lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000 111 444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111111111111 11 444444444444444 2 1
lowQualScore : 666 44 777777 888 66 2 2 2 0 2 5 2 2 66 2 55555555555555555555555555555555 0 33 5 2 5 2 2 2 2 2 33 666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 55 666 4 9999 2 2 2 6666 2 5 333333333333333333333333333333333333 5555 33 3333333333333 444 2 2 4 2 777777777777777 99 66 444 000000000000000 8 44 3 77777 2 0
lowQualScore : ... .. ...... ... .. . . . . . . . . .. . ................................ . .. . . . . . . . . .. ............................................. . . . .. ... . .... . . . .... . . .................................... .... .. ............. ... . . . . ............... .. .. ... ............... . .. . ..... . .
lowQualScore : 444 22 555555 555 88 9 9 9 1 9 7 9 9 88 7 88888888888888888888888888888888 9 77 3 7 3 7 7 7 7 7 77 888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 0 55 555 0 4444 9 9 9 7777 9 7 666666666666666666666666666666666666 7777 77 8888888888888 444 5 5 2 4 111111111111111 22 55 111 111111111111111 6 22 1 77777 8 8
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG--TTGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TAA-T-AGACA--AAA--TACGA-AGTT-A--AGC-G-C----TTTCGATAC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCTTC-G-TAG---------T-----TCA---------------------ACG-ATA-TTTATG-CGC--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGT-ATT-G-TGGAG---GTT-TCTTCT-TGG--AT----------GCT----------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ATTT-T---------------GTAAATCAAG--C---GATCAGCGA--TG-A---CAAG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCCAGGCTAAAA
Reference ( gi|7 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG--TTGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TAA-T-AGACA--AAATTTACGA-AGTT-A--AGC-G-C-A--TTTCGATAC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCTTC---T-----------T-----TCC---------------------ACG-ATA-TTTATG-CGC--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGT-ATT-G-TGGAA---GTT-TCTTCT-TGA--A-----------A------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ACTT-T---------------GTAAGGCAAG--C---GATCAGCG---TG-C---CTAG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCCCGGCTAAAA
gi|13 : GTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG--TTGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TAA-T-GGACA--AAATTTACGA-AGT
gi|20 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG--TTGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TAAAT-AGATA--G----T------GTT-A--GAC-G-C-T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-TAC-TTCT-GA--TT-TTG---CTTCTGTT-----------T-----TCC---------------------c
gi|12 : GCACA---TTT--TT--CT--CG---TG--TTGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TAA-T-AGACA--AAATTTACGA-AGTC-A--gta
gi|1 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatTACT---TTT--T---AT--CGAGTTG--TGGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TAA-T-AGACAC-AAA---ACGACAGTT-T--AGCTT-C-A--TTTCGATAC--TTT-CAAG-TAC-TT-T-GAT-TTATTG---CTTC---TAAGGTA-----T-----TCA---------------------ACGAATA-TTTA-G-CGC--A---TGAGCCA-CGTGTGCCgc
gi|5 : TACT---TTT--TT---T--AG---TGTCTTGT---C-C-TGACATTTGA-C-A-T-------ACA--ATGTGTATAATAGTTAA--AGC-G-C-T--TTTCG-TCT--TTT-C-AGTTAC-TT-T-G-T-TT-TTG--TCTTCAG-TAG---------T-----TCA---------------------ACG-ATA-TTGATG-CGCAAA---T-AA-CA-CGTGTGCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|4 : TACT---TTT--TT--AT--CG---TGA-TTGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TAA-TAAGACAT-AAA---ACGA-AGCT-AT-AG--G-C-AGCTTTCGAT-CTGTTT-C-AG-TAC-TT-TGGATATT-TTG--TCTTC---annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|9 : CT---CTT--TT--AT--CGG--TG--TTGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TA-------CA-----TGTGTAATAGTT-A---GC-G-C-T--TTTCGATAC--TTTTC-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCTTCAG-TA----------G-----TCA---------------------ACG-ATA-TTGATG-CGC--A---T-AA-CA-CGTGTGCagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|14 : CT---TTT--TG--AT--CG---TG--TTGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA--T-GGACA--GAA----CGA-GTTT-A--AGC-GGT-T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
gi|3 : ttT---TTT--TT--A---CG---TG--TTGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TAA-T-AGACAG-AAA---ACGA-AGTT-T--AGC-G-C----TTGCGATTA--TTT---AG-TAC-AT-T-GAT-TT-TTG--TCTTC---TATGAAAAGTAGT-----TCA---------------------ACG-ATA-TTTATG-CGC--ATACT-AG-C--CGTATGCaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG--TTGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TAT-T-AGACA--AAA---ACAA-AGTT-T--AGC-G-C----TTTCGATGC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GTT-TT-TCG--TCTTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|2 : ct---TTT--TT--AT--CG---TC--TTGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATAA-T-AGA-A--AAA---ACGA-AGTT-TT-AGC-G-C----TTTCGATAC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCTTT---C-----------CAGTAGTTC---------------------ACG-ATATTTTATG-CGC--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG--TTCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TAA-T-AGACA--AAACTTA---------G--AGC----------------T--TTT-C-AG-CAC-TT-T-GAT-TT-TTGCATTTTT---TAG---------T-----TCA---------------------ACG-ATA-TTCATG-CGC--A---T-AG-TG-CATGTGCCCggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|21 : cTT--TT--ATTTCG---TG--TTGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA--T-AGTC---------------GCT-AG-AGC---------TTTGATAC--TTT-A-AG-TA---T-T-GAT-TT-TGT--TCTTC---------------------------------------------------A-GTTATG-CGC--A---T-AG--A-CGTGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|11 : --TTGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TAA-T-AGACAACAAA---ACGACAGTA-T--AGT-G-C-A--TTTCGATAC---TT-C-AC-TAC-TT-T--AT-TT-TTG--TCTTCAG-TAG---------T-----TCA---------------------AC--ATA-TTTATG-CGC--AT--T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : A-T-AGACA--AAAAT--CGA-AGTT-AGTAGC-GTC-A--TTTCGA-AC--TTT-C-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TTG--TCTTCAGATAGA--------T-----TCA---------------------ACG-AT--TTTATGCCGC--ATT-T-AG-CA-CGTGTGCaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|24 : GC-G-CTG--TTTCGATAC--TTT-C-AGTTACTTT-T-GAT-TT-GTG--TCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|10 : C--TTTAC-AG-TAC-TT-T-GAT-TT-TCG--TCTTC---T-----------T-----TCCCGCGCTACTACAAGTAGTTCAACG-ATA-TTCATG-CGC--A---C-AG----CGTGTGCggtgcagtagatatcaacgcataatttaatgcgtcat
gi|2 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgCTATTTTGTAATT-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT-GGA--T-----------ACT----------GTTCGGT--T----T--TTTT-------------G---TTCT-A-TT-T---------------GTAA-TCAAGGCC---GATCA-CGAA-TG-A---CAAGCAGCC--TA-TG-----GCTtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTTTT-T-ATT-G-TG-AG---GTT-TCTTCT-TGG--ATACTGTTTC--G------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ATTT-TT--------------GTAAATCAAG--C---GATCAaaagccagtgct
gi|1 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTTT---ATTAG-TGGAG---GTT-TCTTCT--GATTA-----------ACTGT--------G--------T----TGTTTTT-------------G---TT-TTATTT-T---------------GTAAATCAAGAAC---GA-CA-CG---TGACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAACA-AGCCAGGCTAcga
gi|9 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaCTATTT-GT-AT--G-TGTGA---GTT-TCTTTT-GGA--T-----------ACT----------GTTCGGTT-T----T--TTTT-------------G---TT-T-TATT-T---------------GTAAATC-AG--C---GATTA-CGAT-TG-A---CAAG-AGCC--TA-TG-----GCT
gi|6 : ctcttttatcggtgttgttccttacatttacatacatgtgtaatagttagcgcttttcgatacttttcagtactttgatttttgtcttcagtagtcaacgatattgatgcgcataacacgtgtgcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTTTGT-ATT-G-TGGAG---GTC-TTCTCT-TGG--ATACTGTTCGTGG------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-AATT-T---------------GTAAAATCAA--C---GATC--CGA--TG-A---CAAGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAACA-AGCCAGGCTaa
gi|8 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCTATTTTGT-ATT-T-CGGAA---GTT-TGTTCT-TGA--ATGCTGTTT---G------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ACTTATCTGTTGAGCTATTTAGTAAGGCATA--C---GATCAGC
gi|5 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATTT-GT-AT--G-TGGAG---ATT-TATTCTCTGG--C-----------ATTCTGTTTCG--G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ATTT-T---------------GTAAATCAAG--C---G-TTA-CGAA-TG-A---CAAG-AG-C--TA-TG-----GCTaaagtccggctaataaa
