lowQualScore : 1111 111 1111111 11111111 11 111111111 22 11 1 1111 1 11 111 333 222 111 1 1 2 1 4444 222222 1 1 44444444 1 1 33 222 33 1 333333333 555555555 1 3333 1
lowQualScore : 1 22 1111 222 5555555 222 2 2 11 2 4 2 11 2 000 3333 44444 2222 1 2 4444 33 1 4444 33 1 1 11 1 777777 11 22 0000000 22222222 44 6 3 5555 77 3 3 77 55 444444444 44 33 5 77 5 3 0 3 5 5 6 6 8 8 7777 1 8 0 33 777 3 1 7 7 6 444 333 777 3 3 7 6 3 3 4444 6 222222 3 3 7 1 66666666 5 5 55 111 00 5 888888888 555555555 5 4444 5
lowQualScore : . .. .... ... ....... ... . . .. . . . .. . ... .... ..... .... . . .... .. . .... .. . . .. . ...... .. .. ....... ........ .. . . .... .. . . .. .. ......... .. .. . .. . . . . . . . . . . .... . . . .. ... . . . . . ... ... ... . . . . . . .... . ...... . . . . ........ . . .. ... .. . ......... ......... . .... .
lowQualScore : 7 33 0000 888 2222222 777 8 8 99 8 1 8 99 0 999 1111 77777 8888 3 6 0000 00 3 0000 00 2 3 88 3 333333 99 11 4444444 11111111 66 7 6 4444 99 6 6 11 00 555555555 00 66 7 99 0 9 0 9 7 7 7 7 0 0 0000 4 0 0 88 555 2 2 3 3 7 000 333 777 3 3 3 7 7 3 7777 7 000000 3 3 3 0 55555555 5 5 00 000 55 5 555555555 000000000 5 5555 5
consensus : AAATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGAT-AG-GAAA--T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAA-GAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAGATAGCAGCATGCACAACATATACACGTTACACTGGACAGAAAGGAAAGGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATGACACAGAGATNNCACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
Reference ( gi|1 ) : AAATA-GAAT--A--ATA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGAT-AT-GAAA--T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAAATAAAGC-AACACAAAAC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAACATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGAAAATGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAG--TATACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|2 : AAATA-GAAT--A---TA---TT-------TA---TTTA-A--GT--C-GGT--TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC-----AG--A--A-GC--TTT--------AA--C---GACATC-------AT--------A--ACAT-AA-A--C-AAAAAC-AAAAA-TGATAAT-GAAA--T----------AAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--T-AAAAAATAAAGCAAACAC-AAAC-G--AT-TA-TTAAACTAA-TCACA-AGTGGGATAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACAGGGCACAGACAAGC-CTAATATGGTATAATT-TTTAAAG---ATGTTGC-ATAA-GCAACT-AAAGTATGGTAAA-GAATGG-TGTATAT-ATGAAACATCGAG--TAAA-CTAACTAACAGAACATC-AATAGATAGCAGCA-GCACAACATATACACGTTACACTGGA-AAAAAGAAA--GAAC-AACAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATG-CACAGAGATTACACCAGTTAGACTGAACA-GCTGTA
gi|3 : tAATTA-GAATGGA--AAA---TT-------TA---TTTA-AA--T--C-G-TA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-CC---A--ATC-TC----CAG--A--A-GC--TTT-TTT----AC--CC--GACATAG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAA---------TGAT-A--GAAAAGT---------AAAAAACTAAGCATGCA-TGA-CATA-CAAAAATAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAATGTA-A-AAACT-A-TCACATA----GGTAATAACACAGACGTGTCCAGA--TAATATACTAGGCACAGACAAGCACTAAT-TG-TATAA-TATTTAAAAGAAATGTTGC-A-AAAGC-ACTAAAAGTATG-TAAA-GAATGT-TAAA-T--ATGAAA-AT--GG--TAAAACT-ACTAACAGAGCATCAA-TA---AGCAGCATGCACAAC-TATACA--TTACACTG-ACAGAAAGGAAAGGAACAAACAA---------ACACAAC---------ATGACACAGAG--GTTACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCCac
gi|30 : AAATA--AAT--A---TA-------------A---TTTC-AA-GT--T-GGTA-TG-C--ACAT--GTAATAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-G
gi|7 : gatgAATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-TT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATCGGATTCGAT--------A--ACAT-AA-A-A---------------TGAT-AG-GAAA--T---------AAAAAATTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACA
gi|6 : agAATA-GAAT--A--AAG---AT-------TA---TTTA-AA-G---C-GGTA-TG-T--AAA---GCAACAA---AT-----ACA----AACA-C----AGGAGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-ACGCAAAAAAC-AAAAATTGAT-AG-GAAA--TAAAAAAAAAAAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGCAAACACAAAGC-AGAAT-
gi|9 : AATA-GAAT--A--AGA---TTAAATAATTA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATCA------AT--------A--ACAT---------AAAAAC-AAAAA-TGAT-AG-GAAA--T---------AAAAAACTAAAC
gi|25 : AATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAT--A-GA-GC--TTT-T------AA--C
gi|17 : AATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CACC----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--GACA
gi|14 : gAATA-GAAT--A--AGA---TT--------A---TTTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC--C----CAG--AGGA-GCCTTTT-T------AA--CC--GACA
gi|23 : gAATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---ATTA-AA-GT--C-GATA-TG-C--ACAA--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--C
gi|26 : AATA-GAAT--A--AGA---GT-------TA---TT----A-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GCAACAA---------------------------A--AGC-TCTGGACAG--A-GA-GC--TTT-T------GT--CC--GACAag
gi|12 : gAATA-GAAT--A---TAGACTT-------TACCTTTTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----CTATCATA-CAGC----A--AGCTTC----CAGTCA-GG-GC--TTT-T------AA--
