lowQualScore : 44444 55555555555 33333 111 2222222222 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 111111111 333333333 4444 111111111 4444444444 3 1
lowQualScore : 44444 11111111111 11111 4 444 88 2 555 3 3 44 3 888888 1111111111 3 9 6 222 44 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000 3 66 3 3 44 555 66 3 8888888 3 777777 2 555555555 3 77 3 3 333333333 0 555 44 3 2222 3 444444444 3 555 3 4444444444 3 3 3 3 1 3
lowQualScore : ..... ........... ..... . ... .. . ... . . .. . ...... .......... . . . ... .. ............................................................ ....... . .. . . .. ... .. . ....... . ...... . ......... . .. . . ......... . ... .. . .... . ......... . ... . .......... . . . . . .
lowQualScore : 22222 00000000000 22222 4 111 11 9 000 1 1 22 1 555555 3333333333 1 2 2 555 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888888 3 77 1 1 22 888 44 3 9999999 3 111111 2 555555555 1 99 3 3 222222222 2 000 66 3 5555 6 555555555 6 888 3 3333333333 6 3 6 6 1 6
consensus : CCATTCAAGGT-TAGGCCTA-T--------TGACAGCGCTCAGA-T-GAAATATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----TNCNGNNNTNTANTGNANNNCCNCCNNCGNNTNTNTTTNNATTGNNNNNGTTT-------AC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTT-GT-A----CC-C---C--CCCCC--CA----ACCA-C--AT-TT-TCATTGA-----AGA--AGAC--GA-TAGTAC--CTGTG-CTCA---------AGGCATGCAAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-TCACCGA-GTG-AA-AAAT-TGCTAATA
Reference ( gi|2 ) : CCATTCAAAGTGTAGGCCT--T--------TGACAGTGCTCAGA-T-AGAATATC-TCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-------AC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-TCTATGTT-GT-A----CC-C---C--CCTCC--CA----ACCA-C--AT-TT-TCATTGA-----AGA--AGAC--GA-TAGTAC-GCTGTG-CTCA---------AGGCATGCAAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-TCACCGATGTG-AA-AACT-TGCTAATA
gi|6 : CCATTCAG-GT-TAGGCCTA-T--------TGACA---CT-AGA-TGAAAATATC-CCCGGC-C-----G-ACT-T--G-CGATGTT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-------AC-TA-TA-CCATTA-C--TG-----T-CCTATGTT-GTAA----CC-CCCAC--CCCCC--CA----ACCA-C--AT-TT-TCA-TGAC----AAA--AGAC--GA-TAG----ACTGTG-CTC----------AGGCATGCAAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-TCACAGA-GTG-AA-AAAT-TGCTAATA
gi|7 : CCATTCAAGGT--AGGCCTGAT--------TGACGGCA---AGA-T-GAAATATC-CCCGGCGC---CTG-ACT-T--G---A--------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AATAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTACGTT-------AC-TAACA-CCATTA-C--GGA-A-AT-CCTATGT-----A----CC-C---C--C-------A----ACCA-C--AT-TT-TCAATGAAT---AGA--AAAC--GATTAGTACTG--GTG---CA---------AGGCATGCAAAGA---C-TGCCC---ACT-----TACTTCACCGA-GTG--A-AATT-TGCTAATAa
gi|3 : CCATTCAA---GTAGGCCT--TTAGCCCTATGACAG----CAGA-T-GAAATATC-CCC-GC-C---CCA-ACT-T--G------------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTANNNNNN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNN-NN-N----NN-N---N--NNNNN--NN----NNCA-CACAT-TT-TCA-TGAAT---AGA--AGAC--GA-TAGTA---CTGTG-CTCA---------AAGCATGCAAGGA---C-TG-CCA----T-----TAC-TCACCGA-GTG-AA-AAAT-CGCTAATA
gi|12 : CATTCACAGT--AGGCCTA-T--------TGACAGTGCTCAGA-C-GAAATATC-CCCGGC-C---CC--ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTTA-AAAT-T-CGG-GG---TC--AAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-------AC-TA-CA-CCATTACC--GGA-G-AT-CCTATGTT-GT-A----CC-C---C--CCCCC--------ACCA-a
gi|4 : ATTCAA---GTAGGCCTA-T--------TGACAGTGCTCAGAAT-GCAATATT-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTT--AAATGT-C-G-G---------AT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TT-------AC-TA-CA-CCATTA-C--GGAAG-AT-CCTATGTT-GT-A----GC-C---C--CCCCC--CA------CG-C--AT-TT-TCATAAC-----AGA--GGAG--GA-TAGTAC---TGTG-CTCAGGCCAGTCAAGGCATGCAAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-TCACCGA-GTG-AA-AA-T-TGTTAATA
gi|17 : TTCAAGGT--AGGCCTA-T--------TGACAG----CAGA-T-GAAATATT-CCTGGC-C---
