lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2 333333333333 1111111 11111 11 111 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 11 11 1 33333333333333 1111111 2222222222 2
lowQualScore : 6 6666 3 77 3 77777 555 3 555 1 777 77 3 3 3 4444 666 6 3 3 2 666 55 000000000000 3 7777 4 66 66 4 4 5555555 11111 4 4 4 9999 00 4 4 333 9999 4 444 888 4 66 4 4 4 777 4 55 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 55 33 55 4 00 5 44444444444444 5 5 5 5 5555555 5 4 9999 6666666666 1 6
lowQualScore : . .... . .. . ..... ... . ... . ... .. . . . .... ... . . . . ... .. ............ . .... . .. .. . . ....... ..... . . . .... .. . . ... .... . ... ... . .. . . . ... . .. . .................................................... ............. .. .. .. . .. . .............. . . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 0 5555 1 33 1 77777 444 1 444 5 777 99 3 3 3 8888 444 2 3 3 2 444 00 999999999999 6 7777 4 11 66 4 4 1111111 11111 4 4 4 4444 66 4 4 999 4444 4 999 777 4 11 4 4 4 888 0 55 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 0000000000000 55 55 55 4 66 4 99999999999999 7 7 7 7 1111111 0 4 4444 9999999999 4 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAA-AAAAGT-ATTAC-AATA-----TGAA-----CTCC-GA-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGN--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--CA--T-------------TGTT-------------TTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAAAA-AGAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( gi|8 ) : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TCTA-AAAAGTC---GG--TC-T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAA-AAAAGT-ATTAC-AATA-----TAAA-----CTCC-GA-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-C-GAGT--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--TA----------------TGTT-------------TTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAATGGTAAAAAAAA-AAAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|4 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAA-A---GT-ATTAC-AATA-----TGAA-----CTCC-GA-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGA--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------TGAACATATTAATTA-AAA--TAAAT-------------TGTT-------------ATA--CA-AAA--AAT-AT--CAAAAAAAGGTAAGAAA
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G-TTCAGGAC-TAATCTT-AAAAGTC---GG--CC-T---TT-----C-GGT----CTCGGT-CA-GAG--AAAAT-AAA-GT-AT-AC-AATA-----TTGATCCTTCTGC-AC-TGGCGAT-TC----AA--T-AGTT-AGAGAA----T-A-TTGAGTAGTAT-TGT-GTA--C-AG-AGTT---AATGTA--T-TAACATGTTGAACGT---------------AAA--TT----------------TGTT-------------TTA--CC-AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAAAA-AAA--TACGCTTAGTAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGAC-CGAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCGAA-TTC
gi|19 : ataGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTtgatcgtggtactcggttcgatctgtgtcgggtctcggttgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|7 : atattcacttgaccttgGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCGGT-TTCA---C-TA-TCT---AAAGTC---GG--TC-TTG-T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAGAAAAAAA-AAAAGT-ATTAC-AAAA-----T-GA-----CTAC-GA-TGGCGAT-TC----AAGTT-TATT-A---AA----T-A-T-GA-T--TAT-TATTGTT--C-AGTA-TT---AAT-TA--TAT-------------T---------------AAAATTA----------------TGTT-------------TTA--C--AAA--AATAATG-CAAGAAAGGGT------AA-AAAAATACGCTT-TTAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|10 : GTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG---TTCA---CATA-TCTA-AAA-GTC---GG--TCTT---T------C-GGT----CCTCGTTCA-GAG---AAAA-AAAAGT-ATTAC-AATA-----TGAA-----CTCC-GA-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGA--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--CATGTTAAAATAATT---TGTT-------------TTA--C--AAA--AAT-TT--CAAGAAAGGGC-------A-AGAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG-TTCA---C-TA-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAAGTGATTACAAATA-----TGAA-----CTCC-GATTGGCGAT-TC----AGT-T-TATT-A---AA----T-ATT-GAGA--TAT-TATTGTG--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--CATATGGTAAAATTAAATTGTT-------------ATA--CCAAAA--AAT-AT--CAA-AAAGGGTAAGAAA
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCAGGATTCA---C-TA-TCTA-AAA-GTCCGAGG--TC-TCTTT------C-AGT----CTCGGTTCAGGAG--AAAAT-AAAAG--A-TAC--ATATTCTTTGAA-----TCCC-GA-TGGCGAT-TCCGCAAA--TATATT-ATG-AA----TCA-T-GAGT--TATGCATTGTT--CAAA-A-TT---AAT-TA--T-T-------------TGTAACAGTATATCTAAAA--TGAATT------------TGTT-------------TTGACC--AAACGAAT-ATCACAAGAAAGGGCAAAAGAAATACAGCTATGTTT-TTAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCATTTTT
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG-G-TCTT--C-GG-TT-CCCGG-TTCA---C-TG-TCTA-AAAAGTC---GG--TCTT---T------C-GGT----CTCGGTTCG-GA---ATAGC-AAAATT-GTTAT-Aaa
gi|15 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-TG-TCTA-AAAtttgtttaccaagagtgtttttttttaaaagattttttgtttaatatatttaacaatatagcatgttgaatttaaaacattgcaataaagcaaaacacaatggccttaaaaatattattttgcgtgattctaaaactgaatacagaaaattttgatttttgcaagttacgaataaaagatg
gi|6 : acTGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCGG--TTCA---C-TA-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-T---TTCTTTTC-GGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGA-AAAAAT-ATAAC-AATA-----TGAA-----CTCT-GA-TGGCGATGTC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGA--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--CATGTTTAAATAATT---TGTT-------------TTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAAGG-------AA-AGAAATACGCTT-TTAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCATTTT
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCGG--TTCA---CCTA-TCTATAAAAGTC---GGGGTC-T---T------CCGGT----CTCGGTTCA-GAG--AA----AAAAGT-ATTCA-AATA-----TGAA-----CTCCGGA-TGGCGAT-TC----AG--T-TATTAA---AA----T-A-T-GTAT--TAT-ATTTGTTTCC-GG-A-TTTAAAAT-TATTT-T-------------T---------------AAT--CT----------------TGTC-------------TTG--C--AAA--gaat
gi|17 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-Tt
gi|15 : -TG-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-----T------C-GGT----TCCGGT
gi|17 : acttttagacagtgaaccgggaccgaag-TG-TCTA-AAA-GTC---GG--TC-----T------C-GGT----CCCGGTTcac
gi|11 : agtgaaccgggaccgaaA-----CTCT-GA-TGGCGAT-TC----AA--T-TATT-A---AAATTAT-A-T-GAGT--TAT-TATTGTT--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------------T---------------AAA--CA----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAC--------TACGTTT-TTGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATAca
gi|14 : -TG--T-T-------------A---------------AAA--TAATT-------------TCTT-------------TTA--C--AAA--AAC-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAC--------TACGTTT-TTAAT-TA-GC-AAAATC----G-AAA-GAC-TGAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTa
gi|16 : a-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATAa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 11111 111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 11 333333333 1111111 2222222222
lowQualScore : 6666 2 66 2 77777 555 2 555 0 666 77 3 3 3 1111 555 6 3 3 7777 3 666 44444 88888888888888 7 7777 4 99 3 0 4 4 11111 4 55 4 4 8 4 8888 99 4 4 222 8888 4 4 4 6 4 777 4 99 4 4 4 777 3 55 3 1111111 3 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 22 55 4 99 777777777 5 5 5 5 7777777 4 4 8888 3333333333 0 5
lowQualScore : .... . .. . ..... ... . ... . ... .. . . . .... ... . . . .... . ... ..... .............. . .... . .. . . . . ..... . .. . . . . .... .. . . ... .... . . . . . ... . .. . . . ... . .. . ....... . ............................................... .. .. .. . .. ......... . . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 1111 9 88 9 11111 000 9 000 7 333 33 1 1 1 4444 444 2 3 3 6666 3 444 11111 44444444444444 3 7777 0 55 5 8 0 0 11111 4 55 0 0 0 0 5555 55 0 0 555 5555 0 0 0 3 0 000 0 55 0 0 0 000 6 00 6 8888888 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00 33 00 0 55 555555555 0 0 0 0 0000000 4 0 5555 9999999999 1 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAAAA-A-AAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( family-10905 ) : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAAAA-AGAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TCT--T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAGA-AAAAAAAAAGTGATTACAAATA-----T-GAAC--TCC-G-ATTGGCGAT-TC----AGT-T-TATT-A---AA----T-ATT-GAGATAT-TA---TTGT-G--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AACATATGGTAAAATTAA-A-----------------T------------TGTTATA--CCAAAA--AAT-AT--CAA-AAAGGGTAAGAAA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG---TTCA---CATA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CCTCGTTCA-GAG--AAAAAAAA-GT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-TT--CAAGAAAGGGCAA--------GAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|11 : AC--TCT-G-A-TGGCGAT-TC----AA--T-TATT-A---AAATTAT-A-T-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAC--------TACGTTT-TTGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCGAA-TTC----T-GA-TCGT-G--GTA-CTC---GGTTCGATC---TGTGT------CGGGT----CTCGGTTa
gi|14 : ata-TG--T-T-------AA-AAT----------------AAT---------------T------------TCTTTTA--C--AAA--AAC-AT--CAAGAAAGGGTAAA--------AACTACGTTT-TTAAT-TA-GC-AAAATC----G--AAAGAC-TGAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|15 : aGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-TG-TC-T-A--AAA-GT
gi|16 : -CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|17 : TGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-Ta
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATA
gi|19 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTa
gi|2 : atattcacttgaccttgGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCAGGATTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTCCGAGG-----TCTCTT---T------C-AGT----CTCGGTTCAGGAG--AAAATAAAAG--A-TAC--ATATTCTTT-GAAT--CCC-G-A-TGGCGAT-TCCGCAAA--TATATT-ATG-AA----TCA-T-GAGTTATGCA---TTGT-T--CAAA-A-TT---AAT-TA--T-T-------TGTAAC----------------AGTATATCTAAAATGAATT------------TGTTTTGACC--AAACGAAT-ATCACAAGAAAGGGCAAAAGAAATACAGCTATGTTT-TTAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCA-TTTTTAA
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCGG--TTCA---CCTA-TC-T-ATAAAA-GTC---GGGG---TC---T---T------CCGGT----CTCGGTTCA-GAG-----AAAAAAGT-ATTCA-AATA-----T-GAAC--TCCGG-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATTAA---AA----T-A-T-G---TAT-TATATTTGT-TTCC-GG-A-TTTAAAAT-TATTT-T-------TA-ATC----------------------------------T------------TGTCTTG--C--AAA--
gi|4 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAA---AAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TG-AACATATTAATTAAAATAAA-----------------T------------TGTTATA--CA-AAA--AAT-AT--CAAAAAAAGGTAAGAAAt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G-TTCAGGAC-TAATC-TTA--AAA-GTC---GG-----CC---T---TT-----C-GGT----CTCGGT-CA-GAG--AAAATAAA-GT-AT-AC-AATA-----TTGATCCTTCT-GCACTGGCGAT-TC----AA--T-AGTT-AGAGAA----T-A-TTGAG-TAG-TA---TTGTGTA-C-AG-AGTT---AATGTA--T-TAACATGTTG-AAC----------------G-----------------TAAATT-------TGTTTTA--CC-AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAAAAAA-A--AATACGCTTAGTAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGAC-CGAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|6 : TGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TTCTTTTC-GGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGAAAAAAT-ATAAC-AATA-----T-GAAC--TCT-G-A-TGGCGATGTC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------ATGTTTAAATAAT-----T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAAGG-------AA-AGAAATACGCTT-TTAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCA-TTTTGAAT
