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lowQualScore                  :             6    2     888           3333  33 22  22  7     8888888888  22 444 888888    5555555555555555 222    4    5          
lowQualScore                  :             .    .     ...           ....  .. ..  ..  .     ..........  .. ... ......    ................ ...    .    .          
lowQualScore                  :             6    9     666           9999  88 22  22  3     6666666666  11 444 333333    8888888888888888 999    0    0          
consensus                     :        TTAAAATCAGNTCCTT-N-GATCCGCTCAC--T-TA--G--AT--CGCTACAC---T------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGANCTGATTTTAATCAGA
Reference ( gi|12 )           :        TTAAAGTCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--T-TA--G--AT--CGTTACAC---T------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGAGCTGACTTTAATCAGA
gi|8                          :        TTAACATCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--T-TA--G--AT--CACTAAGT---G------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGAGCTGATTTTATTCAGA
gi|13                         :  gtatgaTTACAGTCAGCTCCGT-A-GATCCGCTCAC--T-TG--G--GT--CGTTAC-C---T------AA--T----------GATCT---------------A---AGGTGCTGATTTTAACCA
gi|13                         :     ttaTTAAAATCAGCACCTT-A-GATC-----A---T-TA--G--GTAACG--ACCCAAGTG-----AG--C---G------GATCT---------------A---CGGAGCTGACTGTAAT
gi|4                          :      ttTTAAAATCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--T-TA--G--AT--CGCTACAC---T------A-------G------GATCTG--------------A---ATCAGCTCGCTTcca
gi|25                         :   tctgaTTAAAATCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--T-TA--G--AT--TGCTACAC---agaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|9                          :   tctgaTTATATTCAGATCCTT-T-GATACGCTCAC--A-TA--G--AT--CGCTA-AT---TGTG---AG--C---G------GATCA---------------A---AGGGTCTGA-TTTAATCAGA
gi|9                          :       aTTAAA-TCAGACCCTT-T-GATCCGCTCACAAT-TAGCG--AT--C--TATGT---G------AG--C---G------TATCA---------------A---AGGATCTGAATATAATCtc
gi|23                         :  atctgaTTAAAATCAGCTCCGT-A-GATCCGCTCAT--T-TA--G--AT--TGCAACAC---T------AG--
gi|11                         :     tgaTTAAAATCACTTCCTT-T-GATTCGCTCAC--G-TA--T--AT--CGCT-C----------------C---G------GATCA---------------A---AGGATGTGATTTTAATCAGAg
gi|11                         :   tctgaTTAAAATCACATCCTT-T-GATCCG-------------G--AG--CGATATACG--TG-----AG--C---G------AATCA---------------A---AGGAAGTGATTTTAATCAGAt
gi|29                         :        TTAAAGTCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--tcagat
gi|24                         :  atctgaTTAAAATCAGTTCCTT-T-AATCCGCTCAC--G-TA--G--AT--CGCTA
gi|14                         :  agttgaTTAAAATTAGATCCTT-T-GATCCGCTCCC--A-TAC-T--AT--CGCTACAC----------A----------------------------------A---AGGATCTAATTTTAATTAGAtg
gi|19                         :      aaTTAAAATTAGATCCTT-T-GATCCGCTCACG-TATA--G--AT--CGCTAt
gi|5                          :    ctaaTTAAAATCAAATCCTG-A-GA----CTC------TA-----AT--CGTTACAC---TGGAAACAG--G---GTAAC--GAT-T---------------AGAGAGGATCTGATTTTGATTAGAgctaattttaattagatt
gi|1                          :      aaTTAAAATCAAATCTTTTATAATCCGCTCACA-G-GA--G--AT--CGCGGCAC---T------AG--CT--GTGTTGCGATCTCACGTGAGCAGATCAA---AGGATTTGATTTTAATGAGAttga
gi|10                         :    ctgaTTAAAATTATATCCTG-T-GATTCGCTCAT--G-TA--T--AT--CGGTACACAAGT------AGAACAAAG------GATCT---------------A---A
gi|8                          :    tctatTAAAATCAGCTCCTT-A-GATCCGCTCAC--T-TA--GTGAT--C--TAAGT---G------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGAGCTGATGTTAATCAttctaatt
gi|21                         :         gtaAATTAGATCCTT-T-CATCCGCTCGC--A-CA--G--TC--CACTACAC---A------A-------G------GATCT---------------A---Attcaga
gi|26                         :          ttattgtGCTCCTT-A-GATCCGCCCAC--T-TA--G--AT--CGCTACAC---T------TG--C---
gi|16                         :                   TCCTT-T-GATCCGCTCTCG-T-GA--A--AT--CGTTACAC---T------Aattaaag
gi|18                         : ttaattagattgatcacaTTCTT---GATCCGCGTAC-----A--T--AC--TGC--CAC---T------AG--A---G------GAGC---------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAattttaatcagactg
gi|20                         :                  aattagat-GATCCTCTCA---------A--AT--TGTTACAC---T--------------G------GA------------------G---AGCATCTGATTTTAATTAGAct
gi|15                         :                  tgattaaaatcgCCGCCCAC--G-TA--G--AT--CGCTACAC---T------TG--C---G------GATCA---------------A---AGGGTCTACTTTTAATCCGAttg
gi|24                         :                                         caa--G--AT--C--TACGT---G------AG--C---G------GATTA---------------A---AGGAACTGATTTTAATCAtttgtaatcaga
gi|19                         :                                         agt--G--AT--CTATACGT---G------AG--C---G------GATCA---------------A---AGGATCTAATTTTAATTAGgctatg
gi|4                          :                                                                 ------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGAGCTGATTTTAATCAGAgctagctaattttaattagatt
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gi|23                         :                                                                 ------AG--C---G------GATCT---------------A---CGGAGCTGATTTTAATCAcacttagattgctacac
gi|29                         :                                                                 ------AG--C---G------GATCT---------------A---AGGAGCTGACTTTAATCAGAcatttagattgcaacactagg