gi|24 : acgATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--Gatcc
gi|21 : ATA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GA
gi|20 : ATA-GAAT--A--AAA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-AGTA-TG-C--ACAT--GCAAC-A---AT-----ACA----A-CA-CAATTA--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CT--GA
gi|16 : ATATGAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-A----A--AGC-TC----TCT--G-GA-GC--TTT-T------GA--CC--AACGT
gi|19 : ATA-GA-T--A--AGC---TT-------TG---TTTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------GTA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-TTA----GA--CC--GACAa
gi|32 : ATA-GAAT--AGAAGA---TT-------TA---TTTATAA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-
gi|15 : TA-GAAT--A--ATA---TT-------TA---TTTATAA-GT--C-GGTA-TG-C--CAAAT-GTAACCA---CA-----CCA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAGT-A-GA-GC--TTT-G------AACCCC--GACA
gi|31 : TA-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TCTA-AA-GT--C-GCTT-TG-C--ACAT--GTA--------------ACA----A-TG-C----A--AG------------------GC--TTT-T------GA--CC--GA
gi|5 : A-GAAT--A--TGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--GACATCA------AT--------A--ACTTAAA-A-AC-AAAAAC--AAAA-TGAC-AA-GAAA--T---------AAAAAAA-AAATAAGC-ATG--CATA-AATA--TAAAACGACAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAAAAACACAGAC-TAT
gi|10 : A-GGAT--A--AAA---TT--------A---TT---AA-AT--C-GGTAATG-C--AAA---GCAATTA----T-----ACA------CA-C----A--AG--TC----C-G--A-GA-GC--TTT-T------AA--CCCGGACATCA------AT--------ATAGCAT-AATA-AC-AAAAAC-AAATA-C-AT-TTGGAAA--T---------ACAAAACTAA
gi|33 : atg-GAAT--A--AGA---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAC--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--aaa
gi|18 : -GGAT--A--AGC---TT-------TA---TTTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------ATA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-AA-TT--TTT-TTTTTTAAA--CC--GAC
gi|29 : TA---TT-------TA---TTTG-AA-GT--CGGGTA-TA-C--A------TTACAA---AT-------A----A-CA-T----T--AGC-TC----TAA--A-GA-GC--TAT-T------TA--CC--GA
gi|11 : ---TTTA-AA-GTATC-AGCA-CA-C--T-----GTAACAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-CCA---CAG--A-GAAGC--TTTGT------GA--CC--GCCACTG------ATCATGTAAAA--AAAA-AA-A-AA-AAAAAA-AAAAA-TGAC-AA-GAAT--T---------Ag
gi|13 : tTA-AA-GT--CTGGTA-TG-C--ACAT--GTAACAA---AT-----ACA------CA-C----G--AGC-TC----CAA--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--GA
gi|28 : acaaaatcaaagaacatgcagatttttatgaaacaTA-AA-GT--C-GGTA-TA-CCCAAAT--GTAACAATTAATT----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--G
gi|4 : atacagA-AG-GT--C-GGTA-TG-C--AAAATAGCAACAA---ATTAACAACA----A-CA-C----AG-AAC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GAC-TCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGAT-AG-GAAA--T----------AAAAACTAAACAAGC-ATGCCCATACCAAA--T-AAAAGATAAAGC-AACACAAAGCAGGAAT-TATTTAAACT-ATTCACC-A----TGTAATAACACAGAC-TGTC-AGACTTA---T-CTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA----TTAAAG---ATGTTGCAA-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGGTTGTA-AATATGAAACAT--GGTTTAAA-CT-ACT-ACAGAGCA
gi|35 : gatcttataataAACAA----T-----GAA----A-CG-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-TC--TTT-T------
gi|16 : -CA-A----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------tgacca
gi|22 : atatgaataagatttatttaaagtcggtatgcaaatgtaacaaatacaacA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA--CC--GACACCA------AT--------A--ACATGAA-A-AC-AAAAAC--AAGA-TGAC-AA-GAAA--T---------AAGAAA-TAAaccaacgta
gi|36 : --AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATCA------AT--------A--GCAT-
gi|8 : G--A-GA-GC--TTT-T------AA--CC--GACATGG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAACAAAAAA-TGAT-AG-GAAA--T---------AAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--CAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-
gi|27 : GC-CACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCATA-A----GGTTAAAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTTGACACTGAtttttaaaactaaactattaaactta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATCAGAAAGTAGTACAGTACAGAGTACAGAGCTGTTATTAAAAATCT
Unaligned ( gi|37 ): CCTTTATATAAAGTCAGCAAGTCATATATAACAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATATGATACGCTTTATTTAAAGTCGGCAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 11 11 1111 11 111 222 111 111 1 1 2 1 3333 11 11 1 1 222 2 1 11111111 33333
lowQualScore : 1 22 33 1 1 4444444 333 22 2 2 11 2 4 2 33 0 555 4444444444 2222 1 2 4444 33 1 4444 33 1 1 33 1 777777 222 22 888888 11111111 44 6 3 3 3 66 3 3 3 333333333 88 11 5 66 8 5 5 5 5 6 6 4444 6 8 11 444 0 3 3 2 333 777 111 0 0 3 2 0 0 1111 2 33 33 0 0 3 7 7 999 7 7 3 6 6 0 2 3 7 7 55555555 7 00000 7
lowQualScore : . .. .. . . ....... ... .. . . .. . . . .. . ... .......... .... . . .... .. . .... .. . . .. . ...... ... .. ...... ........ .. . . . . .. . . . ......... .. .. . .. . . . . . . . .... . . .. ... . . . . ... ... ... . . . . . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . . . . . . . ........ . ..... .
