lowQualScore : 22222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 33333333333333333333333333333333 22 4 1 111111111111111111111111111111 22222 666666666666666 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 222 1111111 2222 222222 44444
lowQualScore : 11 6 00000000000000000000000000000000 6 55 0 5 333333333333333333333333333333 6 77777 888888888888888 7 9 2 8 2 33 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 555 9 22 3 666 3 5555555 4 4 777 4 4444 4 55 3 77 222222 4 5 77777 6 6
lowQualScore : .. . ................................ . .. . . .............................. . ..... ............... . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... ... . .. . ... . ....... . . ... . .... . .. . .. ...... . . ..... . .
lowQualScore : 00 0 00000000000000000000000000000000 0 55 0 0 888888888888888888888888888888 7 77777 333333333333333 0 2 7 4 7 77 7 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 111 6 11 6 555 3 5555555 1 0 000 0 1111 0 55 0 55 555555 0 0 33333 7 0
consensus : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCCCC-C------CCCCCCCAA-GAAA---CCATNTGTG-A---ACTGTTAT-AAAC--G---CATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTG-AA--A-GG----G--GGG--G---G---G----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAATGCCC-TT-C---C-TTCAG--AGGCAA-------AG---GGG--TTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GCC-CTGAG-CA-----GCGTGTTCAG-G---G-CAGATATTC-CAAT--GGACGA-AGCCCTGG---CT-TAAAAA-AGT-TTG-AT-GTTTAA
Reference ( gi|2 ) : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAA--CCATGTGTG-A---ACTGTTATCAAACGAG---CAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATG-ATCTTTTG-AA--A-GG----G--AGG--G---G---G----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAATGTCC-TT-C---T-TTCAG--ACGCAAAA---CCAG---GGA--TTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GCT-ATGAG-CA-----GGGTATTCAG-G---G-CAGATATTC-CAAT--GGACAA-AGCCCTGT---CT-TAAAAA-AATATTGGAT-GTTTGA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTAT-------------CCTCCCCAACGAAA----CATCTGTG-A---ACTGTTATCAAAC--G---CATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-ATCTTT---AA--A-GG----G--GGG--G---G---GGGGGGCTTTTTT----------T-------------ATC-----T-TT-C-CA----A-----AAGGCCC-CGAATGT-----------------------AAAAGGGCTAG---GGGCCTTATGTA----------AAAA-ACC-CTGAA-CG-----GGGTGTTCGG-G---A-CAA--ATTC-CAAT--GGAAAA-AGCTCTGG---CT-TAAAA
gi|14 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgTATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCCCC-C-----------------AAAC--CCATTTGTG-A---ACTGTTTT-------G---CATATTCAGCAGGGGCGGATCcatgaaattttcagtt
gi|9 : agacctatgtagCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAACCCCATGTGTGCACACACTGCAAT-AAATGAGATTTAC-TTTAAT--------ATCTA-G-ATTCCGTG-GA--A----------ATG--G---G---G----------------------T-------------GTC-----A-------GA---A-----AATTTAT-CCAA-GTCT-TT-CCAAT-TTCAT--AGGTAAAG---TCA
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGG-ATTTTTTG-AA--T-GG----G-------G---G---GCTTTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAATGT
gi|19 : CAGGGGCGAATCCAGG-ATTTTTTG-AA--A-AA----G--GGGTTG---A---GAATTGTCA--------------T-------------ATC-----T-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAACGT
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTT-AA--A-GG-------AGG--GCTTG---T----------------------T-------------CTT-----A-TT-A-CG----A-----AATGTAC-CAAATGCCC-GTGC---C-TTTAG--AGACAA--------G---GGG--TTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GCC-AGGAA-CA-----GCGTATTCAG-G---G-CAGATG--C-CAAT--GGACGA-AGCACT-TAAACT-TAAAAA-AG----GGGT-GTTT
gi|6 : AGGGGCGGATCAAGG-ATTTTTTT-AAGGA-GG----G--GGGA-G---G---G----------------------T-------------ATCAA---A-AT-ATCA----A-----AATGCAC-CGAATGCC-----C---T-TTCAC--AGGCA--------AG---GGA--CTCTGGGCCGCGGTGCCAAAG-TCC--TGAG-AA-----GCGTGTTAAG-G---A-CAG--ATTC-CAAT--GGCCGA-AGACCAAG---CT-TAAAAA-AGTTTTttagtttc
gi|3 : GGGGTGGATCCAGG-ATTATTTT-AA--A-GG----A-----------G---G----------------------T-----------------------TT-A-------A-----AATGCAC-CGA-TGCCC-GTGC---C-TTCAT--AGGCAA--------G---GGG--TTATGGACCCAAG---------------GAG-C--------GTGTTCAG-G---G-CAGAT--TC-CAAT--GG-CGA-AGCCCTGG---CT-TAAACA-AAT-TT--AT-GTTTAt
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAATTTTTTG-AA--A-AG----G--GGA--G---G---G----------------------TGAGA---------ATTTTTTAA-TT-A-TAAGTCA-----AATGCACGCGAATgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|10 : gGGCGGATCCAAG-AT-TTTTG-AA--A-GG----G--GGG--G---G---GGGTGAAAATTTT----------T-------------ATC-----A-TA-T-CA----A-----AATACAC-AGAATGCCC-CT--------TCAG--AGGCAA--------G---GAA--TTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GTC-CTGAG-CA-----GCGTGTTCAtgcc
gi|18 : gGGCGGATCCAGG-ATTTTTTTTAA--A-GG----GGGAGG--G---GTTAGAAAATTTT--------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCTC-CGAATG
gi|15 : acgGGCGGATCCA-G-AT-TTTTG-AA--ACGG----T--GGG--G---G---G----------------------TTGATAATATTCTAATC-----A-TA-T-CG----AAAATTAATGCAC-CGTGTGCCC-TT-C---T-
