lowQualScore : 111111111111111111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 11111111 1 111111 1111111 2222222222222222222 11111 11 222 555555555555555555555555555555 11111111 111111 1 11 33333 1111111 111111 222222222222222 11111 111111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 44 2 66 2 555 6 44 3 3 3 3 3 888888 11111111 444 0 2 2 2 5 5 33 33 99999999 2 7 3 3 6666 2 5 3 111111 5555555 666 5555555555555555555 2 66666 55 00 999 2 777777777777777777777777777777 66666666 000000 3 3 4 3 3 3 7777 11 22 0 4 44 4 55 00000 8888 4 666 8888888 0 55 66 5 000000 5 66 55 66 4 666 4 999999999999999 777 4 4 4 5 5 777 11111 4 666 666 888888888888888888888888888 888 2 66 5 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : . .. . .. . ... . .. . . . . . ...... ........ ... . . . . . . .. .. ........ . . . . .... . . . ...... ....... ... ................... . ..... .. .. ... . .............................. ........ ...... . . . . . . .... .. .. . . .. . .. ..... .... . ... ....... . .. .. . ...... . .. .. .. . ... . ............... ... . . . . . ... ..... . ... ... ........................... ... . .. . . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 0 66 9 88 9 444 0 22 1 1 3 3 1 888888 66666666 777 7 7 5 5 7 0 44 44 11111111 9 4 1 1 5555 9 0 3 555555 3333333 444 3333333333333333333 3 66666 00 00 111 9 555555555555555555555555555555 88888888 555555 6 6 2 6 6 6 8888 33 77 9 0 55 0 55 44444 9999 4 444 8888888 1 11 99 0 555555 6 99 88 11 3 222 4 666666666666666 888 4 4 4 0 0 888 11111 4 222 222 999999999999999999999999999 888 2 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-AA-ATTAC-AAT------TAC------T-GCAATT---TAC-AAATGTAATT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT----AAATTAC-AAATTACAT-TTTGTC--A--TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TA---AT-----AAACATT-TAT-ACAAG--A--TATAG-TTATTGACA-T-A-T--GT---A-AAGT-----AA----ATGAAGT--------TGTAGA------TGTT-T-CCCAAT-G-AAT-AC---TTTAAAGAATCTG-TCCAT-TGCAT--TTTATC-NTAATAA---GC-TTTT-CAAACG--T--TAAG-TC--ATT-CA--TCCTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---G-AANA--GTCT---TTC-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAGGTG-----T-TGAC--AAG--T--------------GCTTCCTTGC---A---ATTGA--CATG-ATAGGGAATTTTGATTCTGCTGA------------------------TTTCCACA-AATGGTGCTTTCACC-AA-AATAAA----G---A---A-G---A-----T-TTA----TGTG----T-----------------T--------------A----------T------TCCTG-AAA--GGT--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAA-T-CAAC--AATAGA-A-----------T-TAG-------TNCAT-NAA-AATAT-A--TTTTTGATA-A---A--ANTG--ATAAGTAAAA-TGT-ATA--G-A-GAAACATG-----GT--ACAT-T--GT-----A-G--AA--GG-----GAA----------AT---------------T-----------T---------------C---AT------T------G------GAAGATTTT--TTT-GGGTATG----------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTA---------------AAT--------T------GGAGA------------AGTAAT-TNGAAATACAT-G-TTATTTTGCAA-T-----GTAATTATTATTACANTTANAATGTATATATGGGAAANACGATTACTCATAAACCCCCCCCCCCAANTGANAAATTANCTTNCAAAACTACTTTCNACATACCTTCGAANATGCGAT---AATTA--AATATTACACTCA-AA-TTACACATTAACCTTTGT-TCAATNACCCCCNTCCCTAA
Reference ( gi|2 ) : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTT--C-AA-TT-AA-ATTAC-AAT------TAC------T-GCAATT---TAC-AAATGTAATT-AA-TCAAAT-TAC--AA--T--------TACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATT----AAATTAC-AAATGACAT-TTTGTT--A--TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TA---AT-----AAACATT-TAA-ACAAG--A--TATAGTTTATTGACA-T-A-T--GT---CTAAGT-----AA----ATGAAGT--------TGTAGA------TGTT-T-CCGAAT-G-AAT-AC---TTTAAAGAATCTG-TTTAT-TGCAT--TTTATC-TTATTAA---GC-TTTT-CAAACG--T--TAAG-TC--ATT-CA--TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--T---G-CAAA--GTCT---TTC-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAGGTG-----T-TGAC--AAG--T--------------G------------A---ATTGA--CATG-ATAGGGAATTTTGGTTCTGCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCAC--AATGGTGATTTCACCAAA-AATAAA----G---A---A-G---A-----T-TTA----TG------------------------T--------------A----------T------TCCTG-AAA--GGT--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAA-T-CAA---AATAGA-A-----------T-TAA-------TATAT-CAA-AATAT-A--TTTTTGATA-A---A--AATGCAATGAGT-AAA-TGT-ATA--G-A-GAAACATG-----TT--ACAT-T--GT-----A-G--AAT-GG-----CAA----------AT---------------T-----------T---------------C---AT------T------A------GAAGATTTT--TTTGGGGTATG--------A-ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTA---------------AAT--------T------GAAGA------------AGTAAT-TGGAATTACAT-G-TTATTTTGCAA-T-----GT-ATTA-------AA-TAAAATAT------------AACAATTACTT-------------CTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-T--GAAAAA------AAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACA-ATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|5 : GGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CC--ATTTTTCCC-AA-TT-AA-GTTAC-AAT------TTC------T-GCAGTT---TAG-AAATGTAATT-AA-TTGAAT-AAC--AA--T--------TACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT----AAATTAC-AAATTGCAT-TTTGTC--G--TTTTT-----C-AAA---ACTTT--G---G---AT-----A---ATT-TAT-ACAAGATA--TATAGT---TTGACA--------GT---ATAAGTGCATGAACTTGATGAAGT--------TATAAA------TGTT-T-TCCAAT-G-AAT-AC----TTAAAAACTCTG-TCTAT-TGCAT--TTTAGC-ATGATAA---GC-TTT------------------TC--ATT-TA--GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---G-AACA--ATCT---TTG-GACTGGA-T-CAGATAT-T-G---CAGGTGCTTCCT-TG-CTTAA------------------G------------A---ATTGA--CATG-ATAGTGAATCTTGATTCTGTTGA------------------------TTTCCACA-AATGGTGCTTTCAAC-AA-AATAAA----G---AATTA-T---A-----T-TTG----TG------------------------TGC------------A----------TATATAGTCCTGAAAA--GGT--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAA-T-CAAC--AATAGA-A-----------T-TGG-------TTTATGCAA-GATAT-AT-TTTTTGAT------A--ATTG--ATAAGTAAAA-CGT-ATA--G-A-GAAACATT-----AT--ACA--T--GT-----A-G--AA--GG-----GAA----------AT---------------TCAAGA------T---------------G---A--------------A------GAATATTTT--TTGAGGATATG----------ATTT-GTT----TTA-G-TGTGATGT----------------AAT--------T------GGAG-------------AGTAAT-T
gi|4 : GGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTT--C-AA-TT-AA-ATTAC-AAT------TAC------TGGCAATT---TAC-AAATGTAATT-AATTTAAATCTAC--AA--T--------TACTTTGTATAAA-GT-GATAAATT----AAATTAC-AAATTACAT-TTTGTC--AT-TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TT---AG-----AAACAAT-T---ATAAG--A--TATAA-TTAATGACA-T-ATT--GT---AAAAGT-----AA----ATGAAGTACAAGTACCGTAGA------TGTT-TCCCCAATAG-ATT-AC---TT---AACATCTG-TCCAT-TGCATTGTTTATC-TGA-TAA---GC-TTTT-TCAACATTT--TA----C--ATTGCA--TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CTG-CAACAC--T---G--AAA--GTCT---TTC-GACTGGGTT-CAGATGT-T-G---CAGGTG-----T-TGAC--AAG--T--------------GCTTCCTTGCCT-A---A--GATGCATG-TTAGGGAATTTTGA--CTGTTGA------------------------TTTCCACA-AATGGTGCTTTCACC-AA-AATAAA----G-------A-G---A-----T-TTA----TG------------------------TTTGTGTGCAAATACA----------T------TCCTG-AAA--AG---TTAAAAATATTT----C-GTTCCAA-T-CAAC--AATAGA-AATATAATCTAGT-TTA-------TGCAT-AAA-TATAT-A--TTTTTTTTATA---A--ACTG--ATAAGTAAAA-TGTAATA--G---GAAACATG-----GT--ACGT-TACAT-----A-G--AGA-GG-----GAA----------ATATAAGATTTTAATTGT-----------T---------------C---AT------T-------------GAAGATTTT--TTTGGGGTATGATTATA--A-ATTT-GT
gi|6 : gGGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-AC-ATTAC-AAT------TAT------T-GCAATT---TAC-AAATGTAATT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATT----AAATTAC-AAATTAAAT-TT--TC--A--TTTTT-------------ATTC--------------------ACA--------------A--TATAG-TTATTGACA-T-G-T--GT---ATAAGT-----AA----ATGAAGT--------TGTAGA------TGTT-T-CCCAAT-G-AAT-AA---TTTAAA-ATTCTG-TCCAT-AGCAT--TTTACCATCA-CAA---GC-TTTT-GAATGG--T--CAAG-TC--A----------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--T---G-AAAA--GTCT---TTC-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAGGTA-----T-TGAC--AAG--TGCTTCCTTGCAA--G------------A---ATTGA--CATG-ATTGGAAATTTTGATTCTGCTGA------------------------TTTTCACA-AATAGTGCTTTCACCAAACAATAGA----G---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGTATATATACATTA---------T--------------A----------T------TCCTG-AAA--GGT--T----AATA-TT----TAGTTCTAA-C-CAAC--AATACA-A-----------T-TAGATTAAACTACAT-GTA-AATAT-A--TTTTTG--A-A---A--CATG------GT-AGA-------A--G-A-GAAA---------TTAAAGAT-T--TT-------G--ATT----------------------C---------------T-----------T---------------C---AT------T--------------GAGATTTTAATTTTGTGTATG----------ATTT-G-TC---TTct
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTT--G-AA-TT-AA-AATAC-AAT------TAT------T-GCATTT---TAC-AAATATAATT-AA-CTAAAT-TAC--AA--G--------AACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT----AAATT--------ACAT-TTAGTC--A--GTTTT-----T-AAA---ATTTT--AT-TG---AC-----AAACATT-TAT-ACAAG--A--CA
gi|20 : gGGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTC--C-AA-TT-AA-ATTAT-AAT------TAC------T-ACAATT---TAC-AAATGAAATT------AAAT-TAC--AA--T--------T
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTT--G-AAATT-AA-AATAC-AAT-------AT------T-GCATTT---TACCAAATATAATT-AA-CTAAAT-TAC--AAAAG--------AACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT----AAA-------ATTACAT-TTAGTC--AGTTTTTT-----T-AAA---ATTTT--AT-TG---AC-----AAACATT-TAT-ACAAG--A--CA
gi|28 : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTT--C-AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-A
gi|30 : agGGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTT
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-GA-ATTAC-AATTTCAATTAC------T-GCAATT---TAC-AAATGTAATT-AA-TTGAAT-TAC--AA--T--------TACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATT----AAATTAC-AAATTACAT-TTT
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTT--CGAA-TT-AAGATTAC-AAT------TACAGTACTC-GTAATT---TCA-AAATGT---T-AA-TGTAATATAG--GA--TGTGGAGAATGCTTTG-ATACATGT-AAATA-TT----AA-TTACAAAATTACA--TTTATTGGA--TTTTTTACACT-AAA---ATTTTGAATGTAATCAT-----AAAC-TT-TTT-ACAAG--A--TTTGA---ATTAATA-TGA-T--GT---CC----------A----ATGGAATC-------TGTAAAGGGATTTGGT-T-CCAGTT-GCCAT-TCTTATTTAAAGA-------TTA----------TTAAC--TATTAA----C-AAT---AAAAG--TAGTAAGATCCAATT-CAAGACT--AAGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGG-GGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATATAT-T-AGTTCAGG-G-----T-TGAT--AAAATT--------------G------------ATTCCTTGA--CAT--ATCGGGGAATTTGATT----TGGCAATATTATCCACAAAATGTAGATATTGTAT--AA----GA----A--GAA-AAT-AA----G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GG------------------------C--------------ATACTGAATAGT------TCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATT-CAAG--AATAAAGG-----------T-TAG-------TTTAT-GAA----AT-A--TTTTTGATA-A---ATTGATATAGTAAAT--AA-TGT-ATACTG-A-TAAGGCCG-----GT--ACA--T--GT-----ATG--AGTAGG-----GAA----------AT---------------T-----------TAAGATTTGATTCTTCC---AT------T-------------GAAGA-TTT--TTGGGGGTATG----------ATTT-GTCA---ATA-ATTAT-ATGTA---------------AATGGAGAGCGTAATTGAGAAAA------------AGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGT-ATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAACA--TACTC-------------C--AATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTT--G----A------AACATGTAAT----ATT---AAT-TTACACT---AA---ACACATTAACTT-----TC-ATAAC--CCA-CCCTAAtcactt
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-T--C-AA-TTAAA-ATTAC-AAT------TCT------T-GCAATT---TAC-AAATGAATTT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-----AATTAC--ATTTACAT-TTT-TG--A--ATTTT-----CAAAA---ATTTT--AT-TT---AG-----AAACA----AATATAGG--A--TATAG-TTAATGACA-T-A-T--GT---AAAAGT-----AA----ATGAAGT--------TTCAGA------TGTT-T-CCCAAT-G-ATT-AC---TT------ATCTG-TTCCT-TG-AT--TTTATA-TGAATAA---GCTTTTT-CAAACA--T--TAAG-TC--ATT-CA--TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGT---G-GAAAATATAT---TTC-GACT-GA-T-CAGATGT-TGG---CAGGTG-----TGTGAC--AAG--TTGTTTCCTGCCTAAG------------A---ATTGG--CATGAATAGGGCATTTTGACTCTGTTGA------------------------TTTCCACAAAATGGTGCTTTCACCAAATAAGAAA----GATTA---A-G---ATG---T-TTG----TGTGCAAATA----------------T--------------A----------T------TCCTG-AAA--GGT--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAA-TACAAC--AATAGA-AGTATAGT----T-TAA-------TGCA---AATAATAT-T--TTTTTTAT--A---A--ACTG--ATAAGTAAAA-TGT-Attaat
gi|21 : gcAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTA---ATAAATTAAT--T-AA-TT-AA-ATTACAAAT------TAT-----------ATT---T------TGTTATT-TT-TCAAAT-Taa
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTT--C-AA-TA-AA-ATTAC-AAT------TAT------T-GGAATT---TAC-AAATGTGATT-AT-TCAAAT-TAC--AA--A--------TACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTTTAAAAATTAC-AAttttttattaacaaacatttatacaa
gi|3 : tac-TT-AA-ATTAA-ATT------TAC------T-GCAATT---T-C-TAACGTAATTCAA-TATAAT--ACCCAA--T--------TACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATT----CAATTAC-AAATTACATATTTGTC--G--TTTTT-----CCAAA---ATTTT-----TA----T-----CTACATT-ATA-CCAAG--ACCTATAGCTAATTGA-A-T-A--------------------------------------------AGA------TGTT-T-GCCAAC-G-TATTAC---TTTCA-GAATCTGATTCAT-TGCTT--TTTATC---AT-AA---GC-TTTTTCAAACC-------AG--C--ATT-CA--TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--T---GACTTA---TCT---TTC-GACCGAA-T-CAGATGT-T-G---CAGGGT-----T-TGAC--A----T--------------GA-----------A---ATTGA--CATG-ATAGGAA--TTTGATTTTGCTGA------------------------TTTCCACA-AATGGTGCTTTCACC-AA-AATAAA----G---ATTTA-G---G-----TGTTGTCTTTA------------------------T--------------A----------T------TCCT----A--GGT--TT--AATTATAT----TAAT-TCAA-T-CAAAACAATAGA-ATG---------T-TCA-------TACAT---A-AATAT-A--TTTTTGATA-ATTTG--AAT----TAAGT-AAA-TGT-ATA--GAA-GAAACATG-----------------GT-----A-G--AA--GG-----GAA----------AT---------------TTGATTTTATTCT---------------C---AT------T------A----------ATTTT--TTT-------------------TTTGGTTC---TTAGG-TATGA-GTA---------------AAT--------T------GGAGAGTAAACTTGGCTAGTTAT-TAGGAATACAT-GCTTATTTTGCAATT-----GTAATTA-------AT-TAA---AT------------TACGATTACTTATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTAC-TTCCACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTCA-A--TTACA-ATT---CTTTGT-TCAATTACCCCTCTCCCTtcta