gi|16 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTTCGT-ATT-G-TGGAA---GTT-TCTTCT-TGA--A-----------T------------GCTGTTCGTT----T--TTTTGTTGTTTTTTTTTG---TT-T-ACTT-T---------------GTAAGGTAAG--C---GATCAGGT---TG-C---CTAG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCCCAGaaaagcctaggc
gi|18 : TATTTTGT-ATT-G-TGGAG---GTT-TCTTCT-TGA--T-----------ACTGTTCG-----G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ATTT-T---------------GTAAATCAAG--C---GATCA-CGA--TG-A---AAAG-AGCC--TA-TG-----GCTTT
gi|19 : ATTTTGT-ATT-G--GGAA---TTT-TCTTTT-TGA--ACGCTGTTT---G------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ACTT-T----------------TCCGTTGAG--C---GATCAGGC---TG-A---CTAT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTCTGGCTAacaacgccatgct
gi|17 : ATTTTGT-ATT-G-TGGAG---GTT-TCTTCTGTGG--ATCTGTT-----C------------G--------T----T--TTTT-------------GGTTCT-T-ATTT-T---------------GTAAATC-AG--C---GATCA-CGA--TG-A---AAAG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCCAGGCT
gi|4 : TTTTGT-ATT-G-TGGAG---G-T-TCTTCT-TAG--G-----------ATACTGTTTCGGCG--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ATTT-T---------------GTAA-TCAAG--C---GATCAGAA---TG-A---CAAG-AGC
gi|3 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTGT-ATT-G-TGGAG---GTT-TCTTCT-TGG--ATTACTGCTC--G------------G--------T----T--TTTT-------------G---TT-T-ACTT-T---------------GTAAATCAAG--C---GATCA-CGACCCG-C---CTAT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCCAGGCTAAactgctaaaaagcggct
gi|22 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTTTGT-ATT-G-T-GAG---GTTGTCTTCT-TGG--AT----------ACT----------G--------TTCGGT--TCTT-------------G---TT-T-ATTT-T----------------TAAATCAAA--C---GATC
gi|25 : ----T--TTGT-------------G---TT-T-ATTT-T---------------GTAAATCAAG--A---GTTCACCA---TG-A---CAAG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCCAGGCTAcgatgaaagaagctctggtaaagccagct
gi|15 : T-------------G---TT-T-ACTT-T---------------GTAAG-CAAG--C---GATCAGC----TG-C---CTAG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCA
gi|26 : tattttgtattgtggaagcttcttgaacgttacattcgttttttgttttgttttttcttgggtggggggtgggtggggTT-T---------------GTAAATCAAG--CCGCGATCAGCGA--TG-A---CAAGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCCAGGCTAAAAaaatacataaaagtag
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 8 2 55 2 2 44 44444444 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 2 444 2 555 2 33 11111 999999999999999999999999999999999999 777777 444 2 2 33 2 66 333 3333333 2 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . .. . . .. ........ .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... .................................................................................................................... . . . . ... . ... . .. ..... .................................... ...... ... . . .. . .. ... ....... . .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 0 7 99 5 5 11 55555555 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 7 777 7 555 7 77 22222 333333333333333333333333333333333333 222222 111 4 4 88 2 11 999 7777777 4 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AA--NACGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A--T----ACT--------GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AA--TACGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A--T----GCT--------GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAC-AA--AACGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A--TTA--ACT--------GTGTTG--------------T-------T------TTTG---TT-TTA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----T-GACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcg-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAACAA--AACGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A--T----ACTGTTTCG--GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-ATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AATTTACGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-CA-TA--A-T-GGACAA-AATTTACGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-ACCA-T---A-T-GGACAG-A----ACGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTG---TT-T-A-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----T-GCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : tattttgtattgtggaagcttcttgaacgttacattcgttttttgttttgttttttcttgggtggggggtgggtggggTATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A--T----GCT--------GTTCGTTTTTTTGTTGTTTTT-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--T-GCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-ATCT----GTTC-------GT------------------T-------T------TTTGGTTCT-T-A-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A--T----ACT--------GT------------------TCGGTT--T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A--C----GCTGTTTG---GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--T-GACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGCAATA--A-T-AGA-AA-AA---ACGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A--T----ACT--------GT------------------TCGGTTT-T------TTTG---TTCT-A--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-CA-TA--AAT-AGATAG-----T------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGCA-TA----T-AGTC--------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A--T----ACT--------GTTCGG--------------T-------T------CTTG---TT-T-A-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--T-GA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-CA-TA--T-T-AGACAA-AA---ACAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : ------------------T-------T------TGTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : -TTTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : T---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAG-AA--AACGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A--TTACTGCTCG------GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCC-GCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-CA-TA--A-TAAGACAT-AA--AACGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A--T----ACTGTTTCGGCGT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--T-GACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-CA-TACAA-T-GTGTAT-AA--TA-----GT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA--T----TCT--------GT------------------T-------TCGGTTTTTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--T-GACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACAA-AA--ATCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A--T----ACTGTTCGTGGGT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--T-GACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AATTTACGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---------A--------GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----T-GCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-AA-TA--A-T-AGACAA-AA--C-------T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A--T----GCTGTTTG---GT------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTT-AGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-CA-TAC-A-T-GTGT---AA--T-----AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A--T----ACT--------GT------------------TCGGTTTTT------TTTG---TT-T-T-ATTTGT-AAATCA-G--C---GATTA-CG-A--TTGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 8 2 55 2 2 22 99999999999 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 5 2 2 444 55 444 999999999999999999999999999999999999999999 666666 666 2 2 33 2 66 333 3333333 2 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . .. . . .. ........... .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . . . . ... .. ... .......................................... ...... ... . . .. . .. ... ....... . .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 0 7 99 5 5 66 44444444444 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 5 444 5 0 5 5 444 99 444 444444444444444444444444444444444444444444 888888 111 2 2 22 2 11 999 7777777 4 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AA-----ACGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC---TGTT-----G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AA--N--ACGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC---T--------G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAC-AA--A--ACGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC---T--------G------TGTTG--------------T-------T------TTTG---TT-TTA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----T-GACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcg-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAACAA--A--ACGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC---TGTTTCG--G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-ATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AATTT--ACGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-CA-TA--A-T-GGACAA-AATTT--ACGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-ACCA-T---A-T-GGACAG-A------ACGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTC--------G------T------------------T-------T------TTTGT--TT-T-G-TTTTaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : TG---TT-T-A-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----T-GCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAttcttgggtggggggtgggtggggtgtttactttgtaagcaagcgatcagctgcctagcgtttatcgcttttagcaaaatacataaaagtag
