lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 44444444444444 111111111111111111 111 1 11111111 11 11111111 1 1111111111111111111111 2222 999999999999999999999999999999999999999999 1111111 4444444444444444444444444 1 2222222222 11 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 66666666 222 11 22222 1
lowQualScore : 5 44 00000000000000 777777777777777777 33 333 2 1 4 55555555 6 22 77 44 00000000 1 6 6666666 22 2 2222222222222222222222 44444 1 3 4444 555 3 4 1 1 333 44 666666666666666666666666666666666666666666 6666666 2 3333 9999999999999999999999999 22 777777 88888 22 1 3 22 4 1 1111111111 1 1 11 666 1 33333 33 7777777 00 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 2 33333333 222 55 6 3 3 2 6 22222 7
lowQualScore : . .. .............. .................. .. ... . . . ........ . .. .. .. ........ . . ....... .. . ...................... ..... . . .... ... . . . . ... .. .......................................... ....... . .... ......................... .. ...... ..... .. . . .. . . .......... . . .. ... . ..... .. ....... .. . ..................................................................................................... ... . . ........ ... .. . . . . . ..... .
lowQualScore : 0 44 33333333333333 111111111111111111 22 333 0 7 0 33333333 0 88 00 88 55555555 8 4 2222222 66 0 3333333333333333333333 88888 9 8 6666 666 2 8 6 7 000 33 666666666666666666666666666666666666666666 0000000 0 5555 4444444444444444444444444 55 000000 00000 11 5 0 22 0 7 0000000000 9 9 77 333 2 33333 22 6666666 66 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 0 0 22222222 555 22 0 2 2 0 0 00000 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----A--AT-----TGCAA--TTCCAAA--ATG-AGGCCACAG-TGACC--CN--C-T-TTT--GGG-T--CA--C--G--A-CACAC-------C--TT-C-------------C--CC--CCAAG-----ATGC-A-TCGA-CTGACCAA---GT-TTGAT-GGTCC-T---AGG-CCTCAC--------AG-TGC---G------T-G-G--TCA--------AGATATGATCC-----GGACACGAT----TTG------TAC-AT--G-NATAGC-C--AT------AAA-----AT--TC-CAAAA--TGAGGCCACAGTGACCT-A--C-------T-T-T--GGNT-CGC--A--A--CA-------C-NCC-TT------CC-----------C------T-------TCTGATGGTCCTA------------GGCC-TCGCAGT-A---AAGA-----TATGACCC-------AGGACACAAAAAGGCTTA-CAGACGGACGGACAG---GGAAA--GCCTATACCATAATATAGCCTGNCAGAGGATGGGC
Reference ( gi|2 ) : AAGGCATCATCCCCAAAGGTGATGTTGTTCATGCAACCCTGAAAAATAAACATAATTT----ATGAGTGACACTGTA-----A--AT-----TGCAA--TTCCAAA--TTG-AGTCCACAG-TGACC--CT--C-T-TTT--GGC-T--CA--C--A--A-CAC-C-------C--TT-C-------------C--CT--CCAAG-----ATGC-A-T-AA-CTGACCAA---GT-TCGAT-GGTCC-T---AGA-CCTCAC--------AG-TGC---G---GGCT-GTG-CTCA--------AGATATGATCC-----ACACACAAT----TTG------TAC-AT--G-AATAGG-C--AT------AAA-----AT--TC-CAGAA--TGAGGCAACAGTGACCT-A--C-------T-T-T--GGTT-TGC--A--A--CA-------C-TCC-TT------TC-----------C------T-------TCT-----TCTTG------------GGCC-TCACAGT-A---AAGA-----TATGATC--------AAGATATAAAAAGGCTTA-CAGACGGACGGACAAACAGGAAA--CCCTGTATCATAATACAATCTCTCATAAGAAGGGC
gi|25 : AAACTGGACATTATT-----ATGTATAGC--TGTA-----A--AT-----TTCCA--TTCCAAA--ATG-AGGCCCCAG-TGATC--
gi|7 : aggtttgatgaagctagaccttacagtgtgcttgatatTAAACACAGTTT----GTTA-------TATAT----A--AC-----CACAACATTCCAGA--AGG-AGATCACAA-TGAAC--TA--T-T-TTT--GGTGTG-CA--A--A--A-CAA-C-------TAATT-C-------------C--CC--TT--G-----ATGC-A-TCGA-CTAGCCAA---GT-CTGAT-GGTCC-T---AGG-CCTCAC--------AG-TGT---G--------------CG--------AGATATGATTC-----GGACATAA------------------------AAC----C--AT------AAA-----TTCCTC-CAG-----GAGGCCATTGTGACCA-A--C-------T-T-TT-GGTT-CAC--A--A--CA-------C-ACC-Tt
gi|6 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatcAAACATGGTTTGTTTATGAATAGC--CATA-----A--A----------A--TTTCAAA--ATG-AGGC-AGAG-TGACC--TA--T-T-TTT--GAT-T--CA--A--G--G-CACAC-------C--TT-C-------------A--CC--CCAAG-----AGAC-A-TCAA-CTGACCAA---GT-TTGAT-GGTCC-T---TGG-CATCAC--------AG-TG-----------T-GT-----A--------AG--ATGACCC-----AGACAAGAT----ATA------AAT-AT--G-CGTAGC-C--AT------AAA-----AT--TC-CAGAA--GGA--CGACA-TGAagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|32 : taattcAACACGATTT------GA-TAAT-CTATA-----GCCAT-----TAAAA--TTCCTAA--ATG-AGTCCACGG-TGGTC--TA--C-T-TTC--GGG-T--CA--C--A--A-TAC-tgaacaaaatgtatcagctgaccatgaagttttatagtcccagatcgcaatgagtgaaagatgtgatgcggacacgaaaaagctaacatatggatggacagatgagaaagctgacacccaaatactgcatactgtccattaaaagatgg
gi|5 : catgtgattcgATATTTT----ATGACTGA---TGT---------GT-----CACAA---CCCAAA--TGG-AGGTCACTG-TG--C--CT--CAT-TTT--GGacg
gi|36 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataaaattccaaaagttggtcaccacctatttttggattataacacaccttccaaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattTTT----ATACATGA-ACCATA-----A--A----------A--TTCCAAA--GTG-ATGCCACAG-TAACC--TA--C-T-TTG--GGaaaacaat
gi|1 : cgt----ATGTATGTCACTGTC-----A--ATGCAACTGCAA--TTCGAAA--ATA-AGGCCACCG-T--CCATCTA-C-T-TTT--GGG-T--CA--TGAA--A-CAC-CTTAAACCC--TA-C-------------C--CT--C-ATC-----CTGC-A-TTGA-CTGATTAG---GT-TTGAT-GGTCC-T---AGA-TCTCAC--------G-----------------GTG-TTCA--------GTATATGATCT-----AGACACGGT----T----------C-AT-----------C--AT------TAA-----TT--TT-CAAAA--TGAGGCTACAGTGACCT-AGTT-------T-T-T--GATT-TAC--A--A--CA-------C-gt
gi|4 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacACACTGTATACTTA--AT-----TCAAA--TTAAAAAAATTA-AGGTCATTA-TGACC--TTACC-T-TTT--GGA-CGGTA--C--G--A-CAC-T-------A--TA-C-------------C--TT----AAT-----ATTT-A-T-A--TTGACTGATTGGT-TTGAT-TATCT-T---A-------AC-------------C---G---GGCT-ACC-CTCACATTGATAAGATATGACCA-----AGAAACAAT----TTGACTATATAT-AT--G-GACA-G-CAAAT------CAA-----AT--TC-CAAAAGTTG-GTCAAC---CACCT-AT-T-------T-T-T--GGAT-TAT--A--A--CA-------C-ACC-TT------CC-----------aacatccctcacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|3 : aactacacataacctcCTGTC-----A--AC-----TGCAA--TTTCAAA--ATG-AGGCCATAG-TGACC--CA--C-T-TTA--GGG-T--CATGC--T--A-C-C-C-------C--TT-CCCCTCCCCCACCTC--CT--CCAA------ATGT-A-TCAG-CTGATCAA---AT-TTAAT-GATCC-aaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|27 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcagCTGTA-----A--AC-----TTCCA--TTCCAAA--ATG-AGGCCCCAG-TGATC--ggtaacaatttgagtaccccatgtacaattatagcaataaattccaaataaagctattctcaaatgaccaaaaagtttgatcgtcctaggcctcaaaatacaaaaaatacaacctggacacagaaaagcttacacacagacagacagacaggaaagtccctaccataatatagcctgtcaaaagatgggtgtgt
gi|23 : ggtttgatgaagctagaccttacagtgtgcatgatatgacctggacattattatgtatagTGAA-----A--AT-----AACAA--TTACAAA--ATG-AGGTCATGA-TGACC--TA--C-T-TTT--GGA-T--CA--T--A--A-CACAC-------C--Tt
gi|37 : cataccaggtttgatggagctaagctttactgtgcgaaatacgatccagaaacgattGTT-----A--AT-----TGCAA--TTCCAAA--ATG-AGGTAACAT-TGACC--CA--T-T-ATT--GGG-T--CA--C--G--A-TA
gi|10 : ca-----TGAAA--TTCCAAA--ATG-AGGC--TAG-TAACC--TA--T-T-TTG--GGG-T--CA--T--G--ACCAC-T-------C--CC-C-------------CCACC--CCCAG-----ATAC-A-T-
gi|8 : ctgtgaacaaattgatcctgttgacacagcaatgcatagccaGCAA--TATCAAA--ATG-AGGCCACAG-TGACC--TG--C-T-TTT--GG--G--CA--C--T--A-CA----------C--TG-C-------------CA-CC--ACAAG-----ATAT-ATT-GA-GTGACTAA---GT-TTGATAGATTT-TAAAAGG-CCTCAC--------AT-TGT---G---ttgatggtcttgtgactcggagttcccaagacacaaactggcttagagatggacagacaataaagcccaaaccataatgcagcctgtccaaagacagac
gi|15 : AA--TTCCAAA--ATG-AGGCCACAG-TTAC---------T-TTT--GGG-T--TC--C--A--A-CACAC-------C--TT-T-------------T--CC--TTAAT-----ATGC-A-CCAA-TTGACTAA---GT-TTGCT-GGTCC-T---AGG-CCTCGC--------A-----------------GTG-TCCA--------GGATATGATCT-----GGACACAAT----TCG------TAT-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|5 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataaAA--TTCCAAAAGTTG--GTC-ACC----ACC--TA--T-T-TTT--GGA-T--TA--T--A--A-CACAC-------C--TT-C-------------C--AA--CCAAG-----ATTC-A-T----CCG--CAG---GT-T-GAT-GG--------------------------AG-T------------T-ATG-CT-A--------GGA----------------CACAA-----TTG------T----------ATAGC-C--AT------TAA-----AT--TC-CAAAA--TGAGGC-ACAGTGACCT-C--CA------T-T-T--GGGT-TGT--G--A--CA-------C-ctat
gi|35 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataa--TTCCAAA--TCA-GGT-CATGG-TGACC--TA--C-T-TTT--GAT-C--CA--T--GATA-CAT-C-------C--TT-atcagtcataaaatataaaacaat
gi|18 : aagtaaggatAAA--TTACAGGACACAG-TGA-T--CT--A-T-TTTGGGGG-T--CA--C--A--A-CACAC-------C--TT-------------------T--TCAAG-----GTGT-ACT-AC-CTGACCAG---AT-TTGAT-AGCCt
gi|13 : gtgtacgtatagtcataAA--TAG-AGACCACAGATG--C--CT--A-TATTT--GGA-T--TA--T--G--A-CACAC-------C--TT-C-------------C--CT--C-GAG-----ATAC-A-T-GAGCTAAACAG---GTAGCGA---GTCC-T---AGG-TGTTAC--------TT-TGT---G---G--T-G----------------GATATGGACT-----GAACACGAT----TGA------TAT-AT--G-atgacgtgaaagataatgtatgaccaggacatgaaaaggc
gi|12 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgtgtaatcaaaaatatAA--TAG-AGACCACAGATG--C--CT--A-TATTT--GGA-T--TA--T--G--A-CACAC-------C--TT-C-------------C--CT--C-GAG-----ATAC-A-T-GAGCTAAACAG---GTAGCGA---GTCC-T---AGG-TGTTAC--------TT-TGT---G---G--T-G----------------GATATGGACT-----GAACACGAT----Ttccaaaacggg
gi|20 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgtgtaatcaaaaatatACC--CT--C-CATCT--G----------C--A--A-CCCAC-------C--CT-C-------------C--AT--CCAAG-----ATGT-A-TCAG-CTGACAAA---GT-TTGAT-GATTC-T---AGG-TCTCACTGTAATTAAGTTAC---A---AGTT-GGA-CACA--------A---ATGAT-C-----GC-CATAA------TG------TAC-AT--GTAATAAG-gaatatatgtccaaaacggg
gi|16 : ccgcaccc--C-T-TTT--GTG-T--CA--CT-AC-A-CAC-C-------C--TT-A-------------C--CC--CAGAG-----ATGCTG-C-AA-CTGACCAA---GT-TTGAA-GACCCAT---ATA-CCTCAC--------AA-AGC---A--------------CA--------AGATATGATTT-----AGGCAGAATGTGATTG------TGT-GTGCG-AGTGTG-T--ATACTCAAAAA-----AT--TT-CAGA
gi|34 : a-T--CA--C--G--A-CAC-C-------C--TC-C-------------C--CAAACGAAT-----ATGC-A-TCAA-CGGACCAA---GT-TTGAT-GGTCC-T---ATG-TCTTAC--------AG-TGggaag
gi|24 : t--CA--C--G--A-CAC-C-------C--CT-C-------------C--C---CCAAACGAATATGC-A-TCAA-CGGACCAA---GT-TTGAT-GGTCC-T---ATG-TCTTAC--------AG-TGttaaaga
gi|7 : --A-CACAC-------C--TT-C-------------C--CT--C-AAG-----ATGC-A-T-TATCTGACCGG---GT-TCGAT-GATCC-T-------CCTAAC--------AA-CAT-----------------TCA--------AGATATGATCT-----AAACACAGT----TTGT-----TAT-AT-----ATAAC-C--AC------AAC-----AT--TC-CAGAA--GGAGATCACAATGAACT-AT-T-------T-T-T--GGTG-TGCAAA--A--CAACTAATTC-CCC-TTGATGCATCGA---------C------TAGCCAAGTCTGATGGTCCTA------------GGCC-TCACAGT-GTGCGAGA-----TATGATT--------CGGACATAAAAttaaagacatgtcgcatgtacgatctgaaaaca
gi|31 : -CAA-C-------C--TTAC-------------C--TT--TC--G-----ATGC-A-CCAA-CTGACCAA---AT-TTGAT-GGT-------AGA-T-------------AG-TGCTTAG---AATTAGTG-CTCA--------AGATTTGATTC-----GGACACAAccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|9 : agtC-C-------C--CC-C-------------C--CC--CCAAG-----ATAC-A-CCGG-CTGACCAA---GT-ATGAT-A-----T---AAAGCCTCGC--------AG-TGC-----------------TCA--------AGATATGATCC-----AGACACGAC----TTA------AAT-AT------TCGGCC--AT------AAA-----GT--TC-AAAAC--TACGGATAAAGTAACCT-G--C-------T-TAT--GGGT-CCC--A--A--CA-------C-CC
gi|19 : ggttccatcatctttgatagaacgtgcaatatatgacacggcttgactttatgtatagtcatataatagtattccaaatgaagaccatgtttacaagttttgcgttaaataccctaccccccccc--CT--TCAAG-----ATCC-A-TCAG-CAGACCAG---GA-ATGAC-AGTGC-T---AGA-CCTTAC--------AG-TGC---A--------------CA--------AGATTTTATGC-----ATGTATGAT----TT-------TAC--T--G-TAT-------AT--------------AT--CCTCAAAA--TGAGACCACCATGACTT-A--T---------------ATT-TGC--C--C--CC-------C-CCC-CT------CC-----------C------T-------
gi|11 : G-----ATGC-A-TCAA-CAGATCGA---GT-TCGAT-GATCA-C---AGG-CCTCAC--------AG-TAT---G---GG-------------------ATATATGATCT-----AGAGATGAT----T----------------------------AT------GAG-----AT--TC-TGG-----GAGGACACAGTGACCT-AT-T-------T-T-T--GGAT-TGC--
gi|3 : ac-AA-ATGACCAAAAAGT-TTGAT-CGTCC-T---AGG-CCTCAA--------AA-TAC---tatatcagtggatgaggtatgataatttttggcctcacgttgtgaaagaaaatgacgcagacaaaaaatacaaa
gi|14 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcagctgtcaactgcaatttcaaaatgaggccatagtgacccactttagggtcatgctaccccttcccctcccccacctcctccaaatgtatcagctgatcaaatttaatgatccggtaacaatttgagtaccccatgtacaattatagcaataaattccaaataaagctattctc-CTGACCAA---GT-GTAAT-AGTTG-T---AGG-CATCAT--------AG-TGT---GCAAGACT-GGGACTCA--------aaaaaatacaacctggacacagaaaagcttacacacagacagacagacaggaaagtccctaccataatatagcctgtcaaaagatgggtgtgt
