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consensus                     :                                                      AGGCG-CGGATCCAGAA--ANTTTTTCC--GAGGGG-GGGG-GGGG-----TCC--AA-CCTNAAGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-A-----C--TA--TTN--TTTTTTTC-AT-TT----C-CA------A--------A--------------A--------------T-AT---------TA---AGCT-TTGCAAAT---T--CCGGGG-----GGGGGG--------G-------G---GGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCCCCT-ATAGATCCGCG--CATGA-ATAT--GTATATGANAAATGAATAACTAGATCA
Reference ( gi|4 )            :                                                      AGGCG-CGGATCCAGAA--AATTTTTCC--GAGGGG-GGGG-GGGG-----TCC--AA-CCTGACGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-A-----C--TA--TTT--TTTTTTTC-AT-TT----C-CA------A--------A--------------A--------------T-AT---------TA---A--T-TTGCAAAT---T--TCGGGG-----GGGGGG--------G-------G---GGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCCCCT-ATAAGTCCGCG--CATGAAACAT--GTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|10                         :                                                      AGGCG-CGGATCCAGAA--AATTTTTCC-----AGG-GGGG-GGGG-----TCC--AACCCTAAAGTATA-AC-TGGTAGAA-G--TGCA-CAAGATATGA--AA-A-ATA-A-----C--TA----A--ATTTTTGC-AT-TT----C-CAGT----A--------ATATCGGCG------A--------------T-AT---------TA---AGCT-TTGCAAAT---T--TCCAAG-----GG
gi|8                          :                                                      AGGCGTCGGA---AGCA--AATT-------GAAAAG-GGGG-GGGG-----GCT--AA-ACCAACAAAAA-AG-T-TTCGAA-G--TTGA--GA-ATTTAG--AG-A-GTA-ATTTGCC--TA--TATCATGTCTATC--T-TT----G-CA------A--------A--------------A--------------A-A-----------A---A--G-TTG---GT---G--T-GGGG-----GGGGGG--------G-------G---GGGGT--------AAGCCCC-CCCCCCC
gi|3                          :                                                     atGGCG-CG-ATCCAGAA--A-TTTTTCC---AGGGG-GGGG-GGGG-----TCCCCAA-CCTGACGTATA--C-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AACA-ATA-T-----C--TA--TTT--TTTTTTTC-AT-TT----C-CA------A--------A--------------AA-------------T-AT---------TA---AG-C-TTGCAAAT---T--CCGGGG-----GGGGGG--------GCGGGGGGG---GGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCC--T-ATAGATCCGCG--CATGAACAAT--GTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|2                          :                                                       GGCG-CGGATCCAGAATTTTTTTTTCC--AGGGGG-GGGGTGCGG-----TCC--AA-CCTTAAGT-TA-A------GAAA-A--CGCC-C-----ATGA--AT-A-CTA-G-----T--TA--TCTGATTCGTTTCTAT-TT----
gi|5                          :                                                         CG-CGGATCCAGAA--ATTTTTTCCAGGAAGGGCGGGG-GAGGAGGGTTTC--AA-CCTTAAGTATA-AC-T-GTGGAA-GTTTGCACCAA-ATATGA--AA-A-ATA-A-----C--TA---AA--GTTTTTTC-AT-TT----C-CA------GT-------A--------------ATATGGTCGGCGGATT-AT---------TA---AGCT-TTGCAAAT---T--TTCAGG-----GGGGGG--------G-------G---GTATTCAACC--ACACCCCCACCCCTCTCT-ACA--TCCGTA--CATGggctggattgattctgtttgcgtataactgtggaaagtgcacaaacatgatgaaatataacaatttttttcatttccatgagatccggcgatattaggctttgcaaattccagggggtccggacccccccccccccc
gi|6                          :                                                                                               -GGGG-----TCC--AA-CCTTAAGTATATATAT-GTGGAA-G--TGCA-CAA-A-ATGA--AA-A-AAA-A-----C---A--CTA--TTTTTTTC-AT-TT----C-CA------GT-------A--------------A--------------T-ATCGGCGATACTA---AGCT-TTGCAAAT---T--CCAGGG-----GGGTGT------------------------T---CC--GGACCCCC-CCCCCTC----TAGATCCGCGATCGTTATATATACATATGTGATAAAT--ATAAC-AGATTA
gi|2                          :                                                                                                   tttcccagatatatgaaaaCGTATA-AC-T-GTGGAAAG--TGCA-CAA-ACATGATGAA-ATATA-A-----C--AA-------TTTTTTTC-AT-TT----C-CATG----AGATCCGGCG--------------A--------------T-AT---------TA---GGCT-TTGCAAAT---T--CC-----------------------A-------G---GGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCCCC
gi|1                          : ggcgcggatccagaatttttttttccagggggggggtgcggtccaaccttaagttaagaaaacgcccatgaatactagttatctgattcgtttctatttggctggattgattctgtttgTATA--C-T-GTGAAA-G--TG----AA-ATATGA--AATA-ATA-A-----CAATAATTTT--TTTTTTTC-CTGTT----CGCA------G--------ATAAGTATGCGGGCGA--------------T-AT---------TA---AGCT-TTGCAAAT-------------------GCAC--------G-------G---GGGGT---CC--GGACCCAC-ACCCCCCCTCCTAGGTCCGc
gi|13                         :                                 gcgcggatctccagactctatgattttttccacgcggaggtcggatcacacaattaaagtatgaaaaacgccgtatgaaacaatactagtatattgtcgttatttgtggattgaattctgtttgat-A-ATATA-----C--TA--TTA--CTTTATAC-AT-TTTGACC-TAT-----A--------G--------------A--------------T-AT---------T---------TTG-AAAT---TCTTCGAGG-----GGGGGGGAGAGGGGG-------G---GGGGT---CCCAAAACTCCC-TCCgc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                 --TCT--TTTTTTTC-AT-TT----T-AA------A--------A--------------G--------------TGAT---------TA---AAGT-TTACAAAA---T----GGGG-----GGGGGG--------G-------G---GGGG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                         TTTTTTC-AT-TTT---C-CAGTCAATA--------ATTCGCG--------A--------------T-AT---------TA---AGCT-TTGCACAT---T--CCGGGG------GGGGG--------G-------G---GGGGT---CC--GGACCCCG-ATCCCCCCT-CTAGATCCGCG--CATG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                           TTTTC-AT-TT----C-CA------GT-------A--------------A--------------T-AT---------CGGCGA--TATCATGAATACAT--GCGCGGATCTAGAGGGG--------G-------GATCGGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCCCCtattcatgatatcgccgatattactggaaatgaaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                        ttttttcattttccagtcaataattcgcgatattaagctttgcacattccggGGGGG--------G-------G---GGGGT---CC--GGACCCCC-CCCCCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                      ggcgcgatccagaaatttttccaggggggggggggtccccaacctgacgtatactgtggaagtgcacaaatatgaaacaatatctattttttttttcatttccaaaaatattaagcttgcaaattccgggggggggggc--------G-------G---GGGGT---CC--GGATCCCC-CCCCCCCCT-AGA--TCCGCG--CATG--ATAT--GTACAtatagatccgcgcatgaacaatgtatataagaaatgaataactagatca
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CATAGGCGTCGGAAGGCAAATTGAAATTGGGGGGGGGGGCTAAACCAACAAAAAAGTTTCAAGTCAGAAAATACAAAATGAAATTAGAGAGTAATTTGCCATATATTATGTCCATCTTTGCCCAAAAAAACAGTGGGGGAGTGGGCTAAAGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|9 ): GGGGGGCTAAACCAACAAAAAGGTTTCTAAGTTGAGAATTTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGTGGGGGGTGGGGGTGGGGGCTAAGCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGCAAAGCCATTAGTTACA
Unaligned ( gi|12 ): TTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATGTTTGCAAAAAAAAGTGTAAGGGGGGGGGGCGGCTAAGCCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGAA
Unaligned ( gi|14 ): TTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGGGGAGGGGTCCGACGCGGTTCCGACGCCTATGTGATTTAGCTATCTCGTTATAA






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Reference ( family-849 )      :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAAANTTTTT--CC--GAGGGG-GGGGGG-GG-----TCC--AA-CCTNAAGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTNTTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---A--------A--------------A--------------T-ATTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-ATAGATCCGCG-----CATG-AAT--ATGTATATGANAAATGAATAACTAGATCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 TATA--C-T-GTGAAA-G--TG----AA-ATATGA--AATA-ATA-ACAATAATTTTTTTTTTTCC-TGTT----CGC-A---G--------ATAAGTATGCGGGCGA--------------T-ATTAAGC--T-TTGCAAA-------T---GCAC--------------------------------GG---GGGGTCC--GGACC---CACAC-CCCCCCTCCTAGGTCCG
