lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999 1 4 1 777777777777 22 1 7777777777777777777777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 1 1111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888888 4 7777 4 7777777777777777777777777777777 4 111111111111111111 4 4 4
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555 7 0 5 333333333333 77 5 3333333333333333333333 6 3 55 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 3 333333333 0 66 4 2 8888 555 66 5 0 55 3 88 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000000 0 6666 0 2222222222222222222222222222222 0 444444444444444444 0 0 0
lowQualScore : .......................................... . . . ............ .. . ...................... . . .. ........................................................................................................... .. . ......... . .. . . .... ... .. . . .. . .. .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .......... . .... . ............................... . .................. . . .
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 000000000000 55 0 5555555555555555555555 4 6 00 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1 000000000 5 88 7 9 5555 000 44 5 3 55 7 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000000 0 0000 0 0000000000000000000000000000000 0 000000000000000000 0 0 0
consensus : NNTAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGCTTGACATGTAAGTTTNCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTAC-A--AACAAACATTTTTTT-T-TC---------AAAA--A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT-AAAA--TGA-ATA-CG------ATTTACCGTAT--GGAATGTAATTT-ATT---CC---CATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAA---CAG----T--GT-----GG--------AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGGAATTN-AT-TT---T---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC----CCGC----------ATGGCATT-T---A----------------------T-TNTT----AGGGA--TT--TT-----AT--------AT--TTG-TATTTATAACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----NNCGGNGATATTTGTTATNAACTCCGCCCCCCAATGCNTCCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( gi|2 ) : TGTAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTAC-A--AATAAACATTTTTTTAT-TC---------AAAA--A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT-CAAA--TGA-ATA-GA------ATTTACCGTAT--GGAATGTTATTT-ATT---AC---CACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAA---CAA----T--GT-----GG--------AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGGAATTA-AT-TT---T---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CAC----CCAT----------ATGGCATT-T---A----------------------T-TGT-----AGGAA--TT--TC-----AT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTA-----------A-CTCCAAAA----CTC--C--TA---GTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTAC-A--AAT-AACA-GTTTTTAT-TC---------ACAA--A---------TG-AATA---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-AG----GTGCAAATGTGACATA-GAT-----ATTTACCGTAT--GGAAGTTTATTT-ATTTTAAC---C-CCATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC--GTTAGAGAG--------AGG---------G---AGC-G---------T-T---TAG-------GGGGCG------AA--GGGGAATTA-AT-TT---T---AG--ACGTT------TATGAAAA----CAC----CCACCGCACGGTGGATGGCATTGTGGGA----------------------TGTGT-----AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAAAGACACGGGTA-CTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|6 : tgtTGTATACA--CTT-ACA----AATT-CCCT---C-A----TCAACGACACTTGCTAC-A--AA----CATCTTTCC----C---------CAAA--A---------TG-A---------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T-AGAA--TAA-ATA-CG------ATTTATCATGT--GGAATGGAATTT-ATT---CC---CATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGA---CA--------GT-----GG--------AGA---------A---A---A---------T-A---TAG-------A----G-------A--GAGGTGTT---C-CT---T---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TAT----CCAC----------ATtaagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|3 : tCTTAACGACACTTGCT------------TATTTT------------------AAA--A---------CC-AT-A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------AA----GT-AAAA--TAA-ATA-GATCTACAATTTACCTTAAA-GGAATGTAATTT-GTT----CGTTTAAAATTTC--AATC--AAGTCC-AAAAA---CAA----T--GA-----GG--------AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATAG-------G----G------AG--GGGTAATGT-TT-TT---C---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA-------------------AAGGCATT-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTT-TAA-----AGGGA--TT--TT-----GT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATA-----------AGCCCCAAAA----
gi|14 : attatagacaccaaggtagtccacTTAACGACATTTGCTAC-A--AA-----------------C---------AGTG--A---------CG-A--A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATAA----GT-GAAT--TGA-ATA-CA------ATCTATCAAA---GAAATGTAATTT-ATT---CT---CATGATTACTaggtatta
gi|7 : ttTAACGACACTTGCCAC-A--AA--AAGATTTTTCTCT-TCCAGATTGGTGAAA--A---------TGCA--A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACAC----GT-AAAA--TGA-ATG-CA------ATTTAACACAC--AGAATGTAAGTT-ATT---CC---CATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACA---C----------T-----GG--------GGG---------AAATA-C-A---------T-T---TAG-------A----GTTATACAG--GGGGGATcggtggagtc
gi|13 : acTAACGAAACATGCTAT-A--CACAA------TTTTAT-AC---------AAAATGA---------TC-A--ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATAA----GT-AAAA--TGA-CCA-AG------TTTTATCATAT--AGAATATTATTT-ACT---CC---CATGATTTCTCAagcgtatttctgcttttaa
gi|12 : ccttgTAACAGCACTTGCTAC-A--AACAA-------TTTA-------------AAAACGA---------TG-A--A---AA-TGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT-AATA--TGG-ATA-CA------ATTTGGCATATATGGAATG-TATTTCATT---CC---CGTAATTTC
gi|8 : cttgAACAACACTTG-----A--AACAAACAACTTATTTT-TC---------TAAA--AGGC------TG-A--A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT-AATG--TGA-ATA-CT------ATTTATGGTAT--GGAAAGTAACTT-G-T---AC---T-TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA----AG----T----------G--------AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TAT-------G----G------AATGAGGGAATTT-ATGTT---T---GT--AC-TT------G-TTAAA
gi|16 : taAACGATATTTACTACGA--AAT-----TTTTTTTCT-TCCA-------AAAATGA---------TG-A--A---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------GG----GG-GAGG--GGG-GTATGA------ATTTACCGCAT--GGAATGTAATTT-ATT---CC---CTTTATTTCT
gi|4 : GACATTTGTTAC-ATTAACAAA-ACTTTTTT----C---------AAAA--A---------CG-A--A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATAC----AT-CAAA--TGT-ATA-TG------ATTTACCATAT--GGCATGTAATTT-ATT---CC---CATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAA---CAG----TCAGG-----GA--------AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TAG-------G----A------AA--GGGCAATAC-AT-TT---C---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACAC----TC------------------TT-T---A----------------------T-CTTTA---AGAAA--TG--TT-----AT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTA-----------G--GCCAAAA----AAC--A--TA---A--ATGAA-TCC--------ATGCATCTAT-TTTT
gi|10 : tTTGCTAC-A--AACAAAC------TGATCTC---------AAAA--AGGACGAGAATG-A--A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-AG-----T-AAAA--TGA-ATA-AA------ATCTACTATAT--GAAATGTAATTT-ATT---CC---TACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAA---C------T--GT------A--------AGG---------A---A-A-A---------T-T---TA
gi|5 : TTGC-TC---------AAAA--A---------TG-A--A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT-AAAG--TAA-ATA-G-------ATTTACCGCAC--CGAATGC-------------C---CGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAA---CAG----G--GT-----GGGAT-----GGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCG----G------GA--GAAGTAGTATAT-TTGAAT---A---AC--------------AGA--T-TAT----TTGT----------AAGTCCTT-T---G----------------------T-TATTTTTCAGGGATTTT--TT-----TT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTA-----------A-GACCAAAA----acacctgcaatatgaa
gi|11 : cacAAA--TAA-ATC-CC------ATTTATCGTAC--GGAATGT-ATTT-CAT---CC---CATGATTTCTCAATT--AATTCTAAAAa
gi|9 : ctaatcaacgatacttactataattgttttttaaatgatgagtaactaAT--GGAATGTACTTT-ATT---TC---CATGATTTCTCATTTTAAAGTCC---AAA---CAG----T--GG-----GGAAATTTATAAA---------G---A-T-A---------TAT---TAG-------A----G------A------GGATCG-AG-TT---TGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------AT----TT-T---T----------------------T-TTT-----AGTGA--TT--CT-----ATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAACCTAAcagcgggggaaaccatatataggg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACACTTGCTACAAACGTTTTCCAAAAATAATGAAGATCCTATTTATTGTATGGAAAGCATTCATTCCAGTTTCTGCATAAAGTCCAAAAGAGAGTAGAAATTTTATATAGAGA
Unaligned ( gi|17 ): ATGACACGTGCTACATTTTTCTTCTTTCTAAATTGATAACAACTGAATTTGTGTTTTTATCAATTAAATGAATACAATTCCCCGAATAGAATGTA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 2222 11 22222 222 1 11 1 1 222 1 11 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222 444444444444444 44444444444444 11 3333333 1 222222 1 1 11 1 222 1 222222 2 1 11 1 1 222 2 1 11 2 1 1
lowQualScore : 0 3333 88 4 66666 4 222 4 5 3 88 5 5 333 5 66 5 5 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 2 8888888888 2 55 0 66666 2 444 88 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5555555555555555555 99 6 2 666666666666666 66666666666666 4 66 0000000 1 6 5 888888 5 5 77 5 111 5 999999 2 0 5 88 5 5 000 0 5 88 0 5 5
lowQualScore : . .... .. . ..... . ... . . . .. . . ... . .. . . .. ................................................................................................................. .. . . .......... . .. . ..... . ... .. ....................................................................................................................................................................................................... .. ................... .. . . ............... .............. . .. ....... . . . ...... . . .. . ... . ...... . . . .. . . ... . . .. . . .