gi|23 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacagccataaaattccaaaatgaagcttattattattttgttttatatatacaataccctccacACCAG---GT-TTGAT-GGAGC-T---AAG-CTTTAC--------TG-TGC---G------------------------AAATACGATCC-----AGAAACGAT----TTG------AA--------AATA--------------ACA-----AT--TA-CAAAA--TGAGGTCATGATGACCT-A--CT------T-T-T--GGAT-CAT--A--A--CA-------C-ACC-Tgt
gi|25 : catAG---GT-TTGAT-GAAGC-T---AGA-CCTTAC--------AG-TG--------------TG-CTT----------GATATAAACT-----GGACATTAT----T------------AT--G-TATAGC-T--GT------AAATTTCCAT--TC-CAAAA--TGAGGCCCCAGTGATCT-
gi|27 : ---GT-TTGAT-GAAGC-T---AGA-CCTTAC--------AG-TGT---G--------------CA--------TGATATGACCT-----GGACATTAT----T------------AT--G-TATAGC-T--GT------AAACTTCCAT--TC-CAAAA--TGAGGCCCCAGTGATCT-
gi|10 : gCT-GTG-AACA--------A-AT-TGATCCTGTTGACACA----------G------CA--AT--G-CATAGC-C--AT------GAA-----AT--TC-CAAAA--TGAGGC--TAGTAACCT-A--T-------T-T-TGGGGTCATG---A--C--CA-------C-TCC-CC------CCACCCCCAGATAC------A-------TTTGATGGTCTTG------------TGAC-TCGGAGT-------------------TCCC------AAGACACAAACTGGCTTA-GAGATGGACAGACAA----TAAA--GCCCAAACCATAATGCAGCCTGTCCAAAGA
gi|26 : TTA--------AGATATAATTT-----GGAAACCAT----TT-------CATTAT--G-CACAGC-C--AT------GTA-----AT--TC-CAAGA--TGAGGCCATTGTGACCT-A--CATGCACAT-C-T--GGTC-TGC--A--A--CA-------C-ACC-TT------cagac
gi|15 : ATATGATAC-----AGACAAGAT----TT---------C-CT--G-TACACC-C--AT------AAA-----AT--TC-CAAAA--TGAGGCCACAGTTAC------T-------T-T-T--GGGT-TCC--A--A--CA-------C-ACCTTT------TC-----------C------T-------T
gi|32 : ATGTGATTC-----GAACACGAT----TTGA-----TA--AT--C-TATAGC-C--ATT-----AAA-----AT--TC-CTAAA--TGAGTCCACGGTGGTCT-A--C-------T-T-TC-GGGT-CAC--A--A--TA-------C-aatatgcaccaattgactaagtttgctggtcctaggcctcgcagtgtccaggatatgatctggacacaattcgtatactat
gi|14 : cTATCATCT-----TGACACAAT----TTG------TAC-TT--C-AACAGC-C--AT------AAA-----AT--TC-CAAAA--TGAAGCacg
gi|6 : tttgatggccttccgcttcacaattTAATTC-----AAACATGGT----TTG------TTT-AT--G-AATAGC-C--AT------AAA-----AT--TT-CAAAA--TGAGGCAG-AGTGACCT-A--T-------T-T-T--TGAT-T-C--A--AGGCA-------C-ACC-TT------ttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|36 : T----TTA------TAC-AT--G-AAC----C--AT------AAA-----AT--TC-CAAAG--TGATGCCACAGTAACCT-A--C-------T-T-T--GGcaccccaagagacatcaactgaccaagtttgatggtccttggcatcacagtgtgtaagatgacccagacaagatataaatatgcgtagccataaaattccagaaggacgacatgatgaacaaaatgtatcagctgaccatgaagttttatagtcccagatcgcaatgagtgaaagatgtgatgcggacacgaaaaagctaacatatggatggacagatgagaaagctgacacccaaatactgcatactgtccattaaaagatgg
gi|18 : cgtTG------TAC-GT-----ATAGT-C--AT------AAA-----AT--TA-CAGGA--C------ACAGTGATCT-A--T-------T-T-TGGGGGT-CAC--A--A--CA-------C-ACC-TT------TT-----------CAAGGTGT-------ACT-----ACCTGACCAGATTTGATAGCCATGAC-GTGA---AAGATAATGTATGACC--------AGGACATGAAAAGGCggt
gi|38 : g-C--AA------AAA-----AT--TC-CAGAA--GGAGGCTACAGTGACCTAA--A-------T-T-T--GGTT-TG
gi|3 : gcA-----AT--TT-CAAAA--TGAGGCCATAGTGACCC-A--C-------T-T-TAGGGTCATGC--------TA-------C-CCC-TT------CC-----------C------C-------TC
gi|8 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcagctgtcaactgcA-----AT--AT-CAAAA--TGAGGCCACAGTGACCT-G--CT------T-T-T--GG----GC--ACTA--CA-------C-Tccccacctcctccaaatgtatcagctgatcaaatttaatgatccggtaacaatttgagtaccccatgtacaattatagcaataaattccaaataaagctattctcaaatgaccaaaaagtttgatcgtcctaggcctcaaaatacaaaaaatacaacctggacacagaaaagcttacacacagacagacagacaggaaagtccctaccataatatagcctgtcaaaagatgggtgtgt
gi|37 : gcA-----AT--TC-CAAAA--TGAGGTAACATTGACCC-A--T-------TAT-T--GGgccaccacaagatatattgagtgactaagtttgatagattttaaaaggcctcacattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|35 : cagttaattgcT--TC-CA-AA--TCAGGTCATGGTGACCT-A--CT------T-T-T--GATC-CAT--G--A--TA-------CATCC-TT------Tgtcacgata
gi|3 : aagtaaggat-------TCG-----TCCTA------------GGCC-TCAAAAT-ACAAAAAA-----TACAACC--------TGGACACAGAAAAGCTTA-CACACAGACAGACAGACAGGAAAGTCCC--TACCATAATATAGCCTGTCAAAAGATGGG
gi|15 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcagctgtcaactgcaatttcaaaatgaggccatagtgacccactttagggtcatgctaccccttcccctcccccacctcctccaaatgtatcagctgatcaaatttaatgatccggtaacaatttgagtaccccatgtacaattatagcaataaattccaaataaagctattctcaaatgaccaaaaagtttga-----TCCTA------------GGCC-TCGCAGT-GTCCAGGA-----TATGATC--------TGGACACAAtgtgt
gi|30 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataaaattccaaaatgaggccacagttacttttgggttccaacacaccttttccttaatatgcaccaattgactaagtttgctgg-A---AAGA-----TATGACCCTGTCACTAAGAT-----AAAGCTAC-CAGATGGATG--------GGAAA--GCCTATACCAT-ATATAACCTGACAGAGGATGGGCttcgtatactat
gi|29 : aca-A---AAGA-----TATGACCCTGTCACTAAG----AAAAAGG--TACCAGATGGATG--------GGAAA--GCCTATACCATAA-ATAACCTGACAGAGGATGGGCatatcaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAATGTATAGTATGAATTAATAGCCAAAATAAATTTCCAAATCACGCTTGATAGTCCTTATAAGCCCCAGTGTGAAGAATATTAACAGGACATGAAAAAGCCGACAGATGGACAGACGGGAAAACCAGTGCCATAATTAT
Unaligned ( gi|21 ): AAATGCACAAACTGAACAGACTCAATCATCATACAGGCCTCCAGGTATAAAAAGTACAACTTGGACACAAGAAAGCGTATGGATGAAAAAGGCCATACCTTAATTTGGCCTGTTAAAGAAGGGTGTATAA
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|28 ): CCAAGGCATCACAGTGTGAAAGACCCTGACACAAAAAAGCCAACAGACTGACAGGAAAGCCTACAATATTTTAAGGTCTGTCTAAAGATGAGCATAT
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222222222222 1111111111 111111 11111 11111 2222222222222222222222222222 4444444444444444444 333333333333333333333333 11111 2222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111111 333333333 11111 1 33333333 111111
lowQualScore : 4444 333333333333333333 2222222222 33 33 333333 0 4 2 11111 11111 1 66666 22 0000000000000000000000000000 1 22 55555 0 2 1 1 1 55555555 5555 9999999999999999999 1 55555555 33333 2222 999999999999999999999999 33 1 333 00000 1 1 1 0 44444 1 1 4444444444 1 77 33 66 2 1 666 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 111111 77777777777777 3 55 666 333333333 3 33333 0 3 7 0 6666 555 55 3 11 99999999 1 66 888 1 111111
lowQualScore : .... .................. .......... .. .. ...... . . . ..... ..... . ..... .. ............................ . .. ..... . . . . . ........ .... ................... . ........ ..... .... ........................ .. . ... ..... . . . . ..... . . .......... . .. .. .. . . ... . ......................................................... . ...... .............. . .. ... ......... . ..... . . . . .... ... .. . .. ........ . .. ... . ......
lowQualScore : 2222 333333333333333333 3333333333 22 22 555555 2 4 2 22222 44444 9 11111 33 3333333333333333333333333333 6 22 33333 2 7 4 4 4 55555555 9999 4444444444444444444 4 99999999 22222 7777 666666666666666666666666 11 5 999 66666 5 5 6 6 33333 7 7 2222222222 9 11 77 99 1 8 999 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 555555 11111111111111 3 00 444 666666666 1 88888 2 3 6 4 5555 888 66 9 88 00000000 6 99 888 0 000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A--CTTTTGG---G-T-CACGACAC---A-CC--TT-----C--C-CC----C-CA--------AG-AT--GCATC----GACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GGC----CTCACAG----TGCG-----TG-TCAA-GATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G------TAC----ATGTATAGC-CAT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGN-TCGCAAC-ACACC---TTCC-----------CT--------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC----AAA---AAAGCTTACAGACGGACGGACA---G---GGAAAGCCCATACCATAATATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
Reference ( family-1135 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCC-N--CTTTTGG---G-T-CACGACAC---A-CC--TT-----C--C-CC----C-CA--------AG-AT--GCATC----GACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GGC----CTCACAG----TGCG-----TGGTCAA-GATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G------TAC----ATGNATAGC-CAT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGN-TCGCAAC-ACNCC---TTCC-----------CT--------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCCAGGACAC----AAA---AAGGCTTACAGACGGACGGACA---G---GGAAAGCCTATACCATAATATA--GC---CTGNC----AGAGGATGGGC
gi|1 : ----ATGTATGTCACTGTC-----AATGCAACTG--CAA--TTCGAAAA--T------AAGGCCACCG-TCCATCT-A--CTTTTGG---G-T-CATGAAAC---A-CC--TTAAACCCTAC-CC----T-CA--------TC-CT--GCATT----GACTGATTAGGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GAT----CTCACGG----TGT---------TCAG-TATATGATC-T-A--GACA-----C----GGTT------------------C----AT--------CAT-T-AA-----TTTT-C-AAAATG-AGGCTAC-----AGTGAC-CT-AGTT-------TT-T--GAT-TTACAAC-ACAAC---ATCC-----------CT--------
gi|1 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacCTAGACACGGTTC----AT------CATT--------AAT--------------TTTCAAAA--T------GAGGCTACAG-TG-ACCTAG--TTTTTGA---T-T-TACAACAC---A-AC--AT-----C--C-CT----CACA--------AG-AT--GCAAC----ATCTGACCA-----TCAT-TGT-TC-T---A----GGC----TTGAGA------GCA-----T--TC-A-GACATGA-----G--TATA---------------------T-G------TAT----AT--ATAGC-CTT-A-AA-----ATTT-C-Acacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|10 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcaactgcaattcgaaaataaggccaccgtccatctacttttgggtcatgaaacaccttaaaccctaccctcatcctgcattgactgattaggtttgatggtcctagatctcacggtgttcagtatatgatG-----TGAACAA--AT-TGATC-CTGTTGACA-----C----A------------G------CA-----ATGCATAGC-CAT-G-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCTA-------GTAAC-CT-A--T-------TT-T--GGGGTCATGACCACTCC---CCCCACCCCCAGATACA--------T---------------------TTGA----------TGGT------CTT----GT--------GACTCGGA--G---T---------------------T--CCCAAGACAC----AAA---CTGGCTTAGAGATGGACAGACA-------ATAAAGCCCAAACCATAATGCA--GC---CTGTC----CAAAGACAGACg
gi|11 : ctG-AT--GCATC----AACAGATCGAGT-TCGAT-GAT-CA-C---A----GGC----CTCACAG----TATG-----GGAT-----ATATGATC-T-A--GAGA-----T----GATT----------------------------------AT-G-AG-----ATTC-T-GG---G-AGGACAC-----AGTGAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTGCTAT-A--------TCA-----------GTGGATGAGGT---------------------ATGA----------TAAT------TTT----TG--------GCCTCACGTTG---TG----A---AAGAA-----AATGACGCAG---AC----AAA---AA
gi|12 : ac-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A--TATTTGG---A-T-TATGACAC---A-CC--TT--------C-CC----T-CG--------AG-AT--ACATG----AGCTAAACAGGTAGCGA---GT-CC-T---A----GGT----GTTAC------TTTG-----TGGT--G-GATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------atacaaa
gi|13 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcg-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A--TATTTGG---A-T-TATGACAC---A-CC--TT--------C-CC----T-CG--------AG-AT--ACATG----AGCTAAACAGGTAGCGA---GT-CC-T---A----GGT----GTTAC------TTTG-----TGGT--G-GATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------G-A------TAT----ATGgaatatatgtccaaaacggg
gi|14 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgT-TTGAT-GGC-CT-T---C----CGC----TTCACAA----T-----------T------TATCATC-T-T--GACA-----C----AATT-------T-G------TAC----TTCAACAGC-CAT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AAGCtccaaaacggg
gi|14 : CTGACCAAGT-GTAAT-AGT-TG-T---A----GGC----ATCATAG----TGTG---------CAA-GAttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|15 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacagccataaaattccaaaatgaagcttattattattttgttttatatatacaataccctccacATATGATA-C-A--GACA-----A----GATT-------T----------C----CTGTACACC-CAT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGT-----T-A--C-------TT-TTGGGT-TC-CAAC-ACACCT--TTTC-----------CT--------TAATATGCACCAA---------TTGACTAAGTTTGCTGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----GTCCAGG-A-----TATGATCT-GGACAC----AActgggactcagt
gi|15 : AA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TT-AC-------TTTTGG---G-T-TCCAACAC---A-CC--TT-----T--T-CC----T-TA--------AT-AT--GCACC----AATTGACTAAGT-TTGCT-GGT-CC-T---A----GGC----CTCGCAG----TGT---------CCAG-GATATGATC-T-G--GACA-----C----AATT-------C-G------TAT----Attcgtatactat
gi|16 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataa--CTTTTGT---G-T-CACTACAC---A-CC--CT-----T--A-CC----C-CAG-------AG-AT--GCTGC----AACTGACCAAGT-TTGAA-GAC-CCAT---A----TAC----CTCACAA----AGCA---------CAA-GATATGATT-T-A--GGCAGAATGT----GATTGTG----T-G------TGCGAGTGTGTATACT-CAA-A-AA-----ATTT-C-AGActat
gi|17 : aTGA----------TAGT------CCTTAT-AA--------GCCCCAGT--G---T-----G---AAG-AA----TATTAAC-AGGACAT----GAA---AAAGCCGACAGATGGACAGAC----G---GGAAAACCAGTGCCATAATggaag
gi|18 : acaatgtatagtatgaattaatagccaaaataaatttccaaatcacgct-------T-G------TAC------GTATAGT-CAT-A-AA-----ATTA-C-A-------GGACAC-----AGTGAT-CT-A--T-------TT-TGGGGG-TCACAAC-ACACC---TT--------------T--------T---------------------C--A----------AGGTGTACTACCTGACCAGATTTGATAGCCATGAC--G---TG----A---AAG-ATAATGTATGA-CCAGGACAT----GAA---AAGGCtat
gi|18 : gAGGACACAG-TG-ATCT-A--TTTTGGG---GGT-CACAACAC---A-CC--TT-----------T----T-CA--------AG-GT--GTACT----ACCTGACCAGAT-TTGAT-AGC-CA-T--------GAC----GTGAAAGATAATGTA-----TGACCAG-GACATGA
gi|19 : gtgtacgtatagtcataaaattac-CA--------AG-AT--CCATC----AGCAGACCAGGA-ATGAC-AGT-GC-T---A----GAC----CTTACAG----TGCA---------CAA-GATTTTATG-C-A--TGTA-----T----GATT-------T--------TAC-----TGTAT-----AT----------ATCCTC-AAAATG-AGACCAC-----CATGAC-TT-A--T-------AT-T--TGC-CC----C-CCCCC---CTCC-----------CT--------aaaggc
gi|2 : cttAAAATAAACATAATTT----ATGAGTGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAT--T------GAGTCCACAG-TG-ACCC-T--CTTTTGG---C-T-CACAACAC-----CC--TT-----C--C-CT----C-CA--------AG-AT--GCAT-----AACTGACCAAGT-TCGAT-GGT-CC-T---A----GAC----CTCACAG----TGCGGGCTGTGCTCAA-GATATGATC-C-A--CACA-----C----AATT-------T-G------TAC----ATGAATAGG-CAT-A-AA-----ATTC-C-AGAATG-AGGCAAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGT-TTGCAAC-ACTCC---TTTC-----------CT--------T---------------------CT---------------T------CTT----GG--------GCCTCACA--G---T-----A---AAG-A-----TATGA-TCAAGATAT----AAA---AAGGCTTACAGACGGACGGACAAACA---GGAAACCCTGTATCATAATACA--AT---CTCTC----ATAAGAAGGGC
gi|20 : aaggcatcatccccaaaggtgatgttgttcatgcaaccctgaCAACCC---A-CC--CT-----C--C-AT----C-CA--------AG-AT--GTATC----AGCTGACAAAGT-TTGAT-GAT-TC-T---A----GGT----CTCAC--------TG-----TAATTAA-GTTACAAGT-T-G--GACA-----CAAATGATCGCCATAAT-G------TAC----ATGTA
gi|21 : ccgcacccaccctccatctg----AG--------GCCTC-CA--GGTAT-----A---AAA-AG----TACAACTT-GGACAC----AAG---AAAGCGTATGGATGAA---------------AAAGGCCATACCTTAATTTG--GC---CTGTT----AAAGAAGGGataag
gi|23 : aaatgcacaaactgaacagactcaatcatcatacACCAGGT-TTGAT-GGA-GC-T---A----AGC----TTTACTG----TGCG-----------A-AATACGATC-C-A--GAAA-----C----GATT-------T-G------AA--------AATAAC--------A-----ATTA-C-AAAATG-AGGTCAT-----GATGAC-CT-A--CT------TT-T--GGA-TCATAAC-ACACC---Ttgtataa
gi|24 : cat-CACGACAC---C-CC--TC-----C--C-CCAAA-C-GA--------AT-AT--GCATC----AACGGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----TGT----CTTACAG----TGT---------TAAA-GACATG-TCGC-A--TGTA-----C----GATC-------T-G------
gi|25 : AGGT-TTGAT-GAA-GC-T---A----GAC----CTTACAG----TG-------TGCTT---GATATAAAC-T-G--GACA-----T----TATT-----------------------ATGTATAGC-TGT-A-AATTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-aaaaca
gi|26 : TTAA-GATATAATT-T-G--GAAA-----C----CATT-------TCA------T-T----ATGCACAGC-CAT-G-TA-----ATTC-C-AAGATG-AGGCCAT-----TGTGAC-CT-A--CATGCACATC-T--GGT-CTGCAAC-ACACC---TT
gi|27 : GT-TTGAT-GAA-GC-T---A----GAC----CTTACAG----TGTG---------CAT-GATATGACC-T-G--GACA-----T----TATT-----------------------ATGTATAGC-TGT-A-AACTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-
gi|28 : g------CCA----AG--------GCATCACA--G---TGTG--A---AAG-A----------CCC-TGACAC----AAA---AAAGC---CA-ACAGACTGACA-------GGAAAGCCTACA--ATATTTTAAGGT---CTGTC----TAAAGATGAGC
gi|29 : -----A---AAG-A-----TATGACCCTGT-CACTAAGAAA---AAGG--TAC---CAGATGGAT----G---GGAAAGCCTATACCATAA-ATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCatat
gi|3 : acaCTGTC-----AAC-----TG--CAA--TTTCAAAA--T------GAGGCCATAG-TG-ACCC-A--CTTTAGG---G-T-CATGCTAC---C-CC--TT-----C--C-CCTCCCC-CACCTCCTCCAA-AT--GTATC----AGCTGATCAAAT-TTAAT-GAT-CC--------------------------------------GGTAAC-AATTTGA-----G--TACC-----C----CAT----------G------TAC----AATTATAGC-AAT-A-AA------TTC-C-AAA-TA-AAGCTATTCTCAAATGAC-C---------------------------AAA-AAG------------------------------T---------------------TTGA----------TCGT------CCT----AG--------GCCTCAAA--A---T-----ACAAAAA-A-----TACAACCT-GGACAC----AGA---AAAGCTTACACACAGACAGACA---GACAGGAAAGTCCCTACCATAATATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGatatcaaa
gi|30 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcag-----A---AAG-A-----TATGACCCTGT-CAC----TAAGATAAAGCTACCAGATGGATGG-----------GAAAGCCTATACCATA-TATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCtgtgt
gi|31 : aca---A-CC--TTA----C--C-TT----T-C----------G-AT--GCACC----AACTGACCAAAT-TTGAT-GGTAGA-T---A----GTG----CTTAGAA----TTAG-----TGCTCAA-GATTTGATT-C-G--GACA-----C----AAatatcaa
gi|32 : agtcaATGTGATT-C-G--AACA-----C----GATT-------T-GA-----TA-----ATCTATAGC-CATTA-AA-----ATTC-C-TAAATG-AGTCCAC-----GGTGGT-CT-A--C-------TT-TC-GGG-TCACAAT-ACAC
gi|34 : c-T-CACGACAC------C--CT-----C--C-CCAAA-C-GA--------AT-AT--GCATC----AACGGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----TGT----CTTACAG----TGg
gi|35 : tA--TTTCCAAA--T------CAGGTCATGG-TG-ACCT-A--CTTTTGA---T-C-CATGATAC---ATCC--TT-----ttaaaga
gi|36 : aagtaagg-----C----GTTT-------T-A------TAC----ATGAA---C-CAT-A-AA-----ATTC-C-AAAGTG-ATGCCAC-----AGTAAC-CT-A--C-------TT-T--GGt
gi|37 : GTT-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGTAACAT-TG-ACCC-A--TTATTGG---G-T-CACGATAggt
gi|38 : caGC-CAA-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-AGGCTAC-----AGTGAC-CTAA--A-------TT-T--GGT-TTG
gi|4 : ACACTGTATACTTAAT-----TC--AAA--TTAAAAAAATT------AAGGTCATTA-TG-ACCT-TACCTTTTGGACGG-T--ACGACACTATA-CC--TT-------------------A--------AT-ATTTATATT----GACTGATTG-GT-TTGAT-TAT-CT-T---AACCGGGCTACCCTCACA-----T--------TGAT-AA-GATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTATATAT----ATGGACAGCAAAT-C-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGT--C-----AACCAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTATAAC-ACACC---TTCC-----------
gi|4 : aactacacataacctcT----ATG---GACA--GCA-----AAT-----CA---AA--TTCCAAAA--G------TTGGTCA--A-CC-ACCT-A--TTTTTGG---A-T-TATAACAC---A-CC--TT-----C--C-AA----C-CA--------AG-AT--TCATCCGCAGGTTGATGGAGT-TTGaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|4 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatata-G--GACA-----C----AACT-------C----------------TGTATAGC-CAT-T-AA-----ATTC-CAAAAATG-AGG-CAC-----AGTGACTCC-A----------TT-T--GGG-TTGTGAC-ACctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaaatcaaattccaaaagttggtcaaccacctatttttggattataacacaccttccaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaACACTGTAT----ACT-----TATTCAA--TTAAAAAA--T------TAGGTCATTA-TG-ACCT-A--CCTTTGGACGG-T--ACGACACTATA-CC--TT-------------------A--------AT-AT--TTATT----GACTGATTAGGT-TTGAT-TAT-CT-T---ACCG-GGCTACCCTCACA--------------TGATAAAAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTATATAT----ATGGACAGC-AAT-A-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCAC--------CAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTATAAC-ACACC---TTCC-----------aatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcAA--TTCCAAAA--G------TTGGTCACC-----ACCT-A--TTTTTGG---A-T-TATAACAC---A-CC--TT-----C--C-AA----C-CA--------AG-AT--TCATC----CGC------AGG-TTGAT-GG--------------------------AG----T------------------TATGCTA---G--GACA-----C----AATT-------------------------GTATAGC-CAT-T-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGG-CAC-----AGTGAC-CT-C--CA------TT-T--GGG-TTGTGAC-ACATC---aaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattccaaaatgaggcacagtgacctccatttgggttgtgacacatcagtcataaaatataaaacaat
gi|6 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataaAAACATGGTTTGTTTATGAATAGC--CATA-----AA------------A--TTTCAAAA--T------GAGGC-AGAG-TG-ACCT-A--TTTTTGA---T-T-CAAGGCAC---A-CC--TT-----C--A-CC----C-CA--------AG-AG--ACATC----AACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---T----GGC----ATCACAG----TGTG-----T----AA-G--ATGACC-C-A--GACA-----A----GATA-------T-A------AAT----ATGCGTAGC-CAT-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-ACGACAT-----GATGAA-C--A--A-------AA-T--GTA-T--CAGC-TGACC---ATGA-----------AG--------T---------------------TTTA----------TAGT------CCC----AG--------A--TCGCA--A---TGAGTGA---AAG-A-----TGTGATGC-GGACAC----GAA---AAAGCTAACATATGGATGGACAGATG---AGAAAGCTGACACCCAAATACT--GCATACTGTCCATTAAAAGATGGagtcataaaatataaaacaat
gi|7 : taattcACAC---A-CC--TT-----C--C-CT----C--A--------AG-AT--GCATT----ATCTGACCGGGT-TCGAT-GAT-CC-T----------C----CTAACA------ACA-----T--TCAA-GATATGATC-T-A--AACA-----C----AGTT-------T-G------T-T----ATATATAAC-CAC-A-AC-----ATTC-C-AGAAGG-AGATCAC-----AATGAA-CT-AT-T-------TT-T--GGT-GTGCAAA-ACAACTAATTCC-----------CC--------TTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCACA--G---T-----GTGCGAG-A-----TATGATTC-GGACAT----AAA---A
gi|7 : CTAAACACAGTTT----GTTA-------TATAT----AAC-----CA--CAACATTCCAGAA--G------GAGATCACAA-TG-AACT-A--TTTTTGGT--G-TGCAAAACA----A-CTAATT-----C--C-CC----T-T----------G-AT--GCATC----GACTAGCCAAGT-CTGAT-GGT-CC-T---A----GGC----CTCACAG----TGTG---------CGA-GATATGATT-C-G--GACA-----T----AA-------------------------------AAC-CAT---AA-----ATTC-C-TCCAGG-AGGCCAT-----TGTGAC-CA-A--CT------TT-T--GGT-TCACAAC-ACACC---Tccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|7 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatATAAAACCATA-----AAT-----TC--C-----TCCAG-----------GAGGCCATTG-TG-ACCA-A--CTTTTGG---T-T-CACAACAC---A-CC--T-----------AG----C-TA--------AGTAT--GCAAC----AATT------GT-TTTAC-AGT-TC-T---A----GGC----agctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|8 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatctaaacacagtttgttatatataaccacaacattccagaaggagatcacaatgaactatttttggtgtgcaaaacaactaattccccttgatgcatcgactagccaagtctgatggtcctaggcctcacagtgtgcgagatatgattcggacG--CAA--TATCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-G--CTTTTGG---G---CACTACA-------C--TG-----C--CACC----A-CA--------AG-AT--ATATT----GAGTGACTAAGT-TTGATAGAT-TT-TAAAA----GGC----CTCACAT----TGTG-----aacagacagaaggat
gi|9 : CG-----TG--CAA-TATATGA----------CA-----C----GGCT-------T-G-------ACTTT-ATGTATAGT-CAT-ATAATAGT-ATTC-C--AAATGAAGACCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|9 : ggttccatcatctttgatagaa-CC--CC-----C--C-CC----C-CA--------AG-AT--ACACC----GGCTGACCAAGT----AT-GAT-AT-A---A----AGC----CTCGCAG----TGC---------TCAA-GATATGATC-C-A--GACA-----C----GACT----------------TAA----ATATTCGGC-CAT-A-AA-----GTTC-A-AAACTA-CGGATAA-----AGTAAC-CT-G--C-------TTAT--GGG-TCCCAAC-ACCCtgtttacaagttttgcgttaaataccctaccccccccccccccccccccaagatacaccggctgaccaagtatgatataaagcctcgcagtgctcaagatatgatccagacacgacttaaatattcggccataaagttcaaaactacggataaagtaacctgcttatgggtcccaacaccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222222222222 1111111111 111111 22222222222222222222222222222 5555555555555 3333333333333333333 11111 2222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111111111111 333333333 11111 22222222 11 11111
lowQualScore : 4444 333333333333333333 2222222222 33 33 333333 0 4 2 2 2 2 2 888 1 66666 22 00000000000000000000000000000 1 22 55555 0 2 1 1 1 55555555 33333 2222 1 4444444444444 0 666666 5555555555 5555555555555555555 3333 33333 555 00000 1 1 1 0 44444 1 1 6666666666 1 77 33 55 777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111111 77777777777777 3 55 666 222222222 2 22222 2 6666 555 55 4 555 99999999 4 4 777 22 777 11111
lowQualScore : .... .................. .......... .. .. ...... . . . . . . . ... . ..... .. ............................. . .. ..... . . . . . ........ ..... .... . ............. . ...... .......... ................... .... ..... ... ..... . . . . ..... . . .......... . .. .. .. ... ..................................................... . ...... .............. . .. ... ......... . ..... . .... ... .. . ... ........ . . ... .. ... .....