lowQualScore : 6 22 88 5 5 8888888 999 00 7 7 88 7 0 7 22 8 999 6666666666 7777 3 6 0000 00 3 0000 00 2 3 11 3 333333 333 00 888888 22222222 22 2 3 3 3 55 3 3 3 333333333 88 99 0 99 9 0 0 7 7 7 7 2222 7 0 00 000 8 2 2 5 222 555 000 0 0 2 5 0 0 2222 5 88 88 0 0 2 3 3 000 3 3 3 7 7 7 0 7 3 3 33333333 3 00000 3
consensus : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
Reference ( family-86 ) : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAA-GAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAGATAGCAGCATGCACAACATATACACGTTACACTGGACAGAAAGGAAAGGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATGACACAGAGATNNCACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|1 : AAATA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAT-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAAATAAAGC-AACACAAAAC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAACATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGAAAATGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAG--TATACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|10 : A-GGAT--A--AAA-T-T--------A---T--T---AA-AT--C-GGTAATG-C--AAA---GCAATTA----T-----ACA------CA-C----A--AG--TC----C-G--A-GA-GC--TTT-T------AA---CCCGGACATCA------AT--------ATAGCAT-AATA-AC-AAAAAC-AAATA-CATTTG-GAAA-T---------ACAAAACTAA
gi|11 : atg---T--TTA-AA-GTATC-AGCA-CA-C-----T--GTAACAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-CCA---CAG--A-GAAGC--TTTGT------GA---CC--GCCACTG------ATCATGTAAAA--AAAA-AA-A-AA-AAAAAA-AAAAA-TGACAA-GAAT-T---------Aaaa
gi|12 : tAATA-GAAT--AT-AGACT-T-------TACCTT--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----CTATCATA-CAGC----A--AGCTTC----CAGTCA-GG-GC--TTT-T------AA---
gi|13 : acgTA-AA-GT--CTGGTA-TG-C--ACAT--GTAACAA---AT-----ACA------CA-C----G--AGC-TC----CAA--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GAatcc
gi|14 : acaaaatcaaagaacatgcagatttttatgaaacaAATA-GAAT--A--AGA-T-T--------A---T--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC--C----CAG--AGGA-GCCTTTT-T------AA---CC--GACA
gi|15 : gTA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-CC-AAAT--GTAACCA---CA-----CCA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAGT-A-GA-GC---TT-T------GAACCCC--GACA
gi|16 : ATATGAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-A----A--AGC-TC----TCT--G-GA-GC--TTT-T------GA---CC--AACGT
gi|17 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CACC----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACAa
gi|18 : g-GGAT--A--AGC-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------ATA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-AA-TT--TTT-TTTTTTAAA---CC--GAC
gi|19 : ATA-GA-T--A--AGC-T-T-------TG---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------GTA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-TTA----GA---CC--GACA
gi|2 : AAATA-GAAT--A---TA-T-T-------TA---T--TTA-A--GT--C-GGT--TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC-----AG--A--A-GC--TTT---------A---AC--GACATC-------AT--------A--ACAT-AA-A--C-AAAAAC-AAAAA-TGATAATGAAA-T----------AAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAA-ATAAAGCAAACACAAA-C-G--AT-TA-TTAAACTAA-TCACA-AGTGGGATAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACAGGGCACAGACAAGC-CTAATATGGTATAATT-TTTAAAG---ATGTTGC-ATAA-GCAACT-AAAGTATGGTAAA-GAATGG-TGTATAT-ATGAAACATCGAG--TAAA-CTAACTAACAGAACATC-AATAGATAGCAGCA-GCACAACATATACACGTTACACTGGA-AAAAAG--AAAGAAC-AACAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATG-CACAGAGATTACACCAGTTAGACTGAACA-GCTGTA
gi|20 : tATA-GAAT--A--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-AGTA-TG-C--ACAT--GCAAC-A---AT-----ACA----A-CA-CAATTA--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CT--GAac
gi|21 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GA
gi|22 : A-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACACCA------AT--------A--ACATGAA-A-AC-AAAAAC--AAGA-TGACAA-GAAA-T---------AAGAAA-TAA
gi|23 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---A--TTA-AA-GT--C-GATA-TG-C--ACAA--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---C
gi|24 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--Gag
gi|25 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAT--A-GA-GC--TTT-T------AA---C
gi|26 : AATA-GAAT--A--AGA-G-T-------TA---T--T----A-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GCAACAA---------------------------A--AGC-TCTGGACAG--A-GA-GC--TTT-T------GT---CC--GACA
gi|27 : gGC-CACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCATA-A----GGTTAAAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTTGACACTGA
gi|28 : TA-AA-GT--C-GGTA-TA-CCCAAAT--GTAACAATTAATT----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--G
gi|29 : atacagA-T-T-------TA---T--TTG-AA-GT--CGGGTA-TA-C--A------TTACAA---AT-------A----A-CA-T----T--AGC-TC----TAA--A-GA-GC--TAT-T------TA---CC--GA
gi|3 : tAATTA-GAATGGA--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA--T--C-G-TA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-CC---A--ATC-TC----CAG--A--A-GC--TTT-TTT----AC---CC--GACATAG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAA---------TGATAG-AAAAGT---------AAAAAACTAAGCATGCA-TGA-CATA-CAAAAATAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAATGTA-A-AAACT-A-TCACATA----GGTAATAACACAGACGTGTCCAGA--TAATATACTAGGCACAGACAAGCACTAAT-TG-TATAA-TATTTAAAAGAAATGTTGC-A-AAAGC-ACTAAAAGTATG-TAAA-GAATGT-TAAA-T--ATGAAA-AT--GG--TAAAACT-ACTAACAGAGCATCAA-TA---AGCAGCATGCACAAC-TATACA--TTACACTG-ACAGAAAGGAAAGGAACAAACAA---------ACACAAC---------ATGACACAGAGGTT--ACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCCg
gi|30 : ATG-AAAT--A--A-A-T-A-------TAA--T--TTC-AA-GT--T-GGTA-TG-C--ACAT--GTAATAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-G
gi|31 : gTA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--CTA-AA-GT--C-GCTT-TG-C--ACAT--GTAACAA-------------------TG-C----A--AG------------------GC--TTT-T------GA---CC--GA
gi|32 : ATA-GAAT--AGAAGA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-
gi|33 : -GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAC--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--
gi|35 : AACAA----T-----GAA----A-CG-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-TCT-TTT-T------GA---CC--
gi|36 : --AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--GCAT-a
gi|4 : GA-TCT-------TA---TAATAA-AG-GT--C-GGTA-TG-C--AAAATAGCAACAA---ATTAACAACA----A-CA-C----AG-AAC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GAC-TCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T----------AAAAACTAAACAAGC-ATGCCCATACCAAA--T-AAAAGATAAAGC-AACACAAAGCAGGAAT-TATTTAAACT-ATTCACC-A----TGTAATAACACAGAC-TGTC-AGACTTA---T-CTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA----TTAAAG---ATGTTGCAA-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGGTTGTA-AATATGAAACAT--GGTTTAAA-CT-ACT-ACAGAGCA
gi|5 : A-GAAT--A--TGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCA------AT--------A--ACTTAAA-A-AC-AAAAAC--AAAA-TGACAA-GAAA-T---------AAAAAAA-AAATAAGC-ATG--CATA-AATA--TAAAACGACAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAAAAACACAGAC-TAT
gi|6 : AATA-GAAT--A--AAG-A-T-------TA---T--TTA-AA-G---C-GGTA-TG-T--AAA---GCAACAA---AT-----ACA----AACA-C----AGGAGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-ACGCAAAAAAC-AAAAATTGATAG-GAAA-TAAAAAAAAAAAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGCAAACACAAAGC-AGAAT-
gi|7 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-TT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCGGATTCGAT--------A--ACAT-AA-A-A---------------TGATAG-GAAA-T---------AAAAAATTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACA
gi|8 : agG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATGG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAACAAAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--CAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-
gi|9 : AATA-GAAT--A--AGA-T-TAAATAATTA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--ACAT---------AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAACtttttaaaactaaactattaaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATCAGAAAGTAGTACAGTACAGAGTACAGAGCTGTTATTAAAAATCT
Unaligned ( gi|37 ): CCTTTATATAAAGTCAGCAAGTCATATATAACAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATATGATACGCTTTATTTAAAGTCGGCAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 11 11 1111 11 111 222 111 111 1 1 1 1 3333 11 11 1 1 222 22 1 11111111 1
lowQualScore : 1 22 33 1 1 4444444 333 22 2 2 11 2 4 2 33 0 555 4444444444 2222 1 2 4444 33 1 4444 33 1 1 33 1 777777 222 22 888888 11111111 44 6 3 3 3 66 3 3 3 333333333 88 11 5 66 8 5 5 5 5 6 6 4444 6 8 11 444 0 3 3 2 333 777 111 0 0 3 2 5 0 1111 2 33 33 0 0 3 7 7 555 7 7 00 6 6 2 1 7 7 33333333 7 2 7 7
lowQualScore : . .. .. . . ....... ... .. . . .. . . . .. . ... .......... .... . . .... .. . .... .. . . .. . ...... ... .. ...... ........ .. . . . . .. . . . ......... .. .. . .. . . . . . . . .... . . .. ... . . . . ... ... ... . . . . . . .... . .. .. . . . . . ... . . .. . . . . . . ........ . . . .
