lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 99999999999999999999 11 2 2 44444444444444444 555555555 2 333 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 6666666666666666666666666 2 22 444 22 2 55 33333333333333 4 1 22 2 33333 77777777777777777777777777777777777777777 2 11 1 22222 222 3 11 1111 3 1111 111111 222222 111 1111111 6666666666666666666666 333333333333333333333333333333 111 1 111111 111111 11111111 55555555555555 11111 11111111 7777777777777777777777777777 2222222 111 4444444444444444444444 11111111111111 222222222222222222222222222222222 22222222222222222
lowQualScore : 6 55 3 6 99999999999999999999 8 7 33 6 6 6 44444444444444444 222222222 6 7 555 7777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 2 0 0 9999999999999999999999999 0 6 44 000 77 4 0 55 6 55555555555555 0 0 22 2 3 0 77777 4 55555555555555555555555555555555555555555 0 88 5 88888 2 3 111 2 11 2222 1 8 8 8 2 6 4444 999999 6 66 4 333333 8 4 66 333 4 9999999 0 3333333333333333333333 777 666666666666666666666666666666 111 3 4 55 4 5 4 8 111111 4 777777 7777 22222222 3 2 3 999999999 55555555555555 7777 777 00000 4 777 33333333 6 4 777 0000000000000000000000000000 0 8888 4 0000000 000 2 555 99 3 99 7777777777777777777777 11111111111111 333333333333333333333333333333333 3 0 44 33333333333333333 3 44 6 9
lowQualScore : . .. . . .................... . . .. . . . ................. ......... . . ... .... ............................................................................................................................................................................... . . . . ......................... . . .. ... .. . . .. . .............. . . .. . . . ..... . ......................................... . .. . ..... . . ... . .. .... . . . . . . .... ...... . .. . ...... . . .. ... . ....... . ...................... ... .............................. ... . . .. . . . . ...... . ...... .... ........ . . . ......... .............. .... ... ..... . ... ........ . . ... ............................ . .... . ....... ... . ... .. . .. ...................... .............. ................................. . . .. ................. . .. . .
lowQualScore : 0 33 3 0 77777777777777777777 3 3 00 0 7 7 00000000000000000 777777777 7 3 000 3333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7 7 2222222222222222222222222 0 0 00 000 55 0 0 00 0 00000000000000 0 5 55 5 0 0 55555 0 55555555555555555555555555555555555555555 0 33 0 11111 5 2 000 0 00 0000 4 0 0 0 0 7 2222 222222 7 99 4 444444 9 4 11 999 4 7777777 6 8888888888888888888888 000 999999999999999999999999999999 444 0 0 55 0 4 4 0 555555 0 777777 7777 44444444 3 0 3 999999999 77777777777777 7777 555 00000 0 000 22222222 9 0 000 7777777777777777777777777777 9 5555 0 2222222 000 3 888 99 3 22 3333333333333333333333 77777777777777 999999999999999999999999999999999 3 4 66 22222222222222222 3 66 7 3
consensus : TTATCCTCTGTCTGTTTTATA-TATA-----CGGG-TGAT---AT-CTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGT---GTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--GTTCATGAATGAATAATGGA-GTGT--ANACCCTNATTGGGTTGTNTTGTTATACGATGCGTTAANCTTTTTCTATCANTA---GATAN--C--TG-TGGN--TTTTCCAATATT-TG----G----A-ANGA----CAN-GCTCTGTAA-TTTT-AACGT-AAA-TGGATTT-A--TGTA--CA-AG-C--------GGTTGAAG-A-AGATTCATACAAAAATGGNCG-ANCG-ANTATGTNANTGATNCTCGTCGAAGGGGCTAAACNATAAACTNATTTAAGGCAAGCTTTATGGCTNTGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAA-CCTTAGTTAAATTCAGAANAATNAAANCANCGTTTTGCCCCCANAGAAGTAGGTGGGNNGNNTGGGGTTCCAA-CANANNGACTAGAATNCGACACTCTGTAAATA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCAC-TTCATCTTAGAATGTAAATCN-TTATCAANT--CTACGTA-A-AGAATA-TTTGGCTTCTA-GGTATTGTCAT----GT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T----AA---AAACT-----------ACGTAT-TTTCA--TT-C-TAAAA---TCCAGGA-GTT--AGTCTGCTGT-CCCCCTT-A-A------TAT-T------T----AT-------CAA-ATT-C-C-C---AAATCTA-T-T---TGT----ATTA--TGCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TGTATCTTGT-GC---TG-------A--GAA----------T---TATATGT----A-T-GTA--TTAT---TAA---TATAC-TTGTA-CC-CTTTGAAATA---T-GTT-T---T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TAC-CTCATGTAC-CAT--T-G-------AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( gi|1 ) : TTACCCTCTGTCTGTACTATA-TACATGTACCAGGATGATTACATACTGGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGT---GCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCGATACATGAAT-AATAATGAAAGTGT--GAACCCTT---GGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G----ATAGGA----CAA-GCTCTGTAA-TTTT-AATGT-CAA-TGGATTT----TGTAATCAAAG-T--------GATTAAAGGACAGTTTTATACAGAAGTGGGCA-AATG-AA---GTGAATA--TATCGTC-AAAGGGTCAAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTTTGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAT-ATGTATGGGG-TCTAATCATATAAAC--AAATGCAACA-TCTGT-AATA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCAC-T-CATTTTAGAATG-AAATCA-TTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATA-TT-GGTTTCTA-GATATTGTCAT----GT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------T----AA---AAACT-----------ATGTAT-TTTTA--TT-C-TAAAA---TCCAAGA-GTT--AGTCTGCTGT-CCCCATT-A-A------TAT-T------T----AT-------TAA-ACT-C-T-C---AGATCTA-T-----TGT----ATTA--TGCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TGTATTTTGT-GC---TG-------A--GAA----------TC--TATATGT----A-T-GTA--ATAT---TAA---TATAC-TTGTA-CC-TTT---AATA---T-GTT-T---T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TAC-C-CATGTAC-CAT--T-A-------AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|3 : TTATCCTTTGTATGT-CGATAATATATAAACAGGAATGATATCCTACTGGGCTAAAT-TGTTTTCAAGC-CCTGGAAA-TAAAACTGTTTTGTTT----TACA--CAAGTATCTACT-----AATGCCTCATT-A-TAGTGG--GTAC--ACATCCTA-------TATATTG--A---GA------AAG-------TAT--A-A---GATAT--A--TG-TGGG--TTCTGCAATATC-TGTTCTG----A-ATGA-----AA-TCT-TGTAA-ATGT-AA-----AA-TGGAATTCAGCTGT---------T--------G--TGAAGCAAAGATTCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG-AT---ATTATTG--ACTCATC-AAGAGGTTAAACTATAAAC-TATTTAAGACAAGCTTT--AGTTATGAAA-
gi|2 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaCCTCTGTCTGTTTTATA-TATA-----CAGG-TGAT---AT-CTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGT---GTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--GTTCATGAATGAATAATGAA-GTGTTGAAACCCTTATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----GTAATATAGGGATTTCA-----CTGTAA-TTTTGAACTT-AAA-TGTATTTGA--TGTA-TCAAAGAC--------GGTTAAGG---AGTTT-ATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAATA-TAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTTTGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAA-CCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGTGG-TTGGTTGGGGTTCCAA-CAAACTGACTAGAATCTGACACTCTGTAAATACTCTGGTAAAT-TG--CA-ACGAATACCAC-T-TTTCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTT-GGTTTCTAGGATATTGGCA-----GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTT-A-A-T-GA--CAGTATC-AT-C-----AAAATT------T----------T----AA---AAACT----------------T-TTTT--------TAAAA---
gi|4 : tttCCTCTGTCTGTTTTATA-TATA-----CAGG-TGAT---AT-CTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGT---GTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--GTTCATGAATGAATAATG-AAGTGT--aa
gi|25 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgctttt---GATTC--C--CG-TGGA--TTTTCTAATATT-TG----G----A-ACGAT---CAG-G----GTAT-TCTC-ACTGTGAAA-TAGA--T----TACAAACACAG-TTAAACAGAGATAGAATGATAAATTTATACAGAAATGGTCG-ACTG-At
gi|36 : tt--TG-TGGT--TTTCCCAATATT-TG----G----AAAGGA----CACTGCTCAGTAATTTTT-AATGT-CAACTGGATTT----cattaa
gi|12 : AAAATAA-AAAAGTAGTG-TTTGCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGG----------ATAAAAAC--G---GCA-C--TCTGT-AATA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCAC-TTCATCTTAGAATGTAAATCC-CTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATA-TTTGGCTTCTA-GGTATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAAT-T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAAAACT----------T----AA---AAAAA-----------AGATAT-ATTCA--TT-TATAAAA---TTCAGGA-GTT--AGTCTGCTGT-CCC--TT-A-A------TAT-T------T----AT-------CAA-ATT-C-
gi|32 : TA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTT-CATCTTAGAATG-CAAT
gi|7 : acgggtacactcagtaatacatgG--CAGACAAATGCCAC-TTCATTTTAGAATGTAAATCC-CTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATA-TTTGGCTTCTA-GATATTGTCAT----GT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA--TCA-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------------A---AAACT-----------Atcctta
gi|8 : gTTTAGAATGTAAATCA-TTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATA-TTTGGTTTCTA-GATATTGCCAT----GT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAAT-T-A-A-T-GA--C---ATCAAT-CAA---AAATTT------TAAAC------TTAAAAA---AAACT-----------ATGTAT-TTTCAT-TT-C-TAAAA---TCCAAGA-GTT---GTCTGATGT-CCCCATT-A-A------TAT-TTACATGT----AT-------TAA-ACT-C-T-C---A-ATCTATT-----TGT----ATTA--TGCC--C-----C-TCC---TCT-TCA---GTATTTTGT-GCTATTG-------A--ACA----------TG--TATATGT----A-T-G-A--ATAT---TAA---TATAC-TTGTACCC-TTT---GAAA---T-ATTGT---T-TATA---------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TAC-CTCATGTAC-CAT--T-G-------ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAccccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|10 : tttcca-TTATCAAATTCCTACATATATAGAATA-TTTGGCTCATA-GG-ATT-TTAT----GT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA--T-A-AAT-GAAGC---ATC-ATGT-----AAACTT------T----------------A---AAACTTAAAAAAAAGAATATAT-TCATA--TT----AAAA---TTCAGGA-GTT--AGTCTGCTGT-CCCC-CT-A-A------TATGTA-----T----AT-------CAA-ATT-C-G-C---TAATCTA-T-------C----ATT-------C-C-----C-TCC---TC--TTG--T-TACCT---------TG-------G--GA---------------TATA-GA----A-TGGTA--TTAT---TCA---CAT---CTGTG-CC-CTTTGAAATAT--T-GTT-T---------A-----T--------TAT---------------------------CGC-T-TATGTAC-CATTGT-A-------AT-GGT--G--TTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : A-GGTATTGTCAT----ATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAAG-T-A-AAT-GA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCT------T----------T----AA---AA-CTTAAAAAAAAGAAAATAT-TCATA--TC-C-TAGAAAATTTCAGGA-GTT--AGTCTGCTGC-CCCC--T-A-A------TAT-A------T----AT-------CAA-ATT-C-G-C---TAATCTA-T-----C---------A--TGTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGT----TAC-CT---TG-------G--GAA----------T--------GA----A-T-GTA---TAT---TCA---C---C-ATGTG-CCCTTT---GAAA---T-ATT-T---T-TAT-------T--------TA----------------------------CGC-T-TATGTAC-CAT--T-G-------TT-AAT--GTGTTGAG--CGAAATGAA
gi|15 : aatactattgcatctactatagaGAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AAACTT------TAACACATTAAC----AA---AAACT-----------ATGAAT-ATTCA--TTTC-TCAAA---TCCAGGA-GTT--AGTCTGCATT-CCCCCTTCATA------TAT-T------TATAAAT-------CAA-ATT-T-C-C---AAATATATT-----TGTATACATCA--TGCAC-C-----C-TCC---CC---------TATCTTGTGGT---TG-------T--GAA--------------CATAAAT----A-T-GTA--TTAT---TTA---TATAC------------T---AATAG--T-GTT-TATAT-AATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TGC-T-GATGTAC-C----T-C-------GT--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATttg
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AACTTTAACACAT----------T----AACAAAAACT-----------ATG-AT-ATTCA--TTTC-TCAAA---TC-AGGA-GTT--AGTCTGCATT-CCCCTTC-ATA------TAT-TA-----T----AT-------CAATATT-T-C-C---AAATATATT-----TGTATACATCA--TGCAC-C-----C-TCCCTATC--TTG--TGGAT----T-GC---TG-------A--ACA----------TA--AATATGT----A-T-------TAT---TAT---AATAC--TATA-GT-GTT---TATA---T-A----------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TGC-T-GATGTAC-C----T-C-------GT--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|34 : gG-AAAA--T-T-A-TTGA--C---ATC-AT-C-----AAAT------------------------AA---AAA-T-----------ACTCAT-TT--------C-AAAAA---TACAGGA-GTT--ATTCTGCTGT-CCCtgaa
gi|14 : A---AAACT-----------ATGTATGTCTCAATTT-C-TAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTGGTCTACTTTATT-A-A-------AT-T------T----ACATGTATATAA-ACTAC-TACGGGAGATCTA-TAT---TG-----ATTAATTGCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATGTATTTTGT-GC---TATTCGTTCA--TAA-----------CAGTATATGT----A-T-GTA--ATAT---TAA---TATAC-TT-TA-CC-CTTGTGAACATATT-GTT-TAA-T-TATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTAC-CTCATGTACACAT--T-G-------AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|7 : CT-----------AAATAT-ATTCA--TTTC-TAAAA---TCCAGGA-ATTTTAGTCTGCTGC-CCCCCTC-A-A------TAT-T------T----TT-------TGA-ATT-C-C-T---TGATCTA-TTTGTGTGT----ATTA--TCAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TGTATCTTGT-AC---TA-------AT-GAA----------CA--TATATGT----G-T---------------A---TGTA---TGTA-CC-CTTTGAAATAT--T-GTT-C---A-TATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TAC-CTCATATA--CAT--T-G-------AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAgac
gi|35 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaacccccccccccc--TT-C-TAAAA---TCTAGGG-GTT--GGTATACTGT-CCTCCTT-A-AAATGTTTAT-T------T----AT-------CAA-ATT-C-C-C---AAA