gi|5 : AGA-T-GAAATATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATA--T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-------------TA-CNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNN-NN-N----NN-N---N--NNNNN--NN----NNNA-C--AT-TT-CCAT-GA-----ATA---GAC--GA-TAGTAC---TGTG-CTCA---------AGGCATGCAAGGA---C-TGCCCATTACCGG---TAT-TCACCAA-GTG-AA-AAAT-TGCTAA
gi|1 : cccactcaacaaggctaccgaccggtAGA-T-AAAATATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-TTTG-CGAT--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATATTN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGCGTTT-------AN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNN-NN-N----NN-N---N--NNNNN--NNNNNNACCA-C--ATATT-TCAT-GA-----ATA---GAC--GA-TAGTAC---TGTG-CTCA---------AGGCATGCAAGGA---C-TGCC----ATTACCGGTAT-TCACCAA-GTG-AAGAAAT-TGCTAAc
gi|9 : cccactcaaacaaggctaccggccggtGA-T-GAAATATC-CCCGCC-G---CCGGACTGT--GGCGAT--T---TTTA----TT---AAATGT-G-G-GG---TC--AAT---T-----AACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGACGGTCT-------ACGTT-TA-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNN-NN-N----NN-N---N--NNNNN--NN----NNNATC--AT-TT-TCAT-GA-----ATA--AGACCAGA-TAGTAC---TGTG-CTCA---------AG-CATGCAAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-TCACCGATGTGAAA-AATT-TGCTAATAc
gi|16 : gAATATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTTA----TT---AAATGT-CGG-GG---TC--AAT---a
gi|8 : tgaATATCATCCGGC-CATTTTG-ACT-T--C-CGAT--T---TTCCTTGCTT---AAATGTTC-G-GGGGTTCCGAAT------------AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTACGTTT-------AC-TG-CAACCATTA-C--GGA-TTAT-TCTATCTTTGA-A----GC-C---G--CCTCC---A----CCCG-C--TT-TTCTCAT-GA-----AGT--AGAC--GA-TAG
gi|13 : tTC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--A-CGAT--T---TTT-----TT---TAATGT-CGG-GG---TC--A-----T-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-------AC-TG-CA-CCATTA-C--Ggcctagttaagtagacttgttccaacccagtcaaaagacttgccctattactgggcaccgagcgagaaa
gi|19 : CCGGT-C---CCG-AAT-T--G-CGAT--TTTGTTT-----TT---AAATGT-C-G-G
gi|10 : cGC-C---CCG-ACT-T--G-CGATATT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-------AC-TATTA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTT-GTAA----CC-C---CCACCCCC--CA----ACCA-C--AT-TT-TCA-TGAAC---AGA--AGAC--GA-TAGTAC----GTG-CTCA---------AGGCATGCAAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-TCACCGA-GTG-AA-AAATATGCTAATA
gi|11 : tTT-------AC-TG-C--CCATTA-CTGGAA-G-ATGCCTATGTT-GT-A----GCAC---C--CCTCCACCG----ACCA-CC-AC-CA-CCACCAACACACAAT--AGAC--TA-TACTAT--CTGTGTCTCA---------AG-CAGTCAAAGAAGGC-TGCTCA----T-----TAC-TCAC-GAGATG-AA-AAC--TGTTAATA
gi|14 : aatgtaaccctctgcacgatttttgttttttctggaccgtctacggtt-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTT-GT-AGNNNNN-N---N--NNNNN--NN----NNNN-N--NN-NN-NNNNNNN-----AGAATAGAC--TA-TACTA---CTGTG-CTCA---------AGCCAGTCAAAGG---CATGCac
gi|15 : CCA-C--AT-TT-TC-CTGA-----AAA--A-AC--GT-TAGTAC---TGTC-CTAA---------AGCCATTCAAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-TCACCGA-GCG-AA-AAAT-TACTAATAa
gi|18 : AAGGA---C-TGCTCA----T-----TAC-TCACCGA-GTG-AA-AACT-TGTTAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 2222222 1111111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111111111 111111111 222222222222222222 111111111 33333333333
lowQualScore : 44444444444 4 9999999 3 3 2 2 444 2 2 33 2 77 555 8888888888 2 8 5 111 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2 5 2 33 6 3 44444444 3 44 0000000000000 5 3 3 999999999 88 44 44 3 666666666666666666 3 222222222 2 555 5 55555555555 3 555 6 3 2 3 3 3
lowQualScore : ........... . ....... . . . . ... . . .. . .. ... .......... . . . ... .. ............................................................. . . . . . .. . . ........ . .. ............. . . . ......... .. .. .. . .................. . ......... . ... . ........... . ... . . . . . .
