lowQualScore : 11111 11111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 00000 22 33 00000000 3333333333333 22 777777777 111 4444444 111 1 111 99999999999999999999999999999999999999999999 6666666 1 111 3333333333333 22 111 9999999999999999999999999999999999 11 3333333333 2222 66666666666666666666666666666666666666666666666 333333333 444444 333333333333333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 33333333333333333333333333333333333333 1111 222222 111111 111111 1 44444444444444 222
lowQualScore : 6 6 22 5 00000 6 77 3 4 55 11111111 4 1111111111111 88 000000000 666 7 2222222 777 7 2 333 6 99999999999999999999999999999999999999999999 0 9 8888888 4 7 8 444 7 9999999999999 33 88 000 5 4444444444444444444444444444444444 66 33 2 5 0 4 7777777777 3333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555 4 999 000000000 5 1 000000 77 0 5 8888 1 888888888888888888888888 5 66 2222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444 44 888 55555 44444444444444444444444444444444444444 1 3333 4 777 555555 4 444444 5 8 999999 5 0 77777777777777 9 3 000
lowQualScore : . . .. . ..... . .. . . .. ........ . ............. .. ......... ... . ....... ... . . ... . ............................................ . . ....... . . . ... . ............. .. .. ... . .................................. .. .. . . . . .......... .... . ............................................... . ... ......... . . ...... .. . . .... . ........................ . .. .... ............................................................................................. ............ .. ... ..... ...................................... . .... . ... ...... . ...... . . ...... . . .............. . . ...
lowQualScore : 0 0 00 0 00000 0 55 0 0 55 55555555 0 5555555555555 55 555555555 000 0 2222222 555 0 5 222 0 11111111111111111111111111111111111111111111 7 7 7777777 5 0 0 333 9 0000000000000 00 00 000 7 2222222222222222222222222222222222 11 88 2 0 2 5 0000000000 8888 2 55555555555555555555555555555555555555555555555 4 000 111111111 8 4 111111 99 4 7 0000 4 000000000000000000000000 7 11 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 11 888 22222 22222222222222222222222222222222222222 1 1111 3 888 999999 4 222222 7 7 111111 7 0 00000000000000 0 7 000
consensus : NTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGGNNTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAGGGTCAGGCATTCANAGNAAAATAATAGCCCTACA--ATANAGTGGTGGNNTGTTTGTGGTTCNAACCGTAAAATGATTAANNAANNNAAAGATTTTGAA----N--TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACATTTNGTATNGAAGTCGC-C----TNTC-----T------A-----NTN-AAT-TGN-ATNCACTGTTGAGATGCTAGCATCATCTTTATCTTACAGATTTCGAATTT-CCTAT--GACAATNAATTTCTNAAA-TCGTTGAAAATTAA-TTC---AAC-ATTTC-----A--ATT--ATTC--TTT-AATTACTTAAATTTC-CTT--TTGA-TTATAGGACATGT--------TGTAANN--TGTTCCTTGAA-AA----TA-TA-----GNAT---ATA--GTTATATGCCCGAACNA-CATT-TNT-TTA--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTT-A-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAATG-----G--NAA-C-C--C-----C-TCCT-CCC----GAGTCAAAT---TCATTNC-C-----GAGGTGCACC---T--N--G---TACTGTAT-GTTCGN--AGAATTATACAAGT----T---TGT---CCTCTGCGAAAG-CAA--CC---TATTTCTCCCGGTT---G-TGT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGA--GN-GGGGAGG-GG---GTGT-CTAAATTATTCTNA-TA-ATCC-ATAAA-TANGCATATCTGAAAATATCCGTNTTGAGATA
Reference ( gi|1 ) : CTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATCAT-CATCATATAG-GGTGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAGATTTTGAA----T--TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGC-C----TATC-----T------A-----GTC-AAT-TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTA----TAGCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAATGAATTTCTAAAAATCGTTGAAAATTAAGTTC---AAC-ATTTC-----A--GTC--ATTC--TTT-AATTACTGAAATTTC-CTT--TTAA-TTATAGGACATGC--------TGTAAAA--TGTTCCTTGAA-AA----TA-TA----TGTAT---ATA--GTTATATGCCCGACCTA-CATT-TAT-TTA--AT--ATTACTTTTGAATATCACACAAT--A-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAATA-----G--AAA-C-C--C-----C-TCCT-CCC----GAGT-AAAT---GAAATAT-C-----AAGGTGCATC---T--C--G---TACTGTAC-GTCTGT--AGGACTATACAAGT----T---TGT---CCTCTGCAAAAG-GAG--CT---TATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGA--AT-GGGGAGG-GG---ATGT-CTAAATTATCTTCA-TA-ATCC-ATAAA-AATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATAC
gi|18 : TCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|10 : taatgTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTACA--ATATAATGATGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAA-------TGAAAGTA----TTTTAAA----G--AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCGT----TATT-----TTGCTTGA-----ATA-AATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTA----
gi|2 : AAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATAAT-----A--ATAAAG-GG--ATCTGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAGAATTTGAA----C--TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCAC-C----TACCAAAAAT------AAATTTGTC-AAC-TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCATCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAATCAATTTCT----------GAAAATTACATTC---AAC-ATTTT-----A--ATT--ATTC--TTT-AATGGCTTAGATTTT-CTT--TTAAATTAT-----------------TGTACAA--TGTTACATAAA-AACTAGTA-T-----TGAAT---ATA--GTTATATGCTCGAATTA-CATT-TAT-TTA----------CTTTTGAATATCACATACT----TT--ATT-GGTTATGA--A-GAAAATGTCTACG--CAA-CTC--C-----C-TCCT-ACC----GAGTCAAAT---C---CGT-CCCT--GAGGAGCACC---TA-CA-G---TACTGTAT-GT-TGT--AGAATTA--CAGGT----T---TGTTGTCCCCTACAAGAG-CAA--CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGG--GT-GGAGATG-G------GT-CTAAATTAT------TG-ACTT-ATAAA-TAT-TAC--------ATATGCGTCTTGAGGTAccataatctagatctt
gi|3 : aaAGAGATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGC-CATTTTTTT-----T------A-----CTTTAAT-TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCATCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AATCAAT------AGTTCGCTGAA---------C---GAC-TTTT--------------ATTT--T----ATT--------TTT-CTT--TTGA-TTATAGGATATATATATATAGTGCAATT--TGTTCTTTGAA-AA----T--TA-----GCAT----TG--AATAT-TGCCC--CCAAACAATATAC-T----AT--ATGACTCCTGAATATCATGTATTTAG-TT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAATG-----G--TAA-C-C--CCCTAGC-TCCT-TCT----GAATCAAAT---TCATTCC-C-----GAGATGCATCCATT--A--GT--TACGGTAT-ATTTGA--AAAA--ATACAAG-----T---TAT-------TGCAAAAC-CAA--AT---TATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA---A-ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGAC-G--CACGAGCCAAAACATG---AT-GAGGAGG-GG---Aaa
gi|14 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtattaaAAAGATTTTGAA----A--TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGT-C----TTTC-----T------a
gi|7 : agtatttgCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAAT-------TAAAA------------TAA-TTCGCTAACGATCTC---------------TA--TCT-AATTTTT----TTTCTCTT--TTGA-TAATAGGAGATATAAT-----TGTAA----TTTTTTCTGAA-AA----TA--A-----GTATTGAATAATGTTATGTACC-AAC--G-CATT-TTTGTTACGGG--ACTATTTTTGA-TATCTTACAGTT-A-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATG-----GGTAAA-C-CCTC-----C-TTCT-TCC----Gtttaaaaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : aattttcaaccaaacctggtgcttgagatggtttgatcaaatTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAATTTTTAAATTTGATGAAATTTAA-TTC---AAC-GTTTgtccgaatcaaaaagcatttcccagagtcaaccatttccggtaattgaagaattgcaagttctgcagaa
gi|4 : tcTT-CCAAC--GATATTCCATTCTTAAA----GTTGAAAATTAA-TTC---AGC-ATTTCTATATATTATCGAATTC--TTTTAACGACTTGAATTTT-CTT--TGGA-TGATAGGA-------------TGTAATT--TGTTGCTTGAA-AT----T--TA----CACAT---GT---------TGCTTGAT-----ATT-TCT-TAA--ATGAATTA------AGCATCACACAAT----------T-GATTG---------AAACA-----G--TAATC-C--C-----C-TCCC-CCTTTCAAAGT-AATTCCCGAG-TATTC-----AA--TAGATC---TATT--GATTTACTGTAT-ATTCGG--AAAATTG--CAAGTAAAAT---T-T---CCCCAGTGACAG-CAA--CC---GATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA---G-A---TT------------------------------TGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--GTAA--GG-GGGGGGG-GGGAAATTC-CT---CTATTTTAATTA-ATCC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATA
gi|6 : AT--GACAATGAATTTCTGAAACTCGTTGAAAATTAAATTC---AAC-AATTT-----A--ATT--ATTC-------ATTA------------------AA-----AGGACATGT--------TGTAAAA--TGTTCCTTGGG-AA----C--TA-----GTACTTCATA--GTTACATGGTCGAACTA-TATT-TAT-TTA--AT----TACTTTTGAATATCACAT--T--T-TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATTG-----T--ATA--------------TCCTACCC----GAGT--------GAAATTT-CTCCCTGGGGAGCACC---T--ATAG---TACTGTAT-GTTCGT--AGAA--GTACAAGT----TAAATGT---CCTCTGCAAAAGCAAGTTCT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA--CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GG---G-GT-CTTAATTATTCCCA-TA-aaa
gi|5 : aTGAATT-CTTAAAGTTATTGAAAATTA--TTC---AA--ATTT------A--ATT--ATTCGGTCG-AACGACTTGCATTTT-CCT--TTGA-TTGTAGGACATGT--------T-TATAATTTGTTTCTTGAA-----------------GTA----------TTACAT------CATG-CATT-TGT-TTA--GT--ACTtaaatat
gi|14 : caattactgat--GTC--TTTC--TTT----TA--AAAATTTC-CTTAATTGA-TTATAGGACATGttggtaacgcctccttctgctcaaattcatttcccgagctcgagttccagtttatctaatttactgtatattccggataattacagtttattgtcccacatgacaaacaacctatttcgcaagttgcacctaaattagaaacaaaatccaaaaaagtatagcttgcagtaaatcaggagccaaaatgagagggcgtgtctaaattatcctcagcatccaataagaaagtaga
