lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 11 1 2222222 11 1 2 222222 22222222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 11111111 111 111111111 77777777777777777777777777 11 333333333 22222222222222222222222222222 22222222 11111111111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 111 22222222222222 111 111111111 1111 111 111111111 3 555555555555555555555 333333333333333333333 11 11 22222222 22222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333 111 22222 11111 222 111 777
lowQualScore : 4 5 44 88 7 999 3 5555555 88 5 0 999999 9 5 4 4 3 3 55 555 3 77777777 3 44 2 6 999999 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 44 4444444 3 0 999 3 3 33333333 3 3 666 666 4 111111111 99 4 55 33333333333333333333333333 8 66 4 77 555555555 55 4 4 4 0 88888888888888888888888888888 6 66666666 5 44 0 77777777777777777777777 5 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4 8888 8 3 4444 8888 33 99 4 4 55 111 55 2 33333333333333 66 222 6666 666666666 8 4 4 5555 333 4 666666666 4 66 7 3 444444444444444444444 999999999999999999999 5 5 4 00 00 4 33333333 33333333 55 11111111111111111111111111111111111111111111111111 55 4 4 444 0 77777 3 99999 1 4 66 555 8 777 6 000
lowQualScore : . . .. .. . ... . ....... .. . . ...... . . . . . . .. ... . ........ . .. . . ...... . .......................................................................................................................................................................................... . .. ....... . . ... . . ........ . . ... ... . ......... .. . .. .......................... . .. . .. ......... .. . . . . ............................. . ........ . .. . ....................... . . ................................................................... . . .... . . .... .... .. .. . . .. ... .. . .............. .. ... .... ......... . . . .... ... . ......... . .. . . ..................... ..................... . . . .. .. . ........ ........ .. .................................................. .. . . ... . ..... . ..... . . .. ... . ... . ...
lowQualScore : 0 0 00 33 3 333 3 5555555 55 0 0 000000 2 7 4 4 6 6 00 555 3 88888888 3 66 7 7 666666 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 66 2222222 3 5 222 3 6 22222222 6 6 444 444 0 999999999 55 0 55 00000000000000000000000000 9 11 0 11 000000000 55 0 0 0 7 77777777777777777777777777777 7 00000000 7 33 1 44444444444444444444444 0 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 5555 0 6 1111 5555 44 55 0 0 44 000 55 6 33333333333333 11 222 8888 333333333 9 4 4 6666 999 4 333333333 4 11 2 9 111111111111111111111 333333333333333333333 0 0 4 66 66 4 99999999 66666666 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666 55 0 0 555 1 00000 2 77777 9 4 99 666 0 555 5 000
consensus : TTAATTATNATTTCTGAATGATAATTTCNAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACA-A--C--GCGCGCG--A----C-CA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------NGTG---------------A----------------C---------------ATT--------------------A--------------CGT---------A-----------TC-CT-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------ACTCAG--A-G------A-CT--G-------TA-TCTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCT-GTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-C-ATTT-AGATATACA-TGCAT-ATAGCAA-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GT--CATACATG----T--ATATATTTA-AAAAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GCGCGA--AA-GATC-TA-AAATAAA---GAAACAA--TTNA-----AT-----T-TTT--A---AGTC--ATAAT----A---T-TTCCT-AAATTG-AAAA----CG---T-ATCATTT--T---G-A--GA-GAGAGA-GAA-----------------AGGGG---------G-----CT-GA-A-TG-ATA-G--TAG--ACATGTG-CGAC--------TCAATGTTATTT--C--TTACA--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---C--A-----A-TT--TTT-AAG-TCA--TAACATNT---CCTAAATTG-A--TTGAAAACG-TA--TC--A-TTT---GAGAGNGAGA--AGGGAGG
Reference ( gi|3 ) : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACA-A--C--ACGCAC---A----C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------AGTG---------------A----------------C---------------ATT--------------------A--------------CGT---------A-----------TC-CT-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------A----------------A-CT--G-------TA-TTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCT-CTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-CTATTT-AGATATACA-TGTAT-ATAGCAA-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GT--CATACATG----T--ATATATTTACAAAAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GCTCGA--AA-GATC-TA-AAATAAA---GAAACAA--TTAA-----AT-----T-TTT--A---AGTC--ACAAT----A---T-TTCCT-AAATTA-AAAA----CG---T-ATCATTT--T---G-A--GATGAGCGA-TAA-----------------AGGGG---------G-----CT-G--A-TG-ATA-G--TAG--ACATGTG-CGAC--------TCAATGTTA-TT--C--TTACA--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---C--A-----A-TT--TTT-AAG-TCA--AAACATAA---CCTAAATTG-A--TTGAAAACG-TA--T---A-TTT---GAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|4 : TTAATTATAATTTCTGAAT-ATAATTT-AAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACA-A--C--ACGCAC---A----C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------AGTG---------------A----------------C---------------ATT--------------------A--------------CGT---------A-----------TC-CT-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------A----------------A-CT--G-------TA-TTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACAC-TGA-T--AA-G-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCT-CTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GAT-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-CTATTT-AGATATACA-TGTAT-ATAGCAA-TATAT--CTCG-TGATG----TAC-----CC-GT--CATACATGTA--T--ATATATTTA-AAAAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GCTCGA--AA-GATC-T--AAATAAA---GAAACAA--TTAA-----A------T-TTT--A------T--ATATT----A---T-TTCCT-AAATTA-AAAA----CG---T-ATCA-TT--T---G-A--GA-GAGCGAGTAA-----------------AGGGG---------G-----CT-GA-A-TG-ATA-G--TAG--ACATGTG-CGAC--------TCAATGTTATTT--C--TTACA--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---C--A-----A-TT--TTT-AAG-TCA--AAACATAA---CCTAAATTG-A--ATGAAAACG-TA--TC--A-TT
gi|19 : TTAATTATTATTTCTGAATGATAATTTCTAAGTGATACTTCATG--ATACTGTTTTAATGTTGGAATGAAAGGTTT-ATTTACAA
gi|1 : gaAAATGGCATTTAATATTATATTTATTTAA---CAGAA---AATATTTTATGTATAA----GAGTTTA--TAA-TGTGATTTTT--------TGGTGTTAA-TTCAC-C-ACTTGCTACA-A--C--GCGCGCGC-A----C-CA--GAGGTCAATC-GAGGTCA-AGGAA------AAACCATC-----------AGTG---------------AACTTTGGAGTGAAAACT---------------ATT--------------------A--------------CGT---------A-----------TT-CT-CCGTCTC-AAC-AA-TC--A-TC---------------ACTTCACTCAGAAAGTAA-CT--G-------TA-TTTAATCA----CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-G---TA---G--AA---TAGGGGTTACAAATAA-T--AATT---------------------A--TC-A--GATTTTGTCT-GTAAATAC----------TT-TATAAACA-G-CGA-ACAAAA-----GTA-ATAACATTGGTAT------AAATTCGTGTTGCTG-AACAATA--------TT-AG---------GCAA-ATAGC-C-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CT-GT--CA-------------------TTATAAAAGA----------CTA-A--TTATAAAAC----AC--AATGATAA-GTAGAGAAACAC----GTTCGAT-AA-GATCGTA-AAATAAAT--GAAATAA--TTAA--------------TTT--A---AGTC--ATAAT----A---T-TT-CT-CAATTG-AAAA----CGCTAT-ACCATTT--G---A-A--GA-GAGCGA-GAAGGGAGGGGGGGGTGGGGGGGGG---------G-----CT-GA-A-TG-ATA-G--TAGT-TCATGTG-CGACCTT-----TCAATATTA-TTC-C--TTAC---AAAT----C------TGGA-----GGTA----G-AGA--A---T--A-----C-TT--TTT-AAG-TCA--TAGCGTAT---C--AAATT
gi|13 : agtactgaggagcaccgctccccttatcctcatcccccggccctggtgacatacacctttgaccaatctaaaggTTTA-CGACGAATTCACTC-ACTTG-TAAACG--C--GCGCGC---A----C-CAAAGAGGTCAATCT-AGGTCATGGGGT------AAAC-ATC-----------CGTGACCGTTGCAAGTAAAA----------------C---------------ATG--------------------A--------------CGTAC-------A-----------TT-CT-C----TC-A-C-AACTCTGA-TC---------------A----------------t
gi|12 : ctctcatatctaactgttccgacagtagttaTATCTTTAA-TTCAC-C-ACTTG-TACA-ATGC--GCGCGC---A----C-CA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGAT------AAAC-ATC-----------TGTG---------------A----------------C---------------GTTAGAGTGAAA-----------A--------------CAT---------A-----------------C----GT-A-C-AA-TC--ACTC---------------AGAAAGGTG--------A-CT--GTAGATTCTA-TCTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-G---TA---ctcagaaaaggtg
gi|5 : atgtataaagacagtatatctatatgatgacggA-TTCAC-CCACTTG-TACA-A--C--GCGCGCGCAA----C-CA--GGGTTCAATCTGAGGTCA-AGGAT------AAAC-ATC-----------AGTG---------------A----------------G---------------ACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAA--------------CGT---------AA----------TT-CT-C----TC-A-CTAA-TC--A-TTCACTTCCAGAAAAGTA----------------A-CT--G-------TA-TTTAATCAATTACAA-TA-TAATTTC-CACA--------AAT-G---TA---GATAAGGGT-----TCAAA--TAA-T--A--T-------T-------------A--TC-A--GATTT-GTCT-GTAAATA-----A-CA--TT-TATAAAC--G-CGATACAAA------GTA-A----------ATCATTGTATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA---------GGCATAG---GCCT-ATAGCG----------TCG-TGATT----AA------CT-G----------G----C--ATATAT-----AAAAAACTA-A-----------TT-T-AAAC----AACAAATGAT-AAGTAG----ACCCAGCGGTTCGATAAG-GATC-TA-AAATAAA---GAAT--A--TTAA-----AT-----T-TTA--A---AGTCTAATAAT----A---T-TTCCT-CAATTG-AAA-----CG---T-ACCATTG--T---G-A--GAGAGGCGA--AAGGG--------------AGGGG---------GAAGGCCT-G--AATG-ATA-G--TAG--TCATGTGGCGAC--------TCAATATTA-T---C--TTACA--AAAT----C------T-GA-----GGTA----G-A-A--A---C--A-----ATTT--TTT-AAG-T---------------CCT-------------AAAGCG-TA--TCA-A-TTT---GAGAGTGAGt
gi|11 : ttatgtatagagttataaaatgtgattttttgtttaA-TTCAC-C-ACTTG-TACA-A--C--GCGCGCCGCA----C-AA--AAGGCCAATCTGAGGTCA-GGG-T------AAAC-ATCCTTGAGTTGCCAGTG---------------AAAA-------------C---------------ATT--------------------AT-------------CGTTAGGCCTACA-----------TTTCT-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------ACTCAAAAAAGTGGG--A-CT--G-------TA-TCTAATCAA---CAATTAATAATTTT-CAAC--------A-T-GTATTA---G-CAA---T-----TTATT--TGA-TAAAAGGTAAAAGTG-------------ATGTCAA--GATTT-GTCTGTTAAA------TA-CA--TT-TATAAACA-GCCGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ccacggacgagagagaagaggagagagaagaagagagagag