gi|10                         : gcgcggatctccagactctatgattttttccacgcggaggtcggatcacacaattaaagtatgaaaaacgccgtatgaaacaatactagtatattgtcgttatttgtggattgaattctgtttgatAGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC-----AGG-GGGGGG-GG-----TCC--AACCCTAAAGTATA-AC-TGGTAGAA-G--TGCA-CAAGATATGA--AA-A-ATA-AC--TA----AATTTTTGCA-T-TT----C-C-AGT-A--------ATATCGGCG------A--------------T-ATTAAGC--T-TTGCAAAT------T---TC-C-------AAGG-----G-------gc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTCATT-TT----C-C-AGTCA--------ATAATTCGCG-----A--------------T-ATTAAGC--T-TTGCACA-------T---TC-C--------GGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCGAT-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-TATTCATG-ATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------A--------------T-ATCG-GCGATATCATGAA-------TACATG-C-------GCGGATCTAG-------A---GGGGGGATCGGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCcgccgatattactggaaatgaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                    ttttttcattttccagtcaataattcgcgatattaagctttgcacattccgg-A-ATATAC--TA--TTACTTTATACA-T-TTTGACC-T-AT--A--------G--------------A--------------T-ATT--------TTG-AAA-------T---TC-TTCGAGGGGGGG-----G-------GAGAGGGGGG---GGGGTCCCAAAACT---CCCTC-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                     --TCTTTTTTTTCA-T-TT----T-A-A---A--------A--------------G--------------TGATTAAAG--T-TTACAAA-------A---T----------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GG---GGGGTCC--GGATC---CCCCC-CCCCCC---TAGATCCGCG-----CATG--AT--ATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                GGCG-CGGATCCAGAATTTTTTTTTCC--AGGGGG-GGGGTGCGG-----TCC--AA-CCTTAAGT-TA-A------GAAA-A--CGCC-C-----ATG------A-AT--AC--TAG-TTATCTGATTCG-T-TT----C-T-A---
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                GTATA-AC-T-GTGGAAAG--TGCA-CAA-ACATGATGAA-ATATA-AC--AA-----TTTTTTTCA-T-TT----C-C-ATG-AGATCCGGCG--------------A--------------T-ATTAGGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C--------------------------------AG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCtttggctggattgattctgtttgcgtataactgtggaaagtgcacaaacatgatgaaatataacaatttttttcatttccatgagatccggcgatattaggctttgcaaattccagggggtccggacccccccccccccc
gi|3                          :        ggcgcggatccagaatttttttttccagggggggggtgcggtccaaccttaagttaagaaaacgcccatgaatactagttatctgattcgtttctatttggctggattgattctgtttgcGGCG-CG-ATCCAGAAA-TTTTT--CC---AGGGG-GGGGGG-GG-----TCCCCAA-CCTGACGTATA--C-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AACA-ATA-TC--TA--TTTTTTTTTTCA-T-TT----C-CAA---A--------A--------------A--------------T-ATTAAGC----TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----GGGGGGGCG---GGGGGG---GGGGTCC--GGA-----CCCCC-CCCCCCT-ATAGATCCGCG-----CATG-AACA-ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCAc
gi|4                          :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC--GAGGGG-GGGGGG-GG-----TCC--AA-CCTGACGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTTTTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---A--------A--------------A--------------T-ATTAA----T-TTGCAAA-------T---TT-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-ATAAGTCCGCG-----CATGAAAC--ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|5                          :                                                                                                                                  CG-CGGATCCAGAAATTTTTT--CCAGGAAGGGCGGGGGA-GGAGGGTTTC--AA-CCTTAAGTATA-AC-T-GTGGAA-GTTTGCACCAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA---AAGTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------ATATGGTCGGCGGATT-ATTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TT-T-------CAGG-----G-------G---GGGGGG---GTATTC----AACCACACCCCCACCCCTCT-CTACATCCGTA-----CATG-
gi|6                          :                                                                                                                                                                        GG-GG-----TCC--AA-CCTTAAGTATATATAT-GTGGAA-G--TGCA-CAA-A-ATGA--AA-A-AAA-AC---A--CTATTTTTTTCA-T-TT----C-C-AGT-A--------ATATCGGCG------A--------------T-ACTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C----------------------------AGGGGG---GTGTTCC--GGACC---CCCCC-CCCTC----TAGATCCGCGATCGTTATA-TAT--ACATATGTGATAAAT--ATAAC-AGATTA