lowQualScore : 2222 333333333333333333 3333333333 22 22 555555 2 4 2 1 1 1 1 777 9 11111 33 33333333333333333333333333333 6 22 33333 2 7 4 4 4 00000000 44444 9999 2 8888888888888 7 666666 0000000000 8888888888888888888 3333 77777 777 66666 5 5 6 6 33333 7 7 1111111111 9 11 88 77 333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 555555 11111111111111 3 00 444 888888888 9 99999 9 1111 444 88 1 222 88888888 0 8 000 22 888 44444
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATC----GACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GG-----C----CTCACAGTGCG--------TCAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGN-TCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCCG-GACAC----GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
Reference ( family-1135 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATC----GACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GG-----C----CTCACAGTGCG-----TG-TCAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGN-TCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCCG-GACAC----AAA---AAAGCTTACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
gi|1 : ----ATGTATGTCACTGTC-----AATGCAACTG--CAA--TTCGAAAA--T------AAGGCCACCG-TCCATCT-A-C-TTT-TGG---GT-CATGAAAC---A-CC--TTAAACCCTA--C-CC---T-CA--------TC-CT--GCATT----GACTGATTAGGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----GA-----T----CTCACGGTGT---------TCAGTATATGATC-T-A--GACA-----C----GGTT--------------C----AT-----------C-----AT-T-AA-----TTTT-C-AAAATG-AGGCTAC-----AGTGAC-CT-AGTT-------TT-T--GAT-TTACAACACAAC---ATCCCT-------------
gi|1 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacCTAGACACGGTTC----AT------CATT--------AAT--------------TTTCAAAA--T------GAGGCTACAG-TG-ACCT-AGT-TTT-TGA---TT-TACAACAC---A-AC--AT-----C----C-CT---CACA--------AG-AT--GCAAC----ATCTGACCA-----TCAT-TGT-TC-T---A----GG-----C----TTGAGA--GCA-----T--TC-AGACATGA-----G--TATA---------------------T-G--T------ATATAT----AGCC-----TT-A-AA-----ATTT-C-Acacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|10 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcaactgcaattcgaaaataaggccaccgtccatctacttttgggtcatgaaacaccttaaaccctaccctcatcctgcattgactgattaggtttgatggtcctagatctcacggtgttcagtatatgatTGATC-CTGTTGACA-----C----A------------G--CA-----ATGCAT----AGCC-----AT-G-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCTA-------GTAAC-CT-A--T-------TT-T--GGGGTCATGAC-CACT---CCCCCCACCCCCAGATACAT---------------------TTGA----------TGGT------CTT----GT--------GACTCGGA--G---T---------------------T--CCCAAGACAC----AAA---CTGGCTTAGAGATGGACA-GACA---A---T-AAAGC-CCAAACCATAA---TGCA--GC---CTGTC----CAAAGACAGACg
gi|11 : ctgtgaacaaatG-AT--GCATC----AACAGATCGAGT-TCGAT-GAT-CA-C---A----GG-----C----CTCACAGTATG-----GG----ATATATGATC-T-A--GAGA-----T----GATT--------------------------------------AT-G-AG-----ATTC-T-GG---G-AGGACAC-----AGTGAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTGCTATA--------TCAGTGGATGAGG-----T---------------------ATGA----------TAAT------TTT----TG--------GCCTCACGTTG---TG----A---AAGAA-----AATGACGCA-GACAA----AAA---A
gi|12 : ac-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATG----AGCTAAACAGGTAGCGA---GT-CC-T---A----GG-----T----GTTACTTTGTG------G-T--GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GA-T-------T-GAATAT----ATGTtacaaa
gi|13 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcg-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATG----AGCTAAACAGGTAGCGA---GT-CC-T---A----GG-----T----GTTACTTTGTG------G-T--GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------G-A--TAT----ATGTccaaaacggg
gi|14 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgT-TTGAT-GGC-CT-T---C----CG-----C----TTCACAAT-----------T-----TATCATC-T-T--GACA-----C----AATT-------T-G--TAC----TTCAAC----AGCC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AAGCccaaaacggg
gi|14 : CTGACCAAGT-GTAAT-AGT-TG-T---A----GG-----C----ATCATAGTGTG---------CAAGAttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|15 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacagccataaaattccaaaatgaagcttattattattttgttttatatatacaataccctccacATATGATA-C-A--GACA-----A----GATT-------T------C----CTGTAC----ACCC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGT-----T-A--C-------TT-TTGGGT-TC-CAACACACCT--TTTCCT-------------TAATATGCACCAA---------TTGACTAAGTTTGCTGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----GTCCAGG-A-----TATGATCTG-GACAC----AActgggactcagt
gi|15 : AA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-T-----T-A-C-TTT-TGG---GT-TCCAACAC---A-CC--TT-----T----T-CC---T-TA--------AT-AT--GCACC----AATTGACTAAGT-TTGCT-GGT-CC-T---A----GG-----C----CTCGCAGTGT---------CCAGGATATGATC-T-G--GACA-----C----AATT-------C-G--TAT----Attcgtatactat
gi|16 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataa-A-C-TTT-TGT---GT-CACTACAC---A-CC--CT-----T----A-CC---C-CAG-------AG-AT--GCTGC----AACTGACCAAGT-TTGAA-GAC-CCAT---A----TA-----C----CTCACAAAGCA---------CAAGATATGATT-T-A--GGCAGAATGT----GATTGTG----T-G--TGCGAGTGTGTAT----ACTC-----AA-A-AA-----ATTT-C-AGActat
gi|17 : TGA----------TAGT------CCTTAT-AA--------GCCCCAGT--G---T-----G---AAG-AA----TATTAACAG-GACAT----GAA---AAAGCCGACAGATGGACA-GAC----G---GGAAAAC-CAGTGCCATAA---Tggaag
gi|18 : acaatgtatagtatgaattaatagccaaaataaatttccaaatcacgct-------T-G--TAC------GTAT----AGTC-----AT-A-AA-----ATTA-C-A-------GGACAC-----AGTGAT-CT-A--T-------TT-TGGGGG-TCACAACACACC---TT---T-------------T---------------------C--A----------AGGTGTACTACCTGACCAGATTTGATAGCCATGAC--G---TG----A---AAG-ATAATGTATGACCAG-GACAT----GAA---AAGGCtat
gi|18 : gAGGACACAG-TG-ATCT-A-T-TTTGGGG---GT-CACAACAC---A-CC--TT-------------T---T-CA--------AG-GT--GTACT----ACCTGACCAGAT-TTGAT-AGC-CA-T--------GA-----C----------GTGAA-----AG-ATAATGTATGACC-A-G--GACA-----T----GA
gi|19 : gtgtacgtatagtcataaaattac-CA--------AG-AT--CCATC----AGCAGACCAGGA-ATGAC-AGT-GC-T---A----GA-----C----CTTACAGTGCA---------CAAGATTTTATG-C-A--TGTA-----T----GATT-------T----TAC-----TGTAT-------------AT----------ATCCTC-AAAATG-AGACCAC-----CATGAC-TT-A--TA------TT-T--Gaaaggc
gi|2 : cttAAAATAAACATAATTT----ATGAGTGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAT--T------GAGTCCACAG-TG-ACCC-T-C-TTT-TGG---CT-CACAACAC-----CC--TT-----C----C-CT---C-CA--------AG-AT--GCAT-----AACTGACCAAGT-TCGAT-GGT-CC-T---A----GA-----C----CTCACAGTGCGGGCTGTGCTCAAGATATGATC-C-A--CACA-----C----AATT-------T-G--TAC----ATGAAT----AGGC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AGAATG-AGGCAAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGT-TTGCAACACTCC---TTTCCT-------------T---------------------CT---------------T------CTT----GG--------GCCTCACA--G---T-----A---AAG-A-----TATGATCAA-GATAT----AAA---AAGGCTTACAGACGGACG-GACAAACA---GGAAACC-CTGTATCATAA---TACA--AT---CTCTC----ATAAGAAGGGCcccccccccctccct
gi|20 : aaggcatcatccccaaaggtgatgttgttcatgcaaccctgaCAACCC---A-CC--CT-----C----C-AT---C-CA--------AG-AT--GTATC----AGCTGACAAAGT-TTGAT-GAT-TC-T---A----GG-----T----CTCACTGTA--------A-TTAAGTTACAAGT-T-G--GACA-----CAAATGATCGCCATAAT-G--TAC----ATGTA
gi|21 : ccgcacccaccctccatctg----AG--------GCCTC-CA--GGTAT-----A---AAA-AG----TACAACTTG-GACAC----AAG---AAAGCGTATGGATGAA----------------AAAGG-CCATACCTTAA---TTTG--GC---CTGTT-----AAAGAAGGGataag
gi|23 : aaatgcacaaactgaacagactcaatcatcatacACCAGGT-TTGAT-GGA-GC-T---A----AG-----C----TTTACTGTGCG-----------AAATACGATC-C-A--GAAA-----C----GATT-------T-G---AA----A---AT----AAC------------A-----ATTA-C-AAAATG-AGGTCAT-----GATGAC-CT-A--CT------TT-T--GGA-TCATAACACACC---Ttgtataa
gi|24 : cat-CACGACAC---C-CC--TC-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATC----AACGGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----TG-----T----CTTACAGTGT---------TAAAGACATG-TCGC-A--TGTA-----C----GATC-------T-G--
gi|25 : AGGT-TTGAT-GAA-GC-T---A----GA-----C----CTTACAGTGTG-----CT-T---GATATAAAC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCT-----GT-A-AATTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-aaaaca
gi|26 : -TTAAGATATAATT-T-G--GAAA-----C----CATT-------TCA--T-T----ATGCAC----AGCC-----AT-G-TA-----ATTC-C-AAGATG-AGGCCAT-----TGTGAC-CT-A--CATGCACATC-T--GGT-CTGCAACACACC---TT
gi|27 : GT-TTGAT-GAA-GC-T---A----GA-----C----CTTACAGTGTG---------CATGATATGACC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCT-----GT-A-AACTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-
gi|28 : g------CCA----AG--------GCATCACA--G---TGTG--A---AAG-A----------CCCT-GACAC----AAA---AAAGC---CA-ACAGACT-GACA-------GGAAAGC-C--TACAATAT---TTTAAGGT---CTGTC----TAAAGATGAGC
gi|29 : -----A---AAG-A-----TATGACCCT-GTCACTAAGAAA---AAGG--TAC---CAGATG-GAT----G---GGAAAGC-CTATACCATAA----ATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCatat
gi|3 : acaCTGTC-----AAC-----TG--CAA--TTTCAAAA--T------GAGGCCATAG-TG-ACCC-A-C-TTT-AGG---GT-CATGCTAC---C-CC--TT-----CCCCTC-CC---C-CACCTCCTCCAA-AT--GTATC----AGCTGATCAAAT-TTAAT-GAT-CC----------GG-----------TAACAATTTG-----AG-T---------ACC-C------CA---------------------T-G--TAC----AATTAT----AGCA-----AT---AA-----ATTC-C--AAATA-AAGCTATTCTCAAATGAC----------------------------CAA-AAAGT---TT-----------------------------------------GA----------TCGT------CCT----AG--------GCCTCAAA--A---TACA--A---AAA-A-----TACAACCTG-GACAC----AGA---AAAGCTTACACACAGACA-GACA---GACAGGAAAGT-CCCTACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGatatcaaa
gi|30 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcag-----A---AAG-A-----TATGACCCT-GTCAC----TAAGATAAAGCTACCAGATGGATG-G-----------GAAAGC-CTATACCAT-A---TATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCtgtgt
gi|31 : aca---A-CC--TTA----C----C-TT---T-C----------G-AT--GCACC----AACTGACCAAAT-TTGAT-GGTAGA-T---A----GT-----G----CTTAGAATTAG-----TGCTCAAGATTTGATT-C-G--GACA-----C----AAatatcaa
gi|32 : agtcaATGTGATT-C-G--AACA-----C----GATT-------T-GA-TA-----ATCTAT----AGCC-----ATTA-AA-----ATTC-C-TAAATG-AGTCCAC-----GGTGGT-CT-A--C-------TT-TC-GGG-TCACAATACAC
gi|34 : cT-CACGACAC------C--CT-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATC----AACGGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---A----TG-----T----CTTACAGTGg
gi|35 : tA--TTTCCAAA--T------CAGGTCATGG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGA---TC-CATGATAC---ATCC--TT-----ttaaaga
gi|36 : aagtaagg-----C----GTTT-------T-A--TAC----ATG-------AACC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAGTG-ATGCCAC-----AGTAAC-CT-A--C-------TT-T--GGt
gi|37 : GTT-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGTAACAT-TG-ACCC-A-T-TAT-TGG---GT-CACGATAggt
gi|38 : caGCC-----AA-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-AGGCTAC-----AGTGAC-CTAA--A-------TT-T--GGT-TTG
gi|4 : ACACTGTATACTTAAT-----TC--AAA--TTAAAAAAATT------AAGGTCATTA-TG-ACCTTA-CCTTT-TGGACGGT--ACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-ATTTATATT----GACTGATTG-GT-TTGAT-TAT-CT-T---AACCGGG-----CTACCCTCACATTG--------A-T-AAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATAT----GGACAGCAAAT-C-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGT--C-----AACCAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTATAACACACC---TTCC
gi|4 : aactacacataacctcT----ATG---GACA--GCA-----AAT-----CA---AA--TTCCAAAA--G------TTGGTCA--A-CC-ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGCAGGTTGATGGAGT-TTGaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|4 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatata-G--GACA-----C----AACT-------C------------TGTAT----AGCC-----AT-T-AA-----ATTC-CAAAAATG-AGG-CAC-----AGTGACTCC-A----------TT-T--GGG-TTGTGACACActaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaaatcaaattccaaaagttggtcaaccacctatttttggattataacacaccttccaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaACACTGTAT----ACT-----TATTCAA--TTAAAAAA--T------TAGGTCATTA-TG-ACCT-A-C-CTT-TGGAC-GG-TACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-AT--TTATT----GACTGATTAGGT-TTGAT-TAT-CT-T---ACC--GGGCTACC----CTCACA-TG-A-----TA--AAAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATATGGACAGCA-----AT-A-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCAC--------CAC-CT-AT-T-------TT-T--GGA-TTATAACACACC---TTCCatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcAA--TTCCAAAA--G------TTGGTCACC-----ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATC----CGC------AGG-TTGAT-GG-------------------------------AGT-----------------TATGCTA---G--GACA-----C----AATT---------------------GTAT----AGCC-----AT-T-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGG-CAC-----AGTGAC-CT-C--CA------TT-T--GGG-TTGTGACACATC---aaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattccaaaatgaggcacagtgacctccatttgggttgtgacacatcagtcataaaatataaaacaat
gi|6 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataaAAACATGGTTTGTTTATGAATAGC--CATA-----AA------------A--TTTCAAAA--T------GAGGC-AGAG-TG-ACCT-A-T-TTT-TGA---TT-CAAGGCAC---A-CC--TT-----C----A-CC---C-CA--------AG-AG--ACATC----AACTGACCAAGT-TTGAT-GGT-CC-T---T----GG-----C----ATCACAGTGTG-----T----AAG--ATGACC-C-A--GACA-----A----GATA-------T-A--AAT----ATGCGT----AGCC-----AT-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-ACGACAT-----GATGAA-C--A--A-------AA-T--GTA-T--CAGCTGACC---ATGAAG-------------T---------------------TTTA----------TAGT------CCC----AG--------A--TCGCA--A---TGAGTGA---AAG-A-----TGTGATGCG-GACAC----GAA---AAAGCTAACATATGGATG-GACAGATG---AGAAAGC-TGACACCCAAA---TACT--GCATACTGTCCATTAAAAGATGGagtcataaaatataaaacaat
gi|7 : taattcACAC---A-CC--TT-----C----C-CT---C--A--------AG-AT--GCATT----ATCTGACCGGGT-TCGAT-GAT-CC-T---------------C----CTAACA--ACA-----T--TCAAGATATGATC-T-A--AACA-----C----AGTT-------T-G--T-T----ATATAT----AACC-----AC-A-AC-----ATTC-C-AGAAGG-AGATCAC-----AATGAA-CT-AT-T-------TT-T--GGT-GTGCAAAACAACTAATTCCCC-------------TTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCACA--G---T-----GTGCGAG-A-----TATGATTCG-GACAT----AAA---A
gi|7 : CTAAACACAGTTT----GTTA-------TATAT----AAC-----CA--CAACATTCCAGAA--G------GAGATCACAA-TG-AACT-A-T-TTT-TGGT--GTGCAAAACA----A-CTAATT-----C----C-CC---T-T----------G-AT--GCATC----GACTAGCCAAGT-CTGAT-GGT-CC-T---A----GG-----C----CTCACAGTGTG---------CGAGATATGATT-C-G--GACA------------------------------------TAA----AACC-----AT---AA-----ATTC-C-TCCAGG-AGGCCAT-----TGTGAC-CA-A--CT------TT-T--GGT-TCACAACACACC---Tccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|7 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatATAAAACCATA-----AAT-----TC--C-----TCCAG-----------GAGGCCATTG-TG-ACCA-A-C-TTT-TGG---TT-CACAACAC---A-CC--T-------------AG---C-TA--------AGTAT--GCAAC----AATT------GT-TTTAC-AGT-TC-T---A----GG-----C----agctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|8 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatctaaacacagtttgttatatataaccacaacattccagaaggagatcacaatgaactatttttggtgtgcaaaacaactaattccccttgatgcatcgactagccaagtctgatggtcctaggcctcacagtgtgcgagatatgattcggacG--CAA--TATCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-G-C-TTT-TGG---G--CACTACA-------C--TG-----C----CACC---A-CA--------AG-AT--ATATT----GAGTGACTAAGT-TTGATAGAT-TT-TAAAA----GG-----C----CTCACATTGTG-----aacagacagaaggat
gi|8 : ---AAG-A-----TGTGATCTG-GAAAT----GAA---AAAACTAACAAACAAATGAGAAA---G---GCATAACACCATA--ATAACACTATAAGGC---ACATC----AAAAGATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|9 : gcaatatcaaaatgaggccacagtgacctgcttttgggcactacactgccaccacaagatatattgagtgactaagtttgatagattttaaaaggcctcacattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCG-----TG--CAATATATGA----------CA-----C----GGCT-------T-G---ACTTT-ATGTAT----AGTC-----AT-ATAATAGT-ATTC-C--AAATGAAGACCA
gi|9 : ggttccatcatctttgatagaa-CC--CC-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--ACACC----GGCTGACCAAGT----AT-GAT-AT-A---A----AG-----C----CTCGCAGTGC---------TCAAGATATGATC-C-A--GACA-----C----GACT------------TAA----ATATTC----GGCC-----AT-A-AA-----GTTC-A-AAACTA-CGGATAA-----AGTAAC-CT-G--C-------TTAT--GGG-TCCCAACACtgtttacaagttttgcgttaaataccctaccccccccccccccccccccaagatacaccggctgaccaagtatgatataaagcctcgcagtgctcaagatatgatccagacacgacttaaatattcggccataaagttcaaaactacggataaagtaacctgcttatgggtcccaacaccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222222222222 1111111111 111111 22222222222222222222222222222 3333333333333 3333333333333333333 11111 2222222222 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111111111111 333333333 11111 444444444444444 11 11111
lowQualScore : 4444 333333333333333333 2222222222 33 33 333333 0 4 2 2 2 2 2 888 1 66666 22 00000000000000000000000000000 1 22 2 0 2 1 2 55555555 3333333333 0 2222 33 7777777777777 77777777 3333333333 5555555555555555555 3333 33333 555 00000 1 1 1 0 44444 1 1 4444444444 1 11 1 55 777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111111 77777777777777 3 55 666 222222222 2 22222 2 6666 555 1 333333333333333 4 4 777 22 777 11111
lowQualScore : .... .................. .......... .. .. ...... . . . . . . . ... . ..... .. ............................. . .. . . . . . ........ .......... . .... .. ............. ........ .......... ................... .... ..... ... ..... . . . . ..... . . .......... . .. . .. ... ..................................................... . ...... .............. . .. ... ......... . ..... . .... ... . ............... . . ... .. ... .....
