lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333333 2222222 11 3333 999999999999999999 111 222222222 1111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 4444444444 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1 111 4444444444444444 1 333333333333333333333 11111111 3333 44444444444444 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1111
lowQualScore : 777777 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 333333333333333 1111111 3 7 66 6666 4 3 99 111111111111111111 222 8 3 333333333 4 7 4444 1 1 6 000 1111111111111111111111111111111111111111111111 0 2222 2 111 2222222222 4 11 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 11 5 5 000 7777777777777777 3 0 5 0 1 33 3 7 333333333333333333333 1 4 66666666 0000 6 66666666666666 6 66666 1 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 2 4 8888 55
lowQualScore : ...... . ................................................................................................................................................................................................................................................... . ............... ....... . . .. .... . . .. .................. ... . . ......... . . .... . . . ... .............................................. . .... . ... .......... . .. .. ......................................................................................................................................................... . .. . . ... ................ . . . . . .. . . ..................... . . ........ .... . .............. . ..... . .. ......................................................... . . . .... ..
lowQualScore : 333333 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 333333333333333 7777777 7 3 55 0000 8 2 22 666666666666666666 222 0 2 222222222 8 5 2222 0 0 7 000 4444444444444444444444444444444444444444444444 4 1111 5 777 0000000000 6 00 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 99 0 0 000 7777777777777777 9 1 7 7 4 11 4 0 666666666666666666666 1 4 11111111 2222 7 66666666666666 7 77777 0 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 1 4444 88
consensus : NTTTTAAA--C-CCGGAATTACTTTTGACTGACTAG---NA---GA--TT---G--GCAG----ACCGCC-CAGC---TACGG-GGCNC--------TA-TA---------AT-GC--GCTC------------TATT--T-----ACA---GA-----CGA-TT--CTNTT---TT-T-------GGTCTG----A-------------------------ATAATCGAGACGAAA-------------GATT---------GT--T----------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCCTTT-CAAACATATGTAC--AAACACTAT--AAATAA--ATAAACAAAACT-TCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCAC--------------A---CG---AA--------C------------ACGCACAATTTAAC----CTAGGCAGNATTGATG---AAAT---AT----TTGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATG----NNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGA--N-NTACCACGTAGCACAATACAAGCC---CGTCCCGAGCA-A--TACCCGCAACNNCA----TAC-----CGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGATGAG---C--A--NTA--GNAN--CAACAACACTCA-ACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-ATCT----AACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTGCCAC-GAAT-CCATTCACAAGC---CAATTANT--TTTCCA-----TTTCT--TATA--------CTGT----T--GCA-CGTGTT-TTA-T-GA-----------ACTAC-CACCAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGNGTCAAGAAATAATC
Reference ( gi|1 ) : GTTTTAAA--C-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAG---AA---GA--TT------GCAG----ACTGCC-CAGC---TATGG-GGCCC--------TA-TA---------AT-GC--GTTC------------TATT--T-----ATA---G------CG------CTATT---AT-T-------AG---G----A-------------------------ATAATGAAGACAAAA-------------GATT---------GT-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCCAAT-CAAACATACGTAC--AAACACTATG-AAATAAGCACAAACAAAACT-TCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCAC--------------A---CG---AA--------C------------ACACACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATG---AAAT---AT----ATGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATG----GAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGA--A-CTACCATGTAGTACAATATAAGTCTAATATCCTGAGTATA--TACCTATACCTGCA----TGT-----CGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCATGAG---C--A--ATA--GAAT--CAATAACACTGA-ACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-ATAT----AACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTGCCTA-AAAT-CCATTCACAAGT---TAATTTTT--TTTTCA-----TTTCT--TATA--------CTGT----T-CGCA-CGTGTT-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGCCAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|3 : TTTTGGA--CACCATAATTACTTTTGACTGACCAGGAGAA---GA--TTTATAGAACAG----AACGCT-CAG----TACGC-GGCAC--------TG-CT---------AC-AC--------------------TTGGT-----ATG---G------CG------CTATT---TT-T-------AG---A----ACAAGGGATTTCTCTTTTCTGCTCTGATAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGGTC---------GT-------------TAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAA--TTCGACAAGTTCCTTT-CAAACATATGTAC--AAACACTATACAAATTAGTATAAAGAACACT-TCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCACGG------------A---CG---AA--------C------------ACACACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATG---AAAT---AT----TTAATCTAAGT--G------ACG-----ACG----AGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCAGA--C-AGACCACTTACTA----GTAAAT------TCCTGTACAAA--TACCAACAACACCA----GAT-----CGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGATTAC---C--ATTATA--GTAG--CAACTACACTCA-ACATAATTCCAACTACA
gi|6 : ttTTTTAAA--A-CCGGAATTACTTTGGACTGTCTAG---CA---GAAATT------GCAG----ACTGTC-CGNC---C--GG-GGCTCCAGTACACTA-TA---------ATAGC--GCAA------------TATT--T-----AGAAAAG------AGAATTTCCTTTTCCGAT-C--------T---G----A-------------------------ATAATCGAGACGAAC-------------GATT---------GTTTTCCTTGGTTGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCTTTT-CAAACATACGTACTAAAATGCTATG-
gi|8 : tttTTTTAAAAGC-C-GGAACTACTTTTGACTTACTAG---GAAGAGA--TTGCAG--GCAGCCCAGCTACCGCACCCTGTATTGCGGAAC--------TAATA---------AT-GC--GCTCTATTTATAGCGCTATT--TTAAGAACA---GA-----TGATTT--CTCTT---CTCT-------GGTCTG----A-------------------------ATAATGAAAACGAAA-------------TATTTTTACCATGGTCCT----------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGT
gi|2 : ttT------GTAG----TCCGTC-CAG----TAAGG-GGCCC--------TGGTACAC------AT-GTTAGTTCCGCGC-------TATT--T-----TTA---GAATGGGTGACTT--CTCTT---TT-T-------CG---GTCTGA-------------------------ATAATCGATACTAAT-------------GAT--------------------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCCTTT-CAGACAT--GTAC--AAAT----------TAA-CATAAACAAATAT-CCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCAC--------------A---CG---TA--------CAATCATGGACAAATACACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTG---AAAT------------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGCA------------------GA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACGACCTACCACG-----CAATACAAGCC---TGTTC--AG---A--TACCTGCAACACTA----TGA-----CGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGATGAG---C--A--TTA--GTAG--CAACAACACTCA-ACATAATTTCAAT------------------------------------CTTCTTTCAACAACTG-CAAAT--------TTAACTTTGTCAC-AAAT-CCATTCACAAGC---CAA-TAAT--TTTCCA-----TTTCT--TATAAACGAATTTTGTGACAT-GGCAGCA-GTCATTACT-GA-----------ACTAC-TACCATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAAT
gi|14 : taggacatttgtagCAG----ACTGCC-CAGC---TACGG-GGCCC--------TA-TATTGTAGAATAT-GA--GTTC------------TATT--T-----CCA---G------CG------CTATT---TC-TCTTCCCCGGTCTG----A-------------------------ATAATCGAGACGAAA-------------TATT---------------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|10 : T-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGT-----------------------ACAAACA---CTCTATTG---------AT--AATGAA---GTTT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAA--------------A---AGGTTAA--------TGATGGGCAA---ACGCATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATG---AAA
gi|4 : AAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTCTTA-CAAACATAT---C--AAA-ATTA---AAATAA-----AATAAA-CT-CCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTACTCCAACAATCTTGGA---CG---AA--------C------------ATGCAGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTG---AAAT---AT----TTGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATG----ACGCAATT----------------A-----------CA-AT-----GC-----TTGT----CACA--A-GTACC-TATCG-ACAAGACGA-CCTA-CA--CTG--TACAATTATCCGCAACACCA----TGC-----CGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGATGAG---C--T--TTA--GGATAGCAACAACACTTA-AAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-ATTT----AATTCTGCTTTCAATAACTG-TGCAT--------TTAACTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|5 : GTTCCTTT-CAAACATATGTAC--AAACACTAT----------ATAAACAAAACT-TCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCACGG------------A---CA---AA--------C------------ACACACATTTTAAC----CTA
gi|16 : AAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCAC--------------AAATCA---AATCGGCAATC------------ATA-ACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-----TAGCAATT--------------AGA-----------tctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|12 : CAA---TCAC--------------A---CG---AG--------C------------GAACACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATT---AAAT---AT----TTGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATG----GGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCAGG--C-CTACCATGTAGCACACTATAAG--------CCCGAG------------TGCCTGAA------------------GAT--TCCCA-TTTCCGGaa