gi|7 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCGGT-TTCA---C-TA-TC-T----AAA-GTC---GG-----TC---TTG-T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAGAAAAAAAAAAAGT-ATTAC-AAAA-----T-G-AC--TAC-G-A-TGGCGAT-TC----AAGTT-TATT-A---AA----T-A-T-GA-TTAT-TA---TTGT-T--C-AGTA-TT---AAT-TA--TAT-------TA-AA-----------------A-----------------TTA----------TGTTTTA--C--AAA--AATAATG-CAAGAAAGGGTAAAA-------AAATACGCTT-TTAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|8 : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAAGTC---GG-----TC---T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-AAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-C-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAT----------------A------------------------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAATGGTAAAAAAAA-AAAAATACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG-G-TCTT--C-GG-TT-CCCGG-TTCA---C-TG-TC-TAA--AAA-GTC---GG-----TCT--T---T------C-GGT----CTCGGTTCG-GA---ATAGCAAAATT-GTTAT-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111 22222222222222 11111 111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 11 1111 1111111 2222222222
lowQualScore : 6666 2 66 2 77777 555 2 555 0 666 77 3 3 3 1111 555 6 3 3 7777 3 666 44444 88888888888888 7 7777 4 55 3 44 4 4 11111 4 55 4 4 4 4 4 8888 55 4 4 4 222 8888 4 8 6 4 777 4 99 4 4 4 777 3 55 3 1111111 3 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 22 55 4 99 3333 3 2 66 5 5 5 5 7777777 4 4 8888 3333333333 0 5
lowQualScore : .... . .. . ..... ... . ... . ... .. . . . .... ... . . . .... . ... ..... .............. . .... . .. . .. . . ..... . .. . . . . . .... .. . . . ... .... . . . . ... . .. . . . ... . .. . ....... . ............................................... .. .. .. . .. .... . . .. . . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 1111 9 88 9 11111 000 9 000 7 333 33 1 1 1 4444 444 2 3 3 6666 3 444 11111 44444444444444 3 7777 0 55 5 88 0 4 11111 4 55 0 0 0 0 0 5555 55 0 0 0 555 5555 0 0 3 0 000 0 55 0 0 0 000 6 00 6 8888888 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00 33 00 0 55 0000 2 1 99 0 0 0 0 0000000 4 0 5555 9999999999 1 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAA-GT-ATTACAA-TA-----T-GAAC--TCC-G-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AT-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( family-10905 ) : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAA-GT-ATTACAA-TA-----T-GAAC--TCC-G-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AT-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAAAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAAGTGATTACAAATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TTGGCGAT-TC----AG--T-TTATT-A---AA----T-ATTGAGATAT-TA---TTGT-G--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AACATATGGTAAAATTAA-A-----------------T------------TGTTATA--CCAAAA--AAT-AT--CAA-AAAGGGT-AAGAAA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG---TTCA---CATA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CCTCGTTCA-GAG--AAAAAAAA--GT-ATTACAA-TA-----T-GAAC--TCC-G-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AT-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-TT--CAAGAAAGGGC-AAGAAA--------TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|11 : AC--TCT-G-A-T-GGCGAT-TC----AA--T-T-ATT-A---AAATTAT-AT-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAAAAC--------TACGTTT-TTGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCGAA-TTC----T-GA-TCGT-G--GTA-CTC---GGTTCGATC---TGTGT------CGGGT----CTCGGTTa
gi|14 : ata-TG--T-T-------AA-AAT----------------AAT---------------T------------TCTTTTA--C--AAA--AAC-AT--CAAGAAAGGGT-------AAAAAC--TACGTTT-TTAAT-TA-GC-AAAATC----G--AAAGAC-TGAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|15 : aGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-TG-TC-T-A--AAA-GT
gi|16 : -CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|17 : TGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-Ta
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATA
gi|19 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTa
gi|2 : atattcacttgaccttgGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCAGGATTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTCCGAGG-----TCTCTT---T------C-AGT----CTCGGTTCAGGAG--AAAATAAAA-G--A-TAC-A-TATTCTTT-GAAT--CCC-G-A-T-GGCGAT-TCCGCAAA--TAT-ATT-ATG-AA----TCAT-GAGTTATGCA---TTGT-T--CAAA-A-TT---AAT-TA--T-T-------TGTAAC----------------AGTATATCTAAAATGAATT------------TGTTTTGACC--AAACGAAT-ATCACAAGAAAGGGC-AAAAGAAATACAGCTATGTTT-TTAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCA-TTTTTAA
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCGG--TTCA---CCTA-TC-T-ATAAAA-GTC---GGGG---TC---T---T------CCGGT----CTCGGTTCA-GAG-----AAAAAA-GT-ATTCAAA-TA-----T-GAAC--TCCGG-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATTAA---AA----T-AT-G---TAT-TATATTTGT-TTCC-GG-A-TTTAAAAT-TATTT-T-------TA-ATC----------------------------------T------------TGTCTTG--C--AAA--
