lowQualScore                  :                      111111111111          111111              22222222                                                                         
lowQualScore                  :   6      7777 2   33 222222222222     33 2 000000     2  8  2  55555555  2  4 2    666666              333     2 2 2       2     2  2 2         
lowQualScore                  :   .      .... .   .. ............     .. . ......     .  .  .  ........  .  . .    ......              ...     . . .       .     .  . .         
lowQualScore                  :   0      8888 5   44 111111111111     11 2 888888     2  9  2  00000000  2  4 2    444444              999     2 2 2       4     4  4 4         
consensus                     :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AAAAA-AA--------TC-AG-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
Reference ( gi|12 )           :  GGTGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AAGAA-AA--------TC-AG-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|9                          :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACGAT-AAAAA-AAA-------TC-AG-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTA
gi|14                         :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AGAAA-AA--------TC-AG-C-AATT------AACATAC-TGTAGT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAt
gi|13                         :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------A-AAT-AAAGA-AA--------TC-AG-C-AATT------AACATATATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTTATTA
gi|10                         :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AAAAA-AA--------TT-AG-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATGAT-AT-T-GGTCCTTAC
gi|6                          :  GATGCTTA----T-AT---A------------AATAC--T-A------TTAAT-AAAAA-AAAA------TC-AG-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAATATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|15                         : gGATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A-------TAAT-AATAA-A---------TC-AG-C-AATC------AACATACATGTAA----AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|11                         :  GATGCTTA----T-ATT--A------------A-TAC--T-A------ATAAT-AAATA-AA--------TCCAGAC-AATC------AACATACATGTAAT---AAA-T-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|1                          :  GATGCTTA----T-ATT--ACAAAAAAATGTAAATAC--T-A------ACAATTAAAAC-AA--------TC-AG-C-AATT------AATATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAGC-AA-G-GGTCATTAC
gi|7                          :  GATGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ATAAT-AATAA-AT--------CC-AA-C-AATC------AACATACATGTAAA---TAAAT-A-ATATCATAA-ATAAC-AT-G-CGTCATTAC
gi|5                          :  GATGCTTA----T-ATTTGA------------AATAC--T-AC-----ACAAT-AAACACAA--------TT-GG-C-A-TT------AACAT-CATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-A-GGTGATTAC
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gi|2                          :  GATGCTTAA---T-ATT--A------------AATACATT-AC-----ATAAA-AAAAA-AAAC------CC-AG-C-AATTTACATTAACATATAAGTAAT---AAAATAA-A-ATCATAA-ATAAC-A----GATCATTAC
gi|3                          :  GATGCTTA----T-ATC--A------------GATAC--TAA------ACAAT-AAAAA-AAAAAATATCTT-AG-C-AATT------TACATACAT-TAATTACAAGAT-A-A-ATATTGA-ATAAA-ATCA-GGTCATc
gi|20                         :  GATGCTTAAATAT-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AAAAA-AA--------
gi|8                          :    TGCTTA----T-ATT--A------------AATAC--T-A------ACAAT-AAAAA-AAAA------TC-AA-C-AATT------AACATACATGTACT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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gi|19                         :                                 taatAC--T-T------ACAAT-AA--A-AA--------T--AG-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAGT-A-A-ATCatt
gi|18                         :                                                                         C-AG-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAA--A-A-AACATAA-GTAAC-AT-G-GGTTATTAC





Alignments
lowQualScore                  :                     111111111111                         11111    11111111                                                                          
lowQualScore                  :              7777   222222222222 33      22 2 4    2     00000 2  33333333  2 2 2 2    666666              333     2 2 2       2     2  2 2         
lowQualScore                  :              ....   ............ ..      .. . .    .     ..... .  ........  . . . .    ......              ...     . . .       .     .  . .         
lowQualScore                  :              4444   111111111111 22      99 1 2    1     33333 1  44444444  1 1 1 1    111111              777     1 1 1       2     2  2 2         
consensus                     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
Reference ( family-1047 )     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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gi|10                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TT-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATGAT-AT-T-GGTCCTTAC
gi|11                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AA-TAC--T-A-ATAA-TAAAT-----A-AA--------TCCA-GAC-AATC------AACATACATGTAAT---AAA-T-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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gi|18                         :                                                                        taatC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAA--A-A-AACATAA-GTAAC-AT-G-GGTTATTACatt
gi|19                         :                                        AC--T-T-ACAA-TAAAA-----A------------T-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAGT-A-A-ATCc
gi|2                          :      GATGCTTAA---TAT------------T--AAATACATT-ACATAA-AAAAA-----A-AAAC------CC-A-G-C-AATTTACATTAACATATAAGTAAT---AAAATAA-A-ATCATAA-ATAAC-A----GATCATTAC
gi|20                         :      GATGCTTAAATATAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------c
gi|3                          :      GATGCTTA----TAT------------C--AGATAC--TAA-ACAA-TAAAA-----A-AAAAAATATCTT-A-G-C-AATT------TACATACAT-TAATTACAAGAT-A-A-ATATTGA-ATAAA-ATCA-GGTCAT
gi|4                          :       ATGATAA----TAC------------T--ACATG---T-A-ACAA-TAAAAAAAAAA-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|5                          : agcttGATGCTTA----TAT------------TTGAAATAC--T-ACACAA-TAAAC-----ACAA--------TT-G-G-C-A-TT------AACAT-CATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-A-GGTGATTAC
gi|6                          :      GATGCTTA----TAT---------------AAATAC--T-A-TTAA-TAAAAAA---A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAATATAAC-AT-G-GGTCATTACc
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gi|8                          :       ATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AAAA------TC-A-A-C-AATT------AACATACATGTACT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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Alignments
lowQualScore                  :                     111111111111                         11111    11111111                                                                          
lowQualScore                  :              7777   222222222222 33      22 2 4    2     00000 2  33333333  2 2 2 2    666666              333     2 2 2       2     2  2 2         
lowQualScore                  :              ....   ............ ..      .. . .    .     ..... .  ........  . . . .    ......              ...     . . .       .     .  . .         
lowQualScore                  :              4444   111111111111 22      99 1 2    1     33333 1  44444444  1 1 1 1    111111              777     1 1 1       2     2  2 2         
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Reference ( family-1047 )     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|1                          :      GATGCTTA----TATTACAAAAAAATGT--AAATAC--T-A-ACAATTAAAA-----C-AA--------TC-A-G-C-AATT------AATATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAGC-AA-G-GGTCATTAC
gi|10                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TT-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATGAT-AT-T-GGTCCTTAC
gi|11                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AA-TAC--T-A-ATAA-TAAAT-----A-AA--------TCCA-GAC-AATC------AACATACATGTAAT---AAA-T-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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gi|19                         :                                        AC--T-T-ACAA-TAAAA-----A------------T-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAGT-A-A-ATCc
gi|2                          :      GATGCTTAA---TAT------------T--AAATACATT-ACATAA-AAAAA-----A-AAAC------CC-A-G-C-AATTTACATTAACATATAAGTAAT---AAAATAA-A-ATCATAA-ATAAC-A----GATCATTAC
gi|20                         :      GATGCTTAAATATAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------c
gi|3                          :      GATGCTTA----TAT------------C--AGATAC--TAA-ACAA-TAAAA-----A-AAAAAATATCTT-A-G-C-AATT------TACATACAT-TAATTACAAGAT-A-A-ATATTGA-ATAAA-ATCA-GGTCAT
gi|4                          :       ATGATAA----TAC------------T--ACATG---T-A-ACAA-TAAAAAAAAAA-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|5                          : agcttGATGCTTA----TAT------------TTGAAATAC--T-ACACAA-TAAAC-----ACAA--------TT-G-G-C-A-TT------AACAT-CATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-A-GGTGATTAC
gi|6                          :      GATGCTTA----TAT---------------AAATAC--T-A-TTAA-TAAAAAA---A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAATATAAC-AT-G-GGTCATTACc
gi|7                          :     gGATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ATAA-TAATA-----A-AT--------CC-A-A-C-AATC------AACATACATGTAAA---TAAAT-A-ATATCATAA-ATAAC-AT-G-CGTCATTAC
gi|8                          :       ATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AAAA------TC-A-A-C-AATT------AACATACATGTACT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|9                          :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACGA-TAAAAA----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTA


blockSeqs                     :              AATA   .            TG      AT A C    .     AAAAA C  AAAATATC  C G A G    TACATT              TAC     A G T       T     A  C A
blockSeqs                     :              A      .            .       .  . C    .     AA    .  AC        . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     A     .  AA        . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
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blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :              .      .            .       .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :                                          .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .       .     .  . .
blockSeqs                     :                                          .  . .    .     .     .  .         . . . .    .                   .       . . .                   


blockSeqCons                  :                     ************
originalCons                  :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
finalCons                     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC





Alignments
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lowQualScore                  :              ....   ............ ..      .. . .    .     ..... .  ........  . . . .    ......              ...     . . .       .     .  . .         
lowQualScore                  :              4444   111111111111 22      99 1 2    1     33333 1  44444444  1 1 1 1    111111              777     1 1 1       2     2  2 2         
consensus                     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
Reference ( family-1047 )     :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|1                          :      GATGCTTA----TATTACAAAAAAATGT--AAATAC--T-A-ACAATTAAAA-----C-AA--------TC-A-G-C-AATT------AATATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAGC-AA-G-GGTCATTAC
gi|10                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AA--------TT-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATGAT-AT-T-GGTCCTTAC
gi|11                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AA-TAC--T-A-ATAA-TAAAT-----A-AA--------TCCA-GAC-AATC------AACATACATGTAAT---AAA-T-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
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gi|15                         :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A--TAA-TAATA-----A-A---------TC-A-G-C-AATC------AACATACATGTAA----AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|16                         :      GATGCTTT----TAA------------T--AAATCC--T-A-A-------AA-----A-AA--------TC-AGG-C-AATC-------ACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAC-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|17                         :                                     AATAA--T-A-GCTA--AAAA-----A-AA--------TC-A-G-CGAATT------CACATACATGTAAT---AAAAT-AGA-ATCATAC-ATAACAAT-GAGGTCA
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gi|19                         :                                        AC--T-T-ACAA-TAAAA-----A------------T-A-G-C-AATT------AACACACATGTAAT---AAAGT-A-A-ATCc
gi|2                          :      GATGCTTAA---TAT------------T--AAATACATT-ACATAA-AAAAA-----A-AAAC------CC-A-G-C-AATTTACATTAACATATAAGTAAT---AAAATAA-A-ATCATAA-ATAAC-A----GATCATTAC
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gi|3                          :      GATGCTTA----TAT------------C--AGATAC--TAA-ACAA-TAAAA-----A-AAAAAATATCTT-A-G-C-AATT------TACATACAT-TAATTACAAGAT-A-A-ATATTGA-ATAAA-ATCA-GGTCAT
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gi|5                          : agcttGATGCTTA----TAT------------TTGAAATAC--T-ACACAA-TAAAC-----ACAA--------TT-G-G-C-A-TT------AACAT-CATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-A-GGTGATTAC
gi|6                          :      GATGCTTA----TAT---------------AAATAC--T-A-TTAA-TAAAAAA---A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAATATAAC-AT-G-GGTCATTACc
gi|7                          :     gGATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ATAA-TAATA-----A-AT--------CC-A-A-C-AATC------AACATACATGTAAA---TAAAT-A-ATATCATAA-ATAAC-AT-G-CGTCATTAC
gi|8                          :       ATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACAA-TAAAA-----A-AAAA------TC-A-A-C-AATT------AACATACATGTACT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTAC
gi|9                          :      GATGCTTA----TAT------------T--AAATAC--T-A-ACGA-TAAAAA----A-AA--------TC-A-G-C-AATT------AACATACATGTAAT---AAAAT-A-A-ATCATAA-ATAAC-AT-G-GGTCATTA