lowQualScore : 0 5555 55 0 55555 0 000 0 0 0 00 5 5 555 5 55 5 0 77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 5 5 7777777777 5 66 3 22222 2 444 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 7777777777777777777 22 7 2 000000000000000 00000000000000 0 55 5555555 0 0 0 555555 0 0 55 5 000 5 555555 5 0 0 00 0 0 555 0 0 00 0 0 5
consensus : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA--AACAAA-ATTTT-TTT-T---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--AAA-ATGA-ATA------CG--A-TTTACCGTAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG--------AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGG-AATNNAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CA-----CCCGC----------ATGGCATT-T---A------------------TTTTT----AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( family-10734 ) : NNTAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGCTTGACATGTAAGTTTNCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA--AACAAACATTTT-TTT-T---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--AAA-ATGA-ATA------CG--A-TTTACCGTAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG--------AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGG-AATTNAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CA-----CCCGC----------ATGGCATT-T---A------------------TTNTT----AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----NNCGGNGATATTTGTTATNAACTCCGCCCCCCAATGCNTCCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTACA--AAT-AACAGTTT-TTA-T---T---CA--------CA---------A---A---TG-AAT-A---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-AG----GTGCAAATGTGACATA-------GATA-TTTACCGTAT--GGAAGTTTATTTATTTTAACCCC---ATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC-GTTAGAGAG--------AGG---------G---AGC-G---------T-T---TAG-------GGGGCG------AA--GGGG-AATTAAT-TTT---AG--ACGTT------TATGAAAA----CA-----CCCACCGCACGGTGGATGGCATTGTGGGA------------------TGTGT----AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAAAGACACGGGTA-CTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|10 : tgtTTGCTACA--AACAAAC----T-GAT-C---T---CA--------AAAAGGACGAGA---A---TG-A---A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-A-----GT--AAA-ATGA-ATA------AA--A-TCTACTATAT--GAAATGTAATTTATT-----CCTACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAAC--------T--GT------A--------AGG---------A---A-A-A---------T-T---TAtaagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|11 : TAATCAACGATACTTACTATA--A-------TTGT-TTT-T---T--------------A---------A---A---TG-A----------TGA-G-T---A----ACT---------------------------------AAA-ATAA-ATC------CC--A-TTTATCGTAC--GGAATGTATTTCA-T-----CCCATGATTTCTCAATT--AATTCT--AAAAC------AGC--G------GG--------GGA---------A---A-C-acacctgcaatatgaa
gi|12 : cTAACAGCACTTGCTACA--AACAA----------T-T---T---AA--------AA---------ACG-A---TG-A---A---AA-TGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT--AAT-ATGG-ATA------CA--A-TTTGGCATATATGGAATGTATTTCATT-----CCCGTAATTTCcatatataggg
gi|13 : cttgTAACGAAACATGCTATA--CACAA-----TT-TTA-T---A---CA--------AA---------ATG-A---TC-A---ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATAA----GT--AAA-ATGA-CCA------AG--T-TTTATCATAT--AGAATATTATTTACT-----CCCATGATTTCTCA
gi|14 : ccttgTTAACGACATTTGCTACA--AACAG----------------T------------------------G---A---CG-A---A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATAA----GT--GAA-TTGA-ATA------CA--A-TCTATCAAA---GAAATGTAATTTATT-----CTCATGATTACTCGGTG--GAGTC
gi|15 : ttATGACACTTGCTACA--AACG---------TTT-T---C---CA--------AA---------A---A---TA-A---
gi|15 : A-ATGA-AGATC----CT--A-TTTATTGTAT--GGAAAGCA-TTCATT-----CC---AGTTTCTGCATA--AAGTCCAAAAGAG------AGT--tgaagatcctatttattgtatggaaagcattcattccagtttctgcataaagtccaaaagagagtagaaattttatatagaga
gi|16 : atgacacttgctacaaacgttttccaaaaatAACGATATTTACTACG--AA-----ATTTT-TTT-T---CTTCCA--------AA---------A---A---TG-ATGAA---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------GG----GG--GAG-GGGG-GTA------TG--AATTTACCGCAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCTTTATTTCTagaaattttatatagaga
gi|17 : ATGACACGTGCTACA----------TTTT-TCT-TCTTT---CT--------AA---------ATTGA---TA-A---C---AACTGA-A-T---T-TGTG----T-TT----T---TAT---CA-A------T--TAA-ATGA-ATA------CA--A-TTCCCCGAAT--AGAATGTA
gi|2 : TAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTACA--AATAAACATTTT-TTTAT---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--CAA-ATGA-ATA------GA--A-TTTACCGTAT--GGAATGTTATTTATT-----ACCACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAAC------AAT--GT-----GG--------AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGG-AATTAAT-TTT---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CA-----CCCAT----------ATGGCATT-T---A------------------TTG-T----AGGAA--TT-------TCAT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTA-----------A-CTCCAAAA----CTC-------CTAGTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|3 : tgCTTAACGACACTTGCT-----------TATTTT-----------------------AA---------A---A---CC-AT--A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------AA----GT--AAA-ATAA-ATAGATCTACA--A-TTTACCTTAAA-GGAATGTAATTTGTT-----CGTTTAAAATTTCAATC--AAGTCC-AAAAAC------AAT--GA-----GG--------AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATAG-------G----G------AG--GGGT-AATGTTT-TTC---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA--------------------AAGGCATT-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAA-AGGGA--TT-------TTGT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATA-----------AGCCCCAAAA----
gi|4 : attatagacaccaaggtagtccacGACATTTGTTACATTAACAAA-ACTTT-TTT---------CA--------AA---------A---A---CG-A---A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATAC----AT--CAA-ATGT-ATA------TG--A-TTTACCATAT--GGCATGTAATTTATT-----CCCATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAAC------AGTCAGG-----GA--------AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TAG-------G----A------AA--GGGC-AATACAT-TTC---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACA-----CTC------------------TT-T---A------------------TCTTTA---AGAAA--TG-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTA-----------G--GCCAAAA----AACaggtatta
gi|5 : t---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT--AAA-GTAA-ATA-------G--A-TTTACCGCAC--CGAATG--------------CCCGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAAC------AGG--GT-----GGGAT-----GGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCG----G------GA--GAAGTAGTATAT-TTG---A---A----------T-AACAGA--T-TA-----TTTGT----------AAGTCCTT-T---G------------------TTATTTTTCAGGGATTTT-------TTTT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTA-----------A-GACCAAAA----ataaatgaatccatgcatctattttt