gi|9 : ATACCCGCA----TATGGTATCGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGATGAG---C--A---TGCTGCAT--CAGTAGCAACAACACGTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-ACAT----A---------TC--TGA-TG-TACAT--------TTAACTTTGCCTC-AGAT-CCACTAACAAGT---CAATAATT--TTC-CA-----TTTCT--TGTA--------CTGT----T-------------TTA-T-AA-----------A-TACACGCGGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTt
gi|15 : caaATAACTGCAATCATAC-----TGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGATTAG---C--A---T---GAACAACAACAACATTGA-A------------CACA--ACGTCGTC--------------------------TTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTGCCAT-CAAT-CCATTCACAAGC---CAAT
gi|11 : aaGTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGACGAGCATC--A--GTA--GA-----AACACCACTCA-ACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-ATCT----AATTCTTCTCTCA--------TACA---------------GTGCCAC-GAAT-CCATTCACACGCGAATAATTTTCCATTTCCAGGTGTTTTGTGACATG--------CCGG----T--GCA--GCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CACCATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCG
gi|7 : tGATC-TCCCA-TTTCCGCGAAAGAG---CTTA--GTA--GA----CAGCAACATACA-ACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAATCT----AACTCTTC-TTCAATAACTGTTACAT--------TTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGC---CAA-TAAT--TTCTCA-----TTCAT--TATA--------AT---------ACA-CATGTT-TTA-T-G
gi|22 : ccagaacgaccttactatgcacacaaaaacgcggcaaaatactccaatcacacccCAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-ATCT----ATTTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTtat
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTGCC-A-CA---CCACTCA---------------T--TTTCTA-----TTTCT--TATA--------CT-------------CGT-TT-TTG-T-GA-----------CGTAT----CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAAT
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-ATCT----AACTCTTCTTTCAACGAACG-TACTT--------TTAACTTT
gi|19 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCA-----TTTTT--TGTA--------CTGT----TATACA-CGTGTT-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CACCAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTGG
gi|21 : T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CACCTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|20 : -TTA-TTAA-----------ATTGC-CACTTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATCc
gi|18 : ctgtaaccaCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TACCAGGCAACCTATCTGTGCTATTACCTGCACCTGTGCAGTACCTCCAACCATGACATCCATTGATGAGCGTCGGTGACAATACTCAACACAATCTCAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 111 555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 00000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222 1111111 666666666666 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 2222 6666666666666 11111111 22222222222 111 111111111111111 11111111 2 111 66666666666666666666666666666666666666 22222222222
lowQualScore : 22 1 777 111111111111 2 6 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 222 2 77777777777777777777777777777777777777777777 5 777777777777777 8888888 1 55 5 77 11 888888888888 2 1 6 3 0 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 1 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 11 444 22 3333 1111 1 5 9999999999999 5 5 11 5 99999999 66 4 5 44444444444 1 222 11 0 00 44 888888888888888 1 55 4 44444444 5 55 5 2 3 000 55555555555555555555555555555555555555 4 4 4 11111111111 1 999 8 66 9 1
lowQualScore : .. . ... ............ . . . ..................................................................................................... . . ... . ............................................ . ............... ....... . .. . .. .. ............ . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. .. ... .. .... .... . . ............. . . .. . ........ .. . . ........... . ... .. . .. .. ............... . .. . ........ . .. . . . ... ...................................... . . . ........... . ... . .. . .
lowQualScore : 55 0 555 222222222222 2 7 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 777 5 00000000000000000000000000000000000000000000 7 111111111111111 6666666 7 99 7 99 99 000000000000 5 0 7 6 3 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 0 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 88 000 00 0000 8888 4 0 0000000000000 0 0 44 0 00000000 11 4 0 55555555555 0 999 88 1 44 33 000000000000000 6 66 0 55555555 0 11 7 4 3 000 66666666666666666666666666666666666666 4 0 0 11111111111 9 111 9 11 0 0
consensus : NTTTTAAACGCCGGAACTACTTTTGACTGACTAGGA---GAAG--TTG-----CAGACCGCCCAGCTACGGGGCCC--------T--------------A-TAC--------AT-G-------CGCGCTATTT-----A-----------------CAGA-----CG--A----TTTCTCTTTT-C-GGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GATT---------GT--T-------------ACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT-A----TAA--ATAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---GACCTACCACGTAGC-ACAATACAAGCC---TGTNCTGAG-A-AT-ACCCGCA-ACGNCATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCA--T-------TAGTAG--CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGT----T-A--CACGT-----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTGCCAC-CAG--CTGATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAAC-CCGGAATTACTTTTGACTGACTAGNA---GA----TTG----GCAGACCGCCCAGCTACGGGGCNC--------T--------------A-TA---------AT-G-------CGCTCTATTT-----A-----------------CAGA-----CG--A----TT-CTNTTTT-T-GGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GATT---------GT--TT------------ACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT-A--AATAA--ATAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGNATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---GANNTACCACGTAGC-ACAATACAAGCC---CGTCCCGAGCA-AT-ACCCGCA-ACNNCATACCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCA--N-------TAGNAN--CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTG-CCACGAAT-CCATTCACAAGCCAATTANTTTTCCATTTCT---TATA--------CTGT----T-G--CACGT-----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTACCAC-CAG--CTGATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGNGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGAA---GA----TTG-----CAGACTGCCCAGCTATGGGGCCC--------T--------------A-TA---------AT-G-------CGTTCTATTT-----A-----------------TAG------CG----------CTATTAT-T-AG---GAATAATGAAGACAAAA-------------GATT---------GT--T-------------ACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGA--AATAAGCACAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---GAACTACCATGTAGT-ACAATATAAGTCTAATATCCTGAGTATAT-ACCTATA-CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCA--A-------TAGAAT--CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGT----TCG--CACGT-----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTGTCGC-CAG--CTGATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT-A-----------------------TTG------ATAATGAA--------GTTT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCA--T-------CAGTAG--AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TACA---------------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTGACAT-G--CCGGT-----GCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATTCAC-CAT--CTAATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCA---GGCCTACCATGTAGC-ACACTATAAGCC---CG--------A-GT-GCCTG-A-A--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTTG-CCACA----CCACTCA------------TTTTCTATTTCT---TATA--------CT-------------CGT------T-----T-TTG-T-GA-----------CGT---AT-CAG--ATTAATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGCCC--------T--------------A-TATTGTAGAATAT-G-------AGTTCTATTT-----C-----------------CAG------CGCTA----TTTCTCTTCC-CCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TATT-----------------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A-AT-AACTGCA-A--TCATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCA--T-------GAACAA--CAACAACATTGAACACA--------------ACGTCGTC--------------------------TTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAAT
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|18 : -T-GG-----------ATTAC-ACTCAG--CTGATT-CTTTGTATTACTACGCGACCaa