gi|13 : agCGGATCCAGG-ATTTTTTT-AA--A-GG----A--GGGTTG---A---GAATTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAATGTCT-TTGC---C-ATCAG--AGGGAA------------GGG--TTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-ACC-CTCAG-Ccggag
gi|5 : TCCAAG-ATTTTTTG-AA--A-GGTGGGG--TGG--G---G---G----------------------TG------------ATG-----GGTT-A-AG----G-----AAT---------------TT-T---T-ATCATTTACGAAAGG---CCAAAAAGGA--TTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GCC--TGAA-CA-----GCGTGTTCAG-GCGAGTCAGAAAT-C-GAAT--GGACGA-CTCCCTGG---CTGTAAgc
gi|8 : gggaagaatG-ATTTTTTG-AA--A-GG----G--AGG--GT--G---A----------------------T-------------ATT-------TT-A-----------------------------------------TCAT--ACG--AAG---GCAG---GGC--GTATGGACCT--TCACCAAAA-GCC-CTGAGGTA-----GCGTGTTCAG-A---G-CAGAT--TC-CAAT--GAAGGA-AG-CCTGG---CT-TAAAAATAATTTTATATAGTTTttttttttagtttt
gi|16 : -ATCTTTTG-AA--A-GG----G--GGG--G---G---GGGGTGAGAATTGTTACATTATGT-------------ATC-----A-TTTA-CG----A-----AACGCAC-CGAATGTCC-GT-G---TCTTCAG--A
gi|21 : -----A-TT-A-CG----A-----AATGCAA-CGAATATCTGTG-C---C-TTC----ACTAGAGA---CAAG---GGG--TTAggaaa
gi|12 : CAC-CAAATGCCC-TT-C--------AG--AGGCAA--------G---GGA--TTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GTC-CTGAG-CA-----TCATGTTCAG-G---G-CAG--ATTC-CAAT--GGACGA-TCCCCAAA---CT-TGAAAA-AGT-T---AT-GTTT
gi|11 : AC-CAAATGCCC-TT-C--------AG--A-GCAA--------G---GGA--TTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGG---TTCAGAG---G-CA-AGATTC-C-AT--GGACGATTGCCC-AA---CT-TGAAAA-AGT-T---AT-GTTTttgtt
gi|7 : G---GGG--TTATGGACCGTGGCACCAAAA-GCC-CCGAG-TA-----GCGTGTTCAG-A---G-CAGAT--TC-CATT--GAAGGA-AGCTCTGG---CT-TAAAAA-ttgtt
gi|4 : atcttatattttttgaacgagggagatgtgatattttttatcattacgagaggcagG-CAC----GGGCATTT---G---G-TACAT-TTCGTAATAAGAACAA--GCCCTCC---TT-TAAAAA-AATCCTGGAT-tgattttttattcgtt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555 1 22222 2 1 6666666666666666666666666666 11111 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000 1111111 222222222222 222222222 22 222222222
lowQualScore : 2 888888888 5 66666 0 1 3 6666666666666666666666666666 2 1 88888 1111111 2 3 2 2 33 2 444 2 66666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2 7777777777777 2 2 444444444444 444 222222222 22 3 3 0 3 3 3 4 4 777 55 0 4 666 4 222222222
lowQualScore : . ......... . ..... . . . ............................ . . ..... ....... . . . . .. . ... . ............................................ ....... . ............. . . ............ ... ......... .. . . . . . . . . ... .. . . ... . .........
lowQualScore : 5 555555555 5 55555 0 0 3 2222222222222222222222222222 5 0 55555 2222222 5 2 7 7 77 7 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111 9999999 5 6666666666666 2 2 444444444444 777 555555555 66 3 3 4 3 6 6 0 0 000 88 9 0 666 0 555555555
consensus : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCCCC----CCCCCCCC-----AA-AAAA----CCATNTGTG-A---ACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Reference ( family-10420 ) : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCCCC----CCCCCCCC-----AA-GAAA----CCATNTGTG-A---ACTGTTAT-AAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGATATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTAA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCTCC----CC-----------AACGAAA----C-ATCTGTG-A---ACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TCTTT--AA--A-GG---GG-GG---G--GGGGGGGCTTTTTT----------T-------------ATC-----T-TT-C-CA----A-----AAGGCCC-CGAA-T-----------------------GT--AA----AAGGGCTAGGGGCC-TTATGTAAAAA-AC-CCTGAA-CGGG-GT-GTTCGG-G-A---CAA--ATTCCAATGGAAAA-AGCTCT--GGCT-TAAAA
gi|10 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgGGGCGGATCCAAG-A-TTTTT-GAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGTGAAAATTTT----------T-------------ATC-----A-TA-T-CA----A-----AATACAC-AGAA-TGCCC-----CTTC---A---GAGGC--AA-----GGAATTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GT-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAcatgaaattttcagtt
gi|11 : AC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAG-C--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGGTTCAGAG-G---CA-AGATTCC-ATGGACGATTGCCC---AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTT
gi|12 : CAC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAGGC--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GT-CCTGAG-CATC-AT-GTTCAG-G-G---CAG--ATTCCAATGGACGA-TCCCCA--AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTTttgtt
gi|13 : CGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GGTT-G--AGAATTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-TGTCT-TTGCCATC---A---GAGGG--AA------GGGTTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-AC-CCTCAG-Cttgtt
gi|14 : TATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCCCCC----C---------------AAAC----CCATTTGTG-A---ACTGTTTT-------GCATATTCAGCAGGGGCGGATCgc
gi|15 : agacctatgtagGGGCGGATCCAGA----TTTTTGAA--ACGG---TG-GG---G--GG----------------------TTGATAATATTCTAATC-----A-TA-T-CG----AAAATTAATGCAC-CGTG-TGCCC-TT-C--TC---G---GAG
gi|16 : a-A-TCTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGGTGAGAATTGTTACATTATGT-------------ATC-----A-TTTA-CG----A-----AACGCAC-CGAA-TGTCCGTG-TCTTC---A---GAGGA--AA----