gi|16 : tattttgtattgtggaagcttcttgaacgttacattcgttttttgttttgttttttcttgggtggggggtgggtggggTATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC---T--------G------TTCGTTTTTTTGTTGTTTTT-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--T-GCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C---TGTTC----G------T------------------T-------T------TTTGGTTCT-T-A-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC---T--------G------T------------------TCGGTT--T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC---TGTTTG---G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--T-GACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGCAATA--A-T-AGA--A-AA--A--ACGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC---T--------GTTCGGTT------------------T-------T------TTTG---TTCT-A--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-CA-TA--AAT-AGATAG-T------------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGCA-TA----T-AGTC----------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC---T--------G------TTCGG--------------T-------T------CTTG---TT-T-A-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--T-GA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-CA-TA--T-T-AGACAA-AA-----ACAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : ------------------T-------T------TGTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : -TTTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : T---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAG-AA--A--ACGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC---T--------GCTCGG-T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCC-GCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-CA-TA--A-TAAGACAT-AA--A--ACGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC---TGTTTCGGCG------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--T-GACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-CA-TACAA-T-GTGTAT-AA--T--A-----GT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC---T--------G------T------------------T-------TCGGTTTTTTG---TT-T-A-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--T-GACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACAA-AA--A--TCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC---TGTTCGTGGG------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--T-GACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CA-TA--A-T-AGACAA-AA--TTTACGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A------A-------------G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----T-GCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-AA-TA--A-T-AGACAA-AA--C---------T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC---TGTTTG---G------T------------------T-------T------TTTG---TT-T-A-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTT-AGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-CA-TAC-A-T-GTGTAA-----------T-AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC---T--------G------T------------------TCGGTTTTT------TTTG---TT-T-T-ATTTGT-AAATCA-G--C---GATTA-CG-A--TTGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 66666666666666666666 22222222222222222222222 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 5 2 2 7777 2 11111111111111 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 5 2 2 444 55 0000000000 33 00000000000000000000 55555555555555555555555 444 2 33 2 66 333 3333333 2 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . . .... . .............. .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . . . . ... .. .......... .. .................... ....................... ... . .. . .. ... ....... . .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 3 7 7 2222 5 99999999999999 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 5 444 5 0 5 5 444 99 9999999999 44 00000000000000000000 00000000000000000000000 111 4 88 2 11 999 7777777 4 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGT--TCG---G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGT--T-----G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAC-AAA---A-CGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC----------TGTGTT-----G--------------TTTTTG-----------------------T---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----T-GACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcg-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAACAAA---A-CGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGT--TTCG--G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TA--A-T-GGACA--AAATTTA-CGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA----T-GGACA--GAA-----CGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTCGTTTTTTGT--TTT---G--------------TTTTTTCTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGTG---TT-TA-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----T-GCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : TATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC----------TGT--TC----GTTTTTTTGTTGTTTTTTTTT-----------------------G---TT-TA-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--T-GCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C----------TGT--TC----G--------------TTTTTT-----------------------GGTTCT-TA-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC----------TGT--TCG---G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--T-GAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC----------TGT--TTG---G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--T-GACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATA--A-T-AGA-A--AAA---A-CGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC----------TGT--TC----GGT------------TTTTTT-----------------------G---TTCTA--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TA--AAT-AGATA--GT-----------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA----T-AGTC----------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGT--TC----G--------------GTTCTT-----------------------G---TT-TA-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--T-GA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TA--T-T-AGACA--AAA---A-CAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : TTTGT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--T-GACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : -TTTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--T-GACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : T---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAG-AAA---A-CGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC----------TGC--TCG---G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCC-GCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TA--A-TAAGACAT-AAA---A-CGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC----------TGT--TTCGGCG--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--T-GACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-C-A-TACAA-T-GTGTA--TAA---T-----AGT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC----------TGT--TTCG--G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--T-GACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACA--AAA---ATCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC----------TGT--TCGTGGG--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--T-GACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A------A----------------------G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----T-GCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TA--A-T-AGACA--AAA-----C-----T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC----------TGT--TTG---G--------------TTTTTT-----------------------G---TT-TA-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTT-AGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TAC-A-T-GTGTA--A---------T-AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC----------TGT--TCG---G--------------TTTTTTTT---------------------G---TT-TT-ATTTGT-AAATCA-G--C---GATTA-CG-A--TTGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 1111111 22222222222222222222222 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 5 2 2 7777 2 11111111111111 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 555 2 444 555 0000000000 4 2 444 0000000 55 666666 00000000000000000000000 33 2 33 2 66 333 5555555 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . . .... . .............. .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . ... . ... ... .......... . . ... ....... .. ...... ....................... .. . .. . .. ... ....... .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 3 7 7 2222 5 99999999999999 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 4 111 4 222 4 111 999 3333333333 7 4 111 9999999 66 444444 66666666666666666666666 11 2 99 2 11 999 9999999 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAC-AAA---A-CGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC----------TG-TG-T---T-------G--TT------TTTG-----------------------TT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----TGACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|10 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgCTAGTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT----------GA-A---T--GC----------TG-CT-C---A-------G--GT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgctttacagtactttgattttcgtcttctttcccgcgctactacaagtagttcaacgatattcatgcgcacagcgtgtgctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAACAAA---A-CGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGTTT-C---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TA--A-T-GGACA--AAATTTA-CGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA----T-GGACA--GAA-----CGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTCGTTTTTTG-TT-T---T-------G--TT------TTTTCTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGTGT--T-TA-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----TGCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : TATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-C---GTTTTTTTG--TTGTTTTTTTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--TGCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C----------TG-TT-C---G-------T--TT------TTTG-----------------------GTTCT-TA-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC----------TG-TT-C---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC----------TG-TT-T---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--TGACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATA--A-T-AGA-A--AAA---A-CGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G-------GT-TT------TTTT-----------------------GT--TCTA--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TA--AAT-AGATA--GT-----------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA----T-AGTC----------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G-------G---T------TCTT-----------------------GT--T-TA-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--TGA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TA--T-T-AGACA--AAA---A-CAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : T------TTGT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : -TTTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : T---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAG-AAA---A-CGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC----------TG-CT-C---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCCGCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TA--A-TAAGACAT-AAA---A-CGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC----------TGTTT-C---GGC-----G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--TGACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-C-A-TACAA-T-GTGTA--TAA---T-----AGT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC----------TG-TTTC---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--TGACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACA--AAA---ATCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-CGTGG-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--TGACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A----------------------------A-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----TGCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TA--A-T-AGACA--AAA-----C-----T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-T---G-------G--TT------TTTT-----------------------GT--T-TA-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTTAGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TAC-A-T-GTGTA--A---------T-AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G-------GTTTT------TTTT-----------------------GT--T-TT-ATTTGT-AAATC-AG--C---GATTA-CG-AT-TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 1111111111 22222222222222222222222 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 5 2 2 7777 2 11111111111111 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 555 2 444 555 0000000000 4 2 444 3333333333 55 333 00000000000000000000000 33 2 44 2 66 333 5555555 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . . .... . .............. .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . ... . ... ... .......... . . ... .......... .. ... ....................... .. . .. . .. ... ....... .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 3 7 7 2222 5 99999999999999 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 4 111 4 222 4 111 999 3333333333 7 4 111 5555555555 66 999 66666666666666666666666 11 2 99 2 11 999 9999999 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAC-AAA---A-CGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC----------TG-TG-T---T----------G--TTTT---TG-----------------------TT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----TGACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|10 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgCTAGTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT----------GA-A---T--GC----------TG-CT-C---A----------G--GTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgctttacagtactttgattttcgtcttctttcccgcgctactacaagtagttcaacgatattcatgcgcacagcgtgtgctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAACAAA---A-CGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGTTT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TA--A-T-GGACA--AAATTTA-CGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA----T-GGACA--GAA-----CGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTCGTTTTTTG-TT-T---T----------G--TTTT---TTCTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGTGT--T-TA-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----TGCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : TATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-C---GTTTTTTTGTTG--TTTTTTTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--TGCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C----------TG-TT-C---G----------T--TTTT---TG-----------------------GTTCT-TA-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--TGACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATA--A-T-AGA-A--AAA---A-CGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GT-TTTT---TT-----------------------GT--TCTA--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TA--AAT-AGATA--GT-----------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA----T-AGTC----------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G---TTC---TT-----------------------GT--T-TA-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--TGA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TA--T-T-AGACA--AAA---A-CAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : TTT---GT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : TTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : tT---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAG-AAA---A-CGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC----------TG-CT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCCGCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TA--A-TAAGACAT-AAA---A-CGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC----------TGTTT-C---GGC--------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--TGACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-C-A-TACAA-T-GTGTA--TAA---T-----AGT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC----------TG-TTTC---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--TGACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACA--AAA---ATCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-CGTGG----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--TGACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A----------------------------A----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----TGCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TA--A-T-AGACA--AAA-----C-----T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTTAGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TAC-A-T-GTGTA--A---------T-AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GTTTTTT---TT-----------------------GT--T-TT-ATTTGT-AAATC-AG--C---GATTA-CG-AT-TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 11111 11 5555555555555555555 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 1111111111 22222222222222222222222 2222222
