lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333 222 1 1 22 44444 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111 33333333333 111 1 444444444444444444444444444444 5555555555555555555555 111 222 222222 1 222222 1 1 1 1 11 8888888888888888 222222222 222 1 1 222222222 1111 1 2222222 2222222 111 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666 11 111111 1 1111 22222222222 6666666666666666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 3 4 333333333333333333333333333333333333333333333 999 5 5 11 77777 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 66666 33 33 2 1 777777 88888888 666 22 333 22 55 1 5 666 999 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 3333 33 5555 555 1 0 77777 111 1 6 000000 2 1 00000000000 8 555 55 55 4 3 555555555555555555555555555555 777 99 88 1111111111111111111111 99 6 222 55 111 6 1 3 000000 0 111111 0 33 2 2 6 3 3 6 2 6 77 8 3 8888888888888888 0 999999999 222 3 0 0 777777777 6 0000 6 6 6 0 4444444 3333333 1 77 000 999999 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999999 111111111111111111111111 22 444444 0 2222 3 4 44 777 4 55 55 55 66666666666 0 55 5 4 2222222222222222222222222222222222222222 6
lowQualScore : . . ............................................. ... . . .. ..... .. . ................................................................................. . ..... .. .. . . ...... ........ ... .. ... .. .. . . ... ... . ................................................................................. . . .... .. .... ... . . ..... ... . . ...... . . ........... . ... .. .. . . .............................. ... .. .. ...................... .. . ... .. ... . . . ...... . ...... . .. . . . . . . . . .. . . ................ . ......... ... . . . ......... . .... . . . . ....... ....... . .. ... ...... . .................................................................................... ........ ........................ .. ...... . .... . . .. ... . .. .. .. ........... . .. . . ........................................ .
lowQualScore : 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 0 00 55555 00 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55555 77 77 7 4 777777 44444444 999 99 333 66 22 9 8 444 444 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 4444 88 9999 444 7 6 11111 444 9 2 000000 2 6 55555555555 0 999 55 55 0 1 222222222222222222222222222222 000 22 22 2222222222222222222222 22 7 555 66 444 0 4 0 222222 0 555555 0 55 5 5 7 3 3 7 0 7 00 3 7 2222222222222222 2 000000000 888 0 0 0 555555555 7 7777 7 7 7 5 3333333 3333333 0 99 666 666666 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77777777 555555555555555555555555 22 777777 4 9999 3 7 22 777 3 55 55 22 66666666666 9 66 7 4 3333333333333333333333333333333333333333 6
consensus : TTGAAAATACGNATTTTNGAATTCAGTAACATGGAATTTGCTTTCTCAAAACAAGTGATTACAATCTGTTAAAACAAGACGTTTGAAATGCAATGAAGTCAACTTCGTGATACATGCAGCTGGAC--G-G-TACGGA-CGC-CATTAATGATNTAT-CAAANAT-AG----ATTTC-T--------AAT--------TGA--A---ATAACGAATTC----CAG--AA--T-TCGTTAT------TTC-A-A--TTT---TA--AT---TC--GT--TATT-TCAAAT---TTTG-AA-ATTCGTTAT---AACAN--A-----T----C----A---AATTCGTT-AT---A--A--C-G-A---TTTG---TAA--------ANTTCG-T----AATAACGAATT-T-CAAA---AT-TTG----AAATAACG-AATT--TC-AAAATTCGA-AATAACGAATT-----AAA-TTTGAAATAAAAAA--TTCTA--AAAT-TCGTTATATA--AAATT-----ACGTNCTA----------GGT-AAT--TCGTTATAACAAA------T----------ATT--ATG--AA-ATTGTGCTGATCTTGNNACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTG-AT--TN--CAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACA-ATTG-TA-ATNACTTGTTTTGGNAAATNAAAATCCGTGTTANTGAATT-AA-AAACGT-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTACTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ACGAATTATATTCT-AATTTG-ATAT-CAA-C-AANTTTAG------AAACCGT-----TATATCGAA--TTTGATAGTTTN-----AAA-TAAC-A-TTTTCAG--------------AATT---T----------AA---T-----TCG-TTA-AAA-A-AA---T-----TTTGAAATTCG--------TTATTACGAA----NTT--C-A-A----------ATTCGTT---A-TAACAAATTT----AAT-TCGTTATAACGAA--TT-TNAAAGTTTGAAATAAC--A--AATTA-TA-A---T-TG-NAATAACGA-ATTCT-G-A--------A----TTCG-A-ATTCAAAAA--TA---T-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( gi|1 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAA---AG--ACA--GAATTAG-----TAAGAATA---GATTA-AGT-TGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGAC--A-G-TACAGA-CGC-CATGAATGATCTAT-CAAAGAT-AG----ATTTC-T--------AAT--------TAA--A---ATAACAAATTC----CAG--AA--T-TCGTTAT------TTC-C-G--TTT---TA--AT---TT--GT--TATT-TCAGAT---TTTA-AA-ATTCGTTCT---AATAC--A-----T----C----A---AATTCGTT-TT---A--A--C-G-A---TTTG---TAA--------ACTTCG-T----AATAACGGATT-T-CAAA---AT-TTG----AAACAGCG-AGTT--TC-AAAATTTGA-AATAACAAATT-----AAA-TGTGAAGTAAAGAA--TTCTA--AAAT-TCTTTATATA--AAATT-----ACGTATTA----------GAT-AAT--TCGTTATGACAAA------T----------ATC--ATG--AA-ATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTG-AT--TT--TAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT-AATTGATATTTAT--TTTCAAACTGTTTTATCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGAATAATATTCT-AATTTA-ACAT-CAA-C-AACTTTAG------AAACCGT-----CGTATCGAA--TTTGATAGTTTG-----AAA-TAGC-AGTTTTTAG--------------AATT---T----------AA---T-----TCG-TTA-AAA-A-AA---C-----CTAGAAATTTG--------TTATTACAAA----AT---C-A-A----------ATTTATT---A-CAAAAAATTT----AAT-TCGTTACAACGAA--TT-TAAAAGTTTGAAATAAC--A--AATTA-TA-A---T-TG-TAATAACAA-ATTCT-G-A--------A----TTCA-A-ATTCAAAAA--TA---T-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAGGA
gi|3 : TTGAAAATATACATTTTTGAATTCAGTAACATGGAATTTGCTTTCTCAAAACAAGTGATTACAATCTGTTAAAACAAGACGTTTGAAATGCAAT-----CAACTTCGTGATACATGCAACTGGAC--------------------GAA-GATGTAA-CAA-GATCAGCATTATTTCAT--------AATATTTGTCCTAACGA---ATGACCTAGTA----CGT--AA--T-TTGATATAACGAATT-------TTT---GA--AT---TC--CA--TACT-TCATAT---TTTG-AA-ATTCGTTAT-----TAC--G---------------A---AATTCACT---------A--C---------TG---TAG--------TATTTG-T----TATCACAAATT-T--AAACC-AT-T--------ATAACG-AATT--TTTGAAATTTGA-AATAATGAATTA----AAA-TTCGAA--AAACAATTTTCTG--AAAT-TCGTTA-ATA--AATTT-----
gi|11 : gttattggaaatgcacggaaccccatttaggacctatcaaTTGAAAATACGAATTTTAGAA---actgttattcttactaaatctacacttccttttcatgatattaatttaatttattccccaaccaaattaaggttattaaaccgttg
gi|5 : AATGAAGTCAATTTCGTGATACATGCAGCTGGACGAA-GATAC-GA-TTT-CAT-AAT-ATTTGT-CATA-AC-GA----ATTAC-CCAGAAGGCAAT--------TTG--ATATATAACGAATTT----TAG--AA--A-TTGTTAC------TTC-A-A--ATC---TA--AT---TT--GT--TATT-TCAAAT---TTTG-AA-ATTTGTTATTTCAA-AC--T-----T----TG---G---AATTTGTTATT---A--G----G-AAG-TTTA---CAA----------TTCG-T----TATAACGAATT-C-CAaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|8 : ttataattcgtcataagggaACTTCATAATACATGTAGCTGGAC--G-A----AGA-TGT-C-TCAA-GATCAATACAAGTAT-AA--------C-C--------AAT--------TAG--G---G-----AATTCAATACAGCGAA--TATCAAAAT------TTC-------------------------GT--TATT-TTGGAT---TTTG-AA-ATCCGTTAT---TATAA--A-----G----C----A-------------T---A--A--G-A-A---TT-----TAA--------TCTTTA-T----AATGATTG--T-T-AAAA---AT---------AACAGCA-AATT-----AAAA-TTGA-AATAACGAATT-----tcaaacgtcctgt
gi|3 : TGGAA--ATG-CACGGAACCC-CATTTAGGACCTAT-CAAAAAT---------TT------------AT--------TAA----------CGAATTT----CAG--AAAAT-T-GTT--------TTT-C-GAATTT---TA--AT---TC--AT--TATT-TCAAAT---TTCA-AA-A---------------------------------------ATTCGTT-AT---A--A--T-G-G---TTT-----AA--------ATTT-G-T----GATAAC----------AA---ATACTA----CAGTAGTG-AATT--TC--------GT-AATAACGAATTTCA--AAA-TATGAAGTATGGAA--TTCAA--AAAT-TCGTTATATC--AAATT-----ACGTACTA----------GGT-CAT--TCGTTAGGACAAA------T----------ATT--ATG--AA-ATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTG-AT--TG--CAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATT-CAAAAATGTATAT--TTTCAAACTGT------TATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATG-ATATTAATTT-AATTTATTCCC-CAACC-AAATTAAGGTTATTAAACCGT-----TG
gi|9 : gttat-TACGGA-AGCTCATTCAGGACCTAT-CAAAACT-A------TTTT-TG-------AAT--------T---------TGACAAACTC-----------------GTCAT------TAC-C-A--ATTA--TA--AT---TT--GTGTTATT-CCAAAC---TTAT-AA-ATTCGTTAT---AACAA--A-----T----T----A---GATTTGTT-AG---A--A--T-GAA---TATG---TTG--------AATTTG-T----AAT---GAATT-T-