gi|19 : -A------TAT-T------T----AT-------TAA-ACT-C-T-T---AGATCTAAT-----TGT----AT-----GCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CGTATTTTGT-GC---T--------ATTGAA----------CA--TATATGTGTGCA-T-GTATTGTATA--TAAGTGTATAC-TAGTA-CC-CTTTGAAATAT--T-GCT-T---A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TAC-CTCATGCAC-CAT--T-G-------AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAat
gi|18 : t------T----AT-------CAA-ATT-T-T-T---AGATCTA-TCTGTGTGT----ATTA--TGCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TGTATCTTGT-GC---TA-------AT-GAACATATACATTTG--TATATGT----A-T-ATA--TTATTTATAA---TATAC-TTGTA-CC-CTTTGAAATA---T-GGT-T---TATATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTT-CATGTAC-CGT--TGA-------AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATatatatg
gi|24 : A-ATT-CAT-C---AAATCTA-TATGCATGC----ATTT--GGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CGTGTATTGT-GC---TA----------------------------ATATGT----ACT-GTA--TTAT---TTA---TGTAC-TTGTA-CTATTTGA-AATA---TAGTT-T---A-TATAA-----T--------TAt
gi|28 : tgt---TAA---TTTACATTGTA-CC-TTT---GACAAATT-GTC-TAA-T-TACAA-----T--------T-T----A-T-----GTAA---AT-T--G-TAC-CTCATGTAC-CAA--T-ATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAgggatatcgttatgtgc
gi|31 : a---TATAC-GTGTA-CC-CTTTGAAATA---TTGTT-T---A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TAC-CTCATGCAC-CAT--T-G-------AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAATc
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGC-CTTATTTAC-CAT--T-G-------AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAATg
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|6 ): ATGATAAGATTGCTGTTCCAGTGTTACTTTATGGTTGTAAATTTTGGGGTTACGAAAAGATAGATATTATTGAACGAGTACATTTAAAATTCTTAAAATATATTTTCAACTTAAAAAAGCAGTACACCTTCGTATATGGTATATGGCGAAACAGGGCGTTACCCTTTGTTTATCAATATTTATACAAGAATGATATCCTACTGGGATAGATTGTTCACATGTACTGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATACAAGTATTTTGTAAAGCATCATAATAGTGGATACATGGCAGAAGTGTTTGATATGTGTGAATTTTCTAGCATTTGGTGTGAACAAAATATTGTAAATGTAAATTGGATTTCAACGGTTCTGAAACAAAGGCTACTAGACCAATTTATTCAAAAATGGTTTAAGTTGATATTAAAGACTCATCTAGAAG
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 2222222222 111 3333 22 111111 111 1 222222 11 3333 222 5555555555555555 111 111 222222 111 11111111 333333333333 22222 00000000000000000000000000000000000000000000 1 33333 22222 1 111 222 22 1 11 55555555555555 2 22 2 1111 22222 555555555555555555 444444 11 11 1111 111111 111111 111 1111111 555555555555555555555555555 2222222222222222 11111 111 222222222222222 111111 2222222222222 1111111 6666666666666666666666666666 22222222222 11111111 1111111111 11 11
lowQualScore : 00000 7777 3333333333 444 8 4444 0 1 11 5 6 66 3 55 11 777777 444 0 8 555555 11 1 7777 1 444 1111111111111111 999 777 222222 8 222 8 99999999 1 8 666666666666 8 8 22222 11111111111111111111111111111111111111111111 2 1 0 33 77777 1 1 88888 2 7 555 555 0 0 22 1 0 5 88 44444444444444 0 1 44 1 1 3 0000 1 44444 22 666666666666666666 0 88 2 444444 33 3 11 0 1 3 1 77 7 99 6 6 5 2222 666666 5 66 4 999999 8 4 55 222 4 5555555 3 999999999999999999999999999 6666666666666666 88 11111 3 111 3 55 4 111111111111111 3 666666 7777 3 3 33 999999 4444444444444 888888888 11 3 99999 3 666 3 1111111 2 2 3 666 2222222222222222222222222222 0 55 3 3 999999999999 44 0 3 44 3 44444444444 77777 00000000 4444444444 0 666666 44 3 1 3 3 77777 00 3 99 6 44 3 7
lowQualScore : ..... .... .......... ... . .... . . .. . . .. . .. .. ...... ... . . ...... .. . .... . ... ................ ... ... ...... . ... . ........ . . ............ . . ..... ............................................ . . . .. ..... . . ..... . . ... ... . . .. . . . .. .............. . . .. . . . .... . ..... .. .................. . .. . ...... .. . .. . . . . .. . .. . . . .... ...... . .. . ...... . . .. ... . ....... . ........................... ................ .. ..... . ... . .. . ............... . ...... .... . . .. ...... ............. ......... .. . ..... . ... . ....... . . . ... ............................ . .. . . ............ .. . . .. . ........... ..... ........ .......... . ...... .. . . . . ..... .. . .. . .. . .
lowQualScore : 44444 0000 2222222222 000 0 0000 8 4 66 6 0 44 2 88 66 222222 222 0 0 888888 00 0 3333 0 555 5555555555555555 000 555 000000 0 000 0 22222222 0 0 000000000000 0 0 00000 00000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 00 33333 0 0 00000 0 3 000 000 7 7 77 0 7 0 00 00000000000000 0 0 77 0 0 7 0000 0 33333 00 000000000000000000 7 33 5 222222 88 2 00 8 7 7 7 77 5 22 7 7 7 1111 444444 7 11 0 333333 0 0 55 555 0 2222222 2 777777777777777777777777777 8888888888888888 00 99999 6 444 6 00 0 999999999999999 6 222222 1111 3 1 99 999999 0000000000000 999999999 11 6 11111 6 444 6 1111111 6 1 6 444 7777777777777777777777777777 2 00 6 6 111111111111 55 8 1 22 1 55555555555 11111 44444444 1111111111 8 333333 22 1 5 1 1 77777 55 1 66 2 22 1 8
consensus : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATA----TA--C--AGGAATGAT---AT-CCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-ATGA----A-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATA--CC--TG-TGG--NTTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAATGGATT-T-ATGTA--CA-------AA-GCGGTTG--AA-G--G-AGA--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG-AA--TGTGAATGAT-CTCGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTTTGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCGTTT-GCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGGT-CCAA-CA-AC-GACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-----------ACG--TAT-NTTCA--TT-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( family-1010 ) : TTATCCTCTGTCTGTT--T-TATATA----TA--C--GGG--TGAT---AT-C----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-ATGG----A-GTGT--ANACCCT---NATTGGGTTGTNTTGTTATACGATGCGTTAANCTTTTTCTATCANTA---GATA--NC--TG-TGG--NTTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AACGT-AAATGGATT-T-ATGTA--CA-------A--GCGGTTG--AA-G--A-AGA--TTCATACAAAAATGGNCG-ANCG-ANTATGTNANTGATNCTCGTCGAAGGGGCTAAACNATAAACTNATTTAAGGCAAGCTTTATGGCTNTGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAA-CCTTAGTTAAATTCAGAANAATNAAANCANCGTTTTGCCCCCANAGAAGTAGGTGGGNNGNNTGGGGTTCCAA-CANANNGACTAGAATNCGACACTCTGTAA-----ATA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-NTTATCAANT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-----------ACG--TAT-TTTCA--TT-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
gi|1 : TTACCCTCTGTCTGTA--C-TATATACATGTA--CCAGGA--TGATTACATAC----TGGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGTGCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCGA-T-ACATG--AAT-AATA-ATGA----AAGTGT--GAACCCT------TGGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GATA--CC--TG-TGG--TTTTTCCAATATT-TG----G-ATAGGA-CA-AG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-CAATGGATT-T--TGTAATCA-------AA-GTGATTA--AA-G--G-ACAGTTTTATACAGAAGTGGGCA-AATG-AA---GTGAAT-ATA-TCGTCAAAGGGTC-AAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTTTGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCGTTT-GCCCCCATAGAAGTAGGTAT-ATGTATGGGGT-CTAATCATATAAAC--AAATGCAACA-TCTGTAA------TA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCACT-CATTTTAGAATG-AAATC-ATTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATT-GGTTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------T---------AAAAACT-----------ATG--TAT-TTTTA--TT-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCATT-A--------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TCA-----GATCTA--T----TGT----AT-TA--T---GCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TG-TATTTTGT-GC---T---G-------A-GAATC----------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCTTT------A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TACC-CATGTAC-C-AT-----TA-AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|10 : TTATCAAATTCCTACATATATAGAATATTTGGCTCATAGG--ATT-T----TATGT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA--T-A-AAT-GAAGC---ATC-ATGT-----AAACTT------T---------------------AAAACTTAAAAAA----AAGAATAT-ATTCA--TA-T-TAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCC-T-A--------A------TATGTA-----T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCTAT--------C----AT-T----------C-C-----C-TCC---TCT-T-G--T--TACCT---------T---G-------G-GA-------------TATA-GA--A-TGGTATTAT---T---CA---CAT---CTGTGCCCTT-TGA--A-ATATT-GTTT--------A-----T--------TAT----------------------C--G----CTTATGTAC-C-AT-----TG--T-AATG-GTGTTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : AGG-TATTGT----CATATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAAG-T-A-AAT-GA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCT------T----------T---------AAAA-CTTAAAAAAAAGAAAA--TAT-TCATA--TC-C-TAGAAAATTTC-AGGAGTT--AGTCTGCTG--CCCCCT-A--------A------TAT-A------T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATC-----------T----AT-CA--T---GTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGTTACCT---------T---G-------G-GAAT-----------GA-ATGT--A-T-AT-TCAC---C---A-----------TGTGCCCTT-TGA--A-ATA----TTT--T-TAT-------T--------TAC----G-------------------------CTTATGTAC-C-AT-----TG-TT-AAT--GTGTTGAG--C-----GAAATGAAT
gi|12 : aatactattgcatctactatagaAAAATAA-AAAAGTAGTGTTT-GCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGGA-----------------TAAAA-ACGGCACTCTGTAA------TA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CCTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAAT-T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAAAACT----------T---------AAAAAAA-----------AGA--TAT-ATTCA--TT-TATAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGT--CCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-tg
gi|14 : AAAACT-----------ATG--TATGTCTCAATTT-C-TAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTG--GTCTACTTT-ATTAAATTTA------CAT-G------T----ATATAA-ACTA-CTACGGGAGATCTATAT----TG-----AT-TAATT---GCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATG-TATTTTGT-GC---T---ATTCGTTCA-TAACAG---------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TT-TACCCTTGTGA--ACATATT-GTTTAAT-TATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTACCTCATGTACAC-AT-----TG-AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|15 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AAACTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-----------ATG--AAT-ATTCA--TTTC-TCAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCCTTCAT-------A------TAT-T------TATAAAT-CAA-ATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCC---CC----------TATCTTGTGGT---T---G-------T-GAA------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---TA---TATAC-TAATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATgac
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AA-CTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-----------ATG---AT-ATTCA--TTTC-TCAAA---TC--AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCTTC-AT-------A------TAT-TA-----T----AT-CAATATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCCCTATCT-T-G--TG-GAT----T-GC---T---G-------A-A--------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---AT---AATAC--TATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|18 : g------T----AT-CAA-ATTT-TTA-----GATCTAT-C----TGTGTGTAT-TA--T---GCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TG-TATCTTGT-GC---T---A-------ATGAACATATACATTTGTATATGT--A-T-ATATTAT---TTATAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GGTT--TATATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTTCATGTAC-C-GT-----TGAAT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATtgaa
gi|19 : --------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TTA-----GATCTAA-T----TGT----AT---------GCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CG-TATTTTGT-GC---TATTG-------A-ACATA----------TATGTGTGCA-T-GTATTGTATAT---AAGTGTATAC-TAGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGCTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAt
gi|2 : tTCCTCTGTCTGTT--T-TATATA----TA--C--AGG--TGAT---AT-C----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-ATGA----A-GTGTTGAAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----G-T-AATA-TA-GGGATTTCACTGTAA-TTTTGAACTT-AAATGTATT-TGATGTAT-CA-------AAGACGGTT---AA-G--G-AG---TTTATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAA-TATAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTTTGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAA-CCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGT-GGTTGGTTGGGGTTCCAA-CAAACTGACTAGAATCTGACACTCTGTAA-----ATACTCTGGTAAATT-G--CA-ACGAATACCACTTT-TCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGGATATTGG----CA-GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTT-A-A-T-GA--CAGTATC-AT-C-----AAAATT------T----------T---------AAAAACT-----------atatatg
gi|24 : ttA-ATTCATCA-----AATCTAT-A----TGC----ATGCA--TTTGGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CG-TGTATTGT-GC---T---A-------A------------------TATGT--ACT-GTATTAT---T---TA---TGTAC-TTGTACTATT-TGA--A-ATA-TAGTTT--A-TATAA-----T--------TAttttttaaaaaa