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAA-TTTTTTGAA--A-AG---GG-GA---G--GG----------------------TGAGA---------ATTTTTTAA-TT-A-TAAGTCA-----AATGCACGCGAATTGCC
gi|18 : gGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTTTAA--A-GG---GG-GA---G--GGGTTAGAAAATTTT---------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCTC-CGAA-TG
gi|19 : acCAGGGGCGAATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-AA---GG-GGTT-G--AGAATTGTCA--------------T-------------ATC-----T-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-CG
gi|2 : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCCCCCCCCCAAAA-AAAA----CCATGTGTG-A---ACTGTTATCAAACGAGCAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATG-A-TCTTTTGAA--A-GG---GA-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGTCC-TT-CTTTC---A---GACGC--AAAACCAGGGATTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GC-TATGAG-CAGG-GT-ATTCAG-G-G---CAGATATTCCAATGGACAA-AGCCCT--GTCT-TAAAAA-AATATTGGATGTTTGAt
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGG-A-TTTTTTGAA--T-GG---GG-GGCTTT--TT----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TG
gi|21 : -----A-TT-A-CG----A-----AATGCAA-CGAA-TATCTGTG-CCTTCACTA---GAGAC---A----AGGGGTTAt
gi|3 : GGGGTGGATCCAGG-A-TTATTTTAA--A-GG---AG-G----------------------------------------------T--------TT-A-------A-----AATGCAC-CGA--TGCCC-GTGCCTTC---A---TAGGC--AA-----GGGGTTATGGACC-------CAAGG------------AGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGAT--TCCAATGG-CGA-AGCCCT--GGCT-TAAACA-AAT-TT--ATGTTTAA
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GG---CTTGT----------------------T-------------CTT-----A-TT-A-CG----A-----AATGTAC-CAAA-TGCCCGTG-CCTTT---A---GAGAC---A----AGGGGTTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GC-CAGGAA-CAGC-GT-ATTCAG-G-G---CAGATG--CCAATGGACGA-AGCACTTAAACT-TAAAAA-AG---G-GGTGTTTgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|5 : TCCAAG-A-TTTTTTGAA--A-GGTGGGGTGG---G--GG----------------------TG------------ATG-----GGTT-A-AG-------------------GAA-TTTTT-AT-CATTT---ACGAAAGGCCAAA----AAGGATTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GC-C-TGAA-CAGC-GT-GTTCAG-GCGAGTCAGA-AATCGAATGGACGA-CTCCCT--GGCTGTAAttagtttc
gi|6 : gggaagaatAGGGGCGGATCAAGG-A-TTTTTTTAAGGA-GG---GG-GGA--G--GG----------------------T-------------ATCAA---A-AT-ATCA----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-T----TTC---A---CAGGC---A----AGGGACTCTGGGCCGCGGTGCCAAA--GT-CCTGAG-AAGC-GT-GTTAAG-G-A---CAG--ATTCCAATGGCCGA-AGACCA--AGCT-TAAAAA-AGT-TT-ttttttttagtttt
gi|7 : ---A---GAGGC--AG-----GGGGTTATGGACCGTGGCACCAAAA-GC-CCCGAG-TAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCATTGAAGGA-AGCTCT--GGCT-TAAAAA------T-GATTTTTtt
gi|8 : atcttatattttttgaacgagggagatgtgatattttttatcattacgG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GA-GG---GT-GA----------------------T-------------ATT-------TT-A---------------------------------T-CATAC---G---AAGGC--A------GGGCGTATGGACCTT--CACCAAAA-GC-CCTGAGGTAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCAATGAAGGA-AG-CCT--GGCT-TAAAAATAAT-TT-TATATtattcgtt
gi|9 : CCCCC----CCCCCCCC-----AA-AAAAAACCCCATGTGTGCACACACTGCAAT-AAAT--G-AGATTTAagttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 1 22222 1 1 5555555555555555555555555 11 00000000000000000000000000000000000000000000 1111111 222222222222 222222222 22 222222222
lowQualScore : 1 666666666 5 66666 5 1 3 5555555555555555555555555 1 6 88 7 2 2 33 2 444 2 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 2 7777777777777 2 2 444444444444 444 222222222 22 3 3 0 3 3 3 4 4 777 11 4 666 4 222222222
lowQualScore : . ......... . ..... . . . ......................... . . .. . . . .. . ... . ............................................ ....... . ............. . . ............ ... ......... .. . . . . . . . . ... .. . ... . .........
lowQualScore : 0 555555555 5 55555 5 0 3 0000000000000000000000000 0 7 33 3 7 7 77 7 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111 9999999 5 6666666666666 2 2 444444444444 777 555555555 66 3 3 4 3 6 6 0 0 000 00 0 666 0 555555555
consensus : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC-------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAACG--CATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Reference ( family-10420 ) : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC-------CCCCCCCCAAAAAA----CCATNTGTGAACTGTTATCAAACG--CATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCTCC-------CC------AACGAA----ACATCTGTGAACTGTTATCAAACG--CATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TCTTT-AAA--G-GG---GG-GG---G--GGGGGGCTTTTTT-----------T-------------ATC-----T-TT-C-CA----A-----AAGGCCC-CGAA-T-----------------------GT--AA----AAGGGCTAGGGGCC-TTATGTAAAAA-AC-CCTGAA-CGGG-GT-GTTCGG-G-A---CA-A-ATTCCAATGGAAAA-AGCTCT--GGCT-TAAAA
gi|10 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgGGGCGGATCCAAG-A-TTTTT-GAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGTGAAAATTTT----------T-------------ATC-----A-TA-T-CA----A-----AATACAC-AGAA-TGCCC-----CTTC---A---GAGGC--AA-----GGAATTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GT-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAcatgaaattttcagtt
gi|11 : AC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAG-C--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGGTTCAGAG-G---CAAG-ATTCC-ATGGACGATTGCCC---AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTT
gi|12 : CAC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAGGC--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GT-CCTGAG-CATC-AT-GTTCAG-G-G---CAG--ATTCCAATGGACGA-TCCCCA--AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTTttgtt
gi|13 : CGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GGTT-G--AGAATTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-TGTCT-TTGCCATC---A---GAGGG--AA------GGGTTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-AC-CCTCAG-Cttgtt
gi|14 : TATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC-------C---------AAAC----CCATTTGTGAACTGTTTT-----G--CATATTCAGCAGGGGCGGATCgc
gi|15 : agacctatgtagGGGCGGATCCAGA----TTTTTGAA--ACGG---TG-GG---G--GG----------------------TTGATAATATTCTAATC-----A-TA-T-CG----AAAATTAATGCAC-CGTG-TGCCC-TT-C--TC---G---GAG
gi|16 : a-A-TCTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGGTGAGAATTGTTACATTATGT-------------ATC-----A-TTTA-CG----A-----AACGCAC-CGAA-TGTCCGTG-TCTTC---A---GAGGA--AA----
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAA-TTTTTTGAA--A-AG---GG-GA---G--GG----------------------TGAGA---------ATTTTTTAA-TT-A-TAAGTCA-----AATGCACGCGAATTGCC
gi|18 : gGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTTTAA--A-GG---GG-GA---G--GGGTTAGAAAATTTT---------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCTC-CGAA-TG
gi|19 : acCAGGGGCGAATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-AA---GG-GGTT-G--AGAATTGTCA--------------T-------------ATC-----T-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-CG
gi|2 : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAA--CCATGTGTGAACTGTTATCAAACGAGCAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATG-A-TCTTTTGAA--A-GG---GA-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGTCC-TT-CTTTC---A---GACGC--AAAACCAGGGATTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GC-TATGAG-CAGG-GT-ATTCAG-G-G---CAGATATTCCAATGGACAA-AGCCCT--GTCT-TAAAAA-AATATTGGATGTTTGAt
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGG-A-TTTTTTGAA--T-GG---GG-GGCTTT--TT----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TG
gi|21 : -----A-TT-A-CG----A-----AATGCAA-CGAA-TATCTGTG-CCTTCACTA---GAGAC---A----AGGGGTTAt
gi|3 : GGGGTGGATCCAGG-A-TTATTTTAA--A-GG---AG-G----------------------------------------------T--------TT-A-------A-----AATGCAC-CGA--TGCCC-GTGCCTTC---A---TAGGC--AA-----GGGGTTATGGACC-------CAAGG------------AGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA--TTCCAATGG-CGA-AGCCCT--GGCT-TAAACA-AAT-TT--ATGTTTAA
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GG---CTTGT----------------------T-------------CTT-----A-TT-A-CG----A-----AATGTAC-CAAA-TGCCCGTG-CCTTT---A---GAGAC---A----AGGGGTTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GC-CAGGAA-CAGC-GT-ATTCAG-G-G---CAG--ATGCCAATGGACGA-AGCACTTAAACT-TAAAAA-AG---G-GGTGTTTgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|5 : TCCAAG-A-TTTTTTGAA--A-GGTGGGGTGG---G--GG----------------------TG------------ATG-----GGTT-A-AG-------------------GAA-TTTTT-AT-CATTT---ACGAAAGGCCAAA----AAGGATTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GC-C-TGAA-CAGC-GT-GTTCAG-GCGAGTCAGA-AATCGAATGGACGA-CTCCCT--GGCTGTAAttagtttc
gi|6 : gggaagaatAGGGGCGGATCAAGG-A-TTTTTTTAAGGA-GG---GG-GGA--G--GG----------------------T-------------ATCAA---A-AT-ATCA----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-T----TTC---A---CAGGC---A----AGGGACTCTGGGCCGCGGTGCCAAA--GT-CCTGAG-AAGC-GT-GTTAAG-G-A---CAG--ATTCCAATGGCCGA-AGACCA--AGCT-TAAAAA-AGT-TT-ttttttttagtttt
gi|7 : ---A---GAGGC--AG-----GGGGTTATGGACCGTGGCACCAAAA-GC-CCCGAG-TAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCATTGAAGGA-AGCTCT--GGCT-TAAAAA------T-GATTTTTtt
gi|8 : atcttatattttttgaacgagggagatgtgatattttttatcattacgG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GA-GG---GT-GA----------------------T-------------ATT-------TT-A---------------------------------T-CATAC---G---AAGGC--A------GGGCGTATGGACCTT--CACCAAAA-GC-CCTGAGGTAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCAATGAAGGA-AG-CCT--GGCT-TAAAAATAAT-TT-TATATtattcgtt
gi|9 : CCCCC-------CCCCCCCCAAAAAAAACCCCATGTGTGCACagttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 1 22222 1 1 55555555555555555 11 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000 1111111 222222222222 222222222 22 222222222
lowQualScore : 1 666666666 5 66666 5 1 3 99999999999999999 3 33 2 1 0000000 7 2 2 33 2 444 2 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 2 7777777777777 2 2 444444444444 444 222222222 22 3 3 0 3 3 3 4 4 777 11 4 666 4 222222222
lowQualScore : . ......... . ..... . . . ................. . .. . . ....... . . . .. . ... . ............................................ ....... . ............. . . ............ ... ......... .. . . . . . . . . ... .. . ... . .........