gi|4 : taattcgttaaaacTGATATAA-CAA-GTT-AG----A---C-A--------ATT--------TGA--T---ATAACGAATTT----TAG--AA--T-TTGTTAT------TTCAA-A--TTT---TA--AT---TC--GT--aagg
gi|4 : TGATATAA-CAAAT-T-AG-------CC-T--------ATT--------TGA--T---ATAACAAGTTA----GAC--AA--T-TTGATAT------A-A-C-GAATTT---TAGAAT---TT--GT--TATT-TCAAAT---TTT---A-ATTCGTaataggctaatttgttatatcaaattaccttattcattatatcaaatttcaaagattaagacatcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaatctgcacattctttttgacaaactgttttgatatcgacgattttctaaaacactatatcgaatttgacagtttatttctaaattcgcattttcaaatttgattcgtttaaacaaatttggaaatttttattacaaacttaacaaattcttttaacaaatttgattcgtaataacgcatttgaaacttttatattatgtaaaatt
gi|10 : T-CAAAAAT-AA----ATTTC-T--------AAT--------T------------------T----CAG--AA--T-TTGTTAT------TTC-A-A--TTT---TA--AT---TTTCAT--CATT-TCAGAC---TATA------------T---AACGG--A-----T----T----A---AATTC-CT-TT---A--A--C-G-AA--TTTG---TAA--------ACTTCG-T----AATAACGGATT-T-TAAA---AT-TTG----AAATAACA-Aaattaccttattcattatatcaaatttcaaagattaagacatcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaatctgcacattctttttgacaaactgttttgatatcgacgattttctaaaacactatatcgaatttgacagtttatttctaaattcgcattttcaaatttgattcgtttaaacaaatttggaaatttttattacaaacttaacaaattcttttaacaaatttgattcgtaataacgcatttgaaacttttatattatgtaaaatt
gi|6 : t--------AAA--------TAG--A---ATAACGAATTT----CAA--AG--T-TCTTTAT------TTC-A-AA-TTT---TA--ATAACTT--GT--TATT-TCAAAC---TTTG-AG-ATTCAT------AAT-T--A-----T----G----AGAAAAT--GTT-TT---ATAA--CTA-A---TTTG---TAA--------ACTTTG-T----AATAGTTGTTT-T-TCAA---AT-TTG----AAACcgagtcccagtaggtttcc
gi|4 : aaaattcaaggttttataacaaaaacT--------TGA--A---ATAACAAATTC----TAA--AA--T-TCGTTAT------ATC-A-A--ATTGTCTA--AC---TT--GT--TATA-TCAAATAGGCT----A-ATTTGT--------TAT--A-----T----C----A---AATT-ACC-TT---A---------------------------------TTCA-T----TATATCAAATT-T-CAAA---GA-TTA----AGACAttttttatatatccaaaatgggctgccatacaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : acgaattaaaatT--------TGA--T---ATAACAAATTT----CAG--AA--T-TCGTTTT------TTCAA-A--ATT---TA--AA---TC--CT--CATT-TCTAAC---TTGG-AA-ATCCGTTtcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaatctgcacattctttttgacaaactgttttgatatcgacgattttctaaaacactatatcgaatttgacagtttatttctaaattcgcattttcaaatttgattcgtttaaacaaatttggaaatttttattacaaacttaacaaattcttttaacaaatttgattcgtaataacgcatttgaaacttttatattatgtaaaatt
gi|2 : gtaat--A---ATAACAATCCC----CAG--GA--T-TTTTTTT------TT-------TTT---T----T---TT--GC--AATT-TCAAAC---TTTG-AA-ATTTGTTGT---AACAA--A-----T----T----A---GATTTGTG-TT---A--A--CCA-A---TTTG---TCA--------AATTTG-T----ATTGGCAAATC-T-CCAA---AT-TTGCTTTAA-----G-GATT--TC---AATTTGAGAAT-GCGAATTTCTGAAAA-GGTTA--TATAAAA--CTGTA--TAAT-TCatggccttattcattattacaaatttaacgaattcgttataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|11 : cgggcttttaaacactgtaatatcggatttcaaagtttgataaaatgaattaaatttgaaataaaacaatctgaaattcctactaggtaatttattccagcatatttaatgaaattatcctgatcttgctacatccccgaccagttacatgtaccacgaatttgcattggatatttcttgttttaacatatggttacataatgttcttgcaaattaaaatctgtgttattgagttaaaaacatctacagtttcaaacttattgattttatgtgcacttccttttctattattattttctaattcgatatcaactggtttagaatcctttagattTTC----CAG--AA--T-TCGTTAT------TACAA-A--ATA---TA--AT---TT--CT--TATG-CC-------------A-ATCCGTTAT---AACGA--A-----T----T----A---AATTTGTT-AT---A--A--C-G-AATTTCTT---TAA----------TTTG-T----AATAACAAATT-T-CCAA---AT-TTG----TTTTAACG-AATT------GATTTTGA-AAATACGAATT-----caacattcatcactaatcttgatgtcctatatggacttctgtgg
gi|11 : ttctaaTTC----TAA--AA--T-TCG-TAT------TTT-CAA--AAT---CA--AT---TC--GT--TAAA-ACAAAT---TTGG-AA-ATTTGTTAT---TACAA--A-----T----TAAAGA---AATTCGTT-AT---A--A--C-A-A---ATT----TAA----------TTCG-T----TATAACGGATTGG-CATA---A----G----AAA------------TT-ATATTTTGT-AATAACGAATT-----
gi|8 : --AA--T-TCGTTAT------TTC-A-A--TTT---TA--AT---TT--GC--TGTTAT----T---TTTA-AC-AATCATTAT---AA-AG--A-----T----T----A---AATTC----TT---A---------------TG---------------CTTTA-T----AATAACGGATT-T-CAAA---AT-CCA----AAATAACGAAATT--TT-GATATTCGctggaa
gi|7 : --TTT---GA--AT---TT--GAAATATT-TCAAAC---TTTT-AA-ATTCGTTTT---ATCGG--A-----T----T----A---AATTTGTT-AT---A--A--C-GAA---TTCG---TTA--------AATTTG-T----AATAATGAAT-----AAGGCCAT-TTG----ATATAACA-AATT--TC-AGAATTCGctgtattgaattccctaattggttatacttgtattgatcttgagacatcttcgtccagctacatgtattatgaagt
gi|9 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaggatttaaattttgaaaaaaA--AT---TC--AT--TA----CAAAT---TCAA-CATATTCATTCT---AACAA--A-----T----C----T---AATTTGTT-AT---A--A--C-G-AA--TTTA---TAA--------GTTTGG------AATAACACAAA-T-TATA---AT-TGG----TAATGACG-AGTTTGTC--AAATTCAA-AAaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|11 : taattcgttaaaacaA--AT---TT--GT--TATT-ACAAAT---TAAAGAA-ATTCGTTAT---AACAA--A-----T----T----T---AATTCGTT-AT---A--A--C-G-G---ATTGGCATAAGAAATTATATTTTG-T----AATAACGAATT-atagttttgataggtcctgaatgagcttccgtaaagg
gi|7 : ttctaaaattcgtattttcaaaatcaattcgttaaaacaaatttggaA--AT---TT--GT--TATA-TCAAATGGCCTT-----ATTCATTAT---TACAA--A-----TTTAAC----G---AATTCGTT-AT---A--A--C-A-A---ATT----TAA----------TCCGAT----AA-AACGAATT-T-AAAA---GT-TTG----AAATA------TT--TC--AAATTCAA-AActggaa
gi|10 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaggatttaaattttgaaaaaacgaattctgaT---TT--GT--TATT-TCAAAT---TTTA-AA-ATCCGTTAT-----TAC--GAAGTTTA---C----A---AATTCGTT-A----A--A--G-G-A---ATT----TAA----------TCCG-T----TATA--------T----A---GT-CTG----AAATGATG-AAAA--TT-AAAATT-GA-AATAACAAATTCTG--AAA-Tatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|12 : ---TT--GT--TATT-TCAAAC---TTTT-AA-ATTCA--CT---ATTACAAA-----T----C----A---ATTTTTTT-TTACCA--A--C-GAA---TTTA---TTA--------AATCTA-T----AATAACtagaaatttatttttgacgagtcccagtaggtttcc
gi|6 : TT-TCAAAT---TTGA-AA-AACAA--CT---ATTAC--AAAGTTTA---C----A---AATTAGTT-AT---A--AAAC---A---TTT----------------TCTCA-T----AATTATGAATC-T-CAAA---GT-TTG----AAATAACA-AGTTA-TT-AAAATTTGA-AATAAAGAACT---------T-TGAAATTCGTTA--TTCTA--TTTT-TTTTTATATA--tgtatattgtgtaatatatgttttggtaggtcctagatgggcttccatat
gi|4 : aaaattcaaggttttataacaaaaacg---TTTC-AA-ATGCGTTAT-----TACGAA-----T----C----A---AATTTGTT-AA---A--A--G-A-A---TTTG---TTA--------AGTTTG-T----AATAA-AAATT-T-CCAA---AT-TTGTTT-AAA---CG-AATC------AAATTTGA-AAATGCGAATT-----TA-----GAAATA---AA--CTGTC--AAAT-TC--GATATA------------GTGTTTTA----------GAA-AATCGTCGATAT--CAAAACAGTTT----------GTC--AAA--AAGAATGTGCAGATtccaaaatgggctgccatacaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|5 : acgaattaaaatttgaaataacaaattctaaaattcgttatatcaaattgtctaacttgttatatcaaataggctaatttgttatatcaaattaccttattcattatatcaaatttcaaagattaagacatcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaTTA-TA-ATTCGTCAT---AAGGG--A-----T----G----G---AATTCGTT-AT---A--A--C-G-A---ATTG---TAA--------ACTTCC-T----AATAACAAATT-C-CAAA---GT-TTG----AAATAACA-AATT--TC-AAAATTTGA-AATAACAAATT-----AGA-TTTGAAGTAACAAT--TTCTA--AAAT-TCGTTATATATCAAATT-----GCCTTCTG----------GGT-AAT--TCGTTATGACAAA------T----------ATT--ATG--AA-ATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTG-AC--TT--CAT-TTCAAACGTCCTGTcttttatattatgtaaaatt
gi|14 : A-ATTCGTTAT---AATA---A-----T----T----A---AATTTATC-AT---A--A--C-G-AA--TTTG---TAA--------TATTAG-T----ATCAA---GTT-T-CAAA---AT-T
gi|14 : aaaattcatgtttaattcactaaaatg---AATTCGTT-AT---A--A--T-A-A---TT------AA--------ATTT-A-T----CATAACGAATT-TGTAAT---AT-T-------AGTATCA-AGTT--TC-AAAATTCAT-TTTAGTGAATT-----AAA-CATGAA
gi|12 : aaaa-G-A---TTTAA--TAA--------A-TTCG-TTGGTAAAAAAAAATT------G---AT-TTG----TAATAGTG-AATT--TA-AAAGTTTGA-AATAACAA
gi|7 : gttattataG-T----AATAACGGATT-T-CCAA---GT-TAG----AAATGAGG-A--T--TT-AAATTTTGA-AAAAACGAATTCTG--AAA-TTTG------------TTATATCAAATGGCCTTATTCA--TTATT-----ACAAATTT----------AACGAAT--TCGTTATAACAAA------TTTA-------ATCCGATA--AA-Atgtatattgtgtaatatatgttttggtaggtcctagatgggcttccatat