gi|8                          :                                                                                                            tttcccagatatatgaaaaAGGCGTCGGA---AGCAAATT---------GAAAAG-GGGGGG-GG-----GCT--AA-ACCAACAAAAA-AG-T-TTCGAA-G--TTGA--GA-ATTTAG--AG-A-GTA-AT--T----TGCCTATATCA-T-GT----C----------------------------------------------T-AT----C--T-TTGCAAAAAAAAGTTGG-TG-T-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGT-----AAGC---CCCCC-CCCCC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CATAGGCGTCGGAAGGCAAATTGAAATTGGGGGGGGGGGCTAAACCAACAAAAAAGTTTCAAGTCAGAAAATACAAAATGAAATTAGAGAGTAATTTGCCATATATTATGTCCATCTTTGCCCAAAAAAACAGTGGGGGAGTGGGCTAAAGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|9 ): GGGGGGCTAAACCAACAAAAAGGTTTCTAAGTTGAGAATTTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGTGGGGGGTGGGGGTGGGGGCTAAGCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGCAAAGCCATTAGTTACA
Unaligned ( gi|12 ): TTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATGTTTGCAAAAAAAAGTGTAAGGGGGGGGGGCGGCTAAGCCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGAA
Unaligned ( gi|14 ): TTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGGGGAGGGGTCCGACGCGGTTCCGACGCCTATGTGATTTAGCTATCTCGTTATAA






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Reference ( family-849 )      :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC--GAGGGG-GGGGGG-GG-----TCC--AA-CCTNAAGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTNTTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---A--------A--------------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-NAT--ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 TATA--C-T-GTGAAA-G--TG----AA-ATATGA--AATA-ATA-ACAATAATTTTTTTTTTTCC-TGTT----CGC-A---G--------ATAAGTATGCGGGCGA--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---GCAC--------------------------------GG---GGGGTCC--GGACC---CACAC-CCCCCCTCCTAGGTCCG
gi|10                         : gcgcggatctccagactctatgattttttccacgcggaggtcggatcacacaattaaagtatgaaaaacgccgtatgaaacaatactagtatattgtcgttatttgtggattgaattctgtttgatAGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC-----AGG-GGGGGG-GG-----TCC--AACCCTAAAGTATA-AC-TGGTAGAA-G--TGCA-CAAGATATGA--AA-A-ATA-AC--TA----AATTTTTGCA-T-TT----C-C-AGT-A--------ATATCGGCG------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAAT------T---TC-C-------AAGG-----G-------gc
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------A--------------T-AT---------CG-GCGATATCATGAA-------TACATG-C-------GCGGATCTAG-------A---GGGGGGATCGGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCC-Ccgccgatattactggaaatgaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                      ttttttcattttccagtcaataattcgcgatattaagctttgcacattcc-A-ATATAC--TA--TTACTTTATACA-T-TTTGACC-T-AT--A--------G--------------A--------------T-AT---------T--------TTG-AAA-------T---TC-TTCGAGGGGGGG-----G-------GAGAGGGGGG---GGGGTCCCAAAACT---CCCTC-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                     --TCTTTTTTTTCA-T-TT----T-A-A---A--------A--------------G--------------TGAT---------TAAAG--T-TTACAAA-------A---T----------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GG---GGGGTCC--GGATC---CCCCC-CCCCCCT---AGATCCGCG-----CATG--AT--ATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                GGCG-CGGATCCAGAATTTTTTTTTCC--AGGGGG-GGGGTGCGG-----TCC--AA-CCTTAAGT-TA-A------GAAA-A--CGCC-C-----ATG------A-AT--AC--TAG-TTATCTGATTCG-T-TT----C-T-A---
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                GTATA-AC-T-GTGGAAAG--TGCA-CAA-ACATGATGAA-ATATA-AC--AA-----TTTTTTTCA-T-TT----C-C-ATG-AGATCCGGCG--------------A--------------T-AT---------TAGGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C--------------------------------AG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCtttggctggattgattctgtttgcgtataactgtggaaagtgcacaaacatgatgaaatataacaatttttttcatttccatgagatccggcgatattaggctttgcaaattccagggggtccggacccccccccccccc
gi|3                          :        ggcgcggatccagaatttttttttccagggggggggtgcggtccaaccttaagttaagaaaacgcccatgaatactagttatctgattcgtttctatttggctggattgattctgtttgcGGCG-CG-ATCCAGAAA-TTTTT--CC---AGGGG-GGGGGG-GG-----TCCCCAA-CCTGACGTATA--C-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AACA-ATA-TC--TA--TTTTTTTTTTCA-T-TT----C-CAA---A--------A--------------A--------------T-AT---------TAAGC----TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----GGGGGGGCG---GGGGGG---GGGGTCC--GGA-----CCCCC-CCCCCCT-ATAGATCCGCG-----CATG-AACA-ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCAc
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gi|5                          :                                                                                                                                  CG-CGGATCCAGAAATTTTTT--CCAGGAAGGGCGGGGGA-GGAGGGTTTC--AA-CCTTAAGTATA-AC-T-GTGGAA-GTTTGCACCAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA---AAGTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------ATATGGTCGGCGGATT-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TT-T-------CAGG-----G-------G---GGGGGG---GTATTC----AACCACACCCCCACCCCTCT-CTACATCCGTA-----CATG-
gi|6                          :                                                                                                                                                                        GG-GG-----TCC--AA-CCTTAAGTATATATAT-GTGGAA-G--TGCA-CAA-A-ATGA--AA-A-AAA-AC---A--CTATTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------A--------------T-ATCGGCGATACTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C----------------------------AGGGGG---GTGTTCC--GGA------CCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCGATCGTTATA-TAT--ACATATGTGATAAAT--ATAAC-AGATTA
gi|8                          :                                                                                                            tttcccagatatatgaaaaAGGCGTCGGA---AGCAAATT---------GAAAAG-GGGGGG-GG-----GCT--AA-ACCAACAAAAA-AG-T-TTCGAA-G--TTGA--GA-ATTTAG--AG-A-GTA-AT--T----TGCCTATATCA-T-GT----C----------------------------------------------T-AT-------------C--T-TTGCAAAAAAAAGTTGG-TG-T-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGT-----AAGC---CCCCC-CCCCC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CATAGGCGTCGGAAGGCAAATTGAAATTGGGGGGGGGGGCTAAACCAACAAAAAAGTTTCAAGTCAGAAAATACAAAATGAAATTAGAGAGTAATTTGCCATATATTATGTCCATCTTTGCCCAAAAAAACAGTGGGGGAGTGGGCTAAAGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|9 ): GGGGGGCTAAACCAACAAAAAGGTTTCTAAGTTGAGAATTTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGTGGGGGGTGGGGGTGGGGGCTAAGCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGCAAAGCCATTAGTTACA
Unaligned ( gi|12 ): TTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATGTTTGCAAAAAAAAGTGTAAGGGGGGGGGGCGGCTAAGCCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGAA
Unaligned ( gi|14 ): TTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGGGGAGGGGTCCGACGCGGTTCCGACGCCTATGTGATTTAGCTATCTCGTTATAA






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Reference ( family-849 )      :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC--GAGGGG-GGGGGG-GG-----TCC--AA-CCTNAAGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTNTTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---A--------A--------------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-NAT--ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 TATA--C-T-GTGAAA-G--TG----AA-ATATGA--AATA-ATA-ACAATAATTTTTTTTTTTCC-TGTT----CGC-A---G--------ATAAGTATGCGGGCGA--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---GCAC--------------------------------GG---GGGGTCC--GGACC---CACAC-CCCCCCTCCTAGGTCCG
gi|10                         : gcgcggatctccagactctatgattttttccacgcggaggtcggatcacacaattaaagtatgaaaaacgccgtatgaaacaatactagtatattgtcgttatttgtggattgaattctgtttgatAGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC-----AGG-GGGGGG-GG-----TCC--AACCCTAAAGTATA-AC-TGGTAGAA-G--TGCA-CAAGATATGA--AA-A-ATA-AC--TA----AATTTTTGCA-T-TT----C-C-AGT-A--------ATATCGGCG------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAAT------T---TC-C-------AAGG-----G-------gc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTCATT-TT----C-C-AGTCA--------ATAATTCGCG-----A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCACA-------T---TC-C--------GGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCGAT-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-TATTCATG-ATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------A--------------T-AT---------CG-GCGATATCATGAA-------TACATG-C-------GCGGATCTAG-------A---GGGGGGATCGGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCC-Ccgccgatattactggaaatgaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                      ttttttcattttccagtcaataattcgcgatattaagctttgcacattcc-A-ATATAC--TA--TTACTTTATACA-T-TTTGACC-T-AT--A--------G--------------A--------------T-AT---------T--------TTG-AAA-------T---TC-TTCGAGGGGGGG-----G-------GAGAGGGGGG---GGGGTCCCAAAACT---CCCTC-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                     --TCTTTTTTTTCA-T-TT----T-A-A---A--------A--------------G--------------TGAT---------TAAAG--T-TTACAAA-------A---T----------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GG---GGGGTCC--GGATC---CCCCC-CCCCCCT---AGATCCGCG-----CATG--AT--ATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                GGCG-CGGATCCAGAATTTTTTTTTCC--AGGGGG-GGGGTGCGG-----TCC--AA-CCTTAAGT-TA-A------GAAA-A--CGCC-C-----ATG------A-AT--AC--TAG-TTATCTGATTCG-T-TT----C-T-A---
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                GTATA-AC-T-GTGGAAAG--TGCA-CAA-ACATGATGAA-ATATA-AC--AA-----TTTTTTTCA-T-TT----C-C-ATG-AGATCCGGCG--------------A--------------T-AT---------TAGGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C--------------------------------AG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCtttggctggattgattctgtttgcgtataactgtggaaagtgcacaaacatgatgaaatataacaatttttttcatttccatgagatccggcgatattaggctttgcaaattccagggggtccggacccccccccccccc
gi|3                          :        ggcgcggatccagaatttttttttccagggggggggtgcggtccaaccttaagttaagaaaacgcccatgaatactagttatctgattcgtttctatttggctggattgattctgtttgcGGCG-CG-ATCCAGAAA-TTTTT--CC---AGGGG-GGGGGG-GG-----TCCCCAA-CCTGACGTATA--C-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AACA-ATA-TC--TA--TTTTTTTTTTCA-T-TT----C-CAA---A--------A--------------A--------------T-AT---------TAAGC----TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----GGGGGGGCG---GGGGGG---GGGGTCC--GGA-----CCCCC-CCCCCCT-ATAGATCCGCG-----CATG-AACA-ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCAc
gi|4                          :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAAAATTTTT--CC--GAGGGG-GGGGGG-GG-----TCC--AA-CCTGACGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTTTTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---A--------A--------------A--------------T-AT---------TAA----T-TTGCAAA-------T---TT-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-ATAAGTCCGCG-----CATGAAAC--ATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|5                          :                                                                                                                                  CG-CGGATCCAGAAATTTTTT--CCAGGAAGGGCGGGGGA-GGAGGGTTTC--AA-CCTTAAGTATA-AC-T-GTGGAA-GTTTGCACCAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA---AAGTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------ATATGGTCGGCGGATT-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TT-T-------CAGG-----G-------G---GGGGGG---GTATTC----AACCACACCCCCACCCCTCT-CTACATCCGTA-----CATG-