lowQualScore : 6 22 88 5 5 8888888 999 00 7 7 88 7 0 7 22 8 999 6666666666 7777 3 6 0000 00 3 0000 00 2 3 11 3 333333 333 00 888888 22222222 22 2 3 3 3 55 3 3 3 333333333 88 99 0 99 9 0 0 7 7 7 7 2222 7 0 00 000 8 2 2 5 222 555 000 0 0 2 5 5 0 2222 5 88 88 0 0 2 3 3 000 3 3 00 7 7 0 0 3 3 33333333 3 0 3 3
consensus : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
Reference ( family-86 ) : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|1 : AAATA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAT-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAAATAAAGC-AACACAAAAC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAACATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGAAAATGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAG--TATACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|10 : A-GGAT--A--AAA-T-T--------A---T--T---AA-AT--C-GGTAATG-C--AAA---GCAATTA----T-----ACA------CA-C----A--AG--TC----C-G--A-GA-GC--TTT-T------AA---CCCGGACATCA------AT--------ATAGCAT-AATA-AC-AAAAAC-AAATA-CATTTG-GAAA-T---------ACAAAACTAA
gi|11 : atg---T--TTA-AA-GTATC-AGCA-CA-C-----T--GTAACAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-CCA---CAG--A-GAAGC--TTTGT------GA---CC--GCCACTG------ATCATGTAAAA--AAAA-AA-A-AA-AAAAAA-AAAAA-TGACAA-GAAT-T---------Aaaa
gi|12 : tAATA-GAAT--AT-AGACT-T-------TACCTT--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----CTATCATA-CAGC----A--AGCTTC----CAGTCA-GG-GC--TTT-T------AA---
gi|13 : acgTA-AA-GT--CTGGTA-TG-C--ACAT--GTAACAA---AT-----ACA------CA-C----G--AGC-TC----CAA--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GAatcc
gi|14 : acaaaatcaaagaacatgcagatttttatgaaacaAATA-GAAT--A--AGA-T-T--------A---T--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC--C----CAG--AGGA-GCCTTTT-T------AA---CC--GACA
gi|15 : gTA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-CC-AAAT--GTAACCA---CA-----CCA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAGT-A-GA-GC---TT-T------GAACCCC--GACA
gi|16 : ATATGAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-A----A--AGC-TC----TCT--G-GA-GC--TTT-T------GA---CC--AACGT
gi|17 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CACC----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACAa
gi|18 : g-GGAT--A--AGC-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------ATA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-AA-TT--TTT-TTTTTTAAA---CC--GAC
gi|19 : ATA-GA-T--A--AGC-T-T-------TG---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------GTA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-TTA----GA---CC--GACA
gi|2 : AAATA-GAAT--A---TA-T-T-------TA---T--TTA-A--GT--C-GGT--TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC-----AG--A--A-GC--TTT---------A---AC--GACATC-------AT--------A--ACAT-AA-A--C-AAAAAC-AAAAA-TGATAATGAAA-T----------AAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAA-ATAAAGCAAACACAAA-C-G--AT-TA-TTAAACTAA-TCACA-AGTGGGATAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACAGGGCACAGACAAGC-CTAATATGGTATAATT-TTTAAAG---ATGTTGC-ATAA-GCAACT-AAAGTATGGTAAA-GAATGG-TGTATAT-ATGAAACATCGAG--TAAA-CTAACTAACAGAACATC-AATAGATAGCAGCA-GCACAACATATACACGTTACACTGGA-AAAAAG--AAAGAAC-AACAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATG-CACAGAGATTACACCAGTTAGACTGAACA-GCTGTA
gi|20 : tATA-GAAT--A--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-AGTA-TG-C--ACAT--GCAAC-A---AT-----ACA----A-CA-CAATTA--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CT--GAac
gi|21 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GA
gi|22 : A-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACACCA------AT--------A--ACATGAA-A-AC-AAAAAC--AAGA-TGACAA-GAAA-T---------AAGAAA-TAA
gi|23 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---A--TTA-AA-GT--C-GATA-TG-C--ACAA--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---C
gi|24 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--Gag
gi|25 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAT--A-GA-GC--TTT-T------AA---C
gi|26 : AATA-GAAT--A--AGA-G-T-------TA---T--T----A-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GCAACAA---------------------------A--AGC-TCTGGACAG--A-GA-GC--TTT-T------GT---CC--GACA
gi|27 : gGC-CACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCATA-A----GGTTAAAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTTGACACTGA
gi|28 : TA-AA-GT--C-GGTA-TA-CCCAAAT--GTAACAATTAATT----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--G
gi|29 : atacagA-T-T-------TA---T--TTG-AA-GT--CGGGTA-TA-C--A------TTACAA---AT-------A----A-CA-T----T--AGC-TC----TAA--A-GA-GC--TAT-T------TA---CC--GA