gi|4 : ACGAATT----AAA---AT-TTG----AAATAACA-AATT--CT-AAAATTCGcgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|2 : GGCTT-T-TAAA---CA-CTG----TAATATCG-GATT--TC-AAAGTTTGA-TAAAATGAATT-----AAA-TTTGAAATAAAACA--ATCTG--AAAT-TCCT----------------------ACTA----------GGT-AAT--TTATTCCAGCATA------T----------TTA--ATG--AA-ATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTGCAT--TGGATAT-T-------TCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AA-AAACATCTACAGTTTCAAAC----TTATTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT-ATTATTTTCT-AATTCG-ATAT-CAA-C-TGGTTTAG------AATCCTT-----TAGATTGAA--TTATACAGTTTT-----ATA-TAAC--CTTTTCAG--------------AAAT---TCGCATTCTCAAA---TTGAAATCC-TTA-AAGCA-AA---T-----TTGGAGATTTG--------CCAATACAAA----TTTGAC-A-A----------ATTGGTT---A-ACACAAATCT----AAT-TTGTTACAACAAA--TT-TCAAAGTTTGAAATTGC--A--AA--A-AA-A--------AAAAAAAAA-ATCCT-G-GGGATTGTTA----TTCA-ACATTCATCAC--TA---A-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGGttatatcaaattgtctaacttgttatatcaaataggctaatttgttatatcaaattaccttattcattatatcaaatttcaaagattaagacatcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaatctgcacattctttttgacaaactgttttgatatcgacgattttctaaaacactatatcgaatttgacagtttatttctaaattcgcattttcaaatttgattcgtttaaacaaatttggaaatttttattacaaacttaacaaattcttttaacaaatttgattcgtaataacgcatttgaaacttttatattatgtaaaatt
gi|6 : cgG-AATC--TC-AAAGTTTGA-AATAACAAGTTATTA-AAA-TTTGAAATAAAGAA--CTTTG--AAAT-TCGTTAT
gi|10 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgtttcaaatttgaaaaacaactattacaaagtttacaaattagttataaaacattttctcataattatTT--TT-AAAATTTGA-AATAACAAAtctatttttttttatatatccaaaatgggctgccatacaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|4 : ACGAATT-----AAAATTTGAAATAACAAA--TTCTA--AAAT-TCGTTATATC--AAATTGTCTAACTTGTTATATCAAATAGGCT-AAT--TTGTTATATCAAA------TTACCTTATTCATT--ATATCAA-ATTTCAAAGAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTC-ATATTT--TATCTTTAAACTTCTT-----------CTG-TA-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAA-----------------AAACTATTCAAATTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAAA-------CT-GTTTTG-ATAT-CGA-C-GATTTTCT------AAAACAC-----TATATCGAA--TTTGACAGTTTATTTCTAAATTCGC-A-TTTTCA---------------AATT---T----------GA---T-----TCGTTTA-AAC-A-AA---T-----TTGGAAATTT---------TTATTACAAA----CTTAAC-A-A----------ATTC-TT---T-TAACAAATTT----GAT-TCGTAATAACGCA--TT-TGAAACTTTtccgttattacgaagtttacaaattcgttaaaggaatttaatccgttatatagtctgaaatgatgaaaattaaaattgaaataacaaattctgaaattagaaatttatttttgacgagtcccagtaggtttcc
gi|8 : TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ttatattatgtaaaatt
gi|16 : aattcgttatttcaattttaatttgctgttatttttaacaatcattataaagattaaattcttatgctttataataacggatttcaaaatccaaaataacgaaattttgatattcgctgtattgaattccctaattggttatacTAT--TTTTAAACCGTTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGAATTATATTATAAATTT
gi|13 : TCT-AATTTA-ATAT-CAA-T-AATTCTAA------AAACAGT-----TATATCGAA--TTTGATACTATA-----AAA-TAAC-CATTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATT---T----------GA---T-----TCG-CTA-AAA-T-TT---G-----TTGGAAATTTG--------TTATTACAGA----
gi|5 : -AATTTG-ATATATAA-CGAATTTTAG------AAATTGTTACTTCAAATCTAA--TTTGTTA-TTTC-----AAA-T--------TTTGA--------------AATT---TGTT-------AT---T-----TC----------A-AA---C-----TTTGGAATTTG--------TTATTAGGAA----GT---TTACA----------ATTCGTT---A-TAACGAATTC----CAT-CCCTTATGACGAA--TTATAA
gi|3 : ATTTG-TTAT-CA--C-AAATTTA--------AACCAT-----TATAACGAATTTTTGA-AATTTG-----AAA-TAAT---------G--------------AATTA--A----------AA---T-----TCG---A-AAA-ACAATTTT-----CT-GAAATTCG--------TTAATAgccttctgggtaattcgttatgacaaatattatgaaatcgtatcttcgtccagctgcatgtatcacgaaattgacttcatttcaaacgtcctgt
gi|6 : gttattggaaatgcacggaaccccatttaggacctatcaaaaattTAT-GAA--TCTCAAAGTTTG-----AAA-TAACAAGTTATTAA--------------AATT---TGA--------AA---T-------------AAA-G-AA---C-----TTTGAAATTCG--------TTATTactacagtagtgaatttcgtaataacgaatttcaaaatatgaagtatggaattcaaaaattcgttatatcaaattacgtactaggtcattcgttaggacaaatattatgaaataatgctgatcttgttacatcttcgtccagttgcatgtatcacgaagttgattgcatttcaaacgtcttgttttaacagattgtaatcacttgttttgagaaagcaaattccatgttactgaattcaaaaatgtatattttcaaactgttattcttactaaatctacacttccttttcatgatattaatttaatttattccccaaccaaattaaggttattaaaccgttg
gi|3 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgtttcaaatttgaaaaacaactattacaaagtttacaaattagttataaaacattttctcataatAA--TTTGAT-------------A-TAACGAATTTTT-G--------------AATTCCAT----------AC---T-----TCA-T----------A---T-----TTTGAAATTCG--------TTATTACGAA----AT---T-C-ACTACTGTAGTATTTGTT---A-TCACAAATTT----AAA-CCATTATAACGAATTTT-TGAAA-TTTGAAATAAT--G--AATTA-AA-A---T-TC-GAAAAACAATTTTCT-GAA--------A----TTCG-----TTAATAA---A---T-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGGTTCCGTctatttttttttatatatccaaaatgggctgccatacaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|11 : gttattggaaatgcTTTTCAA--------------AATC--------------AA---T-----TCG-TTA-AAACA-AA---T-----TTGGAAATTTG--------TTATTACAAA----TT---A-A-AGAA-------ATTCGTT---A-TAACAAATTT----AAT-TCGTTATAACGGA------------TTGGCATAAG--A--AATTA-TATT---T-TG-TAATAACGA-ATTCT-G-G--------A----acgtactaggtcattcgttaggacaaatattatgaaataatgctgatcttgttacatcttcgtccagttgcatgtatcacgaagttgattgcatttcaaacgtcttgttttaacagattgtaatcacttgttttgagaaagcaaattccatgttactgaattcaaaaatgtatattttcaaactgttattcttactaaatctacacttccttttcatgatattaatttaatttattccccaaccaaattaaggttattaaaccgttg
gi|7 : ttctaaaattcgtaAG--------------GATT---T----------AAA--T-----T---TTG-AAA-A-AA---CGAATTCT-GAAATTTG--------TTA-TATCAA----ATGGCC-T-T----------ATTCATT---A-TTACAAATTTAACGAAT-TCGTTATAACAAA--TT-TAA---TCCGATAAAAC--G--AATT--TA-A---------------AA-GTT-T-G-A--------AATATTTCA-A-ATTCAAAAA--TA---T-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGa
gi|6 : gtaataacggatttccaagttagaaatgAA--------------AATT---C----------AAGGTT-----TTA-TAA-CAA-A-AA---CG----TTTCAAATTTGAAAAACAACTATTACAAA----GTTTAC-A-A----------ATTAGTT---A-TAAAACATTT------TCTCATAATTATGAA--TC-TCAAAGTTTGAAATAAC--A--AGTTATTA-AAATT-TG-AAATAAAGA-ACTTT-GAA--------A----TTCGTT-ATTC-------TATTTT-TTTTTATATATCCAAAATGGGCTGCCATAa
gi|14 : TT---T----------AA---T-----TCA-CTA-AAATG-AA---T-----TTTGAAACTTG--------ATACTA--AT----ATTA-C-A-A----------ATTCGTT---A-TGATAAATTT----AAT-T-ATTATAACGAA--TT-caatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|5 : aaaattcatg---T----------AA---T-----TCG-TCATAAG-G-GA---T--------GGAATTCG--------TTATAACGAA----TTG--T-A-A----------ACTTCCT---AATAACAAATTCCAA-AGT-TTGAAATAACAAA--TT-TCAAAATTTGAAATAAC--A--AATTA-GA-T---T-TG-AAGTAACAA-TTTCTAA-A--------A----TTC
gi|9 : tta---T----------AA---T-----TCG-TTA-AAA--------------C---AAATTC-----------ATTACAAA----TT---C-A-ACAT-------ATTCATT---C-TAACAAATCT----AAT-TTGTTATAACGAA--TT-TATAAGTTTGGAATAAC--ACAAATTA-TA-A---T-TGGTAATGACGA-GTT-T-G----------------TCA-A-ATTCAAAAA--TA---G-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTAgttatatatcaaattgccttctgggtaattcgttatgacaaatattatgaaatcgtatcttcgtccagctgcatgtatcacgaaattgacttcatttcaaacgtcctgt
gi|10 : -A-AA---T-----TTTAAAATCCG--------TTATTACGAA----GTTTAC-A-A----------ATTCGTT---A--AAGGAATTT----AAT-CCGTTAT-----A--T------AGTCTGAAATGATGAA--AATTA-AA-A---T-TG-AAATAACAA-ATTCT-G------------------A-A-ATT-AGAAATTTA---T-TTTTGACGAGTCC-CAGTAGGTTTCCaagg
gi|12 : tttgttatttcG--------TTATTATAGATTTAAT-----A-A----------ATTCGTTGGTA-AAAAAAAATT----GAT-TTGTAATAGTGAA--TT-TAAAAGTTTGAAATAAC--A--ATGTA-TA-T---TGTG-TAATA---------------------------------------------TA---TGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATA
gi|4 : ACGAA--TT---AAAATTTGAAATAAC--A--AATTC-TA-AAATT-CG-TTATATCAA-ATTt
gi|18 : -TTTTGATAGGTCCTAAATGGGGCTCCGTgtctaacttgttatatcaaataggctaatttgttatatcaaattaccttattcattatatcaaatttcaaagattaagacatcttcctctcgcttcaagtttcacgaagattttcatattttatctttaaacttcttctgtaacgatttgttttggtaactgagaatccaagggaatgaattcaaaaactattcaaattattcttactcaatctgcacattctttttgacaaactgttttgatatcgacgattttctaaaacactatatcgaatttgacagtttatttctaaattcgcattttcaaatttgattcgtttaaacaaatttggaaatttttattacaaacttaacaaattcttttaacaaatttgattcgtaataacgcatttgaaacttttatattatgtaaaatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGAATTAAAATTTCAAATAACATATTATGAAATTCATCATACCAAATTGCCTAACTCGTTGTTTAAAA
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666 222 1 1 22 22 22 2 444444444444444444 11 111111 222222222222 111 3333333333333333333333333 111 1 11 111 11 1 3 111 2 111 333 111 33333333 1111 222222 222222 1111 1111111111 11111111 111111111 11111111111 33333333333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555 11111
lowQualScore : 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888 999 5 5 11 33 11 6 6 0 2 77 3 1 1 666666666666666666 0 2 11 3 0 8 8 666666 0 1 0 777777777777 666 3 2 3 888 7 1 6 1 0 777 1 0 0 3 2 1111111111111111111111111 3 2 666 1 5 44 5555 6 3 4 3 1 00 2 66 111 8 11 22 6 3 0 111 1 6 1 44 4 2 1 0 777 222 444 99999999 999 0 8 8 2 88 66 888 33 7777 8 1 333333 2 111111 8 3333 1 9999999999 4 777 66666666 666666666 4 77777777777 4 00000000000000000000000 777 0 9999 4 0 2 0 77 1 5 11111111111111111111111111111111111111111111 999 66666
lowQualScore : . . ............................................. ... . . .. .. .. . . . . .. . . . .................. . . .. . . . . ...... . . . ............ ... . . . ... . . . . . ... . . . . . ......................... . . ... . . .. .... . . . . . .. . .. ... . .. .. . . . ... . . . .. . . . . ... ... ... ........ ... . . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . .... . .......... . ... ........ ......... . ........... . ....................... ... . .... . . . . .. . . ............................................ ... .....
lowQualScore : 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 0 00 00 00 0 0 0 5 00 0 0 0 000000000000000000 2 0 00 2 8 0 0 000000 8 8 8 555555555555 222 7 5 5 777 3 0 7 7 9 444 9 8 7 5 2 2222222222222222222222222 5 5 555 5 0 33 5555 0 7 3 2 8 33 5 77 777 0 00 44 0 2 0 000 0 5 0 55 0 0 0 0 555 000 888 88888888 444 6 0 0 8 88 88 333 11 0000 0 0 000000 2 000000 0 7777 7 4444444444 4 888 66666666 111111111 6 44444444444 9 11111111111111111111111 000 1 4444 4 9 8 1 99 4 7 11111111111111111111111111111111111111111111 555 77777
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAA---AG--ACA--GAATTAG-----TAAGAATA---GATTA-AGT-TGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACAGCACGGAACNCCATNNANGATCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AA-TTTTAA--T---TCGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTC---GTTATAACGGATCAAATTCGTTATAAC-G-ATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AATTTG--AAATAAAA-ATTCTAAAATTCGTTATATN--AAATTAC-TACTAGGTAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTG-AT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAA---AAACGT-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAGAATTT----------A-A---TT-----CG-TTAAAA-AA---AT-TTNGAAATTTG--------TTATTACAA-ANT--T-AC-----AA---ATTCGTT---ATAACAAATTTAA----T-TCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTA-TA-A----T-T-GNAATAACGAATTCTG-G--------ATTCA-A-ATTCAAAAATA---T-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGNATTTTNGAATTCAGTAACATGGAATTTGCTTTCTCAAAACAAGTGATTACAATCTGTTAAAACAAGACGTTTGAAATGCAATGAAGTCAACTTCGTGATACATGCAGCTGGACGGTACGGA-CGCCATTAATGATNTATCAAANATAGATTTCTAATTGAAATAACGAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-AA-TTTTAA--T---TCGTTATTTCAAATTTTGAAA-TTC---GTTATAACANATCAAATTCGTTATAAC-G-ATTTGTAAANTTCGTAATAACGAATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AATTTG--AAATAAAAAATTCTAAAATTCGTTATATA--AAATTACGTNCTAGGTAATTCGTTATAACAAATATTATGAAATTGTGCTGATCTTGNNACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTG-AT--TNCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACA-ATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAATNAAAATCCGTGTTANTGAATT-AA---AAACGT-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTACTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ACGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGATAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAGAATTT----------A-A---TT-----CG-TTAAAA-AA---AT-TTTGAAATTCG--------TTATTACGA-ANT--T--C-----AA---ATTCGTT---ATAACAAATTTAA----T-TCGTTATAACGAATTTNAAAGTTTGAAATA--ACAAATTA-TA-A----T-T-GNAATAACGAATTCTG-A--------ATTCG-A-ATTCAAAAATA---T-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA---AG--ACA--GAATTAG-----TAAGAATA---GATTA-AGT-TGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACAGTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CG-TTTTAA--T---TTGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTC---GTTCTAATACATCAAATTCGTTTTAAC-G-ATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AATGTG--AAGTAAAGAATTCTAAAATTCTTTATATA--AAATTACGTATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTG-AT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT-AATTGATAT-T-TAT--TTTCAAACTGTTTTATCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAGAATTT----------A-A---TT-----CG-TTAAAA-AA---AC-CTAGAAATTTG--------TTATTACAA-AA---T--C-----AA---ATTTATT---ACAAAAAATTTAA----T-TCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTA-TA-A----T-T-GTAATAACAAATTCTG-A--------ATTCA-A-ATTCAAAAATA---T-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : TCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AA-TTTTAATTT---TCATCATTTCAGACT---A-----------TATAACGGATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : A-TTTTCAAAATC-----------A-A---TT-----CG-TTAAAACAA---AT-TTGGAAATTTG--------TTATTAC-A-AAT--T--A-----AAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAA----T-TCGTTATAACGGA---------TTGGCATA--AGAAATTA-TATT----T-T-GTAATAACGAATTCTG-G--------Acgagtcccagtaggtttcc
gi|12 : ttctaaaattcgtG--------TTATTATAG-ATT--TAAT-----AA---ATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGA----T-TTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTA-TA-T----TGT-GTAAT-------------------------------------ATA---TGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTT----------GTA---TT--------TTGAAA---------TTTG--ATTCG--------CTA-----A-AAT--T--TGTTGGAA---ATTTGTT---ATTACAGAt
gi|14 : TTT----------A-A---TT-----CA-CTAAAATGA---AT-TTTGAAACTTG--------ATACTA--ATATT--A--C-----AA---ATTCGTT---ATGATAAATTTAA----T-T-ATTATAACGAATT
gi|16 : aaaattcatg-TAT--TTTTAAACCGTTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTT
gi|18 : -TTTTGATAGGTCCTAAATGGGGCTCCGT
gi|2 : tgttgaattataTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AATTTG--AAATAAAACAATCTGAAATTC----------------C-TACTAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTGCAT--TGGATATT------TCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AA---AAACATCTACAGTTTCAAAC---TTA-TTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATTA--TTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAGAAATTCGCATTCTCAA-A---TTGAAATCC-TTAAAGCAA---AT-TTGGAGATTTG--------CCAATACAA-ATT--TGAC-----AA---ATTGGTT---AACACAAATCTAA----T-TTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--A-AA-A---------AAAAAAAAAATCCTG-GGGATTGTTATTCA-ACATTCATCACTA---A-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgggcGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATT-----AACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAA-TTTTAA--T---TCATTATTTCAAATTTCAAAAATTC---GTTATAATGGTTTAAATTTGTGATAAC-A-AAT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTA---------------TG--GAAT-------TCAAAAATTCGTTATATC--AAATTACGTACTAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTG-AT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAA---AAATGTATAT--TTTCAAACTG------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttattggaaatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAACTTGTTATATCAAATAGGCTAA--TTTGTTATATC--AAATTACCTT-------ATTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTC-ATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAA---AAAC---TA----TTCAAA---------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA-AATTT----------G-A---TT-----CGTTTAAAC-AA---AT-TTGGAAATTT---------TTATTACAA-ACT--TAAC-----AA---ATTCTTT----TAACAAATTTGA----T-TCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : AA-TTC---GTCATAAGGGATGGAATTCGTTATAAC-G-AATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GATTTG--AAGTAACAATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCCTTCTGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTG-AC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : ttatAAAATTC----------A-AGGTTT-----TA-TAACAA-AA---ACGTTTCAAATTTGAAAAACAACTATTACAA-AGT--TTAC-----AA---ATTAGTT---ATAAAACATTT------TCTCATAATTATGAATCTCAAAGTTTGAAATA--ACAAGTTATTA-AAAT-T-T-GAAATAAAGAACTTTGAA--------ATTCGTT-ATTC-----TATTTT-TTTTTATATATCCAAAATGGGCTGCCATA
gi|6 : GATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTC-AAATTTTAA--TAACTTGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA----AAATGTTTTATAACTA-ATTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAAcaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgGTAATAACGGATTTCCAAGTTA-----GAAA-TGA----------GGATTT----------A-A---AT-----TT-TGAAAA-AACGAAT-TCTGAAATTTG--------TTA-TATCA-AATGGC--C-----TT---ATTCATT---ATTACAAATTTAACGAAT-TCGTTATAACAAATTTAA---TCCGATAAA--ACGAATT--TA-AAAGTT-T-GAAATA--------T------------TTCA-A-ATTCAAAAATA---T-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGcaaaatgggctgccatacaatatagccatgaaaacccaatacaaatctataaa
gi|8 : AA--TTCGTTATTTC-AA-TTTTAA--T---TTGCTGTT----ATTTT---------------TAACA-ATCA------TTATAAA-G-ATT----AAATTCTTA---------TGC----TTTATAATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA-----------------------ATTTTGATATTCGCTGTATT--GAATTCC---CTA----ATTGGTTATA-C-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------A-A---TT-----CG-TTAAAA-CA---A--------ATTC-----------ATTAC-A-AAT--T--C-----AACATATTCATT---CTAACAAATCTAA----T-TTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTA-TA-A----T-TGGTAATGACGAGTT-TG------------TCA-A-ATTCAAAAATA---G-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGAATTAAAATTTCAAATAACATATTATGAAATTCATCATACCAAATTGCCTAACTCGTTGTTTAAAA
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 11111111111 33333333333333333333333333 33333333 11 111 11 111 1 4444444 111 33333333 1111 222222 222222 444444444444444444444444444444 11111 222 1111 1 222222 22222 5555555555555555555555
lowQualScore : 88 666 0 7 1 2222 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 44444444444 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 1 0 1 44444444444444444444444444 1 0 77 3 77 11111111 1 5 5 5 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 111 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 444 99999999 888 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 222222222222222222222222222222 22222 5 333 9999 0 0 1 111111 8888 2 1 99 7 11111 1 3333333333333333333333 8 11 77
lowQualScore : .. ... . . . .... ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . . . .......................... . . .. . .. ........ . . . . . . .. . .. ... . .. . . . ... . . . .. . . . . ....... ... ........ ... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............................. ..... . ... .... . . . ...... .... . . .. . ..... . ...................... . .. ..
lowQualScore : 55 777 7 3 0 7777 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 55555555555 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 7 4 4 11111111111111111111111111 7 7 99 0 99 77777777 4 3 6 3 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 000 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 888 88888888 222 6 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 555555555555555555555555555555 55555 0 999 4444 8 1 0 444444 9999 2 4 22 2 88888 0 3333333333333333333333 0 66 77
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGATCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTA-C-TACTAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCG-TTAAA-ACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTT-AAC-AAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GCACGGAACNCCATNNANGATCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--A-A-TTCTAAAATTCGT--TATATNAAATTA-C-TACTAGGTAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCG-TTAAA-A-AAAT----TTNGAAATTTGTTATTACAAANTT-A-C-AAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GNAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AA-TGTG--AAGTAAAG-A-A-TTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTA-CGTATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAACTGTTTTATCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAG--------------AATTT----------AAT-----TCG-TTAAA-A-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAAAT----C-AAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACAAATTCTGA--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : TCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT-----A-T-----ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAcgagtcccagtaggtttcc
gi|11 : A-TTTTCAA--------------AATC-----------AAT-----TCG-TTAAA-ACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTA-A-AGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCATA--AGAAATTATATT-TTGTAATAACGAATTCTGG--------Aaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTT-AAT-AAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTATATTGT-GTAAT-----------------------------------ATATGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT----------GAT-----TCG-CT----A-AAATTTG-TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT----------AAT-----TCA-CTAAA-ATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA--ATATT-A-C-AAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|16 : aaaattcatg-TAT--TTTTAAACCGTTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTT
gi|18 : -TTTTGATAGGTCCTAAATGGGGCTCCGT
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--ACA-ATCTGAAATTC-----------------C-TACTAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC---TTA-TTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAG--------------AAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCC-TTAAA-GCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGA-C-AAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--AAAA-----AAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATCACTAA-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTA----------------TG--GAAT----------TCAAAAATTCGT--TATATCAAATTA-CGTACTAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAACTG------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAA-CTTGTTATATCAA--ATA-GGCTAA--TTTGT--TATATCAAATTA-C---CT---TA-TTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TA----TTCAAA---------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA---------------AATTT----------GAT-----TCGTTTAAA-C-AAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAA-C-AAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GA-TTTG--AAGTAAC--A-ATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCC-TTCTGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTTA---AATTTTG--AAA-AAACGA-A-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGG-C---CT---T-ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCTG--------------AA--------------AT-----TTG-TTATATC-AAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTT-AAC-GAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTT----------------------T-GAAATA--------T-----------TTCAA-ATTCAAAAATAT-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA--------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATTC-C-C------TAATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------AAT-----TCG-TTAAA-ACAAAT----TC-----------ATTACAAATTC-AAC-ATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTATAAT-TGGTAATGACGAGTT-TG-----------TCAA-ATTCAAAAATAG-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGAATTAAAATTTCAAATAACATATTATGAAATTCATCATACCAAATTGCCTAACTCGTTGTTTAAAA
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 33333333333 444444444444444444 44444444 11 111 11 1 1 1 4444444 111 33333333 1111 222222 222222 444444444444444444444444444444 11111 1111 111 111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 88 444 3 6 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 33333333333 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 0 888 000000000000000000 55 3 1 66 77 22222222 0 5 3 3 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 0 0 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 444 99999999 888 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 222222222222222222222222222222 22222 0 7777 7 0 5 8888 2 222 7 555 66666666666666666666666666666666666 99 0
lowQualScore : .. ... . . ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ... .................. .. . . .. .. ........ . . . . . . .. . .. ... . .. . . . . . . . . .. . . . . ....... ... ........ ... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............................. ..... . .... . . . .... . ... . ... ................................... .. .
lowQualScore : 55 000 8 0 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 77777777777 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 2 888 222222222222222222 22 4 4 99 66 99999999 1 3 0 0 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 0 0 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 888 88888888 222 6 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 555555555555555555555555555555 55555 2 5555 6 1 2 9999 2 777 2 000 66666666666666666666666666666666666 00 8
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTG-C-T-CTAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCGTTT-ATTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGATCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTA-C-TACTAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCGTTTAATTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AA-TGTG--AAGTAAAG-A-A-TTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTA-CGTATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAACTGTTTTATCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAA-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAA---ATCAAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACAAATTCTGA--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : GGAAACCTACT-GGGACTCGTCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT----------AT-ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA
gi|11 : A-TTTTCAA--------------AATC-----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTAAAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCATA--AGAAATTATATT-TTGTAATAACGAATTCTGG--------Aaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTTAATAAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTATATTGT-GTAAT-----------------------------------ATATGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT----------GAT-----TCGCTAAAAT---TTG--TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT----------AAT-----TCACTAAAATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA-ATATT--ACAAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|15 : aaaattcatgATGAATTA---AAATTTC--AAATAAC--ATA-TTATGAAATTCAT--CATACCAAATTG-C-C------TAACTCGTTGT
gi|16 : -TAT--TTTTAAACCGTTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTTttaaaa
gi|18 : ACGGAGCCCCATTTAGGACCTATCAAAA
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AA-TTTG--AAATAAA--ACA-ATCTGAAATTC-----------------C-TACTAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC--TT--ATTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAG--------------AAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCCTTAAAGCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGACAAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--AAAA-----AAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATCACTAA-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTATGGAATTC---AA-------------------------AAATTCGT--TATATCAAATTA-CGTACTAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTG-TA-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAACTG------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAA-CTTGTTATATCAA--ATA-GGCT--AATTTGT--TATATCAAATTA-C---CT---TA-TTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTG-TA-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TA----TTCAAA---------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA---------------AATTT----------GAT-----TCGTTTAAACAAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAACAAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GA-TTTG--AAGTAAC--A-ATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCC-TTCTGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTTA---AATTTTG--AAA-AAACGA-A-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGG-C---CT---T-ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCTG--------------AA--------------AT-----TTGTTATATCAAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT-------------AT-T-TCAA---------------------ATTCAA-------AAATAT-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA--------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATTC-C-C------TAATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TC-----------ATTACAAATTCAACATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTATAAT-TGGTAATGACGAGTT-TG-----------TCAA-ATTCAAAAATAG-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 33333333333 4444444444444444444 44444444444 11 111 11 111 1 4444444 11 444444444 1111 222222 222222 444444444444444444444444444444 11111 1111 111 111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 88 444 3 6 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 33333333333 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 0 888 0000000000000000000 55 3 1 66 5 22222222222 5 3 3 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 111 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 11 0 000000000 888 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 222222222222222222222222222222 22222 0 7777 7 0 5 8888 2 222 7 555 66666666666666666666666666666666666 99 0
lowQualScore : .. ... . . ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ... ................... .. . . .. . ........... . . . . . .. . .. ... . .. . . . ... . . . .. . . . . ....... .. . ......... ... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............................. ..... . .... . . . .... . ... . ... ................................... .. .
lowQualScore : 55 000 8 0 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 77777777777 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 2 888 2222222222222222222 22 4 4 99 4 99999999999 3 0 0 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 000 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 00 8 222222222 222 6 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 555555555555555555555555555555 55555 2 5555 6 1 2 9999 2 777 2 000 66666666666666666666666666666666666 00 8
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGC--C-CTAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGC--T-CTAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AA-TGT-G--AAGTAAAG-A-A-TTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTACG-TATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAACTGTTTTA-TCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAA-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAA---ATCAAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACAAATTCTGA--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : GGAAACCTACT-GGGACTCGTCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT----------AT-ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA
gi|11 : A-TTTTCAA--------------AATC-----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTAAAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCATA--AGAAATTATATT-TTGTAATAACGAATTCTGG--------Aaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTTAATAAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTATATTGT-GTAAT-----------------------------------ATATGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT----------GAT-----TCGCTAAAAT---TTG--TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT----------AAT-----TCACTAAAATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA-ATATT--ACAAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|15 : aaaattcatgATGAATTA---AAATTT-C--AAATAAC--ATA-TTATGAAATTCAT--CATACCAAATTGC--C------TAACTCGTTGT
gi|16 : -TAT--TTTTAAACCG-TTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTTttaaaa
gi|18 : ACGGAGCCCCATTTAGGACCTATCAAAA
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--ACA-ATCTGAAATTC-C--TA---------------CTAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC----TTA-TTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAG--------------AAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCCTTAAAGCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGACAAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--AAAA-----AAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATCACTAA-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTATGGAATTC---AA--------------------------AAATTCGT--TATATCAAATTACG-TACTAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAACTG-------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAA-CTT-GTTATATCAA--ATA-GGCT--AATTTGT--TATATCAAATTAC--C-TTA-----TTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TAT--T--CAAA----------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA---------------AATTT----------GAT-----TCGTTTAAACAAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAACAAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GA-TTT-G--AAGTAAC--A-ATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCCTT-CTGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTTA---AA-TTTTG--AAA-AAACGA-A-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGGC--C-TT-----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCTG--------------AA--------------AT-----TTGTTATATCAAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT-------------AT-T-TCAA---------------------ATTCAA-------AAATAT-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA---------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATT-C--C-CTA----ATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TC-----------ATTACAAATTCAACATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTATAAT-TGGTAATGACGAGTT-TG-----------TCAA-ATTCAAAAATAG-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 33333333333 4444444444444444444 33333333333 11 111 11 111 1 4444444 11 444444444 1111 222222 222222 444444444444444444444444444444 11111 1111 111 111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 88 444 3 6 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 33333333333 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 0 888 0000000000000000000 55 3 1 66 5 55555555555 5 3 3 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 111 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 11 0 000000000 888 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 222222222222222222222222222222 22222 0 7777 7 0 5 8888 2 222 7 555 66666666666666666666666666666666666 99 0
lowQualScore : .. ... . . ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ... ................... .. . . .. . ........... . . . . . .. . .. ... . .. . . . ... . . . .. . . . . ....... .. . ......... ... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............................. ..... . .... . . . .... . ... . ... ................................... .. .
lowQualScore : 55 000 8 0 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 77777777777 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 2 888 2222222222222222222 22 4 4 99 4 11111111111 3 0 0 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 000 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 00 8 222222222 222 6 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 555555555555555555555555555555 55555 2 5555 6 1 2 9999 2 777 2 000 66666666666666666666666666666666666 00 8
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--TAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--TAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AA-TGT-G--AAGTAAAG-A-A-TTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTACG--TATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAACTGTTTTA-TCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAA-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAA---ATCAAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACAAATTCTGA--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : GGAAACCTACT-GGGACTCGTCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT----------AT-ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA
gi|11 : A-TTTTCAA--------------AATC-----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTAAAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCATA--AGAAATTATATT-TTGTAATAACGAATTCTGG--------Aaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTTAATAAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTATATTGT-GTAAT-----------------------------------ATATGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT----------GAT-----TCGCTAAAAT---TTG--TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT----------AAT-----TCACTAAAATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA-ATATT--ACAAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|15 : aaaattcatgATGAATTA---AAATTT-C--AAATAAC--ATA-TTATGAAATTCAT--CATACCAAATTGCC---------TAACTCGTTGT
gi|16 : -TAT--TTTTAAACCG-TTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTTttaaaa
gi|18 : ACGGAGCCCCATTTAGGACCTATCAAAA
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--ACA-ATCTGAAATTC-C--TA--------------C--TAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC----TTA-TTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAG--------------AAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCCTTAAAGCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGACAAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--AAAA-----AAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATCACTAA-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTATGGAATTC---AA--------------------------AAATTCGT--TATATCAAATTACGTAC--TAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAACTG-------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAA-CTT-GTTATATCAA--ATA-GGCT--AATTTGT--TATATCAAATTACC--T--TA-----TTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TAT--T--CAAA----------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA---------------AATTT----------GAT-----TCGTTTAAACAAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAACAAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GA-TTT-G--AAGTAAC--A-ATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCCTTC--TGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTTA---AA-TTTTG--AAA-AAACGA-A-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGGCC--T--T-----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCTG--------------AA--------------AT-----TTGTTATATCAAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT-------------AT-T-TCAA---------------------ATTCAA-------AAATAT-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA---------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATT-CC--C--TA----ATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TC-----------ATTACAAATTCAACATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTATAAT-TGGTAATGACGAGTT-TG-----------TCAA-ATTCAAAAATAG-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 33333333333 4444444444444444444 33333333333 11 111 11 111 1 4444444 11 444444444 1111 222222 222222 444444444444444444444444444444 11111 1111 111 111 55555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 88 444 3 6 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 33333333333 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 0 888 0000000000000000000 55 3 1 66 5 55555555555 5 3 3 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 111 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 11 0 000000000 888 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 222222222222222222222222222222 22222 0 7777 7 0 5 8888 2 222 7 555 66666666666666666666666666666666666 99 0
lowQualScore : .. ... . . ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ... ................... .. . . .. . ........... . . . . . .. . .. ... . .. . . . ... . . . .. . . . . ....... .. . ......... ... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............................. ..... . .... . . . .... . ... . ... ................................... .. .
lowQualScore : 55 000 8 0 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 77777777777 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 2 888 2222222222222222222 22 4 4 99 4 11111111111 3 0 0 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 000 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 00 8 222222222 222 6 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 555555555555555555555555555555 55555 2 5555 6 1 2 9999 2 777 2 000 66666666666666666666666666666666666 00 8
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--TAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--TAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---AA-TGT-G--AAGTAAAG-A-A-TTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTACG--TATTAGATAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAACTGTTTTA-TCTATTCTTAGTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAA-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAA---ATCAAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACAAATTCTGA--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : GGAAACCTACT-GGGACTCGTCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT----------AT-ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA
gi|11 : A-TTTTCAA--------------AATC-----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTAAAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCATA--AGAAATTATATT-TTGTAATAACGAATTCTGG--------Aaatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTTAATAAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAATGTATATTGT-GTAAT-----------------------------------ATATGTTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT----------GAT-----TCGCTAAAAT---TTG--TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT----------AAT-----TCACTAAAATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA-ATATT--ACAAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|15 : aaaattcatgATGAATTA---AAATTT-C--AAATAAC--ATA-TTATGAAATTCAT--CATACCAAATTGCC---------TAACTCGTTGT
gi|16 : -TAT--TTTTAAACCG-TTTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTTttaaaa
gi|18 : ACGGAGCCCCATTTAGGACCTATCAAAA
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--ACA-ATCTGAAATTC-C--TA--------------C--TAGGTAATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC----TTA-TTGATTTT------ATGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCAG--------------AAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCCTTAAAGCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGACAAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATT--GCAAA--AAAA-----AAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATCACTAA-TCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTATGGAATTC---AA--------------------------AAATTCGT--TATATCAAATTACGTAC--TAGGTCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAACTG-------TTATTCTTACTAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAA-CTT-GTTATATCAA--ATA-GGCT--AATTTGT--TATATCAAATTACC--T--TA-----TTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TAT--T--CAAA----------TTATTCTTACTCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTCA---------------AATTT----------GAT-----TCGTTTAAACAAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAACAAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATTA---GA-TTT-G--AAGTAAC--A-ATTTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCCTTC--TGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTTA---AA-TTTTG--AAA-AAACGA-A-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGGCC--T--T-----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCTG--------------AA--------------AT-----TTGTTATATCAAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT-------------AT-T-TCAA---------------------ATTCAA-------AAATAT-ATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA---------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATT-CC--C--TA----ATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : T----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TC-----------ATTACAAATTCAACATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAATAACACAAATTATAAT-TGGTAATGACGAGTT-TG-----------TCAA-ATTCAAAAATAG-TTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
blockSeqs : . AAT A T TAAATTTCTAATT AA T G AACT G AAAAATTCGTT C AG T C A T A T G A TA T T TCT CTTGTTATATCAAAT TT G A TA G TACTAGGTC A T A T T CC C CT ATT AT C T TAC A C C TT A G C ATC AG CGTTTAAT GGA A T AT TA ATA TA TCCC C T GTTATT T ATTTCT T C . GAATTTGTATTTTGAAATTT TGAAA GGCC G A GGTA C AAC T TT AAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAACATTCATC TG
blockSeqs : TT G T AAATAGAATA . C A TTT A ATAATTCGTC T G T G A . . T C G TA C T . ATTTCAAATAACAT T G G . A TTCTGGGTA G A T T A GC C TT . . . G A C T G GC T A C GTA . TTAT TAC . . A TT CT CG . . G . C A . . . GAAATTCGCATTCTCA . TG G T A T A G GT TGACGAGTTTGTCAAATTCAAA A
blockSeqs : A T TTTATTA . C . T A GAGATTCATA G G G G A . . T G A CA T C . TTTTGAAAAAACGA A A G . A CTAGGTA A T C T C AT C AG . . . . A G . T TG A A . . . TG TAC . . A A CT TG . . A . C T . . . AAATC . . T T A T A T TG ATTCAAA T
blockSeqs : A . . . . T . AT T G C T A . . . T A TC T T . TTTGAAATAAAAC G G G . G TTA G A T C C . . AG . . . . . . . . . T T . . . T . . G . . . AATTT . . G T A C T . T T G
blockSeqs : . C . . . . . . . . . C T A . TTTGAAGTAACA T G G . G CTA T T A . T . . . . . . GAA . . G T A C . . .
blockSeqs : A . C . . T . G . . TA . . . . . . . . C C T
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . . . . .
blockSeqCons : TTTAAATAAAT******** CTTA******* T******** GAAATTC*********************** TT* TATTCA*****************************
originalCons : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AA-TTT-G--AAATAAA--A-A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--TAGGTAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACCG-TTTA-TTTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAG--------------AATTT----------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAAT-T-GTAATAACGAATTCTGG--------ATTCAA-ATTCAAAAATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
finalCons : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATTA---AATTTAAATAAAT--------A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCCCTTA-------ATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAACT--------TTATTCTTANTAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCAGAAATTC-----------------------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAATA--ACAAATTATAATTT-GTAATATTCA-----------------------------AATAT-TTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 3333333333333333333 11 1 111111 33333333333 66666666666666666666666666666666666 5555555555555555 11 111 11 111 1 4444444 11 4444444444 222222 1111 222222 222222 44444444444444 222222222222222222 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 88 444 3 6 5555555555555555555 0 11 3 0 6 666666 0 1 33333333333 2 99 3 2 3 6 6 7 6 1 0 88 2 0 2 0 55555555555555555555555555555555555 3 66 7777777777777777 5 3 3 3 4 00 2 66 111 0 11 0 8 2 111 1 6 1 11 1 2 0 5 0000000 11 0 0000000000 0 111111 0 8 8 88 66 888 33 7777 8 1 333333 6 111111 8 8 6 00000000000000 7 222222222222222222 0 7777 7 0 8 8888 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0
lowQualScore : .. ... . . ................... . .. . . . ...... . . ........... . .. . . . . . . . . . .. . . . . ................................... . .. ................ . . . . . .. . .. ... . .. . . . ... . . . .. . . . . ....... .. . .......... . ...... . . . .. .. ... .. .... . . ...... . ...... . . . .............. . .................. . .... . . . .... . .................................................................................... . .
lowQualScore : 55 000 8 0 2222222222222222222 2 00 2 8 0 000000 8 4 77777777777 2 22 7 5 5 7 7 3 7 7 2 55 0 5 7 2 11111111111111111111111111111111111 4 99 4444444444444444 3 0 0 6 0 33 5 33 777 8 00 6 0 5 000 0 5 0 22 0 0 2 0 8888888 00 8 8888888888 8 000000 8 0 0 88 88 333 11 0000 0 0 000000 4 000000 0 0 7 22222222222222 3 888888888888888888 2 5555 6 1 4 9999 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 8
consensus : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATT----AAA--TT--T--AAA-T-A--A-A-T--A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--T--T-----TAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAAC--TG------TTATTCTTAC-----TAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCA-------------GAAATTT---------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT--------A--ACAAATTATAAT--------TTGT-----AAT--------------A------------------TTCAAA--AATANTTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
Reference ( family-1191 ) : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGANA-GTACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAATAGATTTCTAATTAGAATAACGAATTTCAGAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--CGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGT-ATAACG-GATCAAATTCGTTATAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAATAACGAATTTCAAAATTCGAAATAACGAATT----AAA--TT--T--AAA-T-A--A-A-T--A-TTCTGAAATTCGT--TATATCAAATTGCC--C--T-----TAATTCGTTATGACAAATNTNATGAAATCGTGCTGATCTTGNTACATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TTCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATNACTTGTTTTGGNAAANCAAANTCCGTGTTACTGAATTCAAAAACG----T-TAT--TTTCAAAC--T-------TTATTCTTAN-----TAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTCT-AATTTGATAT----CAA-CAANTTTAG------AAACCGTTATATCGAATTTGACAGTTT-----NAAA-TAA-CA-TTTTCA-------------GAAATTC---------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTTAACAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT--------A--ACAAATTATAAT--------TTGT-----AAT--------------A------------------TTC--A--AATATTTTTGATAGGTCCTAAATGGGCTTCCGTAG
gi|1 : TTGAAAATACGAATTTTAGAAAGACAGAATTAGTAAGAATAGATTAAGTTGTTAAATTGAGAAGTTTTAAATAGAATGAAAACAACTTCCCGATACATGTAGCTGGACA-GTACAGA-CGCCATGAATGATCTATCAAAGATAGATTTCTAATTAAAATAACAAATTCCAGAA--TTCGTTATTTC-CGTTTTAAT---T--TGTTATTTCAGATTTTAAAA-TTCGTTCTAATA-CATCAAATTCGTTTTAAC-GA-TTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTCAAAATTTGAAACAGCGAGTTTCAAAATTTGAAATAACAAATT----AAA--TG--T--GAAGT-A--A-A-G--AATTCTAAAATTCTT--TATATAAAATTACG--TATTAGA--TAATTCGTTATGACAAATATCATGAAATTGTGCTGATCTTGCTGCATCTTTGTCCAGCTGCATGTATCATGTAG---TTGAT--TTTAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGGGAAAACAAATTCCATGTTACTGAATT---AATTGATATT-TAT--TTTCAAAC--TGTTTTATCTATTCTTAG-----TAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATAATATTCT-AATTTAACAT----CAA-CAACTTTAG------AAACCGTCGTATCGAATTTGATAGTTT-----GAAA-TAG-CAGTTTTTA-------------GAA-TTT---------AAT-----TCGTTAAAA-AAAC----CTAGAAATTTGTTATTACAAAAT---CAAATTTATT---ACAAAAAATTTAATTCGTTACAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT--------A--ACAAATTATAAT---------TGT-----AAT--------------AACAAATTCTGAATTCAAATTC--AAAAATATTTTTGATAGGTCCAAAATGGGCTTCCGTAG
gi|10 : GGAAACCTACT-GGGACTCGTCAAAAATAAATTTCTAATT-------------TCAGAA--TTTGTTATTTC-AATTTTAAT---TTTCATCATTTCAGACT----------AT-ATAACG-GATTAAATTCCTT-TAAC-GAATTTGTAAACTTCGTAATAACGGATTTTAAAATTTGAAATAACAAAga
gi|11 : TTGAAAATACGAATTTTAGAA
gi|11 : A-TTTTCA-------------AAA--TC---------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TTGGAAATTTGTTATTACAAATTAAAGAAATTCGTT---ATAACAAATTTAATTCGTTATAACGGATT---------GGCAT--------A--AGAAATTATATT--------TTGT-----AAT--------------A------------------aatcaattcgttaaaacaaatttggaaatttgttattacaaattaaagaaattcgttataacaaatttaattcgttataacggattggcataagaaattatattttgtaataacgaattctggaa
gi|12 : ttctaaaattcgtGTTATTATAGATTTAATAAATTCGTTGGTAAAAAAAAATTGATTTGTAATAGTGAATTTAAAAGTTTGAAAT--------A--ACAATGTATATT--------GTGT-----AAT--------------A------------------T--------ATG-TTTTGGTAGGTCCTAGATGGGCTTCCATAacgaattctggaa
gi|13 : TCT-AATTTAATAT----CAA-TAATTCTAA------AAACAGTTATATCGAATTTGATACTAT-----AAAA-TAACCA-TTTTTAGAATTTGTATTTTGAAATTT---------GAT-----TCGCTAAAAT---TTG--TTGGAAATTTGTTATTACAGAt
gi|14 : TTT---------AAT-----TCACTAAAATGAAT----TTTGAAACTTGATACTA-ATATT--ACAAATTCGTT---ATGATAAATTTAATT-ATTATAACGAATT
gi|15 : aaaattcatgATGAATT----AAAATTT--C--AAA-T-A--ACA-T--A-TTATGAAATTCAT--CATACCAAATTGCC-----------TAACTCGTTGT
gi|16 : -TAT--TTTTAAACCGT-------TTAATCTAATCTGGATAAATCTGCAC-TTCCTTTTC-ATGA-ATTATATTATAAATTTttaaaa
gi|18 : ACGGAGCCCCATTTAGGACCTATCAAAA
gi|2 : tgttgaattataGGCTTTTAAACACTGTAATATCGGATTTCAAAGTTTGATAAAATGAATT----AAA--TT--TG-AAA-T-A--A-AAC--A-ATCTGAAATTCCT-----ACTAGGT----------------AATTTATTCCAGCATATTTAATGAAATTATCCTGATCTTGCTACATCCCCGACCAGTTACATGTACCACGAAT---TTG------CAT-TGGATATTTCTTGTTTTAACATATGGTTACATAA--TGTTCTTGCAAATTAAAATCTGTGTTATTGAGTT-AAAAACA----TCTACAGTTTCAAAC--T-------T-ATTGATTT-----TA--TGTGCAC-TTCCTTTTCTATT--ATTATTTTCT-AATTCGATAT----CAA-CTGGTTTAG------AATCCTTTAGATTGAATTATACAGTTT-----TATA-TAA-CC-TTTTCA-------------GAAATTCGCATTCTCAAATTGAAATCCTTAAAGCAAAT----TTGGAGATTTGCCAATACAAATTTGACAAATTGGTT---AACACAAATCTAATTTGTTACAACAAATTTCAAAGTTTGAAATTGCAAAAAA--AAAAAAAAAAATCCTGGGGATTGTTATTCAAC--------------A------------------TTC--ATCACTAATCTTGAT--GTCCTATATGGACTTCTGTGG
gi|3 : cgTGGAAATGCACGGAACCCCATTTAGGACCTATCAAAAAT----TT---ATTA-----ACGAATTTCAGAAAATT-GTT-TTTCGAATTTTAAT---T--CATTATTTCAAATTTCAAAAATTCGTTATAATG-GTTTAAATTTGTGATAAC-AA-AT-----ACTAC--AGTAGTGAATTTC-------GTAATAACGAATTTCAAAATATGAAGTATGGAATT----CAA--------------------------------AAATTCGT--TATATCAAATTACGTAC--TAGG--TCATTCGTTAGGACAAATATTATGAAATAATGCTGATCTTGTTACATCTTCGTCCAGTTGCATGTATCACGAAG---TTGAT--TGCAT-TTCAAACGTCTTGTTTTAACAGATTGT-A-ATCACTTGTTTTGAGAAAGCAAATTCCATGTTACTGAATTCAAAAATG----TATAT--TTTCAAAC--TG------TTATTCTTAC-----TAAATCTACAC-TTCCTTTTC-ATGATATTA-ATT-T-AATT---TATTCCCCAACCAAATTAAGGTTATTAAACCGTT
gi|4 : gttatACGAATT--AAAATTTGAAATAACAAATTCTAAAATTCGTTATATCAAATTGTCTAAC--TTGTT--ATA-TCA--A-A-T--A-GGCT--AATTTGT--TATATCAAATTACC--T--T-------ATTCATTATATCAAATTTCA---AA-------GAT--TAAGACATCTTCCTCTCGCTTCAAGTTTCACGAAGATTTTCATATTTTATCTTTAAACTTCTT-----------CTGT-A-ACGATTTGTTTTGGTAACTGAGAATCCAAGGGAATGAATTCAAAAAC-------TAT--T--CAAA-----------TTATTCTTAC-----TCAATCTGCACATTCTTTTTG-ACAA-ACTGT--------TTTGATAT----CGA-CGATTTTCT------AAAACACTATATCGAATTTGACAGTTTATTTCTAAATTCG-CA-TTTTC---------------AAATTT---------GAT-----TCGTTTAAACAAAT----TTGGAAATTT-TTATTACAAACTTAACAAATTCTTT----TAACAAATTTGATTCGTAATAACGCATTTGAAACTTTg
gi|5 : TTATAA-TTCGTCATAAGG-GATGGAATTCGTTATAAC-GA-ATTGTAAACTTCCTAATAACAAATTCCAAAGTTTGAAATAACAAATTTCAAAATTTGAAATAACAAATT----AGA--TT--TG-AAG-T-AACA-A-T----TTCTAAAATTCGTTATATATCAAATTGCC--T--TCTGGGTAATTCGTTATGACAAATATTATGAAATCGT--------------ATCTTCGTCCAGCTGCATGTATCACGAAA---TTGAC--TTCAT-TTCAAACGTCCTGTtatattatgtaaaatt
gi|6 : CATG--GCTATATT-GTATGGCAGCCCATTTTGGATATATAAAAAA---------AAATAGAATAACGAATTTCAAAG--TTCTTTATTTCAAATTTTAATAACT--TGTTATTTCAAACTTTGAGA-TTCATAATTATGAGA--AAATGTTTTATAACTAA-TTTGTAAACTTTGTAATAGTTGTTTTTCAAATTTGAAA
gi|7 : aaaattcaaggttttataacaaaaacgAATAACGGATTTCCAAGTTAGAAATGAGGATTT----AAA--TT--TTGAAA---A--A-A-CGAA-TTCTGAAATTTGT--TATATCAAATGGCC--T--T-------ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTaaaacccaatacaaatctataaa
gi|7 : gtGGATTTAA-ATTTT-----GAAA-AAA-CG-AATTCT-------------GAAATTT-------------------GTTATATCAAATGGCCTT----ATTCATTATTACAAATTTAACGAATTCGTT---ATAACAAATTTAATCCGATAAAACGAATTTAAAAGTTTGAAAT---------------------AT--------TT-C-----AA---------------A------------------TTCAAA--AATATATTTGATAGGTCCTGAACGGGCTTCCGTAGtataacaaatttaatccgataaaacgaatttaaaagtttgaaatatttcaaattcaaaaatatatttgataggtcctgaacgggcttccgtaga
gi|8 : gtaataacggatttccaagttagaaatgaAA--TTCGTTATTTC-AATTTTAAT---T--TGCTGTT----ATTTT------------TAACA--ATCA------TTATAAA-GA-TT---AAA-TTCTTA-T----GCTTT----AT----AATAACGGATTTCAAAATCCAAAATAACGAA----------------------------------A-TTTTGATATTCGC--TGTATTGAATT--C--C--C-----TAATTGGTTAT-AC-------------TTGTATTGATCTTGAGACATCTTCGTCCAGCTACATGTATTATGAAG---Ta
gi|9 : ---------AAT-----TCGTTAAAACAAAT----TC-----------ATTACAAATTCAACATATTCATT---CTAACAAATCTAATTTGTTATAACGAATTTATAAGTTTGGAAT--------AACACAAATTATAAT--------TGGT-----AATGACGAGTTTGTCAAA------------------TTCAAA--AATAGTTTTGATAGGTCCTGAATGAGCTTCCGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GACTATCTCAACATCAGTACAATTTTCTAAAATTTTAAACAA