lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 11111 444444444444444 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 4444444444 11
lowQualScore : 2 5 77 3 3 7777 33 2 2 6 2 1 555 2 22222 2 0 33 5555 555555555555555 55 888 1 0 9999999 55 2 33 444 8 3333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 0 3333333333 33 3
lowQualScore : . . .. . . .... .. . . . . . ... . ..... . . .. .... ............... .. ... . . ....... .. . .. ... . .... ............................................................................................. . . .......... .. .
lowQualScore : 7 0 11 3 1 7777 99 9 9 6 9 7 000 9 22222 4 4 44 3333 666666666666666 44 555 3 8 6666666 11 3 33 444 2 8888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 0 8888888888 88 0
consensus : TGGCGGATT-TA-GAG-GG-GC---G--C-AC-CCGGCGCG-CGCCC---C-CTC---TAAA-ATTTTCA--A----AT---ATT-T--NT-T-TT-TTTTC-G-ACTCTCAGAGAAATAAA----CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTACTTTTATT-GG-GA--------GAATTTATA------------T-TTTN-TT--C----AAAAN-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTAGT-A-ATTATTA---ATTTCACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TAT-T---AAA--GACGACT
Reference ( gi|3 ) : TGGCGGAAT-TA-AAG-GG-GA---G--C-AC-CCGGTGCG-CGCCC---C-CTA---TAAA-ATTTTCA--A----AT---ATT-T--TT-TATT-TTTTC-A-ATTCTCAGAGAAATAAT----CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTACTTTTATT-GA-GA--------GGCTTTAAA------------T-TTTG-TT--C----AAAATACTC----TTAAAATGTGTATTACTTTAGTGACCTTACTC---ATTTCACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CAT-T---AAA--GATTACT
gi|6 : TGGCGGATT-TA-GAGTGG-GG---GTTC-AC-CCAGTGTG-CACCC---C-CTC---TTAA-ATTTTCA--A----AT-----T-C--AA-TCTT-TTTTC-G-ATTCTCGAAGAAATAA-------ACATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTACTTTTATT-CA-GAAAATTTGTGGGTTT---------------T-TTTC-TC--C----AAAAT-CTC----TCAAAATTTATGT--CTTT
gi|2 : gTGGCCGATT-TA-GAG-GG-GG---G--C----CCGGCGCG-C-CCC---T-CTA---AAAA-AA---AA--A----AT---AA---------ATT-----C-G-ACTCTCAGAGA-------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTACTCTTGTTGGA-AA--------AG--TCATA------------T-TTTT-TT--CCCCTAA---ACTC----TTTAAATTTGTGTCATTTCA------TTAAT-----TTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAAT---ATCT---AAAGCGACTACttat
gi|9 : agTGGTGGATT-TA-GAG-GGTGC---A--C-AC-CCGATGCC-CACCC---C-CCACCCTTAA-GTTTTCA--A----AT----TT-G--AT-CATTATTTTC-T-ACTCTCTTTGAAATAAA----TGA--------T-ATTGATTTAC---TGatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|4 : ggcagGCGGGATCTA-GAG-GG-GC---T--C-AC-CCGGCGCG-AGTCCTAGC-TTC---TAAA-AATTT-A--A----A----ACT-T--AA-TCTT-TTTTC-G-ACTCCCAGANNNNNNNN----NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NN-NN--------NNNNNNNNN------------N-NNTA-TT--T----AACAT-----------AAATTTGTATCA---TA------TTATTA---ATTTCACCTCATAAAAAA--A-AGGGTGTG-TGT-T---AAA--aaatacaagaaagtcatttctattaataattgatttgtgcattattt
gi|15 : tggatctagaCGGATT-TGTAAT-GG-GC---G--C-AC-C--GTGCG-CCGCG---C-CTC---TAAT-TTTTTCA--A----ATTTTATT-T--CTCTTTT-TTTTC-G-ACTCTCAGAGAAATAAA----TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TACTTatgataacatcag
gi|14 : CGGATT-TA-GAG-GG-CG---G--CCAC-CCGGCGAGGCGCCC---TTCTA----AAA-ATTTTCA--A----AT---CCT-A--AT-T-TT-TTTCC-ACACTCATAGAGAAG-AAT-----GACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|8 : T-TA-GAG-GG-GGC--G--C-AC-CCGGCGAG-CG-CC---C-CTC---TAAA-ATTTTTT--A----ATTA-ATC-T--T----TT-TTATC-G-ACTCTCAGAGAAATA----------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC-TTTATC-AG-GA--------GAATTTATA------------T-TTT--TT--C----ACAAACCTC----TTAA------------TTTTGTGAAATT-TTCAGAATTTCATCTCATCAtatgttt
gi|8 : tT-TA-GAG-GG-GC---G--C-TCGCCGG-GTG-CGCCC---C-CTC---TAAA-t
gi|12 : -AGG-GG-GT---G--C-AC-CCGACGCG-CAGCC---C-TTC---TAAA--TTTTGA--A----AT---TTTAT--TT-TTTT-TTTTC-G-ATTCTCAGAAAAATAAA----CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTATGTTTATT-GG-AA--------AAATTTATA------------T-TTT--TT--CCT--AAAAaattttttaattaatcttttttatcgactctcagagaaataaagaactgtcgatttaatacaactttatcaggagaatttatattttttcacaaacctcttaattttgtgaaattttcagaatttcatctcatcat
gi|10 : ttcagAG-GG-GC---G--C-AC-CTGGCGCG-CGCCC---C-CTT---T-----TTTTAAGAA----AA---ATT-TAACT-TAAT-CTT-----ATTTTC-GAAAAATAAG----CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TACTTTTATT-GAGGA--------GAATGTATA------------TGTTCGCCC--C----AAAAGTCTCGATATTAAAACGTG
gi|1 : gAG-AG-GAAGCG--C-AT-CCGGCGCG-TACGA---C-CTC---TAAA-ATTTTCA--A----AT---TTC-A--TT-TTTT-TTCCC-G-ACTCTGAGAGAAATAATTAAACGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---Taa