gi|4 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TT-----C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAA---AA-GT-ATTACAA-TA-----T-GAAC--TCC-G-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AT-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TG-AACATATTAATTAAAATAAA-----------------T------------TGTTATA--CA-AAA--AAT-AT--CAAAAAAAGGT-AAGAAAt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G-TTCAGGAC-TAATC-TTA--AAA-GTC---GG-----CC---T---TT-----C-GGT----CTCGGT-CA-GAG--AAAATAAA--GT-AT-ACAA-TA-----TTGATCCTTCT-GCACT-GGCGAT-TC----AA--T-A-GTT-AGAGAA----T-ATTGAG-TAG-TA---TTGTGTA-C-AG-AGTT---AATGTA--T-TAACATGTTG-AAC----------------G-----------------TAAATT-------TGTTTTA--CC-AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT--AAAAAAAAAAA--TACGCTTAGTAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGAC-CGAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|6 : TGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAA-GTC---GG-----TC---T---TTCTTTTC-GGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGAAAAA-AT-ATAACAA-TA-----T-GAAC--TCT-G-A-T-GGCGATGTC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AT-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------ATGTTTAAATAAT-----T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAAGG-------AAAGAAA--TACGCTT-TTAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCA-TTTTGAAT
gi|7 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCGGT-TTCA---C-TA-TC-T----AAA-GTC---GG-----TC---TTG-T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAGAAAAAAAAAAA-GT-ATTACAA-AA-----T-G-AC--TAC-G-A-T-GGCGAT-TC----AAGTT-T-ATT-A---AA----T-AT-GA-TTAT-TA---TTGT-T--C-AGTA-TT---AAT-TA--TAT-------TA-AA-----------------A-----------------TTA----------TGTTTTA--C--AAA--AATAATG-CAAGAAAGGGT------AAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|8 : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAAGTC---GG-----TC---T---T------C-GGT----CTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAA-GT-ATTACAA-TA-----T-AAAC--TCC-G-A-T-GGCGAT-TC----AG--T-T-ATT-A---AA----T-AC-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAT----------------A------------------------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAATGGTAAAAAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG-G-TCTT--C-GG-TT-CCCGG-TTCA---C-TG-TC-TAA--AAA-GTC---GG-----TCT--T---T------C-GGT----CTCGGTTCG-GA---ATAGCAAAA-TT-GTTATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 11111 111 111111 11111 111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 11 222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 6666 2 66 2 77777 555 2 555 666 77 3 3 3 1111 555 6 3 3 0000 666 44444 111 3 000000 666 4 99 3 0 4 4 11111 4 55 4 4 8 4 8888 99 4 4 222 8888 4 4 4 6 4 777 4 99 4 4 4 777 3 55 3 1111111 3 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 22 55 4 99 666666 66 5 5 5 5 7777777 4 4 8888 3333333333 0 5
lowQualScore : .... . .. . ..... ... . ... ... .. . . . .... ... . . . .... ... ..... ... . ...... ... . .. . . . . ..... . .. . . . . .... .. . . ... .... . . . . . ... . .. . . . ... . .. . ....... . ............................................... .. .. .. . .. ...... .. . . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 1111 9 88 9 11111 000 9 000 333 33 1 1 1 4444 444 2 3 3 9999 444 11111 444 6 555555 444 0 55 5 8 0 0 11111 4 55 0 0 0 0 5555 55 0 0 555 5555 0 0 0 3 0 000 0 55 0 0 0 000 6 00 6 8888888 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00 33 00 0 55 111111 99 0 0 0 0 0000000 4 0 5555 9999999999 1 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( family-10905 ) : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAGA-AAAAAAAAAGTGATTACAAATA-----T-GAAC--TCC-G-ATTGGCGAT-TC----AGT-T-TATT-A---AA----T-ATT-GAGATAT-TA---TTGT-G--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AACATATGGTAAAATTAA-A-----------------T------------TGTTATA--CCAAAA--AAT-AT--CAA-AAAGGGT-AAGAAA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG---TTCA---CATA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCCTCGTTCA-GAG--AAAAAAAA-GT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-TT--CAAGAAAGGGC-AAG------AAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|11 : AC--TCT-G-A-TGGCGAT-TC----AA--T-TATT-A---AAATTAT-A-T-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AA------AAAC--TACGTTT-TTGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCGAA-TTC----T-GA-TCGT-G--GTACTC---GGTTCGATCTGTGT-CG------G---GTCTCGGTTa
gi|14 : ata-TG--T-T-------AA-AAT----------------AAT---------------T------------TCTTTTA--C--AAA--AAC-AT--CAAGAAAGGGT-------AAAAAC--TACGTTT-TTAAT-TA-GC-AAAATC----G--AAAGAC-TGAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|15 : aGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-TG-TC-T-A--AAAGT
gi|16 : -CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|17 : TGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-Ta
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATA
gi|19 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTa
gi|2 : atattcacttgaccttgGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCAGGATTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTCCGAGG-----TCTCT-T-TC------A---GTCTCGGTTCAGGAG--AAAATAAAAG--A-TAC--ATATTCTTT-GAAT--CCC-G-A-TGGCGAT-TCCGCAAA--TATATT-ATG-AA----TCA-T-GAGTTATGCA---TTGT-T--CAAA-A-TT---AAT-TA--T-T-------TGTAAC----------------AGTATATCTAAAATGAATT------------TGTTTTGACC--AAACGAAT-ATCACAAGAAAGGGC-AAAAGAAATACAGCTATGTTT-TTAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCA-TTTTTAA