gi|6                          :                                                                                                                                                                        GG-GG-----TCC--AA-CCTTAAGTATATATAT-GTGGAA-G--TGCA-CAA-A-ATGA--AA-A-AAA-AC---A--CTATTTTTTTCA-T-TT----C-C-A---GT-------A--------------A--------------T-ATCGGCGATACTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C----------------------------AGGGGG---GTGTTCC--GGA------CCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCGATCGTTATA-TAT--ACATATGTGATAAAT--ATAAC-AGATTA
gi|8                          :                                                                                                            tttcccagatatatgaaaaAGGCGTCGGA---AGCAAATT---------GAAAAG-GGGGGG-GG-----GCT--AA-ACCAACAAAAA-AG-T-TTCGAA-G--TTGA--GA-ATTTAG--AG-A-GTA-AT--T----TGCCTATATCA-T-GT----C----------------------------------------------T-AT-------------C--T-TTGCAAAAAAAAGTTGG-TG-T-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGT-----AAGC---CCCCC-CCCCC


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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|9 ): GGGGGGCTAAACCAACAAAAAGGTTTCTAAGTTGAGAATTTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGTGGGGGGTGGGGGTGGGGGCTAAGCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGCAAAGCCATTAGTTACA
Unaligned ( gi|12 ): TTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATGTTTGCAAAAAAAAGTGTAAGGGGGGGGGGCGGCTAAGCCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGAA
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Reference ( family-849 )      :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAA--AATTTTTCC--GAGGGG-GGGG-GGGG-----TCC--AA-CCTNAAGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTNTTTTTTTCAT-TT---C-CA---------G-T-----------A------------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-AA-NATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                 TATA--C-T-GTGAAA-G--TG----AA-ATATGA--AATA-ATA-ACAATAATTTTTTTTTTTCCTGTT---CGCA---------GAT-----------AAGTATGCGGGCGA--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---GCAC--------------------------------GG---GGGGTCC--GGACC---CACAC-CCCCCCTCCTAGGTCCG
gi|10                         : gcgcggatctccagactctatgattttttccacgcggaggtcggatcacacaattaaagtatgaaaaacgccgtatgaaacaatactagtatattgtcgttatttgtggattgaattctgtttgatAGGCG-CGGATCCAGAA--AATTTTTCC-----AGG-GGGG-GGGG-----TCC--AACCCTAAAGTATA-AC-TGGTAGAA-G--TGCA-CAAGATATGA--AA-A-ATA-AC--TA----AATTTTTGCAT-TT---C-CA---------G-T-----------AATATCGGCG---A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCAAAT------T---TC-C-------AAGG-----G-------gc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTCAT-TTT--C-CA---------G-TCAATAATTCGCG------------A--------------T-AT---------TAAGC--T-TTGCACA-------T---TC-C--------GGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCGAT-CCCCCCT-CTAGATCCGCG-----CATG-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTCAT-TT---C-CA---------G-T-----------A------------A--------------T-AT---------CG-GCGATATCATGAA-------TACATG-C-------GCGGATCTAG-------A---GGGGGGATCGGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCC-Ctattcatgatatcgccgatattactggaaatgaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                      ttttttcattttccagtcaataattcgcgatattaagctttgcacattcc-A-ATATAC--TA--TTACTTTATACAT-TTTGAC-CT---------A-T-----------AG-----------A--------------T-AT---------T--------TTG-AAA-------T---TC-TTCGAGGGGGGG-----G-------GAGAGGGGGG---GGGGTCCCAAAACT---CCCTC-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                     --TCTTTTTTTTCAT-TT---T-AA---------A-------------A------------G--------------TGAT---------TAAAG--T-TTACAAA-------A---T----------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GG---GGGGTCC--GGATC---CCCCC-CCCCCCT---AGATCCGCG-----CATG--A-TATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                GGCG-CGGATCCAGAATTTTTTTTTCC--AGGGGG-GGGGTGCGG-----TCC--AA-CCTTAAGT-TA-A------GAAA-A--CGCC-C-----ATG------A-AT--AC--TAG-TTATCTGATTCGT-TT---C-TA---------