gi|30 : C-AAT------TAC-----------ATT-----C-AAAAGTAATT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TACTT
gi|28 : gggatagggtCAATTACATAC-AAAAGTAATT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TACATTG-
gi|20 : gggatggggt---TAC-ATAAGTAATT-AA-TTAAAT-TGC--AA--T--------TACTTTG--CACA-TT-CTCCAATT----AAATTAT-AAccaaattcttcaa
gi|21 : ggatggggccagttacaAATT-AA-TTAAAT-TAC--AA--T--------TACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATT----AAATTAC-AAATTATAT-TTTGTT--A--TTTTT-----C-AAATTTTTTTT--AT-TA---AC-----AAACATT-TAT-ACAAttactacaatttacaaatgaaattaaattacaatt
gi|30 : C--AA--T--------TACATTC-A-AAA-GT-AATTAATT----AAATTAC-AA
gi|17 : gggatagggt-AAATTACAT-TTTGTC--A--TTTTT-----C-AAA---TTTTT--TT-TA---ATTAAAAGAACATT-TAT-ACAAG--ACATATAGTT-ATTGACAGT-A-TAAGTACACT--GT-----AA----ATGAAGT--------TGTAGA------TGTT-T-CCTAAT-G-AAT-Attactt
gi|25 : AATTACAT-TTTACT--G--TTTTT-----C--AA---ATTTT--AT-TA---AT-------ACATCATAA---AAG--A--TATAG-TTATTGA------------------------------------------------ATAGA------TGTT-T-CCCAAT-G-AAT-AC---TTT
gi|19 : cat-ACAAG--A--TATAGTT-ATTGACA-T-A-T--GT-------AT-----AA----AAGAGGT--------TGTAGA------TGTT-T-CCCAAT-A-AAT-AC----TTAAAGAATCTG-TCCAT-TGCAA--TTTATC-ATGATAATTGGC-TTTT-CAAAGG--T--TA
gi|12 : AAGT-----AA----ATGAAGT--------TGTAAA------AGTT-T-C-GAAT-G-AAT-AC---TT-GAGGAATCTG-TCCATGCGCAT--TTTATC-ATGATAA----C-TTTT-CAAAAG--G--TAAG-TC--ATT-CA--TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAA-TCTT--ACTG--AACAC--T---G--GAA--GTAT---TTC-ATATGAA-A-AACATATAT-G---CAGGTG-----T-TGA---AAG--T--------------
gi|26 : --------TGTAGA------TATTAT-CC-AAT-G-AAG-AC---TT-AAAGAATATG-TCCGT-TGAAT--TTTATC-acttctt
gi|8 : AATCTG-TCCAT-TGCAT--TTTATT-ATAATAA---GC-TTTT-CAAACA--T--TAAG-TC--ATT-CA--TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA-------------------------TC-GACTGGA-T-CAAATGT-T-G---CAGGTG-----T-TGAA--AAG--T--------------GCTTCCTTGCAAGA---AATGC--CATG-ATAGGGAATTTTGATTCTGCTGA------------------------TTTCCACA-AATGGTGCTTTCACC-AA-AATAAA----G---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATACATTTGTAT--------------A----------T------TCCTG-AAA--GGC--TT-AAAATA-TT----TAGTTCCAA-T-CAAT--AATAAA-A-----------T-TAG-------TTTATGCAA-AATAT-ATTTTTTTGAT------A--ATTG--ATAAGTAAAA-TGT-ATA--G-A-GAAACTTG-----------------GT-----A-G--AA--GG-----TAA----------ATTTAAGAATTTATTC-T-----------T---------------C---AT------T-------------GAAATTTTT--TTT---GTATG----------ATTT-G-TC---TTA-G-TATatgacatattttttttttataagtaaa
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---G-AATA--GTCT---TTC-GACTGGA-T-CAGAT
gi|22 : ---CAGGTA-----T-TGAC--AAG--T--------------GCTTCCTTGCAAGA---ACTGA--CATG-ATAGGGTATTTTGATTCTGCCGATTTACATA-------------------------AATGGTGCTTTCACC-AA-AATAAA----G---A---A-A---A-----agtgttttaaccaacttgtgtaaaagggttatttattttagagatagccataaagcaataaatagtgctttcaccaaaataaaatatgtatgtgtatatattcctaaaaagttgttatttagtttcaatcaacaatagaa
gi|11 : --AATAGTGCTTTCACC-AA-AATAAAATATG---T---A-T---G-----T-GTA----TA------------------------T--------------A----------T------TCCTA-AAA--AGTTGTTA-------TT----TAGTTTCAA-T-CAAC--AATAGA-A-----------
gi|9 : gggcgtagaatctttcctgcaacactgaatagtctttcgactggatcagatagtgttttaaccaacttgtgtaaaagggttatttattttagagatagccataaagcaataATAAA-A-----------TGTAA-------TA-AT-TGT-AATAT-G--TT--------A---A--AA--CAAT---------TGT-AGA--G-AAGAAACATGGTCGCTT--AC------GT-----A-G--AA--GGAAAATCAAG---------AT---------------T-----------T---------------T---AT------TCTTCATG------GAAGATTTT--TTTTTGGTATGATTATATAA-ATTT-GTCTTAGTTA-G-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAAT--------T------GAA-A------------AGTAAT-TGGATATACAT-G-TTATTTTGCAA-T-----
gi|18 : aatagaacatatatatatatagatggtataaattgtatattgtATAGA-A-----------T-TAG-------TTTATGCAA-AATATAA--TTTTTGAT------A--ATTGATATTAGTAAAA-TGT-ATA--C-A-GAAATATG-----GTAGAAAT-T--TTTTTTAA-G--ATT-TT-----CAT----------TC---------------T-----------T---------------C---AT------T-------------GAAGATTTTA-TTTacaaaaagccgaagttaacaa
gi|27 : ATAAGT-AAACTGT-ATA--G-A-AAAACATG-----GT--ACA--T--GT-----A-G--AA--GA-----GAA----------AT---------------T-----------T---------------A---ATTCTTCAT------G------GAAGATTTT--TTata
gi|23 : gattgAGT-AAA-TGT-ATA--G-A-GA------------T--ATAT-G--GT-----A-G--AAG-GG-----GAATTCTGGTTTTAT---------------T-----------T---------------CTTCAT------T------G--------ATATTTT--TTTC---TTTG--------GTATTT-GT-C---TTA-G-TATGATGTA---------------A
gi|24 : T-ATA--G-A-GAAACATG-----GT--ACATAT--ATG----A-GGAAAT-TT-----TAAG---------AT---------------T-----------T---------------CA--AT------T------ATTCATTGAAGATTTT--TTT-GGGTATG----------ATTT-G-TC---TTA-G-TATGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTATCATGACATATTTTTTTTTTATAAGTAAATTGTATAGAAGACAATAGAAGTGAAATTAAAGATTTTAATTCGTCGTTGATAATTAGGTGATTTCTGGGTATGATTTGTCTTAATACG
Unaligned ( gi|31 ): TCTTCATTGAAATTATTTTGGTATGATTTGTCCTAGTGTGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111111 111111111111111111 4444444444444444444444 11111111 1 11111 11111111 1111 444444444444444 333333333333333333333333 11111111 11 222222222222222 222222222222222222222222222222 11 1 1111111 2222222222222222222222 11 11 1111111111 2222222 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 1111111 66666666666666666666666666666666 11111 44444444444 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333 2 444444 11
lowQualScore : 44 2 66 2 555 0 77 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 6 3 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 44 6666666 555 555555555555555555 1 33 99 55 4 4 5 2222222222222222222222 22222222 3 6 3 3 44 88 3 3 3 88 8 2 7777 55 666 3 22222 11111111 66 66 4 4 1 5 66 44 55 55 4 777777 0 1111 777 4 8 4 4 666 3 3 44 88 2 4 222222222222222 55 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 44444444 8 777 8888 4 11 777 111111111111111 9999 333333333333333333333333333333 4 9999 4 66 66 11 5 9999 4 4 666 4 7777777 4 2222222222222222222222 1 4 33 1 88 44 55555 77 44 44 5 6666666666 44 3 555 1 7777777 3 77 3 0000000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 3 555 555555 888888888 9999999 8 0 88888888888888888888888888888888 99 88888 77777777777 0 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999999 3 7 000000 1 77
lowQualScore : .. . .. . ... . .. . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... .................. . .. .. .. . . . ...................... ........ . . . . .. .. . . . .. . . .... .. ... . ..... ........ .. .. . . . . .. .. .. .. . ...... . .... ... . . . . ... . . .. .. . . ............... .. . . . .. ........................ . ........ . ... .... . .. ... ............... .... .............................. . .... . .. .. .. . .... . . ... . ....... . ...................... . . .. . .. .. ..... .. .. .. . .......... .. . ... . ....... . .. . ....... ............................................................................. .. . ... ...... ......... ....... . . ................................ .. ..... ........... . . ........................................................................................................................................ ...... . . ...... . ..
lowQualScore : 22 9 88 9 444 6 33 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 2 1 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 22 5555555 888 999999999999999999 3 99 22 55 0 0 0 8888888888888888888888 11111111 3 7 3 3 77 66 6 6 6 66 1 2 7777 00 444 6 77777 33333333 22 11 4 4 9 7 11 11 55 55 0 444444 3 7777 000 0 0 0 0 444 6 6 22 66 8 3 888888888888888 55 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 55555555 0 000 5555 0 00 000 333333333333333 4444 222222222222222222222222222222 4 4444 4 11 11 99 4 4444 4 4 222 0 0000000 4 8888888888888888888888 0 0 55 1 66 66 55555 99 66 66 2 5555555555 66 3 888 0 3333333 3 99 3 8888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 444 999999 222222222 6666666 9 8 22222222222222222222222222222222 00 55555 55555555555 0 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000000 3 3 000000 0 77
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TG-CAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-T--TTGTCA--TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TA---AT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TAT--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTTCCC-AAT-GAAT-ACTTTAAA-GAATCTG--TCCA-T-TG-CATT--TTATCATGA----TA--A---GC-TTTT-----CAAACGT--T--AAG-TC--ATT-C-ATCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---GAANA--GTCT---TTC-GACTGGAT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----TTTATGT----GTACA-AT---------------T--------A-T----TCCTG-AAA--GGT--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAA-T-CAA--CAATAGA-A-------T-TAG-------TT----T-AT-G-A-AAAT-ATA--TTTTTGATA-AAAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-TT---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG-TTC---TTAG-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATT-GGAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAAT-G--TA--ATTA-TATTA-A--TA-AATGTA------------ACGATTACTCATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTT--GA-A-A------AAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACA-ATTAACCTTT-T-TC-ATTACCCCC-TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TG-CAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-T--TTGTCA--TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TA---AT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TAT--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTTCCC-AAT-GAAT-ACTTTAAA-GAATCTG--TCCA-T-TG-CATT--TTATCNTAA----TA--A---GC-TTTT-----CAAACGT--T--AAG-TC--ATT-C-ATCCTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---GAANA--GTCT---TTC-GACTGGAT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----TTTATGT----GT---------------------T--------A-T----TCCTG-AAA--GGT--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAA-T-CAA--CAATAGA-A-------T-TAG-------TN----C-AT-N-A-AAAT-ATA--TTTTTGATA-AAAN-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-TT---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG-TTC---TTAG-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATT-NGAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAAT-G--TA--ATTATTATTACANTTANAATGTATATATGGGAAANACGATTACTCATAAACCCCCCCCCCCAANTGANAAATTANCTTNCAAAACTACTTTCNACATACCTTCGAANATGCGAT---AATTA--AATATTACACTCA-AA-TTACACATTAACCTTTGT-TCAATNACCCCCNTCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAATT-AT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTTCG-AA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTCG-TAATTTCA-AAATGTTAATGT-AATAT-AGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTG-GA--TTTTTTACACT-AAA---ATTTTGAATGTAATCAT-----AAAC-TTTTTAC-AAGA--T-----------TTGA-A-T-----------T-A-A----------------------TAT-GATGT---CC-AATGGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCATTC-TTAT-TTAAAGATTATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGT--AAGATCCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAATGCATATAT-T-AGTTCAG-G-GT-TGA-TAAAATTGATTCC--------------T---TGA--CAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCC--------ACAAAATGTAGATATTGTATAAGAAG-AA--AAT-AAG---A---A-G---AGAATGTTTAGGC----ATACTGAA---------------T--------AGT----TCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATT-CAA--GAATAAAGG-------T-TAG-------TT----T-AT-G-A-A----ATA--TTTTTGAT--AAAT-TG--A--TAT-A--GTAAATAATGT----------ATACTGA-TAA---GGCCGGTACA-T---GTATGAGTA-GGGAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-TT---TTGG--G---GGTATG---------ATTTG-TCA---ATAATTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAAT-GCTTGGTATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAA--------CATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTT--GA----------AACATGTAAT----ATT---AAT-TTACACT-A-A----ACACATTAACTTTC------ATAACCCA---CCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----AT--A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTTG--AAATT-AA-AATACAAT-------AT------TG-CATTTTACCAAATAT-AAT-T-AAC-T-AA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-T--TAGTCAGTTTTTT-----T-AAA---ATTTT--AT-TG---AC-----AAACATTTATAC-AAGA--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---GAATA--GTCT---TTC-GACTGGAT-CAGAT----------AGTGTTT-TAACCAA---------CTTG---------------TG-----TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCATAAAGCAAT-AAAT---AGTGCTTT----CACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----TGTATGT----GTATA------------------T--------A-T----TCCTA-AAA--AGTTGTTA-------TT----TAGTTTCAA-T-CAA--CAATAGA-A-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTTCG--AAT-GAAT-ACTT-GAG-GAATCTG--TCCA-TGCG-CATT--TTATCATGA----TA--A----C-TTTT-----CAAAAGG--T--AAG-TC--ATT-C-ATCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACTG--AACAC--T---GGA-A--GTAT---TTC-ATATGAAA-AACATATAT-G---CAG-GTGT-TGA--AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----ATT-A--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTTG--AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------TG-CATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AAC-T-AA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-T--TAGTCA--GTTTT-----T-AAA---ATTTT--AT-TG---AC-----AAACATTTATAC-AAGA--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------TG-CAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-T-GA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-T--TT-TCA--CTT
