATGAGAT-ATCTTAT-ATCA----AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTTACGAGA------TATCTTATATANTTT----ATGAGATATCTTA--TAN-ATGTATTNATACC-------ATAAGA--TATCTTATAAAGGA------------TATAAGATATCTCA-TA----AACTTTTANAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC
Alignments
lowQualScore : 1 22222 1111 11111 11111 11 66666666666666666666666666666 111111111 1111111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 111111 1111 111111 11 99999999999999999999999999999 2222222222222 22222 1111111 44444444444444444444 2222222222222222 1111111 222222222 11111 111111 11 11 33333333 1111 3333333333 444444444444444 22222
lowQualScore : 2 00000 4444 1 66666 11111 66 1 3 11111111111111111111111111111 1 666666666 7777777 000 2 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 66666666 0 0 8888 0 2 2 3 111111 1 3 777 4 4 0 8888 88 1 77 666666 5 44 1 66666666666666666666666666666 77 9999999999999 5 5 33333 6666666 4 555 66 6666 55555555555555555555 777 8888 4 55 55 9999999999999999 4 4 777 1 66 5 6666666 666 5 3 000000000 66 66 00000 1 999999 0 1 888 11 9 0 11 99 3 00000000 0 3333 4444444444 333333333333333 0 8 00000 1 3 1
lowQualScore : . ..... .... . ..... ..... .. . . ............................. . ......... ....... ... . .. .................................................................. . ........ . . .... . . . . ...... . . ... . . . .... .. . .. ...... . .. . ............................. .. ............. . . ..... ....... . ... .. .... .................... ... .... . .. .. ................ . . ... . .. . ....... ... . . ......... .. .. ..... . ...... . . ... .. . . .. .. . ........ . .... .......... ............... . . ..... . . .
lowQualScore : 0 00000 2222 0 77777 88888 00 7 3 99999999999999999999999999999 1 111111111 2222222 111 5 99 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 66666666 1 1 9999 8 8 2 3 555555 3 8 888 4 4 2 6666 77 0 99 444444 7 77 0 66666666666666666666666666666 99 1111111111111 0 0 33333 2222222 4 444 11 1111 22222222222222222222 000 5555 0 55 55 1111111111111111 0 0 000 6 11 0 2222222 555 0 9 000000000 99 99 11111 4 222222 8 0 000 00 0 6 00 00 2 22222222 8 8888 0000000000 666666666666666 8 0 88888 2 2 0
consensus : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCA----TAAACT-----TTATAAGATATC-T--CAAACGTTTTATGAGATATCTTATGGC--------------ATAC-C---AAG-TATATCT-AT---A--TATTT---T---ATAA-G-ATATCTTAT--AAAA----------------T--------AA-ATTT-A-TGAGATATCTTNT-AN----T---TTCGATAAGATA------TCTTATAAAGTT---TATAAGATATCTCATATAATTTACAG------TTTATANGATATC---TC-ATAAAATA-TATAAGATATCTTAT--TGAA-CTNTATA--AGA------TAT-CTCAATAAANTTTAAAAT-T-TTG--C------A--T-----AA--GATATCTTA-TAGA-AT---TTATGA-GA-TATC-N-A-TAAGCT---TT-CT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA--A---A------GT-ATAA---GATATCTTATA----A-A--AGTT--AT--GA------------TATC-TTA-TAA---AGTTTATGAGATATC--TTAT-A-------TCA-AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTTACGAGATA------TCTTATATANTTTA--TGAGATATCTTA--TA-NATGTA--TT---TATACC--ATAAGA--TATCTTATAAA--G-----NA-----TATAAGATATCTCA-TA----AACTTTTANAAG