gi|3 : tAATTA-GAATGGA--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA--T--C-G-TA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-CC---A--ATC-TC----CAG--A--A-GC--TTT-TTT----AC---CC--GACATAG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAA---------TGATAG-AAAAGT---------AAAAAACTAAGCATGCA-TGA-CATA-CAAAAATAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAATGTA-A-AAACT-A-TCACATA----GGTAATAACACAGACGTGTCCAGA--TAATATACTAGGCACAGACAAGCACTAAT-TG-TATAA-TATTTAAAAGAAATGTTGC-A-AAAGC-ACTAAAAGTATG-TAAA-GAATGT-TAAA-T--ATGAAA-AT--GG--TAAAACT-ACTAACAGAGCATCAA-TA---AGCAGCATGCACAAC-TATACA--TTACACTG-ACAGAAAGGAAAGGAACAAACAA---------ACACAAC---------ATGACACAGAGGTTAC--CAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCCg
gi|30 : ATG-AAAT--A--A-A-T-A-------TAA--T--TTC-AA-GT--T-GGTA-TG-C--ACAT--GTAATAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-G
gi|31 : gTA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--CTA-AA-GT--C-GCTT-TG-C--ACAT--GTAACAA-------------------TG-C----A--AG------------------GC--TTT-T------GA---CC--GA
gi|32 : ATA-GAAT--AGAAGA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-
gi|33 : -GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAC--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--
gi|35 : AACAA----T-----GAA----A-CG-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-TCT-TTT-T------GA---CC--
gi|36 : --AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--GCAT-a
gi|4 : GA-TCT-------TA---TAATAA-AG-GT--C-GGTA-TG-C--AAAATAGCAACAA---ATTAACAACA----A-CA-C----AG-AAC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GAC-TCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T----------AAAAACTAAACAAGC-ATGCCCATACCAAA--T-AAAAGATAAAGC-AACACAAAGCAGGAAT-TATTTAAACT-ATTCACC-A----TGTAATAACACAGAC-TGTC-AGACTTA---T-CTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA----TTAAAG---ATGTTGCAA-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGGTTGTA-AATATGAAACAT--GGTTTAAA-CT-ACT-ACAGAGCA
gi|5 : A-GAAT--A--TGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCA------AT--------A--ACTTAAA-A-AC-AAAAAC--AAAA-TGACAA-GAAA-T---------AAAAAAA-AAATAAGC-ATG--CATA-AATA--TAAAACGACAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAAAAACACAGAC-TAT
gi|6 : AATA-GAAT--A--AAG-A-T-------TA---T--TTA-AA-G---C-GGTA-TG-T--AAA---GCAACAA---AT-----ACA----AACA-C----AGGAGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-ACGCAAAAAAC-AAAAATTGATAG-GAAA-TAAAAAAAAAAAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGCAAACACAAAGC-AGAAT-
gi|7 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-TT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCGGATTCGAT--------A--ACAT-AA-A-A---------------TGATAG-GAAA-T---------AAAAAATTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACA
gi|8 : agG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATGG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAACAAAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGC-ATG--CATA-CAAA--CAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-
gi|9 : AATA-GAAT--A--AGA-T-TAAATAATTA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--ACAT---------AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAACtttttaaaactaaactattaaactta
blockSeqs : T GG GA C C AAATAAT CCT AA T A AT T A T CC ATA ATTAACA TCAT A G AATT GG T TGGA TC G A CT G TTTTTA ACC CG GATTCG CATGTAAA TA G T C A AA T T G AAAAAAAAA AA CC C AA A A G T A T T GTGG G C CT ATA A A G TT GAA AT A A A G T T TAT C CG TT A A A A A GAT T A CG G C G A A T TACAGAAT A A A T
blockSeqs : . . T . . . A . T A . G A T C T TTAATT . . C C G . A T . . T . TA . . . . . A . . . A . . . . A A . . A . . . . . . . . . . . A A G TA . AA . . A G . . AAT C . . . . A . . . . . . . . . G . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . A AT . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A*
originalCons : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
finalCons : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-AC-AAAAAC-AAAAA-TGATAG-GAAA-T---------AAAAAACTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AACACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT-A-TCACA-A----GGTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA-T-TTTAAAG---ATGTTGC-A-AA-GC-ACTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CT-ACTAACAGAGCATCAAATAG--AGCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATCAGAAAGTAGTACAGTACAGAGTACAGAGCTGTTATTAAAAATCT
Unaligned ( gi|37 ): CCTTTATATAAAGTCAGCAAGTCATATATAACAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATATGATACGCTTTATTTAAAGTCGGCAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111 1 11 1 1111 11 111 11 1 111 111 1 1 1 1 3333 11 11 1 1 2 11 22 1 11111111 1
lowQualScore : 1 22 33 1 1 4444444 333 22 2 2 11 2 4 2 33 0 555 4444444444 2222 1 2 4444 33 1 4444 33 1 1 33 1 777777 222 22 888888 11111111 44 6 3 3 3 3 3 3 3 3 444444444 0 11 5 66 4 4 5 5 5 3 6 4444 6 8 11 444 0 3 3 2 33 0 777 111 0 0 3 2 5 0 1111 2 33 33 0 0 3 3 6 88 7 7 00 6 6 2 1 7 7 33333333 7 2 7 7
lowQualScore : . .. .. . . ....... ... .. . . .. . . . .. . ... .......... .... . . .... .. . .... .. . . .. . ...... ... .. ...... ........ .. . . . . . . . . . ......... . .. . .. . . . . . . . .... . . .. ... . . . . .. . ... ... . . . . . . .... . .. .. . . . . . .. . . .. . . . . . . ........ . . . .