gi|2 : aatttattttatgcatacactgtgccagttatgtaattaagggtt-TTCAC-C-GCTTG-TA---A--C--ACGCGC---GGCGGCACA--AAGGTCAATCTGAGGTCATGGGGT------AA-C-ATCCT---------GGTG---------------A----------------CCGTTGCCGTGAAAACATA--------------------C--------------CGT---------AGGCGCTAACATTC-TT-C----TCGA-C-AA-TC--A-TC---------------ACTCAACAAACGTG---A-CT--GG------TA-TCTAATCAA---CAA-TAATAATTT--CACA--------A-T-G---TACTAG-CAA---C-----TTATT--TGA-T--AAAG-------GTATAAAAATGATTG--TC-AAAGATTT-GTCT-GTAAAC------------CT-TATAAACATG-CGATACAAAA-----G-A-A----------AT------CTAT-CGCGTTGCTA-AACG----CA-TCAGTT-AGACAT-------------GCGA--------CTCG-T----------------CA-AT--TATACA---------ATGTA-----AAAGGAATTA-AGT-C---------AT-AAAC----ACCTAATGAT-A-GTAGATC-ACAT----GC-CGA--AATGATC-TATAAATAAA---GAAACAA--TTTT-----AT-----T-TTT--AT--AGTC--ATAATAACAA---T-TTCCTAAAATTG-AAAA----CGCT-T-ATCATTT--A---G-A--GA-GAGAGA--AA-----------------AGGGGGGGGGGGGCG-----CT-G--A-AGTATA-G--TA---ACATATG-CGACCAAACGAGTCAG-GTTA-TTTCT--TTACA--AAAT----CCTTATGT-AAGAAGTGGTATAACG-A-ACTAAGTC--A-----A-TT--TTTGGAG-TCATGAAACA-AATTTTCTAAATTGAA--TTGAAAACG-TAATC---ATTTT---GAGAGAGAGAct
gi|6 : atgtctgaaaagactctggtgttctatattaatgtgacgaagtaaattctttagTCAC-C-ACT-G-TACA-A--C--ACGCAC---A----C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AA-C-ATC-----------AGTG---------------A----------------C---------------ATT--------------------A--------------CGT---------A-----------TC-CT-C----TC-A-C-AT-TC--A-TC---------------A----------------AACT--G-------TA-TTTAATCAAA--CAA--AATAATTTTTCACA--------A-TTG---TA---G-CA----T-----TTACC--TGA-T--AAAG-------G-------------A--TCCA--GATTT-GTCTTCTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAC----GTATA----------ATT-----ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTAACTATTTCAGATATACA-TGTAT-ATAGCAA-TATAT--CTCGATGATG----TA------CCCGT--C-TACATG----TTAATATATTTA-AAAAGAACTA-AATATTTA-A--TTAT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GCTCGA--AA-GATC-TA-AAATAAA---GAAACAA----AA-----AA-----T-TTT--ATATAATC---CAGT----ATATT-TTCCT-AAATTA-AAAA----CG---T-ATCA-TT--T---G-AACGA-GAGCGA-GTA-----------------AGGGG---------G-----CT-GACA-TG-ATA-GT-TAG--ACATGT--CGAC--------TCAATGTTA-TT--TCGTTACAACAAAT----C------T-AA-----GGTA----GAA-A--A---C--A-----A-TT--TTT-AAGTTCA--AAACATAA---CCTAAATTG-A--ATGAAAACG-TA--T---gagagaagagagagaaga
gi|7 : AC-C-ACTTG-TACA-A--CGCACGCGC---A----C-TA--AAGGTCAATCTGAGACCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------CGTG---------------A----------------C---------------GTT--------------------AG-------------TAT---------A-----------TT-CT-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------ACACAGAAAGGTG----A-CT--G-------TAACTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-TACA--------A-T-GCA-TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------T--TA-A--AATT---------------------CG--TT-TACAAACA-G-CGAGACAATA-----GTA-A----------AT------ATATTAGTGTTGCTtcat
gi|9 : TG-TACA-A--C--GCGCGCGA-A----C-CA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------CGTA---------------A----------------C---------------ATT--------------------AGAGGGAAAAACATACGT---------ACATTA------TC-CT-C----AC-A-A-AA-TC--ACTC---------------AGAAAGGTG--------A-CT--G-------TG-TCTAATCAA-------------------ACA--------A-T------A---A-TAA---T-----TT-CA----A-C--AA------------------------------------T-GT-------ATACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTAAAAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A-CAGTTT-A--TAAACAATG-AT-ACA--AA-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GT--CA---------------ATATC-----AAGAA--A-AAC-TC--------AT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GTGCGA--TA-GAT-----AAATAAAAAGAAAACAATTTTAATACCGGT-----A-TTT--A---AGTC--ATAA-----A---TGTTTCT-AAATTATAAAA----CG---CAATCA-AT--T---G-A--GA-GAGAGG--AA-----------------GGGGG---------GGCACACTAA--A-TG-ATA-G---AGATACATGTG-CGAC--------TCAATGTTATTT--C--TTACA--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A--------------------T--TTT-ATG-TCA--TATCAT-T---TTTAAATTG-AATTTG-AAACG-TA--T---catatgcgacccgtcatagggcgtcatatattatttacgtagagcagtctatgatttgataatgatcttgattattgtactaaatgatagtagatcagtgcaaaccccattatgaaagaaaacaattttaatttacttatgtaagtcataactattcaactcgtcgttcatttgcatgacagagatgaagaggaggggggggcgggcgcacgtatcgcagcgtgtggccgactcaatcattatttctctacttaaatcttaaaagaaacatttacattgttaagtccttaacattatgcctacaaatttgaattgaaaactttagaaacgtatcatg
gi|8 : aTG-TACA-A--C--GCGCGCGA-A----C-CA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATC-----------CGTA---------------A----------------C---------------ATT--------------------AGAGGGAAAACATA-CGT---------ACA---------TT-AT-C----TC-A-C-AA-AC--A-TC---------------ACTCAGAAAGGTG----A-CT--G-------TG-TCTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAATGTATACA-T-G---TA---G-CAA---G-----TTACA--TGA-T--CAGG-------GTTAAAAATGTTT-G--TC-A--AATTT-GTCT-GTAAA-A-ATATA-CA--TT-TATAAACA-A-TGATACAAA----------------------------------CGTGTTGCTc
gi|18 : a-CA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGTAAATGAAAAC-ATA-----------GGT----------------A----------------C---------------ATT--------------------CT-------------CAC---------A-----------CC-ATGC----TC-A-C-AA-TTGAA-TC---------------ATC--------------A-CTCAG-------AA----AATCAA---CAA-CAATAcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|16 : T-C----TC-A-C-AA-TC--A-TC---------------ACTCAAAAAAGTG----A-CT--G-------TA-TCTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACA--------A-T-GTA-TA---G-CAA---T-----TGATA--TGATT--AAGG-------
gi|10 : ATTT-GTCT-GTAAATAATTATA-CA--TT-----------------CAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTttaaaaatgtgtcaaag
gi|4 : caT-ATATATACA-TGTATGACGG--G-TACAT--CACG-AGATA----TA------TT-GCTATATACATG----T--ATATcatatgcgacccgtcattatggcgtcatatattatttatttaatcatagacgtaaagcagactatgactaaatgtgcaaagaactatgataaagaaccaatttaatttttgtaagtcataacatttcccaagttaaaaacttgcgtatcatttgatacagagagagagagagggggggggcacgtacgcagacgtgcgtctcaatgttatttcttactaagtataatgaaagaaacaatttgatttttaagtcataacatttcctaaattgaattgaaatcgt
gi|10 : ttaattataatttctgaatataatttaaaatgatacttcataatacttttttaatgtcggaatggaaggtttatttacaatattgatttaattagctggatttttatcgactttatcgtcgattcaccacttgtacaacacgcacaccagaggtcattctgaggtcaggggtaaacatcagtgacattacgtatcctctcacaatcatcaactgtatttaatcaacaataataattttcacaatgtagcaatttacactgataaggatcagatttgtctctaaatacatgtacatttataaacagcgatacaaaagataatatattcgtgttgctgaacaatattactatttagTATACA-TTCAA-A-AGTAAATATAT---TCG-TGTTGCTCATATGCGACCC-GT--CAT-TATGGCGTC--ATATATT---------ATTT-A---TTTA-A--TCAT-AGACGTAAAGCAGACTATGA-CTAA----ATGT----GC---A--AA-GAAC-TA-TGATAAA---GAACCAA--TTTA-----AT-----T-TTTGTA---AGTC--ATAAC----A---T-TTCCC-AAGTTA-AAAACTTGCG---T-ATCATTTGAT---ACA--GA-GAGAGA-GAG-----------------AGGGG---------G-----GG-GGCA-CG--TACG--CAG--AC--GTG-CGTC--------TCAATGTTATTT--C--TTACT--AAGT----A------T-AAT----GAAA----G-A-A--A---C--AATTTGA-TT--TTT-AAG-TCA--TAACATTT---CCTAAATTGAA--TTGAAATCG-Ttttaaaaagaactaaattttaattataaacaccaaatgatagtagacacgctcgaaagatctaaataaagaaacaattaaattttatatattatttcctaaattaaaaacgtatcatttgagagagcgagtaaagggggctgaatgatagtagacatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatctaaggtagaaacaatttttaagtcaaaacataacctaaattgaatgaaaacgtatcatt
gi|8 : caatttgtctgtaaataatATG----CAAC----CC-GT--CATATAT-----------------CAA--GAAC-A-AAC-TC--------AT-AAAC----ACCAAATGAT-A-GTAG----ACAC----GTGCGA--TA-GATC-TA-TAATAAA---GAAACAA--TTTA-----ATACCGGTATTT--A---AGTC--ATAA-----A---TGTTTCT-AAATTA-AAAA----CG---C-ATCA-AT--T---G-A--GA-GAGAGG-AAG-----------------GGGGG---------G-----C
gi|14 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatC-GT--CATATAT-----T--ATCTACGTATATCAGG-CTATGAT-TTAATA--TTGT-A--------CTAAATGAT-A-GCAG----ACAT----G--TGC--AA-AATC-CA-TGATAAA---GAGACAA--TTacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|17 : aaatctattagtgttgctcatatgcgacccatcattatggATGCATG----T--ATGTA------AAGAAACTA-A---TTTA-ACGTCAT-AAAC----ACCTAATGAT-A-GTAG----ACt
gi|15 : tcgcgttgctaaacgacattagacatgcgacttcggcat-GTAG----ACAC----GTGCGA--AA-GATC-TA-TAATAAA---GTAACAA--TTTA-----AT-----T-TTT--A---AGTC--ATAAC----T---T-TTCCT-AAATTG-AAAACG--CG---T-ATCATTT--GAGAG-A--GA-GAGAGA-GAG-----------------AGGGG---------G-----ca
gi|8 : --A-TG-ATA-GAGTAA--GCATGTG-CGAC--------TCAATGTTATTT--C--TTACA--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A--------------------T--TTT-ATG-TCA--TATCAT-T---TTTAAATTG-AATTTG-AAACG-TA--T---
gi|15 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-G--TAG--ACACGTG-CGA-----------AAGATC----------TATA--A--------------T-AA-----AGTA----A-C-A--A---TTTA-----A-TT--TTT-AAG-TCA--TAACTTTT---CCTAAATTG-A----AAACGCG-TA--TC--A-TTT---GAGAGAGAGAc
gi|1 : ATA--AGAT----CG-----T-AA-----AATAAAT-G-A-A--A---T--A-----A-TTAATTT-AAG-TCA--TAATATTT---C-----TCA-A--TTGAAAACGCTA--TACCA-TTTGAAGAGAGCGAGA--AGGGAGGgagagagaggggg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TACAACGCGCGCGCACCAAAGGTCAATCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11 1 1 1 222222 1 2222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555 1111111 11111 55555555555555555555555555555555 22222222222 2222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1111 111 222222222222 1111 33333333333333333 2222222222222222222 111 22222222 1111 22222222222 11111 111111111111111 11111 11111111 2222222 4444444 333
lowQualScore : 1 6 44 33 3 3 0 0 3 3 5 333 8 5 666666 1 5 4 4 3 3 7777 6 2 33 6 888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 6666 2 2 00000 2 33 2 0 8888888888888888888888888888 3333333 3 888 3 33 3 66666 555 3 666 99999 88 3 55 22222222222222222222222222222222 3 7 2 00000000000 7 3 3 2222222222222222222222222222 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 3 3 3 6666 6 555 3 0 555 88888 3 3 55 3 999 3 6 1 222222222222222222 3 55 66 1111 7 3 3 55 7777 111 3 4 555555555555 3 4444 3 00000000000000000 3333333333333333333 8 4 4 99 222 99 11111111 4 8 4 0000 88888888888 4 44444 8888 4 555555555555555 00000 4 4 8888 55 4 1 55 44444444 5555555 3 4 5 5 3333333 1 000
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . ... . . ...... . . . . . . .... . . .. . ...... . ................................................................................................................... ... .... . . ..... . .. . . ............................ ....... . ... . .. . ..... ... . ... ..... .. . .. ................................ . . . ........... . . . ............................ . ............................................................................................................................. . . . . . .... . ... . . ... ..... . . .. . ... . . . .................. . .. .. .... . . . .. .... ... . . ............ . .... . ................. ................... . . . .. ... .. ........ . . . .... ........... . ..... .... . ............... ..... . . .... .. . . .. ........ ....... . . . . ....... . ...