lowQualScore : 2222 333333333333333333 3333333333 22 22 555555 2 4 2 1 1 1 1 777 9 11111 33 33333333333333333333333333333 6 22 9 2 7 3 7 33333333 5555555555 1 9999 88 0000000000000 11111111 5555555555 8888888888888888888 3333 77777 777 66666 5 5 6 6 33333 7 7 2222222222 9 00 7 77 333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 555555 11111111111111 3 00 444 888888888 9 99999 9 6666 444 0 777777777777777 0 8 000 22 888 44444
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
Reference ( family-1135 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
gi|1 : ----ATGTATGTCACTGTC-----AATGCAACTG--CAA--TTCGAAAA--T------AAGGCCACCG-TCCATCT-A-C-TTT-TGG---GT-CATGAAAC---A-CC--TTAAACCCTA--C-CC---T-CA--------TC-CT--GCATTGACTGATTAGGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GA-----T----CTCA----C--GGTGT---------T-CAGTATATGATC-T-A--GACA-----C----GGTT--------------C----AT-----------CA-----T-T-AA-----TTTT-C-AAAATG-AGGCTAC-----AGTGAC-CT-AGTT-------TT-T--GATTTACAACACAAC---ATCCCT-------------
gi|1 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacCTAGACACGGTTC----AT------CATT--------AAT--------------TTTCAAAA--T------GAGGCTACAG-TG-ACCT-AGT-TTT-TGA---TT-TACAACAC---A-AC--AT-----C----C-CT---CACA--------AG-AT--GCAACATCTGACCA-----TCAT-TGTTC-T---A----GG-----C----TTGA----G--A--GCA--------T-TCAGACATGA-----G--TATA---------------------T-G--T------ATATAT----AGCCT-----T-A-AA-----ATTT-C-Acacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|10 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcaactgcaattcgaaaataaggccaccgtccatctacttttgggtcatgaaacaccttaaaccctaccctcatcctgcattgactgattaggtttgatggtcctagatctcacggtgttcagtatatgatTGATC-CTGTTGACA-----C----A------------G--CA-----ATGCAT----AGCCA-----T-G-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGC--T-----AGTAAC-CT-A--T-------TT-TG-GGGTCATGAC-CACT---CCCCCCACCCCCAGATACAT---------------------TTGA----------TGGT------CTT----GT--------GACTCGGA--G---T-------------------T----CCCAAGACAC---AAA---CTGGCTTAGAGATGGACA-GACA-------ATAAAGC-CCAAACCATAA---TGCA--GC---CTGTC----CAAAGACAGACg
gi|11 : ctgtgaacaaatG-AT--GCATCAACAGATCGAGT-TCGAT-GATCA-C---A----GG-----C----CTCA----C--AGTATG----------GGATATATGATC-T-A--GAGA-----T----GATT---------------------------------A-----T-G-AG-----ATTC-T-GG---G-AGGACAC-----AGTGAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTGCTATA--------TCAGTGGATGAGG-----T---------------------ATGA----------TAAT------TTT----TG--------GCCTCACGTTG---TG----A---AAGAA-----AATGACGC-AGACA-----AA---AAA
gi|12 : ac-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T---GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GA-T-------T-GAATAT----ATGTtacaaa
gi|13 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcg-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T---GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------G-A--TAT----ATGTccaaaacggg
gi|14 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgT-TTGAT-GGCCT-T---C----CG-----C----TTCA----C--AAT-----------T------TATCATC-T-T--GACA-----C----AATT-------T-G--TAC----TTCAAC----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AAGCccaaaacggg
gi|14 : CTGACCAAGT-GTAAT-AGTTG-T---A----GG-----C----ATCA----T--AGTGTG----------CAAGAttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|15 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacagccataaaattccaaaatgaagcttattattattttgttttatatatacaataccctccacATATGATA-C-A--GACA-----A----GATT-------T------C----CTGTAC----ACCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGT-----T-A--C-------TT-TTGGGTTC-CAACACACCT--TTTCCT-------------TAATATGCACCAA---------TTGACTAAGTTTGCTGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----GTCCAGG-A-----TATGATCT-GGACAC---AActgggactcagt
gi|15 : AA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-T-----T-A-C-TTT-TGG---GT-TCCAACAC---A-CC--TT-----T----T-CC---T-TA--------AT-AT--GCACCAATTGACTAAGT-TTGCT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCG----C--AGTGT---------C-CAGGATATGATC-T-G--GACA-----C----AATT-------C-G--TAT----Attcgtatactat
gi|16 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataa-A-C-TTT-TGT---GT-CACTACAC---A-CC--CT-----T----A-CC---C-CAG-------AG-AT--GCTGCAACTGACCAAGT-TTGAA-GACCCAT---A----TA-----C----CTCA----C--AAAGCA----------CAAGATATGATT-T-A--GGCAGAATGT----GATTGTG----T-G--TGCGAGTGTGTAT----ACTCA-----A-A-AA-----ATTT-C-AGActat
gi|17 : TGA----------TAGT------CCTTAT-AA--------GCCCCAGT--G---T-----G---AAG-AA----TATTAACA-GGACAT---GAA---AAAGCCGACAGATGGACA-GAC----G---GGAAAAC-CAGTGCCATAA---Tggaag
gi|18 : acaatgtatagtatgaattaatagccaaaataaatttccaaatcacgct-------T-G--TAC------GTAT----AGTCA-----T-A-AA-----ATTA-C-A-------GGACAC-----AGTGAT-CT-A--T-------TT-TGGGGGTCACAACACACC---TT---T-------------T---------------------C--A----------AGGTGTACTACCTGACCAGATTTGATAGCCATGAC--G---TG----A---AAG-ATAATGTATGACCA-GGACAT---GAA---AAGGCtat
gi|18 : gAGGACACAG-TG-ATCT-A-T-TTTGGGG---GT-CACAACAC---A-CC--TT-------------T---T-CA--------AG-GT--GTACTACCTGACCAGAT-TTGAT-AGCCA-T--------GA-----C----GTGA----A--AG---A--------T--AATGTATGACC-A-G--GACA-----T----GA
gi|19 : gtgtacgtatagtcataaaattac-CA--------AG-AT--CCATCAGCAGACCAGGA-ATGAC-AGTGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGCA----------CAAGATTTTATG-C-A--TGTA-----T----GATT-------T----TAC-----TGTAT--------A-----T----------ATCCTC-AAAATG-AGACCAC-----CATGAC-TT-A--TA------TT-T--Gaaaggc
gi|2 : cttAAAATAAACATAATTT----ATGAGTGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAT--T------GAGTCCACAG-TG-ACCC-T-C-TTT-TGG---CT-CACAACAC-----CC--TT-----C----C-CT---C-CA--------AG-AT--GCAT-AACTGACCAAGT-TCGAT-GGTCC-T---A----GA-----C----CTCA----C--AGTGCGGGCTGTGCT-CAAGATATGATC-C-A--CACA-----C----AATT-------T-G--TAC----ATGAAT----AGGCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AGAATG-AGGCAAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGTTTGCAACACTCC---TTTCCT-------------T---------------------CT---------------T------CTT----GG--------GCCTCACA--G---T-----A---AAG-A-----TATGATCA-AGATAT---AAA---AAGGCTTACAGACGGACG-GACAAACA---GGAAACC-CTGTATCATAA---TACA--AT---CTCTC----ATAAGAAGGGCcccccccccctccct
gi|20 : aaggcatcatccccaaaggtgatgttgttcatgcaaccctgaCAACCC---A-CC--CT-----C----C-AT---C-CA--------AG-AT--GTATCAGCTGACAAAGT-TTGAT-GATTC-T---A----GG-----T----CTCA----C--TGTA-A--------T-TAAGTTACAAGT-T-G--GACA-----CAAATGATCGCCATAAT-G--TAC----ATGTA
gi|21 : ccgcacccaccctccatctg----AG--------GCCTC-CA--GGTAT-----A---AAA-AG----TACAACTT-GGACAC---AAG---AAAGCGTATGGATGAA----------------AAAGG-CCATACCTTAA---TTTG--GC---CTGTT-----AAAGAAGGGataag
gi|23 : aaatgcacaaactgaacagactcaatcatcatacACCAGGT-TTGAT-GGAGC-T---A----AG-----C----TTTA----C--TGTGCG------------AAATACGATC-C-A--GAAA-----C----GATT-------T-G---AA----A---AT----AAC------------A-----ATTA-C-AAAATG-AGGTCAT-----GATGAC-CT-A--CT------TT-T--GGATCATAACACACC---Ttgtataa
gi|24 : cat-CACGACAC---C-CC--TC-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGT---------T-AAAGACATG-TCGC-A--TGTA-----C----GATC-------T-G--
gi|25 : AGGT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG----------CTTGATATAAAC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCTG-----T-A-AATTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-aaaaca
gi|26 : --------T-TAAGATATAATT-T-G--GAAA-----C----CATT-------TCA--T-T----ATGCAC----AGCCA-----T-G-TA-----ATTC-C-AAGATG-AGGCCAT-----TGTGAC-CT-A--CATGCACATC-T--GGTCTGCAACACACC---TT
gi|27 : GT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG----------CATGATATGACC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCTG-----T-A-AACTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-
gi|28 : g------CCA----AG--------GCATCACA--G---TGTG--A---AAG-A----------CCC-TGACAC---AAA---AAAGCCAACAGACTGAC---------A---GGAAAGC-C--TACAATAT---TTTAAGGT---CTGTC----TAAAGATGAGC
gi|29 : -----A---AAG-A-----TATGACCC-TGTCACTAAGAA---AAAGGTACCAGATGGATG-G-----------GAAAGC-CTATACCATAA----ATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCatat
gi|3 : acaCTGTC-----AAC-----TG--CAA--TTTCAAAA--T------GAGGCCATAG-TG-ACCC-A-C-TTT-AGG---GT-CATGCTAC---C-CC--TT-----CCCCTC-CC---C-CACCTCCTCCAA-AT--GTATCAGCTGATCAAAT-TTAAT-GATCC----------GG-----------TAA----C--A-------------------ATTTGA-----G--TACC-----C----CA---------T-G--TAC----AATTAT----AGCAA-----T---AA-----ATTC-C--AAATA-AAGCTATTCTCAAATGAC---------------------------CAA-AAAGT---TT-----------------------------------------GA----------TCGT------CCT----AG--------GCCTCAAA--A---TACA--A---AAA-A-----TACAACCT-GGACAC---AGA---AAAGCTTACACACAGACA-GACA---GACAGGAAAGT-CCCTACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGatatcaaa
gi|30 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcag-----A---AAG-A-----TATGACCC-TGTCAC---TAAGATAAAGCTACCAGATGGATG-G-----------GAAAGC-CTATACCAT-A---TATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCtgtgt
gi|31 : aca---A-CC--TTA----C----C-TT---T-C----------G-AT--GCACCAACTGACCAAAT-TTGAT-GGTAGAT---A----GT-----G----CTTAGAATT--AGTGC---------T-CAAGATTTGATT-C-G--GACA-----C----AAatatcaa
gi|32 : agtcaATGTGATT-C-G--AACA-----C----GATT-------T-GA-TA-----ATCTAT----AGCCA-----TTA-AA-----ATTC-C-TAAATG-AGTCCAC-----GGTGGT-CT-A--C-------TT-TC-GGGTCACAATACAC
gi|34 : cT-CACGACAC------C--CT-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGg
gi|35 : tA--TTTCCAAA--T------CAGGTCATGG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGA---TC-CATGATAC---ATCC--TT-----ttaaaga
gi|36 : aagtaagg-----C----GTTT-------T-A--TAC----ATG-------AACCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAGTG-ATGCCAC-----AGTAAC-CT-A--C-------TT-T--GGt
gi|37 : GTT-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGTAACAT-TG-ACCC-A-T-TAT-TGG---GT-CACGATAggt
gi|38 : caGCCA-----A-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-AGGCTAC-----AGTGAC-CTAA--A-------TT-T--GGTTTG
gi|4 : ACACTGTATACTTAAT-----TC--AAA--TTAAAAAAATT------AAGGTCATTA-TG-ACCTTA-CCTTT-TGGACGGT--ACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-ATTTATATTGACTGATTG-GT-TTGAT-TATCT-T---AACCGGG-----CTACCCTCA----C--ATTG-A--------T--AAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATAT----GGACAGCAAAT-C-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCA-------ACCAC-CT-A--T-------TT-TT-GGATTATAACACACC---TTCC
gi|4 : aactacacataacctcT----ATG---GACA--GCA-----AAT-----CA---AA--TTCCAAAA--G------TTGGTCA--A-CC-ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGTTTG--------C-TA-------------G--GACA-----C----AACT-------C------------TGTAT----AGCCA-----T-T-AA-----ATTC-CAAAAATG-AGG-CAC-----AGTGACTCC-A----------TT-T--GGGTTGTGACACAaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatataACACTGTAT----ACT-----TATTCAA--TTAAAAAA--T------TAGGTCATTA-TG-ACCT-A-C-CTT-TGGAC-GG-TACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-AT--TTATTGACTGATTAGGT-TTGAT-TATCT-T---ACC--GGGCTACC----CTCA----C--A-TGAT--------A-AAAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATATGGACAGCAA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCAC--------CAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTATAACACACC---TTCCatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcAA--TTCCAAAA--G------TTGGTCACC-----ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGT------------------TATGCTA---G--GACA-----C----AATT---------------------GTAT----AGCCA-----T-T-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGG-CAC-----AGTGAC-CT-C--CA------TT-T--GGGTTGTGACACATC---aaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattccaaaatgaggcacagtgacctccatttgggttgtgacacatcagtcataaaatataaaacaat
gi|6 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataaAAACATGGTTTGTTTATGAATAGC--CATA-----AA------------A--TTTCAAAA--T------GAGGC-AGAG-TG-ACCT-A-T-TTT-TGA---TT-CAAGGCAC---A-CC--TT-----C----A-CC---C-CA--------AG-AG--ACATCAACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---T----GG-----C----ATCA----C--AGTGTG--------T--AAG--ATGACC-C-A--GACA-----A----GATA-------T-A--AAT----ATGCGT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-ACGACAT-----GATGAA-C--A--A-------AA-T--GTAT--CAGCTGACC---ATGAAG-------------T---------------------TTTA----------TAGT------CCC----AG--------A--TCGCA--A---TGAGTGA---AAG-A-----TGTGATGC-GGACAC---GAA---AAAGCTAACATATGGATG-GACAGATG---AGAAAGC-TGACACCCAAA---TACT--GCATACTGTCCATTAAAAGATGGagtcataaaatataaaacaat
gi|7 : taattcACAC---A-CC--TT-----C----C-CT---C--A--------AG-AT--GCATTATCTGACCGGGT-TCGAT-GATCC-T---------------C----CTAA----C--AACAT---------T-CAAGATATGATC-T-A--AACA-----C----AGTT-------T-G--T-T----ATATAT----AACCA-----C-A-AC-----ATTC-C-AGAAGG-AGATCAC-----AATGAA-CT-AT-T-------TT-T--GGTGTGCAAAACAACTAATTCCCC-------------TTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCACA--G---T-----GTGCGAG-A-----TATGATTC-GGACAT---AAA---A
gi|7 : CTAAACACAGTTT----GTTA-------TATAT----AAC-----CA--CAACATTCCAGAA--G------GAGATCACAA-TG-AACT-A-T-TTT-TGGT--GTGCAAAACA----A-CTAATT-----C----C-CC---T-T----------G-AT--GCATCGACTAGCCAAGT-CTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGTG----------CGAGATATGATT-C-G--GACA------------------------------------TAA----AACCA-----T---AA-----ATTC-C-TCCAGG-AGGCCAT-----TGTGAC-CA-A--CT------TT-T--GGTTCACAACACACC---Tccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|7 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatATAAAACCATA-----AAT-----TC--C-----TCCAG-----------GAGGCCATTG-TG-ACCA-A-C-TTT-TGG---TT-CACAACAC---A-CC--T-------------AG---C-TA--------AGTAT--GCAACAATT------GT-TTTAC-AGTTC-T---A----GG-----C----agctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|8 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatctaaacacagtttgttatatataaccacaacattccagaaggagatcacaatgaactatttttggtgtgcaaaacaactaattccccttgatgcatcgactagccaagtctgatggtcctaggcctcacagtgtgcgagatatgattcggacG--CAA--TATCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-G-C-TTT-TGG---G--CACTACA-------C--TG-----C----CACC---A-CA--------AG-AT--ATATTGAGTGACTAAGT-TTGATAGATTT-TAAAA----GG-----C----CTCA----C--ATTGTG--------aacagacagaaggat
gi|8 : ---AAG-A-----TGTGATCT-GGAAAT---GAA---AAAACTAACAAACAAATGAGAAA---G---GCATAACACCATA--ATAACACTATAAGGC---ACATC----AAAAGATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|9 : gcaatatcaaaatgaggccacagtgacctgcttttgggcactacactgccaccacaagatatattgagtgactaagtttgatagattttaaaaggcctcacattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCG--------TGCAATATATGA----------CA-----C----GGCT-------T-G---ACTTT-ATGTAT----AGTCA-----T-ATAATAGT-ATTC-C--AAATGAAGACCA
gi|9 : ggttccatcatctttgatagaa-CC--CC-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--ACACCGGCTGACCAAGT----AT-GATAT-A---A----AG-----C----CTCG----C--AGTGC---------T-CAAGATATGATC-C-A--GACA-----C----GACT------------TAA----ATATTC----GGCCA-----T-A-AA-----GTTC-A-AAACTA-CGGATAA-----AGTAAC-CT-G--C-------TTAT--GGGTCCCAACACtgtttacaagttttgcgttaaataccctaccccccccccccccccccccaagatacaccggctgaccaagtatgatataaagcctcgcagtgctcaagatatgatccagacacgacttaaatattcggccataaagttcaaaactacggataaagtaacctgcttatgggtcccaacaccc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222222222222 1111111111 111111 22222222222222222222222222222 3333333333333 3333333333333333333 11111 2222222222 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111111111111 333333333 11111 444444444444444 11 11111
lowQualScore : 4444 333333333333333333 2222222222 33 33 333333 0 4 2 2 2 2 2 888 1 66666 22 00000000000000000000000000000 1 22 2 0 2 1 2 55555555 3333333333 0 2222 33 7777777777777 77777777 3333333333 5555555555555555555 3333 33333 555 00000 1 1 1 0 44444 1 1 4444444444 1 11 1 55 777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111111 77777777777777 3 55 666 222222222 2 22222 2 6666 555 1 333333333333333 4 4 777 22 777 11111
lowQualScore : .... .................. .......... .. .. ...... . . . . . . . ... . ..... .. ............................. . .. . . . . . ........ .......... . .... .. ............. ........ .......... ................... .... ..... ... ..... . . . . ..... . . .......... . .. . .. ... ..................................................... . ...... .............. . .. ... ......... . ..... . .... ... . ............... . . ... .. ... .....