lowQualScore : 6 22 88 5 5 8888888 999 00 7 7 88 7 0 7 22 8 999 6666666666 7777 3 6 0000 00 3 0000 00 2 3 11 3 333333 333 00 888888 22222222 22 2 3 3 3 2 3 3 3 3 555555555 0 99 0 99 4 4 0 0 7 3 7 2222 7 0 00 000 8 2 2 5 22 0 555 000 0 0 2 5 5 0 2222 5 88 88 0 0 2 7 7 33 3 3 00 7 7 0 0 3 3 33333333 3 0 3 3
consensus : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAAA-CAAAA-AT-GATAG-GAAA-TAAAA---------AACTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AA-CACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACTA-TCACA-AG----GTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAAT-TTT-AAAG---ATGTTGC-A-AA-GCA-CTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CTA-CTAACAGAGCATCAA-TAGA--GCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
Reference ( family-86 ) : AAATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAN--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAAA-CAAAA-AT-GATAG-GAAA-TAAAA---------AACTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AA-CACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACTA-TCACA-AG----GTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAAT-TTT-AAAG---ATGTTGC-A-AA-GCA-CTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CTA-CTAACAGAGCATCAAATAGA--GCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGGAAANGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAGGTTACACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|1 : AAATA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAAA-CAAAA-AT-GATAT-GAAA-TAAAA---------AACTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAAAATAAAGC-AA-CACAAAAC-GGAAT-TA-TTAAACTA-TCACA-AG----GTAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAAT-TTT-AAAG---ATGTTGC-A-AA-GCA-CTAAAAGTATGGTAAATGAATGG-TGTA-A--ATGAAACAT--GG--TAAA-CTA-CTAACAGAACATCAAATAGA--GCAGCATGCACAACATATACA-GTTACACTGGACAAAAAGAAAATGAACAAACAATTTGAACAAACACAACTACAGAA-CATGACACAGAG--TATACCAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCC
gi|10 : A-GGAT--A--AAA-T-T--------A---T--T---AA-AT--C-GGTAATG-C--AAA---GCAATTA----T-----ACA------CA-C----A--AG--TC----C-G--A-GA-GC--TTT-T------AA---CCCGGACATCA------AT--------ATAGCAT-AATA-ACAAAAA-CAAAT-AC-ATTTG-GAAA-TACAA---------AACTAA
gi|11 : atg---T--TTA-AA-GTATC-AGCA-CA-C-----T--GTAACAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-CCA---CAG--A-GAAGC--TTTGT------GA---CC--GCCACTG------ATCATGTAAAA--AAAA-AA-A-AAAAAAA-AAAAA-AT-GACAA-GAAT-TAaaa
gi|12 : tAATA-GAAT--AT-AGACT-T-------TACCTT--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----CTATCATA-CAGC----A--AGCTTC----CAGTCA-GG-GC--TTT-T------AA---
gi|13 : acgTA-AA-GT--CTGGTA-TG-C--ACAT--GTAACAA---AT-----ACA------CA-C----G--AGC-TC----CAA--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GAatcc
gi|14 : acaaaatcaaagaacatgcagatttttatgaaacaAATA-GAAT--A--AGA-T-T--------A---T--TTA-AAAGT--C-GGTAATG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC--C----CAG--AGGA-GCCTTTT-T------AA---CC--GACA
gi|15 : gTA-GAAT--A--ATA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-CC-AAAT--GTAACCA---CA-----CCA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAGT-A-GA-GC---TT-T------GAACCCC--GACA
gi|16 : ATATGAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-A----A--AGC-TC----TCT--G-GA-GC--TTT-T------GA---CC--AACGT
gi|17 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CACC----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACAa
gi|18 : g-GGAT--A--AGC-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------ATA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-AA-TT--TTT-TTTTTTAAA---CC--GAC
gi|19 : ATA-GA-T--A--AGC-T-T-------TG---T--TTA-AA-GT--C-GGCA-AGTC--ATAT--ATAACAA---A------GTA----A-CA-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-TTA----GA---CC--GACA
gi|2 : AAATA-GAAT--A---TA-T-T-------TA---T--TTA-A--GT--C-GGT--TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC-----AG--A--A-GC--TTT---------A---AC--GACATC-------AT--------A--ACAT-AA-A--CAAAAA-CAAAA-AT-GATAATGAAA-TAAAA---------A-CTAAGCATGCAATG--CATA-CAAA--TAAAAA-ATAAAGC-AAACACAAA-C-G--AT-TA-TTAAACTAATCACA-AGTGGGATAATAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACAGGGCACAGACAAGC-CTAATATGGTATAAT-TTTTAAAG---ATGTTGC-ATAA-GCAACTAAA-GTATGGTAAA-GAATGG-TGTATAT-ATGAAACATCGAG--TAAA-CTAACTAACAGAACATCAA-TAGATAGCAGCA-GCACAACATATACACGTTACACTGGA-AAAAAG--AAAGAACAA-CAATTTGAACAAACACAACTACAGAATCATG-CACAGAGATTACACCAGTTAGACTGAACA-GCTGTA
gi|20 : tATA-GAAT--A--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-AGTA-TG-C--ACAT--GCAAC-A---AT-----ACA----A-CA-CAATTA--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CT--GAac
gi|21 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GA