Reference ( family-1202 ) : NNTAACGTTTT-----TATAAGATATCTCA----TAAACT-----TTATAAGATATC-T--CAAACGTTTTATGAGATATCNTATGAN--------------ATAC-C---AAG-TATATCT-AT---A--TATTT---T---ATAA-G-ATATCTTAT--AAGA----------------T--------AA-ATTT-A-CGAGATATCTTNT-AN----T---TTCGATAAGATA------TCTTATAAAGTT---TATAAGATATCTCATATAATTTACAG------TTTATANGATATC---TC-ATAAAATA-TATAAGATATCTTAT--TGAA-CTNTATA--AGA------TAT-CTCAATAAANTTTGAAATATCTTG--C------A--T-----AA--GATATCTTA-TAGA-AT---TTATGA-GA-TATC-A-A-TAAGCT---TT-CT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA--A---A------GT-ATAA---GATATCTTATA----A-A--AGTT--AT--GA------------TATC-TTA-TAA---AGTTTATGAGATATC--TTAT-A-------TCA-AAAAC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTTACGAGATA------TCTTATATANTTTA--TGAGATATCTTA--TA-NATGTA--TT---NATACC--ATAAGA--TATCTTATAAA--G-----GA-----TATAAGATATCTCA-TA----AACTTTTANAAG
gi|1 : TAAC---TT-----TATAAGATATTCTA----TAAGATATCAATTATAAGATATT-T--CAAAC--TTTATGAGATATCGTATAATGC------------ATAC------AG-GATATCTCAT---A--TGTGT---T---ATAA-G-ATATCCTAT--AAAAG---------------T--------AA-GTTC-A-------------T-A-----------CGATAA-----------TTCATAAAATT---TATAAGATATCTCATATAATTCACAG------TTTATATGATATC---TC-ATAAAATG-TATACTATATATAAT---AAA-TTTTATG--AGA------TAT-CTTA-TAAAATATAAAA--------------------------A--AATATCTTA-T----------------------C-A-A-TA-------TT-CT-A-T--ATAC--TTTCTTTT--A---------------T-ATAA-----TATCTTATA----A-A--AGTTTAAC--GA------------TATC-TTA-TAA---AGTTGATGAGGTATC--TTATAA-------TTATAAAAC-GTTGATA---------AGA--T--ATCT---TATAAAGTTGATGA
gi|1 : AACGTTTTATAATTATAAGATACCTCA----TCAACT-----TTATAAGATATCGT--TAAAC-TTTTATAAGATATTATATAAAAGAAAGTATATAGAATAT-TGATAAGATATTTTT-TT---A--TATTT---T---ATAA-G-ATATCTCAT--AAAATTTATTATATATAGTAT--------AC-ATTTTA-TGAGATATCATAT-AAACTGTGAATTATATGAGATA------TCTTATAAATTT---TATGAATTATCGTATG-AACTTAC-T------TTTATAGGATATC---TT-ATAACACA-TATGAGATATCCTGTA-TGCA---TTATA--CGA------TAT-CTCA-TAAAGTTTGAAATATCTT----------A--T-----AATTGATATCTTA-TAGA-ATATCTTATAAAGT-TATC-T---TA---T---TTGTT-T-T--CTAAGATATCTTAT--AA--A---ATAAATAATGATAA---GATATCTTCTATCTTATA--AGCT--A------------------ATT-TCA-CAA---ACTTTTTAAGATAAC--TTGT-T-------T---AATAC-----ACA---------AGA--T---------TATAGGGTTTATTAGATACATGTATCTTATATAGCTTAAATAAAGCGTCTTA--CA-TAT-----TT---TATGGT--ATAA----TATCCTGTAAACTG-----TAAATCGTATAAGATATCTTA-TG----AAATTTtcttatttgttttctaagatatcttataaaataaataatgataagatatcttctatcttataagctaatttcacaaactttttaagataacttgtttaatacacaagattatagggtttattagatacatgtatcttatatagcttaaataaagcgtcttacatattttatggtataatatcctgtaaactgtaaatcgtataagatatcttatgaaatttattagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|1 : tcatcaactttataagatatcttatcTATGGC--------------ACTC-C---AAA-TTTATCT-TT---A--T-TCC---TCG-ATAA-ATATATCTTAC--A-------------------T--------AATGTTT----TAGATATCTTCT-AT----T---TTTGATAAAATACATGTATCTAATAAATTT---CATAAGATATCTTATACGATTTACAG------TTTACAGGATATTATACC-ATAAAATA-TGTAAGACGCTTTAT--TTAAGCTATATA--AGATACATGTAT-CT-AATAAACCCTATAATCTTGTG--T------A--TTAAACAA--GTTATCTTA-AAAA-GT---TTGTGA-AATTAGCTT-A-TAAGA------------T--AGAAGATATCTTAT--CATTATTTATT----TT-ATAA---GATATCTTAGA----A-AACAAAT--AA--GA------------TAACTTTA-TAAGATATTCTATAAGATATCAATTAT-AAGATATTTC---AAAC-TTT-ATG---------AGA--T--ATCG---TATAATGCATACAGGATA------TCTCATATGTGTTA--TAAGATATCCTA--TA-AAAGTAAGTT---CATACG--ATAA-------TTCATAAA--A-----TT-----TATAAGATATCTCA-TA----attagatacatgtattttatcaaaaatagaagatatctaaaacattatgtaagatatatttatcgaggaataaagataaatttggagtgccataat
gi|10 : tcatcaactttataagatatcttatcaacgttttataattataagatacctcatcaactttataagatatcgttaaacttttataagatattatataaaagaaagtatatagaatattgataagatatttttttatattttataagatatctcataaaatttattatatatagtatacattttatgagatatcatataaactgtgaattaTATGGC--------------ATGC-C-----G-TATTTAT-AT---C--TATTTCTCT---GTAAAG-ATACATTAT--ATGA----------------T--------TA-ATTT-AATGAGATATATTTT-AT----T---TTTGATAAGACA------TATAATAAATTT---TATAAGATATCTT-----ATTTACAG------TTTATATGATAat
gi|11 : c---GATATCTTATT----A-A--AGTT--ATAAGA------------TATC-TTAATAA---AGTTTATGATATATC--TTAT-A-------TCA-AAAACTGGTAATG---------ATA--TACATTTATATATAAAGTTg
gi|12 : TTT-----TATAAGATATCTCA----TGAGCT-----TTCTGAGATATC-TTCCAAA--TTATGTAAGATATCTTCTGAA--------------AT-T-C---ATGATATAT
gi|13 : t-A-TAAGCT---TT-CT-T-TGTATAAAATATCTTATTTAA--A---A------GTTATCA---GATATCGTATA----A-A--TGTT--ATAAGA------------TAtataagaaatat
gi|16 : tTTATAAAGTT---TATAAGATATCTCCTGCAGTTTACAG------TATGTACGATATC---TT-ATAAAATA-ct
gi|2 : TAACATTTT-----TATACGATATCCCAGAAATGAATT-----TCATAAGATATA-T--CAAACGCTTTATGAGATACCTTATGGC--------------ACACAC---AAGGTATATCTGAT---A--TATTT---T---ATAA-G-GTATCTTAT--AAAAA---------------T--------AA-ATTC-A-TATGATATTTTAT-AAAG--T---TT--ATAAAATA------TCTTCTAAAGTT---AATAGGATATCCCATACAAGTTACAG------TTTACAAGATATC---TC-ATAAGATA-TATAAGATATCATAT--TTAA-CTGTATA--AAA------TAT-CTCAA-AAACATTAAAAGATTTTG--CTACAGTA--TTC---AA--GATATCATA-TGGA-AT---ACATGA-AA-TCTC---A-TAAACT---TT-CT-TAT--ATAAGACATCTTAT--AA--A---A---------ATAA---GATTTCTTATA----A-A--AGCT--GT--GA------------TATC-TTA-TTA---AGTTTATGAGATATC--TTGT-A-------TCA-AAAAT-GTTATTA---------AGA--T--ATAG---TCTAAAGTTGGCGAGATA------TCTTGTAAAGTTTA--TGAGATAGCTTACCTACAATATA--TCTCATATATCTAATGAGA--TGTCTTATAGA--GAAGAAAA-----CATAAGATATCTCA-T-----ATCTTTTAGAAGa
