lowQualScore                  :                                2222              333333333333333333                              111                                        222222               11               444             1111111           1          
lowQualScore                  :                                7777     5    4   444444444444444444 4  2  999  6 3   3 8888888   555 66 2  33  2  44   555  3      44 3  2  222222    5555 6  3  11  6   3  1     000  3  99      9999999  7 55     0          
lowQualScore                  :                                ....     .    .   .................. .  .  ...  . .   . .......   ... .. .  ..  .  ..   ...  .      .. .  .  ......    .... .  .  ..  .   .  .     ...  .  ..      .......  . ..     .          
lowQualScore                  :                                2222     0    8   888888888888888888 1  0  000  7 3   1 8888888   444 22 9  99  9  22   666  1      22 1  7  555555    4444 7  2  66  2   1  9     999  3  22      1111111  3 00     0          
consensus                     :                          TTTACT-C--AATTG-ATATAAAA--N--G-TA-A---AA-ATCTCAAAAGNTA-C-AGA-T--A-A--AAA-ANT-TA-CA--AA-GG--CCAA-CGT-AGGGAA--A-TGCGA---CTTTTTT--CTC-ACAAAG-AT-GGC-GGCCAAGGG--AC-GT--AACTTT-------CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( gi|5 )            :                          TTTACT-T--AATTG-ATATAAAA--A--G-TA-A---AA-ATCTCAAAAGATA-C-AGA-T--A-A--AAA-GTT-TA-CA--AA-GG--CCAA-TGT-AGGGAA--A-TGTGA---TTGTTTT--CTC-ACAAAG-AT-GGC-GGCCAAGGGAAAC-GT--AACTTT-------CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|3                          :                          TTTACTGC--AATTG-ATATAAAA--ATAG-CA-A---GG-ATC---AAAGTTA-G-AGA-T--A-ACGAAA-GTT-TAGCA--AAAGG--CCAT-CGTAAAGGAA--A-TAAGT---CTTTTTG--TCC-GCAAA--AT-GGC-GGTCAAGGG--AC-GT--AACTTTA------AG-T--AAAGTTGTTGATAGG
gi|2                          :                          TTTACT-C--AATTG-ATAT-AAA--T--G-T--A---AA-ATCTC-AAAGATA-C-AGA-TACA-A--AAA-GTTACA-CC--AA-GGCACTAC-TGT-AGGGAA--ATTGTGACTTTTGGTTT--CTC-ACAA----------GTCC-----GACC-GT--A---TT-------CG-CCAAAAGT-GTGGATTggta
gi|9                          : cccaccttgggcatctacttgtaagTTTACTGC--AATTG-ATAT---------G-CA---------TGT--AAAGATATC-AGA-T--A------------T--CA--AA-GG--CCAA-CGT-AAGGAA--A-TACGA---CT-TTTT--GTC-CTAAAA-AT-GGC-AGTCAAAGG-GAC-GT--AACTTG-------AG-T--GAAGTG
gi|12                         :                        agTTGACG-C--AATGG-ATG-AAAA--A--A-TA-ACAAAACATATGAAAACATAAC-AGA-T--T-A--GAA-AAT-CA-CA--AA-GG--CCAA-CAT-AGGGAA--A-TGtttataggc
gi|8                          :        tgctggtgcattgttgtagTTACT-TC-AATTG-ATATAAAA--T--G-TC-A---AA--TCTCAAAG--TA-C-A-A-T--A-G--AAA-AGT-TA-CA--AA-GG--C-AG-TGT-AGG--A--A-TGTGA---CTTTTTT--CTC-ACAA-G-AT-GGT-GGTCAAGGGA--C-AT--AACTTT-------CG-C--AAAGT-GTGGATTGctatg
gi|7                          :                            TACT-TTCAATTGGATATTAAA--T--G-TA-A---A---TCTCAAA-GATA-AGAGA-T--A-A--AAA-AGT-TA-CATAAA-GG--CTCT-TGT-AGGGAA--A-TGT-----CTTTTTC--CTC-ACAAAGGAT-GGG-GACCAAGGGA----GT--AACTTT-------CG-C--AAAGTTGTG
gi|18                         :                      tagttgTACT-TT-AATTG-ATATAAAATCA--TCTG-ATC-AC-ATCTCAAA-GATA-C-AGA-T--A-G--AAA-AGT-TA-CA--AA-ttg
gi|1                          :                               T-C--AATCG-TGATAAAA--T--G-TA-A---AA--TTTCAAAGATTA-C-AGAAT--A-A--AAAAGTTACA-CA--AA-GG--CCAACTGT-AGGGAAACA-TGTGA---CT-TTTT--CT--AC-AAG-AT-GGC-GGCCAAGGG--ACGGT--AACTTTC------CG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|4                          :             ccaccttgggcattataatcgtactataaccctAAAA--A--A-TATC---AA-AT-TCCAAAGCTA-T-GGA-T--C-A--GAA-AAT-GA-CA--CA-GA--CCCA-CGT-AGGGAA--A-TGCCA---T--TTTT--CACTACAAA--AT-GAC-AGAC--GG---AC-GTACAGCTTT-------CGAC--TAAGTGGTGc
gi|10                         :                                         agttgactgcagttgttg-A---AA-ATGTCAAA-GTTA-C-AGA-T--G-C--AAA-ACT-TA-CA--AA-GA--TCAA-CGT-AGGGAA--A-TGCGA---CTTTTTagggntcaaat
gi|14                         :                                  caccttggggcattattgtagtttactgccaatgatacAAACGAT--C-AGA-C--A-A--------T-TA-AG--AA-GA--CCAG-CGT-AGGGAA--A-T---A---ATATTTTAGC-C-AC-AAG-AT-GGC-AGACAAAGG--AT-GT--AATTTggtccgcaa
gi|13                         :                                                                       aaAAAGTTA-C-AGA-T--ACG--AAA-GTT--A-CA--AA-GG--CCAT-CGT-AAGGAA--A-TACGA---CTTTTTG--TCC-GCAAA--AT-GGC-GGTCAAAGG-GAC-GT--AACTTT-------AG-T--AAAGgcatggggtgt
