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lowQualScore                  :             22222       0      99999999999999    55555  000000  2  2     444     6  444444444  33   2    
lowQualScore                  :             .....       .      ..............    .....  ......  .  .     ...     .  .........  ..   .    
lowQualScore                  :             33333       4      99999999999999    99999  222222  4  4     111     0  333333333  22   5    
consensus                     :  TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC---G-GG---GGGTATC-----AC----TTAG-TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
Reference ( gi|5 )            :  TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC---G-GG---GAGTATC-----AC----TGAG-TG-AGCTT---TGCTCGCAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|7                          :  TGAATGATTTTA----TACCTACGGGGGAG------GG---G----TC-----AC----TAAG-TG-AGCTT---TACTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|3                          :  TGAATGATTTTA----TACCTACTGGGGAGT---G-GGAGGGAATATC-----AC----TAGG-TG-GGCTT---TGCTCAGAGT-------AT--TTC-TGGT
gi|2                          :  TGAATTATTTTA----TACCTACACGGGAGCAG-G-GG---GAATTTC-----ATTTAATGAGCTG-AGCTT---TGCCCACA---------CT--TTC-CAGTt
gi|4                          : cTAAATGATTTTAATTATATCTACAGGGGGGT----------------------AC----TTGG-TG-AGCTT---TGCTCACAGTTATGAGCAT--TTC-TAGTtgc
gi|1                          :  TGAATGATTT-A----TACCTACAGGGGAGCGGGG-GG---GGGTGGCGGGGAAC----TAGT-TC-AGCTC---AGCTCACAGT-------TTGATTC-TAt
gi|16                         :  TAAATGGTTTTA----TACCTACAGGG-------------------------------------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGTagt
gi|12                         : cTGAATAATTTT-------------GGGGGAT---A-GG---GGGTATC-----AC----TTCG-TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------GA--TTC-TAt
gi|14                         :   GAATGATTTT-------------GGGAAGT---G-------AATATC-----AC----TTAG-TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAG
gi|15                         :  cGAATGATTTT-------------GGGAAGT---G-------AATATC-----AC----TTAG-TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-a
gi|8                          :   ccATGATTGTA----TACCTACAGGGGAGT---T-GG---AGGTATC-----AC---------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|6                          :      TGATTTTC----TACCTACAAAATGGCA--G-GG---GGGGATC-----AC----TAAG------CTT---TGCTCACAGT-------AT--CTCTTAGT
gi|11                         :          TTTA----TACCTACAAGGGAGT---GTGG---GGGTATT-----AC----TTAG-TG-AGTTT---TGCTCACAGC-------AT--TTtt
gi|17                         :                          GGGGGGG---G-GG---GGGTATC-----AC----TTAA-TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------AT--TTC-
gi|9                          :                       ttgGGGGAGT---A-GG---GGCTATC-----AC----TTGG-TG-AGCTT---TGCTCATATA-------AA--TTC-TAGT
gi|18                         :                   aatgataattgAGC---G-GG---GGGTATC------C----TTAG-TG-AGCAT---TGCTCACAGT-------AC--CTC-TTGT
gi|13                         :                                 ---G-GG---GAGCAGC------C----TGGG-GGTAGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGT
gi|10                         :                                  ctaaatgattttgATC-----AC----TTAG-TG-AGCTTAAATGCTCACAG--------AA--TTC-TAGTttt





Alignments
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lowQualScore                  :                       00000       0      999999999 0  111  0 55555   77777777  2     333         22222222  33   2    
lowQualScore                  :                       .....       .      ......... .  ...  . .....   ........  .     ...         ........  ..   .    