gi|3 : ccTTT-----TATAAGCCCTCTCA----TAAACT-----TTATGAGATATC-G--AAAAAGTTTTATAGGATATCTTCTGA------------------------AAG-TAAATTC-ATGTGA--TACTT---T---ATAA-C-AT---TTAT--AA----------------------------------------------TTAT-CA----T---GTCTATAA---A------CTTTTTAAAGTT---AAT--------TTATATAATCTACTG------TTTATGAGATATC---TCCATAAAATA-TGTAAGATATCTTATGATAAA-CTATATATTATA------TATATTCAATTCAATTCG---TTTATTGACC------AATT-----AA--GGGCCCCCACTGGGCA------ACAA-GA-TATA-A-G-TA--CT---CT-CA-T-T--A---AATATCTGAT--AT--A---A------G--ATAACACGATATCTAATA----A-A--GTTT--AT--GAGATGGTTTTATATATC-TAA-TAA---AAT--ATGATATATC--TT
gi|4 : catttttaaaaaatgga-----AA--GATATCTTA-TACA-AT---TTATGA-GA-TATC-ATA-TAAGTT---TT-CTAT-T--ATCGGAAATCTTAT--AA--A---A------GT----------TATATTGTA----A-A--AGTC--AT-------------------------------AGTTTTTGAGATATA--TCAT-A-------TCA-TAAAT-GTTAATATAGTATAGTAGGCCT--ATCT---TATAAAGTATATTAAATA------TCTTATGTACTGTA--CGAGTTATCTCA--TA-TATGTA--ATGA-TATATC--ATAAAA--C-TGTAATAAA--G-----GA-----TAT-AGATAGGTCG-TA----AGC-TTTAAAAGgaaagaggattaaatgta
gi|5 : cAAGGTATCTCA----TAACAT-----TTAGAAGATA---T--CATATGTTATGCGAGATA----ATAAT--------------ATA--C---GAG--ATATTT--T---A--TATTC---T---ATTA-G-ATATGTTATAAAAGA----------------TATGTTTAAAA-AGTT-A-CAAGATATCTTTTAAA----T---TT--ATGAGATA------TCTCCTAAAGTTTAATATAAAATATCTCATATAAGATAAAGAAAACACTTGT--GATATC---TC-ACATCTTC-TATAACATATATC-C--TGAA-GGATATA--AAA------TAT-ATC
gi|6 : aATATCTTGTATGA------G------TTT-TAAAATGTC---TC-AAAAACTT-TATAAGGCATCTTAT---GTA-CTTTTGA--AGA------TGT-CTCAA---AGTTT--------------------A--T-----GG--GATATCTTA-CAAA-AA---T-ATGA-GA-TATC-TTA-TAAGCTAAATC-TT-T-T--ATAAGATATCTTAT--AA--A---A------GTTATCA---GATTTCGTATA----A-A--AGTT--AT--GA------------TATT-TTA-TAA---AGTTTATGtc
gi|7 : ttatattttttcagatgtcaaaaaacacA------------TATC-TTA-TAA---ACTTTATGAACTATC--TTAT-A-------TGA-ACAAT-GTTGATA---------AGA--T--ATGT---TTTAAAGTTTATGAGATG------T-TTA--------A--TGGG-------A--TA-CATGTA--TC---TA-ACT--ATAAGAAGTATC--ATACA--G-----GA-----TATAAGATATCCCAGTATTATAACTTTTATAAG
gi|8 : tTATGGC--------------ACGC-C---A-----TATTT-AT---GCTTATTC---CTGAATAAAG-ATATATTAT--AA-------------------------------TTT-G-TGAGATGTCTTCC-AT----T---TTCAATAAGATA---------TAT--AGT--------GAATTTCTCATATGATT------------------GATATC---TC-ATAAAATATTACAAGATATTTCAT--atatct
gi|9 : A-GA-TATC-A-AATAAACT---TT-CT-T-T--A----GTACC---------------------GT-ATAA---GATATCTCATA----A-A--AGTT--AT--AAAC----------TATC-TTA-TGA---ACTTTATGAGACATC--TTAC-A-------TCA-AAACC-GTTAATA---------AGA--T--ATCT---TGTAAAGTTTATGACATA------CCa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATAATTCGATTCAATTCAATTTGTTTTTATTGACCAATTAAGCCCCAGTCCCACTGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): AAAATTGTGACCCACGGGAAATCTTTGGATGAAACTATGGATATTTTGACACGCAGAAGATCC
Unaligned ( gi|17 ): ATATGAGATATCTTTACAGAGGAATAAATATAAAAACGGTATTCCTTAGTCT
Unaligned ( gi|18 ): CAATTAAGCCCCAGTCACACTGCCACGTTTC