gi|13 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcAAATTTC-CTTAATTGA-TTATAGGACATGG--------TGTAATT--TGTTCCTTGAAGAA----TAGTAT---TGAAT---ATC--GTTATATGCCCATACGA-CATT-TAA-GTA------ATTACTTCTGAATATC
gi|8 : ttaa--------TGTAATC--TGTTCTTTGAA-TA----T--TAGAATTGAAT---ATC--GTTATGTGCCCAAACAA-CATT-T----TA--GTT-ATGACTT--GAATATCATATATT--AATT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACTG-----GT-AAA-C-C--A-----C-TCCT-TTT----GAATCAAAT---TCATTGC-C-----GAGGTGCATCCA-T--T--AATTTACGGTAT-ATTTGA--AGAATTA--CAAGT----T----AT-------TGCAGAAC-CAA--CTACTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-A--CAGGAGCCAA------A--AC-TAGGAGG-GG---tatgt
gi|9 : gA-TA----GGTAT---ATA-------ATGCCCAAACGA-CATT-TCT-TTA--AT--G--ACTTCTGAATATCACATATTTAA-TT--ACT-AGTTATAA--A-G-ATATG-----G--TAA-C-C--C-----CATCCT-CCC----GAATCAAAT---TCATTCC-C-----GAGGTGCACC---T--A--T---TAATTTATGGTATATTGAAGAAT-TACAACT----T-----------TTTGCAAAA--------------------CCAATT---G-TGT-TC---G-----TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTC-A--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGG---GTGT-CTAAATTGTTCCTA-TA-ATg
gi|11 : AAAT----T---T-T---CCTCCGTGACAG-CAA--CC---GATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA---G-A---TT------------------------------TGCAGTC----CAGGAGCCAAA--GTAG--GG-GGGGGGG-AA---ATATCCT---CTATTTTAATTACATCC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCCTTGT-GAGATA
gi|5 : gtatattcgataaattgcaagtaAA--CC---TATTTCGC-AAGTT---G-CACCTA---A-A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTA-AATCAGGAGCCAAA--ATGA--------GAGG-GC---GTGT-CTAAATTATCCTCA-GC-ATCCAATAAG-AAAGTAaaa
gi|12 : caattactgattgaattcttaaagttattgaaaattattcaaatttaattattcggtcgaacgacttgcattttcctttgattgtaggacatgtttataatttgtttcttgaagtattacatcatgcatttgtttagtactttggtaacgcctccttctgctcaaattcatttcccgagctcgagttccagtttatctaatttactgtatattccggataattacagtttattgtcccacatgacaaac-A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-AT-CAGGAACCAAA--ATGA--AG-GAGGGGG-AG---GGGT-C-AAATTATCCTTA-TA-ga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT
Alignments
lowQualScore : 44444 33 2 3333333333 1 1111 77777777777777 2222222 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 11 11 111 222222222222222 111 22222222 33333333333333333333333 11 2222222222222222 222222222222222222 111 44444444444444444 11111 111 11111 22222222 1111111 222222 4444444444444444 11111 11 2222 3333333333333 11111111 222222222222222222222 11 22222 11111 222222222
lowQualScore : 22 2 55555 0 00 1 1 3 1111111111 1 5 0 1111 7 0 1 55555555555555 8 4444444 000 1 1 11111111111111111111111111111 99 0 11 11 33 11 1 9 6 000 1 999999999999999 777 777 00000000 88888888888888888888888 2 22 3 4444444444444444 55 4 999999999999999999 1 444 999 1 777 666 0 44 55555555555555555 44 2 99 66 4 888888 4 4 11111 1 000 4 55555 00000000 5 4 1 4444444 888888 3333333333333333 00000 1 33 1 2222 6666666666666 3 11 0 4 0 55555555 44 777 44444 888888888 333333333333333333333 1 55 33 55 00000 4 9 22 5 22222 2 2 222222222 5 6 44 6 9 0 6 44
lowQualScore : .. . ..... . .. . . . .......... . . . .... . . . .............. . ....... ... . . ............................. .. . .. .. .. .. . . . ... . ............... ... ... ........ ....................... . .. . ................ .. . .................. . ... ... . ... ... . .. ................. .. . .. .. . ...... . . ..... . ... . ..... ........ . . . ....... ...... ................ ..... . .. . .... ............. . .. . . . ........ .. ... ..... ......... ..................... . .. .. .. ..... . . .. . ..... . . ......... . . .. . . . . ..
lowQualScore : 00 5 00000 7 00 0 0 7 7777777777 0 3 7 7777 3 7 0 33333333333333 0 0000000 666 0 0 88888888888888888888888888888 00 0 00 55 22 00 7 6 7 999 0 111111111111111 000 222 33333333 99999999999999999999999 7 22 6 7777777777777777 11 4 111111111111111111 0 000 222 3 000 999 7 55 44444444444444444 66 6 77 11 4 666666 7 4 11111 0 000 4 66666 66666666 4 4 0 4444444 333333 3333333333333333 00000 2 88 0 7777 3333333333333 9 44 7 4 1 66666666 66 888 77777 222222222 888888888888888888888 4 55 55 55 44444 0 2 44 0 55555 8 8 555555555 7 7 22 5 2 2 5 00
consensus : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC-TACA--ATATAG-GATGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAATNAATTTCT-AAA-TC-GTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TTGATTATAGGACAT---GT--------TGTAATNTGTTCCTT-GAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATTCCC-------GAG------GTGCACC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCAA---CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTCA--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-T-----ATCCTCAT-A-AT----CC-ATAAAT-ATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
Reference ( family-116 ) : NTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGGNNTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAGGGTCAGGCATTCANAGNAAAATAATAGCCCTACA--ATANAGTGGTGGNNTGTTTGTGGTTCNAACCGTAAAATGATTAANNAANNNAAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACATTTNGTATNGAAGTCGC-C----TNTC-----T------A-----NTN-AAT-TGN-ATNCACTGTTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTCGAATTT-CCTAT--GACAATNAATTTCTNAAA-TC-GTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TTGATTATAGGACAT---GT--------TGTAANNTGTTCCTT-GAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACNACATTTNT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GNAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATTNCC-------GAG------GTGCACC---T--N--G---T--ACT-----GTATGTTC-GNAGAATTATACAAGT----T---T---GTCCTCTGCGA-AAGCAA---CC---TATTTCTCCCGGTT---G-TGT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTCA--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-T-----ATTCTNAT-A-AT----CC-ATAAAT-ANGCATATCTGAAAATATCCGTNTTGAGATA
gi|1 : TCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATCAT-CATCATATAG-GGTGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAG-ATTTTGAAT------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGC-C----TATC-----T------A-----GTC-AAT-TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTA----TA--GCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAATGAATTTCTAAAAATC-GTTGAAAATTA-AGTTCAAC-ATTTC---A-GTCAT-----TCTTT-AATTACTGAAATTTCCTT--TTAATTATAGGACAT---GC--------TGTAAAATGTTCCTT-GAA-AA----T----A-TAT-GTAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GACCTACATTTAT-TT-----A--AT--ATTACTTTTGAATATCACACAA-TA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-A-----GAAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGT--AAATGAAATATC-------AAG------GTGCATC---T--C--G---T--ACT-----GTACGTCT-GTAGGACTATACAAGT----T---T---GTCCTCTGCAA-AAGGAG---CT---TATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTCA--CAGAAGCCAAA--GTGAA---TGGGGAGG-GGATGTCTAAAT-T-----ATCTTCAT-A-AT----CC-ATAAAA-ATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATA
gi|10 : cTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTACA--ATATAATGATGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAATG------------AAAGTATTTTAAAG------AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCGT----TATT-----TTGCTTGA-----ATA-AATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTACCATAA--TCTAGATCTTc
gi|11 : -----GTATATTC-GATAAATTG--CAAGTAAAAT---T---TTCCTCCGTGA-CAGCAA---CC---GATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA---G-A---TT------------------------------TGCAGTC---CAGGAGCCAAA--GTAGG---GGGGGGGG-AAATATCC---TCT-----ATTTTAATTACAT----CC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCC-TTGTGAGATA
gi|12 : -A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTCAT-CAGGAACCAAA--ATGAA---GGAGGGGG-AGGGGTC-AAAT-T-----ATCCTTAT-ACATGTAATC-AT-AAT-ACACATATaaa
gi|13 : actatcttgttctctcgaaaacgtagtaccatgagtaacagtAAATTTCCTTAATTGATTATAGGACAT---GG--------TGTAATTTGTTCCTT-GAAGAA----T----AGTATTGAAT---ATC--GTTATAT---GCCC--ATACGACATTTA---------A--GTA-ATTACTTCTGAATATC
gi|14 : ttaaAAAG-ATTTTGAAA------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGT-C----TTTC-----T------T-----TTA-AAtatgt
gi|14 : agtatttgAAATTTCCTTAATTGATTATAGGACAT---Gaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcgtctttcttttaaTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAATTTTTAAA-TTTGATGAAATTTA-A-TTCAAC-GTTT
gi|18 : tcTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|2 : taatgAAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATA-----ATA--ATAAAGGGAT---CTGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAG-AATTTGAAC------TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCAC-C----TACCAAAAAT------AAATTTGTC-AAC-TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCA--TCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAATCAATTTC-----------TGAAAATTACA-TTCAAC-ATTTT---A-ATTAT-----TCTTT-AATGGCTTAGATTTTCTT--TTAA--AT------T---AT--------TGTACAATGTTACAT-AAA-AACTAGT----A-TT--GAAT---ATA--GTTATAT---GCTC--GAATTACATTTAT----------------TTACTTTTGAATATCACATACT---TT--ATT-GGTTATGA--A-GAAAAT-GTCTACGCAA-CTCC-C-----TCCT--------ACCGAGTC-AAATCCGTCCCT-------GAG------GAGCACC---TACA--G---T--ACT-----GTATGTT--GTAGAAT--TACAGGTTTG-T---T---GTCCCCTACAA-GAGCAA---CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTCA--CAGAAGCCAAA--GTGGG---TGGAGATG-G---GTCTAAAT-T-----AT-----T-G-AC----TT-ATAAAT-AT---TAC------ATATGCGTCTTGAGGTA