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 5 2 2 7777 2 11111111111111 33 22222 2 33 55 33 2 0 55 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 2 2 7777777777777777777 33 3 77777 6 3 3 3 3 3 44 222 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 555 2 444 555 0000000000 4 2 444 3333333333 55 333 00000000000000000000000 33 2 44 2 66 333 5555555 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . . .... . .............. .. ..... . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . ..... . . ................... .. . ..... . . . . . . .. ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . ... . ... ... .......... . . ... .......... .. ... ....................... .. . .. . .. ... ....... .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 3 7 7 2222 5 99999999999999 44 11111 7 77 33 77 7 2 99 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 5 7 9999999999999999999 99 1 77777 2 1 1 1 1 1 22 777 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 4 111 4 222 4 111 999 3333333333 7 4 111 5555555555 66 999 66666666666666666666666 11 2 99 2 11 999 9999999 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAC-AAA---A-CGACAGT--TT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC--TTT-CAAG-T-AC-TT-T-GAT-TTAT-----TG--CTT-CTAAG--------------GT--A--T-----TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-C--A---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC----------TG-TG-T---T----------G--TTTT---TG-----------------------TT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----TGACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC--TTTAC-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----CGT-CTT-CTTTCCCGCGCTACTACAAGT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---C-AG----CGTGTGC
gi|10 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgCTAGTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT----------GA-A---T--GC----------TG-CT-C---A----------G--GTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTtaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgctttacagtactttgattttcgtcttctttcccgcgctactacaagtagttcaacgatattcatgcgcacagcgtgtgctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAACAAA---A-CGACAGT--AT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC---TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-C--AT--T-AG-CA-CGTGTGCtctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGTTT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TATTTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--CA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TA--A-T-GGACA--AAATTTA-CGA-AGT--gc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA----T-GGACA--GAA-----CGA-GTT--TA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-Cc
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTCGTTTTTTG-TT-T---T----------G--TTTT---TTCTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGTGT--T-TA-CTTTGT-AAG-CAAG--C---GATCAGC-----TGCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAaatgctcagcagattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : TATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-C---GTTTTTTTGTTG--TTTTTTTTT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGTAAG--C---GATCAG-G-T--TGCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C----------TG-TT-C---G----------T--TTTT---TG-----------------------GTTCT-TA-TTTTGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTT-T-CCGTTGAG--C---GATCAG-G-C--TGACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATA--A-T-AGA-A--AAA---A-CGA-AGT--TTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-TCCA---------------GT--AG-T-----TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GT-TTTT---TT-----------------------GT--TCTA--TTTGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TA--AAT-AGATA--GT-----------GT--TA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TTCT-GAT-TT-TGCTTCTGT-TTTCC------------------GT--A
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA----T-AGTC----------------GC--TA----GA-G--C--T--TT--GATAC--TTT-A-AG-T-A---T-T-GAT-TT-T-----GTT-CTT-C----------------------AG-T-----T---------------ATG-CG-C--A---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G---TTC---TT-----------------------GT--T-TA-TTTT-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--TGA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TA--T-T-AGACA--AAA---A-CAA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GTT-TT-T-----CGT-CTT-ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC--TTT-C-AGTT-ACTTT-T-GAT-TT-G-----TGT-CTT-G------------------GTGCAG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTC--A---T-
gi|25 : TTT---GT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--A---GTTCACC--A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : TTTGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : tT---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAG-AAA---A-CGA-AGT--TT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA--TTT---AG-T-AC-AT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CTATGAAAA----------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--ATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC----------TG-CT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCCGCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TA--A-TAAGACAT-AAA---A-CGA-AGCTATA--G-GCAG--C--T--TT-CGAT-CTGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----T-AA---GT-A-TTT-CT--CG----A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC----------TGTTT-C---GGC--------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT--AATCAAG--C---GATCAG-A-A--TGACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-C-A-TACAA-T-GTGTA--TAA---T-----AGT--TA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT--TTT-C-AG-TTAC-TT-T-G-T-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA---T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC----------TG-TTTC---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTTTGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--TGACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-T-AGACA--AAA---ATCGA-AGT--TAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG----------------AT--AGAT-----TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-C--ATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-CGTGG----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-ATTTGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--TGACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAATTTA-CGA-AGT--TA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C-------------------T-----T-----TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A----------------------------A----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----TGCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TA--A-T-AGACA--AAA-----C-----T--TA----GA-G--C--T--TT-----------T-C-AG-C-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGCATTT-T------------------TT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-C--A---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT------ATC-----T---GTTGAGCT-ATTTAGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TAC-A-T-GTGTA--A---------T-AGT--T---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACT-TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CA-----------------GT--AG-------TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-C--A---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GTTTTTT---TT-----------------------GT--T-TT-ATTTGT-AAATC-AG--C---GATTA-CG-AT-TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa
blockSeqs : CTT AT GGAT G A CT A G C G G C A CAA A ACAAAACGAC TA AGTA A GT CA GT T TG A . T T T C G A . GCTTC A C TTTCCCGCGCTACTACAAG GC A AGATA C A T A C T AA TAC . CAG A G . T GTG G GT C CGT TA ATTCGTTTTT T T GTG TTTTTTTGTT TT TTT CTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGT TC C TT A GC CGC GCTATT . C GG T GCTTT TTTTAG T T
blockSeqs : . . ATTT . . . . . . . G . . AA . AAATTTACGA . TTA . . A . . T . . . . . . . . . . . . TATGAAAAG . . . . . . . . . . TT . CA . . . . . . TA . . G . T . . GC T . . . . C . . . CGACC . C . . . TTTTAG . .
