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Reference ( gi|3 ) : CGGCTTATGAA-CGCTTATG-CAAATTTAAGTG-GACGTAGCTTTGTTTGAATTGACTGT-CGACTATTT-ATCTT---ATTTTACT---TTTATGTAG--AC-GTATTT---GATTT---TGTG----TTTCGAT-TTAGAT---ATTTGG--TTA---TTTTCG---GTGTCCT--GG--A--A-AAA--------CA-AC----GAA--GT--TAAA-T-CCAAC--A-CGAATT-TT--AT-TTTCAG-AAA--ATCTT-TA-TTT-CATTGTT-ACATG---TAGA--A-ATG-----GTGTGTTT-C-TG-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---GCCCAGTA--C-TAT--T--CAA-ACAAATT-GTTAAACT--GACAC-T-CGGCTT-T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-CTT-TCA-AAAT-T------GA-CAATTCACTAA-T-GGACAC-TG-ACTGGA--CACAGG--GGCGCA--AGTTTT-CAAAGGT------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTAT--CAA-AA-------CAGTACAGGT-C--ATTT-T-AAGACAC--AAAG--CCG--------------------------G-AAGG-T----------CG---GAG-TA-C-A-------GCTCAGCTGTGCTGACAG--T-G-CGTTTGAA-----GAACCCCCGTCC-TGTGTGTTTA-----TTTTAA--ATG-TG--AC-A-TGAGAGACT-AATA---T-GAAAA--CAAAATT-A-A--TAC--G-GCTGA---ATTAAAAAAAACAAAAA-CAT--TT-T--CTAACTT----ACA---AA-T-GTGCG-TGT---------ACATACATTCAATATAC-----AGAATATACA-TGTA--C-A-ATA-TGTACAT-T-GTA---C-TGTT--CAT-TG--TA-AT-G--CATCT-------A-TG---AA-TGTT-GGTAAAAAT-TATATTCACTTATGTTTGACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATA-ATTA-TTCAG-TCATGCG-TTCATCGT-TGGATTTTAT
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gi|17 : a-TGT---------ACATAGATTT--TAT-T-----AGAACATACA-TGTA--C---ATA-CGTACA--T-GTA---C--GTA--CA--TG--T--AT-G--CATGC-------A-TG---CA-CGTgcgcat
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TA T G G . GT . A . AAGCAC AT . . . . . . . . . A . . . TA . CATG A . . . . GTT T . . . . . . . . . . . . ATCAACTGT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A TCAGGT . . . . . . . . . . G CG . . . . . GT . . . . . . . . . G . . . . . . . A T . . . . . . . . . G AA AC A . . . A C T . G A T . AC C G . A T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . GA T G G . G . G . ACAAC TT . . . . . . . . . A . . . GT . CATG A . . . . GTT T . . . . . . . . . . . . AAATTAGT . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . A TTCGT . . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . C AA AC A . . . A C T . . A . . A C C . A T
blockSeqs : . . . . G T G G . G . G . AATAT GT . . . . . . . . . A . . . TT . CATG A . . . . GTC T . . . . . . . . . . . . CAAATGT . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . A CGGGT . . . . . . . C . AC A . . . . T T . . T . . . A C . A T
blockSeqs : . . . . A A G G . G . T . ACAAC GT . . . . . . . . . A . . . GT . AATT A . . . . . C . . . . . . . . . . . . TACTTGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . T . . . T . . . . C . . .
blockSeqs : . A A . . . G . G . ATCAC AT . . . . . . . . . A . . . GT . GA A . . . . . T . . . . . . . . . . . . AAATTGT . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . T . . . G . . .