lowQualScore : 44444444444 4 1111111 6 3 9 7 777 9 9 99 9 99 000 5555555555 9 6 7 555 22 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 9 7 9 99 2 1 55555555 1 22 4444444444444 7 1 1 333333333 55 22 22 1 000000000000000000 1 333333333 9 000 7 66666666666 1 444 2 1 3 1 1 3
consensus : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNNCG--T-TTAC-TA-C-ACCATTA-C--GGA-GAT-CCTATGTTGT---A----CCC-C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
Reference ( family-1188 ) : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCTCAGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----TNCNGNNNTNTANTGNANNNCCNCCNNCGNNTNTNTTTNNATTGNNNNNG--T-TTAC-TA-C-ACCATTA-C--GGA-GAT-CCTATGTTGT---A----CCC-C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
gi|1 : CCACTCAAA---------CAAGGCT-ACCGGC--CGGT-AGA-TAAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-TTTG-CGAT--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATATTN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGCG--T-TTAN-NN-N-NNNNNNN-N--NNN-NNN-NNNNNNNNNN---N----NNN-N--NNNNNNNNNNNAC-------CA-CATATT-TCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCC----ATTACCGGTAT-T---CACCAA-G-TGAAGAAA-T-TGCTAA
gi|10 : cGC-C---CCG-ACT-T--G-CGATATT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----T-TTAC-TA-TTACCATTA-C--GGA-GAT-CCTATGTTGTA--A----CCC-CCACCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAAC---A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC---GTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-TATGCTAATAc
gi|11 : tTTTTTCTGGACCGTCTACGGTT-TTAC-TG-C--CCATTA-CTGGAA-GATGCCTATGTTGTAGCA----CCC-C--TCCACCG----AC-------CACCAC-CA-CCACCAACACACA--AT--AGAC--TAT-AC---T----------AT-CTGTGTC---------TCAA-GCAGTC-AAAGAAGGC-TGCTCA----T-----TAC-T---CA-CGA-GATG-A-AAA-C-TGTTAATA
gi|12 : aatgtaaccctctgcacgatttttgtCATTCACA---G---T--AGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGA-CGAAA-TATC-CCCGGC-C---CC--ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTTA-AAAT-T-CGG-GG---TC--AAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--T-TTAC-TA-C-ACCATTACC--GGA-GAT-CCTATGTTGT---A----CCC-C--CCCCC------AC-------CA-ac
gi|13 : TC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--A-CGAT--T---TTT-----TT---TAATGT-CGG-GG---TC--A-----T-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--T-TTAC-TG-C-ACCATTA-C--G
gi|14 : -C-ACCATTA-C--GGA-GAT-CCTATGTTGT---AGNNNNNN-N--NNNNNNN----NN-------NN-NNN-NN-NNNNNNN-----A--GAATAGAC--TAT-AC---T----------A--CTGTG-C---------TCAAGCCAGTC-AAAGG---CATGC
gi|15 : C-------CA-CAT-TT-TC-CTGA-----A--AA--A-AC--GTT-AG---T----------AC--TGTC-C---------TAAAGCCATTC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-CGAA-AAA-T-TACTAATAa
gi|16 : -TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTTA----TT---AAATGT-CGG-GG---TC--AAT---
gi|17 : TTCAAG---G---T--AGGCCT-ATTGACAGC----AGA-TGAAA-TATT-CCTGGC-C---
gi|18 : -AAGGA---C-TGCTCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAC-T-TGTTAATA
gi|19 : -CCCGGT-C---CCG-AAT-T--G-CGAT--TTTGTTT-----TT---AAATGT-C-G-Ga
gi|2 : CCATTCAAA---G---TGTAGGCCT--TTGACAGTGCTCAGA-TAGAA-TATC-TCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-TTAC-TA-C-ACCATTA-C--GGA-GAT-TCTATGTTGT---A----CCC-C--CCTCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------ACGCTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAC-T-TGCTAATA
gi|3 : CCATTCAAGTAGGCCTT-TAGCCCT-AT-GACAGC----AGA-TGAAA-TATC-CCCG-C-C---CCA-ACT-T--G------------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TTAN-NN-N-NNNNNNN-N--NNN-NNN-NNNNNNNNNN---N----NNN-N--NNNNNNN----NNNNNNNCACA-CAT-TT-TCAT-GA-----ATAGA--AGAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAAGCATGC-AAGGA---C-TGCC----A-T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-CGCTAATA
gi|4 : ATTCAAG---------TAGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGAATGCAA-TATT-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTT--AAATGT-C-G-GA---T---------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--T-TTAC-TA-C-ACCATTA-C--GGAAGAT-CCTATGTTGT---A----GCC-C--CCCCCCA-------------CG-CAT-TT-TCATAAC-----A--GA--GGAG--GAT-AG---T----------A--CTGTG-CTCAGGCCAGTCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TG-A-AAA-T-TGTTAATAa
gi|5 : CCACTCAA----------CAAGGCT-ACCGAC--CGGT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGAT--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATA--T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-TT------T-ACNNNNN-N--NNN-NNN-NNNNNNNNNN---N----NNN-N--NNNNNNN----NN-------NA-CAT-TT-CCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACCGG---TAT-T---CACCAA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAA
gi|6 : cCCATTCA-G---G---T-TAGGCCT-ATTGACA---CT-AGA-TGAAAATATC-CCCGGC-C-----G-ACT-T--G-CGATGTT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT---T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----T-TTAC-TA-T-ACCATTA-C--TG----T-CCTATGTTGT---AACC-CCCAC--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAC----A--AA--AGAC--GAT-AG--------------A--CTGTG-C---------TC-AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACAGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATAc
gi|7 : CCATTCAAG---G---T--AGGCCTGATTGACGGCA---AGA-TGAAA-TATC-CCCGGCGC---CTG-ACT-T--G---A--------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AATA--T-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTA--CGTTAC-TAAC-ACCATTA-C--GGA-AAT-CCTATGT------A----CCC-C--C-----A----AC-------CA-CAT-TT-TCAATGA-----ATAGA--AAAC--GATTAG---T----------AC-TGGTG-C-----------AAGGCATGC-AAAGA---C-TGCCC---ACT-----TACTT---CACCGA-G-TG-A-AAT-T-TGCTAATAa
gi|8 : A-TATCATCCGGC-CATTTTG-ACT-T--C-CGAT--T---TTCCTTGCTT---AAATGTTC-G-GGGGTTCCGAAT------------AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTACG--T-TTAC-TG-CAACCATTA-C--GGATTAT-TCTATCTTTG---A----AGC-C--GCCTCCA----CC-------CG-CTT-TTCTCA-TGA-----A--GT--AGAC--GAT-AGGCCTAGTTAAGTAGAC-TTGTT-C----------CAACCCAGTCAAAAGA---CTTGCCCT--A-T-----TAC-TGGGCACCGA-G-CGAG-AAA-
gi|9 : tGA-TGAAA-TATC-CCCGCC-G---CCGGACTGT--GGCGAT--T---TTTA----TT---AAATGT-G-G-GG---TC--AAT---T-----AACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGACGG--T-CTACGTT-T-ANNNNNN-N--NNN-NNN-NNNNNNNNNN---N----NNN-N--NNNNNNN----NN-------NATCAT-TT-TCAT-GA-----A--TA--AGACCAGAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAG-CATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAATT-TGCTAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 2222222 1111111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111111111 111111111 222222222222222222 111111111 33333333333
lowQualScore : 44444444444 4 7777777 3 3 2 2 444 2 2 33 2 44444 555 8888888888 2 8 5 111 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 5 2 2 33 444 3 22222222 555 44 0000000000000 5 3 3 999999999 88 44 44 3 666666666666666666 3 222222222 2 555 5 55555555555 3 555 6 3 2 3 3 3
lowQualScore : ........... . ....... . . . . ... . . .. . ..... ... .......... . . . ... .. ............................................................. . . . . .. ... . ........ ... .. ............. . . . ......... .. .. .. . .................. . ......... . ... . ........... . ... . . . . . .
lowQualScore : 44444444444 4 4444444 6 3 9 7 777 9 9 99 9 11111 000 5555555555 9 6 7 555 22 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 7 9 9 99 666 1 22222222 444 22 4444444444444 7 1 1 333333333 55 22 22 1 000000000000000000 1 333333333 9 000 7 66666666666 1 444 2 1 3 1 1 3
consensus : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
Reference ( family-1188 ) : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
gi|1 : CCACTCAAA---------CAAGGCT-ACCGGC--CGGT-AGA-TAAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-TTTG-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGCG--TTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNNNNNNAC-------CA-CATATT-TCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCC----ATTACCGGTAT-T---CACCAA-G-TGAAGAAA-T-TGCTAA
gi|10 : cGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--TATT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TATTA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGTA--A----CCC---CCACCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAAC---A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC---GTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-TATGCTAATAc
gi|11 : tTTTTTCTGGACCGTCTA--CGGTTTTAC-TG-C--CCATTA-CTGGAA-G-ATGCCTATGTTGTAGCA----CCC---C--TCCACCG----AC-------CACCAC-CA-CCACCAACACACA--AT--AGAC--TAT-AC---T----------AT-CTGTGTC---------TCAA-GCAGTC-AAAGAAGGC-TGCTCA----T-----TAC-T---CA-CGA-GATG-A-AAA-C-TGTTAATA
gi|12 : aatgtaaccctctgcacgatttttgtCATTCACA---G---T--AGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGA-CGAAA-TATC-CCCGGC-C---CC--ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTA-AAAT-T-CGG-GG---TC--AAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTACC--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCC------AC-------CA-ac
gi|13 : TC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--A-CGA--T--T---TTT-----TT---TAATGT-CGG-GG---TC--A---T-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TG-CA-CCATTA-C--G
gi|14 : -CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---AGNNNNNN---N--NNNNNNN----NN-------NN-NNN-NN-NNNNNNN-----A--GAATAGAC--TAT-AC---T----------A--CTGTG-C---------TCAAGCCAGTC-AAAGG---CATGC
gi|15 : C-------CA-CAT-TT-TC-CTGA-----A--AA--A-AC--GTT-AG---T----------AC--TGTC-C---------TAAAGCCATTC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-CGAA-AAA-T-TACTAATAa
gi|16 : -TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-CGG-GG---TC--AAT-
gi|17 : TTCAAG---G---T--AGGCCT-ATTGACAGC----AGA-TGAAA-TATT-CCTGGC-C---
gi|18 : -AAGGA---C-TGCTCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAC-T-TGTTAATA
gi|19 : -CCCGGT-C---CCG-AAT-T--G-CGA--T--TTTGTTT-----TT---AAATGT-C-G-Ga
gi|2 : CCATTCAAA---G---TGTAGGCCT--TTGACAGTGCTCAGA-TAGAA-TATC-TCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-TCTATGTTGT---A----CCC---C--CCTCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------ACGCTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAC-T-TGCTAATA
gi|3 : CCATTCAAGTAGGCCTT-TAGCCCT-AT-GACAGC----AGA-TGAAA-TATC-CCCG-C-C---CCA-ACT-T--G--------------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNTTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NNNNNNNCACA-CAT-TT-TCAT-GA-----ATAGA--AGAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAAGCATGC-AAGGA---C-TGCC----A-T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-CGCTAATA