lowQualScore : 2222 333333333333333333 3333333333 22 22 555555 2 4 2 1 1 1 1 777 9 11111 33 33333333333333333333333333333 6 22 9 2 7 3 7 33333333 5555555555 1 9999 88 0000000000000 11111111 5555555555 8888888888888888888 3333 77777 777 66666 5 5 6 6 33333 7 7 2222222222 9 00 7 77 333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 555555 11111111111111 3 00 444 888888888 9 99999 9 6666 444 0 777777777777777 0 8 000 22 888 44444
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
Reference ( family-1135 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
gi|1 : ----ATGTATGTCACTGTC-----AATGCAACTG--CAA--TTCGAAAA--T------AAGGCCACCG-TCCATCT-A-C-TTT-TGG---GT-CATGAAAC---A-CC--TTAAACCCTA--C-CC---T-CA--------TC-CT--GCATTGACTGATTAGGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GA-----T----CTCA----C--GGTGT---------T-CAGTATATGATC-T-A--GACA-----C----GGTT--------------C----AT-----------CA-----T-T-AA-----TTTT-C-AAAATG-AGGCTAC-----AGTGAC-CT-AGTT-------TT-T--GATTTACAACACAAC---ATCCCT-------------
gi|1 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacCTAGACACGGTTC----AT------CATT--------AAT--------------TTTCAAAA--T------GAGGCTACAG-TG-ACCT-AGT-TTT-TGA---TT-TACAACAC---A-AC--AT-----C----C-CT---CACA--------AG-AT--GCAACATCTGACCA-----TCAT-TGTTC-T---A----GG-----C----TTGA----G--A--GCA--------T-TCAGACATGA-----G--TATA---------------------T-G--T------ATATAT----AGCCT-----T-A-AA-----ATTT-C-Acacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|10 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcaactgcaattcgaaaataaggccaccgtccatctacttttgggtcatgaaacaccttaaaccctaccctcatcctgcattgactgattaggtttgatggtcctagatctcacggtgttcagtatatgatTGATC-CTGTTGACA-----C----A------------G--CA-----ATGCAT----AGCCA-----T-G-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGC--T-----AGTAAC-CT-A--T-------TT-TG-GGGTCATGAC-CACT---CCCCCCACCCCCAGATACAT---------------------TTGA----------TGGT------CTT----GT--------GACTCGGA--G---T-------------------T----CCCAAGACAC---AAA---CTGGCTTAGAGATGGACA-GACA-------ATAAAGC-CCAAACCATAA---TGCA--GC---CTGTC----CAAAGACAGACg
gi|11 : ctgtgaacaaatG-AT--GCATCAACAGATCGAGT-TCGAT-GATCA-C---A----GG-----C----CTCA----C--AGTATG----------GGATATATGATC-T-A--GAGA-----T----GATT---------------------------------A-----T-G-AG-----ATTC-T-GG---G-AGGACAC-----AGTGAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTGCTATA--------TCAGTGGATGAGG-----T---------------------ATGA----------TAAT------TTT----TG--------GCCTCACGTTG---TG----A---AAGAA-----AATGACGC-AGACA-----AA---AAA
gi|12 : ac-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T---GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GA-T-------T-GAATAT----ATGTtacaaa
gi|13 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcg-----TG--TAA--T-CAAAAA--TATAATAGAGACCACAGATG--CCT-A-T-ATT-TGG---AT-TATGACAC---A-CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T---GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------G-A--TAT----ATGTccaaaacggg
gi|14 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgT-TTGAT-GGCCT-T---C----CG-----C----TTCA----C--AAT-----------T------TATCATC-T-T--GACA-----C----AATT-------T-G--TAC----TTCAAC----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AAGCccaaaacggg
gi|14 : CTGACCAAGT-GTAAT-AGTTG-T---A----GG-----C----ATCA----T--AGTGTG----------CAAGAttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|15 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacagccataaaattccaaaatgaagcttattattattttgttttatatatacaataccctccacATATGATA-C-A--GACA-----A----GATT-------T------C----CTGTAC----ACCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGT-----T-A--C-------TT-TTGGGTTC-CAACACACCT--TTTCCT-------------TAATATGCACCAA---------TTGACTAAGTTTGCTGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----GTCCAGG-A-----TATGATCT-GGACAC---AActgggactcagt
gi|15 : AA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-T-----T-A-C-TTT-TGG---GT-TCCAACAC---A-CC--TT-----T----T-CC---T-TA--------AT-AT--GCACCAATTGACTAAGT-TTGCT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCG----C--AGTGT---------C-CAGGATATGATC-T-G--GACA-----C----AATT-------C-G--TAT----Attcgtatactat
gi|16 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataa-A-C-TTT-TGT---GT-CACTACAC---A-CC--CT-----T----A-CC---C-CAG-------AG-AT--GCTGCAACTGACCAAGT-TTGAA-GACCCAT---A----TA-----C----CTCA----C--AAAGCA----------CAAGATATGATT-T-A--GGCAGAATGT----GATTGTG----T-G--TGCGAGTGTGTAT----ACTCA-----A-A-AA-----ATTT-C-AGActat
gi|17 : TGA----------TAGT------CCTTAT-AA--------GCCCCAGT--G---T-----G---AAG-AA----TATTAACA-GGACAT---GAA---AAAGCCGACAGATGGACA-GAC----G---GGAAAAC-CAGTGCCATAA---Tggaag
gi|18 : acaatgtatagtatgaattaatagccaaaataaatttccaaatcacgct-------T-G--TAC------GTAT----AGTCA-----T-A-AA-----ATTA-C-A-------GGACAC-----AGTGAT-CT-A--T-------TT-TGGGGGTCACAACACACC---TT---T-------------T---------------------C--A----------AGGTGTACTACCTGACCAGATTTGATAGCCATGAC--G---TG----A---AAG-ATAATGTATGACCA-GGACAT---GAA---AAGGCtat
gi|18 : gAGGACACAG-TG-ATCT-A-T-TTTGGGG---GT-CACAACAC---A-CC--TT-------------T---T-CA--------AG-GT--GTACTACCTGACCAGAT-TTGAT-AGCCA-T--------GA-----C----GTGA----A--AG---A--------T--AATGTATGACC-A-G--GACA-----T----GA
gi|19 : gtgtacgtatagtcataaaattac-CA--------AG-AT--CCATCAGCAGACCAGGA-ATGAC-AGTGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGCA----------CAAGATTTTATG-C-A--TGTA-----T----GATT-------T----TAC-----TGTAT--------A-----T----------ATCCTC-AAAATG-AGACCAC-----CATGAC-TT-A--TA------TT-T--Gaaaggc
gi|2 : cttAAAATAAACATAATTT----ATGAGTGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAT--T------GAGTCCACAG-TG-ACCC-T-C-TTT-TGG---CT-CACAACAC-----CC--TT-----C----C-CT---C-CA--------AG-AT--GCAT-AACTGACCAAGT-TCGAT-GGTCC-T---A----GA-----C----CTCA----C--AGTGCGGGCTGTGCT-CAAGATATGATC-C-A--CACA-----C----AATT-------T-G--TAC----ATGAAT----AGGCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AGAATG-AGGCAAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGTTTGCAACACTCC---TTTCCT-------------T---------------------CT---------------T------CTT----GG--------GCCTCACA--G---T-----A---AAG-A-----TATGATCA-AGATAT---AAA---AAGGCTTACAGACGGACG-GACAAACA---GGAAACC-CTGTATCATAA---TACA--AT---CTCTC----ATAAGAAGGGCcccccccccctccct
gi|20 : aaggcatcatccccaaaggtgatgttgttcatgcaaccctgaCAACCC---A-CC--CT-----C----C-AT---C-CA--------AG-AT--GTATCAGCTGACAAAGT-TTGAT-GATTC-T---A----GG-----T----CTCA----C--TGTA-A--------T-TAAGTTACAAGT-T-G--GACA-----CAAATGATCGCCATAAT-G--TAC----ATGTA
gi|21 : ccgcacccaccctccatctg----AG--------GCCTC-CA--GGTAT-----A---AAA-AG----TACAACTT-GGACAC---AAG---AAAGCGTATGGATGAA----------------AAAGG-CCATACCTTAA---TTTG--GC---CTGTT-----AAAGAAGGGataag
gi|23 : aaatgcacaaactgaacagactcaatcatcatacACCAGGT-TTGAT-GGAGC-T---A----AG-----C----TTTA----C--TGTGCG------------AAATACGATC-C-A--GAAA-----C----GATT-------T-G---AA----A---AT----AAC------------A-----ATTA-C-AAAATG-AGGTCAT-----GATGAC-CT-A--CT------TT-T--GGATCATAACACACC---Ttgtataa
gi|24 : cat-CACGACAC---C-CC--TC-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGT---------T-AAAGACATG-TCGC-A--TGTA-----C----GATC-------T-G--
gi|25 : AGGT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG----------CTTGATATAAAC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCTG-----T-A-AATTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-aaaaca
gi|26 : --------T-TAAGATATAATT-T-G--GAAA-----C----CATT-------TCA--T-T----ATGCAC----AGCCA-----T-G-TA-----ATTC-C-AAGATG-AGGCCAT-----TGTGAC-CT-A--CATGCACATC-T--GGTCTGCAACACACC---TT
gi|27 : GT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG----------CATGATATGACC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCTG-----T-A-AACTTCCATTC-C-AAAATG-AGGCCCC-----AGTGAT-CT-
gi|28 : g------CCA----AG--------GCATCACA--G---TGTG--A---AAG-A----------CCC-TGACAC---AAA---AAAGCCAACAGACTGAC---------A---GGAAAGC-C--TACAATAT---TTTAAGGT---CTGTC----TAAAGATGAGC
gi|29 : -----A---AAG-A-----TATGACCC-TGTCACTAAGAA---AAAGGTACCAGATGGATG-G-----------GAAAGC-CTATACCATAA----ATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCatat
gi|3 : acaCTGTC-----AAC-----TG--CAA--TTTCAAAA--T------GAGGCCATAG-TG-ACCC-A-C-TTT-AGG---GT-CATGCTAC---C-CC--TT-----CCCCTC-CC---C-CACCTCCTCCAA-AT--GTATCAGCTGATCAAAT-TTAAT-GATCC----------GG-----------TAA----C--A-------------------ATTTGA-----G--TACC-----C----CA---------T-G--TAC----AATTAT----AGCAA-----T---AA-----ATTC-C--AAATA-AAGCTATTCTCAAATGAC---------------------------CAA-AAAGT---TT-----------------------------------------GA----------TCGT------CCT----AG--------GCCTCAAA--A---TACA--A---AAA-A-----TACAACCT-GGACAC---AGA---AAAGCTTACACACAGACA-GACA---GACAGGAAAGT-CCCTACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGatatcaaa
gi|30 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttcag-----A---AAG-A-----TATGACCC-TGTCAC---TAAGATAAAGCTACCAGATGGATG-G-----------GAAAGC-CTATACCAT-A---TATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCtgtgt
gi|31 : aca---A-CC--TTA----C----C-TT---T-C----------G-AT--GCACCAACTGACCAAAT-TTGAT-GGTAGAT---A----GT-----G----CTTAGAATT--AGTGC---------T-CAAGATTTGATT-C-G--GACA-----C----AAatatcaa
gi|32 : agtcaATGTGATT-C-G--AACA-----C----GATT-------T-GA-TA-----ATCTAT----AGCCA-----TTA-AA-----ATTC-C-TAAATG-AGTCCAC-----GGTGGT-CT-A--C-------TT-TC-GGGTCACAATACAC
gi|34 : cT-CACGACAC------C--CT-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGg
gi|35 : tA--TTTCCAAA--T------CAGGTCATGG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGA---TC-CATGATAC---ATCC--TT-----ttaaaga
gi|36 : aagtaagg-----C----GTTT-------T-A--TAC----ATG-------AACCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAGTG-ATGCCAC-----AGTAAC-CT-A--C-------TT-T--GGt
gi|37 : GTT-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGTAACAT-TG-ACCC-A-T-TAT-TGG---GT-CACGATAggt
gi|38 : caGCCA-----A-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-AGGCTAC-----AGTGAC-CTAA--A-------TT-T--GGTTTG
gi|4 : ACACTGTATACTTAAT-----TC--AAA--TTAAAAAAATT------AAGGTCATTA-TG-ACCTTA-CCTTT-TGGACGGT--ACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-ATTTATATTGACTGATTG-GT-TTGAT-TATCT-T---AACCGGG-----CTACCCTCA----C--ATTG-A--------T--AAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATAT----GGACAGCAAAT-C-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCA-------ACCAC-CT-A--T-------TT-TT-GGATTATAACACACC---TTCC
gi|4 : aactacacataacctcT----ATG---GACA--GCA-----AAT-----CA---AA--TTCCAAAA--G------TTGGTCA--A-CC-ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGTTTG--------C-TA-------------G--GACA-----C----AACT-------C------------TGTAT----AGCCA-----T-T-AA-----ATTC-CAAAAATG-AGG-CAC-----AGTGACTCC-A----------TT-T--GGGTTGTGACACAaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatataACACTGTAT----ACT-----TATTCAA--TTAAAAAA--T------TAGGTCATTA-TG-ACCT-A-C-CTT-TGGAC-GG-TACGACACTATA-CC--TT--------------------A--------AT-AT--TTATTGACTGATTAGGT-TTGAT-TATCT-T---ACC--GGGCTACC----CTCA----C--A-TGAT--------A-AAAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATATGGACAGCAA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAAGT-TGGTCAC--------CAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTATAACACACC---TTCCatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcAA--TTCCAAAA--G------TTGGTCACC-----ACCT-A-T-TTT-TGG---AT-TATAACAC---A-CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGT------------------TATGCTA---G--GACA-----C----AATT---------------------GTAT----AGCCA-----T-T-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGG-CAC-----AGTGAC-CT-C--CA------TT-T--GGGTTGTGACACATC---aaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattccaaaatgaggcacagtgacctccatttgggttgtgacacatcagtcataaaatataaaacaat
gi|6 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatatatatggacagcaataaAAACATGGTTTGTTTATGAATAGC--CATA-----AA------------A--TTTCAAAA--T------GAGGC-AGAG-TG-ACCT-A-T-TTT-TGA---TT-CAAGGCAC---A-CC--TT-----C----A-CC---C-CA--------AG-AG--ACATCAACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---T----GG-----C----ATCA----C--AGTGTG--------T--AAG--ATGACC-C-A--GACA-----A----GATA-------T-A--AAT----ATGCGT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AGAAGG-ACGACAT-----GATGAA-C--A--A-------AA-T--GTAT--CAGCTGACC---ATGAAG-------------T---------------------TTTA----------TAGT------CCC----AG--------A--TCGCA--A---TGAGTGA---AAG-A-----TGTGATGC-GGACAC---GAA---AAAGCTAACATATGGATG-GACAGATG---AGAAAGC-TGACACCCAAA---TACT--GCATACTGTCCATTAAAAGATGGagtcataaaatataaaacaat
gi|7 : taattcACAC---A-CC--TT-----C----C-CT---C--A--------AG-AT--GCATTATCTGACCGGGT-TCGAT-GATCC-T---------------C----CTAA----C--AACAT---------T-CAAGATATGATC-T-A--AACA-----C----AGTT-------T-G--T-T----ATATAT----AACCA-----C-A-AC-----ATTC-C-AGAAGG-AGATCAC-----AATGAA-CT-AT-T-------TT-T--GGTGTGCAAAACAACTAATTCCCC-------------TTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCACA--G---T-----GTGCGAG-A-----TATGATTC-GGACAT---AAA---A