gi|25 : tgt---GATT--CC--CG-TGG--ATTTTCTAATATT-TG----G-A-ACGATCA-GG---------GTAT-TCTC-ACTGTGAAATAGATTAC-AAACA--CAGTTAAACA--GAGATAG--AATG--ATAAA--TTTATACAGAAATGGTCG-ACTG-Agggatatcgttatgtgc
gi|28 : tt---T---AA---TTTACATTGTACC-TT-TGACAA-AT--T-GTCTAAT-TACAA-----T--------T-T----A-T---GTA-AA---T--T--G-TACCTCATGTAC-CAATATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAcattaa
gi|3 : aTTATCCTTTGTATGTCGAT-AATATA----TAAAC--AGGAATGAT---AT-CCTACTGGGC-TAAATTGTTTTCAAGCCCTGGAAA--TAAAACTGT-TTTGTTTTACA--CAAGTATCTA-CTAAT--GCC-TCAT-----T--ATA-GTGG------GTAC--ACATCCTATATATTGAGc
gi|3 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaA---GATA--TA--TG-TGG--GTTCTGCAATATC-TGTTCTG-A-ATGA-AA-T------CT-TGTAA-ATGT-AA-----AATGGAAT-T--------CA----------GCTGTTGTGAA-GCAA-AGA--TTCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG-A---TATTATTGA--CTCATC-AAGAGGTTAAACTATAAACT-ATTTAAGACAAGCTTTA--GTTATGAAAaaagtataagatatatgtgggttctgcaatatctgttctgaatgaaatcttgtaaatgtaaaatggaattcagctgttgtgaagcaaagattcattcaaaaaaggccaggtgatattattgactcatcaagaggttaaactataaactatttaagacaagctttagttatgaaa
gi|31 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcattatcctttgtatgtcgataatatataaacaggaatgatatcctactgggctaaattgttttcaagccctggaaataaaactgttttgttttacacaagtatctactaatgcctcattatagtgggtacacatcctatatattgagaaagtata---TATAC-GTGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGTTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAAT
gi|32 : ACACTCAGTAATACATGTA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGCAATTC-CTTAg
gi|34 : acgggtG-AAAA--T-T-A-TTGA--C---ATC-AT-C-----AAA--------------------T---------AAAAA-T-----------ACT--CAT-TT-CA--------AAAA---TAC-AGGAGTT--ATTCTGCTGTCCC
gi|35 : --TT-C-TAAAA---TCT-AGGGGTT--GGTATACTGTCCTCCTT-A--------AAATGTTTAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AA
gi|36 : --TG-TGG--TTTTCCCAATATT-TG----GAA-AGGA-CACTG-----CTCAGTAATTTTT-AATGTCAACTGGATT-T-at
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGCCTTATTTAC-C-AT-----TG-AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAAT
gi|4 : tTTTTCCTCTGTCTGTT--T-TATATA----TA--C--AGG--TGAT---AT-C----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-ATGA----A-GTGT--tg
gi|6 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgcTTACCCTTTGTTTATC--AATATTTA----TA--C--AAGAATGAT---AT-CCTACTGGG-ATAGATTGTTCACATGTAC--TGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATA--CAAGTATTT-TGTAAA--G-CATCATAATAGTGGATACATGGCAGAA-GTGT--t
gi|7 : atgataagattgctgttccagtgttactttatggttgtaaattttggggttacgaaaagatagatattattgaacgagtacatttaaaattcttaaaatatattttcaacttaaaaaagcagtacaccttcgtatatggtatatggcgaaacagggcgG--CAGACAAATGCCACTTCATTTTAGAATGTAAATC-CCTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA--TCA-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T---------------------AAAACT-----------ACttgatatgtgtgaattttctagcatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaattggatttcaacggttctgaaacaaaggctactagaccaatttattcaaaaatggtttaagttgatattaaagactcatctagaag
gi|7 : gCT-----------AAA--TAT-ATTCA--TTTC-TAAAA---TCC-AGGAATTTTAGTCTGCTGCCCCCCTC-A--------A------TAT-T------T----TT-TGA-ATTC-CTT-----GATCTAT-TTGTGTGT----AT-TA--T---CAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TG-TATCTTGT-AC---T---A-------ATGAA------------CATATAT--G-T-GTAT-----------G---TA-----TGTACCCTT-TGA--A-ATATT-GTTC--A-TATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TACCTCATATA--C-AT-----TG-AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAcccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|8 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaaccccccccccccTCCAT-TTAGAATGTAAATC-ATTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGA-TATTGC----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAAT-T-A-A-T-GA--C---ATCAAT-CA----AAAATT------T----------TAAACTTAAAAAAAACT-----------ATG--TAT-TTTCAT-TT-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT---GTCTGATGTCCCCATT-A--------A------TAT-TTACATGT----AT-TAA-ACTC-TC------AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---G-CC-C-----C-TCC---TCT-TCA---G-TATTTTGT-GCTATT---G-------A-ACATG----------TATATGT--A-T-G-AATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T--TGT--T-TATA---------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 33333 22 111 22 111111 111 1 1111 11 222 11 4444444444444444 1 111 333333333 11111111 333333333333 111111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1 222222 22222 1 111 22 1 1 11 55555555555555 1 1 1 1111 111 88888888888888888888 444444 11 11 1111 111111 111111 111 1111111 555555555555555555555555555 1111111111111111111111 1111111 111 222222222222222 111111 2222222222222 1111111 6666666666666666666666666666 22222222222 11111111 1111111111 11 11
lowQualScore : 99999 11111 11 666 0 1 11 5 6 3 0 3 55 11 777777 444 0 8 7777 0 8 11 333 7 88 6666666666666666 5 777 000000000 1 8 99999999 1 8 666666666666 000000 6 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1 0 0 999999 77777 2 7 6 7 555 00 6 3 5 88 44444444444444 5 1 3 3 0000 222 77777777777777777777 88 2 444444 33 3 11 0 1 3 1 77 6 99 6 6 5 2222 666666 5 66 4 999999 8 4 55 222 4 5555555 3 999999999999999999999999999 9999999999999999999999 4 4 6666666 3 111 3 55 4 111111111111111 3 666666 7777 3 3 33 999999 4444444444444 888888888 11 3 99999 3 666 3 1111111 2 2 3 666 2222222222222222222222222222 0 55 3 3 999999999999 44 0 3 44 3 44444444444 77777 00000000 4444444444 0 666666 44 3 1 3 3 77777 00 3 99 6 44 3 7
lowQualScore : ..... ..... .. ... . . .. . . . . . .. .. ...... ... . . .... . . .. ... . .. ................ . ... ......... . . ........ . . ............ ...... . . ................................................. . . . ...... ..... . . . . ... .. . . . .. .............. . . . . .... ... .................... .. . ...... .. . .. . . . . .. . .. . . . .... ...... . .. . ...... . . .. ... . ....... . ........................... ...................... . . ....... . ... . .. . ............... . ...... .... . . .. ...... ............. ......... .. . ..... . ... . ....... . . . ... ............................ . .. . . ............ .. . . .. . ........... ..... ........ .......... . ...... .. . . . . ..... .. . .. . .. . .
lowQualScore : 66666 00000 00 222 8 4 66 6 0 8 8 2 88 66 222222 222 0 0 0000 8 0 00 333 3 55 0000000000000000 0 555 222222222 0 0 22222222 0 0 000000000000 222222 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 8 444444 33333 0 3 7 3 777 77 7 3 0 00 00000000000000 5 0 3 3 0000 333 77777777777777777777 33 5 000000 88 2 00 8 7 7 7 77 7 22 7 7 7 1111 444444 7 11 0 333333 0 0 55 555 0 2222222 2 777777777777777777777777777 1111111111111111111111 9 0 9999999 6 444 6 00 0 999999999999999 6 222222 1111 3 1 99 999999 0000000000000 999999999 11 6 11111 6 444 6 1111111 6 1 6 444 7777777777777777777777777777 2 00 6 6 111111111111 55 8 1 22 1 55555555555 11111 44444444 1111111111 8 333333 22 1 5 1 1 77777 55 1 66 2 22 1 8
consensus : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GAT---AC----CTGTGGNTTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--TGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAGA--T------------TTATACAGAAGTGGNCG-AATG-A--ATGTGAATGA-TNTCGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAAC-A--TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( family-1010 ) : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GAT---AC----CTGTGGNTTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT-ATGTA--CAAA-G-CGGTTG--AA-G--GAGA--T------------TTATACAGAAGTGGNCG-AATG-A--ATGTGAATGA-TCTCGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAACAA--CG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TNT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
gi|1 : TTACCCTCTGTCTGTA--C-TATATACATGTACCAGGA-TGATTACATACTGGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGTGCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCGA-T-ACATG--AAT-AATA-AT----GAAAGTGT--GAACCCT---T---GGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GAT---AC----CTGTGGTTTTTCCAATATT-TG----G-ATAGGA-CA-AG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-CAA-TGGATTT--TGTAATCAAA-G-TGATTA--AA-G--GACAGTT------------TTATACAGAAGTGGGCA-AATG-A--A-GTGAAT-A-TATCGTCAAAGGGTC-AAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTT-TGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAT-ATGTATGGGG-TCTAATCA--TATAAAC--AAATGCAACA-TCTGTAA------TA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCACT-CATTTTAGAATG-AAATC-ATTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATT-GGTTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------T---------AAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TTA--T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCATT-A--------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TCA-----GATCTA--T----TGT----AT-TA--T---GCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TG-TATTTTGT-GC---T---G-------A-GAATC----------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCTTT------A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TACC-CATGTAC-C-AT-----TA-AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|10 : TTATCAAATTCCTACATATATAGAATATTTGGCTCATAGG--ATT-T----TATGT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA--T-A-AAT-GAAGC---ATC-ATGT-----AAACTT------T---------------------AAAACTTAAAAAAAAGAATA--------TAT-TCA--T--A-T-TAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCC-T-A--------A------TATGTA-----T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCTAT--------C----AT-T----------C-C-----C-TCC---TCT-T-G--T--TACCT---------T---G-------G-GA-------------TATA-GA--A-TGGTATTAT---T---CA---CAT---CTGTGCCCTT-TGA--A-ATATT-GTTT--------A-----T--------TAT----------------------C--G----CTTATGTAC-C-AT-----TG--T-AATG-GTGTTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : AGG-TATTGT----CATATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAAG-T-A-AAT-GA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCT------T----------T---------AAAACTT-------AAA--AAAAAGAAAATAT-TCA--TATC-C-TAGAAAATTTC-AGGAGTT--AGTCTGCTG--CCCCCT-A--------A------TAT-A------T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATC-----------T----AT-CA--T---GTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGTTACCT---------T---G-------G-GAAT-----------GA-ATGT--A-T-AT-TCAC---C---A-----------TGTGCCCTT-TGA--A-ATA----TTT--T-TAT-------T--------TAC----G-------------------------CTTATGTAC-C-AT-----TG-TT-AAT--GTGTTGAG--C-----GAAATGAAT
gi|12 : aatactattgcatctactatagaAAAATAA-AAAAGTAGTG-TTTGCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGGA-------------------TAAAA-ACGGCACTCTGTAA------TA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CCTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAAT-T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAAAACT----------T---------AAAAAAA-------AGA--TA--------TAT-TCA--T--T-TATAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGT--CCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-tg
gi|14 : AAAACT-------ATG--TA--------TGTCTCAATT--T-C-TAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTG--GTCTACTTT-ATTAAATTTA------CAT-G------T----ATATAA-ACTA-CTACGGGAGATCTATAT----TG-----AT-TAATT---GCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATG-TATTTTGT-GC---T---ATTCGTTCA-TAACAG---------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TT-TACCCTTGTGA--ACATATT-GTTTAAT-TATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTACCTCATGTACAC-AT-----TG-AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|15 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AAACTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG--AA--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCCTTCAT-------A------TAT-T------TATAAAT-CAA-ATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCC---CC----------TATCTTGTGGT---T---G-------T-GAA------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---TA---TATAC-TAATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATgac
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AA-CTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG---A--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TC--AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCTTC-AT-------A------TAT-TA-----T----AT-CAATATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCCCTATCT-T-G--TG-GAT----T-GC---T---G-------A-A--------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---AT---AATAC--TATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|18 : g------T----AT-CAA-ATTT-TTA-----GATCTAT-C----TGTGTGTAT-TA--T---GCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TG-TATCTTGT-GC---T---A-------ATGAACATATACATTTGTATATGT--A-T-ATATTAT---TTATAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GGTT--TATATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTTCATGTAC-C-GT-----TGAAT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATtgaa
gi|19 : --------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TTA-----GATCTAA-T----TGT----AT---------GCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CG-TATTTTGT-GC---TATTG-------A-ACATA----------TATGTGTGCA-T-GTATTGTATAT---AAGTGTATAC-TAGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGCTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAt
gi|2 : tTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGTTGAAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----G-T-AATA-TA-GGGATTTCACTGTAA-TTTTGAACTT-AAA-TGTATTTGATGTAT-CAAA-GACGGTT---AA-G--GAG---T------------TTATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAA-TATAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTT-TGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGG-AAACCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGT-GGTTGGTTGGGGTTCCAACAAACTG---ACTAGAATCTGACACTCTGTAA-----ATACTCTGGTAAATT-G--CA-ACGAATACCACTTT-TCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGGATATTGG----CA-GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTT-A-A-T-GA--CAGTATC-AT-C-----AAAATT------T----------T---------AAAAACT-------atatatg
gi|24 : ttA-ATTCATCA-----AATCTAT-A----TGC----ATGCA--TTTGGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CG-TGTATTGT-GC---T---A-------A------------------TATGT--ACT-GTATTAT---T---TA---TGTAC-TTGTACTATT-TGA--A-ATA-TAGTTT--A-TATAA-----T--------TAttttttaaaaaa
gi|25 : tgt---GAT---TC----CCGTGGATTTTCTAATATT-TG----G-A-ACGATCA-GG---------GTAT-TCTC-ACTGTGAAA-TAGATT------A--CAAACA-CAGTTA--AACA--GAGA--TAGAATGATAAATTTATACAGAAATGGTCG-ACTG-A--gggatatcgttatgtgc
gi|28 : tt---T---AA---TTTACATTGTACC-TT-TGACAA-AT--T-GTCTAAT-TACAA-----T--------T-T----A-T---GTA-AA---T--T--G-TACCTCATGTAC-CAATATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAcattaa
gi|3 : aTTATCCTTTGTATGTCGAT-AATATATAAA---CAGGAATGATATCCTACTGGGC-TAAATTGTTTTCAAGCCCTGG--AAATAAAACTGT-TTTGTTTTACA--CAAGTATCTA-CTAAT--GCC-TCAT-----T--ATA-GT----G-G-GTAC--ACATCCTATATATTGAGc
gi|3 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaATAA---GAT---AT----ATGTGGGTTCTGCAATATC-TGTTCTG-A-ATGA-AA-T------CT-TGTAA-------ATGT-AAAATGGAATT--------CA---G-CTGTTGTGAA-GCAAAGA--T------------TCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG-A---TATTATTGA--CTCATC-AAGAGGTTAAACTATAAACT-ATTTAAGACAAGCTTTA-G--TTATGAAAaaagtataagatatatgtgggttctgcaatatctgttctgaatgaaatcttgtaaatgtaaaatggaattcagctgttgtgaagcaaagattcattcaaaaaaggccaggtgatattattgactcatcaagaggttaaactataaactatttaagacaagctttagttatgaaa
gi|31 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcattatcctttgtatgtcgataatatataaacaggaatgatatcctactgggctaaattgttttcaagccctggaaataaaactgttttgttttacacaagtatctactaatgcctcattatagtgggtacacatcctatatattgagaaagt---TATAC-GTGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGTTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAAT
gi|32 : ACACTCAGTAATACATGTA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGCAATTC-CTTAg
gi|34 : acgggtG-AAAA--T-T-A-TTGA--C---ATC-AT-C-----AAA--------------------T---------AAAAA-T-------ACT--CA--------T-T-TCA----------AAAA---TAC-AGGAGTT--ATTCTGCTGTCCC
gi|35 : --T--T-C-TAAAA---TCT-AGGGGTT--GGTATACTGTCCTCCTT-A--------AAATGTTTAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AA
gi|36 : TGTGGTTTTCCCAATATT-TG----GAA-AGGA-CACTG-----CTCAGTAATTTTT-AATGTCAAC-TGGATTT-at
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGCCTTATTTAC-C-AT-----TG-AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAAT
gi|4 : tTTTTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--tg
gi|6 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgcTTACCCTTTGTTTATC--AATATTTATA-----CAAGAATGATATCCTACTGGG-ATAGATTGTTCACATGTAC--TGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATA--CAAGTATTT-TGTAAA--G-CATCATAATAGTGGATACATGGCAGAA-GTGT--t
gi|7 : atgataagattgctgttccagtgttactttatggttgtaaattttggggttacgaaaagatagatattattgaacgagtacatttaaaattcttaaaatatattttcaacttaaaaaagcagtacaccttcgtatatggtatatggcgaaacagggcgG--CAGACAAATGCCACTTCATTTTAGAATGTAAATC-CCTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA--TCA-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T---------------------AAAACT-------ACttgatatgtgtgaattttctagcatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaattggatttcaacggttctgaaacaaaggctactagaccaatttattcaaaaatggtttaagttgatattaaagactcatctagaag
gi|7 : gCT-------AAA--TA--------TAT-TCA--T--TTC-TAAAA---TCC-AGGAATTTTAGTCTGCTGCCCCCCTC-A--------A------TAT-T------T----TT-TGA-ATTC-CTT-----GATCTAT-TTGTGTGT----AT-TA--T---CAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TG-TATCTTGT-AC---T---A-------ATGAA------------CATATAT--G-T-GTAT-----------G---TA-----TGTACCCTT-TGA--A-ATATT-GTTC--A-TATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TACCTCATATA--C-AT-----TG-AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAcccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|8 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaaccccccccccccTCCAT-TTAGAATGTAAATC-ATTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGA-TATTGC----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAAT-T-A-A-T-GA--C---ATCAAT-CA----AAAATT------T----------TAAACTTAAAAAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TCAT-T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT---GTCTGATGTCCCCATT-A--------A------TAT-TTACATGT----AT-TAA-ACTC-TC------AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---G-CC-C-----C-TCC---TCT-TCA---G-TATTTTGT-GCTATT---G-------A-ACATG----------TATATGT--A-T-G-AATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T--TGT--T-TATA---------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 33333 22 111 22 111111 111 1 1111 11 222 11 4444444444444444 1 111 222222 111 11111111 333333333333 111111 1 33333333 111 77777777777777777777777777 1 222222 111111 1 111 22 1 1 11 55555555555555 1 1 1 1111 111 888888888888888888888 444444 11 11 1111 111111 111111 111 1111111 555555555555555555555555555 1111111111111111111111 1111111 111 222222222222222 111111 2222222222222 1111111 6666666666666666666666666666 22222222222 11111111 1111111111 11 11
lowQualScore : 99999 11111 11 666 0 1 11 5 6 3 0 3 55 11 777777 444 0 8 7777 0 8 11 333 7 88 6666666666666666 5 777 111111 8 222 8 99999999 1 8 666666666666 000000 6 8 0 88888888 444 0 55555555555555555555555555 1 0 0 999999 555555 2 7 6 7 555 00 6 3 5 88 44444444444444 5 1 3 3 0000 222 333333333333333333333 88 2 444444 33 3 11 0 1 3 1 77 6 99 6 6 5 2222 666666 5 66 4 999999 8 4 55 222 4 5555555 3 999999999999999999999999999 9999999999999999999999 2 4 6666666 3 111 3 55 4 111111111111111 3 666666 7777 3 3 33 999999 4444444444444 888888888 11 3 99999 3 666 3 1111111 2 2 3 666 2222222222222222222222222222 0 55 3 3 999999999999 44 0 3 44 3 44444444444 77777 00000000 4444444444 0 666666 44 3 1 3 3 77777 00 3 99 6 44 3 7
lowQualScore : ..... ..... .. ... . . .. . . . . . .. .. ...... ... . . .... . . .. ... . .. ................ . ... ...... . ... . ........ . . ............ ...... . . . ........ ... . .......................... . . . ...... ...... . . . . ... .. . . . .. .............. . . . . .... ... ..................... .. . ...... .. . .. . . . . .. . .. . . . .... ...... . .. . ...... . . .. ... . ....... . ........................... ...................... . . ....... . ... . .. . ............... . ...... .... . . .. ...... ............. ......... .. . ..... . ... . ....... . . . ... ............................ . .. . . ............ .. . . .. . ........... ..... ........ .......... . ...... .. . . . . ..... .. . .. . .. . .
lowQualScore : 66666 00000 00 222 8 4 66 6 0 8 8 2 88 66 222222 222 0 0 0000 8 0 00 333 3 55 0000000000000000 0 555 222222 0 000 0 22222222 0 0 000000000000 222222 0 0 8 22222222 000 2 22222222222222222222222222 0 0 8 444444 777777 0 3 7 3 777 77 7 3 0 00 00000000000000 5 0 3 3 0000 333 777777777777777777777 33 5 000000 88 2 00 8 7 7 7 77 7 22 7 7 7 1111 444444 7 11 0 333333 0 0 55 555 0 2222222 2 777777777777777777777777777 1111111111111111111111 6 0 9999999 6 444 6 00 0 999999999999999 6 222222 1111 3 1 99 999999 0000000000000 999999999 11 6 11111 6 444 6 1111111 6 1 6 444 7777777777777777777777777777 2 00 6 6 111111111111 55 8 1 22 1 55555555555 11111 44444444 1111111111 8 333333 22 1 5 1 1 77777 55 1 66 2 22 1 8
consensus : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( family-1010 ) : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGN--TTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--TGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
gi|1 : TTACCCTCTGTCTGTA--C-TATATACATGTACCAGGA-TGATTACATACTGGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGTGCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCGA-T-ACATG--AAT-AATA-AT----GAAAGTGT--GAACCCT---T---GGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-ATAGGA-CA-AG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-CAA-TGGATTT--TGTAATCAAA-G-TGATTA--AA-G--GAC------------AGTTTTATACAGAAGTGGGCA-AATG--A-A-GTGAAT-ATAT-CGTCAAAGGGTC-AAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTT-TGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAT-ATGTATGGGG-TCTAATCA---TATAAAC--AAATGCAACA-TCTGTAA------TA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCACT-CATTTTAGAATG-AAATC-ATTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATT-GGTTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------T---------AAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TTA--T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCATT-A--------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TCA-----GATCTA--T----TGT----AT-TA--T---GCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TG-TATTTTGT-GC---T---G-------A-GAATC----------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCTTT------A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TACC-CATGTAC-C-AT-----TA-AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|10 : TTATCAAATTCCTACATATATAGAATATTTGGCTCATAGG--ATT-T----TATGT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA--T-A-AAT-GAAGC---ATC-ATGT-----AAACTT------T---------------------AAAACTTAAAAAAAAGAATA--------TAT-TCA--T--A-T-TAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCC-T-A--------A------TATGTA-----T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCTAT--------C----AT-T----------C-C-----C-TCC---TCT-T-G--T--TACCT---------T---G-------G-GA-------------TATA-GA--A-TGGTATTAT---T---CA---CAT---CTGTGCCCTT-TGA--A-ATATT-GTTT--------A-----T--------TAT----------------------C--G----CTTATGTAC-C-AT-----TG--T-AATG-GTGTTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : AGG-TATTGT----CATATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAAG-T-A-AAT-GA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCT------T----------T---------AAAACTT-------AAA--AAAAAGAAAATAT-TCA--TATC-C-TAGAAAATTTC-AGGAGTT--AGTCTGCTG--CCCCCT-A--------A------TAT-A------T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATC-----------T----AT-CA--T---GTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGTTACCT---------T---G-------G-GAAT-----------GA-ATGT--A-T-AT-TCAC---C---A-----------TGTGCCCTT-TGA--A-ATA----TTT--T-TAT-------T--------TAC----G-------------------------CTTATGTAC-C-AT-----TG-TT-AAT--GTGTTGAG--C-----GAAATGAAT
gi|12 : aatactattgcatctactatagaAAAATAA-AAAAGTAGTG-TTTGCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGGA--------------------TAAAA-ACGGCACTCTGTAA------TA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CCTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAAT-T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAAAACT----------T---------AAAAAAA-------AGA--TA--------TAT-TCA--T--T-TATAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGT--CCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-tg
gi|14 : AAAACT-------ATG--TA--------TGTCTCAATT--T-C-TAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTG--GTCTACTTT-ATTAAATTTA------CAT-G------T----ATATAA-ACTA-CTACGGGAGATCTATAT----TG-----AT-TAATT---GCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATG-TATTTTGT-GC---T---ATTCGTTCA-TAACAG---------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TT-TACCCTTGTGA--ACATATT-GTTTAAT-TATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTACCTCATGTACAC-AT-----TG-AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|15 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AAACTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG--AA--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCCTTCAT-------A------TAT-T------TATAAAT-CAA-ATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCC---CC----------TATCTTGTGGT---T---G-------T-GAA------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---TA---TATAC-TAATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATgac
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AA-CTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG---A--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TC--AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCTTC-AT-------A------TAT-TA-----T----AT-CAATATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCCCTATCT-T-G--TG-GAT----T-GC---T---G-------A-A--------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---AT---AATAC--TATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|18 : g------T----AT-CAA-ATTT-TTA-----GATCTAT-C----TGTGTGTAT-TA--T---GCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TG-TATCTTGT-GC---T---A-------ATGAACATATACATTTGTATATGT--A-T-ATATTAT---TTATAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GGTT--TATATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTTCATGTAC-C-GT-----TGAAT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATtgaa
gi|19 : --------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TTA-----GATCTAA-T----TGT----AT---------GCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CG-TATTTTGT-GC---TATTG-------A-ACATA----------TATGTGTGCA-T-GTATTGTATAT---AAGTGTATAC-TAGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGCTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAt
gi|2 : tTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGTTGAAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----G-T-AATA-TA-GGGATTTCACTGTAA-TTTTGAACTT-AAA-TGTATTTGATGTAT-CAAA-GACGGTTA--A--G--GAG---------------TTTATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAA-TATAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTT-TGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGG-AAACCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGT-GGTTGGTTGGGGTTCCAA-CAAACTG---ACTAGAATCTGACACTCTGTAA-----ATACTCTGGTAAATT-G--CA-ACGAATACCACTTT-TCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGGATATTGG----CA-GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTT-A-A-T-GA--CAGTATC-AT-C-----AAAATT------T----------T---------AAAAACT-------atatatg
gi|24 : ttA-ATTCATCA-----AATCTAT-A----TGC----ATGCA--TTTGGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CG-TGTATTGT-GC---T---A-------A------------------TATGT--ACT-GTATTAT---T---TA---TGTAC-TTGTACTATT-TGA--A-ATA-TAGTTT--A-TATAA-----T--------TAttttttaaaaaa
gi|25 : tgt---GATTC--C--CG-TGGA--TTTTCTAATATT-TG----G-A-ACGATCA-GG---------GTAT-TCTC-ACTGTGAAA-TAGAT------TA--CAAACA-CAGTTA--AACA--GAGATAGAATGATAAA--TTTATACAGAAATGGTCG-ACTG--A-gggatatcgttatgtgc
gi|28 : tt---T---AA---TTTACATTGTACC-TT-TGACAA-AT--T-GTCTAAT-TACAA-----T--------T-T----A-T---GTA-AA---T--T--G-TACCTCATGTAC-CAATATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAcattaa
gi|3 : aTTATCCTTTGTATGTCGAT-AATATATAAA---CAGGAATGATATCCTACTGGGC-TAAATTGTTTTCAAGCCCTGG--AAATAAAACTGT-TTTGTTTTACA--CAAGTATCTA-CTAAT--GCC-TCAT-----T--ATA-GT----G-G-GTAC--ACATCCTATATATTGAGc
gi|3 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaATAA---GATAT--A--TG-TGGG--TTCTGCAATATC-TGTTCTG-A-ATGA-AA-T------CT-TGTAA-------ATGT-AAAATGGAATT--C--------A-G-CTGTTGTGAA-GCAAAG------------A--TTCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG--A--TATTATTGA-CT-CATC-AAGAGGTTAAACTATAAACT-ATTTAAGACAAGCTTTA-G--TTATGAAAaaagtataagatatatgtgggttctgcaatatctgttctgaatgaaatcttgtaaatgtaaaatggaattcagctgttgtgaagcaaagattcattcaaaaaaggccaggtgatattattgactcatcaagaggttaaactataaactatttaagacaagctttagttatgaaa
gi|31 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcattatcctttgtatgtcgataatatataaacaggaatgatatcctactgggctaaattgttttcaagccctggaaataaaactgttttgttttacacaagtatctactaatgcctcattatagtgggtacacatcctatatattgagaaagt---TATAC-GTGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGTTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAAT
gi|32 : ACACTCAGTAATACATGTA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGCAATTC-CTTAg
gi|34 : acgggtG-AAAA--T-T-A-TTGA--C---ATC-AT-C-----AAA--------------------T---------AAAAA-T-------ACT--CA--------T-T-TCA----------AAAA---TAC-AGGAGTT--ATTCTGCTGTCCC
gi|35 : --T--T-C-TAAAA---TCT-AGGGGTT--GGTATACTGTCCTCCTT-A--------AAATGTTTAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AA
gi|36 : --TG-TGGT--TTTCCCAATATT-TG----GAA-AGGA-CACTG-----CTCAGTAATTTTT-AATGTCAAC-TGGATTT--at
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGCCTTATTTAC-C-AT-----TG-AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAAT
gi|4 : tTTTTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--tg
gi|6 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgcTTACCCTTTGTTTATC--AATATTTATA-----CAAGAATGATATCCTACTGGG-ATAGATTGTTCACATGTAC--TGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATA--CAAGTATTT-TGTAAA--G-CATCATAATAGTGGATACATGGCAGAA-GTGT--t
gi|7 : atgataagattgctgttccagtgttactttatggttgtaaattttggggttacgaaaagatagatattattgaacgagtacatttaaaattcttaaaatatattttcaacttaaaaaagcagtacaccttcgtatatggtatatggcgaaacagggcgG--CAGACAAATGCCACTTCATTTTAGAATGTAAATC-CCTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA--TCA-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T---------------------AAAACT-------ACttgatatgtgtgaattttctagcatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaattggatttcaacggttctgaaacaaaggctactagaccaatttattcaaaaatggtttaagttgatattaaagactcatctagaag
gi|7 : gCT-------AAA--TA--------TAT-TCA--T--TTC-TAAAA---TCC-AGGAATTTTAGTCTGCTGCCCCCCTC-A--------A------TAT-T------T----TT-TGA-ATTC-CTT-----GATCTAT-TTGTGTGT----AT-TA--T---CAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TG-TATCTTGT-AC---T---A-------ATGAA------------CATATAT--G-T-GTAT-----------G---TA-----TGTACCCTT-TGA--A-ATATT-GTTC--A-TATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TACCTCATATA--C-AT-----TG-AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAcccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|8 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaaccccccccccccTCCAT-TTAGAATGTAAATC-ATTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGA-TATTGC----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAAT-T-A-A-T-GA--C---ATCAAT-CA----AAAATT------T----------TAAACTTAAAAAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TCAT-T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT---GTCTGATGTCCCCATT-A--------A------TAT-TTACATGT----AT-TAA-ACTC-TC------AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---G-CC-C-----C-TCC---TCT-TCA---G-TATTTTGT-GCTATT---G-------A-ACATG----------TATATGT--A-T-G-AATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T--TGT--T-TATA---------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 33333 22 111 22 111111 111 1 1111 11 222 11 4444444444444444 1 111 222222 111 11111111 333333333333 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 222222 111111 1 111 22 1 1 11 55555555555555 1 1 1 1111 111 888888888888888888888 444444 11 11 1111 111111 111111 111 1111111 555555555555555555555555555 1111111111111111111111 1111111 111 222222222222222 111111 2222222222222 1111111 6666666666666666666666666666 22222222222 11111111 1111111111 11 11
lowQualScore : 99999 11111 11 666 0 1 11 5 6 3 0 3 55 11 777777 444 0 8 7777 0 8 11 333 7 88 6666666666666666 5 777 111111 8 222 8 99999999 1 8 666666666666 000000 6 8 0 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 999999 555555 2 7 6 7 555 00 6 3 5 88 44444444444444 5 1 3 3 0000 222 333333333333333333333 88 2 444444 33 3 11 0 1 3 1 77 6 99 6 6 5 2222 666666 5 66 4 999999 8 4 55 222 4 5555555 3 999999999999999999999999999 9999999999999999999999 2 4 6666666 3 111 3 55 4 111111111111111 3 666666 7777 3 3 33 999999 4444444444444 888888888 11 3 99999 3 666 3 1111111 2 2 3 666 2222222222222222222222222222 0 55 3 3 999999999999 44 0 3 44 3 44444444444 77777 00000000 4444444444 0 666666 44 3 1 3 3 77777 00 3 99 6 44 3 7
lowQualScore : ..... ..... .. ... . . .. . . . . . .. .. ...... ... . . .... . . .. ... . .. ................ . ... ...... . ... . ........ . . ............ ...... . . . ............................................... . . . ...... ...... . . . . ... .. . . . .. .............. . . . . .... ... ..................... .. . ...... .. . .. . . . . .. . .. . . . .... ...... . .. . ...... . . .. ... . ....... . ........................... ...................... . . ....... . ... . .. . ............... . ...... .... . . .. ...... ............. ......... .. . ..... . ... . ....... . . . ... ............................ . .. . . ............ .. . . .. . ........... ..... ........ .......... . ...... .. . . . . ..... .. . .. . .. . .
lowQualScore : 66666 00000 00 222 8 4 66 6 0 8 8 2 88 66 222222 222 0 0 0000 8 0 00 333 3 55 0000000000000000 0 555 222222 0 000 0 22222222 0 0 000000000000 222222 0 0 8 22222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 8 444444 777777 0 3 7 3 777 77 7 3 0 00 00000000000000 5 0 3 3 0000 333 777777777777777777777 33 5 000000 88 2 00 8 7 7 7 77 7 22 7 7 7 1111 444444 7 11 0 333333 0 0 55 555 0 2222222 2 777777777777777777777777777 1111111111111111111111 6 0 9999999 6 444 6 00 0 999999999999999 6 222222 1111 3 1 99 999999 0000000000000 999999999 11 6 11111 6 444 6 1111111 6 1 6 444 7777777777777777777777777777 2 00 6 6 111111111111 55 8 1 22 1 55555555555 11111 44444444 1111111111 8 333333 22 1 5 1 1 77777 55 1 66 2 22 1 8
consensus : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( family-1010 ) : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
gi|1 : TTACCCTCTGTCTGTA--C-TATATACATGTACCAGGA-TGATTACATACTGGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGTGCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCGA-T-ACATG--AAT-AATA-AT----GAAAGTGT--GAACCCT---T---GGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-ATAGGA-CA-AG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-CAA-TGGATTT--TGTAATCAAA-G-TGATTA--AA-G--GAC------------AGTTTTATACAGAAGTGGGCA-AATG--A-A-GTGAAT-ATAT-CGTCAAAGGGTC-AAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTT-TGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAT-ATGTATGGGG-TCTAATCA---TATAAAC--AAATGCAACA-TCTGTAA------TA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCACT-CATTTTAGAATG-AAATC-ATTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATT-GGTTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T----------T---------AAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TTA--T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCATT-A--------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TCA-----GATCTA--T----TGT----AT-TA--T---GCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TG-TATTTTGT-GC---T---G-------A-GAATC----------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCTTT------A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TACC-CATGTAC-C-AT-----TA-AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|10 : TTATCAAATTCCTACATATATAGAATATTTGGCTCATAGG--ATT-T----TATGT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA--T-A-AAT-GAAGC---ATC-ATGT-----AAACTT------T---------------------AAAACTTAAAAAAAAGAATA--------TAT-TCA--T--A-T-TAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCC-T-A--------A------TATGTA-----T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCTAT--------C----AT-T----------C-C-----C-TCC---TCT-T-G--T--TACCT---------T---G-------G-GA-------------TATA-GA--A-TGGTATTAT---T---CA---CAT---CTGTGCCCTT-TGA--A-ATATT-GTTT--------A-----T--------TAT----------------------C--G----CTTATGTAC-C-AT-----TG--T-AATG-GTGTTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : AGG-TATTGT----CATATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAAG-T-A-AAT-GA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCT------T----------T---------AAAACTT-------AAA--AAAAAGAAAATAT-TCA--TATC-C-TAGAAAATTTC-AGGAGTT--AGTCTGCTG--CCCCCT-A--------A------TAT-A------T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATC-----------T----AT-CA--T---GTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGTTACCT---------T---G-------G-GAAT-----------GA-ATGT--A-T-AT-TCAC---C---A-----------TGTGCCCTT-TGA--A-ATA----TTT--T-TAT-------T--------TAC----G-------------------------CTTATGTAC-C-AT-----TG-TT-AAT--GTGTTGAG--C-----GAAATGAAT
gi|12 : aatactattgcatctactatagaAAAATAA-AAAAGTAGTG-TTTGCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGGA--------------------TAAAA-ACGGCACTCTGTAA------TA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CCTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAAT-T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAAAACT----------T---------AAAAAAA-------AGA--TA--------TAT-TCA--T--T-TATAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGT--CCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-tg
gi|14 : AAAACT-------ATG--TA--------TGTCTCAATT--T-C-TAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTG--GTCTACTTT-ATTAAATTTA------CAT-G------T----ATATAA-ACTA-CTACGGGAGATCTATAT----TG-----AT-TAATT---GCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATG-TATTTTGT-GC---T---ATTCGTTCA-TAACAG---------TATATGT--A-T-GTAATAT---T---AA---TATAC-TT-TACCCTTGTGA--ACATATT-GTTTAAT-TATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTACCTCATGTACAC-AT-----TG-AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|15 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AAACTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG--AA--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCCTTCAT-------A------TAT-T------TATAAAT-CAA-ATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCC---CC----------TATCTTGTGGT---T---G-------T-GAA------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---TA---TATAC-TAATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATgac
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA--T-TTA-T-AA--C---GTA-AT-C-----AA-CTT------TAACACATTAAC---------AAAAACT-------ATG---A--------TAT-TCA--T--TTC-TCAAA---TC--AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCTTC-AT-------A------TAT-TA-----T----AT-CAATATTT-CCA-----AATATAT-T----TGTATACAT-CA--T---GCAC-C-----C-TCCCTATCT-T-G--TG-GAT----T-GC---T---G-------A-A--------------CATAAAT--A-T-GTATTAT---T---AT---AATAC--TATAGTGTT-T------ATA-T-A--------ATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|18 : g------T----AT-CAA-ATTT-TTA-----GATCTAT-C----TGTGTGTAT-TA--T---GCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TG-TATCTTGT-GC---T---A-------ATGAACATATACATTTGTATATGT--A-T-ATATTAT---TTATAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GGTT--TATATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTTCATGTAC-C-GT-----TGAAT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATtgaa
gi|19 : --------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TTA-----GATCTAA-T----TGT----AT---------GCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CG-TATTTTGT-GC---TATTG-------A-ACATA----------TATGTGTGCA-T-GTATTGTATAT---AAGTGTATAC-TAGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGCTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAt
gi|2 : tTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGTTGAAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----G-T-AATA-TA-GGGATTTCACTGTAA-TTTTGAACTT-AAA-TGTATTTGATGTAT-CAAA-GACGGTTA--A--G--GAG---------------TTTATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAA-TATAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTT-TGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGG-AAACCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGT-GGTTGGTTGGGGTTCCAA-CAAACTG---ACTAGAATCTGACACTCTGTAA-----ATACTCTGGTAAATT-G--CA-ACGAATACCACTTT-TCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGGATATTGG----CA-GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTT-A-A-T-GA--CAGTATC-AT-C-----AAAATT------T----------T---------AAAAACT-------atatatg
gi|24 : ttA-ATTCATCA-----AATCTAT-A----TGC----ATGCA--TTTGGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CG-TGTATTGT-GC---T---A-------A------------------TATGT--ACT-GTATTAT---T---TA---TGTAC-TTGTACTATT-TGA--A-ATA-TAGTTT--A-TATAA-----T--------TAttttttaaaaaa
gi|25 : tgt---GATTC--C--CG-TGGA--TTTTCTAATATT-TG----G-A-ACGATCA-GG---------GTAT-TCTC-ACTGTGAAA-TAGAT------TA--CAAACA-CAGTTA--AACA--GAGATAGAATGATAAA--TTTATACAGAAATGGTCG-ACTG--A-gggatatcgttatgtgc
gi|28 : tt---T---AA---TTTACATTGTACC-TT-TGACAA-AT--T-GTCTAAT-TACAA-----T--------T-T----A-T---GTA-AA---T--T--G-TACCTCATGTAC-CAATATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAcattaa
gi|3 : aTTATCCTTTGTATGTCGAT-AATATATAAA---CAGGAATGATATCCTACTGGGC-TAAATTGTTTTCAAGCCCTGG--AAATAAAACTGT-TTTGTTTTACA--CAAGTATCTA-CTAAT--GCC-TCAT-----T--ATA-GT----G-G-GTAC--ACATCCTATATATTGAGc
gi|3 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaATAA---GATAT--A--TG-TGGG--TTCTGCAATATC-TGTTCTG-A-ATGA-AA-T------CT-TGTAA-------ATGT-AAAATGGAATT--C--------A-G-CTGTTGTGAA-GCAAAG------------A--TTCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG--A--TATTATTGA-CT-CATC-AAGAGGTTAAACTATAAACT-ATTTAAGACAAGCTTTA-G--TTATGAAAaaagtataagatatatgtgggttctgcaatatctgttctgaatgaaatcttgtaaatgtaaaatggaattcagctgttgtgaagcaaagattcattcaaaaaaggccaggtgatattattgactcatcaagaggttaaactataaactatttaagacaagctttagttatgaaa
gi|31 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcattatcctttgtatgtcgataatatataaacaggaatgatatcctactgggctaaattgttttcaagccctggaaataaaactgttttgttttacacaagtatctactaatgcctcattatagtgggtacacatcctatatattgagaaagt---TATAC-GTGTACCCTT-TGA--A-ATA-TTGTTT--A-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAAT
gi|32 : ACACTCAGTAATACATGTA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGCAATTC-CTTAg
gi|34 : acgggtG-AAAA--T-T-A-TTGA--C---ATC-AT-C-----AAA--------------------T---------AAAAA-T-------ACT--CA--------T-T-TCA----------AAAA---TAC-AGGAGTT--ATTCTGCTGTCCC
gi|35 : --T--T-C-TAAAA---TCT-AGGGGTT--GGTATACTGTCCTCCTT-A--------AAATGTTTAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AA
gi|36 : --TG-TGGT--TTTCCCAATATT-TG----GAA-AGGA-CACTG-----CTCAGTAATTTTT-AATGTCAAC-TGGATTT--at
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGCCTTATTTAC-C-AT-----TG-AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAAT
gi|4 : tTTTTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC----TGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--tg
gi|6 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgcTTACCCTTTGTTTATC--AATATTTATA-----CAAGAATGATATCCTACTGGG-ATAGATTGTTCACATGTAC--TGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATA--CAAGTATTT-TGTAAA--G-CATCATAATAGTGGATACATGGCAGAA-GTGT--t
gi|7 : atgataagattgctgttccagtgttactttatggttgtaaattttggggttacgaaaagatagatattattgaacgagtacatttaaaattcttaaaatatattttcaacttaaaaaagcagtacaccttcgtatatggtatatggcgaaacagggcgG--CAGACAAATGCCACTTCATTTTAGAATGTAAATC-CCTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA--TCA-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAATTT------T---------------------AAAACT-------ACttgatatgtgtgaattttctagcatttggtgtgaacaaaatattgtaaatgtaaattggatttcaacggttctgaaacaaaggctactagaccaatttattcaaaaatggtttaagttgatattaaagactcatctagaag
gi|7 : gCT-------AAA--TA--------TAT-TCA--T--TTC-TAAAA---TCC-AGGAATTTTAGTCTGCTGCCCCCCTC-A--------A------TAT-T------T----TT-TGA-ATTC-CTT-----GATCTAT-TTGTGTGT----AT-TA--T---CAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TG-TATCTTGT-AC---T---A-------ATGAA------------CATATAT--G-T-GTAT-----------G---TA-----TGTACCCTT-TGA--A-ATATT-GTTC--A-TATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TACCTCATATA--C-AT-----TG-AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAcccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|8 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaaccccccccccccTCCAT-TTAGAATGTAAATC-ATTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGA-TATTGC----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAAT-T-A-A-T-GA--C---ATCAAT-CA----AAAATT------T----------TAAACTTAAAAAAAACT-------ATG--TA--------TTT-TCAT-T--T-C-TAAAA---TCC-AAGAGTT---GTCTGATGTCCCCATT-A--------A------TAT-TTACATGT----AT-TAA-ACTC-TC------AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---G-CC-C-----C-TCC---TCT-TCA---G-TATTTTGT-GCTATT---G-------A-ACATG----------TATATGT--A-T-G-AATAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T--TGT--T-TATA---------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAA
blockSeqs : CGAT AA AA CTA A AA A A A G AT AT GCC AAT G C GGCA . TG ATA A TT TGCGTTAACCTTTTTC C TAT GGACGA C TAA A TTCTGA A T GGGATTTCACT TTTTG G A TACAAACACAGTTAAACAGAGATAGAATGATAAA G C CAATAT AATTTT G T C A TTA AT G A G AC CAAATTTAAAAATT . T T T CCC AGG GTTCCAACAAACTGACT TC C TACATG CT A TT T C T AT A TC T T A CATA TATGCT A CC C TTTA A T AG AGT A CATGTA C TAACACATTAAC TAAAAAAAAGAATA A C TATC A AAT G TT C TTAAATTTA G TACATG ATAA A T AT ACGGGA TTGTATAC GCATTTG TT G GTGAT A CTA G CAGATG C T G TAT AATGAACATATACATTTG GC C G ATATAAGTG AT G CA C TTGTTTAAT CTAAT TATAAAAA TAAAGT TTTA TA T C A A ATAGA AA A TG G TA A G
blockSeqs : CAA . AA CTA T TC C T A G AT AT GCA G G . . . . . A . CC . A . GAA C . CTGCTCA TTTTT C . GATGTATCAAAGACGGTTAAGGAG T . AT GACT . T . A CT A . . A . . C GG T A C A . A . T C T C C . . . . . . . . . GTA A . . GC . GT C TAACACATTAAC AAAAAAAAGAAAA A . ATTT . GA . . . AAATGTT . A . . . G T TTGTATAC TAATT CC . . . . . CGTGT C T . . ATTCGTTCATAACAG . . . TTATAA C . . . TGTCTAAT . . ATGTA AAT . . C . . . TA . G G . . G
blockSeqs : TT . . . A AA A A G A . A GT G G . . . . . TA . G . GT T . TCTT TCTC . . CAGCTGTTGTGAAGCAAAGA C . C . . . . T C C C C . . . . . . . . . TTA . . . . . GT C TTAAACTTAAA AGATA A . TTT . . . . . TA . A . . . G T CTGTGTGT CAT CA . . . . . CATG T T . . ATTGAACATA . . . TCA T . . . TGGTTTA . . ATGTA A . . C . . . T . G . . . G
blockSeqs : TT . . . T AC A . . . . T GT . . . . . . . T . GA G . GG . . . . T T T C A . . . . . . . . . TTT . . . . . CA C TAAAACTT ATGTA G . TTT . . . . . TA . . . . . C A TTGTGTGT CAT CA . . . . . CACG C T . . GAACATG . . . TAA T . . . TTGCTTA . . ATT A . . C . . . A . G . . . A
blockSeqs : C . T A . . . . . . . . . . TTT . . . . . C C TT ATGAA A . TTT . . . . . A . . . . . C A ATTG CAT CC . . . . . CACG C T . . GGGAAT . . . TTA T . . . TAGTTTA . . AT A . . C . . . A . G . . . A
blockSeqs : . . . . . . TCA . . . . . C A TT ACTCA A . TTT . . . . . A . . . . . C A TTGT TAT CC . . . . . CATG T T . . AATGAA . . . TAT T . . . TTGTTTA . . AT T . . C . . . A . A . . . G
blockSeqs : . . TTA . . . . . C T T AAATA A . TA . . . . . A . . . . . T A ATGC TAT CC . . . . . GTG A T . . GTGAA . . . TTA T . . . TTGTTCA . . AT A . . C . . . A . . . . . G
blockSeqs : . . TA . . . . . C A T ATGTA T . TT . . . . . A . . . . . T A TTGT TAT AA . . . . . CAG C . . . GGGA . . . TAA G . . . TTGTTT . . AT A . . C . . . A . . . . . G
blockSeqs : . TT . . . . . C . T ATGA . . TT . . . . . A . . . . . C A C T C . . . . . GT T . . . GAA . . . TAA T . . . TTGTT . . AT A . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . C T T . . . . . . . . . . . . AA . . . CA . . . . TTTT . . AT A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . . TA . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***** ** *** AT GC**** GA****** CT********** TCT*** TTA*** TAACTTAA******************* TTT**** TTGTTGC****** ATGAA*********************** TTGTTTA****
originalCons : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGATATCCTACTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT--G-T-TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G-A-ANGA-CA-NG-----CTCTGTAA-TTTT-AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--T-A-A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTT------T----------T---------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCA--T--T-C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTAT-T----TGT----AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---T---G-------A-GAAT-----------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATA-T-GTTT--T-TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
finalCons : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGG--TGATATC---CTGGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGTGC----TCATG--AATGAATA-AT----GAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GATAC--C--TG-TGGT--TTTTCCAATATT-TGGA------ANGA-CACT----------GTAATCT---AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTTA--AA-G--GAG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG--A-ATGTGAATGATNT-CGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---TG---ACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAATTA---A-T-GA--C---ATC-AT-C-----AAACTTTAACTTAA-------------------AAAAACT-------ACG--TA--------TAT-TCATTT----C-TAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTATTTGTTGC------AT-TA--T---GCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GC---TATGAA-----------------------TATATGT--A-T-GTATTAT---T---AA---TATAC-TTGTACCCTT-TGA--A-ATATTGTTTA----TATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 33333 33 111 22222222 22 111 111 1 111 11 2222222 4444444444444444444 111 22222222 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 22222 1 111 22 1 1 11 55555555555555 1 1 1 1111 11 888888888888888888888 444444 11 11 1111 111111 111 1111111 444444444444 111 111 222222222222222 111111 33333333 1111111 444444444444444444444444444444 111 111111 11111111 1111111111 11 11
lowQualScore : 99999 11111 00 444 99999999 0 1 11 5 6 66 3 55 11 8 777 8 444 0 8 777 11 0 6 9999999 2 0000000000000000000 6 444 77777777 6 222 1 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 0 0 999999 44444 2 7 6 7 555 00 6 3 5 88 44444444444444 5 1 3 3 0000 44 333333333333333333333 88 2 444444 33 3 11 0 3 1 77 6 99 6 6 5 2222 666666 5 66 4 4 4 55 222 4 6666666 2 666666666666 4 8 33 777 4 4 3 111 3 55 4 111111111111111 3 666666 7777 3 3 33 999999 22222222 55 11 3 99999 3 666 3 1111111 2 3 555555555555555555555555555555 7777 3 666 111 555 3 0 0 3 3 222222 77777 00000000 4444444444 0 666666 44 3 1 3 3 77777 00 3 99 6 44 3 7
lowQualScore : ..... ..... .. ... ........ . . .. . . .. . .. .. . ... . ... . . ... .. . . ....... . ................... . ... ........ . ... . . .......................................................................................................................... . . . . ...... ..... . . . . ... .. . . . .. .............. . . . . .... .. ..................... .. . ...... .. . .. . . . .. . .. . . . .... ...... . .. . . . .. ... . ....... . ............ . . .. ... . . . ... . .. . ............... . ...... .... . . .. ...... ........ .. .. . ..... . ... . ....... . . .............................. .... . ... ... ... . . . . . ...... ..... ........ .......... . ...... .. . . . . ..... .. . .. . .. . .
lowQualScore : 66666 00000 00 000 00000000 8 4 66 6 0 44 2 88 66 0 444 0 222 0 0 444 00 8 5 8888888 5 0000000000000000000 7 000 00000000 7 555 0 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 0 0 8 444444 77777 0 3 7 3 777 77 7 3 0 00 00000000000000 5 0 3 3 0000 00 777777777777777777777 33 5 000000 88 2 00 8 7 7 77 7 22 7 7 7 1111 444444 7 11 0 0 0 55 555 0 7777777 3 888888888888 4 9 11 777 0 0 6 444 6 00 0 999999999999999 6 222222 1111 3 1 99 999999 99999999 00 11 6 11111 6 444 6 1111111 6 6 444444444444444444444444444444 7777 6 444 777 444 1 5 8 1 1 111111 11111 44444444 1111111111 8 333333 22 1 5 1 1 77777 55 1 66 2 22 1 8
consensus : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGGAATGAT---ATC---CT---GGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT-G-C-T-CATG--AATGAATA-ATGAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTAT-ATACGATGCGT-AA---TTTTCTATCATTA---GAT---AC-NTG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G------A-AGGA---CA----CT-----GTAA--TTTT---AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTT-------A--AA-G--G-----AGA-----------A--TTTATACAAAAATGGNCG-AATG-A--ATGTGAATGA-TNTCGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---T---GACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA-TTAA-TGA--C---ATC-AT-C-----AAACTTT-A--AAC-----TT-AA-AAAAACTATGTATAT-TCA-T-TTCTAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTATTTGT-TGCATTA--TGCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GCT-A-T--G--------AA------------CATATGT----A-TGTAT---TAT---TAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGAA-ATATTGTTTA--T---ATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
Reference ( family-1010 ) : TTATCCTCTGTCTGTC--T-TATATATA-----CAGG--TGAT---ATC---CT---GGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT-G-C-T-CATG--AATGAATA-ATGAA-GTGT--AAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTA---GAT---AC-CTG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G------A-ANGA---CA----CT-----GTAA--TCT----AATGT-AAA-TGGATTT--CGTA--CAAA-G-CGGTT-------A--AA-G--G-----AG------------A--TTTATACAGAAGTGGNCG-AATG-A--ATGTGAATGA-TNTCGTCGAAGGGGCTAAACTATAAANTAATTTAAGGTAAACTTTA-GGCTT-TGAAAGAATACTTTAAGCATCCTTTCAAATTTAAAAATTGGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAANAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTAGGATGTATGGGG-TCCAA-CA---T---GACTAAAATNCGACACTCTGTAA-----GTA--CTGGTAAATTAG--CAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CTTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA-TTAA-TGA--C---ATC-AT-C-----AAACTTT----AAC-----TT-AA-AAAAACTACGTATAT-TCA-T-TTCTAAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AATCTATTTGT-TGCATTA--TGCCC-C-----C-TCC---TCT-TCG--TG-TATCTTGT-GCT-A-T--G--------AA------------TATATGT----A-TGTAT---TAT---TAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGAA-ATATTGTTTA--T---ATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-AT-AAT--GT-TTGAG--CG-AATGAAATGAAT
gi|1 : TTACCCTCTGTCTGTA--C-TATATACATGTACCAGGA-TGATTACATA---CT---GGGCAAAAAATGTTTCAAGGC-CAAGAAAA-TAAAACTGTGCTTACAGTATA--TAGATATTTATTTAGTCG-A-TACATG--AAT-AATA-ATGAAAGTGT--GAACCCT---T---GGGTTGTTTTA--ATACGA------AA--------TAT--TTA---GAT---AC-CTG-TGGT--TTTTCCAATATT-TG----G------ATAGGA---CAAGCTCT-----GTAA--TTTT---AATGT-CAA-TGGATTT--TGTAATCAAA-G-TGATT-------A--AA-G--G-----AC------------AGTTTTATACAGAAGTGGGCA-AATG-A--A-GTGAAT-A-TATCGTCAAAGGGTC-AAACT-TAAAA-AATTTAAGGTAAACTTT--GGCTT-TGAAA-AAT--TTTAAGCATCCTTT--------------GGAAAACCTTAGTTAAATTCAGAACAA-CAAACCATCG-TTTGCCCCCATAGAAGTAGGTA-TATGTATGGGG-TCTAATCA---TATAAAC--AAATGCAACA-TCTGTAA------TA--CTGGTACATAAG--CAGACGAATACCAC-TCATTTTAGAATG-AAATC-ATTATCAACT--CTACGTA-A-AGAATA-TTGGTTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA--TAA-TGA--C---ATC-AT-C-----AAATTTT------------T-----AAAAACTATGTATTT-TTA---TTCTAAAA---TCC-AAGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCATT-A--------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TCA-----GATCTA----T-TGTATTA--TGCCT-C-----C-TCC---TCT-TTA--TG-TATTTTGT-GCT-G-A--G--------AATC----------TATATGT----A-TGTAA---TAT---TAA---TATAC-TTGTACCTTT----A-ATA-TGTTTT--T---ATAA-----T--------TAT----A-T---TCATAA---A--T--G-TACC-CATGTAC-C-AT-----TA-AT-AAT--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAAT
gi|10 : TTATCAAATTCCTACATATATAGAATATTTGGCTCATAGG--ATT-T----TATGT------ACCAAAACACACTGAAATTT--AG-AAAA-TAAA-TGAAGC---ATC-ATGT-----AAACTTTAA--AAC-----TT-AA-AAAAAAGA-ATATAT-TCA-T-AT-TAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGTCCCCC-T-A--------A------TATGTA-----T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCTAT-------CATT-------C-C-----C-TCC---TCT-T-G--T--TACCTTGG-GAT-A-T--A--------GA---------------ATG--------GTAT---TAT---TCA---CAT---CTGTGCCCTT-TGAA-ATATTGTTT----------A-----T--------TAT----------------------C--G----CTTATGTAC-C-AT-----TG--T-AATG-GTGTTGAG--CGAAATGAAA
gi|11 : AGG-TATTGT----CATATTATGCTACCAA--CACACTGAAATTT--AG-AAAA-GTAAATGA--CGC-ATC-ATGT-----AAACCTTTAA-AAC-----TT-AA-AAAAAAGAAA-ATAT-TCA-TATCCTAGAAAATTTC-AGGAGTT--AGTCTGCTG--CCCCCT-A--------A------TAT-A------T----AT-CAA-ATTC-GCT-----AATCT----------ATCA--TGTTC-C-----C-TCC---TCTGTCG--TGTTACCTTG--G--------G--------AA------------TGAATGT----A-TAT-T---CAC---CA-----------TGTGCCCTT-TGAA-ATATT-TTTA--T------------T--------TAC----G-------------------------CTTATGTAC-C-AT-----TG-TT-AAT--GTGTTGAG--C-----GAAATGAAT
gi|12 : aatactattgcatctactatagaAAAATAA-AAAAGTAGTG-TTTGCCC--AAAGAAGTAGGTAGGAGGTATGGA--------------------TAAAA-ACGGCACTCTGTAA------TA--CTGATAAATTAG--CAGACGA-CACCACTTCATCTTAGAATGTAAATC-CCTATCAACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGG-TATTGTCATACATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AAAA-TTAA-TGA--C---ATC-AT-CATGTAAAACTTTAA--AAC-----TT-AA-AAAAA--AGATATAT-TCA-T-TTATAAAA---TTC-AGGAGTT--AGTCTGCTGT--CCCTT-A--------A------TAT-T------T----AT-CAA-ATTC-tg
gi|14 : AAAACTATGTATGTCTCAAT-TTCTAAAAGA-TCAGAGAAGTT--AGTCTG--GTCTACTTT-ATTAAATTTA------CAT-G------T----ATATAA-ACTA-CTACGGGAGATCTAT--AT-TG-ATTAATTGCCTGC-----C-TCC---CAT-TCAGATG-TATTTTGT-GCT-A-TTCGTTCATAACAG------------TATATGT----A-TGTAA---TAT---TAA---TATAC-TT-TACCCTTGTGAACATATTGTTTAATT---ATGACTAATT--------TAT----ATT---TTATAC---A--T--GTTACCTCATGTACAC-AT-----TG-AT-AAG--GT-TTGAGTATG-AATGAAATAAAT
gi|15 : GAGAATT--AG-AGGA-TTTA-TAA--C---GTA-AT-C-----AAACTTT----AACACA--TT-AACAAAAACTATGAATAT-TCA-T-TTCTCAAA---TCC-AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCCTTCAT-------A------TAT-T------TATAAAT-CAA-ATTT-CCA-----AATATATTTGTATACATCA--TGCAC-C-----C-TCC---CC----------TATCTTGTGGTT-G-T--G--------AA------------CATAAAT----A-TGTAT---TAT---TTA---TATAC-T-------------A-ATAGTGTTTA--TATAATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---AATT--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT-AAATGAATgac
gi|16 : GAGAATT--AG-AGGA-TTTA-TAA--C---GTA-AT-C-----AA-CTTT----AACACA--TT-AACAAAAACTATG-ATAT-TCA-T-TTCTCAAA---TC--AGGAGTT--AGTCTGCATTCCCCTTC-AT-------A------TAT-TA-----T----AT-CAATATTT-CCA-----AATATATTTGTATACATCA--TGCAC-C-----C-TCCCTATCT-T-G--TG-GAT----T-GC----T--G--------AA------------CATAAAT----A-TGTAT---TAT---TAT---AATAC-T---------------ATAGTGTTTA--TATAATAA-----T--------TAC----A-TGTATTACAA---A--T--G-TG-CTGATGTAC-C--T-----CG--T--GT--AT-TTGAG--TG-AAT--AATGAATtga
gi|18 : g------T----AT-CAA-ATTT-TTA-----GATCTATCTGTGTGTATTA--TGCCT-CGTGATCATCC---TCT-TCA--TG-TATCTTGT-GCTAA-T--G--------AACATATACATTTGTATATGT----A-TATAT---TATTTATAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGAA-ATATGGTTTA--T---ATAA-----T--------TATTAAAG-T---ATATAATTTA--T--G-TACTTCATGTAC-C-GT-----TGAAT-AATG-GT-TTGAG--CG-AAT-AAATGGATtgaa
gi|19 : --------A------TAT-T------T----AT-TAA-ACTC-TTA-----GATCTAATTGT-------A--TGCCT-C-----C-TCT---TCT-TCA--CG-TATTTTGT-GCT-A-TT-G--------AACA----------TATATGTGTGCA-TGTAT---TGTATATAAGTGTATAC-TAGTACCCTT-TGAA-ATATTGCTTA--T---ATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--CG-AATAAAATAAAt
gi|2 : tTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGAT---ATC----T---GGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT-G-T-T-CATG--AATGAATA-ATGAA-GTGTTGAAACCCT---TATTGGGTTGTTTTATTATACGATGCGTTAACCTTTTTCTATCATTATATGATAGGACGATGCTGGTAATTTTCAATTATTATG----GTAATATA-GGGATTTCA----CT-----GTAA--TTTTG--AACTT-AAA-TGTATTTGATGTAT-CAAA-GACGGTT----------AA-G--G-----AG---------------TTTATACAAAAGTGGGTGCAACGCAATATGTGAATAATTTTCGTCGAAAGAGCTAAA-TATAAATTAATTTAAGGTAAACTTTATGGCTT-TGAGAGAATACTTTAAGCATTCTTTCAAATTTAAAAATTGG-AAACCTTAGTTAAATTCAGAAAAATCAAACCATCGTTTTG---CCATAGAAGTAGGT-GGTTGGTTGGGGTTCCAA-CAAACT---GACTAGAATCTGACACTCTGTAA-----ATACTCTGGTAAATT-G--CA-ACGAATACCACTTT-TCTTTGAATGTAAATCATTTATCAA-T--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGGATATTGG----CA-GT------ACCAAA-CCCACTGAAATTTCCAGCAGAATTTAA-TGA--CAGTATC-AT-C-----AAAATTTTAAAAACTTTTTTT-AA-AAAAatatatg
gi|24 : ttA-ATTCATCA-----AATCTATATGCATGCATTT--GGCCT-C-----C-TCC---TCT-TCA--CG-TGTATTGT-GCT-A----------------------------ATATGT----ACTGTAT---TAT---TTA---TGTAC-TTGTACTATT-TGAA-ATATAGTTTA--T---ATAA-----T--------TA
gi|25 : tgt---GAT---TC-CCG-TGGA--TTTTCTAATATT-TG----G------A-ACGAT--CA----GG-----GTAT--TCTC---ACTGTGAAA-TAGAT------TA--CAAACA-CAGTT-------A--AACA--G-----AGATAGAATGATAAA--TTTATACAGAAATGGTCG-ACTG-A--gggatatcgttatgtgc
gi|28 : tt---TAA---TTTACATTGTACC-TT-TGAC-AAATTGTCTAATT---ACAA-----T--------T-T----A-T---GTA-AA---T--T--G-TACCTCATGTAC-CAATATAGATGTAT-AGTTGGT-TTGAA--CA-AATAAACTGAAcattaa
gi|3 : aTTATCCTTTGTATGTCGAT-AATATATAAA---CAGGAATGAT---ATC---CTACTGGGC-TAAATTGTTTTCAAGCCCTGGAAA--TAAAACTGT-TTTGTTTTACA--CAAGTATCTA-CTAAT-GCC-T-CAT-----T--ATA-GTG-G-GTAC--ACATCCTATATATTGAGc
gi|3 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcaATAA---GAT---AT-ATG-TGGG--TTCTGCAATATC-TGTTCTG------A-ATGA------------------AA--TCTTGTAAATGT-AAAATGGAATT--C--------A-G-CTGTT-------GTGAA-GCAA-----AG------------A--TTCATTCAAAAAAGGCCA-GGTG-A---TATTATTGA--CTCATC-AAGAGGTTAAACTATAAACT-ATTTAAGACAAGCTTTA-G--TTATGAAAaaagtataagatatatgtgggttctgcaatatctgttctgaatgaaatcttgtaaatgtaaaatggaattcagctgttgtgaagcaaagattcattcaaaaaaggccaggtgatattattgactcatcaagaggttaaactataaactatttaagacaagctttagttatgaaa
gi|31 : aaaacctaggtatttgggattttttcagatcaggtcatttcccttctttgttacagtaagcaaaaaaagcatttgtctgaacaaccacaaaaagccatgtatgttgtgataagaaaatcaagacaattatatttaccagttgaccgtcaaatcgatctgtttgataagattgttgttccagtgttattttatgaatgtgaaatttggggttagaaaaacatatgcattattcttataattcttaaaacgtacttttaatttaaaaagcagcacaccttcgtatatggtatatgacaaaacagagcattatcctttgtatgtcgataatatataaacaggaatgatatcctactgggctaaattgttttcaagccctggaaataaaactgttttgttttacacaagtatctactaatgcctcattatagtgggtacacatcctatatattgagaaagt---TATAC-GTGTACCCTT-TGAA-ATATTGTTTA--T---ATAA-----T--------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGCAC-C-AT-----TG-AT-AATG-GT-TTGAG--TG-AAAGAAATAAAT
gi|32 : ACACTCAGTAATACATGTA--CTGGAAAATTAGTTCAGACGAATACCACTTCATCTTAGAATGCAATTC-CTTAg
gi|34 : acgggtG-AAAA-TTAT-TGA--C---ATC-AT-C-----AAA-----------------T-AA-AAA---------TAC-TCA-T-TTCAAAAA---TAC-AGGAGTT--ATTCTGCTGTCCC
gi|35 : -TTCTAAAA---TCT-AGGGGTT--GGTATACTGTCCTCCTT-A--------AAATGTTTAT-T------T----AT-CAA-ATTC-CCA-----AA
gi|36 : TG-TGGT--TTTCCCAATATT-TG----GA-----A-AGGA---CA----CTGCTCAGTAATTTTT----AATGTCAAC-TGGATTT--at
gi|37 : -----T--------TGT----A-T---TCATAA---A--T--G-TGCCTTATTTAC-C-AT-----TG-AT-AATA-GT-TTGAG--CG--AT-AAATGAAT
gi|4 : tTTTTCCTCTGTCTGTT--T-TATATATA-----CAGG--TGAT---ATC----T---GGGCATAAAATGTTCAAAAGCACAAGAAAAATAAAACTGTGTTTACTTTATAATTAGATATTTATTTAGT-G-T-T-CATG--AATGAATA-ATGAA-GTGT--tg
gi|6 : catggtgtattgttctcatggaaattgattgttaaatattgagaaaacaaaatattagtgttctacaaaaggttccaaagcctaaaaatatattttattatttgataataatgttgttgagggtgaatgaatttaaatatttaggtattattttattttctagaagtggatccttttataaagccaaaaaaacattttagtctgaacaagcccaggaaagcaatgttggcattatgtagaaaataagaacattcaattttaccattggaacacaacaattggatttttgccttataaagtgggaatgcgcaagtattgtatcgtctatggttagcgaaattatggtgggtagtaaaaaatctgagatatctatctgaaagagtacatttttaaaaattcctaaaatagtatatctactgtatgtgaaaagtgtaccaaccatcgtatatggtttttattggtttgaatcagtgttcgcTTACCCTTTGTTTATC--AATATTTATA-----CAAGAATGAT---ATCCTACT---GGG-ATAGATTGTTCACATGTAC--TGAAAATAAAGTTGTATTTGTTTTATA--CAAGTATTT-TGTAAA-G-CAT-CATAATAGTGGATACATG-----GC--AGA-----------AG--TGTTTGAT------ATGTGTGAA---TTTTCTAGCATTT---GG--------TG-TG----------AACA----------------A-A--A---TA----TT-----GTA----------AATGT-AAATTGGATTT--C--------A-A-CGGTTCTGAAACA--AA-G--GCTACTAGACCA--------A--TTTATTCAAAAATGGt
gi|7 : atgataagattgctgttccagtgttactttatggttgtaaattttggggttacgaaaagatagatattattgaacgagtacatttaaaattcttaaaatatattttcaacttaaaaaagcagtacaccttcgtatatggtatatggcgaaacagggcgG--CAGACAAATGCCACTTCATTTTAGAATGTAAATC-CCTATCGACT--CTACGAA-A-AGAATATTTGGCTTCTAGA-TATTGT----CATGT------ACCAAA-CACACTGAATTTT--AA-AGAA-TCAA-TGA--C---ATC-AT-C-----AAATTTT----AAtttaagttgatattaaagactcatctagaag
gi|7 : gCTAAATATAT-TCA-T-TTCTAAAA---TCC-AGGAATTTTAGTCTGCTGCCCCCCTC-A--------A------TAT-T------T----TT-TGA-ATTC-CTT-----GATCTATTTGTGTGTATTA--TCAAT-C-----T-TCC---TCC-TCA--TG-TATCTTGT-ACTAA-T--G--------AA------------CATATAT----G-TGTAT-----------G---TA-----TGTACCCTT-TGAA-ATATTGTTCA--T---ATAA-----TTATAAAAATAT----A-T---TTATGT---A--CTAG-TACCTCATATA--C-AT-----TG-AG-ACG--AT-TTGAG--CG-AATGGAAaactaccccctcccccaccaaccccccccccccctaaatatattcatttctaaaatccaggaattttagtctgctgcccccctcaatattttttgaattccttgatctatttgtgtgtattatcaatcttcctcctcatgtatcttgtactaatgaacatatatgtgtatgtatgtaccctttgaaatattgttcatataattataaaaatatatttatgtactagtacctcatatacattgagacgatttgagcgaatggaa
gi|8 : ggcagacaaatgccacttcattttagaatgtaaatccctatcgactctacgaaaagaatatttggcttctagatattgtcatgtaccaaacacactgaattttaaagaatcaatgacatcatcaaattttaaaactaccccctcccccaccaaccccccccccccTCCAT-TTAGAATGTAAATC-ATTATCAAAT--CTACGTA-A-AGAATATTTGGTTTCTAGA-TATTGC----CATGT------ACCAAA-CACACTGAAATTT--AG-AGAA-TTAA-TGA--C---ATCAAT-CAA---AAATTTTA---AAC-----TTAAA-AAAAACTATGTATTT-TCA-T-TTCTAAAA---TCC-AAGAGTT---GTCTGATGTCCCCATT-A--------A------TAT-TTACATGT----AT-TAA-ACTC-TC------AATCTATTTGT----ATTA--TG-CC-C-----C-TCC---TCT-TCA---G-TATTTTGT-GCT-ATT--G--------AA------------CATGTAT----A-TGTATGAATAT---TAA---TATAC-TTGTACCCTT-TGAA-ATATTGTTTA--T---A-----------------TAT----A-T---TTATAA---A--T--G-TACCTCATGTAC-C-AT-----TG-ATAAAG--GT-TTGAG--TG-AATGAAATAAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATTTCTATTTATATATGATTGAAGATTTTTGTAGGAAAGAACATGCTGGTTACAAACTATCAGCACTTCTATGAAGATGAGTTATTTTTGTACCTAAAGCTTTCTGTATGTTCATGTGATGAGGTTATTCACGGCGGATGCAGATGATCTTCAAAAAGCATTATATGAGTTCCATGTGTATTTGTTCTCATGGAAATTGTTGTAAATGTCGAGAAAATAAAAATATAGTGTCTCAAAAGGTCACCTAGAAATTTACTTTTTTATGAAAAGTTTTACAGTGTGAATGAATTTAAATATTGGTATTATACTAGAAGTGATCTTTATAAAAGCCAAAAACATTTAGTCGAACAAGTCCAGAAGCAATGTATGCATTATTAGAAAAAATAAGACAATTCAATTTACCATTAGAGCAACAATTTTGATTTATATTGATAATGTAATGCCAGTTATTACTCATAGGTTGCGAAATTTGGGGTACGAAAATCTAGATATCATCGAAAGTTCTGAAATATATTTTATGTATGAAAAGTAGTACACTTCGTATATGGTTTATGGTGAATCAGGTCGCTTTC
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACACCATGTATGGAGTGATATTTAGACAATTAGACTATTTCATTTACCTGTAGAATGTCAGCTAGATTTGTTTAATGTGGTTGATGTACCTGTACTTTTATATTTTTGTGAGGCAAGGGATTTCAAAAGTCTCGAGATTATTGAGCATTTAAAATTAAAATGTCTAAAACATAGTTATAGTTTGAGAGGTAAATCTTCAAGTGATATGGTCTATAAAGAAACTGGTTGCTTCCCTTTATACGTAACATTTTATGCAAAAATGAAATATCACAGGGCAAAACTACTTCTAAGTCCAGCGAGTAAGATTCTGTATGTTTTATATAAGTTTTTAT
Unaligned ( gi|13 ): TTATTTTCCTATCTTATATTACTGAATTGGAAATCTCTTATTGAGGAAGGACCATTTGTTGGCATTTACAAACGCATATCAGCACTATTATTGAAGCACATGAGTTATTCTTTGTACATAAAGCTTCTGTATTGTTCTTTGTGATGATACGTCTATACTATGGCGGAAACTGCAGCTGATCTTAAAAAAGCTAGATGAGTTCCAGGTGCACTAGTTCTCAATGGAAATTGATTGTAAATGTTGAGATAACAAAAATATTATTGTTCTCAAAAGGTCCAAAGCCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): AAATTGAAATTGTCAAAGAATTTAGATACTTGGGAATTATTTTTTCAAGAACAGGTTCTTTCTATAACACTAGGAAATACGCTGAGCAAAGGGCAACCAGAGCTATGTATGGCATCATTAGAAAGACAAGAGAACTTAATTTATTTATTGATTGTCAACTTGATATGTTTGATAAAATGGTTGTTCCGATATTTCTTTATGGGTGTGATCTATGGGGTTTTGAAAATTTAGGTATCATCGAGAGATTGCATCTAAACT
Unaligned ( gi|20 ): GTATTTAAATTGCCAGTAGAATGTCAGCTAGATCTGTTTGATAAAGTTGTTGTACCTGTACTTTTGTATGGTTGTGAAATATGGGGTTTCGAAAATCTCGAAATTATTGAGCGTATCCACTTAACATTTCTAAAATTTAATTTTAATTT
Unaligned ( gi|21 ): CAGACATTTTTTAACATGTGGGTTTTCAGATATACTGTATCAACAAGGATTTATAAGTGTAAAGTGGATTACCGATACTGTGAAACAAAGTTTACTTGATCAATTAGTTCAAAGGTGCTCCAGTGATGTTTAAGGTTTATCCAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATCTATCGATTGTCAACTGTGATAAATTTGTGATAAAATTGGTTGTTTCTTTTGATACTTATCTTATATGGGTGTTGAACTATGGGGTTTTTGAAAATTTGGGTATCATCAAAATTTGAGAGATTGCATCTAAAATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAAAAGCAATAGGTGCGATCCACGTTTGCTGTTCTCAATGGAAGTTGGTTGTAAATGTTATTAAAAAACCAAAATGTTCTCAAAGACTCTAAGCCGATAAATGTTTTTGACAACAATAATGTTGTTAAAAGTGTGAA
Unaligned ( gi|26 ): TAATACTTATGAGTTATATTCTCAAGGACGGATTCTCTTTAAAGCATTAGAAAATGTTGAACAAAAAATAACCAGAGTTTTGTATGCCATAATTATAAAAAATAAAAGAGCTATCTAT
Unaligned ( gi|27 ): CAAGAGAACTTAATTTATCTATTGATGTTTGCTAAAATGGTTGTCCCGATACTTCTTTATGGATGTGAACTATGGAATTTTGAAAATTTAGGTATCATCATGAGATT
Unaligned ( gi|29 ): AGAATTGTTGTTCCAGTATTATGGGGCTATAAAAATCTTGAAATTATTGAACGTGTACATGAAAAAAAATTAAAACATATTTTTCGTTTAAAGAGTAGTACAC
Unaligned ( gi|30 ): CTTTATGGTTGTAAAATTTGAGTTTTTCGAAACCTTGATATGAGCGTGTACAACTTGAATTTTTAAGACATGTTTTCAATTTTCAAAAGTATTA
Unaligned ( gi|33 ): ACATGTACCTGTTAGATGGGTTTCTTCCGTAGTTTTTCAAATCCTCAATGACCAATTTATACAGAAATGGCGTAA