lowQualScore : 0 7 33 88 2 2 2 0 2 5 0 555 8 5 888888 3 0 0 0 1 1 3333 2 9 99 2 888888 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 9 9 00000 9 99 9 7 4444444444444444444444444444 1111111 1 555 1 77 3 77777 888 6 444 11111 66 6 00 77777777777777777777777777777777 6 3 1 77777777777 3 6 6 9999999999999999999999999999 9 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 3 1 1 5555 2 444 3 7 888 88888 3 3 22 3 222 3 7 0 555555555555555555 6 00 33 4444 3 6 6 00 7777 444 6 6 888888888888 6 1111 6 55555555555555555 3333333333333333333 0 0 0 55 111 55 55555555 0 0 0 6666 22222222222 0 00000 5555 0 555555555555555 00000 0 0 3333 55 0 0 66 55555555 9999999 6 4 0 0 3333333 0 555
consensus : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-GC-A-C-CA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-ATTT-------GAGAGCGAGATTNGGGAGG
Reference ( family-1080 ) : TTAATTATNATTTCTGAATGATAATTTCNAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G--A-C-CA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-ATTT-------GAGAGNGAGA--AGGGAGG
gi|1 : AAATGGCATTTAATATTATATTTATTTAA---CAGAA---AATATTTTATGTATAA----GAGTTTA--TAA-TGTGATTTTT--------TGGTGTTAA-TTCAC-C-ACTTGCTACAACGCGCG-C-GC-A-C-CA--GAGGTCAATC-GAGGTCA-AGGAA------AAACCATCA--------------GTG---------------AACTTTGGAGTGAAAACTATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TT-CT---CCGTCTC-AAC-----AA-TC--AT-CACTTCACTCA-------GA-----AAGTAA-CTG-------TATT-TAATCA----CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G--AA---TAGGGGTTACAAATAA-T--AATT---------------------A--TC-A--GATTTTGTCTG-TAAATAC----------TT-TATAAACA-G-CGA-ACAAAA-----GTA-ATAACATTGGTAT------AAATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------G---------GCAAATAGCC----TATAT--CTCG-TGATG----TA------CT-GTCAT---------T--AT-----------A-A--AAGA----------CTA-A--TTATAAAACAC--AATGATAA-GTA-GAGAAA-C---AC-GTT---C-GAT-AA-GATCGTA-AAAT-AAAT--G-AAATAA-TTAA---------T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TT-CTCAA-TTG-AAAA--C----GCTAT-ACCATTT---G---A-A--GA-GAG----CGAG-AAGGGAGGGGGGGGTGGGGGGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAGT-TCATGTG--CGACCTT-----TCAAT-ATTATTCC-T-TAC----AAAT----C------TGGA-----GGTA----G-AGA--A---TA-----CTTT-----TT-AAG-TCA-T--AGC--G-TAT-C--A--------AATT
gi|10 : agtactgaggagcaccgctccccttatcctcatcccccggccctggtgacatacacctttgaccaatctaaaggATTT-GTCTG-TAAATAATTATA-CA--TT-----------------CAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTt
gi|10 : caTATACA-TTCAAA-AGTA--AATATAT---TCG-TGTTGCTCATATGCGACCC-GTCAT-TATGGCGTC--ATAT-AT--T------------ATTT-A---TTTA-A--TCAT-AGACGT-AAAGCAG-A-CTATG----A-CTAAAT-GTG---C--A--AA-GAAC-TA-TGAT-AAA---G-AACCAA-TTTAAT-----T-T--T----TGTA-AGTC--ATAA-CA----T-TTCCCAAG-TTA-AAAA--CTTGCG---T-ATCATTTGA-T---ACA--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------G---GGGCACG--TACG--CAG--AC--GTG--CGTC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-T--AAGT----A------T-AAT----GAAA----G-A-A--A---CA-----ATTTGATTTTT-AAG-TCA-T--AAC--A-TTT-CCTA--------AATTGAA-----TTGAAATCGT-catatgcgacccgtcattatggcgtcatatattatttatttaatcatagacgtaaagcagactatgactaaatgtgcaaagaactatgataaagaaccaatttaatttttgtaagtcataacatttcccaagttaaaaacttgcgtatcatttgatacagagagagagagagggggggggcacgtacgcagacgtgcgtctcaatgttatttcttactaagtataatgaaagaaacaatttgatttttaagtcataacatttcctaaattgaattgaaatcgt
gi|11 : caatttgtctgtaaataatA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-CCGC-A-C-AA--AAGGCCAATCTGAGGTCA-GGG-T------AAAC-ATCCTTGAGTTGCCA---GTG---------------AAAA-------------CATT--------------------AT------------CGTTAGGCCTACA-----------TTTCT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAAAAAAGTGG-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAATTAATAATTTT-CAACA-T-GTATTA---G-CAA---T-----TTATT--TGA-TAAAAGGTAAAAGTG-------------ATGTCAA--GATTT-GTCTGTTAAA------TA-CA--TT-TATAAACA-GCCGATACAAAA-----GTA-A----------AT------
gi|12 : aatttattttatgcatacactgtgccagttatgtaattaagggttTATCTTTAA-TTCAC-C-ACTTG-TACAATGCGCG-C-GC-A-C-CA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGAT------AAAC-ATCT--------------GTG---------------A----------------CGTTAGAGTGAAA-----------A-------------CAT---------A-------------------C----GT-A-C-----A------AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTGTAGATTCTATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---ct
gi|13 : atgtataaagacagtatatctatatgatgacggTTTA-CGACGAATTCACTC-ACTTG-TA-AACGCGCG-C-GC-A-C-CAAAGAGGTCAATCT-AGGTCATGGGGT------AAAC-ATCC--------------GTGACCGTTGCAAGTAAAA----------------CATG--------------------A-------------CGTAC-------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AACTCTGAT-CACT-----CA-------GA-----AA-----t
gi|14 : ctctcatatctaactgttccgacagtagttaC-GTCATATAT-----T--ATCT-AC--GTA-T-ATCAGG--CTATGAT-TTAATA--TTGT-A----CTAAATGAT-A-GCA-G----A-C---AT-GTG---C-----AA-AATC-CA-TGAT-AAA---G-AGACAA-TTaggtg
gi|15 : aaatctattagtgttgctcatatgcgacccatcattatgg-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--AA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-TAACAA-TTTAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-CT----T-TTCCTAAA-TTG-AAAACGC----G---T-ATCATTT---GAGAG-A--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------t
gi|16 : T---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------AAAAAGTGA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-GTA-TA---G-CAA---T-----TGATA--TGATT--AAGG-------
gi|17 : ATATG----C--ATGT-AT--GTA-A-A--GA-AACTA-A---TTTA-ACGTCAT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----A-C---ttaaaaatgtgtcaaag
gi|18 : tcgcgttgctaaacgacattagacatgcgacttcggc-CA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGTAAATGAAAAC-ATAG--------------GT----------------A----------------CATT--------------------CT------------CAC---------A-----------CC-ATG--C----TC-A-CAATTGAA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----A----------------------AATCAA---CAA-CAATAca
gi|19 : TTAATTATTATTTCTGAATGATAATTTCTAAGTGATACTTCATG--ATACTGTTTTAATGTTGGAATGAAAGGTTT-ATTTACAA
gi|2 : ga-TTCAC-C-GCTTG-TAACACGCGCGGC-G--G-CACA--AAGGTCAATCTGAGGTCATGGGGT------AA-C-ATCCTGGTGACCGTTGCCGTG---------------AAAA-------------CATA--------------------C-------------CGT---------AGGCGCTAACATTC-TT---C----TCGA-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAACAAAC-GT-----GA-----CTGG------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTT--CACAA-T-G---TACTAG-CAA---C-----TTATT--TGA-T--AAAG-------GTATAAAAATGATTG--TC-AAAGATTT-GTCTG-TAAAC------------CT-TATAAACATG-CGATACAAAA-----G-A-A----------AT------CTAT-CGCGTTGCTA-AACG-CAT----C-A-GTT-AGACAT------------GCG--A--------CTCG-T----------------CA-ATTATACA--------------AT--GTA-A-A--AGGAATTA-AGT-C---------AT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----ATC---AC-ATG---CCGA--AATGATC-TATAAAT-AAA---G-AAACAA-TTTTAT-----T-T--T----T--ATAGTC--ATAA-TAACAAT-TTCCTAAAATTG-AAAA--C----GCT-T-ATCATTT---A---G-A--GA-GAG----AGAA-AA-----------------GGGGGGGGGGGGCG------C---TGA-AGT-ATA-G--TA---ACATATG--CGACCAAACGAGTCAG--GTTATTTCTT-TAC-A--AAAT----CCTTATGT-AAGAAGTGGTATAACG-A-ACTAAGTCA-----ATTT-----TTGGAG-TCA-TGAAACAAA-TTT-TCTA--------AATTGAA-----TTGAAAACGTAA-TC-ATTTTGAGAGAGAGAGAGAGA--AGAGAG
gi|20 : atgtctgaaaagactctggtgttctatattaatgtgacgaagtaaattctttag-TACAACGCGCG-C-GC-A-C-CA--AAGGTCAATCTGagaaga
gi|3 : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTACA-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ACAA-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GATGAG----CGAT-AA-----------------AGGGG--------G------C---TG--ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTA-TTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-T--ATTT-------GAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|4 : TTAATTATAATTTCTGAAT-ATAATTT-AAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACAC-TGA-T--AAGG---------------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GAT-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CCCGTCATACATG----T--ATAT-ATATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AA-T-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----------AT---ATAT-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-A--GA-GAG----CGAGTAA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-A-TC-ATT
gi|5 : TATAGAGTT--ATAAAATGTGATTTTT--TG--TTTA------A-TTCAC-CCACTTG-TACAACGCGCG-C-GCAA-C-CA--GGGTTCAATCTGAGGTCA-AGGAT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------GACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAA-------------CGT---------AA----------TT-CT---C----TC-A-CT----AA-TC--ATTCACTTC---CA-------GA-----AAAGTAACTG-------TATT-TAATCAATTACAA-TA-TAATTTC-CACAAAT-G---TA---GATAAGGGT-----TCAAA--TAA-T--A--T-------T-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATA-----A-CA--TT-TATAAAC--G-CGATACAAA------GTA-A----------ATCATTGTATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------GGCATAG---GCCTATAGCG------------TCG-TGATT----AA------CT-G--------G----C--ATAT-AT--------A--AAAAACTA-A-----------TT-T-AAACAACAAATGAT-AAGTA-G----A-C---CCAGCGGTTC-GATAAG-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAT--A-TTAAAT-----T-T--T----A--A-AGTCTAATAA-TA----T-TTCCTCAA-TTG-AAA---C----G---T-ACCATTG---T---G-A--GA-GAGGCG-AAAG-GG-----------------AGGGG--------GAAGGC-C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--TCATGTGG-CGAC--------TCAAT-ATTAT--C-T-TAC-A--AAAT----C------T-GA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT---------T--AA------GT-CCT------------------------AAAGCGT-A-TCAATTT-------GAGAGTGAG
gi|6 : ttatgTCAC-C-ACT-G-TACAACACGCA-C----A-C-CA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AA-C-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AT-TC--AT-CA-----------------------AA-----CTG-------TATT-TAATCAAA--CAA--AATAATTTTTCACAA-TTG---TA---G-CA----T-----TTACC--TGA-T--AAAG-------G-------------A--TCCA--GATTT-GTCTTCTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAC----GTATA----------ATT-----ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTAACT-A-TTTCAGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCGATGATG----TA------CCCGTC-TACATG----TTAATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AATATTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA--AAAAT-----T-T--TATA-T--A-ATCC--AGTA-TAT---T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-AACGA-GAG----CGAG-TA-----------------AGGGG--------G------C---TGACATG-ATA-GT-TAG--ACATGT---CGAC--------TCAAT-GTTATTTCGT-TAC-AACAAAT----C------T-AA-----GGTA----GAA-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAGTTCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-ATTC-ATccacggacgagagagaagaggagagagaagaagagagagag
gi|7 : AC-C-ACTTG-TACAACGCACG-C-GC-A-C-TA--AAGGTCAATCTGAGACCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTG---------------A----------------CGTT--------------------AG------------TAT---------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACA-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TAACTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-TACAA-T-GCA-TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------T--TA-A--AATT---------------------CG--TT-TACAAACA-G-CGAGACAATA-----GTA-A----------AT------ATATTAGTGTTGCT----C-ATAT-------------GCGACCCG-T-CATAGGGCGTCA-TATAT--T------ATT----TA-------C-GTAGAGCA-G----T--CTATGAT--TTG-ATA--ATGATCTT-GAT-T----A--TTGT-----ACTAAATGAT-A-GTA-G----ATC---A--GTG---C-----AA-ACCC-CA-TTATGAAA---GAAAACAATTTTAAT-----T-TACTTATGT--A-AGTC--ATAACTA----T-T---CAAC-TCG----T--C----G---T--TCATTTGCAT---G-A--CA-GAGATGAAGAG-GAGG---------------GGGGG--------G------CGGGCGC-ACGTATC-G--CAG---CGTGTGGCCGAC--------TCAATCATTATTTC-TCTACTT--AAAT----CT-----T-AA-----A--A----G-A-A--A---CATTTACATTG-----TT-AAG-TCCTT--AAC--ATTATGCCTACAAATTTGAATTG-AAAACTTTAGAAACGT-A-TC-AT
gi|8 : TG-TACAACGCGCG-C-G--AAC-CA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATT--------------------AGAGGGAAAACATACGT---------ACA---------TT-AT---C----TC-A-C-----AA-AC--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCA--------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TTTCA--CAA-T----------------------------------------------G-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTA-AAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-A-TTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCATA--------------T-AT--C--------AAGAAC-A-AAC-TC--------AT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-AAACAA-TTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTA-AAAA--C----G---C-ATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------G------g
gi|8 : aA-ATG-ATA-GAGTAA--GCATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-ggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|9 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TACAACGCGCG-C-G--AAC-CA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATTAGAGGGAAAAACAT------A-------------CGT---------A-----------CA-TTATCC----TC-A-C-----AA--A--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCAA-------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TT-CA----A-C--AA-----------------------------------------TG-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTAAAAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-AGTTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCA---------------AT-AT--C-A-A-G--AAAAACT---------------CAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GAT-----AAAT-AAAAAGA-AAACAATTTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTATAAAA--C----G---CAATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------GGGCACAC---TAA-ATG-ATA-G---AGATACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 1 1 1 222222 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555 1111111 11111 55555555555555555555555555555555 22222222222 2222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1111 111 222222222222 1111 33333333333333333 2222222222222222222 111 22222222 1111 22222222222 11111 111111111111111 11111 11111111 2222222
lowQualScore : 6 3 33 3 3 0 0 3 3 5 333 8 5 666666 1 5 4 4 3 3 777 3 33 6 888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 6666 2 2 00000 2 33 2 0 8888888888888888888888888888 3333333 3 888 3 33 3 66666 555 3 666 99999 88 3 55 22222222222222222222222222222222 3 7 2 00000000000 7 3 3 2222222222222222222222222222 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 3 3 3 6666 6 555 3 0 555 88888 3 3 55 3 999 3 6 1 222222222222222222 3 55 66 1111 7 3 3 55 7777 111 3 4 555555555555 3 4444 3 00000000000000000 3333333333333333333 8 4 4 99 222 99 11111111 4 8 4 0000 88888888888 4 44444 8888 4 555555555555555 00000 4 4 8888 55 4 1 55 44444444 5555555 3 4 5 5 6 3 1
lowQualScore : . . .. . . . . . . . ... . . ...... . . . . . . ... . .. . ...... . ................................................................................................................... ... .... . . ..... . .. . . ............................ ....... . ... . .. . ..... ... . ... ..... .. . .. ................................ . . . ........... . . . ............................ . ............................................................................................................................. . . . . . .... . ... . . ... ..... . . .. . ... . . . .................. . .. .. .... . . . .. .... ... . . ............ . .... . ................. ................... . . . .. ... .. ........ . . . .... ........... . ..... .... . ............... ..... . . .... .. . . .. ........ ....... . . . . . . .
lowQualScore : 7 3 88 2 2 2 0 2 5 0 555 8 5 888888 3 0 0 0 1 1 777 1 99 2 888888 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 9 9 00000 9 99 9 7 4444444444444444444444444444 1111111 1 555 1 77 3 77777 888 6 444 11111 66 6 00 77777777777777777777777777777777 6 3 1 77777777777 3 6 6 9999999999999999999999999999 9 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 3 1 1 5555 2 444 3 7 888 88888 3 3 22 3 222 3 7 0 555555555555555555 6 00 33 4444 3 6 6 00 7777 444 6 6 888888888888 6 1111 6 55555555555555555 3333333333333333333 0 0 0 55 111 55 55555555 0 0 0 6666 22222222222 0 00000 5555 0 555555555555555 00000 0 0 3333 55 0 0 66 55555555 9999999 6 4 0 0 7 7 0
consensus : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
Reference ( family-1080 ) : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTNGGGAGG
gi|1 : AAATGGCATTTAATATTATATTTATTTAA---CAGAA---AATATTTTATGTATAA----GAGTTTA--TAA-TGTGATTTTT--------TGGTGTTAA-TTCAC-C-ACTTGCTACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATC-GAGGTCA-AGGAA------AAACCATCA--------------GTG---------------AACTTTGGAGTGAAAACTATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TT-CT---CCGTCTC-AAC-----AA-TC--AT-CACTTCACTCA-------GA-----AAGTAA-CTG-------TATT-TAATCA----CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G--AA---TAGGGGTTACAAATAA-T--AATT---------------------A--TC-A--GATTTTGTCTG-TAAATAC----------TT-TATAAACA-G-CGA-ACAAAA-----GTA-ATAACATTGGTAT------AAATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------G---------GCAAATAGCC----TATAT--CTCG-TGATG----TA------CT-GTCAT---------T--AT-----------A-A--AAGA----------CTA-A--TTATAAAACAC--AATGATAA-GTA-GAGAAA-C---AC-GTT---C-GAT-AA-GATCGTA-AAAT-AAAT--G-AAATAA-TTAA---------T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TT-CTCAA-TTG-AAAA--C----GCTAT-ACCATTT---G---A-A--GA-GAG----CGAG-AAGGGAGGGGGGGGTGGGGGGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAGT-TCATGTG--CGACCTT-----TCAAT-ATTATTCC-T-TAC----AAAT----C------TGGA-----GGTA----G-AGA--A---TA-----CTTT-----TT-AAG-TCA-T--AGC--G-TAT-C--A--------AATT
gi|10 : agtactgaggagcaccgctccccttatcctcatcccccggccctggtgacatacacctttgaccaatctaaaggATTT-GTCTG-TAAATAATTATA-CA--TT-----------------CAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTt
gi|10 : caTATACA-TTCAAA-AGTA--AATATAT---TCG-TGTTGCTCATATGCGACCC-GTCAT-TATGGCGTC--ATAT-AT--T------------ATTT-A---TTTA-A--TCAT-AGACGT-AAAGCAG-A-CTATG----A-CTAAAT-GTG---C--A--AA-GAAC-TA-TGAT-AAA---G-AACCAA-TTTAAT-----T-T--T----TGTA-AGTC--ATAA-CA----T-TTCCCAAG-TTA-AAAA--CTTGCG---T-ATCATTTGA-T---ACA--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------G---GGGCACG--TACG--CAG--AC--GTG--CGTC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-T--AAGT----A------T-AAT----GAAA----G-A-A--A---CA-----ATTTGATTTTT-AAG-TCA-T--AAC--A-TTT-CCTA--------AATTGAA-----TTGAAATCGT-catatgcgacccgtcattatggcgtcatatattatttatttaatcatagacgtaaagcagactatgactaaatgtgcaaagaactatgataaagaaccaatttaatttttgtaagtcataacatttcccaagttaaaaacttgcgtatcatttgatacagagagagagagagggggggggcacgtacgcagacgtgcgtctcaatgttatttcttactaagtataatgaaagaaacaatttgatttttaagtcataacatttcctaaattgaattgaaatcgt
gi|11 : caatttgtctgtaaataatA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-CCG-CA-CAA--AAGGCCAATCTGAGGTCA-GGG-T------AAAC-ATCCTTGAGTTGCCA---GTG---------------AAAA-------------CATT--------------------AT------------CGTTAGGCCTACA-----------TTTCT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAAAAAAGTGG-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAATTAATAATTTT-CAACA-T-GTATTA---G-CAA---T-----TTATT--TGA-TAAAAGGTAAAAGTG-------------ATGTCAA--GATTT-GTCTGTTAAA------TA-CA--TT-TATAAACA-GCCGATACAAAA-----GTA-A----------AT------
gi|12 : aatttattttatgcatacactgtgccagttatgtaattaagggttTATCTTTAA-TTCAC-C-ACTTG-TACAATGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGAT------AAAC-ATCT--------------GTG---------------A----------------CGTTAGAGTGAAA-----------A-------------CAT---------A-------------------C----GT-A-C-----A------AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTGTAGATTCTATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---ct
gi|13 : atgtataaagacagtatatctatatgatgacggTTTA-CGACGAATTCACTC-ACTTG-TA-AACGCGCG-C-G-CA-CCAAAGAGGTCAATCT-AGGTCATGGGGT------AAAC-ATCC--------------GTGACCGTTGCAAGTAAAA----------------CATG--------------------A-------------CGTAC-------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AACTCTGAT-CACT-----CA-------GA-----AA-----t
gi|14 : ctctcatatctaactgttccgacagtagttaC-GTCATATAT-----T--ATCT-AC--GTA-T-ATCAGG--CTATGAT-TTAATA--TTGT-A----CTAAATGAT-A-GCA-G----A-C---AT-GTG---C-----AA-AATC-CA-TGAT-AAA---G-AGACAA-TTaggtg
gi|15 : aaatctattagtgttgctcatatgcgacccatcattatgg-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--AA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-TAACAA-TTTAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-CT----T-TTCCTAAA-TTG-AAAACGC----G---T-ATCATTT---GAGAG-A--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------t
gi|16 : T---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------AAAAAGTGA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-GTA-TA---G-CAA---T-----TGATA--TGATT--AAGG-------
gi|17 : ATATG----C--ATGT-AT--GTA-A-A--GA-AACTA-A---TTTA-ACGTCAT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----A-C---ttaaaaatgtgtcaaag
gi|18 : tcgcgttgctaaacgacattagacatgcgacttcggcCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGTAAATGAAAAC-ATAG--------------GT----------------A----------------CATT--------------------CT------------CAC---------A-----------CC-ATG--C----TC-A-CAATTGAA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----A----------------------AATCAA---CAA-CAATAca
gi|19 : TTAATTATTATTTCTGAATGATAATTTCTAAGTGATACTTCATG--ATACTGTTTTAATGTTGGAATGAAAGGTTT-ATTTACAA
gi|2 : ga-TTCAC-C-GCTTG-TAACACGCGCGGC-GGCA-C-A--AAGGTCAATCTGAGGTCATGGGGT------AA-C-ATCCTGGTGACCGTTGCCGTG---------------AAAA-------------CATA--------------------C-------------CGT---------AGGCGCTAACATTC-TT---C----TCGA-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAACAAAC-GT-----GA-----CTGG------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTT--CACAA-T-G---TACTAG-CAA---C-----TTATT--TGA-T--AAAG-------GTATAAAAATGATTG--TC-AAAGATTT-GTCTG-TAAAC------------CT-TATAAACATG-CGATACAAAA-----G-A-A----------AT------CTAT-CGCGTTGCTA-AACG-CAT----C-A-GTT-AGACAT------------GCG--A--------CTCG-T----------------CA-ATTATACA--------------AT--GTA-A-A--AGGAATTA-AGT-C---------AT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----ATC---AC-ATG---CCGA--AATGATC-TATAAAT-AAA---G-AAACAA-TTTTAT-----T-T--T----T--ATAGTC--ATAA-TAACAAT-TTCCTAAAATTG-AAAA--C----GCT-T-ATCATTT---A---G-A--GA-GAG----AGAA-AA-----------------GGGGGGGGGGGGCG------C---TGA-AGT-ATA-G--TA---ACATATG--CGACCAAACGAGTCAG--GTTATTTCTT-TAC-A--AAAT----CCTTATGT-AAGAAGTGGTATAACG-A-ACTAAGTCA-----ATTT-----TTGGAG-TCA-TGAAACAAA-TTT-TCTA--------AATTGAA-----TTGAAAACGTAA-TC-ATTTTGAGAGAGAGA