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCGG--TTCA---CCTA-TC-T-ATAAAAGTC---GGGG---TCT---T-CC------G---GTCTCGGTTCA-GAG-----AAAAAAGT-ATTCA-AATA-----T-GAAC--TCCGG-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATTAA---AA----T-A-T-G---TAT-TATATTTGT-TTCC-GG-A-TTTAAAAT-TATTT-T-------TA-ATC----------------------------------T------------TGTCTTG--C--AAA--
gi|4 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAA---AAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TG-AACATATTAATTAAAATAAA-----------------T------------TGTTATA--CA-AAA--AAT-AT--CAAAAAAAGGT-AAGAAAt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G-TTCAGGAC-TAATC-TTA--AAAGTC---GG-----CCT---T-TC------G---GTCTCGGT-CA-GAG--AAAATAAA-GT-AT-AC-AATA-----TTGATCCTTCT-GCACTGGCGAT-TC----AA--T-AGTT-AGAGAA----T-A-TTGAG-TAG-TA---TTGTGTA-C-AG-AGTT---AATGTA--T-TAACATGTTG-AAC----------------G-----------------TAAATT-------TGTTTTA--CC-AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AA-AAAAAAAAA--TACGCTTAGTAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGAC-CGAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|6 : TGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TCTTTTCGGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGAAAAAAT-ATAAC-AATA-----T-GAAC--TCT-G-A-TGGCGATGTC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------ATGTTTAAATAAT-----T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAAGG-------AAAGAAA--TACGCTT-TTAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCA-TTTTGAAT
gi|7 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCGGT-TTCA---C-TA-TC-T----AAAGTC---GG-----TCT---TGTC------G---GTCTCGGTTCA-GAGAAAAAAAAAAAGT-ATTAC-AAAA-----T-G-AC--TAC-G-A-TGGCGAT-TC----AAGTT-TATT-A---AA----T-A-T-GA-TTAT-TA---TTGT-T--C-AGTA-TT---AAT-TA--TAT-------TA-AA-----------------A-----------------TTA----------TGTTTTA--C--AAA--AATAATG-CAAGAAAGGGT------AAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|8 : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-TAA--AAAGTC---GG-----TC----T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-AAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-C-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAT----------------A------------------------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAATGGTAAAAAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC----GTTCCG-G-TCTT--C-GG-TT-CCCGG-TTCA---C-TG-TC-TAA--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCG-GA---ATAGCAAAATT-GTTAT-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111 11111 111 111111 11111 111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 11 222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 6666 2 66 2 77777 555 2 555 666 77 3 3 3 1111 555 6 3 3 0000 666 44444 111 3 000000 666 4 99 3 0 4 4 11111 4 55 4 4 8 4 8888 99 4 4 222 8888 4 4 4 6 4 777 4 99 4 4 4 777 3 55 3 1111111 3 99999999999999999999999999999999999999999999999 55 22 55 4 99 666666 66 5 5 5 5 7777777 4 4 8888 3333333333 0 5
lowQualScore : .... . .. . ..... ... . ... ... .. . . . .... ... . . . .... ... ..... ... . ...... ... . .. . . . . ..... . .. . . . . .... .. . . ... .... . . . . . ... . .. . . . ... . .. . ....... . ............................................... .. .. .. . .. ...... .. . . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 1111 9 88 9 11111 000 9 000 333 33 1 1 1 4444 444 2 3 3 9999 444 11111 444 6 555555 444 0 55 5 8 0 0 11111 4 55 0 0 0 0 5555 55 0 0 555 5555 0 0 0 3 0 000 0 55 0 0 0 000 6 00 6 8888888 6 55555555555555555555555555555555555555555555555 00 33 00 0 55 111111 99 0 0 0 0 0000000 4 0 5555 9999999999 1 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( family-10905 ) : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAGA-AAAAAAAAAGTGATTACAAATA-----T-GAAC--TCC-G-ATTGGCGAT-TC----AGT-T-TATT-A---AA----T-ATT-GAGATAT-TA---TTGT-G--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AACATATGGTAAAATTAA-A-----------------T------------TGTTATA--CCAAAA--AAT-AT--CAA-AAAGGGT-AAGAAA
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG---TTCA---CATA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCCTCGTTCA-GAG--AAAAAAAA-GT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-TT--CAAGAAAGGGC-AAG------AAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|11 : AC--TCT-G-A-TGGCGAT-TC----AA--T-TATT-A---AAATTAT-A-T-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------TGTTAAAATAATTTGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AA------AAAC--TACGTTT-TTGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCGAA-TTC----T-GA-TCGT-G--GTACTC---GGTTCGATCTGTGT-CG------G---GTCTCGGTTa
gi|14 : ata-TG--T-T-------AA-AAT----------------AAT---------------T------------TCTTTTA--C--AAA--AAC-AT--CAAGAAAGGGT-------AAAAAC--TACGTTT-TTAAT-TA-GC-AAAATC----G--AAAGAC-TGAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|15 : aGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-TG-TC-T-A--AAAGT
gi|16 : -CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|17 : TGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CC-GG-TTCA---C-Ta
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATA
gi|19 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTa
gi|2 : atattcacttgaccttgGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCAGGATTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTCCGAGG-----TCTCT-T-TC------A---GTCTCGGTTCAGGAG--AAAATAAAAG--A-TAC--ATATTCTTT-GAAT--CCC-G-A-TGGCGAT-TCCGCAAA--TATATT-ATG-AA----TCA-T-GAGTTATGCA---TTGT-T--CAAA-A-TT---AAT-TA--T-T-------TGTAAC----------------AGTATATCTAAAATGAATT------------TGTTTTGACC--AAACGAAT-ATCACAAGAAAGGGC-AAAAGAAATACAGCTATGTTT-TTAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCA-TTTTTAA