gi|6 : cacttgcTCAACGACACTTGCTACA--AACA------TC-TTT-C---C---CC--------AA---------A---A---TG-A----------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T--AGA-ATAA-ATA------CG--A-TTTATCATGT--GGAATGGAATTTATT-----CCCATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGAC------A----GT-----GG--------AGA---------A---A---A---------T-A---TAG-------A----G-------A--GAGG-TGTTC---CTT---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TA-----TCCAC----------ATa
gi|7 : ttgtatacacttacaaattccctcaTAACGACACTTGCCACA--AAAAGATTTTTC-TCT-T---C---CAGATTGGTGAA---------A---A---TGCA---A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACAC----GT--AAA-ATGA-ATG------CA--A-TTTAACACAC--AGAATGTAAGTTATT-----CCCATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACAC------TG---GG-----GG--------AAA---------T---A-C-A---------T-T---TAG-------A----GTTATACAG--GGGG-GAT
gi|8 : acAACAACACTTG----A--AACAAACAACTTATTT-T---T---CT--------AA---------A---AGGCTG-A---A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT--AAT-GTGA-ATA------CT--A-TTTATGGTAT--GGAAAGTAACTTGTA-----CT--TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA-------AGT----------G--------AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TAT-------G----G------AATGAGGG-AATTTATGTTT---GT--AC-TT------agcgtatttctgcttttaa
gi|9 : taAT--GGAATGTACTTTATT-----TCCATGATTTCTCATTTTAAAGTCC---AAAC------AGT--GG-----GGAAATTTATAAA---------G---A-T-A---------TAT---TAG-------A----G------A------G-GATCGAG-TTTGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------------ATT-T---T------------------TTTTT----AGTGA--TT-------CTATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAACCTAAgttaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 11 22222 222 1 11 1 1 11 1 1 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 444444444444444 1111 3333333 1 3333333 1 222222 1 1 11 1 222 1 222222 1 1 11 1 1 222 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : 5 3333 88 1 66666 1 222 1 5 1 88 5 5 77 5 5 5 5 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 8888888888 2 55 0 66666 2 444 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 5555555555555555555 99 6 1 666666666666666 7777 1111111 1 5 0000000 1 5 888888 5 5 77 5 111 5 999999 1 5 5 88 5 5 000 5 5 88 5 5 5
lowQualScore : . .... .. . ..... . ... . . . .. . . .. . . . . .. ................................................................................................................ .. . . .......... . .. . ..... . ... . ....................................................................................................................................................................................................... .. ................... .. . . ............... .... ....... . . ....... . . ...... . . .. . ... . ...... . . . .. . . ... . . .. . . .
lowQualScore : 5 5555 55 0 55555 0 000 0 0 0 00 5 5 55 5 5 5 0 77 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 5 5 7777777777 5 66 3 22222 2 444 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 7777777777777777777 22 7 0 000000000000000 0000 5555555 0 5 5555555 0 0 555555 0 0 55 5 000 5 555555 0 0 0 00 0 0 555 0 0 00 5 0 5
consensus : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA--AACAA----TTTTTT-T---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--AAA-ATGA-ATA------CG--A-TTTACCGTAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AG--GGGG-AAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( family-10734 ) : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA--AACAAA-ATTTTTTT-T---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--AAA-ATGA-ATA------CG--A-TTTACCGTAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGG-AAT---NNAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTACA--AATAAC-AGTTTTTA-T---T---CA--------CA---------A---A---TG-AAT-A---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-AG----GTGCAAATGTGACATA-------GATA-TTTACCGTAT--GGAAGTTTATTTATTTTAACCCC---ATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC-GTTAGAGAG---AGG---------G---AGC-G---------T-T---TAG-------GGGGCG------AA--GGGG-AAT---TAAT-TTT---AG--ACGTT------TATGAAAA----CAC-----CCACCGCACGGTGGATGGCAT---TGTGGGA------------------TGTGT---AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAAAGACACGGGTA-CTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|10 : tgtTTGCTACA--AACAAA----CTGAT-C---T---CA--------AAAAGGACGAGA---A---TG-A---A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-A-----GT--AAA-ATGA-ATA------AA--A-TCTACTATAT--GAAATGTAATTTATT-----CCTACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAAC--------T--GT------A---AGG---------A---A-A-A---------T-T---TAtaagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|11 : TAATCAACGATACTTACTATA--A-------TTGTTTT-T---T--------------A---------A---A---TG-A----------TGA-G-T---A----ACT---------------------------------AAA-ATAA-ATC------CC--A-TTTATCGTAC--GGAATGTATTTCA-T-----CCCATGATTTCTCAATT--AATTCT--AAAAC------AGC--G------GG---GGA---------A---A-C-acacctgcaatatgaa
gi|12 : cTAACAGCACTTGCTACA--AACAA---------T-T---T---AA--------AA---------ACG-A---TG-A---A---AA-TGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT--AAT-ATGG-ATA------CA--A-TTTGGCATATATGGAATGTATTTCATT-----CCCGTAATTTCcatatataggg
gi|13 : cttgTAACGAAACATGCTATA--CACAA-----TTTTA-T---A---CA--------AA---------ATG-A---TC-A---ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATAA----GT--AAA-ATGA-CCA------AG--T-TTTATCATAT--AGAATATTATTTACT-----CCCATGATTTCTCA
gi|14 : ccttgTTAACGACATTTGCTACA--AACAG---------------T------------------------G---A---CG-A---A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATAA----GT--GAA-TTGA-ATA------CA--A-TCTATCAAA---GAAATGTAATTTATT-----CTCATGATTACTCGGTG--GAGTC
gi|15 : ttATGACACTTGCTACA--AACG--------TTT-T---C---CA--------AA---------A---A---TA-A---
gi|15 : A-ATGA-AGATC----CT--A-TTTATTGTAT--GGAAAGCA-TTCATT-----CC---AGTTTCTGCATA--AAGTCCAAAAGAG------AGT--tgaagatcctatttattgtatggaaagcattcattccagtttctgcataaagtccaaaagagagtagaaattttatatagaga
gi|16 : atgacacttgctacaaacgttttccaaaaatAACGATATTTACTACG--AA-----ATTTTTTT-T---CTTCCA--------AA---------A---A---TG-ATGAA---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------GG----GG--GAG-GGGG-GTA------TG--AATTTACCGCAT--GGAATGTAATTTATT-----CCCTTTATTTCTagaaattttatatagaga
gi|17 : ATGACACGTGCTACA----------TTTTTCT-TCTTT---CT--------AA---------ATTGA---TA-A---C---AACTGA-A-T---T-TGTG----T-TT----T---TAT---CA-A------T--TAA-ATGA-ATA------CA--A-TTCCCCGAAT--AGAATGTA
gi|2 : TAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTACA--AATAAACATTTTTTTAT---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-AG----GT--CAA-ATGA-ATA------GA--A-TTTACCGTAT--GGAATGTTATTTATT-----ACCACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAAC------AAT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TAG-------G----G------AA--GGGG-AAT---TAAT-TTT---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CAC-----CCAT----------ATGGCAT---T-T---A-------------------TTGT---AGGAA--TT-------TCAT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTA-----------A-CTCCAAAA----CTC-------CTAGTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|3 : tgCTTAACGACACTTGCT-----------------TAT-T---T---TA--------AA---------ACC-A---T------A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------AA----GT--AAA-ATAA-ATAGATCTACA--A-TTTACCTTAAA-GGAATGTAATTTGTT-----CGTTTAAAATTTCAATC--AAGTCC-AAAAAC------AAT--GA-----GG---AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATAG-------G----G------AG--GGGT-AAT---GTTT-TTC---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA--------------------AAGGCAT---T-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAAAGGGA--TT-------TTGT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATA-----------AGCCCCAAAA----
gi|4 : attatagacaccaaggtagtccacGACATTTGTTACATTAACAAA-ACTTTTTT---------CA--------AA---------A---A---CG-A---A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATAC----AT--CAA-ATGT-ATA------TG--A-TTTACCATAT--GGCATGTAATTTATT-----CCCATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAAC------AGTCAGG-----GA---AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TAG-------G----A------AA--GGGC-AAT---ACAT-TTC---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACAC-----TC------------------T---T-T---A------------------TCTTTA--AGAAA--TG-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTA-----------G--GCCAAAA----aggtatta
gi|5 : t---T---CA--------AA---------A---A---TG-A---A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT--AAA-GTAA-ATA-------G--A-TTTACCGCAC--CGAATG--------------CCCGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAAC------AGG--GT-----GGGATGGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCG----G------GA--GAAGTAGT---ATAT-TTG---A---A----------T-AACAGA--T-TAT-----TTGT----------AAGTCCTTTGT-T---A------------------TTTTTC--AGGGATTTT-------TTTT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTA-----------A-GACCAAAA----aacataaatgaatccatgcatctattttt
gi|6 : cacttgcTCAACGACACTTGCTACA--AACA------TCTTT-C---C---CC--------AA---------A---A---TG-A----------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T--AGA-ATAA-ATA------CG--A-TTTATCATGT--GGAATGGAATTTATT-----CCCATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGAC------A----GT-----GG---AGA---------A---A---A---------T-A---TAG-------A----G------AG--AGG----T---GTTC-CTT---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TAT-----CCAC----------ATa
gi|7 : ttgtatacacttacaaattccctcaTAACGACACTTGCCACA--AA-AAG-ATTTTTCT-C---TTC-CAGATTGGTGAA---------A---A---TGCA---A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACAC----GT--AAA-ATGA-ATG------CA--A-TTTAACACAC--AGAATGTAAGTTATT-----CCCATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACAC------TG---GG-----GG---AAA---------T---A-C-A---------T-T---TAG-------A----GTTATACAG--GGGG-GATAGCGTAT-TTC---T---GC-TT------T-TAA
gi|8 : acAACAACACTTGAAACA--AACAA---CTTATTT-T---T---CT--------AA---------A---AGGCTG-A---A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT--AAT-GTGA-ATA------CT--A-TTTATGGTAT--GGAAAGTAACTTGTA-----CT--TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA-------AGT----------G---AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TAT-------G----G------AATGAGGG-AAT---TTATGTTT---GT--AC-TT------
gi|9 : taAT--GGAATGTACTTTATT-----TCCATGATTTCTCATTTTAAAGTCCAAA---C------AGT--GG-----GG---AAATTTATAAA-G---A-T-A---------TAT---TAG-------A----G------AG--G-----AT---CGAG-TTTGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------------AT---T-T---T------------------TTTTT---AGTGA--TT-------CTATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAACCTAAgttaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 11 22222 222 1 11 1 1 11 1 1 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 444444444444444 1111 3333333 1 3333333 1 222222 1 1 11 1 222 1 222222 1 1 11 1 1 222 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : 5 3333 88 1 66666 1 222 1 5 1 88 5 5 77 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 2 777777 111111 2 33 2 0 66666 2 444 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5555555555555555555 99 6 1 666666666666666 7777 1111111 1 5 0000000 1 5 888888 5 5 77 5 111 5 999999 1 5 5 88 5 5 000 5 5 88 5 5 5
lowQualScore : . .... .. . ..... . ... . . . .. . . .. . . . . ....................................................................................................................... .. . . ...... ...... . .. . . ..... . ... . ....................................................................................................................................................................................................... .. ................... .. . . ............... .... ....... . . ....... . . ...... . . .. . ... . ...... . . . .. . . ... . . .. . . .
lowQualScore : 5 5555 55 0 55555 0 000 0 0 0 00 5 5 55 5 5 5 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 5 5 222222 555555 5 44 4 3 22222 2 444 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 7777777777777777777 22 7 0 000000000000000 0000 5555555 0 5 5555555 0 0 555555 0 0 55 5 000 5 555555 0 0 0 00 0 0 555 0 0 00 5 0 5
consensus : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( family-10734 ) : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTACAAATAACA-G----T-TT-TT----A-TTC-----A--------CAA---A---------TG-AATA---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-A----GGTGCAAATGTGACA------TA---GATA-TTTACC--GT-ATGGAAGTTTATTTATTTTAACCCC---ATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC-GTTAGAGAG---AGG---------G---AGC-G---------T-T---TA--------GGG------G--GCGAAGGGGAAT---TAAT-TTT---AG--ACGTT------TATGAAAA----CAC-----CCACCGCACGGTGGATGGCAT---TGTGGGA------------------TGTGT---AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAAAGACACGGGTA-CTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|10 : tgtTTGCTACA---AACA-A----A-CT-GA----T-CTC-----A--------AAA---AGGACGAGAATG-A--A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-A----G-T--AAA-ATGA-A------TA--AA--A-TCTACT--AT-ATGAAATGTAATTTATT-----CCTACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAAC--------T--GT------A---AGG---------A---A-A-A---------T-T---TA--------taagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|11 : TAATCAACGATACTTACTATA---A---------T-TG-TT----T-TTT-----A--------AA--------------TG-A---------TGA-G-T---A----ACT---------------------------------AAA-ATAA-A------TC--CC--A-TTTATC--GT-ACGGAATGTATTTCA-T-----CCCATGATTTCTCAATT--AATTCT--AAAAC------AGC--G------GG---GGA---------A---A-C-acacctgcaatatgaa