gi|15 : AATT-A--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTTC--AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------TG-GAATTTAC-AAATGT-GAT-T-ATT-C-AA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|17 : tacAAA-TTACAT-T--TTGTCA--TTTTT-----C-AAA---TTTTT--TT-TA---ATTAAAAGAACATTTATAC-AAGACATATA--G-TTA-TTGACAGTATAAG------T-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTTCCT-AAT-GAAT-Aatcta
gi|18 : ATAGA-A-------T-TAG-------TT----T-AT-GCA-AAAT-ATAA-TTTTTGAT---AAT-TG--A--TATTA--GTAA--AATGT----------ATA--CA-GAA---ATATGGTA-------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-TT---T
gi|19 : AC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TAT--G------T-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTTCCC-AAT-AAAT-AC-TTAAA-GAATCTG--TCCA-T-TG-CAAT--TTATCATGA----TA--ATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--T--Acattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TG-CAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-C-AA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-T--TTGTTA--TTTTT-----C-AAA---ATTTT--AT-TA---AT-----AAACATTTAAAC-AAGA--TATA--GTTTA-TTGACA-TAT--G------T-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTTCCG-AAT-GAAT-ACTTTAAA-GAATCTG--TTTA-T-TG-CATT--TTATCTTAT----TA--A---GC-TTTT-----CAAACGT--T--AAG-TC--ATT-C-ATCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--T---GCAAA--GTCT---TTC-GACTGGAT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TG--------------AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTC--------AC--AAT---GGTGATTT----CACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----TTTATG----------------------------T--------A-T----TCCTG-AAA--GGT--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAA-T-CAA---AATAGA-A-------T-TAA-------TA----T-AT-C-A-AAAT-ATA--TTTTTGATA-AAAA-TGCAA--TG--A--GT-A--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGTTACATT---GTA-GA--ATGGCAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-TT---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTTG-TTC---TTAG-TATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATT-GGAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAAT-G-----------TATTAAA--TAAAATATA------------ACAATTACT-------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTACT---GAAAAA------AAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACA-ATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAATT-G--CAATT-ACTTTG----CACATTCTCC--AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------TA-CAATTTAC-AAATG--A-----AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-T--TTGTTA--TTTTT-----C-AAATTTTTTTT--AT-TA---AC-----AAACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AAGAAC---TGA--CATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TAC--------AT-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --A--GTAA--A-TGT----------ATA--GA-GA----------TATATG---GTA-GA--A-GGGGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-TT---TTTT--CTTTGGTAT------------TTG-T-C---TTAG-TATGATGTAA
gi|24 : T----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACAT----ATA-TG--A-GGAAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-TT---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG--TC---TTAG-TATGA
gi|25 : AA-TTACAT-T--TTACTG--TTTTT-----C--AA---ATTTT--AT-TA---AT-------ACA-TCATAA-AAGA--TATA--G-TTA-TTGA-------------------------------------------ATAGATGTTTCCC-AAT-GAAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTATCC-AAT-GAAG-ACTT-AAA-GAATATG--TCCG-T-TG-AATT--TTATCATGA----CA--T---AT-TTTT-----
gi|27 : AT-TG--A--TA--A--GTAA--ACTGT----------ATA--GA-AAA---ACATGGTACA-T---GTA-GA--A-GAGAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-TT---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTTC--AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAATA-A--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------TG-CAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAATAT-AA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATAT--TTGTCG--TTTTT-----CCAAA---ATTTT-----TA----T-----CTACATT-ATACCAAGACCTATA--G-CTAATTGA-A-TA----------------------------------------AGATGTTTGCC-AAC-GTATTACTTTCA--GAATCTGA-TTCA-T-TG-CTTT--TTATC---A----TA--A---GC-TTTTT----CAAACC-------AG--C--ATT-C-ATCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--T---GACTT--ATCT---TTC-GACCGAAT-CAGATGT-T-G---CAG-GGTT-TGA-CA------------TGA-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A---------------TTTAGGT----GT---------------------TGTCTTTATA-T----TCCT----A--GGT--TTAATTATATT------AATTC-AA-T-CAAAACAATAGA-A-------T---G-------TT----C-AT-ACATAAAT-ATA--TTTTTGATA-AT-T-TG--AATTA--A--GTAA--A-TGT----------ATA--GAAGAA---ACATGGTA-----------GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-TT---TTTT----------------------TTTGGTTC---TTAGGTATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATT-AGGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATTG--TA--ATTA--ATTA-------AAT--------------TACGATTACTTATAAACCCCCCCCCCCAAATAAAAA---AACTTGCAAAACTAC-TTCCACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACA-ATT---CTTTGT-TCAATTACCCCTCTCCCT
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTT
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-TA---TTTT--G---G-TATG---------ATTTG--TC---CTAG-TGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--TA-TTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-TTAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-T--TTGTCA--TTTTTT----C-AAA---ATTTT--AT-TT---AG-----AAACAATTATA---AGA--TATA--A-TTA-ATGACA-TATT-G------T-A-AAA-GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAGATT-ACTT---A-ACATCTG--TCCA-T-TG-CATTGTTTATC-TGA----TA--A---GC-TTTT-----TCAACAT--TTTA----C--ATTGC-ATTATGCAGCGGTC--AGGCC-TG-CGT--AGAATCTTT--C-TG-CAACAC--T---GAA-A--GTCT---TTC-GACTGGGTTCAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCCT---AA--------GATGCATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A-----G---A-----TTTATGTTTGTGTGCAAATA--------------C--------A-T----TCCTG-AAA--AGT--T-AAAAATATTT----C-GTTCCAA-T-CAA--CAATAGA-AATATAATC-TAG-------TTTATGC-AT-A-A-ATAT-ATA--TTTTTTTTATAAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGTA---------ATA--G--GAA---ACATGGTACGTTAC-ATA-GAG-A-GGGAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-TT---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAATT-A--TAATT-ACTTCG---CCA--TTTTTCCCAA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------TG-CAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AAT-T-GA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-T--TTGTCG--TTTTT-----C-AAA---ACTTT--G---G---AT-----AA---TTTATAC-AAGA--TATATAG-TT---TGACAGTAT--AAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTTTCC-AAT-GAAT-ACTT-AAA-AACTCTG--TCTA-T-TG-CATT--TTAGCATGA----TA--A---GC-TTTT-----CA-------------------TT-T-AGCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--T---GAACA--ATCT---TTG-GACTGGAT-CAGATAT-T-G---CAG-------------G--TGCTTCCTTGCTTAAGAA---T---TGA--CATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CAAC-AA--AATAAAG---AATTA-T---A-----TTTGTGT----GCA--------------------T--------A-TATAGTCCTGAAAA--GGT--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAA-T-CAA--CAATAGA-A-------T-TGG-------TT----T-ATGC-A-AGAT-ATAT-TTTTTGAT---AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AACGT----------ATA--GA-GAA---ACATTATACA-T---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATATT---TTTTGAG---GATATG---------ATTTG-TT----TTAG-TGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATT-ataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAATT-A--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------TG-CAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-T--TT--CA--TTTTT---------------------------------------ATTCACA-----A--TATA--G-TTA-TTGACA-TGT--G------T-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTTCCC-AAT-GAAT-AATTTAAA--ATTCTG--TCCA-T-AG-CATT--TTACCATCA----CA--A---GC-TTTT-----GAATGGT--C--AAG-TC--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--T---GAAAA--GTCT---TTC-GACTGGAT-CAGATGT-T-G---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCAAG--AA---T---TGA--CATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTC--------AC-AAAT---AGTGCTTT----CACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----TGTATGT----GTATATATACATTA---------T--------A-T----TCCTG-AAA--GGT--T----AATA-TT----TAGTTCTAA-C-CAA--CAATACA-A-------T-TAGATTAAACTA----C-AT-G-T-AAAT-ATA--TTTTTG--A-AACA-TG------------GTAG--A----------------A--GA-GAA-----ATTAAAGATT---TT----------GAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-TTTAATTTT--G---TGTATG---------ATTTG--TC---TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAATT-AAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-TC--AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------TG-CAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AAT-T-AA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-T--TT-TGA--ATTTT-----CAAAA---ATTTT--AT-TT---AG-----AAACA--AATAT-AGGA--TATA--G-TTA-ATGACA-TAT--G------TAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTTCCC-AAT-GATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--ATT--TTATATGAA----TA--A---GCTTTTT-----CAAACAT--T--AAG-TC--ATT-C-ATTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGT---GGAAAATATAT---TTC-GACT-GAT-CAGATGT-TGG---CAG-GTGTGTGA-CAAGT-TGTTTCC-TGCCTAAGAA---T---TGG--CATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------ACAAAAT---GGTGCTTT----CACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----TGTTTGT----GTGCAAATA--------------T--------A-T----TCCTG-AAA--GGT--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAA-TACAA--CAATAGA-AG------TATAG-------TT----TAAT-G-C-AAATAATA--TTTTTTTTATAAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------A
gi|8 : gcAATCTG--TCCA-T-TG-CATT--TTATTATAA----TA--A---GC-TTTT-----CAAACAT--T--AAG-TC--ATT-C-ATCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA------------------------TC-GACTGGAT-CAAATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-AAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---GAAATGC--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAAT---GGTGCTTT----CACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----TTTATGT----GTCCGTGTGCATATACATTTGTAT--------A-T----TCCTG-AAA--GGC--TT-AAAATA-TT----TAGTTCCAA-T-CAA--TAATAAA-A-------T-TAG-------TT----T-ATGC-A-AAAT-ATATTTTTTTGAT---AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACTTG----------GTA-GA--A-GGTAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-TT---TTTT------TGTATG---------ATTTG--TC---TTAG-TATaa
gi|9 : T-ATA--TTGT--ATA-AAATGTA--A--TA--ATTGTAA--TATGTTAAAACAATTGTA--GA-GAAGAAACATGGT-CGCTTACGTA-GA--A-GGAAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-TT---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTTG-TCTTAGTTAG-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATT-GGATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAAT-A--CA--A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTATCATGACATATTTTTTTTTTATAAGTAAATTGTATAGAAGACAATAGAAGTGAAATTAAAGATTTTAATTCGTCGTTGATAATTAGGTGATTTCTGGGTATGATTTGTCTTAATACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1111111111111111 444444444444444444 11111111 1 11111 1111111 444444444444444 333333333333333333333333 22222222 11 1111111111111111111 7777777777777777777777777777777 11111 1 11111 2222222 1111111 222 11 22 1111111111 2222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 111111 66666666666666666666666666666666 1 11111 44444444444 1 1 222222 444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 88888888888888888888888888888888888888 3333333 1 11 1 33333
lowQualScore : 44 2 66 2 555 44 3 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 3 6 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 77 2222222 555 7777777777777777 1 3 44 99 4 4 888 666666666666666666 22222222 3 3 3 3 3 0 3 88 3 3 3 55 3 99999 55 666 3 22222 88888 0 7777 66 4 4 1 2 66 44 55 55 4 55 0 8888888 777 4 4 4 4 4 4 666 3 0 88 2 777777777777777 55 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 4 11111111 4 8888 4 11 0 9999999999999999999 4 9999 3333333333333333333333333333333 4 00000 4 2 0 00000 8 666 1111111 4 7777777 333 4 4 3 22 0 00 3 44 44 77 44 44 6 5555555555 44 3 555 2 9999999 3 77 3 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 888888 555 222222 666666666 3 666666 4 4 0 88888888888888888888888888888888 0 88888 77777777777 0 2 0 999999 999999999999999999999999999999999999999999999999 6 88 88 7 00000000000000000000000000000000000000 0000000 7 7 2 88 3 00000
lowQualScore : .. . .. . ... .. . . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... ................ . . .. .. . . ... .................. ........ . . . . . . . .. . . . .. . ..... .. ... . ..... ..... . .... .. . . . . .. .. .. .. . .. . ....... ... . . . . . . ... . . .. . ............... .. . . . .. ........................ . . ........ . .... . .. . ................... . .... ............................... . ..... . . . ..... . ... ....... . ....... ... . . . .. . .. . .. .. .. .. .. . .......... .. . ... . ....... . .. . ....... ............................................................................. .. . ...... ... ...... ......... . ...... . . . ................................ . ..... ........... . . . ...... ................................................ . .. .. . ...................................... ....... . . . .. . .....