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCGG--TTCA---CCTA-TC-T-ATAAAAGTC---GGGG---TCT---T-CC------G---GTCTCGGTTCA-GAG-----AAAAAAGT-ATTCA-AATA-----T-GAAC--TCCGG-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATTAA---AA----T-A-T-G---TAT-TATATTTGT-TTCC-GG-A-TTTAAAAT-TATTT-T-------TA-ATC----------------------------------T------------TGTCTTG--C--AAA--
gi|4 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAA---AAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TG-AACATATTAATTAAAATAAA-----------------T------------TGTTATA--CA-AAA--AAT-AT--CAAAAAAAGGT-AAGAAAt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G-TTCAGGAC-TAATC-TTA--AAAGTC---GG-----CCT---T-TC------G---GTCTCGGT-CA-GAG--AAAATAAA-GT-AT-AC-AATA-----TTGATCCTTCT-GCACTGGCGAT-TC----AA--T-AGTT-AGAGAA----T-A-TTGAG-TAG-TA---TTGTGTA-C-AG-AGTT---AATGTA--T-TAACATGTTG-AAC----------------G-----------------TAAATT-------TGTTTTA--CC-AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AA-AAAAAAAAA--TACGCTTAGTAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGAC-CGAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|6 : TGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TCTTTTCGGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGAAAAAAT-ATAAC-AATA-----T-GAAC--TCT-G-A-TGGCGATGTC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------ATGTTTAAATAAT-----T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAAGG-------AAAGAAA--TACGCTT-TTAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCA-TTTTGAAT
gi|7 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCGGT-TTCA---C-TA-TC-T----AAAGTC---GG-----TCT---TGTC------G---GTCTCGGTTCA-GAGAAAAAAAAAAAGT-ATTAC-AAAA-----T-G-AC--TAC-G-A-TGGCGAT-TC----AAGTT-TATT-A---AA----T-A-T-GA-TTAT-TA---TTGT-T--C-AGTA-TT---AAT-TA--TAT-------TA-AA-----------------A-----------------TTA----------TGTTTTA--C--AAA--AATAATG-CAAGAAAGGGT------AAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|8 : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-TAA--AAAGTC---GG-----TC----T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-AAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-C-GAGTTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAT----------------A------------------------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAATGGTAAAAAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC----GTTCCG-G-TCTT--C-GG-TT-CCCGG-TTCA---C-TG-TC-TAA--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCG-GA---ATAGCAAAATT-GTTAT-A
blockSeqs : GGTC A TA T TAGAT ATC . TAA TA TT . C G AGGA GGA A A G ATA CGA TTCGA GTG G TTTTCG TTC G AA A . . TTCTT T CT G C C G CGCA GT A A GAG ATTA C . T A G TAT G TC A T G TAA G TT A AACATGT T AGTATATCTAAAATGAATT AC A CG A CA AAAAAA GC A G C T TGGAAA G C AAAG A T
blockSeqs : . . T . . . . . A A . . . GAA . C . . TA . GG CT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . TG . . . . T . . . A . . . . . . . . . ATATTAATTAAAATAAAT . C . . G AAAAG . . . . . GAA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GGT . . . . AA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . ATGTTAAAATAATT . . . . . AAGAA . . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GGG . . . . AA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . ATGTTAAAATAATT . . . . . AAAA . . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . CGG . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . ATGTTTAAATAATT . . . . . AAG . . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GG . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GTAAATT . . . . . AA . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GG . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AATT . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GG . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GG . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . GG . . . . A . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : G** GG** ** ** ATATTAAATAATT********************************** ** AAAA** GA***** **********
originalCons : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCGGG-TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AAC----------------A-----------------T------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGT-AAGAAAAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
finalCons : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCGG--TCTT--C-GG-TC-CCGG--TTCA---C-TA-TC-T-A--AAAGTC---GG-----TCT---T-TC------G---GTCTCGGTTCA-GAG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATA-----T-GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--C-AG-A-TT---AAT-TA--T-T-------TA-AACATATTAAATAATT----------------------------------TGTTTTA--C--AAA--AAT-AT--CAAGAAAGGGTAAAA--AAAAAAA--TACGCTT-TTAAT-TA-GC-AAAACCGA-----AAAGAC-CGAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 1111 11111111 111 11111 111 222222222222222222222222 11 22222222222222222222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 6666 2 66 2 77777 555 2 555 666 77 3 6 3 3 11 555 6 3 1111 777 55 11111111 4 8888 4 000 3 4 3 4 44444 55 3 3 7 3 99999999 3 3 111 7777 3 3 3 5 3 666 9999 3 7 666 7 66 999999999999999999999999 0 3 44 44 11 44 3 88 55 22222222222222222222222 4 9999 4 4 8 8888888 4 3 7777 1111111111 0 5
lowQualScore : .... . .. . ..... ... . ... ... .. . . . . .. ... . . .... ... .. ........ . .... . ... . . . . ..... .. . . . . ........ . . ... .... . . . . . ... .... . . ... . .. ........................ . . .. .. .. .. . .. .. ....................... . .... . . . ....... . . .... .......... . .