gi|7 : CTAAACACAGTTT----GTTA-------TATAT----AAC-----CA--CAACATTCCAGAA--G------GAGATCACAA-TG-AACT-A-T-TTT-TGGT--GTGCAAAACA----A-CTAATT-----C----C-CC---T-T----------G-AT--GCATCGACTAGCCAAGT-CTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGTG----------CGAGATATGATT-C-G--GACA------------------------------------TAA----AACCA-----T---AA-----ATTC-C-TCCAGG-AGGCCAT-----TGTGAC-CA-A--CT------TT-T--GGTTCACAACACACC---Tccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|7 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatATAAAACCATA-----AAT-----TC--C-----TCCAG-----------GAGGCCATTG-TG-ACCA-A-C-TTT-TGG---TT-CACAACAC---A-CC--T-------------AG---C-TA--------AGTAT--GCAACAATT------GT-TTTAC-AGTTC-T---A----GG-----C----agctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|8 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatctaaacacagtttgttatatataaccacaacattccagaaggagatcacaatgaactatttttggtgtgcaaaacaactaattccccttgatgcatcgactagccaagtctgatggtcctaggcctcacagtgtgcgagatatgattcggacG--CAA--TATCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-G-C-TTT-TGG---G--CACTACA-------C--TG-----C----CACC---A-CA--------AG-AT--ATATTGAGTGACTAAGT-TTGATAGATTT-TAAAA----GG-----C----CTCA----C--ATTGTG--------aacagacagaaggat
gi|8 : ---AAG-A-----TGTGATCT-GGAAAT---GAA---AAAACTAACAAACAAATGAGAAA---G---GCATAACACCATA--ATAACACTATAAGGC---ACATC----AAAAGATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|9 : gcaatatcaaaatgaggccacagtgacctgcttttgggcactacactgccaccacaagatatattgagtgactaagtttgatagattttaaaaggcctcacattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCG--------TGCAATATATGA----------CA-----C----GGCT-------T-G---ACTTT-ATGTAT----AGTCA-----T-ATAATAGT-ATTC-C--AAATGAAGACCA
gi|9 : ggttccatcatctttgatagaa-CC--CC-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--ACACCGGCTGACCAAGT----AT-GATAT-A---A----AG-----C----CTCG----C--AGTGC---------T-CAAGATATGATC-C-A--GACA-----C----GACT------------TAA----ATATTC----GGCCA-----T-A-AA-----GTTC-A-AAACTA-CGGATAA-----AGTAAC-CT-G--C-------TTAT--GGGTCCCAACACtgtttacaagttttgcgttaaataccctaccccccccccccccccccccaagatacaccggctgaccaagtatgatataaagcctcgcagtgctcaagatatgatccagacacgacttaaatattcggccataaagttcaaaactacggataaagtaacctgcttatgggtcccaacaccc
blockSeqs : GTTT GAGTGACACTGTA TATTC CA AT ATAATA A . T G C G ACG G TATA AA CCCCTCCCCCACCTCCTCC T TT A A A A AACCG GCTACC GAAT TT CGGGCTGTGCTC TCCTGTT GAATGT GTGTGTGCGAGT GGAC GCAAA TA TTTCC T A A TCTCA T A CATGCACA A TG G CA TAA TCCTTAATATGCACCAATTGACTAAGTTTGC GTACTA GACCAGATTTGATA A TT GTA GAGTGA A TAATG . TAAG GAT G CGGACAAACAG A A CAC AG ATA CATTA
blockSeqs : . GAATAGCCATA TGT . . ATAATA A . . . . . AC . TATA . CCCCAAACGA . . A A . A AAAA CTACC . TT CGTGC TCGCA CAAAT GCCATAATGTAC . . AT CTTCC . . . . . . TT . GG A TG T CCCCTTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA . TATAA G . . GTCC . A . A . T CAGACAGACAG . T . AG . A
blockSeqs : . GGACAGCA TGT . . . . . . . . . T . AT . CCCCAAACGA . . A . . . ACC C . . CATT TCTA C TGAATAT . . A TAGT . . . . . . TA . G T CA . CAGTGGATGAGGTATGA . TG A . . GTGA . G . G . T TGGACAGATGA . C . . . T
blockSeqs : . TATATAT TGC . . . . . . . . . . . A . CCCTCACA . . A . . . A C . . TGCT ACTG T TGACTAT . . G . . . . . . . CT . C G TG . GAAGTTTTA . AG G . . ACAA . . . G . A TGAGAAAGG . T . . . A
blockSeqs : . CATT TGC . . . . . . . . . . . A . TACCCCAG . . A . . . A T . . ATAA ACTG C TGACTAT . . G . . . . . . . TT . T T CA . TCCTTCT . GG A . . GTGC . . . A . A CAGACGG . C . . . A
blockSeqs : TGC . . . . . . . . . . . A . CCACCACA . . A . . . A T . . TGG TCTT C TGACTTT . . A . . . . . . . CA . . A TG . TTCA . AG A . . GA . . . A . T CAG . T . . . A
blockSeqs : TCA . . . . . . . . . . . A . TTCCTTA . . A . . . A C . . TGC TACA C GATAT . . A . . . . . . . TT . . T CA . GA . AG A . . GA . . . A . A TGG . G . . . A
blockSeqs : CAC . . . . . . . . . . . A . CCCTCCA . . A . . . C C . . TCC TCTG A TGTAC . . A . . . . . . . CT . . G TG . . AG G . . G . . . A . A TGG . C . . . .
blockSeqs : TCC . . . . . . . . . . . A . CCATCCA . . A . . . A C . . CAC TTTA C CGTAT . . A . . . . . . . T . . T TA . . AG A . . A . . . T . A . . . .
blockSeqs : CA . . . . . . . . . . . A . ACCTTTC . . A . . . A C . . CAC CCAG T TGTAC . . A . . . . . . . C . . A TG . AG . . . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . CCAACCA . . A . . . A C . . ATT TGCA T TGTAC . . A . . . . . . . T . . G TA . A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . CCAACCA . . A . . . A C . . TTA TCCA C TCATT . . G . . . . . . . C . . A TG . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . CACCCCA . . A . . . A C . . TGC GTTG C TGTAC . . A . . . . . . . C . . G TG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . CCCCCCA . . A . . . A T . . TGC TCCA C TGATA . . A . . . . . . . C . . A CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . CCCTCG . . G . . . A C . . CTC ACTG T TATAC . . A . . . . . . . A . . T CC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . CCCTCG . . C . . . A T . . TGT TTTG C TAAAT . . C . . . . . . . T . . T C
blockSeqs : . . . . . . . . A . CCCTCA . . G . . . A C . . TTC CCTG T TTAC . . T . . . . . . . A . . G .
blockSeqs : . . . . . . A . CCCCTT . . C . . . A C . . TGC TTCG C TGAA . . A . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . A . AGCTA . . A . . . A G . . CTC TTCG C TGTT . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTCA . . A . . . A T . . GT CCAA C TGT . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . G . . . T C . . GT CCAA C GCA . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . A . . . A C . . AT CCCA C TAA . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . A C . . CG TCTA C TC . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . A C . . AT TTCG C C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . T TCCA C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . TAG A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G C .
blockSeqs : . . . . . . . G C .
blockSeqs : . . . . . G C .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GGGTAGCTATA******* TGC******* CCCCCCA********************** TGTAC************** C********* GA******* CGAAGAGG*******
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGAATGACACTGTA-----AAT-----TG--CAA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---T-----A---AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACG-GACA---G---GGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGGTTT----ATGGGTAGCTATA-------AATTGC-------AA--TTCCAAAA--T------GAGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTT-TGG---GT-CACGACAC---A-CC--TTCCCCCCA----------------------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------T-CAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATTTGTAC--------------ATGTAT----AGCCA-----T-A-AA-----ATTC-C-AAAATG-AGGCCAC-----AGTGAC-CT-AC---------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGCA--G---TGA-------AAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGACGAAGAGG-------GAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 1111 1111111111 111 1111 111111 11111111111111 11111111111111111111111111111 333333333333 3333333333333333333 2222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111111111 1111111111111111111 6666666666666 11 11111
lowQualScore : 333333 2222 6666666666 111 3333 22 22 222222 2 444 2 2 444 8888 1 1 55555555555555 22 55555555555555555555555555555 1 22 4 2 1 2 222 4444 4444444444 3333 33 777777777777 0 555 11 44444444444 4444444444444444444 3333 33333 44 77777 1 1 1 44444 1 1 6666666666 1 99 1 55 777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 000000 66666666666666 6666666666666666666 2 66666 2 6666 555 1 0 5555555555555 4 4 777 22 777 11111
lowQualScore : ...... .... .......... ... .... .. .. ...... . ... . . ... .... . . .............. .. ............................. . .. . . . . ... .... .......... .... .. ............ . ... .. ........... ................... .... ..... .. ..... . . . ..... . . .......... . .. . .. ... ..................................................... ...... .............. ................... . ..... . .... ... . . ............. . . ... .. ... .....
lowQualScore : 000000 1111 4444444444 555 5555 99 99 111111 1 666 1 0 222 9999 8 7 88888888888888 33 33333333333333333333333333333 6 22 2 8 4 8 444 8888 0000000000 0000 99 777777777777 8 444 99 22222222222 5555555555555555555 4444 88888 88 77777 5 5 0 33333 7 7 1111111111 9 00 7 77 333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 555555 22222222222222 1111111111111111111 7 77777 9 6666 444 0 5 8888888888888 0 8 000 22 888 44444
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGG------TTT----ATGGATAGC--CATA---AATTGCAA--TTCCAAAA--T------G-AGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTTTGG---GT-CACG-ACAC---A----------CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------TCAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCC-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAATGAGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGC----A--G---T--G--AAAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGAC-G---A--AGA-GGGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
Reference ( family-1135 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACTAAACACGG------TTT----ATGGGTAGC--TATA---AATTGCAA--TTCCAAAA--T------G-AGGCCACAG-TG-ACCT-A-C-TTTTGG---GT-CACG-ACAC---A----------CC--TT-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--GCATCGACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGCG--------TCAAGATATGATC-C-G--GACA-----C----GATT-------T-G--TAC----ATGTAT----AGCC-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAATGAGGCCAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGNTCGCAACACACC---TTCCCT-------------T---------------------CTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCGC----A--G---T--G--AAAG-A-----TATGACCC-GGACAC---GAA---AAAGCTNACAGACGGAC-G---A--AGA-GGGAAAGC-CCATACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGC
gi|1 : ---AACTGCAA--TTCGAAAA--T------A-AGGCCACCG-TCCATCT-A-C-TTTTGG---GT-CATG-AAAC---A----------CC--TTAAACCCTA--C-CC---T-CA--------TC-CT--GCATTGACTGATTAGGT-TTGAT-GGTCC-T---A----GA-----T----CTCA----C--GGTGT---------TCAGTATATGATC-T-A--GACA-----C----GGTT--------------C----AT-----------C-----AT-TAA-----TTTT-C-AAAATGAGGCTAC-----AGTGAC-CT-AGTT-------TT-T--GATTTACAACACAAC---ATCCCT-------------
gi|1 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcCTAGACACGG------TTC----AT---------CATT---AAT-------TTTCAAAA--T------G-AGGCTACAG-TG-ACCT-AGT-TTTTGA---TT-TACA-ACAC---A----------AC--AT-----C----C-CT---CACA--------AG-AT--GCAACATCTGACCA-----TCAT-TGTTC-T---A----GG-----C----TTGA----G--A--GCA--------TTCAGACATGA-----G--TATA---------------------T-G--T------ATATAT----AGCC-----TT-AAA-----ATTT-C-Acacaagatgcaacatctgaccatcattgttctaggcttgagagcattcagacatgagtatatgtatatatagccttaaaatttcag
gi|10 : agtaaaatacactgctaaggtacatgatacacccatttggaacaagatatacttgatgcatattatatttgcatgcttgaagtcatgtgctacatgtatgtcactgtcaatgcaactgcaattcgaaaataaggccaccgtccatctacttttgggtcatgaaacaccttaaaccctaccctcatcctgcattgactgattaggtttgatggtcctagatctcacggtgttcagtatatgatTGATC-CTGTTGACA-----C----A------------G--CA-----ATGCAT----AGCC-----AT-GAA-----ATTC-C-AAAATGAGGC--T-----AGTAAC-CT-A--T-------TT-TG-GGGTCATGAC-CACT---CCCCCCACCCCCAGATACAT---------------------TTGA----------TGGT------CTT----GT--------GACTCGG----A--G---T----------------T----CCCAAGACAC---AAA---CTGGCTTAGAGATGGAC--------AGACAATAAAGC-CCAAACCATAA---TGCA--GC---CTGTC----CAAAGACAGACg
gi|11 : ctgtgaacaaatG-AT--GCATCAACAGATCGAGT-TCGAT-GATCA-C---A----GG-----C----CTCA----C--AGTATG---------GGATATATGATC-T-A--GAGA-----T----GATT--------------------------------------AT-GAG-----ATTC-T-GG---GAGGACAC-----AGTGAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTGCTATA--------TCAGTGGATGAGG-----T---------------------ATGA----------TAAT------TTT----TG--------GCCTCAC----GTTG---T--G--AAAGAA-----AATGACGC-AGACA-----AA---AAA
gi|12 : acTGTAA--T-CAAAAA--TATAATAG-AGACCACAGATG--CCT-A-T-ATTTGG---AT-TATG-ACAC---A----------CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T--GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GA-T-------T-GAATAT----ATGTtacaaa
gi|13 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgTGTAA--T-CAAAAA--TATAATAG-AGACCACAGATG--CCT-A-T-ATTTGG---AT-TATG-ACAC---A----------CC--TT----------C-CC---T-CG--------AG-AT--ACATGAGCTAAACAGGTAGCGA---GTCC-T---A----GG-----T----GTTA----CTTTGTG-G--------T--GGATATGGAC-T-G--AACA-----C----GATT-------G-A--TAT----ATGTccaaaacggg