blockSeqs : . A . . . . G . G . ACAC GT . . . . . . . . . . . . . AT . G . . . . . . C . . . . . . . . . . . . AATTT . . . . . . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . G . G . AAC GT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . A . AT GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . AC AT . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** G**** ****** *** ** ***** ******** ******* *** **** ******* *** ****** G** *** G**** ACAC********* GT************ ** CATG*** ****** *** *** **** AAATTGT*********************** **** ** ******* ** ** A***** TCAAGGGT********* ** ******* G************************* CG************* ******* GGT** TAAA*********** C** ***** T*** ** AG* ** ** G*** A*** AAA* **** ** T* T*** A** C****** C*
originalCons : CGGTTTAT----GAA-CGCT-A-TG-CAA-ATT-AA--GTG-G---ACGTA------GCTTTGTTTT--GA--TTGAC-TGT-CG-----ACT--------ATT-------T-ATCTT---ATTTTA-TT----TTATGTAGA-------CGTAT---TT--GATTTCGTG------TTGGGATTTAGATATTTGG--TTA---TTTTCG---GTGTC--TGGGA-AAA-A--CA-AC----GAA--G--------T--TAAA-T-CCAAC--A-CGAA-TT-TT--AT--TTTCAG-AAA--ATCTT-TA-TTT-CAGTGTT-ACATG---TAGA--A-A------T-GTGTGTTTC-C-G-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---G-CC----AGTA--C-TA-TCA--A-AC-A--ATT--------G-T------AC-TC-GCA----C-T-CGG-TTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-C-TGTC-AAA-------ATAGGA-CAATT-CA-TAATTGGACAC-TG-ACTGGA--CAC--GGGC--GC---A--AGTTTT-C-G-A-GGT------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTA--TCAA-AA-------CAGTACAGG-TCA-TTT-TAAGACAC--AAAG--CCG-------------------------GGAAGGT----------CG---GAG-T-AC-A-------GCTCA-CTGTGCTGACAGG-T-GCGTTTGAA------GA--CCCC-GTCC-TGTGTGTTTA-----TTTTA--TATG-TG--A-CA-GGAGAGAC-TGATA-TTTGAAAAT-AAAATT-A-A--TAC--G-ACTGA---ATTAAAAAAAACAAAA-ATCATTT-T--CTA-ACT-T----ACACATTGTGCA-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AGAATAT----ACA-TGTA--C-AATA-CGTACAT-T-GTACGTGTACA--T-TG--T-ACATG--C----ATC-CA-TGNA-CGTT-GGTAAAAAT-TATATTCACGTATGTTTTACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATA-ATTA-TTCAG-TCAT-C-G-TTCATCGT-TGGATTTTA
finalCons : CGGTTTAT----GAA-CGCT-A-TG-CAA-ATT-AA--GTGG----ACGTA------GCTTTGTTT---GA--TTGAC-TGT-CG-----ACT--------ATT-------T-ATCTT---ATTTTA-TT----TTATGTAGA-------CGTAT---TT--GATTTCGTG------TTGGGATTTAGATATTTGG--TTA---TTTTCG----TGTC--TGGGA-AAAACAC---------GAAGT------------TAAA-T-CCAAC--A-CGAA-TT-TT--AT--TTTCAG-AAA--ATCTT-TA-TTT-CAGTGTT-ACATG---TAGA--A-A------T-GTGTGTTTC-C-G-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---G-CC----AGTA--C-TA-TCAAAATTGT-----------------------AC-TC-GCA----C-T-CGG-TTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-C-TGTC-AAA-------ATAGGA-CAATT-CA-TAATTGGACAC-TG-ACTGGA--CAC--GGGC--GCA-----AGTTTTCAAGGGT---------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTA--TCAA-AA-------CAGTACAGG-TCA-TTT-TAAGACAC--AAAG--CCG-------------------------GGAAGGTCG-------------GAG-T-AC-A-------GCTCA-CTGTGCTGACAGGT--GCGTTTAAA-----------CCC-GTC--TGTGTGTTTA-----TTTT---TATG-TG--A-CAG-GAGAGAC-TGATA--TTGAAAAT-AAAATT-A-A--TACG---ACTGA---ATTAAA-AAAACAAAA-ATCATTT-T--CTA-ACT-T----ACACATTGTGCA-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AGAATAT----ACA-TGTA--C-AATAT-GTACAT-T-GTACGTGTACAT---TG--TA--ATGC------ATC-CA-TGNAC-GTT-GGTAAAAAT-TATATTCACGTATGTTTTACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATA-ATTA-TTCAG-TCAT-C-G-TTCATCGT-TGGATTTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|21 ): TTGGAAGCATCTCGTATAGAAACCGGACTCGTTTGATCACGAA
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Reference ( family-10281 ) : CGGTTTAT----GAA-CGCT-A-TG-CAA-ATT-AA--GTG-G---ACGTA------GCTTTGTTT---GA--TTGAC-TGT-CG-----ACT--------ATT-------T-ATCTT---ATTTTA-TT----TTATGTAGA-------CGTAT---TT--GATTTCGTG------TTGGGATTTAGATATTTGG--TTA---TTTTCG----T-GTC--TGGG-A-AA---A--A---CA-CG--AA--------GT--TAAA-T-CCAAC--A-CGAATT-TT--AT--TTTCAG-AAA--ATCTT-TA-TTT-CAGTGTT-ACATG---TAGA--A-A------TG-TGTGTTTC-C-G-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---GCC----AGTA--C-TAT-CAA---A---ATT----G-T---AC-TC-----G--------------CAC----T-CGG-TTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-CT-GTCAAA-------A-TAGGA-CAATTCA-TA-ATTGGACAC-T-GACTGGA--CAC--GGGC--GC---AAG-TTTTCAAGGGT------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTA--TCAA-AA-------CAGTACAGG-TCA-TTT-TAAGACAC--AAAG--CCG-------------------------GGAAGGT----------CG---GAG-T-AC-A-------GCTCA-CTGTGCTGACAGG-T-GCGTTTAA--A----------CCCGT-CTGTGTGT--TTA---TTTT-----TATG-TG--A-CA-GGAGAGAC-TGATA--TTG-AAAAT-AAAATT-A-A--TAC--G-ACTGA---ATT-AAAAAAACAAAA-ATCATTT-T--CTA-ACT-T----ACACATTGTGCA-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AGAATAT----ACA-TGTA--C-AATA-TGTACAT-T-GTACGTGTACAT-TG--TA-ATG--CATC-C-------A-TGNA-CGTT-GGTAAAAAT-TATATTCACGTATGTTTTACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATA-ATTA-TTCAG-TCAT-C-G-TTCATCGT-TGGATTTTA
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gi|17 : tttaA-TG---------TACATAGATTT--TAT-T-----AGAACAT----ACA-TGTA--C--ATA-CGTACA--T-GTAC--GTACA--TG--T--ATG--CATG-C-------A-TGCA-CGTctttcatgtaaacatgttctatatgaa
gi|18 : A-TG---------TACATAGATTT--TAT-T-----AGAACAT----ACA-TGTA--C--ATA-CGTACA--T-GTAC--GTACA--TG--T--ATG--CATG-C-------A-TGCA-CGTgcgcat
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gi|3 : gttCGGCTTAT----GAA-CGCTTA-TG-CAA-ATTTAA--GTG-G---ACGTA------GCTTTGTTT---GAA-TTGAC-TGT-CG-----ACT--------ATT-------T-ATCTT---ATTTTACTT----TTATGTAGA-------CGTAT---TT--GATTTTGTG------TTTCGATTTAGATATTTGG--TTA---TTTTCGG---T-GTC--CTGG-A-AA---A--A---CAACG--AA--------GT--TAAA-T-CCAAC--A-CGAATT-TT--AT--TTTCAG-AAA--ATCTT-TA-TTT-CATTGTT-ACATG---TAGA--A-A------TGGTGTGTTTC-T-G-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---GCCC---AGTA--C-TATTCAA---ACAAATT----G-TTAAAC-TG-----A--------------CAC----T-CGG-CTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-CT-TTCAAA-------A-T-TGA-CAATTCACTA-AT-GGACAC-T-GACTGGA--CACAGGGGC--GC---AAG-TTTTCAAAGGT------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTA--TCAA-AA-------CAGTACAGG-TCA-TTT-TAAGACAC--AAAG--CC--------------------------GGAAGGT----------CG---GAG-T-AC-A-------GCTCAGCTGTGCTGACA-G-T-GCGTTTGA--AGAACC-----CCCGTCCTGTGTGT--TTA---TTTTA----AATG-TG--A-CA-TGAGAGAC-TAATA---TG-AAAAC-AAAATT-A-A--TAC--G-GCTGA---ATTAAAAAAAACAAAA-A-CATTT-T--CTA-ACT-T----ACAAA-TGTGCG-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AGAATAT----ACA-TGTA--C-AATA-TGTACAT-T-GTAC-TGTTCAT-TG--TA-ATG--CATC-T-------A-TGAA-TGTT-GGTAAAAAT-TATATTCACTTATGTTTGACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATA-ATTA-TTCAG-TCATGC-G-TTCATCGT-TGGATTTTA
gi|4 : CGGTTTAT----GAAACGCT-A-TGGCAA-ATT-AA--GTG-G---ACGTA------GCTTTGTTT---GA--TTGA--TGT-CG-----ACT--------ATT-------T-ATCTT---ATTTTA-TT----TTATGTAGA-------CGTAT---TT--GGTTTCGTG------TTGGTATTAAGATATTTG---TTA---TTTTCG----T-GTC--TGGG-A-AA---A--A----A-C---AA--------GT-------------C--A-CGAATT-TTT-AT--TTTCAG-AAA--ATCTT-T--TTT-CAGTGTT-ACATG---TAGA--A-A------TG-TGTGTTTC-CTG-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-TTATTTC---GCC----AGTA--C-TAT-CCA---A---AT-----G-T---AC-TC-----GG-------------CAC----TTCGG-TTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-CTTGTCAAA-------AATAGGATCAATTCA-TA-ATTGGACAC-T-GACTGGA--CAC--GGGC--GC---AAG-TTTTCAAGGGT------TCGGTGGTATTAAGAA--TGATCTTACTA--TCAA-AA-------CAGTACAGG-TCA-TTTATAAGACAC--AAAGCCCCG-------------------------GGAGGTT----------CG---GAA-T-ACAA-------GCTCA-CTGTGCTGACA-G-T-GCGTT-----------------------TGTGTGT--TCA---TTTT-----CATGTTG--A-CAGGGAGAGAC--GATA--TTGAAAAATAAAAATTAA-A--TAC--A-ACTGA---ATT---TAAAACAAAATATCA-TT-T--CTA-ACT-T----ACACATTGTGCA-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AG-ATAT----AC--TGTA--C-AATA-TGTACAT-T-GTACGTGTTCATCTG--TACATG--ATTCTC-------A-TGAA--GTT-GGTCAAAAT-TATATTCACGTATG-TTTACAGATCTTGAGAC-AATGTTAGATA-ATTATTTCAGCTCAT-C-GTTTCATCGT-TGGATTt
gi|5 : CGGTTTAT----GAA-CCCT-A-TG-CAA-ATT-AAT-GTG-G---ACGTA------GCTT-GTTT---GA--TTGAC-TGTTCG-----ACT--------ATT-------TTATCTT---ATTTTA-TT----TGATGTA-A-------CGTAT---TTTTGATTTC-TG------T--GGATT-AGATATTTGG----A---TTTTCG----TTGTCGTTGGG-A-AA---A--ATAACA-CG--AA--------GG--TAAAAT-CCAACTCA-CGAATT-TT--AT--TTC--G-AAA----CTT-TA-TT--CAGTGTTTACATG---T------------------------C-T-G-T-AT-CG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-TATTC---GCC----AGTA--C-TAT-CAA---A----TT------T---AC-TC-----A--------------CAC----T-CG--TTT----T--ATTA-GA-A--TG-ACT-G-CT-GTCAAA-------A-TAGGA-CAATTAA-TA-ATTGGACAC-T-GACTGGA--CAC---GGC--GC---AAG-TTTC--AGAGT------TCGGT-TAATTAAGAA--TGA--TTACTATTTCAA-AA-------CAGTACAGGTTCATTTT-TAAGACACCAAAGG--CCG-------------------------GGAAGGT----------CG---GAG-TAAC-AC------GCTCA-CT-TGCTGACAAGTT-GCGTTTAA--GAC--------CCCGT-CTGTGTG---TTA----TTT-----TATG-TG--A-C--GGAGAGAC-TGATA--TTG-AAAAT--AAATT-ATA--TAC----ACTGA---TTT-AAA-----AAAA-ATCA-TT-T--CTA-ACT-T----ACACATTGTGCA-TG---------TACATACATTCAATATAC-----AG-ATAT----ACACTGTA--CGAATA-TGTACAT-T-GTACGTTTGCA--TG--TACATGATCATC-C-------A----A-TGTTCGGTAAAAAT-TATATTCAC-TATGTTTTACAGAT-TTGAGACAAATG-TAGATATTTTA-TTCAG-GCAT-C-G-TTCATCGT-TGATTTTTA
gi|6 : TGTAGA-------CGTAT---TT--AATTTCGTG------TTGG-ATTAA---ATTTCG--TTA---TTTTTG----T-GTC--TGG-----------------A-CG--AA--------AT--CAAA-T-CCATC--A-C-AATC-TT--AT--TTTCAG-AAA--ATATT-TA-TTT-TAATGTT-A---------GA--A-A------TC-TGTGTCTC-C-G-TTATCCG-TAGTCCATGT---ATGGATAAC-A-T-AGTTC---GCC----AATA--C-CAT-------A---ATTGAGAG-T---AT-TCCTTAAGGGTAGAGGAACCCTCACTTTCT-CGC-TTTGCTGT--GTTAAGA-C--TG-ATT-A-CT-GTCAAA-------A-CAGTA-CAGTTTG-AA-TTTGAACAC-T-TACTCAC--CAC--GG
gi|7 : CC----AGTATAC-TAT-CAT---A---CTT----G-T---AC-TC-----G--------------CAC----T-CGG-TTT----T--ATTACGA-A--TG-ATT-G-CT-GTCAAA---------CAGGA-CAATTCA-TA-ATTGGACAC-T-GACTGGA--CAC--GGGT--GC---AAG-TTTC---GGGT------TCGGTGTCATTAAGAA--TAA--TTACTA--TCAA-AA-------CAGTACTGG-TCA-TTT-TAAGACAC--AAAG--CCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAGGT----------CGGT-GAGCT-AC-A-------GCTCA-CTGTGCTGACAGata
gi|8 : TTTC-T-G-TTATTCG-TAGTCTATGT---CTCGATAAA-A-T-ATTTC---GCC----AGTA--C-TAT-CAA---A---ATT----G-T---AC-TC-----G--------------CAC----T-CGG-TTT----T--ATTAAGA-A--TG-ACT-G-CT-GTCAAA-------A-TAGGA-CAATTCA-TA-ATTGGACAC-T-GACTGGA--CAC--GGGC--GC---AAG-TTTTCA--GGT------TCGGTGTAATTAAGAA--TGA--TTACTA--TCAA-AG-------CAGTAC
gi|9 : TTCG----T-GAC--TGGA-A-GA---A--AT--CA-CG--AA--------ACC-TAAA-T-CCAAC--A-CGAATT-TTG-AT--TTTCAA-AAA--ATCTT-CATTTT-CAA-----AAATT---TAAA--A-A------TA-TG-------C-G-TTATTCT-TAGTCCATGT---CTAAGTAAACA-CAATTTC---GCC----AGTA--C-CAG-TAATC-A---ACT----G-T---GA-CG-----A--------------CAC----T-----TTT----TGCATTAAGA-A--T
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