gi|20 : atcagtagcgtatttatctAG-GG-GC---G--C-AC-CCGGCCCT-TGCCT---C--TC---TAAA-ATTCTCA--AGTCAAT---ATT-T--TT-T-----TTTC-G-ACTCTCAGAGAAATAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|16 : atcagtggcg-GG---G--C-AC-CTGA-----CGCCC-------A---AAAACATTGTCA--A----AT----TT-A--AT-CATT-TTTTTTA-ACTTTCTGAGGAATAA------AACAA---CCA-AATGATTTAT---TGTTATTTTTATT-GG-GA--------GAATTCATA------------T-
gi|17 : ---G--C-AC-CCGGTGTC-CCCTC---C-CTA----AAA-ATTTTCA--A----AT----TC-A--AT-CATTAGTTTC-G-ACTCTCTTTGAAATAA-------ACAA--------TTGATTTAT---TGTTGCTGTTAGT-GG-GA--------Gcc
gi|18 : tt---TAAA-ATTTTCA--A----AT-----T-T--AA-TCTT-TTTTC-A-TTTCTCAG-----------------AAG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTACTTTTATT-GA-CA--------GAATTTAaattg
gi|19 : ccaacAA-ATTTTCA--A----ATTTAATC-T--TT-T-----TTTC-A-ATTCTCGAAGAAGTAAA----CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTACTTTTATT-CA-GA--------GAATTTtggttttccaccaaaa
gi|5 : tA-ATTT--A--A----CC---ATT-T--TT-T-TT-CTCTT-G-ACTCTCAGAGAAATAAA----TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTACTTTAATA-AG-GA--------GAACTTGCACCCCCCCCCCCTC-CTTT-TT--C------------C----TTAAAAT-----TTAATTGCGTCATATTATTA---AATTTATCTCATCAGAAATGACAGAAAAT---AT-T---AAA--gt
gi|7 : tttttccATTTAT---TGTAACTATTATT-AA-AA--------AAAATTATA------------T-TTTT-TTTCC----AAAAGATTC----ATAGAATTTGTATCATTTTA------TTA------ATTTCTCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTAT-TGTGAAA--AATGACT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATACCCCCCCCCCCCCATCCTAAATTTGTGTCATTTTCTTGATTTAACCTCATTGAAAATTACCGAAAATATTAAAAATAACAAAATGGAAGACAAAGAAAATATATAAAATCAAGGAGCTTTCGGCGGCTTGAACCCTTGAACCCTCACCC
Unaligned ( gi|13 ): ATCGATCGGCTAGTGCGTATTTAGAGGGTGTGCGACCATGCCCTCCCCCGAAAATTTTCATTACCTATATAATTCCATTATTTTTTTCGATCTTCTCTTTCTGATAAATAAAAGACGATTGATT
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT
Unaligned ( gi|22 ): CATTATTTTCGTCTCTCTCTAAATTCAAGGACAATTAATTTATTGTTACTTTTTAATGGGAGAATT
Alignments
lowQualScore : 11 33333333333333333 111111111111111 333333333333333 11111111 2222222222 777777777777 111 111
lowQualScore : 888 33 6 2 444 444 444 2 333 66 333 55555555555555555 2 22 22 22 666666 2 4444 000000000000000 333 0 2 44 3 111111111111111 22222222 4 4 55 2222222222 3 5 999999999999 5 2 777 1 111 555
lowQualScore : ... .. . . ... ... ... . ... .. ... ................. . .. .. .. ...... . .... ............... ... . . .. . ............... ........ . . .. .......... . . ............ . . ... . ... ...
lowQualScore : 555 55 2 7 777 777 777 5 999 11 999 77777777777777777 1 99 99 99 111111 0 5555 111111111111111 999 6 7 22 3 888888888888888 44444444 0 0 55 4444444444 4 0 111111111111 7 5 777 7 777 555
consensus : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-GCGC-CC---C---CTCT-AAAA---TTTTCA--A---AT---AT--T--NAT----T-TT--T--TTT--CGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTT------A--TTATTAATTT-CACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
Reference ( family-840 ) : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-GCGC-CC---C---CTCT-AAAA---TTTTCA--A---AT---AT--T--TNT----T-TT--T--TTT--CGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--NT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTT--AGTAA--TTATTAATTT-CACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGACGACT
gi|1 : ATCTAGAG---GAA-G-CGCATCCGGCGC-GTAC-GA---C---CTCT-AAAA---TTTTCA--A---AT----T--T--CAT----T-TT--T--TTTCCCGA------CTCTGAGAGAAATAATTAAA-CGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---T
gi|10 : atcagtagcgtatttGAG---GG--G-CGCACCTGGCGC-GCGC-CC---C---CTTT--------TTTTAAGAA---AA---AT--T--TAA----C-TTAAT--CTT----A------TTTTC-GAAAAA----TAAG-CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TAC-TTTTATTGAGGAGAATGTAT-A---------------TGTTCGCC-C--C-A-A--AAGT-CTCGATATTAAAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|11 : AAATTTGTGTCA-TTT----------TCTTGATTT-AACCTCATTGAAAATTACCGAAAA---TATT---AAAAATAACcgtgaa
gi|12 : tatacccccccccccccatcctTTCAGAG---GG--GGTGCACCCGACGC-GCAG-CC---C---TTCT-AAA----TTTTGA--A---AT---TT--TATTTT----T-TT--T--TTT--CGA------TTCTCAGAAAAA----TAAA-CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAT-GTTTATTG-GAAAAATTTAT-A---------------TTTT--TT-C--CTA-A--AA-aaaatggaagacaaagaaaatatataaaatcaaggagctttcggcggcttgaacccttgaaccctcaccc
gi|13 : GCGTATTTAGAG---GGT-G-TGCGACCA---T-GCCC-TC---C---CCCG-AAAA---TTTTCATTACCTAT---ATAAT--TCCATTAT-TT--T--TTT--CGATCTTCTCTTTCTGATAAA----TAAA-AGACGA--------TTGATT
gi|14 : atcgatcggctagtCGGATTTAGAG---GGCGG-C-CACCCGGCGA-G-GCGCC---C---TTCTAAAAA---TTTTCA--A---AT----C--C--TAA----T-TT--T--TTT--CCA------CACTCATAGAGA----AGAA-TGACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|15 : CGGATTTGTAAT--GG--G-CGCACCGTGCGCCGCGC-C---------TCT-AATT---TTTTCA--A---ATTTTAT--T--TCTCT--T-TT--T--TTT--CGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TAC-TTtatgttt
gi|16 : GCACCTGACGC-----------------CC-AAAAACATTGTCA--A---AT---TTAAT--CAT----T-TT--T--TTT---AA------CTTTCTGAGGAA----TAAAACAACCAA-AT------GATTTAT---TGTTAT-TTTTATTG-GGAGAATTCAT-A---------------T
gi|17 : ggGCACCCGGTGT-CCCC-TC---C---CTA--AAAA---TTTTCA--A---AT----T--C--AAT----C-AT--TAGTTT--CGA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-CAA-----------TTGATTTAT---TGTTGC-TGTTAGTG-GGAGAATTcc
gi|18 : ttCT-AAAA---TTTTCA--A---AT----T--T--AAT----C-TT--T--TTT--CAT------TTCTCAGA------------------AG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTAC-TTTTATTG-ACAGAATTTATGG---------------TTTT--CCAC--C-A-A--AA-g
gi|19 : ccaaAAA---TTTTCA--A---AT----T--T--AATC---T-TT--T--TTT--CAA------TTCTCGAAGAAG----TAAA-CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAGAATTTGT-
gi|2 : tTGGCCGATTTAGAG---GG--G-GGC--CCGGCGC-GC----C---C---CTCT-AAAA---A---AA--A---AA---AT--A--AAT----T-------------CGA------CTCTCAGAGA--------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTAC-TCTTGTT--GGAAAAGTCAT-A---------------TTTT--TT-T--C-C-CCTAA-A-CTC----TTTAAATTTGTGTCA-TT----------TCATTAATTTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAATA-T-CT---AAAG-CGACT
gi|20 : agGAG---GG--G-CGCACCCGGCCC-TTG--CC---T---CTCT-AAAA---TTCTCA--A---GTC--AA--T--ATT----T-TT--T--TTT--CGA------CTCTCAGAGAAA----TAAacatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|22 : atcagtggc----T-TA--T--TTT--CGT------CTCTCTCTAAAT----TCAA-GGACAA--------TTAATTTAT---TGTTACTTTTTAATG-GGAGAATT
gi|3 : caTGGCGGAATTAAAG---GG--G-AGCACCCGGTGC-GCGC-CC---C---CTAT-AAAA---TTTTCA--A---AT---AT--T--TTT----TATT--T--TTT--CAA------TTCTCAGAGAAA----TAAT-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAC-TTTTATTG-AGAGGCTTTAA-A---------------TTTT--GT-T--C-A-A--AATA-CTC----TTAAAATGTGTATTACTTT--AGTGACCTTACTCATTT-CACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CATT---AAAGATTACT
gi|4 : GGATCTAGAG---GG--G-CTCACCCGGCGC-GAGT-CCTAGC---TTCT-AAAA---ATTTAA--A---AC----T--T--AAT----C-TT--T--TTT--CGA------CTCCCAGANNNN----NNNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N---------------NNNT--AT-T--T-A-A--CA-T-----------AAATTTGTATCA-T--------A--TTATTAATTT-CACCTCAT-AAAAA--AAAGGGTGTG-TGTT---AAA
gi|5 : tggatctagagcgAA---TTT--A--A---CC---AT--T--TTT----T-TT--C--TCT--TGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTAC-TTTAATAA-GGAGAACTTGC-ACCCCCCCCCCCTCCTTTTT--CC-T--T-A-A--AA-T--------TTAA---TTGCGTCA-T--------A--TTATTAAATT-TATCTCATCAGAAATGACAGAAAA---TATT---AAAatgataacatcag
gi|6 : tttttccTGGCGGATTTAGAGTGGGG--G-TTCACCCAGTGT-GCAC-CC---C---CTCT-TAAA---TTTTCA--A---AT----T--C--AAT----C-TT--T--TTT--CGA------TTCTCGAAGAAA----TAAA-C---ATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAAAATTTGT-GGGTTT----------TTTT--CT-C--C-A-A--AA-T-CTC----TCAAAATTTATGTCT-TTT--
gi|7 : gATTTAT---TGTAAC-TATTATTA-AAAAAAATTAT-A---------------TTTT--TT-TTCC-A-A--AA-GATTC----ATAGAATTTGTATCA-TTT----------TATTAATTT-CTCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTATTGTGAAAAATGACTtat
gi|8 : cTTTAGAG---GG--GGCGCACCCGGCGA-GCGC-CC---C----TCT-AAAA---TTTTTT--A---AT---TA--A--TCT----T-TT--T--TAT--CGA------CTCTCAGAGAAA----TA-------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC--TTTATCA-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT---T-T--C-ACA--AA-C-CTC----TT-AATTTTGTGAAA-TTTTCAG----------AATTT-CATCTCATCAtagacatgggataataatatcggatatacatgtacttcaagccctata
gi|9 : TGGTGGATTTAGAG---GGT-G-CACACCCGATGC-CCAC-CC---CCCACCCT-TAAG---TTTTCA--A---AT----T--T--GATCA--T-TA--T--TTT--CTA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-TGA--------T-ATTGATTTAC---TGt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11111111 3333 11 111111111111111 333333333333333 11111111 2222222222 3333333 111 111
lowQualScore : 888 33 6 2 888 444 444 11111111 333 9999999999 1111 1 333 00 2 666666 2 22 22 22 4444 666666 0 4444 000000000000000 333 0 2 2 3 111111111111111 22222222 4 4 55 2222222222 3 88 6666666 5 2 777 1 111 77
lowQualScore : ... .. . . ... ... ... ........ ... .......... .... . ... .. . ...... . .. .. .. .... ...... . .... ............... ... . . . . ............... ........ . . .. .......... . .. ....... . . ... . ... ..
lowQualScore : 555 55 2 7 000 777 777 66666666 999 7777777777 1111 0 999 88 1 111111 1 99 99 99 5555 111111 7 5555 111111111111111 999 6 7 9 3 888888888888888 33333333 0 0 55 4444444444 4 22 0000000 7 5 777 7 777 22
consensus : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-GCGC-CC---C---CTCT--------AAAA---TTTTCA----------AAT----TTAA---T--T-T------T-T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
Reference ( family-840 ) : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-GCGC-CC---C---CTCT--------AAAA---TTTTCA----------AAT---ATTNA---T--T-T------T-T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
gi|1 : ATCTAGAG---GAA-G-CGCATCCGGCGC-GTAC-GA---C---CTCT--------AAAA---TTTTCA----------AAT----TTCA---T--T-T------T-T--TT--TCCC----GA------CTCTGAGAGAAATAATTAAA-CGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---T
gi|10 : atcagtagcgtatttGAG---GG--G-CGCACCTGGCGC-GCGC-CC---C---CTTTTTTTAAGAAAAA---TTT-------------AAC----TTAA---T--C-T------TAT--TT--T--C----GA--------------AAAA----TAAG-CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TAC-TTTTATTGAGGAGAATGTAT-A---------------TGTTCGCC-C--C-A-A--AAGT-CTCGATATTAAAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|11 : AAATTTGTGTCA-TTT--------TCTTGATTTA-ACCTCATTGAAAATTACCGAAAA---TATT---AAAAATAACcgtgaa
gi|12 : tatacccccccccccccatcctTTCAGAG---GG--GGTGCACCCGACGC-GCAG-CC---C---TTCT--------AAA----TTTTGA----------AATTTTATTT----T--T-T------T-T--TT--T--C----GA------TTCTCAGAAAAA----TAAA-CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAT-GTTTATTG-GAAAAATTTAT-A---------------TTTT--TT-C--CTA-A--AA-aaaatggaagacaaagaaaatatataaaatcaaggagctttcggcggcttgaacccttgaaccctcaccc
gi|13 : GCGTATTTAGAG---GGT-G-TGCGACCA---T-GCCC-TC---C---CCCG--------AAAA---TTTTCATTACCTATATAAT----TCCA---TTAT-T------T-T--TT--T--C----GATCTTCTCTTTCTGATAAA----TAAA-AGACGA--------TTGATT
gi|14 : atcgatcggctagtCGGATTTAGAG---GGCGG-C-CACCCGGCGA-G-GCGCC---C---TTCTA-------AAAA---TTTTCA----------AAT---CCTAA---T--T-T------T-T--TT--C--C-----A------CACTCATAGAGA----AGAA-TGACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|15 : CGGATTTGTAAT--GG--G-CGCACCGTGCGCCGCGC-C---------TCT--------AATT---TTTTCA----------AAT----TTTA---T--T-TCTCTTTT-T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TAC-TTtatgttt
gi|16 : GCACCTGACGC-----------------CC--------AAAAACATTGTCA----------AAT----TTAA---TCAT-T------T-T--TT--T--T----AA------CTTTCTGAGGAA----TAAAACAACCAA-AT------GATTTAT---TGTTAT-TTTTATTG-GGAGAATTCAT-A---------------T
gi|17 : ggGCACCCGGTGT-CCCC-TC---C---CTA---------AAAA---TTTTCA----------AAT----TCAA---T--C-A------T-TAGTT--T--C----GA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-CAA-----------TTGATTTAT---TGTTGC-TGTTAGTG-GGAGAATTcc
gi|18 : ttCT--------AAAA---TTTTCA----------AAT----TTAA---T--C-T------T-T--TT--T--C----AT------TTCTCAGA------------------AG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTAC-TTTTATTG-ACAGAATTTATGG---------------TTTT--CCAC--C-A-A--AA-g
gi|19 : ccaaAAA---TTTTCA----------AAT----TTAA---TC-T-T------T-T--TT--T--C----AA------TTCTCGAAGAAG----TAAA-CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAGAATTTGT-
gi|2 : tTGGCCGATTTAGAG---GG--G-GGC--CCGGCGC-GC----C---C---CTCT--------AAAA---A---AA----------AAA---ATAAA---T--T--------------------C----GA------CTCTCAGAGA--------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTAC-TCTTGTTG-GAA-AAGTCAT-A---------------TTTT--TT-T--C-C-CCTAA-A-CTC----TTTAAATTTGTGTCA-TTT--------CATTAATTTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAATA-T-CT---AAAG-CGACT
gi|20 : agGAG---GG--G-CGCACCCGGCCC-TTG--CC---T---CTCT--------AAAA---TTCTCA----------AGTC--AATAT---T--T-T------T-T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAacatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|22 : atcagtggc--T-T------A-T--TT--T--C----GT------CTCTCTCTAAAT----TCAA-GGACAA--------TTAATTTAT---TGTTACTTTTTAATG-GGAGAATT
gi|3 : caTGGCGGAATTAAAG---GG--G-AGCACCCGGTGC-GCGC-CC---C---CTAT--------AAAA---TTTTCA----------AAT---ATTTT---T--TAT------T-T--TT--T--C----AA------TTCTCAGAGAAA----TAAT-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAC-TTTTATTG-AGAGGCTTTAA-A---------------TTTT--GT-T--C-A-A--AATA-CTC----TTAAAATGTGTATTACTTTAGTGACCTTACTCATTTC-ACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CATT---AAAGATTACT
gi|4 : GGATCTAGAG---GG--G-CTCACCCGGCGC-GAGT-CCTAGC---TTCT--------AAAA---ATTTAA----------AAC----TTAA---T--C-T------T-T--TT--T--C----GA------CTCCCAGANNNN----NNNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N---------------NNNT--AT-T--T-A-A--CA-T-----------AAATTTGTATCA---TA------TTATTAATTTC-ACCTCAT-AAAAA--AAAGGGTGTG-TGTT---AAA-ATGA
gi|5 : tggatctagagcg---TTTTCC----------AAT----TTAACCAT--T-T------T-T--TT--T--CTCTTGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTAC-TTTAATAA-GGAGAACTTGC-ACCCCCCCCCCCTCCTTTTT--CC-T--T-A-A--AA-T--------TTAA---TTGCGTCA---TA------TTATTAAATTT-ATCTCATCAGAAATGACAGAAAA---TATT---AAAtaacatcag
gi|6 : tTGGCGGATTTAGAGTGGGG--G-TTCACCCAGTGT-GCAC-CC---C---CTCT--------TAAA---TTTTCA----------AAT----TCAA---T--C-T------T-T--TT--T--C----GA------TTCTCGAAGAAA----TAAA-C---ATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAAAATTTGT-GGGTTT----------TTTT--CT-C--C-A-A--AA-T-CTC----TCAAAATTTATGTC--TTT-------TTAT
gi|7 : gATTTAT---TGTAAC-TATTATTA-AAAAAAATTAT-A---------------TTTT--TT-TTCC-A-A--AA-GATTC----ATAGAATTTGTATCA-TTT--------TATTAATTTC-TCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTATTGTGAAAAATGACT
gi|8 : cTTTAGAG---GG--GGCGCACCCGGCGA-GCG--CC---C---CTCT--------AAAA---TTTTTT----------A-----ATTAA---T--C-T------T-T--TTTAT--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TA-------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC--TTTATCA-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT---T-T--C-ACA--AA-C-CTC----TT-AATTTTGTGAAA-TTT-------TCA-GAATTTC-ATCTCATCAtagacatgggataataatatcggatatacatgtacttcaagccctata
gi|9 : TGGTGGATTTAGAG---GGT-G-CACACCCGATGC-CCAC-CC---CCCACCCT--------TAAG---TTTTCA----------AAT----TTGA---TCAT-T------A-T--TT--T--C----TA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-TGA--------T-ATTGATTTAC---TGt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 333333333333333 11111111 2222222222 3333333 111 111
lowQualScore : 888 33 6 333 2 444 2 444 99999999 666 9999999999 4 33 333 00 2 6666666666 22 22 22 4444 666666 0 4444 555 0 99999999 333 0 2 2 3 111111111111111 22222222 4 4 55 2222222222 3 88 6666666 5 2 777 1 111 77
lowQualScore : ... .. . ... . ... . ... ........ ... .......... . .. ... .. . .......... .. .. .. .... ...... . .... ... . ........ ... . . . . ............... ........ . . .. .......... . .. ....... . . ... . ... ..
lowQualScore : 555 55 2 777 6 777 1 444 11111111 111 7777777777 4 11 999 88 1 8888888888 99 99 99 5555 111111 7 5555 333 3 88888888 999 6 7 9 3 888888888888888 33333333 0 0 55 4444444444 4 22 0000000 7 5 777 7 777 22
consensus : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
Reference ( family-840 ) : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
gi|1 : ATCTAGAG---GAA-G-CGCATCCGGCGC-G-TACGA---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TCA---T--T-T------T---T--TT--TCCC----GA------CTCTGAGAGAAATAATTAAA-CGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---T
gi|10 : atcagtagcgtatttGAG---GG--G-CGCACCTGGCGC-G-CGCCC---CCT---TTTTTTAAGAAAAA---TTT-------------AAC-T--TAA---T--C-T------TA--T--TT--T--C----GA--------------AAAA----TAAG-CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TAC-TTTTATTGAGGAGAATGTAT-A---------------TGTTCGCC-C--C-A-A--AAGT-CTCGATATTAAAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|11 : AAATTTGTGTCA-TTT--------TCTTGATTTA-ACCTCATTGAAAATTACCGAAAA---TATT---AAAAATAACcgtgaa
gi|12 : tatacccccccccccccatcctTTCAGAG---GG--GGTGCACCCGACGC-G-CAGCC---CTT---CT--------AAA----TTTTGA----------AAT-T--TTA---T--T-T------TTTTT--TT--T--C----GA------TTCTCAGAAAAA----TAAA-CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAT-GTTTATTG-GAAAAATTTAT-A---------------TTTT--TT-C--CTA-A--AA-aaaatggaagacaaagaaaatatataaaatcaaggagctttcggcggcttgaacccttgaaccctcaccc
gi|13 : GCGTATTTAGAG---GGT-G-TGCGACCA---T-G-CCCTC---CCC---CG--------AAAA---TTTTCATTACCTATATAAT-T--CCA---TTAT-T------T---T--TT--T--C----GATCTTCTCTTTCTGATAAA----TAAA-AGACGA--------TTGATT
gi|14 : atcgatcggctagtCGGATTTAGAG---GGCGG-C-CACCCGGCGA-GGCGCCC---T-T---CT--------AAAAA--TTTTCA----------AATCC--TAA---T--T-T------T---T--TT--C--C-----A------CACTCATAGAGA----AGAA-TGACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|15 : CGGATTTGTAAT--GG--G-CGCACCGTGCGCCG-CGCC------T---CT--------AATT---TTTTCA----------AAT-T--TTA---T--T-TCTCTTTT---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TAC-TTtatgttt
gi|16 : GCACCTGACGC-----------------CC--------AAAAACATTGTCA----------AAT-T--TAA---TCAT-T------T---T--TT--T--T----AA------CTTTCTGAGGAA----TAAAACAACCAA-AT------GATTTAT---TGTTAT-TTTTATTG-GGAGAATTCAT-A---------------T
gi|17 : ggGCACCCGGTGT-C-CCCTC---CCT---A---------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-A------T---TAGTT--T--C----GA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-CAA-----------TTGATTTAT---TGTTGC-TGTTAGTG-GGAGAATTcc
gi|18 : tt---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----AT------TTCTCAGA------------------AG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTAC-TTTTATTG-ACAGAATTTATGG---------------TTTT--CCAC--C-A-A--AA-g
gi|19 : ccaaAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---TC-T-T------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCGAAGAAG----TAAA-CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAGAATTTGT-
gi|2 : tTGGCCGATTTAGAG---GG--G-GGC--CCGGCGC-G-C---C---CCT---CT--------AAAA---AA--AA----------AAA-T--AAA---T--T----------------------C----GA------CTCTCAGAGA--------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTAC-TCTTGTTG-GAA-AAGTCAT-A---------------TTTT--TT-T--C-C-CCTAA-A-CTC----TTTAAATTTGTGTCA-TTT--------CATTAATTTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAATA-T-CT---AAAG-CGACT
gi|20 : agGAG---GG--G-CGCACCCGGCCC-T-TGCCT---C-T---CT--------AAAA---TTCTCA----------AGT-CAATAT---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAacatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|22 : atcagtggc--T-T------A---T--TT--T--C----GT------CTCTCTCTAAAT----TCAA-GGACAA--------TTAATTTAT---TGTTACTTTTTAATG-GGAGAATT
gi|3 : caTGGCGGAATTAAAG---GG--G-AGCACCCGGTGC-G-CGCCC---CCT---AT--------AAAA---TTTTCA----------AATAT--TTT---T--TAT------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCAGAGAAA----TAAT-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAC-TTTTATTG-AGAGGCTTTAA-A---------------TTTT--GT-T--C-A-A--AATA-CTC----TTAAAATGTGTATTACTTTAGTGACCTTACTCATTTC-ACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CATT---AAAGATTACT
gi|4 : GGATCTAGAG---GG--G-CTCACCCGGCGC-G-AGTCCTAGCTT---CT--------AAAA---ATTTAA----------AAC-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCCCAGANNNN----NNNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N---------------NNNT--AT-T--T-A-A--CA-T-----------AAATTTGTATCA---TA------TTATTAATTTC-ACCTCAT-AAAAA--AAAGGGTGTG-TGTT---AAA-ATGA
gi|5 : tggatctagagcg---TTTTCC----------AAT-T--TAACCAT--T-T------T---T--TT--T--CTCTTGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTAC-TTTAATAA-GGAGAACTTGC-ACCCCCCCCCCCTCCTTTTT--CC-T--T-A-A--AA-T--------TTAA---TTGCGTCA---TA------TTATTAAATTT-ATCTCATCAGAAATGACAGAAAA---TATT---AAAtaacatcag
gi|6 : tTGGCGGATTTAGAGTGGGG--G-TTCACCCAGTGT-G-CACCC---CCT---CT--------TAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------TTCTCGAAGAAA----TAA----ACATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAAAATTTGT-GGGTTT----------TTTT--CT-C--C-A-A--AA-T-CTC----TCAAAATTTATGTC--TTT-------TTAT
gi|7 : gATTTAT---TGTAAC-TATTATTA-AAAAAAATTAT-A---------------TTTT--TT-TTCC-A-A--AA-GATTC----ATAGAATTTGTATCA-TTT--------TATTAATTTC-TCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTATTGTGAAAAATGACT
gi|8 : cTTTAGAG---GG--GGCGCACCCGGCGA-G-CG-CC---CCT---CT--------AAAA---TTTTTT----------AA--T--TAA---T--C-T------T---T--TTTAT--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TA-------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC--TTTATCA-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT---T-T--C-ACA--AA-C-CTC----TT-AATTTTGTGAAA-TTT-------TCA-GAATTTC-ATCTCATCAtagacatgggataataatatcggatatacatgtacttcaagccctata
gi|9 : TGGTGGATTTAGAG---GGT-G-CACACCCGATGC-C-CACCC---CCCACCCT--------TAAG---TTTTCA----------AAT-T--TGA---TCAT-T------A---T--TT--T--C----TA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-TGA--------T-ATTGATTTAC---TGt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 333333333333333 11111111 2222222222 3333333 111 111
lowQualScore : 888 33 6 333 2 444 2 444 99999999 666 9999999999 4 33 333 00 2 6666666666 22 22 22 4444 666666 0 4444 555 0 99999999 333 0 2 2 3 111111111111111 22222222 4 4 55 2222222222 3 88 6666666 5 2 777 1 111 77
lowQualScore : ... .. . ... . ... . ... ........ ... .......... . .. ... .. . .......... .. .. .. .... ...... . .... ... . ........ ... . . . . ............... ........ . . .. .......... . .. ....... . . ... . ... ..
lowQualScore : 555 55 2 777 6 777 1 444 11111111 111 7777777777 4 11 999 88 1 8888888888 99 99 99 5555 111111 7 5555 333 3 88888888 999 6 7 9 3 888888888888888 33333333 0 0 55 4444444444 4 22 0000000 7 5 777 7 777 22
consensus : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
Reference ( family-840 ) : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
gi|1 : ATCTAGAG---GAA-G-CGCATCCGGCGC-G-TACGA---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TCA---T--T-T------T---T--TT--TCCC----GA------CTCTGAGAGAAATAATTAAA-CGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---T
gi|10 : atcagtagcgtatttGAG---GG--G-CGCACCTGGCGC-G-CGCCC---CCT---TTTTTTAAGAAAAA---TTT-------------AAC-T--TAA---T--C-T------TA--T--TT--T--C----GA--------------AAAA----TAAG-CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TAC-TTTTATTGAGGAGAATGTAT-A---------------TGTTCGCC-C--C-A-A--AAGT-CTCGATATTAAAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|11 : AAATTTGTGTCA-TTT--------TCTTGATTTA-ACCTCATTGAAAATTACCGAAAA---TATT---AAAAATAACcgtgaa
gi|12 : tatacccccccccccccatcctTTCAGAG---GG--GGTGCACCCGACGC-G-CAGCC---CTT---CT--------AAA----TTTTGA----------AAT-T--TTA---T--T-T------TTTTT--TT--T--C----GA------TTCTCAGAAAAA----TAAA-CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAT-GTTTATTG-GAAAAATTTAT-A---------------TTTT--TT-C--CTA-A--AA-aaaatggaagacaaagaaaatatataaaatcaaggagctttcggcggcttgaacccttgaaccctcaccc
gi|13 : GCGTATTTAGAG---GGT-G-TGCGACCA---T-G-CCCTC---CCC---CG--------AAAA---TTTTCATTACCTATATAAT-T--CCA---TTAT-T------T---T--TT--T--C----GATCTTCTCTTTCTGATAAA----TAAA-AGACGA--------TTGATT
gi|14 : atcgatcggctagtCGGATTTAGAG---GGCGG-C-CACCCGGCGA-GGCGCCC---T-T---CT--------AAAAA--TTTTCA----------AATCC--TAA---T--T-T------T---T--TT--C--C-----A------CACTCATAGAGA----AGAA-TGACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|15 : CGGATTTGTAAT--GG--G-CGCACCGTGCGCCG-CGCC------T---CT--------AATT---TTTTCA----------AAT-T--TTA---T--T-TCTCTTTT---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TAC-TTtatgttt
gi|16 : GCACCTGACGC-----------------CC--------AAAAACATTGTCA----------AAT-T--TAA---TCAT-T------T---T--TT--T--T----AA------CTTTCTGAGGAA----TAAAACAACCAA-AT------GATTTAT---TGTTAT-TTTTATTG-GGAGAATTCAT-A---------------T
gi|17 : ggGCACCCGGTGT-C-CCCTC---CCT---A---------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-A------T---TAGTT--T--C----GA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-CAA-----------TTGATTTAT---TGTTGC-TGTTAGTG-GGAGAATTcc
gi|18 : tt---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----AT------TTCTCAGA------------------AG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTAC-TTTTATTG-ACAGAATTTATGG---------------TTTT--CCAC--C-A-A--AA-g
gi|19 : ccaaAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---TC-T-T------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCGAAGAAG----TAAA-CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAGAATTTGT-
gi|2 : tTGGCCGATTTAGAG---GG--G-GGC--CCGGCGC-G-C---C---CCT---CT--------AAAA---AA--AA----------AAA-T--AAA---T--T----------------------C----GA------CTCTCAGAGA--------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTAC-TCTTGTTG-GAA-AAGTCAT-A---------------TTTT--TT-T--C-C-CCTAA-A-CTC----TTTAAATTTGTGTCA-TTT--------CATTAATTTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAATA-T-CT---AAAG-CGACT
gi|20 : agGAG---GG--G-CGCACCCGGCCC-T-TGCCT---C-T---CT--------AAAA---TTCTCA----------AGT-CAATAT---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAacatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|22 : atcagtggc--T-T------A---T--TT--T--C----GT------CTCTCTCTAAAT----TCAA-GGACAA--------TTAATTTAT---TGTTACTTTTTAATG-GGAGAATT
gi|3 : caTGGCGGAATTAAAG---GG--G-AGCACCCGGTGC-G-CGCCC---CCT---AT--------AAAA---TTTTCA----------AATAT--TTT---T--TAT------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCAGAGAAA----TAAT-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAC-TTTTATTG-AGAGGCTTTAA-A---------------TTTT--GT-T--C-A-A--AATA-CTC----TTAAAATGTGTATTACTTTAGTGACCTTACTCATTTC-ACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CATT---AAAGATTACT
gi|4 : GGATCTAGAG---GG--G-CTCACCCGGCGC-G-AGTCCTAGCTT---CT--------AAAA---ATTTAA----------AAC-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCCCAGANNNN----NNNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N---------------NNNT--AT-T--T-A-A--CA-T-----------AAATTTGTATCA---TA------TTATTAATTTC-ACCTCAT-AAAAA--AAAGGGTGTG-TGTT---AAA-ATGA
gi|5 : tggatctagagcg---TTTTCC----------AAT-T--TAACCAT--T-T------T---T--TT--T--CTCTTGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTAC-TTTAATAA-GGAGAACTTGC-ACCCCCCCCCCCTCCTTTTT--CC-T--T-A-A--AA-T--------TTAA---TTGCGTCA---TA------TTATTAAATTT-ATCTCATCAGAAATGACAGAAAA---TATT---AAAtaacatcag
gi|6 : tTGGCGGATTTAGAGTGGGG--G-TTCACCCAGTGT-G-CACCC---CCT---CT--------TAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------TTCTCGAAGAAA----TAA----ACATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAAAATTTGT-GGGTTT----------TTTT--CT-C--C-A-A--AA-T-CTC----TCAAAATTTATGTC--TTT-------TTAT
gi|7 : gATTTAT---TGTAAC-TATTATTA-AAAAAAATTAT-A---------------TTTT--TT-TTCC-A-A--AA-GATTC----ATAGAATTTGTATCA-TTT--------TATTAATTTC-TCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTATTGTGAAAAATGACT
gi|8 : cTTTAGAG---GG--GGCGCACCCGGCGA-G-CG-CC---CCT---CT--------AAAA---TTTTTT----------AA--T--TAA---T--C-T------T---T--TTTAT--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TA-------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC--TTTATCA-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT---T-T--C-ACA--AA-C-CTC----TT-AATTTTGTGAAA-TTT-------TCA-GAATTTC-ATCTCATCAtagacatgggataataatatcggatatacatgtacttcaagccctata
gi|9 : TGGTGGATTTAGAG---GGT-G-CACACCCGATGC-C-CACCC---CCCACCCT--------TAAG---TTTTCA----------AAT-T--TGA---TCAT-T------A---T--TT--T--C----TA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-TGA--------T-ATTGATTTAC---TGt
blockSeqs : TGG CG G GG G TAG C ACC TTTTAAGA ACA TTACCTATAT C AA CCA TA A CTCTTTT AG TA . TCTT TCTTCT . AAC GTTATAA ATG T . G CCCCCCCCCCCTCCT TTTTC T C CT TACTC T CT AGTGACC C C TAT A GTG GA
blockSeqs : T T G CG A . T . . A . A . . CA . TTTT . . . . . . GC GATTTG . . . . GGTTT CCAC . . . GATTC A T A . A TA G . AA
blockSeqs : . T . G C . C . . . . . . . CA . TA . . . . . . AC TATCTG . . . . . TTC . . . ACTC A T A . C TG A . G
blockSeqs : . . . G G . C . . . . . . . C . T . . . . . . AA GAATCT . . . . . TTT . . . TCTC A T . . C TG A . A
blockSeqs : . . . G G . C . . . . . . . . . T . . . . . . AT GATTTG . . . . . GTT . . . CCTC A T . . . . . .
blockSeqs : . . . C C . C . . . . . . . . . T . . . . . . AT GATGTG . . . . . ATT . . . T . . . .
blockSeqs : . . . G G . T . . . . . . . . . T . . . . . . AC GATCTG . . . . . CCT . . . T . . .
blockSeqs : . . . T G . C . . . . . . . . . T . . . . . . AC NNNNNN . . . . . CTC . . .
blockSeqs : . . . G G . C . . . . . . . . . T . . . . . . AG GATCTT . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . G A . C . . . . . . . . . T . . . . . . TC GATTTG . . . . .
blockSeqs : . . . G G . . . . . . . . . . . A . . . . . . NN GAACTG . . . .
blockSeqs : . . . G A . . . . . . . . . . . T . . . . . . AT TCTG . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . AT AAT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** **** NTT***** TCTC****** TG* GA
originalCons : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C-A-A--AA-N-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
finalCons : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTTNTT-----C-A-A--AATCTC------TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 333333333333333 1111111111111 2222222222 33333333333 111 111
lowQualScore : 888 33 6 333 2 444 2 444 99999999 666 9999999999 4 33 333 00 2 6666666666 22 22 22 4444 666666 0 4444 555 0 99999999 333 0 2 2 3 111111111111111 8888888888888 4 1111111111 3 55555555555 5 2 777 1 111 77
lowQualScore : ... .. . ... . ... . ... ........ ... .......... . .. ... .. . .......... .. .. .. .... ...... . .... ... . ........ ... . . . . ............... ............. . .......... . ........... . . ... . ... ..
lowQualScore : 555 55 2 777 6 777 1 444 11111111 111 7777777777 4 11 999 88 1 8888888888 99 99 99 5555 111111 7 5555 333 3 88888888 999 6 7 9 3 888888888888888 1111111111111 0 2222222222 4 22222222222 7 5 777 7 777 22
consensus : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--CT-T--C----A-AAA-T-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
Reference ( family-840 ) : TGGCGGATTTAGAG---GG--G-CGCACCCGGCGC-G-CGCCC---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTG-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT--NT-T--C----A-AAA-T-CTC----TTAAAATTTGTGTCA-TTTA------TTATTAATTTC-ACCTCATCAAAAATGACAGAAAATG-TATT---AAAGATGACT
gi|1 : ATCTAGAG---GAA-G-CGCATCCGGCGC-G-TACGA---CCT---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TCA---T--T-T------T---T--TT--TCCC----GA------CTCTGAGAGAAATAATTAAA-CGTCAAG-ATAT-GTTGATTTAC---T
gi|10 : atcagtagcgtatttGAG---GG--G-CGCACCTGGCGC-G-CGCCC---CCT---TTTTTTAAGAAAAA---TTT-------------AAC-T--TAA---T--C-T------TA--T--TT--T--C----GA--------------AAAA----TAAG-CGACAAG-ATTT-GTTGATTTAT---TG-TAC-TTTTATTGAGGAGAATGTAT-A---------------TGTTCGCC-C--C----A-AAAGT-CTCGATATTAAAAaagtaatgttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacctcttaaaatttgtatcttgttaaaaatgacggacactataaaaaaaattacta
gi|11 : AAATTTGTGTCA-TTT--------TCTTGATTTA-ACCTCATTGAAAATTACCGAAAA---TATT---AAAAATAACcgtgaa