lowQualScore : 22 9 88 9 444 22 1 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 1 2 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 33 1111111 888 2222222222222222 3 1 66 22 0 0 888 777777777777777777 11111111 3 3 3 3 3 7 6 66 6 6 6 00 6 11111 66 444 6 77777 55555 7 0000 11 4 4 9 6 11 11 55 55 0 55 3 7777777 000 0 0 0 0 0 0 444 6 5 66 8 777777777777777 55 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 0 55555555 0 5555 0 00 8 5555555555555555555 4 4444 8888888888888888888888888888888 4 33333 6 0 0 22222 9 222 0000000 4 0000000 000 0 0 6 33 2 55 3 66 66 33 22 22 2 4444444444 22 1 444 1 8888888 1 33 1 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 222222 000 999999 777777777 6 111111 0 0 8 22222222222222222222222222222222 0 55555 55555555555 0 5 0 222222 000000000000000000000000000000000000000000000000 7 33 33 3 77777777777777777777777777777777777777 0000000 3 3 0 33 3 00000
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAG--A--TATAG-TTA-TTGACA-TA-T------GT-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT-GT-T-G---CAGGTGT-TGACAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-------ATGC--A-AA-AT-ATA--TTTTTGATA-AAAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-TG--TA--ATTA--AT-A-A--T-A-AATGTA---ACG---ATTACTCATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC--TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAG--A--TATAG-TTA-TTGACA-TA-T------GT-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT-GT-T-G---CAGGTGT-TGACAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-------ATG---A-AA-AT-ATA--TTTTTGATA-AAAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-TG--TA--ATTA-TATTA-A--T-A-AATGTA---ACG---ATTACTCATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-CTCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTT--CGAA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTC-GTAATTTCA-AAATGTTAATGT-AA-TATAGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTGG-A--TTTTTT-ACACTAAA---ATTTTGAATGTAATCAT--AAACTTTT-TAC-AAG--A--T---------TTGA----A-T----------------TAA---------------TAT-GATGT----CCAAT-GGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCAT--TCTTATTTAAAGATT-ATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGTAAGAT--CCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATAT-AT-T-AGTTCAGG-GT-TGATAAAATTGATTCCTTG-----------------A--CAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCCAC-AAAATG-----TAGATATTGTATAAGAAG-AA--AATAA-G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GGCAT------------ACTGA-AT------A----GTTCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATTCAA--GAATAAAGG------T-TAGTTT-------ATG---A-AA-----TA--TTTTTGAT--AAAT-TG--A--TAT-A--GTAAATAATGT----------ATACTGA-TAA---GGCCGGTACA-T---GTATGAGTA-GGGAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTGG--G---GGTATG---------ATTT-GTCA---ATA-ATTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGTATTATTATTACAATT-ACAATGTATATATGGGAA--AAACATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTTG--AA---------ACATGTA--AT----ATT---AAT-TTACACT-A-AA--CAC-ATTAAC---TT--TC-ATAACC-CA---CCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTT--G-AAATT-AA-AATACAAT-------AT------T-GCATTTTACCAAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-TT--AGTCAGTTTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAG--A--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAT---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATAGT----------GTTT-TAACCAA--------CTTG---------------TG-----TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCAT-AAAGCAATAAATAG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----T-GTA----TGTGT------------AT--A---------T----ATTCCTA-AAAAG--TTGTTA-------TT----TAGTTTCAAT-CAA--CAATAGAA-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTT-CG-AAT-G-AAT-ACTT-GAGGA-ATCTG--TCCA-TGCGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA----C-TTTT-----CAAAAGG--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACTG--AACAC--TGGA----A--GTATTT---C-ATATGAA-A-AACAT-ATAT-G---CAGGTGT-TGA-AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTT--G-AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------T-GCATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-TT--AGTCA--GTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAG--A--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--T-TCA--CTT
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTT--C-AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------T-GGAATTTAC-AAATGT-GAT-T-AT-T-CAA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|16 : tacTT-------ATC---A-TG-AC-ATA--TTTTTT-T-----T-TT--A--TA--A--GTAA--ATTGT----------ATA--GA--AG---ACA------------ATA-GA--A-GTGAA-------ATTAAAGATTTTAA---T--------------T---------------CG-T------C------GTT----GA-----T--AAT-TAGGTGAT---TTCT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-A-TACGatcta
gi|17 : AAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---TTTTT--TT-TAATTAAAAGAACATTTATAC-AAG--ACATATAG-TTA-TTGACAGTA-TAA----GT-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCTAAT-G-AAT-A
gi|18 : ATAGAA-------T-TAGTTT-------ATGC--A-AA-AT-ATAA-TTTTTGAT---AAT-TG--A--TATTA--GTAA--AATGT----------ATA--CA-GAA---ATATGGTA-------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-T------T---T
gi|19 : AC-AAG--A--TATAG-TTA-TTGACA-TA-T------GT-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-A-AAT-ACTT-AAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AA--T-TTATC-----ATG-ATAATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--TAcattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTT--C-AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-CAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTAAAC-AAG--A--TATAGTTTA-TTGACA-TA-T------GT-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCGAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TTTA-T-TGC-AT--T-TTATC-----TTA-TTAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--TGCAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT-GT-T-G---CAGGTGT-TGACAAG--TG--------------AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTCAC--AA--------TGG-TGATTTC----ACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TG-----------------------------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAAT-CAA---AATAGAA-------T-TAATAT-------ATC---A-AA-AT-ATA--TTTTTGATA-AAAA-TGCAA--TG--A--GT-A--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGTTACATT---GTA-GA--ATGGCAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATTG-GAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-TG--T---ATTA-----A-A--TAA-AATATA---ACA---ATTACT-------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-TGAAAA---------AAAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACAATTAACCTTTTTATC-ATTACCACC-ATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTC--C-AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------T-ACAATTTAC-AAATG--A-----AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AATTTTTTTT--AT-TAAC-----AAACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAGGTAT-TGACAAG--TGCTTCCTTGC-----AAGAAC---TGA--CATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TACAT-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --A--GTAA--A-TGT----------ATA--GA-GA----------TATATG---GTA-GA--A-GGGGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-T------T---TTTT--CTTTGGTAT------------TT-GT-C---TTA-G-TATGATGTAA
gi|24 : T----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACAT----ATA-TG--A-GGAAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATGA
gi|25 : AA-TTACAT-TT--TACTG--TTTTTC-------AA---ATTTT--AT-TAAT-------ACA-TCATAA-AAG--A--TATAG-TTA-TTGA------------------------------------------ATAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTA-TCCAAT-G-AAG-ACTT-AAAGA-ATATG--TCCG-T-TGA-AT--T-TTATC-----ATG-ACAT---AT-TTTT-----
gi|27 : AT-TG--A--TA--A--GTAA--ACTGT----------ATA--GA-AAA---ACATGGTACA-T---GTA-GA--A-GAGAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTT--C-AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------T-GCAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAA-TATAA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATATT--TGTCG--TTTTTCCA-----AA---ATTTT-----TA-T-----CTACATT-ATACCAAG--ACCTATAG-CTAATTGA-A-TA---------------------------------------AGATGTTT-GCCAAC-G-TATTACTTTCA-GA-ATCTGA-TTCA-T-TGC-TT--T-TTATC-----AT----AA---GC-TTTTT----CAAACC-----AG----C--ATT-CA-TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--TGACT---T--ATCTTT---C-GACCGAA-T-CAGAT-GT-T-G---CAGGGTT-TGACA------------TGA-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---ATTTA-G---G-----TGTTG----TCTTT------------A-------------T----ATTCCT----AGG--T--TTAATTATATT------AATTC-AAT-CAAAACAATAGAA-------T---GTTC-------ATAC--ATAA-AT-ATA--TTTTTGATA-AT-T-TG--AATTA--A--GTAA--A-TGT----------ATA--GAAGAA---ACATGGTA-----------GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-T------T---TTTT----------------------TTTGGTTC---TTAGG-TATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATTA-GGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATTG--TA--ATTA--AT------T-A-AAT-T----ACG---ATTACTTATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTACTTC--CACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACAATT--CTTTGT--TCAATTACC-CCTCTCCCT
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTT
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-T------A---TTTT--G---G-TATG---------ATTT-G-TC---CTA-G-TGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTT--C-AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AATT-TAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCAT-TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACAATTAT---AAG--A--TATAA-TTA-ATGACA-TATT------GTAA-AA--GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAG-ATT-ACTT---AAC-ATCTG--TCCA-T-TGC-ATTGT-TTATC------TG-ATAA---GC-TTTT-----TCAACAT--T----TTAC--ATTGCA-TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CTG-CAACAC--TGAA----A--GTCTTT---C-GACTGGGTT-CAGAT-GT-T-G---CAGGTGT-TGACAAG--TGCTTCCTTGCCT---AA--------GATGCATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG-------A-G---A-----T-TTATGTTTGTGT------------GC--A-AA------TAC--ATTCCTG-AAAAG-----TTAAAAATATTT----C-GTTCCAAT-CAA--CAATAGAAATATAATC-TAGTTT-------ATGCATA-AATAT-ATA--TTTTTTTTATAAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGTA---------ATA--G--GAA---ACATGGTACGTTAC-ATA-GAG-A-GGGAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CC--ATTTTTCCC-AA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------T-GCAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-TT--TGTCG--TTTTTC-A-----AA---ACTTT--G---GAT-----A---ATTTATAC-AAGATA--TATAG-T---TTGACAGTA-TAAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTT-TCCAAT-G-AAT-AC-TTAAAAA-CTCTG--TCTA-T-TGC-AT--T-TTAGC-----ATG-ATAA---GC-TTT--------------------T--C--ATT-TA-GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAC---A--ATCTTT---G-GACTGGA-T-CAGAT-AT-T-G---CAG-----------G--TGCTTCCTTGCTTAAGAA---T---TGA--CATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----AAC-AA--AATAAAG---AATTA-T---A-----T-TTG----TGTGC------------AT--A-TA------T----AGTCCTGAAAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TGGTTT-------ATGC--A-AG-AT-ATAT-TTTTTGAT---AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AACGT----------ATA--GA-GAA---ACATTATACA-T---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATAT------T---TTTTGAG---GATATG---------ATTT-GTT----TTA-G-TGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATTataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTT--C-AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-TT--T--CA--TTTTT------------------------------------ATTCACA-------A--TATAG-TTA-TTGACA-TG-T------GT-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-AATTTAAA-A-TTCTG--TCCA-T-AGC-AT--T-TTACC-----ATC-ACAA---GC-TTTT-----GAATGGT--CAAG-T--C--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--TGAAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT-GT-T-G---CAGGTAT-TGACAAG--TGCTTCCTTGCAAG--AA---T---TGA--CATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTCAC-AAA--------TAG-TGCTTTC----ACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGT------------AT--ATATACATTAT----ATTCCTG-AAAGG--T--T----AATA-TT----TAGTTCTAAC-CAA--CAATACAA-------T-TAGATTAAACTACATG---T-AA-AT-ATA--TTTTTGA-A-ACAT------------G--GTAG--A----------------A--GA-GAA-----ATTAAAGATT---TT----------GAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-T------TTAATTTT--G---TGTATG---------ATTT-G-TC---TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-T--C-AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------T-GCAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-TT--T-TGA--ATTTTCAA-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACA--AATAT-AGG--A--TATAG-TTA-ATGACA-TA-T------GTAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTT-CCCAAT-G-ATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--AT--T-TTAT------ATGAATAA---GCTTTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGTGGAA---AATATATTT---C-GACT-GA-T-CAGAT-GT-TGG---CAGGTGTGTGACAAGT-TGTTTCC-TGCCTAAGAA---T---TGG--CATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCCACAAAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----T-GTT----TGTGT------------GCA-A-ATA-----T----ATTCCTG-AAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAATACAA--CAATAGAAG------TATAGTTTA------ATG---C-AA-ATAATA--TTTTTTTTATAAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------A
gi|8 : gcA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATT-----ATA-ATAA---GC-TTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA---------------------T---C-GACTGGA-T-CAAAT-GT-T-G---CAGGTGT-TGAAAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---GAAATGC--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AAA--------TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATAC--A-TT------TGTATATTCCTG-AAAGG--C--TTAAAA-TATTT-----AGTTCCAAT-CAA--TAATAAAA-------T-TAGTTT-------ATGC--A-AA-AT-ATATTTTTTTGAT---AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACTTG----------GTA-GA--A-GGTAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-T------T---TTTT------TGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATaa
gi|9 : T-ATA--TTGT--ATA-AAATGTA--A--TA--ATTGTAA--TATGTTAAAACAATTGTA--GA-GAAGAAACATGGT-CGCTTACGTA-GA--A-GGAAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTT-GTCTTAGTTA-G-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATTG-GATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-TA--CA--A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111 44444444444444444444 11111111 1 11111 1111111 444444444444444 333333333333333333333333 11111111 11 1111111111111111111 7777777777777777777777777777777 11111 1 11111 2222222 111111 1111 2 1111111111 2222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 111111 66666666666666666666666666666666 1 11111 44444444444 1 2222222 11 00000000000000000000000000000000000000000000 11 11 88888888888888888888888888888888888888 3333333 1 11 1 1 1
lowQualScore : 44 2 66 2 555 0 77 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 3 6 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 77 2222222 555 555555555555555 1 3 99 55 4 4 888 66666666666666666666 22222222 3 3 3 3 7 0 3 88 3 3 3 55 3 99999 55 666 3 22222 88888 0 9999 66 4 4 1 2 66 44 55 55 4 55 0 8888888 777 4 4 4 4 4 666 3 3 44 88 2 777777777777777 55 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 44444444 4 777 4 8888 4 11 0 9999999999999999999 4 9999 3333333333333333333333333333333 4 00000 4 2 0 00000 8 666 1111111 4 4 777 3 666666 3 6666 2 3 44 44 77 44 44 6 5555555555 44 3 555 2 9999999 3 77 3 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 888888 555 222222 666666666 3 666666 4 4 0 88888888888888888888888888888888 0 88888 77777777777 0 2 6666666 33 55555555555555555555555555555555555555555555 6 88 88 7 00000000000000000000000000000000000000 0000000 7 7 2 88 3 7 3 3
lowQualScore : .. . .. . ... . .. . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... ............... . . .. .. . . ... .................... ........ . . . . . . . .. . . . .. . ..... .. ... . ..... ..... . .... .. . . . . .. .. .. .. . .. . ....... ... . . . . . ... . . .. .. . ............... .. . . . .. ........................ . ........ . ... . .... . .. . ................... . .... ............................... . ..... . . . ..... . ... ....... . . ... . ...... . .... . . .. .. .. .. .. . .......... .. . ... . ....... . .. . ....... ............................................................................. .. . ...... ... ...... ......... . ...... . . . ................................ . ..... ........... . . ....... .. ............................................ . .. .. . ...................................... ....... . . . .. . . . .