blockSeqs : . . CT . . . . . . . . . . CA . AAATTTACGA . AAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . CCAG . . . . . . . . . . T . CA . . . . . . CT . . A . . . . . . . . . . C . . . CGAA . A . . . TTTTTA . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . A . AAATTTACGA . TA . . T . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . C . . . GCGA . . . . . TTTTAA . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . A . GAAAACGA . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . T . . . CGAA . . . . . CTTGAG . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . . . . . A . TAAAACGA . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . T . . . CGAT . . . . . TTTTAG . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . A . AAAATCGA . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . C . . . CGA . . . . . TTTTAG . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . T . AAAACGA . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . T . . . GGT . . . . . TTTAA . .
blockSeqs : . . CT . . . . . . . . . . A . AAAACAA . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . T . . . CGA . . . . . TTTA . .
blockSeqs : . . AT . . . . . . . . . . A . GAACGA . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . C . . . CGA . . . . . TCAG . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . A . TAAT . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . T . . . GGC . . . . . TA . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . A . AAAC . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . T . . . CGA . . . . . T . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . A . GT . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . A . . . CCA . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . C . . . GAA . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . CGA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GCG . .
blockSeqs : . . . . . . . . GC
blockSeqCons : *** AAAACGA******* ** AG***************** CA** T** A** ** CGA**** ****
originalCons : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACA--AAA---A-CGA-AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-C------------------GT--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCAGCG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
finalCons : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-T-AGACAAAAACGA-------AGT--TA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC--TTT-C-AG-T-AC-TT-T-GAT-TT-T-----TGT-CTT-CAG-----------------T--AG-T-----TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-C--A---T-AGCA--CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTT--GG-A---TA--C----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTTGT-AAATCAAG--C---GATCACGA----TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 11111 11 33333333333333333 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 1111111111 22222222222222222222222 1111
lowQualScore : 555 33 555555 777 2 33 2 2 2 2 5 2 2 7777 2 11111111111111 55555 2 33 55 33 2 0 2 33 2 2 2 2 2 2 2 2 2 66666 5555 8888 22222222222222222 2 5 3 6 3 3 3 3 3 666 3 4444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 2 2 444 2 555 2 444 555 0000000000 4 2 444 3333333333 55 333 00000000000000000000000 33 2 44 333 2 66 333 4 1111 5555 7 33 2 66666 555555 2 3
lowQualScore : ... .. ...... ... . .. . . . . . . . .... . .............. ..... . .. .. .. . . . .. . . . . . . . . . ..... .... .... ................. . . . . . . . . . ... . .... ................................................................................................................. . . . . ... . ... . ... ... .......... . . ... .......... .. ... ....................... .. . .. ... . .. ... . .... .... . .. . ..... ...... . .
lowQualScore : 888 99 666666 999 7 77 7 7 7 7 3 7 7 2222 5 99999999999999 77777 7 77 33 77 7 2 5 44 5 5 5 5 5 5 5 5 5 22222 3333 8888 00000000000000000 7 7 1 2 1 1 1 1 1 999 1 7777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 4 111 4 222 4 111 999 3333333333 7 4 111 5555555555 66 999 66666666666666666666666 11 2 99 777 2 11 999 4 6666 0000 1 44 5 22222 333333 9 1
consensus : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACA--AAA---A-CGA-AGTTA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-CA---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---TGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
Reference ( family-837 ) : GTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACA--AAA---A-CGA-AGTTA--A-GC-G--C--T--TT-CGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-CA---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---TGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|1 : TACT---TTT--T---AT--CGAGTTG-T--GGT-TCC-T-TGA-ATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACAC-AAA---A-CGACAGTTT--A-GC-T--TCAT--TT-CGATAC-T--TT-CAAG-T-AC-TT-TG-AT-TTAT-----TG-C----TT----CTAA--------------GG-TA--T-TCAACGAAT-A-TTT-A-G-CG-CA---TGAGCCA-CGTGTGCC
gi|1 : CTATTTT--A-T-TAGT-GGAGG---TT-TCTTCT----G-A---TTAAC----------TG-TG-T---T----------G--TTTT---TG-----------------------TT--T-TA-TTT---TGT-AAATCAAGAAC---GA-CA-CG----TGACAAACGAG-GGCC--TA-TG-----GCTTTAAAC-AAGCC-AG-GCTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactattttattagtggaggtttcttctgattaactgtgttgtttttgttttattttgtaaatcaagaacgacacgtgacaaacgagggcctatggctttaaacaagccaggcta