gi|3 : aaAGAG-ATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGC-CATTTTTTT-----T------A-----CTTTAAT-TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AATCAAT-----AGT-TC-GCTGAA----------CGAC---TT-------TTAT-----TTT----ATT--------TTTCTT--TTGATTATAGGATAT---ATATATATAGTGCAATTTGTTCTTT-GAA-AA----T------TA--GCAT----TG--AATAT-T---GCCCCCAAACAATAT--AC-T---------AT--ATGACTCCTGAATATCATGTATTTAGTT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-CCTAGCTCCT--------TCTGAATC-AAATTCATTCCC-------GAG------ATGCATCCATT--A--GT--T--ACG-----GTATATTT-GAAAAA--ATACAAG-----T---T---AT----TGCAA-AACCAA---AT---TATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA---A-ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGACG--CACGAGCCAAAACATGA----TGAGGAGG-GGaa
gi|4 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtattaaTT-CCAAC--GATATTCCATT-CTTAAA----GTTGAAAATTA-A-TTCAGC-ATTTCTATATATTATCGAATTCTTTTAACGACTTGAATTTTCTT--TGGATGATAGGA----------------TGTAATTTGTTGCTT-GAA-AT----T------TA---CAC---AT---GTT-------GCTT--GA----TATTTCT-TA-----A--ATGAATTA------AGCATCACACAATTG-----ATT-G-------------AAAC-A-----GTAATC-CC-C-----TCCC--------CCTT--TC-AAAGTAATTCCC-------GAGTATTCAATAGATC---T--ATTGATTT--ACT-----GTATATTC-GGAAAATTG--CAAGTAAAAT---T----TCCCCAGTGA-CAGCAA---CC---GATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA---G-A---TT------------------------------TGCAGTCA--CAGGAGCCAAA--GTAAG---GGGGGGGG-GGG-----AAAT-TCCTCTATTTTAATTA-AT----CC-ATAAAT-ATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATAaa
gi|5 : TGAATTCTTAAAG-TT-ATTGAAAATTA------------TTC---A-A--AT-----T---T-AATTA------------T--TCGGTCGAACGAC------T--------TGCA---TTTTCCTTTGAT-------T----G-TA--GGAC---ATG--TTTATA-----------------ATTTGT-TTCTTGAA--GT--ATTACATC---ATG-CATTTGTTTA-GT--ACT------T-----------T-G-----GTAA-C-GC-C-----TCCT--------TCTGC-TC-AAATTCATTTCCCGAGCTCGAGTTCCA-GTTTATC---T--A--A---TTTACT-----GTATATTCCGGATAATTACA---GT----T---TATTGTCCCACATGACAAACAA---CC---TATTTCGCA-AGTT---G-CACCTA---A-A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTAAATCAGGAGCCAAA--ATGAG--------AGG-GCGTGTCTAAAT-T-----ATCCTCAG-C-AT----CCAATAAaaa
gi|6 : caattactgatAT--GACAATGAATTTCTGAAACTC-GTTGAAAATTA-AATTCAAC-AATTT---A-ATTAT-----TC--------A-TTAAA-----------------AGGACAT---GT--------TGTAAAATGTTCCTT-GGG-AA----C------TA--GTACTTCATA--GTTACAT---GGTC--GAACTATATTTAT-TT-----A------ATTACTTTTGAATATCACAT--TT--TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATT-G-----TATA------------TCCTA-------CCCGAGTG-AAATTTCTCCCT-------GGG------GAGCACC---T--ATAG---T--ACT-----GTATGTTC-GTAGAA--GTACAAGT----TAAAT---GTCCTCTGCAA-AAGCAAGTTCT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA-CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GGG-GTCTTAAT-T-----ATTCCCAT------------ATAAAT-Agaaagtaga
gi|7 : aTTGAGATGGTTTGATCAAATCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAATTAA-------AA-T--------AATTC-G-CT-AACGATCTC-------TAT-----C---T-AATTTTTT---TTCTCTT--TTGATAATAGGAGATATAAT--------TGTAATTTTTTC--T-GAA-AA----T----A--A--GTATTGAATAATGTTATGT---ACC----AACG-CATTTTTGTT-----ACGGG--ACTATTTTTG-ATATCTTACAGTTA-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATGG-----GTAA-A-CC-C-----TCCTTCTTCCGGTCCGAATCAAAAAGCATTTCC-------CAGA-----GTCAACC---A--T--T---T--CCG-----GTA-ATT--GAAGAAT--TGCAAGT----T---t
gi|8 : aattttcaaccaaacctggtgc--------TGTAATCTGTTCTTT-GAA-TA----TTAGAA-TT--GAAT---ATC--GTTATGT---GCCC--AAACAACATTT----T-----A--GTT-ATGACTT--GAATATCATATATTAA-TT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACT-G-----GTAA-A-CCAC-----TCCT--------TTTGAATC-AAATTCATTGCC-------GAG------GTGCATCCATT--A--A---TTTACG-----GTATATTT-GAAGAATTA--CAAGT----T-------AT----TGCAG-AACCAA---CTACTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTCA--CAGGAGCCAAA--ACTA-------GGAGG-GGGctgcagaa
gi|9 : g---ATA--GGTATATAATGCCC--AAACGACATTTCT-TT-----A------ATGACTTCTGAATATCACATATTTAATT--ACT-AGTTATAA--A-GATA-T-G-----GTAA-C-CC-CA----TCCT--------CCCGAATC-AAATTCATTCCC-------GAG------GTGCACC---T--A--T---T--AATTTATGGTATATT--GAAGAAT--TACAACT----T-----------TTTGCAA-AACCAA--------------------TT---G-TGT-TC---G-----TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTCA--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGGGTGTCTAAAT-T-----GTTCCTAT-A-AT----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT
Alignments
lowQualScore : 22222 11 22 3333333333 111 66666666666666 2222222 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 111 333333 111 22222222 33333333333333333333333 11 2222222222222222 222222222222222222 111 33333333333333333 111 11111 11111 22222222 44444444444444444444444444444444 11111 11 2222 333333333333333333333 11111111 22222222222222222222222222222222 1111 22222 1 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 66666 88 00 9999999999 555 7 1 44444444444444 8 4444444 000 0 22222222222222222222222222222 99 0 11 77 99 11 1 3 6 000 66 333 2 000000 777 777 00000000 88888888888888888888888 2 22 3 4444444444444444 1 0 999999999999999999 1 444 999 1 777 666 0 66 88888888888888888 0 44 2 444 66 4 888888 4 4 55555 777 4 55555 00000000 5 4 4 00000000000000000000000000000000 00000 00 1 6666 444444444444444444444 0 4 0 22222222 22 777 4 4 22222222222222222222222222222222 1 55 0000 55 22222 4 5 3 22222 2 555 99999999999999999 5 6 3 6 9 0 6 2
lowQualScore : . ..... .. .. .......... ... . . .............. . ....... ... . ............................. .. . .. .. .. .. . . . ... .. ... . ...... ... ... ........ ....................... . .. . ................ . . .................. . ... ... . ... ... . .. ................. . .. . ... .. . ...... . . ..... ... . ..... ........ . . . ................................ ..... .. . .... ..................... . . . ........ .. ... . . ................................ . .. .... .. ..... . . . ..... . ... ................. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55555 33 77 3333333333 777 3 0 77777777777777 0 0000000 222 6 22222222222222222222222222222 00 0 22 22 22 00 7 8 7 999 00 111 0 888888 000 222 33333333 99999999999999999999999 7 22 6 7777777777777777 0 9 111111111111111111 0 000 222 3 000 999 7 44 11111111111111111 6 66 6 222 11 4 666666 7 4 66666 222 4 66666 66666666 4 4 4 88888888888888888888888888888888 00000 44 0 6666 111111111111111111111 7 4 1 66666666 66 888 4 4 77777777777777777777777777777777 4 55 9999 55 99999 0 4 1 55555 2 444 44444444444444444 7 7 2 5 2 2 5 5
consensus : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--ACA--ATATAG-GGTGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------AN-----TN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TTGATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---TA--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GT---CCCCTGCGA-AAGCAA---CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
Reference ( family-116 ) : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC-TACA--ATATAG-GATGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------AN-----TN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TTGATTATAGGACAT---GT--------TGTAATNTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCACC---TA--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GT---CCCCTGCGA-AAGCAA---CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
gi|1 : TCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATC-ATCATCATATAG-GGTGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAG-ATTTTGAAT------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGC-C----TATC-----T------AG-----TC-AAT-TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTAT----A--GCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-GAATTTCTAAAAATCGTTGAAAATTA-AGTTCAAC-ATTTC---A-GTCAT-----TCTTT-AATTACTGAAATTTCCTT--TTAATTATAGGACAT---GC--------TGTAAAATGTTCCTTGAA-AA----T----A-TAT-GTAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GACCTACATTTAT-TT-----A--AT--ATTACTTTTGAATATCACACAA-TA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-A-----GAAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGT--AAATGAAAT-ATCAAG-----------GTGCATC---TC--G---T--ACT-----GTACGTCT-GTAGGACTATACAAGT----T---T---GT---CCTCTGCAA-AAGGAG---CT---TATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA---G-A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGAA---TGGGGAGG-GGATGTCTAAAT-----TATCTTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-AATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATA
gi|10 : cTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTACA--ATATAATGATGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAATG------------AAAGTATTTTAAAG------AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCGT----TATT-----TTGCTTGAA-----TA-AATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTACCATAA--TCTAGATCTTc
gi|11 : -----GTATATTC-GATAAATTG--CAAGTAAAAT---T---TT---CCTCCGTGA-CAGCAA---CC---GATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA---G-A---TT------------------------------TGCAGTC----CAGGAGCCAAA--GT------AGGGGGGG-GGG-----AAA------TATCCTC--TATTTTAATTACAT----CC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCC-TTGTGAGATA