lowQualScore : 1111 9 88 9 11111 000 9 000 333 33 1 2 1 1 22 888 7 6 4444 000 55 44444444 0 5555 0 333 5 0 4 0 00000 00 6 6 3 6 99999999 6 6 444 7777 6 6 6 8 6 444 9999 6 3 444 3 22 333333333333333333333333 6 3 66 66 22 66 6 66 00 88888888888888888888888 4 4444 4 4 9 4444444 0 6 7777 5555555555 1 0
consensus : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCG-G--TTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCTCGGTTCAG-AG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATAT-----GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TG-T--T-----AAA--T---AATT-TG--TTTTA--C--AAA--AAT-AT--CA--AGAAAGGGT--AAAA---AA-------AA---AAATACGCTT-T----TAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
Reference ( family-10905 ) : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCG-G--TTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCTCGGTTCAG-AG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATAT-----GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGNTAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TA-T--T-----AAA--T---AATT-TG--TTTTA--C--AAA--AAT-AT--CA--AGAAAGGGT--AAAA---AA-------AA---AAATACGCTT-T----TAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCG-TTTTTAATA
gi|1 : GTGTGT----C-T--AAAA-GGC-----G---GTTCTC---G-TTCCG-GCTCTT--CTGG-TC-CCGCG--TTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCTCGGTTCAG-AGA-AAAAAAAAAGTGATTACAAATAT-----GAAC--TCC-G-ATTGGCGAT-TC----AGT-T-TATT-A---AA----T-ATT-GAGATAT-TA---TTGT-G--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TA-TGGT-----AAAATT---AAAT-TG--TTATA--CCAAAA--AAT-AT--CA--A-AAAGGGT--AAGA---AA-------
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttatttacagtgtagaaaatgacGTGTGT----CAT--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---G-TTCCG---TCTT--C-GG-TC-TCG----TTCA---CATA-TCT-A--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCCTCGTTCAG-AG--AAAA-AAAAGT-ATTAC-AATAT-----GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TG-T--TA----AAA--T---AATT-TG--TTTTA--C--AAA--AAT-TT--CA--AGAAAGGGC----------A-------AG---AAATACGCTT-T----TAAT-TA-GC-AGAACC----G--AAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCT
gi|11 : AC--TCT-G-A-TGGCGAT-TC----AA--T-TATT-A---AAATTAT-A-T-GAGTTAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TG-T--T-----AAAA-T---AATT-TG--TTTTA--C--AAA--AAT-AT--CA--AGAAAGGGT--AAAA---AC---------------TACGTTT-T----TGAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGACC-GAA-GTAAAC----TTCATTGCTATTTTGCCGAAATTTGCGGTTTCGGTTCTG-TTTTTAATA
gi|12 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-A-TC----C-GT-TT-CCG-a
gi|14 : ataA---TG-T--T-----AAAA-T---AATT-TC--TTTTA--C--AAA--AAC-AT--CA--AGAAAGGGT----------A-------AA---AACTACGTTT-T----TAAT-TA-GC-AAAATC----G--AAAGACT-GAG-GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCTGTaattctgatcgtggtactcggttcgatctgtgtcgggtctcggttgcggaatgcaaaattggatgaatatatgtttaccaagagtgttttttttaaaaagattttttgctttatatattacacacatgataagcagtttgaat
gi|15 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCG-G--TTCA---C-TG-TCT-A--AAAGT
gi|16 : C-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTGCGGCTCCG-TTTTTAATA
gi|17 : TGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTCCCG-G-TTTT--C-GG-TC-CCG-G--TTCA---C-Ta
gi|18 : -GTAAAC----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCAGTTCCA-TTTTTAATA
gi|19 : GGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTa
gi|2 : atattcacttgaccttgGTGTGTGGTCC-T--AAAA-GTCTAGATGATCGT-CTCTAAGGTTCCGTA-CTTT--C-GGCTC-TCA-GGATTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTCCGAGG--TC-----TCTT-TCA----GTCTCGGTTCAGGAG--AAAATAAAAG--AT-AC-A-TATTCTTTGAAT--CCC-G-A-TGGCGAT-TCCGCAAA--TATATT-ATG-AA----TCA-T-GAGTTATGCA---TTGT-T--CAA-AATT---AAT-TATTTGTAACAGTATA-T--CTA---AAA--TG--AATT-TG--TTTTGACC--AAACGAAT-AT--CACAAGAAAGGGC--AAAA---GA-------AATACAGCTATGTTT-T----TAATGTA-GC-AAAACCTGGAA-AAAAAACGAGAG-GTAAAAAAAGTTCATTGCGATA---------TTTGCGGTTTCGGTTCCA-TTTTTAA