gi|12 : cTAACAGCACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-----------------A--------AAA---A---------CG-ATGA---AAATGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT--AAT-ATGG-A------TA--CA--A-TTTGGCATAT-ATGGAATGTATTTCATT-----CCCGTAATTTCcatatataggg
gi|13 : cttgTAACGAAACATGCTATA---CACA-A----T-TT-TA----T-A-C-----A--------AAATG-A---------TC-A--ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATA----AGT--AAA-ATGA-C------CA--AG--T-TTTATC--AT-ATAGAATATTATTTACT-----CCCATGATTTCTCA
gi|14 : ccttgTTAACGACATTTGCTACA---AACA-G----T-------------------------------G---A---------CG-A--A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATA----AGT--GAA-TTGA-A------TA--CA--A-TCTATC--AA-A-GAAATGTAATTTATT-----CTCATGATTACTCGGTG--GAGTC
gi|15 : ttATGACACTTGCTACA---AACG-----------TT----T-TCC-----A--------AAA---A---------TA-A--
gi|15 : A-ATGA-A------GATCCT--A-TTTATT--GT-ATGGAAAGCA-TTCATT-----CC---AGTTTCTGCATA--AAGTCCAAAAGAG------AGT--tgaagatcctatttattgtatggaaagcattcattccagtttctgcataaagtccaaaagagagtagaaattttatatagaga
gi|16 : atgacacttgctacaaacgttttccaaaaatAACGATATTTACTACG---AA---A----T-TT-TT----T-TTCTTCCAA--------AAATG-A---------TG-A--A---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------G----GGG--GAG-GGGG-G------TA--TG--AATTTACC--GC-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCTTTATTTCTagaaattttatatagaga
gi|17 : ATGACACGTGCTACA-------------T-TT-TTCTTCT-TTC-----T--------AAATTGA---------TA-A--C---AACTGA-A-T---T-TGTG----T-TT----T---TAT---CA-A------T--TAA-ATGA-A------TA--CA--A-TTCCCC--GA-ATAGAATGTA
gi|2 : TAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTACA---AATA-AACATT-TT-TT----TATTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--CAA-ATGA-A------TA--GA--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTTATTTATT-----ACCACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAAC------AAT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--A----GGGGAAT---TAAT-TTT---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CAC-----CCAT----------ATGGCAT---T-T---A-------------------TTGT---AGGAA--TT-------TCAT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTA-----------A-CTCCAAAA----CTC-------CTAGTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|3 : tgCTTAACGACACTTGC--------------------T-TA----T-TTT-----A--------AAACC-A---------T-----A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------A----AGT--AAA-ATAA-ATAGATCTA--CA--A-TTTACC--TTAAAGGAATGTAATTTGTT-----CGTTTAAAATTTCAATC--AAGTCC-AAAAAC------AAT--GA-----GG---AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATA--------GGG------A--G----GGGTAAT---GTTT-TTC---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA--------------------AAGGCAT---T-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAAAGGGA--TT-------TTGT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATA-----------AGCCCCAAAA----
gi|4 : attatagacaccaaggtagtccacGACATTTGTTACATT-AACA-A----AACT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------CG-A--A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATA----CAT--CAA-ATGT-A------TA--TG--A-TTTACC--AT-ATGGCATGTAATTTATT-----CCCATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAAC------AGTCAGG-----GA---AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TA--------GGA------A--A----GGGCAAT---ACAT-TTC---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACAC-----TC------------------T---T-T---A------------------TCTTTA--AGAAA--TG-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTA-----------G--GCCAAAA----aggtatta
gi|5 : tTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT--AAA-GTAA-A------TA---G--A-TTTACC--GC-ACCGAATG--------------CCCGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAAC------AGG--GT-----GGGATGGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCGGG------A--G----AAGTAGT---ATAT-TTG---A---A----------T-AACAGA--T-TAT-----TTGT----------AAGTCCTTTGT-T---A------------------TTTTTC--AGGGATTTT-------TTTT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTA-----------A-GACCAAAA----aacataaatgaatccatgcatctattttt
gi|6 : cacttgcTCAACGACACTTGCTACA---AACA--------TC-TT----T-CCC-----C--------AAA---A---------TG-A---------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T--AGA-ATAA-A------TA--CG--A-TTTATC--AT-GTGGAATGGAATTTATT-----CCCATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGAC------A----GT-----GG---AGA---------A---A---A---------T-A---TA--------GAG------A--G----AGG---T---GTTC-CTT---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TAT-----CCAC----------ATa
gi|7 : ttgtatacacttacaaattccctcaTAACGACACTTGCCACA---AAAAGA----T-TT-TTCTC-T-TCC-----AGATTGGTGAAA---A---------TGCA--A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACA----CGT--AAA-ATGA-A------TG--CA--A-TTTAAC--AC-ACAGAATGTAAGTTATT-----CCCATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACAC------TG---GG-----GG---AAA---------T---A-C-A---------T-T---TA--------GAGTTATACA--G----GGGGGATAGCGTAT-TTC---T---GC-TT------T-TAA
gi|8 : acAACAACACTTGAAACA---AACA-A----C-TTATT----T-TTC-----T--------AAA---AGGC------TG-A--A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT--AAT-GTGA-A------TA--CT--A-TTTATG--GT-ATGGAAAGTAACTTGTA-----CT--TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA-------AGT----------G---AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TA--------TGG------AATG----AGGGAAT---TTATGTTT---GT--AC-TT------
gi|9 : ta-ATGGAATGTACTTTATT-----TCCATGATTTCTCATTTTAAAGTCCAAA---C------AGT--GG-----GG---AAATTTATAAA-G---A-T-A---------TAT---TA--------GAG------A--G----G----AT---CGAG-TTTGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------------AT---T-T---T------------------TTTTT---AGTGA--TT-------CTATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAACCTAAgttaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 11 22222 222 1 11 1 1 11 1 1 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 444444444444444 1111 3333333 1 3333333 1 222222 1 1 11 1 222 1 222222 1 1 11 1 1 222 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : 5 3333 88 1 66666 1 222 1 5 1 88 5 5 77 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 2 777777 111111 2 33 2 0 66666 2 444 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5555555555555555555 99 6 1 666666666666666 7777 1111111 1 5 0000000 1 5 888888 5 5 77 5 111 5 999999 1 5 5 88 5 5 000 5 5 88 5 5 5
lowQualScore : . .... .. . ..... . ... . . . .. . . .. . . . . ....................................................................................................................... .. . . ...... ...... . .. . . ..... . ... . ....................................................................................................................................................................................................... .. ................... .. . . ............... .... ....... . . ....... . . ...... . . .. . ... . ...... . . . .. . . ... . . .. . . .
lowQualScore : 5 5555 55 0 55555 0 000 0 0 0 00 5 5 55 5 5 5 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 5 5 222222 555555 5 44 4 3 22222 2 444 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 7777777777777777777 22 7 0 000000000000000 0000 5555555 0 5 5555555 0 0 555555 0 0 55 5 000 5 555555 0 0 0 00 0 0 555 0 0 00 5 0 5
consensus : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( family-10734 ) : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTACAAATAACA-G----T-TT-TT----A-TTC-----A--------CAA---A---------TG-AATA---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-A----GGTGCAAATGTGACA------TA---GATA-TTTACC--GT-ATGGAAGTTTATTTATTTTAACCCC---ATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC-GTTAGAGAG---AGG---------G---AGC-G---------T-T---TA--------GGG------G--GCGAAGGGGAAT---TAAT-TTT---AG--ACGTT------TATGAAAA----CAC-----CCACCGCACGGTGGATGGCAT---TGTGGGA------------------TGTGT---AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAAAGACACGGGTA-CTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|10 : tgtTTGCTACA---AACA-A----A-CT-GA----T-CTC-----A--------AAA---AGGACGAGAATG-A--A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-A----G-T--AAA-ATGA-A------TA--AA--A-TCTACT--AT-ATGAAATGTAATTTATT-----CCTACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAAC--------T--GT------A---AGG---------A---A-A-A---------T-T---TA--------taagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|11 : TAATCAACGATACTTACTATA---A---------T-TG-TT----T-TTT-----A--------AA--------------TG-A---------TGA-G-T---A----ACT---------------------------------AAA-ATAA-A------TC--CC--A-TTTATC--GT-ACGGAATGTATTTCA-T-----CCCATGATTTCTCAATT--AATTCT--AAAAC------AGC--G------GG---GGA---------A---A-C-acacctgcaatatgaa
gi|12 : cTAACAGCACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-----------------A--------AAA---A---------CG-ATGA---AAATGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT--AAT-ATGG-A------TA--CA--A-TTTGGCATAT-ATGGAATGTATTTCATT-----CCCGTAATTTCcatatataggg
gi|13 : cttgTAACGAAACATGCTATA---CACA-A----T-TT-TA----T-A-C-----A--------AAATG-A---------TC-A--ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATA----AGT--AAA-ATGA-C------CA--AG--T-TTTATC--AT-ATAGAATATTATTTACT-----CCCATGATTTCTCA
gi|14 : ccttgTTAACGACATTTGCTACA---AACA-G----T-------------------------------G---A---------CG-A--A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATA----AGT--GAA-TTGA-A------TA--CA--A-TCTATC--AA-A-GAAATGTAATTTATT-----CTCATGATTACTCGGTG--GAGTC
gi|15 : ttATGACACTTGCTACA---AACG-----------TT----T-TCC-----A--------AAA---A---------TA-A--
gi|15 : A-ATGA-A------GATCCT--A-TTTATT--GT-ATGGAAAGCA-TTCATT-----CC---AGTTTCTGCATA--AAGTCCAAAAGAG------AGT--tgaagatcctatttattgtatggaaagcattcattccagtttctgcataaagtccaaaagagagtagaaattttatatagaga
gi|16 : atgacacttgctacaaacgttttccaaaaatAACGATATTTACTACG---AA---A----T-TT-TT----T-TTCTTCCAA--------AAATG-A---------TG-A--A---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------G----GGG--GAG-GGGG-G------TA--TG--AATTTACC--GC-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCTTTATTTCTagaaattttatatagaga
gi|17 : ATGACACGTGCTACA-------------T-TT-TTCTTCT-TTC-----T--------AAATTGA---------TA-A--C---AACTGA-A-T---T-TGTG----T-TT----T---TAT---CA-A------T--TAA-ATGA-A------TA--CA--A-TTCCCC--GA-ATAGAATGTA
gi|2 : TAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTACA---AATA-AACATT-TT-TT----TATTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--CAA-ATGA-A------TA--GA--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTTATTTATT-----ACCACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAAC------AAT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--A----GGGGAAT---TAAT-TTT---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CAC-----CCAT----------ATGGCAT---T-T---A-------------------TTGT---AGGAA--TT-------TCAT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTA-----------A-CTCCAAAA----CTC-------CTAGTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|3 : tgCTTAACGACACTTGC--------------------T-TA----T-TTT-----A--------AAACC-A---------T-----A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------A----AGT--AAA-ATAA-ATAGATCTA--CA--A-TTTACC--TTAAAGGAATGTAATTTGTT-----CGTTTAAAATTTCAATC--AAGTCC-AAAAAC------AAT--GA-----GG---AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATA--------GGG------A--G----GGGTAAT---GTTT-TTC---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA--------------------AAGGCAT---T-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAAAGGGA--TT-------TTGT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATA-----------AGCCCCAAAA----
gi|4 : attatagacaccaaggtagtccacGACATTTGTTACATT-AACA-A----AACT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------CG-A--A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATA----CAT--CAA-ATGT-A------TA--TG--A-TTTACC--AT-ATGGCATGTAATTTATT-----CCCATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAAC------AGTCAGG-----GA---AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TA--------GGA------A--A----GGGCAAT---ACAT-TTC---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACAC-----TC------------------T---T-T---A------------------TCTTTA--AGAAA--TG-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTA-----------G--GCCAAAA----aggtatta
gi|5 : tTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT--AAA-GTAA-A------TA---G--A-TTTACC--GC-ACCGAATG--------------CCCGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAAC------AGG--GT-----GGGATGGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCGGG------A--G----AAGTAGT---ATAT-TTG---A---A----------T-AACAGA--T-TAT-----TTGT----------AAGTCCTTTGT-T---A------------------TTTTTC--AGGGATTTT-------TTTT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTA-----------A-GACCAAAA----aacataaatgaatccatgcatctattttt
gi|6 : cacttgcTCAACGACACTTGCTACA---AACA--------TC-TT----T-CCC-----C--------AAA---A---------TG-A---------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T--AGA-ATAA-A------TA--CG--A-TTTATC--AT-GTGGAATGGAATTTATT-----CCCATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGAC------A----GT-----GG---AGA---------A---A---A---------T-A---TA--------GAG------A--G----AGG---T---GTTC-CTT---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TAT-----CCAC----------ATa
gi|7 : ttgtatacacttacaaattccctcaTAACGACACTTGCCACA---AAAAGA----T-TT-TTCTC-T-TCC-----AGATTGGTGAAA---A---------TGCA--A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACA----CGT--AAA-ATGA-A------TG--CA--A-TTTAAC--AC-ACAGAATGTAAGTTATT-----CCCATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACAC------TG---GG-----GG---AAA---------T---A-C-A---------T-T---TA--------GAGTTATACA--G----GGGGGATAGCGTAT-TTC---T---GC-TT------T-TAA
gi|8 : acAACAACACTTGAAACA---AACA-A----C-TTATT----T-TTC-----T--------AAA---AGGC------TG-A--A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT--AAT-GTGA-A------TA--CT--A-TTTATG--GT-ATGGAAAGTAACTTGTA-----CT--TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA-------AGT----------G---AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TA--------TGG------AATG----AGGGAAT---TTATGTTT---GT--AC-TT------
gi|9 : ta-ATGGAATGTACTTTATT-----TCCATGATTTCTCATTTTAAAGTCCAAA---C------AGT--GG-----GG---AAATTTATAAA-G---A-T-A---------TAT---TA--------GAG------A--G----G----AT---CGAG-TTTGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------------AT---T-T---T------------------TTTTT---AGTGA--TT-------CTATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAACCTAAgttaaa
blockSeqs : A . . A . A T T . G . . . . . . . . AACAAACTGATCTCAAAAAGGACGAGAATGAAAACTAAATTTCATGCAGCTTTTATATAAG . . . TAGATC TCCT A AT A . A TTA A AATGAGGAAATTTCATAATGAGTTATATAGGGAGGGGTAATGTTTTTCAACTTTTAAACATCAAAGGCATTTAACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAA TT CTATATTTTAAA . . T AGCC . . A A . A . . . . . . . . . C G . . . . . G . . A . .
blockSeqs : AAAAGATTTTTCTCTTCCAGATTGGTGAAAATGCAAAACTAAATTTGTGTTTCTACAC . . . . AA . . . . A T A AGGGTGGGATGGGGGTGGGTTTCATTTTTAGTTATATCGGGAGAAGTAGTATATTTGAATAACAGATTATTTGTAAGTCCTTTGTTATTTTTC . TCAT . . A ACT .
blockSeqs : AACAATTTAAAAACGATGAAAATGAAGACTACTGATTTTATGTTTAGATAAGTACG . . . . CC . . . . G T A AGTCAGGGAAATGTATACAGTTATAGGAAAGGGCAATACATTTCATCCACTTCATAAATAGAAAAACTACACTCTTTATCTTTA . TTGT . . A AGA .
blockSeqs : AATAAACATTTTTTTATTCAAAAATGAAAACTAAATATGTACTTTTTTTTTAAG . . . . CA . . . . A G A AGTGGGGAAATTTATAAAGATATATTAGAGAGGATCGAGTTTGGCAACATTGAGAAATTACAAGTCCCGATTTTTTTTT . TTAT . . A GG .
blockSeqs : CACAATTTTATACAAAATGATCAATATAAAAAAATAAACTTACATTTCATAA . . . . AG . . . . A A A AATGTGGAGGGACGTTTAGGGAAGGGGAATTAATTTTAACTTTTGAAAATCACCCATATGGCATTTATTGT . TTTT . . T
blockSeqs : TTAACAAAACTTTTTTCAAAAACGAAGAAAACTAGGTTTATGTTTTTATAC . . . . CA . . . . T T .
blockSeqs : AACAACTTATTTTTCTAAAAGGCTGAAAGCAAAATTTATGTTTTTTTATCA . . . . TG . . . . A C .
blockSeqs : TTTTTCTTCTTTCTAAATTGATAACAACTGAATTTGTGTTTTTATCAA . . . . CA . . . . T T .
blockSeqs : AAATTTTTTTTCTTCCAAAAATGATGAAAAGGAAAACTAATTTGG . . . . GA . . . . A T .
blockSeqs : AACAGTGACGAAAATTAATGTATGTTTTTATTGTTTGTATAA . . . . CA . . . . G C .
blockSeqs : AACATCTTTCCCCAAAATGATGGATCTGTGTATCATGAA . . . . TG . . . . A C .
blockSeqs : TTATTTTAAAACCATAAACTGAATTTACGTGTGTATAA . . . . CG . . . . A G
blockSeqs : ATTGTTTTTTAAATGATGAGTAACT . . . . CA . . . . A
blockSeqs : . . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** CG**** ***** TTAT*************** ** AG************* ****
originalCons : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTA-----------A-CNCCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
finalCons : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TACG----A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TTTTAT---------------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTAAG-------------CCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 11 22222 222 1 11 1 1 11 1 1 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 55555555555555 1111 3333333 1 3333333 1 222222 1 1 11 1 222 1 222222 1 1 11 1 1 222 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : 5 3333 88 1 66666 1 222 1 5 1 88 5 5 77 5 5 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 2 777777 111111 2 33 2 0 66666 2 444 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 5555555555555555555 99 6 1 1 33333333333333 4444 1111111 1 5 0000000 1 5 888888 5 5 77 5 111 5 999999 1 5 5 88 5 5 000 5 5 88 5 5 5
lowQualScore : . .... .. . ..... . ... . . . .. . . .. . . . . ....................................................................................................................... .. . . ...... ...... . .. . . ..... . ... . ....................................................................................................................................................................................................... .. ................... .. . . . .............. .... ....... . . ....... . . ...... . . .. . ... . ...... . . . .. . . ... . . .. . . .
lowQualScore : 5 5555 55 0 55555 0 000 0 0 0 00 5 5 55 5 5 5 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77 5 5 222222 555555 5 44 4 3 22222 2 444 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 7777777777777777777 22 7 0 0 55555555555555 2222 5555555 0 5 5555555 0 0 555555 0 0 55 5 000 5 555555 0 0 0 00 0 0 555 0 0 00 5 0 5
consensus : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTAA-G------------CCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
Reference ( family-10734 ) : NNTAGCACTTTTAAAAAGACCTGTTCTGTTTGGTCNGGGATGTCTATGACNCATTATAGAATCTGCACNACGGCAAGGCACANTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--AAA-ATGA-A------TA--CG--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCATGATTTCTCAATT--AAGTCCAAAAAAC------AGT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--G----GGGGAAT---NTAT-TTT---A---AC-TT------T-NGAAAA--T-CAC-----CCGC----------ATGGCAT---T-T---A------------------TTTTT---AGGGA--TT-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATNACAACCAAACTAA-G------------CCAAAA----CTCGGCGATACTNGTTATCAACTCCGCCCCCCAATGCNTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTCTTGNATCCGTCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGCGCGGTGCACGTTCTGTGAACAGTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|1 : TAGCACTTTTAAAA-GATCTGTTCTGTTTGGTCTAGGATGTCTATGACTTATTATAGAATCTGCACAACGGCAAGGCACATTCGGCTCAAGCTCGCAGGTGTGATGTACACAGGTTTGACATGTAAGTTTGCCTATGCCAGTACTTAACGACACTTGTTACAAATAACA-G----T-TT-TT----A-TTC-----A--------CAA---A---------TG-AATA---AACTAA-A-T---AGTTTACT--T-TT----G---TTT---TA-A----GGTGCAAATGTGACA------TA---GATA-TTTACC--GT-ATGGAAGTTTATTTATTTTAACCCC---ATTTCTTAATT--AAGCCCAAACAATACCAAGAGTC-GTTAGAGAG---AGG---------G---AGC-G---------T-T---TA--------GGG------G--GCGAAGGGGAAT---TAAT-TTT---AG--ACGTT------TATGAAAA----CAC-----CCACCGCACGGTGGATGGCAT---TGTGGGA------------------TGTGT---AGGAA--TTGGTCGTGTGAT--------ATTCTCGCTATCGGTGATATCCAAGCCAA-AGACACGGGTACTCCGAAAGAGGCTCGGCGATATTTGTTATC-ACTCCGCCCCCCAATGCTTTCATGTTTTGGAACTCCCGGTACATGTATGAGAATGGTTCCCTTATGAAACTTTTCAGGATGTTTCCTATACGTTGTAGAAACACTTTTAGATCC-TCGCCATGGAATCCGGGGGGGGGGGGGTGGGGGCCCAGC-CGGTGTACGTTCTGTGAAC-GTCCTTGTGTTGTTATTT
gi|10 : tgtTTGCTACA---AACA-A----A-CT-GA----T-CTC-----A--------AAA---AGGACGAGAATG-A--A---AACTAA-A-TTTCA-TGCAGC--T-TT----T---ATA---TA-A----G-T--AAA-ATGA-A------TA--AA--A-TCTACT--AT-ATGAAATGTAATTTATT-----CCTACGATTTATCAATT--AAGCC--AAAAAC--------T--GT------A---AGG---------A---A-A-A---------T-T---TA--------taagttattttcccatatatttcttatgtttaaaaattcaaagcccctttcttaggttgagtct
gi|11 : TAATCAACGATACTTACTATA---A---------T-TG-TT----T-TTT-----A--------AA--------------TG-A---------TGA-G-T---A----ACT---------------------------------AAA-ATAA-A------TC--CC--A-TTTATC--GT-ACGGAATGTATTTCA-T-----CCCATGATTTCTCAATT--AATTCT--AAAAC------AGC--G------GG---GGA---------A---A-C-acacctgcaatatgaa
gi|12 : cTAACAGCACTTGCTACA---AACA-A----T-TT-----------------A--------AAA---A---------CG-ATGA---AAATGA-A-G---A-C-TACTGAT-TT----TATGTTTAGATA-AGTACGGT--AAT-ATGG-A------TA--CA--A-TTTGGCATAT-ATGGAATGTATTTCATT-----CCCGTAATTTCcatatataggg