gi|12 : -A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-AT-CAGGAACCAAA--ATGAA---GGAGGGGG-AGGGGTC-AAAT-----TATCCTTA-TAC---------ATGTAATC-AT-AA-TACACATATaaa
gi|13 : actatcttgttctctcgaaaacgtagtaccatgagtaacagtAAATTTCCTTAATTGATTATAGGACAT---GG--------TGTAATTTGTTCCTTGAAGAA----T----AGTATTGAAT---ATC--GTTATAT---GCCC--ATACGACATTTA---------A--GTA-ATTACTTCTGAATATC
gi|14 : ttaa---AAAG-ATTTTGAAA------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGT-C----TTTC-----T------TT-----TA-AAtatgt
gi|14 : agtatttgAAATTTCCTTAATTGATTATAGGACAT---Gaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcgtctttcttttaaTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAATTTTTAAAT-TTGATGAAATTTA-A-TTCAAC-GTTT
gi|18 : tcTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|2 : taatgAAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATA-----ATA--ATAAAG-G--GATCTGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAG-AATTTGAAC------TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCAC-C----TACCAAAAAT------AAATTTGTC-AAC-TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCA--TCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAAT-CAATTTCT----------GAAAATTACA-TTCAAC-ATTTT---A-ATTAT-----TCTTT-AATGGCTTAGATTTTCTT--TTAA--AT------T---AT--------TGTACAATGTTACATAAA-AACTAGT----A-TT--GAAT---ATA--GTTATAT---GCTC--GAATTACATTTAT-TT-----A----------CTTTTGAATATCACATACTT---T--ATT-GGTTATGA--A-GAAAAT-GTCTACGCAA-CTCC-C-----TCCT--------ACCGAGTC-AAATCCGTC-CCTGAG-----------GAGCACC---TACAG---T--ACT-----GTATGTT--GTAGAATT--ACAGGT----T---T---GTTGTCCCCTACAA-GAGCAA---CT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGGG---TGGAGATG-G---GTCTAAAT-----TAT------TG----------AC----TT-ATAAA-TAT---TAC------ATATGCGTCTTGAGGTA
gi|3 : aaTAA---AGAG-ATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGC-CATTTTTTT-----T------AC-----TTTAAT-TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AAT-CAAT----AGT--TCGCTGAA----------CGAC---TT-------TTAT-----TTT----ATT--------TTTCTT--TTGATTATAGGATAT---ATATATATAGTGCAATTTGTTCTTTGAA-AA----T------TA--GCAT----TG--AATAT-T---GCCCCCAAACAATAT--AC-T---------AT--ATGACTCCTGAATATCATGTATTTAGTT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-CCTAGCTCCT--------TCTGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------ATGCATCCATTA--GT--T--ACG-----GTATATTT-GAAAAA--ATACAAG-----T---T---AT-------TGCAA-AACCAA---AT---TATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA---A-ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGAC-G--CACGAGCCAAAACATGA----TGAGGAGG-GGaa
gi|4 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtatTT-CCAAC--GATATT-CCATTCTTAAA----GTTGAAAATTA-A-TTCAGC-ATTTCTATATATTATCGAATTCTTTTAACGACTTGAATTTTCTT--TGGATGATAGGA----------------TGTAATTTGTTGCTTGAA-AT----T------TA---CAC---AT---GTT-------GCTT--GA----TATTTCT-TA-----A--ATGAATTA------AGCATCACACAATTG-----ATT-G-------------AAAC-A-----GTAATC-CC-C-----TCCC--------CCTT--TC-AAAGTAATT-CCCGAGTATTCA-----ATAGATC---TATTGATTT--ACT-----GTATATTC-GGAAAATTG--CAAGTAAAAT---T----T---CCCCAGTGA-CAGCAA---CC---GATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA---G-A---T------------------------------TTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--GTAAG---GGGGGGGG-GGG-----AAATTCCTCTATTTTAATTA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATAaa
gi|5 : T-GAATTCTTAAAG-TTATTGAAAATTA------------TTC---A-A--AT-----T---T-AATTA------------T--TCGGTCGAACGAC------T--------TGCA-TTT-TCCTTTGAT-------T----G-TA--GGAC---ATG--TTTATA-----------------ATTTGT-TTCTTGAA--GT--ATTACATC---ATG-CATTTGTTTA-GT--ACT------T-----------T-G-----GTAA-C-GC-C-----TCCT--------TCTGC-TC-AAATTCATTTCCCGAGCTCGAGTTCCAGTTTATC---TA--A---TTTACT-----GTATATTCCGGATAATT--ACA-GT----T---TATTGT---CCCACATGACAAACAA---CC---TATTTCGC-AAGTT---G-CACCTA---A-A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTA-AATCAGGAGCCAAA--ATGAG--------AGG-GCGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-GC----------AT----CCAATAAaaa
gi|6 : caattactgatAT--GACAAT-GAATTTCTGAAACTCGTTGAAAATTA-AATTCAAC-AATTT---A-ATTAT-----TC--------A-TTAAA-----------------AGGACAT---GT--------TGTAAAATGTTCCTTGGG-AA----C------TA--GTACTTCATA--GTTACAT---GGTC--GAACTATATTTAT-TT-----A------ATTACTTTTGAATATCACAT--TT--TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATT-GT----ATA-------------TCCTA-------CCCGAGTG-AAATTTCTC-CCTGGG-----------GAGCACC---TATAG---T--ACT-----GTATGTTC-GTAGAA--GTACAAGT----TAAAT---GT---CCTCTGCAA-AAGCAAGTTCT---TATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA---G-A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA--CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GGG-GTCTTAAT-----TATTCCCA-T--------------------ATAAA-TATgaaagtaga
gi|7 : aTTGAGATGGTTTGATCAAATCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAAT-TAA------AA--T-------AATTC-G-CT-AACGATCTC-------TAT-----C---T-AATTTTTT---TTCTCTT--TTGATAATAGGAGATATAAT--------TGTAATTTTTTC--TGAA-AA----T----A--A--GTATTGAATAATGTTATGT---ACC----AACG-CATTTTTGTT-----ACGGG--ACTATTTTTG-ATATCTTACAGTTA-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATGG-----GTAA-A-CC-C-----TCCTTCTTCCGGTCCGAATCAAAAAGCATT-TCCCAGA----------GT-CAAC---CA--T---T--TCC-----G-GTAATT-GAAGAATTG--CAAGT----T---
gi|8 : aattttcaaccaaacctggtgc--------TGTAATCTGTTCTTTGAA-TA----TTAGAA-TT--GAAT---ATC--GTTATGT---GCCC--AAACAACATTT----T-----A--GTT-ATGACTT--GAATATCATATATTAA-TT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACT-G-----GTAA-A-CCAC-----TCCT--------TTTGAATC-AAATTCATT-GCCGAG-----------GTGCATCCATTA--A---TTTACG-----GTATATTT-GAAGAATT--ACAAGT----T-------AT-------TGCAG-AACCAA---CTACTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ACTA-------GGAGG-GGGctgcagaa
gi|9 : g---ATA--GGTATATAATGCCC--AAACGACATTTCT-TT-----A------ATGACTTCTGAATATCACATATTTAATT--ACT-AGTTATAA--A-GATA-T-G-----GTAA-C-CC-CA----TCCT--------CCCGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCACC---TA--T---T--AATTTATGGTATATT--GAAGAAT--TACAACT----T---T-----------TTGCAA-AACCAA--------------------TT---G-TGT-TC---G-----TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTC-A--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGGGTGTCTAAAT-----TGTTCCTA-TA----------AT----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT
Alignments
lowQualScore : 22222 11 22 44444444444 1 1 66666666666666 2222222 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 111 333333 111 22222222 33333333333333333333333 11 22222222222222 222222222222222222 111 44444444444444444 11111 11111 22222222 4444444444444444444444444444444 11111 11 2222 22222222222222 222222222222222222222 1111 22222 1 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 66666 88 00 11111111111 3 3 6 7 1 44444444444444 8 4444444 000 0 22222222222222222222222222222 99 0 11 77 99 11 1 3 6 000 66 6666 000000 777 777 00000000 88888888888888888888888 2 22 4 0 0 99999999999999 222 0 999999999999999999 1 444 999 1 777 666 0 66 55555555555555555 44 2 99 66 4 888888 4 4 55555 777 4 55555 00000000 5 4 4 0000000000000000000000000000000 66 00000 00 1 6666 99999999999999 6666 0 4 0 8888888 22 777 4 4 4 9999999 333333333333333333333 1 55 0000 55 22222 4 5 3 22222 2 555 99999999999999999 5 6 3 6 9 0 6 2
lowQualScore : . ..... .. .. ........... . . . . . .............. . ....... ... . ............................. .. . .. .. .. .. . . . ... .. .... ...... ... ... ........ ....................... . .. . . . .............. ... . .................. . ... ... . ... ... . .. ................. .. . .. .. . ...... . . ..... ... . ..... ........ . . . ............................... .. ..... .. . .... .............. .... . . . ....... .. ... . . . ....... ..................... . .. .... .. ..... . . . ..... . ... ................. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55555 33 77 33333333333 3 3 7 3 0 77777777777777 0 0000000 222 6 22222222222222222222222222222 00 0 22 22 22 00 7 8 7 999 00 2222 888888 000 222 33333333 99999999999999999999999 7 22 4 9 1 44444444444444 444 9 111111111111111111 0 000 222 3 000 999 7 44 33333333333333333 66 6 77 11 4 666666 7 4 66666 222 4 66666 66666666 4 4 4 9999999999999999999999999999999 11 00000 44 0 6666 00000000000000 0000 7 4 1 2222222 66 888 4 4 4 9999999 888888888888888888888 4 55 9999 55 99999 0 4 1 55555 2 444 44444444444444444 7 7 2 5 2 2 5 5
consensus : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
Reference ( family-116 ) : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
gi|1 : TCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATC--ATCATCATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAG-ATTTTGAAT------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGC-C----TATC-----T------A-----GTC-AAT-TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTAT----A--GCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-GAATTTCTAAAAATCGTTGAAAATTA-AGTTCAAC-ATTTC---A-GTCAT-----TCTTT-AATTACTGAAATTTCCTT--TT-AATTATAGGACAT---GC--------TGTAAAATGTTCCTTGAA-AA----T----A-TAT-GTAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GACCTACATTTAT-TT-----A--AT--ATTACTTTTGAATATCACACAA-TA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-A-----GAAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGT--AAATGAAAT-ATCAAG-----------GTGCATC---T--C--G---T--ACT-----GTACGTCT-GTAGGACTATACAAGT----T---T---GTCCTCTGCAA-AAGGA---G---CTTATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGAA---TGGGGAGG-GGATGTCTAAAT-----TATCTTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-AATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATA
gi|10 : cTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTA-CA--ATATAATGA-TGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAATG------------AAAGTATTTTAAAG------AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCGT----TATT-----TTGCTTGA-----ATA-AATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTACCATAA--TCTAGATCTTc
gi|11 : -----GTATATTC-GATAAATTG--CAAGTAAAAT---T---TTCCTCCGTGA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA-G---A---TT------------------------------TGCAGTC----CAGGAGCCAAA--GT------AGGGGGGG-GGG-----AAA------TATCCTC--TATTTTAATTACAT----CC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCC-TTGTGAGATA
gi|12 : ---A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-AT-CAGGAACCAAA--ATGAA---GGAGGGGG-AGGGGTC-AAAT-----TATCCTTA-TAC---------ATGTAATC-AT-AA-TACACATATaaa
gi|13 : actatcttgttctctcgaaaacgtagtaccatgagtaacagtAAATTTCCTTAATT-GATTATAGGACAT---GG--------TGTAATTTGTTCCTTGAAGAA----T----AGTATTGAAT---ATC--GTTATAT---GCCC--ATACGACATTTA---------A--GTA-ATTACTTCTGAATATC
gi|14 : ttaa---AAAG-ATTTTGAAA------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGT-C----TTTC-----T------T-----TTA-AAtatgt
gi|14 : agtatttgAAATTTCCTTAATT-GATTATAGGACAT---Gaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcgtctttcttttaaTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAATTTTTAAAT-TTGATGAAATTTA-A-TTCAAC-GTTT
gi|18 : tcTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|2 : taatgAAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATA-----A-TA--ATAAAG-GGATC---TGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAG-AATTTGAAC------TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCAC-C----TACCAAAAAT------AAATTTGTC-AAC-TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCA--TCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAAT-CAATTTC----------TGAAAATTACA-TTCAAC-ATTTT---A-ATTAT-----TCTTT-AATGGCTTAGATTTTCTT--TTAAATTATTGTACA-----------------A---TGTTACATAAA-AACTAGT----A-TT--GAAT---ATA--GTTATAT---GCTC--GAATTACATTTAT----------------TTACTTTTGAATATCACATACT---TT--ATT-GGTTATGA--A-GAAAAT-GTCTACGCAA-CTCC-C-----TCCT--------ACCGAGTC-AAATCCGTC-CCTGAG-----------GAGCACC---TACA--G---T--ACT-----GTATGTT--GTAGAAT--TACAGGTTTG-T---T---GTCCCCTACAA-GAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGGG---TGGAGATG-G---GTCTAAAT-----TAT------TG----------AC----TT-ATAAA-TAT---TAC------ATATGCGTCTTGAGGTA
gi|3 : aaTAA---AGAG-ATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGC-CATTTTTTT-----T------A-----CTTTAAT-TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AAT-CAAT----AGT--TCGCTGAA----------CGAC---TT-------TTAT-----TTT----ATT--------TTTCTT--TT-GATTATAGGATAT---ATATATATAGTGCAATTTGTTCTTTGAA-AA----T------TA--GCAT----TG--AATAT-T---GCCCCCAAACAATAT--AC-T---------AT--ATGACTCCTGAATATCATGTATTTAGTT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-CCTAGCTCCT--------TCTGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------ATGCATCCATT--A--GT--T--ACG-----GTATATTT-GAAAAA--ATACAAG-----T---T---AT----TGCAA-AACCA---A---ATTATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA-A---ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGAC-G--CACGAGCCAAAACATGA----TGAGGAGG-GGaa
gi|4 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtatTT-CCAAC--GATATT-CCATTCTTAAA----GTTGAAAATTA-A-TTCAGC-ATTTCTATATATTATCGAATTCTTTTAACGACTTGAATTTTCTT--TG-GATGATAGGA----------------TGTAATTTGTTGCTTGAA-AT----T------TA---CAC---AT---GTT-------GCTT--GA----TATTTCT-TA-----A--ATGAATTA------AGCATCACACAATTG-----ATT-G-------------AAAC-A-----GTAATC-CC-C-----TCCC--------CCTT--TC-AAAGTAATT-CCCGAGTATTCA-----ATAGATC---T--ATTGATTT--ACT-----GTATATTC-GGAAAATTG--CAAGTAAAAT---T----TCCCCAGTGA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA-G---A---TT------------------------------TGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--GTAAG---GGGGGGGG-GGG-----AAATTCCTCTATTTTAATTA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATAaa
gi|5 : T-GAATTCTTAAAG-TTATTGAAAATTA------------TTC---A-A--AT-----T---T-AATTA------------T--TC-GGTCGAACGAC------T--------TGCA-TTT-TCCTTTGAT-------T----G-TA--GGAC---ATG--TTTATA-----------------ATTTGT-TTCTTGAA--GT--ATTACATC---ATG-CATTTGTTTA-GT--ACT------T-----------T-G-----GTAA-C-GC-C-----TCCT--------TCTGC-TC-AAATTCATTTCCCGAGCTCGAGTTCCAGTTTATC---T--A--A---TTTACT-----GTATATTCCGGATAATT--ACA-GT----T---TATTGTCCCACATGACAAACA---A---CCTATTTCGC-AAGTT---G-CACCTA-A---A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTA-AATCAGGAGCCAAA--ATGAG--------AGG-GCGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-GC----------AT----CCAATAAaaa
gi|6 : caattactgatAT--GACAAT-GAATTTCTGAAACTCGTTGAAAATTA-AATTCAAC-AATTT---A-ATTAT-----TC--------A-TTAAA------------------AGGACAT---GT--------TGTAAAATGTTCCTTGGG-AA----C------TA--GTACTTCATA--GTTACAT---GGTC--GAACTATATTTAT-TT-----A------ATTACTTTTGAATATCACAT--TT--TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATT-GT----ATA-------------TCCTA-------CCCGAGTG-AAATTTCTC-CCTGGG-----------GAGCACC---T--ATAG---T--ACT-----GTATGTTC-GTAGAA--GTACAAGT----TAAAT---GTCCTCTGCAA-AAGCA---AGTTCTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA--CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GGG-GTCTTAAT-----TATTCCCA-T--------------------ATAAA-TATgaaagtaga
gi|7 : aTTGAGATGGTTTGATCAAATCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAAT-TAA------AA--T-------AATTC-G-CT-AACGATCTC-------TAT-----C---T-AATTTTTT---TTCTCTT--TT-GATAATAGGAGATATAAT--------TGTAATTTTTTC--TGAA-AA----T----A--A--GTATTGAATAATGTTATGT---ACC----AACG-CATTTTTGTT-----ACGGG--ACTATTTTTG-ATATCTTACAGTTA-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATGG-----GTAA-A-CC-C-----TCCTTCTTCCGGTCCGAATCAAAAAGCATT-TCCCAGA----------GT-CAAC---C--A--T---T--TCC-----G-GTAATT-GAAGAATTG--CAAGT----T---
gi|8 : aattttcaaccaaacctggtgc--------TGTAATCTGTTCTTTGAA-TA----TTAGAA-TT--GAAT---ATC--GTTATGT---GCCC--AAACAACATTT----T-----A--GTT-ATGACTT--GAATATCATATATTAA-TT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACT-G-----GTAA-A-CCAC-----TCCT--------TTTGAATC-AAATTCATT-GCCGAG-----------GTGCATCCATT--A--ATT-T--ACG-----GTATATTT-GAAGAAT--TACAAG-----T---T---AT----TGCAG-AACCAACTA---CTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ACTA-------GGAGG-GGGctgcagaa
gi|9 : g---ATA--GGTATATAATGCCC--AAACGACATTTCT-TT-----A------ATGACTTCTGAATATCACATATTTAATT--ACT-AGTTATAA--A-GATA-T-G-----GTAA-C-CC-CA----TCCT--------CCCGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCACC---T--A--T---T--AATTTATGGTATATT--GAAGAAT--TACAACT----T---T--------TTGCAA-AACCA---A-----------------TT---G-TGT-TC-G-------TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTC-A--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGGGTGTCTAAAT-----TGTTCCTA-TA----------AT----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT
Alignments
lowQualScore : 22222 11 22 44444444444 1 1 66666666666666 2222222 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 111 333333 111 22222222 33333333333333333333333 11 22222222222222 222222222222222222 111 44444444444444444 11111 11111 22222222 4444444444444444444444444444444 11111 11 2222 22222222222222 222222222222222222222 1111 22222 1 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 66666 88 00 11111111111 3 3 6 7 1 44444444444444 8 4444444 000 0 22222222222222222222222222222 99 0 11 77 99 11 1 3 6 000 66 6666 000000 777 777 00000000 88888888888888888888888 2 22 4 0 0 99999999999999 222 0 999999999999999999 1 444 999 1 777 666 0 66 55555555555555555 44 2 99 66 4 888888 4 4 55555 777 4 55555 00000000 5 4 4 0000000000000000000000000000000 66 00000 00 1 6666 99999999999999 6666 0 4 0 8888888 22 777 4 4 4 9999999 333333333333333333333 1 55 0000 55 22222 4 5 3 22222 2 555 99999999999999999 5 6 3 6 9 0 6 2
lowQualScore : . ..... .. .. ........... . . . . . .............. . ....... ... . ............................. .. . .. .. .. .. . . . ... .. .... ...... ... ... ........ ....................... . .. . . . .............. ... . .................. . ... ... . ... ... . .. ................. .. . .. .. . ...... . . ..... ... . ..... ........ . . . ............................... .. ..... .. . .... .............. .... . . . ....... .. ... . . . ....... ..................... . .. .... .. ..... . . . ..... . ... ................. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55555 33 77 33333333333 3 3 7 3 0 77777777777777 0 0000000 222 6 22222222222222222222222222222 00 0 22 22 22 00 7 8 7 999 00 2222 888888 000 222 33333333 99999999999999999999999 7 22 4 9 1 44444444444444 444 9 111111111111111111 0 000 222 3 000 999 7 44 33333333333333333 66 6 77 11 4 666666 7 4 66666 222 4 66666 66666666 4 4 4 9999999999999999999999999999999 11 00000 44 0 6666 00000000000000 0000 7 4 1 2222222 66 888 4 4 4 9999999 888888888888888888888 4 55 9999 55 99999 0 4 1 55555 2 444 44444444444444444 7 7 2 5 2 2 5 5
consensus : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