lowQualScore : 0 555555555 5 55555 5 0 3 22222222222222222 0 88 5 0 3333333 3 7 7 77 7 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111 9999999 5 6666666666666 2 2 444444444444 777 555555555 66 3 3 4 3 6 6 0 0 000 00 0 666 0 555555555
consensus : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Reference ( family-10420 ) : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCTCC--------CC-------AACGAAA--C-ATCTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TCTTT-AAA--G-GG---GG-GG---G--GGGGGGCTTTTTT-----------T-------------ATC-----T-TT-C-CA----A-----AAGGCCC-CGAA-T-----------------------GT--AA----AAGGGCTAGGGGCC-TTATGTAAAAA-AC-CCTGAA-CGGG-GT-GTTCGG-G-A---CA-A-ATTCCAATGGAAAA-AGCTCT--GGCT-TAAAA
gi|10 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgGGGCGGATCCAAG-A-TTTTT-GAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGTGAAAATTTT----------T-------------ATC-----A-TA-T-CA----A-----AATACAC-AGAA-TGCCC-----CTTC---A---GAGGC--AA-----GGAATTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GT-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAcatgaaattttcagtt
gi|11 : AC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAG-C--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGGTTCAGAG-G---CAAG-ATTCC-ATGGACGATTGCCC---AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTT
gi|12 : CAC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAGGC--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GT-CCTGAG-CATC-AT-GTTCAG-G-G---CAG--ATTCCAATGGACGA-TCCCCA--AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTTttgtt
gi|13 : CGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GGTT-G--AGAATTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-TGTCT-TTGCCATC---A---GAGGG--AA------GGGTTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-AC-CCTCAG-Cttgtt
gi|14 : TATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------C-----------AAAC--CCATTTGTGAACTGTTTT-------GCATATTCAGCAGGGGCGGATCgc
gi|15 : agacctatgtagGGGCGGATCCAGA----TTTTTGAA--ACGG---TG-GG---G--GG----------------------TTGATAATATTCTAATC-----A-TA-T-CG----AAAATTAATGCAC-CGTG-TGCCC-TT-C--TC---G---GAG
gi|16 : a-A-TCTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGGTGAGAATTGTTACATTATGT-------------ATC-----A-TTTA-CG----A-----AACGCAC-CGAA-TGTCCGTG-TCTTC---A---GAGGA--AA----
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAA-TTTTTTGAA--A-AG---GG-GA---G--GG----------------------TGAGA---------ATTTTTTAA-TT-A-TAAGTCA-----AATGCACGCGAATTGCC
gi|18 : gGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTTTAA--A-GG---GG-GA---G--GGGTTAGAAAATTTT---------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCTC-CGAA-TG
gi|19 : acCAGGGGCGAATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-AA---GG-GGTT-G--AGAATTGTCA--------------T-------------ATC-----T-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-CG
gi|2 : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCC-CCCCCCCAAAAAAAA--CCATGTGTGAACTGTTATCAAACGAGCAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATG-A-TCTTTTGAA--A-GG---GA-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGTCC-TT-CTTTC---A---GACGC--AAAACCAGGGATTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GC-TATGAG-CAGG-GT-ATTCAG-G-G---CAGATATTCCAATGGACAA-AGCCCT--GTCT-TAAAAA-AATATTGGATGTTTGAt
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGG-A-TTTTTTGAA--T-GG---GG-GGCTTT--TT----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TG
gi|21 : -----A-TT-A-CG----A-----AATGCAA-CGAA-TATCTGTG-CCTTCACTA---GAGAC---A----AGGGGTTAt
gi|3 : GGGGTGGATCCAGG-A-TTATTTTAA--A-GG---AG-G----------------------------------------------T--------TT-A-------A-----AATGCAC-CGA--TGCCC-GTGCCTTC---A---TAGGC--AA-----GGGGTTATGGACC-------CAAGG------------AGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA--TTCCAATGG-CGA-AGCCCT--GGCT-TAAACA-AAT-TT--ATGTTTAA
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GG---CTTGT----------------------T-------------CTT-----A-TT-A-CG----A-----AATGTAC-CAAA-TGCCCGTG-CCTTT---A---GAGAC---A----AGGGGTTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GC-CAGGAA-CAGC-GT-ATTCAG-G-G---CAG--ATGCCAATGGACGA-AGCACTTAAACT-TAAAAA-AG---G-GGTGTTTgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|5 : TCCAAG-A-TTTTTTGAA--A-GGTGGGGTGG---G--GG----------------------TG------------ATG-----GGTT-A-AG-------------------GAA-TTTTT-AT-CATTT---ACGAAAGGCCAAA----AAGGATTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GC-C-TGAA-CAGC-GT-GTTCAG-GCGAGTCAGA-AATCGAATGGACGA-CTCCCT--GGCTGTAAttagtttc
gi|6 : gggaagaatAGGGGCGGATCAAGG-A-TTTTTTTAAGGA-GG---GG-GGA--G--GG----------------------T-------------ATCAA---A-AT-ATCA----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-T----TTC---A---CAGGC---A----AGGGACTCTGGGCCGCGGTGCCAAA--GT-CCTGAG-AAGC-GT-GTTAAG-G-A---CAG--ATTCCAATGGCCGA-AGACCA--AGCT-TAAAAA-AGT-TT-ttttttttagtttt
gi|7 : ---A---GAGGC--AG-----GGGGTTATGGACCGTGGCACCAAAA-GC-CCCGAG-TAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCATTGAAGGA-AGCTCT--GGCT-TAAAAA------T-GATTTTTtt
gi|8 : atcttatattttttgaacgagggagatgtgatattttttatcattacgG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GA-GG---GT-GA----------------------T-------------ATT-------TT-A---------------------------------T-CATAC---G---AAGGC--A------GGGCGTATGGACCTT--CACCAAAA-GC-CCTGAGGTAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCAATGAAGGA-AG-CCT--GGCT-TAAAAATAAT-TT-TATATtattcgtt
gi|9 : CCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAACCCCATGTGTGCACagttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 1 22222 1 1 55555555555555555 11 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000 1111111 222222222222 222222222 22 222222222
lowQualScore : 1 666666666 5 66666 5 1 3 99999999999999999 3 33 2 1 0000000 7 2 2 33 2 444 2 55555555555555555555555555555555555555555555 1111111 2 7777777777777 2 2 444444444444 444 222222222 22 3 3 0 3 3 3 4 4 777 11 4 666 4 222222222
lowQualScore : . ......... . ..... . . . ................. . .. . . ....... . . . .. . ... . ............................................ ....... . ............. . . ............ ... ......... .. . . . . . . . . ... .. . ... . .........