gi|14 : catgtagctgcatgatgttttgaaggcgT-TTGAT-GGCCT-T---C----CG-----C----TTCA----C--AAT-----------T-----TATCATC-T-T--GACA-----C----AATT-------T-G--TAC----TTCAAC----AGCC-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAATGAAGCccaaaacggg
gi|14 : AGC--CATA---AA-----A--TTCCAAAA--T------G-AAGCT-TAT-TA---TT-A---TTTTGT---TT-TATATATAC---A----------A---TA-----C----C-CT---C-CA-------------------C--CTGACCAAGT-GTAAT-AGTTG-T---A----GG-----C----ATCA----T--AGTGTG---------CAAGAttattattattttgttttatatatacaataccctccacctgaccaagtgtaatagttgtaggcatcatagtgtgcaagactgggactcagt
gi|15 : tttgatggccttccgcttcacaatttatcatcttgacacaatttgtacttcaacATATGATA-C-A--GACA-----A----GATT-------T------C----CTGTAC----ACCC-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAATGAGGCCAC-----AGT-----T-A--C-------TT-TTGGGTTC-CAACACACCT--TTTCCT-------------TAATATGCACCAA---------TTGACTAAGTTTGCTGGT------CCT----AG--------GCCTCGC----A--G---T--GTCCAGG-A-----TATGATCT-GGACAC---AActgggactcagt
gi|15 : AA--TTCCAAAA--T------G-AGGCCACAG-T-----T-A-C-TTTTGG---GT-TCCA-ACAC---A----------CC--TT-----T----T-CC---T-TA--------AT-AT--GCACCAATTGACTAAGT-TTGCT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCG----C--AGTGT---------CCAGGATATGATC-T-G--GACA-----C----AATT-------C-G--TAT----Attcgtatactat
gi|16 : atatgatacagacaagatttcctgtacacccataa-A-C-TTTTGT---GT-CACT-ACAC---A----------CC--CT-----T----A-CC---C-CAG-------AG-AT--GCTGCAACTGACCAAGT-TTGAA-GACCCAT---A----TA-----C----CTCA----C--AAAGCA---------CAAGATATGATT-T-A--GGCAGAATGT----GATTGTG----T-G--TGCGAGTGTGTAT----ACTC-----AA-AAA-----ATTT-C-AGActat
gi|17 : TGA----------TAGT------CCTTAT-AA--------GCCCCAG----T--G---T--G--AAGA-A-----TATTAACA-GGACAT---GAA---AAAGCCGACAGATGGAC--------AGACGGGAAAAC-CAGTGCCATAA---Tggaag
gi|18 : acaatgtatagtatgaattaatagccaaaataaatttccaaatcacgct-------T-G--TAC------GTAT----AGTC-----AT-AAA-----ATTA-C-A------GGACAC-----AGTGAT-CT-A--T-------TT-TGGGGGTCACAACACACC---TT---T-------------T---------------------C--A----------AGGTGTACTACCTGACCAGATTTGATAGCCATGA----C--G---T--G--AAAG-ATAATGTATGACCA-GGACAT---GAA---AAGGCtat
gi|19 : g-CA--------AG-AT--CCATCAGCAGACCAGGA-ATGAC-AGTGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGCA---------CAAGATTTTATG-C-A--TGTA-----T----GATT-------T----TAC-----TGTAT-------------AT---------ATCCTC-AAAATGAGACCAC-----CATGAC-TT-A--TA------TT-T--G
gi|2 : cttAAAATAAACATAA------TTT----ATGAGTGACACTGTA---AATTGCAA--TTCCAAAT--T------G-AGTCCACAG-TG-ACCC-T-C-TTTTGG---CT-CACA-ACAC--------------CC--TT-----C----C-CT---C-CA--------AG-AT--GCAT-AACTGACCAAGT-TCGAT-GGTCC-T---A----GA-----C----CTCA----C--AGTGCGGGCTGTGCTCAAGATATGATC-C-A--CACA-----C----AATT-------T-G--TAC----ATGAAT----AGGC-----AT-AAA-----ATTC-C-AGAATGAGGCAAC-----AGTGAC-CT-A--C-------TT-T--GGTTTGCAACACTCC---TTTCCT-------------T---------------------CT---------------T------CTT----GG--------GCCTCAC----A--G---T-----AAAG-A-----TATGATCA-AGATAT---AAA---AAGGCTTACAGACGGAC-GGACA--AAC-AGGAAACC-CTGTATCATAA---TACA--AT---CTCTC----ATAAGAAGGGCcccccccccctccct
gi|20 : aaggcatcatccccaaaggtgatgttgttcatgcaaccctgaCA-ACCC---A----------CC--CT-----C----C-AT---C-CA--------AG-AT--GTATCAGCTGACAAAGT-TTGAT-GATTC-T---A----GG-----T----CTCA----C--TGTA-A--------TTAAGTTACAAGT-T-G--GACA-----CAAATGATCGCCATAAT-G--TAC----ATGTA
gi|21 : ccgcacccaccctccatctg----AG--------GCCTC-C----A--GGTAT--A--AAAA-G-----TACAACTT-GGACAC---AAG---AAAGCGTAT----GGAT-G---A--A------AAAGG-CCATACCTTAA---TTTG--GC---CTGTT-----AAAGAAGGGataag
gi|23 : aaatgcacaaactgaacagactcaatcatcatacACCAGGT-TTGAT-GGAGC-T---A----AG-----C----TTTA----C--TGTGCG-----------AAATACGATC-C-A--GAAA-----C----GATT-------T-G---AA----A---AT----AAC-----------A-----ATTA-C-AAAATGAGGTCAT-----GATGAC-CT-A--CT------TT-T--GGATCATAACACACC---Ttgtataa
gi|24 : cat-CACG-ACAC---C----------CC--TC-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGT---------TAAAGACATG-TCGC-A--TGTA-----C----GATC-------T-G--
gi|25 : AGGT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG---------CTTGATATAAAC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCT-----GT-AAATTTCCATTC-C-AAAATGAGGCCCC-----AGTGAT-CT-aaaaca
gi|26 : --------TTAAGATATAATT-T-G--GAAA-----C----CATT-------TCA--T-T----ATGCAC----AGCC-----AT-GTA-----ATTC-C-AAGATGAGGCCAT-----TGTGAC-CT-A--CATGCACATC-T--GGTCTGCAACACACC---TT
gi|27 : GT-TTGAT-GAAGC-T---A----GA-----C----CTTA----C--AGTGTG---------CATGATATGACC-T-G--GACA-----T----TATT-------------------ATGTAT----AGCT-----GT-AAACTTCCATTC-C-AAAATGAGGCCCC-----AGTGAT-CT-
gi|28 : g------CCA----AG--------GCATCAC----A--G---T--G--TGAA-A--------GACCC-TGACAC---AAA---AAAGCCAACAGACTGAC------------AGGAAAGC-C--TACAATAT---TTTAAGGT---CTGTC----TAAAGATGAGC
gi|29 : --AAAG-A-----TATGACCC-TGTCACTAAGAA---AAAGGTACCAGATGGAT-G-----------GGAAAGC-CTATACCATAA----ATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCatat
gi|3 : acaAGC--TGTC---AACTGCAA--TTTCAAAA--T------G-AGGCCATAG-TG-ACCC-A-C-TTTAGG---GT-CATG-CTAC---C----------CC--TT-----CCCCTC-CC---C-CACCTCCTCCAA-AT--GTATCAGCTGATCAAAT-TTAAT-GATCC----------GG-----------TAA----C--A------------------ATTTGA-----G--TACC-----C----CA---------T-G--TAC----AATTAT----AGCA-----AT--AA-----ATTC-C--AAATAAAGCTATTCTCAAATGAC---------------------------CAA-AAAGT---TT-----------------------------------------GA----------TCGT------CCT----AG--------GCCTCAA----A--A---TACA--AAAA-A-----TACAACCT-GGACAC---AGA---AAAGCTTACACACAGACAG---AC-AGACAGGAAAGT-CCCTACCATAA---TATA--GC---CTGTC----AAAAGATGGGatatcaaa
gi|30 : ataaagtgcactctaggctacatgacacgctcatctactactatatatatacatgatgcaaagctatgtttc--AAAG-A-----TATGACCC-TGTCAC---TAAGATAAAGCTACCAGATGGAT-G-----------GGAAAGC-CTATACCAT-A---TATA--AC---CTGAC----AGAGGATGGGCtgtgt
gi|31 : aca---A----------CC--TTA----C----C-TT---T-C----------G-AT--GCACCAACTGACCAAAT-TTGAT-GGTAGAT---A----GT-----G----CTTAGAATT--AGTGC---------TCAAGATTTGATT-C-G--GACA-----C----AAatatcaa
gi|32 : agtcaATGTGATT-C-G--AACA-----C----GATT-------T-GA-TA-----ATCTAT----AGCC-----ATTAAA-----ATTC-C-TAAATGAGTCCAC-----GGTGGT-CT-A--C-------TT-TC-GGGTCACAATACAC
gi|34 : cT-CACG-ACAC---------------C--CT-----C----C-CCAAAC-GA--------AT-AT--GCATCAACGGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---A----TG-----T----CTTA----C--AGTGg
gi|34 : t-------------T---------------------TTGA----------TGGT------CCT----AT--------GTCTTAC----A--G---T--GTTAAAG-A-----ttaaaga
gi|35 : ttcacgacaccctccccaaacgaatatgcatcaacggaccaagA--TTTCCAAA--T------C-AGGTCATGG-TG-ACCT-A-C-TTTTGA---TC-CATG-ATAC---AT---------CC--TT-----
gi|36 : aagtaagg-----C----GTTT-------T-A--TAC----ATG-------AACC-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAGTGATGCCAC-----AGTAAC-CT-A--C-------TT-T--GGt
gi|37 : ---AATTGCAA--TTCCAAAA--T------G-AGGTAACAT-TG-ACCC-A-T-TATTGG---GT-CACG-ATAggt
gi|38 : cagttGCC-----AA-AAA-----ATTC-C-AGAAGGAGGCTAC-----AGTGAC-CTAA--A-------TT-T--GGTTTG
gi|4 : --TATACTTAATTCAAA--TTAAAAAAATT------A-AGGTCATTA-TG-ACCTTA-CCTTTTGGACGGT--ACG-ACACTATA----------CC--TT--------------------A--------AT-ATTTATATTGACTGATTG-GT-TTGAT-TATCT-T---AACCGGG-----CTACCCTCA----C--ATTG-A--------T-AAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATAT----GGACAGCAAAT-CAA-----ATTC-C-AAAAGTTGGT--C-----AACCAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTATAACACACC---TTCC
gi|4 : aactacacataacctcacactgT----ATGGACAGC-----A---AATCA-AA--TTCCAAAA--G------T-TGGTCA--A-CC-ACCT-A-T-TTTTGG---AT-TATA-ACAC---A----------CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGTTTG--------CTA-------------G--GACA-----C----AACT-------C------------TGTAT----AGCC-----AT-TAA-----ATTC-CAAAAATGAGG-CAC-----AGTGACTCC-A----------TT-T--GGGTTGTGACACAaaccaagattcatccgcaggttgatggagtttgctaggacacaactctgtatagccattaaattccaaaaatgaggcacagtgactccatttgggttgtgacacaatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttaattcaaattaaaaaaattaaggtcattatgaccttaccttttggacggtacgacactataccttaatatttatattgactgattggtttgattatcttaaccgggctaccctcacattgataagatatgaccaagaaacaatttgactatataATT-CAA--TTAAAAAA--T------T-AGGTCATTA-TG-ACCT-A-C-CTTTGGAC-GG-TACG-ACACTATA----------CC--TT--------------------A--------AT-AT--TTATTGACTGATTAGGT-TTGAT-TATCT-T---ACC--GGGCTACC----CTCA----C--A-TGAT--------AAAAGATATGACC-A-A--GAAA-----C----AATT-------T-GACTAT----ATATATGGACAGCA-----AT-AAA-----ATTC-C-AAAAGTTGGTCAC--------CAC-CT-AT-T-------TT-T--GGATTATAACACACC---TTCCatcagtcaataaatataaaacaat
gi|5 : aactacacataacctcacactgtatacttT----ATGGACAGC--AATA---AA-----A--TTCCAAAA--G------T-TGGTCACC-----ACCT-A-T-TTTTGG---AT-TATA-ACAC---A----------CC--TT-----C----C-AA---C-CA--------AG-AT--TCATCCGC------AGG-TTGAT-GG------------------------------------AGT-----------------TATGCTA---G--GACA-----C----AATT---------------------GTAT----AGCC-----AT-TAA-----ATTC-C-AAAATGAGG-CAC-----AGTGAC-CT-C--CA------TT-T--GGGTTGTGACACATC---aaccaagattcatccgcaggttgatggagttatgctaggacacaattgtatagccattaaattccaaaatgaggcacagtgacctccatttgggttgtgacacatcagtcataaaatataaaacaat
gi|6 : aactacacataacctcacactgtatacttattcaattaaaaaattaggtcattatgacctacctttggacggtacgacactataccttaatatttattgactgattaggtttgattatcttaccgggctaccctcacatgataaaagatatgaccaagaaacaatttgactatataAAACATGG------TTTGTTTATGAATAGC--CATA---AA-----A--TTTCAAAA--T------G-AGGC-AGAG-TG-ACCT-A-T-TTTTGA---TT-CAAG-GCAC---A----------CC--TT-----C----A-CC---C-CA--------AG-AG--ACATCAACTGACCAAGT-TTGAT-GGTCC-T---T----GG-----C----ATCA----C--AGTGTG--------T-AAG--ATGACC-C-A--GACA-----A----GATA-------T-A--AAT----ATGCGT----AGCC-----AT-AAA-----ATTC-C-AGAAGGACGACAT-----GATGAA-C--A--A-------AA-T--GTAT--CAGCTGACC---ATGAAG-------------T---------------------TTTA----------TAGT------CCC----AG--------A--TCGCAATGA--G---T--G--AAAG-A-----TGTGATGC-GGACAC---GAA---AAAGCTAACATATGGAT-G---GACAGATGAGAAAGC-TGACACCCAAA---TACT--GCATACTGTCCATTAAAAGATGGagtcataaaatataaaacaat
gi|7 : taattc-ACAC---A----------CC--TT-----C----C-CT---C--A--------AG-AT--GCATTATCTGACCGGGT-TCGAT-GATCC-T---------------C----CTAA----C--AACAT---------TCAAGATATGATC-T-A--AACA-----C----AGTT-------T-G--T-T----ATATAT----AACC-----AC-AAC-----ATTC-C-AGAAGGAGATCAC-----AATGAA-CT-AT-T-------TT-T--GGTGTGCAAAACAACTAATTCCCC-------------TTGATGCATCGACTAGCCAAGTCTGA----------TGGT------CCT----AG--------GCCTCAC----AGTG---T--G--CGAG-A-----TATGATTC-GGACAT---AAA---A
gi|7 : CTAAACACAG------TTT----GT---TA----TATAT--AACCACAACATTCCAGAA--G------G-AGATCACAA-TG-AACT-A-T-TTTTGGT--GTGCAAA-ACA----A----------CTAATT-----C----C-CC---T-T----------G-AT--GCATCGACTAGCCAAGT-CTGAT-GGTCC-T---A----GG-----C----CTCA----C--AGTGTG---------CGAGATATGATT-C-G--GACA------------------------------------TAA----AACC-----AT--AA-----ATTC-C-TCCAGGAGGCCAT-----TGTGAC-CA-A--CT------TT-T--GGTTCACAACACACC---Tccataaattcctccaggaggccattgtgaccaacttttggttcacaacacacctagctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|7 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatAAC--CATA---AATTCC-----TCCAG-----------G-AGGCCATTG-TG-ACCA-A-C-TTTTGG---TT-CACA-ACAC---A----------CC--T-------------AG---C-TA--------AGTAT--GCAACAATT------GT-TTTAC-AGTTC-T---A----GG-----C----agctaagtatgcaacaattgttttacagttctaggcaacagacagaaggat
gi|8 : acacaccttccctcaagatgcattatctgaccgggttcgatgatcctcctaacaacattcaagatatgatctaaacacagtttgttatatataaccacaacattccagaaggagatcacaatgaactatttttggtgtgcaaaacaactaattccccttgatgcatcgactagccaagtctgatggtcctaggcctcacagtgtgcgagatatgattcggacataaGCAA--TATCAAAA--T------G-AGGCCACAG-TG-ACCT-G-C-TTTTGG---G--CACT-ACA----------------C--TG-----C----CACC---A-CA--------AG-AT--ATATTGAGTGACTAAGT-TTGATAGATTT-TAAAA----GG-----C----CTCA----C--ATTGTG--------aacagacagaaggat
gi|8 : AAG-A-----TGTGATCT-GGAAAT---GAA---AAAACTAACAAACAAAT-G---AG-AAA-GGCATAACACCATA--ATAACACTATAAGGC---ACATC----AAAAGATGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagatgtgatctggaaatgaaaaaactaacaaacaaatgagaaaggcataacaccataataacactataaggcacatcaaaagatggg
gi|9 : gcaatatcaaaatgaggccacagtgacctgcttttgggcactacactgccaccacaagatatattgagtgactaagtttgatagattttaaaaggcctcacattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACACGGCTTGACTTT----ATGTATAGT--CATAT--AATAGTA---TTCC-AAA--T------GAAGACCATGT-TT-ACA--A-G-TTTTGC---GT-TA-A-ATACCCTACCCCCCCCCCCC--CC-----C----C-CC---C-CA--------AG-AT--ACACCGGCTGACCAAGT----AT-GATAT-A---A----AG-----C----CTCG----C--AGTGC---------TCAAGATATGATC-C-A--GACA-----C----GACT------------TAA----ATATTC----GGCC-----AT-AAA-----GTTC-A-AAACTACGGATAA-----AGTAAC-CT-G--C-------TTAT--GGGTCCCAACAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATCAATAAAGGGCAGTGCTCAGGTCACGATACACTCGTCTGGAATATACACACACATGATGCATATCTATGTTTGCATAGTTGAAGTCACAACACGTGGTGCTGCAATTTACAACTACA
Unaligned ( gi|33 ): CTGAAGCTACATGTACATGATACATTCTATGTTTGCATATATACTCAGAATCACATGCTGTGATACTATGCAACATAC