gi|13 : cttgTAACGAAACATGCTATA---CACA-A----T-TT-TA----T-A-C-----A--------AAATG-A---------TC-A--ATATAA--AA-A-A---A-TAAACT--T-AC----A---TTT---CATA----AGT--AAA-ATGA-C------CA--AG--T-TTTATC--AT-ATAGAATATTATTTACT-----CCCATGATTTCTCA
gi|14 : ccttgTTAACGACATTTGCTACA---AACA-G----T-------------------------------G---A---------CG-A--A---AATTAATG-T---A-TGT--T--T-TTATTGT---TTG---TATA----AGT--GAA-TTGA-A------TA--CA--A-TCTATC--AA-A-GAAATGTAATTTATT-----CTCATGATTACTCGGTG--GAGTC
gi|15 : ttATGACACTTGCTACA---AACG-----------TT----T-TCC-----A--------AAA---A---------TA-A--
gi|15 : A-ATGA-A------GATCCT--A-TTTATT--GT-ATGGAAAGCA-TTCATT-----CC---AGTTTCTGCATA--AAGTCCAAAAGAG------AGT--tgaagatcctatttattgtatggaaagcattcattccagtttctgcataaagtccaaaagagagtagaaattttatatagaga
gi|16 : atgacacttgctacaaacgttttccaaaaatAACGATATTTACTACG---AA---A----T-TT-TT----T-TTCTTCCAA--------AAATG-A---------TG-A--A---AAGGAA-A----------ACT--A-AT----T---T--------G----GGG--GAG-GGGG-G------TA--TG--AATTTACC--GC-ATGGAATGTAATTTATT-----CCCTTTATTTCTagaaattttatatagaga
gi|17 : ATGACACGTGCTACA-------------T-TT-TTCTTCT-TTC-----T--------AAATTGA---------TA-A--C---AACTGA-A-T---T-TGTG----T-TT----T---TAT---CA-A------T--TAA-ATGA-A------TA--CA--A-TTCCCC--GA-ATAGAATGTA
gi|2 : TAGCACTTTTAAAAAGAC----TCTGT--GGTCAGGGATGT-----ACACATT-T-GAATCTGCACTACG-CAAGGCACAGTCGGT--AAGC-CGC-GGTGTGATGTACACA--TTTGACATA-AAGTT-GCCT-TGC-AGTACTTAACGACACTTGTTACA---AATA-AACATT-TT-TT----TATTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-A-T---A-TGTACT--T-TT----T---TTT---TA-A----GGT--CAA-ATGA-A------TA--GA--A-TTTACC--GT-ATGGAATGTTATTTATT-----ACCACGATTTCTTAATT--AAGCCCAAAAAAC------AAT--GT-----GG---AGG---------G---A-C-G---------T-T---TA--------GGG------A--A----GGGGAAT---TAAT-TTT---A---AC-TT------T-TGAAAA--T-CAC-----CCAT----------ATGGCAT---T-T---A-------------------TTGT---AGGAA--TT-------TCAT--------AT--TTG-TATCTATTACAGCCAAACTAACT------------CCAAAA----CTC-------CTAGTTATCAACTCCG-------ATGCATTCAT-TTTTGGA------GGTACATGTATGA-AAT-GTT--CTTATG-AACTTTTCAG---ATTTCCTATACG-TGTAGA------CTTGCATCCGTTG-CATG--ATCC-GGGGGGGGGGGGT-GGGGC---GCGCGGT-CACGT--TGTGAACAGTCCTT-TGTTG-TATTT
gi|3 : tgCTTAACGACACTTGC--------------------T-TA----T-TTT-----A--------AAACC-A---------T-----A---AACTGA-A-T-----T-TACG--T-GT----G---TAT------A----AGT--AAA-ATAA-ATAGATCTA--CA--A-TTTACC--TTAAAGGAATGTAATTTGTT-----CGTTTAAAATTTCAATC--AAGTCC-AAAAAC------AAT--GA-----GG---AAATTTCATAATG---A---G---------T-TATATA--------GGG------A--G----GGGTAAT---GTTT-TTC---A---AC-TT------T-TAAACA--T-CA--------------------AAGGCAT---T-T---AACACCCCCCCCCCTTCCCTTTTTTAAAGGGA--TT-------TTGT--------AT--TTG-TACTCGTAACAACCAAAATAA-GCC----------CCAAAA----
gi|4 : attatagacaccaaggtagtccacGACATTTGTTACATT-AACA-A----AACT-TT----T-TTC-----A--------AAA---A---------CG-A--A---GA--AA-ACT---A-GGT--T--TATG----T---TTT---TATA----CAT--CAA-ATGT-A------TA--TG--A-TTTACC--AT-ATGGCATGTAATTTATT-----CCCATAATTTCTCAATT--AAGTCC--AAAAC------AGTCAGG-----GA---AAT---------GTATA-CAG---------T-TA--TA--------GGA------A--A----GGGCAAT---ACAT-TTC---ATCCAC-TTCATAAAT-AGAAAAACTACAC-----TC------------------T---T-T---A------------------TCTTTA--AGAAA--TG-------TTAT--------AT--TTG-TATTTATAACAACTTTACTAG-G------------CCAAAA----aggtatta
gi|5 : tTC-----A--------AAA---A---------TG-A--A---AACTAA-ATT---A-TG--------TT----T---TGA---TA-A-----GT--AAA-GTAA-A------TA---G--A-TTTACC--GC-ACCGAATG--------------CCCGTGATTTTTCAATT--CAGTCC--ATAAC------AGG--GT-----GGGATGGG---------G---G-T-GGGTTTCATTT-T---TAGTTATATCGGG------A--G----AAGTAGT---ATAT-TTG---A---A----------T-AACAGA--T-TAT-----TTGT----------AAGTCCTTTGT-T---A------------------TTTTTC--AGGGATTTT-------TTTT--------AC--TTA-TATTTATAACAAGCAAACTAA-GA-----------CCAAAA----aacataaatgaatccatgcatctattttt
gi|6 : cacttgcTCAACGACACTTGCTACA---AACA--------TC-TT----T-CCC-----C--------AAA---A---------TG-A---------TGG-A-T---C-TGTG------TA----T---CAT---GA-A------T--AGA-ATAA-A------TA--CG--A-TTTATC--AT-GTGGAATGGAATTTATT-----CCCATGATTTTTCATTC--AAGTCC--AAGAC------A----GT-----GG---AGA---------A---A---A---------T-A---TA--------GAG------A--G----AGG---T---GTTC-CTT---A---TT-TT------T-AGGAAC--T-TAT-----CCAC----------ATa
gi|7 : ttgtatacacttacaaattccctcaTAACGACACTTGCCACA---AAAAGA----T-TT-TTCTC-T-TCC-----AGATTGGTGAAA---A---------TGCA--A---AACTAA-A-T---T-TGTG------------T---TTC---TACA----CGT--AAA-ATGA-A------TG--CA--A-TTTAAC--AC-ACAGAATGTAAGTTATT-----CCCATGATTTCTCATTC--AAGTCCAAAACAC------TG---GG-----GG---AAA---------T---A-C-A---------T-T---TA--------GAGTTATACA--G----GGGGGATAGCGTAT-TTC---T---GC-TT------T-TAA
gi|8 : acAACAACACTTGAAACA---AACA-A----C-TTATT----T-TTC-----T--------AAA---AGGC------TG-A--A---AGCAAA-A-T---T-TATGTT--T-TT----T---TAT---CA-------GT--AAT-GTGA-A------TA--CT--A-TTTATG--GT-ATGGAAAGTAACTTGTA-----CT--TGATTTTTCAGTG--AGGGCCAAAAAA-------AGT----------G---AGG---------A---A-A-A---------T-TTG-TA--------TGG------AATG----AGGGAAT---TTATGTTT---GT--AC-TT------
gi|9 : ta-ATGGAATGTACTTTATT-----TCCATGATTTCTCATTTTAAAGTCCAAA---C------AGT--GG-----GG---AAATTTATAAA-G---A-T-A---------TAT---TA--------GAG------A--G----G----AT---CGAG-TTTGGCA---AC-AT------T-GAGAAA--T-TACAAGTCCCG----------------AT---T-T---T------------------TTTTT---AGTGA--TT-------CTATATTTTAAAAT--TTG-TACTTATTAAAAC----CTAA-G------------GCAAAA----gttaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTACCACTGAGTCTAGTCTTAAATGCTTTGCACTATTAAGCTAATTTATCTTCCACTA