Reference ( family-116 ) : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
gi|1 : TCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATC--ATCATCATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAG-ATTTTGAAT------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGC-C----TATC-----T------A-----GTC-AAT-TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTAT----A--GCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-GAATTTCTAAAAATCGTTGAAAATTA-AGTTCAAC-ATTTC---A-GTCAT-----TCTTT-AATTACTGAAATTTCCTT--TT-AATTATAGGACAT---GC--------TGTAAAATGTTCCTTGAA-AA----T----A-TAT-GTAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GACCTACATTTAT-TT-----A--AT--ATTACTTTTGAATATCACACAA-TA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-A-----GAAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGT--AAATGAAAT-ATCAAG-----------GTGCATC---T--C--G---T--ACT-----GTACGTCT-GTAGGACTATACAAGT----T---T---GTCCTCTGCAA-AAGGA---G---CTTATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGAA---TGGGGAGG-GGATGTCTAAAT-----TATCTTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-AATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATA
gi|10 : cTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTA-CA--ATATAATGA-TGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAATG------------AAAGTATTTTAAAG------AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCGT----TATT-----TTGCTTGA-----ATA-AATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTACCATAA--TCTAGATCTTc
gi|11 : -----GTATATTC-GATAAATTG--CAAGTAAAAT---T---TTCCTCCGTGA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA-G---A---TT------------------------------TGCAGTC----CAGGAGCCAAA--GT------AGGGGGGG-GGG-----AAA------TATCCTC--TATTTTAATTACAT----CC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCC-TTGTGAGATA
gi|12 : ---A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-AT-CAGGAACCAAA--ATGAA---GGAGGGGG-AGGGGTC-AAAT-----TATCCTTA-TAC---------ATGTAATC-AT-AA-TACACATATaaa
gi|13 : actatcttgttctctcgaaaacgtagtaccatgagtaacagtAAATTTCCTTAATT-GATTATAGGACAT---GG--------TGTAATTTGTTCCTTGAAGAA----T----AGTATTGAAT---ATC--GTTATAT---GCCC--ATACGACATTTA---------A--GTA-ATTACTTCTGAATATC
gi|14 : ttaa---AAAG-ATTTTGAAA------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGT-C----TTTC-----T------T-----TTA-AAtatgt
gi|14 : agtatttgAAATTTCCTTAATT-GATTATAGGACAT---Gaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcgtctttcttttaaTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAATTTTTAAAT-TTGATGAAATTTA-A-TTCAAC-GTTT
gi|18 : tcTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|2 : taatgAAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATA-----A-TA--ATAAAG-GGATC---TGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAG-AATTTGAAC------TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCAC-C----TACCAAAAAT------AAATTTGTC-AAC-TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCA--TCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAAT-CAATTTC----------TGAAAATTACA-TTCAAC-ATTTT---A-ATTAT-----TCTTT-AATGGCTTAGATTTTCTT--TTAAATTATTGTACA-----------------A---TGTTACATAAA-AACTAGT----A-TT--GAAT---ATA--GTTATAT---GCTC--GAATTACATTTAT----------------TTACTTTTGAATATCACATACT---TT--ATT-GGTTATGA--A-GAAAAT-GTCTACGCAA-CTCC-C-----TCCT--------ACCGAGTC-AAATCCGTC-CCTGAG-----------GAGCACC---TACA--G---T--ACT-----GTATGTT--GTAGAAT--TACAGGTTTG-T---T---GTCCCCTACAA-GAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGGG---TGGAGATG-G---GTCTAAAT-----TAT------TG----------AC----TT-ATAAA-TAT---TAC------ATATGCGTCTTGAGGTA
gi|3 : aaTAA---AGAG-ATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGC-CATTTTTTT-----T------A-----CTTTAAT-TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AAT-CAAT----AGT--TCGCTGAA----------CGAC---TT-------TTAT-----TTT----ATT--------TTTCTT--TT-GATTATAGGATAT---ATATATATAGTGCAATTTGTTCTTTGAA-AA----T------TA--GCAT----TG--AATAT-T---GCCCCCAAACAATAT--AC-T---------AT--ATGACTCCTGAATATCATGTATTTAGTT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-CCTAGCTCCT--------TCTGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------ATGCATCCATT--A--GT--T--ACG-----GTATATTT-GAAAAA--ATACAAG-----T---T---AT----TGCAA-AACCA---A---ATTATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA-A---ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGAC-G--CACGAGCCAAAACATGA----TGAGGAGG-GGaa
gi|4 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtatTT-CCAAC--GATATT-CCATTCTTAAA----GTTGAAAATTA-A-TTCAGC-ATTTCTATATATTATCGAATTCTTTTAACGACTTGAATTTTCTT--TG-GATGATAGGA----------------TGTAATTTGTTGCTTGAA-AT----T------TA---CAC---AT---GTT-------GCTT--GA----TATTTCT-TA-----A--ATGAATTA------AGCATCACACAATTG-----ATT-G-------------AAAC-A-----GTAATC-CC-C-----TCCC--------CCTT--TC-AAAGTAATT-CCCGAGTATTCA-----ATAGATC---T--ATTGATTT--ACT-----GTATATTC-GGAAAATTG--CAAGTAAAAT---T----TCCCCAGTGA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA-G---A---TT------------------------------TGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--GTAAG---GGGGGGGG-GGG-----AAATTCCTCTATTTTAATTA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATAaa
gi|5 : T-GAATTCTTAAAG-TTATTGAAAATTA------------TTC---A-A--AT-----T---T-AATTA------------T--TC-GGTCGAACGAC------T--------TGCA-TTT-TCCTTTGAT-------T----G-TA--GGAC---ATG--TTTATA-----------------ATTTGT-TTCTTGAA--GT--ATTACATC---ATG-CATTTGTTTA-GT--ACT------T-----------T-G-----GTAA-C-GC-C-----TCCT--------TCTGC-TC-AAATTCATTTCCCGAGCTCGAGTTCCAGTTTATC---T--A--A---TTTACT-----GTATATTCCGGATAATT--ACA-GT----T---TATTGTCCCACATGACAAACA---A---CCTATTTCGC-AAGTT---G-CACCTA-A---A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTA-AATCAGGAGCCAAA--ATGAG--------AGG-GCGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-GC----------AT----CCAATAAaaa
gi|6 : caattactgatAT--GACAAT-GAATTTCTGAAACTCGTTGAAAATTA-AATTCAAC-AATTT---A-ATTAT-----TC--------A-TTAAA------------------AGGACAT---GT--------TGTAAAATGTTCCTTGGG-AA----C------TA--GTACTTCATA--GTTACAT---GGTC--GAACTATATTTAT-TT-----A------ATTACTTTTGAATATCACAT--TT--TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATT-GT----ATA-------------TCCTA-------CCCGAGTG-AAATTTCTC-CCTGGG-----------GAGCACC---T--ATAG---T--ACT-----GTATGTTC-GTAGAA--GTACAAGT----TAAAT---GTCCTCTGCAA-AAGCA---AGTTCTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA--CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GGG-GTCTTAAT-----TATTCCCA-T--------------------ATAAA-TATgaaagtaga
gi|7 : aTTGAGATGGTTTGATCAAATCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAAT-TAA------AA--T-------AATTC-G-CT-AACGATCTC-------TAT-----C---T-AATTTTTT---TTCTCTT--TT-GATAATAGGAGATATAAT--------TGTAATTTTTTC--TGAA-AA----T----A--A--GTATTGAATAATGTTATGT---ACC----AACG-CATTTTTGTT-----ACGGG--ACTATTTTTG-ATATCTTACAGTTA-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATGG-----GTAA-A-CC-C-----TCCTTCTTCCGGTCCGAATCAAAAAGCATT-TCCCAGA----------GT-CAAC---C--A--T---T--TCC-----G-GTAATT-GAAGAATTG--CAAGT----T---
gi|8 : aattttcaaccaaacctggtgc--------TGTAATCTGTTCTTTGAA-TA----TTAGAA-TT--GAAT---ATC--GTTATGT---GCCC--AAACAACATTT----T-----A--GTT-ATGACTT--GAATATCATATATTAA-TT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACT-G-----GTAA-A-CCAC-----TCCT--------TTTGAATC-AAATTCATT-GCCGAG-----------GTGCATCCATT--A--ATT-T--ACG-----GTATATTT-GAAGAAT--TACAAG-----T---T---AT----TGCAG-AACCAACTA---CTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ACTA-------GGAGG-GGGctgcagaa
gi|9 : g---ATA--GGTATATAATGCCC--AAACGACATTTCT-TT-----A------ATGACTTCTGAATATCACATATTTAATT--ACT-AGTTATAA--A-GATA-T-G-----GTAA-C-CC-CA----TCCT--------CCCGAATC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCACC---T--A--T---T--AATTTATGGTATATT--GAAGAAT--TACAACT----T---T--------TTGCAA-AACCA---A-----------------TT---G-TGT-TC-G-------TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTC-A--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGGGTGTCTAAAT-----TGTTCCTA-TA----------AT----
blockSeqs : C G GG AT GCCCTACA T A G T C TGATTAAGTAATTG T GAATTAG TAA CTACCAAAAATAAATTTG TT C TC AT CC AA T T T ACG GA TTTT ACTCGT CA GAT CTATATAT CGAATTCTTTTAACGACTTGAAT C AA A TATATATATAG ATT GAATAGTATT A TTC AAT A AAT CCA GA GTTTCTTGAAGT CT C AG TA C AATTA A G TCTAC CT A CTAGC TCTTCCGG G A T TATTCAATAGATCTATTGATT TT TTATG CC A TTG TAAAATTT CCTC C AGTT GC ACA T C T ATTC AGAAACAAAATCCAAAAA G TA AAT AC GGATA A G T TCCTC C AAT ATTTTAATTACAT A T G C A G G
blockSeqs : . . ATA . . . . A TG . G TG GTTATTTTGCTTGAA A . A CC GT . T C . A C TCTT TTTGA AA GT TAAT TCTTTAATGGCTTAGAT C AA . TATAAT ATT AACTAGTATT A TGA C A . A TA TTGTTACGGG TT T AA . . AAAT A . T TC . A A A . . CTCGAGTTCCAGTTTATCTAA . . C T TTG TTTGTTG CCCC . ACTA CT . . . . AGTA AGTTAAAA A . AT . AG . T T . C TA ACATGTAA . . A C A A T
blockSeqs : . A TA CATTTTTTTTAC A . C G GC . T T . G C TCTT GTTAT A AT TAAT CTAATTTTTTT T . . TGG ATT TATTAGAATT C . A A . G AA CTTAAATGA CT A G . . GAA A . . C . . . G . . GTGCATCCATTAATT . . T A TTG TAAAATT CCCC . A TT . . . . A AGAAAA A . AA . GT . T T . T CA GAC . . G . . . G
blockSeqs : . C . CTTTCTTT C TG . T . . G C TTCT TCGC A AT CAA TCATTAAA T . . TGT AAA AATTA C . G A . G TA AAGTA TT T A . . GTA T . . C . . . A . . ATGCATCCATTAGT . . C G TT TTTATTG CCCA . A GC . . . . A CGAAA G . A . GG . . T . C CA AAT . . .