gi|20 : atgtctgaaaagactctggtgttctatattaatgtgacgaagtaaattctttag-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGgagagaagagagagaaga
gi|3 : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTACA-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ACAA-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GATGAG----CGAT-AA-----------------AGGGG--------G------C---TG--ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTA-TTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-T--A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|4 : TTAATTATAATTTCTGAAT-ATAATTT-AAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACAC-TGA-T--AAGG---------------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GAT-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CCCGTCATACATG----T--ATAT-ATATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AA-T-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----------AT---ATAT-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-A--GA-GAG----CGAGTAA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-A-TC-A-TT
gi|5 : TATAGAGTT--ATAAAATGTGATTTTT--TG--TTTA------A-TTCAC-CCACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CAACCA--GGGTTCAATCTGAGGTCA-AGGAT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------GACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAA-------------CGT---------AA----------TT-CT---C----TC-A-CT----AA-TC--ATTCACTTC---CA-------GA-----AAAGTAACTG-------TATT-TAATCAATTACAA-TA-TAATTTC-CACAAAT-G---TA---GATAAGGGT-----TCAAA--TAA-T--A--T-------T-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATA-----A-CA--TT-TATAAAC--G-CGATACAAA------GTA-A----------ATCATTGTATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------GGCATAG---GCCTATAGCG------------TCG-TGATT----AA------CT-G--------G----C--ATAT-AT--------A--AAAAACTA-A-----------TT-T-AAACAACAAATGAT-AAGTA-G----A-C---CCAGCGGTTC-GATAAG-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAT--A-TTAAAT-----T-T--T----A--A-AGTCTAATAA-TA----T-TTCCTCAA-TTG-AAA---C----G---T-ACCATTG---T---G-A--GA-GAGGCG-AAAG-GG-----------------AGGGG--------GAAGGC-C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--TCATGTGG-CGAC--------TCAAT-ATTAT--C-T-TAC-A--AAAT----C------T-GA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT---------T--AA------GT-CCT------------------------AAAGCGT-A-TCAA-TTTGAGAGTGAG
gi|6 : ttatgTCAC-C-ACT-G-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AA-C-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AT-TC--AT-CA-----------------------AA-----CTG-------TATT-TAATCAAA--CAA--AATAATTTTTCACAA-TTG---TA---G-CA----T-----TTACC--TGA-T--AAAG-------G-------------A--TCCA--GATTT-GTCTTCTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAC----GTATA----------ATT-----ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTAACT-A-TTTCAGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCGATGATG----TA------CCCGTC-TACATG----TTAATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AATATTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA--AAAAT-----T-T--TATA-T--A-ATCC--AGTA-TAT---T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-AACGA-GAG----CGAG-TA-----------------AGGGG--------G------C---TGACATG-ATA-GT-TAG--ACATGT---CGAC--------TCAAT-GTTATTTCGT-TAC-AACAAAT----C------T-AA-----GGTA----GAA-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAGTTCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-ATTC-A-Tccacggacgagagagaagaggagagagaagaagagagagag
gi|7 : AC-C-ACTTG-TACAACGCACG-C-G-CA-CTA--AAGGTCAATCTGAGACCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTG---------------A----------------CGTT--------------------AG------------TAT---------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACA-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TAACTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-TACAA-T-GCA-TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------T--TA-A--AATT---------------------CG--TT-TACAAACA-G-CGAGACAATA-----GTA-A----------AT------ATATTAGTGTTGCT----C-ATAT-------------GCGACCCG-T-CATAGGGCGTCA-TATAT--T------ATT----TA-------C-GTAGAGCA-G----T--CTATGAT--TTG-ATA--ATGATCTT-GAT-T----A--TTGT-----ACTAAATGAT-A-GTA-G----ATC---A--GTG---C-----AA-ACCC-CA-TTATGAAA---GAAAACAATTTTAAT-----T-TACTTATGT--A-AGTC--ATAACTA----T-T---CAAC-TCG----T--C----G---T--TCATTTGCAT---G-A--CA-GAGATGAAGAG-GAGG---------------GGGGG--------G------CGGGCGC-ACGTATC-G--CAG---CGTGTGGCCGAC--------TCAATCATTATTTC-TCTACTT--AAAT----CT-----T-AA-----A--A----G-A-A--A---CATTTACATTG-----TT-AAG-TCCTT--AAC--ATTATGCCTACAAATTTGAATTG-AAAACTTTAGAAACGT-A-TC-A-T
gi|8 : TG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATT--------------------AGAGGGAAAACATACGT---------ACA---------TT-AT---C----TC-A-C-----AA-AC--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCA--------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TTTCA--CAA-T----------------------------------------------G-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTA-AAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-A-TTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCATA--------------T-AT--C--------AAGAAC-A-AAC-TC--------AT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-AAACAA-TTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTA-AAAA--C----G---C-ATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------G------g
gi|8 : aA-ATG-ATA-GAGTAA--GCATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-ggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|9 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATTAGAGGGAAAAACAT------A-------------CGT---------A-----------CA-TTATCC----TC-A-C-----AA--A--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCAA-------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TT-CA----A-C--AA-----------------------------------------TG-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTAAAAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-AGTTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCA---------------AT-AT--C-A-A-G--AAAAACT---------------CAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GAT-----AAAT-AAAAAGA-AAACAATTTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTATAAAA--C----G---CAATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------GGGCACAC---TAA-ATG-ATA-G---AGATACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 1 1 1 222222 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555 1111111 11111 55555555555555555555555555555555 22222222222 2222222222222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1111 111 222222222222 1111 33333333333333333 2222222222222222222 111 22222222 1111 22222222222 11111 111111111111111 11111 11111111 2222222
lowQualScore : 6 3 33 3 3 0 0 3 3 5 333 8 5 666666 1 5 4 4 3 3 777 3 33 6 888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 6666 2 2 00000 2 33 2 0 8888888888888888888888888888 3333333 3 888 3 33 3 66666 555 3 666 99999 88 3 55 22222222222222222222222222222222 3 7 2 00000000000 7 3 3 2222222222222222222222222222 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 3 3 3 6666 6 555 3 0 555 88888 3 3 55 3 999 3 6 1 222222222222222222 3 55 66 1111 7 3 3 55 7777 111 3 4 555555555555 3 4444 3 00000000000000000 3333333333333333333 8 4 4 99 222 99 11111111 4 8 4 0000 88888888888 4 44444 8888 4 555555555555555 00000 4 4 8888 55 4 1 55 44444444 5555555 3 4 5 5 6 3
lowQualScore : . . .. . . . . . . . ... . . ...... . . . . . . ... . .. . ...... . ................................................................................................................... ... .... . . ..... . .. . . ............................ ....... . ... . .. . ..... ... . ... ..... .. . .. ................................ . . . ........... . . . ............................ . ............................................................................................................................. . . . . . .... . ... . . ... ..... . . .. . ... . . . .................. . .. .. .... . . . .. .... ... . . ............ . .... . ................. ................... . . . .. ... .. ........ . . . .... ........... . ..... .... . ............... ..... . . .... .. . . .. ........ ....... . . . . . .
lowQualScore : 7 3 88 2 2 2 0 2 5 0 555 8 5 888888 3 0 0 0 1 1 777 1 99 2 888888 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 9 9 00000 9 99 9 7 4444444444444444444444444444 1111111 1 555 1 77 3 77777 888 6 444 11111 66 6 00 77777777777777777777777777777777 6 3 1 77777777777 3 6 6 9999999999999999999999999999 9 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 3 1 1 5555 2 444 3 7 888 88888 3 3 22 3 222 3 7 0 555555555555555555 6 00 33 4444 3 6 6 00 7777 444 6 6 888888888888 6 1111 6 55555555555555555 3333333333333333333 0 0 0 55 111 55 55555555 0 0 0 6666 22222222222 0 00000 5555 0 555555555555555 00000 0 0 3333 55 0 0 66 55555555 9999999 6 4 0 0 7 7
consensus : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
Reference ( family-1080 ) : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|1 : AAATGGCATTTAATATTATATTTATTTAA---CAGAA---AATATTTTATGTATAA----GAGTTTA--TAA-TGTGATTTTT--------TGGTGTTAA-TTCAC-C-ACTTGCTACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATC-GAGGTCA-AGGAA------AAACCATCA--------------GTG---------------AACTTTGGAGTGAAAACTATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TT-CT---CCGTCTC-AAC-----AA-TC--AT-CACTTCACTCA-------GA-----AAGTAA-CTG-------TATT-TAATCA----CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G--AA---TAGGGGTTACAAATAA-T--AATT---------------------A--TC-A--GATTTTGTCTG-TAAATAC----------TT-TATAAACA-G-CGA-ACAAAA-----GTA-ATAACATTGGTAT------AAATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------G---------GCAAATAGCC----TATAT--CTCG-TGATG----TA------CT-GTCAT---------T--AT-----------A-A--AAGA----------CTA-A--TTATAAAACAC--AATGATAA-GTA-GAGAAA-C---AC-GTT---C-GAT-AA-GATCGTA-AAAT-AAAT--G-AAATAA-TTAA---------T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TT-CTCAA-TTG-AAAA--C----GCTAT-ACCATTT---G---A-A--GA-GAG----CGAG-AAGGGAGGGGGGGGTGGGGGGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAGT-TCATGTG--CGACCTT-----TCAAT-ATTATTCC-T-TAC----AAAT----C------TGGA-----GGTA----G-AGA--A---TA-----CTTT-----TT-AAG-TCA-T--AGC--G-TAT-C--A--------AATT
gi|10 : agtactgaggagcaccgctccccttatcctcatcccccggccctggtgacatacacctttgaccaatctaaaggATTT-GTCTG-TAAATAATTATA-CA--TT-----------------CAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTt
gi|10 : caTATACA-TTCAAA-AGTA--AATATAT---TCG-TGTTGCTCATATGCGACCC-GTCAT-TATGGCGTC--ATAT-AT--T------------ATTT-A---TTTA-A--TCAT-AGACGT-AAAGCAG-A-CTATG----A-CTAAAT-GTG---C--A--AA-GAAC-TA-TGAT-AAA---G-AACCAA-TTTAAT-----T-T--T----TGTA-AGTC--ATAA-CA----T-TTCCCAAG-TTA-AAAA--CTTGCG---T-ATCATTTGA-T---ACA--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------G---GGGCACG--TACG--CAG--AC--GTG--CGTC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-T--AAGT----A------T-AAT----GAAA----G-A-A--A---CA-----ATTTGATTTTT-AAG-TCA-T--AAC--A-TTT-CCTA--------AATTGAA-----TTGAAATCGT-catatgcgacccgtcattatggcgtcatatattatttatttaatcatagacgtaaagcagactatgactaaatgtgcaaagaactatgataaagaaccaatttaatttttgtaagtcataacatttcccaagttaaaaacttgcgtatcatttgatacagagagagagagagggggggggcacgtacgcagacgtgcgtctcaatgttatttcttactaagtataatgaaagaaacaatttgatttttaagtcataacatttcctaaattgaattgaaatcgt
gi|11 : caatttgtctgtaaataatA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-CCG-CA-CAA--AAGGCCAATCTGAGGTCA-GGG-T------AAAC-ATCCTTGAGTTGCCA---GTG---------------AAAA-------------CATT--------------------AT------------CGTTAGGCCTACA-----------TTTCT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAAAAAAGTGG-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAATTAATAATTTT-CAACA-T-GTATTA---G-CAA---T-----TTATT--TGA-TAAAAGGTAAAAGTG-------------ATGTCAA--GATTT-GTCTGTTAAA------TA-CA--TT-TATAAACA-GCCGATACAAAA-----GTA-A----------AT------
gi|12 : aatttattttatgcatacactgtgccagttatgtaattaagggttTATCTTTAA-TTCAC-C-ACTTG-TACAATGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGAT------AAAC-ATCT--------------GTG---------------A----------------CGTTAGAGTGAAA-----------A-------------CAT---------A-------------------C----GT-A-C-----A------AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTGTAGATTCTATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---ct
gi|13 : atgtataaagacagtatatctatatgatgacggTTTA-CGACGAATTCACTC-ACTTG-TA-AACGCGCG-C-G-CA-CCAAAGAGGTCAATCT-AGGTCATGGGGT------AAAC-ATCC--------------GTGACCGTTGCAAGTAAAA----------------CATG--------------------A-------------CGTAC-------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AACTCTGAT-CACT-----CA-------GA-----AA-----t
gi|14 : ctctcatatctaactgttccgacagtagttaC-GTCATATAT-----T--ATCT-AC--GTA-T-ATCAGG--CTATGAT-TTAATA--TTGT-A----CTAAATGAT-A-GCA-G----A-C---AT-GTG---C-----AA-AATC-CA-TGAT-AAA---G-AGACAA-TTaggtg
gi|15 : aaatctattagtgttgctcatatgcgacccatcattatgg-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--AA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-TAACAA-TTTAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-CT----T-TTCCTAAA-TTG-AAAACGC----G---T-ATCATTT---GAGAG-A--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------t
gi|16 : T---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------AAAAAGTGA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-GTA-TA---G-CAA---T-----TGATA--TGATT--AAGG-------
gi|17 : ATATG----C--ATGT-AT--GTA-A-A--GA-AACTA-A---TTTA-ACGTCAT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----A-C---ttaaaaatgtgtcaaag
gi|18 : tcgcgttgctaaacgacattagacatgcgacttcggcCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGTAAATGAAAAC-ATAG--------------GT----------------A----------------CATT--------------------CT------------CAC---------A-----------CC-ATG--C----TC-A-CAATTGAA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----A----------------------AATCAA---CAA-CAATAca
gi|19 : TTAATTATTATTTCTGAATGATAATTTCTAAGTGATACTTCATG--ATACTGTTTTAATGTTGGAATGAAAGGTTT-ATTTACAA
gi|2 : ga-TTCAC-C-GCTTG-TAACACGCGCGGC-GGCA-C-A--AAGGTCAATCTGAGGTCATGGGGT------AA-C-ATCCTGGTGACCGTTGCCGTG---------------AAAA-------------CATA--------------------C-------------CGT---------AGGCGCTAACATTC-TT---C----TCGA-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAACAAAC-GT-----GA-----CTGG------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTT--CACAA-T-G---TACTAG-CAA---C-----TTATT--TGA-T--AAAG-------GTATAAAAATGATTG--TC-AAAGATTT-GTCTG-TAAAC------------CT-TATAAACATG-CGATACAAAA-----G-A-A----------AT------CTAT-CGCGTTGCTA-AACG-CAT----C-A-GTT-AGACAT------------GCG--A--------CTCG-T----------------CA-ATTATACA--------------AT--GTA-A-A--AGGAATTA-AGT-C---------AT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----ATC---AC-ATG---CCGA--AATGATC-TATAAAT-AAA---G-AAACAA-TTTTAT-----T-T--T----T--ATAGTC--ATAA-TAACAAT-TTCCTAAAATTG-AAAA--C----GCT-T-ATCATTT---A---G-A--GA-GAG----AGAA-AA-----------------GGGGGGGGGGGGCG------C---TGA-AGT-ATA-G--TA---ACATATG--CGACCAAACGAGTCAG--GTTATTTCTT-TAC-A--AAAT----CCTTATGT-AAGAAGTGGTATAACG-A-ACTAAGTCA-----ATTT-----TTGGAG-TCA-TGAAACAAA-TTT-TCTA--------AATTGAA-----TTGAAAACGTAA-TC-ATTTTGAGAGAGAGA
gi|20 : atgtctgaaaagactctggtgttctatattaatgtgacgaagtaaattctttag-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGgagagaagagagagaaga
gi|3 : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTACA-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ACAA-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GATGAG----CGAT-AA-----------------AGGGG--------G------C---TG--ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTA-TTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-T--A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|4 : TTAATTATAATTTCTGAAT-ATAATTT-AAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA------------------------A-----CTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACAC-TGA-T--AAGG---------------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GAT-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CCCGTCATACATG----T--ATAT-ATATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AA-T-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----------AT---ATAT-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-A--GA-GAG----CGAGTAA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-A-TC-A-TT
gi|5 : TATAGAGTT--ATAAAATGTGATTTTT--TG--TTTA------A-TTCAC-CCACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CAACCA--GGGTTCAATCTGAGGTCA-AGGAT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------GACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAA-------------CGT---------AA----------TT-CT---C----TC-A-CT----AA-TC--ATTCACTTC---CA-------GA-----AAAGTAACTG-------TATT-TAATCAATTACAA-TA-TAATTTC-CACAAAT-G---TA---GATAAGGGT-----TCAAA--TAA-T--A--T-------T-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATA-----A-CA--TT-TATAAAC--G-CGATACAAA------GTA-A----------ATCATTGTATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------GGCATAG---GCCTATAGCG------------TCG-TGATT----AA------CT-G--------G----C--ATAT-AT--------A--AAAAACTA-A-----------TT-T-AAACAACAAATGAT-AAGTA-G----A-C---CCAGCGGTTC-GATAAG-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAT--A-TTAAAT-----T-T--T----A--A-AGTCTAATAA-TA----T-TTCCTCAA-TTG-AAA---C----G---T-ACCATTG---T---G-A--GA-GAGGCG-AAAG-GG-----------------AGGGG--------GAAGGC-C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--TCATGTGG-CGAC--------TCAAT-ATTAT--C-T-TAC-A--AAAT----C------T-GA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT---------T--AA------GT-CCT------------------------AAAGCGT-A-TCAA-TTTGAGAGTGAG
gi|6 : ttatgTCAC-C-ACT-G-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AA-C-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AT-TC--AT-CA-----------------------AA-----CTG-------TATT-TAATCAAA--CAA--AATAATTTTTCACAA-TTG---TA---G-CA----T-----TTACC--TGA-T--AAAG-------G-------------A--TCCA--GATTT-GTCTTCTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAC----GTATA----------ATT-----ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTAACT-A-TTTCAGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCGATGATG----TA------CCCGTC-TACATG----TTAATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AATATTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA--AAAAT-----T-T--TATA-T--A-ATCC--AGTA-TAT---T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-AACGA-GAG----CGAG-TA-----------------AGGGG--------G------C---TGACATG-ATA-GT-TAG--ACATGT---CGAC--------TCAAT-GTTATTTCGT-TAC-AACAAAT----C------T-AA-----GGTA----GAA-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAGTTCA-A--AAC--A-TAA-CCTA--------AATTG-A-----ATGAAAACGT-ATTC-A-Tccacggacgagagagaagaggagagagaagaagagagagag
gi|7 : AC-C-ACTTG-TACAACGCACG-C-G-CA-CTA--AAGGTCAATCTGAGACCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTG---------------A----------------CGTT--------------------AG------------TAT---------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACA-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TAACTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-TACAA-T-GCA-TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------T--TA-A--AATT---------------------CG--TT-TACAAACA-G-CGAGACAATA-----GTA-A----------AT------ATATTAGTGTTGCT----C-ATAT-------------GCGACCCG-T-CATAGGGCGTCA-TATAT--T------ATT----TA-------C-GTAGAGCA-G----T--CTATGAT--TTG-ATA--ATGATCTT-GAT-T----A--TTGT-----ACTAAATGAT-A-GTA-G----ATC---A--GTG---C-----AA-ACCC-CA-TTATGAAA---GAAAACAATTTTAAT-----T-TACTTATGT--A-AGTC--ATAACTA----T-T---CAAC-TCG----T--C----G---T--TCATTTGCAT---G-A--CA-GAGATGAAGAG-GAGG---------------GGGGG--------G------CGGGCGC-ACGTATC-G--CAG---CGTGTGGCCGAC--------TCAATCATTATTTC-TCTACTT--AAAT----CT-----T-AA-----A--A----G-A-A--A---CATTTACATTG-----TT-AAG-TCCTT--AAC--ATTATGCCTACAAATTTGAATTG-AAAACTTTAGAAACGT-A-TC-A-T
gi|8 : TG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATT--------------------AGAGGGAAAACATACGT---------ACA---------TT-AT---C----TC-A-C-----AA-AC--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCA--------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TTTCA--CAA-T----------------------------------------------G-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTA-AAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-A-TTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCATA--------------T-AT--C--------AAGAAC-A-AAC-TC--------AT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-AAACAA-TTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTA-AAAA--C----G---C-ATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------G------g
gi|8 : aA-ATG-ATA-GAGTAA--GCATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-ggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|9 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATTAGAGGGAAAAACAT------A-------------CGT---------A-----------CA-TTATCC----TC-A-C-----AA--A--AT-CACT-----CA-------GAAAGGTGA-----CTG-------TGTC-TAATCAA-------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TT-CA----A-C--AA-----------------------------------------TG-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTAAAAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-AGTTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCA---------------AT-AT--C-A-A-G--AAAAACT---------------CAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GAT-----AAAT-AAAAAGA-AAACAATTTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTATAAAA--C----G---CAATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------GGGCACAC---TAA-ATG-ATA-G---AGATACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA--------AATTG-AAT---TTG-AAACGT-A-TC-