gi|12 : tatacccccccccccccatcctTTCAGAG---GG--GGTGCACCCGACGC-G-CAGCC---CTT---CT--------AAA----TTTTGA----------AAT-T--TTA---T--T-T------TTTTT--TT--T--C----GA------TTCTCAGAAAAA----TAAA-CGACAAT-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAT-GTTTATTG-GAAAAATTTAT-A---------------TTTT--TT-C--CT---A-AAA-aaaatggaagacaaagaaaatatataaaatcaaggagctttcggcggcttgaacccttgaaccctcaccc
gi|13 : GCGTATTTAGAG---GGT-G-TGCGACCA---T-G-CCCTC---CCC---CG--------AAAA---TTTTCATTACCTATATAAT-T--CCA---TTAT-T------T---T--TT--T--C----GATCTTCTCTTTCTGATAAA----TAAA-AGACGA--------TTGATT
gi|14 : atcgatcggctagtCGGATTTAGAG---GGCGG-C-CACCCGGCGA-GGCGCCC---T-T---CT--------AAAAA--TTTTCA----------AATCC--TAA---T--T-T------T---T--TT--C--C-----A------CACTCATAGAGA----AGAA-TGACAAGAATCT--TCAGCTTAT---TGTT
gi|15 : CGGATTTGTAAT--GG--G-CGCACCGTGCGCCG-CGCC------T---CT--------AATT---TTTTCA----------AAT-T--TTA---T--T-TCTCTTTT---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-TTATAATTGACTTAT---TG-TAC-TTtatgttt
gi|16 : GCACCTGACGC-----------------CC--------AAAAACATTGTCA----------AAT-T--TAA---TCAT-T------T---T--TT--T--T----AA------CTTTCTGAGGAA----TAAAACAACCAA-AT------GATTTAT---TGTTAT-TTTTATTG-GGAGAATTCAT-A---------------T
gi|17 : ggGCACCCGGTGT-C-CCCTC---CCT---A---------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-A------T---TAGTT--T--C----GA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-CAA-----------TTGATTTAT---TGTTGC-TGTTAGTG-GGAGAATTcc
gi|18 : tt---CT--------AAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----AT------TTCTCAGA------------------AG-ATTT-GTTGACCTATATGTGTTAC-TTTTATTG-ACAGAATTTATGG---------------TTTT--CCAC--C----A-AAA-g
gi|19 : ccaaAAA---TTTTCA----------AAT-T--TAA---TC-T-T------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCGAAGAAG----TAAA-CGACATG-ATGT-GTTGATTTGT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAGAATTTGT-
gi|2 : tTGGCCGATTTAGAG---GG--G-GGC--CCGGCGC-G-C---C---CCT---CT--------AAAA---AA--AA----------AAA-T--AAA---T--T----------------------C----GA------CTCTCAGAGA--------------------TCT-GCTGACTTAT---TGTTAC-TCTTGTTG-GAA-AAGTCAT-A---------------TTTT--TT-T--CCCCTA-AA----CTC----TTTAAATTTGTGTCA-TTT--------CATTAATTTCCACCTCGTCAAAAATGACAGAAAATA-T-CT---AAAG-CGACT
gi|20 : agGAG---GG--G-CGCACCCGGCCC-T-TGCCT---C-T---CT--------AAAA---TTCTCA----------AGT-CAATAT---T--T-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TAAacatgtacatggcccaatacgtacatgcatgtatcaagccctata
gi|22 : atcagtggc--T-T------A---T--TT--T--C----GT------CTCTCTCTAAAT----TCAA-GGACAA--------TTAATTTAT---TGTTACTTTTTAATG-GGAGAATT
gi|3 : caTGGCGGAATTAAAG---GG--G-AGCACCCGGTGC-G-CGCCC---CCT---AT--------AAAA---TTTTCA----------AATAT--TTT---T--TAT------T---T--TT--T--C----AA------TTCTCAGAGAAA----TAAT-CGACAAG-ATCT-GTTGATTTAT---TGCTAC-TTTTATTG-AGAGGCTTTAA-A---------------TTTT--GT-T--C----A-AAA-TACTC----TTAAAATGTGTATTACTTTAGTGACCTTACTCATTTC-ACCTCATCAAAAATGA-AGAAAATG-CATT---AAAGATTACT
gi|4 : GGATCTAGAG---GG--G-CTCACCCGGCGC-G-AGTCCTAGCTT---CT--------AAAA---ATTTAA----------AAC-T--TAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------CTCCCAGANNNN----NNNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNN---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-N---------------NNNT--AT-T--T----A-ACA-T-----------AAATTTGTATCA---TA------TTATTAATTTC-ACCTCAT-AAAAA--AAAGGGTGTG-TGTT---AAA-ATGA
gi|5 : tggatctagagcg---TTTTCC----------AAT-T--TAACCAT--T-T------T---T--TT--T--CTCTTGA------CTCTCAGAGAAA----TAAA-TGACAAG-ATCT-TTTGATTTAT---TGTTAC-TTTAATAA-GGAGAACTTGC-ACCCCCCCCCCCTCCTTTTT--CC-T--T----A-AAA-T--------TTAA---TTGCGTCA---TA------TTATTAAATTT-ATCTCATCAGAAATGACAGAAAA---TATT---AAAtaacatcag
gi|6 : tTGGCGGATTTAGAGTGGGG--G-TTCACCCAGTGT-G-CACCC---CCT---CT--------TAAA---TTTTCA----------AAT-T--CAA---T--C-T------T---T--TT--T--C----GA------TTCTCGAAGAAA----TAA----ACATG-ATTT-GTTGATTTAT---TGTTAC-TTTTATTC-AGAAAATTTGT-GGGTTT----------TTTT--CT-C--C----A-AAA-T-CTC----TCAAAATTTATGTC--TTT-------TTAT
gi|7 : gATTTAT---TGTAAC-TATTATTA-AAAAAAATTAT-A---------------TTTT--TT-TTCC----A-AAA-GATTC----ATAGAATTTGTATCA-TT--------TTATTAATTTC-TCACCATCAAAAATGACAGAAAATATTATTGTGAAAAATGACT
gi|8 : cTTTAGAG---GG--GGCGCACCCGGCGA-G-CG-CC---CCT---CT--------AAAA---TTTTTT----------AA--T--TAA---T--C-T------T---T--TTTAT--C----GA------CTCTCAGAGAAA----TA-------AAG-AACT-GTCGATTTAA---TACAAC--TTTATCA-GGAGAATTTAT-A---------------TTTT---T-T--C----ACAAA-C-CTC----TT-AATTTTGTGAAA-TTT-------TCA-GAATTTC-ATCTCATCAtagacatgggataataatatcggatatacatgtacttcaagccctata
gi|9 : TGGTGGATTTAGAG---GGT-G-CACACCCGATGC-C-CACCC---CCCACCCT--------TAAG---TTTTCA----------AAT-T--TGA---TCAT-T------A---T--TT--T--C----TA------CTCTCTTTGAAA----TAAA-TGA--------T-ATTGATTTAC---TGt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATCATCAGTTTAGACTTCTTTTTGAAATAAACGGAAATTGAATTATGTTTGCTTTATTTGGTAATTTAAT