blockSeqs : . . T G TTC GT G AA T TTAATTA T . . T ATT ATTTA G . G G . G AA ACTAT TT G A . . AAA A . . A . . . A . . GAGCACCTACAG . . C G AT TTAAATG CCTC . A CT . . . . A TGAAA A . G . A . . . . T TA CAT . .
blockSeqs : . G . T . . C TTTATT T . . . ATC AACTA T . A G . A GA ATTTA CT T A . . AAA C . . A . . . A . . GAGCACCTATAG . . T T TT TTA T . A CT . . . . A AGAAA G . A . T . . . . T C AAT .
blockSeqs : T . . . . . . . . TT AATAA T . C A . A G TAGTT C T . . . . . . . C . . . . . . AGTCAACCAT . . T A GT TTA . . A C . . . . A TGAAA A . A . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TGTA A . A . . . . CTTTA . . . . . . . . . . . . . . . . GTGCACCTAT . . . A TT TTT . . A . . . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . A TT . . . . . . . .
blockSeqCons : CTTNTTTTGC******************* NC GT**** A** TAAT**** TTAATTAAT************** AATTAGATT********* ANTTA************ GTGCACCCATTAGT***************** TT** TTAAT*********
originalCons : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGC-C----TATC-----T------A-----NTN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAA--TCGTTGAAAATTA-A-TTCAAC-ATTTC---A-ATTAT-----TCTTT-AATTACTTAAATTTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAA-AA----T----A-TA--GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTAT-TT-----A--GT--ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG-----------GTGCATC---T--A--G---T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATTGTACAAGT----T---T---GTCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
finalCons : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGCCTTNTTTTGC-------------------TN-AAT-TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAATTTCTAAAGT----TGAAAATTAA--TTCAAC-ATTTTAAT----TATTTAATTAAT--------------TTCCTT--TT-GATTATAGGACAT---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAAAATTAGATT---------GNAT---ATA--GTTATAT---GCCC--GAACGACATTTANTTA------------ATTACTTCTGAATATCACATANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-C-----TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAGGTGCACCCATTAGT-----------------T--ACT-----GTATATTC-GNAGAATT--ACAAGTTAAT---------TCCCCTGCGA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAA-TATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT
Alignments
lowQualScore : 22222 11 22 44444444444 1 1 66666666666666 2222222 111 44444444444444444444444444444444 11 11 111 33333333333333 111 555555555555555555555555555555555555555555555 11 222222222222222 33333 1 111111111 222222222222222 11111 11111 22222222 11111111111 3333333333 11 5555555555555 222222222222222222222222222222 1111 22222 1 11111 22222222222222222
lowQualScore : 1 66666 88 00 11111111111 3 3 6 7 1 44444444444444 8 4444444 000 0 22222222222222222222222222222222 11 77 99 11 1 3 6 000 66 66 00000000000000 66 5 0 555 888 77 777777777777777777777777777777777777777777777 2 66 22 4 0 0 222222222222222 222 1 3 4 00000 1 2 777 66 3 4 444 999999999 8 4 111111111111111 0 4 1 6666 4 4 55555 777 55555 4 00000000 5 4 4 88888888888 5 1111111111 7 1 33 1 55 0000000000000 666 4 0 8888888 22 777 4 4 4 444444444444444444444444444444 1 55 0000 55 22222 4 5 3 22222 2 555 99999999999999999 5 6 3 6 9 0 6 2
lowQualScore : . ..... .. .. ........... . . . . . .............. . ....... ... . ................................ .. .. .. .. . . . ... .. .. .............. .. . . ... ... .. ............................................. . .. .. . . . ............... ... . . . ..... . . ... .. . . ... ......... . . ............... . . . .... . . ..... ... ..... . ........ . . . ........... . .......... . . .. . .. ............. ... . . ....... .. ... . . . .............................. . .. .... .. ..... . . . ..... . ... ................. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55555 33 77 33333333333 3 3 7 3 0 77777777777777 0 0000000 222 6 00000000000000000000000000000000 22 22 22 00 7 8 7 999 00 99 44444444444444 99 0 1 111 888 00 000000000000000000000000000000000000000000000 7 11 22 4 9 1 777777777777777 444 1 7 4 33333 0 1 000 44 2 0 999 999999999 9 0 666666666666666 9 4 9 9999 7 4 66666 222 66666 4 66666666 4 4 4 11111111111 4 7777777777 3 7 88 0 55 2222222222222 888 4 1 2222222 66 888 4 4 4 444444444444444444444444444444 4 55 9999 55 99999 0 4 1 55555 2 444 44444444444444444 7 7 2 5 2 2 5 5
consensus : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGCC--TTNT---------TTTGC-TC-AAT-----TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAAT--TTCTAAA----GTT---GA--AAA-TTA-A-TTC---AAC-ATTT-TA---ATTATT---TAAT----T--------------A-----ATTTCCT--T--TTGA-TTATAGGACA-T---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAAAAT-TAGTA-TTGAATATNGTTATAT---GCCCGAACGACA-TTT-ATTTA----AT--NACTTCTGAA-TATCACAT-----ANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-----C-TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG------GT---GCACCCATT------AG-TTACTGTATATTC-GNAGAATTA--CAAGTTAA---T-T--CCCCTGC--GA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAAT-ATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
Reference ( family-116 ) : NTCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAANAGAATGCATGAGACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAGCC--A-CA--ATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCNAACCGTAAAATG-----GTAA---AAAG-ATTTTGAAN------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCGCC--TTNT---------TTTGC-TN-AAT-----TGT-ATGTACTGTTGAGATGCTANCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-NAAT--TTCTAAA----GTT---GA--AAA-TTA-A-TTC---AAC-ATTT-TA---ATTATT---TAAT----T--------------A-----ATTTCCT--T--TTGA-TTATAGGACA-T---GT--------TGTAATTTGTTCCTTGAAAAT-TAG-A-TTGNATATAGTTATAT---GCCCGAACGACA-TTT-ANTTA----AT--TACTTCTGAA-TATCACAT-----ANTTA-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CC-----C-TCCT--------CCCGAGTC-AAATTCATT-CCCGAG------GT---GCACCCATT------AG-TTACTGTATATTC-GNAGAATTA--CAAGTTAA---T-T--CCCCTGC--GA-AAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ATGAG---NGGGGAGG-GGGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-TA----------AT----CC-ATAAAT-ATGCATATCTGAAAATATCCGTCGTGAGATA
gi|1 : TCCTAAACCATCACAAAATTGAAGAAGACAGGTTTTTACACCGTTTTAATCAAAAGAATGCATGAAACAAGGATCA--CATTCAAAGTAAA-TAATAATC--ATCATCATATAG-GG-TGGGGTGTTTGTGATTCTTACCGTAAAA-------GTAAGGTAAAG-ATTTTGAAT------TATTTTCCCGACTGTG-CTATTTAACATTTGGTGCTGAAATCGCC--T-AT---------CTAG--TC-AAT-----TGT-ATGTACTGCTGAAATGCTAT----A--GCTTTATCTCACAGATTTTGAATTT-CCTAT--GACAAT-GAAT--TTCTAAAAATCGTT---GA--AAA-TTA-AGTTC---AAC-ATTT-CAGTCATTCTT---TAAT----T--------------ACTGAAATTTCCT--T--TTAA-TTATAGGACA-T---GC--------TGTAAAATGTTCCTTGAAAATATA-----TGTATATAGTTATAT---GCCCGACCTACA-TTT-ATTTA----ATATTACTTTTGAA-TATCACAC-----AAT-A-TT--ACT-GGTTATAA--A-GAAAAT-A-----GAAA-C-CC-----C-TCCT--------CCCGAGT--AAATGAAAT-ATCAAG------GT---GCATC---T------CG-T-ACTGTACGTCT-GTAGGACTATACAAGTT-----TGT--CCTCTGC--AA-AAGGA---G---CTTATTTCTCTCAGTT---G-TAT-TA-G---A---TTAG---AAA-------------AGCA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGAA---TGGGGAGG-GGATGTCTAAAT-----TATCTTCA-TA----------AT----CC-ATAAAA-ATGTACATTTG-AAATATTCGTCTCGAGATA