gi|17                         :                                                                                 atcGA-T--A-G--AAG---T-TA-CA--AA-GC--CCAA-CAT-A-AGAA--A-TACAG---ATATTTT--GTC-CGCAAG-ATGGGCGGGCCAAg
gi|16                         :                                                                                                        A-CA--CA-GA--CCCA-CGT-AGGGAA--A-TGCGA---T--TTTT--CACTACAAA--AT-GAC-AGACGAAGG--AC-GTACAGCTTT-------CGAC--TAAGTGGT
gi|15                         :                                                                                                                                           GA---TTTTTTT--GTC-CGCAAG-AT-GGT-GGTCAAGGG--AC-GT--AACTAG-------CT-C--AAAGTGTTG
gi|20                         :                                                                                                                                          tgtctaagctacagataagaacAAG-ATTGGC-GGCCAAGG---AT-GT--AACTTTCGCCTTTCG-C--AAAGT-GTGGATTGGTatgaga
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG
Unaligned ( gi|11 ): CCCACCCTGGGACATTATTGTAGTTGACAACAACTGGCCGAAAGATAACATATGTTAATTCAACAGATCAGAAAATTACATTTAGACCAACGTAGGGTGATGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAATATGTCAAAGCTACAGATAAAAAGGCGAACAGATGGAAATGCGACTTTTTGTCCAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                     11                        1111111111       111                         11                                                  11                             1111111                           
lowQualScore                  :                                                                     99 3     3   1    7777777 5555555555 3     000  2    2  5555    2   2  22  2   2    5    2    33 2 2  2   1  444  4  0  4  00  5   2  1 2  2   44  3  88  0000000    6  6 44     8          
lowQualScore                  :                                                                     .. .     .   .    ....... .......... .     ...  .    .  ....    .   .  ..  .   .    .    .    .. . .  .   .  ...  .  .  .  ..  .   .  . .  .   ..  .  ..  .......    .  . ..     .          
lowQualScore                  :                                                                     55 6     6   3    5555555 7777777777 8     555  9    7  6666    8   4  99  4   5    0    5    44 5 5  4   0  777  5  7  2  11  7   9  1 9  9   22  1  55  0000000    7  7 66     2          
consensus                     :                                                               TTTACTG-C-AATTG-ATATAAAAT--G---TA-A---AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A--AAAAGTTA-CA--AA-GGC-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTNCTCACAAAG-AT-GGC-GGCC-AA-GGG--AC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( family-91 )       :                                                               TTTACT--C-AATTG-ATATAAAAN--G---TA-A---AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A--AAAANTTA-CA--AA-GGC-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTTCTCACAAAG-AT-GGC-GGCC-AA-GGG--AC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|1                          :                                                                    T--C-AATCG-TGATAAAAT--G---TA-A---AA--TTTCAAAGATTA-CAGAATA-A--AAAAGTTA-CACAAA-GGC-CAACTGTAG-GGAAACA-T-GT-GAC-TT---TTTCT-AC-AAG-AT-GGC-GGCC-AA-GGG--ACGGT--AA-------CTTTCCG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|10                         :                              ccaccttgggcattataatcgtactataaccctTTTACTGCC-AAT-G-ATACAAAAT--G---T-------------CAAA-GTTA-CAGA-TG-C--AAAACTTA-CA--AA-GAT-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTc
gi|11                         :                                                                                               caccttggggcattattgtagA-CAGA-TC-A--GAAAATTA-CATTTA-GAC-CAAC-GTAG-GGTG--A-TGGC-GAggtccgcaa
gi|12                         : cccaccctgggacattattgtagttgacaacaactggccgaaagataacatatgttaattcaTTGACG--C-AATGG-ATG-AAAAA--A---TA-ACAAAACATATGAAAACATAACAGA-TT-A--GAAAATCA-CA--AA-GGC-CAAC-ATAG-GGAA--A-T-GC-
gi|13                         :                                                                                           tgctggtgcattgttgtagAAAGTTA-CAGA-TA-C--GAAAGTTA-CA--AA-GGC-CATC-GTAA-GGAA--A-T-AC-GACTTT---TTGTCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AAAGGG--AC-GT--AA-------CTTT-AG-T--AAAGtatg
gi|14                         :                                                                                                                     atcGA-TC-A--GACAATTA-AG--AA-GAC-CAGC-GTAG-GGAA--A-T----AATATT---TTAGCCAC-AAG-AT-GGC-AGAC-AA-AGG--AT-GT--AA-------TTTg