gi|10 : tactttttatcgagttgtggttccttgaatttacataatagacacaaaacgacagtttagcttcatttcgatactttcaagtactttgatttattgcttctaaggtattcaacgaatatttagcgcatgagccacgtgtgccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaC-T--TTAC-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----CGTC----TT----CTTTCCCGCGCTACTACAAG-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-CA---C-AG----CGTGTGC
gi|10 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgCTAGTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT----------GA-A---T--GC----------TG-CT-C---A----------G--GTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---Ttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctagtttgtatttcggaagttgaatgctgctcaggtttttgtttacttttctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : tacttttttcctcgtgttgtttaatagctctgcttagcgctttacagtactttgattttcgtcttctttcccgcgctactacaagtagttcaacgatattcatgcgcacagcgtgtgctaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACAACAAA---A-CGACAGTAT--A-GT-G--CA-T--TT-CGATAC----TT-C-AC-T-AC-TT-T--AT-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG-T-TCAAC--AT-A-TTT-ATG-CG-CAT--T-AG-CA-CGTGTGCtctgttgagctgcatgtatttatagtaaggacacac
gi|11 : CTGTTTT-TA-T-T-GT-G-AGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TGTTT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TATTTT---TGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--aaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgtttttattgtgaggtttcttcttggatactgtttcggttttttgtttatttttgtaaatcaagcgatcacga
gi|12 : ttgttccttgacatttacataatagacaacaaaacgacagtatagtgcatttcgatacttcactactttatttttgtcttcagtagttcaacatatttatgcgcattagcacgtgtgcaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCACA---TTT--TT--CT--CG---TG-T--TGT-TACGT-TTTCATTA-A-C-A-TA--A-TA-GACA--AAATTTA-CGA-AGTCA--
gi|13 : tacaattgtaaattttacaatacaagattacagttatagttccagatgtaaccaaatctatcatggcgatgattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtatagcatGTACTCTTTTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-G-TGTCATTA-A-C-A-TA--A-TG-GACA--AAATTTA-CGA-AGTgc
gi|14 : atagtttatgatacaaggttacagttatagttctgagtgtgagcaaaatcatcatggcgatgattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtatagtatCT---TTT--TG--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-CCA-TA----TG-GACA--GAA-----CGA-GTTTA--A-GC-GGTT--T--TT-CGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTCAATGCT----C-----------------AG-CAG-c
gi|15 : ttTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG-------CTTCT-T-GA-ACGTT--ACATTCGTTTTTTG-TT-T---T----------G--TTTT---TTCTTGGGTGGGGGGTGGGTGGGGTGT--T-TA-CTT---TGT-AAG-CAAG--C---GATCA--G-C--TGCCT----AG-CGTT--TA-TC-----GCTTTTAGCAAAattattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|16 : TATTTCGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-C---GTTTTTTTGTTG--TTTTTTTTT-----------------------GT--T-TA-CTT---TGT-AAGGTAAG--C---GATCA-GG-T--TGCCT----AG-AACC--TA-TG-----GCTTTTAGCAAAGCC-atacataaaagtag
gi|17 : ATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCTGT-GG-A---T---C----------TG-TT-C---G----------T--TTTT---TG-----------------------GTTCT-TA-TTT---TGT-AAATC-AG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AG-C--TA-TG-----GCTTTTTACAAAGCC-AG-GCTcag
gi|18 : TATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-G--A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTT---TGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-A--TGAAA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTT--ACAACGCC-AT-GCT
gi|19 : ATTTTGTA-T-T-G--GGAAT---TT-TCTTTT-T-GA-A---C--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---T-T-CCGTTGAG--C---GATCA-GG-C--TGACT----AT-AGC----A-GG-----GCTTTTAACAAAGTC-TG-GCTA
gi|2 : ---TTT--TT--AT--CG---TC-T--TGT-TCT-TCTGACATTT-AGC-AATA--A-TA-GA-A--AAA---A-CGA-AGTTTT-A-GC-G--C--T--TT-CGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TTTC--C-----------------AG-TAG-T-TC-ACG-AT-ATTTT-ATG-CG-CA---T-AG-CAGCGTGTG
gi|2 : CTATTTTGTAAT-T-GTTGGAGGGTGTT-CCTTCT---GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GT-TTTT---TT-----------------------GT--TCTA--TT---TGT--AATCAAGGCC---GATCA-CGAA--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AGTGCTggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtaattgttggagggtgttccttctggatactgttcggtttttttgttctatttgtaatcaaggccgatcacgaatgacaagcagcctatggctaaagccagtgct
gi|20 : tttttatcgtcttgttcttctgacatttagcaataatagaaaaaacgaagttttagcgctttcgatactttcagtactttgatttttgtctttccagtagttcacgatattttatgcgcatagcagcgtgtgggtcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTACT---TTTATTTGGAT--CG---TG-T--TGTATCC-T-TGCTAG---A-C-A-TA--AATA-GATA--GT-----------GTTA--G-AC-G--C--T--TTTCGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TTCTG-AT-TT-TGCTTCTGTT----TT----C-----------------CG-TA
gi|21 : TT--TT--ATTTCG---TG-T--TGT-TC--T-TGA-ATTT-AGC-A-TA----TA-GTC----------------GCTA----GA-G--C--T--TT--GATAC-T--TT-A-AG-T-A---T-TG-AT-TT-T-----GTTC----TT----C-----------------AG-T-------------------T-ATG-CG-CA---T-AG--A-CGTGTG
gi|22 : TTTGTA-T-T-GT--GAGG---TTGTCTTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------G---TTC---TT-----------------------GT--T-TA-TTT---T-T-AAATCAAA--C---GATC--CG-A--TGA-A----AG-AAGC--TC-TG------------GTAAAGCC-AG-
gi|23 : T---TTT--TT--TT--TG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATCT-A-C-A-TA--T-TA-GACA--AAA---A-CAA-AGTTT--A-GC-G--C--T--TT-CGATGC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-TT-TT-T-----CGTC----TT----ct
gi|24 : ct-GC-G--C--TGTTT-CGATAC-T--TT-C-AGTT-ACTTT-TG-AT-TT-G-----TGTC----TTGGTGC-----------------AG-TAGATATCAACGCATAA-TTTAATG-CGTCA---T-
gi|25 : TTT---GT-----------------------GT--T-TA-TTT---TGT-AAATCAAG--A---GTTCA-CC-A--TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GTCTTGAGCAAAGCC-AG-GCTA
gi|26 : TT---TGT-AAATCAAG--CCGCGATCAGCG-A--TGACA----AGCAGCC--TA-TG-----GCT------AAAGCC-AG-GCTAAAA
gi|3 : tT---TTT--TT--A---CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACAG-AAA---A-CGA-AGTTT--A-GC-G--C--T--TG-CGATTA-T--TT---AG-T-AC-AT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----CTATGAAA----------AG-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTT-ATG-CG-CATACT-AG-C--CGTATGC
gi|3 : TTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TT-TCTTCT-T-GG-A---TT-AC----------TG-CT-C---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---TGT-AAATCAAG--C---GATCA-CG-ACCCGCCT----AT-AGCC--TA-TGGCTTTGCTTTTAGCAAAGCC-AG-GCTAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttatttgtattgtggaggtttcttcttggattactgctcggttttttgtttactttgtaaatcaagcgatcacgacccgcctatagcctatggctttgcttttagcaaagccaggctaa
gi|4 : ttttttacgtgttgttccttgacatttacataatagacagaaaacgaagtttagcgcttgcgattatttagtacattgatttttgtcttctatgaaaagtagttcaacgatatttatgcgcatactagccgtatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaTACT---TTT--TT--AT--CG---TGAT--TGT---C-T-----ATTT-A-C-A-TA--A-TAAGACAT-AAA---A-CGA-AGCTATAG-GCAG--C--T--TT-CGAT-C-TGTTT-C-AG-T-AC-TT-TGGATATT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG-T-T-AA---GT-A-TTT-CT--CG--A-----AG-CA-CGTGT
gi|4 : TTTTGTA-T-T-GT-GGAGG----T-TCTTCT-TAGG-A---T--AC----------TGTTT-C---GGC--------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTT---TGT--AATCAAG--C---GATCA-GA-A--TGACA----AG-AGCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttgtattgtggaggttcttcttaggatactgtttcggcgttttttgtttattttgtaatcaagcgatcagaatgacaagagcactgctaaaaagcggct
gi|5 : tacttttttatcgtgattgtctatttacataataagacataaaacgaagctataggcagctttcgatctgtttcagtactttggatattttgtcttcagtagttaagtatttctcgaagcacgtgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---TTT--TT---T--AG---TG-TCTTGT-CC----TGACATTTGA-C-A-TACAA-TG-TGTA--TAA---T-----AGTTA--AAGC-G--C--T--TT-TCGTCT-T--TT-C-AG-TTAC-TT-TG--T-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CAAA-T-AA-CA-CGTGTGCactgctaaaaagcggct
gi|5 : CTATTT-GTA-T---GT-GGAGA---TT-TATTCTCT-GGCA---T--TC----------TG-TTTC---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-TTT---TGT-AAATCAAG--C---G-TTA-CGAA--TGACA----AG-AG-C--TA-TG-----GC---TA--AAAGCCTAG-GCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtggagatttattctctggcattctgtttcggttttttgtttattttgtaaatcaagcgttacgaatgacaagagctatggctaaaagcctaggc
gi|6 : tactttttttagtgtcttgtcctgacatttgacatacaatgtgtataatagttaaagcgcttttcgtcttttcagttactttgtttttgtcttcagtagttcaacgatattgatgcgcaaataacacgtgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--A-TA-GACA--AAA---ATCGA-AGTTAGTA-GC-G--TCAT--TT-CGA-AC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AGATAGAT-TCAACG-AT---TTT-ATGCCG-CATT-T-AG-CA-CGTGTGC
gi|6 : CTATTTTGTA-T-T-GT-GGAGG---TC-TTCTCT-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-CGTGG----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-ATT---TGTAAAATCAA---C---GATC--CG-A--TGACA----AGAAGCCGGTATTG-----GC-TTTAAC-AAGCC-AG-GCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactattttgtattgtggaggtcttctcttggatactgttcgtgggttttttgtttaatttgtaaaatcaacgatccgatgacaagaagccggtattggctttaacaagccaggct
gi|7 : atagacaaaaatcgaagttagtagcgtcatttcgaactttcagtactttgatttttgtcttcagatagattcaacgattttatgccgcatttagcacgtgtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGTACT---TTT--TT--AT--CG---TG-T--TGT-TCC-T-TGACATTT-A-C-A-TA--A-TA-GACA--AAATTTA-CGA-AGTTA--A-GC-G--CA-T--TT-CGATAC-T--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----C--------------------T---T-TCCACG-AT-A-TTT-ATG-CG-CA---T-AG-CA-CGTGTGCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTTTGTA-T-T-GT-GGAAG---TT-TCTTCT-T-GA-A----------------------------A----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTT---TGT-AAGGCAAG--C---GATCAGCG----TGCCT----AG-AGCC--TA-TG-----GCTTTTAGCATAGCC-CG-GCTAAAA
gi|8 : TT--TT--CT--CG---TG-T--TCT-TCC-T-TGTCATTT-A-A-A-TA--A-TA-GACA--AAA-----C-----TTA----GA-G--C--T--TT------------T-C-AG-C-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGCA----TT----T-----------------TT-TAG-T-TCAACG-AT-A-TTC-ATG-CG-CA---T-AG-TG-CATGTGCCC
gi|8 : cCTATTTTGTA-T-T-TC-GGAAG---TT-TGTTCT-T-GA-A---T--GC----------TG-TT-T---G----------G--TTTT---TT-----------------------GT--T-TA-CTTATCTG-----TTGAG--C---TATT--------TAGTA----AG--GCA--TA-CG-----A---TCAGCAAAGTC-CG-GCTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctattttgtatttcggaagtttgttcttgaatgctgtttggttttttgtttacttatctgttgagctatttagtaaggcatacgatcagcaaagtccggctaataaa
gi|9 : cttttctcgtgttcttccttgtcatttaaataatagacaaaacttagagcttttcagcactttgatttttgcattttttagttcaacgatattcatgcgcatagtgcatgtgcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT---CTT--TT--AT--CGG--TG-T--TGT-TCC-T-T-ACATTT-A-C-A-TAC-A-TG-TGTA--A---------T-AGTT---A-GC-G--CT-T--TT-CGATACTT--TT-C-AG-T-AC-TT-TG-AT-TT-T-----TGTC----TT----C-----------------AG-TAG---TCAACG-AT-A-TTG-ATG-CG-CA---T-AA-CA-CGTGTGCtaaa
gi|9 : CTATTT-GTA-TGT-GT-GA--G---TT-TCTT-T-T-GG-A---T--AC----------TG-TT-C---G----------GTTTTTT---TT-----------------------GT--T-TT-ATT---TGT-AAATC-AG--C---GATTA-CG-AT-TGACA----AG-AGCC--TA-TG-----GCTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttgtatgtgtgagtttcttttggatactgttcggttttttttgttttatttgtaaatcagcgattacgattgacaagagcctatggctaa