gi|10 : cTTTACACTATTTTAATCAACAGAA-G---GAGACAAAGGTCA--CATTCACAGAAAA--AATAGCCCTA-CA--ATATAATGA-TGGGGTG---GTAGTTCCAACTGTAAAATG------------AAAGTATTTTAAAG------AATTTTCCCGACTGTG-CTATTTTACATTTGGTGTTGAAGTCGCG--TTAT---------TTTGCTTG-AATAAATCTGA-ATG-AATGTTGATATGTTACCATAA--TCTAGATCTTc
gi|11 : GTATATTC-GATAAATTG--CAAGTAAAATTT-T--CCTCCGT--GA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G--GC-TA-G---A---TT------------------------------TGCAGTC----CAGGAGCCAAA--GT------AGGGGGGG-GGG-----AAAT------ATCCTC--TATTTTAATTACAT----CC-ATAAATTAGGCATATCTGAAAATATCC-TTGTGAGATA
gi|12 : ---A---TTCG---AAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-AT-CAGGAACCAAA--ATGAA---GGAGGGGG-AGGGGTC-AAAT-----TATCCTTA-TAC---------ATGTAATC-AT-AAT-ACACATATaaa
gi|13 : actatcttgttctctcgaaaacgtagtaccatgagtaacagt--------------A-----ATTTCCT--TAATTGA-TTATAGGACA-T---GG--------TGTAATTTGTTCCTTGAAGAA-TAGTA-TTGAATATCGTTATAT---GCCCATACGACA-TTT-AAGTA----AT--TACTTCTGAA-TATC
gi|14 : ttaaa---AAAG-ATTTTGAAA------TATTTTCCCGACTGTA-CTATTTTACTTTTCGTATGGAAGTCGTC--TTTC---------TTTtatgt
gi|14 : agtatttgTT---TAAA-------------------A-----ATTTCCT--TAATTGA-TTATAGGACA-T---Gtaaaaatttccttaattgattataggacatg
gi|16 : agtatttgaaagattttgaaatattttcccgactgtactattttacttttcgtatggaagtcgtctttctTCTTACAGATTTTGGATTT-CCTATACGACAGCGAAAT--TTTTAAA----TTT---GATGAAATTTA-A-TTC---AAC-GTTT-
gi|18 : tcTCCTAAATCATCACAAAATTGAAGAAAACAGG
gi|2 : taatgAAGGATCAGGTATTCAAAGTAAAATAATA-----A-TA--ATAAAG-GGATC---TGTTTGTGATTCAAACCGTAAAATGATTAAGTAATTGAAAG-AATTTGAAC------TATTTTCCCAACTG---CTATTTTACATTTGGTATTGAAGTCACC--TACCAAAAATAAATTTG--TC-AAC-----TGC-ATATACTGTGGAGATGCTAGTATCA--TCTTTATATTACAGATTTCGAATTT-TCCAT--AGCAAT-CAAT--TTCT-------------GA--AAA-TTACA-TTC---AAC-ATTT-TA---ATTATTCTTTAATGGCTT--------------AG----ATTTTCT--T--TTAAATTATTGTACAAT---GT--------TACA----------TAAAAAC-TAGTA-TTGAATATAGTTATAT---GCTCGAATTACA-TTT-ATTTA----------CTTTTGAA-TATCACAT-----ACTT---T--ATT-GGTTATGA--A-GAAAAT-GTCTACGCAA-CTCC-----C-TCCT--------ACCGAGTC-AAATCCGTC-CCTGAG------GA---GCACCTAC-------AG-T-ACTGTATGTT--GTAGAATTA--CAGGTTTG---T-TGTCCCCTAC--AA-GAGCA---A---CTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---TTTG---AAA-------------AACA--GCTTGCAGTC-A--CAGAAGCCAAA--GTGGG---TGGAGATG-G---GTCTAAAT-----TAT------TG----------AC----TT-ATAAAT-AT---TAC------ATATGCGTCTTGAGGTA
gi|3 : aaTAA---AGAG-ATTTTGAAGAATTAGTATTTTCCAGACTATAATTATTTTATATTTTGGAAGGAAGTAGCCATTTTT---------TTTAC-TTTAAT-----TTTCAACCACTCCTGAGATGCTAGCATCA--TCTTTATCTTACAGATTTTGAATTT-TCTAT-----AAT-CAATAGTTC--------GCT---GA--A-----------C---GAC--TTT-T----ATT---------T----T--------------A-----TTTTTCT--T--TTGA-TTATAGGATA-T---ATATATATAGTGCAATTTGTTCTTTGAAAAT-TAGCA-TTGAATAT-----TGC---CCCCAAACAATA---T-ACTAT----AT--GACTCCTGAA-TATCATGT-----ATTTAGTT--ACT-GGTTATGT--A-GAAAAT-G-----GTAA-C-CCCCTAGC-TCCT--------TCTGAATC-AAATTCATT-CCCGAG------AT---GCATCCATT------AG-TTACGGTATATTT-GAAAAAATA--CAAGTTA------------TTGC--AA-AACCA---A---ATTATTTATTTCGGTT---GTTCT-TA-A---ATTCTTAG---AAA-------------AACA--GCTTAGAGAC-G--CACGAGCCAAAACATGA----TGAGGAGG-GGaa
gi|4 : tatgaaatgatgaatgatataaaataatattagtatatcatttcagcctgtgacattagtatTT-CCAAC--GATATT-CCAT--TCTTAAA----GTT---GA--AAA-TTA-A-TTC---AGC-ATTTCTATATATTATC---GAAT----TCTTTTAACGACTTGA-----ATTTTCT--T--TGGA-TGATAGGA-----------------TGTAATTTGTTGCTTGAAATT-TA-------CACAT-GT----T---GCT----TGATA-TTT-CTTAA----AT--GAAT--TAAG-CATCACAC-----AAT---------T-GATT---------GAAAC-A-----GTAATC-CC-----C-TCCC--------CCT--TTC-AAAGTAATT-CCCGAGTATTCAAT---AGATCTATTG-----AT-TTACTGTATATTC-GGAAAATTG--CAAGTAAAAT-T-T--CCCCAGT--GA-CAGCA---A---CCGATTTCTGCCAGTT---G-TGC-TA-G---A---T------------------------------TTGCAGTC-A--CAGGAGCCAAA--GTAAG---GGGGGGGG-GGG-----AAATTCCTCTATTTTAATTA----------AT----CC-ATAAAT-ATGCATATCTGAAAATATCCATTGTGAGATAaa
gi|5 : T-GAAT--TCTTAAA----GTTATTGA--AAA-TTA---TTC---AA---------------ATT---TAAT----T--------------A--------------T--TCGG-TCGAACGAC-------T--------TGCA-TTT-TCCTTTGA---T-TGT-A---GGACATGTTTATA---------------A-TTT-GTTT-----------CTT--GAAGTATTACATCATGCATTTG-TTT-AGT-ACTT-------------T-G-----GTAA-C-GC-----C-TCCT--------TCTGC-TC-AAATTCATTTCCCGAG------CTCGAGTTCCAGTTTATCTAAT-TTACTGTATATTCCGGATAATTA--CA-GTTTA---T-T--GTCCCACATGACAAACA---A---CCTATTTCGC-AAGTT---G-CACCTA-A---A---TTAG---AAACAAAATCCAAAAAAGTATAGCTTGCAGTA-AATCAGGAGCCAAA--ATGAG--------AGG-GCGTGTCTAAAT-----TATCCTCA-GC----------AT----CCAATAAaaa
gi|6 : caattactgatAT--GACAAT-GAAT--TTCTGAAACTCGTT---GA--AAA-TTA-AATTC---AAC-AATT-TA---ATTATT---CA-T----T--------------A-----A------------------A-AGGACA-T---GT--------TGTAAAATGTTCCTTGGGAAC-TAGTA-CTTCATA--GTTACAT---GGTCGAACTATA-TTT-ATTTA----AT--TACTTTTGAA-TATCACAT-------TT--TT--ATT-GGCTATAA--A-GAGATT-GT----ATA-------------TCCTA-------CCCGAGTG-AAATTTCTC-CCTGGG------GA---GCACCTAT-------AG-T-ACTGTATGTTC-GTAGAAGTA--CAAGTTAAA--TGT--CCTCTGC--AA-AAGCA---AGTTCTTATTTCTCTCGGTT---G-TAT-TA-G---A---GGTG---AAA-------------AACG--GCTTGCA-TCAA--CAGGAGCCAAA--ATG------GGGGAGA-GGG-GTCTTAAT-----TATTCCCA-T--------------------ATAAAT-ATgaaagtaga
gi|7 : aTTGAGATGGTTTGATCAAATCTTTATCT-ACAGATTT-GAATTTTCCTAT--TATAAT-TAA-------------------------AA-T-A-A-TTCGCTAACGATCT-C------TATC---TAAT----T--------------T-----TTTTTCTCTT--TTGA-TAATAGGAGA-TATAAT--------TGTAATTTTTTC--TGAAAAT-AAGTA-TTGAATAATGTTATGT---ACC--AACG-CATTTT-TGTTACGGGAC--TATTTTTG-A-TATCTTAC-----AGTTA-TTTAATTCGGTTATAA--ATAAAAATGG-----GTAA-A-CC-----C-TCCTTCTTCCGGTCCGAATCAAAAAGCATT-TCCCAGA-----GT----CAACCAT----------TTCCGGTA-ATT--GAAGAATTG--CAAGTT
gi|8 : aattttcaaccaaacctggtgc--------TGTAATCTGTTCTTTGAATAT-TAG-AATTGAATATCGTTATGT---GCCCAAACAACA-TTTTAGTTA-----T--GACTT--GAA-TATCATAT-----ATTAA-TT--ACT-GGTTATAATTA-AAAACT-G-----GTAA-A-CCA----C-TCCT--------TTTGAATC-AAATTCATT-GCCGAG------GT---GCATCCATT------AATTTACGGTATATTT-GAAGAATTA--CAAGTTA------------TTGC--AG-AACCAACTA---CTTGTTTCTCTCGATTACAG-TAT-TATGAGTA---CTAGTTAAAA-------------AGCA--GCTTAGAGTC-A--CAGGAGCCAAA--ACTA-------GGAGG-GGGctgcagaa
gi|9 : gATAGGTATATAATGCCCAAACGACA-TTT-CTTTA----AT--GACTTCTGAA-TATCACAT-----ATTTAATT--ACT-AGTTATAA--A-GATA-T-G-----GTAA-C-CC-----CATCCT--------CCCGAATC-AAATTCATT-CCCGAG------GT---GCACCTATT------AATTTATGGTATATT--GAAGAATTA--CAACTT-----T-T------TGC--AA-AACCA---A-----------------TT---G-TGT-TC-G-------TTAGA--AAA-------------AATA--GCTTAGAGTC-A--CATGAGCGAAA--ATGAGGATAGGGGAGGAGGGTGTCTAAAT-----TGTTCCTA-TA----------AT----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTTTCCAGACTAATTATTTTACATTTAATAAGGTTATGGCATTTCTTTTGCTTGAATAAATTTTCAACCAC
Unaligned ( gi|17 ): TAATCCCGACAGACGTTGTCTGAATTAGATATTGTGCATGAATGTT