gi|15                         :                                                                                                                                                                    aaaaacC-GATTTT---TTTGTCCGCAAG-AT-GGT-GGTC-AA-GGG--AC-GT--AA-------CTAG-CT-C--AAAGTGTTGgcatggggtgt
gi|16                         :                                                                                                                   tgtctaagctacagataagaaA-CA--CA-GAC-CCAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GATTTT---TCACT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-GA-AGG--AC-GTACAG-------CTTT-CGAC--TAAGTGGTatgaga
gi|17                         :                                                                                                                               --AGAAGTTA-CA--AA-GCC-CAAC-ATA--AGAA--A-T-ACAGATATT---TTGTCCGC-AAG-ATGGGCGGGCC-AA-
gi|18                         :                                                              gatTACT--TTAATTG-ATATAAAAT--CATCTG-ATC-AC-ATCTCAAA-GATA-CAGA-TA-G--AAAAGTTA-CA--AA-
gi|19                         :                                                                                               A-A---AT-ATGTCAAA-GCTA-CAGA-TA-A--AAA-------------GGC-GAAC-AGAT-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTGTCCAC
gi|2                          :                                                              cTTTACT--C-AATTG-ATAT-AAAT--G---T--A---AA-ATCTC-AAAGATA-CAGA-TACA--AAAAGTTA-CACCAA-GGCACTACTGTAG-GGAA--ATT-GT-GACTTTTGGTTTCTCACAA----------GTCC-----GA--CC-GT--A----------TT-CG-CCAAAAGT-GTGGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                     cccaccttgggcatctacttgtaagAAG-ATTGGC-GGCC-AA-GG---AT-GT--AACTTTCGCCTTT-CG-C--AAAGT-GTGGATTGGT
gi|3                          :                                                              cTTTACTG-C-AATTG-ATATAAAAATAG---CA-A---GG-ATC---AAAGTTA-GAGA-TA-ACGAAAGTTTAGCA--AAAGGC-CATC-GTAAAGGAA--A-T-AA-GTCTTT---TTGTCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AA-GGG--AC-GT--AA-------CTTTAAG-T--AAAGTTGTTGATAGGcta
gi|4                          :                                                               TTGACTG-C-AGTTG-TTG-AAAAA--A---TATC---AA-AT-TCCAAAGCTA-TGGA-TC-A--GAAAATGA-CA--CA-GAC-CCAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-CATTTT---TCACT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-----GG--AC-GTACAG-------CTTT-CGAC--TAAGTGGTGggta
gi|5                          :                                                             agTTTACT--T-AATTG-ATATAAAAA--G---TA-A---AA-ATCTCAAAAGATA-CAGA-TA-A--AAAGTTTA-CA--AA-GGC-CAAT-GTAG-GGAA--A-T-GT-GATTGT---TTTCTCACAAAG-AT-GGC-GGCC-AA-GGGAAAC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGTagggntcaaat
gi|7                          :                                                                    T--C-AATTGGATATTAAAT--G---TA-A---A---TCTCAAAGATAA-GAGA-TA-A--AAAAGTTA-CATAAA-GGC-TCTT-GTAG-GGAA--A-T-GT---CTTT---TTCCTCACAAAGGAT-GGG-GACC-AA-GGG--A--GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTTGTG
gi|8                          :                                                     tagttgtacttTTACTT-C-AATTG-ATATAAAAT--G---TC-A---AA--TCTCAAA--GTA-CA-A-TA-G--AAAAGTTA-CA--AA-GGC--AGT-GTAG-G--A--A-T-GT-GACTTT---TTTCTCACAA-G-AT-GGT-GGTC-AA-GGG--AC-AT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGT-GTGGATTGttg
gi|9                          :                                                               TTTACTG-C-AATTG-ATATGCA-T--G---TA-A---AG-ATATCA----------GA-TA----------T--CA--AA-GGC-CAAC-GTAA-GGAA--A-T-AC-GAC-TT---TTTGTCCTAAAA-AT-GGC-AGTCAAA-GGG--AC-GT--AA-------CTTG-AG-T--GAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    111      111       111                                                                                 11                            1111111                           
lowQualScore                  :                                                               7      3  7      3 3 000 4 44 444 1     000  2    2  444    0  33  33 66 33 2   2    5    2    33 2 2  2      444  66    4  00  5   2  1 5     44  3  88  0000000    6  6 44     8          
lowQualScore                  :                                                               .      .  .      . . ... . .. ... .     ...  .    .  ...    .  ..  .. .. .. .   .    .    .    .. . .  .      ...  ..    .  ..  .   .  . .     ..  .  ..  .......    .  . ..     .          
lowQualScore                  :                                                               5      6  3      6 6 000 4 66 333 0     555  9    7  666    2  22  22 55 22 4   5    0    5    44 5 5  4      777  22    2  11  7   9  1 7     22  1  55  0000000    7  7 66     2          
consensus                     :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTGCTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--AC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( family-91 )       :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTNCTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--AC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|1                          :                                                             CTTCAATCG-TG-ATAAAA-T-G---TAA--AA--TTTCAAAGATTA-CAGAATA-A-AAAAGTT--AC--ACAA--A-GGC-CAACTGTAG-GGAAACA-T-GT-GACTTT---TT-CT-AC-AA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACGGT--AA-------CTTTCCG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|10                         :                          ccaccttgggcattataatcgtactataaccTTTACTGCCAATG-AT-ACAAAA-T-G---T-----------CAAA-GTTA-CAGA-TG-C-AAAACTT--AC--A--A--A-GAT-CAAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTGGTCc
gi|11                         :                                                                                      caccttggggcattattgtagA-CAGA-TC-A-GAAAATT--AC--A--TTTA-GAC-CAAC-GTAG-GGTG--A-TGGC-GAcgcaa
gi|12                         : cccaccctgggacattattgtagttgacaacaactggccgaaagataacatatgttaattcaGCAATGG-ATGAAAAAA-T-AA--CAA--AACATATGAAAACATAACAGA-TT-A-GAAAATC--AC--A--A--A-GGC-CAAC-ATAG-GGAA--A-T-GC-
gi|13                         :                                                                             tgctggtgcattgttgtagttgacAAAGTTA-CAGA-TA-C-GAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CATC-GTAA-GGAA--A-T-AC-GACTTT---TTGTCCGCAAA--AT-GGC-GGTCAAAGGG--AC-GT--AA-------CTTT-AG-T--AAAGtatg
gi|14                         :                                                                                                            atcGA-TC-A-GACAATT--AA--G--A--A-GAC-CAGC-GTAG-GGAA--A-T----AATATT---TTAGCCAC-AA-GAT-GGC-AGAC-AAAGG--AT-GT--AA-------TTTg
gi|15                         :                                                                                                                                                               aaaaacC-GATTTT---TTTGTCCGCAA-GAT-GGT-GGTC-AAGGG--AC-GT--AA-------CTAG-CT-C--AAAGTGTTGgcatggggtgt
gi|16                         :                                                                                                         tgtctaagctacagataagaa--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-GATTTT---TCACT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-GAAGG--AC-GTACAG-------CTTT-CGAC--TAAGTGGTatgaga
gi|17                         :                                                                                                                      -AGAAGTT--AC--A--A--A-GCC-CAAC-ATA--AGAA--A-T-ACAGATATT---TTGTCCGC-AA-GATGGGCGGGCC-AA
gi|18                         :                                                        gatTACTTTAATTG-AT-ATAAAA-T-CATCTGATCAC-ATCTCAAA-GATA-CAGA-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-
gi|19                         :                                                                                        AA--AT-ATGTCAAA-GCTA-CAGA-TA-A-AAA------------------GGC-GAAC-AGAT-GGAA--A-T-GC-GACTTT---TTGTCCAC
gi|2                          :                                                        cTTTACT-CAATTG-AT-AT-AAA-T-G---T-A--AA-ATCTC-AAAGATA-CAGA-TACA-AAAAGTT--AC--ACCA--A-GGCACTACTGTAG-GGAA--ATT-GT-GACTTTTGGTTTCTCACAA----------GTCC----GA--CC-GT--A----------TT-CG-CCAAAAGT-GTGGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                cccaccttgggcatctacttgtaagAA-GATTGGC-GGCC-AAGG---AT-GT--AACTTTCGCCTTT-CG-C--AAAGT-GTGGATTGGT
gi|3                          :                                                        cTTTACTGCAATTG-AT-ATAAAAATAG---CAA--GG-ATC---AAAGTTA-GAGA-TA-ACGAAAGTTTAGC--A--A--AAGGC-CATC-GTAAAGGAA--A-T-AA-GTCTTT---TTGTCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AAGGG--AC-GT--AA-------CTTTAAG-T--AAAGTTGTTGATAGGcta
gi|4                          :                                                         TTGACTGCAGTTG-TTGAAAAAA-T-A---TCA--AA---TTCCAAAGCTA-TGGA-TC-A-GAAAATG--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAA--A-T-GC-CATTTT---TCACT-ACAAA--AT-GAC-AGAC----GG--AC-GTACAG-------CTTT-CGAC--TAAGTGGTGggta
gi|5                          :                                                       agTTTACT-TAATTG-AT-ATAAAA-A-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGATA-CAGA-TA-A-AAAGTTT--AC--A--A--A-GGC-CAAT-GTAG-GGAA--A-T-GT-GATTGT---TTTCTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGGAAAC-GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTGGTGGATTGGTagggntcaaat
gi|7                          :                                                                CAATTGGAT-ATTAAA-T-G---TAA--A---TCTCAAAGATAA-GAGA-TA-A-AAAAGTT--ACATA--A--A-GGC-TCTT-GTAG-GGAA--A-T-GT---CTTT---TTCCTCACAAAGGAT-GGG-GACC-AAGGG--A--GT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGTTGTG
gi|8                          :                                              tagttgtactttTTACTTCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TCA--AA--TCTCAAA--GTA-CA-A-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC--AGT-GTAG-G--A--A-T-GT-GACTTT---TTTCTCACAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--AC-AT--AA-------CTTT-CG-C--AAAGT-GTGGATTGttg
gi|9                          :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATGCA--T-G---TAA--AG-ATATCA----------GA-TA---------T---C--A--A--A-GGC-CAAC-GTAA-GGAA--A-T-AC-GACTTT---TTG-TCCTAAA-AAT-GGC-AGTCAAAGGG--AC-GT--AA-------CTTG-AG-T--GAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    111      111       111                                                                               111                            1111111                            
lowQualScore                  :                                                               7      3  7      3 3 000 4 44 444 1     000  2    2  444    0  33  33 66 33 2   2    5    2     55 2  2        55555      555  5   2  1 5     44   3 88  0000000    3 3 6 44     8          
lowQualScore                  :                                                               .      .  .      . . ... . .. ... .     ...  .    .  ...    .  ..  .. .. .. .   .    .    .     .. .  .        .....      ...  .   .  . .     ..   . ..  .......    . . . ..     .          
