lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444 11 1111 1111 11 222 33333333333333333333333333333333333333333 1111111 11 222222222222 333333333333333333333 11111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222
lowQualScore : 77 3 66 2 77777777777777777777777777777777777 2 5 6666 11 3 3 44 3 3 3 0000 1111 6 77 999999 555 99 44 2 2 66 2 2 2 2 33 555 555 44 555 777 3 77 33333333333333333333333333333333333333333 3 9999999 66666 9999999 55 777 55 33 4 000000000000 4 999999999999999999999 88888888 4 99 4 444 3 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666
lowQualScore : .. . .. . ................................... . . .... .. . . .. . . . .... .... . .. ...... ... .. .. . . .. . . . . .. ... ... .. ... ... . .. ......................................... . ....... ..... ....... .. ... .. .. . ............ . ..................... ........ . .. . ... . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. ...
lowQualScore : 99 1 88 9 00000000000000000000000000000000000 9 7 1111 88 1 3 66 3 3 3 4444 4444 7 99 666666 888 55 66 7 7 77 7 7 7 7 77 222 888 66 888 888 3 00 22222222222222222222222222222222222222222 6 4444444 33333 7777777 55 000 55 55 0 555555555555 0 000000000000000000000 55555555 0 33 0 222 6 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GATAA-A--TCC-T-A-G-A-----A-TTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-CT-G--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-TAG--TGCC------C---G-GTC--TTTTGAT-AG-TGGCC-CGGGC-AC-TAT-CA--C-G-C---T--G---AG---TG-TTT-AAAA--CA---T--G--TT-----ACGA------AT---GA-G--TT-AT-C-----AA--T--T--A--T-AA--A---TGTT--A--GAAA-T----A-------AAT-CA--------A--AATACAAC--AAAT--------A-TGA-TT-T-A-TTTATT-TTGC-ATA-----TAAT---TCT-GTG-AATAGGC-A--AGT------T-------AAA--------TTA-CATATAATTGGC-CAT-T----AGA-AAATATAAAAATAT--TAA-----TTG------CA-G-AAA-C-CTT-TTG--A-TGACA--CTT--T-A-A-TAA-----AT---TAT-N------TG-T--A--ATG--TATCATA-T-----GAT-GCA--C-AT-AGC-CC---TAAGGTTGGGT---T----TTA-----G-C-T---T----C-TGG-T-----G-G-------TG-----T--GCT------A---AAGCG-T--AGTG--ATA-GC--ACTAAACCC-GTTA--------TCCCTATNNNCNNTTNGATGGCGNNCNTGCGCTCNNNCCGNCGNNTNNNNNTAGNNAAGCT----AGT-G-CCCTCGC-TACC-GCT---C-GGGCAGC-TATTG-CTGT---TC--CGAA----AGCA--ACAC--CG-GAGANGCATTAGTGGCCNACTCCCATACTTAACANTCAATTAATTAGGTAA
Reference ( gi|2 ) : TTTAGTGCATCACAT--GATAA-A--TCC-T-A-G-A-----C-TTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCC-T-CT-G--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-TAG--TGCC------C---G-CTC--TTTTGAT-AG-TGGCC-CGGGC-AC-TAT-CA--C-A-C---T--G---AGC--TG-TTT-AAAA--CA---T--G--TT-----ACGA------AT---GA-G--TT-AT-C-----AA--T--T--A--T-AA--A---TGTT--A--GAAA-T----A-------AAT-CA--------AG-AATA-AAC--AAAT--------A-TGG-TT-T-A-TTTATT-TTGC-ATA-----TGATG--TCT-GT--AATAGGC-A--AGT------T-------AAA--------TTA-CATATAAATGGC-CATATATCAAGA-AAATATAAAAATACCATAACTT--TTG------CA-G-AAA-C-CTTATTG--A-TGACA-ACTT--T-A-A-TAA-----AT---TAT-T------TG-T--A--AT---TATCATA-T-----GAT-GCA--T-AC-AGC-CC---TAAGGTTGGGT---T----TTA-----G-T-T---T----C-TGG-T-----G-G-------TG-----T--G--------A---AAGCG-T-AAGTG-CATA-GCA-ACTAAACCC-ATTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----AGT-T-CCCTCGC-TACC-GCT---C-GGCTAGC-TATTG-CT-T---TC--CGAA----AGCAC-ACAA--CA-GAGAGACAATAGTG---CA--CCTA-A---AACAGTC--TTAA-TAGGTAATA
gi|10 : TTTAGTGCATCACAT--GATAA-A--TCC-T-A-G-A-----AATTT----------------T--ATTGG-ATAATCG----TCT-T-CT-G--C-TC-TAT-A-A--GT--GGA-TAG--TGCC------C---G-GTC--TTTTGAT-AG-TGGC----GGC--C-TAT-------A-C---T--GCTCAG---TG-TTTTAAAA--CA---T--T--GT-----ACGA-------T---GA----TT-AT-C-----AA--T--T--A--T-AA--A---TGTT--A--GAAACT----A-------AAT-CA--------AA-AGTA-CAG--CAAT--------A-TGA-TT---A-TTTATT-----------------TG--TC-------ATA--T-A--AGT------T----------------------C-TGTAA-TAGC----A-ACCTAGA-A----TAAATAT----TAA-----TTG------CC-G-AAA-C-CTT-TTGGAA-TGACA--CTT--T-ACA-TAA------T---TAT-T------GGGT--ACCATG--TAT-ATAAT-----GATTGCAGCT-A--AGC-CC---TAAAGGTGGGT---TTAACTTG-----G-T-TTGGT----G-TGG-T-----T-GCTT----TG-----T--G--------T---AAGCG-T--AGTG----A-GCGCACTAAACCC-A-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----AGT-G-CCCTCGC-TACC-GCT---C-GG
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GATAA-A--TCC-TCA-A-A-----C-TTT----------------C--ATTGG-ATAA-CG----TCA-T-CT-G--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-TAG--TGCC------C---g
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GATAA-A--T---------A-----A-TTT----------------GACATTGG-ATAA-CG----TCT-T-CT-GATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-TA---TGCC------C---G-GTC--TTTTGAT-AG-T-GCC-CG-------TTT-CAAGC-A-CAAAT--G---AAC--TG-TC----AT--CA---TG-G--TTAGTGAAGGA------ATATGGA-GTTTT-GT-T-----GAGGT--T--GTTT-AA--ACATTGTT--A--CAAA-T----ATGTTATCAAT-TATAAATGTTAGAAATA-AATCAAAATACATCAAAA-TGA-TT-T-A-TTTATT-TTGC-ATA-----TAAT---TCT-GTG-AAT-GGC-A--AGT------T-------AAA--------TT--CAT-TAAAT--T-CAT-T--------AATTGCAGAAAC-------CTT--TTGATGACACA-G-AAAGC-ATTATTG----T-ACA-------------------------------------TG-T-----------ACCATG-T-----GAT-GCA--C--T-AGC-CC---TAAGGT--GGT---T----T-------G-T-T---G----C-T---T---------------TG-----T-----------A---AAGCG-T--AGTG--AT--GC--ACTAAACCC-GNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------------GT-G-CCCTCGC-TACC-GCT---C-GG
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GATAA-A--TTC-TCA-A-A-----A-TTT----------------C--ATTGG-ATAA-CA----TCA-A-CC-G--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATTAG---GCC------C---G-GTC--gc
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GATAA-A--TCC-T-A-A-A----------AAAAAAAAAAAAAAAAG--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-CT-G--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-TAG--TGCC------C---G-GTC--TTTTGAT-TA-T-GTC-CGGGC-AC-TAT-CA--C-A-C---T--G---AG---TG-TTC-AAAA--CAT--T--G--TT-----ACG-------AT---AA-G--TT-AT-C-----AA--T--T--A--T-AA--A---TGTT--A--GAAA-T----A-------ATT-CA---------------------AAAT--------A-TGA-TT-T-A-TTTATT-TTGC-ATATACC-TGGTAATTCT-GT--GATA-GC-A--AGC------T-------AAA--------TTA-C--ATAATTGGC-CAT-------GA-AAAT----AAATAT--TAA-----TTG------CA-GAAAA-C-CTT-TTC--A-TGAC--ACTT--A-A-A-TAactattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|8 : TAGTGCATCACATT-GATAA-AATTCC-T-ATA-A-----A-TTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-CT-G--C--C-TAT-A----GT--G-A-TAGA-TGCC------C---G-GTC--TT--GAT-AT-AGGCC-CGGGC-AC-TA--CA--A-G-C---T--C---AGTGTTG-TTG-AAAAA-CA---T--TATTT-----ACAG------AC---GA-G--TT-ATTC-----A------T--A--T-AA--A----GT---A--GAAA-T----A-------AAT-CA--------A--AATGCAGCT-AAAT--------A-TGG-AT-T-T-TTAATT-TTTC-ATA-----TTAAT--TCT-GTG-AATAG-C-A--AGC------T-------AAACA------TTA--ATAT---TGGCTCATGTA-------AAATA----AATATT-TA---T--TGG------CAAG-ACA-C-CTT-TTG--AAGGACA-------C-A-A-TAA------T---TAG-T------AG-T--AC-ATGG-TATCATA-T-----GA--GCA--C--T-AGC-CT-----AGAT--GGT---T----ATC-----C-T-T---T------TGGTT-----G-G-------TG-----T--GCTTTGT--A---AAGCG-T--AGTG--AT--GC--ACTAAACC--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----AGTGT-CCCTCGC-TACC-GC----C-GGGTA
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAAAA-A--TCC-T-A-GAA-----A-TTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TC
gi|21 : AGTGCATCACAT--GATCA-A--TCC-T-A-GAA-----A-TTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-
gi|14 : GTGCATCACAT--GATAACA--T-C-T-A-G-A-----CATTT----------------G----TGGAATAA-CG----TCC-T-CTGG--C-TC-TAT-A-A--AT--G-ATTAG--TGCC------C---G-CTC--TTTTGAT-AG-TG--C-CGGGC-AC-TATCCA--C-A-C---T--G---AG---TG-TTT-AAAAG-CA---TG-G--TT-----ACG-------AT----A-G--TT-AT-TCCAAAAA--T--TTAA--G-AA--A---TGTT--AG-GAAA-T----AG------AAT-CA--------A--AATACAAC--AAAT--------A-TGA-TT-TAA-TTTATT-TTGC-AT------TAAT---TCT-GTGAAATA-GC-A--AGT------T-------AAA--------TTA-
gi|4 : GTGCATCACATAAGATAA-AA-TCCGT-A-G-AAAGAGC-----------------------ATTGG-ATAAACGGCTATCT-TGCT-G--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-TAG--TGCATAATGAC---G-GTA--GTT-GAT-AG-TG-CC-CGGGC--C-TAT--A--C-G-C---TTCG---AGT--GG-TTT-AAAAAACA---TT-G--TTC----ACGA-------T---GATG--TTGAT-C-----AA--G--T-----T-AA--A---TGTT--AA-GAAA-T----A-------AATTCA--------AA-AATACAAC--AAATT-------A-TGA-TTAT-T-TTTATT-TTGC-ATA-----TAAT---TCT-GTGAAATGAGCAA--AGT------T-------AAA--------TT--TACATAATTGGC-CA-ATA--AAAATAAATATGAA---------------TTGC-----CA-G-AAA-C-CTTATTGA-A-TGAC---CTT--TAA-A-TAATCTTCGT---TAC-A------AG-T--A--ACATGTATCATA-T-----GAT-G-A--C-ACTAGCACC---GAAGGCTGGGT---T----TTAT----GCT-T---T----CGTGG-G-----T-G-------TT-----T--GCTTATGT-A---AAGCG-TAAAGTG-AAT--GCA-ACTAAACCCAATTA----tc
gi|3 : ATCACAT--GATAA-A--TCC-T-A-G-A-----AATTT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-CT-G--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-TAG--TGCC------C---G-GTC--TTTTGAT-AG-TGCCCACAGGC-AC-TAT-CA--CGA-C---T--G---AAG--TG-TTTAAAAA--CA---TTGG--TT-----A--G------AT---GA-G---A-AT-T-----TA--T--T--A--TAAA--A---TGTTTGA--GAAA-T----A-------AAT-CA--------A--AATACAAC--AAAA--------ACTGA-AT-T-A-TTTTTT-TTGCAATAC----TGAAT--TCT-GTTGAATCAGCAA--AGT------TAGCTGTAAGA--------TTA-CATTTAATTGGC-------TCATG--------AAAAATAT--TAA------TG------CA-G-ATA-CGCTT-TCG--T-TGAC--ACTTCCT-A-GCTAA-----A----TAT-TGTACCATG-TACA--GTG--TATCACA-TTTATAGAT-GCA--C--T-AGC-CC---TAAGG-TGGGT---T----TTAAATCGG-C-T---TTGGCC-TGG-T-----G-T-------TGGCTT-T--G--------GTATAAGCG-T--AGTG-ATTA-GC--ACTAAACCcatacttattaagtggcgcacgtatactactcaaatcggtgttgctatttggaaagc
gi|11 : ggcaT--GAGAA-A--TTC-T---------------T----------------GC-ATGGA-ATAA-CG----TCTAT-CT-G--C-CC-T-T-A----GT--G-G---A--TGCC----------G-CTT--T----AT-AG-TGCCC-ACAGC-AC-AAT-CA--C-AGC---T--G---AAG--TG-TTT-AAAAA-CA---TT-G--TT-----ACGATCGTTTAT---A-----TT-AT-A-----AA--T--T-----C-AA--A---TGTT--A---AAA-TA---A-------AAT-CA--------AA-TACA-AAA--GAAT--------A------T-T-A-TTTATTATAGC-ATA-----CTAT---TCT-GTG-AATAAGC-A--A-T------T-------AAATATATAATTTA-CA-ATAATTGGC-CAT-------GA-A---ATTAAAATATTA--------TTG-------A-G-AAA-C-T---TTG--A-TGACACATTTA-T-A-A-T-A-----AT---TA--G------TG-T--C--AG---TATCA-A-T-----GATCGCA--T----AGC-C------AAGCTGGGT---T----TTAT----G-C-T---T------GGG-T-----G-GTGTTGCTTG-----T--A--------A---AAGTG-T-AAGTGACATA-GC--ACTAAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgcccgagctatcgctcggggca
gi|5 : ctataaatggAA-A--TCC-T-A-G-AAA---T-TTG----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TC--T-CT-G--C-TC-TAT-A-A--GT----A-TAG--TGTC------CTCCG-CTC--TTTTGAT-AGGTCGCC-CGGGC-AC-TAT--A--C-G-C---T--G---AGT--T---TT-AAAA--AT---T--G--TT-----ACGA-------T---CA-G--TT-AT-C-----AA--T--A--T--T-AATCA---TGTT--A--GA---T----A-------AAT--A--------AC-AATA-CAC--AAAT--------A-TGA-TT-T-AATTTATT-T-GC-ATAAATCCTGATG----------AATAG-C-A--AGT------T-------AAA--------TTA-T-CATAAATGGC-CGAATGACGATA-AAATAT----------TAA-----TTG------CA-G-GAA-C-TTT--TG--A-TGACA-CTTT--T-A-A-TGA-----ATGTGTAC-A------TG-T-----AT---T-TCATA-T-----GA--GCC--T----AGC-GC---TAAGGTGCGGT---T----AT------G-C-T---T------TGG-T-----GTG-------TG-----T--GTTTATA--A---AAGCG-T--AGTG--ATGCGCA---------C-GTAA----CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----AGT-G-CCCTCGCTTACC-GCT---CGGGC--GC-TATTG-CTGT---TC--CAAA----AGCA--ACAC--CATGAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtagtgccccagcaccgctcggg
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-----AATCT----------------G--ATTGG-ATAA-CG----TCT-T-TG-G--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-TAGATCGCC------C---GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CGGGCAAC-TAT-CA--C-G-C---T--G---AG---TG-T-----GA--CAGGTT--G--TT-----ACCG------AT---GA-GT-TT-AT-C-----AA--TACT--A----AA--A---TTTT--AAGAAAA-TCATAA-------AAT-CA-----------AATACAAC---AAT--------A-TGATTT-T-A-TTTTAT-TTGC-ATT-----TAATT--ACTGGTA-AATA-GC-AAGAGT------TTA-----AAA--------TTATCA-GTAGATTGC-CAT-----GAAA-AAATAGAAAAag
gi|18 : ctTC--TTTTGAT-AG-TG-TC-CGGGC-AC-TAT-CA--T-G-C---T--C---AG---TGTTTT-AAAA--CAT--T--G--TT-----AAG-------AT---GA-G--TT-AT-C-----AA--ttgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|23 : ggTTGAT-AG-TG-CC-CGGGC-AC-TAT-CA--C-G-C---T--G---AG---TG-TTT-AAAA--
gi|1 : TGAT-AG-TTGCC-CGGGC-ACTTAT-CA--ga
gi|18 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaatttTGAT-AG-TG-CC-CGGAC-AC-TAT-CA--cgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|23 : ggtctttTGAT-AG-TG-CC-CGGGC-AC-TAT-CA--tgctcagtgttttaaaacattgttaagatgagttatcaa
gi|15 : tTT-TTGC-ATA-----TAAT---TCT-GTG-AATA-GC-A--AGTTACATGT-------AAA--------TTA-C--ATAATTGGC-CAT-------GA-AAATAT----------TAA-----TTG------CA-G-ATA-C-CTT-TCG--T-TGAC--ACTT--T-A-C-T-A-----AT---TAT-TGTACA-TG-TACA--GTG--TATCATT-A-----GAT-GCA--C--T-AGC-CC---TAAGGTcgctgagtgtttaaaaga
gi|12 : AAAA-AAA---AAAAACTCAATATCTGAATTG------CA-G-AAA-CACTT-TTT--A-TGACA-CTCC--T-T-A-CAGT----AT---TATGG------TG-TACA--ATG--TATCATA-T-----G-T--CA--TCACTAGG-CCACTTAAGG-TGGGTTGAT----TTG-----C-TCT---T----C-AGG-T-----G-G-------TG-----TTCGCTAGT---A---AAGCG-T--AGTG--ATG-AC--ACTAAA-CC-ATTATACTTGCGTCCCTATGACTACTTAGATGGCACTTATGCTTTCAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTAATAAGT-TGCCCTC-C-TACC-GCCATGC-GGGCAACACATTGACTAT---TC--C-------AACACGGCAACCCG-GAGAAGC--TAGTGGCCCA--CCT--A---AATAGTCA-TTAA-T-GGTAAg
gi|1 : tgacgat-CTT-TTG--A-TGACA--CTT--T-A---TAA----------T-T-T------TGAC--A--GTG--TATC-TA-T-----GAT-GCC--T-A---GC-C----TAAG--TGG-T---T----TTA-----T-C-T---T----G-TGG-TGTTGAG-G-------TGGGCTTT--GGGGGGTATG---AAGCGAT-TAGTA-TATATGC--ACTAAA-CC-ATTA---------------TTACTGTTTGATGGTGGGCCTATGCTTCTTCAGTTTGCTTGGAGAAGCTAAATT----AGT-G-CCCTC-C-TACCGGCT---C-GGGCA-T-TATTG-CT-TGTGTCGTCGAAAACTAGCA--ACAC--CA-TGGGTGTATTAGTG---GACTCCCATACTTAACATTCAATTAATTAGGTAAgtaaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TATTTAGTCCAGTCAAGTTAATGAGAAAATTGGGCCCAACCTCAAGAAAATTACTAGTTGCTTTCCAAGCAACACCATAGAGCATAAGTGCAATTCCTCGTCTTCTTCTGTACAGTGTCAGTATACTTTGTGACATATCTTTGTGCCCATAACTTGTATGAAGATCTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGATTGTTTTACTCGTAGGTGATTCAACCTAAAAACCTACTTAATACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGTGAACAAATTGCATGGGGGATAGATAGAACTTA
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 2222222 22222222 11111111111 11111 11 1111 111111111111 1111111111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 2 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 22 11 2222 11 6666666666666666 2 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 5555555 3 3 66666666 6 3 3 3 11111111111 44 55 11111 00 88 0000 55 3 7777 3 88 555555 3 666 333333333333 3 3 3 3 3 555 3 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 4 6 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555 55 55 666 3 3 3 3 6 6 11 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222 3 55 3 99999 55 6666 1 8 3 3 6666 00 5555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 33 1111111 8 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 4 1 4 4 777 8888 8 8 11 8 11 6 8888 8 0 00 8 66 4444444444444444 1 3 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . ....... . . ........ . . . . ........... .. .. ..... .. .. .... .. . .... . .. ...... . ... ............ . . . . . ... . . .......... . . . . . . . . .. ................................................................... ... .. .. ... . . . . . . .. . ................................................. . .. . ..... .. .... . . . . .... .. .... .............................................................. .. .. ....... . . ............................................................................. ..... . . . . ... .... . . .. . .. . .... . . .. . .. ................ . . ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 2222222 3 3 11111111 7 3 3 3 44444444444 66 00 33333 00 66 5555 00 6 7777 6 66 444444 6 444 999999999999 6 6 6 6 6 111 6 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 8 7 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 00 00 444 6 6 6 6 7 7 22 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222 6 00 6 11111 00 3333 3 8 6 6 9999 66 7777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 3333333 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 4 1 4 4 888 5555 0 0 22 0 00 4 0000 0 8 88 8 88 1111111111111111 0 7 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T---G-TT-ACGG------ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--ATGTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT-T----AG-AAAATA--AA---AATAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT-------T----A-TG-TG-TAC-AT-GTA--TCAT-AT-----G--A-TG-CAC-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCT---T----CTGG-TG-----GTG----T--GC-----TT----------A---AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA--------TCCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCTCANNTCGGCGNNTGCTNNTNGGNAAGCTAG-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGG-C-ACTCCCA-ACT-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T---G-TT-ACGA------ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--ATGTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT-T----AG-AAAATATAAA---AATAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT-------T----A-TN-TG-TA--AT-GTA--TCAT-AT-----G--A-TG-CACAT-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCT---T----CTGG-TG-----GTG----T--GC-----T-----------A---AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCGTTA--------TCCCTATNNNC-NNTTNGATGGCGNNCNTG---CGCTCNNNCCGNCGNNTNNNNNTAGNNAAGCTAG-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCG-GAGANGCATTAGTGGCCNACTCCCATACTTAACANTCAATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT---G-TT-ACCG------ATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--ATTTT--AAGA-AA--A-TCATAA-AA--TC----A-AA-TA---CAA-------C---AA-TA-T-GATTT-T-A-TT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--AT-G----AA-AAAATAGAAA---A
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A---TA--A-----TT-------T---------TGACA--GT-GTA--TC-T-AT-----G--A-TG-C-C-T-AGC-C----TAAG--TGG-TT--T-TA-----TCT---T----GTGG-TGTTGAGGTG----G--GC-----TTTGGGGGGTATG---AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAACC-ATTA--------T-------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTTCTTCAGTTTGCTTGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTAGCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGG---ACTCCCATACTTAACATTCAATTAAT--TAGGTAAttgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA---T---T-GT-ACG-------ATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--ATGTT--A--G-AA--ACT----A-AA--TC--A-A-AAGTA---CAG-------C---AA-TA-T-GA--T-T-A-TT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C-----T----AG---AAT----A---AATAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-AC-T--T--T-ACA-T---A-----AT-------T----ATTG-GG-TACCAT-GTA--T-ATAAT-----G--ATTG-CAGCTAAGC-CC---TAAAGGTGGG-T--T-TA-----ACTTGGT----TTGG-T------GTGGT--T--GC-----TTTGTG------T---AAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA---TT--G-TT-ACGATCGTTTATA----TT-A-T-----A-----A--AT--T---C-AA--ATGTT--A----AA--A-T----A-AAA-TC--A-A-A--TA---CAA-------A-AGAA-TA-T-TA-TT-T-A-TTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT-------G-AA---ATTAA---AATAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-AC-A--T--T-T-A-TAATA-----AT-------T----A--G-TG-TC--A--GTA--TCA--AT-----G--A-T--CGCAT-AGC-C------AAGCTGGGTT--T-TAT----GCT---T-----GGG-TG-----GTGT---T--GC-----TTGTA-------A---AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------TAG-----TG-CCCCAGC--ACCG-CT---CGGG
gi|12 : ct-T----AA-AAAAAAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-AC-TCCT--T-A---CA--GT----AT-------T----A-TGGTG-TACAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T--CAC-T-AGG-CCACTTAAGGT-GGGTTGAT-TT-----GCTCT-T----CAGG-TG-----GTG----TTCGC-----T-----------AGTAAAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAA-CCATTATACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTTTCAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTAATAAGTTG-CCCTC-C-TACCG-CCATGCGGGCAACACA-TTGACT-AT-TC--CAACACG--GCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGGCCCAC-------CTAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : tgacgaTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CAT--T---G-TT-ACG-------ATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--ATGTT--A--G-AA--A-T----A-AT--TC--A-----------------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------G-AAAAT----A---AATAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-AC-T--T--A-A-A-TA--at
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA---T---GGTT-ACGA-------T-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--ATGTT--A--GGAA--A-T----AGAA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-TAA-TT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT----------------GAA---AATAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-AC-T--T--T-A-C-TA--ATT---AT-------TGTACA-TG-TA-CA--GT-GTA--TCAT-TA-----G--A-TG-CAC-T-AGC-CC---TAAGGTtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----g
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CAT--T---G-TT-AAG-------ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T---G-TT-ACGA------ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--ATGTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-AGAA-TA----AA-------C-A-AA-TA-T-GG-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAG-AAAATATAAA---AATACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAAC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT-------T----A-TT-TG-TA--AT--TA--TCAT-AT-----G--A-TG-CATAC-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GTT---T----CTGG-TG-----GTG----T--G------------------A---AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----TT-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGCTAGC-TA-TTG-CT--T-TC--CGAAA----GCACACAACA-GAGAGACAATAGTG-----CACCTA-A---AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA---TTG-G-TT-A--G------ATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--ATGTTTGA--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-AACT-GA-AT-T-A-TT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT-------G--------AAA---AATAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-AC-T--TCCT-A-GCTA--A-----ATATTGTACC----A-TG-TA-CA--GT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-TG-CAC-T-AGC-CC---TAAGG-TGGGTT--T-TAAATCGGCT---TTGGCCTGG-TG-----TTGGCTTT--GG-----T-----------AT--AAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA-----------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----TG-CCCGAGC-TATCG-CT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CAT--T---G-TTCACG-------ATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--ATGTTA-A--G-AA--A-T----A-AA--TTCAA-A-AA-TA---CAA-------C-A-AATTA-T-GA-TTAT-T-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-C--AA-T----A--AAAAT----A---AATAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--C-T--T--TAA-A-TA--ATCTTCGT-------T----A-CA-AG-TAACAT-GTA--TCAT-AT-----G--A-TGACAC-T-AGCACC---GAAGGCTGGGTT--T-TAT----GCT---T----TCGT-GG-----GTGTT--T--GCTTATGT-----------A---AAGCG--TAAAGTG--A-AT-GCAACTAAACCCA--A--------T---TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTACTCAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGCgca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA-AT---T---G-TT-ACGA-------TCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCATGTT--A--G-A-----T----A-AA--TA--A-C-AA-TA---CA--------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-AATT-TATTT-GC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATAG-C-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------G-ACGATA---A---AATAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACTT--T--T-A-A-TG--A-------------------A-TG-TG-TAC-AT-GTATTTCAT-AT-----G--A--G-C-C-T-AGC-GC---TAAGGTGCGGTT--A-T------GCT---T-----TGG-TGT----GTG----T--GT-----TTATA-------A---AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----TG-CCCTCGCTTACCG-CT---CGGGC-GC-TA-TTG-CT-GT-TC--CAAAA----GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA---TGGAG-TT-TTG-------TTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AAATATGTT--AT-C-AATTA-T----A-AATGTT--AGA-AA-TAAATCAAAATACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-TA--A---------AT-T----------------------CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC---------A-G-AA--AGC---AT-------T----A-T--TG-TAC-AT-GTA--CCAT-GT-----G--A-TG-CAC-T-AGC-CC---TAAGGT--GGTT--TGTT-----GCT---T-----TG--------------------------T-----------A---AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----GG-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-CT--T-TC--C--AA----GCA-ACACCA-TAGA-GCATAAGTG--CAATTCC
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA---TTA-T-TT-ACAG------ACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A-G-T--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TG---CAG-------CTA-AA-TA-TGGA-TT-T---TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT-------GTAAAAT----A---AATAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC---------A-A-T---A-----AT-------T----A-GT-AG-TAC-ATGGTA--TCAT-AT-----G--A--G-CAC-T-AGC-CT-----AGAT--GGTT--A-T------CCT---T----TTGGTTG-----GTG----T--GCTTTG-T-----------A---AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC-------------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----TGTCCCTCGC-TACCG-C----CGGGTAtcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 222222222222 111 11111111111 11 111111 1111 111111111111 1111111111 1 2222222222222222222222222222222222222 666666666666666666 11 44444444444444444444444444444444444 1 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 2222 44444444444444 22 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 555555555555 3 555 6 3 3 3 33333333333 44 55 55555 00 000000 88 0000 55 3 7777 3 88 555555 3 666 333333333333 3 3 3 3 3 555 3 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 4 6 44 7777777777777777777777777777777777777 2 6 44 333333333333333333 7777 44 44 555 3 3 3 3 6 6 11 3 11111111111111111111111111111111111 3 3 3 4 3 55 3 99999 55 777 3 3 3 3 3 6666 00 5555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 33 1111111 8 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 1 4 4 777 8888 8 8 11 8 11 6 8888 8 0 8 3 66 2 55555555555555 00 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . ............ . ... . . . . ........... .. .. ..... .. ...... .. .... .. . .... . .. ...... . ... ............ . . . . . ... . . .......... . . . . . . . . .. ..................................... . . .. .................. .... .. .. ... . . . . . . .. . ................................... . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . .... .. .... ............................................................ .. .. ....... . . .......................................................................................... . . . . ... .... . . .. . .. . .... . . . . .. . .............. .. ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 222222222222 3 777 7 3 3 3 55555555555 66 00 55555 00 555555 66 5555 00 6 7777 6 66 444444 6 444 999999999999 6 6 6 6 6 111 6 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 8 7 66 6666666666666666666666666666666666666 4 7 66 000000000000000000 1111 66 66 888 6 6 6 6 7 7 22 3 66666666666666666666666666666666666 6 6 6 5 6 00 6 11111 00 222 6 6 6 6 6 9999 66 7777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 3333333 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1 4 4 888 5555 0 0 22 0 00 4 0000 0 8 0 8 88 5 00000000000000 77 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AG-AAA--ATAAAA----ATAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCT--T-TGG--TG-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA--------TCCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCTCAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGG-ACTCCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT-T----AG-AAA--ATAAAA----ATAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-TG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCT--TCTGG--TG-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA--------TCCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCTCANNTCGGCGNNTGCTNNTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGGCACTCCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT--G-----TT-ACCGATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--AT------TTT--AAGA-AA--A-TCATAA-AA--TC----A-AA-TA---CAA-------C---AA-TA-T-GATTT-T-A-TT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--AT-G----AA-AAA--ATAGAA----A-AT--T--GA---T
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A---TA--A-----TT----T-----T-G--A-CAGT-GTA--TC-T-AT-----G--A-T-G-C--C-T-AGC-C----TAAG--TGG-TT--T-TA-----TCT--TGTGG--TGTTGAGGTG--G--GCT----TTGGGGGGTATG--------AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAACC-ATTA--------T-------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTT-CTTCAG--TTTGCT--TGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTAGCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGG-ACTCCCATACTT-AACATTCAATTAAT--TAGGTAAggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA---T--T-----GT-AC-GATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--ACT----A-AA--TC--A-A-AAGTA---CAG-------C---AA-TA-T-GA--T-T-A-TT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C-----T----AG---A--AT--AA----ATAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-AC-T--T--T-ACA-T---A-----AT----TATTG-G-GT-ACCA-T-GTA--T-ATAAT-----G--ATT-G-CAGC-TAAGC-CC---TAAAGGTGGG-T--T-TA-----ACT----TGGTTTG-----GTG--T--GGT----T----------GCTTTGTGTAAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA---TT-G-----TT-ACG-ATCG-T-TT-A-T--------------AT--T--AT-AA--ATTCAAATGTT--A----AA--A-T----A-AAA-TC--A-A-A--TA---CAA-------A-AGAA-TA-T-TA-TT-T-A-TTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT---------GAA--ATTAAA----ATAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-AC-A--T--T-T-A-TAATA-----AT----TA--G-T-GT---CA---GTA--TCA--AT-----G--A-TCG-CA---T-AGC-C------AAGCTGGGTT--T-TAT----GCT--T-GGG--TG-----GTGT-T--GCT----TGTA-------A--------AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------TA-----G-----TG-CCCCAGC--ACCG-CT---CGGG
gi|12 : ctTGAC-G--AT-A----AA-AAA--AAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-AC-TCCT--T-A---CA--GT----AT----TA-TGGT-GT-A-CAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T---CA-C-T-AGG-CCACTTAAGGT-GGGTTGAT-TT-----GCTCTTCAGG--TG-----GTG--TTCGCTAG--T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAA-CCATTATACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTTTCAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTA-----ATAAGTTG-CCCTC-C-TACCG-CCATGCGGGCAACACA-TTGACT-AT-TC--CAACACG--GCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGG----CCCA-CC-TAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CAT--T--G-----TT-AC-GATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AT--TC--A-----------------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------G-AAA--AT--AA----ATAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-AC-T--T--A-A-A-TA--at
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA---T--GG----TT-ACG-AT-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--AT------GTT--A--GGAA--A-T----AGAA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-TAA-TT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT----------------GAAA----ATAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-AC-T--T--T-A-C-TA--ATT---ATTG--TA-CA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAT-TA-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----g
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CAT--T--G-----TT-A-AGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGAATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-AGAA-TA----AA-------C-A-AA-TA-T-GG-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAG-AAAATATAAAA----ATACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAAC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-TT-T-GT-A--A-T--TA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-TAC-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GTT--TCTGG--TG-----GTG--T--G-----------------A--------AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TT-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGCTAGC-TA-TTG-CT--T-TC--CGAAA----GCACACAACA-GAGAGACAATAGT-GCA--CCTA-A----AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA---TTGG-----TT-A--GATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--AT------GTTTGA--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-AACT-GA-AT-T-A-TT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT-------G--------AAAA----ATAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-AC-T--TCCT-A-GCTA--A-----ATATTGTACCA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TGGGTT--T-TAAATCGGCT--T-TGGCCTG-----GTG--TTGGCTTTGGT----------AT-------AAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA-----------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCGAGC-TATCG-CT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CAT--T--G-----TTCAC-GATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--AT------GTTA-A--G-AA--A-T----A-AA--TTCAA-A-AA-TA---CAA-------C-A-AATTA-T-GA-TTAT-T-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-C--AA-T----A--AAA--AT--AA----ATAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--C-T--T--TAA-A-TA--ATCTTCGT----TA-CA-A-GTAA-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-GACA-C-T-AGCACC---GAAGGCTGGGTT--T-TAT----GCT--TTCGT--GG-----GTGTTT--GCTTATGT----------A--------AAGCG--TAAAGTG--A-AT-GCAACTAAACCCA--A--------T---TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTACTCAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGCgca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA-AT---T--G-----TT-ACG-ATCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCAT------GTT--A--G-A-----T----A-AA--TA--A-C-AA-TA---CA--------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-AATT-TATTT-GC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATAG-C-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------G-ACG--ATAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACTT--T--T-A-A-TG--A------------A-TG-T-GT-A-CA-T-GTATTTCAT-AT-----G--A---G-C--C-T-AGC-GC---TAAGGTGCGGTT--A-T------GCT--T-TGG--TGT----GTG--T--GTT----TATA-------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGCTTACCG-CT---CGGGC-GC-TA-TTG-CT-GT-TC--CAAAA----GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA---T--GGAGTTTT----GTTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AAATAT------GTT--AT-C-AATTA-T----A-AATGTT--AGA-AA-TAAATCAAAATACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-TA--A---------AT-T-----------------------CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC---------A-G-AA--AGC---AT----TA-T--T-GT-A-CA-T-GTA--CCAT-GT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGT--GGTT--TGTT-----GCT--T-TG-------------------------T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----G-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-CT--T-TC--C--AA----GCA-ACACCA-TAG-AGCATAAGTGCAATTCC
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA---TTAT-----TT-ACAGACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A-------G-T--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TG---CAG-------CTA-AA-TA-TGGA-TT-T---TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT-------GTAAA--AT--AA----ATAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC---------A-A-T---A-----AT----TA--G-TAGT-A-CA-TGGTA--TCAT-AT-----G--A---G-CA-C-T-AGC-CT-----AGAT--GGTT--A-T------CCT--TTTGGT-TG-----GTG--T--GCTTTG-T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC-------------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TGTCCCTCGC-TACCG-C----CGGGTAtcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 222222222222 111 11111111111 11 111111 1111 111111111111 1111111111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 44444444444444444444444444444444444 1 11 222222 1111111111 77777777777777777777777777777777 11 2222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 2222 2222 444444 22 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 555555555555 3 555 6 3 3 3 33333333333 44 55 55555 00 000000 88 0000 55 3 7777 3 88 555555 3 666 333333333333 3 3 3 3 3 555 3 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 4 6 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 44 44 555 3 3 3 3 6 6 11 3 22222222222222222222222222222222222 3 3 3 4 3 55 3 99999 55 777 3 3 3 3 3 6666 00 5555 111111 88888 8888888888 33333333333333333333333333333333 55 33 1111111 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 4 4 777 8888 8 8 11 8 11 6 8888 8 0 8 3 66 3333 444444 00 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . ............ . ... . . . . ........... .. .. ..... .. ...... .. .... .. . .... . .. ...... . ... ............ . . . . . ... . . .......... . . . . . . . . .. .................................................................. ..... .. .. ... . . . . . . .. . ................................... . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . .... .. .... ...... ..... .......... ................................ .. .. ....... . ............................................................................................... . . . . ... .... . . .. . .. . .... . . . . .. .... ...... .. ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 222222222222 3 777 7 3 3 3 55555555555 66 00 55555 00 555555 66 5555 00 6 7777 6 66 444444 6 444 999999999999 6 6 6 6 6 111 6 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 8 7 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333 66 66 888 6 6 6 6 7 7 22 3 77777777777777777777777777777777777 6 6 6 5 6 00 6 11111 00 222 6 6 6 6 6 9999 66 7777 555555 44444 9999999999 11111111111111111111111111111111 55 55 3333333 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1 4 4 888 5555 0 0 22 0 00 4 0000 0 8 0 8 88 8888 777777 77 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA-TCCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGGACTCCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT--G-----TT-ACCGATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--AT------TTT--AAGA-AA--A-TCATAA-AA--TC----A-AA-TA---CAA-------C---AA-TA-T-GATTT-T-A-TT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--ATG-----AAAAA--ATAGAAA------AT--T--GA---T
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A---TA--A-----TT----T-----T-G--A-CAGT-GTA--TC-T-AT-----G--A-T-G-C--C-T-AGC-C----TAAG--TGG-TT--T-TA-----TCTTGT---GG--T-GTTGAGGTG--G--GCT----TTGGGGGGTATG--------AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAACC-ATTA----T---------------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTTC--TTCAG--TTTGCT--TGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTAGCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGGACTCCCATACTT-AACATTCAATTAAT--TAGGTAAggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA---T--T-----GT-AC-GATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--ACT----A-AA--TC--A-A-AAGTA---CAG-------C---AA-TA-T-GA--T-T-A-TT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C---T------AG--A--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-AC-T--T--T-ACA-T---A-----AT----TATTG-G-GT-ACCA-T-GTA--T-ATAAT-----G--ATT-G-CAGC-TAAGC-CC---TAAAGGTGGG-T--T-TA-----AC-T-T---GGTTT-G-----GTG--T--GGT----T----------GCTTTGTGTAAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-----------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA---TT-G-----TT-ACG-ATCG-T-TT-A-T--------------AT--T--AT-AA--ATTCAAATGTT--A----AA--A-T----A-AAA-TC--A-A-A--TA---CAA-------A-AGAA-TA-T-TA-TT-T-A-TTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT--------GAA--ATTAAAA-----TAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-AC-A--T--T-T-A-TAATA-----AT----TA--G-T-GT---CA---GTA--TCA--AT-----G--A-TCG-CA---T-AGC-C------AAGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-G---GG--T-G-----GTGT-T--GCT----TGTA-------A--------AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------TA-----G-----TG-CCCCAGC--ACCG-CT---CGGG
gi|12 : ctTGAC-G--AT------AAAAA--AAAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-AC-TCCT--T-A---CA--GT----AT----TA-TGGT-GT-A-CAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T---CA-C-T-AGG-CCACTTAAGGT-GGGTTGAT-TT-----GCTC-TTCAGG--T-G-----GTG--TTCGCTAG--T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAACC-ATTA----TACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTTT-CAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTA-----ATAAGTTG-CCCTC-C-TACCG-CCATGCGGGCAACACA-TTGACT-AT-TC--CAACACG--GCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGG---CCCA-CC-TAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CAT--T--G-----TT-AC-GATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AT--TC--A-----------------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------GAAA--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-AC-T--T--A-A-A-TA--at
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA---T--GG----TT-ACG-AT-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--AT------GTT--A--GGAA--A-T----AGAA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-TAA-TT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT------G---------AAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-AC-T--T--T-A-C-TA--ATT---ATTG--TA-CA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAT-TA-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----g
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CAT--T--G-----TT-A-AGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGAATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-AGAA-TA----AA-------C-A-AA-TA-T-GG-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAGAAAATATAAAAA-----TACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAAC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-TT-T-GT-A--A-T--TA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-TAC-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GTTTCT---GG--T-G-----GTG--T--G-----------------A--------AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNNN--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TT-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGCTAGC-TA-TTG-CT--T-TC--CGAAA----GCACACAACA-GAGAGACAATAGTGCA--CCTA-A----AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA---TTGG-----TT-A--GATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--AT------GTTTGA--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-AACT-GA-AT-T-A-TT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT------G--------AAAAA-----TAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-AC-T--TCCT-A-GCTA--A-----ATATTGTACCA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TGGGTT--T-TAAATCGGCTT-T---GGCCT-G-----GTG--TTGGCTTTGGT----------AT-------AAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA---------------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCGAGC-TATCG-CT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CAT--T--G-----TTCAC-GATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--AT------GTTA-A--G-AA--A-T----A-AA--TTCAA-A-AA-TA---CAA-------C-A-AATTA-T-GA-TTAT-T-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-CA-AT------A-AAA--AT--AAA-----TAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--C-T--T--TAA-A-TA--ATCTTCGT----TA-CA-A-GTAA-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-GACA-C-T-AGCACC---GAAGGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-T---CG--TGG-----GTGTTT--GCTTATGT----------A--------AAGCG--TAAAGTG--A-AT-GCAACTAAACCCA--A----T-----------TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTACT-CAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGCgca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA-AT---T--G-----TT-ACG-ATCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCAT------GTT--A--G-A-----T----A-AA--TA--A-C-AA-TA---CA--------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-AATT-TATTT-GC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATAG-C-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------GACG--ATAAAA------TAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACTT--T--T-A-A-TG--A-----AT--------G-T-GT-A-CA-T-GTATTTCAT-AT-----G--A---G-C--C-T-AGC-GC---TAAGGTGCGGTT--A-T------GCTT-T---GG--T-GT----GTG--T--GTT----TATA-------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGCTTACCG-CT---CGGGC-GC-TA-TTG-CT-GT-TC--CAAAA----GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA---T--GGAGTTTT----GTTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AAATAT------GTT--AT-C-AATTA-T----A-AATGTT--AGA-AA-TAAATCAAAATACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-------------------------------TAAATT-----CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC---------A-G-AA--AGC---AT----TA-T--T-GT-A-CA-T-GTA--CCAT-GT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGT--GGTT--TGTT-----GCTT-T---G--------------------------T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----G-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-CT--T-TC--C--AA----GCA-ACACCA-TAG-AGCATAAGTGCAATTCC
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA---TTAT-----TT-ACAGACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A-------G-T--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TG---CAG-------CTA-AA-TA-TGGA-TT-T---TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT------GTAAA--AT--AAA-----TAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC---------A-A-T---A-----AT----TA--G-TAGT-A-CA-TGGTA--TCAT-AT-----G--A---G-CA-C-T-AGC-CT-----AGAT--GGTT--A-TC-----CTTT-T---GGT-T-G-----GTG--T--GCTTTG-T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC---------N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TGTCCCTCGC-TACCG-C----CGGGTAtcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 222222222222 111 11111111111 11 111111 1111 111111111111 1111111111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 44444444444444444444444444444444444 1 11 222222 1111111111 77777777777777777777777777777777 11 2222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 2222 2222 444444 22 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 555555555555 3 555 6 3 3 3 33333333333 44 55 55555 00 000000 88 0000 55 3 7777 3 88 555555 3 666 333333333333 3 3 3 3 3 555 3 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 4 6 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 44 44 555 3 3 3 3 6 6 11 3 22222222222222222222222222222222222 3 3 3 4 3 55 3 99999 55 777 3 3 3 3 3 6666 00 5555 111111 88888 8888888888 33333333333333333333333333333333 55 33 1111111 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 4 4 777 8888 8 8 11 8 11 6 8888 8 0 8 3 66 9999 444444 00 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . ............ . ... . . . . ........... .. .. ..... .. ...... .. .... .. . .... . .. ...... . ... ............ . . . . . ... . . .......... . . . . . . . . .. .................................................................. ..... .. .. ... . . . . . . .. . ................................... . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . .... .. .... ...... ..... .......... ................................ .. .. ....... . ............................................................................................... . . . . ... .... . . .. . .. . .... . . . . .. .... ...... .. ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 222222222222 3 777 7 3 3 3 55555555555 66 00 55555 00 555555 66 5555 00 6 7777 6 66 444444 6 444 999999999999 6 6 6 6 6 111 6 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 8 7 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333 66 66 888 6 6 6 6 7 7 22 3 77777777777777777777777777777777777 6 6 6 5 6 00 6 11111 00 222 6 6 6 6 6 9999 66 7777 555555 44444 9999999999 11111111111111111111111111111111 55 55 3333333 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1 4 4 888 5555 0 0 22 0 00 4 0000 0 8 0 8 88 6666 777777 77 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA-TCCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT--G-----TT-ACCGATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--AT------TTT--AAGA-AA--A-TCATAA-AA--TC----A-AA-TA---CAA-------C---AA-TA-T-GATTT-T-A-TT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--ATG-----AAAAA--ATAGAAA------AT--T--GA---T
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A---TA--A-----TT----T-----T-G--A-CAGT-GTA--TC-T-AT-----G--A-T-G-C--C-T-AGC-C----TAAG--TGG-TT--T-TA-----TCTTGT---GG--T-GTTGAGGTG--G--GCT----TTGGGGGGTATG--------AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAACC-ATTA----T---------------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTTC--TTCAG--TTTGCT--TGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTAGCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGGACTCCCATACTT-AACATTCAATTAAT--TAGGTAAggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA---T--T-----GT-AC-GATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--ACT----A-AA--TC--A-A-AAGTA---CAG-------C---AA-TA-T-GA--T-T-A-TT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C---T------AG--A--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-AC-T--T--T-ACA-T---A-----AT----TATTG-G-GT-ACCA-T-GTA--T-ATAAT-----G--ATT-G-CAGC-TAAGC-CC---TAAAGGTGGG-T--T-TA-----AC-T-T---GGTTT-G-----GTG--T--GGT----T----------GCTTTGTGTAAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-----------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA---TT-G-----TT-ACG-ATCG-T-TT-A-T--------------AT--T--AT-AA--ATTCAAATGTT--A----AA--A-T----A-AAA-TC--A-A-A--TA---CAA-------A-AGAA-TA-T-TA-TT-T-A-TTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT--------GAA--ATTAAAA-----TAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-AC-A--T--T-T-A-TAATA-----AT----TA--G-T-GT---CA---GTA--TCA--AT-----G--A-TCG-CA---T-AGC-C------AAGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-G---GG--T-G-----GTGT-T--GCT----TGTA-------A--------AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------TA-----G-----TG-CCCCAGC--ACCG-CT---CGGG
gi|12 : ctTGAC-G--AT------AAAAA--AAAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-AC-TCCT--T-A---CA--GT----AT----TA-TGGT-GT-A-CAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T---CA-C-T-AGG-CCACTTAAGGT-GGGTTGAT-TT-----GCTC-TTCAGG--T-G-----GTG--TTCGCTAG--T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAACC-ATTA----TACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTTT-CAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTA-----ATAAGTTG-CCCTC-C-TACCG-CCATGCGGGCAACACA-TTGACT-AT-TC--CAACACG--GCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGG---CCCA-CC-TAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CAT--T--G-----TT-AC-GATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AT--TC--A-----------------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------GAAA--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-AC-T--T--A-A-A-TA--at
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA---T--GG----TT-ACG-AT-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--AT------GTT--A--GGAA--A-T----AGAA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-TAA-TT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT------G---------AAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-AC-T--T--T-A-C-TA--ATT---ATTG--TA-CA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAT-TA-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----g
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CAT--T--G-----TT-A-AGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGAATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-AGAA-TA----AA-------C-A-AA-TA-T-GG-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAGAAAATATAAAAA-----TACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAAC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-TT-T-GT-A--A-T--TA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-TAC-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GTTTCT---GG--T-G-----GTG--T--G-----------------A--------AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNNN--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TT-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGCTAGC-TA-TTG-CT--T-TC--CGAAA----GCACACAACA-GAGAGACAATAGTGCA--CCTA-A----AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA---TTGG-----TT-A--GATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--AT------GTTTGA--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-AACT-GA-AT-T-A-TT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT------G--------AAAAA-----TAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-AC-T--TCCT-A-GCTA--A-----ATATTGTACCA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TGGGTT--T-TAAATCGGCTT-T---GGCCT-G-----GTG--TTGGCTTTGGT----------AT-------AAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA---------------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCGAGC-TATCG-CT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CAT--T--G-----TTCAC-GATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--AT------GTTA-A--G-AA--A-T----A-AA--TTCAA-A-AA-TA---CAA-------C-A-AATTA-T-GA-TTAT-T-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-CA-AT------A-AAA--AT--AAA-----TAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--C-T--T--TAA-A-TA--ATCTTCGT----TA-CA-A-GTAA-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-GACA-C-T-AGCACC---GAAGGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-T---CG--TGG-----GTGTTT--GCTTATGT----------A--------AAGCG--TAAAGTG--A-AT-GCAACTAAACCCA--A----T-----------TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTACT-CAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGCgca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA-AT---T--G-----TT-ACG-ATCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCAT------GTT--A--G-A-----T----A-AA--TA--A-C-AA-TA---CA--------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-AATT-TATTT-GC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATAG-C-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------GACG--ATAAAA------TAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACTT--T--T-A-A-TG--A-----AT--------G-T-GT-A-CA-T-GTATTTCAT-AT-----G--A---G-C--C-T-AGC-GC---TAAGGTGCGGTT--A-T------GCTT-T---GG--T-GT----GTG--T--GTT----TATA-------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGCTTACCG-CT---CGGGC-GC-TA-TTG-CT-GT-TC--CAAAA----GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA---T--GGAGTTTT----GTTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AAATAT------GTT--AT-C-AATTA-T----A-AATGTT--AGA-AA-TAAATCAAAATACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-------------------------------TAAATT-----CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC---------A-G-AA--AGC---AT----TA-T--T-GT-A-CA-T-GTA--CCAT-GT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGT--GGTT--TGTT-----GCTT-T---G--------------------------T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----G-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-CT--T-TC--C--AA----GCA-ACACCA-TAG-AGCATAAGTGCA-
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA---TTAT-----TT-ACAGACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A-------G-T--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TG---CAG-------CTA-AA-TA-TGGA-TT-T---TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT------GTAAA--AT--AAA-----TAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC---------A-A-T---A-----AT----TA--G-TAGT-A-CA-TGGTA--TCAT-AT-----G--A---G-CA-C-T-AGC-CT-----AGAT--GGTT--A-TC-----CTTT-T---GGT-T-G-----GTG--T--GCTTTG-T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC---------N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TGTCCCTCGC-TACCG-C----CGGGTAattcctcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 222222222222 111 11111111111 11 111111 1111 111111111111 1111111111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 44444444444444444444444444444444444 1 11 222222 1111111111 77777777777777777777777777777777 11 2222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 11 2222 1111 444444 22 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 555555555555 3 555 6 3 3 3 33333333333 44 55 55555 00 000000 88 0000 55 3 7777 3 88 555555 3 666 333333333333 3 3 3 3 3 555 3 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 4 6 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 44 44 555 3 3 3 3 6 6 11 3 22222222222222222222222222222222222 3 3 3 4 3 55 3 99999 55 777 3 3 3 3 3 6666 00 5555 111111 88888 8888888888 33333333333333333333333333333333 55 33 1111111 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 4 4 777 8888 8 8 11 8 11 6 8888 8 0 8 3 66 8888 444444 00 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . ............ . ... . . . . ........... .. .. ..... .. ...... .. .... .. . .... . .. ...... . ... ............ . . . . . ... . . .......... . . . . . . . . .. .................................................................. ..... .. .. ... . . . . . . .. . ................................... . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . .... .. .... ...... ..... .......... ................................ .. .. ....... . ............................................................................................... . . . . ... .... . . .. . .. . .... . . . . .. .... ...... .. ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 222222222222 3 777 7 3 3 3 55555555555 66 00 55555 00 555555 66 5555 00 6 7777 6 66 444444 6 444 999999999999 6 6 6 6 6 111 6 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 8 7 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333 66 66 888 6 6 6 6 7 7 22 3 77777777777777777777777777777777777 6 6 6 5 6 00 6 11111 00 222 6 6 6 6 6 9999 66 7777 555555 44444 9999999999 11111111111111111111111111111111 55 55 3333333 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1 4 4 888 5555 0 0 22 0 00 4 0000 0 8 0 8 88 0000 777777 77 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT--G-----TT-ACCGATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--AT------TTT--AAGA-AA--A-TCATAA-AA--TC----A-AA-TA---CAA-------C---AA-TA-T-GATTT-T-A-TT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--ATG-----AAAAA--ATAGAAA------AT--T--GA---T
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A---TA--A-----TT----T-----T-G--A-CAGT-GTA--TC-T-AT-----G--A-T-G-C--C-T-AGC-C----TAAG--TGG-TT--T-TA-----TCTTGT---GG--T-GTTGAGGTG--G--GCT----TTGGGGGGTATG--------AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAACC-ATTA----T---------------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTTC--TTCAG--TTTGCT--TGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTAGCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGGACTCCCATACTT-AACATTCAATTAAT--TAGGTAAggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA---T--T-----GT-AC-GATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--ACT----A-AA--TC--A-A-AAGTA---CAG-------C---AA-TA-T-GA--T-T-A-TT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C---T------AG--A--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-AC-T--T--T-ACA-T---A-----AT----TATTG-G-GT-ACCA-T-GTA--T-ATAAT-----G--ATT-G-CAGC-TAAGC-CC---TAAAGGTGGG-T--T-TA-----AC-T-T---GGTTT-G-----GTG--T--GGT----T----------GCTTTGTGTAAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-----------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA---TT-G-----TT-ACG-ATCG-T-TT-A-T--------------AT--T--AT-AA--ATTCAAATGTT--A----AA--A-T----A-AAA-TC--A-A-A--TA---CAA-------A-AGAA-TA-T-TA-TT-T-A-TTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT--------GAA--ATTAAAA-----TAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-AC-A--T--T-T-A-TAATA-----AT----TA--G-T-GT---CA---GTA--TCA--AT-----G--A-TCG-CA---T-AGC-C------AAGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-G---GG--T-G-----GTGT-T--GCT----TGTA-------A--------AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG------TA-----G-----TG-CCCCAGC--ACCG-CT---CGGG
gi|12 : ctTGAC-G--AT------AAAAA--AAAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-AC-TCCT--T-A---CA--GT----AT----TA-TGGT-GT-A-CAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T---CA-C-T-AGG-CCACTTAAGGT-GGGTTGAT-TT-----GCTC-TTCAGG--T-G-----GTG--TTCGCTAG--T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAACC-ATTA----TACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTTT-CAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTA-----ATAAGTTG-CCCTC-C-TACCG-CCATGCGGGCAACACA-TTGACT-AT-TC--CAACACG--GCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGG---CCCA-CC-TAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CAT--T--G-----TT-AC-GATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AT--TC--A-----------------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------GAAA--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-AC-T--T--A-A-A-TA--at
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA---T--GG----TT-ACG-AT-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--AT------GTT--A--GGAA--A-T----AGAA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-TAA-TT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT------G---------AAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-AC-T--T--T-A-C-TA--ATT---ATTG--TA-CA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAT-TA-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----g
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CAT--T--G-----TT-A-AGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGAATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-AGAA-TA----AA-------C-A-AA-TA-T-GG-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAGAAAATATAAAAA-----TACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAAC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-TT-T-GT-A--A-T--TA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-TAC-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GTTTCT---GG--T-G-----GTG--T--G-----------------A--------AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNNN--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TT-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGCTAGC-TA-TTG-CT--T-TC--CGAAA----GCACACAACA-GAGAGACAATAGTGCA--CCTA-A----AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA---TTGG-----TT-A--GATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--AT------GTTTGA--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-AACT-GA-AT-T-A-TT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT------G--------AAAAA-----TAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-AC-T--TCCT-A-GCTA--A-----ATATTGTACCA-T-GT-A-CAGT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TGGGTT--T-TAAATCGGCTT-T---GGCCT-G-----GTG--TTGGCTTTGGT----------AT-------AAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA---------------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCGAGC-TATCG-CT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CAT--T--G-----TTCAC-GATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--AT------GTTA-A--G-AA--A-T----A-AA--TTCAA-A-AA-TA---CAA-------C-A-AATTA-T-GA-TTAT-T-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-CA-AT------A-AAA--AT--AAA-----TAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--C-T--T--TAA-A-TA--ATCTTCGT----TA-CA-A-GTAA-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-GACA-C-T-AGCACC---GAAGGCTGGGTT--T-TAT----GCTT-T---CG--TGG-----GTGTTT--GCTTATGT----------A--------AAGCG--TAAAGTG--A-AT-GCAACTAAACCCA--A----T-----------TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTACT-CAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGCgca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA-AT---T--G-----TT-ACG-ATCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCAT------GTT--A--G-A-----T----A-AA--TA--A-C-AA-TA---CA--------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-AATT-TATTT-GC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATAG-C-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------GACG--ATAAAA------TAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACTT--T--T-A-A-TG--A-----AT--------G-T-GT-A-CA-T-GTATTTCAT-AT-----G--A---G-C--C-T-AGC-GC---TAAGGTGCGGTT--A-T------GCTT-T---GG--T-GT----GTG--T--GTT----TATA-------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TG-CCCTCGCTTACCG-CT---CGGGC-GC-TA-TTG-CT-GT-TC--CAAAA----GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA---T--GGAGTTTT----GTTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AAATAT------GTT--AT-C-AATTA-T----A-AATGTT--AGA-AA-TAAATCAAAATACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-------------------------------TAAATT-----CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC---------A-G-AA--AGC---AT----TA-T--T-GT-A-CA-T-GTA--CCAT-GT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGT--GGTT--TGTT-----GCTT-T---G--------------------------T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN----N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----G-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-CT--T-TC--C--AA----GCA-ACACCA-TAG-AGCATAAGTGCA--
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA---TTAT-----TT-ACAGACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A-------G-T--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TG---CAG-------CTA-AA-TA-TGGA-TT-T---TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT------GTAAA--AT--AAA-----TAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC---------A-A-T---A-----AT----TA--G-TAGT-A-CA-TGGTA--TCAT-AT-----G--A---G-CA-C-T-AGC-CT-----AGAT--GGTT--A-TC-----CTTT-T---GGT-T-G-----GTG--T--GCTTTG-T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC---------N--------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----G-----TGTCCCTCGC-TACCG-C----CGGGTAattcctcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
blockSeqs : AA A C AT G G T A C AAAAAAAAAAAAAAA AC A A T GCTA A G AT . . G C G CG . T T A ATAATG TCC . . G GG A TTTCA . AAATGAACTGT CC T A TCG A C G T G TGA GG A TGGAGTT C CGA T . G T TCCAAA TT . TAAG TC TCAAAT TG GG TT C . G TG CAAA G AAT AAATACATCA T C G . A AA A A TACCTGGT G G . . T A A A . AAATTACATATAAATGGCCATATATCAAGAAAATATAA CTCAA CA TG CTT G C A A A A GA A TTCCTAGCTAAATATTGTACCA A A C A G TT A TTATA TC TT A G A A A CACT GT GAT AAATCG TTCA TTTG TGGTTGCTTTGTGT . AA ACATA A ATTATACTTGCGTCCCTATGACTACTTAGATGGCACTTATGCTTTCAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGCTAATAAGT T G T . ATG AACA G A A . . A CG C T A AA CA CCTA A TGG
blockSeqs : T . . . . C . A . ATT C . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . GC . . . . C A . GA . . . T . AA . G TTGG . CAG G . . . TTAAAC . . ATA AT . A TC . . . . A AAG . . AAAG . . . . . AA . . CTG . . . . A A G A . AAATATATAATTTACAATAATTGGCCATGAAATTA . . . . . . . . G A A . TTTAAATAATCTTCGTTACA . . . G . . . . . TC . . . . . C CT TG AT CT CCTG TTGGCTTTGGTAT . A CATA A CATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG . G . . . AGC . . G . . G . . . A AT CA A . .
blockSeqs : . . . . . C . A . A C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . GG . . . . C . . C . . . . . A . . TTAT . CG . . . . C . . AT . . . G . . . . . AGA . . GCTA . . . . . A . . TT . . . . . . G . . AGCTGTAAGATTACATTTAATTGGCTCATGAA . . . . . . . . . . A . TTTACTAATTATTGTACA . . . G . . . . . T . . . . . C TT T AT T TGG TTTGCTTATGTA . A ATTA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG . G . . . GC . . . . . A . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . C . . G . . . . . . . . TTG . CG . . . . C . . AT . . . G . . . . . AA . . ACA . . . . . A . . T . . . . . . A . . AAATTATCATAAATGGCCGAATGACGATAA . . . . . . . . . . . . TCCTTACAGTATTATGG . . . . . . . . . T . . . . . C CT T A G TGT TTGCTTGTAA . . ATGC . CGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGG . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . C . . G . . . . . . . . TTG . CG . . . . C . . AT . . . G . . . . . AA . . ACA . . . . . A . . C . . . . . . A . . ACATGTAAATTACATAATTGGCCATGA . . . . . . . . . . . . TTTACATAATTATTG . . . . . . . . . T . . . . . C TG T T T TTG TTCGCTAGTA . . AGC . CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . C . . G . . . . . . . . TGG . CG . . . . C . . AT . . . G . . . . . AA . . ACA . . . . . A . . T . . . . . . G . . AAATTTACATAATTGGCCAATAAAAAT . . . . . . . . . . . . ATTTATAATAATTAG . . . . . . . . . T . . . . . C T T A T TG TGTTTATAA . . ATG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . C . . . . . . . . TTG . AG . . . . T . . TT . . . G . . . . . AA . . ACA . . . . . A . . T . . . . . . G . . AAACATTAATATTGGCTCATGTAAAAT . . . . . . . . . . . . TTTAATAAATTATT . . . . . . . . . T . . . . . C T T T T TG TGCTTTGTA . . AAT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTAG . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . G . . . . . . . . TTG . CG . . . . C . . AC . . . G . . . . . AC . . GC . . . . . T . . T . . . . . . . . . AAATTACATAATTGGCCATGAAAAT . . . . . . . . . . . . TTTTAATGAATG . . . . . . . . . T . . . . . C T A C T TG TGA . . AT . CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . G . . . . . . . . TT . CG . . . . C . . AT . . . G . . . . . AA . . CA . . . . . A . . T . . . . . . . . . AAATTCATTAA . . . . . . . . . . . . AGAAAGCATTAT . . . . . . . . . . . . . . . T T A . T . TA . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . G . . . . . . . . TG . G . . . . C . . T . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . CCTAGAAT . . . . . . . . . . . . AATAATTAG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . TG . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *************** ** ** **** TTG********* CG* ** AT*** G*** **** AA**** ACA********* ** TTTAATAATTATTG********************* C*** CT T**** TG******** TTGCTTTGTA********************** ** ATG**** G* ** ****
originalCons : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-----TT-ACGGATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT------GTT--A--G-AA--A-T----A-AA--TC--A-A-AA-TA---CAA-------C-A-AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-AC-T--T--T-A-A-TA--A-----AT----TA-CG-T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGTTGGGTT--T-TA-----GCTT-T---GG--T-G-----GTG--T--GCT----T----------A--------AAGCG--T--AGTG--A-TA-GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CT-GT-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
finalCons : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CATTG---------TT-ACG-ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--TAT---AA--AT------GTT--AG---AA--A-T----A-AA--TCAA----AA-TA---CAACA---------AA-TA-T-GA-TT-T-A-TT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-ACTTTAATAATTATTG---------------------T-GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGCTGGGTT--T-TA-----GCTTT----GGTG--------GTGTTGCTTTGTA----------------------AAGCG--T--AGTGATG----GC-ACTAAACCCATTA----T--------CCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNCT-CAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGCTA-----G-----TG-CCCTCGC-TACCG-CT---CGGGCAGC-TA-TTG-CTG-T-TC--CGAAA----GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 11 11 11 11111111111 111 11111111111 222222222 11111 1111111111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111 22222222222222 1 1 2222222222222 11111 22222222222222222222222222222 11 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1 11 1111111 1111 444444 22 222
lowQualScore : 77 2 2 33 2 8 2 8 2 999999999999999 11 2 2 2 5555 2 2 77 3 3 3 3 77 00 3 3 3 77 888888 555 6666 3 3 22 3 77777 3 44444444444 44 6 3 5555 3 3 3 6 3 222 44 6 44 77 3 3 444 3 6 3 3 3 33333333333 44 55 55555 55 555555555 88 6666 3 66666 3 3 7777 55 3 3 777 3 3 3 3 3 7 3 1 3 6666666666 3 3 3 3 6 6 9 6 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 44 44 555 3 3 3 3 6 6 11 3 44 333333 3 3 88888888888888 3 3 4 3 55 3 99999 55 777 3 3 3 3 55 666 5 4 5555555555555 55 11111 99 4 4 22222222222222222222222222222 55 33 2222222 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4 1 4 4 777 8888 8 8 8 3 8 11 6 9999999 8 0 8 3 66 8888 444444 00 555
lowQualScore : .. . . .. . . . . . ............... .. . . . .... . . .. . . . . .. .. . . . .. ...... ... .... . . .. . ..... . ........... .. . . .... . . . . . ... .. . .. .. . . ... . . . . . ........... .. .. ..... .. ......... .. .... . ..... . . .... .. . . ... . . . . . . . . . .......... . . . . . . . . .. .................................................................. ..... .. .. ... . . . . . . .. . .. ...... . . .............. . . . . .. . ..... .. ... . . . . .. ... . . ............. .. ..... .. . . ............................. .. .. ....... . ..................................................................................... ..... . . . . ... .... . . . . . .. . ....... . . . . .. .... ...... .. ...
lowQualScore : 99 9 9 77 7 0 7 0 7 333333333333333 77 7 7 7 7777 9 9 33 1 1 1 1 33 44 1 1 1 33 888888 000 5555 1 1 77 1 77777 1 66666666666 66 2 1 0000 1 1 1 2 1 777 22 2 66 99 3 3 333 3 7 3 3 3 55555555555 66 00 55555 00 000000000 66 9999 6 88888 6 6 7777 00 6 6 222 6 6 6 6 6 3 6 3 3 3333333333 3 3 3 3 7 7 0 7 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333 66 66 888 6 6 6 6 7 7 22 3 66 333333 3 3 88888888888888 6 6 5 6 00 6 11111 00 222 6 6 6 6 00 444 7 0 9999999999999 55 77777 55 0 0 88888888888888888888888888888 55 55 8888888 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 4 1 4 4 888 5555 0 0 0 2 0 00 4 0000000 0 8 0 8 88 0000 777777 77 777
consensus : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA--TT--G-TT-A-C-G-ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT---------GTT--A--G-AAA-T-----A-AA-T----C--AA-AA-TACAAC-A-AA-TA-T-GA-TT-T-ATT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-ACT--T--T-A-A-T-AATTATT-G-----T-----GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TG-GGTT--T---TA-----GC--TT-T---GG--T-G-GTG-TT-------GCTT-T-G-------T-A-AAGCG--T--AGTG--A-TG-GC-ACTAAACCCATTA--------TCCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNC-TCAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGC-----TAG-----TG-CCCTCGC-TACC-GCT---CGGGCAGC-TA-TTG-C-TGT-TC--CGAA----A--GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
Reference ( family-10712 ) : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-CA--TT--G-TT-A-C-G-ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT---------GTT--A--G-AAA-T-----A-AA-T----C--AA-AA-TACAAC-A-AA-TA-T-GA-TT-T-ATT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--ATTGGC-C--AT------AGAAA--ATAAAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-ACT--T--T-A-A-T-AATTATT-G-----T-----GT-A-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGCTG-GGTT--T---TA-----GC--TT-T---GG--T-G-GTG-TT-------GCTT-T-G-------T-A-AAGCG--T--AGTG--A-TG-GC-ACTAAACCCATTA--------TCCCTACGNAC-NNTTNGATGGCGCNCNTA---TNC-TCAANTCGGCGTTTGCTNCTNGGNAAGC-----TAG-----TG-CCCTCGC-TACC-GCT---CGGGCAGC-TA-TTG-C-TGT-TC--CGAA----A--GCA-ACACCA-GAGAAGCATTAGTGNA--CCCA-AC-T-AACAGTC-ATTAAT--TAGGTAA
gi|1 : --TCC-T-A-G-A-AA--------------TCTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-TGG--CGTCGTAT-A-ATGAT--GCA-T-AGATCGC------CC----GTCTTAATTTTGATAAG-T-GCC-CG-----GGCAAC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-T----------GA-CAGGTT--G-TT-ACC-G-ATGA-GTTT-A-T-----C-----A--ATACT--A--AA--AT---------TTT--AAGA-AAA-TCATA-A-AA-T----C---A-AA-TACAAC---AA-TA-T-GATTT-T-ATT-TTATTTGC-ATT-------T--AA-T-TACTGG-TA-AATA-GC-AAGAGTTTA-----A------AA--------TTATCAGTA-G--ATT-GC-C--ATG-----AAAAA--ATAGAAA------AT--T--GA---T
gi|1 : ct-CTT-TTG--ATGAC-ACT--T--T---A-T-AATT-TT-G--------------A-CAGT-GTA--TC-T-AT-----G--A-T-G-C--C-T-AG--CC---TAAG--T--GGTT--T---TA-----TC--TT------G--T-G-GTG-TTGAGGTGGGCTT-T-GGGGGGTAT-G-AAGCGATT--AGTAT-A-TATGC-ACTAAA-CCATTA--------T-------TAC-TGTTTGATGGTGGGCCTA---TGCTTC--TTCA--GTTTGCT--TGGAGAAGCTAAATTAG-----TG-CCCTC-C-TACCGGCT---CGGGCA-T-TA-TTG-CTTGTGTCGTCGAAAACTA--GCA-ACACCA-TGGGTGTATTAGTGGACTCCCATACTT-AACATTCAATTAAT--TAGGTAAggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactcttttgatgacactttataattttgacagtgtatctatgatgcctagcctaagtggttttatcttgtggtgttgaggtgggctttggggggtatgaagcgattagtatatatgcactaaaccattattactgtttgatggtgggcctatgcttcttcagtttgcttggagaagctaaattagtgccctcctaccggctcgggcattattgcttgtgtcgtcgaaaactagcaacaccatgggtgtattagtggactcccatacttaacattcaattaattaggtaa
gi|10 : cttcctagaaatctgattggataacgtctttggcgtcgtataatgatgcatagatcgcccgtcttaattttgataagtgcccgggcaactatcacgctgagtgtgacaggttgttaccgatgagtttatcaatactaaaattttaagaaaatcataaaatcaaatacaacaatatgattttattttatttgcatttaattactggtaaatagcaagagtttaaaattatcagtagattgccatgaaaaaatagaaaattgatggaaaggagggggtgggtggtagggagggggatcggcgaccactTTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTT--ATTGGA-T-AATCG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GTG-G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGGC---------GGC--C-----------TAT--ACTG-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA--TT--G--T-A-C-G-ATGA---TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT---------GTT--A--G-AAACT-----A-AA-T----C--AA-AAGTACAGC---AA-TA-T-GA--T-T-ATT-TATTTGTC-ATA-------T--AAGT-T-CT-G-T--AATA-GC-A--A---------------------------------------------C-C---T------AG--A--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-CG-AAAC-CTT-TTGGAATGAC-ACT--T--T-ACA-T-AATTATT-G-----G-----GT-ACCA-T-GTA--T-ATAAT-----G--ATT-G-CAGC-TAAGC-CC---TAAAGGTG-GGTT--TAACTT-----GG--TT-T---GG--T-G-TGG-TT-------GCTT-T-G-------T-GTAAGCG--T--AGTG--A-GC-GC-ACTAAACCCA-------------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAG-----TG-CCCTCGC-TACC-GCT---CGGG
gi|11 : AT-AA-A--TGG-TGA-G-A-AATT------------CTTGC-ATGGAA-T-AA-CG----TCTAT-CTG--C-CC-T-T-A----GT--G-G----A--TGC------C-----G-C----TTT--AT-AG-TGCCC-AC-----AGC-AC-----------AATC-ACAG-CT--G-AAG-T-G-TT-T---AA--AAACA--TT--G-TT-A-C-G-ATCG-T-TT-A-T--------------AT--T--AT-AA--ATTCAAAT---GTT--A----AAA-T-----A-AAAT----C--AA-A--TACAAA-AGAA-TA-T-TA-TT-T-ATTATA----GC-ATA-------C--TA-T-T-CT-G-TG-AATAAGC-A--A-TT-------A------AATATATAATTTA-CA--ATA--ATTGGC-C--AT--------GAA--ATTAAAA-----TAT--T---A---TT-G---AG-AAAC---T-TTG--ATGAC-ACA--T--T-T-A-T-AATAATTAG-----T-----GT---CA---GTA--TCA--AT-----G--A-TCG-CA---T-AGC-C------AAGCTG-GGTT--T---TAT----GC--TT-G---GG--T-G-GTG-TT-------GC-T-T-G-------TAA-AAGTG--TA-AGTGACA-TA-GC-ACTAAA-CNNNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----------TAG-----TG-CCCCAGC--ACC-GCT---CGGG
gi|12 : ctTGAC-G--AT------AAAAA--AAAAAAACTCAATAT--CTGAA---TT-G-C-AG-AAACACTT-TTT--ATGAC-ACTCCT--T-ACA-G-TATTATG-G-----T-----GT-A-CAAT-GTA--TCAT-AT-----GTCA-T---CA-C-T-AGG-CCACTTAAGG-TG-GGTTGAT---TT-----GC--TC-TTCAGG--T-G-GTG-TTC------GCTA---G-------T-A-AAGCG--T--AGTG--A-TG-AC-ACTAAA-CCATTATACTTGCGTCCCTATGACT-ACTTAGATGGCACTTATG---CTT-TCAAATCAGCGTGTGCTTCTTGGAAAGC-----TAATAAGTTG-CCCTC-C-TACC-GCCATGCGGGCAACACA-TTGAC-TAT-TC--CAAC----ACGGCA-AC-CCG-GAGAAGC--TAGTGG---CCCA-CC-TAAATAGTC-ATTAATGGTAAGTAA
gi|13 : TAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-A-A-AAAAAAAAAAAAAAAA---G--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-TA-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-C---AA--AA-CA--TT--G-TT-A-C-G-ATAA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT---------GTT--A--G-AAA-T-----A-AT-T----C--A------------A-AA-TA-T-GA-TT-T-ATT-TATTTTGC-ATATACCTGGT--AA-T-T-CT-G-TG--ATA-GC-A--AGCT-------A------AA--------TTA-C---ATA--ATTGGC-C--AT-------GAAA--AT--AAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AGAAAAC-CTT-TTC--ATGAC-ACT--T--A-A-A-T-Aat
gi|14 : GTGCATCACAT--GAT-AACA--TC--T-A-G-ACA---------------TTTG----TGGAAT-AA-CG----TCC-T-CTGG-C-TC-TAT-A-A--AT--G-A-TTAG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TG--C-CG-----GGC-AC-----------TATCCAC-A-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AAGCA--TG--G-TT-A-C-G-AT-A-G-TT-A-T-----TCCAAAA--AT--TTAAG-AA--AT---------GTT--A--GGAAA-T-----AGAA-T----C--AA-AA-TACAAC-A-AA-TA-T-GA-TT-TAATT-TATTTTGC-AT--------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-
gi|15 : TTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATAG-C-A--AGTT-------ACATGTAAA--------TTA-CA-TA----ATTGGC-C--AT------G---------AAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-ATAC-CTT-TCG--TTGAC-ACT--T--T-A-C-T-AATTATT-GTACA-T-----GT-A-CAGT-GTA--TCAT-TA-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGtc
gi|16 : TTAGTGCATCACCT--GAT-AA-A--TTC-TCA-A-A-A---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CA----TCA-A-CCG--T-TC-TGT-A-A--GT--G-ATT-AG---GC------CC---GGTC----tg
gi|17 : TTTAGTGCATCGCAT--GAT-AA-A--TCC-TCA-A-A-C---------------TTTC--ATTGGA-T-AA-CG----TCA-T-CTG--T-TC-TAT-A-AG-GTA-A-A-T-AG--TGC------CC---actattaatcccagtgccgttttgtttgccgacg
gi|18 : ---GGTC----TTTTGAT-AG-TG-TC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AT-G-CT--C-A-G-T-GTTT-T---AA--AA-CA--TT--G-TT-A-A-G-ATGA-G-TT-A-T-----C-----A--A
gi|2 : TTTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-C---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCC-T-CTG--C-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GCTC----TTTTGAT-AG-TGGCC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-A-CT--G-A-GCT-G-TT-T---AA--AA-CA---T--G-TT-A-C-GAATGA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--T--AT-AA--AT---------GTT--A--G-AAA-T-----A-AA-T----C--AAGAA-TA-AAC-A-AA-TA-T-GG-TT-T-ATT-TATTTTGC-ATA-------T--GA-TGT-CT-G-T--AATAGGC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-CA-TATA--AATGGC-C--ATATATCAAGAAAATATAAAAA-----TACCAT--AACTTTT-G-C-AG-AAAC-CTTATTG--ATGACAACT--T--T-A-A-TAAATTATT-------T-----GT-A--A-T--TA--TCAT-AT-----G--A-T-G-CA-TAC-AGC-CC---TAAGGTTG-GGTT--T---TA-----GT--TTCT---GG--T-G-GTG--T-------G----------------A-AAGCG--TA-AGTGC-A-TA-GCAACTAAACCCATTANNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAG-----TT-CCCTCGC-TACC-GCT---CGGCTAGC-TA-TTG-C-T-T-TC--CGAA----A--GCACACAACA-GAGAGACAATAGTGCA--CCTA-A----AACAGTC--TTAA---TAGGTAA
gi|21 : AGTGCATCACAT--GAT-CA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-ta
gi|22 : TAGTGCATCACAT--GAA-AA-A--TCC-T-A-GAA-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TC
gi|23 : TTGAT-AG-TG-CC-CG-----GGC-AC-----------TATC-AC-G-CT--G-A-G-T-G-TT-T---AA--AA-
gi|3 : ATCACAT--GAT-AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C-TC-TAT-ACA--GT--G-A-T-AG--TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-TGCCCACA-----GGC-AC-----------TATC-AC-GACT--GAA-G-T-G-TT-TA--AA--AA-CA--TTG-G-TT-A---G-ATGA-G--A-A-T-----T-----T--AT--T--ATAAA--AT---------GTTTGA--G-AAA-T-----A-AA-T----C--AA-AA-TACAAC-A-AA-AACT-GA-AT-T-ATT-TTTTTTGCAATA-------CTGAA-T-T-CT-GTTG-AATCAGCAA--AGTTAGCTGTAA------GA--------TTA-CA-TTTA--ATTGGCTC--AT------G--------AAAAA-----TAT--T--AA----T-G-C-AG-ATACGCTT-TCG--TTGAC-ACT--TCCT-A-GCT-AAATATT-GTACCAT-----GT-A-CAGT-GTA--TCAC-ATTTATAG--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGG-TG-GGTT--T---TAAATCGGC--TT-T---GGCCT-G-GTG-TTG------GCTT-TGG-------T-ATAAGCG--T--AGTG--ATTA-GC-ACTAAA-----------------CCNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAG-----TG-CCCGAGC-TATC-GCT---CGGGga
gi|4 : ggcaGTGCATCACATAAGATAAA-A--TCCGT-A-G-A-A---------------AGAGC-ATTGGA-TAAA-CGGCTATCT-TGCTG--C-TA-AATGA-A--GTCGA-A-T-AG--TGCATAATGAC---GGTA-----GTTGAT-AG-T-GCC-CG-----GGC--C-----------TAT--AC-G-CTTCG-A-G-TGG-TT-TAA-AA--AA-CA--TT--G-TTCA-C-G-ATGATG-TTGA-T-----C-----A--AG--T---T-AA--AT---------GTTA-A--G-AAA-T-----A-AA-T----TCAAA-AA-TACAAC-A-AATTA-T-GA-TTAT-TTT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TGAAATGAGCAA--AGTT-------A------AA--------TT--TA-CATA--ATTGGC-CA-AT------A-AAA--AT--AAA-----TAT--G--AA---TT-GCC-AG-AAAC-CTTATTGA-ATGAC--CT--T--TAA-A-T-AATCTTC-G-----TTACAAGTAA-CA-T-GTA--TCAT-AT-----G--A-T-GACA-C-T-AGCACC---GAAGGCTG-GGTT--T---TAT----GC--TT-T---CG--TGG-GTGTTT-------GCTTAT-G-------T-A-AAGCG--TAAAGTGA-A-TG-CA-ACTAAACCCA--A--------T---TACATACTTATTAAGTGGCGCACGTATACTAC-TCAAATCGGTG-TTGCTATTTGGAAAGC-----gca
gi|5 : -AA-A--TCC-T-A-G-A-AA--------------TTTGG-ATTGGA-T-AA-CG----TCT---CTG--C-TC-TAT-A-A--GT----A-T-AG--TGT------CCTCCGCTC----TTTTGAT-AGGTCGCC-CG-----GGC-AC-----------TAT--AC-G-CT--G-A-G-T---TT-T---AA--AA--A--TT--G-TT-A-C-G-ATCA-G-TT-A-T-----C-----A--AT--A--TT-AATCAT---------GTT--A--G---A-T-----A-AA-T----A--AC-AA-TAC-AC-A-AA-TA-T-GA-TT-TAATT-TA-TTTGC-ATA----------AA-T-C-CT-GATG-AATA-GC-A--AGTT-------A------AA--------TTA-T--CATA--AATGGC-CGAAT-------GACG--AT-AAAA-----TAT--T--AA---TT-G-C-AG-GAA--CTT-TTG--ATGAC-ACT--T--T-----T-AATGAAT-G-----T-----GT-A-CA-T-GTATTTCAT-AT-----G--A---G-C--C-T-AGC-GC---TAAGG-TGCGGTT--A---T------GC--TT-T---GG--T-GTGTG--T-------G-TT-T-A-------TAA-AAGCG--T--AGTG--A-TGCGC-ACGTAACC---NN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAG-----TG-CCCTCGCTTACC-GCT---CGGGC-GC-TA-TTG-C-TGT-TC--CAAA----A--GCA-ACACCATGAGAAG
gi|6 : TTAGTGCATCACAT--GAT-AA-A--T---------A-A---------------TTTGACATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTGATT-TC-TAT-A-A--GT--G-A-T-A---TGC------CC---GGTC----TTTTGAT-AG-T-GCC-CGTTTCAAGC-ACAAATGAACTGTCATC-AT-G-GT--T-A-G-T-G--------AAGGAA-TA--TGGAG-TT-T-T-G-TTGAGG-TT-G-TTTAAAC-----ATTGT--T--AC-AA--ATATGTTATCAATT--A--T-AAA-TGTTAGA-AA-TAAATC--AA-AA-TACATC-A-AA--A-T-GA-TT-T-ATT-TATTTTGC-ATA-------T--AA-T-T-CT-G-TG-AAT-GGC-A--AGTT-------A------AA--------TT--CA-T-------------------------------TAAATT-----CAT--T--AA---TT-G-C-AG-AAAC-CTT-TTG--ATGAC-ACA--G--A-A-A-G-CATTAT--------T-----GT-A-CA-T-GTA--CCAT-GT-----G--A-T-G-CA-C-T-AGC-CC---TAAGGT---GGTT---------------------------------TG-TT-------GCTT-T-G-------T-A-AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACCCGNNN--------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA---------GG-----TG-CCCTCGC-TACC-GCT---CGGGC
gi|7 : C-TAGTTG-C-T-T-TC--C--A----A--GCA-ACACCA-TAG-AGCATAAGTGCA--
gi|8 : tatttagtccagtcaagttaatgagaaaattgggcccaacctcaagaaaattaTAGTGCATCACATT-GAT-AA-AATTCC-T-ATA-A-A---------------TTTG--ATTGGA-T-AA-CG----TCT-T-CTG--C--C-TAT---A--GT--G-A-T-AGA-TGC------CC---GGTC------TTGAT-AT-AGGCC-CG-----GGC-AC-----------TA-C-AA-G-CT--C-A-G-T-G-TTGTTGAAA--AA-CA--TT--ATTT-A-CAG-ACGA-G-TT-ATT-----C-----A------T--AT-AA--A----------G-T--A--G-AAA-T-----A-AA-T----C--AA-AA-TGCAGCTA-AA-TA-TGGA-TT-T--TT-AATTTTTC-ATAT------T--AA-T-T-CT-G-TG-AATA-GC-A--AGCT-------A------A-----------A-CA-T-TAATATTGGCTC--AT------GTAAA--AT--AAA-----TAT--T--TA---TTGG-CAAG-ACAC-CTT-TTGA-AGGAC-AC--------A-A-T-AATTA---G-----TA----GT-A-CA-TGGTA--TCAT-AT-----G--A---G-CA-C-T-AG--CC---TA--GATG-G-----T---TA-----TCCTTT-T---GGT-T-G-GTG--T-------GCTT-T-G-------T-A-AAGCG--T--AGTG--A-T--GC-ACTAAACC-------------NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAG-----TGTCCCTCGC-TACC-GC----CGGGTAattcctcgtcttcttctgtacagtgtcagtatactttgtgacatatctttgtgcccataacttgtatgaagatctgacctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattgttttactcgtaggtgattcaacctaaaaacctacttaatacaatgttgctatgttttattttacaattttataccactgtgaacaaattgcatgggggatagatagaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTAATTAAACAACACAAAGGATTTCATTAATCCCGTTCCTGTACAGTTGTCAGTTATCTTGGACATATCTTGTGCCGCATCACTTGTATTGAAGATCTTGACCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGTACATATACATTAATTCCTTTATCTAGAAATGAGAATTTGATTGTTTTACTCGCTAGTGATTCAAACCTAAAACCTACTTAATAACAATGTTGCTATGTTTTATTTTACAATTTTATACCACTGGAACAAATTGGCATGGGGATAAGATAGAACTTAT
Unaligned ( gi|19 ): TGATTCAACCTAAAAACCTACTAAATACAATGTTGTTATGTTTTATTTTACAGGACTTATTCTGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTAAT