lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111 111 22222222222 1 111111111 2222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 11111 3333 11111111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333 111111 11111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 222222222 22222222222 1111111111111 1111111111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666 222222 66666666 22222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 2222222 66 5 55555 333 88888888888 5 0 999999999 2 77 888 0000000000 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 55 2 888 4 2 4 22222 22 99999 0 2 7777 2222 66666666666666 77777 0000 9999 1 88888 999 3 2222222222222222222222222222222222222222222 222222 88888 2 8888 8888 2 66 2 88888888 2 33 3 2 00000000000000000000000000000000000000000000000 555555 2 4444 333 6666 55 8 2 4444 4 33 2 6 77 1 33333 555 2 6 3 777777777 2 999999 77 44 0 9 2 0 66666 888 11111111111 3 7 4444444444444 77 44 44 9999999999999 3 9999 3 6666 3 44 3 6 00 3 55 2 4 888888 8888888888888888888888888888888888888888888 777 55 8888 7777 0 55 4 888 333333 4 4 33333333 3 3 00000000000000000000000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0
lowQualScore : ....... .. . ..... ... ........... . . ......... . .. ... .......... . ................................................................................... ......... .. . ... . . . ..... .. ..... . . .... .... .............. ..... .... .... . ..... ... . ........................................... ...... ..... . .... .... . .. . ........ . .. . . ............................................... ...... . .... ... .... .. . . .... . .. . . .. . ..... ... . . . ......... . ...... .. .. . . . . ..... ... ........... . . ............. .. .. .. ............. . .... . .... . .. . . .. . .. . . ...... ........................................... ... .. .... .... . .. . ... ...... . . ........ . . ....................... ........................................................................... . .
lowQualScore : 4444444 44 0 88888 888 88888888888 0 0 444444444 2 55 111 4444444444 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999999999 66 4 444 7 4 7 55555 00 33333 7 9 1111 9999 44444444444444 55555 4444 8888 2 11111 222 3 9999999999999999999999999999999999999999999 999999 88888 9 3333 3333 7 33 9 00000000 7 77 5 9 99999999999999999999999999999999999999999999999 888888 2 7777 777 6666 00 2 4 4444 4 11 2 7 88 8 22222 000 9 2 1 888888888 9 111111 33 22 7 0 9 4 99999 555 99999999999 1 3 9999999999999 99 66 66 8888888888888 1 6666 1 5555 1 66 3 7 00 6 00 9 4 444444 1111111111111111111111111111111111111111111 888 55 5555 1111 5 55 0 777 666666 0 0 99999999 2 9 33333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2
consensus : TTTTACACCCT---C-ACCCCCGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--GGATCC-TC-ATCCTGTCCC----GACAAATATGCAC---AT-C-TAC-A-----AAT-GG-CA-AT--GA-AG---CA-CT--GT---A--CAAA----GT---TTCA--A-G-GCTAT-CTG-A-TAGN---CCGTATAG-AAG-GAGAAG-TGTT----CACAA--GCTATT-TTACACA----CTC--C--AC----CCCTNT--TGG----ATCCA---C-CA-----------T--A-AC-----T--TG-AAG-----A-A---ATAA------TT--G--GA-T----CC----T-C--CTG-TCC-CGAC-AAT-AT--GCA-C---AT-C-TAC-A-----AAT-GG-CA-AT--GA-AGC-NTT-----GT---A--C-A----A---A----GT--TTCAA-G-GC-TAT-CT--G-A-TAGA-CCGTATAG-AAG-GAGAAGT-G-T-TC-ACAA-GCTA--TATT-TT-ACA-----CCCTC--C--ACCCCTNT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AA--GG--A--AA--ATAA------TT--G--GA-T----C-C----T-C--C-TG-TCC-CGAC-AATAT--GCA-C---AT-C-TA-N-A-----AAT-GG-CA-N--CGA--AG---CA-C-T--GT---A--CA----AA----GTTTCA--A-G-T-CTA-----T-CCGAT-AAGCCGTGT--AGGAGGAGAAGCG-TTCGCGA-G--A-TT------TAGTGACAGAC------GGA--T--GGACAGA--AA--------GTA----C-AAA-A-----------C------A---ATA---TGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
Reference ( gi|1 ) : TTTTACACCCT---C-ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--GGATCC-TC-ATTCCGTCCT----GACAAATATGCAC---AT-C-TAC-A-----AAT-GG-CA-AT--GA-AG---CA-CT--GT---A--CAAA----GT---TTCA--A-G-GTTAT-CTG-A-TAGA---CTGTATAG-AAG-GAGAAG-TGTT----CAC-G--GCTATT-TTACACA----CTC--C--AC----CCCTGT--TGG----ATCCA---C-CA-----------T--A-AC-----T--TA-AAG-----A-A---ATAA------TT--G--GA-T----CC----T-C--TTG-TCC-CGAC-AAT-AT--GCA-C---AT-C-TAC-A-----AAT-GG-CA-AT--GA-AGC-CCT-----GT---A--C-A----A---A----GT--TTCGA-G-GT-TAT-CT--G-A-TAGA-CCGTATAG-AAG-GAGAAGT-G-T-TC-ACAA-GCTA--TATT-TT-ACA-----CCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AA--GG--A--AA--ATAA------TT--G--GA-T----C-C----T-C--C-TG-TCC-CGAC-AATAT--GCA-C---AT-C-TA-G-A-----AAT-GG-CA-A--GAA--AG---CA-C-T--GT---A--CA----AA----GTTTCA--A-G-T-CTC-----T-CTGAT-AAGCGGTTTCAGGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-G--A-TT------TAGTGACAGAC------AGA--C--GGCCAGA--GA--------GTA----C-AAA-A-----------C------A---ATA---TGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|2 : TCTTATACCCA---C-ACCTATCT-TAG----ATCCA---TCA-----------TA-AC-TT-----G---TAG--AAG--ATAA------TT--GGATCC-TC----CTGCCCT----GACAA-TATGTAT---TT-C-TAC-A-----AAG-AG-CT-GT--GA-AG---CA-TT--GT---A--CAAA----AT---ATTA--A-A-TCTAC-CTG-A-TAAG---CTATATAG-GAA-AAGAAG-CGTT----CAC-AA-GCTA--------CA----CTC---------------------------TCAA---C-CA-----------T--A-CC-----T--TG-AAGGA---A-A---ATAA------CT--G--AA-T----CC----T-C--CTG-TCC-TGAC-AAT-TT--ACA-C---AT-C-TAC-A-----AAT--G-CA-AT--GA-AGCATTT-----GT---A--C-A----A---A----GT--TTCTA-G-GC-TAT-CT--G-A-TAGA-CCATGTAG-AAG-GAGAAG-----------------------T-TT-ACA-----CCCTC--C--GCCCCTAT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AT-TT-----G---AA--GC--A--AA--ATAA------TT-----GA-T----C-C----T-C--C-TG-TCC-TGAC-AATAT--
gi|7 : aagtttcaagtctatctgataatccttatgggattagtgtttgcaagctaTCTCATACTC----C-ACCCCCCT-TAT----ATCCAACCCCA-----------AA-AC-CTTTAAGG---AGGG-AAA--ATAA------TT--TG---T-TG-ATTCC-TCCTCTCCAAGAAAACTGCAC---A--C-TAC-A-----AAC-GGACA-ATCAAA-AG---CA-TTGCGT---ACCCAAA----GT---TT-A--A-A-GTTAT-CCA-A-TATG---CCCCATAT-AAG-
gi|3 : tatTTTACACCCT---CCACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATTA------TT--GGATCC-TTGATCCTGTCCT----G---AATATG
gi|6 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtattcctcttgttttatgtacttcatggtatatgaagctagtttcaaggttttctgatagaccgtatagaaggagaattgttcacaagctaTTGACACCCT---C--------T-TAG----ATTTG---CTA-----------TA-AG-AT-----T---ATG---AT--ACAA------TT--G-ATCC-TC---CCTGTCTC----GATA--TATG-AC---CT---TGT-A-----AAT-G--CA-TT--GACAG---CA--T--AT---A--CAAA----GTAGTTTCA--G-G-A--AT-CTG-A-TAAT---CCGTAtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|20 : attccaaaatttccagctatcatagcatatagagagaagtgttcaacactatttacTTTACA-CCT---C-AACCC--T-TGG-----TCCA---CCAG----------TA-ACATT-----G---AAGG-AAT--ATGA----------GAGTCC-T
gi|5 : atagcaaggagaagttattcacaagctgTTACACCCTCCCC-ACCCCTGCATGAGCACGTCCAT--CCA-----------TACAC-TT-----GT--AAGGAAAA--ATAA------TCTGGGATCC-TC----CAGTCC------ACTTATATGCACATTAT-C-TAC-ACCACTATT-TG-CACAG--GA-TA---CG-CT--GTGTCA--CAAA----G-----TCATTA-G-TCTATACTG-A-TAAAGCCCT---TAG--AG-GAGAAG-t
gi|8 : atataTAAACCTT---C--CACCCGT-TGG-----TCC------------------TT-AC-TT-----G---A-GG-AAA--A-AA------T---GGATTC-TC-AT-CTGTGC---------AATATGCAC----T-C----------------------------AG---CATCT--GT---T--CAAA----GT---TTCcctcgctgatt
gi|10 : caatcatgcaattacaaagagctataagcattgtacagatctaaatctacctgaatagccgttcacaaaaCTGT-TGG----ATCCA---CCAGGACTAGTATTTA-ACATT-----GGCTAAAG-ATGGTATAAGTGTATTT--GGATTAATC-TTCCTGTCCC----CGCAA-TA-GCAC---AT-C-TAG-A-----AATCGG-C---C--G--AGCCCCA-CTTAGT---A--CAAA----AG---CTCAG-A-G-GT
gi|16 : tctatccccttgGTCCT----GATA--TATG-AC---ATTC-TGGGA-----AAT-G--CA-TT--GA-AG---CA-TTT-AT---A--CAAATTAAGT---TTCA--A-GTCCTAT-CTG-ATTAAT---CCATATAG-
gi|8 : caattgaaaacctcctgCAATCATGCA----AT---TAC-A-----AAG-AG-CT-AT---A-AG---CA-TT--GT---A--CAGA---------TCTA--A-A-TCTAC-CTG-A------------ATAG-C----------CGTT----CAC-A--AA-AT----AAACC----TTC--C--AC----CC--GT--TGG-----TCC-------------------T--T-AC-----T--TG-AGG-----A-A---AAAA------T---G--GA-T----TC----T-CATCTG-T-----GC-AAT-AT--GCA-C----T-C---------------AG-CA------------TCT-----GT---T--C-A----A---A----GT--TTCg
gi|14 : ATGTGAAC---AT-CATTT-T-----AAT-GA-TA-AT--GA-AG---TA-TT--GC---T--CAAAT---GT---T--G--G-G-GTTTT-TT----TTGT---GTGTGTAT-ATGTGATAGG-TATT----CAAAG--GCTCTT-TTACACC----CTC--C--AC----CCCTCT--TAG----A
gi|3 : cctgtggtcagaaccTATGTAC---TT-C------------AT-GG-TATAT--GA-AG---C-------T---A----------GT---TTCA--A-G-GTTTT-CTG-A-TAGA---CCGTATAG-AAG-GAGAAT-TGTT----CACAA--GCTA-T-TTACACC----CTC--C--AC----CCCTGT--TGG----ATCCA---C-CA-----------T--A-AC-----T--TG-AAGGA---A-A---ATTA------TT--G--GA-T----CCTTGAT-C--CTG-TCC-TG---AAT-AT--G
gi|13 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtattcctcttgtttTATGTAC---TT-C------------AT-GG-TA--T--GA-AG---T--------------CAAA-----T---TTCA--ACG-GTTAT-CTGAA-TAGAC--CTGTAtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|25 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaattcctcttgtt---CA-CT---T---A--CAAA----TA---TTCA--A-G-GTTAT-CTG-A-TAGA---CCGTATAG-Aga
gi|6 : aaggacaatcaatatt--CAAA----AT---TTCC--A-G--CTAT-C---A-TAG-----CATATAG-A---GAGAAG-TGTT----CAA-C--ACTATT-T-----A----CTT--G--ACA---CCCTCT--TAG----ATTTG---C-TA-----------T--A-AG-----A--TT-ATG-----A-T---ACAA------TT-----GA-T----CC----TCC--CTG-TCT-CGAT--AT-AT--G-A-C---CT---TGT-A-----AAT--G-CA-TT--GACAG--CAT-----AT---A--C-A----AAGTA----GT--TTC-A-G-G--AAT-CT--G-A-TAAT-CCGTA
gi|12 : attcAAA----TT---TTCA--A-A-GCTAT-CCA-A-TAAG---CTATATAG-AA---AGAAT-TGTT----CACAA--GCTATT-TTACA-------TCGAC--AC----CACTCT--TAG----ATCTG---C-TA-----------T--A-A
gi|15 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaaAAG----GTC--TTCA--A-G-TTTATGCTG-AATAAT---CCGTATAG-----GATTAG-TATCTCGGCAA-G--CCTATTGTTA-ACA----TCA--C--AC----CTCTCT--TAG----ATTCA---CGCT-----------TTGC-AC-----TGGTT-AAT-----A-A---ATTA------TT--G--GA-T-----C----T-C--TTaatttatgataact
gi|2 : tAA----GT---TTCA--A-G-TCTAT-CTG-A-TAAT---CCTTATGG-----GATTAG-TGTT----TGC-AA-GCTATC-TTATAC-------C--C--AC----ACCTATCTTAG----ATCCA---T-CA-----------T--A-AC-----T--TG-TAG-----A-AG--ATAA------TT--G--GA-T----CC----T-C--CTG-CCC-TGAC-AAT-AT--GTA-T---TT-C-TAC-A-----AAG-AG-CT-GT--GA-AGC-ATT-----GT---A--C-A----A---A----AT--ATTAA-A-TC-TAC-CT--G-A-TAAG-CTATATAG-GAA-AAGAAGC-G-T-TC-ACAA-GC----------T-ACA-----CTCT---C--A-------------------A---CCA-----------TA-CC-TT-----G---AA--GG--A--AA--ATAA------CT--G--AA-T----C-C----T-C--C-TG-TCC-TGAC-AATTT--ACA-C---AT-C-TA-C-A-----AAT--G-CA-A--TGA--AG---CATT-T--GT---A--CA----AA----GTTTCT--A-G-G-CTA-----T-CTGAT-AGACCATGT--AGAAGGAGAAGccgcc
gi|29 : A----GT---TTCA--A-G-GCTAT-TTG-A-TAGA---CTGTATAG-AGG-AATAAG-TGTT----tttacaccctccgcccctattggatccaccataatttgaagcaaaataattgatcctcctgtcctgacaatat
gi|17 : A----GT---TTTA--A-G-TCTAT-CCG-A-CAAA---CTGTATAG--GG-GACAAG-TG
gi|30 : tacT-TTG-A-TAGA---CGGTATTG-AAG-AAGAAG-TGTT----CCCAA--GCTATacagacagatggacgacgaagtagaaaaaatgtcaccctggaagagggacataatt
gi|20 : ATAGCAAG-GAGAAGTTATT----CACAA--GCTG-T-TTACAC-----CTC--A--AC----CC---T--TGG-----TCCA---C-CAG----------T--A-ACA----T--TG-AAG-----G-A---ATA
gi|9 : AGAAT-TGTT----CAC-GGCGCCACT-TT-CACAGTATCCC--C--ACGCAACTCT-T--TTG----AT-CA---C-TA-----------T--CTAC-----T--TT-GGG-----ATA---ATGA------TTG-G--GA-T----CCA---T-C--TGT-TCC-TGAT-AAT-ATTGGTAGC---AT-C-TGT-A-----AAT--G-CA-TT--AA-AGTACTT-----GT---A--C-ACAATA---A----GT--TTtgagagtcctt
gi|5 : TATA-TTACACC----CTC--CCCAC----CCCTGCA-TGAGCACGTCCAT--C-CA-----------T--ACAC-----T--TGTAAGGAA--A-A---ATAA------TCTGG--GA-T----CC----T-C--CAG-TCC---ACTTAT-AT--GCA-CATTAT-C-TAC-ACCACTATT-TG-CACAG--GA-TAC-GCT-----GTGTCA--C-A----A---A----GTCATT--A-G-TC-TATACT--G-A-TAAAGCCCT-TAG--AG-GAGAAG
gi|7 : aTATT-CT-CATA----CTC--C--AC----CCCCCT--TAT----ATCCAACCC-CA-----------A--A-ACCT---T--TA-AGGAGGGAA-A---ATAAT-----TT--GTTGATT----CC----T-C--CTC-TCCAAGAA-AAC--T--GCA-C---A--C-TAC-A-----AAC-GGACA-ATCAAA-AGC-ATTGC---GT---ACCC-A----A---A----GT--TT-AA-A-GT-TAT-CC--A-A-TATG-CCCCATAT-AAG-cctcgctgatt
gi|10 : CTGT--TGG----ATCCA---C-CAGGACTAGTATTT--A-ACATTGGC--TA-AAG-----A-TGGTATAAGTGTATTT--G--GA-TTAATCT----T-C--CTG-TCC-CCGC-AAT-A---GCA-C---AT-C-TAG-A-----AATCGG-C---C--G--AGC-CCCACTTAGT---A--CAA----A---A----GC--TCAGA-G-GT-
gi|4 : tctatccccttgAA-----A-A---ATAA------CT--T---A-T----CC----T-CC-TTG-TCT-CAAC-AAT-AT---CA-C---GT-CTTACGA-----AATAAA-CA-AT--G--AGC-TTT-----GC---A--C-G----A---A----GC--TTCAA-T-GT-TCT-CTCCA-A-TAAG-CCACACAG-GGT-GACAAGC-ATT-TC-ACAA-G------ATT-TT-
gi|16 : agggAA------TT--G--AA-AA---CC----T-C--CTGGTCC-TGAT-A-T-AT--G-A-C---ATTC-TGGGA-----AAT-G--CA-TT--GA-AGCATTT-----AT---A--C-A----A---ATTAAGT--TTCAA-GTCC-TAT-CT--G-ATTAAT-CCATATAG-tgtgacagtcagatttgaacaaaaaaccccgacgaaatctcaaaacaaacaaaataacgtatctccaactcgaagagggga
gi|3 : c-T----CC----T-C--TTG-TTT--------T-AT--GTA-C---TT-C------------AT-GG-TATAT--GA-AGC-T--------------------------A----GT--TTCAA-G-GT-TTT-CT--G-A-TAGA-CCGTATAG-AAG-GAGAATT-G-T-TC-ACAA-GCTA--T----TT-ACA-----CCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AA--GG--A--AA--ATTA------TT--G--GA-T----C-CTTGAT-C--C-TG-TCC-TG---AATAT--Gg
gi|13 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtat-T----CC----T-C--TTG-TT---------T-AT--GTA-C---TT-C------------AT-GG-TA--T--GA-AGT-C----------------------A---A----AT--TTCAACG-GT-TAT-CT--GAA-TAGA-CC-TGTAG-Atttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|14 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaat----CC----T-G--TGG-TCA-GAAC-CAT-GT--GAA-C---AT-CATTT-T-----AAT-GA-TA-AT--GA-AGT-ATT-----GC---T--C-A----A---AT---GT--T--GG-G-GT-TTT-TT------TTGT-GTGTGTAT-ATGTGATAGGT-A-T-TC-AAAG-GCTC--T--T-TT-ACA-----CCCTC--C--ACCCCTCT-TAG----A
gi|8 : C-AATCAT--GCA-----AT---TAC-A-----AAG-AG-CT-AT---A-AGC-ATT-----GT---A--C-A----G---A---------TCTA-A-ATCTAC-CT--G-AATAG--CCGT---------------------TC-ACAA-A--A--TA------A-A-----CCTTC--C--ACCC--GT-TGG-----TCC------------------TT-AC-TT-----G----A--GG--A--AA--A-AA-------T--G--GA-T----T-C----T-CATC-TG-T-----GC-AATAT--GCA-C----T-C------------------------------AG---CATC-T--GT---T--CA----AA----GTTTC
gi|25 : T---A--C-A----A---A----TA--TTCAA-G-GT-TAT-CT--G-A-TAGA-CCGTATAG-A
gi|6 : aaggacaatcaatattcact--C-A----A---A----AT--TTCCA-G--C-TAT-C-----A-TAG---CATATAG-A---GAGAAGT-G-T-TCAACA---CTATTTACT-TG-ACA-----CCCTC------------T-TAG----ATTTG---CTA-----------TA-AG-AT-----T---AT--G------AT--ACAA------TT-----GA-T----C-C----TCC--C-TG-TCT-CGAT--ATAT--G-------AC-C-TT-GTA-----AAT--G-CATT--GAC--AG---CA---T--AT---A--CA----AA----GT------A-G-T-TTCAGGAAT-CTGAT-AA
gi|12 : attc-A----A---A----TT--TTCAA-A-GC-TAT-CC--A-A-TAAG-CTATATAG-AA---AGAATT-G-T-TC-ACAA-GC----TATT-TT-ACA--------TCGAC--ACCACTCT-TAG----ATCTG---CTA-----------TA-Atccgta
gi|15 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaa-A----A---G----GTC-TTCAA-G-TT-TATGCT--G-AATAAT-CCGTAT----AG-GATTAGT-A-TCTCGGCAA-GCC---TATTGTTAACA-----TC--A--C--ACCTCTCT-TAG----ATTCA---CGC-----------T-----TT-----G---CACTGGTTAATAA--ATTA------TT--G--GA-T----CTC----T-T--C-CG-CCaatttatgataact
gi|29 : t---A----GT--TTCAA-G-GC-TAT-TT--G-A-TAGA-CTGTATAG-AGG-AATAAGT-G-T-T
gi|18 : -TAT-CT--G-A-AAAA-CCATGTAG-GAG-GAGAAG
gi|30 : gtcT-TT--G-A-TAGA-CGGTATTG-AAG-AAGAAGT-G-T-TC-CCAA-GCTA--Tctaacgcaagaattagtgactgacgtatggacggacagacaaagacaatgtctccttcta
gi|20 : ATAGCAAG-GAGAAGTTA-T-TC-ACAA-GCTG-----T-TT-ACA------CCTC--A--ACCC---T-TGG-----TCCA---CCAG----------TA-ACATT-----G---AA--GG--A--AT--ATGA----------G--AG-T----C-C----T-
gi|9 : AGAATT-G-T-TC-ACGGCGCCA--C-TT-TC-ACAGTATCCCCACG-C--AACTCT-T-TTG----AT-CA---CTATC---------TA-CT-TT-----G-------GG--A--TA--ATGA------TTG-G--GA-T----C-C----A-T--C-TGTTCC-TGAT-AATATTGGTAGC---AT-C-TG-T-A-----AAT--G-CA-T--TAA--AG---TA-CTT--GT---A--CACAATAA----GTTTt
gi|23 : AGT-A-T-TC-GCAA-GCTA--TAAT----ACA-----TCC-A--C--ACCTCTCT-TAG----ATCCA---CCC-----------TA-
gi|5 : taacccttaatttA--TATA-TT-ACA-----CCCTC--CCCACCCCTGCATGAGCACGTCCAT--CCA-----------TACAC-TT-----GT--AA--GGA-A--AA--ATAA------TCTGG--GA-T----C-C----T-C--C-AG-TCC---ACTTATAT--GCA-CATTAT-C-TA-C-ACCACTATT-TG-CACA--GGA--TA---CG-C-T--GTGTCA--CA----AA----G--TCATTA-G-T-CTA-----TACTGATAAAGCCCTT----AGAGGAGAAGC--CTCGC
gi|7 : --TATT-CT--CA-----TACTC--C--ACCCCCCT-TAT----ATCCAACCCCA-----------AA-AC-CTTTAAGG---AG--GG--A--AA--ATAAT-----TT--GTTGATT----C-C----T-C--C-TC-TCCAAGAA-AAC-T--GCA-C---A--C-TA-C-A-----AAC-GGACA-ATCAAA--AG---CA-T-TGCGT---ACCCA----AA----GTTTAA--A-G-T--TA-----T-CCAAT-ATGCtgatt
gi|10 : CTGT-TGG----ATCCA---CCAGGACTAGTATTTA-ACATT-----GGCTAA--AG--A--TGGTATAAGTGTATTT--G--GA-TTAATC-T----T-C--C-TG-TCC-CCGC-AATA---GCA-C---AT-C-TA-G-A-----AATCGG-C------CG--AGCCCCA-C-TTAGT---A--CA----AA----AGCTCA--cccatataag
gi|4 : tctatccccttg--GA--A--AA--ATAA------CT-----TA-T----C-C----T-C--CTTG-TCT-CAAC-AATAT---CA-C---GT-CTTACG-A-----AAT-A---A-A--CAATGAG---CT-T-T--GC---A--CG----AA----GCTTCA--ATGTT-CTC-----T-CCAAT-AAGCCA-CACAGGG-TGACAAGCATTTCACAA-G--ATTT------TTGTGACAGTC------AGATTT--GAACAAA--AAACCCCGACGAAATCTC-AAA-A-----------CAAACAAA---ATAACGTATCTCCAACTCGA-AGAGGGGAgaggt
gi|16 : aggAA------TT--G--AA-AA---C-C----T-C--C-TGGTCC-TGAT-A-TAT--G-A-C---ATTC-TG-GGA-----AAT-G--CA-T--TGA--AG---CA-T-TT-AT---A--CA----AATTAAGTTTCA--A-G-TCCTA-----T-CTGAT-
gi|11 : c--CA----GA----GTATCA--A-G---CTCGTA--T-CTGAA-TAGCGGTGT---AGAGGAGAA-C--TTCGTGAAG--A-TTCAAAATTATTG-TAGACCCCAGGGGA--CCAGGACAGA--AA--------ATG----CCAAA-ATTAAGTACAATC------A---ATA---TGTCTCCCCCT-GA-AGAGGGGAtaatccatatagg
gi|3 : A----GTTTCA--A-G-G-TTT-----T-CTGAT-AGACCGTAT--AGAAGGAGAATTG-TTCACAA-GCTA-TT------TAtataat
gi|17 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtattcctcttgttttatgtacttcatggtatatgaagctA----GTTTTA--A-G-T-CTA-----T-CCGAC-AAACTGTAT-AGGG----------------GA-C--A----------AGTGACAGAC------AGA--T--GGAC-GACGAA--------GTA----G-AAA-A------------------A---ATG-------TCACCCTGGA-AGAGG---GACATAcaccctccacccctgttggatccaccataacttgaaggaaaattattggatccttgatcctgtcctgaatatgtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|18 : tac-G-T-CTA-----T-CTGAA-AAACCATGT--AGGAGGAGAAGCT-AACGCAA-G--A-AT------TAGTGACTGAC------GTA--T--GGACGGA--CA--------G-A----C-AAAGA-----------C------A-----A---TGTCTCCTTCTatt
gi|19 : GGAAGAGAAGCG-TTCTCAT-A--A-TT------TAATGACGGA------------------CAGA--AA--------ATA----C--AT-A-----------C------ATGTATA---TGTCTCTCTCTGAA-AGAGGGGa
gi|33 : GGAGAATCG-CTCACGA-G--A-TT------TTGTGACAGAC------AGA--gtataaaaat
gi|28 : A--------GTA----C-AAA-A----------------------------TGTCTCCCC-TGGACAGAGGGGAGACATA
gi|31 : ac----C-AAA-A-----------C------A---AT-----GTCTTCCCCTGGA-AGAGGAGAGATAcatta
gi|34 : A---TGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGAGATAatta
gi|32 : ---TGTCTGCCCCTGGA-AGAGGAGAGACATAatc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTGACAAAAATGATGGAGAAAAATATTCAAAAATATTTTCAAAGCTATCAATAAGCTACAT
Unaligned ( gi|22 ): AATTGATGAGATGAATGGAAGAAGTATATAGCTCAAAATTGATATGAGCAATATTGTAGTA
Unaligned ( gi|24 ): TTGACAAAAATGATGGAAAAATATTCAAAAAATATTTCAAAGCTATCCTAAGCCTACAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACAATGATGGATGAAATATTCAAAAATATTTCAAAGCTTCCAATAAGCTGTA
Unaligned ( gi|27 ): GTGACAAAAAATGATGAAGAAAATATTCAAAACTATCCAATAAGAAGCTATA
Alignments
lowQualScore : 111 1 222 1 111 1 11 222222222222222222222222 1111 111 11 111111 1111 111 22222 11111111 11 111 22222222222 111111111 1111111111111 1111 11 444444444444444444444444444444444444444 11 111 111111 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 4 111 4 5 999 6 7 3 3 2 7777 4 5 33 5 6 555 5 1 55 5 0 000000000000000000000000 1 3 9 3 6 4444 444 11 8 8 5 5 5 555555 5 77 4 5 1 3333 777 88 0 5 55555 11111111 2 4 0 4 4 2 0 4 1 4 1 33 3 0 55 55 1 2 99999 000 00000000000 3 8 333333333 55 4 6666666666666 3 1111 7777 55 4 4 00 4 444444444444444444444444444444444444444 5 88 999999 8888 0 66 4 4 8 4 4 0 777 1 7 66 444 0 1 5 5 666666 1 1 77777777777777 1 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000 4
lowQualScore : . ... . . ... . . . . . .... . . .. . . ... . . .. . . ........................ . . . . . .... ... .. . . . . . ...... . .. . . . .... ... .. . . ..... ........ . . . . . . . . . . . .. . . .. .. . . ..... ... ........... . . ......... .. . ............. . .... .... .. . . .. . ....................................... . .. ...... .... . .. . . . . . . ... . . .. ... . . . . ...... . . .............. . .. ................................................. .
lowQualScore : 0 000 0 0 000 0 3 7 3 5 9999 3 7 11 7 6 333 7 4 00 7 1 777777777777777777777777 7 0 9 7 7 8888 222 00 0 0 7 7 7 444444 7 99 0 7 9 1111 666 66 2 0 55555 88888888 5 4 9 0 0 6 7 0 1 0 8 77 2 8 55 55 4 3 11111 000 99999999999 6 9 333333333 55 0 7777777777777 6 4444 7777 55 0 0 44 0 444444444444444444444444444444444444444 0 88 111111 5555 1 11 4 4 9 4 4 7 333 1 4 99 444 9 1 0 7 444444 9 7 77777777777777 7 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4
consensus : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TC-ACGA-G-CTATT-TTACACA----CTC--CAC----CCCTCTTAGATCCGC-CAT--A-ACTTN--AAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAGT-GTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGTTGGA-----TCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGGAAA--A-TAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
Reference ( family-1020 ) : TTTTACACCCTCACCCCCGTTGGATCCACCATAACTTGAAGGAAAATAATTGGATCCTCATCCTGTCCCGACAAATATGCACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TC-ACAA-G-CTATT-TTACACA----CTC--CAC----CCCTNTTGGATCCAC-CAT--A-ACTTG--AAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAGT-GTTCACAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTNTTGGA-----TCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGGAAA--A-TAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AN-A-----AAT-GG-CANC--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTGT--AGGAGGAGAAGCG-TTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--T--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|1 : TTTTACACCCTCACCCCTGTTGGATCCACCATAACTTGAAGGAAAATAATTGGATCCTCATTCCGTCCTGACAAATATGCACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACTGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TC-ACG--G-CTATT-TTACACA----CTC--CAC----CCCTGTTGGATCCAC-CAT--A-ACTTA--AAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CTTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-CCTGTACA----A---AGTTTCGA-GGTTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAGT-GTTCACAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGTTGGA-----TCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGGAAA--A-TAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AG-A-----AAT-GG-CAAG--AAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TCT-CTGA-T-AAGCGGTTTCAGGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------AGA--C--GGCCAGA--GAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|10 : CTGTTGGA-----TCCA---CCAGGACTAGTATTTA-ACATT-----GGCTAAAGATGGTA-TAAGTGTATTT--G--GA-TTAATCT----TC--CT-G-TCC-CCGC-AATA-GCAC---AT-CT-AG-A-----AATCGG-C--C--G-A-GCCCCA-CTTAGT---A--CAAA----AGCTCA--
gi|11 : tctatccccttg--CAGA----GTATCA--A-GCT-CGTAT-CTGA-A-TAGCGGTGT--AG-AGGAGAA-C--TTCGTGAAGA-TTCAAAATTATTG-TAGACCCCAGGGGA--CCAGGACAGA--AAAT---------------------GCCAAA-ATTAAGTACAATCA---ATATGTCTCCCCCT-GA-AGAGGGGAgaggt
gi|12 : AAATGATGCG-AGAA-AAT-ATT-CAAA----A---ATTTTCAA-AGCTATCCA-A-TAAGCTATATAG-AA--AGAATT-GTTCACAAGC--TATTTTACA---TCGAC--ACCACTCTTAGA-----TCTG---CTA-----------TA-Atataat
gi|12 : gtgacaaaAAA-TT-TTCAAAGCTAT-CCAA-TAAGCTATATAGAA---AGAATTGT-TC-ACAA-G-CTATT-TTACA-------TCGACAC----CACTCTTAGATCTGC-TAT--A-Aaatttatgataact
gi|13 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaaTC-CT-CTTG-TT-------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTA--TGA-AGT-------CA----A---A-TTTCAACGGTTATCTGAA-TAGACC-TGTAG-Aaatttatgataact
gi|14 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaatATGTGAACATCATTTTAATGATAATGAAGTATTGCTCAAATGT-T--GGGGTTTT-TT---TTGTGTGTGTATATGTGATAGGTAT-TC-AAAG-G-CTCTT-TTACACC----CTC--CAC----CCCTCTTAGA
gi|15 : cctgtggtcagaaccAAG-GTCTTCAAGTTTATGCTGAATAATCCGTAT---AG-GATTAGTATCTCGGCAA-GCCTATTGTTA-ACA----TCA--CAC----CTCTCTTAGATTCACGCTTTGC-ACTGGTTAAT--A-AATTATT-GGATCTCT-TCCG-CC
gi|16 : tAA------TT--G--AA-AA---CC----TC--CT-GGTCC-TGAT-A-TATG-AC---ATTCT-GGGA-----AAT-G--CATT--GAA-G---CA-TTT-AT---A--CAAATTAAGTTTCA--A-G-TCC-TAT-CTGATT-AATCCATAT--AGG
gi|17 : cA----GTTTTA--A-G-T-C-TAT-CCGA-C-AAACTGTAT--AGG-GGACAAG-------------------------TGACAGAC------AGA--T--GGAC-GACGAAGT---------------------AG-AAA-A------------A---ATG----TCACCCTGGA-AGAGG---GACATA
gi|18 : tac-G-T-C-TAT-CTGA-A-AAACCATGT--AGGAGGAGAAGCT-AACGCAA-GA-AT------TAGTGACTGAC------GTA--T--GGACGGA--CAG----------------------AC-AAAGA-----------CA-----ATGTCTCCTTCTatt
gi|19 : GGAAGAGAAGCG-TTCTCAT-AA-TT------TAATGAC------------------GGACAGA--AAAT---------------------AC--AT-A-----------CATGTATATGTCTCTCTCTGAA-AGAGGGGa
gi|2 : ----A---AGTTTCAA-GTCTATCTG-A-TAATCCTTATGG----GATTAGT-GTTTGCAAGCTAT--CTTATACCC-A--C--ACCTATCTTAGA-----TCCA---TCA-----------TA-AC-TT-----G---TAG-AAG--A-TAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-CCC-TGAC-AATATGTAT---TT-CT-AC-A-----AAG-AG-CTGT--GAA-G---CA-TT--GT---A--CAAA----ATATTA--A-A-T-C-TAC-CTGA-T-AAGCTATAT--AGGAAAAGAAGCG-TTCACAA-Ggtataaaaat
gi|2 : TCTTATACCCACACCTATCTTAGATCCATCATAACTTGTAG-AAGATAATTGGATCCTC---CTGCCCTGACAA-TATGTATTTC-TACAAAGAGCTGTGAAGCATTGTACAAA-AT-ATTAAATCTAC-CTGA-TAAGCTATATAGGAA-AAGAAGCGT-TC-ACAA-G-CTA--------CA----CTC-------------------TCAAC-CAT--A-CCTTG--AAGGAA-AATAACT-GAATC-CT-CCTG-TCCTGACAAT-TT--ACA-CATCTACAAAT---GCA-ATGA-AGCATTTGTACA----A---AGTTTCTA-GGCTATCTG-A-TAGACCATGTAG-AAGGAGAAG-----------------TTTACACCCTC--C--GCCCCTATTGGA-----TCCA---CCA-----------TA-AT-TT-----G---AAGCAAA--A-TAA------TT-----GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-TGAC-AATATctacactctcaaccataccttgaaggaaaataactgaatcctcctgtcctgacaatttacacatctacaaatgcaatgaagcatttgtacaaagtttctaggctatctgatagaccatgtagaaggagaagtttacaccctccgcccctattggatccaccataatttgaagcaaaataattgatcctcctgtcctgacaatat
gi|20 : aagtttcaagtctatctgataatccttatgggattagtgtttgcaagctaATAGCAAGGAGAAGTTATTCACAAGCTG---TTTACA-CCTC--A--ACCC---TTGG------TCCA---CCAG----------TA-ACATT-----G---AAGGAAT--A-TGA----------G--AG-T----CC----T
gi|23 : AGT-ATTCGCAAGCTATAAT--ACATCC-A--C--ACCTCTCTTAGA-----TCCA---CCC-----------TA-t
gi|25 : taacccttaatttCACT-TACAAA-TA-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACCGTATAGA
gi|28 : aaggacaatcaatattAGT---------------------AC-AAA-A-------------------TGTCTCCCC-TGGACAGAGGGGAGACATA
gi|29 : ac---AGTTTCAA-GGCTATTTG-A-TAGACTGTATAG-AGGAATAAGT-GTTcatta
gi|3 : TC-CT-CTTG-TTT------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTATATGA-AGC-T---------------AGTTTCAA-GGTTTTCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAATT-GTTCACAAGCTAT---TTACACCCTC--C--ACCCCTGTTGGA-----TCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGGAAA--A-TTA------TT--G--GA-T----CCTTGATC--CT-G-TCC-TG---AATATG
gi|30 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtatTTTG-A-TAGACGGTATTG-AAGAAGAAGT-GTTCCCAAGCTATtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|31 : C-AAA-A-----------CA---AT--GTCTTCCCCTGGA-AGAGGAGAGATA
gi|32 : TGTCTGCCCCTGGA-AGAGGAGAGACATAatta
gi|33 : GGAGAATCG-CTCACGA-GA-TT------TTGTGACAGAC------AGA--atatac
gi|34 : ATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGAGATA
gi|4 : GAAAA--A-TAA------CT--T---A-T----CC----TC--CTTG-TCT-CAAC-AATAT-CAC---GT-CTTACGA-----AAT-AAACAAT--GA--G---CT-TT--GC---A--CGAA----GCTTCA--ATG-TTC-TCT-CCAA-T-AAGCCACAC--AGGGTGACAAGCATTTCACAA-GATTT------TTGTGACAGTC------AGATTT--GAACAAA--AAACCCCGACGAAATCTCAAAACAAAC-AAA-A-----------TA---ACGTATCTCCAACTCGA-AGAGGGGAatc
gi|5 : aggATATATTACACCCTC--CCCACCCCTGCATGAGCACGTCCAT--CCA-----------TACAC-TT-----GT--AAGGAAA--AATAA------TCTGG--GA-T----CC----TC--CA-G-TCC---ACTTATATGCACATTAT-CT-AC-ACCACTATT-TG-CACA--GGATA---CG-CT--GTGTCA--CAAA----G--TCATTA-G-T-C-TATACTGA-TAAAGCCCT-T--A-GAGGAGAAGC--CTCGC
gi|6 : CAAA-AT-TTCCAG-CTAT-C--A-TAG--CATATAGA---GAGAAGTGT-TCAACA----CTATT-T-----A----CTT--GACA---CCCTCTTAGATTTGC-TAT--A-AGATT--ATG--A-TACAATT--GATC-CTCCCTG-TCTCGAT-AT-AT--G-A-CCT-TGTAAAT---GCA-TTGACAGC-A-TATACA----AAGTAGTTTCAG-GA--ATCTG-A-TAATCCGTAtgatt
gi|7 : attcTATTCT-CATACTC--C--ACCCCCCTTATA-----TCCAACCCCA-----------AA-AC-CTTTAAGG---AGGGAAA--A-TAAT-----TT--GTTGATT----CC----TC--CT-C-TCCAAGAA-AAC-TGCAC---A--CT-AC-A-----AAC-GGACAATCAAAA-G---CA-TTGCGT---ACCCAAA----GTTTAA--A-G-T---TAT-CCAA-T-ATGCC
gi|8 : CAATCAT--GCA--AT-TACAAAGA--GCT-AT-A-AGC-ATTGTACA----G---A--TCTAA-ATCTACCTG-AATAG-CCGT------------------TCACAAA--ATA----A-ACCTTC--C--ACCC--GTTGG------TCC------------------TT-AC-TT-----G----AGGAAA--A--AA-------T--G--GA-T----TC----TCATCT-G-T-----GC-AATATGCAC----T-C--------------------------A-G---CATCT--GT---T--CAAA----GTTTCccatataag
gi|9 : AGAATTGT-TC-ACGGCG-CCACT-TT-CACAGTATCCC--CACGCAACTCTTTT-GAT-CAC-TAT--CTACTTT--GGG--ATAATGATTGGGATC-CA-TCTGTTCCTGATAAT-ATTGGTAGCATCTGTAAAT---GCA-TTAA-AGTACTTGTACACAATA---AGTTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTGACAAAAATGATGGAGAAAAATATTCAAAAATATTTTCAAAGCTATCAATAAGCTACAT
Unaligned ( gi|22 ): AATTGATGAGATGAATGGAAGAAGTATATAGCTCAAAATTGATATGAGCAATATTGTAGTA
Unaligned ( gi|24 ): TTGACAAAAATGATGGAAAAATATTCAAAAAATATTTCAAAGCTATCCTAAGCCTACAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACAATGATGGATGAAATATTCAAAAATATTTCAAAGCTTCCAATAAGCTGTA
Unaligned ( gi|27 ): GTGACAAAAAATGATGAAGAAAATATTCAAAACTATCCAATAAGAAGCTATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 2222 11111 111111111111 11111 111 1 11 11 111111 1111 111 22222 11111111 111 111 22222222222 111111111 1111111111111 1111 11 333333333333333333333333333333333333333 11 111 111111 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 1 1 1 5 111 7 1 3 2 7777 4 5 33 5 6 3333 5 33333 5 1 555555555555 888 00000 5 0 222 0 3 11 1 11 8 8 5 5 5 555555 5 77 4 5 1 3333 777 88 0 5 55555 11111111 2 4 0 4 4 2 0 4 1 4 4 1 888 3 0 55 55 1 2 3 99999 000 00000000000 3 8 333333333 4 55 6666666666666 3 1111 7777 55 4 4 00 4 888888888888888888888888888888888888888 5 88 999999 8888 0 66 4 4 8 4 4 0 777 2 2 66 555 0 1 5 5 666666 1 1 99999999999999 1 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000 4
lowQualScore : . . . . . ... . . . . .... . . .. . . .... . ..... . . ............ ... ..... . . ... . . .. . .. . . . . . ...... . .. . . . .... ... .. . . ..... ........ . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . . . ..... ... ........... . . ......... . .. ............. . .... .... .. . . .. . ....................................... . .. ...... .... . .. . . . . . . ... . . .. ... . . . . ...... . . .............. . .. ................................................. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 555 3 0 3 5 9999 3 7 11 7 6 6666 7 66666 7 4 999999999999 666 11111 7 3 888 7 3 00 0 00 0 0 7 7 7 444444 7 99 0 7 9 1111 666 66 2 0 55555 88888888 5 4 9 0 0 6 7 0 1 0 4 8 333 2 8 55 55 4 8 6 00000 000 99999999999 6 9 333333333 0 55 7777777777777 6 4444 7777 55 0 0 44 0 222222222222222222222222222222222222222 0 88 111111 5555 1 11 4 4 9 4 4 7 333 7 7 11 666 9 1 0 7 444444 9 7 99999999999999 7 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4
consensus : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CGA-GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCTATA-ACT--TTAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
Reference ( family-1020 ) : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CGA-GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCCATA-ACT--TNAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|1 : TTTTACACCCTCACCCCTGTTGGATCCACCATAACTTGAAGGAAAATAATTGGATCCTCATTCCGTCCTGACAAATATGCACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACTGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CG--GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTG-TTGGATC--CACCATA-ACT--TAAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CTTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-CCTGTACA----A---AGTTTCGA-GGTTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCACAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AG-A-----AAT-GG-CAAG--AAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TCT-CTGA-T-AAGCGGTTTCAGGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------AGA--C--GGCCAGA--GAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|10 : CTGT-TGG----ATCCA---CCAGGACTAGTATTTA-ACATT-----GGCTAAAG-ATGGTATAAGTGTATTT--G--GA-TTAATCT----TC--CT-G-TCC-CCGC-AATA-GCAC---AT-CT-AG-A-----AATCGG-CCG-----A-GCCCCA-CTTAGT---A--CAAA----AGCTCA--
gi|11 : tctatccccttg--CAGA----GTATCA--A-GCT-CGTAT-CTGA-A-TAGCGGTGT--AG-AGGAGAA-C--TTCGTGAAGA-TTCAAAATTATTG-TAGACCCCAGGGGA--CCAGGACAGA--AAAT---------------------GCCAAA-ATTAAGTACAATCA---ATATGTCTCCCCCT-GA-AGAGGGGAgaggt
gi|12 : AAATGATGCG-AGAA-AAT-ATT-CAAA----A---ATTTTCAA-AGCTATCCA-A-TAAGCTATATAG-AA--AGAAT-TGTTCACAAGC--TATTTTACA---TCGAC--ACCACTCT-TAG----ATCTG---CTA-----------TA-Atataat
gi|12 : gtgacaaaAAA-TT-TTCAAAGCTAT-CCAA-TAAGCTATATAGAA---AGAATTGT-TCA-CAA-GC-TATT-TTACA-------TCGACAC-CA--CTC-TTAGATC--TGCTATA-Aaatttatgataact
gi|13 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaaTC-CT-CTTG-TT-------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTA--TGA-AGT-------CA----A---A-TTTCAACGGTTATCTGAA-TAGACC-TGTAG-Aaatttatgataact
gi|14 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaatATGTGAACATCATTTTAATGATAATGAAGTATTGCTCAAATGT-T--GGGGTTTT-TT---TTGTGTGTGTATATGTGATAGGTAT-TCA-AAG-GC-TCTT-TTACACC----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGA
gi|15 : cctgtggtcagaaccAAG-GTCTTCAAGTTTATGCTGAATAATCCGTATAG----GATTAGTATCTCGGCAA-GCCTATTGTTA-ACA----TCA--CAC-CT--CTC-TTAGATTCACGCTTTGCACTGGTTAAT--A-AATTATT-GGATCTCT-TCCG-CC
gi|16 : tAA------TT--G--AA-AA---CC----TC--CT-GGTCC-TGAT-A-TATG-AC---ATTCT-GGGA-----AAT-G--CATT--GAA-G---CA-TTT-AT---A--CAAATTAAGTTTCA--A-G-TCC-TAT-CTGATT-AATCCATAT--AGG
gi|17 : cA----GTTTTA--A-G-T-C-TAT-CCGA-C-AAACTGTAT--AGG-GGACAAG-------------------------TGACAGAC------AGA--T--GGAC-GACGAAGT---------------------AG-AAA-A------------A---ATG----TCACCCTGGA-AGAGG---GACATA
gi|18 : tac-G-T-C-TAT-CTGA-A-AAACCATGT--AGGAGGAGAAGCT-AACGCAA-GA-AT------TAGTGACTGAC------GTA--T--GGACGGA--CAG----------------------AC-AAAGA-----------CA-----ATGTCTCCTTCTatt
gi|19 : GGAAGAGAAGCG-TTCTCAT-AA-TT------TAATGAC------------------GGACAGA--AAAT---------------------AC--AT-A-----------CATGTATATGTCTCTCTCTGAA-AGAGGGGa
gi|2 : ----A---AGTTTCAA-GTCTATCTG-A-TAATCCTTATGG----GATTAG-TGTTTGCAAGCTAT--CTTATACCC-A--C--ACCTATCT-TAG----ATCCA---TCA-----------TA-AC-TT-----G---TAG--AAG--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-CCC-TGAC-AATATGTAT---TT-CT-AC-A-----AAG-AG-CTGT--GAA-G---CA-TT--GT---A--CAAA----ATATTA--A-A-T-C-TAC-CTGA-T-AAGCTATAT--AGGAAAAGAAGCG-TTCACAA-Ggtataaaaat
gi|2 : TCTTATACCCACACCTATCTTAGATCCATCATAACTTGTAG-AAGATAATTGGATCCTC---CTGCCCTGACAA-TATGTATTTC-TACAAAGAGCTGTGAAGCATTGTACAAA-AT-ATTAAATCTAC-CTGA-TAAGCTATATAGGAA-AAGAAGCGT-TCA-CAA-GC-T--------ACA----CTC-------------------TC--AACCATA-CCT--TGAAGGAA-AATAACT-GAATC-CT-CCTG-TCCTGACAAT-TT--ACA-CATCTACAAAT---GCA-ATGA-AGCATTTGTACA----A---AGTTTCTA-GGCTATCTG-A-TAGACCATGTAG-AAGGAGAAG-----------------TTTACACCCTC--C--GCCCCTAT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AT-TT-----G---AAGC-AAA--ATAA------TT-----GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-TGAC-AATATctacactctcaaccataccttgaaggaaaataactgaatcctcctgtcctgacaatttacacatctacaaatgcaatgaagcatttgtacaaagtttctaggctatctgatagaccatgtagaaggagaagtttacaccctccgcccctattggatccaccataatttgaagcaaaataattgatcctcctgtcctgacaatat
gi|20 : aagtttcaagtctatctgataatccttatgggattagtgtttgcaagctaATAGCAAGGAGAAGTTATTCACAAGCTG---TTTACA-CCTC--A--ACCC---T-TGG-----TCCA---CCAG----------TA-ACATT-----G---AAGG-AAT--ATGA----------G--AG-T----CC----T
gi|23 : AG-TATTCGCAAGCTATA--ATACATCC-A--C--ACCTCTCT-TAG----ATCCA---CCC-----------TA-t
gi|25 : taacccttaatttCACT-TACAAA-TA-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACCGTATAGA
gi|28 : aaggacaatcaatattAGT---------------------AC-AAA-A-------------------TGTCTCCCC-TGGACAGAGGGGAGACATA
gi|29 : ac---AGTTTCAA-GGCTATTTG-A-TAGACTGTATAG-AGGAATAAG-TGTTcatta
gi|3 : TC-CT-CTTG-TTT------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTATATGA-AGC-T---------------AGTTTCAA-GGTTTTCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAT-TGTTCACAAGCTAT---TTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATTA------TT--G--GA-T----CCTTGATC--CT-G-TCC-TG---AATATG
gi|30 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtatTTTG-A-TAGACGGTATTG-AAGAAGAAG-TGTTCCCAAGCTATtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|31 : C-AAA-A-----------CA---AT--GTCTTCCCCTGGA-AGAGGAGAGATA
gi|32 : TGTCTGCCCCTGGA-AGAGGAGAGACATAatta
gi|33 : GGAGAATCG-CTCACGA-GA-TT------TTGTGACAGAC------AGA--atatac
gi|34 : ATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGAGATA
gi|4 : GA-AAA--ATAA------CT--T---A-T----CC----TC--CTTG-TCT-CAAC-AATAT-CAC---GT-CTTACGA-----AAT-AAACAAT--GA--G---CT-TT--GC---A--CGAA----GCTTCA--ATG-TTC-TCT-CCAA-T-AAGCCACAC--AGGGTGACAAGCATTTCACAA-GATTT------TTGTGACAGTC------AGATTT--GAACAAA--AAACCCCGACGAAATCTCAAAACAAAC-AAA-A-----------TA---ACGTATCTCCAACTCGA-AGAGGGGAatc
gi|5 : aggATATATTACACCCTC--CCCACCCCTGCATGAGCACGTCCAT--CCA-----------TACAC-TT-----GT--AAGGAAAA--ATAA------TCTGG--GA-T----CC----TC--CA-G-TCC---ACTTATATGCACATTAT-CT-AC-ACCACTATT-TG-CACA--GGATA---CG-CT--GTGTCA--CAAA----G--TCATTA-G-T-C-TATACTGA-TAAAGCCCT-T--A-GAGGAGAAGC--CTCGC
gi|6 : CAAA-AT-TTCCAG-CTAT-C--A-TAG--CATATAGA---GAGAAGTGT-TCA-ACA--C-TATT-T-----A----CTT--GACACC--CTC-TTAGATT--TGCTATA-AGA--TTATG--A-TACAATT--GATC-CTCCCTG-TCTCGAT-AT-AT--G-A-CCT-TGTAAAT---GCA-TTGACAGC-A-TATACA----AAGTAGTTTCAG-GA--ATCTG-A-TAATCCGTAtgatt
gi|7 : attcTATTCT-CATACTC--C--ACCCCCCT-TAT----ATCCAACCCCA-----------AA-AC-CTTTAAGG---AGGG-AAA--ATAAT-----TT--GTTGATT----CC----TC--CT-C-TCCAAGAA-AAC-TGCAC---A--CT-AC-A-----AAC-GGACAATCAAAA-G---CA-TTGCGT---ACCCAAA----GTTTAA--A-G-T---TAT-CCAA-T-ATGCCCCAT--A
gi|8 : CAATCAT--GCA--AT-TACAAAGA--GCT-AT-A-AGC-ATTGTACA----G---A--TCTAA-ATCTACCTG-AATAG-CCGT------------------TCACAAA--ATA----A-ACCTTC--C--ACCC--GT-TGG-----TCC------------------TT-AC-TT-----G----AGG-AAA--A-AA-------T--G--GA-T----TC----TCATCT-G-T-----GC-AATATGCAC----T-C--------------------------A-G---CATCT--GT---T--CAAA----GTTTCtaag
gi|9 : AGAATTGT-TCA-CGGCGC-CACT-TT-CACAGTATCCC--CAC-GCAACTCTTTTGAT---CACTATCTACT--TTGGG--ATAATGATTGGGATC-CA-TCTGTTCCTGATAAT-ATTGGTAGCATCTGTAAAT---GCA-TTAA-AGTACTTGTACACAATA---AGTTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTGACAAAAATGATGGAGAAAAATATTCAAAAATATTTTCAAAGCTATCAATAAGCTACAT
Unaligned ( gi|22 ): AATTGATGAGATGAATGGAAGAAGTATATAGCTCAAAATTGATATGAGCAATATTGTAGTA
Unaligned ( gi|24 ): TTGACAAAAATGATGGAAAAATATTCAAAAAATATTTCAAAGCTATCCTAAGCCTACAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACAATGATGGATGAAATATTCAAAAATATTTCAAAGCTTCCAATAAGCTGTA
Unaligned ( gi|27 ): GTGACAAAAAATGATGAAGAAAATATTCAAAACTATCCAATAAGAAGCTATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 2222 11111 111111 111 111 1 11 11 111111 1111 111 22222 11111111 111 111 22222222222 111111111 1111111111111 1111 11 333333333333333333333333333333333333333 11 111 111111 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 1 1 1 5 111 7 1 3 2 7777 4 5 33 5 6 3333 5 33333 55 5 22 444444 77 5 000 5 0 777 3 11 1 11 8 8 5 5 5 555555 5 77 4 5 1 3333 777 88 0 5 55555 11111111 2 4 0 4 4 2 0 4 1 4 4 1 888 3 0 55 55 1 2 3 99999 000 00000000000 3 8 333333333 4 55 6666666666666 3 1111 7777 55 4 4 00 4 888888888888888888888888888888888888888 5 88 999999 8888 0 66 4 4 8 4 4 0 777 2 2 66 555 0 1 5 5 666666 1 1 99999999999999 1 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000 4
lowQualScore : . . . . . ... . . . . .... . . .. . . .... . ..... .. . .. ...... .. . ... . . ... . .. . .. . . . . . ...... . .. . . . .... ... .. . . ..... ........ . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . . . ..... ... ........... . . ......... . .. ............. . .... .... .. . . .. . ....................................... . .. ...... .... . .. . . . . . . ... . . .. ... . . . . ...... . . .............. . .. ................................................. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 555 3 0 3 5 9999 3 7 11 7 6 6666 7 66666 99 7 11 444444 99 7 999 7 3 000 3 00 0 00 0 0 7 7 7 444444 7 99 0 7 9 1111 666 66 2 0 55555 88888888 5 4 9 0 0 6 7 0 1 0 4 8 333 2 8 55 55 4 8 6 00000 000 99999999999 6 9 333333333 0 55 7777777777777 6 4444 7777 55 0 0 44 0 222222222222222222222222222222222222222 0 88 111111 5555 1 11 4 4 9 4 4 7 333 7 7 11 666 9 1 0 7 444444 9 7 99999999999999 7 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4
consensus : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CGA-GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCTATA-ACT--TTAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
Reference ( family-1020 ) : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CGA-GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCTATA-ACT--TTAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|1 : TTTTACACCCTCACCCCTGTTGGATCCACCATAACTTGAAGGAAAATAATTGGATCCTCATTCCGTCCTGACAAATATGCACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACTGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CG--GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTG-TTGGATC--CACCATA-ACT--TAAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CTTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-CCTGTACA----A---AGTTTCGA-GGTTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCACAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AG-A-----AAT-GG-CAAG--AAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TCT-CTGA-T-AAGCGGTTTCAGGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------AGA--C--GGCCAGA--GAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|10 : CTGT-TGG----ATCCA---CCAGGACTAGTATTTA-ACATT-----GGCTAAAG-ATGGTATAAGTGTATTT--G--GA-TTAATCT----TC--CT-G-TCC-CCGC-AATA-GCAC---AT-CT-AG-A-----AATCGG-CCG-----A-GCCCCA-CTTAGT---A--CAAA----AGCTCA--
gi|11 : tctatccccttg--CAGA----GTATCA--A-GCT-CGTAT-CTGA-A-TAGCGGTGT--AG-AGGAGAA-C--TTCGTGAAGA-TTCAAAATTATTG-TAGACCCCAGGGGA--CCAGGACAGA--AAAT---------------------GCCAAA-ATTAAGTACAATCA---ATATGTCTCCCCCT-GA-AGAGGGGAgaggt
gi|12 : AAATGATGCG-AGAA-AAT-ATT-CAAA----A---ATTTTCAA-AGCTATCCA-A-TAAGCTATATAG-AA--AGAAT-TGTTCACAAGC--TATTTTACA---TCGAC--ACCACTCT-TAG----ATCTG---CTA-----------TA-Atataat
gi|12 : gtgacaaaAAA-TT-TTCAAAGCTAT-CCAA-TAAGCTATATAGAA---AGAATTGT-TCA-CAA-GC-TATT-TTACA-------TCGACAC-CA--CTC-TTAGATC--TGCTATA-Aaatttatgataact
gi|13 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaaTC-CT-CTTG-TT-------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTA--TGA-AGT-------CA----A---A-TTTCAACGGTTATCTGAA-TAGACC-TGTAG-Aaatttatgataact
gi|14 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaatATGTGAACATCATTTTAATGATAATGAAGTATTGCTCAAATGT-T--GGGGTTTT-TT---TTGTGTGTGTATATGTGATAGGTAT-TCA-AAG-GC-TCTT-TTACACC----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGA
gi|15 : cctgtggtcagaaccAAG-GTCTTCAAGTTTATGCTGAATAATCCGTATAG----GATTAGTATCTCGGCAA-GCCTATTGTTA-ACA----TCA--CAC-CT--CTC-TTAGATTCACGCTTTGCACTGGTTAAT--A-AATTATT-GGATCTCT-TCCG-CC
gi|16 : tAA------TT--G--AA-AA---CC----TC--CT-GGTCC-TGAT-A-TATG-AC---ATTCT-GGGA-----AAT-G--CATT--GAA-G---CA-TTT-AT---A--CAAATTAAGTTTCA--A-G-TCC-TAT-CTGATT-AATCCATAT--AGG
gi|17 : cA----GTTTTA--A-G-T-C-TAT-CCGA-C-AAACTGTAT--AGG-GGACAAG-------------------------TGACAGAC------AGA--T--GGAC-GACGAAGT---------------------AG-AAA-A------------A---ATG----TCACCCTGGA-AGAGG---GACATA
gi|18 : tac-G-T-C-TAT-CTGA-A-AAACCATGT--AGGAGGAGAAGCT-AACGCAA-GA-AT------TAGTGACTGAC------GTA--T--GGACGGA--CAG----------------------AC-AAAGA-----------CA-----ATGTCTCCTTCTatt
gi|19 : GGAAGAGAAGCG-TTCTCAT-AA-TT------TAATGAC------------------GGACAGA--AAAT---------------------AC--AT-A-----------CATGTATATGTCTCTCTCTGAA-AGAGGGGa
gi|2 : ----A---AGTTTCAA-GTCTATCTG-A-TAATCCTTATGG----GATTAG-TGTTTGCAAGCTAT--CTTATACCC-A--C--ACCTATCT-TAG----ATCCA---TCA-----------TA-AC-TT-----G---TAG--AAG--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-CCC-TGAC-AATATGTAT---TT-CT-AC-A-----AAG-AG-CTGT--GAA-G---CA-TT--GT---A--CAAA----ATATTA--A-A-T-C-TAC-CTGA-T-AAGCTATAT--AGGAAAAGAAGCG-TTCACAA-Ggtataaaaat
gi|2 : TCTTATACCCACACCTATCTTAGATCCATCATAACTTGTAG-AAGATAATTGGATCCTC---CTGCCCTGACAA-TATGTATTTC-TACAAAGAGCTGTGAAGCATTGTACAAA-AT-ATTAAATCTAC-CTGA-TAAGCTATATAGGAA-AAGAAGCGT-TCA-CAA-GC-------TACACT----CTC--AAC-C--------------------ATA-CCT--TGAAGGAA-AATAACT-GAATC-CT-CCTG-TCCTGACAAT-TT--ACA-CATCTACAAAT---GCA-ATGA-AGCATTTGTACA----A---AGTTTCTA-GGCTATCTG-A-TAGACCATGTAG-AAGGAGAAG-----------------TTTACACCCTC--C--GCCCCTAT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AT-TT-----G---AAGC-AAA--ATAA------TT-----GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-TGAC-AATATctacactctcaaccataccttgaaggaaaataactgaatcctcctgtcctgacaatttacacatctacaaatgcaatgaagcatttgtacaaagtttctaggctatctgatagaccatgtagaaggagaagtttacaccctccgcccctattggatccaccataatttgaagcaaaataattgatcctcctgtcctgacaatat
gi|20 : aagtttcaagtctatctgataatccttatgggattagtgtttgcaagctaATAGCAAGGAGAAGTTATTCACAAGCTG---TTTACA-CCTC--A--ACCC---T-TGG-----TCCA---CCAG----------TA-ACATT-----G---AAGG-AAT--ATGA----------G--AG-T----CC----T
gi|23 : AG-TATTCGCAAGCTATA--ATACATCC-A--C--ACCTCTCT-TAG----ATCCA---CCC-----------TA-t
gi|25 : taacccttaatttCACT-TACAAA-TA-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACCGTATAGA
gi|28 : aaggacaatcaatattAGT---------------------AC-AAA-A-------------------TGTCTCCCC-TGGACAGAGGGGAGACATA
gi|29 : ac---AGTTTCAA-GGCTATTTG-A-TAGACTGTATAG-AGGAATAAG-TGTTcatta
gi|3 : TC-CT-CTTG-TTT------T-AT--GTA-CTTC-----ATG--GTATATGA-AGC-T---------------AGTTTCAA-GGTTTTCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAT-TGTTCACAAGCTAT---TTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATTA------TT--G--GA-T----CCTTGATC--CT-G-TCC-TG---AATATG
gi|30 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtatTTTG-A-TAGACGGTATTG-AAGAAGAAG-TGTTCCCAAGCTATtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|31 : C-AAA-A-----------CA---AT--GTCTTCCCCTGGA-AGAGGAGAGATA
gi|32 : TGTCTGCCCCTGGA-AGAGGAGAGACATAatta
gi|33 : GGAGAATCG-CTCACGA-GA-TT------TTGTGACAGAC------AGA--atatac
gi|34 : ATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGAGATA
gi|4 : GA-AAA--ATAA------CT--T---A-T----CC----TC--CTTG-TCT-CAAC-AATAT-CAC---GT-CTTACGA-----AAT-AAACAAT--GA--G---CT-TT--GC---A--CGAA----GCTTCA--ATG-TTC-TCT-CCAA-T-AAGCCACAC--AGGGTGACAAGCATTTCACAA-GATTT------TTGTGACAGTC------AGATTT--GAACAAA--AAACCCCGACGAAATCTCAAAACAAAC-AAA-A-----------TA---ACGTATCTCCAACTCGA-AGAGGGGAatc
gi|5 : aggATATATTACACCCTC--CCCACCCCTGCATGAGCACGTCCAT--CCA-----------TACAC-TT-----GT--AAGGAAAA--ATAA------TCTGG--GA-T----CC----TC--CA-G-TCC---ACTTATATGCACATTAT-CT-AC-ACCACTATT-TG-CACA--GGATA---CG-CT--GTGTCA--CAAA----G--TCATTA-G-T-C-TATACTGA-TAAAGCCCT-T--A-GAGGAGAAGC--CTCGC
gi|6 : CAAA-AT-TTCCAG-CTAT-C--A-TAG--CATATAGA---GAGAAGTGT-TCA-ACA--C-TATT-T-----A----CTT--GACACC--CTC-TTAGATT--TGCTATA-AGA--TTATG--A-TACAATT--GATC-CTCCCTG-TCTCGAT-AT-AT--G-A-CCT-TGTAAAT---GCA-TTGACAGC-A-TATACA----AAGTAGTTTCAG-GA--ATCTG-A-TAATCCGTAtgatt
gi|7 : attcTATTCT-CATACTC--C--ACCCCCCT-TAT----ATCCAACCCCA-----------AA-AC-CTTTAAGG---AGGG-AAA--ATAAT-----TT--GTTGATT----CC----TC--CT-C-TCCAAGAA-AAC-TGCAC---A--CT-AC-A-----AAC-GGACAATCAAAA-G---CA-TTGCGT---ACCCAAA----GTTTAA--A-G-T---TAT-CCAA-T-ATGCCCCAT--A
gi|8 : CAATCAT--GCA--AT-TACAAAGA--GCT-AT-A-AGC-ATTGTACA----G---A--TCTAA-ATCTACCTG-AATAG-CCGT------------------TCACAAA--ATA----A-ACCTTC--C--ACCC--GT-TGG-----TCC------------------TT-AC-TT-----G----AGG-AAA--A-AA-------T--G--GA-T----TC----TCATCT-G-T-----GC-AATATGCAC----T-C--------------------------A-G---CATCT--GT---T--CAAA----GTTTCtaag
gi|9 : AGAATTGT-TCA-CGGCGC-CACT-TT-CACAGTATCCC--CAC-GCAACTCTTTTGAT---CACTATCTACT--TTGGG--ATAATGATTGGGATC-CA-TCTGTTCCTGATAAT-ATTGGTAGCATCTGTAAAT---GCA-TTAA-AGTACTTGTACACAATA---AGTTT
blockSeqs : A A C T . . A A A G TGT G G CA A G ATGT C GCAA CT G AC CAGTAT GA A CAA T TCA C GG T GA T G T C T CTGACA C TG T G T CTAC GAT TA C ATTTG CAATA T C A A G C G T A T ATT C GA CC C G A GCACG ACC GGACTAGTATT C A TTAAGG A GT GTGTATTTG T TAAT TTGA AT T G AA T ATTATCTACACCACTATTTGCACAGGATA T TA GTCA TTAA TT T C C G A TT G G . ATT G A T CAAAAT A A CCCAGGGGACCA A CG CCCCGACGAAATCTCAAAACAAACAAAATAACG C
blockSeqs : . T . G GTC G . TG . T GAA . CGGC T . AC CC . . A . C T . G . . . . . . CTGATA . . C . A CTGT G A . ACTTG AAGT G . . . A . G . G T ATA C . . C C . A T G . A GGCT . . TTTGTT . A . . . . C . GTCTTACGAAATAAACAATGAG . GC ACC . . . . T . . TA A A . TA A . . . A A AGATTT G . TGCCAAAATTAAGTACAATCAATA .
blockSeqs : . TT T . TG . T AA . CAA T . AC CA . . C . T . . T . . . . . . TCGAT . . T . T TGT G A . ATTG A G . . . T . G . A T ATT T . . A C . A . . . . GT . . TCTGG . . . . . . T . ACTACAAACGGACAATCAAAAG . T A . . . . . . . A G A . GT A . . . A T AGAT A . TACATACATGTATA .
blockSeqs : AT T . TG . G A . AAG T . A CT . . T . . . . T . . . . . . T . . C . C TAC A T . ATT A G . . . A . G . G T C C . . C A . A . . . . G . . TTG . . . . . . T . ATCTAGAAATCGGCCGAGCCC . . A . . . . . . . C A G . GT A . . . T A GTAT A . TAGAAAAAATG .
blockSeqs : TA G . T . A . . CAA C . C A . . C . . . . . . . . . T . A C . A . ATA A G . . . A . G . A T T C . . C C . A . . . . G . . TTG . . . . . . T . ATTCTGGGAAATGCATTGAAG . . A . . . . . . . A A A . GC G . . . T A . . . ACAAAGACAA .
blockSeqs : AT . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . A C . T . T A G . . . A . . . C . T T . . C G . A . . . . G . . TTG . . . . . . T . TTCTACAAAGAGCTGTGAAG . . A . . . . . . . T A A . T A . . . . . TACAAAA .
blockSeqs : . . . . G G . . . A . . . A . A C . . C G . A . . . . G . . CTT . . . . . . C . TCAG . . T . . . . . . . T C A . C . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . A . . . C C . A . . . . G . . TT . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . .
blockSeqCons : NAA** C** TGC* G** ATT** N** NTCTACGAANGGCAGCGAAG******************* ** TACAAAAAAA***************************************
originalCons : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCA-CGA-GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCTATA-ACT--TTAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATCTACAAATG--GCA-ATGA-AGC-NTTGTACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATATTTTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCAC---AT-CT-AC-A-----AAT-GG-CANT--GAA-G---CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGT---------------------AC-AAA-A-----------CA---ATATGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
finalCons : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCANAA--GC-TATT-TTACACA----CTC--CAC-CC--CTC-TTAGATC--CGCTATA-ACT--TTAAG--A-AATAATT-GGATC-CT-CCTG-TCCCGACAAT-AT--GCA-CATTGC-AAATG--GCA-ATGA-AGCATT--TACA----A---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGCTATN--TTACACCCTC--C--ACCCCTGT-TGG----ATCCA---CCA-----------TA-AC-TT-----G---AAGG-AAA--ATAA------TT--G--GA-T----CC----TC--CT-G-TCC-CGAC-AATATGCACNTCTACGAANGGCAGCGAAG-------------------CA-CT--GT---A--CAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AAGTACAAAAAAA---------------------------------------TGTCTCCCCCTGGA-AGAGGGGAGACATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTGACAAAAATGATGGAGAAAAATATTCAAAAATATTTTCAAAGCTATCAATAAGCTACAT
Unaligned ( gi|22 ): AATTGATGAGATGAATGGAAGAAGTATATAGCTCAAAATTGATATGAGCAATATTGTAGTA
Unaligned ( gi|24 ): TTGACAAAAATGATGGAAAAATATTCAAAAAATATTTCAAAGCTATCCTAAGCCTACAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACAATGATGGATGAAATATTCAAAAATATTTCAAAGCTTCCAATAAGCTGTA
Unaligned ( gi|27 ): GTGACAAAAAATGATGAAGAAAATATTCAAAACTATCCAATAAGAAGCTATA
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 2222 111 222222 11 333333 11 2222222 11111 222222222 1 11111 22222222222 1 111 1111111111 1111 1111 4444444444444444444444444444 11 111 1 111 111111 22222222222222 66666666666666666666666666666666 333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 5 111 7 1 3 0 6 6 6 6 8888 7 0 5555 6 000 5 99999 44 77 5 3 000000 888 11 1 444444 8 11 5 5 5 4444444 77 1 77777 3 8888 55 777 5 111111111 66 666 3 3 1 3 3 1 1 3 4 0 4 55 2 2 999999 2 1 4 00000 4 33333333333 4 0 333 44 66 4444444444 2222 8888 66 4 4 55 4 5 6666 9999999999999999999999999999 5 33 000 9999 11 66 5 5 0 5 5 2 999 11 4 66 555 0 1 5 5 666666 1 1 99999999999999 1 99 66666666666666666666666666666666 000000000 777 55 4
lowQualScore : . . . . . ... . . . . . . . . .... . . .... . ... . ..... .. .. . . ...... ... .. . ...... . .. . . . ....... .. . ..... . .... .. ... . ......... .. ... . . . . . . . . . . . .. . . ...... . . . ..... . ........... . . ... .. .. .......... .... .... .. . . .. . . .... ............................ . .. ... .... .. .. . . . . . . ... .. . .. ... . . . . ...... . . .............. . .. ................................ ......... ... .. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 555 3 0 3 7 7 7 7 7 5555 5 7 2222 7 888 7 33333 66 99 7 0 333333 333 00 0 000000 0 00 7 7 7 9999999 44 7 44444 2 1111 44 111 0 666666666 11 444 6 6 8 3 3 9 0 3 0 7 4 55 8 9 777777 5 6 0 88888 0 00000000000 0 0 888 66 11 2222222222 5555 5555 11 4 4 66 4 0 6666 7777777777777777777777777777 7 66 000 4444 99 99 0 0 0 0 0 0 444 44 1 99 666 9 1 0 7 444444 9 7 99999999999999 7 22 11111111111111111111111111111111 111111111 000 55 4
consensus : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCATTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCAN-AAGC-TATT-TTACACACTC--CAC-CCCTCTTAGATCC--G---CTATA-A-CT--TTAAGGA----AAATAA-TTG--GA-TC-CT-CCTGTCC-CGACAAT-ATGCACAT-TACAAATG--G-CA-AT--GA-AGCATT---T--A--CAA---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGC--TAT-TTACACCCT--C--CACCCCTGT-TGG----ATCCA-CCA-----------TA-AC-TTG---AAGG-AAA--ATAA------TT--GGAT----CC----TC--CT-G-TCCCGAC-AATATG-CAC---GTCT-ACG-----AAN--NGCANCGAA-G---CA-CT--GT---ACAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CTGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AA-------------GT-----------------ACAAA-A-A---A-AT---GTCTCCCC--CTGGA-AGAGGGGAGACATA
Reference ( family-1020 ) : TCTTACACCCNCACCCNTNTTGGATCCACCATAACTTGNAGGAAGATAATTGGATCCTCATTCCGCCCTGACAAATATGNACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGCTAT-CTGA-TAGNCCGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCAN-AAGC-TATT-TTACACACTC--CAC-CCCTCTTAGATCC--G---CTATA-A-CT--TTAAG------AAATAA-TTG--GA-TC-CT-CCTGTCC-CGACAAT-ATGCACAT-TGCAAATG--G-CA-AT--GA-AGCATT---T--A--CAA---AGTTTCAA-GGCTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCGCAAGC--TATNTTACACCCT--C--CACCCCTGT-TGG----ATCCA-CCA-----------TA-AC-TTG---AAGG-AAA--ATAA------TT--GGAT----CC----TC--CT-G-TCCCGAC-AATATG-CAC---NTCT-ACG-----AAN--GGCAGCGAA-G---CA-CT--GT---ACAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TAT-CCGA-T-AAGCCGTAT--AGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------GGA--C--GGACAGA--AA-------------GT-----------------ACAAA-A-A---A-AT---GTCTCCCC--CTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|1 : TTTTACACCCTCACCCCTGTTGGATCCACCATAACTTGAAGGAAAATAATTGGATCCTCATTCCGTCCTGACAAATATGCACATC-TACAAATGGCAATGAAGCACTGTACAAA-GT-TTCAAGGTTAT-CTGA-TAGACTGTATAGAAG-GAGAAGTGT-TCAC--GGC-TATT-TTACACACTC--CAC-CCCTGTTGGATCC--A---CCATA-A-CT--TAAAG------AAATAA-TTG--GA-TC-CT-CTTGTCC-CGACAAT-ATGCACATCTACAAATG--G-CA-AT--GA-AGCCCTG--T--A--CAA---AGTTTCGA-GGTTATCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAG-TGTTCACAAGCTATATTTTACACCCT--C--CACCCCTGT-TGG----ATCCA-CCA-----------TA-AC-TTG---AAGG-AAA--ATAA------TT--GGAT----CC----TC--CT-G-TCCCGAC-AATATG-CAC---ATCT-AGA-----AAT--GGCAAGAAA-G---CA-CT--GT---ACAAA----GTTTCA--A-G-T-C-TCT-CTGA-T-AAGCGGTTTCAGGGAGGAGAAGCG-CTCGCGA-GA-TT------TAGTGACAGAC------AGA--C--GGCCAGA--GA-------------GT-----------------ACAAA-ACA---ATAT---GTCTCCCC--CTGGA-AGAGGGGAGACATA
gi|10 : CTGT-TGG----ATCCA-CCAGGACTAGTATTTA-ACATTGGCTAAAG-ATGGTATAAGTGTATTT--GGATTAATCT----TC--CT-G-TCCCCGC-AATA-G-CAC---ATCT-AGA-----AAT----CGGCCGA-GCCCCA-CTTAGT---ACAAA----AGCTCA--
gi|11 : tctatccccttgCAGA----GTATCA--A-GCT-CGTAT-CTGA-A-TAGCGGTGT--AG-AGGAGAA-C--TTCGTGAAGA-TTCAAAATTATTG-TAGACCCCAGGGGA--CCAGGACAGA--AAATGCCAAAATTAAGT-----------------ACAAT-C-A---ATAT---GTCTCCCC--CT-GA-AGAGGGGAgaggt
gi|12 : AAATGATG-CG-AG--AA-AATATT---C--A--AAA---ATTTTCAA-AGCTATCCA-A-TAAGCTATATAG-AA--AGAAT-TGTTCACAAGC--TATTTTACA---T--CGACACCACTCT-TAG----ATCTG-CTA-----------TA-Atataat
gi|12 : gtgacaaaAAA-TT-TTCAAAGCTAT-CCAA-TAAGCTATATAGAA---AGAATTGT-TCAC-AAGC-TATT-TTACA---TCGACAC-CACTCTTAGATCT--G---CTATA-A-aatttatgataact
gi|13 : gtgacaaaaaatgatgcgagaaaatattcaa-TC-CT-CTTGTT--------T-ATGTAC-T-T-CA--TG--G-TA--T--GA-AGT------------CAA---A-TTTCAACGGTTATCTGAA-TAGACC-TGTAG-Aaatttatgataact
gi|14 : tggaatgagatgaatggaaagaagatatctcacaaattgatatgagcaatattttgtagtaatATGTGAACATCATTTTAATGATAATGAAGTATTGCTCAAATGT-T--GGGGTTTT-TT---TTGTGTGTGTATATGTGATAGGTAT-TCAA-AGGC-TCTT-TTACACCCTC--CAC-CCCTCTTAGA
gi|15 : cctgtggtcagaaccAAG-GTCTTCAAGTTTATGCTGAATAATCCGTATAG----GATTAGTATCTCGGCAAGCCTATTGTTA-ACATCA--CAC-CTCTCTTAGATTCACG---CTTTGCA-CTGGTTAAT------AAATTA-TTG--GA-TCTCT-TCCGCC
gi|16 : tAA------TT--GAAAA---CC----TC--CT-GGTCCTGAT-A-TATGACA----TTCT-GGG-----AAA--TGCATTGAA-G---CA-TTT-AT---ACAAATTAAGTTTCA--A-G-TCC-TAT-CTGATT-AATCCATAT--AGG
gi|17 : cA----GTTTTA--A-G-T-C-TAT-CCGA-C-AAACTGTAT--AGG-GGACAAG-------------------------TGACAGAC------AGA--T--GGAC-GACGAA-------------GT-----------------A-GAA-A-A---A-AT---G--TCACC--CTGGA-AGAGG---GACATA
gi|18 : tac-G-T-C-TAT-CTGA-A-AAACCATGT--AGGAGGAGAAGCT-AACGCAA-GA-AT------TAGTGACTGAC------GTA--T--GGACGGA--CA-------------G------------------ACAAA-G-AC--A-AT---GTCTCCTT--CTatt
gi|19 : GGAAGAGAAGCG-TTCTCAT-AA-TT------TAATGAC------------------GGACAGA--AA-------------AT-----------------ACATA-C-ATGTATAT---GTCTCTCT--CTGAA-AGAGGGGa
gi|2 : A---AGTTTCAA-GTCTATCTG-A-TAATCCTTATGG----GATTAG-TGTTTGCAAGC--TATCTTATACCC---A--CACCTATCT-TAG----ATCCA-TCA-----------TA-AC-TTG---TAG--AAG--ATAA------TT--GGAT----CC----TC--CT-G-CCCTGAC-AATATG-TAT---TTCT-ACA-----AAG--AGCTGTGAA-G---CA-TT--GT---ACAAA----ATATTA--A-A-T-C-TAC-CTGA-T-AAGCTATAT--AGGAAAAGAAGCG-TTCACAA-Ggtataaaaat
gi|2 : TCTTATACCCACACCTATCTTAGATCCATCATAACTTGTAG-AAGATAATTGGATCCTC---CTGCCCTGACAA-TATGTATTTC-TACAAAGAGCTGTGAAGCATTGTACAAA-AT-ATTAAATCTAC-CTGA-TAAGCTATATAGGAA-AAGAAGCGT-TCAC-AAGC-TA------CACTCTC--AAC-C--------------------ATA-C-CT--TGAAGGA----AAATAA-CTG--AA-TC-CT-CCTGTCC-TGACAAT-TTACACATCTACAAATG----CA-AT--GA-AGCATT---TGTA--CAA---AGTTTCTA-GGCTATCTG-A-TAGACCATGTAG-AAGGAGAAG-T----------------TTACACCCT--C--CGCCCCTAT-TGG----ATCCA-CCA-----------TA-AT-TTG---AAGC-AAA--ATAA------TT---GAT----CC----TC--CT-G-TCCTGAC-AATATctacactctcaaccataccttgaaggaaaataactgaatcctcctgtcctgacaatttacacatctacaaatgcaatgaagcatttgtacaaagtttctaggctatctgatagaccatgtagaaggagaagtttacaccctccgcccctattggatccaccataatttgaagcaaaataattgatcctcctgtcctgacaatat
gi|20 : aagtttcaagtctatctgataatccttatgggattagtgtttgcaagctaATAGCAAGGAGAAGTTATTCACAAGC--TGT-TTACA-CCT--C--AACCC---T-TGG-----TCCA-CCAG----------TA-ACATTG---AAGG-AAT--ATGA----------GAGT----CC----T
gi|23 : AG-TATTCGCAAGC--TATAATACATCC---A--CACCTCTCT-TAG----ATCCA-CCC-----------TA-t
gi|25 : taacccttaatttCACT---T--A--CAA---ATATTCAA-GGTTATCTG-A-TAGACCGTATAG-A
gi|28 : aaggacaatcaatattA-------------GT-----------------ACAAA-A--------T---GTCT-CCC--CTGGACAGAGGGGAGACATA
gi|29 : ac---AGTTTCAA-GGCTATTTG-A-TAGACTGTATAG-AGGAATAAG-TGTTcatta
gi|3 : -TC-CT-CTTGTTT-------T-ATGTAC-T-T-CA--TG--G-TATAT--GA-AGC------T--A---------GTTTCAA-GGTTTTCTG-A-TAGACCGTATAG-AAGGAGAAT-TGTTCACAAGC--TAT-TTACACCCT--C--CACCCCTGT-TGG----ATCCA-CCA-----------TA-AC-TTG---AAGG-AAA--ATTA------TT--GGAT----CCTTGATC--CT-G-TCCTG---AATATG-
gi|30 : aattgatgagatgaatggaagaagtattcaaaattgatatgagcaatattgtagtatTTTG-A-TAGACGGTATTG-AAGAAGAAG-TGTTCCCAAGC--TATtttgtgtttaaatatgttagtatattcattcctgtcaatcttaaat
gi|31 : CAAA-A-C---A-AT---GTCTTCCC--CTGGA-AGAGGAGAGATA
gi|32 : T---GTCTGCCC--CTGGA-AGAGGAGAGACATAatta
gi|33 : GGAGAATCG-CTCACGA-GA-TT------TTGTGACAGAC------AGA--atatac
gi|34 : -AT---GTCTCCCC--CTGGA-AGAGGGGAGAGATA
gi|4 : GA-AAA--ATAA------CT--T-AT----CC----TC--CTTG-TCTCAAC-AATAT--CAC---GTCTTACG-----AAATAAACAATGA--G---CT-TT--GC---ACGAA----GCTTCA--ATG-TTC-TCT-CCAA-T-AAGCCACAC--AGGGTGACAAGCATTTCACAA-GATTT------TTGTGACAGTC------AGATTT--GAACAAA--AA-------------ACCCCGACGAAATCTCAAAACAAACA-A---A-ATAACGTATCTCCAACTCGA-AGAGGGGAatc
gi|5 : agg--TATATTACACCCTCCC--CACCCCTGCATGAGCACGTCCATCCA-----------TACAC-TTGT--AAGGAAAA--ATAA------TCTGGGAT----CC----TC--CA-G-TCC--ACTTATATG-CACATTATCT-ACACCACTATT--TGCACAGGATA---CG-CT--GTGTCACAAA----G--TCATTA-G-T-C-TATACTGA-TAAAGCCCT-T--A-GAGGAGAAGC--CTCGC
gi|6 : aCAAA-AT-TTCCAG-CTAT-C--A-TAG--CATATAGA---GAGAAGTGT-TCAA-CA-C-TATT-T-----ACTT--GACACCCTCTTAGATTT--G---CTATA-A-GA--TTATG------ATACAA-TT---GA-TC-CTCCCTGTCT-CGAT-AT-ATG-ACCT-TGTAAAT---G-CA-TT--GACAGCATA---T--A--CAAAGTAGTTTCAG-GA--ATCTG-A-TAATCCGTAtgatt
gi|7 : attc-TATT-CT-CATACTC--CAC-CCCCCTTATATCC--AACCCCAAA-ACCT--TTAAGGAGGGAAAATAATTTGTTGATTC-CT-CCTCTCCAAGAAAAC--TGCACAC-TACAAACG--GACA-ATCAAA-AGCATTGCGT--ACCCAA---AGTTT-AA-AGTTATCCA-A-TATGCCCCATAT-AAG
gi|8 : CAATCATGCA-AT-TACAAAGA--G-CT-AT---A-AGCATTG--T--A--CAG---A--TCTAA-ATCTACCTG-AATAG-CCGT------------------TCACAAAA--TA----A-ACCTT--C--CACCC--GT-TGG-----TCC----------------TT-AC-TTG---A-GG-AAA--A-AA------T---GGAT----TC----TCATCT-G-T----GC-AATATG-CAC----TC-----------------------A-G---CATCT--GT---TCAAA----GTTTC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGAATTGTTCACGGCGCCACTTTCACAGTATCCCCACGCAACTCTTTTGATCACTATCTACTTTGGGATAATGATTGGGATCCATCTGTTCCTGATAATATTGGTAGCATCTGTAAATGCATTAAAGTACTTGTACACAATAAGTTT
Unaligned ( gi|21 ): TGTGACAAAAATGATGGAGAAAAATATTCAAAAATATTTTCAAAGCTATCAATAAGCTACAT
Unaligned ( gi|22 ): AATTGATGAGATGAATGGAAGAAGTATATAGCTCAAAATTGATATGAGCAATATTGTAGTA
Unaligned ( gi|24 ): TTGACAAAAATGATGGAAAAATATTCAAAAAATATTTCAAAGCTATCCTAAGCCTACAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAACAATGATGGATGAAATATTCAAAAATATTTCAAAGCTTCCAATAAGCTGTA
Unaligned ( gi|27 ): GTGACAAAAAATGATGAAGAAAATATTCAAAACTATCCAATAAGAAGCTATA