lowQualScore : 0 555555555 5 55555 5 0 3 22222222222222222 0 88 5 0 3333333 3 7 7 77 7 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111 9999999 5 6666666666666 2 2 444444444444 777 555555555 66 3 3 4 3 6 6 0 0 000 00 0 666 0 555555555
consensus : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Reference ( family-10420 ) : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCTCC--------CC-------AACGAAA--C-ATCTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TCTTT-AAA--G-GG---GG-GG---G--GGGGGGCTTTTTT-----------T-------------ATC-----T-TT-C-CA----A-----AAGGCCC-CGAA-T-----------------------GT--AA----AAGGGCTAGGGGCC-TTATGTAAAAA-AC-CCTGAA-CGGG-GT-GTTCGG-G-A---CA-A-ATTCCAATGGAAAA-AGCTCT--GGCT-TAAAA
gi|10 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgGGGCGGATCCAAG-A-TTTTT-GAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGTGAAAATTTT----------T-------------ATC-----A-TA-T-CA----A-----AATACAC-AGAA-TGCCC-----CTTC---A---GAGGC--AA-----GGAATTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GT-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAcatgaaattttcagtt
gi|11 : AC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAG-C--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGGTTCAGAG-G---CAAG-ATTCC-ATGGACGATTGCCC---AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTT
gi|12 : CAC-CAAA-TGCCC-TT-C-------A---GAGGC--AA-----GGGATTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GT-CCTGAG-CATC-AT-GTTCAG-G-G---CAG--ATTCCAATGGACGA-TCCCCA--AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTTttgtt
gi|13 : CGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GGTT-G--AGAATTTT----------------T-------------ATC-----A-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-TGTCT-TTGCCATC---A---GAGGG--AA------GGGTTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-AC-CCTCAG-Cttgtt
gi|14 : TATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------C-----------AAAC--CCATTTGTGAACTGTTTT-------GCATATTCAGCAGGGGCGGATCgc
gi|15 : agacctatgtagGGGCGGATCCAGA----TTTTTGAA--ACGG---TG-GG---G--GG----------------------TTGATAATATTCTAATC-----A-TA-T-CG----AAAATTAATGCAC-CGTG-TGCCC-TT-C--TC---G---GAG
gi|16 : a-A-TCTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GGGGGTGAGAATTGTTACATTATGT-------------ATC-----A-TTTA-CG----A-----AACGCAC-CGAA-TGTCCGTG-TCTTC---A---GAGGA--AA----
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAA-TTTTTTGAA--A-AG---GG-GA---G--GG----------------------TGAGA---------ATTTTTTAA-TT-A-TAAGTCA-----AATGCACGCGAATTGCC
gi|18 : gGGGCGGATCCAGG-ATTTTTTTTAA--A-GG---GG-GA---G--GGGTTAGAAAATTTT---------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCTC-CGAA-TG
gi|19 : acCAGGGGCGAATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-AA---GG-GGTT-G--AGAATTGTCA--------------T-------------ATC-----T-TT-A-CA----A-----AATACAC-CGAA-CG
gi|2 : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCC-CCCCCCCAAAAAAAA--CCATGTGTGAACTGTTATCAAACGAGCAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATG-A-TCTTTTGAA--A-GG---GA-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGTCC-TT-CTTTC---A---GACGC--AAAACCAGGGATTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GC-TATGAG-CAGG-GT-ATTCAG-G-G---CAGATATTCCAATGGACAA-AGCCCT--GTCT-TAAAAA-AATATTGGATGTTTGAt
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGG-A-TTTTTTGAA--T-GG---GG-GGCTTT--TT----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TG
gi|21 : -----A-TT-A-CG----A-----AATGCAA-CGAA-TATCTGTG-CCTTCACTA---GAGAC---A----AGGGGTTAt
gi|3 : GGGGTGGATCCAGG-A-TTATTTTAA--A-GG---AG-G----------------------------------------------T--------TT-A-------A-----AATGCAC-CGA--TGCCC-GTGCCTTC---A---TAGGC--AA-----GGGGTTATGGACC-------CAAGG------------AGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA--TTCCAATGG-CGA-AGCCCT--GGCT-TAAACA-AAT-TT--ATGTTTAA
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTTAA--A-GG---AG-GG---CTTGT----------------------T-------------CTT-----A-TT-A-CG----A-----AATGTAC-CAAA-TGCCCGTG-CCTTT---A---GAGAC---A----AGGGGTTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GC-CAGGAA-CAGC-GT-ATTCAG-G-G---CAG--ATGCCAATGGACGA-AGCACTTAAACT-TAAAAA-AG---G-GGTGTTTgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|5 : TCCAAG-A-TTTTTTGAA--A-GGTGGGGTGG---G--GG----------------------TG------------ATG-----GGTT-A-AG-------------------GAA-TTTTT-AT-CATTT---ACGAAAGGCCAAA----AAGGATTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GC-C-TGAA-CAGC-GT-GTTCAG-GCGAGTCAGA-AATCGAATGGACGA-CTCCCT--GGCTGTAAttagtttc
gi|6 : gggaagaatAGGGGCGGATCAAGG-A-TTTTTTTAAGGA-GG---GG-GGA--G--GG----------------------T-------------ATCAA---A-AT-ATCA----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-T----TTC---A---CAGGC---A----AGGGACTCTGGGCCGCGGTGCCAAA--GT-CCTGAG-AAGC-GT-GTTAAG-G-A---CAG--ATTCCAATGGCCGA-AGACCA--AGCT-TAAAAA-AGT-TT-ttttttttagtttt