lowQualScore : 22 9 88 9 444 6 33 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 1 2 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 33 1111111 888 999999999999999 3 1 22 55 0 0 888 77777777777777777777 11111111 3 3 3 3 7 7 6 66 6 6 6 00 6 11111 66 444 6 77777 55555 7 7777 11 4 4 9 6 11 11 55 55 0 55 3 7777777 000 0 0 0 0 0 444 6 6 22 66 8 777777777777777 55 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 55555555 0 000 0 5555 0 00 8 5555555555555555555 4 4444 8888888888888888888888888888888 4 33333 6 0 0 22222 9 222 0000000 4 0 000 2 555555 6 4444 2 3 66 66 33 22 22 2 4444444444 22 1 444 1 8888888 1 33 1 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 222222 000 999999 777777777 6 111111 0 0 8 22222222222222222222222222222222 0 55555 55555555555 0 5 0000000 88 77777777777777777777777777777777777777777777 7 33 33 3 77777777777777777777777777777777777777 0000000 3 3 0 33 3 3 3 3
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTA--ATA--TA-AATGTA---ACG---ATTACT-ATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGATAAAAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTA--ATAA-TA-AATGTA---ACG---ATTACTCATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTTCG-AA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTC-GTAATTTCA-AAATGTTAATGT-AA-TATAGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTGG-A--TTTTTT-ACACTAAA---ATTTTGAATGTAATCAT--AAACTTTT-TAC-AAGA--T-----------TTGA----A-T------------------TAA---------------TAT-GATGT----CCAAT-GGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCAT--TCTTATTTAAAGATT-ATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGTAAGAT--CCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATATAT-T-AGTTCAG-G-GT-TGA-TAAAATTGATTCCTTG-----------------A--CAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCC--------AC-AAAATGTAGATATTGTATAAGAAG-AA--AATAA-G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GGCAT------------ACTGA-AT------A----GTTCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATTCAA--GAATAAAGG------T-TAGTTT-A---TG--------AA-AT-A----TTTTTGAT-AAAT-TG--A--TAT-A--GTAAATAATGT----------ATACTGA-TAA---GGCCGGTACA-T---GTATGAGTA-GGGAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTGG--G---GGTATG---------ATTT-GTCA---ATA-ATTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGTATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAAC--ATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTTG--AA---------ACATGTA--AT----ATT---AAT-TTACACT-A-AA--CAC-ATTAAC---TT--TC-A-TAAC-CC-ACCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTTG--AAATT-AA-AATACAAT-------AT------T-GCATTTTACCAAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-TT--AGTCAGTTTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAT---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT----------AGTGTTT-TAACCAA---------CTTG---------------TG-----TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCATAAAGCAAT-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----T-GTA----TGTGT------------AT--A---------T----ATTCCTA-AAAAG--TTGTTA-------TT----TAGTTTCAAT-CAA--CAATAGAA-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTT-CG-AAT-G-AAT-ACTT-GAGGA-ATCTG--TCCA-TGCGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA----C-TTTT-----CAAAAGG--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACTG--AACAC--TGGA----A--GTATTT---C-ATATGAA-A-AACATATAT-G---CAG-GTGT-TGA--AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTTG--AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------T-GCATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-TT--AGTCA--GTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--T-TCA--CTT
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTTC--AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------T-GGAATTTAC-AAATGT-GAT-T-AT-T-CAA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|16 : tacTT-A---T-CA---T--GACAT-A----TTTTTT-T----T-TT--A--TA--A--GTAA--ATTGT----------ATA--GA--AG---ACA------------ATA-GA--A-GTGAA-------ATTAAAGATTTTAA---T--------------T---------------CG-T------C------GTT----GA-----T--AAT-TAGGTGAT---TTCT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-A-TACGatcta
gi|17 : AAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---TTTTT--TT-TAATTAAAAGAACATTTATAC-AAGACATATA--G-TTA-TTGACAGTA-TAAG------T-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCTAAT-G-AAT-A
gi|18 : ATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATATAA----TTTTTGAT--AAT-TG--A--TATTA--GTAA--AATGT----------ATA--CA-GAA---ATATGGTA-------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-T------T---T
gi|19 : AC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-A-AAT-ACTT-AAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AA--T-TTATC-----ATG-ATAATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--TAcattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-CAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTAAAC-AAGA--TATA--GTTTA-TTGACA-TA-T--G------T-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCGAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TTTA-T-TGC-AT--T-TTATC-----TTA-TTAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--TGCAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TG--------------AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTC--------AC--AA---TGG-TGATTTC----ACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TG-----------------------------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAAT-CAA---AATAGAA-------T-TAATAT-A---T-CA---A--AATAT-A----TTTTTGATAAAAA-TGCAA--TG--A--GT-A--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACATGTTACATT---GTA-GA--ATGGCAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATTG-GAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--TTAA--ATA---A-AATATA---ACA---ATTACT-------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-TGAAAA---------AAAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACAATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTCC--AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------T-ACAATTTAC-AAATG--A-----AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AATTTTTTTT--AT-TAAC-----AAACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AAGAAC---TGA--CATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TAC--------AT-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --A--GTAA--A-TGT----------ATA--GA-GA----------TATATG---GTA-GA--A-GGGGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-T------T---TTTT--CTTTGGTAT------------TT-GT-C---TTA-G-TATGATGTAA
gi|24 : T----------ATA--GA-GAA---ACATGGTACAT----ATA-TG--A-GGAAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATGA
gi|25 : AA-TTACAT-TT--TACTG--TTTTTC-------AA---ATTTT--AT-TAAT-------ACA-TCATAA-AAGA--TATA--G-TTA-TTGA--------------------------------------------ATAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTA-TCCAAT-G-AAG-ACTT-AAAGA-ATATG--TCCG-T-TGA-AT--T-TTATC-----ATG-ACAT---AT-TTTT-----
gi|27 : AT-TG--A--TA--A--GTAA--ACTGT----------ATA--GA-AAA---ACATGGTACA-T---GTA-GA--A-GAGAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTTC--AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------T-GCAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAA-TATAA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATATT--TGTCG--TTTTTCCA-----AA---ATTTT-----TA-T-----CTACATT-ATACCAAGACCTATA--G-CTAATTGA-A-TA-----------------------------------------AGATGTTT-GCCAAC-G-TATTACTTTCA-GA-ATCTGA-TTCA-T-TGC-TT--T-TTATC-----AT----AA---GC-TTTTT----CAAACC-----AG----C--ATT-CA-TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--TGACT---T--ATCTTT---C-GACCGAA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GGTT-TGA-CA------------TGA-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---ATTTA-G---G-----TGTTG----TCTTT------------A-------------T----ATTCCT----AGG--T--TTAATTATATT------AATTC-AAT-CAAAACAATAGAA-------T---GTTC-A---TACAT--A--AATAT-A----TTTTTGATAAT-T-TG--AATTA--A--GTAA--A-TGT----------ATA--GAAGAA---ACATGGTA-----------GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-T------T---TTTT----------------------TTTGGTTC---TTAGG-TATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATTA-GGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATT-----GTA--ATTA--AT---TA-AAT-T----ACG---ATTACTTATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTACTTC--CACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACAATT--CTTTGT--TCAATTACC-CC-TCTC
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTcct
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-T------A---TTTT--G---G-TATG---------ATTT-G-TC---CTA-G-TGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AATT-TAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCAT-TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACAATTAT---AAGA--TATA--A-TTA-ATGACA-TATT--G------TAA-AA--GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAG-ATT-ACTT---AAC-ATCTG--TCCA-T-TGC-ATTGT-TTATC------TG-ATAA---GC-TTTT-----TCAACAT--T----TTAC--ATTGCA-TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CTG-CAACAC--TGAA----A--GTCTTT---C-GACTGGGTT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCCT---AA--------GATGCATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG-------A-G---A-----T-TTATGTTTGTGT------------GC--A-AA------TAC--ATTCCTG-AAAAG-----TTAAAAATATTT----C-GTTCCAAT-CAA--CAATAGAAATATAATC-TAGTTT-A---TGCAT--A--AATAT-ATATTTTTTTTAT-AAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGTA---------ATA--G--GAA---ACATGGTACGTTAC-ATA-GAG-A-GGGAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CCA--TTTTTCCCAA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------T-GCAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-TT--TGTCG--TTTTTC-A-----AA---ACTTT--G---GAT-----AA---TTTATAC-AAGA--TATATAG-TT---TGACAGTA-T--AAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTT-TCCAAT-G-AAT-ACTT-AAAAA-CTCTG--TCTA-T-TGC-AT--T-TTAGC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CA-------------------TT-TA-GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAC---A--ATCTTT---G-GACTGGA-T-CAGATAT-T-G---CAG-------------G--TGCTTCCTTGCTTAAGAA---T---TGA--CATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----AAC-AA--AATAAAG---AATTA-T---A-----T-TTG----TGTGC------------AT--A-TA------T----AGTCCTGAAAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TGGTTT-A---TGCA---A--GATAT-AT---TTTTTGAT--AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AACGT----------ATA--GA-GAA---ACATTATACA-T---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATAT------T---TTTTGAG---GATATG---------ATTT-GTT----TTA-G-TGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATTataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-TT--T--CA--TTTTT------------------------------------ATTCACA-----A--TATA--G-TTA-TTGACA-TG-T--G------T-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-AATTTAAA-A-TTCTG--TCCA-T-AGC-AT--T-TTACC-----ATC-ACAA---GC-TTTT-----GAATGGT--CAAG-T--C--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--TGAAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCAAG--AA---T---TGA--CATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTC--------AC-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGT------------AT--ATATACATTAT----ATTCCTG-AAAGG--T--T----AATA-TT----TAGTTCTAAC-CAA--CAATACAA-------T-TAGATT-AAACTACATGTA--AATAT-A----TTTTTGA-AACAT------------G--GTAG--A----------------A--GA-GAA-----ATTAAAGATT---TT----------GAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-T------TTAATTTT--G---TGTATG---------ATTT-G-TC---TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-TC--AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------T-GCAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-TT--T-TGA--ATTTTCAA-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACA--AATAT-AGGA--TATA--G-TTA-ATGACA-TA-T--G------TAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTT-CCCAAT-G-ATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--AT--T-TTAT------ATGAATAA---GCTTTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGTGGAA---AATATATTT---C-GACT-GA-T-CAGATGT-TGG---CAG-GTGTGTGA-CAAGT-TGTTTCC-TGCCTAAGAA---T---TGG--CATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------ACAAAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----T-GTT----TGTGT------------GCA-A-ATA-----T----ATTCCTG-AAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAATACAA--CAATAGAAG------TATAGTTTAA---TGCA---AATAATAT-T----TTTTTTAT-AAAC-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------A
gi|8 : gcA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATT-----ATA-ATAA---GC-TTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA---------------------T---C-GACTGGA-T-CAAATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-AAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---GAAATGC--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATAC--A-TT------TGTATATTCCTG-AAAGG--C--TTAAAA-TATTT-----AGTTCCAAT-CAA--TAATAAAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-ATT--TTTTTGAT--AAT-TG--A--TA--A--GTAA--AATGT----------ATA--GA-GAA---ACTTG----------GTA-GA--A-GGTAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-T------T---TTTT------TGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATaa
gi|9 : TAT-A----TTGT--ATAAAATGTA--A--TA--ATTGTAA--TATGTTAAAACAATTGTA--GA-GAAGAAACATGGT-CGCTTACGTA-GA--A-GGAAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTT-GTCTTAGTTA-G-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATTG-GATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----ACA--A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111 44444444444444444444 11111111 1 11111 1111111 444444444444444 333333333333333333333333 11111111 11 1111111111111111111 7777777777777777777777777777777 11111 1 11111 2222222 111111 1111 11 11111 2222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 111111 66666666666666666666666666666666 1 11111 44444444444 1 2222222 11 11 222 1 1 111111111111111111111 11 11 88888888888888888888888888888888888888 3333333 1 11 1 1 1
lowQualScore : 44 2 66 2 555 0 77 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 3 6 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 77 2222222 555 555555555555555 1 3 99 55 4 4 888 66666666666666666666 22222222 3 3 3 3 7 0 3 88 3 3 3 55 3 99999 55 666 3 22222 88888 0 9999 66 4 4 1 2 66 44 55 55 4 55 0 8888888 777 4 4 4 4 4 666 3 3 44 88 2 777777777777777 55 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 44444444 4 777 4 8888 4 11 0 9999999999999999999 4 9999 3333333333333333333333333333333 4 00000 4 2 0 00000 8 666 1111111 4 3 666 3 444444 3 6666 22 99 44 77 3 44 22222 2 44 6 2 9999999 3 77 3 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 888888 555 222222 666666666 3 666666 4 4 0 88888888888888888888888888888888 0 88888 77777777777 0 2 6666666 33 99 000 3 3 666666666666666666666 6 88 88 7 00000000000000000000000000000000000000 0000000 7 7 2 88 3 7 3 3
lowQualScore : .. . .. . ... . .. . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... ............... . . .. .. . . ... .................... ........ . . . . . . . .. . . . .. . ..... .. ... . ..... ..... . .... .. . . . . .. .. .. .. . .. . ....... ... . . . . . ... . . .. .. . ............... .. . . . .. ........................ . ........ . ... . .... . .. . ................... . .... ............................... . ..... . . . ..... . ... ....... . . ... . ...... . .... .. .. .. .. . .. ..... . .. . . ....... . .. . ....... ............................................................................. .. . ...... ... ...... ......... . ...... . . . ................................ . ..... ........... . . ....... .. .. ... . . ..................... . .. .. . ...................................... ....... . . . .. . . . .
lowQualScore : 22 9 88 9 444 6 33 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 1 2 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 33 1111111 888 999999999999999 3 1 22 55 0 0 888 77777777777777777777 11111111 3 3 3 3 7 7 6 66 6 6 6 00 6 11111 66 444 6 77777 55555 7 7777 11 4 4 9 6 11 11 55 55 0 55 3 7777777 000 0 0 0 0 0 444 6 6 22 66 8 777777777777777 55 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 55555555 0 000 0 5555 0 00 8 5555555555555555555 4 4444 8888888888888888888888888888888 4 33333 6 0 0 22222 9 222 0000000 4 6 444 5 222222 6 4444 55 22 66 33 1 22 77777 9 22 2 1 8888888 1 33 1 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 222222 000 999999 777777777 6 111111 0 0 8 22222222222222222222222222222222 0 55555 55555555555 0 5 0000000 88 77 777 3 3 333333333333333333333 7 33 33 3 77777777777777777777777777777777777777 0000000 3 3 0 33 3 3 3 3
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATATAAATGTAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTTCG-AA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTC-GTAATTTCA-AAATGTTAATGT-AA-TATAGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTGG-A--TTTTTT-ACACTAAA---ATTTTGAATGTAATCAT--AAACTTTT-TAC-AAGA--T-----------TTGA----A-T------------------TAA---------------TAT-GATGT----CCAAT-GGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCAT--TCTTATTTAAAGATT-ATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGTAAGAT--CCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATATAT-T-AGTTCAG-G-GT-TGA-TAAAATTGATTCCTTG-----------------A--CAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCC--------AC-AAAATGTAGATATTGTATAAGAAG-AA--AATAA-G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GGCAT------------ACTGA-AT------A----GTTCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATTCAA--GAATAAAGG------T-TAGTTT-A---TG--------AA-AT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TAT-AGT-AAATAA----TGT-ATACTGA-TAAGGCCGGTACA-T---GTATGAGTA-GGGAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTGG--G---GGTATG---------ATTT-GTCA---ATA-ATTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGTATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAACATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTTG--AA---------ACATGTA--AT----ATT---AAT-TTACACT-A-AA--CAC-ATTAAC---TT--TC-A-TAAC-CC-ACCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTTG--AAATT-AA-AATACAAT-------AT------T-GCATTTTACCAAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-TT--AGTCAGTTTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAT---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT----------AGTGTTT-TAACCAA---------CTTG---------------TG-----TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCATAAAGCAAT-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----T-GTA----TGTGT------------AT--A---------T----ATTCCTA-AAAAG--TTGTTA-------TT----TAGTTTCAAT-CAA--CAATAGAA-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTT-CG-AAT-G-AAT-ACTT-GAGGA-ATCTG--TCCA-TGCGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA----C-TTTT-----CAAAAGG--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACTG--AACAC--TGGA----A--GTATTT---C-ATATGAA-A-AACATATAT-G---CAG-GTGT-TGA--AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTTG--AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------T-GCATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-TT--AGTCA--GTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--T-TCA--CTT
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTTC--AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------T-GGAATTTAC-AAATGT-GAT-T-AT-T-CAA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|16 : tacTT-A---T-CA---T--GACAT-A----TTTTTT-T----TTT--A--TA--AGT-AA--AT----TGT-ATA--GA--AGACA------------ATA-GA--A-GTGAA-------ATTAAAGATTTTAA---T--------------T---------------CG-T------C------GTT----GA-----T--AAT-TAGGTGAT---TTCT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-A-TACGatcta
gi|17 : AAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---TTTTT--TT-TAATTAAAAGAACATTTATAC-AAGACATATA--G-TTA-TTGACAGTA-TAAG------T-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCTAAT-G-AAT-A
gi|18 : ATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATATAA----TTTTTGAT--AATTG--A--TATTAGT-AA--AA----TGT-ATA--CA-GAAATATGGTA-------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-T------T---T
gi|19 : AC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-A-AAT-ACTT-AAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AA--T-TTATC-----ATG-ATAATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--TAcattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-CAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTAAAC-AAGA--TATA--GTTTA-TTGACA-TA-T--G------T-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCGAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TTTA-T-TGC-AT--T-TTATC-----TTA-TTAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--TGCAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TG--------------AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTC--------AC--AA---TGG-TGATTTC----ACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TG-----------------------------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAAT-CAA---AATAGAA-------T-TAATAT-A---T-CA---A--AATAT-A----TTTTTGATAAAAATGCAA--TG--AGT--A--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGTTACATT---GTA-GA--ATGGCAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATTG-GAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--TTAAATA-AAATATAACA-AT-TAC--------T------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-TGAAAA---------AAAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACAATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTCC--AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------T-ACAATTTAC-AAATG--A-----AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AATTTTTTTT--AT-TAAC-----AAACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AAGAAC---TGA--CATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TAC--------AT-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --AGT-AA--A-----TGT-ATA--GA-GA-------TATATG---GTA-GA--A-GGGGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-T------T---TTTT--CTTTGGTAT------------TT-GT-C---TTA-G-TATGATGTAA
gi|24 : T-ATA--GA-GAAACATGGTACAT----ATA-TG--A-GGAAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATGA
gi|25 : AA-TTACAT-TT--TACTG--TTTTTC-------AA---ATTTT--AT-TAAT-------ACA-TCATAA-AAGA--TATA--G-TTA-TTGA--------------------------------------------ATAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTA-TCCAAT-G-AAG-ACTT-AAAGA-ATATG--TCCG-T-TGA-AT--T-TTATC-----ATG-ACAT---AT-TTTT-----
gi|27 : ATTG--A--TA--AGT-AA--AC----TGT-ATA--GA-AAAACATGGTACA-T---GTA-GA--A-GAGAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTTC--AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------T-GCAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAA-TATAA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATATT--TGTCG--TTTTTCCA-----AA---ATTTT-----TA-T-----CTACATT-ATACCAAGACCTATA--G-CTAATTGA-A-TA-----------------------------------------AGATGTTT-GCCAAC-G-TATTACTTTCA-GA-ATCTGA-TTCA-T-TGC-TT--T-TTATC-----AT----AA---GC-TTTTT----CAAACC-----AG----C--ATT-CA-TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--TGACT---T--ATCTTT---C-GACCGAA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GGTT-TGA-CA------------TGA-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---ATTTA-G---G-----TGTTG----TCTTT------------A-------------T----ATTCCT----AGG--T--TTAATTATATT------AATTC-AAT-CAAAACAATAGAA-------T---GTTC-A---TACAT--A--AATAT-A----TTTTTGAT-AATTTG--AATTA--AGT-AA--A-----TGT-ATA--GAAGAAACATGGTA-----------GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-T------T---TTTT----------------------TTTGGTTC---TTAGG-TATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATTA-GGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATT-----GTA--ATTAAT-TAAAT-T-ACG-AT-TACT-------TATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTACTTC--CACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACAATT--CTTTGT--TCAATTACC-CC-TCTC
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTcct
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-T------A---TTTT--G---G-TATG---------ATTT-G-TC---CTA-G-TGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AATT-TAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCAT-TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACAATTAT---AAGA--TATA--A-TTA-ATGACA-TATT--G------TAA-AA--GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAG-ATT-ACTT---AAC-ATCTG--TCCA-T-TGC-ATTGT-TTATC------TG-ATAA---GC-TTTT-----TCAACAT--T----TTAC--ATTGCA-TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CTG-CAACAC--TGAA----A--GTCTTT---C-GACTGGGTT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCCT---AA--------GATGCATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG-------A-G---A-----T-TTATGTTTGTGT------------GC--A-AA------TAC--ATTCCTG-AAAAG-----TTAAAAATATTT----C-GTTCCAAT-CAA--CAATAGAAATATAATC-TAGTTT-A---TGCAT--A--AATAT-ATATTTTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGTAATA--G--GAAACATGGTACGTTAC-ATA-GAG-A-GGGAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CCA--TTTTTCCCAA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------T-GCAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-TT--TGTCG--TTTTTC-A-----AA---ACTTT--G---GAT-----AA---TTTATAC-AAGA--TATATAG-TT---TGACAGTA-T--AAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTT-TCCAAT-G-AAT-ACTT-AAAAA-CTCTG--TCTA-T-TGC-AT--T-TTAGC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CA-------------------TT-TA-GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAC---A--ATCTTT---G-GACTGGA-T-CAGATAT-T-G---CAG-------------G--TGCTTCCTTGCTTAAGAA---T---TGA--CATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----AAC-AA--AATAAAG---AATTA-T---A-----T-TTG----TGTGC------------AT--A-TA------T----AGTCCTGAAAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TGGTTT-A---TGCA---A--GATAT-AT---TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----CGT-ATA--GA-GAAACATTATACA-T---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATAT------T---TTTTGAG---GATATG---------ATTT-GTT----TTA-G-TGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATTataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-TT--T--CA--TTTTT------------------------------------ATTCACA-----A--TATA--G-TTA-TTGACA-TG-T--G------T-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-AATTTAAA-A-TTCTG--TCCA-T-AGC-AT--T-TTACC-----ATC-ACAA---GC-TTTT-----GAATGGT--CAAG-T--C--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--TGAAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCAAG--AA---T---TGA--CATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTC--------AC-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGT------------AT--ATATACATTAT----ATTCCTG-AAAGG--T--T----AATA-TT----TAGTTCTAAC-CAA--CAATACAA-------T-TAGATT-AAACTACATGTA--AATAT-A----TTTTTGAA-ACAT-----------GGT-AG--A-----------A--GA-GAA--ATTAAAGATT---TT----------GAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-T------TTAATTTT--G---TGTATG---------ATTT-G-TC---TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-TC--AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------T-GCAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-TT--T-TGA--ATTTTCAA-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACA--AATAT-AGGA--TATA--G-TTA-ATGACA-TA-T--G------TAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTT-CCCAAT-G-ATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--AT--T-TTAT------ATGAATAA---GCTTTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGTGGAA---AATATATTT---C-GACT-GA-T-CAGATGT-TGG---CAG-GTGTGTGA-CAAGT-TGTTTCC-TGCCTAAGAA---T---TGG--CATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------ACAAAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----T-GTT----TGTGT------------GCA-A-ATA-----T----ATTCCTG-AAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAATACAA--CAATAGAAG------TATAGTTTAA---TGCA---AATAATAT-T----TTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-A
gi|8 : gcA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATT-----ATA-ATAA---GC-TTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA---------------------T---C-GACTGGA-T-CAAATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-AAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---GAAATGC--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATAC--A-TT------TGTATATTCCTG-AAAGG--C--TTAAAA-TATTT-----AGTTCCAAT-CAA--TAATAAAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-ATT--TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACTTG----------GTA-GA--A-GGTAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-T------T---TTTT------TGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATaa
gi|9 : TT-G---TATA---A--AATGT-A----------AT-AA-TTGTAA--TA--TGTTAA--AACAATTGT-AGA--GAAGAAACATGGT-CGCTTACGTA-GA--A-GGAAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTT-GTCTTAGTTA-G-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATTG-GATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----ACA--A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 111111111111111 44444444444444444444 11111111 1 11111 1111111 444444444444444 333333333333333333333333 11111111 11 1111111111111111111 7777777777777777777777777777777 11111 1 11111 2222222 111111 1111 11 11111 2222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 111111 66666666666666666666666666666666 1 11111 44444444444 1 2222222 11 11 111 1 1 111111111111111111111 11 11 88888888888888888888888888888888888888 3333333 1 11 1 1 1
lowQualScore : 44 2 66 2 555 0 77 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 3 6 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 77 2222222 555 555555555555555 1 3 99 55 4 4 888 66666666666666666666 22222222 3 3 3 3 7 0 3 88 3 3 3 55 3 99999 55 666 3 22222 88888 0 9999 66 4 4 1 2 66 44 55 55 4 55 0 8888888 777 4 4 4 4 4 666 3 3 44 88 2 777777777777777 55 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 44444444 4 777 4 8888 4 11 0 9999999999999999999 4 9999 3333333333333333333333333333333 4 00000 4 2 0 00000 8 666 1111111 4 3 666 3 444444 3 6666 22 99 44 77 3 44 22222 2 44 6 2 9999999 3 77 3 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 888888 555 222222 666666666 3 666666 4 4 0 88888888888888888888888888888888 0 88888 77777777777 0 2 6666666 33 99 000 3 3 666666666666666666666 6 88 88 7 00000000000000000000000000000000000000 0000000 7 7 2 88 3 7 3 3
lowQualScore : .. . .. . ... . .. . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... ............... . . .. .. . . ... .................... ........ . . . . . . . .. . . . .. . ..... .. ... . ..... ..... . .... .. . . . . .. .. .. .. . .. . ....... ... . . . . . ... . . .. .. . ............... .. . . . .. ........................ . ........ . ... . .... . .. . ................... . .... ............................... . ..... . . . ..... . ... ....... . . ... . ...... . .... .. .. .. .. . .. ..... . .. . . ....... . .. . ....... ............................................................................. .. . ...... ... ...... ......... . ...... . . . ................................ . ..... ........... . . ....... .. .. ... . . ..................... . .. .. . ...................................... ....... . . . .. . . . .
lowQualScore : 22 9 88 9 444 6 33 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 1 2 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 33 1111111 888 999999999999999 3 1 22 55 0 0 888 77777777777777777777 11111111 3 3 3 3 7 7 6 66 6 6 6 00 6 11111 66 444 6 77777 55555 7 7777 11 4 4 9 6 11 11 55 55 0 55 3 7777777 000 0 0 0 0 0 444 6 6 22 66 8 777777777777777 55 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 55555555 0 000 0 5555 0 00 8 5555555555555555555 4 4444 8888888888888888888888888888888 4 33333 6 0 0 22222 9 222 0000000 4 6 444 5 222222 6 4444 55 22 66 33 1 22 77777 9 22 2 1 8888888 1 33 1 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 222222 000 999999 777777777 6 111111 0 0 8 22222222222222222222222222222222 0 55555 55555555555 0 5 0000000 88 33 777 3 3 333333333333333333333 7 33 33 3 77777777777777777777777777777777777777 0000000 3 3 0 33 3 3 3 3
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTTCG-AA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTC-GTAATTTCA-AAATGTTAATGT-AA-TATAGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTGG-A--TTTTTT-ACACTAAA---ATTTTGAATGTAATCAT--AAACTTTT-TAC-AAGA--T-----------TTGA----A-T------------------TAA---------------TAT-GATGT----CCAAT-GGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCAT--TCTTATTTAAAGATT-ATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGTAAGAT--CCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCTG-CAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATATAT-T-AGTTCAG-G-GT-TGA-TAAAATTGATTCCTTG-----------------A--CAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCC--------AC-AAAATGTAGATATTGTATAAGAAG-AA--AATAA-G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GGCAT------------ACTGA-AT------A----GTTCCTG-AAAAGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATTCAA--GAATAAAGG------T-TAGTTT-A---TG--------AA-AT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TAT-AGT-AAATAA----TGT-ATACTGA-TAAGGCCGGTACA-T---GTATGAGTA-GGGAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTGG--G---GGTATG---------ATTT-GTCA---ATA-ATTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGTATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAACATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTTG--AA---------ACATGTA--AT----ATT---AAT-TTACACT-A-AA--CAC-ATTAAC---TT--TC-A-TAAC-CC-ACCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTTG--AAATT-AA-AATACAAT-------AT------T-GCATTTTACCAAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-TT--AGTCAGTTTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAT---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT----------AGTGTTT-TAACCAA---------CTTG---------------TG-----TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCATAAAGCAAT-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----T-GTA----TGTGT------------AT--A---------T----ATTCCTA-AAAAG--TTGTTA-------TT----TAGTTTCAAT-CAA--CAATAGAA-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTT-CG-AAT-G-AAT-ACTT-GAGGA-ATCTG--TCCA-TGCGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA----C-TTTT-----CAAAAGG--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACTG--AACAC--TGGA----A--GTATTT---C-ATATGAA-A-AACATATAT-G---CAG-GTGT-TGA--AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTTG--AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------T-GCATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-TT--AGTCA--GTTTTT-A-----AA---ATTTT--AT-TGAC-----AAACATTTATAC-AAGA--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--T-TCA--CTT