gi|3 : TGTGT----C-CTAAAAA-GTC-----G----T-CTC---TGTTCCG-G-TTTTTTC-GG-TC-CCG-G--TTCA---CCTA-TCT-ATAAAAGTC---GGGGTC-----T--T-CCG----GTCTCGGTTCAG-AG-----AAAAAAGT-ATTCA-AATAT-----GAAC--TCCGG-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATTAA---AA----T-A-T-G---TAT-TATATTTGT-TTCCGG-A-TTTAAAAT-TATTT------------T--T------AA--T-----CT-TG--TCTTG--C--AAA--
gi|4 : aaatagaaaagaaaattgaaagaatgtgtaaaaaaaaaaaaaaaataatgtaaaggctattgatgatagcatttcatttattttttaaattgttcatcaaacaggacgctggggaaaaaaatcacttgtcaacttttagaattcgaaaaaaatctggaaaaGGTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCG-G--TTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCTCGGTTCAG-AG-----AAAAAAGT-ATTAC-AATAT-----GAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTG-AACA---TA-T--TAATTAAAA--T---AAAT-TG--TTATA--CA-AAA--AAT-AT--CA--AAAAAAGGT--AAGA---AA-------t
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtgtagaaaatgacGGTGTGT----C-TT-AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GG--CCG---TCTTA-C-GG-CT-C---G--TTCAGGAC-TAATCTTA--AAAGTC---GG--CC-----T--T-TCG----GTCTCGGT-CAG-AG--AAAATAAA-GT-AT-AC-AATATT----GATCCTTCT-GCACTGGCGAT-TC----AA--T-AGTT-AGAGAA----T-A-TTGAG-TAG-TA---TTGTGTA-CAG-AGTT---AATGTATT---AACA---TG-T--T-----GAA--CGTAAATT-TG--TTTTA--CC-AAA--AAT-AT--CA--AGAAAGGGT--AAAA---AA-------AA---AAATACGCTTAG----TAAT-TA-GC-AAAACC----G--AAAGACC-GAACATAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTACGCTTCCG-TTTTTAATA
gi|6 : TGTGT----C-T--TAACTGTC-----G---GT-CTT---GGTTCCG-G-TCTT--C-AG-TT-TCG-G--TTCA---C-TA-TCT-A--AAAGTC---GG--TCTTTCTT--T-TCGGTTCGTCTGGGTTCA------AAAGAAAAAAT-ATAAC-AATAT-----GAAC--TCT-G-A-TGGCGATGTC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-T-GAGATAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AACA---TGTT--T-----AAA--T---AATT-TG--TTTTA--C--AAA--AAT-AT--CA--AGAAAAGG----------AA-------AG---AAATACGCTT-T----TAAT-TACGC-AGAACC----G-AAAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTA------------TTGCAGTTTCTGTTCCA-TTTTGAAT
gi|7 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TCGCCG-GT-TTCA---C-TA-TCT----AAAGTC---GG--TC-----T--TGTCG----GTCTCGGTTCAG-AGAAAAAAAAAAAGT-ATTAC-AAAAT-----G-AC--TAC-G-A-TGGCGAT-TC----AAGTT-TATT-A---AA----T-A-T-GA-TTAT-TA---TTGT-T--CAGTA-TT---AAT-T---------A---TA-T--T-----AA-------AATTATG--TTTTA--C--AAA--AATAATG-CA--AGAAAGGGT---------AA-------AA---AAATACGCTT-T----TAAT-TA-GCTAAAACC----GAAAAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGC-GTTTCGGTTCCG-TTTTTAAT
gi|8 : GGTATGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC---GGTTCCG-G-TCTT--C-GG-TC-CCG-GG-TTCA---C-TA-TCTAA--AAAGTC---GG--TC--------T-TCG----GTCTCGGTTCAG-AG--AAAAAAAAAGT-ATTAC-AATAT-----AAAC--TCC-G-A-TGGCGAT-TC----AG--T-TATT-A---AA----T-A-C-GAGTTAT-TA---TTGT-T--CAG-A-TT---AAT-TATTTA-AATA-----------------------------TG--TTTTA--C--AAA--AAT-AT--CA--AGAAATGGTAAAAAA---AA-------AA---AAATACGCTT-T----TAAT-TA-GC-AAAACC----G-AAAAGACC-GAA-GTAAAA----TTCATTGCTAT----------TTTGCGGTTTCGGTTCCGTTTTTTAATA
gi|9 : GTGTGT----C-T--AAAA-GTC-----G---GT-CTC----GTTCCG-G-TCTT--C-GGTTC-CCG-G--TTCA---C-TG-TCTAA--AAAGTC---GG--TC-----T--T-TCG----GTCTCGGTTCGG-A---ATAGCAAAATT-GTTAT--ATTT-----GTTT--ACC-A-A-GAGTGTT-TT--------T-TTTT-A---AA-----------AGAT-T-TT---TTGT----------TT---AATATATTTA-ACAA---TA-T---------AG--C---ATGT-TGAATTT--------AA--AAC-ATTGCA--ATAAA--GC--AAAACACAATGGCCTTAA---AAATATTATT-TTGCGTGAT-T---CTAAAACT----G---AATAC----A-G-AAAA----TT--TTGAT-T----------TTTGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATATTTTATAGTGTAGAAAATGACTTTCT