gi|14                         :                                                                a------AG--C---G------GATCA---------------A---AGGATCTAATTTTAATcac
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
Unaligned ( gi|3 ): ATTAAAATTAGACTTGTTGATCCGTTCCTCTAAAATTTGCTTCATTAGCTCTGTGTACATAGCGATAGTATGTGAGTAAATCAAAGGATCTAATTTTA
Unaligned ( gi|6 ): TAATTAGATCCTTTGATCCATTCCCATTTTATCCCTTCCCCTTTGTGTAGTGATAGTATGGGAGTGGATCAAAGGATCTAATT
Unaligned ( gi|7 ): CTAATTAAAATTAGATCCTTTGGTTTCCGCCCTATGTAGCCAATTATAGTGAGGAATTAAGGACCTAATTTAATTACAT
Unaligned ( gi|17 ): ATAAGATTAAAATCAGATTTTTGATCCGCTCCGATAGAATAAAAAATCTGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ACAATCAGATTAAAACCAGATCTTTGATTAGAACAATGATCTGGTTTATCAGATT
Unaligned ( gi|27 ): AATCCAATTAAAATTACATCCTTTGATCCACTCGCATATAG
Unaligned ( gi|28 ): ATCTAATCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCACGT
Unaligned ( gi|30 ): AGCGTACATAAACCGTTATTTCATTGGCGAAT






Alignments
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consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT---A-G--CG----GA--TCT-----------------AA-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGNTCCTTNGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT---A-G--CG----GA--TCT-----------------AA-GGANCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCACGT-GA-GATCGCAACACAGCT---A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAAA-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT-G-TA-TATCGGTACA---CA---A-G--TA----GA--ACA-----------------AA-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC-G-TA-TATCGCT-C--------------CG----GA--TCA-----------------AA-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGTTACA---CT---A-G--CG----GA--TCT-----------------AA-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
gi|13                         :                                          TTACAGTCAGCTCCGTAGATCCGCTCAC-T-TG-GGTCGTTAC----CT---A-A--T-----GA--TCT-----------------AA-GGTGCTGATTTTAACCA
gi|14                         :                                       ttaTTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCCC-A-TACTATCGCTACA---C----A----------------------------------AA-GGATCTAATTTTAATTAGA
gi|15                         :                                                            aaCCGCCCAC-G-TA-GATCGCTACA---CT---T-G--CG----GA--TCA-----------------AA-GGGTCTACTTTTAATCCGAt
gi|16                         :                                            caaATCACATCCTTTGATCCGCTCTCGT-GA-AATCGTTACA---CT---A--------------------------------------------ATTTTAATCAGAtttgtaatcaga
gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGATT-TTTGATCCGCTC-----------CGATAGA---AT---A----------------------------------AA-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
gi|18                         :                                        ataagaAATTAGATTTCTTGATCCGCGTAC----A-TACTGC--CA---CT---A-G--AG----GA--GC---------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAttgg
gi|19                         :                                          TTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCACGTATA-GATCGCTAct
gi|20                         :                                      ctaaTTAAAATCGGATCCT------------C-T-CA-AATTGTTACA---CT---------G----GA----------------------GA-GCATCTGATTTTAATTAGAgctaattttaattagatt
gi|21                         :                                           tgaAATTAGATCCTTTCATCCGCTCGC-A-CA-GTCCACTACA---CA---A-----G----GA--TCT-----------------AA-ttg
gi|23                         :                                   ttattgtTTAAAATCAGCTCCGTAGATCCGCTCAT-T-TA-GATTGCAACA---CT---A-G--
gi|24                         :                                       tgaTTAAAATCAGTTCCTTTAATCCGCTCAC-G-TA-GATCGCTAg
gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATTGCTACA---Ctg
gi|26                         :                                              tctgaGCTCCTTAGATCCGCCCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT---T-G--C
gi|29                         :                                                                                           ---A-G--CG----GA--TCT-----------------AA-GGAGCTGACTTTAATCAGAattaaag
gi|3                          :                                          aTAAAATTAGATCCTTTGATTTACTCAC-A-TACTATCGCTATG----T---ACA--CA----GA--GCT-----------------AATGAAGCAAATTTTAcac
gi|4                          :            attaaaattagacttgttgatccgttcctcTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT---A-----G----GA--TCT-----------------GA-
gi|6                          :                                         tctgaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC-A-TACTATCACTACA---Catcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTTA-ATTC-CTCAC-TATA-ATTGGCTACA----T---A-GGGCG----GAAACCA-----------------AA-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATCACTAAG---TG---A-G--CG----GA--TCT-----------------AA-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC-A-TA-GATCGCTA-A---TTGTGA-G--CG----GA--TCA-----------------AA-GGGTCTGA-TTTAATCAGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
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Unaligned ( gi|22 ): ACAATCAGATTAAAACCAGATCTTTGATTAGAACAATGATCTGGTTTATCAGATT