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTTC--AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------T-GGAATTTAC-AAATGT-GAT-T-AT-T-CAA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|16 : tacTT-A---T-CA---T--GACAT-A----TTTTTT-T----TTT--A--TA--AGT-AA--AT----TGT-ATA--GA--AGACA------------ATA-GA--A-GTGAA-------ATTAAAGATTTTAA---T--------------T---------------CG-T------C------GTT----GA-----T--AAT-TAGGTGAT---TTCT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-A-TACGatcta
gi|17 : AAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---TTTTT--TT-TAATTAAAAGAACATTTATAC-AAGACATATA--G-TTA-TTGACAGTA-TAAG------T-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCTAAT-G-AAT-A
gi|18 : ATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATATAA----TTTTTGAT--AATTG--A--TATTAGT-AA--AA----TGT-ATA--CA-GAAATATGGTA-------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-T------T---T
gi|19 : AC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-A-AAT-ACTT-AAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AA--T-TTATC-----ATG-ATAATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--TAcattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-CAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTAAAC-AAGA--TATA--GTTTA-TTGACA-TA-T--G------T-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCGAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TTTA-T-TGC-AT--T-TTATC-----TTA-TTAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCTG-CAACAC--TGCAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TG--------------AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTC--------AC--AA---TGG-TGATTTC----ACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TG-----------------------------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAAT-CAA---AATAGAA-------T-TAATAT-A---T-CA---A--AATAT-A----TTTTTGATAAAAATGCAA--TG--AGT--A--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGTTACATT---GTA-GA--ATGGCAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATTG-GAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--TTAAATA-AAATATAACA-AT-TAC--------T------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-TGAAAA---------AAAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACAATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTCC--AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------T-ACAATTTAC-AAATG--A-----AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AATTTTTTTT--AT-TAAC-----AAACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AAGAAC---TGA--CATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TAC--------AT-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --AGT-AA--A-----TGT-ATA--GA-GA-------TATATG---GTA-GA--A-GGGGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-T------T---TTTT--CTTTGGTAT------------TT-GT-C---TTA-G-TATGATGTAA
gi|24 : T-ATA--GA-GAAACATGGTACAT----ATA-TG--A-GGAAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATGA
gi|25 : AA-TTACAT-TT--TACTG--TTTTTC-------AA---ATTTT--AT-TAAT-------ACA-TCATAA-AAGA--TATA--G-TTA-TTGA--------------------------------------------ATAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTA-TCCAAT-G-AAG-ACTT-AAAGA-ATATG--TCCG-T-TGA-AT--T-TTATC-----ATG-ACAT---AT-TTTT-----
gi|27 : ATTG--A--TA--AGT-AA--AC----TGT-ATA--GA-AAAACATGGTACA-T---GTA-GA--A-GAGAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTTC--AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------T-GCAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAA-TATAA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATATT--TGTCG--TTTTTCCA-----AA---ATTTT-----TA-T-----CTACATT-ATACCAAGACCTATA--G-CTAATTGA-A-TA-----------------------------------------AGATGTTT-GCCAAC-G-TATTACTTTCA-GA-ATCTGA-TTCA-T-TGC-TT--T-TTATC-----AT----AA---GC-TTTTT----CAAACC-----AG----C--ATT-CA-TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--TGACT---T--ATCTTT---C-GACCGAA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GGTT-TGA-CA------------TGA-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---ATTTA-G---G-----TGTTG----TCTTT------------A-------------T----ATTCCT----AGG--T--TTAATTATATT------AATTC-AAT-CAAAACAATAGAA-------T---GTTC-A---TACAT--A--AATAT-A----TTTTTGAT-AATTTG--AATTA--AGT-AA--A-----TGT-ATA--GAAGAAACATGGTA-----------GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-T------T---TTTT----------------------TTTGGTTC---TTAGG-TATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATTA-GGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATT-----GTA--ATTAAT-TAAAT-T-ACG-AT-TACT-------TATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTACTTC--CACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACAATT--CTTTGT--TCAATTACC-CC-TCTC
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTcct
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-T------A---TTTT--G---G-TATG---------ATTT-G-TC---CTA-G-TGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AATT-TAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCAT-TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACAATTAT---AAGA--TATA--A-TTA-ATGACA-TATT--G------TAA-AA--GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAG-ATT-ACTT---AAC-ATCTG--TCCA-T-TGC-ATTGT-TTATC------TG-ATAA---GC-TTTT-----TCAACAT--T----TTAC--ATTGCA-TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CTG-CAACAC--TGAA----A--GTCTTT---C-GACTGGGTT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCCT---AA--------GATGCATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG-------A-G---A-----T-TTATGTTTGTGT------------GC--A-AA------TAC--ATTCCTG-AAAAG-----TTAAAAATATTT----C-GTTCCAAT-CAA--CAATAGAAATATAATC-TAGTTT-A---TGCAT--A--AATAT-ATATTTTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGTAATA--G--GAAACATGGTACGTTAC-ATA-GAG-A-GGGAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CCA--TTTTTCCCAA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------T-GCAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-TT--TGTCG--TTTTTC-A-----AA---ACTTT--G---GAT-----AA---TTTATAC-AAGA--TATATAG-TT---TGACAGTA-T--AAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTT-TCCAAT-G-AAT-ACTT-AAAAA-CTCTG--TCTA-T-TGC-AT--T-TTAGC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CA-------------------TT-TA-GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAC---A--ATCTTT---G-GACTGGA-T-CAGATAT-T-G---CAG-------------G--TGCTTCCTTGCTTAAGAA---T---TGA--CATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----AAC-AA--AATAAAG---AATTA-T---A-----T-TTG----TGTGC------------AT--A-TA------T----AGTCCTGAAAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGCTGCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TGGTTT-A---TGCA---A--GATAT-AT---TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----CGT-ATA--GA-GAAACATTATACA-T---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATAT------T---TTTTGAG---GATATG---------ATTT-GTT----TTA-G-TGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATTataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-TT--T--CA--TTTTT------------------------------------ATTCACA-----A--TATA--G-TTA-TTGACA-TG-T--G------T-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-AATTTAAA-A-TTCTG--TCCA-T-AGC-AT--T-TTACC-----ATC-ACAA---GC-TTTT-----GAATGGT--CAAG-T--C--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCTG-CATCAC--TGAAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCAAG--AA---T---TGA--CATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTC--------AC-AAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGT------------AT--ATATACATTAT----ATTCCTG-AAAGG--T--T----AATA-TT----TAGTTCTAAC-CAA--CAATACAA-------T-TAGATT-AAACTACATGTA--AATAT-A----TTTTTGAA-ACAT-----------GGT-AG--A-----------A--GA-GAA--ATTAAAGATT---TT----------GAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-T------TTAATTTT--G---TGTATG---------ATTT-G-TC---TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-TC--AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------T-GCAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-TT--T-TGA--ATTTTCAA-----AA---ATTTT--AT-TTAG-----AAACA--AATAT-AGGA--TATA--G-TTA-ATGACA-TA-T--G------TAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTT-CCCAAT-G-ATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--AT--T-TTAT------ATGAATAA---GCTTTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-C-ACACCGTGGAA---AATATATTT---C-GACT-GA-T-CAGATGT-TGG---CAG-GTGTGTGA-CAAGT-TGTTTCC-TGCCTAAGAA---T---TGG--CATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCC--------ACAAAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----T-GTT----TGTGT------------GCA-A-ATA-----T----ATTCCTG-AAAGG--T--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAATACAA--CAATAGAAG------TATAGTTTAA---TGCA---AATAATAT-T----TTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-A
gi|8 : gcA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATT-----ATA-ATAA---GC-TTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAA---------------------T---C-GACTGGA-T-CAAATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-AAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---GAAATGC--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATAC--A-TT------TGTATATTCCTG-AAAGG--C--TTAAAA-TATTT-----AGTTCCAAT-CAA--TAATAAAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-ATT--TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACTTG----------GTA-GA--A-GGTAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-T------T---TTTT------TGTATG---------ATTT-G-TC---TTA-G-TATaa
gi|9 : TT-G---TATA---A--AATGT-A----------AT-AA-TTGTAA--TA--TGTTAA--AACAATTGT-AGA--GAAGAAACATGGT-CGCTTACGTA-GA--A-GGAAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTT-GTCTTAGTTA-G-TATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATTG-GATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----ACA--A
blockSeqs : . T AA T . CC A A . TTCAAT . G C . . C T A . C . CC AA T . A A . A . G GT CA TTT TTTAATTAAAAG T C CA TA T A CAG TAAGTGCATGAAC ACAAGTAC C A . T T . A . G . TG . . GA TTG T T AGG TTA . G . C G CA CA . . A CG AAAT . . T . A G . T G CC T C CTTAAGAAT TG A A A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . ATAAAGCA A . . . A AC GATGTACA G TGTT CCGTGTGCATATACATTTGTAT A TTG A A T T A AAC ATATAAT A A AAC G TGTA A TATT AA CA AT TT T . ACAAT A . A G CGCTTAC . G T TTTTAAG TAAAGATTTTAATTCGTCGTTGA TT A AGGTGA TAA CTTT ATTATATAA G TCTTAG G . TGGACAGAGTAATTGAAAA . T . C G TT . A ATA . . TTATAAACCCCCCC G . AA T AAAAAAAAATATGATAAAAATTGCCAATA CACAATT A A C TA A T A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G T AA . ATTGACA T . CC . . . CAG TAAGTACACTG . . . . . T . . . . . . . . G . . . GGT T . . . T G . T . . . . TA . . . . . . . . . C . C CCTAAGAAT . . T . . . . . . . . . . AT ATTTAGG . . ATATATACATTAT . T A A T T . C G . . . A AAT . TT A TA . . . . T . . A T CGTTAC . . . . ATAAGATTTTAATTGTTCATTGA . . . . GAG A . TTC . . GAGAGTAAACTTGGCTA . T . . G T . T T . . T . . . . CACATACCTTCGAAAATACGTAATTAA CAAT A . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . A . ATTGACA T . . . . . CA TTGTAAAAG . . . . . T . . . . . . . . G . . . CGT T . . . C T . C . . . . AA . . . . . . . . . C . C CAAGAAC . . A . . . . . . . . . . . AATTATA . . GCAAATAC . T A A T C . C . . . . G TA . T A . . . . . A . . . G CATT . . . . TCTGGTTTTATTTCTTCATTG . . . . GG . . TTC . . AAGAA . T . . G T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . A . ATTAATA T . . . . . CA TGTCTAAG . . . . . T . . . . . . . . A . . . CAT T . . . A C . G . . . . TT . . . . . . . . . C . C CAAGAAT . . A . . . . . . . . . . . ATTAAGA . . GCAAATAT . T A A T T . C . . . . G TA . . A . . . . . A . . . G TATG . . . . TTAAGAATTTATTCTTCATTG . . . . GG . . TC . . GAGA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . A . ATTAACA T . . . . . CA TGTATAAG . . . . . . . . . . . . . . G . . . GGT T . . . C G . C . . . . CA . . . . . . . . . C . C CAAGAAA . . A . . . . . . . . . . . AATA . . ATATAT . T A A . T . C . . . . A T . . A . . . . . C . . . G GATT . . . . CAAGATTTTATTCTTCATGGA . . . . TT . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . A . ATTTAGA T . . . . . CA TGTAAAAG . . . . . . . . . . . . . . G . . . CAT T . . . A C . C . . . . AA . . . . . . . . . C . T CCTAA . . A . . . . . . . . . . . AAGA . . ATAT . T . A . T . C . . . . G A . . A . . . . . A . . . G CAT . . . . TTCAATTATTCATTGA . . . . G . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . A . ATTTAGA A . . . . . CA TGTA . . . . . . . . . . . . . . G . . . CAT . . . . T C . C . . . . A . . . . . . . . . C . C AAAT . . C . . . . . . . . . . . AAAA . . AT . C . . . . . T . . . . G A . . . . . . . . A . . . A CAT . . . . TTAATTCTTCATGGA . . . . G . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . A . ATTAAT T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . CC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . AAT . . A . . . . . . . . . . . AAGA . . T . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . A . . . A CAT . . . . TTGATTTTATTCTC . . . . G . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . GGATA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . A . . . . . . . . A . . . G . . . . . TCAAGATGAA . . . . G . . TC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTCATTAGA . . . . . . . TC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTCATTGAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTTTTTA . . . .
blockSeqs : . . . . . TTCATTG . . . .
blockSeqCons : ** ** *** ** ****** ** ** A****** ATTNACA******** CA* TGTAAAG************* ** ***** ***** CGT** T*** ** ** ** NA***** *** *** ** CTAAGAAT******* ** *** **** AAGA*************** T**** T**** ******* A***** ** ** ** CAT**** ** TC**** GAGAA***************************
originalCons : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT--AT-TAAT-----AAACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGC-----AA---T---TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACATT---GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTTC---TTA-G-TATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
finalCons : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTCA------AA---ATTTTATTNACA--------AACATTTATAC-AAGA--TATA--G-TTA-TTGACA-TATGTAAAG-------------TAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAGT---C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCTG-CAACAC--TGAANA-----GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCTAAGAAT-------TGA--CATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCC--------AC-AAA---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAGAAGA---------------T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTG-AAAGGT----TTAAAAATATTTT----AGTTCCAAT-CAA--CAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCAA-----AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--GA-GAAACATGGTACAT----GTA-GA--A-GGGAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTT-GTC----TTA-G-TATGATGTAAATTGGAGAA---------------------------GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1111 44444444444444444444 11111111 1 11111 1111111 222222 333333333333333333333333 11111111 11 1111111111111111111 7777777777777777777777777777777 11111 1 11111 2222222 111111 1111 11 22222222222 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 1111 66666666666666666666666666666666 1 11111 44444444444 1 2222222 11 11 111 1 1 111111111111111111111 11 11 88888888888888888888888888888888888888 3333333 1 11 1 1 1
lowQualScore : 44 2 66 2 555 0 77 3 3 3 999999 999999 3 3 3 3 3 3 6 3 6 44 44 44 3 3 3 5 2 3 44 2 77 2222222 555 5555 7777 1 1 3 1 5 3 99 55 666 888 66666666666666666666 22222222 3 3 3 3 7 0 3 88 3 3 3 55 3 99999 55 666 3 22222 88888 0 9999 66 4 4 1 2 66 44 55 55 4 55 0 8888888 777 4 4 4 4 4 666 3 3 44 999 5 999999 33 4 4 2 4 55 888888888888888888888888 4 4 44444444 777 4 8888 4 11 0 9999999999999999999 4 9999 3333333333333333333333333333333 4 00000 66 0 4 33333 3 8 66 0 1111111 4 3 666 3 444444 3 6666 22 99 44 77 3 44 88888 2 44 3 3 88888888888 3 77 3 6666 0000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 888888 555 222222 666666666 88 2222 4 0 88888888888888888888888888888888 0 88888 77777777777 0 2 6666666 33 99 000 3 3 666666666666666666666 6 88 88 7 00000000000000000000000000000000000000 0000000 7 7 2 88 3 7 3 3
lowQualScore : .. . .. . ... . .. . . . ...... ...... . . . . . . . . . .. .. .. . . . . . . .. . .. ....... ... .... .... . . . . . . .. .. ... ... .................... ........ . . . . . . . .. . . . .. . ..... .. ... . ..... ..... . .... .. . . . . .. .. .. .. . .. . ....... ... . . . . . ... . . .. ... . ...... .. . . . . .. ........................ . . ........ ... . .... . .. . ................... . .... ............................... . ..... .. . . ..... . . .. . ....... . . ... . ...... . .... .. .. .. .. . .. ..... . .. . . ........... . .. . .... ....... ............................................................................. .. . ...... ... ...... ......... .. .... . . ................................ . ..... ........... . . ....... .. .. ... . . ..................... . .. .. . ...................................... ....... . . . .. . . . .