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                GTATA-AC-T-GTGGAAAG--TGCA-CAA-ACATGATGAA-ATATA-AC--AA--TT---TTTTTCAT-TT---C-CATGAGATCCGG-C-----------G------------A--------------T-AT---------TAGGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C--------------------------------AG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCtttggctggattgattctgtttgcgtataactgtggaaagtgcacaaacatgatgaaatataacaatttttttcatttccatgagatccggcgatattaggctttgcaaattccagggggtccggacccccccccccccc
gi|3                          :        ggcgcggatccagaatttttttttccagggggggggtgcggtccaaccttaagttaagaaaacgcccatgaatactagttatctgattcgtttctatttggctggattgattctgtttgcGGCG-CG-ATCCAGAA--A-TTTTTCC---AGGGG-GGGG-GGGG-----TCCCCAA-CCTGACGTATA--C-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AACA-ATA-TC--TA--TTTTTTTTTTCAT-TT---C-CA---------A-A-----------A------------A--------------T-AT---------TAAGC----TTGCAAA-------T---TC-C-------GGGG-----GGGGGGGCG---GGGGGG---GGGGTCC--GGA-----CCCCC-CCCCCCT-ATAGATCCGCG-----CATG-AACAATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCAc
gi|4                          :                                                                                                                               AGGCG-CGGATCCAGAA--AATTTTTCC--GAGGGG-GGGG-GGGG-----TCC--AA-CCTGACGTATA-AC-T-GTGGAA-G--TGCA-CAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA--TTTTTTTTTTCAT-TT---C-CA---------A-------------A------------A--------------T-AT---------TAA----T-TTGCAAA-------T---TT-C-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGTCC--GGACC---CCCCC-CCCCCCT-ATAAGTCCGCG-----CATGAAA-CATGTATATAAGAAATGAATAACTAGATCA
gi|5                          :                                                                                                                                  CG-CGGATCCAGAA--ATTTTTTCCAGGAAGGGCGGGG-GAGGAGGGTTTC--AA-CCTTAAGTATA-AC-T-GTGGAA-GTTTGCACCAA-ATATGA--AA-A-ATA-AC--TA---AAGTTTTTTCAT-TT---C-CA---------G-T-----------A------------ATATGGTCGGCGGATT-AT---------TAAGC--T-TTGCAAA-------T---TT-T-------CAGG-----G-------G---GGGGGG---GTATTC----AACCACACCCCCACCCCTCT-CTACATCCGTA-----CATG-
gi|6                          :                                                                                                                                                                        -GGGG-----TCC--AA-CCTTAAGTATATATAT-GTGGAA-G--TGCA-CAA-A-ATGA--AA-A-AAA-AC---A--CTATTTTTTTCAT-TT---C-CA---------G-T-----------A------------A--------------T-ATCGGCGATACTAAGC--T-TTGCAAA-------T---TC-C----------------------------AGGGGG---GTGTTCC--GGA------CCCC-CCCCCCT-CTAGATCCGCGATCGTTATA-TA-TACATATGTGATAAAT--ATAAC-AGATTA
gi|8                          :                                                                                                            tttcccagatatatgaaaaAGGCGTCGGA---AGCA--AATT-------GAAAAG-GGGG-GGGG-----GCT--AA-ACCAACAAAAA-AG-T-TTCGAA-G--TTGA--GA-ATTTAG--AG-A-GTA-AT--T----TGCCTATATCAT-GT---C------------------------------------------------------T-AT-------------C--T-TTGCAAAAAAAAGTTGG-TG-T-------GGGG-----G-------G---GGGGGG---GGGGT-----AAGC---CCCCC-CCCCC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CATAGGCGTCGGAAGGCAAATTGAAATTGGGGGGGGGGGCTAAACCAACAAAAAAGTTTCAAGTCAGAAAATACAAAATGAAATTAGAGAGTAATTTGCCATATATTATGTCCATCTTTGCCCAAAAAAACAGTGGGGGAGTGGGCTAAAGCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|9 ): GGGGGGCTAAACCAACAAAAAGGTTTCTAAGTTGAGAATTTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGTGGGGGGTGGGGGTGGGGGCTAAGCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGCAAAGCCATTAGTTACA
Unaligned ( gi|12 ): TTAGAGAGTAATTTGCCTATATTATGTCTATGTTTGCAAAAAAAAGTGTAAGGGGGGGGGGCGGCTAAGCCCCCCCGGTTCCGACGCCTATGAA
Unaligned ( gi|14 ): TTATGTCTATCTTTGCAAAAAAAGTGGGGGAGGGGTCCGACGCGGTTCCGACGCCTATGTGATTTAGCTATCTCGTTATAA