blockSeqs : G . . T T . T T G TAA C T ATCGAC T A T C . G CG A AA T AAATGA . CTGGTGACCGTTGCCGTGAAAACATACCGTAGGCGCTAACATTC ATC . G . AATTG C TG T CAAAAAAGTGGGA TAGATTC T TTA T TT A GTAT CTA A GGG . C T AA AGGTATAAAAATGATTGTCAAA . T A CATGTAGCAAG A T C GTAAATCATTGT T TAACTATTTCAGATATACATGTATATAGCAATATATCTCGATGATGTACCCGTCTACATGTTAATATATTTAAAAAGAACTAAATATTTAA . T . A T . T TAA A GTT GATA T . TA G AAG A T T TTACTTATGT T TA CT ACAA G A T CG TTGC CT A T GATACA T ATGA T GG GGGGGGGCGC C T C AG ATA GC CAAACGAG C T C AAC CCTTATG . GAAGT TAAC A ACTAAGTCA GATTT G T TGA AA T T GC CAAATTTG AAAACT A A T A . C
blockSeqs : . . . T T . T T . TAA C . ATCGAC T . . . . . GG . . T . . CTTGAGTTGCCAGTGAAAACATTATCGTTAGGCCTACATTT G . . . T . . . TCCAGAAAAGTAA G . A . T . GTA . . . . . . . GGTAAAAGTGATGTCAA . C A CATGTAGCAAG A . . TGTTTGTCAA T TACTATTTAGATATACATGTATATAGCAATATATCTCGTGATGTACCCGTCATACATGTATATATATTTAAAAAGAACTAAATTTTAA . C . . . . T . . . CGA . . T . . . T T ACCGGTATTT . . C T G . . . . . . T GAGAGA . GCG . . GGGCACAC C . . T A G . . G . TT TTAAT . T . . AACATTTAC . . . TT . . T C . AAT A . . . . T
blockSeqs : . T T . T A . A A . TG T . . . . . G . . . . . AGTGAGACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAACGTAATT . . . . . . . . CAACAAACGTGA . . . . T . GCA . . . . . . . AGGATCCA . . A ATTATACA . . . TGTTTGTCAA . TACTATTTAGATATACATGTATATAGCAATATATCTCGTGATGTACCGTCATACATGTATATATTTACAAAAGAACTAAATTTTAA . C . . . . . . . . GA . . T . . . . T ACCGGTATTT . . C . . . . . . . . T GCATGA . . . . GAAGGCC . . . . A . . . . . T TTAAT . . . . AACA . . . T . . A T . AAT A . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . CGTGACCGTTGCAAGTAAAACATGACGTACATT . . . . . . . . CAGAAAGGTGA . . . . T . TG . . . . . . . GGGATCA . . A CATGTACA . . . CGTATAATT . GCGACCCGTCATAGGGCGTCATATATTATTTACGTAGAGCAGTCTATGATTTGATAATGATCTTGATTA . C . . . . . . . . GA . . T . . . . A TTTATAT . . T . . . . . . . . T TGAAC . . . . GCGGG . . . . A . . . . . A CT . . . . AACA . . . A . . A C . AA A . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . CGTAACATTAGAGGGAAAACATACGTACATT . . . . . . . . CAAAAAAGTGA . . . . T . G . . . . . . . GGGTTAA . . A CATGTACA . . . GTAAAT . ACATTTATAAACAATGATACAAACGTGTTGCTCATATGCAACCCGTCATATATCAAGAACAAACTC . C . . . . . . . . GA . . A . . . . A TTTTGT . . T . . . . . . . . T AGA . . . . GG . . . . A . . . . . A A . . . . AACA . . . A . . G C . A A . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . CGTAACATTAGAGGGAAAAACATACGTACA . . . . . . . . CAGAAAGGTGA . . . . T . G . . . . . . . GGATCA . . A CATGTACA . . . GTAAAT . ACAGTTTATAAACAATGATACAAACGTGTTGCTCATATGCAACCCGTCAATATCAAGAAAAACT . C . . . . . . . . GA . . A . . . . A TTTT . . T . . . . . . . . T TGA . . . . GC . . . . T . . . . . A C . . . . AACA . . . T . . A C . A G . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . TGTGACGTTAGAGTGAAAACATA . . . . . . . . CAGAAAGGTGA . . . . C . G . . . . . . . TTATCA . . A TACA . . . GTAAAT . TAGGCATAGGCCTATAGCGTCGTGATTAACTGGCATATATAAAAAACTAA . C . . . . . . . . GA . . A . . . . A TTTT . . T . . . . . . . . A TGA . . . . GC . . . . A . . . . . A C . . . . AACA . . . A . . A C . A . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . CGTGACGTTAGTATATT . . . . . . . . CAGAAAGGTGA . . . . T . G . . . . . . . . . . . ACA . . . GATAAT . CAGTTAGACATGCGACTCGTCAATTATACAATGTAAAAGGAATTAAGTC . T . . . . . . . . GA . . A . . . . T TTTT . . T . . . . . . . . A TGA . . . . GC . . . . G . . . . . A C . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . GGTACATTCTCACACC . . . . . . . . CAGAAA . . . . . . G . . . . . . . . . . . CG . . . GTAAAT . C . . . . . . . . A . . T . . . . T TTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGTGACATTACGTATC . . . . . . . . CAGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAAAT . C . . . . . . . . . . . T . . . . T TTT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGTGACATTACGTATC . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGTGACATTACGTATC . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqCons : **** CAGAAAGGTGA***************** ***** ** GGGATCA************************* CATGTACA*** GTAAAT********************** **** GA*** *** TTTT************** *** ***************** A** ******** A*** AACA*********** AA*****
originalCons : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CA-------GA-----GA-----CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTG-A-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
finalCons : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACTCAGAAAGGTGA-----------------CTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGGGATCA-------------------------GATTT-GTCTG-TAAATACATGTACA---TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAGTAAAT----------------------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-AT--TTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---CGA---AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAATTTTT--------------A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAGA--CATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TACA---AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-AAACA-----------ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA--------AATTGAA-----TTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 1 1 1 222222 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 11111 1111111 11111 55555555555555555555555555555555 22222222222 2222222222222222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 1111 111 222222222222 1111 33333333333333333 2222222222222222222 111 22222222 1111 22222222222 11111 111111111111111 11111
lowQualScore : 6 3 33 3 3 0 0 3 3 5 333 8 5 666666 1 5 4 4 3 3 777 3 33 6 888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 6666 2 2 00000 2 33 2 0 11111 5 44444 3333333 3 888 3 33 3 66666 555 3 666 99999 88 3 55 22222222222222222222222222222222 3 7 2 00000000000 7 3 3 2222222222222222222222222222 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 3 3 3 6666 6 555 3 0 555 88888 3 3 55 3 999 3 6 1 999999999999999 55 3 55 66 1111 7 3 3 55 7777 111 3 4 555555555555 3 4444 3 00000000000000000 3333333333333333333 8 4 4 99 222 99 11111111 4 8 4 0000 88888888888 4 44444 8888 4 555555555555555 00000 4 4 8888 55 4 1 55 4 55 4 5 5 5 8 3
lowQualScore : . . .. . . . . . . . ... . . ...... . . . . . . ... . .. . ...... . ................................................................................................................... ... .... . . ..... . .. . . ..... . ..... ....... . ... . .. . ..... ... . ... ..... .. . .. ................................ . . . ........... . . . ............................ . ........................................................................................................................... . . . . . .... . ... . . ... ..... . . .. . ... . . . ............... .. . .. .. .... . . . .. .... ... . . ............ . .... . ................. ................... . . . .. ... .. ........ . . . .... ........... . ..... .... . ............... ..... . . .... .. . . .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 7 3 88 2 2 2 0 2 5 0 555 8 5 888888 3 0 0 0 1 1 777 1 99 2 888888 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 1111 9 9 00000 9 99 9 7 11111 7 99999 1111111 1 555 1 77 3 77777 888 6 444 11111 66 6 00 22222222222222222222222222222222 6 3 1 77777777777 3 6 6 9999999999999999999999999999 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 3 1 1 5555 2 444 3 7 888 88888 3 3 22 3 222 3 7 0 777777777777777 00 6 00 33 4444 3 6 6 00 7777 444 6 6 888888888888 6 1111 6 55555555555555555 3333333333333333333 0 0 0 55 111 55 55555555 0 0 0 6666 22222222222 0 00000 5555 0 555555555555555 00000 0 0 3333 55 0 0 66 0 55 6 0 7 7 0 7
consensus : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAG-AAAGGT--GACTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-ATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA-AA--TTGAATTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
Reference ( family-1080 ) : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGAGTTTAATTAGCTGTGATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCN--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAG-AAAGGT--GACTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--C-A-TTT-AGATATACA-TGCATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-ATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCG---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTNAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TTCCTAAA-TTG-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GA-GAG----AGAG-AA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-T--AAC--A-TNT-CCTA-AA--TTGAATTGAAAACGT-A-TC-A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|1 : AAATGGCATTTAATATTATATTTATTTAA---CAGAA---AATATTTTATGTATAA----GAGTTTA--TAA-TGTGATTTTT--------TGGTGTTAA-TTCAC-C-ACTTGCTACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--GAGGTCAATC-GAGGTCA-AGGAA------AAACCATCA--------------GTG---------------AACTTTGGAGTGAAAACTATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TT-CT---CCGTCTC-AAC-----AA-TC--AT-CACTTCACTCAG-AAAG-T--AACTG-------TATT-TAATCA----CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G--AA---TAGGGGTTACAAATAA-T--AATT---------------------A--TC-A--GATTTTGTCTG-TAAATAC----------TT-TATAAACA-G-CGA-ACAAAA-----GTA-ATAACATTGGTAT------AAATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------G---------GCAAATAGCC----TATAT--CTCG-TGATG----TA------CT-GTCAT---------T--AT---------A-A--AAGA----------CTA-A--TTATAAAACAC--AATGATAA-GTA-GAGAAA-C---AC-GTT---C-GAT-AA-GATCGTA-AAAT-AAAT--G-AAATAA-TTAA---------T--T----T--A-AGTC--ATAA-TA----T-TT-CTCAA-TTG-AAAA--C----GCTAT-ACCATTT---G---A-A--GA-GAG----CGAG-AAGGGAGGGGGGGGTGGGGGGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAGT-TCATGTG--CGACCTT-----TCAAT-ATTATTCC-T-TAC----AAAT----C------TGGA-----GGTA----G-AGA--A---TA-----CTTT-----TT-AAG-TCA-T--AGC--G-TAT-C--A-AA--TT
gi|10 : agtactgaggagcaccgctccccttatcctcatcccccggccctggtgacatacacctttgaccaatctaaaggATTT-GTCTG-TAAATAATTATA-CA--TT-----------------CAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTt
gi|10 : caTATACA-TTCAAA-AGTA--AATATAT---TCG-TGTTGCTCATATGCGACCC-GTCAT-TATGGCGTC--ATAT-ATT------------ATTT-A---TTTA-A--TCAT-AGACGT-AAAGCAG-A-CTATG----A-CTAAAT-GTG---C--A--AA-GAAC-TA-TGAT-AAA---G-AACCAA-TTTAAT-----T-T--T----TGTA-AGTC--ATAA-CA----T-TTCCCAAG-TTA-AAAA--CTTGCG---T-ATCATTTGA-T---ACA--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------G---GGGCACG--TACG--CAG--AC--GTG--CGTC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-T--AAGT----A------T-AAT----GAAA----G-A-A--A---CA-----ATTTGATTTTT-AAG-TCA-T--AAC--A-TTT-CCTA-AA--TTGAATTGAAATCGT-catatgcgacccgtcattatggcgtcatatattatttatttaatcatagacgtaaagcagactatgactaaatgtgcaaagaactatgataaagaaccaatttaatttttgtaagtcataacatttcccaagttaaaaacttgcgtatcatttgatacagagagagagagagggggggggcacgtacgcagacgtgcgtctcaatgttatttcttactaagtataatgaaagaaacaatttgatttttaagtcataacatttcctaaattgaattgaaatcgt
gi|11 : caatttgtctgtaaataatA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACGCGCG-CCG-CA-CAA--AAGGCCAATCTGAGGTCA-GGG-T------AAAC-ATCCTTGAGTTGCCA---GTG---------------AAAA-------------CATT--------------------AT------------CGTTAGGCCTACA-----------TTTCT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAA-AAAAGTGGGACTG-------TATC-TAATCAA---CAATTAATAATTTT-CAACA-T-GTATTA---G-CAA---T-----TTATT--TGA-TAAAAGGTAAAAGTG-------------ATGTCAA--GATTT-GTCTGTTAAA------TA-CA--TT-TATAAACA-GCCGATACAAAA-----GTA-A----------AT------
gi|12 : aatttattttatgcatacactgtgccagttatgtaattaagggttTATCTTTAA-TTCAC-C-ACTTG-TACAATGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGAT------AAAC-ATCT--------------GTG---------------A----------------CGTTAGAGTGAAA-----------A-------------CAT---------A-------------------C----GT-A-C-----A------AT-CACT-----CAG-AAAGGT--GACTGTAGATTCTATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---ct
gi|13 : atgtataaagacagtatatctatatgatgacggTTTA-CGACGAATTCACTC-ACTTG-TA-AACGCGCG-C-G-CA-CCAAAGAGGTCAATCT-AGGTCATGGGGT------AAAC-ATCC--------------GTGACCGTTGCAAGTAAAA----------------CATG--------------------A-------------CGTAC-------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AACTCTGAT-CACT-----CAGAAAAGGT--Gt
gi|14 : ctctcatatctaactgttccgacagtagttaC-GTCATATAT-----T--ATCT-ACGTA-T-ATCAGG--CTATGAT-TTAATA--TTGT-A----CTAAATGAT-A-GCA-G----A-C---AT-GTG---C-----AA-AATC-CA-TGAT-AAA---G-AGACAA-TT
gi|15 : aaatctattagtgttgctcatatgcgacccatcattatgg-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--AA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-TAACAA-TTTAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ATAA-CT----T-TTCCTAAA-TTG-AAAACGC----G---T-ATCATTT---GAGAG-A--GA-GAG----AGAG-AG-----------------AGGGG--------G------t
gi|16 : T---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAA-AAAAGT--GACTG-------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-GTA-TA---G-CAA---T-----TGATA--TGATT--AAGG-------
gi|17 : ATATG----C--ATGT-ATGTA-A-A--GA-AACTA-A---TTTA-ACGTCAT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----A-C---ttaaaaatgtgtcaaag
gi|18 : tcgcgttgctaaacgacattagacatgcgacttcggcCA--AAGGTCAATCTGAGGTCA-GGGGTAAATGAAAAC-ATAG--------------GT----------------A----------------CATT--------------------CT------------CAC---------A-----------CC-ATG--C----TC-A-CAATTGAA-TC--AT-CACT-----CAG-AA------------------------AATCAA---CAA-CAATAca
gi|19 : TTAATTATTATTTCTGAATGATAATTTCTAAGTGATACTTCATG--ATACTGTTTTAATGTTGGAATGAAAGGTTT-ATTTACAA
gi|2 : ga-TTCAC-C-GCTTG-TAACACGCGCGGC-GGCA-C-A--AAGGTCAATCTGAGGTCATGGGGT------AA-C-ATCCTGGTGACCGTTGCCGTG---------------AAAA-------------CATA--------------------C-------------CGT---------AGGCGCTAACATTC-TT---C----TCGA-C-----AA-TC--AT-CACT-----CAACAAACGT--GACTGG------TATC-TAATCAA---CAA-TAATAATTT--CACAA-T-G---TACTAG-CAA---C-----TTATT--TGA-T--AAAG-------GTATAAAAATGATTG--TC-AAAGATTT-GTCTG-TAAAC------------CT-TATAAACATG-CGATACAAAA-----G-A-A----------AT------CTAT-CGCGTTGCTA-AACG-CAT----C-A-GTT-AGACAT------------GCG--A--------CTCG-T----------------CA-ATTATACA--------------ATGTA-A-A--AGGAATTA-AGT-C---------AT-AAACACCTAATGAT-A-GTA-G----ATC---AC-ATG---CCGA--AATGATC-TATAAAT-AAA---G-AAACAA-TTTTAT-----T-T--T----T--ATAGTC--ATAA-TAACAAT-TTCCTAAAATTG-AAAA--C----GCT-T-ATCATTT---A---G-A--GA-GAG----AGAA-AA-----------------GGGGGGGGGGGGCG------C---TGA-AGT-ATA-G--TA---ACATATG--CGACCAAACGAGTCAG--GTTATTTCTT-TAC-A--AAAT----CCTTATGT-AAGAAGTGGTATAACG-A-ACTAAGTCA-----ATTT-----TTGGAG-TCA-TGAAACAAA-TTT-TCTA-AA--TTGAATTGAAAACGTAA-TC-ATTTTGAGAGAGAGA
gi|20 : atgtctgaaaagactctggtgttctatattaatgtgacgaagtaaattctttag-TACAACGCGCG-C-G-CA-CCA--AAGGTCAATCTGgagagaagagagagaaga
gi|3 : TTAATTATAATTTCTGAATGATAATTT-TAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA--------------------ACTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GTA-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TA------CC-GTCATACATG----T--ATAT-ATTTACA-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA-TTAAAT-----T-T--T----T--A-AGTC--ACAA-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCATTT---T---G-A--GATGAG----CGAT-AA-----------------AGGGG--------G------C---TG--ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTA-TTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA-AA--TTG-ATTGAAAACGT-A-T--A-TTTGAGAGCGAGATTCGGGAGG
gi|4 : TTAATTATAATTTCTGAAT-ATAATTT-AAAATGATACTTCATA--ATACTTTTTTAATGTCGGAATGGAAGGTTT-ATTTACAATATTGA-TTTAATTAGCTG-GATTTTTATCGACTTTATCGTCGA-TTCAC-C-ACTTG-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CA--------------------ACTG-------TATT-TAATCAA---CAA-TAATAATTTT-CACAA-T-G---TA---G-CAA---T-----TTACAC-TGA-T--AA-G-------G-------------A--TC-A--GATTT-GTCTC-TAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAA-----GAT-A----------AT------ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA--CTA-TTT-AGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCG-TGATG----TAC-----CC-GTCATACATGTA--T--ATAT-ATTTA-A-A--AAGAACTA-AAT-TTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-T--AAAT-AAA---G-AAACAA-TTAAA------T-T--T----T--A----T--ATAT-TA----T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-A--GA-GAG----CGAGTAA-----------------AGGGG--------G------C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--ACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAAT----C------T-AA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAG-TCA-A--AAC--A-TAA-CCTA-AA--TTGAA-TGAAAACGT-A-TC-A-TT
gi|5 : TATAGAGTT--ATAAAATGTGATTTTT--TG--TTTA------A-TTCAC-CCACTTG-TACAACGCGCG-C-G-CAACCA--GGGTTCAATCTGAGGTCA-AGGAT------AAAC-ATCA--------------GTG---------------A----------------GACTTTGGAAGTGAAAAACAATTAA-------------CGT---------AA----------TT-CT---C----TC-A-CT----AA-TC--ATTCACTTC---CAG-AAAAGT--AACTG-------TATT-TAATCAATTACAA-TA-TAATTTC-CACAAAT-G---TA---GATAAGGGT-----TCAAA--TAA-T--A--T-------T-------------A--TC-A--GATTT-GTCTG-TAAATA-----A-CA--TT-TATAAAC--G-CGATACAAA------GTA-A----------ATCATTGTATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTA-----------GGCATAG---GCCTATAGCG------------TCG-TGATT----AA------CT-G--------G----C--ATAT-AT------A--AAAAACTA-A-----------TT-T-AAACAACAAATGAT-AAGTA-G----A-C---CCAGCGGTTC-GATAAG-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAT--A-TTAAAT-----T-T--T----A--A-AGTCTAATAA-TA----T-TTCCTCAA-TTG-AAA---C----G---T-ACCATTG---T---G-A--GA-GAGGCG-AAAG-GG-----------------AGGGG--------GAAGGC-C---TGA-ATG-ATA-G--TAG--TCATGTGG-CGAC--------TCAAT-ATTAT--C-T-TAC-A--AAAT----C------T-GA-----GGTA----G-A-A--A---CA-----ATTT-----TT---------T--AA------GT-CCT--------------AAAGCGT-A-TCAA-TTTGAGAGTGAG
gi|6 : ttatgTCAC-C-ACT-G-TACAACACGCA-C----A-CCA--GAGGTCATTCTGAGGTCA-GGGGT------AA-C-ATCA--------------GTG---------------A----------------CATT--------------------A-------------CGT---------A-----------TC-CT---C----TC-A-C-----AT-TC--AT-CA-------------------AACTG-------TATT-TAATCAAA--CAA--AATAATTTTTCACAA-TTG---TA---G-CA----T-----TTACC--TGA-T--AAAG-------G-------------A--TCCA--GATTT-GTCTTCTAAATACATGTA-CA--TT-TATAAACA-G-CGATACAAAAC----GTATA----------ATT-----ATATTCGTGTTGCTG-AACAATATTAACT-A-TTTCAGATATACA-TGTATATAGCA--A-TATAT--CTCGATGATG----TA------CCCGTC-TACATG----TTAATAT-ATTTA-A-A--AAGAACTA-AATATTTA-A--TTAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GCT---C-GA--AA-GATC-TA-AAAT-AAA---G-AAACAA--AAAAT-----T-T--TATA-T--A-ATCC--AGTA-TAT---T-TTCCTAAA-TTA-AAAA--C----G---T-ATCA-TT---T---G-AACGA-GAG----CGAG-TA-----------------AGGGG--------G------C---TGACATG-ATA-GT-TAG--ACATGT---CGAC--------TCAAT-GTTATTTCGT-TAC-AACAAAT----C------T-AA-----GGTA----GAA-A--A---CA-----ATTT-----TT-AAGTTCA-A--AAC--A-TAA-CCTA-AA--TTGAA-TGAAAACGT-ATTC-A-Tccacggacgagagagaagaggagagagaagaagagagagag
gi|7 : AC-C-ACTTG-TACAACGCACG-C-G-CA-CTA--AAGGTCAATCTGAGACCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTG---------------A----------------CGTT--------------------AG------------TAT---------A-----------TT-CT---C----TC-A-C-----AA-TC--AT-CACA-----CAG-AAAGGT--GACTG-------TAACTTAATCAA---CAA-TAATAATTTT-TACAA-T-GCA-TA---G-CAA---T-----TTACA--TGA-T--AAGG-------G-------------T--TA-A--AATT---------------------CG--TT-TACAAACA-G-CGAGACAATA-----GTA-A----------AT------ATATTAGTGTTGCT----C-ATAT-------------GCGACCCG-T-CATAGGGCGTCA-TATAT--T------ATT----TA-------C-GTAGAGCA-G----T--CTATGATTTG-ATA--ATGATCTT-GAT-T----A--TTGT-----ACTAAATGAT-A-GTA-G----ATC---A--GTG---C-----AA-ACCC-CA-TTATGAAA---GAAAACAATTTTAAT-----T-TACTTATGT--A-AGTC--ATAACTA----T-T---CAAC-TCG----T--C----G---T--TCATTTGCAT---G-A--CA-GAGATGAAGAG-GAGG---------------GGGGG--------G------CGGGCGC-ACGTATC-G--CAG---CGTGTGGCCGAC--------TCAATCATTATTTC-TCTACTT--AAAT----CT-----T-AA-----A--A----G-A-A--A---CATTTACATTG-----TT-AAG-TCCTT--AAC--ATTATGCCTACAAATTTGAATTGAAAAC
gi|8 : TG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATT--------------------AGAGGGAAAACATACGT---------ACA---------TT-AT---C----TC-A-C-----AA-AC--AT-CACT-----CAG-AAAGGT--GACTG-------TGTC-TAATCA--------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TTTCA--CAA-T----------------------------------------------G-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTA-AAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-A-TTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCATA--------------T-ATC--------AAGAAC-A-AAC-TC--------AT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GATC-TA-TAAT-AAA---G-AAACAA-TTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTA-AAAA--C----G---C-ATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------G------tttagaaacgtatcatg
gi|8 : aA-ATG-ATA-GAGTAA--GCATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA-AA--TTGAATTTGAAACGT-A-TC-ggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgatagagtaagcatgtgcgactcaatgttatttcttacaaaatttaattaatgtagattttatgtcatatcatttttaaattgaatttgaaacgtatc
gi|9 : atgtacaacgcgcgcgaaccagagataaatctgaggtcaggggtaaacatccgtaacattagagggaaaacatacgtacattatctcacaaacatcactcagaaaggtgactgtgtctaatcaacaataataattttcacaatgtatacatgtagcaagttacatgatcagggttaaaaatgtttgtcaaatttgtctgtaaaaatatacatttataaacaatgatacaaacgtgttgctcatatgcaacccgtcatatatcaagaacaaactcataaacaccaaatgatagtagacacgtgcgatagatctataataaagaaacaatttaataccggtatttaagtcataaatgtttctaaattaaaaacgcatcaattgagagagaggaagggggggcacactannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG-TACAACGCGCG-C-G-AA-CCA--GAGATAAATCTGAGGTCA-GGGGT------AAAC-ATCC--------------GTA---------------A----------------CATTAGAGGGAAAAACAT------A-------------CGT---------A-----------CA-TTATCC----TC-A-C-----AA--A--AT-CACT-----CAG-AAAGGT--GACTG-------TGTC-TAATCAA-------------------ACAA-T------A---A-TAA---T-----TT-CA----A-C--AA-----------------------------------------TG-TA--TACATGTAGCAAGTTACATGATCA-G-GGTTAAAAAATGTTTGTC-A----------A---------ATTTGT----CTGTAAAAATAT-A--C-AGTTT-A--TAAACAATG-ATACA--A--A-CGTGTTGCTCA-T-ATG----CAAC----CC-GTCA---------------AT-ATC-A-A-G--AAAAACT---------------CAT-AAACACCAAATGAT-A-GTA-G----A-C---AC-GTG---C-GA--TA-GAT-----AAAT-AAAAAGA-AAACAATTTTAATACCGGTAT--T----T--A-AGTC--ATAA--A----TGTTTCTAAA-TTATAAAA--C----G---CAATCAATT------------GA-GAG----AGAG-GA-----------------AGGGG--------GGGCACAC---TAA-ATG-ATA-G---AGATACATGTG--CGAC--------TCAAT-GTTATTTC-T-TAC-A--AAATTTAAT------T-AA-----TGTA----G-A-----------------TT-----TT-ATG-TCA-T--ATC--A-TTT--TTA-AA--TTGAATTTGAAACGT-A-TC-