lowQualScore                  :                                                               5      6  3      6 6 000 4 66 333 0     555  9    7  666    2  22  22 55 22 4   5    0    5     99 5  5        55555      111  7   9  1 7     22   1 55  0000000    3 3 7 66     2          
consensus                     :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( family-91 )       :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|1                          :                                                             CTTCAATCG-TG-ATAAAA-T-G---TAA--AA--TTTCAAAGATTA-CAGAATA-A-AAAAGTT--AC--ACAA--A-GGC-CAACTGTAG-GGAAACAT-GT-GACTTTTT----CT-ACAA--GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACGGT--AA-------CTTT-CCG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|10                         :                          ccaccttgggcattataatcgtactataaccTTTACTGCCAATG-AT-ACAAAA-T-G---T-----------CAAA-GTTA-CAGA-TG-C-AAAACTT--AC--A--A--A-GAT-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---GTCc
gi|11                         :                                                                                      caccttggggcattattgtagA-CAGA-TC-A-GAAAATT--AC--A--TTTA-GAC-CAAC-GTAG-GGTGA--TGGC-GAcgcaa
gi|12                         : cccaccctgggacattattgtagttgacaacaactggccgaaagataacatatgttaattcaGCAATGG-ATGAAAAAA-T-AA--CAA--AACATATGAAAACATAACAGA-TT-A-GAAAATC--AC--A--A--A-GGC-CAAC-ATAG-GGAAA--T-GC-
gi|13                         :                                                                             tgctggtgcattgttgtagttgacAAAGTTA-CAGA-TA-C-GAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CATC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-A-G-T--AAAGtatg
gi|14                         :                                                                                                            atcGA-TC-A-GACAATT--AA--G--A--A-GAC-CAGC-GTAG-GGAAA--T-AA-TA-TTTTAG---C-CAC-AA-GAT-GGC-AGAC-AAAGG--ATG-T--AA-------TTTg
gi|15                         :                                                                                                                                                                   aaaaacTTTTTG---TCCGCAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTAG-C-T-C--AAAGTGTTGgcatggggtgt
gi|16                         :                                                                                                    tgtctaagctacagataagaacgatt--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-GAAGG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTatgaga
gi|17                         :                                                                                                                      -AGAAGTT--AC--A--A--A-GCC-CAAC-ATA--AGAAA--T-ACAGATATTTTG---TCCGC-AA-GATGGGCGGGCC-AA
gi|18                         :                                                        gatTACTTTAATTG-AT-ATAAAA-T-CATCTGATCAC-ATCTCAAA-GATA-CAGA-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-
gi|19                         :                                                                                        AA--AT-ATGTCAAA-GCTA-CAGA-TA-A-AAA------------------GGC-GAAC-AGAT-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---TCCAC
gi|2                          :                                                        cTTTACT-CAATTG-AT-AT-AAA-T-G---T-A--AA-ATCTC-AAAGATA-CAGA-TACA-AAAAGTT--AC--ACCA--A-GGCACTACTGTAG-GGAAAT-T-GT-GACTTTTGGTTTCTCACAA----------GTCC----GA--CCG-T--A----------TT-C-G-CCAAAAGT-GTGGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                               cccaccttgggcatctacttgtaagAA-GATTGGC-GGCC-AAGG---ATG-T--AACTTTCGCCTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGGT
gi|3                          :                                                        cTTTACTGCAATTG-AT-ATAAAAATAG---CAA--GG-ATC---AAAGTTA-GAGA-TA-ACGAAAGTTTAGC--A--A--AAGGC-CATC-GTAAAGGAAA--T-AA-GTCTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTTAA-G-T--AAAGTTGTTGATAGGcta
gi|4                          :                                                         TTGACTGCAGTTG-TTGAAAAAA-T-A---TCA--AA---TTCCAAAGCTA-TGGA-TC-A-GAAAATG--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-CATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC----GG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTGggta
gi|5                          :                                                       agTTTACT-TAATTG-AT-ATAAAA-A-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGATA-CAGA-TA-A-AAAGTTT--AC--A--A--A-GGC-CAAT-GTAG-GGAAA--T-GT-GATTGTTTT---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGGAAACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGTagggntcaaat
gi|7                          :                                                                CAATTGGAT-ATTAAA-T-G---TAA--A---TCTCAAAGATAA-GAGA-TA-A-AAAAGTT--ACATA--A--A-GGC-TCTT-GTAG-GGAAA--T-GT---CTTTTTC---CTCACAAAGGAT-GGG-GACC-AAGGG--A-G-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTTGTG
gi|8                          :                                              tagttgtactttTTACTTCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TCA--AA--TCTCAAA--GTA-CA-A-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC--AGT-GTAG-G--AA--T-GT-GACTTTTTT---CTCACAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACA-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGttg
gi|9                          :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATGCA--T-G---TAA--AG-ATATCA----------GA-TA---------T---C--A--A--A-GGC-CAAC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG----TCCTAAA-AAT-GGC-AGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTG-A-G-T--GAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    111      111       111                                                                               111                            1111111                            
lowQualScore                  :                                                               7      3  7      3 3 000 4 44 444 1     000  2    2  444    0  33  33 66 33 2   2    5    2     55 2  2        55555      555  5   2  1 5     44   3 88  0000000    3 3 6 44     8          
lowQualScore                  :                                                               .      .  .      . . ... . .. ... .     ...  .    .  ...    .  ..  .. .. .. .   .    .    .     .. .  .        .....      ...  .   .  . .     ..   . ..  .......    . . . ..     .          
lowQualScore                  :                                                               5      6  3      6 6 000 4 66 333 0     555  9    7  666    2  22  22 55 22 4   5    0    5     99 5  5        55555      111  7   9  1 7     22   1 55  0000000    3 3 7 66     2          
consensus                     :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( family-91 )       :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|1                          :                                                             CTTCAATCG-TG-ATAAAA-T-G---TAA--AA--TTTCAAAGATTA-CAGAATA-A-AAAAGTT--AC--ACAA--A-GGC-CAACTGTAG-GGAAACAT-GT-GACTTTTT----CT-ACAA--GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACGGT--AA-------CTTT-CCG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|10                         :                          ccaccttgggcattataatcgtactataaccTTTACTGCCAATG-AT-ACAAAA-T-G---T-----------CAAA-GTTA-CAGA-TG-C-AAAACTT--AC--A--A--A-GAT-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---GTCc
gi|11                         :                                                                                      caccttggggcattattgtagA-CAGA-TC-A-GAAAATT--AC--A--TTTA-GAC-CAAC-GTAG-GGTGA--TGGC-GAcgcaa
gi|12                         : cccaccctgggacattattgtagttgacaacaactggccgaaagataacatatgttaattcaGCAATGG-ATGAAAAAA-T-AA--CAA--AACATATGAAAACATAACAGA-TT-A-GAAAATC--AC--A--A--A-GGC-CAAC-ATAG-GGAAA--T-GC-
gi|13                         :                                                                             tgctggtgcattgttgtagttgacAAAGTTA-CAGA-TA-C-GAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CATC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-A-G-T--AAAGtatg
gi|14                         :                                                                                                            atcGA-TC-A-GACAATT--AA--G--A--A-GAC-CAGC-GTAG-GGAAA--T-AA-TA-TTTTAG---C-CAC-AA-GAT-GGC-AGAC-AAAGG--ATG-T--AA-------TTTg
gi|15                         :                                                                                                                                                                   aaaaacTTTTTG---TCCGCAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTAG-C-T-C--AAAGTGTTGgcatggggtgt
gi|16                         :                                                                                                    tgtctaagctacagataagaacgatt--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-GAAGG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTatgaga
gi|17                         :                                                                                                                      -AGAAGTT--AC--A--A--A-GCC-CAAC-ATA--AGAAA--T-ACAGATATTTTG---TCCGC-AA-GATGGGCGGGCC-AA
gi|18                         :                                                        gatTACTTTAATTG-AT-ATAAAA-T-CATCTGATCAC-ATCTCAAA-GATA-CAGA-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-
gi|19                         :                                                                                        AA--AT-ATGTCAAA-GCTA-CAGA-TA-A-AAA------------------GGC-GAAC-AGAT-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---TCCAC
gi|2                          :                                                        cTTTACT-CAATTG-AT-AT-AAA-T-G---T-A--AA-ATCTC-AAAGATA-CAGA-TACA-AAAAGTT--AC--ACCA--A-GGCACTACTGTAG-GGAAAT-T-GT-GACTTTTGGTTTCTCACAA----------GTCC----GA--CCG-T--A----------TT-C-G-CCAAAAGT-GTGGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                               cccaccttgggcatctacttgtaagAA-GATTGGC-GGCC-AAGG---ATG-T--AACTTTCGCCTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGGT
gi|3                          :                                                        cTTTACTGCAATTG-AT-ATAAAAATAG---CAA--GG-ATC---AAAGTTA-GAGA-TA-ACGAAAGTTTAGC--A--A--AAGGC-CATC-GTAAAGGAAA--T-AA-GTCTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTTAA-G-T--AAAGTTGTTGATAGGcta
gi|4                          :                                                         TTGACTGCAGTTG-TTGAAAAAA-T-A---TCA--AA---TTCCAAAGCTA-TGGA-TC-A-GAAAATG--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-CATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC----GG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTGggta
gi|5                          :                                                       agTTTACT-TAATTG-AT-ATAAAA-A-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGATA-CAGA-TA-A-AAAGTTT--AC--A--A--A-GGC-CAAT-GTAG-GGAAA--T-GT-GATTGTTTT---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGGAAACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGTagggntcaaat
gi|7                          :                                                                CAATTGGAT-ATTAAA-T-G---TAA--A---TCTCAAAGATAA-GAGA-TA-A-AAAAGTT--ACATA--A--A-GGC-TCTT-GTAG-GGAAA--T-GT---CTTTTTC---CTCACAAAGGAT-GGG-GACC-AAGGG--A-G-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTTGTG
gi|8                          :                                              tagttgtactttTTACTTCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TCA--AA--TCTCAAA--GTA-CA-A-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC--AGT-GTAG-G--AA--T-GT-GACTTTTTT---CTCACAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACA-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGttg
gi|9                          :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATGCA--T-G---TAA--AG-ATATCA----------GA-TA---------T---C--A--A--A-GGC-CAAC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG----TCCTAAA-AAT-GGC-AGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTG-A-G-T--GAAGTG


blockSeqs                     :                                                               G      G  G      A A ATC A TC ACA A     ACA  A    .  CA        TA  AT CC TT A   A    T    A     T  G  A        GTTTC      AGG  G   G  T A     AA   . AC  CTTTCGC    A . A CA     G
blockSeqs                     :                                                               G      .  G      . . A   G .  CA  C     AGT  .    .  AC        .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GG         AG   T   .  A A     .    . AC  .          . . A .      G
blockSeqs                     :                                                               T      .  .      . . .   A .  TA  G     AGA  .    .  C         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GT         AG   .   .  T .     .    . .   .          . . . .      T
blockSeqs                     :                                                               G      .  .      . . .   A .  AA  C     AGT  .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GC         AG   .   .  A .     .    . .   .          . . . .      G
blockSeqs                     :                                                               G      .  .      . . .   C .  GA  C     AGC  .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GT         AG   .   .  C .     .    . .   .          . . . .      G
blockSeqs                     :                                                               T      .  .      . . .   A .  AA  T     AGA  .    .  C         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        AC         AA   .   .  C .     .    . .   .          . . . .      T
blockSeqs                     :                                                               G      .  .      . . .   A .  GA  C     GAT  .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GT         A    .   .  C .     .    . .   .          . . . .      G
blockSeqs                     :                                                               .      .  .      . . .   C .  A   C     GT   .    .  G         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GT         G    .   .  T .     .    . .   .          . . . .      .
blockSeqs                     :                                                               .      .  .      . . .   A .  A   C     GA   .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        GT         A    .   .  A .     .    . .   .          . . . .      .
blockSeqs                     :                                                                      .  .      . . .   . .  .   A     GC   .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        AC         A    .   .  C .     .    . .   .          . . . .      .
blockSeqs                     :                                                                                        . .  .   .     G    .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        TC         A    .   .  C .     .    . .   .          . . . .       
blockSeqs                     :                                                                                                       .    .    .  A         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        CC         G    .   .  T .     .    . .   .                        
blockSeqs                     :                                                                                                            .    .  G         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        TC         .    .   .  T .                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                 .  .         .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .        G                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                              .   .  .  .  .   .    .    .     .  .  .                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                              .   .  .  .  .                                                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                             NA*                                     **                        **             GC***
originalCons                  :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--AA-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
finalCons                     :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---TAA--ANA-TCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTGC---TCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                               1        111                                                                               111                            1111111                            
lowQualScore                  :                                                               7      3  7      3 3 666 444 44 8  3     000  2    2  444    0  33  33 66 33 2   2    5    2     55 2  2        55555      555  5   2  1 5     44   3 88  0000000    3 3 6 44     8          
lowQualScore                  :                                                               .      .  .      . . ... ... .. .  .     ...  .    .  ...    .  ..  .. .. .. .   .    .    .     .. .  .        .....      ...  .   .  . .     ..   . ..  .......    . . . ..     .          
lowQualScore                  :                                                               5      6  3      6 6 444 999 66 4  8     555  9    7  666    2  22  22 55 22 4   5    0    5     99 5  5        55555      111  7   9  1 7     22   1 55  0000000    3 3 7 66     2          
consensus                     :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---T--AA--A-ATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
Reference ( family-91 )       :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---T--AA--ANATCTCAAAAGNTA-CAGA-TA-A-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGT
gi|1                          :                                                             CTTCAATCG-TG-ATAAAA-T-G---T--AA--A-ATTTCAAAGATTA-CAGAATA-A-AAAAGTT--AC--ACAA--A-GGC-CAACTGTAG-GGAAACAT-GT-GACTTTTT----CT-ACAA--GAT-GGC-GGCC-AAGGG--ACGGT--AA-------CTTT-CCG-C--AATGTGGTGGATTGGT
gi|10                         :                          ccaccttgggcattataatcgtactataaccTTTACTGCCAATG-AT-ACAAAA-T-G---T------------CAAA-GTTA-CAGA-TG-C-AAAACTT--AC--A--A--A-GAT-CAAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---GTCc
gi|11                         :                                                                                       caccttggggcattattgtagA-CAGA-TC-A-GAAAATT--AC--A--TTTA-GAC-CAAC-GTAG-GGTGA--TGGC-GAcgcaa
gi|12                         : cccaccctgggacattattgtagttgacaacaactggccgaaagataacatatgttaattcaGCAATGG-ATGAAAAAA-T-A---ACAAA--ACATATGAAAACATAACAGA-TT-A-GAAAATC--AC--A--A--A-GGC-CAAC-ATAG-GGAAA--T-GC-
gi|13                         :                                                                              tgctggtgcattgttgtagttgacAAAGTTA-CAGA-TA-C-GAAAGTT--AC--A--A--A-GGC-CATC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTT-A-G-T--AAAGtatg
gi|14                         :                                                                                                             atcGA-TC-A-GACAATT--AA--G--A--A-GAC-CAGC-GTAG-GGAAA--T-AA-TA-TTTTAG---C-CAC-AA-GAT-GGC-AGAC-AAAGG--ATG-T--AA-------TTTg
gi|15                         :                                                                                                                                                                    aaaaacTTTTTG---TCCGCAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTAG-C-T-C--AAAGTGTTGgcatggggtgt
gi|16                         :                                                                                                     tgtctaagctacagataagaacgatt--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-GATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC-GAAGG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTatgaga
gi|17                         :                                                                                                                       -AGAAGTT--AC--A--A--A-GCC-CAAC-ATA--AGAAA--T-ACAGATATTTTG---TCCGC-AA-GATGGGCGGGCC-AA
gi|18                         :                                                        gatTACTTTAATTG-AT-ATAAAA-T-CATCT--GATCACATCTCAAA-GATA-CAGA-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-
gi|19                         :                                                                                        --AA--ATATGTCAAA-GCTA-CAGA-TA-A-AAA------------------GGC-GAAC-AGAT-GGAAA--T-GC-GACTTTTTG---TCCAC
gi|2                          :                                                        cTTTACT-CAATTG-AT-AT-AAA-T-G---T--AA--A-ATCTC-AAAGATA-CAGA-TACA-AAAAGTT--AC--ACCA--A-GGCACTACTGTAG-GGAAAT-T-GT-GACTTTTGGTTTCTCACAA----------GTCC----GA--CCG-T--A----------TT-C-G-CCAAAAGT-GTGGATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                cccaccttgggcatctacttgtaagAA-GATTGGC-GGCC-AAGG---ATG-T--AACTTTCGCCTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGGT
gi|3                          :                                                        cTTTACTGCAATTG-AT-ATAAAAATAG---C--AA--GGATC---AAAGTTA-GAGA-TA-ACGAAAGTTTAGC--A--A--AAGGC-CATC-GTAAAGGAAA--T-AA-GTCTTTTTG---TCCGCAAA--AT-GGC-GGTC-AAGGG--ACG-T--AA-------CTTTAA-G-T--AAAGTTGTTGATAGGcta
gi|4                          :                                                         TTGACTGCAGTTG-TTGAAAAAA-T-A---T--CA--A-AT-TCCAAAGCTA-TGGA-TC-A-GAAAATG--AC--A--C--A-GAC-CCAC-GTAG-GGAAA--T-GC-CATTTTTCA---CT-ACAAA--AT-GAC-AGAC----GG--ACG-TACAG-------CTTT-C-GAC--TAAGTGGTGggta
gi|5                          :                                                       agTTTACT-TAATTG-AT-ATAAAA-A-G---T--AA--AAATCTCAAAAGATA-CAGA-TA-A-AAAGTTT--AC--A--A--A-GGC-CAAT-GTAG-GGAAA--T-GT-GATTGTTTT---CTCACAAA-GAT-GGC-GGCC-AAGGGAAACG-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTGGTGGATTGGTagggntcaaat
gi|7                          :                                                                CAATTGGAT-ATTAAA-T-G---T--AA--A--TCTCAAAGATAA-GAGA-TA-A-AAAAGTT--ACATA--A--A-GGC-TCTT-GTAG-GGAAA--T-GT---CTTTTTC---CTCACAAAGGAT-GGG-GACC-AAGGG--A-G-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGTTGTG
gi|8                          :                                              tagttgtactttTTACTTCAATTG-AT-ATAAAA-T-G---T--CA--A-ATCTCAAA--GTA-CA-A-TA-G-AAAAGTT--AC--A--A--A-GGC--AGT-GTAG-G--AA--T-GT-GACTTTTTT---CTCACAA--GAT-GGT-GGTC-AAGGG--ACA-T--AA-------CTTT-C-G-C--AAAGT-GTGGATTGttg
gi|9                          :                                                         TTTACTGCAATTG-AT-ATGCA--T-G---T--AA--AGATATCA----------GA-TA---------T---C--A--A--A-GGC-CAAC-GTAA-GGAAA--T-AC-GACTTTTTG----TCCTAAA-AAT-GGC-AGTCAAAGGG--ACG-T--AA-------CTTG-A-G-T--GAAGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GTTGATTACAACTGATGAAAAATTAACAGATGTTACTACAAATCAGATGATTACAAAGGCCAAATTAGAAAAAAAAATTCCACTGCAAAATGGCAGACAACAACATACATTTAAACTTGCAGTGAAGTGCTGATCAATATG