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consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-N-TA-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCACGT-GA-GATCGCAACACAGCT------A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAA---A-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT-G-TA-TATCGGTACA---CA------A-G--TA----GA--ACA-----------------A---A-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC-G-TA-TATCGCT-C-----------------CG----GA--TCA-----------------A---A-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATCGTTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
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gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGAT-TTTTGATCCGCTC-----------CGATAGA---AT------A----------------------------------A---A-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
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gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATTGCTACA---Ctg
gi|26                         :                                                tctgaTCCTTAGATCCGCCCAC-T-TA-GATCGCTACA---CT------T-G--C
gi|27                         :                                        gcTTAAAATTACATCCTTTGATCCACTCGC-A-TA-attaaag
gi|28                         :                                   aatccaaTCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCAC-tag
gi|29                         :                                                                                     atctaa------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAgt
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gi|5                          :                                     tctgaTTAAAATCAAATCCTGAGA----CTC-----TA--ATCGTTACA---CTGGAAACA-G--GGTAACGA--T-T-----------------AGAGA-GGATCTGATTTTGATTAGAatcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|6                          :                                            aaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC-A-TACTATCACTACA---Cttga
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTT-AATTC-CTCAC-TATA-ATTGGCTACA----T------A-GGGCG----GAAACCA-----------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T-TA-GATCACTAAG---TG------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC-A-TA-GATCGCTA-A---TTGTG---A-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTGA-TTTAATCAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
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consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC--G-T-A-GA--TCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC--N-T-A-GA--TCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCAC--G-TGA-GA--TCGCAACACAGCT------A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAA---A-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT--G-T-A-TA--TCGGTACA---CA------A-G--TA----GA--ACA-----------------A---A-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC--G-T-A-TA--TCGCT-C-----------------CG----GA--TCA-----------------A---A-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC--T-T-A-GA--TCGTTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
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gi|14                         :                                       ttaTTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCCC--A-T-ACTA--TCGCTACA---C-------A----------------------------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAGA
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gi|16                         :                                            caaATCACATCCTTTGATCCGCTCTC--G-TGA-AA--TCGTTACA---CT------A-----------------------------------------------ATTTTAATCAGAtttgtaatcaga
gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGAT-TTTTGATCCGCTC---------------CGATAGA---AT------A----------------------------------A---A-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
gi|18                         :                                        ataagaAATTAGATTTCTTGATCCGCGTAC--A-T----A--CTGC--CA---CT------A-G--AG----GA--GC------------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAttgg
gi|19                         :                                          TTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCACGTA-T-A-GA--TCGCTAct
gi|20                         :                                      ctaaTTAAAATCGGATCCT--------CTCA---------AA--TTGTTACA---CT------------G----GA----------------------G---A-GCATCTGATTTTAATTAGAgctaattttaattagatt
gi|21                         :                                           tgaAATTAGATCCTTTCATCCGCTCGC--A-C-A-GT--CCACTACA---CA------A-----G----GA--TCT-----------------A---A-ttg
gi|23                         :                                   ttattgtTTAAAATCAGCTCCGTAGATCCGCTCAT--T-T-A-GA--TTGCAACA---CT------A-G--
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gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC--T-T-A-GA--TTGCTACA---Ctg
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gi|28                         :                                   aatccaaTCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCAC--G-T-tag
gi|29                         :                                                                                         atctaa------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGA
gi|3                          :                                         aTTAAAATTAGACTTGTTGATCCGTTCCT--C-T-A-AAATTTGCTTCA---TT------A-G--Ccac
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gi|4                          :            attaaaattagacttgttgatccgttcctcTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC--T-T-A-GA--TCGCTACA---CT------A-----G----GA--TCT-----------------G---A-
gi|5                          :                                     tctgaTTAAAATCAAATCCTGAGA----CTC------T-A--A--TCGTTACA---CTGGAAACA-G--GGTAACGA--T-T-----------------AGAGA-GGATCTGATTTTGATTAGAatcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|6                          :                                            aaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC--A-T-ACTA--TCACTACA---Cttga
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTT-AATTC-CTCAC--TAT-A-AT--TGGCTACA----T------A-GGGCG----GAAACCA-----------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC--T-T-A-GA--TCACTAAG---TG------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC--A-T-A-GA--TCGCTA-A---TTGTG---A-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTGA-TTTAATCAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                                          2           8888 3 66         333  77777777777777777777777777777777777777777 333 2                   
lowQualScore                  :                                                          .           .... . ..         ...  ......................................... ... .                   
lowQualScore                  :                                                          2           2222 1 22         222  55555555555555555555555555555555555555555 777 1                   
consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCAC-G--TGA-GATCGCAACACAGCT------A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAA---A-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT-G--T-A-TATCGGTACA---CA------A-G--TA----GA--ACA-----------------A---A-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC-G--T-A-TATCGCT-C-----------------CG----GA--TCA-----------------A---A-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGTTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
gi|13                         :                                          TTACAGTCAGCTCCGTAGATCCGCTCAC-T--T-G-GGTCGTTAC----CT------A-A--T-----GA--TCT-----------------A---A-GGTGCTGATTTTAACCA
gi|14                         :                                       ttaTTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCCC-A--T-ACTATCGCTACA---C-------A----------------------------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAGA
gi|15                         :                                                            aaCCGCCCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTACTTTTAATCCGAt
gi|16                         :                                            caaATCACATCCTTTGATCCGCTCTC-G--TGA-AATCGTTACA---CT------A-----------------------------------------------ATTTTAATCAGAtttgtaatcaga
gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGAT-TTTTGATCCGCTC-------------CGATAGA---AT------A----------------------------------A---A-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
gi|18                         :                                        ataagaAATTAGATTTCTTGATCCGCGTAC-A--T----ACTGC--CA---CT------A-G--AG----GA--GC------------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAttgg
gi|19                         :                                          TTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCAC-GTAT-A-GATCGCTAct
gi|20                         :                                      ctaaTTAAAATCGGATCCT--------CTCA---------AATTGTTACA---CT------------G----GA----------------------G---A-GCATCTGATTTTAATTAGAgctaattttaattagatt
gi|21                         :                                           tgaAATTAGATCCTTTCATCCGCTCGC-A--C-A-GTCCACTACA---CA------A-----G----GA--TCT-----------------A---A-ttg
gi|23                         :                                   ttattgtTTAAAATCAGCTCCGTAGATCCGCTCAT-T--T-A-GATTGCAACA---CT------A-G--
gi|24                         :                                       tgaTTAAAATCAGTTCCTTTAATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTAg
gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATTGCTACA---Ctg
gi|26                         :                                                tctgaTCCTTAGATCCGCCCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--C
gi|27                         :                                        gcTTAAAATTACATCCTTTGATCCACTCGC-A--T-A-attaaag
gi|28                         :                                   aatccaaTCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCAC-G--T-tag
gi|29                         :                                                                                       atctaa------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGA
gi|3                          :                                          aTAAAATTAGATCCTTTGATTTACTCAC-A--T-ACTATCGCTATG----T------ACA--CA----GA--GCT-----------------A---ATGAAGCAAATTTTAcac
gi|4                          :            attaaaattagacttgttgatccgttcctcTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------A-----G----GA--TCT-----------------G---A-
gi|5                          :                                     tctgaTTAAAATCAAATCCTGAGA----CTC------T-A--ATCGTTACA---CTGGAAACA-G--GGTAACGA--T-T-----------------AGAGA-GGATCTGATTTTGATTAGAatcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|6                          :                                            aaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC-A--T-ACTATCACTACA---Cttga
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTT-AATTC-CTCACTA--T-A-ATTGGCTACA----T------A-GGGCG----GAAACCA-----------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCACTAAG---TG------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC-A--T-A-GATCGCTA-A---TTGTG---A-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTGA-TTTAATCAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
Unaligned ( gi|22 ): ACAATCAGATTAAAACCAGATCTTTGATTAGAACAATGATCTGGTTTATCAGATT
Unaligned ( gi|30 ): AGCGTACATAAACCGTTATTTCATTGGCGAAT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          2           8888 3 66         333  77777777777777777777777777777777777777777 333 2                   
lowQualScore                  :                                                          .           .... . ..         ...  ......................................... ... .                   
lowQualScore                  :                                                          2           2222 1 22         222  55555555555555555555555555555555555555555 777 1                   
consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCAC-G--TGA-GATCGCAACACAGCT------A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAA---A-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT-G--T-A-TATCGGTACA---CA------A-G--TA----GA--ACA-----------------A---A-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC-G--T-A-TATCGCT-C-----------------CG----GA--TCA-----------------A---A-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGTTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
gi|13                         :                                          TTACAGTCAGCTCCGTAGATCCGCTCAC-T--T-G-GGTCGTTAC----CT------A-A--T-----GA--TCT-----------------A---A-GGTGCTGATTTTAACCA
gi|14                         :                                       ttaTTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCCC-A--T-ACTATCGCTACA---C-------A----------------------------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAGA
gi|15                         :                                                            aaCCGCCCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTACTTTTAATCCGAt
gi|16                         :                                            caaATCACATCCTTTGATCCGCTCTC-G--TGA-AATCGTTACA---CT------A-----------------------------------------------ATTTTAATCAGAtttgtaatcaga
gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGAT-TTTTGATCCGCTC-------------CGATAGA---AT------A----------------------------------A---A-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
gi|18                         :                                        ataagaAATTAGATTTCTTGATCCGCGTAC-A--T----ACTGC--CA---CT------A-G--AG----GA--GC------------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAttgg
gi|19                         :                                          TTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCAC-GTAT-A-GATCGCTAct
gi|20                         :                                      ctaaTTAAAATCGGATCCT--------CTCA---------AATTGTTACA---CT------------G----GA----------------------G---A-GCATCTGATTTTAATTAGAgctaattttaattagatt
gi|21                         :                                           tgaAATTAGATCCTTTCATCCGCTCGC-A--C-A-GTCCACTACA---CA------A-----G----GA--TCT-----------------A---A-ttg
gi|23                         :                                   ttattgtTTAAAATCAGCTCCGTAGATCCGCTCAT-T--T-A-GATTGCAACA---CT------A-G--
gi|24                         :                                       tgaTTAAAATCAGTTCCTTTAATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTAg
gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATTGCTACA---Ctg
gi|26                         :                                                tctgaTCCTTAGATCCGCCCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--C
gi|27                         :                                        gcTTAAAATTACATCCTTTGATCCACTCGC-A--T-A-attaaag
gi|28                         :                                   aatccaaTCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCAC-G--T-tag
gi|29                         :                                                                                       atctaa------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGA
gi|3                          :                                          aTAAAATTAGATCCTTTGATTTACTCAC-A--T-ACTATCGCTATG----T------ACA--CA----GA--GCT-----------------A---ATGAAGCAAATTTTAcac
gi|4                          :            attaaaattagacttgttgatccgttcctcTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------A-----G----GA--TCT-----------------G---A-
gi|5                          :                                     tctgaTTAAAATCAAATCCTGAGA----CTC------T-A--ATCGTTACA---CTGGAAACA-G--GGTAACGA--T-T-----------------AGAGA-GGATCTGATTTTGATTAGAatcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|6                          :                                            aaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC-A--T-ACTATCACTACA---Cttga
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTT-AATTC-CTCACTA--T-A-ATTGGCTACA----T------A-GGGCG----GAAACCA-----------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCACTAAG---TG------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC-A--T-A-GATCGCTA-A---TTGTG---A-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTGA-TTTAATCAGA


blockSeqs                     :                                                          T           GTA  G CT         .    GGAAACAGGGTAACGATT                        GAG T
blockSeqs                     :                                                          T           TA   . CT         .    AGGGCGGAAACCA                             .   .
blockSeqs                     :                                                          A           G    . CT         .    GTGAGCGGATCA                              .   .
blockSeqs                     :                                                          A           G    . T          .    ACACAGAGCT                                .   .
blockSeqs                     :                                                          T           T    . T          .    AGTAGAACA                                 .   .
blockSeqs                     :                                                          T           T    . G          .    AGCGGATCT                                 .   .
blockSeqs                     :                                                          T           A    . G          .    TGCGGATCA                                 .   .
blockSeqs                     :                                                          T           G    . G          .    AGCGGATCT                                 .   .
blockSeqs                     :                                                          T           G    . A          .    AGCGGATCT                                 .   .
blockSeqs                     :                                                          T           A    . G          .    AATGATCT                                  .   .
blockSeqs                     :                                                          A           A    . A          .    AGAGGAGC                                  .   .
blockSeqs                     :                                                          T           T    . G          .    CGGATCA                                   .   .
blockSeqs                     :                                                          A           G    . G          .    AGGATCT                                   .   .
blockSeqs                     :                                                          A           T    . G          .    AGGATCT                                   .   .
blockSeqs                     :                                                          T           T    . G          .    GGA                                       .   .
blockSeqs                     :                                                          T           A    . G          .    A                                         .   .
blockSeqs                     :                                                          T           G    . G          .    A                                         .   .
blockSeqs                     :                                                          A           A    . A          .    A                                         .   .
blockSeqs                     :                                                          A           T    . G          .                                                   
blockSeqs                     :                                                          T           A    . G          .                                                   
blockSeqs                     :                                                          A           T    . .          .                                                   
blockSeqs                     :                                                          T           A    . .                                                              
blockSeqs                     :                                                          .           .    . .                                                              
blockSeqs                     :                                                          .           .    .                                                                
blockSeqs                     :                                                                      .    .                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                        ***  AGCGGATCT********************************
originalCons                  :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
finalCons                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CTAGCGGATCT--------------------------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
Unaligned ( gi|22 ): ACAATCAGATTAAAACCAGATCTTTGATTAGAACAATGATCTGGTTTATCAGATT
Unaligned ( gi|30 ): AGCGTACATAAACCGTTATTTCATTGGCGAAT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          2           8888 3 66         333  77777777777777777777777777777777777777777 333 2                   
lowQualScore                  :                                                          .           .... . ..         ...  ......................................... ... .                   
lowQualScore                  :                                                          2           2222 1 22         222  55555555555555555555555555555555555555555 777 1                   
consensus                     :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
Reference ( family-97 )       :                                          TTAAAATCAGATCCTTTGATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGATCTGATTTTAATCAGA
gi|1                          :                                          TTAAAATCAAATCCTTTGATCTGCTCAC-G--TGA-GATCGCAACACAGCT------A-G--TGCCGCGA--TCTCCTGTGAGCGGATTATAA---A-AGATTTGATTTTAATCAG
gi|10                         :                                          TTAAAATTATATCCTGTGATTCGCTCAT-G--T-A-TATCGGTACA---CA------A-G--TA----GA--ACA-----------------A---A-GGATCTAATTCTAATtgaga
gi|11                         :                                     tctatTTAAAATCACTTCCTTTGATTCGCTCAC-G--T-A-TATCGCT-C-----------------CG----GA--TCA-----------------A---A-GGATGTGATTTTAATCAGAt
gi|12                         :                                     tctgaTTAAAGTCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGTTACA---CT------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGAt
gi|13                         :                                          TTACAGTCAGCTCCGTAGATCCGCTCAC-T--T-G-GGTCGTTAC----CT------A-A--T-----GA--TCT-----------------A---A-GGTGCTGATTTTAACCA
gi|14                         :                                       ttaTTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCCC-A--T-ACTATCGCTACA---C-------A----------------------------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAGA
gi|15                         :                                                            aaCCGCCCAC-G--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTACTTTTAATCCGAt
gi|16                         :                                            caaATCACATCCTTTGATCCGCTCTC-G--TGA-AATCGTTACA---CT------A-----------------------------------------------ATTTTAATCAGAtttgtaatcaga
gi|17                         :                              ttaattagattgTTAAAATCAGAT-TTTTGATCCGCTC-------------CGATAGA---AT------A----------------------------------A---A-AAATCTGGTTTTAATCAGActg
gi|18                         :                                        ataagaAATTAGATTTCTTGATCCGCGTAC-A--T----ACTGC--CA---CT------A-G--AG----GA--GC------------------------GGATCTAACTTTAAGCAGAttgg
gi|19                         :                                          TTAAAATTAGATCCTTTGATCCGCTCAC-GTAT-A-GATCGCTAct
gi|20                         :                                      ctaaTTAAAATCGGATCCT--------CTCA---------AATTGTTACA---CT------------G----GA----------------------G---A-GCATCTGATTTTAATTAGAgctaattttaattagatt
gi|21                         :                                           tgaAATTAGATCCTTTCATCCGCTCGC-A--C-A-GTCCACTACA---CA------A-----G----GA--TCT-----------------A---A-ttg
gi|23                         :                                   ttattgtTTAAAATCAGCTCCGTAGATCCGCTCAT-T--T-A-GATTGCAACA---CT------A-G--
gi|24                         :                                       tgaTTAAAATCAGTTCCTTTAATCCGCTCAC-G--T-A-GATCGCTAg
gi|25                         :                                    agttgaTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATTGCTACA---Ctg
gi|26                         :                                                tctgaTCCTTAGATCCGCCCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------T-G--C
gi|27                         :                                        gcTTAAAATTACATCCTTTGATCCACTCGC-A--T-A-attaaag
gi|28                         :                                   aatccaaTCAAAATTACATCATTTGATCCGCTCAC-G--T-tag
gi|29                         :                                                                                       atctaa------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGACTTTAATCAGA
gi|3                          :                                          aTAAAATTAGATCCTTTGATTTACTCAC-A--T-ACTATCGCTATG----T------ACA--CA----GA--GCT-----------------A---ATGAAGCAAATTTTAcac
gi|4                          :            attaaaattagacttgttgatccgttcctcTTAAAATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCGCTACA---CT------A-----G----GA--TCT-----------------G---A-
gi|5                          :                                     tctgaTTAAAATCAAATCCTGAGA----CTC------T-A--ATCGTTACA---CTGGAAACA-G--GGTAACGA--T-T-----------------AGAGA-GGATCTGATTTTGATTAGAatcagctcgcttagaggtcacgttcatgtttcaccattcg
gi|6                          :                                            aaAATTAGATCCTTTGATCCACTCCC-A--T-ACTATCACTACA---Cttga
gi|7                          : taattagatcctttgatccattcccattttatcccttcccctttAAATTAGGTCCTT-AATTC-CTCACTA--T-A-ATTGGCTACA----T------A-GGGCG----GAAACCA-----------------A---A-GGATCTAATTTTAATTAG
gi|8                          :                                          TTAACATCAGCTCCTTAGATCCGCTCAC-T--T-A-GATCACTAAG---TG------A-G--CG----GA--TCT-----------------A---A-GGAGCTGATTTTATTCAGAaattacat
gi|9                          :                                    gtatgaTTATATTCAGATCCTTTGATACGCTCAC-A--T-A-GATCGCTA-A---TTGTG---A-G--CG----GA--TCA-----------------A---A-GGGTCTGA-TTTAATCAGA
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Unaligned ( gi|2 ): AATTAAAATCAGATCCTCTCAAATATTGTTACACTACTTTTAGCTTCTCAATATTCCCCAGTGTAACTATTTGAGAGGATCGGATTTTAATTAAGATTGAAT
Unaligned ( gi|22 ): ACAATCAGATTAAAACCAGATCTTTGATTAGAACAATGATCTGGTTTATCAGATT
Unaligned ( gi|30 ): AGCGTACATAAACCGTTATTTCATTGGCGAAT