lowQualScore : 22 9 88 9 444 6 33 1 3 3 666666 666666 3 3 1 1 1 1 2 1 2 22 22 22 3 3 3 2 9 1 22 8 33 1111111 888 0000 1111 0 6 3 2 3 1 22 55 333 888 77777777777777777777 11111111 3 3 3 3 7 7 6 66 6 6 6 00 6 11111 66 444 6 77777 55555 7 7777 11 4 4 9 6 11 11 55 55 0 55 3 7777777 000 0 0 0 0 0 444 6 6 22 222 1 555555 00 7 0 4 0 55 555555555555555555555555 0 0 55555555 000 0 5555 0 00 8 5555555555555555555 4 4444 8888888888888888888888888888888 4 33333 33 3 6 00000 7 9 11 1 0000000 4 6 444 5 222222 6 4444 55 22 66 33 1 22 99999 9 22 1 1 55555555555 1 33 1 5555 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 222222 000 999999 777777777 66 7777 0 8 22222222222222222222222222222222 0 55555 55555555555 0 5 0000000 88 33 777 3 3 333333333333333333333 7 33 33 3 77777777777777777777777777777777777777 0000000 3 3 0 33 3 3 3 3
consensus : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT----AT----TNACA-AACATTTATAC-AAGA--TATA--GTT-A-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCT-GCAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTG-C--AAGAATTGACATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTGAAA-GG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-C--AACAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--G-A-GAAACATGGT-AC---A-CGTA-GA--A-GG----GAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG--TC----TTA-GTATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
Reference ( family-1199 ) : GGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT----AT----TNACA-AACATTTATAC-AAGA--TATA--GTT-A-TTGACA-TA-T--G------T-A-AA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGNGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCT-GCAACAC--TGAAN---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTG-CT-AAGAATTGACATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGT------------AC--A-AT------T----ATTCCTGAAA-GG--T--TTAAAAATATTT----TAGTTCCAAT-C--AACAATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--G-A-GAAACATGGT-AC---A-TGTA-GA--A-GG----GAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG--TC----TTA-GTATGATGTAAATTG--------------GAGA------------A-GTAATTG-GAAA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--ATTAATACAAATATAACG-AT-TAC--------TATA---------CCCCAATTGAAAAA--AACTTTC--AATTACTTG--AA---------AAAAATACGAT---AATTG--AATATTACACTCA-AA-TTACAATTAACCTTTT--TC-ATTACC-CC-TCCCTAA
gi|1 : TGGGGT--ATTACTAACAAAAGAGTAAGAAATTAAA-TTAT-CAAT--AGTGTGGGGCAAAATTCTTCG-AA-TT-AAGATTACAAT------TACAGTACTC-GTAATTTCA-AAATGTTAATGT-AA-TATAGGATGTGGAG--AA--T-GCTTTG-ATACATGT-AAATA-TTAA-TTACAAAATTACAT-TTATTGG-A--TTTTTT-ACACTAAA---ATTTTGA--ATGTAATCATA-AACTTTT-TAC-AAGA--T-----------TTGA----A-T------------------TAA---------------TAT-GATGT----CCAAT-GGAAT--CTGTAAAGGGATTTGGTTCCAGT-TGCCAT--TCTTATTTAAAGATT-ATTA---AC-TATTAACAATAAAAGTAGTAAGAT--CCAATT-CAAGACTA-AGGGGTC--AGACA-GGGTGTTGAGGATCTTCTACCT-GCAACAT--CGGGGGGGA--GTCTTTGTTCAGATCTAA-TGCATATAT-T-AGTTCAG-G-GT-TGA-TAAAATTGATTCCTTG------------ACAT--ATCGGGGAAT-TTGATTTGGCAAT-A------------------------TTATCCAC-AA--------AATGTAGATATTGTATAAGAAG-AA--AATAA-G---A---A-G---AGAATGT-TTA----GGCAT------------ACTGA-AT------A----GTTCCTGAAA-AGGAT--TTAAAATTATTTAAAATGGTATCAATTC--AAGAATAAAGG------T-TAGTTT-A---TG--------AA-AT-A----TTTTTGAT-AAATTG--A--TAT-AGT-AAATAA----TGT-ATACTG-A-TAAGGCCGGT-AC---A-TGTATGAGTA-GG----GAA-------AT---------------T--------------TAAGATTTGATTCTTCCA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTGG--G---GGTATG---------ATTTG--TCAA--TAA-TTAT-ATGTAAA-TG--------------GAGA------------GCGTAATTGAGAAAAAGTAATATTGAATAACCTGG-TTAGTTT-TAA-TGCTTGGTATTATTATTACAATTACAATGTATATATGGGAAAAACATA---------CTCCAATTGACAAATTACCTTTC--AATTACTTG--AA---------ACATGTA--AT----ATT---AAT-TTACACT-A-AA--CAC-ATTAAC---TT--TC-A-TAAC-CC-ACCCTAA
gi|10 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-T-A--CAGTTTAATTTG---CCGTATTCTTG--AAATT-AA-AATACAAT-------AT------T-GCATTTTACCAAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AAAAGAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTTAAA------A-TTACAT-TT--AGTCAGTTTTTTT-A-----AA---ATTTT----AT----TGACA-AACATTTATAC-AAGA--CAttaat
gi|11 : -GGGCGT--AGAATCTTT--CCT-GCAACAC--TGAAT---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGAT----------AGTGTTT-TAACCAA---------CTTG----------TG---TA-AAAGGG--TTATTTATTTTAG--AGA------------------------TA-GCCAT-AAAGCAATAAA---TAG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAA-----A---A-T---A-----T-GTA----TGTGT------------AT--A---------T----ATTCCTAAAA-AG--TTGTTA-------TT----TAGTTTCAAT-C--AACAATAGAA-------
gi|12 : -AA--GTAAATGAAGT--------TGTAAAAGTTT-CG-AAT-G-AAT-ACTT-GAGGA-ATCTG--TCCA-TGCGC-AT--T-TTATC-----ATG-ATAA----C-TTTT-----CAAAAGG--TAAG-T--C--ATT-CA-TCCTGCAGGGGTCCAAGGTT-GGGTGT--ATAATC-TT--ACT-G-AACAC--TGGA----A--GTATTT---C-ATATGAA-A-AACATATAT-G---CAG-GTGT-TGA--AAG--TACTTCTT
gi|13 : GGGTGGGGCCAATTACATACAAAAG--CAGCTAA----A-TTA--CAGTT-AATTTG---CCGTATTCTTG--AA-TT-AA-AATACAAT------TAT------T-GCATTTTAC-AAATAT-AAT-T-AA-C-TAA-AT-T--AC--AA--GAACTTTG-ATAAA-GT-AAGCAGTT-------AAA-TTACAT-TT--AGTCA--GTTTTT-A-----AA---ATTTT----AT----TGACA-AACATTTATAC-AAGA--CA
gi|14 : gGATGGAGTCAATTACATAAAAAAG--CAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-GA-ATTACAATTTCAATTAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-TC-AATTAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--T-TCA--CTT
gi|15 : AA-TTA--CATGT-ACTTTG---GTAAATTCTTC--AA-TA-AA-ATTACAAT------TAT------T-GGAATTTAC-AAATGT-GAT-T-AT-T-CAA-AT-T--AC--AA--ATACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATT---TTAAAAA-TTACA
gi|16 : tacTT-A---T-CA---T--GACAT-A----TTTTTT-T----TTT--A--TA--AGT-AA--AT----TGT-ATA--G-A--AGACA-------------ATA-GA--A-GT----GAA-------ATTAAAGATTTTAA---T--------------T---------------CG-T------C------GTT----GA-----T--AAT-TAGGTGAT---TTCT--G---GGTATG---------ATTTG--TC----TTA-ATACGatcta
gi|17 : AAA-TTACAT-TT--TGTCA--TTTTTC-A-----AA---TTTTTTTTAAT----TAAAAGAACATTTATAC-AAGACATATA--GTT-A-TTGACAGTA-TAAG------T-A-CACTGTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCTAAT-G-AAT-A
gi|18 : ATAGAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATATAA----TTTTTGAT--AATTG--A--TATTAGT-AA--AA----TGT-ATA--C-A-GAAATATGGT-A-----------------------GAA-------AT---------------T--------------T---------------T--T------T------T------TA-----A--GAT-T------T---T
gi|19 : AC-AAGA--TATA--GTT-A-TTGACA-TA-T--G------T-A------TAAAAGAGGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-A-AAT-ACTT-AAAGA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AA--T-TTATC-----ATG-ATAATTGGC-TTTT-----CAAAGGT--TAcattcttcattgaagattttatttata
gi|2 : GGATGGGGTCAATTACATACGAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAACTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-CAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTG-ATAGA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TGACAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AA---ATTTT----AT----TAATA-AACATTTAAAC-AAGA--TATA--GTTTA-TTGACA-TA-T--G------T-CTAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCGAAT-G-AAT-ACTTTAAAGA-ATCTG--TTTA-T-TGC-AT--T-TTATC-----TTA-TTAA---GC-TTTT-----CAAACGT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGGGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATTTTT--CCT-GCAACAC--TGCAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TG---------------AATTGACATG-ATAGGGAATT-TTGGTTCTGC--TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTCAC--A--------A---TGG-TGATTTC----ACCAAA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TG-----------------------------T----ATTCCTGAAA-GG--T--TTAAAAATATTT----TAGTCCCAAT-C--AA-AATAGAA-------T-TAATAT-A---T-CA---A--AATAT-A----TTTTTGATAAAAATGCAA--TG--AGT--A--AA----TGT-ATA--G-A-GAAACATGTT-AC---ATTGTA-GA--ATGG----CAA-------AT---------------T--------------T---------------CA-T------T------A------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATGA--------ATTTGT-TC----TTA-GTATGATGTAAATTG--------------AAGA------------A-GTAATTG-GAAT---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----GTA--TTAAATA-AAATATAACA-AT-TAC--------T------------TCTTAATTGAAAAA--AACCTTC--AATTAC-TGAAAA---------AAAAATATGATAAAAATTGCCAATATTACCCTCACAATTTACAATTAACCTTTTTATC-ATTACCACCATCCCTAA
gi|20 : GGATGGGGCCAGTTACATACATAAG--TAATTAATTAAA-TTG--CAATT-ACTTTG----CACATTCTCC--AA-TT-AA-ATTATAAT------TAC------T-ACAATTTAC-AAATG--A-----AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TT
gi|21 : -AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACTTTA-ATAAA-TT-AATTAATTAAATTACAAA-TTATAT-TT--TGTTA--TTTTTC-A-----AATTTTTTTT----AT----TAACA-AACATTTATAC-AA
gi|22 : ---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTG-C--AAGAACTGACATG-ATAGGGTATT-TTGATTCTGC--CGA------------------------TT-TACAT-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-A---A-----
gi|23 : --AGT-AA--A-----TGT-ATA--G-A-GATATATGGT-A-----------GA--A-GG----GGA-------AT---------------TCTGGTTTTATTTCTT---------------CA-T------T------G-------------A--TAT-T------T---TTTT--CTTTGGTAT------------TTG--TC----TTA-GTATGATGTAA
gi|24 : T-ATA--G-A-GAAACATGGT-AC---A-TATA-TG--A-GG----AAATTTTAAGAT---------------T--------------T---------------CAAT------T------ATTCATTGA-----A--GAT-T------T---TTTT--G---GGTATG---------ATTTG--TC----TTA-GTATGA
gi|25 : AA-TTACAT-TT--TACTG--TTTTTC-------AA---ATTTT----AT----TAAT---ACA-TCATAA-AAGA--TATA--GTT-A-TTGA--------------------------------------------ATAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-ACTTT
gi|26 : cat--------TGTAGATATTA-TCCAAT-G-AAG-ACTT-AAAGA-ATATG--TCCG-T-TGA-AT--T-TTATC-----ATG-ACAT---AT-TTTT-----
gi|27 : ATTG--A--TA--AGT-AA--AC----TGT-ATA--G-A-AAAACATGGT-AC---A-TGTA-GA--A-GA----GAA-------AT---------------T--------------T---------------AA-TTCTTCAT------G------GA-----A--GAT-T------T---TTTtttttataagtaaa
gi|28 : gGGATGGGGTCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACATTG---CCAAATTCTTC--AA-
gi|29 : gGGATGAAATCAATTACATACAAAAG--TAGTTAATTAAA-TAA--TAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--A
gi|3 : ag-TT-AA-ATTAAATT------TAC------T-GCAATTT-C-TAACGT-AAT-TCAA-TATAA----T--ACCCAA--TTACTCTG-ATAAA-GT-AATTAATTCAATTACAAA-TTACATATT--TGTCG--TTTTTCCA-----AA---ATTTTT---AT----CTACA------TTATACCAAGACCTATA--GCT-AATTGA-A-TA-----------------------------------------AGATGTTT-GCCAAC-G-TATTACTTTCA-GA-ATCTGA-TTCA-T-TGC-TT--T-TTATC-----AT----AA---GC-TTTTT----CAAACC-----AG----C--ATT-CA-TCCTGCAGTGGTT--AGGCG-GGTCGT--AGAATCTTT--TCTAACAACAC--TGACT---T--ATCTTT---C-GACCGAA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GGTT-TGA-CA----TG--------------AAATTGACATG-ATAGGAA--T-TTGATTTTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---ATTTA-G---G-----TGTTG----TCTTT------------A-------------T----ATTCCT---A-GG--T--TT--AATTATAT----TAATT-CAAT-CAAAACAATAGAA-------T---GTTC-A---TACAT--A--AATAT-A----TTTTTGAT-AATTTG--AATTA--AGT--A--AA----TGT-ATA--GAA-GAAACATG-----------GTA-GA--A-GG----GAA-------AT---------------T--------------T---------------GA-T------T------T------TATTCTCATTAAT-T------T---TTTT----------------------TTTGGTTC----TTAGGTATGA-GTAAATTG--------------GAGAGTAAACTTGGCTA-GTTATTA-GGAA---T-ACAT-----------GCTTATTTTGCAATT-----GTA--ATTAAT-TAAAT-T-ACG-AT-TACT-------TATAAACCCCCCCCCCCAAAT-AAAAA--AACTTGCAAAACTACTTC--CACATACCTTCGAAAATACG-T---AATTA-----ATTATACTC--AA-TTACAATT--CTTTGT--TCAATTACC-CC-TCTC
gi|30 : GGATAGGGTCAATTACATTCAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTcct
gi|31 : g---------------T--------------T---------------CA-T------T------G------AA-----A----T-T------A---TTTT--G---G-TATG---------ATTTG--TC----CTA-GTGTGA
gi|4 : tcGGATGGG-TCAATTACATACAAAAG--T-ATTAATTAAATTTA--CAATT-ACTTTG---CTAAATTCTTC--AA-TT-AA-ATTACAAT------TAC------TGGCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AATT-TAA-ATCT--AC--AA--TTACTTTGTATAAA-GT-GATAAATTAAATTACAAA-TTACAT-TT--TGTCAT-TTTTTC-A-----AA---ATTTT----AT----TTAGA-AACAATTAT---AAGA--TATA--ATT-A-ATGACA-TATT--G------TAA-AA--GTAAATGAAGTACAAGTACCGTAGATGTTTCCCCAATAG-ATT-ACTT---AAC-ATCTG--TCCA-T-TGC-ATTGT-TTATC------TG-ATAA---GC-TTTT-----TCAACAT--T----TTAC--ATTGCA-TTATGCAGCGGTC--AGGCC--TGCGT--AGAATCTTT---CT-GCAACAC--TGAA----A--GTCTTT---C-GACTGGGTT-CAGATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTGCCT-AAGA--TG-CATG-TTAGGGAATT-TTGA--CTGT--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG-------A-G---A-----T-TTATGTTTGTGT------------GC--A-AA------TAC--ATTCCTGAAA-AG-----TTAAAAATATTT----C-GTTCCAAT-C--AACAATAGAAATATAATC-TAGTTT-A---TGCAT--A--AATAT-ATATTTTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGTAATA--G---GAAACATGGT-ACGTTA-CATA-GAG-A-GG----GAA-------ATATAAGATTTTAATTGT--------------T---------------CA-T------T-------------GA-----A--GAT-T------T---TTTTG-G---GGTATG---------ATT
gi|5 : gGGATGGTGTCAATTACATACAAAAG--TAATTGATTAAA-TTA--TAATT-ACTTCG---CCA--TTTTTCCCAA-TT-AA-GTTACAAT------TTC------T-GCAGTTTAG-AAATGT-AAT-T-AA-T-TGA-AT-A--AC--AA--TTACTTTG-ATAAA-GT-AATTAATTAAATTACAAA-TTGCAT-TT--TGTCG--TTTTTC-A-----AA---ACTTT----G------GATA-A---TTTATAC-AAGA--TATATAGTT----TGACAGTA-T--AAGTGCAT-G-AA--CTTGATGAAGT--------TATAAATGTTT-TCCAAT-G-AAT-ACTT-AAAAA-CTCTG--TCTA-T-TGC-AT--T-TTAGC-----ATG-ATAA---GC-TTTT-----CA-------------------TT-TA-GCCTGCATGGGTC--AGGCC-GGGCAT--ATAATCTTT--CCT-GCAACAC--TGAAC---A--ATCTTT---G-GACTGGA-T-CAGATAT-T-G---CAG-GTG--------------CTTCCTTG-CTTAAGAATTGACATG-ATAGTGAATC-TTGATTCTGT--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----AAC-AA--AATAAAG---A---A-TTATA-----T-TTG----TGTGC------------AT--A-TA------T----AGTCCTGAAAAGG--T--TTAAAA-TATTT-----AGCTGCAAT-C--AACAATAGAA-------T-TGGTTT-A---TGCA---A--GATAT-AT---TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----CGT-ATA--G-A-GAAACATTAT-AC---A-TGTA-GA--A-GG----GAA-------AT---------------T--------------C---------------AA-GA-----T------G------AA-----G--AATAT------T---TTTTGAG---GATATG---------ATTTG--TT----TTA-GTGTGATGT-AATTG--------------GAG-------------A-GTAATTataaatttgtct
gi|6 : GGATGGGATCAATTACATACAAAAG--TAATTAATTAAA-TTA--CAATT-ACTTTG---CCAAATTCTTC--AA-TT-AC-ATTACAAT------TAT------T-GCAATTTAC-AAATGT-AAT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTAAGGTG-ATAAA-GT-AATGAATTAAATTACAAA-TTAAAT-TT--T--CA--TTTTT----------------------AT----TCACA-A-----------------TATA--GTT-A-TTGACA-TG-T--G------T-ATAA--GTAAATGAAGT--------TGTAGATGTTT-CCCAAT-G-AAT-AATTTAAA-A-TTCTG--TCCA-T-AGC-AT--T-TTACC-----ATC-ACAA---GC-TTTT-----GAATGGT--CAAG-T--C--A---------------AGTC--A-----GGGCGT--TGAATCTTT--CCT-GCATCAC--TGAAA---A--GTCTTT---C-GACTGGA-T-CAGATGT-T-G---CAG-GTAT-TGA-CAAG--TGCTTCCTTG-C--AAGAATTGACATG-ATTGGAAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TTCAC-AA--------A---TAG-TGCTTTC----ACC-AAACAATAGAG---G---ATGTACA-----T-GTA----TGTGT------------AT--ATATACATTAT----ATTCCTGAAA-GG--T--T----AATA-TT----TAGTTCTAAC-C--AACAATACAA-------T-TAGATT-AAACTACATGTA--AATAT-A----TTTTTGAA-ACAT-----------GGT-AG--A-----------A--G-A-GAAAT----T-A------------A--A-GATTTTGAT-------TC---------------T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--GAT-T------TTAATTTT--G---TGTATG---------ATTTG--TC----TT
gi|7 : GGTCA-TTACATACAAAAG---AATTAATTAAA-TTAAACAATT-ACTTTG---CTAAATTC-TC--AA-TTAAA-ATTACAAT------TCT------T-GCAATTTAC-AAATGA-ATT-T-AA-T-TAA-AT-T--AC--AA--TTACATTG-ATGAA-GTAAATTAATT-AATTAC-AT-TTACAT-TT--T-TGA--ATTTTCAA-----AA---ATTTT----AT----TTAGA-AACA--AATAT-AGGA--TATA--GTT-A-ATGACA-TA-T--G------TAA-AA--GTAAATGAAGT--------TTCAGATGTTT-CCCAAT-G-ATT-ACTT-------ATCTG--TTCC-T-TG--AT--T-TTAT------ATGAATAA---GCTTTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TTATGCAGCGGTC--AGGCCAAGGCGT--AGAATCTTT--CCT-GC-ACACCGTGGAA---AATATATTT---C-GACT-GA-T-CAGATGT-TGG---CAG-GTGTGTGA-CAAGT-TGTTTCCTGC-CT-AAGAATTGGCATGAATAGGGCATT-TTGACTCTGT--TGA------------------------TT-TCCACAAA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AAATAAGAAAGATTA---A-G---A-----T-GTT----TGTGT------------GCA-A-ATA-----T----ATTCCTGAAA-GG--T--TT-AAAATA-TT----TAGTTTTAATAC--AACAATAGAAG------TATAGTTTAA---TGCA---AATAATAT-T----TTTTTTAT-AAACTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-A
gi|8 : gcA-ATCTG--TCCA-T-TGC-AT--T-TTATT-----ATA-ATAA---GC-TTTT-----CAAACAT--TAAG-T--C--ATT-CA-TCTTGCAGCGGTC--AGGCC-GGGCGT--AGAATCTTT--CCT-GCAA---------------------T---C-GACTGGA-T-CAAATGT-T-G---CAG-GTGT-TGA-AAAG--TGCTTCCTTG-C--AAGAAATGCCATG-ATAGGGAATT-TTGATTCTGC--TGA------------------------TT-TCCAC-AA--------A---TGG-TGCTTTC----ACC-AA--AATAAAG---A---A-G---A-----T-TTA----TGTGTCCGTGTGCATATAC--A-TT------TGTATATTCCTGAAA-GG--C--TTAAAA-TATTT-----AGTTCCAAT-C--AATAATAAAA-------T-TAGTTT-A---TGCA---A--AATAT-ATT--TTTTTGAT--AATTG--A--TA--AGT-AA--AA----TGT-ATA--G-A-GAAACTTG-----------GTA-GA--A-GG----TAA-------ATTTAAGAATTTATTC-T--------------T---------------CA-T------T------G-------------A--AAT-T------T---TTTT------TGTATG---------ATTTG--TC----TTA-GTATaa
gi|9 : TT-G---TATA---A--AATGT-A----------AT-AA-TTGTAA--TA--TGTTAA--AACAATTGT-AGA--G-AAGAAACATGGTCGCTT-A-CGTA-GA--A-GG----AAA-------ATCAAGAT---------T--------------T---------------TA-T------TCTTCATG------GA-----A--GAT-T------T---TTTT--TT--GGTATGATTATATAAATTTG--TCTTAGTTA-GTATGATGTAACTTGTGGACAGAGTAATTGAAA------------A-GTAATTG-GATA---T-ACAT-----------G-TTATTTTGCAA-T-----ACA--A