gi|22 : A-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACACCA------AT--------A--ACATGAA-A-ACAAAAA-C-AAG-AT-GACAA-GAAA-TAAGA---------AA-TAA
gi|23 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---A--TTA-AA-GT--C-GATA-TG-C--ACAA--GTAAC-A---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---C
gi|24 : ATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--Gag
gi|25 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TA-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAT--A-GA-GC--TTT-T------AA---C
gi|26 : AATA-GAAT--A--AGA-G-T-------TA---T--T----A-GT--C-GGTA-TG-C--ACAT--GCAACAA---------------------------A--AGC-TCTGGACAG--A-GA-GC--TTT-T------GT---CC--GACA
gi|27 : gGC-CA-CACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACTA-TCATA-AG----GTTAAAACACAGAC-TGTC-AGA--TA---TACTTGACACTGA
gi|28 : TA-AA-GT--C-GGTA-TA-CCCAAAT--GTAACAATTAATT----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--G
gi|29 : atacagA-T-T-------TA---T--TTG-AA-GT--CGGGTA-TA-C--A------TTACAA---AT-------A----A-CA-T----T--AGC-TC----TAA--A-GA-GC--TAT-T------TA---CC--GA
gi|3 : tAATTA-GAATGGA--AAA-T-T-------TA---T--TTA-AA--T--C-G-TA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-CC---A--ATC-TC----CAG--A--A-GC--TTT-TTT----AC---CC--GACATAG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAA---------T-GATAG-AAAAGTAAAA---------AACTAAGCATGCA-TGA-CATA-CAAAAATAAAAAGATAAAGC-AA-CACAAAGC-GGAATGTA-A-AAACTA-TCACATAG----GTAATAACACAGACGTGTCCAGA--TAATATACTAGGCACAGACAAGCACTAAT-TG-TATAATATTT-AAAAGAAATGTTGC-A-AAAGCA-CTAAAAGTATG-TAAA-GAATGT-TAAA-T--ATGAAA-AT--GG--TAAAACTA-CTAACAGAGCATCAA-TA-A--GCAGCATGCACAAC-TATACA--TTACACTG-ACAGAAAGGAAAGGAACAAACAA---------ACACAAC---------ATGACACAGAGGTTAC--CAGTTAGACTGAACATGCTGTACACCCg
gi|30 : ATG-AAAT--A--A-A-T-A-------TAA--T--TTC-AA-GT--T-GGTA-TG-C--ACAT--GTAATAA----T-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TT----CAG--A-G
gi|31 : gTA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--CTA-AA-GT--C-GCTT-TG-C--ACAT--GTAACAA-------------------TG-C----A--AG------------------GC--TTT-T------GA---CC--GA
gi|32 : ATA-GAAT--AGAAGA-T-T-------TA---T--TTATAA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-
gi|33 : -GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAC--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--
gi|35 : AACAA----T-----GAA----A-CG-T----A--AGC-TC----CAG--A-GA-TCT-TTT-T------GA---CC--
gi|36 : --AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--GCAT-a
gi|4 : GA-TCT-------TA---TAATAA-AG-GT--C-GGTA-TG-C--AAAATAGCAACAA---ATTAACAACA----A-CA-C----AG-AAC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GAC-TCG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAAA-CAAAA-AT-GATAG-GAAA-T-AAA---------AACTAAACAAGCA-TGCCCATACCAAA--T-AAAAGATAAAGC-AA-CACAAAGCAGGAAT-TATTTAAACTATTCACC-AT----GTAATAACACAGAC-TGTC-AGACTTA---T-CTAGGCACAGACAAGCACTAATATGGTATAA---TT-AAAG---ATGTTGCAA-AA-GCA-CTAAAAGTATGGTAAATGAATGGTTGTA-AATATGAAACAT--GGTTTAAA-CTA-CT-ACAGAGCA
gi|5 : A-GAAT--A--TGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAT--GTAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------GA---CC--GACATCA------AT--------A--ACTTAAA-A-ACAAAAA-C-AAA-AT-GACAA-GAAA-TAAAA---------AAA-AAATAAGCA-TG--CATA-AATA--TAAAACGACAAAGC-AA-CACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACTA-TCACA-AG----GTAAAAACACAGAC-TAT
gi|6 : AATA-GAAT--A--AAG-A-T-------TA---T--TTA-AA-G---C-GGTA-TG-T--AAA---GCAACAA---AT-----ACA----AACA-C----AGGAGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCG------AT--------A--ACAT-AA-ACGCAAAAAACAAAA-ATTGATAG-GAAA-TAAAAAAAAAAAAAAACTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGCAAA-CACAAAGC-AGAAT-
gi|7 : AATA-GAAT--A--AGA-T-T-------TA---T--TTA-AA-TT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCGGATTCGAT--------A--ACAT-AA-A-A--------------T-GATAG-GAAA-TAAAA---------AATTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--TAAAAAGATAAAGC-AA-CACA
gi|8 : agG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATGG------AT--------A--ACAT-AA-A-ACAAAAA-CAAAAAAT-GATAG-GAAA-TAAAA---------AACTAAGCATGCA-TG--CATA-CAAA--CAAAAAGATAAAGC-AA-CACAAAGC-GGAAT-TA-TTAAACT
gi|9 : AATA-GAAT--A--AGA-T-TAAATAATTA---T--TTA-AA-GT--C-GGTA-TG-C--AAAA--GCAACAA---AT-----ACA----A-CA-C----A--AGC-TC----CAG--A-GA-GC--TTT-T------AA---CC--GACATCA------AT--------A--ACAT--------AAAAA-CAAAA-AT-GATAG-GAAA-TAAAA---------AACTAAACtttttaaaactaaactattaaactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): ATCAGAAAGTAGTACAGTACAGAGTACAGAGCTGTTATTAAAAATCT
Unaligned ( gi|37 ): CCTTTATATAAAGTCAGCAAGTCATATATAACAAA
Unaligned ( gi|38 ): ATATGATACGCTTTATTTAAAGTCGGCAAGTCAT