gi|7 : ---A---GAGGC--AG-----GGGGTTATGGACCGTGGCACCAAAA-GC-CCCGAG-TAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCATTGAAGGA-AGCTCT--GGCT-TAAAAA------T-GATTTTTtt
gi|8 : atcttatattttttgaacgagggagatgtgatattttttatcattacgG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GA-GG---GT-GA----------------------T-------------ATT-------TT-A---------------------------------T-CATAC---G---AAGGC--A------GGGCGTATGGACCTT--CACCAAAA-GC-CCTGAGGTAGC-GT-GTTCAG-A-G---CAG--ATTCCAATGAAGGA-AG-CCT--GGCT-TAAAAATAAT-TT-TATATtattcgtt
gi|9 : CCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAACCCCATGTGTGCACagttt
blockSeqs : G TTAGTTCTA . G T G T ACCTCCCCCCCCCCCA A CC C T CAAACGA A A T GG C TGG T GGGGGGTGAGAATTGTTACATTATGT TTTTAA T CGAAAATT G T GTGCCTTCACT CGA AAAACCA GC C T G A G A C AGT AT T TTA G AATATTGG
blockSeqs : A . CCCCCCCCA A . C G . . . . . . . . GGGTTGATAATATTCTA AAA . TAAGTCA . . TTGCCATC . CAAAA GC . . . . . . . . G . A . TAATTTT
blockSeqs : C . . C G . . . . . . GGGGTTAGAAAATTTTT GG . TCAA . . GTGTCTTC . AA GC . . . . . . . . A . T . AATTT
blockSeqs : . . . . . . GGGGGTGAAAATTTTT A . CAA . . GTGCCTTC . AA GT . . . . . . . . A . T . AGTT
blockSeqs : . . . . . . TTGAGAATTGTCAT A . CAA . . GTGCCTTT . AA GA . . . . . . . . . . T . AGGG
blockSeqs : . . . . . . TTGAGAATTTTT A . CGA . . TTCTTTC . AA GT . . . . . . . . . . A . TG
blockSeqs : . . . . . . GGGTGAGA A . CGA . . ATCATTT . AA GT . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CTTTTTT A . CAA . . TCATAC . AA GC . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CTTGTT T . CGA . . TTCTC . AA GT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GGGTG A . CGA . . CTTC . AA TT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AGGGT A . CGA . . TTTC . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . GTGAT A . CGA . . TTC . A
blockSeqs : . . . . . . GGGT A . AG . . TTC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GGGTGAGAATTTT******************************* TCCTTC****** AA******* GC **
originalCons : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GG---G--GG----------------------T-------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCC-TT-CCTTC---A---GAGGC--AA----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAGA-ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
finalCons : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAGTTGGGTT-ATCCCCC--------CCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGG-A-TTTTTTGAA--A-GG---GG-GGGGGTGAGAATTTT-------------------------------ATC-----A-TT-A-CG----A-----AATGCAC-CGAA-TGCCCTCCTTC------A---GAGGCAA-------GGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---CAG--ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 222222222 1 22222 1 1 3333333 22222222 11 2222222 44444444444444444444444444444444444444444444 44444444 222222222
lowQualScore : 1 666666666 5 66666 5 1 3 2222222 66666666 3 33 2 1 0000000 7 5 33 55 666 2 2 2 77777777777777777777777777777777777777777777 4 5555 55555 2 2 22 44444444 444 77777 1 22 44 3 0 3 3 3 4 4 777 4 99 4 666 4 222222222
lowQualScore : . ......... . ..... . . . ....... ........ . .. . . ....... . . .. .. ... . . . ............................................ . .... ..... . . .. ........ ... ..... . .. .. . . . . . . . ... . .. . ... . .........
lowQualScore : 0 555555555 5 55555 5 0 3 5555555 88888888 0 88 5 0 3333333 3 0 44 99 999 5 5 5 44444444444444444444444444444444444444444444 7 0000 99999 1 1 99 33333333 777 11111 2 66 33 3 4 3 6 6 0 0 000 0 55 0 666 0 555555555
consensus : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCC-------CCCCCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGGA-TTTTTTGAA--A--GG---GG-G-G-GG-G---TG--A---------GAA---TT---------T--T---ATCATT-ACG----A-----AATGCAC-CGAA-TG-CCC-T--CCTTC---AGAGGCA-----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---C-AG--ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
Reference ( family-10420 ) : ACTACTTTAGGCGNTCAAACGAACGCCACCCTTAGTTCTAATAAGATTATTGTCACCATGACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGNGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCC-------CCCCCCCCCCCAAAAAAAA--CCATNTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGGA-TTTTTTGAA--A--GG---GG-G-G-GG-G---TG--A---------GAA---TT---------T--T---ATCATT-ACG----A-----AATGCAC-CGAA-TG-CCC-T--CCTTC---AGAGGCA-----AGGGGTTATGGGCCGCGGCGCCAAAG-GC-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAG-G-G---C-AG--ATTCCAATGGACGA-AGCCCT--GGCT-TAAAAA-AGT-TT-GATGTTTGA
gi|1 : ACTACTTTAGGCGCTCAAACGAACGCCACCC---GT----ATAAGATTATTGTCACTA-GACCTATGTGTATGTACAACACATGAACAGCGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCC-------TCCCC-------AACGAAA--C-ATCTGTGAACTGTTATCAAAC--GCATATTTAGCAGGGGCGGATCCAGGA-TCTTT--AA--A--GG---GG-G-G-GG-G---GG--G---------GGCTTTTT---------T--T---ATCTTT-CCA----A-----AAGGCCC-CGAA-TG------------T---A-----A-----AAGGGCTAGGGGCC-TTATGTAAAAA-AC-CCTGAA-CGGG-GT-GTTCGG-G-A---C-AA--ATTCCAATGGAAAA-AGCTCT--GGCT-TAAAA
gi|10 : atcatgtaatcaattaattatgttttgttgcttaccgttatttaagtccattattaatagaaaagggtttctttaatgtatcattgtaaaacagagggcgctatatgctacacgaatgttcgcgtttaaagagacatccggatgaagtttttgctgacaaattcagtcaccagaatgcgtatcagaaaagcatttggatcacctctaccgatcatacgGGGCGGATCCAAGA--TTTTTGAA--AGGGG---GG-G-G-GG-G---TG--A---------AAAT--TT---------T--T---ATCATA-TCA----A-----AATACAC-AGAA-TG-CC-----CCTTC---AGAGGCA-----AGGAATTATGGGCCGCGGCGTCAAAG-GT-CCTGAG-CAGC-GT-GTTCAcatgaaattttcagtt
gi|11 : AC-CAAA-TG-CCC-T-----TC---AGAG-CA-----AGGGATTGTGCGCCGCGGCGC--AAGCGCTCCTGAG-CATCAATGGTTCAGAG-G---CAAG--ATTCC-ATGGACGATTGCCC---AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTT
gi|12 : CAC-CAAA-TG-CCC-T-----TC---AGAGGCA-----AGGGATTGTGCGCCGCGGCGCCAAAG-GT-CCTGAG-CATC-AT-GTTCAG-G-G---C-AG--ATTCCAATGGACGA-TCCCCA--AACT-TGAAAA-AGT-T---ATGTTTttgtt
gi|13 : CGGATCCAGGA-TTTTTTTAA--A--GG---AG-G-G-T------TG--A---------GAA---TT---------T--TT--ATCATT-ACA----A-----AATACAC-CGAA-TG-TCT-TTGCCATC---AGAGGGA-----AGGG-TTATGGGCCGTGGCGCCAAAG-AC-CCTCAG-Cttgtt
gi|14 : TATGTGTATGTACAACACATGAACAGGGAAAAGCAAATGAG-TTGGGTTATCC-------CCCC-----------AAAC--CCATTTGTGAACTGTTTT-------GCATATTCAGCAGGGGCGGATCgc
gi|15 : agacctatgtagGGGCGGATCCAGA---TTTTTGAA--AC-GGT--GG-G-G-GG-T---TG--A---------TAA---TA---------T--TCTAATCATA-TCG----AAAATTAATGCAC-CGTG-TG-CCC-T--TC-TC---GGAG
gi|16 : aA-TCTTTTGAA--A--GG---GG-G-G-GG-GGGGTG--A---------GAA---TTGTTACATTATG-T---ATCATTTACG----A-----AACGCAC-CGAA-TG-TCCGTG-TCTTC---AGAGGAA-----A
gi|17 : GGGGCGGATCCAGGAATTTTTTGAA--A--AG---GG-G-A-GG-G---TG--A---------GAA---TT---------T--T---TTAATT-ATAAGTCA-----AATGCACGCGAATTG-CC
gi|18 : gGGGCGGATCCAGGATTTTTTTTAA--A--GG---GG-GAG-GG-G---TT--A---------GAAAATTT---------T--T---ATCATT-ACG----A-----AATGCTC-CGAA-TG-
gi|19 : acCAGGGGCGAATCCAGGA-TTTTTTGAA--A-------AA-G-G-GG-T---TG--A---------GAA---TTG--------TCAT---ATCTTT-ACA----A-----AATACAC-CGAA-CG-
gi|2 : ACTACTTTAGGCAGTCAAACGAACGCCACTCTTAGTTCTAATAAG-TTA--G--ACCATAATTTATGTGTATGTATAACACATGAACAGATAAAAGCAAATGAGTTTGGTTTATCCCCCACCTCCCCCCCCCCCAAAAAAAA--CCATGTGTGAACTGTTATCAAACGAGCAT-TTTAGCAGAGGCGGATCCATGA-TCTTTTGAA--A--GG---GA-G-G-GG-G-------------------------------------T---ATCATT-ACG----A-----AATGCAC-CGAA-TGTCCT-T--CTTTC---AGACGCAAAACCAGGGATTATGCGCCGAAGCGCCAAAG-GC-TATGAG-CAGG-GT-ATTCAG-G-G---C-AGATATTCCAATGGACAA-AGCCCT--GTCT-TAAAAA-AATATTGGATGTTTGAt
gi|20 : AGCAGGGGCAGATCCTGGA-TTTTTTG-A--A--TG---GG-G-G-GC-T---T-------------------TT---------T--T---ATCATT-ACG----A-----AATGCAC-CGAA-TG-
gi|21 : ATT-ACG----A-----AATGCAA-CGAA-TA-TCTGTG-CCTTCACTAGAGACA-----AGGGGTTAt
gi|3 : GGGGTGGATCCAGGA-TTATTTTAA--A--GG---AG-G-------------------------------T---------T--T---A-------------A-----AATGCAC-CGA--TG-CCCGTG-CCTTC---ATAGGCA-----AGGGGTTATGGACC-------CAAGG------------AGC-GT-GTTCAG-G-G---C-AG--ATTCCAATGG-CGA-AGCCCT--GGCT-TAAACA-AAT-TT--ATGTTTAA
gi|4 : AGGGGCGGATCCAGGA-TTTTTTTAA--A--GG---AG-G-G-C--------------------------TTG--------T--T---CTTATT-ACG----A-----AATGTAC-CAAA-TG-CCCGTG-CCTTT---AGAGACA-----AGGGGTTATAGGCCGTGGCGCCAAAG-GC-CAGGAA-CAGC-GT-ATTCAG-G-G---C-AG--ATGCCAATGGACGA-AGCACTTAAACT-TAAAAA-AG---G-GGTGTTTgttttgaggactggtcgcagggccgtatacgtaaccatgcaggaatttc
gi|5 : TCCAAGA-TTTTTTGAA--A--GGTGGGGTG-G-GG-G---TG--ATGGGTTAAGGAA---TT---------T--TT--ATCATTTACG----A-----AAGGC----------------------C---AAA---------AAGGATTATGGGC-GTGGCGCCAAAA-GC-C-TGAA-CAGC-GT-GTTCAG-GCGAGTC-AGA-AATCGAATGGACGA-CTCCCT--GGCTGTAAttagtttc
gi|6 : gggaagaatAGGGGCGGATCAAGGA-TTTTTTTAAGGA--GG---GG-G-GAGG-G---TATCA---------AAA---T-----------------ATCA----------A-----AATGCAC-CGAA-TG-CCC-T----TTC---ACAGGCA-----AGGGACTCTGGGCCGCGGTGCCAAAG--T-CCTGAG-AAGC-GT-GTTAAG-G-A---C-AG--ATTCCAATGGCCGA-AGACCA--AGCT-TAAAAA-AGT-TT-ttttttttagtttt
gi|7 : A-TTTTTTGAA--C--GA---GG-G-A-GATG---TG--A---------TAT---TT---------T--TT--ATCATT-ACG----A-------------------------------------GAGGCA-----GGGGGTTATGGACCGTGGCACCAAAA-GC-CCCGAG-TAGC-GT-GTTCAG-A-G---C-AG--ATTCCATTGAAGGA-AGCTCT--GGCT-TAAAAA------T-GATTTTTtt
gi|8 : atcttatGA-TTTTTTGAA--A--GG---GA-G-G-G------TG--A---------TA----TT---------T--T---ATCAT--ACG----A-----A---------------------------------GGCA-----GGGCGT-ATGGACCTT--CACCAAAA-GC-CCTGAGGTAGC-GT-GTTCAG-A-G---C-AG--ATTCCAATGAAGGA-AG-CCT--GGCT-TAAAAATAAT-TT-TATATtattcgtt
gi|9 : CC-------CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCCCATGTGTGCACagttt