lowQualScore : 22222222222222 11
lowQualScore : 7777 6 55555555555555 555 2 2 2 1 2 3 66 77 6
lowQualScore : .... . .............. ... . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 1111 2 88888888888888 000 9 9 7 0 9 1 88 55 0
consensus : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCCTAATAA
Reference ( gi|5 ) : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------GT---A-GGGCT-CCC-GTCGA-TA-CTCGG-AGGG-ACCCTAATGA
gi|1 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-C---GCCGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCCTAAT
gi|2 : ggaCGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-CCT-GTCGT-TA-CTCGG-CGGG-GCCTTAA
gi|3 : aCGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------ATCTTA-GGGCTACCC-GCCGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCC
gi|14 : gaCGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------AT---A-GGGCT-CTC-GCCaa
gi|4 : cggaGAAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---AGGGGCT-CCCAGTCGA-TA-CTCAGCGGGG-GCCCTAA
gi|6 : gatgGAAAAGGCCG----AT--AC------T------AT---A-G--CT-CCC-GTCGAGTA-C-----AGGGTGCCCTAAT
gi|9 : gacgatGGAAAAGCTGCATGATT-AC------TTAAATTAT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-T
gi|11 : cgggtGAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCT-GTCAA-TA-GTCGG-CGGG-ACC
gi|8 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGCTT-CCT-GTCAA-TAGCTCGG-CGGG-ACCCT
gi|7 : AAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCCTAAT
gi|10 : AAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGG-CGGG-G-CCTAATta
gi|12 : TG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCCTGATt
gi|13 : T-AC------T------AT---A-GG-CT-CCC-ACCGA-TA-CTCGGCAGG---CCCTAATAt
gi|15 : T---A-GGGCT-CCC-ACTGA-CA-CTCGG-CGGG-GCCCTAATc
gi|16 : C-GCCGA-TA-CTCGG-CGGG-GCCCTAATa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 6666 5 7777777777777 444 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : .... . ............. ... . . . . . .
lowQualScore : 5555 7 8888888888888 777 7 7 5 7 9 9
consensus : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
Reference ( family-927 ) : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
gi|1 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-C---GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|10 : ggaAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGG-CCTAAT
gi|11 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCT-GTCAA-TA-GTCGGC-GGGACCt
gi|12 : TG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTGAT
gi|13 : T-AC------T------AT---A-GG-CT-CCC-ACCGA-TA-CTCGGC--AGGCCCTAATAAt
gi|14 : CGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------AT---A-GGGCT-CTC-GCCc
gi|15 : cggaT---A-GGGCT-CCC-ACTGA-CA-CTCGGC-GGGGCCCTAATA
gi|16 : C-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|2 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-CCT-GTCGT-TA-CTCGGC-GGGGCCTTAAtaggaaacg
gi|3 : aCGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------ATCTTA-GGGCTACCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCC
gi|4 : gaGAAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---AGGGGCT-CCCAGTCGA-TA-CTCAGCGGGGGCCCTAAaa
gi|5 : gatgCGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------GT---A-GGGCT-CCC-GTCGA-TA-CTCGGA-GGGACCCTAATGA
gi|6 : GAAAAGGCCG----AT--AC------T------AT---A-G--CT-CCC-GTCGAGTA---CAG--GGTGCCCTAAT
gi|7 : gacgatAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|8 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGCTT-CCT-GTCAA-TAGCTCGGC-GGGACCCTta
gi|9 : GGAAAAGCTGCATGATT-AC------TTAAATTAT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-T
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 6666 5 7777777777777 444 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : .... . ............. ... . . . . . .
lowQualScore : 5555 7 8888888888888 777 7 7 5 7 9 9
consensus : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
Reference ( family-927 ) : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
gi|1 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-C---GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|10 : ggaAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGG-CCTAAT
gi|11 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCT-GTCAA-TA-GTCGGC-GGGACCt
gi|12 : TG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTGAT
gi|13 : T-AC------T------AT---A-GG-CT-CCC-ACCGA-TA-CTCGGC--AGGCCCTAATAAt
gi|14 : CGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------AT---A-GGGCT-CTC-GCCc
gi|15 : cggaT---A-GGGCT-CCC-ACTGA-CA-CTCGGC-GGGGCCCTAATA
gi|16 : C-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|2 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-CCT-GTCGT-TA-CTCGGC-GGGGCCTTAAtaggaaacg
gi|3 : aCGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------ATCTTA-GGGCTACCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCC
gi|4 : gaGAAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---AGGGGCT-CCCAGTCGA-TA-CTCAGCGGGGGCCCTAAaa
gi|5 : gatgCGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------GT---A-GGGCT-CCC-GTCGA-TA-CTCGGA-GGGACCCTAATGA
gi|6 : GAAAAGGCCG----AT--AC------T------AT---A-G--CT-CCC-GTCGAGTA---CAG--GGTGCCCTAAT
gi|7 : gacgatAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|8 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGCTT-CCT-GTCAA-TAGCTCGGC-GGGACCCTta
gi|9 : GGAAAAGCTGCATGATT-AC------TTAAATTAT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-T
blockSeqs : CATG T ATGTACT CTT G A A G G G
blockSeqs : . T TTAAATT . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T************
originalCons : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
finalCons : CGGAAAAGCTG----ATT-ACT------------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 6666 5 7777777777777 444 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : .... . ............. ... . . . . . .
lowQualScore : 5555 7 8888888888888 777 7 7 5 7 9 9
consensus : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
Reference ( family-927 ) : CGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAATAA
gi|1 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-C---GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|10 : ggaAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGG-CCTAAT
gi|11 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCT-GTCAA-TA-GTCGGC-GGGACCt
gi|12 : TG----ATT-AC------T------AT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTGAT
gi|13 : T-AC------T------AT---A-GG-CT-CCC-ACCGA-TA-CTCGGC--AGGCCCTAATAAt
gi|14 : CGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------AT---A-GGGCT-CTC-GCCc
gi|15 : cggaT---A-GGGCT-CCC-ACTGA-CA-CTCGGC-GGGGCCCTAATA
gi|16 : C-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|2 : CGGAAAAGCTG----ATT-ACATGTACT------AT---A-GGGCT-CCT-GTCGT-TA-CTCGGC-GGGGCCTTAAtaggaaacg
gi|3 : aCGGAAAAGCTG----ATTTAC------T------ATCTTA-GGGCTACCC-GCCGA-TA-CTCGGC-GGGGCCC
gi|4 : gaGAAAAAGCTG----ATT-AC------T------AT---AGGGGCT-CCCAGTCGA-TA-CTCAGCGGGGGCCCTAAaa
gi|5 : gatgCGGAAAAGCTG----ATT-AC------T------GT---A-GGGCT-CCC-GTCGA-TA-CTCGGA-GGGACCCTAATGA
gi|6 : GAAAAGGCCG----AT--AC------T------AT---A-G--CT-CCC-GTCGAGTA---CAG--GGTGCCCTAAT
gi|7 : gacgatAAGCTG----ATT-AC------C------AT---A-GGGCT-CCC-GCTGA-TA-CTCGGC-GGGGCCCTAAT
gi|8 : GAAAAACTT----ATT-AC------T------AT---A-GGCTT-CCT-GTCAA-TAGCTCGGC-GGGACCCTta
gi|9 : GGAAAAGCTGCATGATT-AC------TTAAATTAT---A-GGGCT-CCC-GCCGA-T