lowQualScore                  :                       44444       8      666666666 7  555  4 66666   77777777  2     999         77777777  11   4    
consensus                     :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
Reference ( family-99 )       :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|1                          :            TGAATGATTT-A----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGGGGGTGGCGGGGAACT-AG-----TTCAGCTC---AGCTCACAGT-------TTGATTC-TA
gi|10                         :                                                           ATC-----ACTTAG-----TG-AGCTTAAATGCTCACAG--------AA--TTC-TAGTagt
gi|11                         : ttggcatttggtagcaaaaTTTA----TACCTACAAGGGAGT-GTG----GGGG---TATT-----ACTTAG-----TG-AGTTT---TGCTCACAGC-------AT--TTtt
gi|12                         :            TGAATAATTTT-------------GGGGGAT-A-G----GGGG---TATC-----ACTTCG-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------GA--TTC-TA
gi|13                         :            TAAATGATTTTG------------GGGGAGC-A-GCCTGGGGG---TA----------------------GCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGT
gi|14                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGttt
gi|15                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-a
gi|16                         :          ccTAAATGGTTTTA----TACCTACAGGG---------------------------------------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|17                         :                                   cGGGGGGG-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAA-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------AT--TTC-t
gi|18                         :                                     ttgAGC-G-G----GGGG---TATC------CTTAG-----TG-AGCAT---TGCTCACAGT-------AC--CTC-TTGT
gi|2                          :            TGAATTATTTTA----TACCTACACGGGAGC-A-G----GGGGAA-TTTC-----ATTTAATGAGCTG-AGCTT---TGCCCACA---------CT--TTC-CAGT
gi|3                          :           cTGAATGATTTTA----TACCTACTGGGGAGT-G-G----GAGGGAATATC-----ACTAGG-----TG-GGCTT---TGCTCAGAGT-------AT--TTC-TGGTtgc
gi|4                          :            TAAATGATTTTAATTATATCTACAGGGG-------------GG---TA--------CTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGTTATGAGCAT--TTC-TAGTt
gi|5                          :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGAG---TATC-----ACTGAG-----TG-AGCTT---TGCTCGCAGT-------AT--TTC-TAGTt
gi|6                          :                TGATTTTC----TACCTACAAAATGGCAG-G----GGGG---GATC-----ACT---------A-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--CTCTTAGT
gi|7                          :            TGAATGATTTTA----TACCTACGGGGGAG----------GGG---T--C-----ACTAAG-----TG-AGCTT---TACTCACAGT-------AT--TTC-TAGTtt
gi|8                          :               ATGATTGTA----TACCTACAGGGGAGT-T-G----GAGG---TATC-----AC---------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|9                          :                                    GGGGAGT-A-G----GGGC---TATC-----ACTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCATATA-------AA--TTC-TAGT





Alignments
lowQualScore                  :                       11111                           111                                        11111111            
lowQualScore                  :                       00000       0      999999999 0  111  0 55555   77777777  2     333         22222222  33   2    
lowQualScore                  :                       .....       .      ......... .  ...  . .....   ........  .     ...         ........  ..   .    
lowQualScore                  :                       44444       8      666666666 7  555  4 66666   77777777  2     999         77777777  11   4    
consensus                     :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
Reference ( family-99 )       :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|1                          :            TGAATGATTT-A----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGGGGGTGGCGGGGAACT-AG-----TTCAGCTC---AGCTCACAGT-------TTGATTC-TA
gi|10                         :                                                           ATC-----ACTTAG-----TG-AGCTTAAATGCTCACAG--------AA--TTC-TAGTagt
gi|11                         : ttggcatttggtagcaaaaTTTA----TACCTACAAGGGAGT-GTG----GGGG---TATT-----ACTTAG-----TG-AGTTT---TGCTCACAGC-------AT--TTtt
gi|12                         :            TGAATAATTTT-------------GGGGGAT-A-G----GGGG---TATC-----ACTTCG-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------GA--TTC-TA
gi|13                         :            TAAATGATTTTG------------GGGGAGC-A-GCCTGGGGG---TA----------------------GCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGT
gi|14                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGttt
gi|15                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-a
gi|16                         :          ccTAAATGGTTTTA----TACCTACAGGG---------------------------------------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|17                         :                                   cGGGGGGG-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAA-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------AT--TTC-t
gi|18                         :                                     ttgAGC-G-G----GGGG---TATC------CTTAG-----TG-AGCAT---TGCTCACAGT-------AC--CTC-TTGT
gi|2                          :            TGAATTATTTTA----TACCTACACGGGAGC-A-G----GGGGAA-TTTC-----ATTTAATGAGCTG-AGCTT---TGCCCACA---------CT--TTC-CAGT
gi|3                          :           cTGAATGATTTTA----TACCTACTGGGGAGT-G-G----GAGGGAATATC-----ACTAGG-----TG-GGCTT---TGCTCAGAGT-------AT--TTC-TGGTtgc
gi|4                          :            TAAATGATTTTAATTATATCTACAGGGG-------------GG---TA--------CTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGTTATGAGCAT--TTC-TAGTt
gi|5                          :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGAG---TATC-----ACTGAG-----TG-AGCTT---TGCTCGCAGT-------AT--TTC-TAGTt
gi|6                          :                TGATTTTC----TACCTACAAAATGGCAG-G----GGGG---GATC-----ACT---------A-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--CTCTTAGT
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gi|8                          :               ATGATTGTA----TACCTACAGGGGAGT-T-G----GAGG---TATC-----AC---------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|9                          :                                    GGGGAGT-A-G----GGGC---TATC-----ACTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCATATA-------AA--TTC-TAGT


blockSeqs                     :                       AATTA              CAGCCTG      GAA    .       TAATGAGC  .     AAA         TTATGAGC  .    T
blockSeqs                     :                       A                  TGTG         AA     .       TAG       .     .           C         .    .
blockSeqs                     :                       G                  CAGG         .      .       TAG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  TAG          .      .       TCG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  TGA          .      .       TAG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  TGA          .      .       TAG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  GGG          .      .       TAA       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       C                  CGG          .      .       TAG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  CAG          .      .       AGG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       A                  TGG          .      .       TGG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       .                  CGG          .      .       GAG       .     .           T         .    .
blockSeqs                     :                       .                  TTG          .      .       AAG       .     .           A         .    .
blockSeqs                     :                       .                  TAG          .      .       TGG       .     .           .         .    .
blockSeqs                     :                                          .            .      .       .         .     .           .         .    .
blockSeqs                     :                                          .            .      .       .         .     .           .         .    .
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blockSeqCons                  :                                                       ***    *****   TAG*****                              **
originalCons                  :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
finalCons                     :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT





Alignments
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lowQualScore                  :                       00000       0      999999999 0  111  0 55555   77777777  2     333         22222222  33   2    
lowQualScore                  :                       .....       .      ......... .  ...  . .....   ........  .     ...         ........  ..   .    
lowQualScore                  :                       44444       8      666666666 7  555  4 66666   77777777  2     999         77777777  11   4    
consensus                     :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
Reference ( family-99 )       :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|1                          :            TGAATGATTT-A----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGGGGGGTGGCGGGGAACT-AG-----TTCAGCTC---AGCTCACAGT-------TTGATTC-TA
gi|10                         :                                                           ATC-----ACTTAG-----TG-AGCTTAAATGCTCACAG--------AA--TTC-TAGTagt
gi|11                         : ttggcatttggtagcaaaaTTTA----TACCTACAAGGGAGT-GTG----GGGG---TATT-----ACTTAG-----TG-AGTTT---TGCTCACAGC-------AT--TTtt
gi|12                         :            TGAATAATTTT-------------GGGGGAT-A-G----GGGG---TATC-----ACTTCG-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------GA--TTC-TA
gi|13                         :            TAAATGATTTTG------------GGGGAGC-A-GCCTGGGGG---TA----------------------GCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGT
gi|14                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-TAGttt
gi|15                         :            cGAATGATTTT-------------GGGAAGT-G-A----A------TATC-----ACTTAG-----TG-AGCTT---TGCTCACAG--------AT--TTC-a
gi|16                         :          ccTAAATGGTTTTA----TACCTACAGGG---------------------------------------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|17                         :                                   cGGGGGGG-G-G----GGGG---TATC-----ACTTAA-----TG-AGCTT---TGCTCACA-T-------AT--TTC-t
gi|18                         :                                     ttgAGC-G-G----GGGG---TATC------CTTAG-----TG-AGCAT---TGCTCACAGT-------AC--CTC-TTGT
gi|2                          :            TGAATTATTTTA----TACCTACACGGGAGC-A-G----GGGGAA-TTTC-----ATTTAATGAGCTG-AGCTT---TGCCCACA---------CT--TTC-CAGT
gi|3                          :           cTGAATGATTTTA----TACCTACTGGGGAGT-G-G----GAGGGAATATC-----ACTAGG-----TG-GGCTT---TGCTCAGAGT-------AT--TTC-TGGTtgc
gi|4                          :            TAAATGATTTTAATTATATCTACAGGGG-------------GG---TA--------CTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCACAGTTATGAGCAT--TTC-TAGTt
gi|5                          :            TGAATGATTTTA----TACCTACAGGGGAGC-G-G----GGAG---TATC-----ACTGAG-----TG-AGCTT---TGCTCGCAGT-------AT--TTC-TAGTt
gi|6                          :                TGATTTTC----TACCTACAAAATGGCAG-G----GGGG---GATC-----ACT---------A-AGCTT---TGCTCACAGT-------AT--CTCTTAGT
gi|7                          :            TGAATGATTTTA----TACCTACGGGGGAG----------GGG---T--C-----ACTAAG-----TG-AGCTT---TACTCACAGT-------AT--TTC-TAGTtt
gi|8                          :               ATGATTGTA----TACCTACAGGGGAGT-T-G----GAGG---TATC-----AC---------TA-AGCTT---TGCTTACAGT-------AT--TTC-TAGT
gi|9                          :                                    GGGGAGT-A-G----GGGC---TATC-----ACTTGG-----TG-AGCTT---TGCTCATATA-------AA--TTC-TAGT