gi|4 : ATTCAAG---------TAGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGAATGCAA-TATT-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTT--AAATGT-C-G-GA---T-------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGAAG-AT-CCTATGTTGT---A----GCC---C--CCCCCCA-------------CG-CAT-TT-TCATAAC-----A--GA--GGAG--GAT-AG---T----------A--CTGTG-CTCAGGCCAGTCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TG-A-AAA-T-TGTTAATAa
gi|5 : CCACTCAA----------CAAGGCT-ACCGAC--CGGT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTT------TA-CNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NA-CAT-TT-CCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACCGG---TAT-T---CACCAA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAA
gi|6 : cCCATTCA-G---G---T-TAGGCCT-ATTGACA---CT-AGA-TGAAAATATC-CCCGG------CCG-ACT-T--G-CGATGT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-TA-CCATTA-C--TG-----T-CCTATGTTGTA--A----CCCCCAC--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAC----A--AA--AGAC--GAT-AG--------------A--CTGTG-C---------TC-AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACAGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATAc
gi|7 : CCATTCAAG---G---T--AGGCCTGATTGACGGCA---AGA-TGAAA-TATC-CCCGGCGC---CTG-ACT-T--G---A----------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTACG--TT-AC-TAACA-CCATTA-C--GGA-A-AT-CCTATGT------A----CCC---C--C-----A----AC-------CA-CAT-TT-TCAATGA-----ATAGA--AAAC--GATTAG---T----------AC-TGGTG-C-----------AAGGCATGC-AAAGA---C-TGCCC---ACT-----TACTT---CACCGA-G-TG-A-AAT-T-TGCTAATAa
gi|8 : A-TATCATCCGGC-CATTTTG-ACT-T--C-CGA--T--T---TTCCTTGCTT---AAATGTTC-G-GGGGTTCCGAAT----------AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTA--CG--TTTAC-TG-CAACCATTA-C--GGA-TTAT-TCTATCTTTG---A----AGC---C--GCCTCCA----CC-------CG-CTT-TTCTCAT-GA-----A--GT--AGAC--GAT-AGGCCTAGTTAAGTAGAC-TTGTT-C----------CAACCCAGTCAAAAGA---CTTGCCCT--A-T-----TAC-TGGGCACCGA-G-CGAG-AAA-
gi|9 : tGA-TGAAA-TATC-CCCGCC-G---CCGGACTGT--GGCGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-G-G-GG---TC--AAT-T-----AACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGAC--GG--TCTACGTT-TA-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NATCAT-TT-TCAT-GA-----A--TA--AGACCAGAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAG-CATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAATT-TGCTAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 2222222 1111111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111111111 111111111 222222222222222222 111111111 33333333333
lowQualScore : 44444444444 4 7777777 3 3 2 2 444 2 2 33 2 44444 555 8888888888 2 8 5 111 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 5 2 2 33 444 3 22222222 555 44 0000000000000 5 3 3 999999999 88 44 44 3 666666666666666666 3 222222222 2 555 5 55555555555 3 555 6 3 2 3 3 3
lowQualScore : ........... . ....... . . . . ... . . .. . ..... ... .......... . . . ... .. ............................................................. . . . . .. ... . ........ ... .. ............. . . . ......... .. .. .. . .................. . ......... . ... . ........... . ... . . . . . .
lowQualScore : 44444444444 4 4444444 6 3 9 7 777 9 9 99 9 11111 000 5555555555 9 6 7 555 22 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 7 9 9 99 666 1 22222222 444 22 4444444444444 7 1 1 333333333 55 22 22 1 000000000000000000 1 333333333 9 000 7 66666666666 1 444 2 1 3 1 1 3
consensus : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
Reference ( family-1188 ) : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
gi|1 : CCACTCAAA---------CAAGGCT-ACCGGC--CGGT-AGA-TAAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-TTTG-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGCG--TTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNNNNNNAC-------CA-CATATT-TCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCC----ATTACCGGTAT-T---CACCAA-G-TGAAGAAA-T-TGCTAA
gi|10 : cGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--TATT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TATTA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGTA--A----CCC---CCACCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAAC---A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC---GTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-TATGCTAATAc
gi|11 : tTTTTTCTGGACCGTCTA--CGGTTTTAC-TG-C--CCATTA-CTGGAA-G-ATGCCTATGTTGTAGCA----CCC---C--TCCACCG----AC-------CACCAC-CA-CCACCAACACACA--AT--AGAC--TAT-AC---T----------AT-CTGTGTC---------TCAA-GCAGTC-AAAGAAGGC-TGCTCA----T-----TAC-T---CA-CGA-GATG-A-AAA-C-TGTTAATA
gi|12 : aatgtaaccctctgcacgatttttgtCATTCACA---G---T--AGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGA-CGAAA-TATC-CCCGGC-C---CC--ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTA-AAAT-T-CGG-GG---TC--AAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTACC--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCC------AC-------CA-ac
gi|13 : TC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--A-CGA--T--T---TTT-----TT---TAATGT-CGG-GG---TC--A---T-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TG-CA-CCATTA-C--G
gi|14 : -CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---AGNNNNNN---N--NNNNNNN----NN-------NN-NNN-NN-NNNNNNN-----A--GAATAGAC--TAT-AC---T----------A--CTGTG-C---------TCAAGCCAGTC-AAAGG---CATGC
gi|15 : C-------CA-CAT-TT-TC-CTGA-----A--AA--A-AC--GTT-AG---T----------AC--TGTC-C---------TAAAGCCATTC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-CGAA-AAA-T-TACTAATAa
gi|16 : -TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-CGG-GG---TC--AAT-
gi|17 : TTCAAG---G---T--AGGCCT-ATTGACAGC----AGA-TGAAA-TATT-CCTGGC-C---
gi|18 : -AAGGA---C-TGCTCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAC-T-TGTTAATA
gi|19 : -CCCGGT-C---CCG-AAT-T--G-CGA--T--TTTGTTT-----TT---AAATGT-C-G-Ga
gi|2 : CCATTCAAA---G---TGTAGGCCT--TTGACAGTGCTCAGA-TAGAA-TATC-TCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-TCTATGTTGT---A----CCC---C--CCTCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------ACGCTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAC-T-TGCTAATA
gi|3 : CCATTCAAGTAGGCCTT-TAGCCCT-AT-GACAGC----AGA-TGAAA-TATC-CCCG-C-C---CCA-ACT-T--G--------------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNTTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NNNNNNNCACA-CAT-TT-TCAT-GA-----ATAGA--AGAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAAGCATGC-AAGGA---C-TGCC----A-T-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-CGCTAATA
gi|4 : ATTCAAG---------TAGGCCT-ATTGACAGTGCTCAGAATGCAA-TATT-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTT--AAATGT-C-G-GA---T-------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGAAG-AT-CCTATGTTGT---A----GCC---C--CCCCCCA-------------CG-CAT-TT-TCATAAC-----A--GA--GGAG--GAT-AG---T----------A--CTGTG-CTCAGGCCAGTCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGA-G-TG-A-AAA-T-TGTTAATAa
gi|5 : CCACTCAA----------CAAGGCT-ACCGAC--CGGT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTT------TA-CNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NA-CAT-TT-CCAT-GA-----A--TA---GAC--GAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACCGG---TAT-T---CACCAA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAA
gi|6 : cCCATTCA-G---G---T-TAGGCCT-ATTGACA---CT-AGA-TGAAAATATC-CCCGG------CCG-ACT-T--G-CGATGT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-TA-CCATTA-C--TG-----T-CCTATGTTGTA--A----CCCCCAC--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCA-TGAC----A--AA--AGAC--GAT-AG--------------A--CTGTG-C---------TC-AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCATTACT-----GAC-T---CACAGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATAc
gi|7 : CCATTCAAG---G---T--AGGCCTGATTGACGGCA---AGA-TGAAA-TATC-CCCGGCGC---CTG-ACT-T--G---A----------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTACG--TT-AC-TAACA-CCATTA-C--GGA-A-AT-CCTATGT------A----CCC---C--C-----A----AC-------CA-CAT-TT-TCAATGA-----ATAGA--AAAC--GATTAG---T----------AC-TGGTG-C-----------AAGGCATGC-AAAGA---C-TGCCC---ACT-----TACTT---CACCGA-G-TG-A-AAT-T-TGCTAATAa
gi|8 : A-TATCATCCGGC-CATTTTG-ACT-T--C-CGA--T--T---TTCCTTGCTT---AAATGTTC-G-GGGGTTCCGAAT----------AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTA--CG--TTTAC-TG-CAACCATTA-C--GGA-TTAT-TCTATCTTTG---A----AGC---C--GCCTCCA----CC-------CG-CTT-TTCTCAT-GA-----A--GT--AGAC--GAT-AGGCCTAGTTAAGTAGAC-TTGTT-C----------CAACCCAGTCAAAAGA---CTTGCCCT--A-T-----TAC-TGGGCACCGA-G-CGAG-AAA-
gi|9 : tGA-TGAAA-TATC-CCCGCC-G---CCGGACTGT--GGCGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-G-G-GG---TC--AAT-T-----AACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGAC--GG--TCTACGTT-TA-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN---N----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NATCAT-TT-TCAT-GA-----A--TA--AGACCAGAT-AG---T----------AC--TGTG-C---------TCAAG-CATGC-AAGGA---C-TGCCCA----T-----TAC-T---CACCGATG-TGAA-AAATT-TGCTAATA
blockSeqs : GTAGGCCTTT G AGTGCTC A A A G ATT G G . G TAT TTG CTTGCTT T G A GGT CG TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G T A C TG AG G AGNNN CCA CA NNNNNNNCA C . C CCAACACAC TA AT CA T GCCTAGTTAAGTAGACT T TCAGGCCAG A AGG A ATTACCGG T GGG T A A . T A
blockSeqs : AGTGT . AGTGCTC . . . . . . . . . TGT . TTTTC . G A G . ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTACG . A . . . TT . AGCA . . AC T . . TGAAC TA . . . TACGC . . . . T ATTACT . . T . A . . .
blockSeqs : GGTT . AGTGCTC . . . . . . . . . T . TTTA . G . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . G . AA . . AC . . . NNNN . . . . TATC . . . . . ATTACT . . . . A . . .
blockSeqs : AGT . CGGT . . . . . . . . . T . ATT . . . . . ATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . G . AA . . AC . . . CTGA . . . . TACT . . . . . AACT . . . . A . . .
blockSeqs : GGT . GGCA . . . . . . . . . T . TTT . . . . . TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . G . A . . NN . . . TTGA . . . . TAC . . . . . ACT . . . . A . . .
blockSeqs : GGT . AGC . . . . . . . . . T . ATT . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . G . A . . AC . . . TAAC . . . . TAC . . . . . TAT . . . . A . . .
blockSeqs : GT . AGC . . . . . . . . . T . TT . . . . . TAACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGACGG . . . . . G . N . . NN . . . TGAC . . . . TAC . . . . . AT . . . . A . . .
blockSeqs : C . ACT . . . . . . . . . T . TT . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . N . A . . AC . . . ATGA . . . . TAC . . . . . AT . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TT . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . N . N . . AC . . . TGA . . . . TAC . . . . . AT . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . TT . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . A . . CC . . . TGA . . . . TAC . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . TT . . . . . AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTACG . . . . . N . A . . NN . . . TGA . . . . TAC . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . N . . . . . . TGA . . . . AC . . . . . AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GGT******** AGTCTC* ** TT******** *** AC*********** TGA****** AT*********
originalCons : CCATTCAAG---G---T-TAGGCCT-ATTGACAGCGCT-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-CAT-TT-TCATTGA-----A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCA--ACT-----TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
finalCons : CCATTCAAGGT--------AGGCCT-ATTGACAGTCTC-AGA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTTTT--------AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT---A----CCC---C--CCCCCCAAC-----------CA-CAT-TT-TCATGA------A--GA--AGAC--GAT-AG---T----------AC-CTGTG-C---------TCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCCAT---------TAC-T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 33333333 1111111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111111111 1111111111111 222222222222222222 111111111 1111 222222
lowQualScore : 22222 4 4444444 88888888 4 3 3 2 2 444 2 2 33 2 44444 555 8888888888 2 8 5 111 44 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 5 2 2 33 444 3 55555555 555555 0000000000000 2 3 3 3 3 3 6666666666666 44 3 666666666666666666 3 222222222 2 555 5 3 77 3333 000000 555 6 3 2 3 3 3
lowQualScore : ..... . ....... ........ . . . . . ... . . .. . ..... ... .......... . . . ... .. ............................................................. . . . . .. ... . ........ ...... ............. . . . . . . ............. .. . .................. . ......... . ... . . .. .... ...... ... . . . . . .
lowQualScore : 00000 4 4444444 77777777 0 6 3 9 7 777 9 9 99 9 11111 000 5555555555 9 6 7 555 22 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 7 9 9 99 666 1 22222222 888888 4444444444444 9 1 1 1 1 1 1111111111111 22 1 000000000000000000 1 333333333 9 000 7 1 33 1111 888888 444 2 1 3 1 1 3
consensus : CCATTCAAGGT--AGGCCT-AT-------TGAC-GGT-CTCA-GA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT-A-----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TC-A-TGA--A--GA------AGAC--GA-TAG---T----------AC-CTGTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----AC------T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
Reference ( family-1188 ) : CCATTCAAGGT--AGGCCT-AT-------TGAC-AGT-CTCA-GA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----TNCNNNNNTNTANTGNANNNNNNNCNNCGNNTNTNTTTGNATCGCNNN--CG--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT-A-----CCC---C--CCCCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TC-A-TGA--A--GA------AGAC--GA-TAG---T----------AC-CTGTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----AC------T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATA
gi|1 : CCACTCAAACA--AGGC-T-AC-------CGGCCGGT----A-GA-TAAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-TTTG-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAGCG--TTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN-N-----NNN---N--NNNNNNNNNNNAC-------CA-C-ATATT-TC-A-TGA--A--TA-------GAC--GA-TAG---T----------AC--TGTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TG-CC-A--TT----ACCGGTATT---CACCAA-G-TGAAGAAA-T-TGCTAA
gi|10 : cGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--TATT---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TATTA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGTAA-----CCC---CCACCCCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TC-A-TGAACA--GA------AGAC--GA-TAG---T----------AC---GTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TTACTGAC------T---CACCGA-G-TGAA-AAA-TATGCTAATAc
gi|11 : tTTTTTCTGGACCGTCTA--CGGTTTTAC-TG-C--CCATTA-CTGGAA-G-ATGCCTATGTTGT-AGCA--CCC---C--TCCACCG----AC-------CA-CCAC-CA-CC-A-CCA--A--CACACAATAGAC--TA-TAC---T----------AT-CTGTGTCTCA---------AG-CAGTC-AAAGAAGGC-TGCTC-A--TT----AC------T---CA-CGA-GATG-A-AAA-C-TGTTAATA
gi|12 : aatgtaaccctctgcacgatttttgtCATTCACAGT--AGGCCT-AT-------TGAC-AGTGCTCA-GA-CGAAA-TATC-CCCGGC-C---CC--ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTA-AAAT-T-CGG-GG---TC--AAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTACC--GGA-G-AT-CCTATGTTGT-A-----CCC---C--CCCCC------AC-------CA-ac
gi|13 : TC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--A-CGA--T--T---TTT-----TT---TAATGT-CGG-GG---TC--A---T-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TG-CA-CCATTA-C--G
gi|14 : -CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-CCTATGTTGT-AGNNNNNNN---N--NNNNNNN----NN-------NN-N-NN-NN-NN-N-NNN--A--GAAT----AGAC--TA-TAC---T----------A--CTGTG-CTCA---------AGCCAGTC-AAAGG---CATGC
gi|15 : C-------CA-C-AT-TT-TC-C-TGA--A--AA------A-AC--GT-TAG---T----------AC--TGTC-CTAA---------AGCCATTC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----AC------T---CACCGA-G-CGAA-AAA-T-TACTAATAa
gi|16 : -TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-CGG-GG---TC--AAT-
gi|17 : TTCAAGGT--AGGCCT-AT-------TGAC-AG----CA-GA-TGAAA-TATT-CCTGGC-C---
gi|18 : -AAGGA---C-TGCTC-A--TT----AC------T---CACCGA-G-TGAA-AAC-T-TGTTAATA
gi|19 : -CCCGGT-C---CCG-AAT-T--G-CGA--T--TTTGTTT-----TT---AAATGT-C-G-Ga
gi|2 : CCATTCAAAGTGTAGGCCT--T-------TGAC-AGTGCTCA-GA-TAGAA-TATC-TCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGA-G-AT-TCTATGTTGT-A-----CCC---C--CCTCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TC-ATTGA--A--GA------AGAC--GA-TAG---T----------ACGCTGTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-AACTT----AC------T---CACCGATG-TGAA-AAC-T-TGCTAATA
gi|3 : CCATTCAAG-T--AGGCCT-TTAGCCCTATGAC-AG----CA-GA-TGAAA-TATC-CCCG-C-C---CCA-ACT-T--G--------------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AAT-T-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNTTTAN-NN-NN-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN-N-----NNN---N--NNNNNNN----NNNNNNNCACA-C-AT-TT-TC-A-TGA--ATAGA------AGAC--GA-TAG---T----------AC--TGTG-CTCA---------AAGCATGC-AAGGA---C-TGCC--A--TT----AC------T---CACCGA-G-TGAA-AAA-T-CGCTAATA
gi|4 : ATTCAAG-T--AGGCCT-AT-------TGAC-AGTGCTCA-GAATGCAA-TATT-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTT--AAATGT-C-G-GA---T-------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-CA-CCATTA-C--GGAAG-AT-CCTATGTTGT-A-----GCC---C--CCCCCCA-------------CG-C-AT-TT-TC-A-TAAC-A--GA------GGAG--GA-TAG---T----------AC--TGTG-CTCAGGCCAGTCAAGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----AC------T---CACCGA-G-TG-A-AAA-T-TGTTAATAa
gi|5 : CCACTCAA--C--AAGGCT-AC-------CGACCGGT----A-GA-TGAAA-TATC-CCCGGC-C---CCG-ACT-T--G-CGA--T--T---TTT-----TTTTCAAATGT-C-G-GGG--TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NTT------TA-CNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN-N-----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NA-C-AT-TT-CC-A-TGA--A--TA-------GAC--GA-TAG---T----------AC--TGTG-CTCA---------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----ACCGGTATT---CACCAA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAA
gi|6 : cCCATTCAGGTT--AGGCCT-AT-------TGAC-A---CT-A-GA-TGAAAATATC-CCCGG------CCG-ACT-T--G-CGATGT--T---TTT-----TT---AAATGT-C-G-GG---TC--AAT-T--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--TTTAC-TA-TA-CCATTA-C--TG-----T-CCTATGTTGTAA-----CCCCCAC--CCCCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TC-A-TGAC-A--AA------AGAC--GA-TAG--------------A--CTGTG-CTC----------AGGCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TTACTGAC------T---CACAGA-G-TGAA-AAA-T-TGCTAATAc
gi|7 : CCATTCAAGGT--AGGCCTGAT-------TGAC-GG----CAAGA-TGAAA-TATC-CCCGGCGC---CTG-ACT-T--G---A----------------------AAATGT-C-GAGG---TC--AATAT-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTACG--TT-AC-TAACA-CCATTA-C--GGA-A-AT-CCTA---TGT-A---------------CCCCCA----AC-------CA-C-AT-TT-TCAA-TGAATA--GA------AAAC--GATTAG---T----------AC-TGGTG---CA---------AGGCATGC-AAAGA---C-TGCCC-AC-TT----ACT-----T---CACCGA-G-TG-A-AAT-T-TGCTAATAa
gi|8 : A-TATCATCCGGC-CATTTTG-ACT-T--C-CGA--T--T---TTCCTTGCTT---AAATGTTC-G-GGGGTTCCGAAT----------AATGCTATACTGGATGCCTACCGATATGTGTGTTTGAATTGCTTA--CG--TTTAC-TG-CAACCATTA-C--GGA-TTAT-TCTATCTTTG-A-----AGC---C--GCCTCCA----CC-------CG-C-TT-TTCTC-A-TGA--A--GT------AGAC--GA-TAGGCCTAGTTAAGTAGAC-TTGTT-C-CA---------ACCCAGTCAAAAGA---CTTGCCCTA--TT----AC------TGGGCACCGA-G-CGAG-AAA-
gi|9 : t-GA-TGAAA-TATC-CCCGCC-G---CCGGACTGT--GGCGA--T--T---TTTA----TT---AAATGT-G-G-GG---TC--AAT-T-----AACTGGCATTTAATGTAACATCCTCTCCGATTTTTTTTTTATTCCGAC--GG--TCTACGTT-TA-NNNNNN-N--NNN-N-NN-NNNNNNNNNN-N-----NNN---N--NNNNNNN----NN-------NATC-AT-TT-TC-A-TGA--A--TA------AGACCAGA-TAG---T----------A--CTGTG-CTCA---------A-GCATGC-AAGGA---C-TGCCC-A--TT----AC------T---CACCGATG-TGAA-AAATT-TGCTAATA