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatacTTTCATTTTT---TGTA--------CTGT----T-ATACACGT-----GT-----T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTACCAC-CAG--CTGATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : ----GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGCCC--------T--------------GGTACAC------AT-GTTAGTTCCGCGCTATTT-----T-----------------TAGAATGGGTG--AC---TT-CTCTTTT-TCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GAT----------------------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGAC--ATGTAC--AAAT-----------TAAC-ATAAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACGACCTACCACG------CAATACAAGCC---TGTTC--AG---AT-ACCTGCA-ACACTATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCA--T-------TAGTAG--CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAAAT--------TTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGT----G-A--CATGGCAGCAGT-----CATTACT-GA-----------ACTACTAC-CAT--CTGATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtagt-TTA-TTAA-----------ATTGCCAC-TTG--CTGATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-----T-TTC-T-GA-----------ACTGACAC-CTG--CTGATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TACAT--------TTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGGA---GAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCAC--------T--------------GCTACACTTGGT-AT-G--------GCGCTATTTTTAGAA-----------------CAAG-----GG--A----TTTCTCTTTTCT-GCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGGTC---------GT--T-------------AAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT-ACAAATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCA---GACAGACCACTTA-C--TAGTAAATTCC---TGTAC--A--A-AT-ACCAACA-ACACCAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-------TAGTAG--CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA--------AA--ATAAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT----CA---CAAGTACC---TATCGACAAGACGA-CC---TACACTGTACA-ATTATCCGCA-ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCT--T-------TAGGATAGCAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGCAT--------TTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT-A----------TAAACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TACTT--------TTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAAA-CCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGCA---GAAA--TTG-----CAGACTGTCCGNC--CGGGGCTCCAGTACACT--------------A-TA---------ATAG-------CGCAATATTT-----A-----------------GAAA-----AG--AGAATTT-CCTTTTC-C-GATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GATT---------GT--TTTCCTTGGTTGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT-
gi|7 : tttA-AT-ACTC-CA-ATCACAC-CCGATC------TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC---T-------TAGTAGA-CAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTACAT--------TTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A-------T-A--CACAT-----GT-----T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacgaccttactatgcacacaaaaacgcggcaaTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAGA----TTG-----CAGGCAGCCCAGCTACCGCACCC--------TGTATTGCGGAACTAA-TA---------AT-G-------CGCTCTATTT-----ATAGCGCTATTTTAAGAACAGA-----TG--A----TTTCTCTTCTCT-GGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TATTTTTACCATGGTCCTT------------ACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA-AT-ACCCGCATATGGTAT--CGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCA--TGCTGCATCAGTAG--CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TACAT--------TTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------C----------------T-----GT-----T-TTA-T-AA-----------A-TA-CACGCGGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TACCAGGCAACCTATCTGTGCTATTACCTGCACCTGTGCAGTACCTCCAACCATGACATCCATTGATGAGCGTCGGTGACAATACTCAACACAATCTCAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 22222222222 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555555555555 2 99999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 11 1111 333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 2222222 5555555555555555 22222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 99 00 66666666666 2 6 6 99 11111 55555555555555555555555555555555555555555555 1 88888888888888888888888 0 6 0 2 77777777777777777777777777777777777777777777 5 777777777777777 8888888 1 22 5 77 11 1111 555555 3 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 111 6 6 8888888 3 3 5 1111111111111111 4 33 4 00000000 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. ........... . . . .. ..... ............................................ . ....................... . . . . ............................................ . ............... ....... . .. . .. .. .... ...... . . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... . . ....... . . . ................ . .. . ........ .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 22 22 22222222222 2 7 7 22 88888 77777777777777777777777777777777777777777777 0 77777777777777777777777 3 7 0 5 77777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 99 99 4444 000000 2 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 777 7 7 5555555 2 7 2 5555555555555555 4 66 4 99999999 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAAA-TT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--CT---A-TACT--G---------AT-------G-------C------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTT-CCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------ATAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G-ACCT-ACCACGTA-CACAATACAAGCC---TGTNC---AG-A-AT-ACCCGCA-AC-NCATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACGCCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAAG-TT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--CT---A-TAC-------------AT-------G-------C------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTT-C-GGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------ATAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G-ACCT-ACCACGTAGCACAATACAAGCC---TGTNCTG-AG-A-AT-ACCCGCA-ACGNCATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--CT---A-TA--------------AT-------G-------C------------GTTCTATTT-----ATAG------CG---------CTATTAT-T-AG---GAATAATGAAGACAAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGC----ACAAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G-AACT-ACCATGTAGTACAATATAAGTCTAATATCCTG-AGTATAT-ACCTATA-CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG------AT-----------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCA---G-GCCT-ACCATGTAGCACACTATAAGCC---C--------G-A-GT-GCCTG-A-A--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--CT---A-TATTGTAGAAT-----AT-------G-------A------------GTTCTATTT-----CCAG------CGCTA---TTTCTCTTCC-CCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TAT--------T----------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : -A-AT-AACTGCA-A--TCATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : CC---TGTGC------A-GT-ACCTCCA-AC--CATGACAT----------CCA-TT------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : taccaggcaacctatctgtgctattacctgca-CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--CTGGTA-CAC-------------AT-------GTTAGTTCC------------GCGCTATTT-----TTAGAATGGGTG--A---CTTCTCTTTTTC-GGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GAT-----------------------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGAC--ATGTAC--AAAT---------TAAC-----ATAAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACG-ACCT-ACCACG-----CAATACAAGCC---TGTTC---AG---AT-ACCTGCA-ACACTATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGCT---A-CACTTGGT--------AT-------G--------------------GCGCTATTTTTAGAACAAG-----GG--A---TTTCTCTTTT-CTGCTCTG-ATAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGGT--------CG----T-------------TAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAA--TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAAATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCA---G-ACAG-ACCACTTA-C-TAGTAAATTCC---TGTAC----A-A-AT-ACCAACA-ACACCAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA------ATAAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAA---GTACCT-ATCG------ACAAGACGA-CC---TACACTGTAC-A-ATTATCCGCA-ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA----------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAAA-TT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CC---AGTAC-------------ACTATAATAG-------C------------GCAATATTT-----AGAAA-----AG--AGAATTTCCTTTTC-C-GATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GAT--------TG----TTTTCCTTGGTTGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : ttt---G-ACCTTACTATGCA-CACAA---AAACG---CG-GC---AA-A-AT-ACTC-CA-ATCACAC-CCGATC------TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAGA-TT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--CT---G-TATTGCGGAACTAATAAT-------G-------CGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGA-----TG--A---TTTCTCTTCT-CTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TATTTTTACCATGGTCCT-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : tt-A-AT-ACCCGCATATGGTAT--CGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 11 222222 1 22222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 222222222222222222222222222222222222 3333333333333 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 3 11111111111111111111111111111111111111111111 1 88888888888888888888888 0 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777 5 777777777777777 8888888 1 55 5 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 555 000 5 5 666666666666666666666666666666666666 33 4444444444444 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. . ............................................ . ....................... . . . ............................................ . ............... ....... . .. . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . .................................... .. ............. .