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lowQualScore                  :         . ...  .  ..  . ......... . ... .. ..  . . .... . .   .   . . .. ..   . ...   .....    . .  .......     .....    . ..........  ...   .  ....................  .  ......    .    
lowQualScore                  :         4 555  2  11  2 999999999 1 777 77 22  1 1 4444 1 1   2   2 3 22 99   3 000   33333    3 3  8888888     33333    3 0000000000  888   4  55555555555555555555  7  333333    0    
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Reference ( gi|5 )            :    ATTGG-T---GG-CA--GC-G-TA-----AG-T---G--AC-TC-T-G-A--T-G-TTT-GGCAG-GA-A-AACC-T-G-TGTC---CCAGG-T-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G----TTG-T---CG-TCC---G-GGACGACGGG
gi|13                         :    ATTGG-T---GG-CA--GC-G-T------AG-T---G--A---C-T-G-G--T-G-TTA-GTCAG-G--A-GTCC-T-G-TGT-----CAGG-T-AGA-GT--CTCTTC-----GGAG-C
gi|10                         :    ATTGG-T---GG-CA--GC-G---------G-T---GGGAT-TC-T-G-G--T-G-TTT-GGC-G-GG-A-GACC-T-T-TGT-----CAGG-T-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-
gi|4                          :    ATTGG-TCGAGA-CA--GC-GGT-------G-T---G--A--TC-T-G-G--T-G-TTTCGGCGG-GA-G-AGCC-T-G-GGTC------GG-TGAGA-GTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TG-GT--GT---A-G-GA-C-GT--G----a
gi|11                         : gaaATTGG-T---GG-CA--GC-G--G-----GG-G---G--AT-TC-T-G-G--T-G-TGT-GGC-G-GG-A-GACC-T-T-TGT-----CAGG-T-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-gtttgcgattgcgcggggac
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gi|20                         :   aATTGG-T---GG-CA--GC-G-TA-----AG-T---G--AC-TC-T-G-G--T-G-TT
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gi|14                         :   aATTGG-T---GG-CA--GC-G---------G-T---GGGAT-TC-T-G-A--T-G-TTT-GGC
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gi|2                          :     TTGG-T---GGGCA--GC-G-TAGCCTAAGCT---G--ACCTC-T-G-C--A-A-TTT-GGCGG-GA-A-TACC-TTG-TGGT---TCAGG-T-AGA-GT--CTCTGT-----GGAGACTCGTG-G---GTGTAACG-GACCGGTG-G----TTT-T---CG-TCT---G-GG
gi|1                          :      TGG-T---GG-CA--GC-G-TA------G-T---G--AT-TCGT-G-A--T-GATTT-GGCAG-GAGA-AACC-T-G-TGT----CCAGG-T-AAA-GTC---CTTCATTGAGGAG-CTC-TG-G---GT---ACGTGACG-CT--GGCTTTTA-TTCCTG-TCCCTGG-GGACTACGGgaac
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gi|8                          :                         gcc-----AG-T---G--AC-TC-TTG-GCTT-G-TTT-TGGGGTGA-G-TACC-T-G-TGTC---T--GGCT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CT--TG-GT--GT----CG-GA-C-G---G----TTT-T---CG-TCCG--G-GGACGACGGcg





Alignments
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lowQualScore                  :             2 666  2  22   6666 6666666  2 33  2 2 4444  4   2      77777  44 6  3 77  444    3  55  111     77777    3 1111 4 555  777   4  1111111 777 5  22222  5  8888 5    2    
lowQualScore                  :             . ...  .  ..   .... .......  . ..  . . ....  .   .      .....  .. .  . ..  ...    .  ..  ...     .....    . .... . ...  ...   .  ....... ... .  .....  .  .... .    .    
lowQualScore                  :             2 111  1  99   1111 5555555  0 55  0 0 0000  0   1      88888  22 2  1 33  999    1  44  111     77777    1 7777 0 000  000   0  0000000 000 0  55555  7  7777 7    5    
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Reference ( family-1059 )     :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-AC--C-TG-T--GTCC-AGGT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG
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gi|11                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGG-G-G-------GG-AT-TC-T-G-G--TG-TGT-GGCGGG--AG-AC--C-TT-T--GT-C-AGGT-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-a
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gi|13                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-A---C-T-G-G--TG-TTA-GTCAGG--AG-TC--C-TG-T--GT-C-AGGT-AGA-GT--CTCTTC-----GGAG-Cggggc
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gi|4                          : aatttacATTGG-TCGAGA-CA--GCGG-T-G-------TG-A--TC-T-G-G--TG-TTTCGGCGGGA-GA-GC--C-TG-G--GTC---GGTGAGA-GTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TG-GT--GT---A-G-GA-C-GT--G--GT-TT-----tgg
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gi|6                          :         TTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------TGGAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GGCAGGA-A--AC--C-TG-T--GT-C-AGGT-AGA-GT--CTCTTC------GAG-CTT----G---GT---ACG-GACCAATCGG--TT-TT-----CG-TCG---GAGAACGACGGg
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gi|8                          :                          gcc-A-G-------TG-AC-TC-TTG-GCTTG-TTT-TGGGGTG-AGTAC--C-TG-T--GTCT-GGCT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CT--TG-GT--GT----CG-GA-C-G---G--TT-TT-----CG-TCCG--G-GGACGACGGcg
gi|9                          :        ATTGAAT---GG-CAAAGCGT-A-G-------TG-AG-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCAGAA-AGAACCAC-TG-CCAGTTC-AGGT-A-A-GCC-CTCTGT-----GGAG-Ct





Alignments
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lowQualScore                  :             2 666  2  22   6666 6666666  2 33  2 2 4444  4   2      77777  44 6  3 77  444    3  55  111     77777    3 1111 4 555  777   4  1111111 777 5  22222  5  8888 5    2    
lowQualScore                  :             . ...  .  ..   .... .......  . ..  . . ....  .   .      .....  .. .  . ..  ...    .  ..  ...     .....    . .... . ...  ...   .  ....... ... .  .....  .  .... .    .    
lowQualScore                  :             2 111  1  99   1111 5555555  0 55  0 0 0000  0   1      88888  22 2  1 33  999    1  44  111     77777    1 7777 0 000  000   0  0000000 000 0  55555  7  7777 7    5    
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Reference ( family-1059 )     :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-AC--C-TG-T--GTCC-AGGT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG
gi|1                          :          TGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AT-TCGT-G-A--TGATTT-GGCAGGAGAA-AC--C-TG-T--GTCC-AGGT-AAA-GTC---CTTCATTGAGGAG-CTC-TG-G---GT---ACGTGACG-CT--GGCTT-TTATTCCTG-TCCCTGG-GGACTACGG
gi|10                         :    aatgATTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------GG-AT-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGG--AG-AC--C-TT-T--GT-C-AGGT-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-t
gi|11                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGG-G-G-------GG-AT-TC-T-G-G--TG-TGT-GGCGGG--AG-AC--C-TT-T--GT-C-AGGT-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-a
gi|12                         :          TGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------GG-AA-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-AC--C-TT-T--GGTC-AGGT-AG----T-CTCTTC-----GGAG-Ca
gi|13                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-A---C-T-G-G--TG-TTA-GTCAGG--AG-TC--C-TG-T--GT-C-AGGT-AGA-GT--CTCTTC-----GGAG-Cggggc
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gi|19                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AC-TC-T-G-A--CG-TTT-G
gi|2                          :        aTTGG-T---GGGCA--GCGT-A-GCCTAAGCTG-ACCTC-T-G-C--AA-TTT-GGCGGGA-AT-AC--CTTG-TG-GTTC-AGGT-AGA-GT--CTCTGT-----GGAGACTCGTG-G---GTGTAACG-GACCGGTG-G--TT-TT-----CG-TCT---G-GG
gi|20                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGTAA-G-------TG-AC-TC-T-G-G--TG-TTgaac
gi|3                          :           GG-TA--GG-CA--TCGTCA-G-------TG-AC-TC-T-G-A--TGGTTT-GGCGG-A-GG-AC--T-CGAT--GTC--AGGT-AGA-GTCATTCTGC------AAG-CCT-CG-G---GT---AC--GACC-GTA-G--TTGCT-----CGTTCC---G-GGAC-ACGG
gi|4                          : aatttacATTGG-TCGAGA-CA--GCGG-T-G-------TG-A--TC-T-G-G--TG-TTTCGGCGGGA-GA-GC--C-TG-G--GTC---GGTGAGA-GTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TG-GT--GT---A-G-GA-C-GT--G--GT-TT-----tgg
gi|5                          :     gaaATTGG-T---GG-CA--GCGT-AAG-------TG-AC-TC-T-G-A--TG-TTT-GGCAGGA-AA-AC--C-TG-T--GTCCCAGGT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-GT-----CG-TCC---G-GGACGACGGgcgattgcgcggggac
gi|6                          :         TTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------TGGAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GGCAGGA-A--AC--C-TG-T--GT-C-AGGT-AGA-GT--CTCTTC------GAG-CTT----G---GT---ACG-GACCAATCGG--TT-TT-----CG-TCG---GAGAACGACGGg
gi|7                          :                    -CA--GCGC-A-G-------TG-AC-TC-T-GTA--TG-GTT-TGCAGCG-AA-AC--CGTG-T--GTC---AGT-CGATGTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TGTGCGTGT---ACG-GA-C-GT--G---G-TT-----CG-TC------GGACGGCG
gi|8                          :                          gcc-A-G-------TG-AC-TC-TTG-GCTTG-TTT-TGGGGTG-AGTAC--C-TG-T--GTCT-GGCT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CT--TG-GT--GT----CG-GA-C-G---G--TT-TT-----CG-TCCG--G-GGACGACGGcg
gi|9                          :        ATTGAAT---GG-CAAAGCGT-A-G-------TG-AG-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCAGAA-AGAACCAC-TG-CCAGTTC-AGGT-A-A-GCC-CTCTGT-----GGAG-Ct


blockSeqs                     :             A CGA  G  AA   TAA  CCTAAGC  G CC  . T GCT   G   C      GAGT   CA T  A CA  CCC    G  AT  CAT     .        A TCGT T CGT  GTA   .  CCAATCG T   G  .      T  CG   A    G
blockSeqs                     :             . A    .  .    TCA  .        . T   . . TA    .   .      AAGA   .  G  . G   TC     .  A   TC      .        . CTC  . T    .     .  CCGGTG  T   .  .      .  T    .    G
blockSeqs                     :             . .    .  .    TAA  .        . T   . . G     .   .      AAG    .  .  . .   TC     .  A   TC      .        . TCT  . T    .     .  CCGTA   G   .  .      .  C    .    G
blockSeqs                     :             . .    .  .    GT   .        . A   . . G     .   .      AAT    .  .  . .   CT     .  A   TC      .        . TCT  . .    .     .  CCGT    T   .  .      .  C    .    G
blockSeqs                     :             . .    .  .    GG   .        . T   . . G     .   .      AGG    .  .  . .   TC     .  A   CC      .        . TCT  . .    .     .  CGT     T   .  .      .  G    .    .
blockSeqs                     :             . .    .  .    GT   .        . T   . . G     .   .      AGA    .  .  . .   C      .  A   CC      .        . TT   . .    .     .  CGT     T   .  .      .  .    .     
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . A     .   .      AAA    .  .  . .   C      .  A   CC      .        . TT   . .    .     .  CG      .   .  .                    
blockSeqs                     :             . .    .  .    GT   .        . C   . . G     .   .      GAA    .  .  . .   C      .  A   C       .        . .    . .    .     .                                      
blockSeqs                     :             . .    .  .    GC   .        . C   . . A     .   .      AG     .  .  . .   C      .  A   C       .        . .    . .    .     .                                      
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . A     .   .      AG     .  .  . .   C      .  .   C       .        .                                                          
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . A     .   .      AG     .  .  . .   C      .  .   C       .        .                                                          
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . A     .   .      AA     .  .  . .   C      .  .   C       .        .                                                          
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . C     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .    .  .    TA   .        . C   . . G     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .    .  .    GT   .        . C   . . A     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .    .  .    GT   .        . C   . . G     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .    .  .    CA   .        . G   . . A     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                    .  .    TA   .        . .   . . A     .   .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                 .        . .   . . G     .                                                                                                                       


blockSeqCons                  :                                                                     AAG**              C**           CC*     *****                           CCGT*** T**    *****     C***
originalCons                  :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-AC--C-TG-T--GTCC-AGGT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG
finalCons                     :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------TG-AC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGAAG--AC--C-TG-T--GTC--AGGT-AGA-GTCC-TCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACCGT---GT--T-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                           1111111                            111                1111   111           2222222        11111     1111           
lowQualScore                  :             2 666  2  22   6666 6666666 2  33  2 2 4444  4   2      77 33 0000000  6  3 3 44 3 44   3 3  55  111     77777    3 1111 4 555  777   4  1111111 777 5  22222  5  8888 5    2    
lowQualScore                  :             . ...  .  ..   .... ....... .  ..  . . ....  .   .      .. .. .......  .  . . .. . ..   . .  ..  ...     .....    . .... . ...  ...   .  ....... ... .  .....  .  .... .    .    
lowQualScore                  :             2 111  1  99   1111 5555555 0  55  0 0 0000  0   1      77 88 0000000  2  1 1 22 1 22   1 1  44  111     77777    1 7777 0 000  000   0  0000000 000 0  55555  7  7777 7    5    
consensus                     :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-A-------CC-TG-T-G--T-C--AGG-T-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG
Reference ( family-1059 )     :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-A-------CC-TG-T-G--T-C--AGG-T-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-TT-----CG-TCC---G-GGACGACGG
gi|1                          :          TGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAT-TCGT-G-A--TGATTT-GGCAGGAGAA-A-------CC-TG-T-G--TCC--AGG-T-AAA-GTC---CTTCATTGAGGAG-CTC-TG-G---GT---ACGTGACG-CT--GGCTT-TTATTCCTG-TCCCTGG-GGACTACGG
gi|10                         :    aatgATTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------G-GAT-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGG--AG-A-------CC-TT-T-G--T-C--AGG-T-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-t
gi|11                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGG-G-G-------G-GAT-TC-T-G-G--TG-TGT-GGCGGG--AG-A-------CC-TT-T-G--T-C--AGG-T-AG----T-CTCTTC-----GGAG-C----G-G---GG---ACG-a
gi|12                         :          TGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------G-GAA-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCGGGA-AG-A-------CC-TT-TGG--T-C--AGG-T-AG----T-CTCTTC-----GGAG-Ca
gi|13                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GA---C-T-G-G--TG-TTA-GTCAGG--AG-T-------CC-TG-T-G--T-C--AGG-T-AGA-GT--CTCTTC-----GGAG-Cggggc
gi|14                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------G-GAT-TC-T-G-A--TG-TTT-GGC
gi|15                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGG-C-A-------A-GAT-TC-T-G-G--TG-TTT-GG
gi|16                         :       aATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GG
gi|17                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GG
gi|18                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GG
gi|19                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGT-A-G-------T-GAC-TC-T-G-A--CG-TTT-G
gi|2                          :        aTTGG-T---GGGCA--GCGT-A-GCCTAAGCT-GACCTC-T-G-C--AA-TTT-GGCGGGA-AT-A-------CCTTG-T-GGTT-C--AGG-T-AGA-GT--CTCTGT-----GGAGACTCGTG-G---GTGTAACG-GACCGGTG-G--TT-TT-----CG-TCT---G-GG
gi|20                         :        ATTGG-T---GG-CA--GCGTAA-G-------T-GAC-TC-T-G-G--TG-TTgaac
gi|3                          :           GG-TA--GG-CA--TCGTCA-G-------T-GAC-TC-T-G-A--TGGTTT-GGCGG-A-GG-A-------CT-CGAT-G--T-C--AGG-T-AGA-GTCATTCTGC------AAG-CCT-CG-G---GT---AC--GACC-GTA-G--TTGCT-----CGTTCC---G-GGAC-ACGG
gi|4                          : aatttacATTGG-TCGAGA-CA--GCGG-T-G-------T-GA--TC-T-G-G--TG-TTTCGGCGGGA-GA-G-------CC-TG-G-G--T-C---GG-TGAGA-GTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TG-GT--GT---A-G-GA-C-GT--G--GT-TT-----tgg
gi|5                          :     gaaATTGG-T---GG-CA--GCGT-AAG-------T-GAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GGCAGGA-AA-A-------CC-TG-T-G--T-CCCAGG-T-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CTC-TG-G---GT---ACG-GACC-GT--G--TT-GT-----CG-TCC---G-GGACGACGGgcgattgcgcggggac
gi|6                          :         TTGG-T---GG-CA--GCGG-T-G-------TGGAC-TC-T-G-A--TG-TTT-GGCAGGA-A--A-------CC-TG-T-G--T-C--AGG-T-AGA-GT--CTCTTC------GAG-CTT----G---GT---ACG-GACCAATCGG--TT-TT-----CG-TCG---GAGAACGACGGg
gi|7                          :                    -CA--GCGC-A-G-------T-GAC-TC-T-GTA--TG-GTT-TGCAGCG-AA-A-------CCGTG-T-G--T-C--AG--T-CGATGTC--TCTTC-----GGAG-CTC-TGTGCGTGT---ACG-GA-C-GT--G---G-TT-----CG-TC------GGACGGCG
gi|8                          :                          gcc-A-G-------T-GAC-TC-TTG-GCTTG-TTT-TGGGGTG-AGTA-------CC-TG-T-G--T-C--TGGCT-AGA-GTC-CTCTTC-----GGAG-CT--TG-GT--GT----CG-GA-C-G---G--TT-TT-----CG-TCCG--G-GGACGACGGcg
gi|9                          :        ATTGAAT---GG-CAAAGCGT-A-G-------T-GAG-TC-T-G-G--TG-TTT-GGCAGAA-AG-AACCACTGCC-AG-T----T-C--AGG-T-A-A-GCC-CTCTGT-----GGAG-Ct