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 3 88888888888888888888888888888888888888888888 0 77777777777777777777777 3 2 5 77777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 777 000 7 7 666666666666666666666666666666666666 66 1111111111111 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--CTA-TAC----T--GT----------AT-G-------C------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCAA-C--C-ATG---CCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--CTA-TAC----T--G-----------AT-G-------C------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCAA-C-NC-ATG---CCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--CTA-TA--------------------AT-G-------C------------GTTCTATTT-----ATAG------CG---------CTATTATTAG----GAATAATGAAGACAAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AA---CT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATAC-CTGC-ATG---TCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCATTC-CCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCAG---GC---CT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-AA-------------------GAT--TCCCATTT-CCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--CTA-TAT----T--GTAGAAT-----AT-G-------A------------GTTCTATTT-----CCAG------CGCTA---TTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TAT--------T----------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCAA---TC-ATA---CTGTTTGGAT--CCCCATTT-CCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCAGGCAAC---CT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCAA-C--C-ATG---ACAT----------CCATT-------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--CTGGTAC----A--C-----------AT-GTTAGTTCC------------GCGCTATTT-----TTAGAATGGGTG--A---CTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GAT-----------------------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---ACGACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAGA-----TACCTGCAA-C-ACTATG---ACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGCTA-CAC----TTGGT----------AT-G--------------------GCGCTATTTTTAGAACAAG-----GG--A---TTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGGT--------CG----T-------------TAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCAG---AC---AG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAA-CACC-AGA---TCGTCCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAAGT--AC---CT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCAA-C-ACCATG---CCGTTCGGTT--CCCCATCT-CTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTACACTAT--A-----------ATAG-------C------------GCAATATTT-----AGAAA-----AG--AGAATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GAT--------TG----TTTTCCTTGGTTGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : tttG---AC---CTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CAATC-AC-AC----CCGATC------TCCCATTT-CCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--CTG-TAT----T--GCGGAACTAATAAT-G-------CGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGA-----TG--A---TTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TATTTTTACCATGGTCCT-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCA-----T-ATGGTATCGTTTGGATGATTCCACTT-CCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 11 222222 111 00000000000000000000000000000000000000000 55555555555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 222222222222222222222222222222222222 222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 111 6 11111111111111111111111111111111111111111 1 88888888888888888888888 0 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777 5 777777777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 555 000 5 5 666666666666666666666666666666666666 33 333333 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. ... . ......................................... . ....................... . . . ............................................ . ............... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . .................................... .. ...... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 777 7 77777777777777777777777777777777777777777 0 77777777777777777777777 3 2 5 77777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 777 000 7 7 666666666666666666666666666666666666 66 444444 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--GT----------AG----T-GC------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--GT----------A-----T-GC------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--A---TTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA-TA-------------------A-----T-GC------------GTTCTATTT-----ATAG------CG---------CTATTATTAG----GAATAATGAAGACAAAA-------------GAT--------TG----T-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AA---CT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATA--CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCATTC-CCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCAG---GC---CT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-A--A--------------GAT--TCCCATTT-CCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT---T--GT----------AGAATAT-GA------------GTTCTATTT-----CCAG------CGCTA---TTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TAT--------T----------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCA--AT--CATACTGTTTGGAT--CCCCATTT-CCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCAGGCAAC---CT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCA--AC--CATGACAT----------CCATT-------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACACAT--GTT---------AGT---T-CC------------GCGCTATTT-----TTAGAATGGGTG--A---CTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GAT-----------------------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---ACGACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAGA-----TACCTGCA--ACACTATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC---TTGGT----------A-----T-G-------------GCGCTATTTTTAGAACAAG-----GG--A---TTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGGT--------CG----T-------------TAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCAG---AC---AG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAACAC--CAGATCGTCCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAAGT--AC---CT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCA--ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCATCT-CTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC---T--AT----------AA----TAGC------------GCAATATTT-----AGAAA-----AG--AGAATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GAT--------TG----TTTTCCTTGGTTGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : tttG---AC---CTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CA--AT--CACACC---CGATC--TCCCATTT-CCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT---T--GCGGAACTAATAA-----T-GCGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGA-----TG--A---TTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TATTTTTACCATGGTCCT-------------TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCAT-AT--GGTATCGTTTGGATGATTCCACTT-CCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 222222 111 88888888888888888888888888888888888888888888 5555555555555555555 9999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 22222222222222222222222222222222222 222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 111 99999999999999999999999999999999999999999999 1 9999999999999999999 0 5 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5 777777777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 000 555 5 5 88888888888888888888888888888888888 33 333333 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. ... ............................................ . ................... . . . ........................................... . ............... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . ................................... .. ...... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 777 00000000000000000000000000000000000000000000 0 5555555555555555555 3 2 5 7777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 000 777 7 7 33333333333333333333333333333333333 66 444444 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------T-AA----T-GC------------GCGCTATTT--A--ACAGA-----CG--ATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------T-AG----T-GC------------GCGCTATTT-----ACAGA-----CG--ATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA--------------------T-AA----T-GC------------GTTCTATTT-----ATAG------CG------CTATTATTAG----GAATAATGAAGACAAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---AACT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATA--CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCA---G---GCCT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-A--A--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT---T--G---------T-AGAATAT-GA------------GTTCTATTT-----CCAG------CGCTATTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TA-------------T--------T---------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCA--AT--CATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCA---GGCAACCT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCA--AC--CATGACAT----------CCA-TT------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACACAT--G---------TTAG----T-TCC-----------GCGCTATTT-----TTAGAATGGGTG--ACTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GA-------------T----------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACG---ACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAG-----ATACCTGCAACAC--TATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC---TTGG---------T-A-----T-G-------------GCGCTATTTTTAGAACAAG-----GG--ATTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGG-------------T--------CG----TTAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCA---G---ACAG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAACAC--CAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAA---GT--ACCT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCA--ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC---T--A---------T-AA----TAGC------------GCAATATTTAGA--AAAGA-----GA--ATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GATTGTTTTCCTTGGT--------TG----TTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : ttt---G---ACCTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CA--AT--CACACC---CGATC--TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT---T--GCGGAACTAAT-AA----T-GCGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGA-----TG--ATTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TA-------------TTTTTACCATGGTCCTTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCAT-AT--GGTATCGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 222222 111 888888888888888888888888888888888888888888 55555555555555 9999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 222222222222222222222222222222222222 222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 111 6 888888888888888888888888888888888888888888 1 77777777777777 0 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5 777777777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 555 000 5 5 666666666666666666666666666666666666 33 333333 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. ... . .......................................... . .............. . . ........................................... . ............... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . .................................... .. ...... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 777 7 333333333333333333333333333333333333333333 0 55555555555555 3 5 7777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 777 000 7 7 666666666666666666666666666666666666 66 444444 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAGGCG--ATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTT----AACAGACG--ATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AC---CT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA-TA-----------------------A--T-GC------------GTTCTATTT----A-TAG-CG------CTATTATTAGG----AATAATGAAGACAAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---AA---CT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATA--CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCATTT-CCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCATTC-CCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCAG---GC---CT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-A--A--------------GAT--TCCCATTT-CCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT---T--G---------TAGAATA--T-GA------------GTTCTATTT----C-CAG-CGCTATTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TA-------------T--------T---------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCA--AT--CATACTGTTTGGAT--CCCCATTT-CCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCAGGCAAC---CT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCA--AC--CATGACAT----------CCATT-------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACACAT--G---------TT----AGTT-CC------------GCGCTATTTTTAGAATGGGTG--ACTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GA-------------T----------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAG---ACGACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAGA-----TACCTGCA--ACACTATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC---TTGG---------TA-------T-G-------------GCGCTATTTTTAGAACAAGGG--ATTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGG-------------T--------CG----TTAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCAG---AC---AG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAACAC--CAGATCGTCCGGAT--TCCCATTT-CCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAAGT--AC---CT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCA--ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCATCT-CTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC---T--A---------TA----A--TAGC------------GCAATATTTAG--AAAAGAGA--ATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GATTGTTTTCCTTGGT--------TG----TTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : tttG---AC---CTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CA--AT--CACACC---CGATC--TCCCATTT-CCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT---T--GCGGAACTAATA----A--T-GCGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGATG--ATTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TA-------------TTTTTACCATGGTCCTTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCAT-AT--GGTATCGTTTGGATGATTCCACTT-CCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 222222 111 888888888888888888888888888888888888888888 333 111 9999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 22222222222222222222222222222222222 222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 111 6 888888888888888888888888888888888888888888 1 333 444 0 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5 777777777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 000 555 5 5 88888888888888888888888888888888888 33 333333 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. ... . .......................................... . ... ... . . ........................................... . ............... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . ................................... .. ...... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 777 7 333333333333333333333333333333333333333333 0 000 000 3 5 7777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 000 777 7 7 33333333333333333333333333333333333 66 444444 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAG-GCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAG-GCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA-TA-----------------------A--T-GC------------GTTCTATTT-----ATAG--CG----CTATTATTAGG----AATAATGAAGACAAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---AACT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATA--CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCA---G---GCCT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-A--A--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT---T--G---------TAGAATA--T-GA------------GTTCTATTTC-----CAGCGCTATTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TA-------------T--------T---------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCA--AT--CATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCA---GGCAACCT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCA--AC--CATGACAT----------CCA-TT------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACACAT--G---------TT----AGTT-CC------------GCGCTATTTTTAGAATGG-GTGACTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GA-------------T----------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACG---ACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAG-----ATACCTGCAACAC--TATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC---TTGG---------TA-------T-G-------------GCGCTATTTTTAGAACAA-GGGATTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGG-------------T--------CG----TTAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCA---G---ACAG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAACAC--CAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAA---GT--ACCT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCA--ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC---T--A---------TA----A--TAGC------------GCAATATTT--AGAAAAG-AGAATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GATTGTTTTCCTTGGT--------TG----TTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : ttt---G---ACCTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CA--AT--CACACC---CGATC--TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT---T--GCGGAACTAATA----A--T-GCGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAG-ATGATTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TA-------------TTTTTACCATGGTCCTTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCAT-AT--GGTATCGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 222222 111 888888888888888888888888888888888888888888 333 111 9999999999999999999999999999999999999999999 222222222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 22222222222222222222222222222222222 222222 2222222 111111111111111 11111111 111 55555555555555555555555555555555555555 22222222222 111
lowQualScore : 55 00 77 333333 2 6 6 99 111 6 888888888888888888888888888888888888888888 1 333 444 0 2 8888888888888888888888888888888888888888888 5 777777777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 22 333333333333333333333333333333333333333333333 0 000 555 5 5 88888888888888888888888888888888888 33 333333 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 66666666666666666666666666666666666666 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. .. .. ...... . . . .. ... . .......................................... . ... ... . . ........................................... . ............... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... .. ............................................. . ... ... . . ................................... .. ...... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... ...................................... . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 22 00 000000 2 7 7 22 777 7 333333333333333333333333333333333333333333 0 000 000 3 5 7777777777777777777777777777777777777777777 7 111111111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 00 777777777777777777777777777777777777777777777 8 000 777 7 7 33333333333333333333333333333333333 66 444444 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 77777777777777777777777777777777777777 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAG-GCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAG-GCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGA-AGA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA-TA-----------------------A--T-GC------------GTTCTATTT-----ATAG--CG----CTATTATTAGG----AATAATGAAGACAAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATGGAGCAATT--------------GGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---AACT-ACC-ATGTAGTACAA--TATAAGT--CTAATATCCTGAGTATATACCTATA--CCTGCATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGTTCG--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTG-A--CATGCCG---GTGCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATGGGGCGATT--------------AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTATTTATATACCA---G---GCCT-ACC-ATGTAGCACAC--TATAAGC--C---C-----GA----GTGCCTG-A--A--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT---------CGT------T-------T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT---T--G---------TAGAATA--T-GA------------GTTCTATTTC-----CAGCGCTATTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------TA-------------T--------T---------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : A----ATAACTGCA--AT--CATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : aAAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-TAGCAATT--------------AGA-----------
gi|17 : TACCA---GGCAACCT-ATC--TGTG-C-TAT--TACCTGCACC---TGTGCAG------TACCTCCA--AC--CATGACAT----------CCA-TT------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTT-ATACACGT-----GT-------T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACACAT--G---------TT----AGTT-CC------------GCGCTATTTTTAGAATGG-GTGACTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAAT-------------GA-------------T----------------ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGC--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCAGACG---ACCT-ACC-ACG-----CAA--TACAAGC--C---TGTTCAG-----ATACCTGCAACAC--TATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTG-A--CATGGCAGCAGT-------CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-------T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGG-AGAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC---TTGG---------TA-------T-G-------------GCGCTATTTTTAGAACAA-GGGATTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTTTTTCCCTTGG-------------T--------CG----TTAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACGAGGCAATTAAAATGCTACTCACAGA-----------TATAT-----AA-----TTATAAACCA---G---ACAG-ACC-ACTTA-C-TAG--TAAATTC--C---TGTACA-A----ATACCAACAACAC--CAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATGACGCAATT--------------ACA--------------AT-----GC-----TTGT-CACAA---GT--ACCT-ATCGACA-A-GACGACCTACA-----C---TGTACA-A----TTATCCGCA--ACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGC-AGAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC---T--A---------TA----A--TAGC------------GCAATATTT--AGAAAAG-AGAATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAAC-------------GATTGTTTTCCTTGGT--------TG----TTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : ttt---G---ACCTTACT-ATGCA-CACAA-----AAAC--G---CG-GCAAA----ATACTC-CA--AT--CACACC---CGATC--TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA--------A---T-A--CACAT-----GT-------T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT---T--GCGGAACTAATA----A--T-GCGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAG-ATGATTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAA-------------TA-------------TTTTTACCATGGTCCTTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttA----ATACCCGCAT-AT--GGTATCGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-------------------------TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
blockSeqs : CA GA AG TATAGA T C A TG CAG G TTGCGGAACTAATAATGCGCTCTATTTATA T TTA CGC C ATCTTTTTCCCTTGGTCG A CGTCTGAATATT TGAAATT A CA T T TA CA T ATTAGTATA C G A A A A AATG A TGC CTCCAACAATCTTGGACGAACATGC CTAT TAAATTTG A AG A AT GTCCG GG AGAATTCTACAGTCTATATTTAGCAATTTAT GAC GCA T G TGCTATTACCTGCACCTGTGCAG TG ACAC C T GA T A A GCTGCAT GA GA TC CT TTCATTCATA C AT T ATGCAATA C A . AGG AACGAATTTTGTGACATGGCAGCAGTCA C T GCCATGATTGA C ACA T T A T
blockSeqs : AG G A . C C . . . . CACATGTTAGTTCC G TTA GT C GATTGTTTTCCTTGGTTG . TGTC . G T . T . CA T CATA G T . A A A . . . AAAGGTTAATGATGGGCAAACGC . . C . A . . TA AAAATGCTACTCACAGATATATAA . T . . TACTAGTAAATTCCTGTACAA TG ACAC A T . . . A TA . G CT TC ATACATG C AC . . . . . . TTGTGACATGCCGGTGCAGCCAT . . . G TT . . A T
blockSeqs : A C G . C C . . . . TTGTAGAATATGA G TAA GG G TATTTTTACCATGGTCC . C . G T . T . CA T ATA A G . A A A . . . CACGTACAATCATGGACAAATAC . . A . A . . CT AGATATATAA . . . . AGACGACCTACACTGTACAA TC ACAC A T . . . G . . A TT CT ATAA C TT . . . . . . CTGTTATACACGTGTT . . . C AC . . T A
blockSeqs : . T . . . . . CTATAATAGC A C AG C TATT . C . A T . T . TG T AT C T . . T T . . . CAAATCAAATCGGCAATCATA . . A . . . . AG ACAATGC . . . . TAGCACACTATAAGCCCGA TG TAT T C . . . A . . G TC TC ATA T AT . . . . . . ATACACATGTT . . . C AC . . . G
blockSeqs : A . . . . . CTTGGTATG G A AT G GAT . C . G T . C . T . . . . . . A . . . . CGGACGAACACAC . . . . . . . AC . . . . CACACAAAAACGCGGCAAA AA AT C T . . . A . . G TT TC AAA C AC . . . . . . CTCGTTT . . . T GC . .
blockSeqs : . C . . . . . . A . . . . . . CGGACAAACACAC . . . . . . CAATACAAGCCTGTTCAG CG AC C T . . . T . . G TC TA ATA C AC . . . . . . CTGTT . . . C GA . .
blockSeqs : . CACGAGCGAAC . CG AT T . . . . A . . G . . ATA A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : CTATGATACGN******************************* TTA GN* NATTTTTCCTGGTC***************************** T*** ATA******** AAATCATTATA********************************** CACTACTAAGCCTGTACAA**************** AAC*** CTGTATACGCGTGTT***********************
originalCons : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC---T--G---------TA----A--T-GC------------GCGCTATTTT-AGAACAG-GCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAA-------------GA-------------T--------TG----TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATT--------------AGA-----------TATAT-----AA-----TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGTA-CACAA--TACAAGC--C---TGTNCAGA----ATACCCGCA--AC--CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGTT-A--CACGT-----GT-------T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
finalCons : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGG-AGAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TACTATGATACGN-------------------------------GCGCTATTTTTAGAACAGGN-GATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAANATTTTTCCTGGTC-----------------------------TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAAATA--------AACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATGNNGCAATTAAATCATTATA----------------------------------TTATATACCA---G---ACCT-ACC-ACGCACTACTAAGCCTGTACAA----------------ATACCCGCAAAC---CATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTACTGTATACGCGTGTT-----------------------TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 11 222222 111 999999999999999999999999999999999999 1111111 8888888888888888888888888 111 22222222222 1111111 1111 33333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 11111 111111 4444444444444444444444444444444444444444444 111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 2222222 111111111111111 11111111 111 7777777777777777777777777777777777 22222222222 111
lowQualScore : 55 0 0 77 333333 2 6 6 99 111 6 666666666666666666666666666666666666 4444444 0 2 8888888888888888888888888 5 000 77777777777 8888888 1 55 5 2 77 11 1111 44444444444 2 2 6 3 3 5 2222 5 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 0 00000000 3 99 3 99 66666 666666 5555555555555555555555555555555555555555555 000 555 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 1 222 999 3 2 55 4 4 1 0000000 66 44 0 11 44 555555555555555 1 55 4 44444444 5 0 5 5 000 0000000000000000000000000000000000 4 4 4 33333333333 1 000 4 4 9 1
lowQualScore : .. . . .. ...... . . . .. ... . .................................... ....... . . ......................... . ... ........... ....... . .. . . .. .. .... ........... . . . . . . .... . ... ........................................................... .... . ........ . .. . .. ..... ...... ........................................... ... ... . ................................................... . . ... ... . . .. . . . ....... .. .. . .. .. ............... . .. . ........ . . . . ... .................................. . . . ........... . ... . . . .
lowQualScore : 88 2 0 00 000000 2 7 7 22 777 7 333333333333333333333333333333333333 5555555 3 5 5555555555555555555555555 7 000 11111111111 6666666 7 99 7 7 99 99 4444 88888888888 5 5 7 2 9 1 1111 7 888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666 7 77777777 2 22 2 22 77777 222222 0000000000000000000000000000000000000000000 000 777 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 0 999 777 7 2 55 0 4 0 6666666 11 66 1 77 33 555555555555555 6 66 0 55555555 0 1 7 7 000 6666666666666666666666666666666666 4 4 4 88888888888 4 111 4 4 0 0
consensus : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGGA-GAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC-T---------ATA--ATA---CGC----------GCGCTATTTTTAGAACGGGCGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAAN-ATT--TTT-CC--T-GGT-C-TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATG----NNGCAATTA-AA-------T----CA--C---TATA--A-------------TTATATACCA---G---ACCT-ACC------A-----CGCACTA----C----TAAG--------C-CTG------TACAAATACCCGCAA-ACCATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGT-ACACGC--GT----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-114 ) : NTTTTAAACACCGGAACTACTTTTGACTGACTAGGA-GAA-ATT------GCAGACCGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAC-T---------ATG--ATA---CGN----------GCGCTATTTTTAGAACAGGNGATTTCTCTTTTCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAAN-ATT--TTT-CC--T-GGT-C-TTACATTT-TGTGAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAAACATACGTAC--AAACACTAT---ATAA--AT------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACG--------C-------ACAATTTAAC----CTAGGCAGGATTGATGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTCAGTGACG-----ATG----NNGCAATTA-AA-------T----CA--T---TAT---A-------------TTATATACCA---G---ACCT-ACC------A-----CGCACTA----C----TAAG--------C-CTG------TACAAATACCCGCAA-ACCATGCCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTCCAATCACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGT-ATACGC--GT----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTGC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTGAGGCCATGTGTCAAGAAATAATC
gi|1 : TTTTAAAC-CTGGAACTACTTTTGACTGACTAGAA-GA---TT------GCAGACTGCCCAGCTATGGGGC-C--C---TA-TA-------------------A---TGC----------GTTCTATTTATAG------CG----CTATTATTAGG----AATAATGAAGACAAAAG-ATT-------------GT----TACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACTGTATCAAATACAATAAAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-AATCAAACATACGTAC--AAACACTATGAAATAAGCAC------AAACAAAACTTCTTGGCTT-TAAAATCAAATGAACAAGTTT----CGTCTGCTTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGACAGGATTGATGAA--------ATATA--TGATCTGAGC--GTCAGTTACG-----ATG----GAGCAATTG-GA-------T-----A------TATA--A-------------TTATATACCA---G---AACT-ACC------A-----TGTAGTA----CAATATAAGTCTAATATC-CTGAGTATATACCTATACCTG------CATGTCGTTCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCCAT-GAGCAA-------TAG--AAT-CAATAACACTGAACATAATTCCAATCACAGAATGTCATC-------AT-A----TATAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTAAAAT-CCATTCACAAGTTAATTTTTTTTTCATTTCT---TATA--------CTGT-TCGCAC--GT----GT-----T-TTA-T-GA-----------ACTGT-CGC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTATTGCGCAACCGGGTTAACTGGGACCATATGTCAAGAAATAATC
gi|10 : gT-TGGGAATACATGTC-----------AGAATATGAAATTAGCTATATCAAACACAATAAAAGTATTCACATTC-ACAAGTTCCTTTTCAAACATATGTAC--AAACACTCT---ATTG--AT-----------------------------AATGAAGT--------TT----TGTCTGCCCCT-ATCAA---CCAAAAGGTTA--------------A---TG---ATGGGCA-AACG--------C-------ATAATTTAAC----GTAAGCAGTATTGATGAA--------A
gi|11 : GTTTGGAT--TCCCA-TTCCCGACGAC-GAGCAT-------CAG--TAG-AAACACCACTCAACATAATTCCAACTACAGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAATTCTTCTCTCA--------TAC--------A-------GTG-CCACGAAT-CCATTCACACGCGAA-TAATTTTCCATTTCCAGGTGTT--------TTGTGACATGCCGGT----GCAGCCAT-TTC-T-GA-----------ACATT-CAC-CATCTA-ATTTATTTGTATTCCTGCGCGACCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcaaaa
gi|12 : tCAA---TCA-------C--------------A---CG---A-----G-CGAA--------C-------ACAATTTAAC----CTAGATAGGATTGATTAA--------ATATT--TGATCTGAGC--GTCGGTTACC-----ATG----GGGCGATTAGAA-------TTCTACAGTC---TAT---ATTTAGCAATTTATTTATATACCA---G---GCCT-ACC------ATGTAGCACACTA---------TAAG--------C-C----------CGAGTGCCTG-AA--------------GAT--TCCCA-TTTCCGG
gi|13 : CAGAATGCCGTC-------AT-ACATGTCTAACTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCACA----CCACTC------------ATTTTCTATTTCT---TATA--------CT--------C--GT-----T-----T-TTG-T-GA-----------CGT----AT-CAGATT-AATTCTTTGTATTCTTGTGTGACCTGGTTAACTGAGGGCAGATATTAAGAAATAATt
gi|14 : CAGACTGCCCAGCTACGGGGC-C--C---TA-TAT-T---------GTAGAATA---TGA----------GTTCTATTTCCAG--C--GCTATTTCTCTTCCCCGGTCTGAATAATCGAGACGAAAT-ATT----------------------ATTT-TGTAAATACA---C-----------AAAATA-------AACGGTATCAAACACAATAAAAGTGTTAAT-TTC
gi|15 : AAATAACTGCAA--TCATACTGTTTGGAT--CCCCA-TTTCCGGCGAT-TAGCAT-------GAA--CAA-CAACAACATTGAACAC--------------AACGTCG--------------------------TCTTTCAATAACTG-TACATGCAATAATTTAACTTTG-CCATCAAT-CCATTCACAAGCCAA-T
gi|16 : AAGTAAACA-GTTT----TGT-TGCTTCTAATTAATGCTCA-------C--------------AAATCA---A-----A-TCGG--------CAATCATAACAATTTAAC----CTAGACAGTAATAATGAATAAATTTGATCTTAGTGATCTAAGCATGCTAGTGACG-----AT-----TAGCAATTA-GA-------
gi|17 : TACCA---GGCAACCT-ATC------------TGTGCTATTACC----TGCA--------C-CTG------TGCAG-TACCTCCAA--CCATGACAT----------CCA-TT------GAT-GAGCGT-------CGG--TG----ACAATACTCAACACAATCTCAAaa
gi|18 : -CACTCAGCTG-ATT-CTTTGTATTACTACGCGACC
gi|19 : taattttctatgtcttataaatgtgttttgtatcatgccagcagccattaggcctatactggattaTTTCATTTTT---TGTA--------CTGTTATACAC--GT----GT-----T-TTA-T-GAGCCATGATTGAACTAC-CAC-CAGCTG-ATTTCTTTGTATTTTTGCGCGACCGGATTAAGTG
gi|2 : T------GTAGTCCGTCCAG-TAAGGGGC-C--C---TGGTACAC---------ATG--TTAGTTC-C----------GCGCTATTTTTAGAATGGGTGACTTCTCTTTTTCGGTCTGAATAATCGATACTAA----------------T-GAT-----ACATTTATATGTATACA---C-----------AAAACA-------AATT---------------AAAGTGTTAAT-TTCGACAAGTTCC-TTTCAGACAT--GTAC--AAAT---------TAAC-AT------AAACAAATATCCTTGGCTT-T---------TAAACAAGTTTAATGCATTTGCCTCT-ATCAA---TCA-------C--------------A---CGTACA-----ATCATGGACAAATAC-------ACAATTTAAC----CTTGGCAGGATTGGTGAA--------AT-------------GC--GTCAGTGA-------ATGCTTCTCGCAGATA-----------------------TATA--A-------------TTATATACCAGACG---ACCT-ACC------A-----CGCAATA----C-----AAG--------C-CTG------TTCAGATACCTGCAACACTATGACGTTCGAAT--CCCCATTTTCCGGCGAT-GAGCAT-------TAG--TAG-CAACAACACTCAACATAATTTCAA------------------------------------TCTTCTTTCAACAACTG-CAA--------ATTTAACTTTG-TCACAAAT-CCATTCACAAGCCAA-TAATTTTCCATTTCT---TATAAACGAATTTTGTGACATG---GCAGCAGT-----CATTACT-GA-----------ACTAC-TAC-CATCTG-ATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGTTAACTG-----ATGTGTCAAGAAATAATg
gi|20 : taggacatttgtag-TTA-TTAA-----------ATTGC-CAC-TTGCTG-ATTTCTTCGTATTCTTGCAAAACCGGATTAACTGAGGCCATGAGTCAAGAAATAATC
gi|21 : ctgtaacca-----T-TTC-T-GA-----------ACTGA-CAC-CTGCTG-ATTTCTTTGTATTCGTGCGCGGCCGTCTTAACTGTGGCCATGGGTCAAGAAATAA
gi|22 : CAATCACAGAACGTCGTCTTCATTCAT-A----TCTATTTCTTCTTTCAATAACTG-TAC--------ATTTAACTTc
gi|3 : TTTTGGACACCATAATTACTTTTGACTGACCAGGA-GAAGATTTATAGAACAGAACGCTCAG-TACGCGGCACTGC---TA-CAC-T----------TG--GTA---TG-----------GCGCTATTTTTAGAACAAGGGATTTCTCTTTTCTGCTCTGA-TAATGGAGTCGAAAATCTT--TTT-CCCTT-GGT-CGTTAAATTT-TGTGAATACA---CGTCTGAATATTAAAGCA-------ATCTGTGTCAAACACAATGAAAGTATCAAT-T-CGACAAGTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ACAA--ATTAGTATAAAGAACACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACAAGTTT----CCTCTACTTTT-ATCAA---TCA-------CGG------------A---CG---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAACCTATCTAGGCAATATTGATGAA--------ATATT--TAATCTA--------AGTGACG-----ACG----AGGCAATTA-AAATGCTACT----CA--CAGATATATAA-------------TTATAAACCA---G---ACAG-ACC------A-----CTTACTA----G----TAAATT------C-CTG------TACAAATACCAACAACACCAGATCGTCCGGAT--TCCCA-TTTCCGGCGAT-TACCATTA-----TAG--TAG-CAACTACACTCAACATAATTCCAACTACA
gi|4 : ttAAGCACAATAAAAGTGTCAAT-TTCGACCCGTTTC-TTACAAACATAT---C--AAA-ATTA------AA--AT------AAAATAAACTCCTTGACTAATAAAATGAAATTAACAAGTTT----CGTCTGATTTT-ATAAA---CTA-------CTCCAACAATCTTGGA---CG---A-----A-CATG--------C-------AGAATTTAAC----GTAGACAGGATTGGTGAA--------ATATT--TGATCTAAGC--GTTAGTGACGGTCCGATG----ACGCAATTACAA-------T----GC--T---TGT----------------------CACAA---GT--ACCT-ATCGACAAGA-----CGACCTA----C------A-----------CTG------TACAATTATCCGCAACACCATGCCGTTCGGTT--CCCCA-TCTCTGGCGAT-GAGCTT-------TAGGATAG-CAACAACACTTAAAATAATTTCGATCACTGAATATTGTC-------AA-A----TTTAATTCTGCTTTCAATAACTG-TGC--------ATTTAACTTTG-
gi|5 : GTTCC-TTTCAAACATATGTAC--AAACACTAT---ATAA------------ACAAAACTTCTTTGCTT-TAAAATGAAATAAACATGTTC----CCTCTACTTTT-GTCAA---TCA-------CGG------------A---CA---A-----A-CACA--------C-------ACATTTTAAC----CTA
gi|5 : AGAATGTCGTC-------AT-A----TCTAACTCTTCTTTCAACGAACG-TAC--------TTTTAACTTTtctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatgtcgtcatatctaactcttctttcaacgaacgtacttttaacttt
gi|6 : gttcctttcaaacatatgtacaaacactatataaacaaaacttctttgctttaaaatgaaataaacatgttccctctacttttgtcaatcacggacaaacacacacattttaacctatctagacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTAAA-ACCGGAATTACTTTGGACTGTCTAGCA-GAA-ATT------GCAGACTGTCCGNC--CGGGGC-T--CCAGTA-CAC-T---------ATA--ATA----------------GCGCAATATTTAGAAAAGAGAATTTC-CTTTTCCGATCTGAATAATCGAGACGAACG-ATTGTTTT-CC--TTGGT-TGTTACATTT-TGTAAATACG---C-----------AAAATA-------AACTATATCAAACACAATAAAAGTGCTAA--TTCGACAAGTTCT-TTTCAAACATACGTACTAAAATGCTAT---
gi|7 : ttt---G---ACCTTACT------A-----TGCAC-A----C----AAAAA-------CGCGG------CA-AAATACTC-CAA--TCACACC---CGATC--TCCCA-TTTCCG-CGAAAGAGC-T-------TAG--TAGACAGCAACATACAACA-AAT--CAATCACAGAATGTCGTC-------ATAA----TCTAACTCTTC-TTCAATAACTGTTAC--------ATTTAACTTTGCCCACAAATACCATTCACAAGCCAA-TAATTTCTCATTCAT---TATA-------------ATACAC--AT----GT-----T-TTA-T-Gg
gi|8 : ccagaacTTTTAAAAGCCGGAACTACTTTTGACTTACTAGGAAGAG-ATT------GCAGGCAGCCCAGCTACCGCAC-C--C---TG-TAT-TGCGGAACTAATA--ATG---CGCTCTATTTATAGCGCTATTTTAAGAACAGATGATTTCTCTTCTCTGGTCTGAATAATGAAAACGAAAT-ATT--TTTACCA-T-GGTCC-TTACATTT-TGTAAATACA---C-----------AAACTA-------AACTGTATCAGACACAATGAAAGTtat
gi|9 : ttCAAATACCCGCAT-ATGGTATCGTTTGGATGATTCCA-CTTCCAGCGAT-GAGCATGCTGCATCAG--TAG-CAACAACAC-----GTACTTCCAATAACAGATTGTCGTC-------AT-A----CATA---------TC--TGA-TG-TAC--------ATTTAACTTTG-CCTCAGAT-CCACTAACAAGTCAA-TAATTTTCCATTTCT---TGTA--------CTGT----------------------T-TTA-T-AA-----------A-TACACGC-GGGTTTTATTTCTTTGTATTCTTGCGCGACCGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTTGACTGACTATGAGAAGATTTATAGAACAGAAC